אמין אל-חוסייני

מוחמד אמין אל-חוסייני (בערבית: الحاج محمد أمين الحسيني תעתיק מדויק: אלחאג' מֻחמד אמין אלחֻסֶיני, ידוע כחאג' אמין; 1895 – 4 ביולי 1974) היה מנהיג ערבי-מוסלמי בתקופת המנדט הבריטי בארץ ישראל והמנהיג הראשי של ערביי ארץ ישראל לפני הקמת אש"ף. אל-חוסייני השפיע יותר מכל מנהיג אחר על עיצובה של האידאולוגיה השוללת את זכותה של המדינה היהודית להתקיים. הוא נודע באנטישמיות שלו ובהתנגדותו הגורפת לציונות, היה אחראי לפרעות ולמתקפות על היישוב היהודי בארץ ישראל ובארצות ערב ואף שיתף פעולה עם גרמניה הנאצית ותמך בביצוע הפתרון הסופי.

בין השנים 1921–1937 כיהן כמופתי של ירושלים וגם כנשיא המועצה המוסלמית העליונה. בתחילת שנות ה-30 עלה לעמדת המנהיגות הבכירה של ערביי ארץ ישראל. עם פרוץ המרד הערבי הגדול ב-1936, כיהן כראש הוועד הערבי העליון. באוקטובר 1937 ברח משלטונות המנדט ועזב את ארץ ישראל. במלחמת העולם השנייה שיתף פעולה עם גרמניה הנאצית והקים יחידות מתנדבים מוסלמים בוואפן אס אס. בשל פעולותיו במלחמת העולם השנייה, הוכרז על ידי "הוועדה היוגוסלבית לקביעת פשעי המלחמה של הכובשים ועוזריהם" כפושע מלחמה. בזמן מלחמת העצמאות הנהיג את ערביי ארץ ישראל ממקום גלותו.

 ראשית חייו 1895–1920
ממוזער|280px|אמין אל חוסייני (עומד שלישי משמאל, שורה אמצעית) בנערותו עם אחיו ובני דודו בבית הקברות ממילא, סביבות 1912.
אמין אל-חוסייני נולד בירושלים בשנת 1895. הוא היה נצר למשפחת אל-חוסייני, בנו של המופתי של ירושלים, טאהר אל-חוסייני, שלאורך שנות כהונתו נאבק בעלייה ובהתיישבות היהודית בארץ ישראל.
לאחר מותו של טאהר ב-1908, ירש אותו כאמל אל-חוסייני, בנו מאשתו הראשונה מַחְבּוּבָּה ואחיו למחצה של אמין, כמופתי של ירושלים. אמין נולד לזיינב, אשתו השנייה של אביו, שילדה בן נוסף, פח'רי, ונפטרה בזמן מלחמת העולם הראשונה.

אמין למד בירושלים. את לימודיו היסודיים עשה ב"כותב" ("חדר") ולאחר מכן בבית הספר הממשלתי "אל-עידאדי". הוא למד טורקית בבית הספר וצרפתית אצל מיסיונרים קתולים.
יש הטוענים כי גם למד תקופה מסוימת בבית הספר היהודי "אליאנס" בירושלים, אולם הדבר לא הוכח.

אקדמיה ותחילת הקריירה
ב-1913 נסע אל-חוסייני למכה עם אמו ובכך קיים את מצוות החג'. במילוי מצווה זו קיבל את התואר "חאג'" והיה רשאי לחבוש מצנפת לבנה. באותה שנה נסע עם בן דודו, יעקוב, ללמוד תאולוגיה וערבית באוניברסיטת אל-אזהר בקהיר. הוא למד כשנה, אך לא סיים את לימודיו, ובשנה השנייה ללימודים נקשר אל המורה רשיד רידא ועבר ללמוד אצלו בבית המדרש הגבוה לתאולוגיה. רשיד רידא נחשב לימים לאב רוחני של תנועת האחים המוסלמים. אל-חוסייני הוזמן לביתו לעיתים קרובות והושפע עמוקות מהשקפת עולמו – תפיסת התרבות המערבית כאיום קיומי על האסלאם שיש להתמודד עמו באמצעות חזרה לדרך חיים מטוהרת מהשפעה מערבית וקישור הדת למאבק הלאומי והפוליטי. במקביל ללימודי הדת למד אמין גם בפקולטה למדעי הרוח באוניברסיטה, שם החל לארגן קבוצת סטודנטים פלסטינים (מוסלמים ונוצרים) שביקשה להביא לתודעה הציבורית את הסכנה שבציונות.

בשנת 1914 החל ללמוד במכללה צבאית באיסטנבול. כשפרצה מלחמת העולם הראשונה, גויס לצבא האימפריה העות'מאנית ולחם במשך שנתיים בחזית כקצין. באוגוסט 1916 התמנה לקצין בדיוויזיה ה-46. הוא שירת כשלישו של מושל איזמיר ואחר כך כקצין ארטילריה בים השחור. אמין לא השתתף בלחימה משמעותית, מכיוון שהטורקים לא שלחו קצינים או צוערים ערבים לשדה הקרב. בזכרונותיו דיווח על סכסוכים עם מפקד האוגדה הטורקי, שקיפח לטענתו את החיילים הערבים. בנובמבר 1916, לאחר שלקה בדיזנטריה, קיבל חופשה של 3 חודשים וחזר לירושלים. בתום תקופת החופשה, נשאר בבית ולא חזר ליחידה. באותה שנה החל לארגן מתנדבים שישתתפו במרד הערבי של השריף חוסיין בן עלי, באמצעות סוכן בריטי שפעל בארץ ישראל. ייתכן כי פעילות זו הקנתה לו את האהדה הבריטית שסייעה לו לקבל מאוחר יותר את תפקיד המופתי.
זמן קצר לאחר הכיבוש הבריטי של ירושלים בדצמבר 1917, הועסק אל-חוסייני במנהל הצבאי הבריטי בקלקיליה, כממונה על מניעת הברחות בתחנת המכס. לאחר תקופה מסוימת, הועבר למשרדו של ג'בריל פחה חדאד, עוזרו של המושל הצבאי של ירושלים, רונלד סטורס, ועבד במנהלה הצבאית בבניין האכסניה הגרמנית ליד שער שכם. בין יתר תפקידיו עסק בגיוס ערביי ארץ ישראל לצבאו של האמיר פייסל, שפעל אז בעבר הירדן המזרחי.

ב-1918 ייסד אל-חוסייני את "המועדון הערבי" ("א-נאדי אל-ערבי"), מועדון נוער ששימש מרכז לפעילות פוליטית נגד היהודים והציונות, והיה קשור לארגון באותו שם שהוקם באותה שנה בדמשק על ידי פלסטינים. המועדון הירושלמי היה פרו-בריטי. מנהיגיו ופעיליו באו בעיקר מצעירי משפחת אל-חוסייני המורחבת ובין חבריו בלטו אנשי דת איסלאמיים וקצינים בצבא השריף. סיסמתו הייתה "ארצנו לנו", ומטרותיו הפוליטיות היו איחוד ארץ ישראל עם סוריה והתנגדות לציונות. אל-חוסייני היה נשיאו עד אפריל 1920.

כאשר ג'בריל חדאד נתמנה בתחילת 1919 למנהל מחלקת הביטחון של המלך פייסל בדמשק, הצטרף אליו אל-חוסייני, ובקיץ אותה שנה ארגן משלחת פלסטינית לקונגרס הלאומי הסורי. התכנסות זו ביולי בדמשק נועדה לתבוע עצמאות לסוריה הגדולה תחת מלכותו של פייסל.

בסוף שנת 1919, הועבר חדאד למשרה אחרת ואל-חוסייני פוטר. בסוף מרץ 1920 חזר לירושלים, ושם עסק בהוראה בבית ספר רשידיה  הסמוך לשער הפרחים. באותה תקופה כתב מאמרים לעיתון הלאומי החדש "סוריא אל-ג'נוביה" ("סוריה הדרומית"), שמייסדו ועורכו היו חברים בולטים ב"מועדון הערבי".

 מהומות 1920 
220px|ממוזער|שמאל|אמין אל-חוסייני בשורה האחורית, שלישי מימין, בין משתתפי הוועידה הפלסטינית השלישית בחיפה, 14 בדצמבר 1920.
בשנת 1920 היה המופתי כאמל אל-חוסייני אחראי על תהלוכת עולי הרגל לחגיגות נבי מוסא. שני צעירים ליבו את הרוחות בקרב החוגגים הנלהבים מהמלכתו של פייסל זמן קצר לפני כן: עארף אל-עארף, ששלהב את הפלסטינים מעל דפי עיתונו, סוריא אל-ג'נוביה, ואמין אל-חוסייני, שהלהיב את ההמונים. בנאומו בפני החוגגים, נופף אל-חוסייני בתמונתו של פייסל וקרא: "הוי הערבים, זהו מלככם". עם שובם של החוגגים מנבי מוסא לירושלים ב-4 באפריל, הפכה התהלוכה להפגנה אלימה ופרצו מאורעות תר"פ. השלטונות הבריטיים הוציאו צווי מעצר נגד אמין אל-חוסייני ועארף אל-עארף, והם ברחו לעבר הירדן המזרחי ומשם לדמשק. בהיעדרם, נידונו על ידי בית דין צבאי לעשר שנות מאסר.

ב-31 במאי 1920 נוסדה בדמשק "האגודה הערבית הפלסטינית" ("אל-ג'מעיה אל-ערביה אל-פלסטיניה"), שהנהיגה את התנועה הערבית הלאומית שבארץ ישראל. בין העומדים בראשה היה אמין אל-חוסייני, שמונה לאחראי לקשרים עם חוץ לארץ. האגודה פרסמה מחאה נגד החלטות ועידת סן רמו ונגד מינוי הרברט סמואל היהודי לנציב עליון בארץ ישראל. בנוסף היא שלחה תזכיר לאפיפיור, שבו ביקשה את עזרתו במניעת ייהוד פלשתינה בעקבות הצהרת בלפור והתריעה על "הסכנה הציונית לנצרות בפלשתינה". ב-7 ביולי הכריז הנציב העליון הנכנס, הרברט סמואל, על חנינה כללית לכל האסירים הפוליטיים, אולם חנינה זו לא כללה את אל-חוסייני ואל-עארף שנחשבו כמי שברחו מהחוק.

בעיני הפלסטינים נתפס אל-חוסייני כגיבור המאורעות באפריל, הראשון שהעז להרים יד נגד הבריטים והיהודים ובכך גאל את כבודם המושפל, והוא היה לסמל לאומי. הוא זכה לאהדה רבה, מאחר שהמהומות נתפסו בתודעתם של ערביי ארץ ישראל כהתרסה נגד השלטון הבריטי. ב-21 באוגוסט 1920, במהלך ביקור בא-סאלט, העניק הרברט סמואל חנינה לאל-חוסייני ולאל-עארף, לבקשתם של מספר שייח'ים בדווים. תחילה סירב אל-חוסייני לחנינה שתתפרש כהודאה באשמה, אך משחלה אחיו למחצה, המופתי כאמל אל-חוסייני, קיבל את הצעת החנינה. בספטמבר חזר לירושלים, שם נערכה לו קבלת פנים של מנצח, ובדצמבר השתתף בוועידה הפלסטינית השלישית, שהתקיימה בחיפה.

מינויו לתפקיד מופתי 1921–1929
שמאל|ממוזער|150px|חאג' אמין אל חוסייני, לאחר שנתמנה למופתי של ירושלים.
ממוזער|טקסט=אמין אל-חוסייני נואם בדוכן הקיץ בהר הבית, בעת לוויית אחיו למחצה, מופתי ירושלים כאמל אל-חוסייני|אמין אל-חוסייני נואם בדוכן הקיץ בהר הבית, בעת לוויית אחיו למחצה, מופתי ירושלים כאמל אל-חוסייני, מרץ 1921.
250px|ממוזער|המופתי מוביל את אורחיו בטקס חנוכת כיפת הזהב למסגד "כיפת הסלע" 1928.
במרץ 1921, שנה לאחר החלת ממשל אזרחי בריטי בארץ ישראל בראשות הנציב העליון הראשון הרברט סמואל, מת כאמל אל-חוסייני, המופתי של ירושלים ואחיו למחצה של אמין אל-חוסייני. אמין היה נחוש לקבל את המשרה, ומיד לאחר מות אחיו חבש את מצנפת החג' הלבנה (העמאמה) וצימח זקן. בבחירות שנערכו לתפקיד ב-12 באפריל בקרב אנשי הדת וההנהגה המוסלמית בירושלים הגיע אל-חוסייני למקום הרביעי. הוא היה הצעיר מבין ארבעת המתמודדים ובעל השכלה דתית מוגבלת, שכן לא סיים את חוק לימודיו באל-אזהר. על פי החוק העות'מאני היה צריך המופתי להתמנות מבין שלושת המועמדים הראשונים. משפחת אל-חוסייני הפעילה לחץ רב על הנציב העליון למנות את אמין למשרה, בעיקר באמצעות הצפת משרדי הממשלה בעצומות ותזכירים ובעזרת פניות של מנהיגים דתיים רבים.

גם פקידים בכירים בממשל הבריטי תמכו במסירת המשרה לאל-חוסייני, מאחר שהתרשמו שמשפחתו עשויה לגמול לממשלה על המינוי בשמירה על השקט בירושלים, וגם כדי להשיב את האיזון בין משפחת אל-חוסייני למשפחת נשאשיבי, שהופר עם מינויו של ראע'ב נשאשיבי לראשות עיריית ירושלים במקומו של מוסא כאט'ם אל-חוסייני. ארנסט ריצ'מונד, העוזר הפוליטי למזכיר הראשי, ורונלד סטורס, מושל מחוז ירושלים, נעזרו בראע'ב נשאשיבי, ראש עיריית ירושלים, ובעלי ג'אראללה, שופט בית הדין השרעי לערעורים. אלה פנו אל אחיו של ג'אראללה, השייח' חסאם ג'אראללה, בבקשה שיסיר את מועמדותו אף על פי שהיה המועמד שנבחר במקום הראשון, וזה הסכים. בכך התקדם אמין אל-חוסייני אל בין שלושת המועמדים הראשונים ונסללה הדרך החוקית למינויו לתפקיד.

להסכמת הממשל הבריטי למינוי קדמו פגישות פיוס בין אמין אל-חוסייני להרברט סמואל ופקידים בריטים נוספים, שבהן הובטח שיתוף פעולה עם הממשלה. בסוף חודש אפריל באותה שנה, נשא אל-חוסייני נאום מתון בחגיגות נבי מוסא, שעברו בשקט, בניגוד לפרץ האלימות שהתחולל בחג זה באפריל 1920. ב-8 במאי 1921 הודיע לו הנציב העליון בעל פה על מינויו לתפקיד וכמה ימים אחר כך פורסם הדבר בתקשורת. ככל הנראה נעשה המינוי ללא כתב מינוי רשמי, וסמואל אף סירב להודיע על המינוי בעלון הרשמי של ממשלת המנדט, "The Palestine Gazette". בנוסף, הוא סירב להעניק לו את התואר "המופתי הגדול", שהבריטים נתנו לראשונה לאחיו, כאמל. בנסיבות היותו של אמין אל-חוסייני סמל לאומי, קיבלה המשרה הדתית של המופתי של ירושלים משמעות פוליטית מובהקת.

בינואר 1922 הוקמה המועצה המוסלמית העליונה, ובסיוע הבריטים, נבחר אל-חוסייני לנשיא המועצה ול"ראש החכמים" ("ראיס אל-עולמא"). עם בחירתו זו, אושר רשמית מעמדו כ"ראש העדה המוסלמית בפלסטין". בהזדמנות זו נענתה הממשלה לדרישתו: הוא קיבל את התואר "המופתי הגדול" ומשכורתו הועלתה.

אחת היוזמות הראשונות של אל-חוסייני בתפקידו כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, הייתה החלטת המועצה לתבוע איסור מוחלט על היהודים להביא חפצים אל הכותל המערבי. הוא הפיץ את ההחלטה במסע תעמולה בארץ ישראל ובעולם המוסלמי.

אחת מפעולותיה הראשונות של המועצה היה מפעל שיפוץ המסגדים על הר הבית. משימה זו הייתה גם אמצעי עבור המופתי לגיוס תשומת לבם של מיליוני מוסלמים לבעיה הפלסטינית ויצירת מחויבות מצד המדינות המוסלמיות למאבקם הלאומי של הפלסטינים. בסיוע הממשלה, ב-1923 ו-1924 הוציאה המועצה המוסלמית העליונה משלחות לחג'אז, להודו, לעיראק, לכווית ולבחריין, כדי לאסוף כספים. המשלחות הדגישו בארצות הללו גם את היותם של המסגדים בסכנה, כביכול, מצד הציונים שמתכוונים להשתלט עליהם. ההיענות הייתה רבה ונתרם סכום עתק. השיפוצים נמשכו עד סוף שנות ה-20, וגולת הכותרת של המפעל היה ציפוי בזהב של מסגד כיפת הסלע. ב-1928 נערך על הר הבית טקס חנוכת כיפת הזהב, בו אירח המופתי המוני אורחים מכל רחבי העולם המוסלמי. בתקופה זו הגיעה האופוזיציה לאל-חוסייני לשיאה. היא ביקרה את מפעל השיפוץ והפיצה שמועות על חשדות לגבי כספי תרומות שהוצאו למטרות פוליטיות.

עוד בתחילת 1919 הוקם ביפו ארגון מחתרתי בשם "אל-כף אל-סודא" ("היד השחורה"), שבמאי אותה שנה החליף את שמו ל"אל-פדאאיה" ("המקריבים עצמם"). באותה שנה הקים הארגון סניפים בערים נוספות ברחבי הארץ והיה קשור עם "המועדון הערבי" ו"המועדון הספרותי". תפקידו היה, ככל הנראה, להיות הזרוע המבצעת של התנועה הלאומית במרד פרו-פייסלי אפשרי בארץ ישראל. הארגון התקיים עד 1923 לפחות והיה נתון להשפעתו המלאה של אל-חוסייני.
כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, נזקק אל-חוסייני להשלמת הממשלה עם מעמדו ופועלו, ולכן שינה לחלוטין את עמדתו לגבי הפעילות האלימה ומאז ואילך פעל עם תומכיו למניעת התפרצויות אלימות.

על פי דרכונו של אמין אל-חוסייני מ-8 בינואר 1921, בתאריך זה היה עדיין רווק. אולם בטופס מ-5 בפברואר 1923 כבר נכתב שהוא נשוי. רעייתו עיישה (1902–1968) הייתה קרובת משפחתו.

מלבד מפעל ההתרמה לשיפוץ המסגדים, עשה המופתי בשנות ה-20 מאמצים נוספים כדי להפוך עצמו לאישיות מוסלמית כלל-עולמית: טרם תבוסתו של המלך חוסיין בן עלי ב-1924, ניסה לתווך בינו לבין אבן סעוד, בשנת 1926 השתתף בוועידת הח'ליפות במצרים, ובשנים 1926–1927 ניסה לתווך בין הפלגים במחנה הגולים הסוריים במצרים.

 בניית מלון פאלאס 
בשנת 1927 פרסם המופתי מכרז להקמת מלון פאלאס על אדמת הווקף מול בית הקברות המוסלמי באזור ממילא בירושלים. גיוס כספי המוסלמים בעולם הותיר בידיו הון שהיה בו די כדי לבנות את המלון. הקבלן היהודי ברוך קטינקא ניגש למכרז, אולם העריך שיהודי לא יזכה בעבודה ולכן הקים שותפות עם קבלן ערבי. שותף נוסף היה טוביה דוניה, גיסו של חיים ויצמן. החברה "אלבינה, דוניה וקטינקא" זכתה במכרז וחתמה על חוזה עם המועצה המוסלמית העליונה. המופתי דרש שתינתן עדיפות לפועלים ערבים, ושככל שייקבע יום מנוחה, יהיה זה יום שישי. זמן מה לאחר חפירת בור המים, נחשפו כמה שלדים. המופתי הורה לקטינקא לסלק את השלדים ולשמור על העניין בסוד, כדי שהדבר לא יתגלה לראש העירייה, יריבו ראע'ב נשאשיבי, שעלול היה לנצל את ההזדמנות ולהורות על הפסקת הבנייה. המלון נחנך בסוף 1929. לאחר שהמלון לא הצליח להתחרות במלון המלך דוד, יריביו של אל-חוסייני האשימו אותו בבזבוז ובמעילה. קטינקא ודוניה בנו גם את ביתו הפרטי של המופתי בשכונת שיח' ג'ראח, בית שהשכיר לידידו ההיסטוריון ג'ורג' אנטוניוס ולימים נודע כמלון שפרד.

בעקבות תקרית הכותל 1928
ממוזער|300px|המופתי מקבל את פניהם של כמה ממשתפי הוועידה האסלאמית "להגנה על הכותל המערבי" שכינס בירושלים, נובמבר 1928.

בתקופת שלטון האימפריה העות'מאנית, הסטטוס קוו בהר הבית התיר ליהודים להתפלל בכותל המערבי, אך לא להביא עמם חפצים כלשהם. לאחר כיבוש העיר בידי הבריטים החלו המתפללים היהודים להביא עימם חפצים בשבתות וחגים, דבר שנתפס בעיני מוסלמים כהפרה של הסטטוס קוו. אחת היוזמות הראשונות של אל-חוסייני לאחר הקמת המועצה המוסלמית העליונה ב-1922 הייתה חידוש הדרישה לאכיפת האיסור. אל-חוסייני פרסם את החלטת המועצה ופתח בקמפיין, שהדגיש את הסכנה, לתפיסתו, של השתלטות יהודים על הר הבית. בקמפיין נעשה שימוש בתמונות פוטומונטז' עם סמלים יהודיים מעל כיפת הסלע, ששימשו ישיבות מהיישוב הישן לצורך גיוס תרומות. הפעילות של חוסייני והמועצה בעניין הכותל המערבי חידדה את תחושת האיום של מוסלמים מפני פעילות יהודית בהר הבית, אך עד 1928 לא היו תקריות משמעותיות סביב הכותל.

בערב יום כיפור ה'תרפ"ט, 23 בספטמבר 1928, הקימו יהודים מחיצה ליד הכותל המערבי, לצורך חציצה בין הגברים והנשים. אנשי המועצה המוסלמית העליונה הזעיקו למחרת את אנשי השלטון הבריטי ואלה פירקו את המחיצה בכוח."שערוריית הכותל המערבי. חלול יום הכפורים בירושלם על ידי המשטרה". 'דאר היום', י"א בתשרי, תרפ"ט
בעקבות האירוע, כינס המופתי אספות ברחבי הארץ בהן שולהבו ההמונים, ויזם משלחות מחאה שטענו בדבר מזימה של היהודים להשתלט על הארץ ועל המקומות הקדושים. המופתי אף טען כי קדושת הכותל ליהודים היא המצאה ("בדעה") של מנהיגיהם כדי לקשור את כל היהודים בעולם למרכז אחד, "במטרה לחזור ולבנות את ההיכל במקום מסגד אל-אקצא". לדברי יהושע פורת, פרשת הכותל אפשרה לו לספק ממד דתי למאבק הלאומי נגד היהודים ובדרך זו לגייס את תמיכת השכבות העממיות, שהסיסמאות הלאומיות לא דיברו אל ליבם עד אז. ב-1 בנובמבר 1928, ערך המופתי כנס בשם "הקונגרס האסלאמי" בהשתתפות כ-700 נציגים מכל רחבי הארץ, וכן משקיפים מן הארצות השכנות. חאג' אמין ניהל את הכנס ועמד בראש "האגודה להגנה על אל-אקצא והמקומות הקדושים לאסלאם", שהוקמה במהלכו.

המופתי החל להגביר את הלחץ על השלטונות לכפות את הסטטוס-קוו. הוא יזם מחאות בפני משרד המושבות בלונדון ובפני חבר הלאומים, וכן עצרות מחאה תדירות במסגד אל-אקצא. בנוסף לאלה, יצר גם פרובוקציות בסמוך לכותל, כדי לאלץ את הממשלה לפעול, שעיקרן הפרעה לתפילת היהודים. אל-חוסייני ניסה לנצל את המחלוקת סביב הזכויות בכותל כדי לחזק את ההזדהות בעולם המוסלמי עם המאבק על פלסטין, וכן לחזק את מעמדו שלו.

ב-9 בנובמבר 1928 נפגש המופתי עם אליהו ששון במשרדי המועצה המוסלמית העליונה. לדברי ששון, המופתי הבחין בין היהודים שנולדו בארץ ישראל ובארצות ערב השכנות לה, שלהם מגיעות כל הזכויות, לבין "אלה שבאו מהמערב וקראו לעצמם ציונים", שיצטרכו לעזוב את הארץ: "אם לא יצאו מרצון – נוציאם בכוח". בהתייחסו אל זכויות היהודים על הארץ והכרת העולם בהן, אמר: "בעולם של היום, לא ההיסטוריה קובעת את פני הדברים, אלא העובדות. פלשתינה מאוכלסת כיום כולה על ידי ערבים והיא תישאר בידי הערבים לנצח". לגבי אזכור זכויות היהודים בארץ הקודש בקוראן, אמר: "הקוראן מתיר למוסלמים להתנחל בכל המקומות שנכבשו על ידם ולהשמיד בכוח החרב כל מי שינסה להתנגד להם". המופתי טען כי הוא באמת מאמין שהיהודים זוממים להשתלט על המקומות הקדושים לאסלאם וביקש להוכיח זאת על ידי ניסיון לצטט פסוקים מהתפילות היהודיות. ששון הצביע בפניו על הסתירה בדבריו, שהרי גם יהודים שנולדו בארץ ישראל ושכנותיה אומרים את הפסוקים הללו, ועל כך השיב: "המדינאי... משחק לעיתים בקלף אחד, ולעיתים – בכל הקלפים שברשותו. לעיתים המטרה מקדשת את האמצעים". לדבריו, במלחמתו נגד הציונים מותר לו "להשתמש בכל הטענות שיש להן ושאין להן אחיזה במציאות, ואף – בעת הצורך – להטיף לשפיכת דמם של הציונים". לטענתו, המועצה המוסלמית העליונה תהיה מוכנה להעניק ליהודים שנולדו בארץ ישראל ובארצות ערב והאסלאם "תעודות-מעבר", ואם לא יסכימו לכך, יהיה דינם כדין "הציונים". לגבי הכותל המערבי, הדגיש כי "המועצה המוסלמית העליונה לא תנוח ולא תשקוט עד שתצליח לאסור לחלוטין על הציונים את הגישה אליו ואת התפילה לידו". לגבי שיחות ישירות עם היהודים, קבע המופתי כי "כל שיחה עם הציונים... היא בבחינת הכרה בקיומם ובזכויותיהם בפלשתינה", ומכיוון ש"הערבים מתכוונים לגרש בכוח את הציונים האלה, לא רק מהכותל המערבי, אלא מפלשתינה כולה, לא ייתכן שיקיימו איתם שיחות כלשהם. ככתוב בספר הקוראן, רק החרב תכריע בינינו ובינם".

