הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני

תנועת הג'יהאד האסלאמי בפלסטין (בערבית: حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين, בתעתיק מדויק: חרכת אלג'האד אלאִסלאמי פי פלסטין, נקרא בקיצור: הג'יהאד האסלאמי, בראשי תיבות: גא"פ או גאפ) הוא ארגון טרור פלסטיני בעל אידאולוגיה ג'יהאדיסטית, פונדמנטליסטית, לאומנית ואנטי-ציונית.

הארגון, שהוקם בראשית שנות ה-80 של המאה ה-20 ברצועת עזה, רואה את הטרור ככלי בלעדי לקידום יעדיו, ובראשם חיסולה של מדינת ישראל והקמת מדינת הלכה אסלאמית פלסטינית בכל שטחי ארץ ישראל. הג'יהאד האסלאמי היה הארגון הראשון שהיווה חלופה דתית־אידאולוגית למאבק בישראל, בניגוד לאש"ף החילוני. הג'יהאד האסלאמי ביצע בשנות ה-90 ובמהלך האינתיפאדה השנייה שורה של פיגועי התאבדות, ששיאם בפיגוע במסעדת מקסים באוקטובר 2003.

פלוגות אל-קודס, הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני, היא השנייה בכוחה ברצועת עזה. למרות זאת, בהשוואה לחמאס, אין לג'יהאד האסלאמי אחיזה רחבה באוכלוסייה הפלסטינית, ובמהותו הוא ארגון ולא תנועה עממית רחבה. הארגון אימץ את הדגל השחור ופעיליו קושרים על מצחם סרט צהוב־שחור, בשונה מארגונים אסלאמיים אחרים, שדבקים בצבע הירוק המזוהה עם דת האסלאם.

הארגון מוגדר כארגון טרור על ידי ארצות הברית, בריטניה, האיחוד האירופי, אזרבייג'ן, יפן, קנדה ואוסטרליה וכן על ידי ישראל. הרשות הפלסטינית נמנעה בדרך כלל מלהתעמת עם הג'יהאד האסלאמי (אם כי לא באותה מידה כמו עם חמאס) ואפשרה בכך את התחזקותו.

לג'יהאד האסלאמי תלות רבה בגורמים חיצוניים: סוריה מאפשרת למפקדיו לפעול משטחה ומלבנון, ולכוון משם את פעילות הטרור שלו ביהודה ושומרון וחבל עזה. איראן היא הפטרונית הראשית של הארגון. היא מממנת אותו כמעט באופן מלא, מבריחה לו אמצעי לחימה, ומשתמשת בו כמנוף להסלמת הטרור תוך טשטוש "טביעת האצבע" שלה.

אידאולוגיה

ממוזער|מפת המדינות המכירות בג'יהאד האיסלמי הפלסטיני כארגון טרור
הפונדמנטליזם האסלאמי הפלסטיני, שמייצגיה המובהקים הם ארגון הג'יהאד האסלאמי ותנועת חמאס, היא חלק אינטגרלי ממגמת התחייה הדתית הפוקדת את המזרח התיכון מאז שנות השבעים המוקדמות, שאחד משיאיה היה המהפכה האסלאמית באיראן. נושאי הדגל של התחייה הדתית הם קבוצות אסלאמיות מיליטנטיות, דוגמת הג'יהאד האסלאמי המצרי, המורכבות מצעירים משכילים שהושפעו מתנועת האחים המוסלמים ומהוגי הדעות שהקימו את התנועה. אנשי האחים המוסלמים במדינות ערב התרחקו מהמאבק נגד ישראל, ודחו אותו לשלב רחוק בעתיד, ולעומתם הרדיקליזם האסלאמי שהתפתח בשטחים הדגיש את הצורך בקיום ג'יהאד מזוין ומיידי עד לשחרור כל פלסטין ומיגור "הישות הציונית". לשם כך הם מוכנים אף להתאבד. סוגיה זאת הייתה אחת מנקודות המחלוקת המרכזיות בין הג'יהאד האסלאמי לבין האחים המוסלמים בשלבי התהוותו הראשוניים של הג'יהאד האסלאמי.

הרעיונות שהשפיעו על מייסדי התנועה הם אלו של חסן אל-בנא, הוגה הדעות שעמד מאחורי הקמת תנועת האחים המוסלמים במצרים, סייד קוטב ועז א-דין אל-קסאם.

על פי פרסום פנימי של הג'יהאד האסלאמי, גיבש הארגון אידאולוגיה החותרת ל"שחרור" מיידי של כל פלסטין באמצעות ג'יהאד (מלחמת קודש) מזוין, שיופנה כלפי "הקיום היהודי בפלסטין" ויביא לחיסולה של "הישות הציונית". ה"ג'יהאד", בתפיסת הג'יהאד האסלאמי, הוא חובה מיידית שיש לממשה ולא לדחות אותה עד לאחר הקמתה של "מדינה אסלאמית". מאבק זה, לתפיסת הארגון, הוא צעד ראשון והכרחי בתהליך שיקומה של האומה האסלאמית כולה וחזרה לערכיה האסלאמיים המקוריים.

הג'יהאד האסלאמי, בהשראתם של ד"ר פתחי שקאקי והשיח' עבד אל-עזיז עודה, הביע תמיכה נלהבת ברוחאללה ח'ומייני ובמהפכה האסלאמית באיראן, והאוריינטציה הפרו־איראנית הפכה לסימן ההיכר של הארגון. בתקופה זאת התגלע סכסוך בין הג'יהאד האסלאמי לבין האחים המוסלמים, שהתנגדו לתמיכת הג'יהאד האסלאמי במהפכה האסלאמית השיעית באיראן וראו בה "סטייה מהדרך". לטענת אדי כהן חלק מראשי הארגון המירו את דתם לאסלאם השיעי.

בשנת 1990 הציעו זאב שיף ואהוד יערי "תמצות פשטני" של הדוקטרינה של הארגון: "ישועתו של האסלאם מחייבת להעמיד את המלחמה לשחרור פלסטין כיעד המרכזי. כל עוד מתקיימת מדינת ישראל כחוד־חנית של תרבות המערב בלב המזרח התיכון, לא תיתכן התחדשות עוצמתם של המאמינים".

 הנהגה 
בראש הנהגת הג'יהאד האיסלאמי עומד זיאד נח'אלה, שמשמש כמזכ"ל הארגון. סגנו של א-נח'אלה הוא מוחמד אל-הינדי. בכיר חשוב בהנהגה הוא ראש הזרוע הצבאית, אכרם אל-עג'ורי, היושב בדמשק ובביירות.

היסטוריה
"הג'יהאד האסלאמי בפלסטין" צמח מגרעין של סטודנטים פלסטינים שלמדו באמצע שנות השבעים באוניברסיטת זקאזיק במצרים, מעוז אסלאמי פונדמנטליסטי, בראשות פתחי שקאקי, שהיה באותה עת סטודנט לרפואה באוניברסיטה זאת. ד"ר רמדאן שלח, שהיה המזכ"ל של הג'יהאד האסלאמי עד 2018, נמנה גם הוא עם הגרעין המייסד של הארגון. גרעין מייסד זה נואש מחוסר המעש של תנועת "האחים המוסלמים" ממנה צמחו אנשיו, וביקש לחקות את דרכן של תנועות הג'יהאד שפרחו אותה עת במצרים, ולהקים ארגון אסלאמי פלסטיני המשלב רדיקליזם אסלאמי עם לאומיות פלסטינית חסרת פשרות, כחלופה לתפיסה הלאומית החילונית של פת"ח ואש"ף. בשנים הראשונות זכה הארגון לעידוד מצד הממשל הצבאי הישראלי, כמשקל נגד לאש"ף וארגוני השמאל ברצועה.

