אוניברסיטת בר-אילן

אוניברסיטת בר־אילן היא אוניברסיטת מחקר ציבורית שנוסדה ב-1955 ונקראה על-שם הרב מאיר בר-אילן, ממנהיגי הציונות הדתית. הקמפוס המרכזי של האוניברסיטה שוכן ברמת גן, שטחו כ-582 דונם. קמפוס נוסף של האוניברסיטה הוקם ב-2011 בצפת, ובו שוכנת הפקולטה לרפואה. נכון לשנת 2025, היא האוניברסיטה השנייה בגודלה בישראל והאוניברסיטה הצומחת ביותר במספר הסטודנטים בשבע השנים האחרונות. בשנת 2024 למדו בבר-אילן יותר מ-21,000 סטודנטים ופעלו בה כ-800 אנשי סגל אקדמי בכיר, העוסקים במחקר ובהוראה.

יותר מ-20 פרסי ישראל הוענקו במשך השנים לחוקרי האוניברסיטה בתחומי היהדות, החינוך, הספרות, החברה והמשפט. פרסים בין-לאומיים ומענקי מחקר רבים הוענקו לחוקרים בתחומי הרפואה, הכימיה, הפיזיקה, הסייבר ומדעי המחשב. הפקולטה למדעי היהדות של בר-אילן היא הגדולה מסוגה בעולם האקדמי. פרויקט השו"ת הוא מהישגיה הבולטים. בדירוג שנגחאי לשנת 2024 היא נמצאת במקום השישי בין האוניברסיטאות בישראל ובין המקומות ה-301 ל-400 בעולם.

 היסטוריה 
ממוזער|טקס הנחת אבן הפינה לאוניברסיטת בר-אילן, יולי 1953|250x250 פיקסלים
ממוזער|טקס חנוכת בנייני האוניברסיטה, 1956. מימין לנואם יושב פרופ' פנחס חורגין ולצידו הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג|250x250 פיקסלים
ממוזער|מבט ללב קמפוס האוניברסיטה בשנותיה הראשונות (ברקע מגדל התצפית לפני שיפוצו, ובניין הספרייה המרכזית)|250x250 פיקסלים
ממוזער|תצלום אווירי של לב הקמפוס (לערך שנות ה-60)|250x250 פיקסלים

ההכנות להקמת האוניברסיטה
הרעיון של הקמת מוסד לחינוך גבוה, שיקדם הוראת מקצועות כלליים לצד תלמוד תורה וקיום מצוות, עלה עוד לפני קום המדינה. הסופר יהושע רדלר-פלדמן קרא להקמת מוסד לחינוך גבוה "ברוח ישראל סבא", ובארצות הברית קידמה את הרעיון תנועת המזרחי, שבראשה עמד משנת 1949 הפרופסור להיסטוריה וספרות יהודית, פנחס חורגין. פרופ' חורגין, שקיבל את הסמכתו לרבנות בישיבת וולוז'ין ואת השכלתו האקדמית באוניברסיטת קלארק ובאוניברסיטת ייל, היה נחוש להגשים את חזון האוניברסיטה העברית בציון, במבנה המתבסס על דגם הקולג' האמריקאי, שתוכנית הלימודים בו נמשכת ארבע שנים. אל החזון שלו רתם אנשי אקדמיה ומנהיגים דתיים אמריקאים, לצד אנשי תנועת המזרחי שראו בהקמת האוניברסיטה מתנה למדינה היהודית הצעירה.

בשנת 1950 ביקר פרופ' חורגין בישראל והחל לקדם את הרעיון בקרב ראשי הציבור הדתי ופוליטיקאים נוספים. ב-1951 נפגש עם ראש הממשלה דוד בן-גוריון וידע אותו בדבר הכוונה לכונן אוניברסיטה דתית, וב-1952, לאחר מסע גיוס כספים נרחב בקרב הקהילות היהודיות בצפון אמריקה, נעשו ההכנות לרכישת שטחי קרקע מתאימים באזור רמת גן. באותה שנה, בוועידת תנועת "המזרחי", נבחר פרופ' חורגין לנשיא האוניברסיטה העתידית, ונקבע כי היא תיקרא על שמו של הרב מאיר בר-אילן, ממנהיגיה הבולטים של הציונות הדתית.

היו גם שהתנגדו להקמתה של האוניברסיטה, ובהם בלטו אנשי האוניברסיטה העברית בירושלים, ובראשם שר החינוך פרופ' בן-ציון דינור, שטענו שעדיין לא בשלה השעה להקים בישראל אוניברסיטה נוספת, וחששו מהאוריינטציה הדתית והמפלגתית של האוניברסיטה. התנגדו לה גם אנשי ציבור חרדים, שחששו שהשילוב בין לימודי קודש וחול יביא לחילון ויסכן את עולם הישיבות. טיעון נגד נוסף נתלה במודל האמריקאי של בר-אילן, ובחשש מאמריקניזציה של חיי התרבות והמדע בישראל. למרות זאת, הסכים ראש הממשלה דוד בן-גוריון להקצות קרקעות למוסד האקדמי החדש, אך לא התחייב להכרה ממלכתית מלאה, ומטקס הנחת אבן הפינה של האוניברסיטה נעדרו ראשי המדינה. 

גם לאחר ייסוד האוניברסיטה לא הכירה המועצה להשכלה גבוהה בתארים שהוענקו על ידה, ובשנים הראשונות העניקה בר-אילן תארים של אוניברסיטת ניו יורק. 
בהמשך, בשל העובדה שבר-אילן לא התיימרה להציג עצמה כמוסד מחקרי אלא כקולג' שבו עומדת ההוראה במוקד, הוחלט להכיר בכל מחלקה בנפרד. המחלקות הראשונות שזכו בהכרה, בשנת 1960, היו הפקולטה למדעי היהדות והפקולטה למדעי הטבע ולמתמטיקה. תהליך הענקת ההכרה המלאה של בר-אילן כאוניברסיטה מחקרית המוסמכת להעניק תארים ישראליים, לרבות תארים מתקדמים, הושלם רק בנובמבר 1969, 11 שנה לאחר הקמתה.
.

אבן הפינה להקמת האוניברסיטה הונחה בי"ד אב תשי"ג (26 ביולי 1953). במגילת היסוד של האוניברסיטה, שהוטמנה עם אבן הפינה, נכתב בין השאר: "והייתה אוניברסיטת בר-אילן עץ חיים למורשת עם עולם; לערכי נצחים של תורת אמת, חכמה ומוסר, וצדק ושלום עולמים, והייתה נוחה חכמה לחכמי-לב, מחדשי ימינו כקדם במדע ובמחקר, בכשרון ובאמנות, במעשה היצירה והתחייה של העם והמדינה".

תכנון הקמפוס נמסר לאדריכלים ארטור ובלהה שרגנהיים שהתמחו בתכנון מבני ציבור ותכננו את הקמפוס כשבמרכזו מבנה אודיטוריום עם בית כנסת הבולט בנוף הודות לכיפה המכסה את מרכזו וכן מגדל מים ותצפית שהוקם לצידו. הבניינים שתכננו השתלבו במדשאות ובגינות שנשתלו בקמפוס, באמצעות מרפסות רחבות ומעברים מקורים שנמתחו בין הבניינים.

מייסדי בר-אילן שמו דגש על שלושה מוקדי חינוך: למורשת היהודית, לתחיית עם ישראל בארצו ולידע האקדמי המדעי. בתחילת דרכה של האוניברסיטה באו רוב הסטודנטים מארצות הברית.

השנים הראשונות
טקס הפתיחה הרשמי של אוניברסיטת בר-אילן נערך בי"ט באב תשט"ו (7 באוגוסט 1955), ושנת הלימודים הראשונה נפתחה בד' בתשרי תשט"ז (20 בספטמבר 1955). בשנת הלימודים הראשונה למדו באוניברסיטה 70 סטודנטים ישראלים ו-20 תלמידים מארצות הברית, שבאו לשנת לימודים אחת. 24 חברי סגל לימדו במהלך השנה 18 קורסים, בארבע מחלקות:
 לימודי יהדות – תנ"ך, תלמוד, אגדה ומדרש, תולדות עם ישראל ותולדות הספרות העברית.
 מדעי הטבע ומתמטיקה – ביולוגיה, פיזיקה, כימיה ומתמטיקה.
 מדעי החברה והרוח – היסטוריה, פילוסופיה, פסיכולוגיה, סוציולוגיה, מדעי המדינה, כלכלה וחינוך.
 לשונות וספרות – עברית, ערבית, אנגלית, צרפתית, ספרדית, יוונית ורומית.
בהתאם למגמות היסוד שנקבעו עם כינונה של האוניברסיטה, למדו הסטודנטים גם קורסים ביהדות וקורסים כלליים, וחויבו בשיעורי חינוך גופני ובקורס בתורת ההיגיינה.

שנת הלימודים השנייה נפתחה ב-30 בספטמבר 1956. כחודש לאחר שהחלה פרצה מלחמת סיני. חלק גדול מהסטודנטים ומאנשי הסגל גויס, אחרים התנדבו בבית החולים תל השומר. בסיום השנה היו רשומים באוניברסיטה 173 סטודנטים: 63 במחלקה למדעי הטבע ומתמטיקה, 57 במחלקה ליהדות, 31 במחלקה למדעי הרוח והחברה, 22 במחלקה לשפות.

בתחילת שנת הלימודים השלישית הכריז פרופ' חורגין על חזונו: הקמת מכון לחקר המשפט העברי, מכון לחקר השואה, ספריה מרכזית, מועדון סטודנטים ושלוחות אקדמיות בגליל ובנגב. פרופ' חורגין לא זכה לראות את חזונו מתגשם – הוא נפטר זמן קצר לאחר מכן, בגיל 63. לאחר פטירתו נקרא על שמו בית הספר לחינוך של האוניברסיטה. לנעליו של פרופ' חורגין נכנסו הרב ד"ר יוסף לוקשטיין, שהחל לכהן כנשיא האוניברסיטה בפועל, ופרופ' שמואל שרגא ביאלובלוצקי, ראש המחלקה לתלמוד, שנבחר ליושב הראש הראשון של סנאט האוניברסיטה (תפקיד המקביל לרקטור). לתפקיד מנכ"ל האוניברסיטה מונה ד"ר טוביה בר-אילן, כימאי, בנו של הרב מאיר בר-אילן.

בתחילת שנת הלימודים הרביעית, ב-12 באוקטובר 1958, העניקה האוניברסיטה תואר כבוד ראשון, לסופר ש"י עגנון, במלאת לו 70. שנה לאחר מכן, ב-28 בדצמבר 1959, הוסמכו בוגריה הראשונים של האוניברסיטה, 27 במספר. בשנת 1961 העניקה האוניברסיטה לראשונה תואר שני, לחמישה סטודנטים במדעי היהדות והרוח, בשנת 1962 זכו 11 בוגרים בתואר "מוסמך", ושנה לאחר מכן הוענקו 15 תוארי מוסמך ותואר דוקטור ראשון, בספרות עברית, להלל ברזל, על עבודת הדוקטורט בהנחיית פרופ' ברוך קורצווייל. לימים הפך ד"ר ברזל לפרופסור מן המניין האוניברסיטה.

בספטמבר 1964 נוסד ארגון הבוגרים של האוניברסיטה. יושב הראש הראשון שלו היה ניסן רובין, בוגר לימודי סוציולוגיה וכלכלה.

בשנת 1965, עשור לאחר הקמתה, למדו באוניברסיטה כ-1,500 סטודנטים, ולימדו בה 235 מרצים.

העשור השני
בשנת 1966 נקלט באוניברסיטה המתמטיקאי פרופ' אביעזרי פרנקל, מייסדו של פרויקט השו"ת: מערכת ממוחשבת שתאפשר איתור מדויק ומהיר של מקורות בספרות ההלכתית והרבנית. בשלב ראשון התמקדה המערכת במאגר עצום של שאלות ותשובות הלכתיות, ובפסקי דין הלכתיים שהופצו בציבור. אל הפרויקט חבר באותה השנה פרופ' יעקב שויקה, שהחל לפתח אלגוריתמים מדויקים יותר לחיפוש. צוות הפרויקט כלל גם את הרבנים מנחם סליי ויצחק פצ'ניק, והוא הפך עם השנים למקור מידע תורני, הלכתי, היסטורי, חברתי וכלכלי עשיר ביותר, המשקף מאות שנים של חיים יהודיים.