ממאורעות תרפ"ט עד למרד הערבי, 1929–1936
 מאורעות תרפ"ט 

שמאל|ממוזער|280px|אל-חוסייני בראש משלחת מחאה ללונדון, דצמבר 1929.
תפקידו של אל-חוסייני במאורעות תרפ"ט (1929) שנוי במחלוקת. לפני המהומות נשלחו כרוזים מירושלים אל כפרי סביבתה, ובהם הוראות לעלות לעיר הקדושה ולפגוע ביהודים. אלה נשאו את חתימתו של אל-חוסייני, אולם היא הייתה מזויפת, ככל הנראה במתכוון. הוא רצה לעורר את הרושם באוכלוסייה הערבית שהוא העומד מאחורי ההוראות הללו, אך גם להישמר מתגובת השלטונות במקרה שייחקר.

באביב 1929 הציע הנציב העליון למופתי עסקת חליפין: היהודים יקבלו את רחבת הכותל המערבי וסמטה צרה וקצרה המוליכה אליה, והערבים יקבלו בתמורה פיצוי בקרקע. אולם המופתי סירב להצעה. במלאת שבוע להפגנת צעירי בית"ר בכותל המערבי ב-15 באוגוסט, נשא אמין נאום ששלהב המונים לפרוץ לרחבת הכותל ומשם לרובע היהודי. ביום שישי 23 באוגוסט 1929, יום פרוץ גל האלימות הגדול, נהרו לירושלים אלפי כפריים מהסביבה, כדי להשתתף בתפילה על הר הבית. רבים מהם היו חמושים במקלות ובסכינים. הם טענו כי המופתי קרא להם לנקום ביהודים. כשהגיע אל-חוסייני עצמו אל רחבת הר הבית, שמע מרחוק את הקריאה "סיף אל-דין, אל-חאג' אמין" ("חרב הדת, היא חאג' אמין"), ויחד עם האימאם של התפילה, החליט שההטפה באותו יום תהיה מתונה, כדי להרגיע את הרוחות.

באותו יום זימן אלן סונדרס, סגן מפקד משטרת המנדט וממלא מקום מפקד משטרת ירושלים, את אמין בניסיון נפל לעצור את ההידרדרות. המופתי הסביר לסונדרס כי המתפללים נושאים מקלות וסכינים רק בשל חששם מניסיון לפרובוקציה מצד יהודים. אולם לאחר נאום לאומני של אחד הדרשנים במסגד, פרצו כמה מאות מהמתפללים אל השוק והחלו לתקוף יהודים, ולאחר מכן יצאו משער שכם. ממלא מקום הנציב, הארי צ'ארלס לוק, טילפן אל המופתי ודרש ממנו להרגיע את הרוחות. אל-חוסייני התייצב אומנם מול האספסוף, אולם לוק סבר כי נוכחותו רק מגבירה את התסיסה.
ביום שבת למחרת זומנו אמין ומוסא כאט'ם אל-חוסייני למושל העיר, אדוארד קית'-רוץ', ונדרש מהם לצנן את הרוחות. לאחר פגישה זו קרא אמין לערבים לתת אמון בממשלה, אלא שלקריאה זו לא הייתה בשלב זה כל השפעה. ידידו, ג'ורג' אנטוניוס, ראה כי נוכחותו של המופתי מול ההמונים לא מרגיעה אלא מעוררת אותם, ובעצתו הלך המופתי הביתה.

לאחר המאורעות הטיל הנציב העליון ג'ון צ'נסלור על אמין אחריות לאלימות, אולם המופתי מיהר להתנער ממעשי ההרג וטען שהם גרמו נזק לעניין הערבי.
ועדת שו, שתפקידה היה לחקור את הגורמים לפרוץ האלימות, ניקתה אותו מאחריות למאורעות בדו"ח שפרסמה במרץ 1930. בשל מעמדו של אמין אל-חוסייני כ"מופתי הגדול", הוא לא נדרש להופיע בפני ועדת החקירה. הוועדה באה אליו. המופתי העיד בפניה במשך 5 ישיבות, וטען לקיפוח הערבים והפרת הבטחות בריטיות. כאשר נשאל על חלקו באירועים של 1920 ו-1929, הכריז כי הוא חף מפשע. כאשר נשאל מדוע תבעו אותו למשפט, הקביל את עצמו לישו הנוצרי שנידון לצליבה, ואמר: "גם אז נקבע פסק הדין לפי דרישת היהודים".

לדעתו של יהושע פורת, התפרעויות הדמים היו תוצאה ישירה של האירועים מאז פרשת הכותל בספטמבר 1928 ושל ההכרה של אל-חוסייני, בכך שהסכסוך בכותל הוא בעל רגישות דתית ולכן עשוי ללכד את הציבור המוסלמי בכל הארץ, אך מאידך אינו עלול לגרום להרעת יחסיו עם הנציב העליון, שקיבל את עמדתו בנושא. חלקו המכריע של אל-חוסייני בסכסוך על הכותל הפך אותו למנהיג הפלסטיני החשוב ביותר.

המחצית הראשונה של שנות ה-30 
סכסוכים עם נשיא הוועד הפועל הערבי והאשמות במעילה
מאורעות תרפ"ט באוגוסט 1929, בהם נרצחו 133 יהודים, חיזקו את מעמדו של אמין אל-חוסייני. כראש המועצה המוסלמית העליונה, הוא לקח על עצמו את ניהול הסעד לנפגעי המאורעות הערבים, והקים את "ועדת הסיוע המרכזית".

לאחר המאורעות החלו להתגלע סכסוכים על המנהיגות הלאומית בין המופתי וקרוב משפחתו, מוסא כאט'ם אל-חוסייני. בסתיו אותה שנה פרץ הסכסוך הראשון, באשר לפיקוח על כספי התרומות שהקרן לסיוע לנפגעי המאורעות הערבים אספה בארצות ערב. בתחילת 1930 אירעה התנגשות בין השניים, כאשר הוועד הפועל בחר ב-5 בינואר את אמין לנשיא המשלחת ללונדון במרץ אותה שנה. מוסא כאט'ם התפטר בתגובה מהוועד הפועל הערבי, מה שהביא להתכנסות נוספת של הוועד ולהתפטרותו של אמין מנשיאות המשלחת לטובת בחירת מוסא כאט'ם לתפקיד. רק חזית משותפת עם אנשי האופוזיציה הנשאשיבית הבטיחה בסופו של דבר את בחירתו.

בתחילת 1930 דרשו מנהיגי האופוזיציה בעכו וביפו מוועדת הסיוע המרכזית דין וחשבון על הוצאותיה והעלו חשד למעילות. לאחר מכן הצטרפו אליהם הנשאשיבים. הם דרשו לקיים בחירות למועצה המוסלמית העליונה והאשימו את המופתי בחלוקת טובות הנאה כספיות לקרוביו מקרנות המועצה. בתחילת שנות ה-30 התערערו יחסיהם של מוסא כאט'ם ואמין, לאחר שהמנהיג הישיש האשים אותו במעילה בכספי המשפחה ובחלוקתם למקורביו. מוסא כאט'ם תמך בתביעת האופוזיציה שהממשלה תפקח על כספי האוקאף ובתי הדין השרעיים ותגביל את סמכותו של אמין אל-חוסייני בתחומים האלה.
בתקופה זו נוצרה התגבשות כוחות חדשה בציבור הפלסטיני: מוסא כאט'ם ואויבו לשעבר ראע'ב נשאשיבי, שהתבססו על הוועד הפועל וההנהגה המסורתית, מול אמין אל-חוסייני, שמחנה תומכיו החל להזדהות עם דור חדש של צעירים רדיקליים. מאורעות תרפ"ט זירזו את הופעתו של מחנה זה ככוח אלטרנטיבי למחנה המסורתי.

הקונגרס האסלאמי העולמי בירושלים 1930–1931
שמאל|ממוזער|250px|אל-חוסייני בביקור בערב הסעודית, תחילת שנות ה-30.
בראשית שנות ה-30 פעל אל-חוסייני לזיהוי המאבק הלאומי הפלסטיני עם עקרונות דת מוסלמיים, ולחיזוק הלאומיות הפלסטינית.
אל-חוסייני רצה להשיג פעולות הזדהות מצד קהילות מוסלמיות בעולם, ולא רק בארצות ערב השכנות. לכן ביקש את תמיכת הקונגרס המוסלמי ההודי, שם נמצאה הקהילה המוסלמית הגדולה והחשובה ביותר באימפריה הבריטית. במקביל לפנייה הישירה לקונגרס, ביקש גם את עזרתן של הרשויות המוסלמיות בביירות, בבגדאד, בקהיר ובעמאן. עקב הפניות, החליט הקונגרס המוסלמי ההודי לקיים ב-1 במאי 1930 את "יום פלסטין".

באוקטובר 1930 נסע המופתי לקהיר, שם נועד עם משלחת של מוסלמים מהודו בראשות שאוכת עלי , ממנהיגי המיעוט המוסלמי בהודו ואחיו של מוחמד עלי , חכם הדת החשוב ביותר בתת-היבשת. המשלחת הייתה בדרכה לוועידת "השולחן העגול" בעניין הודו, והמופתי הפציר בחבריה להעלות בה את שאלת הכותל. בינואר 1931 מת מוחמד עלי, ובעקבות בקשתו בצוואתו להיקבר בירושלים, ב-23 בינואר נערכה לו לוויה גדולה שהפכה להפגנת תמיכה בירושלים מוסלמית, והוא נקבר באחוזת קבר בדאר אל-ח'טיב, מאחורי החומה המערבית של החרם א-שריף (מצפון לרחבת התפילה של הכותל המערבי). ב-4 ביוני אותה שנה נקבר שם גם השריף חוסיין בן עלי. בתהלוכת הלוויה צעד המופתי לצד בנו של חוסיין, האמיר עבדאללה.

בדצמבר 1931 כינס יחד עם שאוכת עלי (ובתמיכת רשיד רדא) ועידה כל-אסלאמית עולמית בירושלים. כדי לקבל תמיכה בקיום הוועידה, נסע אל-חוסייני למצרים ולסוריה (ביקר בדמשק ביוני 1931), אולם התקבל שם בחשדנות. בשל השתתפותו של שאוכת עלי בייסוד הוועידה, חשש פואד הראשון, מלך מצרים, שהקונגרס יביע את תמיכתו בהחייאת הח'ליפות העות'מאנית, בזמן שהוא עצמו טען לכתר הח'ליפות. עקב כך, יצא אל-חוסייני למצרים כדי לשכנע את חצר המלוכה שהרעיון הזה הוא המצאה יהודית.

בחודשים אוקטובר-דצמבר, בזמן ההכנות לוועידה, ניהלה האופוזיציה מסע חריף נגד המופתי. היא הביעה את התנגדותה לדרך הפלגנית בה הוא ארגן את הוועידה ולניצולה על ידו לצרכים אישיים. אנשי האופוזיציה האשימו אותו בשימוש לרעה בכספים של המועצה המוסלמית העליונה ובהזנחת המקומות הקדושים לאסלאם. בין היתר, עלתה ההאשמה (אותה אישר שנים לאחר מכן הקבלן ברוך קטינקא) שתוך כדי בניית מלון פאלאס, חולל בית הקברות ממילא – בית קברות מוסלמי עתיק בו נקברו לוחמים שהשתתפו במלחמות בצלבנים, ונחפרה בו מחצבה. נציג מצרי בוועידה האסלאמית חזר על ההאשמה הזאת, שככל הנראה פגעה במעמדו של המופתי. ביטאון האופוזיציה, מראת א-שרק, תקף אותו בחריפות, ואישים בולטים מתוכה (בהם אסעד אל-שוקיירי ופח'רי אל-נשאשיבי) ערכו פגישות ברחבי הארץ, שבהן השמיעו את האשמותיהם. במסע זה העבירה האופוזיציה אל צדה את רוב המנהיגים הכפריים החשובים.

בהזמנות לוועידה הוסיף אל-חוסייני לעצמו את התואר "מופתי המקומות הקדושים" ("מופתי אל-דיאר אל-קודסיה"). בוועידה השתתפו לבסוף 130 צירים מכל העולם האסלאמי. אל-חוסייני הצליח לשתף בה גם את שייח' ע'יטא, אחד מגדולי ההוגים של הזרם השיעי, ובכך להעביר מסר כי שני הפלגים הגדולים באסלאם מאוחדים בשאלת פלסטין. על סדר יומה של הוועידה היה רעיון הקמת אוניברסיטה אסלאמית בירושלים, שתהיה בבחינת משקל נגד לאוניברסיטה העברית בירושלים. כינוס הוועידה נפתח ב-7 בדצמבר 1931. אל-חוסייני פתח את הקונגרס בנאום פוליטי ארוך, שהתמקד בסכנה המאיימת על המקומות הקדושים לאסלאם ועל פלסטין הערבית, מ"הקמת מולדת לאומית ציונית על האדמה הערבית המוסלמית הקדושה". הדיונים נסתיימו ב-17 בדצמבר, ובמהלך עשרת ימי הדיונים של הוועידה, הוא היה פעיל מאוד, בעיקר בוועדות המשנה ובהעברת החלטות רצויות לו. בין היתר, הצליח לבלום החלטות אנטי-נוצריות שהעלו נציגי איראן ובכך מנע פיצול בין מוסלמים ונוצרים בתנועה הלאומית הפלסטינית. בוועידה הוכרזה קדושתו של הכותל המערבי למוסלמים, והוקעו הציונות ומכירת הקרקעות ליהודים. אל-חוסייני נבחר לנשיא הוועד הפועל של הוועידה.

האופוזיציה ארגנה ועידה נגדית, "ועידת האומה המוסלמית הפלסטינית", שסירבה להכיר בוועידה של אל-חוסייני ובנשיאותו. הקונגרס של אל-חוסייני נחל אומנם כישלון במימוש החלטותיו, אולם מבחינת אל-חוסייני הקונגרס היה הצלחה, משום שהוא הצליח להעמיד את הנושא הפלסטיני במרכז הדיונים ולקרב אליו את העולם המוסלמי. המופתי נשא עתה תואר נוסף, "נשיא הקונגרס האסלאמי הכללי", שהעניק לו מעמד מרכזי בעולם המוסלמי ובמישור הבין-לאומי.

1932–1934
אל-חוסייני ותומכיו השתתפו בדיונים המוקדמים על הקמת מפלגת אל-איסתקלאל, והוא היה אחד החותמים על ה"קול-קורא" לכינוס ועידה פאן-ערבית כללית; אולם, כאשר התברר לו כי היוזמה החדשה מביאה ליצירת מפלגה שהיא אומנם פאן-ערבית, אבל פלסטינית בלבד, נטש אותה עם תומכיו. באוגוסט 1933, כשביקרה אותו המפלגה על שיתוף הפעולה שלו עם הממשלה, תקף אותה אל-חוסייני בהאשמות-נגד.

בשנת 1933 ערך המופתי מסע לעיראק ולהודו. בזמן מאורעות אוקטובר 1933 שהה אל-חוסייני בהודו ועסק באיסוף כספים להקמת האוניברסיטה האסלאמית. הוא שב לארץ בנובמבר ותבע להפסיק את ההפגנות. בינואר 1934 שכנע את מארגני ההפגנות לבקש רישיון לקיומן ולהימנע מאפשרות של התנגשות עם השלטונות. אל-חוסייני טען בפני הפעילים כי התנגשויות כאלו עלולות לפגוע בתמיכת ידידי הערבים בבריטניה ושצריך לכוון את המאבק בשטח רק נגד היהודים. מנגד, הוא טען שכלפי השלטון הבריטי יש להפעיל לחץ עקיף בלבד, באמצעות דעת הקהל והממשלות המוסלמיות. אולם בזמן שפעל למניעת ההתנגשויות, הסית ביטאונו נגד הממשלה. היעדרו מהארץ בזמן ארגון ההפגנות, ככל הנראה גרם לכך שהן נעדרו סממנים דתיים ואנטי-יהודיים.

ב-1934 החלו אל-חוסייני והמועצה המוסלמית העליונה במסע הסברה נרחב לשכנע את הציבור הערבי להפסיק את מכירות הקרקע ליהודים. בנובמבר אותה שנה, החל אל-חוסייני לבקר בעצמו במקומות שבהם ניסו היהודים לקנות קרקע והסביר לתושבים את הנזק הלאומי הכרוך במכירות, והדגיש כי מדובר במעשה בגידה ובחטא מבחינה אסלאמית. בשיאו של מסע ההסברה, נערך ב-29 בדצמבר 1934 כנס גדול בירושלים בהשתתפות נכבדים כפריים, בו קרא המופתי לפני הקהל פתווה מיוחדת שהכין בנושא, שהופצה לאחר מכן ברחבי הארץ. ב-27 בדצמבר 1934 כתב אל-חוסייני מכתב אל הנציב העליון, ובו טען כי פקודת העברת הקרקעות החדשה שהוציאה ממשלת המנדט באוגוסט 1933 אינה יעילה בשל "שיטות המרמה" שהיהודים משתמשים בהן כדי לגרום לאריסים לעזוב את האדמה ולוותר על זכויות האריסות שלהם, ודרש חקיקה שתאסור לגמרי מכירות קרקע מערבים ליהודים.

קשרים עם גרמניה הנאצית
כבר ב-28 במאי 1930 יצר המופתי קשר עם משרד החוץ הגרמני, מסר לו את מחאתו על התנהלות הבריטים בארץ ישראל וטען כי הם מגינים רק על האינטרסים של עצמם ושל הציונים. ב-31 במרץ 1933, חודשיים לאחר מינויו של אדולף היטלר לקנצלר גרמניה, ביקר המופתי את הקונסול הגרמני החדש, ד"ר היינריך וולף (דיפלומט גרמני) (Heinrich Wolff), בלשכתו בירושלים, והיה הראשון לברכו בבואו. במברק ששלח באותו היום אל משרד החוץ, מסר הקונסול כי אל-חוסייני אמר לו ש"המוסלמים בתוך פלסטין ומחוצה לה מקדמים בברכה את המשטר החדש בגרמניה ומייחלים להתפשטות שיטת הממשל הפשיסטית, האנטי דמוקרטית, גם לארצות אחרות". וולף ציטט את המופתי, שהביע בפניו, בשם הערבים, רצון להצטרף לחרם הנאצי נגד היהודים: "ההשפעה היהודית על הכלכלה והמדיניות מזיקה בכל מקום ויש להילחם בה. כדי לפגוע ברווחת היהודים, מצפים הערבים כי גרמניה תכריז חרם על היהודים בגרמניה, שאליו יצטרף בהתלהבות העולם המוסלמי כולו". אל-חוסייני הביע לפיכך את ציפייתו מהגרמנים שייצאו את סחורותיהם לארץ ישראל דרך יבואנים לא-יהודים.

אל-חוסייני הצליח לשכנע את הנציבים העליונים בכך שהוא מתון, וככזה נהנה מתמיכתם המדינית והכספית, אולם במקביל, תגבר בחשאי את התעמולה הלאומנית, בין היתר באמצעות היומון שלו "אל-ג'אמעה אל-ערבייה". ב-26 באפריל 1933 החל הביטאון שלו לגנות את יהודי מצרים על הצטרפותם לחרם שהכריזו הארגונים היהודיים נגד גרמניה לאחר עליית הנאצים לשלטון. הביטאון פרסם ידיעות על זרם ההגירה היהודית לפלסטין מכל העולם ולצדן סיפורים מפוקפקים על יהודים במצרים ובעיראק.

ב-28 באפריל 1933 נפגש וולף עם אל-חוסייני ומנהיגים נוספים בחגיגות נבי מוסא. אלה הביעו בפניו את הערצתם לגרמניה החדשה, ואת תמיכתם במדיניות האנטי-יהודית בגרמניה, אולם ביקשו ממנו שגרמניה לא תרשה ליהודים להגר לארץ ישראל. בשנת 1934 ביקר בארץ ישראל וילהלם פריק, ובעיתונות העברית פורסם שהעביר לאל-חוסייני 120,000 פונט לתעמולה נאצית.

בשנת 1935 קיבל אל-חוסייני מימון בשווי מיליוני דולרים משר החוץ בממשלת מוסוליני, גליאצו צ'אנו, על מנת להרעיל את בארות המים של תל אביב. הפעולה לא יצאה לפועל כמתוכנן, והסתכמה בנזק מינורי לצינורות, שתוקן במהרה.

המפלגה הערבית הפלסטינית וארגונים נוספים
במרץ 1935 ייסד את המפלגה הערבית הפלסטינית, אך נמנע מלעמוד בראשה והעמיד במקומו את ג'מאל אל-חוסייני, קרובו ועוזרו.
במסגרת המפלגה, הופעלה תנועת נוער בשם "אל-פותווה", שדמתה ל"נוער ההיטלראי" בגרמניה ואף כונתה זמן מה באופן רשמי "הצופים הנאצים".
ב-1935 גם נטל לידיו את הפיקוח על אגודת "ג'יהאד אל-מוקדס" ("הג'יהאד הקדוש") בראשות עבד אל-קאדר אל-חוסייני.
באותה שנה היה אל-חוסייני בקשר הדוק עם תנועת "האחים המוסלמים". הוא נפגש עם עבד אלרחמן, אחיו של חסן אל-בנא, מייסד התנועה, התקרב לתנועה ולמד את דרכיה.
באותם ימים ניסה עז א-דין אל-קסאם לשכנע את המופתי לצאת בקריאה משותפת לג'יהאד ומרד המוני נגד הבריטים.
הוא הגיע לירושלים לשכנעו, אולם המופתי סירב משום שחשב שאין זה הזמן לכך ושיש לנקוט בדרך מדינית ולא צבאית. כעבור מספר ימים שלח אל-קסאם שני שליחים שהודיעו למופתי כי הוא עומד לפתוח במרד בצפון הארץ והציע שהמופתי יפיח מרד בדרומה. אולם הוא סירב. מיד לאחר ביקורו של אל-קסאם, יצא המופתי בראשות משלחות למסעות בעולם המוסלמי: לקהיר וממנה לחצי האי ערב, שם השתתף במשלחת פיוס בין המלך הסעודי עבד אל-עזיז והאימאם התימני יחיא, שנשלחה ב-1934 על ידי הוועד הפועל של הקונגרס האיסלאמי, כדי לסייע בהשגת הסכם בין הצדדים.
במשך כל שנות כהונתו, קשר קשרים עם ארצות ערב והאסלאם וניסה להשיג לעצמו מעמד וכבוד בעולם הערבי כולו.

במרד הערבי הגדול 1936–1939

בארץ ישראל 1936–1937 
270px|ממוזער|אל-חוסייני בין חברי הוועד הערבי העליון, 1936
ב-1936 היה אל-חוסייני בין היוזמים והמנהיגים של המרד הערבי הגדול, והיה נשיא הוועד הערבי העליון. הוא השתלט עליו במהירות וארגן את ההתנגדות לבריטים וליהודים. הוא הוביל קו תקיף ביותר כנגד היישוב היהודי, ועודד רצח חפים מפשע. בזכות הכוח הרב שצבר עקב מינויו למופתי נמנעה בריטניה מלגרשו במשך תקופה ארוכה, מכיוון שחששה מתסיסה ערבית נוספת כמו בעיראק, עבר הירדן ומצרים בהן שלטה.

הדיווחים האובייקטיביים של עיתוני מצרים על המצב בארץ ישראל הביאו את אל-חוסייני לשלוח בחודש מאי מכתבים לבעלי העיתונים, בהם תיאר את "הטרור היהודי" ו"אכזריות האנגלים". לאחר מכן הופצו במסגדים ובאוניברסיטאות כרוזים הכוללים סיפורים על חילול מסגדים וטבח של נשים וילדים ערבים.

אל-חוסייני, שמונה לתפקידיו על יד הממשלה ולכן רצה בכל מחיר למנוע החלטה על שביתת פקידי ממשלה, הלשין על מזכיר הוועד הערבי העליון, עווני עבד אל-האדי, כי הוא מסית את עובדי הממשלה לשבות, וב-7 ביוני עצרה אותו הממשלה. תפקידו הכפול של אל-חוסייני, כנשיא המועצה המוסלמית העליונה וכראש הוועד הערבי העליון, שם את המועצה המוסלמית במצב מביך, כאשר הוסיפה לפעול בזמן שמתקיימת שביתה כללית בהנהגת הוועד הערבי העליון. יריביו הפוליטיים של אל-חוסייני לחצו עליו להשבית גם את המועצה, כדוגמה לכלל עובדי הציבור הערבים, ובהשפעת הלחץ, סגר אל-חוסייני ב-11 ביוני את משרד המועצה, אולם הניח למוסדות שהיוו את עיקר פעולתה – בתי הדין השרעיים, הוואקאף, המסגדים ושירותי הסעד – להמשיך לפעול. לאחר ששר המושבות הדגיש בנאומו בפרלמנט ב-19 ביוני את המשך פעילותה של המועצה, שלח אל-חוסייני מכתב זועם אל הנציב העליון וב-15 ביולי הגישו הקאדים של בתי הדין השרעיים תזכיר לממשלה, שבו הם מביעים את הזדהותם עם מטרות השביתה. אולם אל-חוסייני לא השבית את מנגנון המועצה. סכומי הכסף של התרומות והסיוע מחוץ לארץ הופקדו בידי ועדת הסיוע המרכזית, שבראשה עמד אל-חוסייני, שהייתה בידו הסמכות להחליט על אופן הוצאתם. אף על פי שהם נועדו לספק עזרה לנזקקים, הוא השתמש בהם גם כדי לסייע לחבורות המורדים.