האסלאם הרדיקלי בשטחים, הדוגל בקידום מטרותיו באמצעות טרור (ג'יהאד מזוין, בראייתו), הגיע לידי הבשלה רעיונית וארגונית בשלהי שנות השבעים וראשית שנות השמונים, עם שובם של שקאקי וחבריו לרצועת עזה. קבוצת הצעירים בראשותו החלה לפתח את הרעיונות המהפכניים שספגו במצרים ולהתאימם לנסיבות הזירה הפלסטינית תוך הינתקות מהמסגרת הרעיונית והארגונית של "האחים המוסלמים". המהפכה האסלאמית באיראן ב־1979 היוותה נדבך חשוב בעיצובו הסופי של הזרם המהפכני אשר לבש צביון ארגוני במהלך 1980–1981 עם הופעת "הג'יהאד האסלאמי" העזתי שנודע אז במספר שמות ובראשם "החלוץ האסלאמי". מייסדיו היו שניים: ד"ר פתחי עבד אל-עזיז שקאקי והשיח' עבד אל-עזיז עודה, מטיף דת ממחנה הפליטים ג'באליה, בן למשפחה פלסטינית שעקרה ב־1948 מאזור באר שבע. בשנים אלו הקים הארגון רשת של מסגדים, גני ילדים, מועדוני נוער ומוסדות צדקה באישור הממשל הצבאי.

לאחר שובם של פתחי שקאקי וחבריו לשטחים החלו אנשי הגרעין המייסד להקים בחשאי תשתיות פעילים באמצעות פעילות פוליטית וחינוכית, ובמקביל הוקמו גם תאי טרור חמושים. האוניברסיטאות והמסגדים בשטחים שימשו שניים מהאתרים החשובים שמהם באו תומכי הארגון בשלבי התגבשותו הראשונים. באותה עת אחמד יאסין, שהקים אחר כך את חמאס, פעל בשיתוף פעולה עם חלק מהפעילים. בדצמבר 1984 נידונו חמישה חברים של הארגון לבין 9 ל-13 שנות מאסר. בשלב זה חברי התנועה עדיין לא ביצעו פיגועים משמעותיים נגד מדינת ישראל. בשנים הבאות פעילי התנועה האיסלמית החלו לכפות אורח חיים נוקשה על תושבי הרצועה. במהלך שנת 1987 התגבשו שני הפלגים השונים של "הג'יהאד האסלאמי" ו"החמאס" באופן ברור. "הג'יהאד האסלאמי" החל לבצע שורה של פיגועים ורציחות של מתנגדים בקרב האוכלוסייה ברצועה. עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה בדצמבר 1987, שיתפו פעולה על הפלגים השונים כולל פעילי אש"ף.

המחקר אודות הג'יהאד האסלאמי שנמצא ברשות "הביטחון המסכל" בבית לחם מציין כי הג'יהאד האסלאמי נטל חלק ביצירת האווירה הפסיכולוגית שהובילה לפרוץ האינתיפאדה הראשונה וכי חבריו היו בין הראשונים שהשתתפו באינתיפאדה. לדבריו במהלך האינתיפאדה הראשונה פעל הג'יהאד האסלאמי להסלמת העימות עם ישראל ולהפיכתו למאבק מזוין. גירוש מנהיגו פתחי שקאקי ללבנון (1988), על פי הפרסום, הוביל לשלב מחדש בתולדות הארגון בכך שאפשר לו להדק את קשריו "עם העומק הערבי והאסלאמי" (קרי – סוריה ואיראן). בתקופה זאת, מציין הפרסום, התחזקו גם קשרי הארגון עם חזבאללה בלבנון. בכל מקרה, בראיית הארגון עצמו הוא זה שהתחיל את האינתיפאדה הראשונה, בפיגועים שביצע כחודשיים לפני התאריך המקובל לתחילתה.

במטרה לטרפד את תהליך אוסלו, או "כשלהבות האינתיפאדה החלו להיכבות" לפי פרסום הג'יהאד האסלאמי, פתח הארגון בשורת פעולות טרור נגד ישראל, תוך אימוץ המתווה של "פעולות התאבדות צבאיות" ("אל-עמליאת אל-עסכריה אל-אִסתשהאדיה"). הארגון הוציא פיגועי התאבדות נגד ישראלים, שהחמור בהן הוא הפיגוע בצומת בית ליד (22 בינואר 1995), בו פוצצו עצמם 2 מחבלים מתאבדים בתוך ריכוז של חיילי צנחנים. בפיגוע נהרגו 21 חיילים ואזרח, והוא זעזע את דעת הקהל בישראל.

ב־26 באוקטובר 1995 נהרג מנהיג הארגון פתחי שקאקי במלטה על ידי סוכני המוסד, בעת שובו מלוב למקום מגוריו הקבוע בדמשק. במקומו מונה למזכיר הכללי של הארגון ד"ר רמדאן עבדאללה שלח, אשר נמנה, כאמור, עם הגרעין המייסד של הארגון.

אחד מפיגועי ההתאבדות הראשונים לאחר פרוץ האינתיפאדה השנייה, בוצעה על ידי הארגון. בפיגוע מכונית התופת ליד שוק מחנה יהודה ב־2 בנובמבר 2000, סמוך לשוק מחנה יהודה בירושלים נרצחו 2 אנשים.

הג'יהאד האסלאמי והעולם הערבי
הג'יהאד האסלאמי הוקם כחלק מתופעת "הג'יהאד האסלאמי העולמי" (שם שמשמש גם את אל-קאעידה), אך החליט למקד את פעילות הטרור שלו בזירה הישראלית–פלסטינית. למרות מקורו המצרי, הג'יהאד התנתק עד מהרה מהאחים המוסלמים במצרים ועבר לבסס את עצמו על הכוחות השיעים הפונדמנטליסטים בעקבות המהפכה באיראן. כיום, הג'יהאד נתמך בעיקר על ידי איראן, סוריה ולבנון (האחרונה כבת־חסותה של סוריה). מדינות אלה מספקות לו מחסה, ואף כסף, ציוד ואימונים למחבליו. הנהגת הארגון יושבת בדמשק, בתמיכתו ועידודו של המשטר הסורי, הרואה בארגון כלי לפגוע בישראל מבלי ללכלך את ידיה של סוריה. לבנון, כבת־חסותה של סוריה, נתנה מחסה לארגון הג'יהאד ולמחנות האימון שלו – בהם הוא מחליף ידע ומתאמן עם חזבאללה ומשמרות המהפכה האיראניים (וזאת ללא הפללה של סוריה ואיראן מאחר שהמחנות נמצאים בלבנון שהיא לכאורה "מדינה עצמאית").

הסיוע הסורי לג'יהאד האסלאמי
במהלך העימות הנוכחי (מאז ספטמבר 2000) פועלות איראן וסוריה באופן שוטף למניעת הרגעה במצב בשטחים ולהגברת פעולות הטרור. מחשש לתגובה ישראלית ולגינוי בינלאומי הן אינן עושות זאת ישירות אלא פועלות באמצעות "שליחים" – הארגונים הפלסטיניים שבחסותם, עם דגש על הג'יהאד האסלאמי, החמאס ו"החזית"/ג'בריל. הסורים מאפשרים לארגונים הללו (המקיימים ביניהם שיתוף פעולה) לקיים תשתיות צבאיות, מדיניות והסברתיות בשטחם ובשטח לבנון.

תשתיות אלו כוללות מפקדות, משרדים, אמצעי לחימה ובסיסי אימונים כדוגמת בסיס האימונים של "החזית", ג'בריל בעין צאחב, שהותקף על ידי חיל האוויר הישראלי. טענת הסורים, כי בשטחם מצויים "משרדי הסברה" בלבד של הארגונים הפלסטיניים היא, כפי הנראה, שקרית וחסרת יסוד.

מפקדות הארגונים שבחסות סוריה ולבנון מכוונות מדמשק את פעילי הטרור ב"שטחים". אכוונה זאת כוללת: תיאומים לביצוע פעולות טרור; העלאת רעיונות מבצעיים ו"גלגול" פיגועים באמצעות פעילים המזומנים לסוריה; הנחיות להסלמה ולהגברת פיגועי ההתאבדות או, לחלופין, כשלסוריה ולאיראן יש עניין בכך, הנחיות לבלימה זמנית של הטרור.