בשנת הלימודים תשל"א (1971-1970) חלו בבר-אילן שתי תמורות מרכזיות. הראשונה – קיצור משך הלימודים לתואר ראשון מארבע שנים לשלוש שנים. בכך, נפרדה האוניברסיטה סופית ממודל הקולג' האמריקאי. השנייה – הוקמה בה פקולטה חמישית: הפקולטה למשפטים, שהצטרפה לארבע הפקולטות הקיימות. שלוש שנים לאחר מכן פוצלו הפקולטות למדעי החברה והרוח, ומחלקות החטיבה "לשונות וספרות" פוזרו בין שתיהן. כעת כלל ההיצע האקדמי את המחלקות הבאות:
 הפקולטה למדעי היהדות – תנ"ך, תלמוד, תורה שבעל-פה, תולדות ישראל, לשון עברית ולשונות שמיות, ספרות עברית, לימודי ארץ ישראל, לימודים בין-מחלקתיים במדעי היהדות, היסטוריה כללית.
 הפקולטה למדעי הרוח – פילוסופיה יהודית וכללית, ספרות משווה, לימודים ביבליוגרפיים וספרנות, ערבית, אנגלית, תרבות צרפת, לימודים קלאסיים, מוסיקולוגיה, תולדות האמנות, תיאטרון, מתורגמנות, שפות (גרמנית, ספרדית, איטלקית, רוסית ויידיש).
 הפקולטה למדעי החברה – פסיכולוגיה, סוציולוגיה, כלכלה, מדעי המדינה, קרימינולוגיה, החוג המשולב במדעי החברה, גאוגרפיה, חינוך, עבודה סוציאלית.
 הפקולטה למדעי הטבע ומתמטיקה – מדעי החי (ביולוגיה כללית, זואולוגיה, בוטניקה, מיקרוביולוגיה, ביוכימיה ואקולוגיה), כימיה, פיזיקה, מתמטיקה, מדעי המחשב.
 הפקולטה למשפטים.
בשנת תשל"ב (1972) נפתח המכון הגבוה לתורה של בר-אילן. הוא מוקם בבניין המכינה לישיבות בני עקיבא בגבעת שמואל, ומטרתו הייתה לאפשר לתלמידיו ללמוד חצי יום לימודי קודש, וחצי יום לימודים אקדמיים. צורת הלימוד תאמה את המקובל בישיבות גבוהות: שיעורים, סדרים וחברותות. בשנתו הראשונה למדו במכון 15 סטודנטים, ובראשו עמד הרב צבי דב קונוטופסקי. לאחר פטירתו, בתום שנת הלימודים הראשונה, החליף אותו הרב שלמה דיכובסקי, ובהמשך – הרב אהרן כ"ץ.

בשנת 1974 נוסדה "בר-אילן – חברה למחקר ופיתוח בע"מ", שמטרתה הייתה לפעול להתפתחות המשק המקומי. בראשית שנותיה פעלו תחת החברה המרכז לייעוץ בנושא כוח אדם והמרכז להשתלמויות בניהול. בהמשך שונה שם החברה לביראד, והיא התמקדה במסחור הידע האקדמי של בר-אילן.

במהלך העשור השני לפועלה העניקה בר-אילן תוארי דוקטור לשם כבוד בין השאר לנשיא המדינה, זלמן שזר; לראשת הממשלה גולדה מאיר; ולרבנית שרה הרצוג, אלמנתו של הרב הראשי האשכנזי לישראל יצחק אייזיק הלוי הרצוג, בשל פעילותה החברתית הענפה.

העשור השלישי
במהלך העשור השלישי לפעילותה המשיכה האוניברסיטה להתרחב מבחינה אקדמית. בין השאר, נפתחו היחידה להבעה עברית, היחידה ללימודי עיתונאות ולתקשורת, המגמה לחקר יהדות ספרד והמזרח (תחת החוג המשולב למדעי היהדות), והמגמה לכימיה תרופתית (במחלקה לכימיה). המחלקה לסוציולוגיה הוסיפה לשמה ותוכניתה האקדמית את תחום האנתרופולוגיה, ובמחלקה לכלכלה נוספו לימודי מנהל עסקים. במחלקה ללשון העברית וללשונות שמיות נפתח מסלול ללימודי תעודה בעריכה לשונית, ובבית הספר לעבודה סוציאלית נפתחה תוכנית הסבה לתואר ראשון. תחת המחלקה למתמטיקה הוקם המרכז הישראלי לקידום מדעי המתמטיקה, לקידום בני נוער מצטיינים בתחום. בשנת 1976 נוסדה, במסגרת המכון הגבוה לתורה, המדרשה לבנות. בשנת 1978, כתוצאה משיתוף פעולה עם קרן ברוקדייל האמריקאית, הוקמה, לראשונה בארץ, תוכנית "ברוקדייל – בר-אילן" שאפשרה לגמלאים להשתתף בקורסים אקדמיים באוניברסיטה. שיתוף הפעולה הוליד גם תוכנית אקדמית בגרונטולוגיה שימושית, שמטרה לעודד תלמידי תואר ראשון ושני להתמחות במדעי הזקנה. עוד באותה שנה נוסדה רשמית היחידה להוצאה לאור של בר-אילן. בשנת 1979 נוסד, תחת בית הספר לחינוך, מרכז לוקשטיין לחינוך יהודי בתפוצות, שנקרא על שמו של נגיד האוניברסיטה, הרב יוסף לוקשטיין.

בכל הנוגע למחקר, בסוף העשור השלישי פעלו בבר-אילן 26 מרכזים ומכוני מחקר אקדמיים ו-40 קתדרות, ובהם: המכון לחקר השואה, המכון לחקר משפט בינלאומי ומשווה, המכון לחקר מדעי המתמטיקה, הקתדרה לכלכלה ולמנהל עסקים, הקתדרה לביופיזיקה, הקתדרה לאימונולוגיה כימית, הקתדרה ליידיש ע"ש רינה קוסטה; הקתדרה לחקר הקבלה והמעבדה לפוריות הגבר. לקראת אמצע שנות ה-80 של המאה ה-20 ביססה בר-אילן את מעמדה בתחומי הטכנולוגיה המתקדמת והמחקר הרפואי, בזכות שלושה הסכמי פיתוח ומסחור של חוקרי האוניברסיטה: מכשור המאפשר אבחון מוקדם ומדויק של מחלות סרטניות באמצעות בדיקות דם (פרופ' אריה ויינרב ופרופ' מרדכי דויטש); הפקת חומרים לחיזוק מערכת החיסון האנושית (פרופ מיכאל אלבק ופרופ' בנימין שרדני); ותכשירים למניעת הזדקנות העור (פרופ' מיכאל אלבק ופרופ' שלמה גרוסמן).

בשנת 1983 הוענק לראשונה פרס ישראל לאחד מחברי הסגל של האוניברסיטה: פרופ' אברהם סולטמן, רקטור האוניברסיטה לשעבר, בשל מחקריו בהיסטוריה כללית. פרס ישראל ניתן באותה השנה גם ליו"ר הוועד המנהל של בר-אילן, ד"ר זרח ורהפטיג, על תרומה מיוחדת למדינה ולחברה בקידומו של המשפט העברי בישראל. שנה לאחר מכן ניתן פרס ישראל לחבר סגל נוסף: פרופ' משה ימר, מייסד המחלקה לפיזיקה ורקטור האוניברסיטה לשעבר, שזכה בפרס בקטגוריית ההיסטוריה של המדע.

במהלך העשור השלישי לפועלה העניקה האוניברסיטה תוארי דוקטור של כבוד, בין השאר, לראש הממשלה מנחם בגין ולסגן נשיא ארצות הברית (ולימים נשיאה) ג'ורג' בוש.

העשור הרביעי
העשור הרביעי לפעילותה של האוניברסיטה התאפיין בגידול משמעותי במספר הסטודנטים: אם בתחילתו, בשנת הלימודים תשמ"ו (1985/6) למדו באוניברסיטה 10,640 סטודנטים – בשנת הלימודים תשנ"ה (1995/6) עלה המספר לכ-17 אלף סטודנטים, ועוד כ-2400 סטודנטים בחמש שלוחות האוניברסיטה. לגידול במספר הסטודנטים אחראים גלי העלייה ההמונית ממדינות מזרח אירופה וברית המועצות לשעבר, כמו גם הגברת הדרישה ללימודים אקדמיים בחברה הישראלית. במהלך עשור זה נקלטו בבר-אילן למעלה ממאה חברי סגל חדשים, מדענים מצטיינים מקרב העולים.

בין התוכניות האקדמיות שנפתחו בעשור זה: תואר ראשון בביולוגיה התנהגותית ותת-התמחות בפסיכולוגיה רפואית (המחלקה לפסיכולוגיה); חטיבה המתמחה במניעת שימוש בסמים (המחלקה לקרימינולוגיה); תת-התמחות בלימודי סביבה ותיירות ותואר שלישי באוקיינוגרפיה (המחלקה לגאוגרפיה); תואר ראשון במדעי המדינה ותקשורת המונים (המחלקה למדעי המדינה); ותואר ראשון משולב במשפטים ובמנהל עסקים. בחוג המשולב למדעי החברה הוקמה, ביוזמת צה"ל, המגמה ללוגיסטיקה, ורוב תלמידיה בשנים הראשונות היו אנשי צבא. המחלקה למוסיקולוגיה שינתה את שמה למחלקה למוזיקה, ושמה דגש על לימוד קומפוזיציה, על קורסים בין תחומיים המשלבים מוזיקה עם אמנות פלסטית, ספרות, קולנוע ותיאטרון, ועל השילוב בין מוזיקה למחשבים. בשנת תש"ן הוקמה בה המעבדה האלקטרו-אקוסטית הראשונה. בשנת תשנ"א הוקם בית הספר למנהל עסקים. עוד באותה השנה הוקם בית ספר ערב ללימודי משפטים, שפעל לצד הפקולטה למשפטים עד שנת תשנ"ו. במקביל הוקמה בפקולטה למשפטים תוכנית הסיוע המשפטי, במסגרתה סייעו הסטודנטים בעזרה משפטית בשטח לנזקקים בשכונות מצוקה. בבית הספר לחינוך התבצעו פרויקטים להתערבויות חינוכית בפריפריה ובעיירות פיתוח.

במהלך העשור בוצעה תוכנית מקיפה לעידוד המחקר האקדמי ולהרחבתו. בשנת 1992 מונה לראשונה סגן נשיא למחקר – פרופ' שלמה גרוסמן. בשנת 1994 הוקמה ועדה עליונה לטיפוח המחקר. במקביל, אורגנה מחדש רשות המחקר, בראשה הועמד ד"ר ישראל פאר, ופעילותה התמקדה באיתור קרנות מחקר חיצוניות והכוונת חברי הסגל להגשת בקשות תמיכה למספר רב של מוסדות בישראל ובעולם. כתוצאה מכך גדלו מענקי המחקר שניתנו לאוניברסיטה בצורה משמעותית. בסוף העשור הרביעי לפעילות האוניברסיטה פעלו בה כ-130 מכוני מחקר, מרכזי מחקר וקתדרות, ובהם: המכון לחקר הסרטן, האיידס והאימונולוגיה; המרכז למוליכות-על; הקתדרה למיקרוביולוגיה רפואית; הקתדרה לזכויות האדם ע"ש ראול ולנברג; מכון ריבלין לחקר תולדות היישוב בארץ ישראל; המכון לחקר הספרויות ע"ש לכטר; מרכז חדד לחקר דיסלקסיה וליקויי קריאה; מכון עזריאלי לחקר כלכלת ישראל. בנוסף, נוסד המפעל המחקרי "מקראות גדולות – הכתר", שמהווה מהדורת יסוד חדשה של המקראות הגדולות לכל התנ"ך. גופי מחקר מרכזיים נוספים שהוקמו בשנים אלה: מרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים (נוסד ב-1991), גוף אקדמי עצמאי השואף לתרום לקידום השלום והביטחון במזרח התיכון האמצעות מחקרים מכווני-מדיניות בנושאי ביטחון לאומי; ומרכז אינגבורג רנרט ללימודי ירושלים (נוסד ב-1995), השוכן ברובע היהודי בעיר העתיקה ופועל תחת המחלקה ללימודי ארץ ישראל וארכאולוגיה. 