בחודשיים הראשונים של השביתה נמנע אל-חוסייני מצירוף המועצה המוסלמית העליונה לשביתה ומשימוש בסמכותו כנשיאה לצורכי תדלוק המרד בתעמולה דתית. הוא דאג שאנשי הדת לא ישמיעו קריאות דתיות ושימנעו מדרשות יום-שישי קיצוניות. אולם בחודש יוני החל מפנה בגישתו ובהוראת המועצה המוסלמית העליונה החלו אנשי הדת המוסלמים לעורר את ההמונים וקראו להם בשם האסלאם להצטרף אל המורדים. ב-22 ביוני כתב אל-חוסייני מכתב אל הנציב העליון ובו טען: "המועצה מאמינה שהדחף הראשי שהניע את היהודים לחשוב על הפיכת פלסטין לבית לאומי בעבורם הוא דחף דתי. כיוון שכך, העניין הציוני הוא בראש-וראשונה עניין דתי". עוד טען, כי היהודים לא הסכימו להקים להם בית לאומי בארץ אחרת, טובה יותר, "רק בשל הרעיון הדתי המפעם בלבותיהם והחותר להקמתו מחדש של בית-המקדש היהודי של שלמה במקומו של מסגד אל-אקצא הקדוש". לאחר שלב ההטפה הדתית, החלו המועצה המוסלמית העליונה ומפלגת החוסיינים לקחת חלק גדול יותר במרד. נעשה שימוש בקאדים כדי לספק למורדים כסף, נשק ומידע. פעילות זו הודרכה על ידי אל-חוסייני ממקום מקלטו על הר הבית, שם קיים פגישות במחתרת, הסתיר נשק והעניק מקלט למורדים מבוקשים. כוחות הביטחון הבריטיים לא העזו להיכנס לשם.

בשנת 1936, עם פרוץ המאורעות, יזם אל-חוסייני מספר פיגועי התאבדות נגד מתנגדיו הפוליטיים. לאחר מספר התנקשויות הוא השיג את מטרתו: רוב מתנגדיו, שהחזיקו בעמדות מתונות, נרצחו או גלו מן הארץ לבלי שוב. בדו"ח שנמצא לאחר מלחמת העולם השנייה בתיקי המפקדה הגרמנית העליונה, נכתב: "רק באמצעות הכספים שניתנו על ידי גרמניה למופתי הגדול של ירושלים, ניתן היה לבצע את המרד בפלשתינה".

באוקטובר 1936 הסתיים השלב הראשון של המרד הערבי, כאשר לבקשתו הסודית של אל-חוסייני, קראו מלכי ערב לפלסטינים להניח את נשקם כדי להעניק סיכוי לדיפלומטיה, והמורדים "נשמעו" לקריאה. בתחילת נובמבר הגיעה לארץ ישראל ועדת פיל, ועד פרסום המלצותיה ביולי 1937, גבתה עדויות ברחבי הארץ. הוועד הערבי העליון החרים את ועדת החקירה, אולם סמוך לעזיבתה את הארץ, החליט אל-חוסייני להופיע בפניה. הוא תבע עצמאות וגינה את המדיניות הבריטית המסייעת לטענתו ליהודים לכבוש את הארץ ולפגוע בקודשי האסלאם. הוא הציג בפני הבריטים את מעשיהם של היהודים בארץ, והציג עדויות לפיהן היישוב היהודי אחראי להריסת מקומות קדושים למוסלמים. הוא טען כי אדמות הארץ שייכות למוסלמים ושלל כל פשרה שתכלול ריבונות יהודית בארץ. בתשובה על שאלה, הבהיר כי לדעתו אין מקום בארץ ליהודים הנמצאים בה. הוא טען כי היהודים שהגיעו לארץ אחרי "הכיבוש הציוני" ב-1917, יידרשו לעזוב אותה. בנוסף, דרש לקיים את הבטחות בריטניה מאיגרת מקמהון.

ב-15 ביולי 1937, ניסה לגייס את גרמניה הנאצית לעזרת המאבק הפלסטיני. בפגישתו עם הקונסול הגרמני החדש בירושלים, וולטר דלה (Walter Döhle), הדגיש את אהדתו ל"גרמניה החדשה", והביע את ציפיית הערבים, שגרמניה תתנגד בתוקף למדינה יהודית. כמו כן, ביקש להפסיק את המדיניות הגרמנית שעודדה יהודים לצאת מגרמניה ולבוא לארץ ישראל, וביקש שגרמניה תלחץ על ממשלת פולין להפסיק את דרישתה מממשלת בריטניה להגדיל את השטח המיועד כביכול לקליטת פליטים יהודים מפולין. אל-חוסייני ביקש את תמיכת גרמניה, והמודיעין הצבאי הגרמני (אבווהר) הסכים להגיש לו סיוע מצומצם.
בשליחותו של חוסייני, באוגוסט 1937 נפגש מוסא אל-עלמי בברלין עם נציגי משרד החוץ הגרמני, במטרה להיפגש עם אדולף היטלר, אולם שליחותו נכשלה ופגישה כזו לא התקיימה.

במחצית השנייה של יולי 1937 החליטה ממשלת בריטניה שיש לאסור את המופתי כשיימצא מחוץ לתחומי הר הבית ולהגלות אותו. ב-17 ביולי בבוקר, ניסתה המשטרה הבריטית לעצור אותו בזמן ישיבה של הוועד הערבי העליון במשרדו בשכונת שייח' ג'ראח. המשטרה כיתרה את משרדי הוועד, חסמה את הרחובות המובילים אליהם, ניתקה את קווי הטלפון וכיתרה את כל השכונה. אולם הקצין הממונה על המשימה לא שם לב שיש לבניין כניסה אחורית, שממנה הצליח אל-חוסייני לברוח, לאחר שהוזהר בטלפון על ידי הצופים שלו. החיילים פרצו למשרדים, אולם המופתי הצליח להימלט אל ביתו הישן בעיר העתיקה, שהיה צמוד למתחם הר הבית. הוא סגר את כל פתחי הבית, מלבד מנהרה שחיברה אותו עם המסגד. מאז ועד אמצע אוקטובר, התבצר המופתי במתחם ה"חרם א-שריף" בהר הבית ולא עזב אותו, והשלטונות הבריטיים לא העזו להיכנס אליו, מתוך חשש להשפעה שלילית על דעת הקהל המוסלמית בעולם. שוטרים הוצבו בכל שערי המתחם, אך אל-חוסייני לא ניסה לצאת.

כעבור חודש, באוגוסט, נפגש אל-חוסייני עם הקונסול האמריקני ג'ורג' וודסוורת'  והביע בפניו את אמונתו בדבר היותה של ארצות הברית רחוקה משאיפות אימפריאליסטיות ומשום כך גם יכולה להבין שהציונות "מייצגת תוקפנות עוינת ואימפריאליסטית המכוונת כנגד ארץ מיושבת". ב-31 באוגוסט שוב נפגש לריאיון עם וודסוורת', בו הביע את חששותיו שההשפעה היהודית בארצות הברית עלולה לשכנע את המדינה לתמוך בציונים. באותה תקופה גם חיזר אחר ממשלת צרפת, כאשר הביע את רצונו לסייע לה באזור.

ב-26 בספטמבר 1937 נרצח מושל הגליל לואיס אנדרוס. כאשר נודע על הרצח, התחבא המופתי בביתו הצמוד למתחם הר הבית.
ב-30 בספטמבר הורה המפקד הצבאי הבריטי על פיזור הוועד הערבי העליון ועל מעצרם של חבריו. כמה מחבריו ששהו בארץ ישראל, נעצרו וגורשו לאיי סיישל. בהתאם לצו צבאי, הודח אל-חוסייני ממשרתו כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, ובאופן רשמי הוא נותר עם התואר "מופתי" בלבד, שעל פי הנוהג העות'מאני ניתן לכל החיים. הוא חשש ממעצר ונותר במתחם הר הבית. הכניסות למתחם נשמרו על ידי כוחות משטרה, אולם הם לא העזו להיכנס אליו, כדי שלא לחלל את המקום הקדוש.
ראשי המפלגה החוסיינית והפעילים הלאומיים קראו לציבור לחדש את השביתה הכללית בתגובה על פיזור הוועד הערבי העליון וההגליות של אנשיו. אולם ההיענות הייתה דלה וב-3 באוקטובר פרסם אל-חוסייני הודעה שבה קרא לציבור לחזור לעבודה.
ב-12 באוקטובר החליט אל-חוסייני לברוח. בזיכרונותיו טען כי ברח לאחר שנודע לו שהבריטים הביאו יחידת צבא מוסלמית מהודו כדי לפרוץ למתחם המסגדים ולאסור אותו. ייתכן גם שהאמין שחופש פעולה מחוץ להישג ידם של הבריטים חשוב מקרבה פיזית למוקד הפעילות, ושתחת המצור הבריטי המתהדק על מתחם המסגדים, ייהפך לאסיר ללא יכולת לפעול. הוא עבר לבית הספר "רודת אל-מעארף" בחומה הצפונית של הר הבית, התחפש לבדואי, ובערב ירד בחבל מחלון שגובהו כ-20 מטרים אל גן מחוץ לחומה, שבעליו אותת לו כי אין חשש מסיורי הבריטים. חבר נאמן הסיע אותו במכונית ליפו, שם התקבל בביתו של ידידו יוסוף אל-דג'אני על חוף הים. בחצות הלילה יצא בסירה מנמל יפו לנמל אבו זאבורה, כ-40 קילומטר צפונית ליפו, לשם הגיע עם שחר. בלילה המשיך לחיפה ובלילה שאחריו המשיך לצור, שם נתפס על ידי משמר החופים הצרפתי. הוא הובל למפקד המשטרה הצרפתי, והבטיח לו שלא יישאר זמן רב בלבנון וייסע לדמשק. בבוקר 16 באוקטובר הגיע לביירות בשם בדוי, "מוחמד אל-ג'עפרי".
ביום בריחתו, 14 באוקטובר 1937, פרץ גל טרור שנמשך חודשים רבים וזכה לברכתו.
לדברי יהושע פורת, בריחתו מארץ ישראל נחשבה בקרב הערבים למעשה פחדנות ופגעה במעמדו הן בארץ והן מחוצה לה. אולם לדברי צבי אל-פלג, בריחתו נתקבלה בקרב הערבים כהצלחה להתחמק מהאויב הבריטי, ומעמדו היה חזק מאוד בתודעת ההמונים הערבים הפלסטינים, שעיניהם היו נשואות עתה אל ההנהגה הגולה: החל מסתיו 1937 ועד סוף המרד הערבי בארץ ישראל היה למורדים מטה עורפי בדמשק, שכונה "הוועדה המרכזית של הג'יהאד" ופעל על פי הוראותיו של אל-חוסייני, שישב בלבנון.

 בלבנון 1937–1939 
בלבנון התגורר המופתי בקומה השלישית בביתו של סאמח אל-פאחורי, ראש המועצה המוסלמית העליונה בביירות. לבקשת הבריטים, היה הבית תחת השגחה קבועה של כוח צבאי צרפתי. לאחר זמן מה, הועבר המופתי לאזור מבודד יותר. מוד פארג'אללה, אשת חברה ידועה בביירות וידידה ותיקה של אל-חוסייני, מצאה לו בית בקאסליק, והשיגה לכך אישור מהנציב העליון הצרפתי. מארמון זה הניחו לו הצרפתים להמשיך לנהל את המרד בבריטים בעזרת שליחים.
השלטונות הצרפתיים הורו לו לשהות בכפר הנוצרי זוק מיכאיל  (או "אל-ד'וק"), מצפון לביירות. הוא עסק בתעמולה, ארגון פוליטי, איסוף כספים ורכישת נשק. שלטון המנדט הצרפתי שם שמירה על ביתו.

בדצמבר 1937 שלח המופתי לברלין שליח שני, הסורי הלאומני סעיד עבד אל-פתח אל-אימאם, שהביא למשרד התעמולה של גבלס איגרת המלצה מאת המופתי, שהסתיימה במילים "הייל היטלר!", ואליה הייתה מצורפת טיטות הצהרה שהמופתי ביקש מגרמניה לפרסם והעתקיה נשלחו גם למשרד החוץ ולמשרד המלחמה. המופתי הציע בשם התנועה העולמית הכלל-ערבית שיתוף פעולה ערבי-גרמני, ולנהל תעמולה בעולם הערבי לטובת גרמניה הנאצית, אולם הצעותיו נדחו.
בסוף נובמבר 1938, עקב המחסור של המורדים בארץ ישראל בכסף ונשק, פנה אל הקונסול הגרמני בביירות בבקשה לקבל מגרמניה בדחיפות ציוד צבאי למורדים, אולם משרד החוץ הגרמני סירב לבקשה, כדי לא להיכנס לעימות עם בריטניה.

לקראת ועידת השולחן העגול בלונדון בתחילת 1939, החלו מגעים להרכבת משלחת פלסטינית. אל-חוסייני נטה בתחילה לסרב להשתתף בוועידה, אולם מהר מאוד שינה את דעתו והודיע בעיתונות הלבנונית, כי התנאי לקיום הוועידה הוא שהוועד הערבי העליון בראשותו ירכיב את המשלחת, ואם הוא או נציג מטעמו לא יוזמנו, היא לא תתקיים. כמו כן, הוא הודיע כי הוא מוכן לנהל משא ומתן עם הממשלה בלבד ולא עם היהודים. במקביל, הורה לאנשיו למנוע הרכבת משלחת שתכלול את יריביו הנשאשיבים.

ממשלת בריטניה נקטה במדיניות פיוס וביקשה מצרפת שתרשה לחוסייני לחדש את פעילותו הפוליטית בביירות, לטובת ההכנות לוועידה, וזאת בניגוד גמור למדיניות הבריטית הקודמת, שבמסגרתה במשך חודשים רבים מחתה בפני צרפת על עמדתה הנוחה כלפי המנהיגים הפלסטינים שברחו לסוריה וללבנון. שינוי זה בעמדה הבריטית הביא לחיזוק מעמדו של חוסייני בציבור הערבי, למרות תבוסתן של הכנופיות במרד הערבי. עצומות רבות הוגשו לממשלה, שהפצירו בה להתיר לו לבוא לוועידה בלונדון, ושגרירי בריטניה בבירות ערב הרבו להסביר לממשלה, כי לא תוכל להתעלם ממנו, מאחר שבכל מקרה הוא זה שישפיע על המשלחת הערבית.

במלחמת העולם השנייה 1939–1945

חאג' אמין נודע זמן רב בקשריו עם איטליה וגרמניה. בשבועות הראשונים של מלחמת העולם השנייה, שהה אל-חוסייני עדיין בלבנון. משרד המלחמה הבריטי הציע לממשלה לתבוע מצרפת את הסגרתו, אולם משרד החוץ טען שצעד כזה יפגע ביחסים איתה ועם ערביי ארץ ישראל. ממשלת המנדט עשתה ככל יכולתה כדי ששמו לא יוזכר בעיתונות, משום שהעריכה כי כל התייחסות אליו, אפילו שלילית, רק תגביר את כוחו. אל-חוסייני חשש שהפיקוח הצרפתי יצר את צעדיו, ושבמקרה והמלחמה תסתבך, הוא ומקורביו יהפכו לבני ערובה.

בעיראק 1939–1941
ב-13 באוקטובר 1939 הצליח אל-חוסייני להימלט מלבנון.
הוא התחפש לאשה – בשמלה ובצעיף שכיסה את פניו, ובעזרת מפקד המשטרה הצרפתי קולומבאני, נסע דרך סוריה עם כל חפציו, בליווי שני מפקחי משטרה על חשבון המדינה, וב-14 באוקטובר הגיע לבגדאד. הוא בחר להגיע לעיראק, משום שהמצב הפנימי בה היה מעורער והייתה בה אופוזיציה פאן-ערבית ואנטי בריטית חזקה, שלא סביר שהייתה מתירה את הסגרתו לבריטים, ובבגדאד היו לו ידידים נאמנים וקשרים בצמרת השלטון. הגולה הפלסטינית בעיראק קיבלה אותו בשמחה. עם בואו נעשתה עיראק מרכז התנועה הכלל-ערבית. חודשים אחדים לאחר בואו נוסד הארגון החשאי "מפלגת האומה הערבית" ואל-חוסייני נטל לעצמו את ראשותה. הוא יזם פעולות אנטי-בריטיות ופרו-גרמניות, ובתוך זמן קצר רכש עמדה גבוהה ביותר וארגן מעין ממשלת צללים לממשלת עיראק. הוא החל את פעילותו בהאשמות נגד ראש ממשלת עיראק, נורי א-סעיד.
נורי א-סעיד ידע אמנם כי המנהיג הפלסטיני יושב בבירת המדינה ויוצר קשרים עם חוגים שאינם נאמנים לממשלה, אולם הכיר בכך שבואו של אל-חוסייני חיזק את מעמדה של ממשלת עיראק בעולם הערבי והפחית את הביקורת כלפיה מצד החוגים הפרו-נאצים על קשריה ההדוקים עם בריטניה. הוא התחייב שלא לגרש אותו, ובית הנבחרים העיראקי הקציב לגולה הפלסטיני מענק של 72,000 דולר. במקביל, הקציבו לו כסף גם שירותי המודיעין העיראקיים: 2% ממשכורתו של כל פקיד ממשלתי בעיראק נוכו לטובת "העניין הפלסטיני". מלבד הקצבה זו, קיבל אל-חוסייני סכומי כסף גם ממפלגות פוליטיות וממוסדות צדקה, וכן גם מהגרמנים, מהאיטלקים, מהמלך אבן סעוד ומעשירי מצרים. על ידי הענקת כספים לאנשים ששירתו אותו, רכש לעצמו השפעה רבה בקרב הפקידים, הקצינים וראשי המשטרה העיראקיים, וכך הצליח להגיע לעמדת מפתח בנוגע למינויים החשובים במנגנון הממשלה.

מגעים עם גרמניה
אל-חוסייני ניהל בעיראק תעמולה למען מדינות הציר, בה תוארה גרמניה "כמגינת העולם המוסלמי" והיטלר הוצג כ"מגן האסלאם, אשר שם לעצמו מטרה להקים פדרציה ערבית חופשית מעול הבריטים".
ב-21 ביוני 1940, לאחר שנפלה פריז בידי גרמניה הנאצית, שיגר אל-חוסייני לשגריר גרמניה בטורקיה פון פאפן איגרת עבור היטלר, "המנהיג והמדריך הגדול", בה הביע "רגשי שמחה ותודה ממעמקי הלב", "בשם האומה הערבית כולה", ובעיקר בשמו ובשם רשיד עאלי אל-כילאני. הוא ביקש להעביר את ברכותיו לרגל הצלחותיה הפוליטיות והצבאיות של גרמניה הודות לראיית הנולד וגאוניותו של היטלר, וכן את איחוליו למשימתו של היטלר ליצור סדר עולמי חדש. המופתי כתב כי האומה הערבית מוכיחה את שמחתה הגדולה על ניצחונותיו, וציין כי מזה ארבע שנים "לוחמת פלסטין ביהדות הבינלאומית ובדמוקרטיות", וכי עמי ערב מחכים ומאמינים שבעקבות ניצחון גרמניה ישיגו את עצמאותם ואת איחודם.

ב-20 בינואר 1941 כתב איגרת אישית להיטלר, בה תיאר את בריטניה כאויבת של הערבים וטען כי היא הפקירה את פלשתינה "ליהודי העולם כולו", שהם "אויבים מסוכנים", אשר "נשקם הסודי" הוא "ממון, שחיתות ותככים". באיגרת טען כי עזרה שתוגש לערבים "במלחמתם נגד השאיפות הציוניות" תביא לכך ש"תיפול רוחם של היהודים, ובייחוד של יהודי ארצות הברית, בראותם כי חלומם מתנפץ לרסיסים, עד כי יחדלו לתמוך בהתלהבות בבריטניה, ויחזרו בהם לפני השואה". אל-חוסייני הדגיש כי "אהדתם החמה ביותר של עמי ערב לגרמניה ולציר היא עובדה קיימת", ושהם יהיו מוכנים "למלא את חלקם בהנחלת תבוסה מוצדקת לקואליציה האנגלית-יהודית". אל-חוסייני הודה להיטלר על שהואיל להעלות "בכמה וכמה הזדמנויות בנאומים עזי-רושם את הבעיה הפלשתינאית". הוא הדגיש כי "העם הערבי רוחש רגשות ידידוּת, אהדה והערצה להוד מעלתו, הפיהרר הגדול ולעם הגרמני האמיץ" והציע לו "שיתוף פעולה כן ונאמן בכל השטחים". מזכיר המדינה של היטלר במשרד החוץ, ארנסט פון וייצקר, השיב לו כי גרמניה מוכנה להגיש עזרה צבאית וכספית במקרה ויתפתח מאבק נגד הבריטים.

בקיץ 1940 ושוב בפברואר 1941, הגיש אל-חוסייני לממשלת גרמניה טיוטת הצהרה על שיתוף פעולה גרמני-ערבי, הכוללת את הנספח: "גרמניה ואיטליה מכירות בזכותן של הארצות הערביות לפתור את בעיית היסודות היהודיים, הקיימת בפלשתינה ובארצות הערביות האחרות, על פי דרישת האינטרסים הלאומיים והאתניים (völkisch) של הערבים, וכפי שנפתרה הבעיה היהודית בגרמניה ובאיטליה".
בזכרונותיו, שנתפרסמו בעיתונות המצרית, כתב אל-חוסייני: "אחד התנאים שלנו לשיתוף פעולה צבאי בין הערבים לבין גרמניה היה מתן יד חופשית לחיסול היהודים בפלשתינה ובמדינות ערב האחרות. באגרת רשמית ששלחתי לאדולף היטלר תבעתי הצהרה מפורשת מצד גרמניה ואיטליה כי הן מכירות בזכותן של מדינות ערב לפתור את בעיית המיעוטים היהודיים בצורה ההולמת את השאיפות הגזעיות והלאומיות שלהן, ובהתאם לשיטות המדעיות בהן נקטו גרמניה ואיטליה כלפי היהודים שלהן". תשובת הגרמנים, לדבריו, היתה: "היהודים שלך".

מרד רשיד עאלי 1941
שמאל|ממוזער|250px|אמין אל-חוסייני ורשיד עאלי אל-כילאני נואמים בברלין ביום השנה למרד רשיד עאלי על רקע דגלי שחור-לבן-ירוק.
עד שנת 1941, עסק אל-חוסייני במקביל בענייני ארץ ישראל ובענייניה של עיראק. אולם בשנה זו השתנה המצב, לאחר שמדינות הציר זכו להישגים חשובים ביוגוסלביה, יוון וצפון אפריקה, ונדמה היה שגרמניה עתידה לכבוש את המזרח התיכון. אל-חוסייני האמין כי ניתן לאחד את עמי ערב תחת הנהגתו. ב-28 בפברואר 1941 התכנסו בביתו בבגדאד שבעה קושרים והקימו את "הוועד החשאי". בראש הוועד עמד אל-חוסייני, וחבריו האחרים היו ראש הממשלה לשעבר וחברו הוותיק רשיד עאלי אל-כילאני, נאג'י שוכת ויונס א-סבאעווי – מעריצם של מוסוליני והיטלר, וכן שלושה מקציני "ריבוע הזהב" : צלאח א-דין א-צבאג, פהמי סעיד ומחמוד סלמאן, אויבי נורי סעיד, שהכירו באל-חוסייני כמנהיגם. השבעה נשבעו בקוראן להיאבק למען הרחקת תומכי בריטניה מהשלטון ולמנוע מעיראק להתייצב לצד בעלות הברית במלחמה. השבעה נטלו לעצמם כינויים סודיים – אל-חוסייני נטל לעצמו את הכינוי "מוסטפא".
ב-2 באפריל 1941 יזמו חברי הוועד הפיכה, והמופתי הפך לראש חבורת הקושרים האנטי-בריטית במרד רשיד עאלי אל-כילאני נגד הבריטים, שבארגונו השתתף יחד עם מנהיגים פלסטינים גולים נוספים.
הקושרים הקימו ממשלה פרו-נאצית בראשות אל-כילאני, ובכך הגיעה השפעתו של אמין אל-חוסייני לשיאה, דווקא מחוץ למולדתו: הוא הנהיג התקוממות והכתיר ראש ממשלה. ב-9 במאי הוא פרסם פתווה, בה הגדיר את המרד העיראקי בבריטניה כג'יהאד וקרא למוסלמים לפתוח במרד נגד בריטניה, "האויב הגדול ביותר של האסלאם". בפתווה נאמר כי הבריטים חיללו את מסגד אל-אקצא וכי ראש ממשלת בריטניה אמר בבית הנבחרים, כי "העולם לא יידע שלום כל עוד קיים הקוראן".
באוקטובר 1967 האשים אל-חוסייני בזיכרונותיו את יהודי עיראק בבגידה במדינתם וכינה אותם "הגיס החמישי בעיראק". לטענתו, ג'ורג' אנטוניוס סיפר לו כי בזמן מרד רשיד עאלי, הפקידים היהודים שהועסקו במחלקות הטלפונים והדואר נהגו להקליט את השיחות הטלפוניות החשובות ולמסור אותן ואת המכתבים שהגיעו לידיהם לשגרירות הבריטית בבגדאד.