מנהיג הג'יהאד האסלאמי, זיאד נח'אלה (וכך גם קודמו בתפקיד, ד"ר רמדאן עבדאללה שלח), שוהה באופן קבוע בסוריה ופועל ממנה בחסות המשטר הסורי. ממפקדתו שבדמשק הוא ועוזריו עומדים בקשר שוטף עם פעילי הג'יהאד האסלאמי ב"שטחים" ומאכוונים את פעילותם.

מפקדת הג'יהאד האסלאמי בדמשק עומדת בקשר שוטף עם פעילי הטרור ב"שטחים", כפי שמסרו עצורי הג'יהאד האסלאמי שנחקרו על ידי שרותי הביטחון הישראליים. כך למשל, עלי ספורי ות'אבת מרדאווי, שני טרוריסטים בכירים מאזור ג'נין שנעצרו במבצע חומת מגן, הודו בחקירתם כי עמדו בקשר שוטף עם ד"ר רמדאן שלח ועם עוזריו חברי מפקדת הג'יהאד האסלאמי. השניים מסרו כי נהגו להתקשר באופן שוטף למפקדת הג'יהאד האסלאמי בדמשק ולשוחח על מגוון של נושאים כגון:
 בירור עמדות מדיניות של הנהגת הארגון בדמשק (לגבי מדיניות הפיגועים של הארגון).
 נטילת אחריות בפני המפקדה לפיגועים שביצעו אנשי הארגון (דיווחים מהשטחים מהווים בסיס להודעות פומביות המתפרסמות מדמשק.
 בקשות לכספים.
 קבלת הדרכה בכל הנוגע לייצור אמצעי לחימה.

הסיוע האיראני לג'יהאד האסלאמי
בכירים בג'יהאד הודו בקרבתם לאיראן ואף התגאו בכך בפרסומים פנימיים:
 "הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני הוא פרי מהעץ עטור הפירות של המנהיג ח'מיני" (ד"ר רמדאן שלח, אירנ"א, 22 מאי 2002).
 "המהפכה האסלאמית האיראנית שהתחוללה בשנת 79' מהווה ניצחון לדגם אליו חתרה ואותו יזמה הג'יהאד האסלאמי מאז אמצע שנות השבעים..." (מתוך פרסום פנימי של הג'יהאד האסלאמי).

מכל ארגוני הטרור הפלסטינים הג'יהאד האסלאמי הוא הארגון המקורב ביותר לאיראן ויותר מכל הארגונים הוא זוכה לסיוע איראני בעיקר בתחום הכספי. המנוף הכספי משמש בידי איראן (כמו בידי מדינות נוספות תומכות טרור) כלי חשוב ביותר להפעלת תשתיות הטרור ביש"ע ולעידוד פעולות טרור של הארגונים הפלסטינים השונים. מסמכי שלל של "הרשות הפלסטינית" וחקירת מחבלים עצורים ממחישים, כי האיראנים מעבירים באופן שוטף סכומי כסף גדולים ליש"ע באמצעות ארגונים שבחסותם: הג'יהאד האסלאמי, החמאס וחזבאללה.

איראן מהווה מקור מימון כמעט בלעדי של הג'יהאד האסלאמי. תקציבו השנתי של הארגון נאמד בכמה מיליוני דולרים וחלקו הגדול מיועד למימון פעולות הטרור וקיום "מעטפת הטרור" (משרדים; משכורות; אמצעי לחימה; סיוע למשפחות חללים ואסירים). ביולי 2003 טענו מנגנוני הביטחון הפלסטיניים כי החרימו 3 מיליון דולר במזומן שהועברו מאיראן לג'יהאד האסלאמי (סכום כסף גדול ביותר בראיית הג'יהאד האסלאמי).

להערכת ישראל, רק חלק מצומצם מהתקציב מוקצה למימון התשתית האזרחית של התנועה (הנופלת בהרבה בהיקפה מזו של החמאס). תשתית זאת כוללת מספר אגודות ביהודה ושומרון (אגודת "אל-אִחסאן", אגודת "א-נקאא'" לנשים, מועדון הנוער האסלאמי בבית לחם) וברצועה (אגודת "אל-אִחסאן" על 7 סניפיה). אגודות אלו פועלות בתחומי הסעד, הבריאות והחינוך האסלאמי.

כל אלה ממחישים היטב כיצד באמצעות השקעת תשומות קטנות יחסית רכשה לעצמה איראן פטרונות על ארגון טרור קטן ו"איכותי" ובאמצעותו היא מצליחה להשיג השפעה על היקף הטרור ב"שטחים". פיגועי ההתאבדות של הארגון מהווים ביטוי בולט להצלחת מדיניות התמיכה האיראנית בטרור וכל זאת תוך טשטוש "טביעת האצבעות" האיראנית.

תשתית הארגון בלבנון
הג'יהאד האסלאמי מפעיל בלבנון תשתית, מבצעית בחלקה, מאז גורש לשם פתחי שקאקי, מייסד הארגון. תשתית זאת עומדת לרשות הארגון כחלק ממדיניות איראנית, בשיתוף פעולה הדוק עם החזבאללה, באישור סוריה שבלעדיה לא יכול היה הארגון לפעול בזירה הלבנונית.

הארגון ביצע כ־20 פיגועים בלבנון, כולם בשיתוף פעולה עם חזבאללה.

מאז 1999, לבנון כבר אינה מהווה זירת מאבק עיקרית, לתפיסת הארגון, והארגון ממקד את משאביו בקידום הפעילות המבצעית ב"פנים". הדבר מוצא ביטוי בכך שפעילים של הג'יהאד האסלאמי מיו"ש ומהרצועה עוברים אימונים בלבנון, בסיוע חזבאללה. עם זאת, ב־12 במרץ 2002 בוצע פיגוע במצובה (6 הרוגים), עבור חזבאללה, על ידי שני אנשי הג'יהאד האסלאמי.

הזרוע הצבאית

ממוזער|פלוגות אל-קודס בעזה
הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי היא "פלוגות אל־קודס". אל־קודס היא "הקדושה", כינויה הערבי של ירושלים. פעולותיה העיקריות של הזרוע הצבאית הן תכנון וביצוע פיגועי התאבדות, המכוונים לרוב נגד אזרחים.

בינואר 1995 הבריח הארגון פעילים מרצועת עזה אל ישראל באמצעות אמבולנס. שניים מהם ביצעו במשותף את הפיגוע בצומת בית ליד, בה עמדו עשרות חיילים שהמתינו להסעה לבסיסם, רובם מחטיבת הצנחנים. באזור חלה והתקהלות גדולה במטרה לסייע לפצועים, אז אירע הפיצוץ השני, הקטלני יותר. בסך הכל נהרגו בפיגוע 22 אנשים, מתוכם 21 חיילים.

במרץ 1996 החדיר הארגון מחבל דרך מעבר קרני, אשר ביצע את הפיגוע בדיזנגוף סנטר בערב חג הפורים תשנ"ו. בפיגוע נרצחו 13 איש ונפצעו 125. המחבל הוסתר עם מזוודת הנפץ במשאית שפעלה בהעברת סחורות במעבר קרני.

עם פרוץ האינתיפאדה השנייה פעילות הטרור של פלוגות אל-קודס גברה באופן ניכר. הארגון, על אף היותו קטן יחסית, הפך לבולט בביצוע פיגועי התאבדות נגד ישראלים.

על פי ההערכות במערכת הביטחון, לג'יהאד האיסלאמי יש 10 אלף פעילים, לא כולם צבאיים - חלקם עוסקים בתפקידי מטה ובלוגיסטיקה. לארגון הטרור יש גם מנהרות הגנתיות והתקפיות שסמוכות לגבול.

באינתיפאדה השנייה

באינתיפאדה השנייה נטל הג'יהאד האסלאמי חלק גדול והיה אחראי למספר רב של פיגועי התאבדות. מאז תחילת העימות ביצע הארגון למעלה מ־422 פיגועים (לעומת למעלה מ־500 שביצע החמאס, הארגון המוביל בהיקף הטרור נגד ישראל). בפיגועים הללו נרצחו 134 איש ונפצעו כ־880, רובם הגדול אזרחים.