במסגרת חברת המסחור של האוניברסיטה פותח בשנים אלה מכשיר הסלסקאן, המאפשר אבחון מוקדם של מחלת הסרטן באמצעות דגימת דם. הפרויקט, שפותח על ידי פרופ' אריה ויינרב, פרופ' מרדכי דויטש וד"ר ראובן תירוש בשיתוף התעשייה האווירית, ייצג את ישראל בתערוכה הבינלאומית Expo-92 והוגדר כאחד מעשרת הפיתוחים הטכנולוגיים החשובים ביותר של שנות ה-80. עוד פותחו בשנים אלו החומר AS101, תרופה נסיונית לטיפול במחלת הסרטן והאיידס (פרופ' מיכאל אלבק, פרופ' בנימין שרדני); החומר SR-3, המעכב את מחלת אלצהיימר, שזכה לשם המסחרי אלצן ונרכש על ידי חברת התרופות האמריאקאית "איווקס" (פרופ' שלמה יהודה); סוללות ליתיום רב-פעמיות, שפותחו בשיתוף חברת "תדיראן" (פרופ' דורון אורבך); ואנטי-אוקסידנט טבעי המונע את הזדקנות העור, שנמכר לחברת הקוסמטיקה "רבלון" (פרופ' שלמה גרוסמן ופרופ' מיכאל אלבק).

בשנת הלימודים תשנ"ג מונתה לראשונה אישה, פרופ' יהודית דישון, לדיקנית פקולטה באוניברסיטה - הפקולטה למדעי היהדות.

במהלך עשור זה הוענקו ארבעה פרסי ישראל לחוקרי האוניברסיטה: פרס ישראל במדעי היהדות הוענק בשנת תשנ"ב (1992) לפרופ' דניאל שפרבר מהמחלקה לתלמוד; פרס ישראל במדעי החברה הוענק באותה השנה לפרופ' ראובן פוירשטיין מבית הספר לחינוך; פרס ישראל בחקר המדעים המדויקים הוענק בשנת תשנ"ג (1993) לפרופ' הלל פורסטנברג מהמחלקה למתמטיקה ומדעי המחשב; ופרס ישראל בחקר הפסיכולוגיה הוענק בשנת תשנ"ה (1995) לפרופ' יהודה אמיר מהמחלקה לפסיכולוגיה.

במהלך העשור העניקה האוניברסיטה תוארי דוקטור לשם כבוד בין השאר לנשיא ברית המועצות לשעבר מיכאיל גורבצ'וב, ולראשי ממשלת ישראל שמעון פרס, יצחק שמיר ויצחק רבין. בחגיגות לרגל ארבעים שנה למוסד הוענקו אותות הוקרה מטעם האוניברסיטה ל-40 מבוגריה הממלאים שליחות ציבורית ממדרגה ראשונה, בהם ראש השב"כ עמי אילון, מפקד חיל האוויר הרצל בודינגר, מפכ"ל המשטרה רב-ניצב אסף חפץ, חברי הכנסת רפי אלול, יגאל ביבי, נעמי בלומנטל, זבולון המר, יוסף ונונו, שאול יהלום, דוד מנע ומאיר שטרית, ראש עיריית רמת-גן צבי בר.

העשור החמישי
העשור החמישי לפועלה של האוניברסיטה התאפיין בהמשך פעילות אקדמית ענפה, ובשנת הלימודים שחתמה אותו, תשס"ה, הוצעו לסטודנטים לתואר ראשון למעלה מ-6300 קורסים בכ-150 מסלולי לימוד. בעשור זה גדל מספר הסטודנטים באוניברסיטה בכל המסלולים, כולל תלמידי המכללות האזוריות שתחת חסותה האקדמית של בר-אילן, ללמעלה מ-30 אלף. 

בשנת 1995 נפתחו לראשונה תוכניות ייעודיות לאנשי זרועות הביטחון – תוכניות מורשה, גלילות ושחקים, המציעות תואר ראשון רב תחומי במדעי החברה בתנאים מיוחדים. 

בשנת 1998 הוקמה הפקולטה השישית במספר באוניברסיטה – הפקולטה למדעי החיים, שהציעה חמש מגמות לימוד: המגמה לביולוגיה התפתחותית ולפיזיולוגיה, המגמה לביולוגיה סביבתית ומדעי הצומח, המגמה לביולוגיה תאית ורפואית, המגמה לביו-טכנולוגיה והמגמה לאופטומטריה. קבוצות המחקר בפקולטה הצעירה כללו, בין היתר, מחקר של מחלות סרטן; מחקר של תאי גזע, התפתחות ואמבריולוגיה; אימונולוגיה וגנטיקה; בקטריולוגיה; פרזיטולוגיה; חידוש רקמות עור; מוח ומערכת העצבים; חקר ההזדקנות; פוריות הגבר; בוטניקה ואקולוגיה; ביואינפורמטיקה; קיפול חלבונים; העברת אותות בתא וחקר הלב.

במקביל, שונה שמה של הפקולטה למדעי הטבע והמתמטיקה - לפקולטה למדעים מדויקים, בה נכללו המחלקות לפיזיקה, כימיה, מתמטיקה ומדעי המחשב. בשנת תשס"ב (2001) נוסד בפקולטה בית הספר להנדסה, שהציע תואר בוגר הנדסה בשתי מגמות: הנדסת מחשבים והנדסת חשמל. בין מקימי לימודי הנדסה והדיקאן הראשון של הפקולטה החדשה היה ג'ורג' מושיץ. באותה השנה התפצלה המחלקה למתמטיקה ומדעי המחשב לשתי מחלקות נפרדות. המחלקה למתמטיקה התמקדה במחקר מדעי בתחומים כמו אנליזה, אלגברה, טופולוגיה אלגברית, הסתברות, קומבינטוריקה, פונקציות מורכבות, משוואות דיפרנציאליות, גאומטריה אלגברית ועוד. במחלקה למדעי המחשב התמקדו בהכשרה עתודה מקצועית לטובת התעשייה הישראלית, ובמחקר בתחומים כמו תיאום תבניות ודחיסה, סוכנים ורובוטיקה, כריית מידע, ראייה ממוחשבת, קריפטוגרפיה ואבטחת מידע, ביולוגיה חישובית, אלגוריתמי קירוב, מערכות הפעלה ותקשורת, אחזור מידע ובלשנות חישובית. 

בשנת 1998 הוקמה הוועדה ללימודים בין-תחומיים באוניברסיטה, במטרה לתת מענה מובנה לזיקות שהתפתחו בין ענפי הידע השונים. תחת החטיבה ללימודים בין תחומיים הוקמו בשנת הלימודים תש"ס (1999/2000) התוכנית ללימודי פרשנות, התכנית למדעי המוח והתוכנית ללימודי מדע, טכנולוגיה וחברה. בשנה לאחר מכן נפתחה התוכנית ללימודי מגדר, ותחתיה הוקמו המרכז ללימודי מגדר ע"ש רחל וי"ל גבירץ והקתדרה ללימודי נשים ומגדר. בראש התוכנית עמדה פרופ' דפנה יזרעאלי, ולאחר פטירתה ב-2003 נקראה הקתדרה על שמה. באוניברסיטה נפתחו תוכניות לימוד רב-תחומיות נוספות, ובהן התוכנית הבין-תחומית ללימודי יהדות זמננו בפקולטה למדעי היהדות, והתוכנית ללימודי ניהול ויישוב סכסוכים ומשא ומתן, שנפתחה במחלקה למדעי המדינה (ועברה בשלב מאוחר יותר ליחידה ללימודים בין-תחומיים). תחת תוכנית זאת הוקם מרכז גישור בקמפוס – מרכז הגישור האקדמי הראשון בישראל. בשנת 2002 נפתח המרכז הרב תחומי לחקר המוח ע" גונדה, שאיחד תחתיו חוקרים מתחומים שונים המתמחים בחקר המוח, בתחומים כמו קשב, זיכרון, תקשורת ורגש, מוח ושפה, בינה מלאכותית, התפתחות, תפיסה חושית, רשתות עצביות ועוד. 

במסגרת חברת המסחור של האוניברסיטה, הוגשו בשנים אלה למעלה מ-50 בקשות לרישום פטנטים, והכנסות החברה ממסחור ידע, מסחור פטנטים, עבודות בשירות גורמי חוץ ופרויקטים במימון המדען הראשי של משרד התעשייה והמסחר עמדו על עשרות מיליוני שקלים. במסגרת החברה פותחו בשנים אלה, בין השאר, סוללות מגנזיום וסוללות ליתיום נטענות (פרופ' דורון אורבך); טכנולוגיה לסינתזה של ננו-חלקיקים ומיקרו-חלקיקים לשימושים תעשייתיים וביו-רפואיים, דוגמת סימון והפרדת תאים ביולוגיים, שחרור מבוקר של תרופות, ניקוי הדם מרעלים והרחקת מתכות כבדות ממים או מנוזלים ביולוגיים (פרופ' שלמה מרגל); טכנולוגיות להכנת ננו-חומרים, שבמישור המסחרי שימשו בין היתר ליצור גרביים אנטי-בקטריאליות, ניקוי שפכים ועיבוד בקבוקי שתייה ריקים (פרופ' אהרון גדנקן); תרופות לטיפול בסכיזופרניה, אלצהיימר ופרקינסון (פרופ' אברהם נודלמן); חומרים המגבירים הפרשת אינסולין כתרופות פוטנציאליות לטיפול בסוכרת (פרופ' בלהה פישר); טכנולוגיות לשימוש בננו-חלקיקים להפקת אנרגיה חלופית, בעיקר אנרגיה סולארית, ולטיפול במים (פרופ' אריה צבן); מארזים ננו-מטריים להחדרת "קליעים" לתאי גוף ספציפיים (פרופ' אורי ניר), טכנולוגיה להשתלת תאים עובריים במוח, המסייעים בשיקום אזורים פגועים כתוצאה ממחלת הפרקינסון (ד"ר גל ידיד); טכנולוגיות לפיתוח תרופות לריפוי פצעים (ד"ר תמר טננבוים); פיתוח טכנולוגיות חדשות לשימוש במוליכי-על (פרופ' יוסף ישורון); ופיתוח רכיבים אופטיים לעיבוד מהיר של מידע (ד"ר זאב זלבסקי).

מבחינה מנהלתית, בראשית שנות ה-2000 הייתה בר-אילן האוניברסיטה הראשונה שיישמה את המלצות הוועדה הציבורית לבחינת המבנה הארגוני של המוסדות להשכלה גבוהה. תקנון האוניברסיטה שונה, והגדיר את מעמדו של הנשיא כראש המוסד ואת המנכ"ל והרקטור ככפופים לו. בנוסף, הוחלט לכנן סנאט חדש, שחבריו ייבחרו מבין חברי המועצה האקדמית העליונה של האוניברסיטה, הכוללת את כל הפרופסורים מן המניין, כמו גם מנושאי תפקידים אקדמיים, מנציגי הפרופסורים החברים והמרצים הבחירים, ומנציג הסטודנטים. 

במהלך העשור החמישי לפועלה הוענקו תשעה פרסי ישראל לחוקרי האוניברסיטה: פרס ישראל בחקר לשונות היהודים הוענק בשנת תשנ"ו (1996) לפרופ' יהודה רצהבי מהמחלקה לספרות עם ישראל; פרס ישראל במוסיקה הוענק בשנת תשנ"ז (1997) לפרופ' אנדרה היידו מהמחלקה למוזיקה; פרס ישראל בחקר הלשון העברית הוענק בשנת תשנ"ט (1999) לפרופ' מנחם צבי קדרי מהמחלקה ללשון העברית והלשונות השמיות; פרס ישראל בחקר הספרות העברית הוענק בשנת תשנ"ט (1999) לפרופ' אהרן מירסקי מהמחלקה לספרות עם ישראל; פרס ישראל בחקר החקלאות הוענק בשנת תשנ"ט (1999) לפרופ' יגאל כהן מהפקולטה למדעי החיים; פרס ישראל בחקר הבלשנות הכללית הוענק בשנת תש"ס (2000) לפרופ' גד בן-עמי צרפתי מהמחלקה ללשון העברית והלשונות השמיות; פרס ישראל בחקר הספרות הכללית הוענק בשנת תש"ס (2000) לפרופ' אהרן הראל-פיש מהמחלקה לספרות אנגלית; פרס ישראל בחקר החינוך הוענק בשנת תשס"א (2001) לפרופ' יעקב רנד מבית הספר לחינוך ע"ש חורגין; פרס ישראל בחקר מדעי המדינה הוענק בשנת תשס"ג (2003) לפרופ' ישעיהו (צ'ארלס) ליבמן מהמחלקה למדעי המדינה.