בימי ההתקוממות בעיראק נעשו הכנות בארץ ישראל לחידוש המרד, ובין הערבים הופצו כרוזים, שצלב קרס בראשם, שקראו לברית עם הגרמנים. ב-11 במאי הודיע פריץ גרובה למשרד החוץ הגרמני, שרשיד עאלי ואמין אל-חוסייני מודים לרייך הגרמני על המענק הכספי שקיבלו, והם מבקשים מענק נוסף, כאשר אל-חוסייני זקוק לסיוע באופן דחוף, כי הוא מתכנן מבצע גדול בארץ ישראל. ב-24 במאי שוחח אל-חוסייני עם שגריר איטליה בבגדאד, לואיג'י גבריאלי, וסיפר לו שהוא דוחף את הערבים בכל מקום להתקוממות נגד הבריטים, אולם מכיוון שלדעתו המצב בעיראק הוא המפתח לפעילות העתידית, הוא נמנע מלשלוח נשק לארץ ישראל, כדי שכל המשאבים יועמדו לטובת עיראק.

במהלך מרד רשיד עאלי צרו כוחותיו על בסיס חיל האוויר באל-חבאניה . הבריטים העבירו תגבורת לבסיס בדרך האוויר, וכללו בה חוליית חבלה של האצ"ל תחת פיקודו של מפקד הארגון, דוד רזיאל, שהתבקשה להביא מודיעין על מיקומם של קווי הנסיגה של הצבא העיראקי. לדברי יעקב מרידור, ליחידת האצ"ל שפעלה בעיראק הייתה מטרה נוספת, שהארגון הודיע לבריטים עליה: לחטוף את המופתי ולהביאו לארץ למשפט. אלא כשכבשו הבריטים את בגדאד, המופתי כבר ברח. הבריטים קבעו פרס על סך 25,000 פאונד לכל מי שיביאו "חי או מת". ב-29 במאי 1941 הוא עבר את הגבול לאיראן.

בתחילת יוני 1941, לפני שהכוחות הבריטיים נכנסו לבגדאד, התרחשו פרעות ביהודי בבל, "הפרהוד", אותן הובילו חברי "מועדון אל-מות'נא" , חוג פאן-ערבי פאשיסטי שנוסד בעיראק בשנות ה-30, שאל-חוסייני היה אחד ממקדמיו הבולטים. בפרעות נרצחו 179 יהודים ונשדדו 586 חנויות ומחסנים.
ב-7 ביוני 1941 הוקמה בבגדאד ועדת חקירה ממשלתית לבדיקת הפרעות נגד היהודים, וב-8 ביולי הוגש דו"ח המסקנות שלה, שפורסם במלואו רק בשנת 1958. חלקו השלישי מפרט את הגורמים לפרעות, ובהם גם הפצת התעמולה הנאצית על ידי אמין אל-חוסייני, שעליה הוציא את כספי הסיוע שנאספו למען הנפגעים הפלסטינים במרד נגד הבריטים (שהתחולל בשנים 1936–1939), והשפעתו על אנשי הממשל והצבא בעיראק.
ב-20 חודשי שהייתו בעיראק, הצליח אל-חוסייני להטביע את חותמו על ההיסטוריה הפוליטית שלה בתקופה קריטית מאוד בתולדותיה.

 מקלט באיראן 
ב-30 במאי הגיע אמין אל-חוסייני לטהראן יחד עם רעייתו עיישה, רשיד עאלי ופמלייה שכללה בין היתר גם את מזכירו האישי. בזמן שהותו באיראן, קיים מגעים סודיים עם שגריר גרמניה במדינה ועם גורמים שונים במודיעין הגרמני. ב-13 ביוני 1941 הורה סגן מזכיר המדינה הגרמני, ארנסט ורמאן, להזמין לגרמניה את אמין אל-חוסייני ומנהיגים ערבים נוספים שברחו מעיראק, אולם לאל-חוסייני לא ניתנה אשרת כניסה לטורקיה, ככל הנראה בלחץ הבריטים. הם ניסו לתפוס אותו לאחר שנכנסו לאיראן ב-25 באוגוסט, אולם הוא הסתתר בשגרירות היפנית בטהראן. הוא הועבר לשם על ידי הדיפלומט האיטלקי אלברטו מליני פונצ'ה דה לאון , שנשלח לאיראן והגיע ב-26 באוגוסט בחצות לבית בו התגורר המופתי, מספר דקות לפני שהמשטרה האיראנית הקיפה את הבית. הוא הסתתר בשגרירות היפנית במשך 23 ימים. כדי להסתיר את זהותו, הפחית בתקופה זו כמחצית ממשקלו. לאחר מכן הצליח מליני להעביר אותו לשגרירות איטליה. יומיים לפני הבריחה, גילח המופתי את שפמו וזקנו, וצבע את שערו. הוא לבש חליפה אירופית במקום חליפתו השחורה, וצויד על ידי האיטלקים בדרכון עם תמונתו עם המראה החדש שלו, שבו נכתב כי הוא דיפלומט בסגל שגרירות איטליה בטהראן. המופתי שהה בדירה קטנה בגן השגרירות, כאשר רק השגריר עצמו ידע את זהותו האמיתית.

לאחר כיבוש איראן על ידי בנות הברית וניתוק היחסים הדיפלומטיים עם מדינות הציר על ידי הממשלה החדשה של מוחמד רזא שאה פהלווי, ארגן המודיעין הצבאי האיטלקי מבצע להברחת האיטלקים שישבו באיראן. במהלך מבצע פינוי זה יצא אל-חוסייני מטהראן ב-19 בספטמבר 1941, כשהוא נלווה לפקידים בשגרירות איטליה שציידו אותו בדרכון שירות דיפלומטי איטלקי. הוא עבר דרך נקודות גבול איראניות ובריטיות, אולם בגבול בין ברית המועצות וטורקיה עורר חשד אצל הבודק הסובייטי בשל דרכונו החדש. במשך מספר שעות שהה במעצר, אז שוחרר והגיע לאנקרה, שם שיכנו אותו בבית הצירות האיטלקית, כשהוא מתחזה כאיש הסגל הדיפלומטי של איטליה. מטורקיה, דרך בולגריה, רומניה והונגריה, הגיע ב-11 באוקטובר לדרום איטליה, אז הודיע הרדיו האיטלקי כי איטליה "שמחה לשמוע על הצלתו".

בזיכרונותיו סיפר אל-חוסייני שמשפחתו בת עשר הנפשות, ברובה ילדים, נותרה בטהראן. היא נלקחה על ידי הבריטים לדרום איראן, הוחזקה 52 יום בבית סוהר, הוסעה לבצרה והגיעה לבסוף במחלקה השלישית של הרכבת לבגדאד. בדצמבר 1941 אפשרו הבריטים לרעייתו, בנו ושלוש בנותיו לחזור לארץ ישראל.

בחסות מדינות הציר 1941–1945
הפגישה עם מוסוליני ברומא 1941
עם הגעתו לרומא החליף המופתי את לבושו האירופי בגלימתו המסורתית והחל לגדל מחדש את זקנו. ממשלת איטליה הקצתה לו וילה מפוארת בפרברי רומא (וילה סקרלאני) ומוסוליני פקד להתייחס אליו כאל נשיא מדינה השוהה באיטליה כפליט. בביתו היו משרתים והועמדו לרשותו מכונית וליווי של שני רוכבי אופנועים. הוא שיכן בביתו חמישה מהאנשים הקרובים לו ביותר, וממשלת איטליה הקציבה סכומי כסף גדולים לכיסוי הוצאותיו והוצאות אנשי פמלייתו. בזמן זה, שידר מספר שידורים ברדיו.

ברומא תיאר המופתי בקווים כלליים את הצעותיו בפני הדיפלומט אלברטו מליני. הוא הציע תמיכה במלחמה נגד בריטניה, והצהיר על נכונותו לדון בענייני "המקומות הקדושים, לבנון, תעלת סואץ ועקבה", בתנאי שמדינות הציר "מכירות באופן עקרוני באחדותה, עצמאותה וריבונותה של מדינה ערבית, הכוללת את עיראק, סוריה, פלשתינה ועבר הירדן". משרד החוץ האיטלקי התייחס באהדה להצעותיו, המליץ להעניק לו מענק בסך מיליון לירות איטלקיות, והפנה אותו אל בניטו מוסוליני.

ב-23 באוקטובר נפגש אל-חוסייני עם מוסוליני בארמון ונציה. המופתי מכנה אותו ביומנו "המנהיג". השיחה נערכה בצרפתית ואל-חוסייני ציין כי מטרתו המדינית היא הקמת ממשלה כל-ערבית עצמאית, שתכלול את פלסטין, סוריה, לבנון, עבר הירדן, עיראק והנסיכויות הערביות שבחסות הבריטים. לדברי אל-חוסייני, מוסוליני הביע תמיכה בזכותם של הערבים "לעצמאות מלאה והגדרה עצמית" והבטיח לשם כך סיוע גם בנשק. מוסוליני הסכים להצהיר הצהרת תמיכה פומבית בערבים, אולם דחה אותה עד לאחר שידון בה עם היטלר. לדברי אל-חוסייני, אמר לו מוסוליני כי אין ליהודים שום זכות היסטורית, לאומית או זכות אחרת בפלשתינה, ושכבר זמן רב הוא מתנגד לציונות. הוא הסכים שיש לבטל את הבית הלאומי היהודי ואמר: "אם היהודים רוצים, שיבנו את תל אביב באמריקה... הם נחשבים לאויבים, ולא יהיה להם שום מקום באירופה... גם כאן, באיטליה... לא יישאר מהם כאן אף אחד, פרט לאלה מביניהם אשר שירתו בצבא ונפגעו במלחמת העולם הראשונה". אל-חוסייני היה מאוד מרוצה מהפגישה שארכה כחצי שעה, אולם למרות הכבוד בו התקבל אצל מוסוליני, לא פורסמה עליה שום הודעה לעיתונות.

מעודד מפגישתו עם המנהיג האיטלקי, הכין אל-חוסייני טיוטת הצהרה לה ביקש את הסכמת הגרמנים. לפי הטיוטה, יעניקו שתי מדינות הציר את תמיכתן לארצות ערב הנמצאות תחת שליטה בריטית, ויביעו נכונות לביטול הבית הלאומי היהודי בפלשתינה. ההצהרה הועברה לשגרירות הגרמנית ברומא ב-5 בנובמבר, לאחר שתוקנה מעט על ידי משרד החוץ האיטלקי וקיבלה את הסכמתו הרשמית של מוסוליני.
ב-5 בנובמבר עזב אל-חוסייני את איטליה.

הפגישה עם היטלר בברלין 1941
שמאל|ממוזער|250px|אל-חוסייני בפגישה עם היטלר, נובמבר 1941. מתוך הארכיון הפדרלי של גרמניה.
בצהרי 6 בנובמבר 1941 הגיע אל-חוסייני לברלין. משרד החוץ הגרמני קידם את פניו כ"לוחם אמיץ למען תנועת השחרור הערבית ואויבם המובהק ביותר של הבריטים והיהודים, אשר יישאר בברלין זמן רב". היטלר העמיד לרשותו וילה מפוארת ברחוב גיתה. הוא ביקש מפריץ גרובה להתקבל לפגישה אצל אדולף היטלר, והבטיח כי פגישה כזו תעורר הד תעמולתי אדיר בעולם המוסלמי כולו. בעשרת הימים הבאים, דן אל-חוסייני על טקסט ההצהרה שהכין, עם מזכיר המדינה ארנסט פון וייצזקר ועם תת-מזכיר המדינה, ד"ר ורמן. בטיוטה הסופית, שהייתה שונה רק במעט מהצעתו המקורית של אל-חוסייני, מדינות הציר הצהירו על נכונותם להסכים לחיסול (Beseitigung) הבית הלאומי היהודי בפלשתינה.

בצהרי יום שישי 28 בנובמבר 1941 נתקבל אמין אל-חוסייני לפגישה אצל שר החוץ הגרמני יואכים פון ריבנטרופ, שיחה שארכה כשלושת רבעי שעה. לדברי אל-חוסייני, ריבנטרופ התאמץ ודיבר איתו צרפתית, הסכים עם דבריו שהאנגלים, היהודים והקומוניסטים הם אויביהם המשותפים, והבטיח לו שגרמניה מתייחסת אל הנושא הערבי באהדה, אולם טען שמוקדם מדי לפרסם את ההצהרה.

באותו יום, 28 בנובמבר, אחר הצהריים, התקבל המופתי לשיחה אצל היטלר. חוסייני נכנס לפגישה בהצדעה במועל יד והיטלר לחץ את ידו. השיחה נמשכה שעה וחצי ונכחו בה רק ריבנטרופ, גרובה ושני מתורגמנים - פאול שמידט ויוהאן אפלר (Eppler), מתורגמנו של המופתי, גרמני שנולד במצרים. המופתי דיבר בצרפתית. בפגישתו עם היטלר, כמו בפגישתו עם מוסוליני, טען אל-חוסייני לייצוג העולם הערבי והמוסלמי. הוא הודה לו בשם האומה הערבית על האהדה שביטא תמיד כלפי הערבים, ובמיוחד לעניין הפלסטיני, וטען כי ארצות ערב משוכנעות שגרמניה תנצח במלחמה ושהדבר יהיה לתועלת העניין הערבי. הוא טען כי הערבים הם ידידים טבעיים של גרמניה, וגם בפגישה זו אמר כי יש להם אויבים משותפים – הבריטים, היהודים והקומוניסטים, והציע להקים ולהעמיד לשירות גרמניה לגיונות של מתנדבים ערבים. הוא ביקש מהיטלר לפרסם הצהרה פומבית, לפיה גרמניה מצדדת בביטול ההחלטה על בית לאומי ליהודים בפלשתינה, וטען כי הצהרה כזו תעשה רושם תעמולתי אדיר על עמי ערב ואלה יתעוררו מהפסיביות שלהם.

היטלר סירב למסור את ההצהרה שהציע לו המופתי, שכללה גם תמיכה בעצמאות ובאחדותן של פלשתינה, סוריה ועיראק, באומרו שהדבר יחזק את תומכי שארל דה גול בצרפת כנגד משטר וישי, משום שהדבר יתפרש בעיני הצרפתים כאילו הסכים לבטל את הכוח הקולוניאלי הצרפתי, מה שעלול לדחוף אותו לצד הבריטים והדבר יאלץ את גרמניה לשלוח מערבה גייסות שנחוצים מאוד במזרח. לאחר מכן ציין היטלר כמה דברים שביקש מהמופתי "לשמור עמוק בלבו": בקרוב יגיע הצבא הגרמני לגבולות הדרומיים של הקווקז, אז יכריז לעולם הערבי כי הגיעה שעת שחרורו ויצהיר את ההצהרה שהמופתי מצפה לה. אל-חוסייני דרש לחתום על חוזה חשאי, אולם היטלר ענה שמספיקה הצהרתו בעל פה. לסיום הוסיף כי עם השלמת הכיבושים בדרום הקווקז, יהיה מוכן להכריז על המופתי כמנהיג העולם הערבי.

פריץ גרובה, שעד זמן קצר לפני כן היה שגריר גרמניה בעיראק וקודם לכן שירת בקונסוליה הגרמנית בירושלים, תיעד את הפגישה בראשי פרקים. גרסתו לדברים שאמר היטלר: "כשתבוא שעת שחרור הערבים, לגרמניה אין עוד אינטרס שם, מלבד הרס הכוח המגן על היהדות".

גרסתו של אל-חוסייני לנקודה זו, כפי שתועדה ביומנו, דומה מאוד לגרסת גרובה. לדבריו, היטלר אמר לו קודם לכן: "זה ברור כי היהודים לא השיגו דבר בפלשתינה וטענותיהם שקריות. כל דבר שהושג בפלשתינה הושג בזכות הערבים ולא היהודים. אני החלטתי למצוא פתרון לבעיה היהודית, ולגשת אליה צעד אחר צעד, מבלי להסס. בנוגע לכך, אני עומד לבצע פנייה צודקת והכרחית, קודם כל לכל הארצות האירופיות ולאחר מכן לארצות מחוץ לאירופה". המופתי ציטט ביומנו את היטלר כמבטיח לו: "אנו נגיע לקווקז הדרומי... ואז תבוא גם שעתם של הערבים לשחרור... תגיע השעה כאשר אתה תהיה ראש המדברים בעולם הערבי ולא רק המעביר אליו את הצהרותינו. אתה תהיה האיש אשר יעמוד בראש הכוח הערבי וברגע זה יקשה לי אפילו להעלות בדמיוני מה יהיה בגורלם של עמי המערב". אל-חוסייני טען ביומנו שקיבל הבטחה מהיטלר כי עם כיבוש המזרח התיכון, "מטרתה היחידה של גרמניה תהיה אז להשמיד את היסוד היהודי המתגורר במרחב הערבי בחסות הבריטים".

לאחר הפגישה העיר היטלר למרטין בורמן: "המופתי הגדול נראה כמלאך שליו – אך מתחת לגלימתו מסתתר פר של ממש... הוא איש שנון מאד". יומן החדשות הגרמני הציג תיעוד מצולם של הפגישה ודיווח: "הפיהרר מקבל את פני המופתי הגדול מירושלים".

תעמולה למען מדינות הציר
ב-21 בנובמבר 1941 הגיע לברלין רשיד עאלי אל-כילאני, ושוכן בווילה שהעמיד היטלר לרשותו של המופתי. בשלב הראשון פיקחו השניים על תחנת השידור בערבית שניהל יונס בחרי, והשתתפו בעצמם בשידורי התחנה. הם חיברו כרוזים וחוברות תעמולה בחתימתם עבור משרד החוץ הגרמני, שהתחייב להפיצם בארצות ערב. ד"ר פריץ גרובה נתמנה לקצין-קשר בינם לבין משרד החוץ. אולם מהר מאד הפכה הווילה לזירה למאבקי כוח בין השניים, ולבקשתו של אל-כילאני, מצא לו גרובה דירה נפרדת. עם פרידתם, החל המופתי במלחמה אישית נגד יריבו.

בפברואר 1942 נסע אל-חוסייני לרומא, כדי לשכנע את מוסוליני להשפיע על משרד החוץ הגרמני להחזיר לו את מעמדו כמנהיג הבלעדי של תנועת השחרור הערבית. האיטלקים העמידו לרשותו וילה מפוארת ומכונית פאר ושומרים על אופנועים. מספר ימים לאחר הגעתו לרומא, נתקבל לראיון אצל מוסוליני בנוכחות שר החוץ שלו, הרוזן גליאצו צ'אנו.
שבועיים לאחר הגעתו לרומא, הגיע אליה גם רשיד עאלי, והשניים נפגשו בפברואר עם מלך איטליה, ויטוריו אמנואלה השלישי, שהעניק להם הצהרה פומבית על תמיכת איטליה באומה הערבית.
ברומא החל המופתי להיאבק ברשיד עאלי על ייצוג העולם הערבי בפני מדינות הציר. הוא שהה ברומא עד מאי אותה שנה. לאחר מכן שהה חודשיים בברלין, ואז חזר לרומא. בקיץ אותה שנה נפגש עם הרוזן צ'אנו. בעקבות הצעתו של צ'אנו להכין את תושבי צפון אפריקה לניצחון מעצמות הציר, פרסם המופתי בעניין זה אגרת גלויה לתושבי מצרים. ב-4 ביולי שיגר בשם "העם הערבי" מברק ברכה להיטלר לרגל ניצחונותיו של רומל בצפון אפריקה. היטלר מסר בתשובה באמצעות משרדו את "תודתו הלבבית" על ברכותיו של המופתי, "שנגעו עד עומק לבו וגרמו לו קורת־רוח רבה". ב-14 בספטמבר העביר משרד החוץ האיטלקי לשגרירות גרמניה ברומא איגרת ובה הצעה להכרת מעצמות הציר במופתי כ"מנהיג אחראי" של הארגון החשאי הכלל-ערבי "מפלגת האומה הערבית" ודוברה של התנועה הלאומית הערבית, הכוללת את כל ארצות ערב במזרח התיכון. באוקטובר הוא הוכר על ידי גרמניה כמנהיג העולם הערבי. הוא שהה ברומא עד 5 בדצמבר 1942. לקראת פתיחת המכון האסלאמי המרכזי בברלין באותו החודש, הודיע לו עוזרו של שר החוץ ריבנטרופ, כי גרמניה מכירה בו כמנהיג הבלעדי של כל המוסלמים, ובכללם אלה הנמצאים בגרמניה. ברלין הייתה בסיסו עד סוף המלחמה, אולם ברוב ימי המלחמה הוא שהה בבארי שבאיטליה.
ב-2 בנובמבר 1943 נאם בהפגנה בברלין נגד הצהרת בלפור.

המופתי ביקר מדי פעם בברלין ושידר ברדיו הגרמני בערבית תעמולה אנטי-בריטית. מיולי 1942 ועד סוף 1944 הוא שידר ברדיו ברלין דברי תעמולה נאצית שהופנתה למזרח התיכון, צפון אפריקה והודו.
לאחר סילוקו של יונס בחרי, שעמד בראש התעמולה הערבית הפרו-נאצית כמנהל השידורים הערביים ברדיו ברלין, הקים אל-חוסייני מפקדה שעסקה בשידורי תעמולה בתוכניות הערביות של 6 תחנות שידור בעולם: ברלין, רומא, טוקיו, בארי, צייסן ואתונה.
בשידורי התעמולה הערבית שלהם מברלין ומרומא, אימצו חוסייני, קאוקג'י וכילאני מונחים נאציים, ועשו שימוש תכוף בדברי נאצה אנטישמיים.
לרשותו של המופתי הוקם בגרמניה משרד מיוחד: "המשרד הערבי: המופתי הגדול" (Das Arabische Büro: der Grossmufti), בו עסק אל-חוסייני בתעמולה. הוא הקים שורה של תחנות שידור בגלים קצרים וערך שידורים לארצות ערב ולתושבים המוסלמים של האיים באוקיינוס השקט. בשידוריו לארצות הברית הזהיר את המהגרים הערבים לאמריקה "כי כל מאמציהם יהיו לריק אם חס ושלום ינצחו אמריקה ובעלות בריתה במלחמה" והפציר בהם להימנע מהשתתפות בה. אל ארצות ערב זרמה תעמולה בכתב וסוכניו של המופתי העבירו מדי יום ידיעות ריגול לשליחים גרמנים בגבולות סוריה-טורקיה.

בתחילת פברואר 1942 פנה אל-חוסייני ברומא ליושירו אנדו, יועץ שגרירות יפן באיטליה והציע לו שהרדיו היפני ישדר כמה מנאומיו אל המוסלמים בדרום מזרח אסיה ובהודו, כדי לעורר אותם למרד בשלטון הבריטי. ב-17 בפברואר הצעתו נענתה בחיוב.
ב-22 באוגוסט 1942 שידר המופתי ברדיו בארי מסר לעמי הודו, בו קרא להם לאחד כוחות עם הערבים ובעזרת מעצמות הציר לגרש את הבריטים מהודו.
ב-8 בנובמבר 1942 השתלטו הגרמנים על תוניסיה, וכבר למחרת סייעו למופתי להדפיס כרוזים ועלונים בערבית, המיועדים למוסלמים של צפון אפריקה. ב-26 בנובמבר הם אפשרו לו לפנות אליהם גם בשידורי רדיו, ובהם יצא נגד התקפת הבריטים והאמריקנים על צפון אפריקה.

גיוס מוסלמים למען מדינות הציר
 גיוס מוסלמים ביוגוסלביה
250px|ממוזער|שמאל|חיילים בוסנים של דיוויזיית אס אס הררית ה-13, קוראים בחוברת "אסלאם ויהדות", פרי עטו של המופתי. יוני 1943.
250px|ממוזער|שמאל|אל-חוסייני מצדיע במועל יד בביקור רשמי בדיוויזיית אס אס הררית ה-13, בליווי מפקדים בכירים. נובמבר 1943.
250px|ממוזער|שמאל|אל-חוסייני עם מתנדבים בוסנים לוואפן אס אס, נובמבר 1943.
ב-1942 ציפה אל-חוסייני כי הצבא הגרמני, שנחל הצלחות מרשימות במהלך המערכה בצפון אפריקה, יתקדם משם, לאחר ניצחונו, מזרחה אל מצרים וארץ ישראל. בנסיבות אלו הוא פעל להקמת צבא ערבי-מוסלמי שיסייע לגרמניה, שחייליו יהיו מתנדבים מהמזרח התיכון, עריקים ושבויים מהצבא הבריטי ומוסלמים מבוסניה ואלבניה.

בפברואר 1943 הוחלט על ייסודה של דיוויזיית אס אס הררית ה-13 בוואפן אס אס, מקרב המוסלמים בבוסניה והרצגובינה, שנכללו אז בתחום "המדינה הקרואטית העצמאית". הגרמנים סברו שיש צורך במציאת אישיות שתהווה סמל ותגרום למוסלמים הצעירים להתגייס, ולכן קיבלו את הצעתו של אל-חוסייני להגיע לקרואטיה לקראת הקמת הדיוויזיה. ב-30 במרץ הוא הגיע לזאגרב במטוס גרמני, בליווי שגריר קרואטיה בברלין וחמישה קציני אס אס גרמנים, שם התקבל על ידי אנטה פאבליץ', ראש האוסטאשה, שקיבל מהגרמנים את השלטון על קרואטיה. בביקורו בסרייבו ובבאניה לוקה, שבבוסניה והרצוגובינה, ליווה אותו עקיף חאנג'יץ', המופתי מטעם האוסטאשה. בסרייבו נפגש עם נציגי הארגונים המוסלמיים והקתוליים, בנוכחות הגרמנים והאוסטאשים. הוא קיבל משלחות, ביקר בבתי ראשי העדה, השתתף בחגיגות שנערכו לכבודו, נאם במסגד הראשי בעיר, וקרא למוסלמים להפגין את אחדותם ולהיענות לקריאה להתגייס לדיוויזיית הוואפן אס אס. בדרכו חזרה, ביקר בין 12 ל-14 באפריל בווינה, בין היתר אצל באלדור פון שיראך, מנהיג "נערי היטלר", וב-15 באפריל שב לברלין.

