חיל הים

חיל הים, או בשמו הרשמי "זרוע הים", הוא הזרוע הימית של צה"ל. החיל מבצע את מרבית הפעילות של צה"ל בזירה הימית. בראש החיל עומד קצין בדרגת אלוף. מפקד חיל הים הנוכחי הוא אלוף דוד סער סלמה.

על פי הערכה של המכון למחקרי ביטחון לאומי לשנת 2014, בזרוע הים משרתים 9,500 חיילי סדיר ועוד 10,000 חיילי מילואים. בשנת 2004 יחידות הקומנדו של חיל הים כללו כ-300 לוחמים.

 יעוד 
זרוע הים אמונה על בניית הכוח הימי של צה"ל ועל הפעלתו. היא פועלת להבטחת עליונותה בים, חופש הפעולה וחופש השיט במרחב הימי הישראלי. ואף תקיפות נגד האויב, ועוד מעבר לכך.

זרוע הים מבצעת מגוון רחב של פעילויות באמצעות כלי השיט והיכולות המתקדמות בהם היא מצוידת. היא מחזיקה בכוח משמעותי המתבטא בספינות טילים וצוללות מתקדמות, כלי ביטחון שוטף משוכללים ויכולות רבות ומסווגות של הקומנדו הימי.

מפקד חיל הים, עמי אילון, הגדיר את משימת החיל בסיסמה: "חוף בטוח וים פתוח". בשל מצבה הגאופוליטי, מייחסת ישראל חשיבות רבה לחופש השיט ממנה ואליה. כ-97% מהסחר הבינלאומי מישראל ואליה נעשה דרך הים. בנוסף, אזורי החוף בישראל מיושבים בצפיפות וחשופים לפגיעה מהים. לאור זאת מוגדרים תפקידיו העיקריים של חיל הים כהגנה על חופי המדינה והבטחת חופש השיט לחופי ישראל.

בין תפקידי זרוע הים ניתן למנות:
 שמירה על ביטחון המדינה ואזרחיה. ובו הגנה על 190 ק"מ של חופי ישראל מטרור והברחות.
 שמירה על נתיבי שיט פתוחים לצי הסוחר.
 הגנה על המים הטריטוריאליים והכלכליים, והנכסים האסטרטגיים של מדינת ישראל שבהם.
 מבצעים בים ופשיטה מהים.
 השגת מודיעין חיוני ופעילות סייבר.
 השתלבות בקרב היבשה.

על פי מפקד חיל הים דוד סלמה ובכירים נוספים, מטרה נוספת של חיל הים היא להפוך את הים לעומק אסטרטגי של ישראל באמצעות ספינות סער 6 שהן הלכה למעשה גם סוללות הגנה אווירית ניידות בעומק הים שיוצרות "שכבת הגנה קדמית".

בתר"ש תפן - תוכנית העבודה הרב-שנתית של צה"ל לשנים 2008–2012, עמד התקציב השנתי של חיל הים על כמיליארד שקל, לא כולל רכש סטי"לים חדשים.

 מבנה זרוע הים 
עץ מבנה חיל הים:

 מטה חיל הים 
מטה חיל הים, השוכן ברובו במפקדת חיל הים במחנה רבין, מורכב מחמישה מספנים (מספן הוא יחידה ראשית במטה החיל, המקביל ל"חטיבה" באגפי המטה הכללי ול"להק" במטה חיל האוויר). ראשי המספנים כפופים ישירות למפקד חיל הים, ודרגתם תת-אלוף או אלוף-משנה. המבנה ההיררכי של המספנים, כנהוג ביחידות מטה בצה"ל, מורכב ממחלקות, ענפים ומדורים. המספנים הם:
 מספן המטה
 מספן הים
 מספן המודיעין
 מספן הציוד
 מספן כוח האדם
ממוזער|280px|שמאל|כלי שיט של חיל הים הישראלי
ממוזער|280px|שמאל|ספינת טילים סער 5 וצוללת מסדרת דולפין aip אח"י תנין
ממוזער|280px|שמאל|לוחמי הקומנדו הימי של שייטת 13 מסתערים מן הים

 שייטות 
כלי השיט של חיל הים הישראלי משתמשים בקידומת "אח"י" – אניית חיל הים. מספר כלי שיט ללחימה בצי הישראלי הוא כשליש מחיל הים המצרי. במונחים גלובליים הצי הישראלי קטן מאוד, הן מבחינת גודלו הכללי והן מבחינת הדחק ספינותיו – הספינות הכי גדולות בו הן בגודל קורבטה (ספינת טילים מדגם סער 6).
 שייטת ספינות הטילים – שייטת 3.
הכוח הלוחם העיקרי של חיל הים הישראלי. השייטת הוקמה בסוף שנות השישים וכוללת סטי"לים (ספינות טילים) משלושה דגמים (סער 4.5, סער 5 וסער 6). יעודה העיקרי של השייטת הוא לבצע משימות במים הטריטוריאליים ומחוצה להם כדי להבטיח תנועה חופשית של תובלה ימית למדינת ישראל. בנוסף מבצעת השייטת פעולות לאיסוף מודיעין, מתן גיבוי לכוחות קרקע ואוויר בפעולותיהם המבצעיות, הפגזת מתקני חוף האויב וצירי תנועה לאורכו, ריתוק כוחות אויב על הקרקע, הרתעה ימית, סיורים ובט"ש (ביטחון שוטף) נגד פח"ע (פעילות חבלנית עוינת) לאורך חופיה של מדינת ישראל.
 שייטת הצוללות – שייטת 7.
השייטת האחראית על הפעלת הצוללות שברשות חיל הים. תפקידי היחידה – השמדת כלי שיט אויב, שליטה במבואות נמלים, פעילות ריגול חשאית, וסיוע לכוחות נוספים בקרב. הצוללות מסדרת דולפין והצוללות מסדרת דולפין AIP, שאותן מפעילה היחידה כיום, הן צוללות קונבנציונליות מן המתקדמות בעולם. הצוללות מדגם זה הן אמצעי הלחימה המורכב והיקר ביותר בצה"ל.
 שייטת 13 – הקומנדו הימי
יחידת קומנדו ימי הפועלת בים וביבשה. עוסקת בפעילות מבצעית מעבר לקווי האויב כגון פגיעה בכלי שיט בנמלי האויב ובמתקנים חיוניים בעת מלחמה, ובאיסוף מודיעין איכותי על פעולות ומהלכי האויב. הלוחמים ביחידה עוברים מסלול הכשרה מפרך, אשר כולל אימונים ולוחמת חי"ר, קורס לוחמה בטרור ולוחמת גרילה, קורס צניחה, שיטות תקיפה ופשיטה מהים ומהאוויר, הפעלת כלי שיט וחימוש קטלני מתקדם ואימוני כושר קרבי.

 יחידות לוחמה 
 פלגות הבט"ש – פלגה 914, פלגה 915 ו-פלגה 916.
 יחידה למשימות תת-מימיות (ילת"ם)
 יחידת סנפיר להגנת נמלים
 פלגה 921 (שייטת הנחתות)
 גף סיורי ים (גס"י)

 מערכים תומכים 
ממוזער|280px|שמאל|חיילי מערך השליטה הימית במלחמת חרבות ברזל, אוקטובר 2024
 מערך שליטה ימית
 מספנת חיל הים
 מרכז מפת"ח
 יחידת השליטה הימית

ממוזער|280px|שמאל|סופר-דבורה סימן 3 עוגנת במרינה הרצליה
ממוזער|280px|שמאל|לוחמי פלגות הבט"ש על סיפון הדבורה

 בסיסים 
 בסיס חיפה 

בבסיס חיפה (ב"ח) מרוכזות: שייטת 7 – שייטת הצוללות, שייטת 3 –שייטת ספינות הטילים ופלגה 914 – אחת מפלגות הבט"ש. עיקר תפקידו של הבסיס לאבטח את נתיבי השיט של מדינת ישראל, לשמור ולשפר את כושר הפעולה המבצעי של החיל, ולבצע משימות בט"ש (ביטחון שוטף). מפקד זירת חיפה (תת-אלוף) מכונה 'מפקד ב"ח'.

 בסיס אשדוד 

בסיס אשדוד ממונה על חלקה הדרומי של זירת ים תיכון ועוסק בעיקר בבט"ש. מפקד בסיס אשדוד הוא מפקד זירת אשדוד של חיל הים. התפקיד מכונה "מב"ס אשדוד". בבסיס פועלת פלגה 916 המפעילה ספינות סיור מדגם "דבורה" סימן 3 ו"שלדג", בשנת 2023 הוחלט כי שייטת הנחתות תוצב בבסיס.

 מחנה עתלית 

במחנה עתלית מתבססת שייטת 13 – יחידת הקומנדו הימי. בשטח המחנה נמצאים שרידי המבצר הצלבני הידוע בשם מבצר עתלית.

 בסיס אילת 

ממוזער|280px|שמאל|ספינת הטילים מדגם סער 6 אח"י מגן בזירת ים סוף
בסיס חיל הים באילת קיים משנת 1951. הבסיס משמש כמפקדת זירת ים סוף החל משנת 1980 עם גמר פינוי כוחות חיל הים משארם א-שייח' במסגרת הסכם השלום עם מצרים. מפקד הבסיס מכונה בחיל הים "המז"ר (מפקד זירה)". זירת ים-סוף (זי"ס) היא אחת משלוש זירות הפעולה של חיל הים.

משימתה העיקרית של זרוע הים באילת היא לשמור על השקט הביטחוני של אילת. עיקר הפעילות בעיר אילת מתבסס על נופש ותיירות אשר כוללים, בין השאר, כמאתיים כלי שיט הנעים בשטח ים קטן יחסית. מכאן ניתן להבין את חשיבות הים לאזור, את כמות המשתמשים הרבה בים ואת החיוניות שבנוכחות מחד, לצד פעילות מוצנעת יחסית מאידך, על מנת להמשיך ולשמור על צביונה התיירותי של העיר.

תחום המים הריבוניים של מדינת ישראל במפרץ אילת תחום מצפון וממערב בחוף ישראל, ובמזרח גבול ימי עם ירדן. בעבר אזור זה היה מפגש בין ארבע מדינות עימות: ישראל, מצרים, ירדן וסעודיה. כיום רק סעודיה נותרה כמדינת אויב.
בבסיס פועלת פלגת הדבורים – פלגה 915, המפעילה ספינות סיור מדגם "דבור", "דבורה" ו"נחשול".

 בסיס ההדרכה 

ממוזער|280px|שמאל|ספינת שלדג של ספינות הבט"ש
בסיס ההדרכה המרכזי של החיל, בה"ד 600, ממוקם בחיפה. בסיס ההדרכה מאכלס את בית הספר לחובלים, בית הספר לפיקוד ימי, בית הספר למקצועות הצוללות, בית הספר למקצועות הסט"ילים (ספינות טילים), בט"ש ימי (בט"ש, טירונות ושליטה), מסגרת טכני-חוף ומסגרת הסימולטורים. למעט קורס הקומנדו הימי (שייטת 13, בבסיס עתלית), הכשרתם של כל בעלי המקצוע בחיל מתבצעת בבסיס זה – הן הכשרות בתחום הימאות והן הכשרות בתחומים אחרים – כגון מחשוב, מודיעין ושליטה. בשנת 2008 הוקם בית הספר הטכני של חיל הים, צור ים, הממוקם גם הוא בבה"ד חיל הים ומחנך תלמידים בכיתות ט'–י"ב במקצועות טכניים, אשר משתלבים במערך הטכני ובמערך הלוחם של חיל הים.

 מספנת חיל הים 

המספנה ממוקמת בצמוד לבסיס חיפה ואחראית על ביצוע התקנות, תיקונים ושיפורים בכלי השיט, באמל"ח (אמצעי לחימה), במערך הגילוי החופי ובמתקני החוף. למספנת חיל הים שלוחות בבסיסים מבצעיים אחרים של חיל הים ברחבי ישראל.

 בסיס ציוד ותובלה 

בסיס ציוד ותובלה (בצ"ת) שוכן במחנה החותרים מדרום לטירת כרמל. בבסיס זה מאוחסן הציוד הנחוץ לפעילות חיל הים ושוכנים בו גופי ההצטיידות והאספקה ליחידות השונות. בבסיס זה שוכנת גם יחידת מפת"ח.

 מפקדת חיל הים 
ממוזער|280px|שמאל|מפקד חיל הים אליעזר מרום מארח את מפקד הצי השישי במפקדת חיל הים בקריה
מפקדת חיל הים (מפח"י) שוכנת במחנה רבין (הקריה) בתל אביב בסמוך למטה הכללי ומפקדת חיל האוויר. מיום הקמת החיל ועד 1972 שכנה המפקדה בסטלה מאריס שבחיפה. במפח"י מצויים חדרי השליטה, מרכזי הקשר, יחידת תכנון מבצעים, מודיעין, כוח אדם, מרכזי מחקר ופיתוח ולוגיסטיקה, כמו גם יחידת שליטה ימית (יש"י) האחראית על שליטה ביחידות המבצעיות.

 כלי השיט ללחימה 

ממוזער|350px|שמאל|חלק מכלי השיט של זרוע הים
ממוזער|280px|שמאל|משט כבוד של שייטת ספינות הטילים, 1971

 כלי שיט תת-מימיים 
 צוללות דולפין
 צוללות דולפין AIP
 צוללות דקר (עתידי)

 כלי שיט על-מימיים 
 קורבטות טילים 
 סער 6
 סער 5

 ספינות טילים 
 סער 4.5
 הקורבטות מסדרת רשף (עתידי)

 נחתות 
 סדרת נחשון

 כלי בט"ש 
 דבור
 דבורה
 סופר דבורה סימן 3
 שלדג סימן 3
 שלדג סימן 5
 נחשול
 צרעה

 כלים נוספים 
 אוניות תובלה, גוררות, מורנה
 פרוטקטור, כלי שיט בלתי מאויש (כשב"ם) מתוצרת רפאל הנושא מקלע ומשמש לבט"ש בדרום וליד חופי הרצועה.

 כלי טיס 
חיל האוויר הישראלי הפעיל על ידי טייסת 193 עבור חיל הים את כלי הטיס הבאים:
 AS-565 פנתר ("עטלף") – מסוק סיור היכול לפעול מספינות סער 5 ו-6. יצא משירות ב־2025.
 מסוקי יורוקופטר HH-65 דולפין, "דולפין" יצאו משירות ב-1997.
 מטוס שחף – מטוס סיור, יצא משירות ב-2017.