החל משנת 2002 הוענק פרס א.מ.ת על הצטיינות והישגים אקדמיים או מקצועיים מרחיקי לכת ותרומה מיוחדת לחברה. בשנת 2003 זכה בפרס פרופ' משה ימר, בשל תרומתו ארוכת השנים להתפתחות הפיזיקה העיונית. בשנת 2004 זכו בפרס פרופ' משה אבלס, על תרומתו לחקר המוח; פרופ' מריו מיקולינסר, על תרומתו לחקר האישיות והפסיכולוגיה החברתית; ופרופ' הלל פורסטנברג, על תרומתו לתחום המתמטיקה. בשנת 2005 הוענק הפרס לפרופ' עמוס קלונר על תרומתו למחקר הארכאולוגי.

במהלך העשור החמישי לפועלה העניקה בר-אילן תוארי דוקטור לשם כבוד בין השאר לראש הממשלה אריאל שרון, נשיא המדינה משה קצב, ושר הביטחון והרמטכ"ל לשעבר, רא"ל שאול מופז. במסגרת חגיגות יובל החמישים לאוניברסיטה הוענקו תוארי ד"ר של כבוד בין השאר לראש ממשלת ספרד לשעבר חוסה מריה אסנאר; חתן פרס נובל לרפואה פרופ' ריצ'רד אקסל; שר החוץ של אוסטרליה אלכסנדר דאונר; הרב הראשי ישראל מאיר לאו; המשפטן היהודי אמריקאי פרופ' אלן דרשוביץ; ראש עיריית ירושלי לשעבר טדי קולק; ואנשי העסקים בני לנדא ואלי רייפמן. את התואר אמור היה לקבל גם הפזמונאי אהוד מנור, שנפטר בטרם עת, ורעייתו עפרה קיבלה את הפרס בשמו. תואר נוסף, אות הוקרה על מפעל חיים, הוענק לשר המשפטים של קנדה, פרופ' ארווין קוטלר. בשנה שלאחר מכן, שחתמה את חגיגות היובל של האוניברסיטה, הוענקו תוארי דוקטור של כבוד בין השאר לחתן פרס נובל לכלכלה, פרופ' ישראל אומן; חתן פרס נובל לפיזיקה פרופ' אלכס מולר; הסנאטורית הילרי קלינטון ואיש העסקים יעקב שחר. המלחינה נורית הירש זכתה באות הוקרה על מפעל חיים.

במסגרת חגיגות היובל להקמת האוניברסיטה הנפיק השירות הבולאי בול מיוחד, "50 שנה לאוניברסיטת בר-אילן", בעיצובו של מנחם לסקי. הבול הונפק במאי 2005, ונראים בו שלושת המבנים הבולטים בקמפוס: מגדל גודמן שבראשו מצפה לב הקמפוס, בית מורשת ישראל ע"ש נגל ומרכז וואהל. על שובל הבול מופיע המשפט מפרקי אבות: "יפה תלמוד תורה עם דרך ארץ".

העשור השישי ואילך
בפתח המאה ה-21 מתאפיין המחקר בבר-אילן בגישה רב-תחומית ובקשר הדוק עם התעשייה. בשנת 2007 נחנך בבר-אילן המכון לננו-טכנולוגיה ולחומרים מתקדמים, בו נערכים מחקרים בתחומי הננו-חומרים, ביו-רפואה, אנרגיה, אלקטרו-מגנטיות וספינטרוניקה, קלינטק, פוטוניקה, קוונטום וביוקונברג'נס. במכון שלוש יחידות מחקר: ייצור (פבריקציה), אפיון וסינתזה של חומרים מתקדמים. יחידה נוספת האחראית על פרויקטים וקשרים עם התעשייה. 

בשנת 2008 הוקם בצפון הקמפוס קומפלקס של ארבעה בניינים המכיל את בית הספר להנדסה והאוניברסיטה המשיכה להתרחב משמעותית ולהקים במתחם הצפוני קומפלקס של מבנים חדשים לפקולטה למדעי הרוח ומרכז לחקר המוח, שפעילותו עוררה מחאות של ארגונים למען זכויות בעלי חיים, עקב ניסויים בבעלי חיים המבוצעים בו.

בשנת לימודים 2009–2010 למדו בה 22,800 סטודנטים (כולל תלמידי מכינות) לעומת 20,500 בשנת 2008. האוניברסיטה רשמה בשנה זו את הגידול המשמעותי ביותר במספר הסטודנטים יחסית למוסדות אקדמיים אחרים בישראל, והייתה לראשונה למוסד האקדמי עם מספר הסטודנטים הגדול ביותר בישראל.ממוזער|250x250 פיקסלים|המרכז למבקרים ומצפה לב הקמפוס ע"ש ונגרובסקי

בשנת 2011 הפך בית הספר להנדסה לפקולטה השביעית של בר-אילן – הפקולטה להנדסה. בשנים הראשונות הציעה הפקולטה שני תוארי B.SC – בהנדסת מחשבים ובהנדסת חשמל, עם חמש התמחויות: אלקטרו-אופטיקה, עיבוד אותות, ננו-אלקטרוניקה, תקשורת וביו-הנדסה. בהמשך נוספו לפקולטה ארבע תוכניות לימוד נוספות: הנדסת תעשייה ומערכות מידע, הנדסת חומרים, הנדסת נתונים והנדסת תוכנה, כמו גם מגמות בחומרת מחשבים, בהנדסה קוונטית, בנוירו-הנדסה ובהנדסה ביו-רפואית. 

עוד בשנת 2011 נוסדה הפקולטה לרפואה ע"ש עזריאלי, והייתה לפקולטה השמינית של בר-אילן ולפקולטה לרפואה החמישית בישראל. הפקולטה נפתחה בקמפוס משלה בעיר צפת, לאחר שבר-אילן זכתה בשנת 2008 במכרז שפרסמה המדינה לפתיחת בית ספר לרפואה בגליל.
בשנים הראשונות הציעה הפקולטה מסלול תלת-שנתי, המיועד בעיקר לסטודנטים שהחלו לימודי רפואה בחו"ל, ומסלול ארבע-שנתי, המיועד לבוגרי תואר ראשון במקצועות אחרים. ב-2023 נפתח המסלול השש-שנתי ללימודי רפואה.

החל משנת 2017, עם מינויו של פרופ' אריה צבן לנשיא האוניברסיטה, הוקמו בבר-אילן מספר מרכזי אימפקט, המפגישים חוקרים ממגוון תחומי ידע סביב אתגר מורכב. במסגרת זו הוקמו בין השאר המרכז לערים חכמות, שהוכר בשנת 2020 כחממה לחדשנות דיגיטלית; מרכז מנומדין למשפט יהודי ודמוקרטי; מרכז המחקר לקריפטוגרפיה יישומית ואבטחת סייבר; ומרכז דנגור לרפואה מותאמת אישית.

בשנת 2021 הפך בית הספר לחינוך של בר-אילן, שפעל עד אז תחת הפקולטה למדעי החברה, לפקולטה התשיעית של בר-אילן, הפקולטה לחינוך באוניברסיטת בר-אילן. הפקולטה מדורגת בין 200-150 המחלקות הטובות בעולם לפי מדד שנגחאי, ונחשבת לפקולטה המובילה בישראל בתחום.

במסגרת חברת המסחור של האוניברסיטה, הוקמו בעשור הראשון והשני של המאה ה-21 מספר חברות המבוססות על פטנטים וטכנולוגיות שפיתחו חוקרי האוניברסיטה, ובהן: פסט סנס (Fast Sense), המספקת פתרונות ניטור בזמן אמת המאפשרים זיהוי מיידי של תרכובות גז, ומאפשרים התערבויות בזמן למניעת תאונות, ומבוססת על מחקריו של פרופ' דוד זיתון; זי-סקוור (Z-square), המפתחת מיקרו-אנדוסקופ רב תכליתי להדמיה זעיר-פולשנית באיכות גבוהה, בתוך סיב דק במיוחד, המבוסס על מחקריו של פרופ' זאב זלבסקי; גרידאון (GridON), המפתחת טכנולוגיות למניעת עומסים על רשת החשמל, המבוססות על מחקריו של פרופ' יוסף ישורון; ננוסונו (NSC-NanoSono), שפיתחה את טכנולוגיית QUACTIV להשמדה של חיידקים, וירוסים ופטריות; קונטיניוס ביומטריקס (ContinUse Biometrics), המפתחת חיישן שיוכל למדוד מדדים ביומטריים מרחוק וללא מגע עם האדם, המבוסס על מחקריו של פרופ' זאב זלבסקי; ועוד.

בשנת תשס"ז (2007) זכה פרויקט השו"ת של בר-אילן בפרס ישראל לספרות תורנית. חוקרים נוספים שזכו בפרס ישראל החל מהעשור השישי לפועלה של האוניברסיטה: פרס ישראל בחקר התלמוד הוענק בשנת תשס"ח (2008) לפרופ' דוד הלבני מהמחלקה לתלמוד ותורה שבעל-פה; פרס ישראל בחקר הקרימינולוגיה הוענק בשנת תש"ע (2010) לפרופ' משה אדד מהמחלקה לקרימינולוגיה; פרס ישראל בחקר החינוך הוענק בשנת תשע"א (2011) לפרופ' פנינה קליין מבית הספר לחינוך; פרס ישראל בחקר התלמוד הוענק בשנת תשע"ד (2014) לפרופ' שמא יהודה פרידמן מהמחלקה לתלמוד ותורה שבעל-פה; פרס ישראל בחקר חקר הגאוגרפיה, הארכאולוגיה וארץ ישראל הוענק בשנת תשע"ו (2016) לפרופ' יוסי כץ מהמחלקה לגאוגרפיה; פרס ישראל בחקר הפיזיקה והכימיה הוענק בשנת תשע"ח (2018) לפרופ' שלמה הבלין מהמחלקה לפיזיקה; פרס ישראל בחקר החינוך הוענק בשנת תשפ"ג (2023) לפרופ' זמירה מברך מהפקולטה לחינוך; פרס ישראל במחשבת ישראל, פילוסופיה וקבלה הוענק באותה השנה לפרופ' דב שוורץ מהמחלקה לפילוסופיה יהודית.

חוקרי האוניברסיטה שזכו בפרס א.מ.ת. בשנים אלה: בשנת 2010 זכתה בפרס פרופ' שרית קראוס, על תרומתה לתחום מדעי המחשב; בשנת 2015 זכו בפרס פרופ' דב שוורץ על תרומתו לתחום מחשבת ישראל, ופרופ' בטי אוליברו על תרומתה בתחום המוזיקה; בשנת 2016 זכה פרופ' רמי בנבנישתי על תרומתו בתחום העבודה הסוציאלית; בשנת 2020 זכה פרופ' אליעזר גרינשטיין על תרומתו בתחום חקר המקרא.

בשנים אלו העניקה בר-אילן תוארי דוקטור לשם כבוד בין השאר לאמן מנשה קדישמן, אריה לובה אליאב, פרופ' רות גביזון, פרופ' אהרן ברק, פרופ' עדה יונת, רא"ל גבי אשכנזי, פרופ' דן שכטמן, חיים טופול, נשיא המדינה ראובן ריבלין, מרים פרץ, טל ברודי, הרב ד"ר בני לאו, אגי משעול, רא"ל גדי אייזנקוט, עידן רייכל, חוה אלברשטיין, יעל ארד, גלילה רון-פדר-עמית, רא"ל אביב כוכבי, ד"ר אילנה דיין, אביב גפן, חיים ילין, התזמורת הפילהרמונית הישראלית, אמונה - תנועת האשה הדתית לאומית, מגן דוד אדום, ארגון רבני צהר, ארגון תגלית ועמותת "אחים לחיים". אות הוקרה על מפעל חיים קיבלו מטעמה בין השאר הזמר יהורם גאון ונשיא המדינה שמעון פרס.

בשנת 2024 האוניברסיטה קיבלה תרומה של 260 מיליון דולר, אחת התרומות הגדולות לאוניברסיטה בישראל.

בשנת 2025 הוקם באוניברסיטה המכון הלאומי לאגירת אנרגיה ביוזמת משרד האנרגיה והתשתיות, כשיתוף פעולה אקדמי בין האוניברסיטה והטכניון.