דיוויזיית הוואפן אס אס ה-13 כונתה "חאנג'אר" (Handjar; חרב, חנית או פגיון). יחידות "חאנג'אר" לחמו בפרטיזנים בבוסניה ומילאו משימות שיטור בהונגריה.
בשטחי יוגוסלביה לשעבר הטילו חייליהן את אימתם על האזרחים במקומות שבהם הוצבו. הם סחטו את האוכלוסייה, וביצעו פשעי מלחמה: מעשי טבח, אונס, שריפת יישובים שלמים על יושביהם, שוד וביזה.
אנשיהן התנדבו לסייע למרדף אחר היהודים בקרואטיה.
כדי להרים את המורל של חיילי הדיוויזיה, ביקר המופתי מספר פעמים ביחידותיה וסקר אותן – בקרואטיה, בצרפת, ובנויהאמר שבשלזיה. המופתי גם כתב פמפלט לחיילי הדיוויזיה הזו, בשם "אסלאם ויהדות". החוברת נפתחה במילים: "עבורנו המוסלמים, לא לכבודנו לבטא את המילה 'אסלאם' בנשימה אחת עם 'יהדות', כי האסלאם כה רם ונישא הוא מעל אויבו המושחת". החוברת מסתיימת בציטוט מ"בוכארי-מוסלים" מאת אבו הוריירה, בן-לווייתו של הנביא מוחמד: "יום הדין יבוא רק אז, כשהמוסלמים יכניעו לחלוטין את היהודים; וכשכל אילן, שמאחוריו יסתתר יהודי, יאמר למוסלמי: 'מאחורי נמצא יהודי, רצח אותו!'". החוברת חולקה לחיילי "חאנג'אר", לאחר שתורגמה מגרמנית לקרואטית (בשם "Islam i Zidovstvo") ויצאה לאור בזאגרב ב-1943. הופיעו עליה שתי תמונות של המופתי, כשהוא נואם בטקס פתיחת המכון האסלאמי בברלין ב-18 בדצמבר 1942, ולידו יוזף גבלס, שר התעמולה הנאצי.
ב-1943 הפיץ המופתי את הרעיון של הקמת מדינה מוסלמית בבוסניה והרצגובינה.

בהתערבותו של המופתי, במרץ 1944 נוסדה דיוויזיית וואפן אס אס נוספת בקרב המוסלמים בשטח יוגוסלביה לשעבר, הדיוויזיה ההררית אס אס ה-21 ("סקנדר-בג"), שגרעינה בא מהאלבנים בקוסובו ובסנג'ק, ששירתו עד אז בדיוויזיה ה-13. הפעולה המבצעית הראשונה שלה נערכה במאי 1944: חייליה פשטו על בתי היהודים בפרישטינה, בירת חבל קוסובו, עצרו אותם ומסרו אותם לידי הגרמנים, והם נשלחו למחנה ברגן-בלזן.
ביוזמתו ובסיועו הפעיל של המופתי, נוסדה ב-1944 דיוויזיית וואפן אס אס מוסלמית נוספת בשטח קרואטיה, הדיוויזיה ההררית אס אס ה-23 ("קאמה").
בעזרת אנטה פאבליץ' הקרואטי, גייס המופתי מספר רב של לוחמים מוסלמים ביוגוסלביה, באלבניה ובבולגריה, שאורגנו ביחידות אס אס מיוחדות ובתנועת "אלבניה החופשית". הוא ביקר את היחידות הללו לעיתים קרובות, התפלל איתם ועודד אותם במלחמה למען אללה. הוא תרם להקמתה של יחידת אס אס מקרב המוסלמים באלבניה, שסייעה אחר כך להשמיד את יהודי הבלקן.

ב-21 באפריל 1944 נפתח המכון האסלאמי בעיירה גובן  בגרמניה, שהוקם במיוחד כדי להכשיר אימאמים עבור היחידות המוסלמיות של הוואפן אס אס, והועמד תחת פיקוחו המלא של המופתי. בפתיחת המכון, אמר המופתי לצוערים כי תפקידם להחדיר את דת האסלאם לחייליהם, אך בעיקר לפעול לחיזוק הקשר בין המוסלמים לבין הרייך הגרמני, בעל בריתם.

 גיוס מוסלמים באסיה והצעות לגיוס בצפון אפריקה
ב-30 בינואר 1942 רשם יוזף גבלס ביומנו, כי לצורך גיוס מתנדבים מוסלמים למלחמה לצד גרמניה, יחידות תעמולה מחלקות בחצי האי קרים את תמונתו של המופתי, שצולמה בעת פגישתו עם היטלר. תמונה זו שוכפלה בעשרות אלפי עותקים שהופצו בקרב האוכלוסייה בשטחים שכבשה גרמניה בקווקז ובמחנות השבויים, והיא קישטה את חדרי החיילים של "לגיונות המזרח". הודות לתעמולת המופתי, קיבלו רבים מהשבטים המוסלמיים בצפון הקווקז (ביניהם צ'צ'נים, אינגושים ובלקארים ) את פני הגרמנים בברכה.
ב-1943 ארגן המופתי כוחות צבאיים לסייע לצבא הגרמני בצפון הקווקז. בקווקז עסק בגיוס מוסלמים, במיוחד ליחידות אס אס.
הוא פעל להרמת רוח הלחימה של ה"אוסטבטליונים" - יחידות מוסלמיות של חילות העזר של הצבא הגרמני, שהוקמו בתחילת 1942, ולחמו בצבא הסובייטי. הן גויסו מקרב הטאטארים של חצי האי קרים וקווקז, כמו גם מקרב מוסלמים במחנות השבויים, שמוצאם מטורקסטן ואזרבייג'ן. מנהיגיהם וקציניהם של היחידות הללו עברו הכשרה במכון האיסלאמי שהקים אל-חוסייני ליד דרזדן.
בינואר 1944 בירך המופתי את חיילי דיוויזיית הוואפן אס אס החדשה "תורכסטאן החדשה". הוא כתב להם כי העולם מחולק לשני מחנות ומחנה האויב הוא זה של בעלות הברית "המופעלות על ידי יהדות העולם", וקרא להם לקום ולהילחם לצד גרמניה ו"למען אללה".

המופתי סייע להקים בגרמניה את "לגיון המתנדבים ההודי" (Freiwillige Indische Legion), וכאשר נשלח הלגיון בסוף קיץ 1943 ללאקאנו שליד בורדו בצרפת, ביקר אצלם כדי לרומם את רוח הקרב שלהם.
ב-20 באוקטובר 1943 כתב תזכיר לשר החוץ הגרמני ריבנטרופ, בו הציע להקים מחלקה לענייני מוסלמים במשרד החוץ, שתהיה אחראית לענייני המוסלמים ממזרח אסיה ועד מערב אפריקה. כמו כן, הציע להקים "ארמייה אסלאמית" מקרב המוסלמים הצפון-אפריקנים הרבים המתגוררים בצרפת, ומקרב המוסלמים מהבלקן וברית המועצות, על ידי גיוסם של שבויי מלחמה.
עם השינוי לרעה במצב הגרמנים והאיטלקים בצפון אפריקה, הציע המופתי לגרמנים להכריז על עצמאות ה"מגרב" ולהקים צבא מוגרבי שילחם לצדם, אולם הגרמנים לא יכלו להבטיח את עצמאות המגרב. בסוף 1942 ובמהלך 1943 הובס הצבא הגרמני במדבר המערבי.
ב-1943 כתב לשר החוץ היפני והציע לו להקים את "צבא האסלאם", שיורכב ממתנדבים מוסלמים מאסיה וילחם לצד הצבא היפני. ביוני 1944 הציע לשר החוץ היפני תוכנית מפורטת יותר לשיתוף פעולה, שבמסגרתה יארגן "צבא שחרור אסלאמי".
שמאל|ממוזער|250px|אמין אל-חוסייני עם מתנדבים מוסלמים ללגיון הערבי החופשי בצבא גרמניה הנאצית, ברלין 1942.
כתגובה ליצירת הבריגדה היהודית על ידי הבריטים, הפציר בגרמנים להקים לגיון ערבי. הוא סייע לארגן סטודנטים ערבים ומהגרים צפון-אפריקאים בגרמניה אל תוך הלגיון הערבי החופשי, במסגרת הוורמאכט.
אולם ניסיונו לייסד צבא ערבי-מוסלמי שיילחם בארצות המזרח התיכון, נכשל. הצעתו לא התקבלה על דעת ממשלת גרמניה וצבאה.

המופתי הפיץ שמועות בברלין, שאף שודרו בשידורים בערבית ב-20 באוקטובר 1942, על כך שהבריטים הקימו מחסני נשק ותחמושת ליד כיפת הסלע וכנסיית הקבר בירושלים. באמצע 1943 הציע למפקד הלופטוואפה (חיל האוויר הגרמני), הרמן גרינג, להפציץ את בניין הסוכנות היהודית במרכז ירושלים ב"יום הציוני", 2 בנובמבר 1943 (יום השנה להצהרת בלפור), אולם ב-17 ביולי דחה גרינג את ההצעה, משום שלא ראה בירושלים מטרה צבאית והיה מודע לחשיבותם של המקומות הקדושים ושל מוסדות הצדקה הבינלאומיים. במסמך של מטה חיל האוויר הגרמני מ-29 באוקטובר 1943, מסופר כי בחצי שנה האחרונה הציע המופתי מספר פעמים להפציץ את תל אביב. הוא הציע לבצע "התקפת אוויר על תל אביב, מבצרה של היהדות בפלשתינה", אולם הצעה זו נדחתה על ידי הגרמנים בשל שיקולים צבאיים. אל-חוסייני עמד מאחורי היוזמה לתכנון מבצע "אטלס", שהוצא לפועל באוקטובר 1944, ובו הוצנחו באזור יריחו שלושה גרמנים ושני ערבים פלסטינים, שמשימתם הייתה לעורר את הערבים הפלסטינים להתקוממות נגד השלטון הבריטי, במטרה לאלץ את בריטניה להעביר למזרח התיכון כוחות גדולים מהחזית באירופה. אולם הצנחנים נתפסו לפני שהחלו בפעולתם. יש הסבורים שהמבצע נועד להרעלת מעיינות ראש העין בארסן חמצני במטרה להשמיד את יהודי תל אביב, ויש הערכות שכרבע מיליון איש היו מתים אם התכנית הייתה מצליחה.

מימון
אמין אל-חוסייני קיבל תשלומים חודשיים ואחרים מכמה משרדים של גרמניה הנאצית, בהם משרד החוץ והמטה הראשי של הוואפן אס אס. קרל רקובסקי, איש משרד החוץ, מסר בחקירתו ב-1947 רשימה המפרטת את התשלומים החודשיים ממשרד החוץ, שהסתכמו בעשרות אלפי מארקים: 50,000 רייכסמארק ועוד 25,000 במטבע חוץ כתמיכה פרטית, דמי אש"ל, דמי שכירות ל"מכון היהודי" של המופתי ברחוב קלופשטוק, למעונו הפרטי ברחוב גיתה, למערכת חדרים במלון אדלון (Adlon) בברלין, שם שהה מדי פעם, למעונו באויבין ליד ציטאו ובציטאו עצמה, לנהגו הפרטי ודברים נוספים.
תיק הסי איי איי על חוסייני כולל מסמך המצביע על כך שהיה ברשותו צוות של 20–30 איש בברלין. בין אביב 1943 לאביב 1944, חוסייני קיבל הוצאות מחייה בממוצע של 80,000 רייכסמארק לחודש. מלבד זאת, קיבל מטבע זר כדי לתמוך בחסידיו מחוץ לגרמניה.
ולטר שלנברג סיפר בחקירתו ב-1947 שהמופתי קיבל ממפקדת הוואפן אס אס תשלומים בסכומי ענק בדולרים ובזהב, אותם היה מעביר מיד לאנשי אמונו בשווייץ. שלנברג תיאר אותו כ"חבית ללא תחתית".

המופתי התגורר בבית גדול בשכונת "קרומה לנקה" (Krumme Lanke), "רוטה שטראסה", בברלין, בבעלות שגריר גרמניה בארגנטינה. הבית נפגע בזמן המלחמה והגרמנים שיקמו אותו, אולם כשהפך האזור למסוכן, העבירו אנשי משרד החוץ הגרמני את המופתי למקום מגורים אחר ולאחר מכן החליפו את מקום מגוריו לעיתים קרובות.

במשך זמן ממושך חי פריץ גרובה במחיצתו של המופתי בגרמניה. מאוחר יותר סיפר גרובה לעיתונאי ישראלי שהמופתי מצא נחמות "בזרועות בנות הגזע העליון". כדי שלא ירגיש בודד, הגרמנים דאגו לו ל"נשים גרמניות צעירות ויפות מאד", שהיו מתחלפות "כדי לגוון את חייו הקשים של הגולה הדגול".

תעמולה אנטישמית
המופתי רשם ביומנו חרוזים ששודרו לאחר מכן בתחנות הרדיו שלו, ובהם: "איך ייתכן שמכבדים יהודים בשל עושרם – בעוד הם מביאים לעולם עוני, רוע-לב ורשע. הם עינו את נביאיהם החפים מפשע, הם הרגו את יחיא (יוחנן המטביל) התכחשו לעיסא (ישו). הם משחיתי המוסר בכל מדינה... הם שודדי הרכוש, בגזל וריבית, תוך ניצול... ומביאים סבל לעולם, הם כעש המכרסם בכל המידות הטובות, הם שהכינו לרוזוולט את מרכבי המלחמה, וכך המיטו על העולם אסון. הם קנו את אנגליה למען תאוותיהם, והם החריבו בגרזנים את מולדתנו. הם מפלצות ושורש כל הרע בעולם, וגם נבי מוסא (משה) התנכר להם".

ב-26 בנובמבר 1942 פנה בשידור רדיו למוסלמים של צפון אפריקה וטען כי התקפת בעלות הברית על צפון אפריקה מועילה רק לחיזוק כוחם של היהודים, "אדוני אמריקה". בדצמבר 1942 פנה ברדיו ברלין לערביי מרוקו, ואמר כי אחרי מלחמת העולם הראשונה התחזקה באמריקה "ההשפעה היהודית", וזו הפכה את אמריקה למכשול בדרך לעצמאות הערבים: "כוח ההשפעה היהודית באמריקה... עודד את יהודי אמריקה הרכושניים להילחם ולהתפשט, ברצונם לפרוש את השפעתם על ארצות עשירות חדשות. המרוקנים מכירים היטב את האסון, שהביאו עליהם היהודים, ואיך שימשו יהודים אלה עיניים ומכשירים לתוקפים, איך ניצלו את טוב הארץ, בזזו את הונה והרבו בה את שחיתות המידות... אמריקה משמשת 'חמור רכיבה' ליהודים... עוד יראו המרוקנים איך... יגדילו, בעזרת האמריקנים, את ביזת הון הארץ – דבר שעושים היהודים בכל מקום. אני מאמין כי אחינו המרוקנים... לא יארך הזמן עד שיהיו בטוחים כי הם עבדי היהודים... אויבי הערביות והאסלאם".

ב-18 בדצמבר 1942 נערכה פתיחתו החגיגית של המכון האסלאמי המרכזי (Islamisches Zentralinstitut) בברלין (נוסד לראשונה ב-1927). עוד לפני הקמתו מחדש נבחר המופתי אל-חוסייני לנשיא הכבוד שלו ומונה לפטרונו. יוזף גבלס, שר התעמולה של גרמניה הנאצית, ישב ליד שולחן הנשיאות. המופתי נאם נאום שכלל דברי שטנה נגד היהדות. הוא דרש מהמוסלמים לקחת נשק ולרצוח יהודים בכל מקום שימצאו אותם, "כיוון שזה גורם הנאה לאללה, להיסטוריה ולדתנו הקדושה, ומציל את כבודכם. אללה אתכם!". הנאום פורסם למחרת בעיתונות הגרמנית וחלקים גדולים ממנו שודרו בכל תחנות השידור הגרמניות והאיטלקיות. הוא חזר על קריאה זו בשידור ברדיו ברלין ב-1 במרץ 1944.
בנאומו ברדיו ברלין בערבית ב-2 בנובמבר 1943, שיבח את הנאצים "היודעים איך להתפטר מהיהודים".

ב-21 באפריל 1943 ערך אל-חוסייני עם פמלייתו ביקור רשמי ב"מכון לחקר השאלה היהודית" בפרנקפורט, בהזמנת אלפרד רוזנברג. אל-חוסייני סייר איתו במכון והצהיר בביקורו כי "הערבים והגרמנים שותפים ובעלי-ברית במאבק נגד היהודים". ביקורו פורסם בעיתונות וברדיו ברלין. בעת ביקורו, ביקש ממארחיו שיצרפו למכון נציג ערבי, שיתרגם את החומרים ואת פרסומי המכון לערבית. בזיכרונותיו כתב כי הביקור במכון הותיר בו רושם עמוק. הוא סיפר כי בעת שהותו ב"מוסד למחקר הבעיה 'הישראלית'" בפרנקפורט, למד על פועלם של היהודים בגרמניה: מתוכם קמו גם הקפיטליסטים הנצלנים שגרמו למשבר הכלכלי בגרמניה, וגם הסוציאליסטים שבאו לחזק את אויביה ולהביא להתמוטטותה. את קרל מרקס כינה "היהודי מרדכי". ב-1944 הקים אל-חוסייני ברחוב קלופשטוק 8 בברלין, במימון הגרמנים, את "המכון הערבי לחקר השאלה היהודית", שהיה המקבילה הערבית למכון בפרנקפורט.
ביולי 1944 אמור היה להתקיים בקרקוב כנס בינלאומי בנושא "היהדות במדיניות העולמית של זמננו", שהיטלר הטיל על אלפרד רוזנברג לארגן אותו. אל-חוסייני אמור היה להרצות בנושא "פלשתינה – נקודת אחיזה לשאיפה יהודית לשלטון", אולם הכנס נדחה ולבסוף בוטל.

מאמצים למניעת יציאת יהודים מאירופה
שמאל|ממוזער|250px|אמין אל-חוסייני והיינריך הימלר, 1943.
ב-1942 פתחו הגרמנים בהשמדה המונית של יהודי אירופה.

בדצמבר 1942 הסכימה ממשלת רומניה להתיר את צאתם של 70,000 יהודים שגורשו לטרנסניסטריה ונותרו בחיים, תמורת תשלום כופר בסך עשרות מיליוני דולרים ("תוכנית טרנסניסטריה"). שליט רומניה, המרשל יון אנטונסקו, פקד לארגן את העברתם לארץ ישראל ולסוריה, אולם בינואר 1943 שלל משרד החוץ של גרמניה את התוכנית בנימוק שצעד זה יהווה פגיעה "במחויבות הגרמנים לערבים" ולמופתי אל-חוסייני.
לאחר שני גירושים גדולים מסלובקיה למחנות המוות, שהסתיימו בסוף אוקטובר 1942, דיטר ויסליצני, עוזרו של אדולף אייכמן, ניהל משא ומתן עם "קבוצת העבודה", ותמורת שוחד נתן פקודה להעברת 10,000 ילדים יהודים מסלובקיה לטרזיינשטט כשלב ראשון בהצלתם. אך המופתי שמע על ההכנות לכך באמצעות קשריו בארץ ישראל, ומחה על כך בפני הימלר, שביטל את העסקה ופקד שלא יעשו יותר שום תוכניות להעברת ילדים יהודים מאירופה הכבושה לארץ ישראל.
בסוף 1942 ותחילת 1943, ערב ההתפנות מלוב של כוחות הציר, הציע אל-חוסייני "לטהר" את טריפולי מיהודיה ולהפקיע את רכושם.
בינואר ובפברואר 1943 הגיעו לארץ ישראל שתי קבוצות ילדים יהודים מקרואטיה דרך הונגריה. דבר בואם פורסם בעיתוני ארץ ישראל ב-24 בפברואר, תוך פירוט מסלול הגעתם. אנשיו של המופתי בארץ ישראל העבירו אליו את הידיעה על כך, הוא התערב בעניין וכל פעולת ההצלה נעצרה. כך גם מנע תוכנית להצלת ילדים יהודים מאזור הכיבוש האיטלקי באמצעות "דלאסם".

ב-3 בפברואר 1943 הצהיר שר המושבות הבריטי על אישור תוכנית להעברת 4,500 ילדים יהודים מארצות הבלקן לארץ ישראל. ב-6 במאי הצביע אל-חוסייני במכתב לשר החוץ הבולגרי על "הסכנה היהודית לעולם כולו, ובמיוחד לארצות שבהן גרים היהודים", וציין כי העברת היהודים לארצות ערב ולפלשתינה בפרט מסכנת את עמי ערב, העומדים לצד מדינות הציר. הוא הפציר בו למנוע את יציאתם של היהודים מבולגריה ו"לשלוח אותם למקום, שם יהיו תחת השגחה חזקה, למשל לפולין", ובכך יצאו הבולגרים מהסכנה שמהווים היהודים ותהיה בכך "הכרת תודה כלפי העם הערבי". דברים אלה נכתבו לאחר שילוחם של היהודים מהשטחים המסופחים של בולגריה לטרבלינקה.
ב-12 במאי 1943 פנה אל-חוסייני לרוזן קוסאטו, שגריר איטליה בברלין, וסיפר כי נודע לו שהצלב האדום הבינלאומי קיבל מממשלת בולגריה אישור להעברת 4,500 יהודים בעלי נתינות בולגרית לפלשתינה, וביקש ממנו לשגר למשרד החוץ האיטלקי איגרת על הסכנה שמהווה העברה זו. למחרת נשלחו איגרת זו ואיגרת נוספת גם לשר החוץ הגרמני ריבנטרופ.
ב-10 ביוני כתב אל-חוסייני מרומא אל מוסוליני עצמו, שבאותה עת שימש גם כשר החוץ של איטליה, על מניעת יציאת 4,500 היהודים מבולגריה, כדי "לחסוך רשע גדול שיכול לפגוע בארצות ערב ובארצות הציר", וציין את הידיעות החדשות שהופיעו אודות קבוצות של יהודים המגיעות לפלשתינה, מאז ששלח את האיגרת הקודמת לשר החוץ האיטלקי. הוא הזהיר את מוסוליני, כי הערבים "נעלבו עמוקות" מכך "שידידיהם, שותפים של מעצמות הציר, מסייעים למאמצים... להעביר לפלשתינה הערבית יהודים – שהם סוכנים של בריטניה והקומוניסטים ואויבי הערבים ואירופה. אישורי הכניסה, שהארצות הללו נתנו לאלפי יהודים, אינה פעולה הומניטרית... הסכנה הגדולה ביותר למעצמות הציר... נובעת מנוכחותם של אותם יהודים בפלשתינה... בניגוד למה שעשוי להתרחש, אילו היו שמים אותם תחת השגחה קפדנית באירופה".

ב-28 ביוני 1943 שלח אל-חוסייני מרומא מכתבים כמעט זהים למכתבו למוסוליני, בצרפתית, לשר החוץ ההונגרי ולשר החוץ הרומני. במכתבים טען כי מאחורי רעיון "מדינת יהודים" בפלשתינה "עומדת תקוותם המתמידה של היהודים להשתלט על כל העולם". הוא טען כי בשל "אחריותם של היהודים" לפריצת המלחמה, ובשל "כוונתם המרושעת כלפי אותן המדינות אשר הגנו עליהם... יש להציבם תחת השגחה כה דרוכה, שתשים סופית קץ להגירתם לפלשתינה או למקום אחר". אל-חוסייני הודיע לשר החוץ ההונגרי כי נודע לו על מאמצים מצד היהודים והבריטים להעניק אישור ליהודים במדינתו לצאת ממנה דרך בולגריה וטורקיה. הוא ציין כי הסוכנות היהודית הודיעה כי קיבלה אשרות הגירה ל-900 ילדים יהודים בליווי 100 מבוגרים, והזהיר אותו שבדרך זו לא יפתור את "הבעיה היהודית" ולא ישמור את ארצו "נגד השפעתם ההרסנית", משום שבריחתם של היהודים "תאפשר להם לתכנן ולתקשר באופן חופשי עם אחיהם לגזע במדינות אויב... כיצד להפעיל את השפעתם המסוכנת ביותר לתוצאות המלחמה", ובשל שהותם הארוכה בארצו, "הם בהכרח יודעים רבים מסודותיה". אל-חוסייני ביקש ממנו למנוע מהיהודים לעזוב את ארצו לפלשתינה, ורק אם בכל זאת זה הכרחי לסלקם, "עדיף לאין-שיעור לשלוח אותם לארצות אחרות, שם הם ימצאו את עצמם תחת פיקוח פעיל - לדוגמה בפולין", והסביר: "כך תגנו על עצמכם בפני איומם ותמנעו את הנזק המשתמע".
ב-16 ביולי 1943 בישרו הבולגרים לאל-חוסייני כי בעקבות פנייתו, אסרה ממשלת בולגריה על היהודים לצאת מבולגריה ולהגר לארץ ישראל.
בספטמבר 1943 התמוטט משא ומתן רציני להצלת 500 ילדים יהודים ממחנה הריכוז ראב, עקב התנגדותו של אל-חוסייני, שהכשיל את יציאתם של הילדים לטורקיה, כדי למנוע את הגעתם לארץ ישראל. 