 גלריה 

 סימוני עבר לכלי שיט 
 ק – קרב ספינת קרב כמשחתת, פריגטה וקורבטה
 ט – טרפדת, ספינת טורפדו
 פ – פולשת, נחתת
 צ – צוללת

 כלי שיט שיצאו משירות 
 סער 1
 סער 2
 סער 3
 סער 4
 סטי"ל זיוונית
 יתוש
 נט"קים (נחתות טנקים)
 נט"ק 36 מטר (יצאו משירות)
 נט"ק 60 מטר (יצאו משירות)
 נט"ק 100 מטר (אח"י בת-שבע, יצאה משירות)

 היסטוריה 
הזרוע הוקמה ב-17 במרץ 1948, ופעלה בשם השירות הימי. הארגון איגד את פעולות ההעפלה ואת הקמת כוח הלחימה הימי של ההתיישבות היהודית. שנה לאחר מכן, במרץ 1949, השם שונה ל "חיל הים" והוחלט על המבנה המוכר לנו כיום. חיל הים היה שותף פעיל בכל מלחמות ישראל. עם מבצעי החיל נמנים: הטבעת "האמיר פארוק", שביית ה"איברהים אל אוול", פעולת פורט סעיד, קרב רומני, הפשיטה על האי גרין, מבצע אסקורט, מבצע אביב נעורים, קרב לטקיה והשמדת ספינות טילים מצריות באזור פורט סעיד במלחמת יום הכיפורים, תקיפת נמל ע'רדקה, הנחיתה בחוף אל-אוואלי במלחמת לבנון הראשונה (1982), לכידת ספינות שהובילו נשק לארגוני טרור ועוד רבים אחרים. כמו כן עוסק חיל הים במשימות של ביטחון שוטף לאורך חופי ישראל. החיל ספג אבדות במספר מקרים שהתפרסמו: טיבוע המשחתת אח"י אילת בשנת 1967, טביעת הצוללת אח"י דקר בשנת 1968, אסון השייטת ב-1997 והפגיעה בסטי"ל אח"י חנית מטיל של חזבאללה במהלך מלחמת לבנון השנייה. במלחמת ששת הימים פגעו בשוגג טרפדות ומטוסים של צה"ל באוניית ביון אמריקאית, "ליברטי", ששהתה בקרבת חוף סיני ונחשדה כאונייה מצרית. בתקרית נגרמו אבדות רבות לאנשי צי ארצות הברית.

את הקמת חיל הים והתעצמותו ניתן לחלק ל-5 תקופות:
 תקופת היישוב, שבה הוקמו הארגונים הימיים ובה הייתה ההכשרה הימית בצי הבריטי
 שלב הקמת חיל הים
 התעצמות ותקופת המשחתות והצוללות הראשונות
 עידן ספינות הטילים
 התעצמות צי הצוללות.

 תקופת היישוב 
בשנות ה-20 וה-30 החלה הקמת תשתית ימית ביישוב. ראשית ההתאגדות הימית הייתה ספורטיבית בעיקרה ושמשה כר נוח ומסווה לפיתוח תשתית ימית למפעל ההעפלה – 'המוסד לעלייה ב'' ו'עליית אף על פי' – שהחל ב-1934. התשתית הימית התרחבה עם בניית נמל תל אביב, הקמת צי מסחרי עברי, אגודות ימיות ספורטיביות – אגודת יורדי ים זבולון, הפועל וצופי ים בתל אביב וחיפה וכן הקמת צי דיג. ב-1937 הוקם על ידי מוסדות היישוב "החבל הימי לישראל" (חי"ל) שעסק בעידוד הנושא הימי.
כמו כן, הסוכנות היהודית הפעילה מחלקה ימית שבראשה עמד מ-1935 דוד בן-גוריון.

בשנת 1938 הוקם על פי חזונו של ד"ר שלמה ברדין בחצר בית הספר בסמ"ת ה"בסי"מ" – בית הספר הימי שהפך לאחר קום המדינה לבית הספר לקציני ים עכו.

עם עלות היטלר לשלטון הקימו ראשי ארגון "ההגנה" (בשיתוף תנועת "החלוץ" בפולין) והתנועה הרוויזיוניסטית תשתית להבאת עולים מאירופה בצורה בלתי לגאלית. שתי האוניות הראשונות הגיעו לחופי ארץ-ישראל, "ולוס" ביולי 1934 ו"אוניון" באוגוסט 1934 (קדמה לשתיהן, בינואר 1934 אוניית המעפילים "כוכב", אך היא הגיעה ממצרים ולא מאירופה). קרוב ל-50 הפלגות נערכו עד לתחילת מלחמת העולם השנייה. בתגובה לגזרות הספר הלבן הבריטי שפורסם ערב מלחמת העולם השנייה הקימו מוסדות היישוב את המוסד לעלייה ב', שנועד לרכז את העלייה הבלתי-לגלית.

תנועת בית"ר הקימה בית ספר לקציני-ים בצ'יוויטווקיה שבאיטליה, שפעל בשנים 1936–1937.

עם פרוץ מלחמת העולם השנייה והתקדמות גייסותיו של ארווין רומל במדבר המערבי לכיוון ארץ ישראל בשנת 1941, החלה הסוכנות היהודית במגעים עם שלטונות המנדט הבריטי כדי לגייס את בני היישוב לצבא הבריטי. בשנת 1941 הצליחה המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית לשכנע את הצי הבריטי לגייס ארץ ישראלים לשרותיו. כ-1,100 מתנדבים, מתוכם 12 קצינים שמונו על ידי הסוכנות, גויסו לצי הבריטי. מתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי ומתנדבי היישוב לצי המסחרי המגויס היוו שדרה טכנית חשובה בהקמת חיל הים הישראלי. במקביל לגיוס לצי, הוכשרו על ידי המודיעין הצבאי הבריטי כ-30 חברי "ההגנה", בהם כמה ימאים שעסקו קודם לכן כמלווי אוניות המעפילים, לפעילות חבלה מאחורי קווי גייסותיו של רומל בצפון אפריקה וכוחות וישי הצרפתיים בסוריה ולבנון. במסגרת זו אבדו במאי 1941 בפעולה בלבנון בספינה "ארי הים" כ"ג יורדי הסירה ורס"ן אנטוני פלמר הבריטי.

בסיוע "המוסד לעלייה ב" הקים דוידקה נמרי סגן מפקד הפלמ"ח בתחילת ינואר 1943 יחידה ימית, "המחלקה הימית", שנועדה לחדש את מפעל ההעפלה לכשיווצרו התנאים לכך. ב-1945 חודשה ההעפלה והמחלקה גדלה והפכה לפלוגה ימית (פלי"ם). הכשרת אנשי הפלי"ם כללה קורס מפקדי סירות שנועד להורדת המעפילים בחופי הארץ (באמצעות שלוש הסירות 'דב', 'תרצה' ו'רבקה', על שם בני משפחת הוז שנהרגו בתאונת דרכים) ו'קורס חובלים' שנועד להכשיר את מלווי אוניות מעפילים.

בתום מלחמת העולם חודשה עלייה ב' בזרם הולך וגדל, ובתגובה לכך הקימו הבריטים שייטת מיוחדת "הסיירת הפלשתינאית" שנועדה, בסיוע מטוסי סיור ותחנות מכ"ם, לסכל את עליית המעפילים ארצה. בתגובה לכך, הוקמה על ידי הפלי"ם בנובמבר 1945 חוליית חבלה ימית לצורך חבלה בכלי שיט בריטיים שהופעלו לסיכול מפעל ההעפלה. חוליה זו היוותה גרעין להקמת שייטת 13 בעת הקמת חיל הים.

ב-1946 הוקמה על ידי הסוכנות היהודית וההסתדרות חברת "צים" שהוכרזה לימים כחברת הספנות הלאומית. בצדה המשיכה לפעול 'חברה לשירות ימי עתיד', שהוקמה בשנת 1934, וחברת הספנות של הקיבוץ המאוחד וכן חברת מאיר דיזנגוף ושות'.

 מלחמת העצמאות 

ממוזער|280px|שמאל|ראש הממשלה דוד בן-גוריון מבקר בחיל הים ומקבל הסבר לפעולת הסקסטנט ממפקד חיל הים פול שולמן, 1949.
בשלהי 1947 הוקם 'שירות ימי' שהתבסס על:
 אנשי הפלי"ם
 קצינים מקצועיים אנשי מח"ל מהצי הבריטי וחיל הים האמריקאי.
 מתנדבי היישוב לצי הבריטי שהוו את השדרה הטכנית של החיל.
 אנשי הצי המסחרי שהיו קציני ים מנוסים, אך חסרי הכשרה ימית מבצעית.
 חברי האגודות הימיות למיניהן.

מעצם רבגוניותו של כוח האדם בשנת ההקמה והרקע השונה ממנו הגיע נוצרו לא מעט חיכוכים וחילוקי דעות בעת הקמת חיל הים שנבעו בעיקרם מהבדלי גישות, הגישה של הצי המלחמתי המסודר והמאורגן כנגד הגישה הלא סדורה שבאה מן הפלי"ם. מאבקים אלו נבעו מן הרצון להשפיע ולתפוס עמדות כוח.
גרשון ז'ק מונה על ידי דוד בן-גוריון להיות ראש השירות הימי. ולאחר החלטת החלוקה באו"ם הוציא פקודת יום כ"ט בנובמבר המהווה את ההכרזה הראשונה על קיום הכוח הימי העברי.

מחשבות ראשונות על בניית כוח ימי סדיר עלו מסוף 1947 והצעות מסודרות (כולל מטרות, רכש ומבנה) החלו לעלות בראשית 1948. בתוכנית מ-7 בינואר 1948 של קומנדר מילר, לשעבר קצין בצי הבריטי שניהל את בית הספר הימי שליד הטכניון, הצי יתבסס על מספר סירות טורפדו ומעט משחתות ומטרתו העיקרית שמירת נתיבי ים פתוחים. ב-11 בינואר 1948 הוכנה על סמך תוכנית מילר תוכנית מרחיבה יותר בדרישות הרכש על ידי יושב ראש מחלקת הים של הסוכנות בר כוכבא מאירוביץ. בפברואר הכין זאב הים, איש ארגון מצי-הסוחר, תוכנית שנתקבלה על דעת בן-גוריון, וזה הורה על ביצוע התוכנית וזאב הים נשלח לאיטליה לבדוק אפשרויות רכש בהתאם. בנוסף הגיעו משלחות רכש ימי גם לארצות הברית. אולם בשל היעדר ניסיון מקצועי וטכני חלק מן הרכש היה של כלי שיט ואמצעים שלא ניתן היה להשתמש בהם ולהשמישם.

בהגדרת תפקידי חיל הים כתב יגאל ידין:

התוכנית שהוצעה בהמשך התבססה על הרחבת הפלי"ם. תוך כדי הכנת התוכניות נעזר בן-גוריון באש לינקולן, קצין יהודי-בריטי במלחמת העולם השנייה, שהציע לרכוש משחתת, קורבטות, ספינות תותחים, סירות משמר וסירות טורפדו. בהמשך ניתנו הנחיות ליצירת קשר עם יועצים ימיים בארצות הברית, בעיקר עם פול שולמן, בעניין הכלים הדרושים.

הקמתו של חיל הים לא הייתה מסודרת ומאורגנת והתאפיינה בחילוקי דעות שנבעו בעיקרם מהבדלי השקפות בין יוצאי הצי המלחמתי המקצועי, כצי הבריטי והצי האמריקאי לבין יוצאי הפלי"ם שהיו חסרי הכשרה ימית מקצועית מסודרת כבצי מלחמתי, על כך מתנדב המח"ל מהצי המלכותי קומנדר אלן ברק אף אמר: "לא ניתן לעשות ימאי מקאובוי". לכן בהקמת חיל הים בראשיתו הייתה דרישה של יוצאי הפלי"ם שלא תהיה הפרדה בין קצינים ומלחים וכן לא יהיו סימני דרגה. באוניות חיל הים היה מצב של פיקוד לא ברור שהיה המשך למסורת הפיקוד הימי באוניות עלייה ב'. בכל אונייה היה מפקד ימי שהיה בדרך כלל רב חובל מוסמך שעל פי רוב הגיע מן הצי המסחרי. ופיקוד מבצעי של איש פלי"ם אשר חסר את ההכשרה הימית. חוסר ההפרדה בין קצינים ודרוגים והמצב העמום של הפיקוד הכפול וטשטוש ההירכיה הפיקודית שאף הייתה נהוגה בצי המסחרי גרר חיכוכים והתפטרויות של רבי חובלים ומעברם לצי המסחרי. בנוסף הפיקוד הכפול יצר אווירה של קצין מקצועי כנגד קצין שהוא קומיסר מפלגתי. הבעיה המשותפת הן לפיקוד הימי והן לפיקוד המבצעי הייתה ששניהם לא היו בעלי הכישורים בהובלת ספינה לקרב.
ממוזער|280px|שמאל|מפקדת השירות הימי במלון סן רמו רח' הירקון פינת רח' הירדן תל אביב, 1948
במהלך קיץ 1948 הזמין בן-גוריון את מרכוס יוסף זיו, קפטן (אל"ם) בצי המלכותי הבריטי במהלך מלחמת העולם השנייה, לבדוק את מבנה ותפקוד החיל. בן-גוריון לא היה שקט, וכדרכו ביקש ייעוץ מקצועי חיצוני. זיו ביקר בבסיסי החיל וראין 39 מקציני החיל ומתנדבי מח"ל. זיו מתייחס בדו"ח למבנה הפיקוד של החיל. הוא מציין כי החיל לא תפס אותו הזמן מקום מרכזי בקרבות הצבא, לא רק בגלל מיעוט הכלים והידע, אלא גם עקב חוסר הניסיון של מפקדיו. זיו מציין כי הפיקוד העליון של החיל מאויש בעיקר על ידי אנשים צעירים, שניסיונם מגיע בעיקר מפעילות עלייה ב' (ובעיקר אנשי הפלי"ם). אמנם הוא מציין את נחישותם, דבקותם במטרה והלהט להצליח, אולם ניסיונם מוגבל לצורכי העפלה או מבצעי פלי"ם, ואין זה מספק כלל לבנין צי מלחמתי. הוא מציין כי אין אף תפקיד פיקודי במטה המאויש על ידי אנשים בעלי ניסיון פיקודי על כלי שיט מסחרי או מלחמתי. חלוקת תפקידים זו נובעת מההנחה כי מי שנתן מזמנו למען משימות לאומיות (פלי"ם וההעפלה) הוא הראוי לפיקוד מבחינת תכונותיו ודבקותו הלאומית, יותר מאנשי צי הסוחר שרכשו ניסיונם למטרות רווח פרטי. כלומר לא היה כאן שיקול מקצועי ימי, ולכן נפגעה גם הסינתזה הראויה בין כל הכוחות האפשריים בישראל. ההערה החריפה ביותר של הדו"ח מתייחסת לכך, שעל אף שיעודו ומבנהו של החיל נקבעו זה מכבר עדיין לא נכתבה תוכנית גיוס וחימוש אופרטיבית המותאמת למבנה זה. לכן אין רכש אופרטיבי, ולכן גם הגיוס מחוץ לישראל אינו מתוכנן ואינו מתואם. הדו"ח מציג ממצאים קשים. תמציתו מתייחסת לכך שבבנין החיל מושקעים הרבה רצון טוב, מרץ ומאמץ – אולם עקב חוסר הניסיון אין עדיין תוצאות ראויות. ללא שילוב מידי של מומחים מחוץ לישראל לענייני תכנון, רכש, תיאום עם גופים שונים, קישור למתנדבי מח"ל וכו' – חיל הים לא יצליח להתרומם.
ממוזער|280px|שמאל|פיקוד חיל הים בנמל חיפה מימין לשמאל דוד הכהן, שמואל ינאי דוד נמרי, מפקד החיל שלמה שמיר ומאחור מרדכי לימון, 1949
בעקבות מסקנות הבדיקה, שונה מבנה החיל ובאוקטובר נערכה ההפרדה בין הפיקוד המקצועי לבין המנהל האדמיניסטרטיבי בכפיפות למשרד הביטחון. פול שולמן שהוביל את הפן המקצועי ענה על מבנה מוצע זה.
בעין מקצועית – ימית, אין ספק כי הדו"ח עולה על הליקויים הנובעים עקב חוסר הניסיון והידע המתאימים. אולם יישום מסקנות אלו לא מנע את החיכוכים בין יוצאי הפלי"ם ו'המוסד' לבין אנשי הציים הזרים וצי הסוחר. מאחר שהדגש באיוש הפיקוד ניתן לתכונות אחרות: אותן תכונות שיוחסו לפלמ"חניק: דבקות במשימה, להט, יוזמה וכו' ואשר בלעדיהן לא ניתן לנצח בקרב, בעיקר בקרב בו עמדת הפתיחה שלך נחותה (וכזו הייתה עמדת הפתיחה של החיל הצעיר חסר הכלים, הניסיון וכ"א).