מעוזי הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון היו בערים שכם, ג'נין, טולכרם וחברון. בג'נין ובשכם שבשומרון היו מפקדות גדולות של הג'יהאד האסלאמי.

בשנת 2001 נהרג מפקד הג'יהאד האסלאמי בשומרון, איאד חרדאן, על ידי פיצוץ תא טלפון ציבורי שבו השתמש. אחריו נהרגו ואאל עסאף ואסעד דקא בהיתקלות עם כוח צנחנים בכפר עראבה.

הגא"פ בשומרון תחת פיקודו של מחמוד טואלבה
לאחר חיסולו של מפקד הזרוע הצבאית איאד חרדאן, תפס את מקומו מחמוד טואלבה, בן 22, הידוע בכינויו "נורסי". שני סגניו היו עלי ספורי ות'אבת מרדאווי. בסיס הפעולה שלהם היה מחנה הפליטים ג'נין. הם התחילו סדרת פיגועים בישראל, שרובם בוצעו בשנת 2001:
 30 בינואר 2001 – איאד סוואלחה מעורב באופן ישיר בפיגוע בגשר טייבה, בו נפצעו שני ישראלים. המחבל המתאבד היה סייען של גורמי הביטחון שגויס על ידי סוואלחה כדי לפגוע במפעיליו.
 25 במאי 2001 – פיצוץ מכונית תופת, שהיו בה שני מפגעים, בתחנה המרכזית בחדרה, 45 נפצעו.
 20 ביוני 2001 – פיצוץ מטען בפח אשפה בחדרה בצומת הרחובות הרברט סמואל וששת הימים.
 11 ביולי 2001 – ניסיון פיגוע של ג'יהאד גראר בעפולה. ג'יהאד מסר בחקירתו כי התכוון לבצע פיגוע התאבדות במקום הומה אדם וכי קיבל את המטען ממחמוד טואלבה ומעלי צפורי שאף תדרכו אותו כיצד להפעיל את המטען ונתנו לו הנחיות היכן לפוצץ עצמו. טואלבה וצפורי שלחו את ג'יהאד במונית לישראל.
 16 ביולי 2001 – פיגוע התאבדות בתחנת אוטובוס מול תחנת הרכבת בבנימינה. בפיגוע נרצחו שניים ונפצעו 8.
 22 ביולי 2001 – ניסיון של מוראד טואלבה, אחיו של מחמוד טואלבה, לבצע פיגוע התאבדות בחיפה. לאחר תפיסתו הוביל מוראד את השוטרים לחגורת הנפץ שהשאיר בבית נטוש בחיפה. בחקירתו מסר מוראד כי נשלח לבצע את הפיגוע על ידי אחיו, מחמוד, ועל ידי עלי צפורי.
 2 באוגוסט 2001 – מחבל נתפס בעת שניסה לעלות על אוטובוס "אגד" ליד בית שאן לצורך ביצוע פיגוע התאבדות. המטען הוכן, ככל הנראה, על ידי עלי צפורי.
 12 באוגוסט 2001 – שילוח המחבל המתאבד שהתפוצץ במסעדת וול־סטריט בקריית מוצקין, 14 נפצעו.
 16 באוגוסט 2001 – סמיר עבד אל-פתאח רדא טובאסי, שנעצר באום אל-פחם בדרכו לבצע פיגוע התאבדות, הודה בחקירתו כי עלי צפורי ומחמוד נורסי הם שגייסו אותו לביצוע הפיגוע.
 7 באוקטובר 2001 – מחבל מתאבד התפוצץ בכניסה לקיבוץ שלוחות. כתוצאה מהפיגוע נרצח אזרח ישראלי.
 28 באוקטובר 2001 – פיגוע הירי בחדרה, בו נרצחו 4 נשים ונפצעו 20.
 27 בנובמבר 2001 – פיגוע הירי בעפולה תוך כדי תנועה מאזור התחנה המרכזית בעפולה לכיוון השוק. כתוצאה מהפיגוע נרצחו 2 אזרחים ו־48 נפצעו.
 29 בנובמבר 2001 – הפיגוע בקו 823 בצומת מחנה 80 – מחבל מתאבד פוצץ עצמו בואוטובוס בצומת מחנה 80 שבואדי עארה. 3 אזרחים נרצחו ו־8 נפצעו.
 5 בדצמבר 2001 – מחבל מתאבד פוצץ את עצמו בכניסה למלון "הילטון ממילא" בירושלים, 11 נפצעו.
 9 בדצמבר 2001 – מחבל מתאבד פוצץ את עצמו בתחנת האוטובוס בצומת הצ'ק פוסט לכיוון תל חנן, 29 נפצעו.
 25 בינואר 2002 – פיגוע התאבדות כפול בשיתוף פת"ח בתחנה המרכזית הישנה בתל אביב, 23 נפצעו.
 5 במרץ 2002 – מחבל מתאבד פוצץ עצמו באוטובוס "אגד" 823 בתחנה המרכזית בעפולה. אזרח נהרג ו־19 אזרחים נפצעו.
 20 במרץ 2002 – הפיגוע באוטובוס בוואדי עארה – מחבל מתאבד פוצץ עצמו בקו 823 של חברת "אגד" בהגיעו לצומת מוסמוס. 5 אזרחים נרצחו ו-28 נפצעו.
 10 באפריל 2002 – הפיגוע בצומת יגור – מחבל מתאבד פוצץ עצמו בצומת יגור, 8 נרצחו ו-15 נפצעו.

במבצע חומת מגן, שהתחיל זמן קצר לאחר מכן, נכנסו כוחות צה"ל לג'נין על מנת לפעול כנגד תשתית הטרור בעיר. כאמור, בסיס הפעולה ותשתית הטרור של החוליות של "נורסי" היה במחנה הפליטים ג'נין, ובמהלך המבצע התבצרו בו כל ראשי הג'יהאד האיסלאמי. לאחר קרבות קשים בהם נהרגו 23 חיילי צה"ל, ויחד עם ההחלטה להפעיל דחפורים כבדים במחנה, הוכרעו הטרוריסטים. מחמוד טואלבה נהרג לאחר שדחפור די־9 צה"לי מוטט עליו קיר בית, ואילו שני סגניו, ת'אבת מרדאווי והשייח' עלי ספורי, נעצרו והועמדו לדין בישראל. יחד איתם נהרגו עוד בין 33–46 מחבלים ומאות נוספים נעצרו על ידי כוחות צה"ל והועברו לחקירה בשב"כ.

הגא"פ אחרי מבצע חומת מגן
איאד סוואלחה, שברח מג'נין במהלך מבצע חומת מגן, תפס את מקומו של טואלבה לאחר מותו.

סוואלחה היה אחראי באופן ישיר להכנת מכוניות תופת וכן לשילוח מחבלים מתאבדים לתוך שטח ישראל. בפיגועים שיזם ותכנן נרצחו למעלה מ־31 בני אדם ולפחות 100 נפצעו. כמו כן, עסק סוואלחה בייצור מטעני ענק, גיוס פעילים והעברת הנחיות לפעילי שטח.

יד ימינו היה מי שהיה המורה של מחמוד טואלבה, מוחמד ג'ראר, מהנדס מטענים ומשלח מתאבדים. ג'ראר נמנה עם קבוצת הפעילים הבולטים של הג'יהאד האסלאמי בג'נין, שזיכו את העיר בתואר המפוקפק "בירת המתאבדים". גורמים בפיקוד המרכז ציינו שהוא הפעיל בג'נין כמה מעבדות נפץ ובנה מטענים רבים.