במרץ 1943 ביקר המופתי בגרמניה, ובמהלך הביקור קיבל במתנה ממפקד האס אס היינריך הימלר חרב נושאת הקדשה אישית, צלבי קרס וסמל האס אס. ב-10 במאי 1943 הורה הימלר להקים במפקדת האס אס לשכה לתיאום פעולות עם המופתי, ומינה את ראש המטה העליון של האס אס, הגנרל גוטלוב ברגר, לקצין הקשר בין המטה שלו לבין המופתי. מאז פעל המופתי במשרדו זה בתעמולה הנאצית ובארגון המיעוטים המוסלמיים בבלקן ובשטחי ברית המועצות. אל-חוסייני מספר בזיכרונותיו, כי בקיץ 1943, בזמן שהימלר סיפר לו כמה סודות מלחמה גרמניים, הוא גם חשף בפניו את השמדתם המתמשכת של היהודים וסיפר לו שהגרמנים כבר השמידו מעל שלושה מיליון יהודים. לטענת אל-חוסייני הוא הופתע: "נדהמתי מהמספר הזה, מאחר שלא ידעתי דבר על העניין הזה עד אז". לדבריו, הימלר שאל אותו כיצד הוא מציע ליישב את הבעיה היהודית בארצו והוא השיב לו: "כל מה שאנו רוצים מהם, הוא שהם יחזרו לארצות מוצאם". על כך ענה לו הימלר: "לעולם לא נרשה את חזרתם לגרמניה". עם זאת, ההיסטוריון וולפגנג שווניץ מפקפק בכנות הפתעתו של המופתי, מאחר שחוסייני הצהיר באופן פומבי שמוסלמים צריכים לקחת דוגמה מהגרמנים ל"פתרון סופי לבעיה היהודית".
ב-2017 פורסמו תמונות המציגות את אל-חוסייני במחנה ריכוז נאצי, סביב שנת 1943.

לכבוד יום השנה להצהרת בלפור, 2 בנובמבר 1943 (על פי השערה), שלח הרייכספיהרר-אס אס היינריך הימלר מברק אל המופתי, בו כתב לו כי "התנועה הנציונל-סוציאליסטית של גרמניה הגדולה חרתה על דגלה מראשית דרכה את מאבקה ביהדות העולם" ו"מסיבה זו היא עוקבת מקרוב אחר מאבקם של הערבים... במיוחד בפלשתינה, כנגד הפולשים היהודים" וכי "ההכרה המשותפת באויב והמאבק המשותף נגדו הם שיוצרים את הבסיס האיתן בין גרמניה הנציונל-סוציאליסטית למוסלמים". הימלר איחל איחולים חמים להמשך מאבק הערבים "עד הניצחון הגדול".
בנובמבר 1943 הצהיר המופתי: "זוהי חובתם של המוחמדים [מוסלמים] בכלל וערבים בפרט... לגרש את כל היהודים מארצות ערביות ומוחמדיות... גרמניה נאבקת גם היא נגד האויב המשותף שדיכא ערבים ומוחמדים בארצותיהם השונות. היא זיהתה באופן ברור מאוד את היהודים עבור מי שהם והחליטה למצוא פתרון סופי (endgültige Lösung) לסכנה היהודית שיבטל את מקור הפורענות שהיהודים מייצגים בעולם".

ב-5 ביוני 1944 שלח אל-חוסייני איגרת לפון ריבנטרופ, בה התריע לגבי תוכנית להחלפת נתינים מצרים בגרמניה תמורת גרמנים מארץ ישראל, וביקש להוציא מהעסקה הזאת את היהודים. ב-25 ביולי 1944 פנה לפון ריבנטרופ וביקש ממנו למנוע את "הניסיונות הממושכים של היהודים להגר מאירופה למען להגיע לפלשתינה". הוא ציין כי נודע לו שבכל זאת מספר יהודים עזבו את גרמניה ב-2 ביולי, והביע את חששו שקבוצות נוספות של יהודים מגרמניה ומצרפת יוחלפו בנתיני גרמניה החיים בפלשתינה, ושהדבר אף עלול לעודד את ארצות הבלקן לנהוג באופן דומה. יומיים לאחר מכן פנה גם להימלר באותו עניין. הוא ביקש ממנו "לנקוט בכל האמצעים למנוע מהיהודים ללכת" והזהיר כי צעד כזה יגרום אצל הערבים והמוסלמים "רגשות של אכזבה נוקבת". כתוצאה מכך הפסיקו הגרמנים את החילופים.

ב-20 בספטמבר 1944 פנה המופתי אל מאזיניו בשידור רדיו ברלין בערבית ושאל: "האם אין בכוחותיכם, הו ערבים, להדוף את היהודים, שמספרם לא עולה על 11 מיליון?". מכיוון שמספר הנספים היהודים בשואה עדיין לא היה ידוע אז, והיה ידוע כי מספר היהודים בעולם הוא כ-17 מיליון, התייחסותו של אל-חוסייני למספר הזה נחשבה מתמיהה. נראה כי אל-חוסייני כבר ידע אז את מספר הנרצחים היהודים, 6 מיליון, שפורסם לראשונה באופן רשמי רק במשפטי נירנברג, החל ב-1945.
ביומנו של אל-חוסייני, כפי שהוצג במשפט אייכמן, כינה המופתי ב-9 בנובמבר 1944 את אדולף אייכמן "יהלום נדיר מאוד והמציל הטוב ביותר לערבים". אייכמן טען במשפטו כי פגש את המופתי פעם אחת בלבד, במהלך קבלת פנים שנערכה עבור המופתי במעונו על ידי האס דה, בה הוצגו בפניו ראשי המחלקות במשרד הראשי לביטחון הרייך ואייכמן בתוכם.
עד סוף ימיו טען אל-חוסייני שהיהודים בתוקפנותם ובנצלנותם הם שהמיטו על עצמם את אסונם.

לאחר מלחמת העולם השנייה 1945–1947
בצרפת 1945–1946
 בריחתו מגרמניה ומעצרו בצרפת 
בחודשים האחרונים של מלחמת העולם השנייה העתיק אל-חוסייני את מקומות מגוריו מפחד ההפצצות. עוד באמצע שנת 1944 שיכנו הגרמנים אותו ואת עוזריו בכפר הגרמני אויבין (Oybin), כדי להגן עליהם מפני הפגזות בעלות הברית. בתום המלחמה היה בברלין. כשהצבא האדום התקרב לעיר, הציעו הגרמנים להעביר אותו בצוללת לארץ ערבית שיבחר, והוא היה מוכן לכך. הימלר הורה לו לעבור עם עוזריו לבאד גאסטיין שבאוסטריה, ושם החל לחשוב על בריחה מפני הבריטים. הוא חזר בפעם האחרונה לברלין, שם התאכסן במלון אדלון, וב-9 באפריל חזר לאוסטריה. ב-12 באפריל חגגו לו אוהדיו מסיבת יום הולדת באויבין במלאת לו 50 שנה. לקראת סוף אפריל, נודע לו באמצעות שידור רדיו, כי שווייץ החליטה להעניק מקלט לפליטים מדיניים. לפיכך המליצו הגרמנים להעבירו לשווייץ במטוס, אולם כשנודע לו שמדובר במטוס קל דו-מושבי, דחה את ההצעה. במקום זאת, רכש מכונית קטנה ופח בנזין במאה דולר וב-4 במאי יצא מבאד גאסטיין לכיוון הגבול השווייצרי. אולם בשל השלג שנערם, לא יכול היה להמשיך בדרכו, אז פנה למשרד החוץ הגרמני, שהטיס אותו ואת מלוויו במטוס צבאי לברן שבשוויץ. הוא טס עם שני בני לוויה מקלגנפורט שבאוסטריה, במטוס אימונים של הלופטוואפה. הוא ניסה לקבל מקלט מדיני בשווייץ, אולם בקשתו נדחתה, משום ששמו נמצא ברשימה שכללה 32 אישים שכניסתם לשווייץ נאסרה. הוא חזר לגבול גרמניה והגיע לעיר קונסטנץ, שכבר הייתה בשליטת כוחות הכיבוש הצרפתיים. הוא הסגיר עצמו לידי השלטונות הצרפתיים, ולאחר טלטולים, הובא ב-19 במאי לבית הסוהר "שרש-מידי" בפריז, שם שהה עם בני לווייתו.

שלושה מחיילי הבריגדה היהודית וביניהם דוד בן דוד, תכננו להתנקש בחייו של אל-חוסייני. הכוח היה אמור לנוע עם רכב בריטי של הבריגדה לתוך בית הסוהר ושם להרוג אותו. בטרם ניגשו לביצוע הם קיימו התייעצות עם רבנים שהשתתפו בכנס של תנועות המזרחי והפועל המזרחי באירופה בבריסל שבבלגיה. אולם הרבנים השיבו כי הם מעמידים בסכנת נפשות "רבבות יהודים בארצות ערב" וסברו כי ממילא יישפט המופתי בקרוב כפושע מלחמה.

לאחר מכן הועבר אל-חוסייני למקום בשם לה ווארין, כ-12 קילומטרים מפריז, שם התגורר בבית בודד תחת שמירה כבדה. בצרפת הוא מצא מקלט למשך תקופה ארוכה, ספק כשבוי ספק כאורח כבוד. השלטונות הצרפתיים ציפו לשיפור במעמדה של צרפת בעולם הערבי בעזרת תיווכו, והעניקו לו תנאי מעצר מיוחדים, הטבות וזכויות. הועמדה לרשותו חוילה בפרבר המפואר של פריז, ראמבוייה. השלטונות הצרפתיים דאגו לכל דבר שנזקק לו במשק הבית, ואף שלחו לו טבח תוניסאי. הוא רשם ביומנו כי הצרפתים מאפשרים לו חופש תנועה מסוים ויכול היה להיפגש עם מי שרצה. ניתנה לו הרשות לנסוע במכונית חסינת כדורים, מלווה בשומרי ראש משלו, ולהיפגש עם עסקנים ערבים. הוא נשאר בצרפת במשך שנה שלמה.

 בקשת הסגרה על פשעי מלחמה 
ב-10 ביולי 1945 קיבלה "הוועדה היוגוסלבית לקביעת פשעי המלחמה של הכובשים ועוזריהם" את החלטה 1892, שכללה את אמין אל-חוסייני ברשימת פושעי המלחמה, בעוון גיוס בכוח של האוכלוסייה בשטחים כבושים, לפי סעיף 23 באמנות האג. הוועדה נימקה: "כתוצאה מפעילותו... הוקמה הדיוויזיה המוסלמית של הס"ס... בכל מקום שם הופעלו ביצעו היחידות הללו פשעי מלחמה רבים, כגון טבח המוני, מעשי זוועה נתעבים, שריפת יישובים שלמים וביזה. בגלל פעילות זו... מצטרף המופתי הגדול אל-חוסייני לשורה של פושעים בינלאומיים... הוא נושא באחריות בגלל פיתוי המוני המוסלמים, כלומר בגלל כפייה כלפי אותם אנשים, שהוכרחו להתגייס לארגונים צבאיים פאשיסטיים, ובהתאם לכך הוא גם אשם בכל אותם פשעים". ב-17 באוגוסט נשלחו האשמות זהות מטעם "הוועדה לקביעת פשעי כובשים ועוזריהם של בוסניה והרצגובינה". אל-חוסייני נכלל ברשימה מספר 190 של פושעי מלחמה, יחד עם פושעים מקומיים ששיתפו איתו פעולה. שתי הרשימות הוגשו לוועדת האומות המאוחדות.
בסוף אוגוסט פרסם רדיו ביירות שממשלת מצרים דרשה מממשלת יוגוסלביה לבטל את בקשת ההסגרה, ושממשלת צרפת כלל לא קיבלה בקשה כזו. גם המזכיר הכללי של הליגה הערבית פנה לקונסוליה היוגוסלבית בקהיר ודרש שיוגוסלביה תבטל את דרישתה מוועדת האו"ם ומבעלות הברית להכליל את המופתי בין פושעי המלחמה. שמו של אמין אל-חוסייני נמחק בסופו של דבר מרשימת פושעי המלחמה של יוגוסלביה, אולם אין תיעוד לגבי נסיבות המחיקה. לדברי החוקרת ג'ני לבל, היה זה טיטו שהחליט להיענות לבקשת הערבים ולמחוק את שמו, ולדעתה היה זה משום שטיטו חשש מתגובת המוסלמים בעולם ומזעמם של המוסלמים ביוגוסלביה, שהיוו כשמינית מאוכלוסייתה, ובנוסף לכך חשש שמצרים תאפשר לממשלת המלך היוגוסלבי הגולה לפעול על אדמתה כתגמול לדרישת ההסגרה.

מספר חברי הפרלמנט הבריטי דרשו מראש ממשלת בריטניה וממשרדי החוץ והמושבות לבקש מצרפת את הסגרתו, והסבירו כי ניתן להעמידו לדין בפני בית משפט בריטי כנתין-חסות שבגד וביצע את עיקר פשעיו בשטחי שלטון בריטניה. מטה צבאות ארצות הברית וחוגים בעלי השפעה שם דרשו מצרפת את הסגרתו והעמדתו לדין בנירנברג. לעומת זאת, מארצות ערב במזרח התיכון ובצפון אפריקה הגיעו פניות וקריאות מצד שליטים וארגונים, שדרשו מצרפת לשחררו, והוסיפו כי יקבלו אותו ברצון בארצותיהם. בהתכתבות חשאית עם הבריטים, טענו הצרפתים כי קיימות שתי בעיות בהסגרתו: בעיה חוקית-משפטית, בכך שהוא אינו נתין צרפתי ולכן הם אינם יכולים להעמידו לדין באשמת בגידה, ומלבד זאת, הוא לא ביצע פשעים קשים נגד האנושות או רצח עם; ובעיה פוליטית, לנוכח אזהרות ודרישות מצד הליגה הערבית. אל-חוסייני עצמו רשם ביומנו כי הוא מודע שצרפת מעוניינת להגן עליו, שכן עם בואו של שארל דה גול לצרפת ב-19 במאי 1945, התערב בעניינו של אל-חוסייני ואפשר לו פעילות פוליטית, והוסיף כי ממשלת צרפת תירצה את אי-הסגרתו בפשעים נגד צרפת: סיוע למורדים בסוריה נגד צרפת ושיתוף פעולה עם מעצמות הציר במלחמה.
למרות קיומן של הוכחות מספיקות להכרזה על אל-חוסייני כפושע מלחמה, מדינות בעלות הברית לא ניסו להעמיד אותו לדין. יוקרתו בעולם הערבי עוררה חששות כבדים אצל הבריטים והצרפתים, שביקשו להגן על האינטרסים שלהן במזרח התיכון וצפון אפריקה, ואילו ארצות הברית וברית המועצות נמנעו מכך בגלל רצונן להשיג דריסת רגל באזור. נושא הסגרתו הוסר מסדר היום בפרלמנט הבריטי ובמשרד החוץ של ארצות הברית, בטענה שאל-חוסייני אינו יכול להיחשב לפושע מלחמה, משום שלא היה בעל אזרחות של מדינת אויב ולא היה מגויס בפועל בכוחות הלוחמים של מדינות הציר.

הממשלה הבריטית דחתה את הלחצים לאפשר לאמין אל-חוסייני לתפוס שוב את הנהגת ערביי ארץ ישראל, וכפשרה, שחררה מהכלא בנובמבר 1945 את בן דודו ויד ימינו, ג'מאל אל-חוסייני. ב-20 בנובמבר 1945, הוקם הוועד הערבי העליון מחדש, כשהנשיאות שלו נותרת פנויה לאמין אל-חוסייני.

 בריחתו מצרפת 
ב-9 ביוני 1946, נחטף אל-חוסייני ושוחרר באופן מסתורי ממעצרו בצרפת, וכעבור מספר ימים הגיע כאורח מכובד למצרים. מערוף א-דואליבי, פרופסור למשפטים באוניברסיטה הסורית ומנהיג בולט באחים המוסלמים בדמשק (ומאוחר יותר ראש ממשלת סוריה), היה האיש שחילץ את המופתי ממעצר הבית שלו בצרפת. ב-1948 סיפר כי ביקר את אמין אל-חוסייני פעמיים בגרמניה, ב-1942 וב-1943, והעיד כי בשני הביקורים מצא את המופתי בריא "וקורן מאושר על העבודה שעשה". לאחר המלחמה ביקר אותו מספר פעמים במקום כלאו בצרפת: "בתחילה היה מוחזק במעצר בית חמור ואיש לא הורשה לבוא איתו במגע, אולם בהדרגה הוחזר לו חופש התנועה. עד שלבסוף הורחקה המשטרה לגמרי מביתו ורק שלושה משרתים ניתנו לו, להשגיח עליו. בשלב זה היה המופתי מקבל מבקרים ללא כל הגבלה ואף הורשה לערוך טיולים. כאשר באתי אליו ביוני 1946, שלח המופתי שניים ממשרתיו לערוך קניות בעיר ואת השלישי הרחיק למרפסת... נסענו ישר לשדה התעופה, שם נעשו כבר כל הסידורים הדרושים". דואליבי הוסיף כי המופתי "השתמש בפספורט מיוחד. הוא היה מחופש, קיצץ את זקנו ואף כינה עצמו בשם אחר".

לפני המבצע עשה דואליבי את מסלול הבריחה בעצמו כדי לבדוק את השמירה. כדי להרחיק מהבית את שלושת המשרתים, טען אל-חוסייני כי חלה בשפעת והיה מרותק למיטתו. היחיד שנשאר בבית היה נהגו, משרת נאמן מדמשק. הדרכון שהשתמש בו היה דרכונו הדיפלומטי הסורי של דואליבי. המופתי, לעומת זאת, כתב בזיכרונותיו שנים אחדות לפני מותו, שיצא מפריז ב-28 במאי בטיסה דרך רומא ואתונה והגיע למחרת לקהיר.

ב-12 באוגוסט 1947 כתב אל-חוסייני לשר החוץ הצרפתי ז'ורז' בידו  והודה לו על האירוח שקיבל בצרפת, והציע שצרפת תמשיך במדיניות זו, כדי להגדיל את היוקרה שלה בעיני כל המוסלמים.

במצרים 1946–1947
כאשר פרסמה ההנהגה החוסיינית הודעה על בריחתו של המופתי, פרצה שמחה בקרב הפלסטינים. דובר בה על הגעת "אישיות חשובה", בשל איסור הצנזורה לפרסם את שמו. הוכרז על שלושה ימי חגיגות, קושטו בתי עסק ונערכו תהלוכות. הנהגת היישוב היהודי הייתה משוכנעת כי בריחת אל-חוסייני נעשתה בידיעת הבריטים, שאף סייעו לו להגיע למצרים, והגיבה עליה בחריפות שהצליחה לעורר זעם בבריטניה. בריטניה אסרה על כניסתו לארץ ישראל, ואל-חוסייני לא ניסה להיכנס. וינסטון צ'רצ'יל תבע בפרלמנט ללכוד אותו במצרים.

במצרים ערכה לו הליגה הערבית קבלת פנים מלכותית. על פי תיאורו של אל-חוסייני בזיכרונותיו, כאשר הגיע לקהיר, השתכן במלון "מטרופוליטן" במרכז העיר ובערב יצא להליופוליס. הוא נסע למספר ימים לאלכסנדריה, ולאחר מכן עבר להתגורר בדירה ששכר בהליופוליס. ב-19 ביוני ביקר בארמון עאבדין ונפגש עם פארוק, מלך מצרים, שהציע לארחו בארמון אנשאץ. לאחר 19 יום בארמון, הוא הועבר לארמון הקיץ אל-מעמורה, בו שוב נפגש עם המלך. למרות האירוח המלכותי, עבר להתגורר בבית באלכסנדריה, שהפך למרכז הפעילות של ההנהגה הפלסטינית.
באלכסנדריה הועמדה לרשותו חוילה מפוארת, וילה עיידה (Villa Aida), אליה היו עולים לרגל מנהיגים מכל העולם הערבי. הליגה הערבית הגישה בקשה לבריטניה, שתאפשר לו לחזור לארץ ישראל.

ביוני 1946 מינתה הליגה הערבית ועד עליון לערביי פלסטין. חאג' אמין אל-חוסייני מונה לנשיאו, אף שאסור היה להזכיר את שמו בגלוי ורשמית נאמר כי "מקום הנשיאות פנוי". לקראת ועידת לונדון בינואר 1947, התעקש הוועד הערבי העליון על השתתפותו של חאג' אמין, אולם שר החוץ הבריטי, ארנסט בווין, לא רצה בהשתתפותו, מחשש שהופעתו תעורר זעם בעולם ושהדבר יגרום לסוכנות היהודית לא להגיע לשיחות. בווין ביקש משליטי מדינות ערב שיניאו את חוסייני מכוונתו להגיע, והוועד הערבי העליון הסכים לכך. בתמורה לאי הגעתו, שוחררו 25 עצורים ערבים, ובווין הבטיח שהממשלה לא תתמוך בחלוקה והסכים לכך שהמשלחת הערבית לא תשב פנים אל פנים עם המשלחת היהודית.

ביולי 1947 הופיעה עיישה, רעייתו של אל-חוסייני, כיושבת ראש אספת הנשים הפלסטיניות בירושלים. שבוע לאחר מכן הייתה נואמת ראשית באספת-ענק בעיר, בה דרשה מהנשים הפלסטיניות להתגרש מבעליהן אם יעזו למכור אדמות ליהודים.

ב-21 בספטמבר 1947 נפגשו בחשאי שני קציני משטרה בריטיים בכירים מארץ ישראל עם אל-חוסייני בקהיר בניסיון לברר אם קיים סיכוי להגיע להסכם עם הוועד הערבי העליון ולמנוע מלחמה. אל-חוסייני דחה כל אפשרות של חלוקת הארץ והבהיר כי הבסיס היחיד שעליו ניתן להגיע להבנה הוא הסתלקות בריטית מוחלטת מתמיכה בציונות. הקצינים התרשמו כי הוא משוכנע לגמרי בכוחו לגבור על הכוח הצבאי היהודי.

באוקטובר 1947 התכנסה מועצת הליגה הערבית בצופר שבלבנון. אמין אל-חוסייני לא הוזמן ולא השתתף בשני המושבים הראשונים, אולם ב-8 באוקטובר הגיע פתאום לביירות בלוויית שלושה מחברי הוועד הערבי העליון ופמלייה שכללה בין היתר את דואליבי ואת עבד אל-קאדר אל-חוסייני. חאג' אמין התקבל בלבנון בכבוד רב, הן מצד המנהיגים והן על ידי המוני העם, והעיתונות הערבית פרסמה את האירוע בהרחבה. ב-10 באוקטובר החל לקיים שורת ישיבות של הוועד הערבי העליון בהרכב מלא, ונפגש עם מנהיגי סוריה ולבנון, עם מדינאים ערבים ואף עם פאוזי אל-קאוקג'י. אל-חוסייני שהה בלבנון בעאליי, שם התקיים המושב השלישי של הוועדה המדינית של הליגה הערבית.
הוא לא הוזמן לאספה זו, אך בא אליה בלי הזמנה רשמית ונכנס אל אולם הדיונים במפתיע, ללא הסכמת המארגנים. בתגובה לכך דרש ראש ממשלת עיראק סאלח ג'בר, מראש הממשלה המארח ריאד א-סולח, להוציאו בכוח, אולם המארח השיב שכללי האירוח המסורתיים אינם מאפשרים זאת.
בשל התנגדות משלחות עיראק ועבר הירדן, אל-חוסייני לא הורשה להשתתף בדיוני מועצת הליגה ונאלץ להעלות את תביעותיו בפגישות לא רשמיות עם המשלחות השונות. הוא דרש תמיכה בהקמת ממשלה פלסטינית זמנית בהנהגתו, שתנהל את המאבק הצבאי; סיוע משמעותי מן הממשלות הערביות בכספים ונשק, תוך שימוש בצבאות הערביים בתפקיד מסייע בלבד לכוח הפלסטיני המזוין; ותמיכה בפעולות מזוינות בארץ ישראל מוקדם ככל האפשר, בשל התחזקות הכוח הלוחם היהודי. מועצת הליגה החליטה לדחות את הדרישות להקים ממשלה זמנית ולפתוח מיד בהתקוממות מזוינת. הממשלות הערביות הסכימו לסייע ברכישת נשק ובהקמת כוחות צבאיים, אולם לא הסכימו להסתפק בתפקיד של עורף מסייע בלבד.

בסתיו 1947 ניסה אל-חוסייני לחזור לארץ ישראל. הוא שוחח על כך עם פקידים בריטים, אך ללא הצלחה.
ב-8 בדצמבר 1947 התכנסה הוועדה המדינית של הליגה הערבית בקהיר וגם הפעם נמנעה השתתפותו בדיונים בשל התנגדותם של ראשי ממשלות עיראק ועבר הירדן.
בעצם ישיבתו מחוץ לארץ ישראל לצד שאיפתו למנוע התגבשות מרכז כוח פוליטי מתחרה בה, יצר אל-חוסייני בכוח ריכוזיות שלטונו נתק בין המרכז הפוליטי בהנהגתו לבין מרכזי המשנה בארץ, וכן חלל סמכותי ומוסדי בקרב האוכלוסייה הפלסטינית.

הנכבה וקום מדינת ישראל 1947–1959
200px|ממוזער|שמאל|150px|כרוז המפקדה העליונה של המופתי, הקורא להתקיף ולכבוש את כל פלסטין, להצית אש בכל המזרח התיכון ולבטל את החלטת החלוקה.
ממוזער|שמאל|150px|תרגום הכרוז לעברית.

 המלחמה 1947–1948 
בתחילת פברואר 1948 התאכסן אל-חוסייני יחד עם עוזריו הבכירים בקומה שלמה של מלון "אוריינט פאלאס" בדמשק, כשהוא מלווה בשישה שומרי ראש ולבוש אפוד מגן שקיבל במתנה אישית מהיטלר. הוא בא לדמשק כדי להשיג שני דברים: להפוך את הוועד הערבי העליון לממשלה זמנית של ארץ ישראל, כמתחרה לסוכנות היהודית, ולסכל את התכנית שנרקמה בקהיר לגייס צבא הצלה של מתנדבים, ואם לא למנוע את הקמתו, לפחות לדאוג לכך שמפקדו יהיה אחד מאנשיו הנאמנים. בפגישה שנערכה בדמשק ב-5 בפברואר, ארגן אל-חוסייני את הפיקוד הפלסטיני ואת מפקדי המיליציה "צבא הג'יהאד הקדוש" ("ג'יהאד אל מוקאדס"): קרובו, עבד אל-קאדר אל-חוסייני, היה מפקד של כ-400 לוחמים באזור ירושלים, ואילו חסן סלאמה היה מפקד אזור לוד. החלטה זו סללה את הדרך לערעור מעמדו בין מדינות ערב.
ב-7 בפברואר 1948 השתתף לראשונה בישיבה של הוועדה המדינית של הליגה הערבית בקהיר, ונחל מפלה כאשר נדחו כל חמש דרישותיו של "המוסד הערבי העליון" (שמו החדש של הוועד הערבי העליון, שמשרדו היה בירושלים והיה נתון למרותו של אל-חוסייני): הקמת ממשלה פלסטינית זמנית; העברת השלטון באזורים שפונו על ידי הבריטים לידי "הוועדות הלאומיות" המקומיות; מינוי נציג פלסטיני ליד המפקדה הכללית של הנהלת הליגה; מתן מלווה כספי עבור הקמת מינהל ערבי בפלסטין; והקצאת מענקים גדולים עבורו לפיצוי הפלסטינים נפגעי המלחמה.
ב-12 בפברואר התקבל אל-חוסייני באופן רשמי לליגה הערבית כחבר בעל זכויות מלאות, כיושב הראש של הוועד הערבי העליון. הוא הבטיח לא לעלות זמנית את עניין הקמת ממשלה ערבית פלסטינית תחת הנהגתו, ותמורת זאת הכירו בו חברות הליגה כמנהיג ערביי פלסטין.