בזמן הקמת השירות הימי לא הוגדר תפקיד של מפקד חיל הים וב־17 במרץ 1948 הוקם השירות הימי, בראשותו של גרשון זק שהיה מינוי פוליטי ללא רקע ימי וכפוף לשר הביטחון. היה זה שלב ביניים בדרך להקמת חיל הים הישראלי הפועל במסגרת צה"ל. במאי 1948 עלה לארץ פול שולמן, ובהמשך, באוקטובר, הפך למעשה למפקד המבצעי הימי ללא תואר מפקד חיל הים אלא נשא תפקיד של ראש המטה, ובכפוף לרמטכ"ל. מינויו של שולמן עורר התנגדות רבה בקרב יוצאי הפלי"ם שנבעה בעיקרה מעצם היותו לא ארץ ישראלי, בשל כך לא היה שיתוף פעולה ואף התנגדות לעצם המנוי מטעמים בלתי מקצועיים ויותר פוליטיים.

עם התמסדותו של חיל הים כזרוע ימית החלה חלוקת דרגות ותפקידים.

בתקופת מלחמת העצמאות לרשות החיל לא עמדו כל כלי שיט צבאיים ייעודיים, ולכן נאלצו להשתמש באוניות מעפילים שהוסבו לספינות מלחמתיות. מספר אוניות, חלקן בעלות עבר כספינות צבאיות, נמצאו בנמל חיפה לאחר שהבריטים, שהחרימו אותן, הותירו אותן במקום לאחר עזיבתם עוגנות בשובר הגלים. צי אוניות זה היה ידוע בשמו כצי הצללים. תהליך ההסבה של אוניות אלו, שהחל באפריל 1948 נעשה בחשאי ובמסווה של חברת העוגן, שכן הנמל נותר בשליטה בריטית עד סוף חודש יוני. חימוש הספינות, שכלל כמה תותחים ומקלעים וכן תותחי דמה נעשה במעגן תל אביב.

לאחר הכרזת העצמאות "ירש" חיל הים בנמל חיפה 3 ספינות משמר מהבריטים והן הוכנסו לשירות פעיל במהלך יוני 1948. בנוסף לרכש מאירופה הצליחו אנשי הרכש להבריח ספינת סיור P.C מארצות הברית ("נגה") ו-2 נחתות חי"ר.

צי המלחמה הישראלי במלחמת העצמאות כלל את האוניות האלה:
 אוניות קרב – ק-18 אח"י וג'ווד, ק-20 "הגנה", ק-24 "מעוז", ק-26 "נגה"
 נחתות/פולשת – פ-25, פ-33, פ-39, פ-51, פ-53
 אוניות שירות – א-16 "אילת", ש-45 "התג האפור", ש-29 "דרום אפריקה" ו"חנה סנש".
 ספינות משמר – "הפורצים", "פלמ"ח", "דרור", "סער", "גליה", "תרצה".

בתקופת מלחמת העצמאות תרומתו של חיל הים לקרבות הייתה שולית וזאת עקב היעדר יכולת מבצעית, הכשרה מבצעית וכלים ייעודיים. פעילותו הקרבית המשמעותית הראשונה של השרות הימי הייתה הנחתת כוחות בגליל המערבי, באמצע מאי, במסגרת מבצע בן עמי. לחיל הים היו מספר עימותים עם ספינות מצריות שבהן לא נחלו אוניות חיל הים (כמו גם האוניות המצריות) הצלחה. לעומת זאת, חיל הים נחל הצלחה במבצע הטבעת "האמיר פארוק", יחד עם שולת מוקשים מצרית, באוקטובר 1948. היה זה מבצע הקומנדו הימי הראשון תחת היררכיית חיל הים אף על פי שיחידת קומנדו-ימי אורגנית טרם הוקמה והיא הייתה חלק ממבצעי החוליה. במקביל פעלו אנשי חיל הים לסיכול משלוחי נשק מאיטליה לכוחות הערביים. מבצעים אלו כללו את הטבעת האוניה "לינו" בנמל בארי שבאיטליה ומבצעי שלל-1 ושלל-2.

ביולי סייעו אוניות החיל בהפגזה מהים של טירה, ג'בע ועין ע'זאל (המשולש הקטן).
בליל 17 ביולי הפגיזו ווג'ווד ואח"י אילת את צור. כחלק מן המאמץ לסיוע לכוחות היבשה הוקמה בחיל הים יחידת נחיתה שתפקידה היה לסייע בחזית הדרום ב"קרבות עשרת הימים" (אמצע יולי 1948). יחידה זו ספגה אבדות כבדות בקרב בית עפה כנגד המצרים. למעשה היו אלה רוב אבדותיו של חיל הים במלחמה.

בסיכום דף תרומתו של חיל הים במלחמת השחרור נסתבר כי הערכת המטכ"ל לחיל הייתה כאל חיל שתרומתו שולית ולכן סבל בהמשך מתקציב נמוך. ההשקפה הייתה כי יש לחזק את כוחות היבשה.

 בין מלחמת העצמאות לבין מלחמת סיני 

ממוזער|280px|שמאל|דוד בן-גוריון על סיפון ספינה של חיל הים, 1949 לשמאלו יושב עם המקטרת יהושע להב שניידמסר לימים רמחצ"ד
ממוזער|280px|שמאל|שר התחבורה דב יוסף והרמטכ"ל יגאל ידין מבקרים בחיל הים, מלווים על ידי מפקד החיל, מרדכי לימון, וסגנו, שמואל טנקוס
250px|ממוזער|280px|שמאל|אח"י משגב מתקבלת בטקס חגיגי בנמל חיפה, 1955
במרץ 1949, לקראת סיומה המעשי של המלחמה, ועדה בראשות שאול אביגור בחנה את מעמד החיל וזיקתו למטכ"ל וכן את הרכב מטה חיל הים. על פי ממצאי הוועדה הוחלט כי מעמד חיל הים יהיה שווה ערך לזרועות האוויר והיבשה, במסגרת פיקוד מאוחדת לשלוש הזרועות בדרג של הפיקוד העליון. בראש חיל הים יעמוד מפקד, דוגמת חיל האוויר. שולמן התפטר מתפקידו בשל מחלוקות קשות עם ידין, ובעקבותיו התפטר גם זק, על פי בקשתו של בן-גוריון. מוניה מרדור מילא באופן זמני את תפקידו של שולמן, ושמעון פרס את תפקידו של זק במשרד הביטחון (החל מאפריל 1949). במאי מונה שלמה שמיר למפקד החיל. היה זה המינוי הראשון לתואר "מפקד חיל הים", ולמעשה כאן מסתיים שלב הפיקוד הכפול ואי הבהירות הפיקודית במטה חיל הים.

בשנת 1949 הוקם בסיס חיל הים בים המלח ודב ישראלית מונה למפקד הבסיס.

בתקופתו של שמיר החל חיל הים לעבור תהליך בנייה וארגון. ראשית נקבע כי שמות דרגות הקצינים יהיה כנהוג בצה"ל. השמות השאולים למקבילה מציי ארצות הברית והצי המלכותי בוטלו. בעקבות הפקת לקחים מהיעדר מקצועיות מינה שמיר את שמואל טנקוס כמד"ר וקציני החיל החלו לעבור השתלמויות פנים חיליות בעיקר בנושא נוהג אונייה וניווט. חיל הים עדיין לקה בחסר בלימודי ים של קציני ים מחילות ים מסודרים.

עם כניסתו של מרדכי לימון לתפקיד מפקד חיל הים קציני חיל הים החלו להישלח להשתלמויות מקצועיות בצי הבריטי ובצי הצרפתי. תהליך זה הועצם עם כניסתו של שמואל טנקוס לתפקיד מפקד חיל הים. בתקופה זו נשלחו קציני חיל הים לאימונים במתקנים טקטיים במלטה, לאימוני תותחנות בצי הבריטי. בתקופתו הפליגו לראשונה ספינות חיל הים לארצות הברית וקנדה (1951) והוגש סיוע לנפגעי רעידת אדמה ביוון (1953). לצד זאת אירע אסון כאשר סירת אימונים ושבעה אנשי צִוותה נעלמה ולא נמצאה מעולם (1952).

תקופתו של טנקוס מתאפיינת כתקופת ההתעצמות. במהלך כהונתו, שנסתיימה בשנת 1960, חיל הים רכש שתי משחתות מטיפוס Z: ק-40 "יפו" וק-42 "אילת". בנוסף החלה הקמת שייטת הצוללות בראשותם של יוסף דרור והדר קמחי. רכש המשחתות היווה נדבך חשוב בתהליך בניית הפיקוד הימי והכשרת הקצין. השתלמות הצוותים בצי הבריטי ותהליך ה-Build-Up שהם עברו הווה גרעין חשוב להנחלת פיקוד ימי. תהליך זה נשא פרי ובשנת 1956 במהלך מבצע סיני לכדו משחתות חיל הים בסיועם של הצרפתים וגיבוי אווירי את המשחתת המצרית איברהים אל אוול שהפכה לאח"י חיפה היא ק-38.

למרות התעצמות החיל סבל חיל הים מתקציב קטן ובשנת 1956 הוחלט להקים יחידת ספינות מילואים המבוססת על סירות מכמורת הקרויה יחידת "סד"ג" (ספינות דיג). מפקד היחידה, שמנתה בראשיתה שמונה סירות דיג, היה רס"ן יהודה רותם, דייג וחבר קיבוץ שדות ים (מאוחר יותר מנכ"ל "צים"). היחידה הייתה מבוססת על צי ספינות הדיג ששגשג באותה עת. לכל ספינה היה צוות קבוע שנקרא לעיתים לאימונים. קברניטי הספינות עברו קורסים צבאיים כדוגמת פיקוד, בקרת אש, בקרת נזקים וכו'. על הספינות שגויסו הותקנו כנים לתותחי אורליקון והן צוידו במכשירי קשר. בסיום הפעילות פורקו כל אמצעי הקשר והלחימה מן הספינות. תפקידי היחידה היו מגוונים והיו בעיקר סיור. המתקנים הצבאיים הוסוו וקיומה של היחידה נשמר בסוד, בין השאר כדי שדיג מסחרי ישראלי יוכל להתקיים כרגיל בלי שכל ספינת דיג תחשד בפעילות צבאית.

 מלחמת סיני 

מבחנם הראשון של הסד"גים היה במבצע קדש. הספינות פטרלו כמשמר חופים ועסקו בהובלת חיילים ונשק. בשלהי המלחמה הייתה היחידה שותפה להעלאת יהודי פורט סעיד, מבצע שלובה אליאב היה אחד ממארגניו ושנשמר שנים בסוד. לצורך כך נצבעו מחדש הספינות של הקיבוצים סער ונווה ים ושמן הוסב לשמות איטלקיים. הספינות הפליגו לנמל פורט סעיד, שהיה בשליטה צרפתית-בריטית, שם העלו על האוניות הקטנות כ-180 איש שהצטופפו על הסיפון ובחדר האוכל. הספינות הגיעו לחיפה בשלום לאחר 20 שעות הפלגה בים סוער.

שיא פעילות יחידת הסד"גים היה במלחמת ששת הימים שעה שהספינות עסקו בתפקידי נ"מ, שמירה על נמל חיפה ונמל אשדוד מפני צוללות, הובלת יחידות ושמירת חופים. הצורך בצי ספינות הדיג פחת אחרי המלחמה.

 בין מבצע סיני למלחמת ששת הימים 
עם סיום כהונתו של שמואל טנקוס בשנת 1960 מונה אלוף יוחאי בן-נון כמפקד חיל הים עד לשנת 1966. עקב היותו חסר ניסיון בעבודת מטה החליט למנות את אל"ם שלמה אראל כסגנו לתפקיד רמחי"ם (ראש מחלקת ים). בשנות ה־60 היו ברשות חיל הים שלוש משחתות ופריגטות, ספינות טורפדו ונחתות טנקים. כן כלל חיל הים מספר צוללות מתוצרת בריטית מימי מלחמת העולם השנייה. ציוד זה היה מיושן וגילו היה כעשרים שנה ולכן לא ענה על אתגרי הזירה המתחדשת. בשל כך החלה חשיבה מחודשת על הצטיידות חיל הים ופיתוח תורת לחימה. החל סקר כלי שיט ובחינת מספנות שתוכלנה לספק כלי שיט מתקדם שיענה לאתגרי הזירה ואמצעי הלחימה של ציי ערב שכללו ספינות טילים וטילי ים-ים סובייטים. הוחלט על הקמת מנהלת "פרויקט שלכת" הוא פרויקט ספינות סער. בסוף תהליך זה אותרה המספנה של פליקס אמיו בשרבור כגוף המבצע ואילו התכנון היה של מספנות האחים לורסן בגרמניה. הוקמה משלחת שבראשה עמד אל"ם ביני תלם וצוותים טכניים ראשונים נשלחו לצרפת בשנת 1965. החוזה שנחתם קבע אספקה של 12 ספינות טילים. תקופה זו הייתה שלהי תור הזהב בין ישראל וצרפת.

כדי להתגבר על העדיפות הכמותית והטכנולוגית של הצי המצרי החל חיל הים לפתח תורת לחימה של ספינות טילים. במסגרת זו החל פיתוח טיל ים-ים מתביית מכ"ם, שהמנוע הרקטי שלו אינו מייצר רתע כך שניתן יהיה לשגרו מכלי שיט קטן יחסית. תוכנית זו הייתה חדשנית וסביבה נבנתה תוכנית ההצטיידות של חיל הים שכללה בניית צי של ספינות מהירות שיחומשו בטילי ים-ים "גבריאל" כאשר ראשית התכנון היה של רפא"ל בפיתוח טיל לוז שנכשל והמשכו בתעשייה האווירית. התוכנית אושרה במטה הכללי של צה"ל בשנת 1963.

בניית ספינות הסער הייתה המשימה העיקרית של חיל הים באמצע שנות ה-60 של המאה העשרים. אראל כראש המטה של החיל ריכז ושלט בניהול הפרויקט. כך הפך הלכה למעשה לראש פרויקט הבניה ופיתוח האמל"ח (אמצעי הלחימה) של ספינות הסער.

 ספינות הסער 

כדי לעמוד בהצלחה במשימות החיל במלחמה נדרשה יזמה התקפית – שהיא הפעלה מושכלת של כלי שיט באיכות ובכמות ליצור עדיפות זמנית ומקומית. עיקרי התוכנית היו:
 עדיפות טכנולוגית – ניצול יכולת הפיתוח הישראלית באמצעי לחימה וניסיון אירופי בכלי השיט מהירים על מנת להשיג עדיפות על הטכנולוגיה הימית של ברית המועצות. מיקוד בלוחמת השטח בה ניתן לגרום נזק משמעותי.
 עדיפות כמותית – הסתפקות בגוף ספינה קטן ככל האפשר, כדי להקטין את עלות היחידה הבודדת ולאפשר רכישת כמות משמעותית של יחידות לחימה.
 מימוש מהיר – בחירת גוף כלי שיט מדגם שהוכיח את עצמו ובנייה בסדרות ייצור, כאשר הרכבת האמל"ח נעשית תוך כדי פיתוח גם על חשבון האיכות.