בין הפיגועים הבולטים בתקופתו:
 5 ביוני 2002 – הפיגוע בצומת מגידו – סוואלחה הכין את מכונית התופת, שהכילה עשרות ק"ג של חומר נפץ, והתפוצצה בסמוך לאוטובוס "אגד" קו 830. כתוצאה מהפיצוץ התהפך האוטובוס ונשרף כליל. 17 בני אדם נרצחו ו-43 נפצעו.
 5 בספטמבר 2002 – סוואלחה היה אחראי למכונית התופת שנמצאה בין קיבוץ רגבים למושבה גבעת עדה, ובה מטען של 350 ק"ג. המכונית יועדה לפוצץ מבנה מגורים על יושביו.
 18 בספטמבר 2002 – פיגוע התאבדות נגד כוחות משטרה בצומת אום אל-פחם שבואדי עארה. בפיגוע נרצח שוטר ושניים נפצעו.
 21 באוקטובר 2002 – הפיגוע בצומת כרכור – סוואלחה שילח את ג'יפ התופת, שהכיל כ-100 ק"ג חומר נפץ, והתפוצץ בסמוך לאוטובוס "אגד" קו 841 בצומת כרכור. הפיגוע בוצע על ידי שני מחבלים, ובו נרצחו 14 בני אדם ולמעלה מ-50 נפצעו.

ב-2 בנובמבר 2002 נעצר מוחמד ג'ראר בכפר קוד שבאזור ג'נין. שבוע לאחר מכן נהרג איאד סוואלחה על ידי צה"ל.

הגא"פ בחברון
עיקר פעילות הג'יהאד האסלאמי התרכז מאז בחברון. מוקד זה עסק גם הוא בעיצומה של ה"הודנה" בהכנת פיגועים קטלניים. בראש התשתית בחברון עמד מחמד איוב מחמד סידר, שנהרג בחילופי אש עם כוח צה"ל באוגוסט 2003, בעת שהסתתר בנגרייה ששימשה כמעבדת חבלה. גם חברים בולטים נוספים בתשתית שפעלה מאז ראשית האינתיפאדה נהרגו, ובהם דיאב שויכי, יד ימינו של סידר.

מחמד סידר היה אחראי לרצח 19 ישראלים, לפציעתם של למעלה מ־80 ולהריגתם של שני משקיפי או"ם ופציעת משקיף נוסף. מחקירות עצורים התברר, כי מחמד סידר עמד בקשר רצוף עם מפקדת הג'יהאד האסלאמי בדמשק ועסק טרם מותו בהכנת פיגועי תופת והתאבדות, כולל גיוס חוליות מתאבדים וחמושים ואימונים. מעבדת החבלה בה נהרג עסקה בהכנת חומרי נפץ רבי עוצמה כדי לשדרג את קטלניות מטעני החבלה שברשות אנשי הג'יהאד האסלאמי.

פיגועים בולטים בתקופתו:
 15 בנובמבר 2002 – הפיגוע בציר המתפללים בחברון. בפיגוע נרצחו 12 בני אדם ו-16 נפצעו. בין ההרוגים היה אלוף-משנה דרור וינברג, מח"ט יהודה.
 30 במרץ 2003 – פיגוע התאבדות ב"קפה לונדון" בנתניה, בו נפצעו 54.
 19 במאי 2003 – הפיגוע בקניון העמקים – פיגוע התאבדות בכניסה ל"קניון העמקים" בעפולה, בנו נרצחו 3 בני אדם ו-54 נפצעו.
 7 ביולי 2003 – פיגוע התאבדות בבית פרטי בכפר יעבץ, בו נרצחה אם המשפחה ו-6 נפצעו.

הגא"פ בשנים 2003–2005
בעקבות הפגיעה הקשה בתשתיתו, החל הג'יהאד האסלאמי להשתמש בנשים ואף ילדים, על מנת לבצע פיגועי התאבדות.

הפיגוע הקטלני ביותר של הארגון היה ב־4 באוקטובר 2003, במסעדת "מקסים" בחיפה, בו נרצחו 21 איש (כולל 2 משפחות שלמות, ילדים ובעלי המקום הערביים) וכ־60 נפצעו. את הפיגוע ביצעה עורכת־דין צעירה מג'נין בשם הנאדי ג'רדאת.

הגא"פ המשיך לנסות לבצע פיגועים גם ב־2004, אך הצליח לשקם את עצמו רק אחרי שמספר ערים בגדה עברו לאחריות ביטחונית פלסטינית. בטולכרם בנה הגא"פ תשתית טרור ענפה, שנהנתה משקט וביטחון עקב הפסקת פעולות צה"ל בעיר בעקבות ההבנות עם הרשות הפלסטינית.

הרצי הלוי אמר ב־2009 כי בתקופה שבה שימש מפקד חטיבת מנשה, באזור ג'נין, כל תשתית הטרור של הגא"פ באותו אזור הורכבה ממשוחררי עסקת אלחנן טננבוים.

התשתית בטול־כרם והפיגועים ב־2005
תשתית הפיגועים שהקים הגא"פ בטולכרם החלה להוציא פיגועים בפברואר 2005, במקביל להכרזת הרשות הפלסטינית ואבו מאזן על הסכם עם ארגוני הטרור להרגעת השטח.

בסוף פברואר 2005, אחרי שאבו מאזן תפס את מקומו של יאסר ערפאת כיו"ר הרשות הפלסטינית והכריז על הסכם רגיעה שהושג עם ארגוני הטרור (בתמורה להפסקת הפעולות של צה"ל), ביצעה חוליה של הגא"פ מטולכרם – בהוראה מדמשק – פיגוע התאבדות במועדון הסטייג' בתל אביב. בפיגוע נרצחו 5 אנשים ונפצעו למעלה מ-50. בעקבות הפיגוע האשימו בישראל וברש"פ את סוריה במעורבות בפיגוע. ישראל תבעה מאבו מאזן לעצור את חברי החוליה שהיו אחראים לפיגוע, אך בסוף נאלצה לעשות זאת בעצמה. השב"כ עצר את רוב חברי החוליה, ואילו מנהיגה, מוחמד אבו ח'זנה, נהרג בידי דחפור די־9, כאשר התבצר בביתו ופתח באש על כוחות צה"ל שבאו לעצור אותו.

ב־6 ביוני 2005 נפתח בפלורידה משפט כנגד ראשי הג'יהאד האסלאמי בארצות הברית. כתבי אישום הוגשו נגד ד"ר סאמי אל-עריאן (מראשי הג'יהאד בארצות הברית, הקים אגודות "צדקה" שגייסו כסף לביצוע פיגועי התאבדות), סמיה טהא חאמודי, נאג'י פארס ורסאן באלוט, עובד במכבסה. כן הוגשו כתבי אישום כנגד מנהיגי הג'יהאד האסלאמי שנמלטו למדינות ערב: רמדאן שלח, עבד אל־עזיז עודה (גיסו של אל־עריאן), מאזן א-נג'אר, באשיר נאפי וכן הגזבר של ארגון הטרור, מוחמד אל־ח'טיב.

ב־7 ביוני נהרג מנהיג הג'יהאד האסלאמי בג'נין, מרווח קאמיל, במהלך פשיטה של כוחות צה"ל על העיירה קבטיה.

בסוף יוני החל הג'יהאד האסלאמי בסדרת פיגועים שמטרתם למוטט את הרגיעה שהכריז עליה אבו מאזן ולפגוע בישראלים. רוב הפיגועים סוכלו או הסתיימו ללא נפגעים, אך שתי התקפות ב-19 ביוני וב-20 ביוני הביאו לשני הרוגים ישראלים: חייל ואזרח. בתאריכים אלו אירעו מספר פגישות חשובות: הן פסגת שרון–אבו מאזן והן פגישות של הצדדים עם קונדוליזה רייס (שרת החוץ האמריקנית). בחודשים יולי–אוגוסט המשיך הגא"פ לבסס את עצמו בטולכרם, שנמסרה לאחריות ביטחונית פלסטינית במסגרת מחוות לאבו מאזן. ב־12 ביולי ביצעה חוליה של הגא"פ פיגוע התאבדות בקניון השרון בנתניה, שבו נרצחו 5 ישראלים: 4 נשים וחייל בחופשה. הג'יהאד גם ביצע ירי רקטות לעבר ישראל מרצועת עזה אך נאלץ להשעות פעילות זו עקב התחלת ביצוע ההתנתקות ותקלה מבצעית בירי רקטה שגרמה למותו של פעוט פלסטיני בבית חאנון ולפציעתם של 9 פלסטינים נוספים.