אל-חוסייני סירב להשלים עם החלטות הוועדה המדינית והמשיך לראות עצמו כסמכות ריבונית ועצמאית במלחמה. הוא המשיך לגייס אנשים לכוחותיו על דעת עצמו, ודרש מהוועדה הצבאית לממן את רכישות הנשק והציוד עבורם. כמו כן, דרש שהוועדה הצבאית תעדכן אותו בכל פעולותיה וכי כל הנשק המגיע מהממשלות הערביות וכל התרומות יועמדו לרשותו. הוא פרסם הודעות בחתימת "המפקדה העליונה של לוחמי הקודש בפלסטין" (אל-קיאדה אל-עוליא לל-מוג'אהדין פי פלסטין). היריבות הקשה בין נאמניו בארץ ישראל לבין "צבא ההצלה" פגעה קשות במאמץ המלחמה הערבי.
לטענת אנוואר נוסייבה, תומכו של אל-חוסייני, המופתי סירב להקצות נשק למי שאינו מתומכיו הנאמנים, וגייס רק מקרב תומכיו הנאמנים לכוחות "צבא הג'יהאד הקדוש".

מאז כינוס מועצת הליגה הערבית בעאליי (באוקטובר 1947), שהה אל-חוסייני מרבית הזמן בדמשק ובביירות ובחלקו הקטן בקהיר.
ב-8 במרץ 1948 כתב איגרת אל ממשלות סוריה, מצרים ולבנון, בה ציין את הנטייה "של רבים מערביי פלסטין לעזוב את עריהם ולהתיישב בארצות ערביות שכנות". הוא הצהיר כי הוועד הערבי העליון החליט שאיש לא יורשה לעזוב את הארץ בלי הסכמתו, וכי "הערבים הפלסטינים המרובים שעזבו את ארצם מאז תחילת הקרבות", יחויבו לחזור "למען האינטרס הלאומי". לפיכך ביקש משלוש הממשלות שתסרבנה להאריך את רישיונות ישיבתם ולהוציא רישיונות חדשים בלי הסכמת הוועד הערבי העליון. במחצית השנייה של אפריל 1948, במהלכה החלה התמוטטות צבאית של הכוחות הערבים הבלתי-סדירים והתמוטטות מוראלית של האוכלוסייה הפלסטינית, פנה הוועד הערבי העליון אל הנציב העליון הבריטי בבקשה לאפשר לאל-חוסייני לשוב לארץ ישראל כדי למנוע התמוטטות מוחלטת. בקשה זו נדחתה, בהתאם למדיניות הבריטית שאסרה על כניסתו לפני 15 במאי 1948, וזאת מחשש לתגובה יהודית ואמריקנית נזעמת.
לדעת בני מוריס, בסוף אפריל כבר הבין אל-חוסייני, כי הקרב בין ערביי ארץ ישראל ובין היישוב היהודי היה אבוד, וכי מעתה תלויה המלחמה בהתערבותן של מדינות ערב. מוריס טוען כי אל-חוסייני הבין כי מנהיגיהן אינם ששים להיכנס למלחמה למען הפלסטינים, וסבר כי רק טרגדיה ערבית גדולה תביא את המנהיגים הללו לעמוד בהבטחתם ולהתערב, מכיוון שיגבר הלחץ עליהם מצד דעת הקהל במדינותיהם ומצד מדינות ערב האחרות. בנוסף לכך, הוועד הערבי העליון ראה בדאגה את הסכנה שציבור ערבי גדול ייכנע ויסכים לחיות תחת שלטון יהודי, ולכן העדיפו אל-חוסייני וחברי הוועד שלא לומר ולא לעשות דבר לנוכח הבריחה הגוברת של ערבים במהלך חודש אפריל.
בזמן המלחמה ניהל המופתי את ענייניהם של ערביי ארץ ישראל, באמצעות "המוסד הערבי העליון", ממקום גלותו בקהיר. מפקדתו הצבאית המבוצרת שכנה ברובע חלמיה בפרברי העיר. הוא השתמש בכל השפעה שהייתה לו במצרים, כדי לעודד את השתתפותו של הצבא המצרי במלחמה.

לאחר 15 במאי 1948, נמנע שובו של אל-חוסייני לפלסטין בשל התנגדותו של עבדאללה הראשון, מלך ירדן, שראה בשובו של המנהיג הפלסטיני סכנה למאמצי ההשתלטות שלו על ארץ ישראל, ולכן לחץ על חברות הליגה הערבית שיאסרו עליו לחצות את הגבול אל הארץ משטחן. זמן קצר לאחר הפינוי הבריטי ופלישת צבאות ערב לארץ ישראל, התעלם אל-חוסייני מהחלטות הליגה הערבית והורה ממקום מושבו בקהיר לוועדות הלאומיות להחזיר את הפקידים הפלסטינים שעבדו במנהל המנדטורי לתפקידיהם הקודמים. כמו כן, מינה "המוסד הערבי העליון" מנהלי מחלקות במקומם של המנהלים הבריטים ופרסם הודעה על מצב חירום בכל הארץ. בתגובה על כך, שלח עבדאללה איגרת לאל-חוסייני, בה הודה לו על שירותיו בעבר ותבע ממנו לא לפרסם "הודעות הגורמות לבלבול".

במחצית השנייה של 1948, הצליח העיתונאי האמריקני ג'ון רוי קרלסון לפגוש את המופתי בדמשק. בראיון הקצר, שהתקיים בוילה הממוקמת במתחם מגורים מוקף חומה ובתוכה כ-30 שומרים מזוינים בתת-מקלעים ורימונים, אמר לו המופתי כי תוכניתו היא "להילחם עד הניצחון". כחצי שעה לפני שיצא המופתי מביתו, נסגר הרחוב לתנועת הולכי רגל ומכוניות והמופתי נסע משם במכונית ממוגנת ירי.

 ממשלת כל פלסטין 1948–1959 
במהלך המלחמה
בספטמבר 1948 היה אל-חוסייני שותף להקמת ממשלת כל פלסטין בעזה. בשיחות מוקדמות בליגה הערבית, הוחלט להעמיד בראשה את אחמד חילמי עבד אל-באקי, ולהעניק לאמין אל-חוסייני תפקיד סמלי בלבד, ללא סמכויות. הממשלה המצרית ביקשה להצניע ככל האפשר את חלקם של הוועד הערבי העליון והעומד בראשו ב"ממשלת כל פלסטין". ראש הממשלה המצרי מחמוד פהמי נוקראשי עשה מאמץ אישי לשכנע את חוסייני שלא יעמיד עצמו באופן גלוי בראש הגוף הלאומי הזה, בטענה שהדבר יפגע בעניין הפלסטיני, לאור יחסן של ארצות הברית ובריטניה אליו עקב שיתוף הפעולה שלו עם גרמניה הנאצית. אולם חוסייני לא ויתר וב-27 בספטמבר יצא בחשאי מביתו בקהיר, בסיוע תומכים מאנשי "האחים המוסלמים" ו"הקצינים החופשיים", ולמחרת הצליח להגיע לעזה. המשטר הצבאי המצרי לא ניסה לעצור אותו, ותושבי עזה ערכו לו קבלת פנים נלהבת.

ב-30 בספטמבר נועדה בעזה "המועצה הלאומית הפלסטינית", ובראשה ישב אל-חוסייני, שנבחר פה אחד לנשיא פלסטין, אולם לא הייתה לו שום סמכות מחוץ לשטח שבשליטת מצרים. המועצה הלאומית העבירה שורת החלטות, שהחשובה ביניהן, ב-1 באוקטובר 1948, הייתה הכרזת עצמאות על כל פלסטין וירושלים בירתה.
הממשלה הדפיסה בולי דואר שעליהם דיוקנו של אל-חוסייני.

ממשלת כל פלסטין הורכבה ברובה על ידי קרוביו ותומכיו של אל-חוסייני, אולם כללה גם נציגים של סיעות אחרות של המעמד השליט בחברה הפלסטינית. בתגובה להקמת הממשלה בעזה ולניסיונות של אל-חוסייני להחיות את צבא הג'יהאד הקדוש, ארגן המלך עבדאללה, ב-2 באוקטובר קונגרס פלסטיני משלו, ולמחרת הורה שר החוץ שלו לפרק את כל הכוחות המזוינים הפועלים בשטחים שבשליטת הלגיון הערבי.
תגובת הממשלה המצרית להגעתו החשאית של חוסייני לעזה, באה רק לאחר סיום כינוס המועצה הלאומית הפלסטינית. 8 ימים לאחר שהגיע לעזה לאחר 11 שנות היעדרות ממולדתו, הוחזר חוסייני לקהיר תחת משמר כבד, ועל פי דרישתו של המלך פארוק, הושם במעצר בית זמני.
בממשלת כל פלסטין הכירו מצרים, עיראק, סוריה, לבנון, סעודיה ואפגניסטן. ארצות הברית ובריטניה תמכו בירדן.

במהלך הקרבות בדרום הארץ בסוף אוקטובר 1948, ברחה הממשלה לקהיר, ומעמדו של אל-חוסייני בארץ שקע. ממשלת מצרים סיפקה לחברי ממשלת כל פלסטין מגורים ומשרדים, וכך פיקחה על תנועותיהם ועל האנשים שבאו עמם בקשר. פגישות הממשלה נערכו בחלקן בביתו של אל-חוסייני, בפרבר אל-זייתון בקהיר. ב-20 בדצמבר 1948 מינה המלך עבדאללה כמופתי של ירושלים, את יריבו הוותיק של אמין אל-חוסייני (שהיה המועמד המוביל לתפקיד ב-1921), חוסאם א-דין ג'אראללה, אותו מינה אחר כך גם לנשיא המועצה המוסלמית העליונה, תפקיד שלא אויש מאז שהבריטים הדיחו ממנו את אל-חוסייני ב-1937.

בתחילת 1949 היה אל-חוסייני בין המתנגדים הבולטים לשובם של הפליטים הערבים לאזורי השלטון הישראלי. בני מוריס מסביר כי אל-חוסייני "חשש כי הפליטים שיוחזרו יקבלו את מרות מדינת ישראל ובכך יבוא הסכסוך הישראלי-פלסטיני על פתרונו בלא חיסולה של המדינה היהודית".

בשנות ה-50
מאז המלחמה ב-1948 היה חאג' אמין בקשרים עם האחים המוסלמים ובסוף שנת 1950 מסר עדות לטובת כמה מאנשיהם שהועמדו לדין בפני בית המשפט לפשעים חמורים בקהיר, באשמת הברחת נשק למצרים. זמן קצר לאחר מכן, שוב העיד לטובת "האחים", כאשר 32 מאנשיהם נאשמו במעשי רצח פוליטיים ובניסיון לתפוס את השלטון. בעדותו שיבח את "המסירות וההקרבה שגילו לוחמי האחים המוסלמים במלחמה בפלסטין".

אל-חוסייני המשיך את פעולותיו כדובר העצמאות הפלסטינית מאחורי הקלעים.
בפברואר 1949 השתתף בכינוס היסוד של "ועידת העולם המוסלמי".
ב-10 בפברואר 1951 נפתח "הקונגרס האסלאמי העולמי" (מואתמר אל-עאלם אל-אסלאמי) בקאראצ'י, פקיסטן, בהשתתפות נציגים מוסלמים מכ-30 מדינות, ואל-חוסייני נבחר לנשיאו. בנאום הפתיחה הוא הזהיר: "חובתו של העולם המוסלמי כולו היא לשחרר את פלסטין. אם אויבי האסלאם יישארו שליטי פלסטין, יבוא זמן וינסו לכבוש ארצות מוסלמיות אחרות". הקונגרס בקאראצ'י נמשך 12 ימים. בנאומו בקונגרס, קרא המופתי את המוסלמים ל"מלחמה עד חרמה" ב"תוקפנים", בכוונתו להודים ההינדים. הוא הבטיח לצירים בקונגרס: "בפעם הבאה נפגש, והחרב בידינו, אם על אדמת קשמיר ואם בפלסטין". במאי 1951 הופיע אל-חוסייני כנציג ממשלת כל פלסטין בדיוני הוועדה המדינית של הליגה הערבית בדמשק ודרש לגייס את כל הפלסטינים היכולים לשאת נשק, כדי לצאת למלחמה לשחרור פלסטין. לאחר מכן השתתף בכנס פליטים בביירות, שם קרא בנאומו לליגה הערבית להקים "בריגדה פלסטינית" בכל אחד מהצבאות הערביים.

מאז 1948, אך במיוחד מאז סיפוח הגדה המערבית לירדן באפריל 1950, הפעיל אל-חוסייני תעמולה אגרסיבית נגד המלך עבדאללה, שהוצג על ידו כאיש שגזל את העצמאות הפלסטינית והעביר ליהודים שטחים ערבים בהסכם רודוס וכאחראי לגורל מאות אלפי פליטים פלסטינים. ב-20 ביולי 1951 נרצח המלך עבדאללה על הר הבית על ידי מתנקש פלסטיני. לאחר הרצח נערכו סריקות בקרב הפלסטינים ורבים נעצרו ונחקרו. בין החשודים היו רבים מאנשי המופתי. הירדנים ייחסו את הרצח ותכנונו לוועד הערבי העליון ולנשיאו, אמין אל-חוסייני. בתגובה לכך פורסמה בקהיר הודעה מיוחדת בשמו ובשם הארגון, שבה הכחיש כל קשר לרצח, וטען כי הניסיונות להאשים אותו ברצח הם "אינטריגה בריטית-ציונית, המכוונת להטות את דעת הקהל ולהשלותו באמונה, כי המנהיגים הערבים מפורדים ומפולגים על ידי רגשי שנאה אישית". אל-חוסייני קרא למדינות ערב להפסיק את "מסע הטרור האכזרי" של ירדן נגד העם הפלסטיני. כשהודיע ראש ממשלת ירדן את שמות הנאשמים ברצח, ובהם שלושה ממשפחת חוסייני, הצהיר אמין אל-חוסייני כי ינקוט במעשה תגמול בכל מי שיפגע בבני משפחתו. באוגוסט נפתח משפט המעורבים ברצח ואל-חוסייני דרש ממדינות ערב לאלץ את ירדן להפסיק את המשפט ולמנות ועדת חקירה, שתחקור את "מסע הטרור, השחיטות והרדיפות" של הלגיון. לאחר הרצח, סירב טלאל, מלך ירדן, בנו של עבדאללה, להתיר את כניסתו של אל-חוסייני לירושלים.
ב-16 ביולי 1951, ארבעה ימים לפני רצח עבדאללה, נרצח בעמאן ראש ממשלת לבנון ריאד א-סולח, והיו שהטילו את האחריות גם על התנקשות הזו על אנשיו של חוסייני.

בפברואר-מרץ 1952 השתתף המופתי בכינוס נוסף של "ועידת העולם המוסלמי".
בפברואר ובמאי 1952 השתתף בשני קונגרסים אסלאמיים נוספים בקראצ'י. הוא הפך פופולרי מאוד בפקיסטן ואגודת העולמא המקומית הציעה לו מינוי ל"שיח' אל-אסלאם" במדינה, אולם הוא בחר לחזור לקהיר.
בדצמבר 1953 ביקר בסוריה, ביקור שעורר חשדות שהגיע להמריץ הסתננות של פליטים לישראל. באותו חודש כונסה "הוועידה האיסלאמית" בירושלים המזרחית, והשלטון הירדני לא הרשה לו להיות נוכח בה.
אף ששלטונות מצרים הקפידו בראשית התקופה להמשיך ולתמוך בממשלת כל פלסטין, לפחות באופן רשמי, הרי שככל שעבר הזמן הלכו וגברו ההגבלות שהוטלו על אל-חוסייני, ובד בבד הלך וגבר הניכור בין שלטונות מצרים לממשלה שבראשותו, בין היתר בשל יחסיו של אל-חוסייני עם גורמי אופוזיציה לשלטון החדש, ובעיקר עם תנועת האחים המוסלמים, אשר בעיני השלטון נחשבה לאופוזיציה העיקרית להמשך שלטונם במדינה. היחסים בין אל-חוסייני לשלטון המצרי, ובעיקר עם נשיא מצרים גמאל עבד אל נאצר עלו על שרטון בעקבות ניסיון ההתנקשות בחיי נאצר מצד האחים המוסלמים בשנת 1954, כאשר בעקבות קשריו עם האחים המוסלמים נחשד אל-חוסייני בחוסר נאמנות לשלטון המצרי.

בדצמבר 1954 ביקר אל-חוסייני בביירות, ולמודיעין הירדני נודע כי הוא מתכנן ליצור אירועים ביטחוניים בישראל שמטרתם לסבך את ירדן, ומתכנן גם להתנקש בחייו של מוסא אל-עלמי, שישב ביריחו. על פי מודיעין הלגיון הירדני, בקיץ 1955 פעלו מדמשק שתי כנופיות, שאחת מהן הונהגה ישירות על ידי אל-חוסייני. ייתכן שהן ביצעו באותה שנה פעולת טרור בישראל, אולם נראה כי שתיהן חדלו לפעול כבר באותו קיץ.
לנוכח תמיכת השלטונות המצרים בפעולות הפדאיון מרצועת עזה נגד ישראל, התקרב אל-חוסייני לשלטון המצרי ואף השתתף במסע התרמה למימון עסקת הנשק בין מצרים לברית המועצות ("העסקה הצ'כית") ב-1955. על כך גמלו לו אמצעי התקשורת במצרים בפרסום חיובי אודות נוכחותו במצרים ופעילותו. יחסיו עם השלטון המצרי המשיכו להשתפר. הוא תמך בנאצר במאבקו בברית בגדאד (1955) ותומכיו ארגנו מהומות בערי הגדה המערבית, שתמכו בנאצר וגינו את השלטון ההאשמי בעיראק.
מ-18 עד 24 באפריל 1955 התקיימה ועידת באנדונג האפרו-אסיאנית, בהשתתפות 29 מדינות. אל-חוסייני דרש להשתתף בה כמנהיג פלסטיני, אך נאצר התנגד, משום שהיה קשור עם "המדינות הבלתי-מזדהות", שבראש חלקן עמדו מנהיגים שלחמו נגד הנאצים, ונאצר סבר שאין זה יאה שמנהיג המסמל שיתוף פעולה עם הנאצים יופיע בזירה הבינלאומית. לבסוף הוסכם שאל-חוסייני יופיע בוועידה כנציג של תימן.

בתחילת 1956 פעל אל-חוסייני לקידום הקמת חטיבה פלסטינית, המורכבת מלוחמים פלסטינים ב-1948 וממומנת על ידי סעודיה.
אולם היחסים הטובים עם השלטון המצרי לא סייעו לשיפור מצב הפלסטינים ברצועת עזה, השלטונות לא התירו לאנשיו של אל-חוסייני לפעול ברצועה ולא העניקו לפלסטינים שם ביטוי כלשהו של ממשל עצמי.
ממשלת כל פלסטין המשיכה להתקיים רשמית עד 1959, אולם לא הייתה לה שום משמעות מדינית.
עם טשטוש הצביון הפלסטיני של הגדה המערבית על ידי ממלכת ירדן והימנעותה של מצרים ממתן עצמאות מדינית לפלסטינים ברצועת עזה, חיפש אל-חוסייני הזדמנות מדינית שתסייע לו להחזיר את הנושא הפלסטיני אל ראש סדר היום הערבי. ביולי 1958 התחוללה הפיכה בעיראק, שבה נפל שלטונה של השושלת ההאשמית, ואל-חוסייני ניסה לזכות בתמיכת המשטר החדש של הגנרל עבד אל-כרים קאסם במאבק הפלסטיני לעצמאות. בסוף אותה שנה, עקב הניסיונות המצריים להטיל על עיראק את מרותה של קע"ם, הפכו היחסים בין המשטר העיראקי ובין השלטון המצרי לעוינים, וכתוצאה מכך גרמו המגעים של אל-חוסייני עם המשטר העיראקי למתיחות מחודשת בינו לבין השלטון המצרי. באוגוסט 1959 חודשו היחסים בין קע"ם לבין ירדן, ולפי דרישת נאצר, עזב המופתי את מצרים ועבר להתגורר בלבנון, ובאותו חודש העביר את משרדי המוסד הערבי העליון לסוק אל-ע'רב בביירות.
אמצעי התקשורת במצרים החלו עתה להכפיש אותו כמי שחי חיי מותרות על חשבון עמו וכאחראי הראשי ל"נכבה".

בלבנון 1959–1974
קשרים עם עיראק 1959–1963
בנובמבר 1959 שלח אמין אל-חוסייני בשם המוסד הערבי העליון תזכיר לכל ממשלות ערב, בו תבע מהן "לטפל בבעיה הפלסטינית" במטרה לממש את השאיפה "לשרש את התוקפנות היהודית נגד פלסטין ולטהר אותה מציונות", ולהקים צבא פלסטיני, שיהיה הראשון מבין צבאות ערב "אשר יצעדו כדי לשחרר את פלסטין". בתזכיר נכתב של"ארמייה פלסטינית" זו חייבים יהיו להתגייס כל הגברים בגילאי 18–50. בינואר 1960 הביע אל-חוסייני את תמיכתו בתוכניתו של ראש ממשלת עיראק, עבד אל-כרים קאסם, בעניין הקמתה של רפובליקה פלסטינית. קאסם נענה לתזכיר של א-חוסייני, וב-14 באפריל 1960 הזמין את 5,000 הפליטים הפלסטינים שהתגוררו בעיראק להקים "ארמייה לשחרור פלסטין" (PLA). על פי הוראתו, פליטים צעירים גויסו ואומנו על ידי הצבא העיראקי, ובתחילת יולי 1961 סקר אל-חוסייני את היחידה הראשונה של PLA. ירדן ראתה בחומרה את פעילותו של אל-חוסייני למען הקמת מדינה פלסטינית בגדה המערבית ודרשה ממשלת לבנון לאסור עליו להמשיך את פעולתו ממנה. לבנון נענתה לדרישה ואסרה עליו פעילות פוליטית, אולם אל-חוסייני המשיך את פעילותו מביירות, ממנה יצא מספר פעמים לבגדאד, כדי לעקוב אחר אימוני הצבא של הפלסטינים.

קאסם העניק למופתי סיוע כספי, בנוסף על זה שקיבל מסעודיה, שאפשר לו לנהל מנגנון הסברה ולנהל פעילות פוליטית בקרב ריכוזי הפלסטינים בארצות ערב. כלי התקשורת העיראקיים פרסמו בהרחבה את פעילותו המדינית ואת הודעותיו הרבות. בעקבות ביקור של אל-חוסייני בבגדאד ביולי 1961, נפתח בעיר משרד הוועד הערבי העליון. בתחילת מאי 1962 יצא מביירות לבגדאד, ובתום ביקורו שם ב-8 במאי, אמר כי "תוכנית קאסם לשחרור פלסטין, שלפיה יוטל על העם הפלסטיני עצמו לשחרר את ארצו בתמיכת המדינות הערביות, היא תוכנית נכונה העולה בקנה אחד עם רצונו של העם הפלסטיני". מבגדאד יצא למכה, ל"ועידת האגודה המוסלמית", שם תקף את "הסוציאליזם הערבי הנאצרי", והבטיח קבלת החלטה ששללה את הניסיונות ליישב את הפליטים הפלסטינים בארצות ערב. בסוף מאי חזר לבגדאד ועמד בראש "הקונגרס האסלאמי העולמי" החמישי. באוקטובר 1962 הגיע לאלג'יריה בראש משלחת פלסטינית שהשתתפה בחגיגות העצמאות שנערכו במדינה. בשנת 1962, עדיין בתור יו"ר הוועד הערבי העליון, פרסם אל-חוסייני את אמנת הוועד. אמנה זו היא האמנה הפלסטינית הראשונה אשר עקרונותיה שימשו מאוחר יותר כבסיס לאמנות המוכרות יותר של אש"ף (הנוסח עודכן ב-1968).

בתחילת 1963 תפסה את השלטון בעיראק מפלגת הבעת'. במסיבת עיתונאים אמר השר לענייני נשיאות, האשם ג'ואד, שהשלטון החדש יפסיק את הקשרים המיוחדים עם אל-חוסייני. היחס השלילי כלפיו מצד השלטון החדש נבע הן מקשריו עם השלטון הקודם והן מהרצון ליצור יחסי הבנה עם נאצר.