ממוזער|280px|שמאל|ספינת סיור מדגם דבור בזירת ים סוף
בשנת 1966 מונה שלמה אראל למפקד חיל הים. בתקופה זו חיל הים היה בתהליך רכש והתעצמות של ספינות טילים, צוללות וספינות פטרול מסוג "דבור" שנרכשו מארצות הברית. ספינות אלו נכנסו לשרות לאחר מלחמת ששת הימים והחליפו את המשחתות והטרפדות. הייתה זו נקודת מפנה בחיל הים מכמה טעמים. ראשית הייתה זו תקופת מעבר וקליטת כלים חדשים והוצאה משירות של כלי שיט ישנים. במקביל החלו בחיל לעבוד על אמצעי לוחמה אלקטרונית בשיתוף עם רפא"ל והתעשייה האווירית.

 מלחמת ששת הימים 

בתקופה זו פרצה מלחמת ששת הימים אשר שוב חשפה את חיל הים כחיל שתרומתו למלחמה שולית.
במהלך מלחמת ששת הימים פשטו לוחמי שייטת 13 על נמלי פורט סעיד ואלכסנדריה וכן בשלושה נמלים בסוריה אך ללא הצלחה. בפשיטה באלכסנדריה נפלו בשבי שישה לוחמי שייטת 13.

חיל הים הפעיל מערך של התגוננות נגד צוללות שכלל סיורי אוויר וחיפושים על ידי משחתות ואח"י נוגה (ק-22) ובכך מנעה מצוללות מצריות לפגוע בשייט אל וממדינת ישראל בכל מהלך המלחמה. לאחר תפישת חצי האי סיני ומתקפת כוחות הקרקע והאוויר תפש חיל הים את שארם א-שייח' ללא התנגדות ונפתחו מצרי טיראן לשיט ישראלי.

במהלך מלחמת ששת הימים תקף חיל הים בשגגה את אוניית הביון "ליברטי" של הצי האמריקאי השישי באירוע הידוע כתקרית ליברטי. ב-8 ביוני 1967 הותקפה הליברטי מן האוויר ומן הים על ידי ספינות טורפדו והוסבו לה אבדות כבדות ונזק רב. העניין העיב על יחסי ארצות הברית ישראל, כששני הצדדים טענו לחפותם. חיל הים טען לטעות בזהוי וזיהוי הליברטי כספינה המצרית "אל קאזיר" ובנוסף נטען שהליברטי שייטה באזור שאסור היה לה להימצא בו על פי ההנחיות לצבאות השונים.

 במלחמת ההתשה 

לאחר מלחמת ששת הימים, באוקטובר 1967, טובעה המשחתת "אילת" עת הייתה בשייט פטרול להפגנת נוכחות על ידי ספינות טילים מצריות מול נמל פורט-סעיד. כעשרה שבועות אחרי טיבוע ה"אילת" אירע אסון נוסף והוא טביעת הצוללת "דקר", במסעה מבריטניה לישראל.

במהלך כהונתו של יוחאי בן-נון החלה בנייתו של הכוח הימי בתוכנית ספינות סער שבאה לידי מימוש רק לאחר מלחמת ששת הימים בפיקודו של אברהם בוצר. פיתוח תורת לוחמת ספינות סער חמושות בטילי ים-ים נעשה בהובלתו של מפקד שייטת ספינות הטילים אל"ם הדר קמחי. הוחלט על מבצע נועה לשם השגת 5 ספינות הטילים שנשארו עצורות בנמל שרבור עקב האמברגו הצרפתי שהושת על ישראל על ידי דה-גול בעקבות מלחמת ששת הימים.

בשנים 1967–1969 הגיעו לישראל ספינות הטילים הראשונות. הספינות הגיעו ללא חימוש וכל מערכות הלחימה הורכבו בישראל. בניית הספינות הקדימה את פיתוח ייצור מערכות הנשק. שלוש הספינות הראשונות הופעלו כספינות תותחים ונקראו "סער 1". בשלוש הספינות הבאות הותקנו גם הטילים עם הגעתן לישראל והן נקראו "סער 2". שש הספינות הבאות תוכננו להתקנת תותח 76 מ"מ והן נקראו "סער 3". בהמשך הותקנו טילים גם בספינות הראשונות וכך הפכו גם הן לדגם "סער 2".

ספינות לים האדום – ספינות הסער שנבנו בשרבור תוכננו לזירת הים התיכון והוצבו שם. לאחר כיבוש סיני במלחמת ששת הימים ראה שר הביטחון משה דיין צורך להפעיל כוחות ימיים בזירה זאת שיהיו מסוגלים למנוע הסגר ימי. הריחוק של זירת העימות באב אל מאנדב מנמל הבית – בסיס מפרץ שלמה בשארם א-שייח' – תנאי הים ומזג האוויר הקשה של הים האדום דרש ספינות גדולות יותר. על פי הנחיית שר הביטחון משה דיין הוזמנו שש ספינות סער 4 במספנות ישראל שיתאימו לזירת ים סוף. "רשף" ו"קשת" היו הראשונות שהושקו במספנות ישראל ערב מלחמת יום הכיפורים.

במקביל לבניית הספינות פיתח חיל הים מערכות לוחמה אלקטרונית, שנועדו לסייע לסטי"לים בהתמודדות עם הטילים הסובייטיים שהיו בעלי טווח גדול מזה של טילי ה"גבריאל". חיל הים הניח תחילה שהטילים הסובייטיים תוכננו נגד אניות גדולות ולא יצליחו לפגוע במטרות קטנות כמו ספינות הטילים, אך הטבעת ספינת הדיג "אורית" בירי טילי "סטיקס" הוכיחה שהטיל אפקטיבי גם כנגד ספינות קטנות. עקב כך גובש מענה טקטי וטכנולוגי רחב יותר שכלל את מערכת לוחמה אלקטורנית מסוגים שונים, "אבשלום", רקטה לפיזור מוץ להטעיית מכ"ם האויב, ורקטה "אמנון" להגנה עצמית. פותחה תורת לחימה שתורגלה בים ובמתקן תרגול טקטי, ועל פיה זיהו ספינות הטילים ממרחק את ספינות האויב על פי שידורי המכ"ם שלהן, הטעו את הטילים שנורו לכיוונן, וצמצמו את הטווח עד לטווח היעיל של טילי "גבריאל" וכל זאת תוך ביצוע תמרוני התחמקות. ב-1973 כבר הייתה שייטת ספינות הטילים מתורגלת בהפעלת הספינות החדשות ותורת הלחימה שלהן. נערכו תוכניות מגירה התקפיות שתורגלו, שבהן נוצלו היכולות הטכנולוגיות שנרכשו בתחום הלוחמה האלקטרונית.

שיפור מוכנותו המבצעית של חיל הים ניכרה היטב במלחמת ההתשה, עת החיל נטל חלק בפעולות רבות ומוצלחות כגון הפשיטה על האי גרין והפשיטה המשוריינת בחוף המצרי בצפון מפרץ סואץ, בצורות קרב שונות, כגון לוחמה ימית קלאסית, חבלה בספינות בנמליהן על ידי לוחמי קומנדו ימי, סיוע בפשיטות משולבות וכוח גיבוי כבמבצע אביב נעורים והנחתת כוחות רגליים ומשוריינים. חיל הים שוב ספג אסון – אסון משאית התחמושת שבו משאית ובה מוקשים רבים התפוצצה בנמל הצבאי באילת וגרמה ל-24 הרוגים.

המצרים הגיבו בפעילות נגד ופעמיים הצליחו חיילי קומנדו ימי מצריים לחדור לנמל אילת (מנמל עקבה הסמוך), ולגרום לנזקים. המצרים הוכיחו את יכולתם לפגוע גם בכלי שיט קטנים כאשר ב-13 במאי 1970 תקפו בטילי "סטיקס" והטביעו את ספינת הדיג "אורית" מול חוף סיני. שני דייגים נהרגו ושניים הגיעו לחוף בשחייה. באותו לילה גילתה אח"י סער בזמן סיור מצפון לאל עריש מכ"ם הסט"ל המצרי ואף את מכ"ם טיל "סטיקס" לזמן קצר בלבד. הספינה ביצעה פעולות מאולתרות בהתגוננות נגד טיל ("נט"ל) וירי הטעיה של שתי רקטות אבשלום. בדיעבד הסתבר שהמרחק המשוער בינה לבין האוסה המצרית באותו זמן היה כ-53 עד 58 מייל.

למרות השינוי שעבר חיל הים בתקופה זו, טרם חלחלה התודעה שחיל הים יכול ומסוגל לסייע במאמץ הלחימה היבשתי והגלובלי. מהפך החשיבה בנושאים אלו החל להתהוות לאחר הישגי החיל במלחמת יום הכיפורים ותרומתו במלחמת לבנון הראשונה בשנת 1982.

 מלחמת יום הכיפורים ואחריה 

בשנת 1972 מונה בנימין תלם למפקד חיל הים. במהלך כהונתו פרצה מלחמת יום הכיפורים, חיל הים היה מבין החילות הבודדים בצה"ל שהתכוננו היטב למלחמה. שנות ההכנה והטמעת תו"ל לחימת טילים ושימוש באמצעי לוחמה אלקטרונית ושיבוש מכ"ם וגנבת מטרות בעזרת מוץ ("Chaff") ולולאות זיכרון תדר ("FML") שהובלו על ידי חרות צמח נשאו פרי. חיל הים עבר מהפך תפיסתי ועבר מתפיסה מגננתית לגישה התקפית יוזמת. באותה תקופה הסד"כ של חיל הים מנה 12 ספינות מדגם "סער 3" משרבור ושתי ספינות מדגם "סער 4" שנבנו במספנות ישראל. סד"כ זה איפשר פיצול הכוח לשתי זירות בצורה יעילה מבחינת כוח אש. מהירות הספינות ואמצעי הלחימה שבהן איפשרו תגובה מהירה ויעילה כנגד איומים הן בקרבת החוף והן בעומק הים. גישה זו הייתה שונה באופן מהותי מגישת הסיור ההגנתי בעידן המשחתות. גודלם הקטן יחסית של כלי השיט צמצם את שטח חתך המכ"ם שלהם ("שח"ם") לעומת זה של המשחתות האיטיות. מעטה הל"א סיפק להם אמצעי הגנה כנגד טילי האויב. טילי הסטיקס הסובייטים היו ארוכי טווח ביחס לטילי הגבריאל ולכן כדי להגיע למגע נאלצו כלי השיט של חיל הים לצמצם מרחק מה שהעלה את פגיעותם, אך מעטה הל"א סיפק להם הגנה נגד בעיה זו. חידושים אלו ונקיטת היוזמה העמידו את חיל הים כחלוץ בלחימת טילי ים-ים בעידן לוחמת הטילים הימיים. קרבות הים במלחמת יום הכיפורים, בהם קרב לטקיה שהוא קרב הסטי"לים הראשון בהיסטוריה, היוו הוכחה ליעילות התפיסה המבצעית של ספינות הסער.

תחת פיקודו של אל"ם מיכאל (יומי) ברקאי, התקיפה שייטת 3 את ציי סוריה ומצרים במים הטריטוריאליים שלהן וטיבעה את מרבית ספינותיהם. לאחר שתי יממות, עם התקדמות המערכה, פתחו ספינות שייטת 3 בהפגזת מתקני דלק ונמלים בסוריה ובמצרים. לאחר השגת ההכרעה בקרבת חופי האויב הופעלו ספינות "סער 4" בזירת כרתים ומלטה והניאו את המצרים מלקיים שם מצור ימי על ישראל.

לאחר מלחמת יום הכיפורים המשיך חיל הים בתהליך ההתעצמות. עוד ספינות "סער 4" יוצרו במספנות ישראל בהובלתו של חיים שחל, למערכת הנשק "גבריאל" הוספו טילי "הרפון" אמריקאים. על מנת לחזק את הכוח הימי בזירת הים האדום, במפרץ סואץ ובמפרץ אילת, הועברו בהפלגה ספינות טילים מדגם "סער 4" (מתוצרת ישראל); אח"י רשף ואח"י קשת במבצע מוניטין מחיפה לשארם א-שייך. תקופת מה אחר כך הפליגו אח"י רומח ואח"י כידון וספינות טילים מדגם "סער 2" (מתוצרת צרפת) אח"י עכו ואח"י חיפה, מחיפה סביב יבשת אפריקה לשארם א-שייך. חיל הים עסק בעיקר בפעילות ביטחון שוטף והגנה על החופים. ספינות הסיור של חיל הים בשיתוף מערך הגילוי החופי, סיכלו פיגועים מן הים והטביעו עשרות סירות מחבלים לאורך השנים.

בשנת 1977 נקלטו צוללות מדגם "גל" שיוצרו באנגליה. בשנת 1981 ספינת הטילים אח"י געש עלתה על חוף סעודיה בים סוף בשל מחדל פיקודי. הספינה חולצה בסיוע חיל ההנדסה הישראלי הודות לשיתוף פעולה פאסיבי של הסעודים.

בין המלחמות עסק חיל הים במבצעי ביטחון שוטף רבים, בהגנה ובתקיפה כאחד, ולוחמי שייטת 13 פשטו מהים על בסיסי מחבלים רבים.

בסוף שנות ה-70 החל המהלך של פיתוח הכוח הימי, שהוביל לבנייתן של ספינות הטילים מדגם סער 5 והצוללות מסדרת דולפין.

 מלחמת לבנון ולאחריה 

ממוזער|280px|שמאל|נחתת 60 מטר מובילה כוחות לחוף האוולי
לאחר מלחמת יום הכיפורים החלה לחדור התודעה בפיקוד העליון של הצבא כי חיל הים הוא זרוע שניתן לשלבה בצורה משמעותית במאמץ הלחימה היבשתי והימי. חיל הים הפך לגורם התקפי ויוזם יותר.

המבחן הראשון של חיל הים בפעולה מורכבת משולבת בקנה מידה גדול עם כוחות היבשה הממוכנים היה במבצע שלום הגליל בשנת 1982. על חיל הים הוטלה משימה של הנחתת כוח שריון שהיה מורכב מטנקי שלל "טירן" (שלא הונחתו לבסוף ולא נשלחו לנחיתה) וכן חי"ר ממוכן של חטיבת הצנחנים בפיקודו של אל"ם יורם יאיר. כוח הצנחנים המתין בחוף לכוחות הנעים מן היבשה ואיבטח את חוף הנחיתה, ולבסוף התקדם לביירות. פעולה זו הייתה פעולת איגוף ימי הגדולה ביותר, לראשונה בתולדות צה"ל. מטרתה הייתה ליצור חסימה מצפון לכוחות המחבלים הנסוגים עקב התקדמות כוחות צה"ל בצירי היבשה בחזית המערבית, אסטרטגית תמרון זו נקראת פעולת מלקחיים. במהלך מבצע זה הונחתו משלוש נחתות, "בת-שבע" ושתי נחתות נוספות של ששים מטרים, מאות כלי רכב משוריינים ואלפי חיילים בחוף נהר אל-אוואלי שמצפון לעיר צידון בלבנון.