 מכללות החסות של בר-אילן 
בשנת 1965, עשור לאחר הקמתה, החלה בר-אילן להעביר לראשונה קורסים אקדמיים מחוץ לקמפוס האוניברסיטה, בעיר אשקלון. הקורסים האקדמיים הראשונים ניתנו כהשתלמויות מורים בחינוך, פסיכולוגיה, תנ"ך, תורה שבעל פה וספרות. לסטודנטים הובטח כי אם ירצון להשלים את לימודיהם האקדמיים ויעמדו בתנאי הקבלה, הקורסים שעברו יילקחו בחשבון לתואר. בשנת 1967 זכה מרכז הלמידה באשקלון במעמד של שלוחה אוניברסיטאית.

בשנת 1968 החלה בר-אילן להעביר קורסים במתכונת דומה גם בצפת, והוא הוכר כשלוחה בשנת תשל"א (1970). במקביל, החלו מרצים של בר-אילן להעביר קורסים בבית הספר העל-תיכוני של המועצה האזורית צמח, תחת הנהלת המוסד המקומית. הוא הוכר כשלוחה בשנת תשל"ב (1971), תחת השם מכללת עמק הירדן.

לקראת סוף שנות ה-80 של המאה ה-20 זכו שלושת השלוחות להכרה כמכללות אזוריות. בשנת 1989 לקחה בר-אילן חסות על שלוחה רביעית – המכללה האקדמית יהודה ושומרון, שישבה תחילה בקדומים ועברה בהמשך לאריאל.

בשנה האקדמית תשנ"ב (1991) זכו ארבעת המכללות למעמד של מכללות אקדמיות אזוריות המוכרות על ידי משרד החינוך בחסות בר-אילן, ויכלו להציע, לראשונה, מסלול לימודים מלא לתואר ראשון, שאינו דורש השלמות בקמפוס ברמת גן. פירוש הדבר היה שהמכללות היו גוף עצמאי בתחום הכספי והארגוני, אך האחריות האקדמית נותרה של בר-אילן. בשנה זו הוקם מערך המכללות והמכינות, שבראשו עמד פרופ' הרווי באבקוף, שפעל לצד מינהל המכללות והמכינות של האוניברסיטה בראשות ד"ר דב לויטן. בינואר 1995 לקחה האונבירסיטה מכללת חסות חמישית – מכללת גליל מערבי, שבאזור עכו. בשנת הלימודים תשנ"ה (1994/1995) למדו בכל חמשת מכללות החסות כ-2,400 סטודנטים.

בשנת תשס"א (2000) הוקמה בירושלים המכללה החרדית ביוזמתה של הרבנית עדינה בר-שלום, בה הוצעו מספר מסלולי לימוד בפיקוח אקדמי של מערך המכללות והמכינות בבר-אילן: תואר ראשון בעבודה סוציאלית, תואר ראשום במנהל חינוכי למורות, תואר ראשון בחוג המשולב למדעי החברה, וכן מכינה קדם אקדמית. בהמשך הורחבה המכללה והציעה תוכניות לימוד ממוסדות אקדמיים נוספים. המכללה נסגרה בשנת 2016, עקב ירידה במספר הנרשמים.

בשנת 2001 ניסחה המועצה להשכלה גבוהה מתווה המעודד מכללות חסות לצאת לעצמאות אקדמית מלאה, ומכללות החסות החלו לפתח תוכניות לימוד עצמאיות לקראת תואר אקדמי מטעמן. המכללה הראשונה מבין מכללות החסות של בר-אילן שעשתה זאת היא מכללת יהודה ושומרון באריאל, שהפכה בשנת הלימודים תשס"ה לגוף עצמאי מבחינה אקדמית, אוניברסיטת אריאל בשומרון. אחריה יצאו לעצמאות המכללה האקדמית אשקלון (תשס"ח), המכללה האקדמית צפת (תשס"ח), מכללת עמק הירדן, ששמה שונה למכללה האקדמית כנרת (תשע"א) והמכללה האקדמית גליל מערבי (תשע"ו).

צביונה של האוניברסיטה
בתחילה הייתה התוכנית להאריך את משך לימודי התואר הראשון משלוש שנים לארבע, כדי לפנות זמן למספר רב של קורסים ביהדות ומורשת. בסופו של דבר הלימודים לתואר ראשון נמשכים שלוש שנים, אך על כולם חלה החובה ללמוד חמישה קורסים (10 נקודות זכות בסך הכול) ביהדות (החל משנת הלימודים תשע״ז, בעבר שבעה קורסים). יוצאי הדופן הם לא-יהודים המחויבים ללמוד קורסים כלליים (למשל בהיסטוריה) במקום לימודי יהדות, וכן גברים ונשים בעלי רקע תורני, היכולים ללמוד בכולל ובמדרשה. סטודנטים בפקולטה למשפטים מחויבים רק בשני קורסים בלימודי יהדות, וזאת בשל חובת לימודי משפט עברי בפקולטה. בתוכניות לתארים מתקדמים ישנה חובה ללימודי יסוד ביהדות גם כן. אם הלימודים הקודמים היו במוסד אחר, ישנה חובה לשני קורסים ביהדות (4 נקודות זכות) כאשר אפשר לעשות קורסים מקוונים, או קורסים אחרים בצורה לא פרונטלית.

הפתח שנתנה בר-אילן לסטודנטים חילונים להתקבל אליה, הביא לכך שרוב הסטודנטים הם חילונים, אף שבתנאי הקבלה נקבע כי לבר-אילן זכות להעדיף מועמדים בעלי רקע ישיבתי. בשל כך נזנח התקנון הדורש מהתלמידים הגברים לחבוש כיפה ורק מרצים מהסגל עדיין חויבו בו. לאחר מכן, גם לגבי המרצים סעיף זה בתקנון הפך ללא-מחייב. כמו כן נזנחה גם הכוונה המקורית לחייב את כל הסטודנטים להשתתף בתפילות. בלימודי היהדות באוניברסיטה, שהם חובה לכל סטודנט, מיעוט של מרצים דרש מהסטודנטים לחבוש כיפה, אך עם זאת לא הייתה שום הגבלה מעשית על לבוש הבנות, גם בלימודי היהדות, והוא היה מקביל לזה שבשאר האוניברסיטאות. סעיפי התקנון הנוגעים ללבוש בוטלו רשמית ב-2019.

כנגד האוניברסיטה עלו טענות, כי קיימת העדפה לשומרי תורה ומצוות בבחירת הסגל האקדמי הבכיר, עד כי יש אנשי סגל המעמידים פנים לגבי אורחות חייהם, בתקווה לקבל קביעות. מקצת מעניין זה דלף לעיתונות בשערורייה שהתחוללה בסוף שנות התשעים סביב נוהלי המינוי האקדמיים במחלקה למוזיקולוגיה. עם זאת, אחוז נכבד מסגל ההוראה הוא חילוני במוצהר.

בפולמוס הגדול שליווה את התהליכים המדיניים בתקופת ממשלת רבין השנייה הייתה פעילות ימנית ענפה בקמפוס. רצח יצחק רבין שבוצע בנובמבר 1995 על ידי יגאל עמיר, סטודנט למשפטים בבר-אילן ותלמיד במכון הגבוה לתורה, חולל זעזוע באוניברסיטה, שציינה אותו בשני ימי שבתון. כתוצאה מכך יזמו באוניברסיטה סדנת הידברות בין דתיים לחילונים, אשר מקנה נקודות זכות אקדמיות. האוניברסיטה אף הפסיקה את הרצאותיו של אורי מילשטיין, חוקר היסטוריה צבאית שנהג לבקר את רבין בהרצאותיו.

במהלך מבצע צוק איתן, אישרה האוניברסיטה לשלושים סטודנטים לתואר שני במנהל עסקים להחליף קורס, בשל טענתם כי המרצה, ד"ר אורי וייס, הוא איש שמאל קיצוני וביססו את טענתם על רקע שיר שפרסם ודברים שכתב בפייסבוק. בשנת 2016 ביטלה האוניברסיטה מבחן בקורס של אותו מרצה, לאחר שבעקבות רצח נערה ליד קריית ארבע כתב בפייסבוק כי מתנחלים המטילים "סיכון גדול על ילדיהם" נגועים ב"פסיכוזה קולקטיבית". לאחר ביקורת ציבורית, האוניברסיטה חזרה בה.

במהלך מבצע צוק איתן שלח פרופ' חנוך שיינמן מכתב לסטודנטים שבו הביע דאגה לנפגעים בשני הצדדים. בעקבות זאת הביע דיקן הפקולטה למשפטים, פרופ' שחר ליפשיץ, הסתייגות מהדברים, התנצל בפני הסטודנטים והבטיח כי "המקרה יטופל בחומרה". לאחר מכן, פרופ' ליפשיץ חזר בו מהניסוח.

בשנת 2012, בעקבות פרסום כי יאיר לפיד לומד באוניברסיטה לדוקטורט בתוכנית לפרשנות ולתרבות, אף שאין לו תואר שני ואף לא תואר ראשון, הורתה המועצה להשכלה גבוהה לאוניברסיטה להפסיק את לימודיהם של תלמידים הלומדים לתואר דוקטור או לתואר שני מבלי שהשלימו תואר ראשון, והטילה סנקציות על האוניברסיטה.

המכון הגבוה לתורה

ממוזער|250px|בניין המכון הגבוה לתורה (מג"ל)
כדי לאפשר לסטודנטים באוניברסיטה הלומדים במגמות שונות, להמשיך בלימוד תורה כפי שהורגלו בישיבות הגבוהות בטרם בואם לכותלי האוניברסיטה, הוקם בשנות ה-70 המכון הגבוה לתורה (מג"ל), שבו מתקיימת הפרדה בין גברים לנשים: הוא מחולק לבית מדרש (המכונה "הכולל"), בראשות הרב שבתי רפפורט, ומדרשה תורנית לנשים, אחת משתי המדרשות הראשונות בישראל, בראשות ד"ר טובה גנזל. נשיא המכון הוא הרב פרופ' דניאל שפרבר. הלימוד בכולל הוא ישיבתי מסורתי, ומתמקד בלימודי תלמוד בבלי והלכה, ואילו במדרשה הלימוד מתמקד במחשבת ישראל ובתנ"ך, הלכה ותלמוד. תלמידות המדרשה מחויבות במספר יותר מכפול של קורסים ביהדות (14 במקום 5) ותלמידי הכולל מחויבים במספר שעות לימוד בשבוע בבית המדרש, אך רבים מהם נהנים ממלגה, וחלקם אף מפטור מלא משכר לימוד. אופי הלימוד בכולל ובמדרשה הוא דתי-מסורתי, והמרצים בו ברובם אינם אנשי אקדמיה, אך הלימוד בפקולטה למדעי יהדות הוא מחקרי מובהק, ואף נעשה בו שימוש (אומנם מצומצם) בביקורת המקרא.