 היריבות עם אש"ף והקשרים עם ירדן 1964–1969
לתעמולתו של חאג' אמין הייתה השפעה רבה על הופעת ארגונים פלסטיניים מיליטנטיים במדינות ערב.
בינואר 1964 התכנסה בקהיר ועידת הפסגה הערבית שבה העביר נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, החלטה על הקמת "הארגון לשחרור פלסטין" (אש"ף), ואל-חוסייני לא הוזמן להשתתף באירוע. זו הייתה הפעם הראשונה מאז שהחל אל-חוסייני להנהיג את העם הפלסטיני, שפורום ערבי רשמי קיבל החלטה כה חשובה לגורל הפלסטינים, תוך התעלמות מוחלטת מאל-חוסייני. אש"ף הוקם ביוני 1964, ובראשו העמיד נאצר את אחמד שוקיירי. היה זה מהפך בפוליטיקה הפלסטינית. אל-חוסייני לא היה חלק מהארגון. לקראת כנס היסוד של הארגון בירושלים, הוא עשה מאמצים רבים למנוע את קיומו ולשלול את הלגיטימיות שלו, וטען כי הנציגים בוועידה צריכים להיבחר ולא להתמנות. באמצע חודש מאי ארגן בלבנון כנס בהשתתפות כ-300 פלסטינים, שנועד להטות את דעת הקהל הפלסטינית כנגד אש"ף, בו הוחלט "כי העם הערבי הפלסטיני... יתנגד לתוכנית (של הליגה הערבית ושל שוקיירי) לחיסול בעיית פלסטין". אל-חוסייני ארגן הפגנות כנגד הישות הפלסטינית של אש"ף. שוקיירי ניסה לפייסו והציע לו להיות נשיא המועצה הפלסטינית העתידית, אולם אל-חוסייני והוועד הערבי העליון סירבו להשתתף בוועידה בירושלים. אל-חוסייני כעס על כך שמדינות ערב העדיפו על פניו את שוקיירי, וביטא את כעסו בהתקפה עליהן, על כך שלא מנעו את "גזילת המים הערביים" על ידי ישראל, בהפעלתה את המוביל הארצי.
ב-3 בינואר 1965 הוזמן המופתי לקונגרס העולמי המוסלמי שנערך במוגדישו, סומליה, ונבחר ליושב ראש הקונגרס.

לאחר העברת תמיכת הליגה הערבית לאש"ף באופן רשמי כמייצגם של ערביי פלסטין, בוטל מינויו של אל-חוסייני כיו"ר הוועד הערבי העליון. הקמת אש"ף, אשר לראשונה מאז מלחמת 1948 והקמת ממשלת כל פלסטין, היוותה איום על טענתו של אל-חוסייני לייצוג בלעדי של בני העם הפלסטיני למול גורמי העולם, הובילה אותו לראשונה לשקול ברית עם אויבו ההיסטורי, בית המלוכה ההאשמי. החשש המשותף של אל-חוסייני ושל המלך חוסיין מפני כוחו של אש"ף הביא אותם לפעול יחדיו. עוד בספטמבר 1963 שלח אל-חוסייני איגרת למלך חוסיין, שהובלטה בעיתונים של רבת עמון, ובה כתב לו כי קיומה של ממשלת ירדן הוא תנאי לפתרון שאלת פלסטין. בכך שינה את עמדתו רבת השנים שהתנגדה לקיומה של ממלכת ירדן, והוא החל פתאום לדבר על פתרונות שאין בהם ויתור על שטחים מצדה. לאחר שהתגלה קרע ב-1967 בין המלך חוסיין לבין יושב ראש אש"ף, אחמד שוקיירי, התייצב אל-חוסייני בגלוי לצד המלך נגד שוקיירי ונאצר. בתחילת פברואר 1967 הודיעה ירדן לליגה הערבית על החלטתה שלא להכיר באש"ף ולהחרים ועידות בהשתתפות שוקיירי. נאצר תקף בחריפות את המלך חוסיין, וזה החליט להזמין באופן רשמי את אמין אל-חוסייני לעמאן. בסוף פברואר, לאחר שהוקיע את המלך חוסיין במשך שנים רבות כאויב הלאומיות הפלסטינית, שיבח אותו חאג' אמין בגילוי דעת שפרסם, בו הסביר את תפנית שיתוף הפעולה שלו עם ירדן, בצורך להיאבק בתוכנית להפריד את הגדה המערבית מירדן, ובכך "להפוך אותה לרפובליקה חלשה ורופפת, מפורקת מנשק", שבסופו של דבר תתמזג "לתוך המדינה היהודית", לאחר שהיהודים יכבשו אותה "במועד הנוח להם".

ב-1 במרץ 1967 ביקר בירושלים המזרחית, לראשונה מאז שברח ממנה ב-1937. הוא נתקבל על ידי מושל מחוז ירושלים, מפקדי הצבא והמשטרה האזוריים ונכבדים פלסטינים. לאחר מכן המשיך להר הבית, שם עלה לקברים שעל ההר, ולאחר מכן התפלל במסגד אל-אקצא, בו הריעו לו המתפללים. בהתאם להסכם עם השלטון הירדני, הוא נמנע מלנאום במקומות בהם ביקר. המלך העמיד לרשותו מכונית-שרד מלכותית ובערבו של אותו יום נסע לעמאן ונפגש עם המלך. בפגישתו עם המלך, כינה את אנשי אש"ף "כוחות הרשע". למחרת ביקר בבית הווקף בירושלים. בירושלים הוא שהה למשך שבועיים והמלך העמיד לרשותו את ארמון הקיץ שלו בבית חנינא. ב-15 במרץ יצא מירדן למכה ובאמצע אפריל המשיך משם בחזרה לביירות.

לאחר מלחמת ששת הימים המשיך המופתי בקשריו עם המלך חוסיין. ב-16 בספטמבר 1967 כינס המלך בעמאן, לבקשת חאג' אמין, קונגרס אסלאמי עולמי, שדן ב"תוצאות התוקפנות הציונית". אל-חוסייני ישב בראשו ובנאומו הזהיר מכוונות ההתפשטות של ישראל לעבר ארצות ערב. הוא הדגיש את התנגדותו לתוכניות של שוקיירי וטען כי משמעותן "הקמת ישות רופפת בשם פלסטין" ו"ניתוק קשרי האחוה בין שתי הגדות". הוא הזהיר את הפלסטינים שבגדה המערבית וברצועת עזה, "שלא יפלו קורבן לפיתויי האויבים" ושימשיכו ב"עמידתם האיתנה" נגד הכיבוש הישראלי. ב-18 בספטמבר עמד בראש כינוס דתי נוסף, הפעם בהשתתפות אנשי דת מוסלמים ונוצרים מארצות ערב, לנוכח "המעשים הברבריים והבלתי אנושיים שמבצעים הציונים על ידי חילול המקומות הקדושים". בשם הכינוס, הוא שלח מברקים למזכ"ל האו"ם, לאפיפיור ולאחרים וקרא להם לשחרר את המקומות הקדושים ולהחזירם "לידי חוסיין". אחרי התפטרות שוקיירי מהנהגת אש"ף (דצמבר 1967), ובמיוחד לאחר שערפאת הפך לראש הוועד הפועל של אש"ף בפברואר 1969, הרבה אל-חוסייני לבקר בעמאן.

בספטמבר 1968 היה אל-חוסייני האישיות המרכזית בוועידה הפאן-אסלאמית שנערכה בקהיר, בה השתתפו העולמא מכל מדינות העולם, ובה הוחלט על ג'יהאד נגד "בני שבט ישראל" בכל מקום שהם נמצאים.
בתקופה זו עדיין מומנו פעילויותיו על ידי הסעודים. הוא ניסה להקים ארגון צבאי משלו, ובתחילת 1969 העלה בשיחות עם חוגים מוסלמים בירדן את הרעיון להקים ארגון בשם "אל-פתח אל-אסלאמי". אולם הארגון לא הפך לגורם משמעותי, ובטרם ביצע פעילות מזוינת כלשהי, הובס בקיץ 1969 בהתנגשות עם יחידת פת"ח, שהתקיפה את בסיסו במחנה הפליטים "אל וחדאת" ופירקה את אנשיו מנשקם. בתחילת 1969 אל-חוסייני גם ארגן מחדש את יחידות ג'יהאד אל מוקאדס, כחלק מהמאמץ לגבש כוח פלסטיני בחסות ירדן, אולם כעבור מספר חודשים שכנע ערפאת את הסעודים להפסיק לממן אותן, ואל-חוסייני נאלץ להגיע איתו להסכם על צירוף אנשיהן לפת"ח.
אל-חוסייני אף נמנע מלגנות את ירדן לאחר טבח ספטמבר השחור בשנת 1970. המזרחן צבי אל-פלג העריך שהמופתי קיווה להשתלב ואולי אף לעמוד בראש האוטונומיה שהועיד המלך חוסיין שתתקיים בשטחי הגדה המערבית כאשר תחזור לשליטת ירדן.
לנוכח העובדה שלא הייתה לו השפעה על אף אחד מעשרות ארגוני החבלה הפלסטיניים, הציע אל-חוסייני לפייסל, מלך ערב הסעודית, להקים ארגון חבלה שיהיה נתון למרותה של סעודיה. פייסל חשש מארגוני החבלה הפלסטיניים, שאימצו את המרקסיזם-לניניזם והיו בקשרים עם ברית המועצות וסין העממית, ולכן קיבל את הצעתו של אל-חוסייני והתחייב להקציב לו סכום כסף שנתי נכבד. אל-חוסייני קיבל את הכסף, אך לא נמצאו מתנדבים לארגונו החדש.

ירידת קרנו ומותו 1969–1974
בסוף שנות ה-60 כבר איבד אל-חוסייני את השפעתו הפוליטית, מה שהביא גם לפיחות במעמדו בזירה האסלאמית. בוועידת הפסגה של ראשי המדינות המוסלמיות, שהתכנסה בספטמבר 1969 ברבאט, נכחה משלחת של אש"ף, אולם הוא עצמו כלל לא הוזמן אליה. ב-1972 פנה אמין אל-חוסייני, באמצעות עורך דין ישראלי, לממשלת ישראל, בבקשה להחזיר לו את ביתו שעל הר הצופים, אולם שר המשפטים, יעקב שמשון שפירא, השיב בתשובה לשאילתה בכנסת כי הבית לא יוחזר. בפברואר 1974 התכנסה ועידת פסגה שנייה של המדינות המוסלמיות בלאהור, פקיסטן, ואת הפלסטינים ייצג יאסר ערפאת. אמין אל-חוסייני הוזמן אליה והושב על ידו, אולם ללא מעמד רשמי כלשהו.
באותה שנה אמר: "אין כל מקום לדו־קיום של שלום עם אויבינו. הפתרון היחיד הוא חיסולו של הכיבוש הזר בפלסטין... והקמת מדינה לאומית פלסטינית על יסוד תושביה המוסלמים והנוצרים והיהודים שחיו כאן לפני הכיבוש הבריטי וצאצאיהם".

ב-2 ביולי 1974 לקה אמין אל-חוסייני בהתקף לב והועבר לבית החולים האמריקני בביירות, וב-4 ביולי מת. ראשי אש"ף, שזמן קצר לפני כן נמנעו מלהיפגש איתו, באו אל ביתו בפרבר הביירותי אל-מנצוריה  מיד כשנודע על מותו. בנו, צאלח, הגיע מספרד וקיבל את פני המנחמים. אל-חוסייני ביקש שגופתו תיקבר על הר הבית, אך ממשלת ישראל דחתה את בקשת המועצה המוסלמית העליונה לערוך לו הלוויה בירושלים. ב-7 ביולי נערכה לו הלוויה ממלכתית בביירות, וחרף הסכסוך המדיני הממושך, בראש מלוויו צעדו מנהיגי אש"ף ובראשם יאסר ערפאת. משפחת אל-חוסייני בירושלים קבעה שלושה ימי אבל וקיבלה את המנחמים בבתים פרטיים ובבתי מלון. נכבדי הגדה המערבית פרסמו מודעות אבל וזכרו הועלה בדרשות יום שישי במסגדים ברחבי הארץ. שנתיים לאחר מותו בזזו הפלנגות הנוצריות בלבנון את הווילה שלו וגנבו את מסמכיו ואת הארכיון שלו.

משפחתו
לעיישה ואמין אל-חוסייני נולדו מספר ילדים. לא ברור מספר הבנות (בין שתיים לשש). שתיים מהן היו זיינב (נולדה ב-1924) וסועד (נולדה ב-1925). אחד מחתניו של אל-חוסייני נתמנה ב-1973 לשר התחבורה בממשלת ירדן. לאל-חוסייני היה בן אחד, צאלח (נולד ב-1930). בתחילת אוקטובר 1945 הוא הגיע ללמוד ב"אל-אזהר" בקהיר, כמו אביו. כשבגר, עבד במשרד החוץ של סעודיה, בין היתר כקונסול במוגדישו, סומליה. נכדתו של אל-חוסייני נישאה לעלי חסן סלאמה, מייסד ארגון ספטמבר השחור.

תדמיתו
בשל אחריותו החלקית לנכבה, לא נחשב אל-חוסייני לגיבור פלסטיני, למרות פעולותיו הרבות שתרמו ברבות הימים ליצירת התנועה הלאומית הפלסטינית. הוא הסביר את עצמו היטב בספרו, שיצא לאור בשנת 1954, "חקאאק ען קצ'יית פלסטין" ("עובדות על בעיית פלסטין"). בספרו טען כי החלטות המושב השלישי של הליגה הערבית, בעאליי בלבנון באוקטובר 1947, בו הוחלט על הכנות לפלישה לארץ ישראל, היו ראשית הבגידה של מדינות ערב בעניין הפלסטיני, ושכבר ב-1948 חשש שמטרת הפלישה הייתה להפקיע את החזקה המדינית על הארץ מידי הפלסטינים. כמו כן, רמז שממשלות ערב עודדו את הבריחה ההמונית של הפלסטינים, בכך שהעניקו לבורחים תעודות-מסע.

בספרו סותר אל-חוסייני את הטענות שהופנו נגדו על חלקו באי הכנת הפלסטינים למלחמה ואי הכנתם לעימות הגדול עם הציונים. אל-חוסייני טען כי אם מדינות ערב היו מספקות לפלסטינים נשק ותחמושת ככל שנדרש, והיו נותנות לפלסטינים להילחם כרצונם, הרי שהם היו מביסים את היהודים. הוא האשים בבגידה גם את עבדאללה מלך ירדן שהיה מושפע מקציני הלגיון הבריטי ועשה יד אחת עם הציונים לחלוקת פלסטין. הוא סתר את הטענה כי ניתן היה להסכים על תוכנית החלוקה, שכן לא ניתן להסכים ולו חלקית למשהו שאינו צודק כלל במהותו.
הוא טען כי הצבת הלגיון הערבי העבר ירדני במאחזים חיוניים באזור ההר ובשפלה הפנימית של ארץ ישראל, נועדה למנוע הקמת מדינה פלסטינית.

ביקורת קשה הופנתה כלפי אל-חוסייני, על כך שבזמן המלחמה ב-1948 לא חזר לארץ והנהיג את עמו ישירות, שכן לאחר סיום המנדט הבריטי ב-15 במאי כבר לא יכול היה לתרץ את היעדרו ברדיפת השלטונות הבריטים. בתגובה לטענה זו טען בזיכרונותיו כי תמיד רצה לשוב לארץ, אלא שחזרה זו נמנעה ממנו על ידי מנהיגי מדינות ערב. לדבריו, בסתיו 1947 ניסה לחזור אך מזכ"ל הליגה הערבית, עזאם, ביקש ממנו להמתין, בטענה שכניסתו לארץ לפני סיום המנדט עלולה להפוך את המלחמה הצפויה נגד היהודים למלחמה גם נגד הבריטים. ב-14 במאי התכונן לנסוע אך גילה שבריטניה הפעילה לחצים כבדים על הליגה הערבית ושרי החוץ של המדינות הערביות כדי למנוע את נסיעתו. שרים אלה טענו בפניו כי נסיעתו בזמן זה, כשהצבאות הערביים עומדים להיכנס למלחמה, תכשיל את "הצלת פלסטין ותזרע ריב בין המדינות הערביות", והוא יהיה האחראי לכישלון. הללו ביקשו מנשיא סוריה לשכנע אותו שלא לנסוע, ולאחר שלא הצליח לנסוע מסוריה, חזר לקאהיר, שם סיפר לו שר החוץ של מצרים, אחמד מחמד ח'שבה, שעבדאללה, מלך עבר הירדן, דרש מפארוק, מלך מצרים, למנוע את כניסתו לפלסטין.

לדברי צבי אל פלג, "הפופולריות של חאג' אמין בקרב הערבים הפלסטינים ובתוך מדינות ערב דווקא עלתה יותר מתמיד בתקופתו עם הנאצים. כשחזר מאירופה למזרח התיכון מיהרו מנהיגים ערבים לברך אותו, וההמונים קיבלו את פניו בהתלהבות. רק לאחר התבוסה של 1948 התעורר הצורך במישהו להאשים. במידה מסוימת, חאג' אמין נבחר כשעיר לעזאזל".Elpeleg, Zvi. (1993). The Grand Mufti: Haj Amin Al-Hussaini, Founder of the Palestinian National Movement. Israel: Frank Cass, p.180.
לדבריו, כמעט כל שריד של זכרו נעלם מהמודעות הפלסטינית והפלסטינים לא הציבו שום אתר לזכרו או ספרים המנציחים את מעשיו.
פרופ' מאיר ליטבק מסביר כי מעמדו של אל-חוסייני בקרב הפלסטינים לא מזהיר היום: "הפת"ח והרשות לא מתלהבים ממנו ואין לו מקום בולט בזירה הציבורית, בעיקר משום שהם רואים בו אחראי מרכזי לתבוסה שלהם במלחמת העצמאות". ליטבק מוסיף: "האנציקלופדיה הפלסטינית, למשל מדלגת על השנים שבהן המופתי שהה בגרמניה בערך הכתוב עליו, חמאס וחוגים אסלאמיים נוקטים גישה שונה, הם משבחים את המופתי מאוד על עמדתו הבלתי מתפשרת במאבק שלו בציונות. משבחים אותו על שהבין את מרכזיות הדת במאבק בציונות ואת הצורך לרתום את האסלם למלחמה ביהודים, ואין להם שום בעיה עם שהייתו בגרמניה הנאצית".

חוקר מדע המדינה הגרמני, מתיאס קונצל, טוען בספרו "ג'יהאד ושנאת היהודים" כי את ארגון הטרור אל-קאעידה, כמו גם קבוצות איסלמיסטיות אחרות, מנחה אידאולוגיה אנטישמית שאותה ייבאו מהנאצים דרך תפיסותיהם של אל-חוסייני ותנועת "האחים המוסלמים" המצרית.

ההיסטוריון האמריקני פיטר נוביק  טען שהתיאור ההיסטוריוגרפי של אמין אל-חוסייני שנעשה לאחר מלחמת העולם השנייה, שיקף אינטרסים גאו-פוליטיים מורכבים. לטענתו, הטענות בדבר שיתוף פעולה פלסטיני ברצח היהודים בשואה היו במידה מסוימת אסטרטגיה של התגוננות כנגד התלונה הפלסטינית שאם ישראל פוצתה על השואה, אין זה צודק שהם ישלמו את המחיר על פשעי נוצרים באירופה. הטענה שהפלסטינים היו שותפים לפשע בשואה הייתה מבוססת בעיקרה על מעשי המופתי, אולם הטענות לאחר המלחמה שהיה לו חלק משמעותי בשואה, מעולם לא אומתו. למרות זאת עורכי האנציקלופדיה של השואה העניקו לו ערך ארוך מאד באנציקלופדיה: מכל הערכים הביוגרפיים באנציקלופדיה, רק הערך על היטלר והערך על אייכמן (כשהוא כולל את הערך-משנה על המשפט) ארוכים ממנו במעט.

עם החרפת הסכסוך המזרח-תיכוני והתרחבות העיסוק במורשת השואה והשלכותיה על מערכות היחסים באזור, מצד חוקרים, פוליטיקאים ומדינאים, הועלתה הטענה שהמופתי שכנע את היטלר לבצע את "הפתרון הסופי" במהלך פגישתם ב-28 בנובמבר 1941, שקדמה ל"ועידת ואנזה" (20 בינואר 1942). פרופ. דן מכמן טוען שהמקור היחידי לטענה הן עדויות בתר-מלחמתיות על שיחות שניהל דיטר ויסליצני עם שני יהודים בזמן המלחמה. הוא גם קורא עליה תיגר בנימוק שהישיבה בוואנזה היא אירוע ברצף של אירועים ותיאומים בתהליך התפתחותו והתגבשותו של "הפתרון הסופי" ולא רגע של החלטה, שכן מבצע הרצח כבר התנהל במשך חודשים ארוכים. וכן שמתוכן הפגישה המתועדת בין השניים ניתן ללמוד על יחסי הכוחות בין שני האישים וברור שהמופתי לא היה כלל במעמד המאפשר "שכנוע" של היטלר, מה גם שכלל לא הציע במעמד זה ג'נוסייד.

באוקטובר 2015 התעורר דיון ציבורי בנוגע לחלקו של המופתי בשואה, בעקבות נאומו של בנימין נתניהו, שאמר שמלכתחילה היטלר לא תכנן להשמיד את היהודים, אלא רק לגרש אותם, אך המופתי בפגישתם אמר לו שאז יגיעו לארץ ישראל, ויעץ לו לשרוף אותם. דברי נתניהו עוררו ביקורת בישראל ובעולם, בנימוק שיש בהם שכתוב ההיסטוריה והסתה. לנוכח הביקורת הבהיר נתניהו שמטרתו הייתה להציג את תמיכתו של אל-חוסייני בהשמדת היהודים, ולא לטהר את היטלר. ב-30 באוקטובר פרסם הבהרה נוספת בעברית ובאנגלית בדף הפייסבוק הרשמי שלו, ובה הטיל אחריות מלאה על השואה על היטלר והנאצים, אך גם גינה את המופתי הפלסטיני על החלק שנטל בשואה ועל ההסתה האנטישמית שלו ושל ממשיכי דרכו.

ראו גם

 התנועה הלאומית הפלסטינית
 המועצה המוסלמית העליונה
 הוועד הערבי העליון
 יחסי גרמניה הנאצית עם העולם הערבי

 לקריאה נוספת 
 אליהו אילת, חאג' מוחמד אמין אל חוסייני, מופתי ירושלים לשעבר, הוצאת רשפים, תשכ"ח 1968.
 יובל ארנון-אוחנה, קו החריש והאש, תל אביב, אחיאסף 2013.
 .
 צבי אל פלג, מנקודת ראותו של המופתי – מאמרי חאג' אמין מתורגמים ומבוארים, מרכז משה דיין, אוניברסיטת תל אביב, הוצאת הקיבוץ המאוחד, 1995.
 . מחקר הסוקר את הקשרים בין חאג' אמין אל-חוסייני להנהגה הנאצית ופעולותיו להשמדת יהודי אירופה.
 .
 יעקב סיקא אהרוני, בעקבות המופתי עם דוד רזיאל, הוצאת המחבר, 2000.
 .
 יהודה עציון, עלילות המופתי והדוקטור, הוצאת ספריית בית אל, תשע"ד 2014.
 .
 .
 דותן גורן, "שותף אמין לרכישת הכותל המערבי: חאג' אמין אל חוסייני בשירות "ועד הצירים", 1920-1918", עת־מול, 243 (דצמבר 2015), עמ' 18–20.
 אדי כהן, המופתי והיהודים, 2021.
 גיל ססובר, חאג' אמין אל חוסייני, כנרת, זמורה, דביר, 2024.
 צילה הרשקו, "המופתי חאג' אמין אל חוסייני בצרפת, מאי 1945 – מאי 1946", עלי זית וחרב, תשס"ד, כרך ה', עמ' 32–55.
 Moshe Pearlman, Mufti of Jerusalem: The story of Haj Amin el Husseini. V Gollancz, 1947
 Schechtman, Joseph B., The Mufti and the Fuehrer: The rise and fall of Haj Amin el-Husseini, T. Yoseloff, 1965

 קישורים חיצוניים 

 עירית אברמסקי-בליי, הערך חסיני, חאג' (מחמד) אמין אל-, באנציקלופדיה של השואה (באנציקלופדיה המודפסת: כרך שלישי, עמ' 508–511)

 הארכיון של חג' אמין אל-חוסייני, באתר ארכיון המדינה
  ()

 רבקה שפק ליסק, אמין אל חוסיני: פתרון סופי בשיתוף הנאצים, באתר e-mago, 2 בספטמבר 2010

 רונית מרזן, המופתי הנשכח במאבק הפלסטיני, באתר הפורום לחשיבה אזורית, 3 בנובמבר 2015

  – עוסק בקשר ההדוק שבין המופתי לבין השלטון הנאצי, הקווים המשותפים שבין האידאולוגיה הנאצית לאידאולוגיה האיסלמית, והקשרם לסכסוך הישראלי-ערבי, הטלוויזיה הגרמנית, 2010




 Haj Amin al-Husseini, Jewish Virtual Lirbary
 Richard Breitman and Norman J.W. Goda, Hitler's Shadow : Nazi War Criminals, U.S. Intelligence, and the Cold War
 David Patterson, A Genealogy of Evil: Anti-Semitism from Nazism to Islamic Jihad
 Shelomo Alfassa, Reference Guide to the Nazis and Arabs During the Holocaust
 al-Haram al-Sharif — Temple Mount Guide
 Nazi Collaborators: The Grand Mufti

הערות שוליים

אמין
קטגוריה:המופתים של ירושלים
קטגוריה:פוליטיקאים פלסטינים
קטגוריה:ערבים משתפי פעולה עם הנאצים
קטגוריה:מורשעים בפשעי מלחמה
קטגוריה:ערבים במלחמת העצמאות
קטגוריה:אנשי אס אס
קטגוריה:הוגי דעות ומנהיגים אנטישמים
קטגוריה:בוגרי אל-אזהר
קטגוריה:הרובע המוסלמי: אישים
קטגוריה:הסכסוך הישראלי-פלסטיני: אישים
קטגוריה:מאורעות תר"פ
קטגוריה:ירושלים בתקופת המנדט הבריטי
קטגוריה:החברה הערבית בארץ ישראל המנדטורית: אישים
קטגוריה:המלחמה האנגלו-עיראקית: אישים
קטגוריה:הפרהוד
קטגוריה:ארים לשם כבוד
קטגוריה:אנטי-ציונים
קטגוריה:ארץ-ישראלים שנולדו ב-1895
קטגוריה:נפטרים ב-1974