בנוסף לפעולת הנחיתה הוטלו על ספינות הטילים משימות הטרדה וחיפוי לכוחות הנוחתים וכן סיוע לכוחות הקרקע. הירי המדויק מן הים סייע לכוחות היבשה, בכך שהאויב היה צריך להפנות משאבים הן למגננה ביבשה והן מן הים.

ב-16 יוני 1982, במבצע דרייפוס, טרפדה צוללת "גל" אניית סוחר לבנונית בשם "טרנזיט" ועליה פליטי מלחמה, עקב חשד שמדובר במחבלים. בתקיפה נספו 25 מנוסעי האונייה.

שייטת הנחתות פורקה לאחר המלחמה למרות הוכחת הצלחה, לא הוקצו תקציב ומשאבים לבניית נחתות חדשות.

לאחר מלחמת לבנון הוטלו על חיל הים משימות רבות יותר בטווח רחוק. לשם כך נדרש חיל הים לספינות בעלות כושר שרידות גדול יותר ויכולת שהייה גדולה יותר. ביצוע פעולות כחיסולו של אבו ג'יהאד בתוניסיה הביאו את מפקדי חיל הים להבנה שיש צורך בדור חדש של ספינות הוא דור ה"סער 5" שפותחו בארצות הברית על פי מפרט דרישות ישראלי.

עם עליית הצורך בחידוש צי הצוללות החל שלב אפיון ופיתוח צוללות דיזל-אלקטריק. עבודת הבנייה החלה לאחר מלחמת המפרץ הראשונה במספנות קיל שבגרמניה המתמחות בסוג צוללות זה. צוללות אלו החליפו בהדרגה את הצוללות מדגם "גל".

עד הנסיגה מלבנון תחזק חיל הים את מוצב רותם (ראס ביאדה) ברצועת הביטחון בלבנון.

 בין מלחמות לבנון 
ממוזער|350px|שמאל|אתרי יירוט כלי שיט שעסקו בהעברת טרוריסטים ואמצעי לחימה.
התקופה אופיינה במרדפים ותפיסת אוניות שהובילו מחבלים ונשק. בכך עסקו בעיקר שייטת ספינות הטילים, המודיעין הימי ומטוסי הסיור הימי.
בשנות ה-90 החלה לחלחל לתודעת צה"ל ההכרה שיחידת הקומנדו הימי, שייטת 13, היא יחידת חי"ר מובחרת עם יכולות ימיות. בנוסף הובן כי הפיקוד ביחידה זו מאומן היטב בתורת הלוחמה הזעירה. נתונים אלו הביאו לתובנה שניתן להטיל על יחידת הקומנדו הימי משימות חי"ר איכותיות בשטחי יהודה ושומרון.
קצינים שהחלו דרכם בשייטת 13 הושאלו ליחידות היבשה על מנת להטמיע בהן איכות. כך היה כאשר מפקד שייטת 13 יואב גלנט נתמנה למפקד אוגדה ולימים לאלוף פיקוד הדרום. בהמשך מונה קצין מהקומנדו הימי למפקד הנח"ל וגם ארז צוקרמן מפקד ראשון של יחידת אגוז הגיע מהשייטת. באופן זה הוטמעו תורות לחימה מהשייטת ואיכויות בצבא היבשה.

 לכידת ה'קארין איי' 

ממוזער|280px|מרכז|תצוגה של כלי נשק ואמצעי לחימה שנתפסו בקארין איי על משטח הרציף בנמל אילת, 6 בינואר 2002
ב-3 בינואר 2002 נתפסה ספינת הנשק קארין איי (Karine A) בלב ים סוף, מדרום לאילת. כוח של הקומנדו הימי פעל בשיתוף יחידות נוספות של חיל הים ומסוקים של זרוע האוויר להשתלטות על האונייה ופריקתה מכלי הנשק שהובילה בסתר אל הרשות הפלסטינית.
המבצע, שבצה"ל נקרא "תיבת נוח", יצא לפועל בחשאיות ובאישור הרמטכ"ל, רא"ל שאול מופז, ושר הביטחון, בנימין בן אליעזר, ובהוראת ראש הממשלה, אריאל שרון. 'קארין איי' החלה את דרכה בנמל בלבנון דרך סודאן. שם עלה צוות הספינה שכלל תשעה מלחים אזרחי ירדן ומצרים, וארבעה מאנשי משטרת החופים הפלסטינית. אנשי הצוות המצרים והירדנים חשבו שהם עובדים בשרותם של מבריחי רכוש גנוב ורק אנשי המשטרה הפלסטינית ידעו שמדובר בנשק.
אמצעי הלחימה שעל הספינה היו ארוזים ב-83 מכלים מיוחדים ואטומים מתוצרת איראן, שהכילו רקטות קטיושות, סאגר, לאו (רקטה), אר.פי.ג'י, פצצות מרגמה ונשק קל. הספינה הייתה אמורה להגיע לנמל אלכסנדריה ושם להעביר את המכלים לכלי שיט קטנים יותר. כלי השיט הקטנים היו אמורים לשוט לעבר אל עריש, ולאחר מכן להפליג לרצועת עזה ובכך לספק את הנשק לארגון הטרור חמאס.

בשעה ארבע לפנות בוקר ירדו לוחמי הקומנדו הימי ממסוקים והשתלטו על הספינה, בעוד צוות האנייה אינו מתנגד. במשך 40 שעות הושטה 'קארין איי' ממקום ההשתלטות אל נמל אילת. בחיפושים בנמל על סיפונה של הספינה נמצאו בין היתר 345 קטיושות, 10 טילי סאגר ו-211 מוקשים נגד טנקים. מעבר לחימוש הרב לעצם תפיסת הקארין איי היו השלכות מדיניות שפגעו במעמדו הבינלאומי של יאסר ערפאת.

 לחימה ביהודה ושומרון 
יחידת שייטת 13 החלה לבצע פעולות מיוחדות ביהודה ושומרון. בעת מבצע ללכידת מבוקש בשכם ב-6 ביולי 2004, נהרג קצין מהיחידה, סרן .

 ביצוע תוכנית ההתנתקות 
במהלך שנת 2005 עסק חיל הים בביצוע תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה. מוצבי השליטה בחוף הרצועה: תל רידאן, מוצב אלוף ומוצב ארז פונו באוגוסט 2005. הוקם מוצב שליטה בזיקים. ואמצעי גילוי משוכללים הוצבו על מזח הפחם ובארובות תחנות הכוח רוטנברג ואשכול. באותה שנה התווספו לסדר הכוחות של חיל הים: 6 ספינות דבורה סימן 3 ושתי ספינות שלדג. בים המשיכו ספינות הבט"ש לאכוף את כללי התנועה בקרבת החוף של עזה.

 השתתפות במלחמת לבנון השנייה 

ביולי 2006, במהלך מלחמת לבנון השנייה, הטילו ספינות הטילים סגר על חופי לבנון ופגעו במטרות חזבאללה בחוף. בפעילות זו נפגעה ספינת הטילים אח"י חנית, מדגם סער 5 מטיל חוף-ים C-802 שנורה על ידי החזבאללה בסיוע תחנת המכ"ם של הצי הלבנוני. טיל שני שנורה באותו אירוע הטביע אוניית סוחר מצרית נושאת דגל קמבודי. לפני המלחמה ראה צה"ל בחזבאללה ארגון טרור מקומי. במהלך המלחמה הוברר שיש לראות בו כוח קדמי של איראן בקרבת הגבול הצפוני של ישראל ועל חוף הים התיכון. הידיעה על הימצאות טילים מתוצרת איראן בידי ארגון החזבאללה קיבלה הערכת חסר במספן מודיעין. ספינות הטילים נערכו בקרבת החוף הלבנוני בצורה שאיננה מתאימה לאזור מוגן בטילים. פעולות הצוות לבקרת נזקים צמצמו את הנזק לספינה והיא הגיעה בכוחות עצמה לנמל. ארבעה חיילים שנמצאו באזור פגיעת הטיל בספינה נהרגו ומסוק יורוקופטר AS-565 פנתר ניזוק. עקב כך נפתחה ועדת חקירה אלך ממצאיה לא פורסמו.

חיל הים המשיך לקיים סגר נוקשה על נמלי לבנון שהביא את ממשלתה לדרוש הפסקת אש. כוחות שייטת 13 ביצעו פשיטות מהים על יעדים בחוף. מלחמת לבנון השנייה יצרה בציבור הרגשת מחדל כללית. אירוע הפגיעה באח"י חנית תיעל את הכעס כלפי חיל הים והישגי החיל במלחמה התגמדו.

 השתתפות במבצע עופרת יצוקה 
ממוזער|280px|שמאל|תותח אוטו מלרה 76 מ"מ יורה אל מטרות מחבלים בחוף עזה.

בין 27 בדצמבר 2008 עד 18 בינואר 2009 במהלך מבצע עופרת יצוקה השתתף חיל הים הישראלי בהטלת סגר ימי על רצועת עזה ובתקיפת מטרות באש תותחים. הספינות קיימו נוכחות רצופה למניעת הברחות נשק לעזה דרך הים ולמניעת יציאה לפיגועים בישראל בדרך הים. בוצעו הפגזות חוף למטרות נקודתיות עם תותח אוטו מלרה 76 מ"מ. מערכות הנשק המדויקות פגעו לעיתים קרובות. במסגרת פעילות חיל הים הותקפו משגרי רקטות, בונקרים ובתים שבהם התבצרו מחבלים. הפעילות נעשתה בתיאום ישיר עם כוחות הקרקע שפעלו בגזרה. הספינות פגעו גם בסירות המשטרה הימית הפלסטינית שהגיעו לידי החמאס, בהם עשה החמאס שימוש.

 תפיסת אוניית הנשק 'פרנקופ' 
ממוזער|280px|שמאל|האנייה FRANCOP שנתפסה בים התיכון נושאת אמצעי לחימה עבור מחבלים

מבצע תפיסת אוניית הנשק 'פרנקופ', (Francop) שנשאה את דגל אנטיגואה וברבודה, נקרא בצה"ל מבצע "ארבעת המינים". המבצע התרחש ב-3 בנובמבר 2009. זאת לאחר שישראל אספה מידע מודיעיני על כך שהספינה נושאת אמצעי-לחימה מתוצרת איראן ובכוונתה למסור אותם לידי חזבאללה. כוח בפיקוד סא"ל יואב אברג'יל, סגן מפקד שייטת ספינות הטילים, שכלל את אח"י אילת (סער 5), ספינות נוספות וצוותי השתלטות משייטת 13, עצרו את אוניית הנשק במרחק 100 מיילים ימיים מחופי ישראל.

רב החובל וצוות הספינה, לא ידעו כי הם מובילים חימוש שהוחבא במכולות, בין יתר הסחורות. הצוות שיתף פעולה באופן מלא עם לוחמי שייטת 13 והאנייה הושטה לנמל אשדוד, שם נפרקו ממנה אמצעי הלחימה.

במהלך סריקת הספינה התגלו 500 טון של אמצעי לחימה ב-36 מכולות. בין היתר נמצאו על הספינה 2,125 טילי קטיושה, 690 טילי גראד ו-2,100 רימוני יד אשר עתידים היו להגיע לידי ארגון הטרור חזבאללה. על המבצע פיקד מפקד זרוע הים, אלוף אליעזר (צ'ייני) מרום, ובאישור הרמטכ"ל, רא"ל גבי אשכנזי ושר הביטחון, אהוד ברק.

 העשור השני של המאה ה-21 
 חסימת משטי הפגנה לעזה 
ממוזער|280px|שמאל|הספינה, "מאווי מרמרה", בדרכה לחופי עזה

מאז עליית חמאס לשלטון הוטל על חיל הים לאכוף את מדיניות הגבלת המרחב הימי המותר לדיג ברצועת עזה, ובפרט למנוע מספינות הנושאות אמצעי לחימה המיועדים לחמאס להגיע לחוף הרצועה. פעילי שמאל רדיקלי בינלאומיים ארגנו מספר משטים שמטרתם לפרוץ את הסגר.
כך נוצר משט המחאה לעזה בשנת 2010, שנועד לשבור את הסגר הימי על רצועת עזה. המשט כלל שש ספינות שמקורן במדינות שונות, שיצאו יחדיו מטורקיה אל עבר שטח הרצועה. על הספינות שטו פעילים פרו-פלסטינים ממדינות רבות, פוליטיקאים וחברי ארגונים אסלאמיים. הספינות, שהכריזו על עצמן כנושאות ציוד הומניטרי, סירבו לבקשת ישראל לפרוק את מטענן ולהעביר אותו דרך המעברים היבשתיים של ישראל ומצריים עם רצועת עזה, ודרשו להיכנס לפרוק את המכולות בנמל הרצועה בעצמם.
לצורך שמירה על הסגר הימי השתלטו לוחמי שייטת 13 על ספינות המשט במבצע שנקרא "רוחות שמיים 7". זאת כאשר חמש מתוך שש הספינות התנגדו בצורה פסיבית בלבד ואיש לא נפגע באירועים. הספינה הגדולה במשט, ה"מאווי מרמרה", (Mavi Marmara), שהפליגה תחת דגל קומורו, סירבה להוראות לפנות לאשדוד.

כוח חיל הים במקום נדרש להשתלט עליה. כוח לוחמים משייטת 13 שהובל במסוקים ירד לאנייה. במהלך ההשתלטות נתקלו הלוחמים בהתנגדות אלימה שלא היו מוכנים לקראתה. קבוצת מפליגים מאנשי ארגון מוסלמי קיצוני טורקי הצטיידו במוטות ברזל כבדים, והכו נמרצות ביורדים. נשק קל שנגנב מהלוחמים עצמם כוון לעבר לוחמי השייטת שנאלצו להגיב בהתגוננות בירי חי. על אף ההתנגדות האלימה, הושלמה ההשתלטות. האנייה הוכנסה לנמל אשדוד ומטענה נפרק ממנה. המטען תוכנן להיות מועבר דרך המעברים היבשתיים. התברר שהמטען היה סמלי ולא היה צורך בו, וחמאס סירב לקבלו.

בסיום המבצע נספרו תשעה הרוגים מנוסעי הספינה, 10 לוחמים פצועים ומעל לשלושים נוסעים פצועים ברמות שונות. נוסעי הספינה הוחזרו למדינות מוצאם לאחר חקירה ואיסוף עדויות. המבצע הובל בראשות מפקד זרוע הים, אלוף אליעזר (צ'ייני) מרום, הרמטכ"ל גבי אשכנזי ושר הביטחון אהוד ברק.

ב-2011 עצר חיל הים משט נוסף שניסה להגיע לעזה.

 לכידת אוניית הנשק "ויקטוריה" 
ממוזער|280px|שמאל|אניית המשא "VICTORIA", שהניפה את דגל ליבריה בנמל אשדוד, לאחר שנעצרה בלב ים כשהיא נושאת חימוש מאיראן לחזבאללה ולחמאס, מרץ 2011

מבצע לכידת אוניית הנשק "ויקטוריה" (Victoria), הנקרא בצה"ל 'חוק הברזל', הוא מבצע צבאי חשאי שנועד למנוע מהאנייה 'ויקטוריה' להעביר נשק מאיראן לידי ארגון הטרור חמאס ברצועת עזה. הספינה נתפסה בעודה עושה את דרכה מסוריה דרך טורקיה למצרים, כאשר בכוונתה להבריח את אמצעי הלחימה בהם רקטות קרקע-קרקע ארוכות טווח מדגם M-302, לארגוני הטרור ברצועת עזה. הנשק המוברח שנתפס היה מתוצרת איראן, ויעדו היה ארגון הטרור חמאס השולט ברצועת עזה.