פקולטות, בתי ספר ויחידות אחרות

פקולטות
הפקולטות באוניברסיטה הן:
 הפקולטה למדעים מדויקים – בפקולטה ארבע מחלקות: מדעי המחשב, מתמטיקה, פיזיקה, וכימיה. בין עשרות מסלולי הלימוד בפקולטה: תואר ראשון בפיזיקה חישובית קוונטית, בכימיה תרופתית, בכימיה של חומרים ובמתמטיקה שימושית; תואר שני במדעי המחשב במגמת מדעי הנתונים ובינה מלאכותית, בביופיזיקה, בכימו-אינפורמטיקה ובמתמטיקה במגמת טכנולוגיה פיננסית. מסגרות המחקר בפקולטה כוללות בין היתר את הקונסונטריום לרובוטיקה; המרכז לכימיה תרופתית ע"ש ברנרד מרקוס; המרכז למוליכות-על; ומרכז המחקר הלאומי להנעה אלקטרוכימית. קבוצת האלקטרוכימיה פועלת בפקולטה תחת המחלקה לכימיה.
 הפקולטה למדעי הרוח – בפקולטה 12 מחלקות: המחלקה למדעי המידע ויישומי בינה מלאכותית, המחלקה ללימודים קלאסיים – יוון ורומא, המחלקה להיסטוריה כללית, המחלקה לפילוסופיה, המחלקה לספרות משווה, המחלקה למוזיקה, המחלקה לתרבות צרפת, המחלקה לערבית, המחלקה לבלשנות וספרות אנגלית, המחלקה לתרגום וחקר התרגום, המחלקה ללימודי אסיה והיחידה לאנגלית כשפה זרה. בנוסף, מציעה המחלקה אפשרות לתואר ראשון רב תחומי במדעי הרוח. תחת הפקולטה פועלים בין היתר קתדרת סימון וייל, המתמקדת בחקר אנטישמיות, קתדרת מזור לחקר מחשבת ישראל ועמים, המרכז לחקר השיר הישראלי של המחלקה למוזיקה, ומרכז דנגור המתמקד בחקר תרבות עכשווית.
 הפקולטה להנדסה ע"ש אלכסנדר קופקין – לפקולטה שש תוכניות לימוד: הנדסת מחשבים, הנדסת חשמל, הנדסת תעשייה ומערכות מידע, הנדסת חומרים, הנדסת נתונים והנדסת תוכנה. התוכנית להנדסת חשמל מציעה, בנוסף להתמחות חד-חוגית רגילה, גם התמחויות במגמות הנדסה קוונטית, נוירו-הנדסה, הנדסה ביו-רפואית ותקשורת, כמו גם שלוש תוכניות משולבות: עם מתמטיקה, עם פיזיקה ועם מוזיקה. התוכנית להנדסת מחשבים מציעה התמחות במגמת חומרת מחשבים, בדגש על שבבים. הפקולטה מהווה בית למספר מעבדות טכנולוגיות מתקדמות בהן, המעבדה לעיבוד איתות דיבור היחידה בארץ, המעבדה לסופר רזולוציה ודימות, המעבדה לאופטיקה זמנית ומרכז המחקר EnICS, הכולל גם מעבדה לפיתוח מערכות על שבב (SoC Lab).
 הפקולטה למדעי החיים ע"ש מינה ואבררד גודמן – מציעה תואר ראשון בביולוגיה חישובית, מדעי החיים, ביוטכנולוגיה ואופטומטריה – תואר ראשון אוניברסיטאי, הניתן במסגרת בית הספר לאופטומטריה ומדעי הראייה, כמו גם ארבע תוכניות משולבות במדעי החיים ובכימיה, פיזיקה, פסיכולוגיה או מדעי המוח. בין התוכניות לתואר שני בפקולטה: מיקרוביולוגיה, ביופיזיקה, אופטומטריה ומדעי הראייה, גרונטולוגיה (מדעי הזקנה) ומדעי החיים במגמות שונות, ובהן: ביולוגיה של התא, בוטניקה, גנטיקה, זואולוגיה, אקולוגיה, אימונולוגיה, ביולוגיה ימית וביולוגיה סביבתית. בנוסף, מציעה הפקולטה מכינה לרפואה ותוכנית חישוביות לרופאים בשיתוף המרכז הרפואי שיבא – תל השומר, העוסקת בגנומיקה ובחישוביות ביו-רפואית. במסגרת הפקולטה פועלות כחמישים מעבדות מחקר, בתחומים כמו ביולוגיה תאית והתפתחותית, אקולוגיה ומדעי הצמח, אימונולוגיה וחקר הסרטן, ביולוגיה חישובית ומבנית, מיקרוביולוגיה ווירולוגיה, נוירוביולוגיה, אופטומטריה ומדעי הראייה וביו-הנדסה.
 הפקולטה לרפואה ע"ש עזריאלי – הוקמה ב-2011 בקמפוס נפרד בצפת, במטרה לחזק את אזור הגליל. לימודי הרפואה (MD) בפקולטה נעשים במסלול תלת-שנתי (לבוגרי 3 שנות לימודי רפואה בחו"ל), ארבע-שנתי (לבוגרי תואר ראשון) ושש-שנתי. בנוסף, מציעה הפקולטה תארים מתקדמים במדעי הרפואה ובמדעי הבריאות. ההוראה הקלינית בפקולטה מתבצעת במסגרת בתי החולים האוניברסיטאיים המסונפים לה ברחבי הגליל: המרכז הרפואי צפון ע"ש ברוך פדה בפוריה, המרכז הרפואי זיו בצפת, המרכז הרפואי לגליל בנהריה, בית החולים המשפחה הקדושה (בי"ח האיטלקי) בנצרת, בית חולים נצרת אי.מ.מ.ס הסקוטי נצרת (בי"ח האנגלי) בנצרת, ובית החולים סן ונסן דה פול (בי"ח הצרפתי) בנצרת. בפקולטה פועל מרכז גנומי המעניק שירותים לחוקרים ולמכונים רפואיים מכל הארץ בתחומי הדיאגנוסטיקה, חקלאות, חקר מחלות גנטיות, פיתוח תרופות ועוד. כן מתבצעים בפקולטה מחקרים בנושאים כמו ביולוגיה מולקולרית, אפידמיולוגיה ובריאות הציבור, רווחה ובריאות, ביו-הנדסה ורפואה רגנרטיבית, וירולוגיה מולקולרית, ביולוגיה התפתחותית, חקר המיקרוביום, סוציולוגיה רפואית, פרמקולוגיה ועוד. בנוסף, הוקמה ביוזמת הפקולטה ספרת הסוכרת בגליל, שמטרת להילחם מגפת הסוכרת וההשמנה בגליל בגישה הוליסטית, תוך שיתוף פעולה עם קופות החולים והרשויות המקומיות.
 הפקולטה למדעי היהדות – הפקולטה היא הגדולה מסוגה בעולם האקדמי, וכוללת 10 מחלקות: תנ"ך ע"ש זלמן שמיר, תלמוד ותורה שבעל-פה, תולדות ישראל ויהדות זמננו, לימודי ארץ ישראל וארכאולוגיה, לימודי המזרח התיכון, לשון עברית ולשונות שמיות, פילוסופיה יהודית, ספרות עם ישראל (המפעילה את מרכז רנה קוסטה ללימודי יידיש), אמנות יהודית, והחוג הרב תחומי במדעי היהדות. בנוסף, פועל תחת הפקולטה בית הספר ללימודי יסוד ביהדות, תחתיו מרוכזים קורסי העשרה הפתוחים לכלל תלמידי האוניברסיטה. בין מכוני המחקר בפקולטה: המכון לחקר השואה, המרכז לחקר האישה ביהדות, המרכז לחקר מחתרות ע"ש מנחם בגין ומרכזים לחקר הלדינו והיידיש.
 הפקולטה למדעי החברה – שמונה מחלקות הפקולטה הן: סביבה תכנון וקיימות (גאוגרפיה לשעבר), מדעי חברה ובריאות, כלכלה, ניהול, מדעי המדינה, סוציולוגיה ואנתרופולוגיה, פסיכולוגיה וקרימינולוגיה. בנוסף פועלים בפקולטה שלושה בתי ספר: בית הספר לעבודה סוציאלית, שהוא הגדול מסוגו בישראל, בית הספר לתקשורת ובית הספר למנהל עסקים. תחת הפקולטה פועלים, בין היתר, מרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים, מכון עזריאלי לחקר מדיניות כלכלית בישראל, הקתדרא ע"ש ליינר לדמוקרטיה ואזרחות, המרכז למשפט ותקשורת והקתדרא ע"ש הורוביץ לשירותים קהילתיים.
 הפקולטה למשפטים – מציעה תואר ראשון במשפטים בתוכנית חג חוגית או בתוכניות משולבות עם תואר ראשון (למשל בכלכלה, במדעי המדינה ובעבודה סוציאלית) או תואר שני (למשל בקרימינולוגיה, מנהל עסקים, רגולציה ומדיניות סביבתית, ומדעי המידע). התוכניות לתארים מתקדמים כוללות מסלול מיוחד לשופטים ולימודי משפטים ללא משפטנים. תחת הפקולטה פועלים מספר מרכזי מחקר, ובהם הקליניקה לרגולציה סביבתית, מרכז רקמן לקידום מעמד האישה, המרכז למשפט מסחרי והמעבדה למשפט, מדעי המידע ואתיקה דיגיטלית. בנוסף, בפקולטה מערך המונה תשע קליניקות משפטיות העוסקות בתחומים כמו זכויות אנשים עם מוגבלויות, סיוע משפטי לנשים בענייני משפחה, גישור ויישוב סכסוכים, סיוע לזקנים ולניצולי שואה, ליווי נפגעי ונפגעות עבירה, קידום שוויון ורגולציה סביבתית.
 הפקולטה לחינוך – הוקמה רשמית כפקולטה ב-2021, לאחר שפעלה מתחילת ימיה של האוניברסיטה כבית ספר תחת הפקולטה מדעי החברה. מדורגת בדירוג שאנגחאי בין 150–200 המחלקות הטובות בעולם. מציעה תואר ראשון בחינוך כללי, חינוך מיוחד, ייעוץ חינוכי ובתוכנית למנהיגות וניהול מערכות חינוך, כמו גם בתוכנית אמיתים המציעה תואר ראשון, תואר שני ותעודת הוראה במסלול אחד. לתואר שני מציעה הפקולטה, בין השאר, תוכניות לחינוך מיוחד (בספקטרום האוטיסטי או במגמה למוגבלות קוגניטיבית), התפתחות הילד, מדעי הלמידה וההוראה, חינוך וחקר המוח, חינוך מדעי טכנולוגי ולקויות למידה. בין יחידות המחקר בפקולטה: המכון לטכנולוגיות בחינוך המיוחד, המכון לאינטגרציה בחינוך, מרכז דע-גן לקידום מתמטיקה, מדע וטכנולוגיה בחינוך הקדם-יסודי, מרכז חדד לחקר דיסלקסיה ולקויות למידה, המעבדה למציאות מדומה בחינוך והמעבדה ללמידה משמעותית. תחת הקתדרה לחקר וקידום כושר ההשתנות ע"ש מצ'אדו שבפקולטה פועל פרויקט עוצמות, במסגרתו לומדים לימודים אקדמיים בוגרים בעלי מגבלה קוגניטיבית. ב-2024, לראשונה בארץ, סיימו שישה מהם בהצלחה תואר ראשון.

מחלקות ובתי ספר
ממוזער|בניין המחלקה למדעי המחשב שנחנך ב-2024 בקמפוס האוניברסיטה שברמת גן
נכון לשנת 2019 פועלים באוניברסיטה 42 מחלקות ובתי ספר, כשהבולטים שבהם הם:
 בית הספר לעבודה סוציאלית הגדול בישראל.
 בית הספר לאופטומטריה ומדעי הראייה.
 המחלקה למדעי המידע ויישומי בינה מלאכותית, המדורגת בין 76 ל-100 המחלקות הטובות בתחומה בעולם, על פי דירוג שנגחאי.

מכונים ומרכזי מחקר
באוניברסיטה פועלים כ-70 מרכזים ומכוני מחקר, כ-800 חוקרים בכירים ואלפי סטודנטים לתארים מתקדמים. את נושא המחקר באוניברסיטה מנהלת רשות המחקר, הכפופה ללשכת סגנית הנשיא, ומסייעת לחוקרים בניהול תקציב והגשת בקשות למענקי מחקר. לאורך השנים, זכו חוקרי האוניברסיטה בפרסים ומענקי מחקר רבים, לרבות מהקרן הלאומית למדע, מהאיחוד האירופי ומקרנות בינלאומיות שונות. נכון לשנת 2025, זכו 24 מחברי הסגל של האוניברסיטה בפרס ישראל.

באוניברסיטה פועלים מכוני מחקר מדעיים בתחומים פיזיקה, כימיה רפואית, מתמטיקה, כלכלה, לימודי אסטרטגיה (מרכז בגין סאדאת למחקרים אסטרטגיים), פסיכולוגיה התפתחותית, מוזיקולוגיה, ארכאולוגיה, הלכה והגות יהודית. כן פועלים בה המרכז הישראלי לקידום מדעי המתמטיקה, המרכז לתקשורת בינלאומית ומחקרי מחקר משולבים לערים חכמות, להנעה אלקטרוכימית, לקריפטוגרפיה יישומית ואבטחת סייבר, ולרפואה מותאמת אישית.

במסגרת הפקולטה למשפטים פועלים המרכז למשפט יהודי ודמוקרטי, המשמש מוקד אקדמי לעיסוק בשאלות התאורטיות, הנורמטיביות והמוכוונות-מדיניות הנובעות מהצימוד החוקתי בהגדרה המקובלת לזהותה של ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית ומרכז רקמן לקידום מעמד האשה, של רות הלפרין-קדרי, העוסק בקידום צדק מגדרי בתחום דיני המשפחה בישראל.