ב־25 באוגוסט הרג כוח של סיירת דובדבן 5 מבוקשים של הגא"פ וחזבאללה שהיו מעורבים בפיגועי הסטייג' ונתניה, כאשר נפגשו בלילה בטולכרם, 2 מאלה שנהרגו נחשבו לפעילים בכירים. כ־3 שבועות לאחר מכן נהרגו עוד 3 מחבלים בג'יהאד האסלאמי אך תשומת הלב עברה דווקא לרצועת עזה, שבה חמאס והגא"פ הפגיזו את שדרות ברקטות לאחר "תאונת עבודה" קטלנית בתהלוכת חמאס בג'באליה. במסגרת התגובה של צה"ל – מבצע גשם ראשון – נהרגו מספר מחבלים, ביניהם מוחמד שייח' חליל.

ניסיונות הגא"פ להוציא פיגועים ופשיטות צה"ל על טולכרם המשיכו גם באוקטובר. ב־24 באוקטובר נהרג לואי סעדי, ראש הגא"פ בגדה ו"המבוקש מספר 1". הגא"פ הבטיח נקמה קשה וכבר באותו ערב נורו רקטות אל עבר שדרות. ב־26 באוקטובר ביצע מחבל מתאבד מטעם הגא"פ פיגוע התאבדות בחדרה, שבו נרצחו 6 ישראלים. לטענת ישראל, ההוראה לבצע את הפיגוע נתנה ממפקדות הג'יהאד בדמשק, בעידודה של סוריה. ב־5 בדצמבר ביצע הג'יהאד פיגוע בנתניה שבו נרצחו 5 ישראלים.

 הגא"פ משנת 2006 ואילך 
גם בשנים 2006–2008 פעל הגא"פ להוצאת פיגועי התאבדות, אך כמעט כל הניסיונות נכשלו. הלחץ הצבאי שהפעילו צה"ל והשב"כ הביא לפגיעה משמעותית בארגון וביכולתו להוציא פיגועי תופת קטלניים. לעומת זאת, ברצועת עזה, הגדיל הגא"פ את נפח פעילותו, והצטרף לירי הרקטות על ישראל, לעיתים גם בתקופות שהייתה "הפסקת אש" לא רשמית בין ישראל לחמאס.

בשנות ה-20 של המאה ה-21 החל הג'יהאד האסלאמי בהקמת גדודי טרור מקומיים בצפון השומרון בדגש על ג'נין, טולכרם, נור א-שמס ושכם. גדודים אלו כללו מאות מחבלים חמושים, חלקם מארגוני טרור אחרים. בולטים ביניהם הם גדוד ג'נין וגדוד טולכרם. הגדודים הביאו להתעצמות הטרור בצפון השומרון ולמבצעים צבאיים של ישראל נגדם, בהם נהרגו מאות מחבלים, בייחוד במהלך מלחמת חרבות ברזל.

החל מסוף 2021 החל הג'יהאד האסלאמי, בראשות בסאם א-סעדי, להשתלט על ג'נין ולזרוע אנרכיה בעיר, תוך סילוק כוחות הרשות הפלסטינית משם. הג'יהאד האסלאמי הפך את ג'נין לקן טרור שממנו יצאו מחבלים רבים לבצע פיגועים נגד ישראל במסגרת גל הטרור שפרץ בחודש מרץ 2022. בתגובה, פתחו כוחות הביטחון של ישראל במבצע שובר גלים שכלל פעולות רבות בג'נין, כולל מעצר והריגת מחבלים רבים שפעלו במחנה. ב-2 באוגוסט 2022 נעצר בסאם א-סעדי בידי כוחות צה"ל, מג"ב ושב"כ.

טרור מרצועת עזה וירי ארטילרי על ישראל
בעקבות התהדיאה ב־2005 והבחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית שנקבעו לינואר 2006 הפך הג'יהאד האסלאמי ליורה העיקרי של רקטות קסאם על ישראל מרצועת עזה. הירי גבר בעקבות ביצוע תוכנית ההתנתקות בספטמבר 2005. את עיקר הרקטות שנורו קיבל הג'יהאד מהחמאס, שהיה לו אינטרס לא להיות מעורב ישירות בירי עקב השתתפותו בבחירות. בנוסף לרקטות הקסאם ירו בג'יהאד רקטות "אל קודס 101", "קודס 2" ו"קודס 3" לטווח בינוני, כולן מתוצרת עצמית. לגא"פ מערך ייצור הפועל היטב, ולכן עיקר הירי הרקטי המבוצע מהרצועה מבוצע על ידי ארגון הגא"פ כפי שהוזכר למעלה. עקב היותו ארגון שלא מעורב בפוליטיקה הפלסטינית ניתן למצוא פעמים רבות כי הוא איננו מחויב ל"הודנה" או ל"תהדיה" (רגיעה). בנוסף, מבריח הארגון רקטות גראד דרך רפיח, אותן הוא שיגר לעבר אשקלון.
 בתחילת פברואר 2010 שלח הארגון דרך הים כ־8 חביות נפץ מרצועת עזה אל עבר חופי ישראל. 3 חביות התגלו בחופי אשקלון, אשדוד ופלמחים ונוטרלו או פוצצו פיצוץ מבוקר בידי חבלנים של משטרת ישראל.
 במרץ 2011 החל הארגון בשיגור רקטות קסאם וגראד לעבר אשקלון, אשדוד ובאר שבע. בבאר שבע נפגע אזרח בן 56 מרסיסים. כמו כן נורו גם כמה פצצות מרגמה לעבר יישובי עוטף עזה. ב־23 במרץ התרחש גם פיגוע בירושלים שאותו בירך הג'יהאד האסלאמי, בו נהרגה אישה אחת ונפצעו קשה 3 אנשים.
 בהתלקחות שהחלה באוגוסט 2011 בעקבות מתקפת הטרור בכביש 12, סמוך לאילת, לקח הארגון חלק בירי עשרות רקטות גראד לעבר הערים אשקלון, אשדוד, אופקים ובאר שבע, בהם נמנו הרוג אחד ועשרות פצועים.
 ב־27 באוקטובר 2011 ירתה חוליית משגרים של הארגון רקטת גראד אל עבר גן יבנה. ב־29 באוקטובר הרג חיל האוויר הישראלי את אותה חוליית מחבלים, בעת שהכינו רקטה נוספת לירי על ישראל. בתקיפה נהרגו 6 מחבלים. בתגובה שיגר הארגון למעלה מ־30 רקטות אל עבר אשדוד, גן יבנה, אשקלון, באר שבע, קריית גת, אופקים ונתיבות, מהן נהרג אדם אחד.
 ב-30 באוקטובר 2017 פוצצו כוחות צה"ל מנהרת טרור שחפר הארגון מרצועת עזה אל קיבוץ כיסופים וחדרה לשטח ישראל, למרחק של 2 ק"מ מהקיבוץ. בהשמדת המנהרה נהרגו בין 7 ל-12 מחבלים פלסטיניים, בהם מחבלים בכירים בארגון (בדרגת מפקדי חטיבה) ומפקד ביחידת המנהרות של חמאס, ומחבלים נוספים נפצעו. הארגון לקח אחריות על חפירת המנהרה ואמר שמדובר ב"הכרזת מלחמה מצד ישראל". בערב אמר דובר צה"ל רונן מנליס שמטרת הפיצוץ לא הייתה לפגוע בבכירים אלא רק לנטרל את המנהרה, ושהמחבלים – שהגיעו למנהרה אחרי הפיצוץ – נהרגו כתוצאה מנזק משני שנגרם למנהרה, כגון קריסות ושאיפת אבק.
 ב-12 בנובמבר 2019 נהרג בסיכול ממוקד מפקד החטיבה הצפונית ברצועת עזה בהאא אבו אל-עטא, והארגון הגיב בירי מאסיבי של כ-450 רקטות לעבר ערי הדרום והמרכז במשך 4 ימים. רוב מוחלט של הרקטות יורטו על ידי מערכת כיפת ברזל או נפלו בשטחים פתוחים. במהלך הסבב היו 2 פצועים. צה"ל בתגובה תקף אווירית בסיסים וחוליות של הארגון, ודווח על כ־30 הרוגים ערבים.
 ב-5 באוגוסט 2022 פתח צה"ל במבצע עלות השחר נגד הארגון הפלסטיני ברצועת עזה והרג את תייסיר אל-ג'עברי, מפקד מרחב צפון ואת ח'אלד מנצור, מפקד מרחב דרום בזרוע הצבאית בארגון, במבצע נהרגו מעל 30 פעילי הארגון.
 ב-9 במאי 2023 פתח צה"ל במבצע מגן וחץ נגד הארגון עקב ירי רקטות לעוטף עזה והכוונת טרור בשטחי יהודה ושומרון, שבמסגרתו נהרגו שישה מראשי הארגון ונפגעו רבים ממתקניו.