ב-15 במרץ 2011 השתלטו לוחמי הקומנדו הימי על האנייה, במרחק של 200 קילומטר מחופי ישראל, בלב הים התיכון. ההשתלטות על האנייה נעשתה ללא התנגדות, והושלמה תוך זמן קצר. לאחר הבאתה של האנייה לנמל אשדוד וחיפוש במכולותיה, נמצאו עליה ארבע מכולות שהכילו אמצעי לחימה שונים. על הספינה נמצאו בין היתר 6 טילי חוף ים מתקדמים מדגם C-704 למעלה מ-2,000 פצצות מרגמה ו-66,960 כדורים לקלצ'ניקוב.

הוראות ההפעלה לאמצעי הלחימה נכתבו בפרסית, כאשר כל ארגזי אמצעי הלחימה הוחבאו בין הסחורה הרגילה שהובילה האנייה. את המבצע הוביל מפקד זרוע הים, אלוף אליעזר (צ'ייני) מרום, לצד הרמטכ"ל, רא"ל בנימין בני גנץ ושר הביטחון, אהוד ברק.

 השתתפות ב'עמוד ענן' 

ממוזער|280px|שמאל|ספינת סער 4.5 בסיוע באש מהים
מבצע 'עמוד ענן' היה מבצע צבאי ברצועת עזה שנמשך כשבוע, בין 14 בנובמבר 2012 ל-21 בנובמבר 2012. הלחימה החלה עם חיסולו של מפקד הזרוע הצבאית של חמאס, אחמד ג'עברי, בעקבות הסלמה בגזרה הדרומית שכללה ירי מוגבר של טילים ופצצות מרגמה אל עבר יישובי עוטף עזה. הסלמה זו התבטאה בירי מאות טילים באופן שדמה רק למצב שקדם למבצע עופרת יצוקה ארבע שנים קודם לכן. שמו של המבצע ניתן לו על שם עמוד הענן שהוביל והגן על בני ישראל ביציאתם ממצרים, המופיע בסיפור הנדודים במדבר בתורה. את המבצע הובילו הרמטכ"ל, רא"ל בני גנץ ושר הביטחון אהוד ברק, כאשר מפקד זרוע הים, אלוף רם רוטברג, הוביל את הכוחות הימיים.

בשבוע שלפני המבצע חלה הידרדרות נוספת בגבול הרצועה, החל מירי נ"ט (טיל נגד-טנקים) לעבר ג'יפ של צה"ל ועד להפעלת מטען חבלה כנגד כוח צה"ל. לאחר שבוע של חילופי אש הוחלט על יציאה למבצע, כאשר במקביל לחיסולו של ג'עברי הוחלט על פגיעה בתשתיות ארגון הטרור חמאס ברצועת עזה ופגיעה במאגרי התחמושת של הארגון.

הלחימה החלה בארבע בצהריים, בתקיפה משותפת של זרוע הים וזרוע האוויר. בין השאר נפגעו בכירי חמאס ורוב מלאי טילי הפג'ר 5, שאיימו על ערי מרכז הארץ. במשך שמונת ימי הלחימה פעלו זרוע הים, זרוע האוויר, תותחנים ויחידות נוספות להשמדת מטרות בעומק שטח הרצועה. זאת כאשר חיילות היבשה לא שולבו בלחימה, אלא רק נערכו והתכוננו לקראת מהלך קרקעי. הלחימה התמקדה בהשמדת מטרות נקודתיות בשטח הרצועה, בדגש על פגיעה במחסני אמצעי-לחימה, בכירי חמאס ותשתיות הארגון.

ספינות זרוע הים שהו אל מול חופי הרצועה לאורך כל ימי הלחימה ברצועה. בין היתר תקפו הלוחמים הימיים מחנות של חמאס ברצועה, ותשתיות. במהלכה אף חסלו את פעיל הג'יהאד העולמי, אחמד נאחל, באמצעות טיל מונחה ששוגר מהים. הלוחמים הימיים פעלו אל מול זרוע האוויר ואגף המודיעין על מנת לתקוף ביעדים מזוויות תקיפה מאתגרות וכדי להשמיד מטרות. בלחימה לקחו חלק שייטת ספינות הטילים, פלגה 916 וכוחות של הקומנדו הימי. הלחימה שיקפה את השילוביות של זרוע הים עם זרוע האוויר ופיקוד הדרום. השפעת זרוע הים על הלחימה היבשתית התעצמה באופן משמעותי.

 מבצע 'חשיפה מלאה' 
ממוזער|280px|שמאל|אוניית הנשק האיראנית "קלוס-סי"

מבצע "חשיפה מלאה" היה מבצע של זרוע הים לתפיסת אוניית הנשק "קלוס סי" (Klos-C) בניסיונה להבריח נשק מאיראן דרך סודאן לרצועת עזה, אשר התקיים ב-5 במרץ 2014. המבצע נערך במימי הים האדום, אל מול קו החוף שבין סודאן לאריתריאה, במרחק 1,500 ק"מ מישראל. את עצירת האונייה, שהפליגה תחת דגל פנמה, ביצעו לוחמי שייטת ספינות הטילים מאח"י חץ (סער 4.5) ואח"י חנית, ולוחמי הקומנדו הימי. על המבצע פיקד מפקד זרוע הים, האלוף רם רוטברג, מעמדת הפיקוד על קורבטת הטילים אח"י חנית בלב הים האדום. על גבי אניית המשא התגלו מכולות, אשר בהן הוסתר נשק, שנשלח מאיראן והוסתר תחת שקי מלט. נשק זה יועד להגיע לארגוני טרור ברצועת עזה. בין אמצעי הלחימה שנמצאו בספינה היו רקטות מסוג M-302, המגיעות לטווח של 100 ק"מ, פצצות מרגמה וכמות עצומה של כדורים לנשק קל. צוות הספינה הניח לזרוע הים להשתלט על הספינה ללא כל התנגדות ולא היה מודע לסוג הסחורה שהוביל. מרגע ההשתלטות על האנייה הכחישה איראן כל קשר אליה או לסחורה שעליה, אך על השקים בהם הוחבאו אמצעי הלחימה נכתב שארץ ייצור התכולה היא איראן. לאחר ההשתלטות הובלה האוניה לנמל אילת על מנת לפרוק את הנשק שנמצא עליה.

 מניעת הברחת נשק לרצועת עזה 
ממוזער|280px|שמאל|סופר דבורה סימן 3
ב-26 במרץ 2014 הטביעה דבורה שתי סירות פלסטיניות שעסקו בהברחת אמצעי לחימה לרצועת עזה. הפלסטינים פתחו באש לעבר כלי השיט של זרוע הים אך לא פגעו בה. הפגיעות בסירות גרמו לפיצוצי משנה של התחמושת וחומר הנפץ שהוברחו בסירות ולבסוף גם נהרגו המבריחים שעל הסירות.

 מבצע "צוק איתן" 
ממוזער|280px|שמאל|ספינת דבורה (כלי שיט) משלחת טיל מדויק אל מטרת חמאס בחוף עזה

ב-8 ביולי 2014 יצא צה"ל למבצע צבאי נרחב ברצועת עזה. המבצע החל בעקבות ירי מתגבר של רקטות ופצצות מרגמה לעבר יישובים ישראליים בדרום הארץ, שהיווה תגובת חמאס ל"מבצע שובו אחים" שנערך ביהודה ובשומרון. המבצע נפתח בתקיפות נרחבות של זרוע הים וזרוע האוויר, כאשר בהמשך הצטרפו כוחות היבשה ויחידות נוספות אל הלחימה. במהלך המבצע פעלו כוחות הקומנדו הימי יחד עם היחידות המיוחדות, לוחמי חיל רגלים וסוללות של חיל תותחנים, זאת במקביל לפעילות ימית ואווירית של זרוע הים וזרוע האוויר.

לוחמי זרוע הים פעלו בכל ימי הלחימה, בפעילות אינטנסיבית שהחלה טרם הכניסה הקרקעית והסתיימה לאחר שאחרון הלוחמים היבשתיים יצא משטח הרצועה. התקיפות בוצעו על ידי פלגה 916 הפועלת בזירה הדרומית של הים התיכון, לוחמי ספינות הטילים ולוחמי הקומנדו הימי. הכוחות פעלו בתיאום עם כוחות האוויר על מנת לחסל מטרות ולהשיג את יעדי המבצע. עם כניסת הכוחות הקרקעיים, התחזק ערך השילוביות ויכולתה של זרוע הים להשתלב ולקחת חלק משמעותי בקרב היבשה, דבר אשר בא לידי ביטוי בסיוע מסיבי באש ובתצפית לכוחות המתמרנים ברצועה.

במהלך המבצע פעל מערך השליטה הימית באופן אינטנסיבי בבניית התמונה הימית, אשר כללה גורמי מעקב מאתגר והשתנתה במהירות לאורך כל ימי המבצע. בקריות השליטה אף סייעו בסיכול חדירת מחבלים סמוך לקיבוץ זיקים על ידי כך שעקבו והכווינו כוחות לוחמים אל המחבלים, בניסיונם לחדור לישראל דרך המרחב הימי קרוב לגבול עם רצועת עזה. המחבלים חוסלו על ידי לוחמי זרוע הים וכוחות יבשתיים ואוויריים לאחר שהוקפצו למקום בעקבות הזיהוי.

על אירוע חסימת חדירת המחבלים מהים במבצע צוק איתן, זכה מפקד סיירת כריש, סרן אורי ניסים, בצל"ש הרמטכ"ל ובקרית השליטה, רב"ט נועה טייטל, זכתה בתעודת הערכה ממפקד זרוע הים.

 שנות ה-20 של המאה ה-21 
 השתתפות במבצע "שומר החומות" 
ממוזער|280px|שמאל|מסוק עטלף (AS565) מלווה קורבטת טילים מסדרת סער 6 בתרגיל של חיל הים, 2024

במהלך מבצע שומר החומות, כוחות של חיל הים תקפו מטרות של הקומנדו הימי של חמאס, בהם כלי שיט, מוצבים, מרכזי שליטה ופיקוד, מחסני אמל"ח ועוד. זרוע הים תקפה גם מטרות טרור נוספות באש תותחים וטילים, וכן באמצעות שייטת 13. בנוסף הוצבה ספינת טילים עם C-Dome (כיפת ברזל הימית) וטילי ברק כדי להגן על אסדת הגז שמול אשקלון.

 השתתפות במבצע "מגן וחץ" 

ב-9 במאי 2023, פתח צה"ל יחד עם השב"כ במבצע "מגן וחץ", שתכליתו פעולה ממוקדת ופגיעה בבכירי ארגון הטרור הג'יהאד האסלאמי בעזה שהיוו גורם מערער ליציבות הביטחונית. במהלך היום השלישי למבצע 11 במאי, כלי שיט של חיל-הים תקף מתחם צבאי שבו ממקומות עמדות בשימוש הכוח הימי של הגא"פ במרכז רצועת עזה.

 מלחמת חרבות ברזל 

ב-7 באוקטובר 2023 פתח חמאס במתקפת הפתע על ישראל, שבה נהרגו מאות חיילים ואזרחים ישראלים. לוחמי פלגה 916 בלמו את המחבלים שניסו לחדור לישראל דרך הים בזמן מתקפת הפתע לחוף זיקים. מתוך 7 כלים ימיים שעליהם ניסו 38 מחבלים לחדור מרצועת עזה, הכוח הימי פגע ב-5 כלי שיט וחיסל 22 מחבלים. הנותרים ביצעו את הטבח בחוף זיקים. בהמשך המלחמה הרגו לוחמי הפלגה עשרות מחבלים בים וביבשה, וסייעו לכוחות המתמרנים באש ובתצפית.

לוחמי שייטת 13 השתתפו בלחימה היבשתית במחבלים שחדרו לישראל. בנוסף ביצעה שייטת 13 עשרות סיכולים ומעצרים של מחבלים מהים, כולל פשיטות על חוף הרצועה. לוחמי שייטת 13 לקחו בשבי את סגן מפקד החטיבה הדרומית בכוח הימי בעזה של החמאס.

ממוזער|280px|שמאל|סטי"ל אח"י חנית מדגם סער 5 של שייטת ספינות הטילים במפרץ אילת במלחמת חרבות ברזל
לוחמי יחידת סנפיר של הזירה דרומית השתתפו בסיכול חדירות מחבלים מהים ובקו החוף. חיל הים סיכל במהלך המלחמה ניסיונות אפשריים של חמאס לשלוח כצב"מים (כלי צוללת בלתי מאוישים) לים.

לאחר ניסיון שיגור מלט"ים וטילים ארוכי טווח בחזית התימנית, ספינות טילים של החיל הגיעו לים סוף, כחלק מההגנה מפני טילים וכלי טיס המשוגרים מתימן.

ממוזער|280 פיקסלים|אח"י עצמאות מסדרת סער 6 רשמה יירוטי בכורה עבור מערכות כיפה ימית וברק מגן, כאשר אלו הפילו כלי טיס בלתי מאוישים של החות'ים ואיראן במפרץ אילת במהלך מלחמת חרבות ברזל ומבצע עם כלביא.
סטי"לים מדגם "סער 6" של שייטת ספינות הטילים תקפו לראשונה מאז שהפכו למבצעיים, מתקן לייצור אמצעי לחימה ברצועה, והשתתפו בתקיפה של יעדים ברצועת עזה במהלך המלחמה. כלי השיט החדשים, בהם אח"י עוז ואח"י מגן, נכנסו לפעולות כבר מיומה הראשון של המלחמה, ושתיים מהן רשמו את התקיפה המוצלחת הראשונה - ברצועת עזה. הירי מתוך הסטי"לים גרם נזק משמעותי לתצפיות, לאתרי האמל"ח ולמתקני השיגור של ארגון הטרור.

עם הרחבת הלחימה והפעילות היבשתית הורחב גם שיתוף הפעולה הרב זרועי לטובת מאמץ הסיוע לכוחות היבשה. כוחות זרוע הים משתתפים בסיוע ובחיפוי לכוחות היבשה על ידי תקיפות סיוע באש ותקיפות מטרות אשר הוכוונו על ידי כוחות היבשה. כחלק ממאמץ שיתוף הפעולה הרב זרועי הוצבו קצינים בכירים מחטיבות היבשה במוצבי השליטה של הזירה הימית הדרומית והובילו יחדיו תקיפות מדויקות בהכוונת כוחות חי"ר ושריון. הכוחות נמצאים בקשר ישיר בזמן אמת ופועלים בתיאום לפעילות היבשתית. בחלק מהמקרים נתקפו מהים איומים שהביאו לחיסול מחבלים והגנה על כוחות היבשה.
במהלך הקרב בצפון הרצועה והעיר עזה תקפו כוחות חיל הים מבנים המשמשים את ארגון הטרור חמאס כנגד כוחות צה"ל. כמו כן, נתקפו מחסני אמל"ח בהם נמצא ציוד של הקומנדו הימי של חמאס. בהכוונת כוחות חי"ר בשטח הרצועה אשר זיהו מטרות צבאיות בתוך מבנים באזור מחנה שאטי, כוחות זרוע הים תקפו מבנים בשירות חמאס.