כמה ממרכזי המחקר הבולטים של האוניברסיטה:
ממוזער|הכניסה למוזיאון ננוטכנולוגיה בקמפוס של אוניברסיטת בבר-אילן
 המכון לננוטכנולוגיה וחומרים מתקדמים (BINA): הוקם ב-2007 ונחשב למוביל בתחומו בעולם בחקר ובהוראה בתחומי הננוטכנולוגיה. במרכז פועלים חוקרים מתחומי ההנדסה, הפיזיקה, הכימיה, הביולוגיה ומדעי המחשב. נעשים בו מחקרים בתחומי הננו-חומרים, ביו-רפואה, אנרגיה, אלקטרו מגנטיות וספינטרוניקה, קלינטק, פוטוניקה, קוונטום וביוקונברג'נס. במרכז פועל מאיץ חלקיקים יחיד מסוגו בישראל, המאפשר ביצוע סימולציות ואנליזות של חומרים ברמת דיוק ננומטרי ומבלי לפגוע בחומר הנבדק. בבניין המכון פועל המוזיאון ע"ש פטר לאמנות ולמדעי הננו, שמציג מחקרים שנערכים במכון באמצעות מיצגים המשלבים אמנות ומדע.
 המרכז הרב תחומי לחקר המוח ע"ש לזלי וסוזן גונדה: הוקם ב-1998 והיה המרכז הראשון לחקר המוח בישראל שאיגד תחתיו חוקרים בתחומים שונים, ובהם מדעי החיים, פסיכולוגיה, שפה, מדעי המחשב, הנדסה, פיזיקה, כימיה ומתמטיקה. במרכז נעשים מחקרים בתחומים כמו פסיכיאטריה ביולוגית, נוירו-ביולוגיה ממוחשבת, פרמקולוגיה התפתחותית, אלקטרו-פיזיולוגיה, ביולוגיה מולקולרית, למידת מכונה, למידה וזיכרון, מערכות מוטוריות, מוטיבציה, רובוטיקה, מדעי המוח הסנסוריים, מדעי המוח החברתיים, מחלות נוירודגנרטיביות ועוד. במרכז פועל מכשיר המגנטו-אנצפלוגרפיה (MEG – רישום מגנטי מהמוח) היחיד מסוגו בישראל, המאפשר מדידה של הפעילות המוחית בעזרת שדות מגנטיים.
 מרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים (בס"א): הוקם ב-1993 ומתמקד במחקרים מכווני מדיניות בנושאים אסטרטגיים הקשורים לביטחון הלאומי של ישראל, למדיניות החוץ שלה ולסוגיות אזוריות במזרח התיכון. נכון ל-2024 הוציא המרכז כ-25 ספרים, פרסם אלפי מחקרים וניירות עמדה וערך מאות ימי עיון וכינוסים בינלאומיים עבור מומחים במערכת הביטחון, אנשי מודיעין, מומחים למדיניות חוץ, דיפלומטים, אנשי עסקים, אנשי אקדמיה ופוליטיקאים.
 מרכז EnICS: מרכז לפיתוח שבבים הפועל בפקולטה להנדסה. במרכז יושבת המעבדה לפיתוח מערכות על שבב (SoC Lab), שהוקמה בשיתוף פעולה עם חברות ישראליות לייצור שבבים, ומהווה פלטפורמה לחדשנות בתחום.

לימודים בין תחומיים
היחידה ללימודים בין תחומיים מכנסת תחתיה חמש תוכניות שבהן הידע נבנה על בסיס חדירה הדדית של תחומי ידע דיסציפלינריים:
 התוכנית הרב-תחומית בחקר המוח – התוכנית היחידה מבין תוכניות היחידה המציעה, בנוסף לתארים מתקדמים, גם לימודים לתואר ראשון, חד חוגי במדעי המוח עם התמחות ביולוגית או התנהגותית, או משולב עם התוכניות למדעי המחשב, פילוסופיה, פיזיקה, בלשנות, פסיכולוגיה או מדעי החיים. על התוכנית אחראי המרכז הבין-תחומי לחקר המוח ע"ש גונדה.
 התוכנית ללימודי מדע, טכנולוגיה וחברה – התוכנית בוחנת את ההשלכות של התפתחויות מדעיות וטכנולוגיות על החברה והתרבות, וכיצד תפיסות תרבותיות, חברתיות ופוליטיות משפיעות על התפתחות המדע והטכנולוגיה. בין הקורסים הנלמדים בתוכנית: מבוא לאינטליגנציה מלאכותית, טכנו-אופטימיזם וטכנו-פסימיזם, מהפכת הקוונטים, היסטוריה של המדע, המפגש האנושי עם הבינה המלאכותית, טכנולוגיה ותודעה ועוד.
 התוכנית לניהול ויישוב סכסוכים ומשא ומתן – התוכנית מתמקדת בהקניית ידע וכלים לניהול סוגים שונים של סכסוכים ויישובם ברמות חברתיות שונות; ברמה הבין־אישית, הארגונית, הבין־קבוצתית, הבין־קהילתית והבין־לאומית. הלימודים נעשים עם התמחות רב-תחומית בגישור או במגמה רב-תחומית ללימודי ניהול משברים. במסגרת התוכנית פועל גם מרכז גישור, המטפל בתיקים שהופנו אליו מקהילת הקמפוס או מבית הדין לעבודה, ומספק חוויה יישומית לסטודנטים שבחרו בתחום הגישור ולמדו תאוריות ביישוב סכסוכים ומשא ומתן.
 התוכנית ללימודי מגדר – התוכנית ללימודי מגדר באוניברסיטת בר-אילן מתמקדת בהוויה, החוויה והזהות המגדרית של נשים וגברים, כפי שהן משתקפות בהבדלים התרבותיים והחברתיים הקיימים בין המינים. היא מציעה תואר שני במסלול מחקרי או עיוני, כולל מגמת "מגדר בשטח" המתמקדת באקטיביזם.
 התוכנית ללימודי פרשנות ותרבות – הוקמה בשנת 1999 והייתה למסגרת הראשונה בישראל שהציעה לימודי פרשנות ותרבות לתארים מתקדמים. התכנית מציעה מגוון נקודות מבט תאורטיות לניתוח ופרשנות של כל תחום של פעילות אנושית, ומתייחסת אל המונח "תרבות" במובנו הרחב ביותר, הכולל לא רק אמנות, ספרות או מוסיקה – אלא את מכלול הפעילויות האנושיות המאורגנות במסגרת שפה, מוסדות ופרקטיקות. התוכנית מציעה תואר שני מחקרי או עיוני, עם אפשרות להתמחות בפרשנות ופסיכואנליזה או במחשבה ביקורתית וטכנולוגיה עכשווית.

פועלות גם תוכניות רב-תחומיות, שבהן:
 החוג הרב-תחומי למדעי היהדות
 ב.א. רב תחומי במדעי הרוח

בנוסף, מפעיל האוניברסיטה מרכזי אימפקט, מיזמים רב-תחומיים בסוגיות ליבה טכנולוגיות, חברתיות, בריאותיות כגון: סייבר, ערים חכמות, ביו-רפואה, סיבוכיות קוונטית ועוד.

המערך לתוכניות ייעודיות (מל"י)
המערך לתוכניות ייעודיות אחראי על המכינה הקדם-אקדמית ועל תוכניות לאוכלוסיות מיוחדות. מדורי המערך הם:
 המכינה הקדם אקדמית – מציעה מכינות ייעודיות בארבע תחומים: להנדסה ומדעים מדויקים, למדעי הטבע והחיים, למדעי החברה והרוח, ומכינה ייעודית לבוגרי החינוך החרדי. בנוסף מוצעות מכינות מרוכזות במתמטיקה, פיזיקה, אנגלית, היסטוריה, מוזיקה וערבית. עוד מוצעת במסגרת המכינה תוכנית 30+, המיועדת לבני 30 ומעלה ללא תעודת בגרות או בעלי ממוצע נמוך.
 המדור לתוכניות מובנות – מציע לימודי תואר ראשון בתנאים המתאימים לאנשים עובדים: תואר בשנתיים, בשעות הערב ובפורמט היברידי. תוכניות המדור הן: תוכנית ינשופים (ניהול ומשאבי אנוש), תוכנית יהלום (כלכלה מנהל עסקים ומשאבי אנוש), תוכנית חץ (ניהול ופסיכולוגיה), תוכנית חכ"ם (חשבונאות, כלכלה ומנהל עסקים) ותוכנית רום (שמאות מקרקעים ונדל"ן). תוכנית נוספת מציעה תואר ראשון משולב עם לימודי ניהול מוצר. עוד אחראי המדור על בית הספר להייטק וסייבר, המציע קורסים טכנולוגיים ממוקדים בנושאים כמו אבטחת מידע וסייבר (CISO), BI ומומחי FinOps, DevOps, בדיקות תוכנה (QA), Data Science, ניהול מוצר ושיווק דיגיטלי.
 המדור לזרועות הביטחון – מציע תוכניות לימודים לתואר ראשון רב-תחומי במדעי החברה המיועדות בעיקר (אבל לא רק) לאנשי זרועות הביטחון, צה"ל, משטרת ישראל, עובדי משרדי הממשלה והתעשיות ביטחוניות. תוכניות המדור הן: תוכנית ניצבים (קרימינולוגיה, פסיכולוגיה וביטחון), תוכנית צופן (ניהול ביטחון וסייבר), תוכנית משא"ן (ניהול ומשאבי אנוש) ותוכנית מגן (ניהול משברים, מצבי חירום וסייבר). בנוסף, מציע המדור תוכנית לתואר שני בלימודי המזרח תיכון, הקרויה על שם סא"ל עמנואל מורנו ז"ל.
 הקמפוס החרדי – מיועד לנשים חרדיות ומציע לימודים לתואר בתנאים המותאמים לאורח חייהן, לרבות הקלות בתנאי הקבלה, לימודים במתחם נפרד, ימי לימוד מרוכזים המתאימים לאימהות, ליווי אישי והפרדה מגדרית. תוכניות הקמפוס הן: תואר ראשון בפסיכולוגיה, תואר ראשון במדעי המידע ותואר שני בחינוך מיוחד.
 תוכנית ברוקדייל – תוכנית לימודי העשרה למבוגרים. מציעה קורסים במגוון נושאים, ובהם: אשנב למדע, משפטים על קצה המזלג, מסע קולנועי, התנ"ך מזווית אחרת, אומנות החוסן בזמן משבר, ועוד.

אקדימה

היחידה הוקמה ב-2023 ומרכזת את כל הקורסים ותוכניות הלימודים שאינם נכללים בתוכניות לתואר ראשון או לתארים מתקדמים, לרבות לימודי תעודה, הכשרות מקצועיות, קורסי העשרה וקורסים לפיתוח אישי. בין תחומי הלימוד: טכנולוגיה וסייבר, פסיכולוגיה ופסיכותרפיה, משפט גישור ובוררות, נדל"ן ויזמות, אימון והנחיה, רפואה ובריאות, ניהול ועסקים, חינוך והוראה, ייעוץ ארגוני ומשאבי אנוש, תרבות ורוח, קיימות וסביבה, כלכלה ופיננסים, שיווק ותקשורת, יהדות, תרגום לשון ושפות.

אגף למידה והוראה
אגף למידה והוראה הוקם ב-2022. לאגף ארבע מחלקות:
 מחלקת למידה: מסייעת בטיפוח מיומנויות ההוראה של סגל המרצים, בין השאר באמצעות קיום סדנאות למידה, מפגשים ליווי אישיים, פיתוח תוכניות למידה חדשניות וחיבור התכנים הנלמדים לשוק העבודה.
 מחלקת מוצרים דיגיטליים: אחראית על הפקת אמצעי למידה דיגיטליים, ובהם סרטונים, מצגות, לומדות, משחקים אינטראקטיביים ואמצעי למידה באמצעות מציאות מדומה.
 מחלקת טכנולוגיות למידה: מסייעת למרצים לעצב ולפתח את סביבת הקורסים באמצעות מערכת לניהול למידה מבוססת Moodle, אליה ניתן להעלות את חומרי הקורס ודרכה ניתן לייצר פעילות אינטראקטיבית עם הסטודנטים.
 מחלקת פרויקטים ואסטרטגיה: מקדמת פרויקטים שמטרתם להניע שינוי אסטרטגי בכל הנוגע ללמידה והוראה בבר-אילן, לרבות קידום מרצים, פיתוח תוכניות לימוד, ביצוע סקרי עומק וקבלת החלטות מבוססות נתונים.
בהובלת האגף, שולבו החל משנת הלימודים תשפ"ה למעלה מ-200 קורסים בתחומי הבינה המלאכותית, בכל תוכניות הלימודים של האוניברסיטה.