 במלחמת חרבות ברזל 
ב-2023 לקח הארגון חלק בטבח שבעה באוקטובר לצד חמאס וארגוני טרור אחרים, שהובילה למלחמת חרבות ברזל.

במהלך המלחמה השתתפו פעילי הארגון בלבנון בלחימת חזבאללה נגד ישראל. מעט לפני פריצת המלחמה הכריז הארגון על הקמת גדודי השהיד מחמוד אלמג'ד'וב, יחידה צבאית מטעמו בלבנון. פעילי הארגון ביצעו לפחות שבע תקיפות, מרביתן ניסיונות חדירה לשטח ישראל. ההודעה היחידה של קבלת אחריות של פלוגות ירושלים פורסמה ב-9 באוקטובר 2023, בעקבות פיגוע חדירה בצפון הארץ שבו נהרגו שלושה לוחמי צה”ל, בה אישר הארגון כי שני פעיליו נהרגו.

דווח כי במערכת הביטחון בישראל העריכו כי מאות מפעילי התנועה מסוריה שולבו בלחימה תחת פיקוד ישיר של כוח רדואן של חזבאללה. מתוך 58 ההודעות שפרסם הארגון מ־8 באוקטובר 2023, 46 פעילים השתייכו לגדודי השהיד עלי אלאסוד, שלוחת הארגון בסוריה, ורק 12 מההרוגים השתייכו לשלוחה בלבנון.

מרכזו של הארגון היה בדמשק. בעקבות נפילת משטרו של בשאר אל-אסד בדצמבר 2024 נאלצה צמרת הארגון לעזוב את דמשק. באפריל 2025 עצרו כוחות הביטחון הסוריים שניים מבכירי הארגון שהמשיכו לפעול בעיר.

פעילים בולטים
הנהגת חוץ
 זיאד נח'אלה. נולד בעזה ונשפט למאסר עולם בישראל בשנת 1971. בשנת 1985 הוא שוחרר במסגרת עסקת ג'יבריל, וצורף על ידי שקאקי לארגון. ב-1988 הוא נעצר בפעם השנייה על ידי ישראל בשל פעילותו בג'יהאד האסלאמי הפלסטיני וגורש ללבנון. משנת 1995 כיהן כסגנו של שלח בסוריה, ונבחר במקומו למזכ"ל הארגון בשנת 2018.
 אכרם עג'ורי, סגנו של זיאד נח'אלה, ראש הלשכה המדינית של התנועה ומפקד הזרוע הצבאית של הארגון, שוהה בסוריה. מטוסי צה"ל הפציצו את ביתו באותו יום של הריגת בהאא אבו אל-עטא, 12 בנובמבר 2019. עג'ורי לא נפגע, אך בנו ושומר ראש שלו נהרגו בתקיפה, וכן נפצעו בה שישה בני אדם נוספים.
 סאמי אל-עריאן, פרופסור להנדסת מחשבים, נחשב ראש הג'יהאד האסלאמי בארצות הברית. בשנת 2003 נעצר בחשד שגייס תרומות וכספים לביצוע פיגועי התאבדות. חבר מושבעים זיכה אותו מרוב סעיפי האישום. בשנת 2006 חתם על עסקת טיעון שבה הודה בקשירת קשר, והיה מיועד לגירוש מארצות הברית בשנת 2007. הדבר עוכב, עקב סירובו להעיד בפני חבר מושבעים גדול. עקב כך הוא הושם במעצר בית בין השנים 2008–2014. לבסוף בוטלו האשמות נגדו והוא גורש לטורקיה בשנת 2015.
 נאצר אבו שריף, נציג הגא"פ בטהראן.

הנהגת פנים
 ד"ר מוחמד אל-הנדי, ממנהיגי הג'יהאד ברצועת עזה. משמש כיום כחבר הלשכה המדינית וכראש המחלקה המדינית בארגון. נבחר לסגן מזכ"ל התנועה בספטמבר 2018, לאחר מינויו של זיאד נח'אלה למזכ"ל התנועה.
 עבדאללה א-שאמי, היושב בעזה.
 נאפז עזאם, חבר בלשכה המדינית של הג'יהאד האסלאמי ברצועה ונחשב לאחד המנהיגים הבולטים של התנועה ברצועה. אחראי על ארגון וביצוע רבות מפעולות התנועה ברצועה, ובכלל זה על העברת כספים המגיעים לעזה מהחוץ.
 אחמד אל-מדלל, מבכירי הנהגת הג'יהאד האסלאמי ברצועה וחבר הלשכה המדינית שלה. משמש כממונה על היחסים הלאומיים בשורות התנועה, רופא בהכשרתו. שימש כחבר בכיר ברשות הלאומית העליונה לצעדות השיבה.
 ח'אד'ר חביב, מבכירי הנהגת הג'יהאד האסלאמי ברצועה וחבר הלשכה המדינית שלה. שימש כחבר בכיר ברשות הלאומית העליונה לצעדות השיבה, שהושקה במרץ 2018.
 ת'אבת מרדאווי, מבכירי הג'יהאד האסלאמי באינתיפאדיה השנייה. היה סגנו של מחמוד טואלבה. נעצר ב-2002 במבצע חומת מגן ושוחרר במסגרת עסקת החטופים השנייה ב-2025.
 עלי ספורי, היה סגנו של מחמוד טואלבה. נעצר ב-2002 במבצע חומת מגן ושוחרר במסגרת עסקת החטופים השנייה ב-2025.
 עיסא בטאט, היה מפקד הזרוע הצבאית בבית לחם. נעצר בשנת 2003 והועמד לדין בבית המשפט הצבאי ביהודה. שוחרר במסגרת עסקת החטופים השנייה ב-2025.
 ח'אלד אל-בטש, מנהיג בולט של הג׳יהאד האסלאמי ברצועת עזה. דווח כי נעצר במבצע ניתוח מקומי, אך הטענה לא אומתה.