בחזית הצפונית ספינות טילים של חיל הים תקפו ב-17 בספטמבר 2024 את היחידה הימית של חזבאללה, טיבעו עשרות כלי שיט קטנים והרגו עשרות לוחמים. החיל סיפק מודיעין להשמדת הצי הסורי בנמליו בידי חיל האוויר הישראלי.

במסגרת מבצע חץ הבשן, ב-9 בדצמבר 2024, הושמד רוב הצי הסורי על ידי ספינות הצי וכן מטוסי חיל האוויר.

במהלך המלחמה יירטה אח"י עצמאות (סער 6) כלי טיס בלתי מאוישים ששיגרו החות'ים מתימן באמצעות מערכת כיפת מגן (כיפת ברזל הימית) ובמהלך מבצע עם כלביא יירטה כ-30 כלי טיס בלתי מאוישים ששיגרה איראן באמצעות מערכת ברק מגן (הגרסה הימית של ברק MX). היו אלו יירוטי הבכורה של שתי המערכות.

 שיתוף פעולה בינלאומי 
ממוזער|280px|שמאל|לוחמי חיל הים בתרגיל עם הצי היווני
זרוע הים מהווה גוף נוח לפיתוח יחסים עם ציים אחרים. בשנת 1994 ייסדה ברית נאט"ו את תוכנית הדו-שיח הים-תיכוני שבה נכללה ישראל. תוכנית שבמסגרתה בוצעו בין היתר ביקורים בנמלים ותרגילים משותפים בין חילות ים של ישראל ומדינות אירופה. ב-2009 ביקר בישראל כוח SNMG-2 של נאט"ו. ב-27 בדצמבר 2017 דווח כי חיל הים השתתף בתרגיל בן שבועיים של ברית נאט"ו באזור כרתים. התרגיל אורח על ידי הצי היווני והשתתפו בו כוחות ים מארצות הברית, בריטניה, בולגריה, רומניה ואיטליה. ב-8 ביולי 2018 בוצע תרגיל בין כוחות מחיל הים הישראלי עם כוחות מהצי הצרפתי. באפריל 2019 התקיים תרגיל Novel Dyna בנושא איתור צוללות בהשתתפות יחד עם כלי שיט של הצי היווני וצי ארצות הברית.
ב-7 בדצמבר 2020 התקיים עם כוח נאט"ו תרגיל הרפואה הימי המשותף - "מים צלולים". ב-6 באוגוסט 2021 דווח כי חיל הים ערך מפגש ותרגיל בשנית עם כוח המשימה הימי ללוחמה במיקוש SNMCMG-2 של ברית נאט"ו שפועל באזור הים התיכון לאורך כל ימות השנה.
ב-31 באוגוסט 2021 דווח כי חיל הים הישראלי ערך לראשונה תרגיל משותף עם הצי החמישי של ארצות הברית בים האדום.
ב-10 בנובמבר 2021 נערך בים האדום תרגיל משותף בן 5 ימים בין ישראל, איחוד האמירויות, בחריין ופיקוד המרכז של הצבא האמריקני.
ב-17 בפברואר 2022 דווח כי חיל הים הישראלי השתתף לראשונה בתרגיל IMX. התרגיל הימי הגדול בעולם שהתקיים במרחבים הימיים של בחריין וים סוף, והשתתפו בו כ-60 ציים וארגונים בינלאומיים, בהובלת הצי החמישי של ארצות הברית.

במרץ 2022 השתתף חיל הים בתרגיל הימי "נובל דינה 2022", ביחד עם יוון, קפריסין, צרפת וארצות הברית. לקחו חלק בתרגיל מטעם חיל הים ספינות הטילים אח"י חנית, אח"י כידון ואח"י רומח, וכן, הצוללת אח"י תנין. בין ה-27 במרץ ל-5 באפריל 2022 הצי החמישי האמריקני וחיל הים ביצעו תרגיל משותף במרחב ים סוף בשם Intrinsic Defender (״שומר חיוני״) שבו השתתפו כ-300 חיילים מחיל הים הישראלי. בתרגיל השתתפה ספינה מדגם סער 6.

ב-22 בספטמבר 2022 הסתיים תרגיל "מגן דיגיטלי", של זרוע הים והצי החמישי שהתקיים בזירת ים סוף. בתרגיל השתתפו כלים מאוישים מזרוע הים וכלים לא מאוישים של "צוות 59" מהצי החמישי של צבא ארצות הברית. בסך הכל דיווח צה"ל על 14 שיתופי פעולה עם צבאות זרים שנערכו בשנת 2022.

בסוף ינואר 2023 בוצע תרגיל ״אלוני בזלת״ (Juniper Oak) בין ארצות הברית לישראל, שבמהלכו בוצעו תמרונים משותפים בין כלי שיט ישראליים לנושאת מטוסים אמריקאית.
במרץ 2023 השתתף חיל הים בתרגיל הבינלאומי "נובל דינה". התרגיל התרחש במשך שבועיים בים התיכון באזור שבין כרתים לישראל והשתתפו בו כוחות מיוון, קפריסין איטליה, צרפת, ישראל וארצות הברית. לראשונה השתתפה ספינת סער 6 בתרגיל בינלאומי.

 מפקדי חיל הים 
מפקד חיל הים (בראשי תיבות: מח"י), שתוארו הצה"לי הפורמלי הוא מפקד זרוע הים, בהתאם לשמו החדש של החיל, הוא קצין בדרגת אלוף.

מקימו של הצי הצבאי הישראלי, שנקרא אז "השירות הימי", וראשו הראשון, היה גרשון זק. עם זאת, המינוי הראשון ל"מפקד חיל הים" היה מינויו של פול שולמן, שנשא דרגת קברניט (מקבילה לדרגת אלוף), כאשר השירות הימי הפך לחיל. תקופה מסוימת שניהם חלקו בסמכויותיהם כאשר זק משמש יותר בתפקידי המטה ושולמן בתפקיד הביצועי.

מפקדי חיל הים+שם!!תקופת כהונה!!הערות||תמונהגרשון זק 17 במרץ 1948 – 12 באפריל 1949 ראש שירותי חיל הים שמאל|100px פול שולמן  17 באוקטובר 1948 – 12 באפריל 1949  ראש מטה חיל הים במלחמת העצמאות 100px|שמאל שמעון פרס  12 באפריל 1949 – 13 ביוני 1949 ראש שירותי חיל היםשמאל|לא ממוסגר|100 פיקסלים שלמה שמיר  16 במאי 1949 – 14 בדצמבר 1950  נעשה מפקד חיל האוויר השלישי 100px|שמאל מרדכי לימון  14 בדצמבר 1950 – 1 ביולי 1954  שמאל|100px שמואל טנקוס  1 ביולי 1954 – 1 בינואר 1960 במלחמת סיני 100px|שמאל יוחאי בן-נון  1 במרץ 1960 – 1 בינואר 1966  שמאל|100px שלמה אראל  1 בינואר 1966 – 1 בספטמבר 1968  במלחמת ששת הימים שמאל|100px אברהם בוצר  1 בספטמבר 1968 – 1 בספטמבר 1972  במלחמת ההתשה שמאל|100px בנימין תלם  1 בספטמבר 1972 – 23 בספטמבר 1976  במלחמת יום הכיפורים שמאל|100px מיכאל ברקאי  23 בספטמבר 1976 – 12 בינואר 1979  100px|שמאל זאב אלמוג  12 בינואר 1979 – 31 בינואר 1985  במלחמת לבנון הראשונה 100px|שמאל אברהם בן-שושן  31 בינואר 1985 – 1 בפברואר 1989  100px|שמאל מיכה רם  1 בפברואר 1989 – 7 ביולי 1992  100px|שמאל עמי אילון  7 ביולי 1992 – 1 בינואר 1996  לימים ראש השב"כ שמאל|לא ממוסגר|100 פיקסלים אלכס טל  1 בינואר 1996 – 2 בינואר 2000   שמאל|100px ידידיה יערי  2 בינואר 2000 – 23 בספטמבר 2004  לימים מנכ"ל רפאל שמאל|100px דוד בן בעש"ט  23 בספטמבר 2004 – 8 באוקטובר 2007  במלחמת לבנון השנייה 100px|שמאל אליעזר (צ'ייני) מרום  8 באוקטובר 2007 – 6 באוקטובר 2011 במהלך המשט לעזה ומבצע עופרת יצוקה100px|שמאל רם רוטברג 6 באוקטובר 2011 – 27 בספטמבר 2016 במהלך מבצע חשיפה מלאה ומבצע צוק איתן100px|שמאל אליהו שרביט  27 בספטמבר 2016 – 2 בספטמבר 2021  במהלך מבצע שומר החומות100px|שמאלדוד סער סלמה 2 בספטמבר 2021 ואילך במהלך מלחמת חרבות ברזל100px|שמאל

 נשים בחיל הים 

עד אמצע שנות ה-70 שרתו נשים בחיל הים רק בתפקידי תמיכה על החוף ולא שרתו על כלי שיט כלל. הנשים שרתו בעיקר בתפקידי מנהלה, כפקידות, חיילות מודיעין, זקיפות, נהגות, אקונומיות ומפעילות מכ"ם. באמצע שנות ה-70 נפתחו תפקידי מכ"ם וקשר באניות לנשים. בספטמבר 1977 הסתיים קורס ראשון של קצינות אג"ם ים שיועד בכללו להכשיר קצינות לתפקידי אג"ם ביבשה, אולם חלק קטן מבוגרותיו שירתו גם כקצינות בים. חלק מהקורס, שכלל 9 חיילות, התקיים ביחד עם קורס חובלים של הגברים. במאי 1979, על שלוש ספינות של חיל הים שעברו בתעלת סואץ היו שלוש חיילות, בהן ראש מדור היסטוריה בחיל הים.

בשנת 1998 נפתח קורס החובלים של החיל בפני נשים. בשנת 2018 סיימו שלוש נשים מתוך שלושים צוערים את קורס חובלים, מספר המסיימות הגבוה ביותר מאז החל שילובן של נשים בקורס. בשנת 2004 נפתחה היחידה למשימות תת-מימיות לנשים. יחידת סנפיר שהוקמה בשנת 2006 היא יחידה לוחמת מעורבת בה משרתים נשים וגברים יחדיו.

בשנת 2011 מונתה לתפקיד ראש מספן כוח אדם בחיל אלוף-משנה מיכל תשובה, שהייתה האישה הראשונה בתפקיד ושימשה בתפקיד עד שנת 2015.

נשים אינן משרתות בחיל הים בצוללות.

 מדים ודרגות בחיל הים 
 חוגרים וקציני חוף עד דרגת סגן: מכנסיים וחולצה בצבע חקי בהיר.
 נגדים מדרגת רס"ל, קצין שסיים קורס חובלים וקציני חוף מדרגת סרן: מכנסיים בצבע כחול כהה וחולצה לבנה.
 דרגות החוגרים הקצינים והנגדים בצבע זהב על רקע כחול.
 ביום חיל הים, יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, ויום העצמאות, וכן בטקסים דוגמת טקסי סיום הכשרה, כל חיילי החיל וקציניו לובשים את מדי האירועים של החיל שצבעם לבן. לקצינים כובע מצחייה לבן עם סרט זהב, לנגדים מדרגת רס"ל כובע מצחייה לבן עם סרט שחור. קצינים ונגדים מדרגת רס"ל ומעלה לובשים חגורה לבנה בעת לבישת מדי ייצוג לבנים, ונועלים נעליים לבנות (הקצינים מדרגת רס"ן, ונגדים מדרגת רס"ר) בעת לבישת מדי האירועים הלבנים.ממוזער|280px|שמאל|קציני החיל הבכירים בטקס, לובשים מדי אירוע לבנים. ניתן להבחין כי הקצינים הבכירים נועלים נעליים לבנות וחוגרים חגורה לבנה, נוסף על המכנסיים הלבנים המיוחדים.

 תהליכי התפתחות המדים 

פקודות חיל הים מגדירות מספר סוגי מדים לפי האירוע וסוג השירות. ובחירתם נעשית לפי פקודת מפקד היחידה לפי נוהגי הלבוש המוגדרים. מדי נספח חורף מדי נספח קיץ, מדי שרד חורף מדי שרד קיץ, מדים לבנים המכונים בעגה הצבאית "מדי אירועים" – מדי א' בשירות קבע למעשה קצינים מדרגת סרן ונגדים מדרגת רס"ל ומעלה – חולצה לבנה ומכנסיים כחולים, מדי א לשאר אנשי הקבע ושירות חובה: דקרון חאקי בהיר. בגדי עבודה דגמ"ח. תוך כדי מלחמת השחרור הורה ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון שחיל הים יצטייד במדים לבנים. היה זה המשך לכוונתו שחיל הים צריך לייצג את המדינה הצעירה בעולם הגדול.

מדי חיל הים וסימוני הדרגה היו בהתאם למסורת של הצי המלכותי הבריטי והצי האמריקני. קוד הלבוש הופרד בהתאם למסורת זו לשלוש קטגוריות:
 קצינים: כובע קצינים עם סמל ח"י ודרגות שרוול וכתף בהתאם לתקן הצי האמריקאי.
 נגדים: כובע קצינים עם סמל ח"י קטן ודרגות יד פרט לסמל ראשון.
 חוגרים: בגדי מלחים וחולצת מלחים וכובע מלחים עליו רשום שם האונייה.

כומתת החיל היא בצבע כחול כהה עם סמל חיל הים מוזהב. הסמל העכשווי מורכב מעוגן, חרב עם עלה של זית, מעוטר באצות ים וכיתוב "חיל הים".

דרגות קציני חיל הים היו שונים מדרגות קצינים בצה"ל עד לשנת 1970. אלוף אברהם בוצר שינה את נוהג המדים כחלק ממדיניות כוללת של הבראת חיל הים ושיוכו לכלל צה"ל. המטרה הייתה  שינוי תדמיתי של החיל שסבל משני אסונות מבצעיים, טיבוע המשחתת אילת וטביעת הצוללת דקר, שגררו התייחסות לחיל זה כחיל בלתי מקצועי. בתקופה זו מדי החוגרים הוחלפו למדי חאקי רגילים וכומתה כחולה ועליה סמל חיל הים כאשר קציני חיל הים חבשו כובע קצינים ונגדים כובע נגדים. שינוי משמעותי נוסף היה שבגדי העבודה שודרגו לבגדי דגמ"ח, הימאים והקצינים נעלו נעליים שחורות גבוהות.

בשנת 1978 יחד עם כלל צה"ל בוטלו מדי החורף בחיל הים. בתחילת שנות השמונים, בהוראת האלוף זאב אלמוג, הכומתה הכחולה לחוגרים הוחלפה בכובע מלחים לבן כבצי האמריקאי ועליו סמל של עוגן. "כובע פופאי המלח" זכה לקבלת פנים צוננת. חבישתו בוטלה וכיום כלל חיילי חיל הים, קצינים נגדים וחוגרים חובשים כומתה כחולה. חידוש נוסף שהוכנס באותה עת הוא תגי כתף בהתאם ליחידות הראשיות של החייל. תגי הכתף שמרביתם עוצבו על ידי מ. אריה, התקבלו בברכה והם בתוקף עד היום.