מפקדי טרור בולטים שנהרגו, נפטרו או נעצרו
 פתחי שקאקי, ממייסדי התנועה והמזכיר הכללי (מזכ"ל) הראשון שלה. נולד ברפיח, עזה. נהרג בשנת 1995 בפעולה של סוכני המוסד בעת שביקר באי מלטה.
 איאד חרדאן, ראש הזרוע הצבאית בג'נין (נהרג בפעולת צה"ל 2001)
 מחמוד טואלבה, מנהיג הזרוע הצבאית בג'נין (נהרג במבצע חומת מגן בשנת 2002 על ידי דחפור די־9 משוריין בקרב בג'נין)
 מקלד חמיד, בכיר הזרוע הצבאית ברצועת עזה (נהרג בסיכול ממוקד, 2003)
 מחמד סידר, מנהיג הזרוע הצבאית בחברון (נהרג בפעולת צה"ל 2003)
 באשיר דבאש, בכיר הזרוע הצבאית ברצועת עזה (נהרג בסיכול ממוקד במהלך מבצע ימי תשובה, 2004)
 מוחמד שייח' ח'ליל, בכיר בג'יהאד ומתאם בינארגוני (נהרג בסיכול ממוקד במהלך מבצע גשם ראשון, 2005)
 לואי סעדי, מפקד הזרוע הצבאית ביהודה ושומרון, ראש חוליית טולכרם שהייתה אחראית לפיגועי ההתאבדות ב־2005, מבוקש בכיר (נהרג בפעולת צה"ל ב־2005)
 מרווח כמיל, מנהיג הזרוע הצבאית בג'נין (נהרג בפעולת צה"ל 2005)
 מוחמד אבו ח'זנה, מראשי החוליה שביצעה את הפיגוע ב"סטייג'" (נהרג על ידי דחפור די־9 משוריין בפעולת צה"ל ב־2005)
 עבדאללה א-ראסין, נהרג באפריל 2008
 אכרם צאלח מחמד שאער, כיהן כמפקד חטיבת ח'אן יונס של הארגון. נהרג על ידי צה"ל ביולי 2014
 רמדאן שלח, נולד בעזה והיה ממייסדי התנועה. לאחר מכן שימש כמרצה לכלכלה וליחסים בין לאומיים. לאחר הריגת שקאקי בשנת 1995, מונה למזכ"ל התנועה ועבר לסוריה. כיהן בתפקיד עד שלהי 2018, אז פרש עקב הרעה במצבו הבריאותי. נפטר ביוני 2020.
 בהאא אבו אל-עטא, מפקד החטיבה הצפונית בעזה. ב-12 בנובמבר 2019 הוא נהרג יחד עם אשתו על ידי תקיפה אווירית של צה"ל. בעקבות הריגתו חמאס והג'יהאד האיסלאמי שיגרו מטחי רקטות לשטח ישראל ובעקבות זאת צה"ל פתח במבצע "חגורה שחורה".
 סמאח עבד אל-ממלוכ, ראש המערך הרקטי של הג'יהאד האיסלאמי בעזה. ב-11 במאי 2021 הוא נהרג יחד עם שני בכירים נוספים בתקיפה אווירית של צה"ל בדירת מסתור בה הסתתר בשכונת רימאל במהלך מבצע שומר החומות.
 חוסאם אבו הרביד, מפקד חטיבת צפון רצועת עזה בזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי, ב-17 במאי 2021 נהרג בתקיפות של חיל האוויר הישראלי ברצועה במהלך מבצע שומר החומות.
 בסאם א-סעדי, מנהיג הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון, נעצר בתאריך ב-1 באוגוסט 2022 על ידי כוחות מסערבים של מג"ב כחלק ממבצע שובר גלים.
 תייסיר אל-ג'עברי, מפקד המרחב הצפוני של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. מחליפו של בהאא אבו אל-עטא שנהרג על ידי ישראל בשנת 2019, במסגרת מבצע חגורה שחורה. נהרג על ידי ישראל בסיכול ממוקד בעת פתיחת מבצע עלות השחר ב-5 באוגוסט 2022.
 ח'אלד מנסור, מפקד המרחב הדרומי של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה, נהרג ביום השני של מבצע עלות השחר ברפיח.
 זיאד אל-מדלל, סגנו של ח'אלד מנצור, חבר הנהגת הגא"פ ובנו של בכיר הנהגת הגא"פ אחמד אל-מדלל, נהרג ביום השני של מבצע עלות השחר ברפיח.
 חטאב עמאסי, מפקד חטיבת רפיח הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה, נהרג ביום השני של מבצע עלות השחר ברפיח.
 ח'דר עדנאן, אחד הפעילים הבולטים של הארגון, שנחשב לדובר שלו. התגורר בעראבה, ליד ג'נין. נעצר כעשר פעמים על ידי ישראל, ונכלא לתקופות ממושכות במעצר מנהלי. הורשע בחברות בארגון טרור ונחשד בסיוע בהעברות כספים לארגון טרור, ועם זאת מעולם לא הואשם בתקיפת ישראלים. התפרסם בעולם והפך לסמל של התנגדות לישראל בעקבות שביתות רעב ממושכות שלו שהביאו לשחרורו מספר פעמים, עד לשביתת הרעב האחרונה שלו, שביתה שהחל ב-5 בפברואר 2023 ונמשכה במשך 86 יום, עד מותו ב-2 במאי 2023.
 ח'ליל אל-בהית'יני, מפקד המרחב הצפוני של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה והאחראי לשיגור הרקטות למרחב עוטף עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל ב-9 במאי 2023 במסגרת מבצע מגן וחץ.
 טארק עז א-דין, אחראי על הכוונות פעולות הג'יהאד ביו"ש מרצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל ב-9 במאי 2023 במסגרת מבצע מגן וחץ.
 ג'יהאד ע'נאם, מזכיר המועצה הצבאית של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל ב-9 במאי 2023 במסגרת מבצע מגן וחץ.
 עלי ע'אלי, מפקד מערך הרקטות של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל בח'אן יונס ב-11 במאי 2023 במסגרת מבצע מגן וחץ.
 איאד אל-חסני, מפקד מערך המבצעים של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה ומחליפו של ח'ליל בהתיני כאחראי לשיגור הרקטות למרחב עוטף עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל בשכונת א-נסר בעיר עזה ב-12 במאי 2023 במסגרת מבצע מגן וחץ.
 מוחמד חוואשין, מפקד התארגנות הטרור של הג'יהאד האסלאמי ביהודה ושומרון ומפקד גדוד ג'נין של הארגון. נהרג ב-21 במרץ 2024 בתקיפה כטב"מ במחנה הפליטים ג'נין. 
 מוחמד ג'אבר (אבו שוג'אע), מפקד הג'יהאד האסלאמי בטול כרם (גדוד טולכרם). נהרג בתקיפה של צה"ל בעיר ב-29 באוגוסט 2024 במסגרת מבצע מחנות קיץ.
 מוחמד קטראוי, מפקד חטיבת מחנות המרכז של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל במרכז הרצועה ב-31 באוגוסט 2024 במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
 מוחמד עבדאללה, מפקד הג'יהאד האסלאמי בטול כרם (גדוד טולכרם), מחליפו של מוחמד ג'אבר (אבו שוג'אע). נהרג בתקיפה של צה"ל בעיר ב-10 באוקטובר 2024 במסגרת מבצע מחנות קיץ. 
 מוחמד אבו סח'יל, מפקד מערך המבצעים של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל בצפון רצועת עזה ב-9 בנובמבר 2024 במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
 רסמי אבו עיסא, אחראי יחסי החוץ של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני עם מדינות ערב. נהרג בתקיפה של צה"ל בדמשק ב-16 בנובמבר 2024 במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
 ח'אלד אבו דקה, מפקד מערך הרקטות של הג'יהאד האסלאמי ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל בדיר אל-בלח ב-20 בנובמבר 2024 במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
 נאג'י אבו סייף "אבו חמזה", דובר הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני ברצועת עזה. נהרג בתקיפה של צה"ל ב-18 במרץ 2025 בתחילת מבצע עוז וחרב.

ראו גם
 פלסטין היום (ערוץ טלוויזיה)
טבעת האש האיראנית

לקריאה נוספת
 שאול ברטל, דרך ג'יהאד בפלסטין, הוצאת כרמל, ירושלים: תשע"ב 2012.

קישורים חיצוניים


 הג'יהאד האסלאמי, באתר סיקור ממוקד


 יהודה אלבק, ניצחון ותבוסה בקרב מול הג'האד, מערכות, 20 בנובמבר 2024



 יהושע קליסקי, הנשק החדש של הג'יהאד האסלאמי: "מלחמת העצבים", באתר המכון למחקרי ביטחון לאומי (INSS), 11 במאי 2023


הערות שוליים

*
קטגוריה:ארגוני טרור פלסטינים
קטגוריה:ארגוני טרור אסלאמי
קטגוריה:האינתיפאדה השנייה
קטגוריה:ארגונים שהוגדרו על ידי ארצות הברית כארגון טרור
קטגוריה:ציר ההתנגדות
קטגוריה:ארגונים שהוגדרו על ידי הממלכה המאוחדת כארגון טרור