בטקסים ובמפגשים עם ציים זרים נוהג הלבוש הוא כובע קצינים וסימני דרגה ושרוול לקצינים כנהוג בצי האמריקאי.

בתקופת הרמטכ"ל אמנון ליפקין-שחק הותר כי מפקד חיל הים ישא דרגת שרוול המקבילה לדרגת צי אמריקאי של Vice Admiral השקולה לדרגת רב-אלוף בצה"ל ואילו תת-אלוף ישא דרגת שרוול של Rear Admiral Upper Half השקולה לדרגת אלוף בצה"ל במעמד טקסי ייצוג בלבד.
סוגמדי גאלהמדי ייצוגמדי חוגרים א'מדי לוחםמדי ב'לא ממוסגר|167x167 פיקסליםלא ממוסגר|169x169 פיקסליםלא ממוסגר|164x164 פיקסליםלא ממוסגר|163x163 פיקסליםלא ממוסגר|161x161 פיקסלים

 דרגות 
 דרגות חיל הים 
להלן דרגות קצונה וחוגרים בחיל הים בהשוואה לצי ארצות הברית והצי המלכותי הבריטי:

 קצינים מוסמכיםסימן50px50px50px50px50px50px50px50pxחיל הים הישראליאלוףתת-אלוףאלוף-משנהסגן - אלוףרב-סרןסרןסגןסגן-משנה הצי האמריקאיRear-AdmiralUpper HalfRear-AdmiralLower HalfCaptainCommanderLt. CommanderLieutenantLieutenantJunior GradeEnsign הצי המלכותי הבריטיRear-AdmiralCommodoreCaptainCommanderLt. CommanderLieutenantSub Lieutenant Midshipman

 נגדים משק"יםחוגריםסימןמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|121x121 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|147x147 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|147x147 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|147x147 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|147x147 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|146x146 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|146x146 פיקסליםאין חיל היםרב-נגדרב-נגדמשנהרב-סמלבכיררב-סמלמתקדםרב-סמלראשוןרב-סמלסמל ראשוןסמלרב-טוראיטוראיהצי האמריקאיCommandMaster ChiefPetty OfficerMaster ChiefPetty OfficerSenior ChiefPetty OfficerChiefPetty OfficerPetty Officer1st ClassPetty Officer2nd ClassPetty Officer3rd ClassSeamanSeamanApprenticeSeamanRecruit

 דרגות העבר בחיל הים 
בראשית דרכו היו דרגות הקצונה בחיל הים שונות מאלה של צה"ל הן בצורתן והן בשמן. הדרגות היו:
 משיט – בוגר קורס חובלים (פס כסף אחד על הכותפה). דרגה זו בוטלה לאחר זמן קצר.
 סגן חובל – סגן משנה (שני פסי כסף על הכותפה).
 חובל – סגן (שלושה פסי כסף על הכותפה).
 חובל ראשון – סרן (פס זהב ועוגן על הכותפה).
 רב חובל – רב-סרן (שני פסי זהב ועוגן על הכותפה).
 סגן קברניט – סגן-אלוף (שלושה פסי זהב ועוגן על הכותפה).
 קברניט – אלוף (ארבעה פסי זהב ועוגן על הכותפה).

בסוף שנת 1949 נוספה בצה"ל דרגת אלוף-משנה. בחיל הים הוחלט שדרגת אל"ם תהיה "קברניט" (ארבעה פסי זהב ועוגן על הכותפה) ואילו המקבילה לאלוף תהיה "אלוף ים" (פס זהב רחב ועוגן על הכותפה).

בשנת 1951 אוחדו שמות דרגות הקצונה בחיל הים עם אלו של צה"ל וסימניהן השתנו כפי שמופיע בציור שלהלן.

דרגות אלה שימשו בחיל הים עד שנות ה-70 והן משמשות עדיין כדרגות הייצוג למדי שרד של חיל הים.

 דרגות ייצוג בחיל הים 
מרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםמרכז|לא ממוסגר|220x220 פיקסליםאלוף (אחרי 1999)תת-אלוףאלוף-משנהסגן אלוףרב-סרןסרןסגןסגן משנה
 בראשית חיל הים נשא מפקד חיל הים (שדרגתו הייתה אלוף כבר אז) דרגת כתף עם סימון שרוול של אלוף-משנה.
 בשנת 1950 הוכנסה לצה"ל דרגת אלוף-משנה ולכן מפקד חיל הים נשא דרגת שרוול של תת-אלוף.
 בשנת 1968 הוכנסה לצה"ל דרגת תת-אלוף ולכן מפקד חיל הים נשא דרגת שרוול של אלוף.
 בהיתר מיוחד שהחל בימי הרמטכ"ל ליפקין-שחק מטעמי נוהג בלבד מול ציים זרים, נושא מפקד חיל הים דרגת שרוול השקולה לזו של רב-אלוף ואילו תת-אלוף נושא דרגת שרוול המקבילה לאלוף כמופיע בצידו הימני של האיור. כך נוצר מצב שמדלגים על דרגת שרוול של תת-אלוף. בפועל היררכיית הפיקוד הִנה כמצוין בצִדו השמאלי של האיור סגן משנה עד אלוף (Rear Admiral או Rear Admiral Upper Half) כולל תת-אלוף הנקראת Commodore או Rear Admiral Lower Half.
בראשית ימי חיל הים סימון דרגות הקצונה היה מבחין בין קציני מכונה וימאים ברקע מתחת לסרטי הזהב. קצין מכונה היה עם רקע אדום כנהוג בצי המסחר.

 דגלים ואותות בחיל 

לזרוע הים קיימים שני דגלים: דגל רשמי והדגל הרגיל שאינו רשמי.

הדגל הרשמי הוא דגל ייצוגי המוצג במספר מועדים: במסדרים רשמיים, ביום חיל-הים, ובמסדר החלפת פיקוד.

הדגל הרגיל מוצג בתרנים, בכניסה לבסיסים, לקישוט בטקסים, ובלשכות, ועל כלי השיט השונים, בגודל שונה.

כמו כן, דגל הכבוד של האישיות המכובדת ביותר הנמצאת בכלי השיט מונף במעלן הימני של ניצב התורן הראשי.

 ראו גם 
 הצי הישראלי
 מתנדבי היישוב לצי המלכותי הבריטי
 מתנדבי היישוב לצי המסחרי המגויס
 הזירה הימית במלחמת סיני
 משט יום העצמאות

 לקריאה נוספת 
 אברהם רבינוביץ', ספינות שרבורג, (תרגום מאנגלית: אריה מרמרי), 2001
 מיכאל (מייק) אלדר, שייטת 13 – סיפורו של הקומנדו הימי, תל אביב: ספריית מעריב
 מיכאל (מייק) אלדר, שייטת 11 – הקרב על הצל"ש, תל אביב: ספריית מעריב
 מיכאל (מייק) אלדר, דקר וסיפורה של שייטת הצוללות, הוצאת אריה ניר
 מיכאל (מייק) אלדר, האויב והים, תל אביב: הוצאת משרד הביטחון
 שלמה אראל, לפניך הים, תל אביב: הוצאת משרד הביטחון
 יורם בר-ים, כלי שיט ישראליים בממד הרביעי, הוצאת עמותת דולפין, 2009
 שמשון עדן, אנשי הברזל על ספינות העץ, הוצאת עמותת ידידי חיל הים
 ענת קדרון, חיל הים הישראלי – שנת ההקמה: הקמת וגיבוש חיל הים במהלך מלחמת העצמאות. עבודת גמר, אוניברסיטת חיפה, 2000. העתק דיגיטלי באתר הפלי"ם
 מספן כוח אדם, דרך הים נוהגים טקסים ודרך ארץ בחיל הים הישראלי, ההוצאה לאור – משרד הביטחון, 2004
 דניאלה רן, בין ספינה לרציף תולדות לשכת הספנות הישראלית 1932–1982, פרדס הוצאה לאור, 2008, עמ' 16, 54–55, 86, 89, 97, 105, 107, 111–114, 155, 168, 170, 195–202, 205, 213

 אבנר שור, אבירם הלוי, בשיתוף טל בשן, האש והדממה יוחאי בן נון-ביוגרפיה, הוצאת כתר, 2017

 פסח מלובני, דגל אדום מעל המזרח התיכון, 'המעורבות הצבאית הסובייטית באזור וסיפורה של "מסרגה" ביחידה 8200', הוצאת אפי מלצר בע"מ, 2017 עמ' 137, 287, 290, 324, 350, 432, 454–453
 זאב אלמוג, הכוח הימי המודרני של ישראל, שפותח לאחר מלחמת יום הכיפורים, המכון לחקר מלחמות ישראל, 2018
 אלוף אלי שרביט וסא"ל דובי רז, מ"השירות הימי" לזרוע אסטרטגית, הוצאת מערכות, גיליון 477

 ענת קדרון, סערה בים – מהשירות הימי לחיל הים, בתוך: המלחמה המעצבת הראשונה – שבעה מאמרים במלאת שבעים שנה למלחמת העצמאות, מודן, המחלקה להיסטוריה, 2018, עמודים 187–252

 קישורים חיצוניים 




 בני שפנייר, אתגרי האיגוף הימי והנחיתה מהים עבור זרוע הים, אתר מערכות, גיליון 497, 2023
 רוברט הנריקס, צי ישראל בעיני זר, 'מערכות ים' ל"ג, יולי 1957, עמ' 13.
 דוד בן-גוריון, למרחבי ים, 'מערכות ים' נ', נובמבר 1960, עמ' 4.
 מאיר שפיר ואריה דובלין, עשרים ושתים שנה לחיל הים, 'מערכות ים' 99–100, ספטמבר 1970, עמ' 52.
 ימים עלי ימים - מערכות חיל הים, מפקדת חיל הים, ספטמבר 1974.
 בנימין תלם, חיל הים ממלחמת תש"ח עד מלחמת יום הכיפורים, ימים עלי ימים - מערכות חיל הים, מפקדת חיל הים, ספטמבר 1974, עמ' 42.
 יוסי אלעד, כך זה החל 1948, 'בין גלים' יוני, 1978 עמ' 16.
 על הענקת דרגת אלוף לפול שולמן לאחר פטירתו בשנת 1995 47 שנים לאחר מנוייו
 מורשת חיל הים, באתר של עמותת חיל הים
 אילנית פנר, מפגש המיסדים, 21 בנובמבר 1997, 'שובל' מידעון עמותת חיל הים, מרץ 1998 עמ' 5.
 גרשון זק, פקודת יום 29 נובמבר 1947, חיל הים ו' בכסלו תש"ט, עמ' 14.
 ענת קדרון, חיל הים הישראלי – שנת ההקמה הקמת וגיבוש חיל הים במהלך מלחמת העצמאות. עבודת גמר לתואר מוסמך, אוניברסיטת חיפה, 2000.
 אילנית פנר, בראשית - חיל הים בתחילתו, "בין גלים" גיליון 1 אוקטובר 2001 עמ' 56.
 עודד קורש וסמל כפיר, גולשים במים וירטואליים - אתר האינטרנט של חיל הים, "בין גלים" גיליון 1 אוקטובר 2001 עמ' 90.
 טל חפר, רז שרגא ורוז בראל, ח"י הנו זרוע אסטרטגית - רוה"מ נתניהו מבקר בח"י, "בין גלים", דצמבר 2009, עמ' 42.
 אלי רהב, סגנון הפיקוד של מפקד חיל הים, מורשת ימית, 2011.
 .
 אתר עמותת חיל הים
 זאב אלמוג, הכוח הימי של ישראל – נדבך חיוני להכרעה בשדה הקרב המערכתי, צבא ואסטרטגיה, מאי 2011
 גדעון רז,הפעלת אש מהים לצורך השתתפות בקרב היבשה, צבא ואסטרטגיה, כרך 2, גיליון 2, אוקטובר 2010
 גדעון רז, האיגוף הימי בקרב היבשה, צבא ואסטרטגיה, כרך 3, גיליון 1, מאי 2011.




 חיל הים בראשיתו, אתר הפלי"ם וההעפלה
  חיפה מאמצת את חיל הים, יומני כרמל דצמבר 1954 (התחלה 0:53)
  בן-גוריון סוקר מסדר על אניית חיל הים, יומני כרמל, ספטמבר 1948
  יצחק בן-צבי מתארח בחיל הים בחיפה, יומני גבע, ארכיון שפילברג, 1957 (התחלה 7:33)
 זרוע הים, 2.0402 הוראות הפיקוד העליון, 21 באוקטובר 1990.
 יהודה בן-צור, הזקן והים, מעורבות דוד בן-גוריון בהקמת חיל הים על פי יומניו מתקופת מלחמת העצמאות באתר ההעפלה והרכש.
 אריה טל ודרור גת, חיל הים מבעד לעדשתו של זיו קורן, 'בין גלים' אוגוסט 2009.

 ספינות חיל הים בפעולה פרסום צה"ל 2 בספטמבר 2012.
 רוני דניאל, חיל הים מאבטח את המים הכלכליים ערוץ 2, נובמבר 2011.
 ברית אלמוג, מפקד זרוע הים רם רוטברג מסכם תקופה, "בין גלים", אוקטובר 2016, עמ' 25.
 העצמת חיל הים הישראלי יוטיוב 30 בינואר 2018.

 איל פינקו, שינויים בתפיסה האסטרטגית בחיל הים עבודת דוקטורט באוניברסיטת בר-אילן מאי 2019.
 ניר מאור, השירות הימי שנהיה לחיל הים אתר צה"ל.
 יהלי רייסר שקרוב, סיפורן של יחידות חיל הים שקיבלו צל"ש שוב ושוב 30 ביולי 2019
 דובר צה"ל, טקס הענקת תעודות הערכה ליחידות זרוע הים במעמד ראש המטה הכללי רב-אלוף אביב כוכבי, ובראשות מפקד זרוע הים, אלוף אלי שרביט, 30 ביולי 2020. 
 תמונות מאוסף שלמה אראל - מפקד חיל הים מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה
 תמונות מאוסף בנימין (ביני) תלם - מפקד חיל הים מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה
 תמונות מאוסף שבתאי לוי - חיל הים מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה
 תמונות מאוסף יעקב המל מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה
 תמונות מאוסף אברהם תבור מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה

 "מערכות ים" - בטאון חיל הים (1971-1948). קישורים לגליונות סרוקים ב-fresh.co.il באתר: "שפת הים".





 לוחמי חיל הים מחסלים מחבלים הפולשים על סירה מהירה, צילום: דובר צה"ל, באתר יוטיוב
 תיעוד מיוחד: הקרב ההירואי של לוחמי חיל הים בדרום, סרטון בערוץ "עכשיו 14", באתר יוטיוב
 "תישארו בבונקר, אנחנו באים!": לוחמי השייטת מסתערים על מוצב סופה, סרטון בערוץ "כאן 11", באתר יוטיוב
 יוסי פוגל ומודי שניר, יום עיון על חיל הים הישראלי - שנים ראשונות, העמותה הישראלית להיסטוריה צבאית, 18 באפריל 2024.
 חיל הים בראשיתו באתר ההעפלה והרכש.
 יד לחללי חיל הים באשדוד, מיזם אבני מורשת
 Israel - Top 12 Most Powerful Warships in the Israeli Navy!, ינואר 2026.

 ביאורים 

 הערות שוליים 

*
*
ים
ישראלי, חיל הים
קטגוריה:ישראל: ימאות