 מערך הספריות והמידע 
ממוזער|250x250 פיקסלים|בניין הספרייה המרכזית

מערך הספריות והמידע של האוניברסיטה מאגד כ-20 ספריות ברחבי האוניברסיטה. הספריות אינן בנויות בהיקף אחיד. ישנן ספריות פקולטטיביות גדולות (כגון הספרייה למדעי היהדות והספרייה למדעי החברה), ספריות מחלקתיות (כגון הספרייה לכימיה ופיזיקה, הספרייה לפסיכולוגיה והספרייה לכלכלה ומנהל עסקים) ומספר ספריות מחקר קטנות.

בנוסף, כולל המערך אוספים מיוחדים, בין השאר בנושאי אשורולוגיה, חקר המוח, יהדות פרוסיה ולדינו, ומחזיק באוסף כתבי יד נדירים בנושאי יהדות.

מערך הספריות והמידע הוא חלק מקונסורטיום מלמ"ד המשותף לאוניברסיטאות, המכללות האקדמיות בישראל ומספר מכוני מחקר נוספים. באוסף מערך הספריות והמידע נמצאים כמיליון ספרים, אלפי כתבי עת, כתבי יד וחומרים נוספים.

אוסף הספרייה בנושאי מדעי היהדות הוא השני בגודלו בארץ.

 תאגידים קשורים 
לאוניברסיטת בר-אילן מספר חברות בת ותאגידים קשורים הממוקמים בתחומה. הבולטים שבהם:
 ביראד חברה למחקר ופיתוח בע"מ (BIRAD) – חברת מסחור ידע אקדמי של אוניברסיטת בר-אילן שהוקמה ב-1974. מטרת החברה לתרגם המצאות שהומצאו באוניברסיטת בר-אילן למוצרים שימושיים שניתן למסחר ביעילות.
 הוצאת אוניברסיטת בר-אילן הוקמה ב-1966, ומתמקדת בהוצאה לאור של ספרים וכתבי עת אקדמיים העוברים ביקורת עמיתים, בתחומים פילוסופיה ותרבות, מדעי היהדות, מדעי החברה, היסטוריה, ספרות, לשון ובלשנות. ההוצאה מוציאה כ-30 כותרים בשנה וכ-12 כתבי עת.

סמל האוניברסיטה
200px|ממוזער|שמאל|לוגו אוניברסיטת בר-אילן
הסמל של בר-אילן עוצב במקור בידי המעצב הגרפי הבריטי אברהם ג'יימס, עם היווסדה של האוניברסיטה ב-1955. הסמל עוצב כאותיות ב-א, כשהאות א' מורכבת משילוב בין ספר תורה למיקרוסקופ, שילוב המייצג את הזיקה בין תורה למדע, בין רוח לחומר, בין קודש לחול, בין לימודים אקדמיים ללימודי יהדות.

קמפוס האוניברסיטה
הקמפוס המרכזי של האוניברסיטה ממוקם ברמת גן, ושטחו הנוכחי עומד על כ-540 דונם. הוא תחום ממערב ברמת גן ובבני ברק, בצפון ובמזרח בגבעת שמואל, ובדרום ברמת גן ובקריית אונו. כביש 4 עובר ממערב לקמפוס וכביש 471 דרומית לו. הקמפוס נחשב לירוק ובר-קיימא. בנייניו מנוהלים בשיטות מתקדמות לחיסכון באנרגיה, בנייר ובמים, על הגגות מוקמו פאנלים סולאריים, וגם אמצעי התחבורה שמפעילה האוניברסיטה חשמליים ואינם מזהמים. בשנת 2005 זכה קמפוס האוניברסיטה באות "מגשים ישראל יפה" בתחום טיפוח הסביבה החינוכית מטעם המועצה לישראל יפה.

התפתחות הקמפוס
השטח הראשוני של בר-אילן, בן 160 דונם, הוקצה לטובת קמפוס האוניברסיטה בשנת 1952, לאחר החלטה שקיבלה ממשלת ישראל בנושא, שבעקבותיה נחתם הסכם עם הקרן הקיימת לישראל ועיריית רמת גן. בראש ועדת הבניה של האוניברסיטה הועמד משה דב מגיד, ותכנון הקמפוס נמסר לאדריכלים ארטור ובלהה שרגנהיים, שהתמחו בתכנון מבני ציבור. הם תכננו את הקמפוס כשבמרכזו מבנה אודיטוריום עם בית כנסת מעוטר בכיפה, ומגדל מים ותצפית. הבניינים תוכננו כך שישתלבו במדשאות ובגינות שנשתלו בקמפוס, באמצעות מרפסות רחבות ומעברים מקורים שנמתחו בין הבניינים.

שנת הלימודים הראשונה באוניברסיטה נפתחה כשהסטודנטים לומדים עדיין במבנים ארעיים. בא' באייר תשט"ז (11.4.1956) נערך טקס חנוכתם של המבנים הראשונים: 9 בניינים שאכלסו פנימייה, מטבח ומסעדה, בניין מנהלה, בית כנסת, 15 כיתות לימוד, 2 מעבדות למדעי הטבע ואודיטוריום. בשנים הבאות נוספו לאוניברסיטה בנינים נוספים, ובהם מגדל התצפית המפורסם ע"ש גודמן. בדצמבר 1960 נחנך בסמוך לקמפוס "שיכון המרצים". באותן השנים פעל ראש עיריית רמת גן, אברהם קריניצי, לצירוף שטח האוניברסיטה לעירו, והצהיר כי העיר רמת-גן רואה בבר-אילן את גולת הכותרת במפעלים החינוכיים והתרבותיים המתקיימים בה.

באוקטובר 1967 נחנך בניין הספרייה המרכזית ע"ש וורצווילר, שכלל בשנים הראשונות את האוסף של הפקולטות למדעי הטבע ומדעי החברה. בשנים שלאחר מכן הוקמו באוניברסיטה מבנים נוספים, ובהם בניין המנהלה ע"ש סטולמן, בית הסטודנט, בניין ספרות ולשונות, הבניין למדעי החיים, הבניין לפסיכולוגיה קלינית, בניין מדעי החיים, בניין המחשב והמתמטיקה, ובניין קנדה לכימיה.

בשנת 1971 רכשה האוניברסיטה שטח נוסף של 270 דונם, שהתווסף לשטח הקיים, ובכך הגיע שטחה הכולל של האוניברסיטה למעלה מ-500 דונם. אולם בשל קשיים בירוקרטיים הנוגעים להסדרה משפטית של זכויות האוניברסיטה על הקרקע, כמו גם להפשרת הקרקעות לבנייה ציבורית, למעלה מעשרים שנה יחלפו עד שתחל על השטח החדש בנייתו של הקמפוס הצפוני.

בעשור השלישי לפועלה של האוניברסיטה הואט מעט פיתוחה הפיזי, בין השאר בגלל מצוקה תקציבית ובשל הגבלות שהטילה הממשלה באמצע שנות ה-70 על הבנייה של מוסדות להשכלה גבוהה. בשנת 1976 הושלמה בנייתם של בניין הפיזיקה ושל בניין המקשר בין בניין הכימיה ובניין מדעי החיים. באותה השנה נחנך בניין מעונות הסטודנטים ע"ש שרמן, וב-1983 נחנכו בנייני המעונות ע"ש וולפסון וע"ש גרוז. ב-1983 הושק גם בית עליזה ומנחם בגין, בו יושבים בין השאר המכון לחקר המחקרות, בית הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, רשות המחקר ופרויקט השו"ת. בשנת 1984 נחנך בניין הפקולטה ליהדות, כמו גם בנייני המכון הגבוה לתורה, המדרשה לבנות ובית המדרש, המתאפיין בעיצוב חזותי מרשים. באותה שנה הושק גם האודיטוריום ע"ש בק.

במחצית השנייה של שנות השמונים נחנכו באוניברסיטה מספר מבנים חדשים, ובהם בניין המחשבים והמתמטיקה ע"ש עוזיאל שפיגל והמרכז לחקר הסרטן ע"ש מרילין פינקלר. בשנת 1989 נחנך בבניין הפקולטה למדעי היהדות מוזיאון לאמנות יהודית ויודאיקה ע"ש קארל-אלכסנדר פלורסהיים.

בתחילת שנת הלימודים תשנ"ב (1991/2), כאשר מספר הסטודנטים באוניברסיטה גדל משמעותית עקב גל העלייה ממזרח אירופה, הכריזה בר-אילן על "מפעל המאה" לפיתוח פיזי של הקמפוס – בנייתם של מאה אולמות הרצאות וכיתות לימוד חדשים. בשנים הבאות נחנכו בין השאר בניין הפקולטה למשפטים, בניין כלכלה ומנהל עסקים, המרכז לייעוץ לסטודנטים, בניין בית הסגל ומצפה "לב הקמפוס". במקביל, הוסדרו משפטית זכויותיה המשפטיות של האוניברסיטה על כל קרקעותיה, וכל השטחים הופשרו לבנייה ציבורית ואוחדו תחת רשות מוניציפלית של עיריית רמת גן, כולל השטח הצפון-מזרחי, ששויך לפני כן למועצה המקומית גבעת שמואל. עקב כך הושקה תוכנית "בר-אילן 2000" לפיתוח הקמפוס החדש בצפון-מזרח האוניברסיטה. אבן הפינה לבניינים הראשונים בפרויקט הונחה בשנת 1995. באותה השנה, במסגרת חגיגות 40 שנה לאוניברסיטה, נחנכו הפארק והאמפיתיאטרון ע"ש בוב שאפל.

ממוזער|250px|בניין פסיכולוגיה ע"ש אנה ומקס ווב ומשפחתם בקמפוס שברמת גן
בשנים הבאות תוכנן ונבנה חלקו הצפוני של הקמפוס, שעל עיצוב קווי המתאר הופקד האדריכל צבי לישר. בתקופה זו נחנכו בין השאר מרכז הכנסים הבינלאומי ע"ש פלדמן, המרכז למחקר רפואי-אבחוני ע"ש גונדה, המרכז לגילוי מוקדם של מחלת הסרטן ע"ש ג'רום שוטנשטיין, המכון לטכנולוגיה מתקדמת ע"ש ג'ק ופרל רזניק, הבניין לפוריות הגבר ולביולוגיה סביבתית, המרכז הרב-תחומי לחקר המוח ע"ש גונדה, פארק אחדות ישראל ע"ש אהרון ורחל דהאן, הבניין ללימודים בין תחומיים, הבניין ללימודי תארים מתקדמים, הבניין ללימודי שפות, בניין הפסיכולוגיה ובניין המוזיקה. במאי 2004 הונחה אבן הפינה לארבעת הבניינים של בית הספר להנדסה, אשר נחנכו בשנת 2009.

בשנת 2011 הוקם בצפת קמפוס נוסף של אוניברסיטת בר-אילן, ובו שוכנת הפקולטה לרפואה. הקמפוס מעוטר בקשתות היסטוריות, שהן שיחזור מדויק של המבנה המקורי ששכן במקום.

שטחים ירוקים בקמפוס
קמפוס בר-אילן הוא ריאה ירוקה בלב האזור העירוני, והוא כולל מדשאות, מזרקות, בריכות, שדרות מוצלות וגנים, ובהם שמונה "גני סיפור", שכל אחד מהם עוצב בהשראת סיפורים מהמסורת היהודית בשילוב רעיונות מדעיים ומחקריים. בין הגנים הבולטים בקמפוס:
 גן הנדסה ע"ש שאפל. עוצב בהשראת "שירת הים" ובהשראת גליליאו גליליי.
 גן "ממעמקים". ממוקם בין הבניין לפסיכולוגיה לבניין לחקר המוח. מעוצב באלמנטים מעוגלים המזכירים אוזן קשבת.
 מתחם גני "שיר השירים". עוצבו בהשראת פסוקים משיר השירים לצד אלמנטים של חקלאות קדומה. כולל את גן המגל, גן "אל גינת אגוז", גן "ערוגות הבושם" וגן "גן נעול".
 גן "בית כנסת גלילי". מבוסס על דגם של בית כנסת גלילי עתיק, מוקף ב-12 עמודים, לזכר 12 השבטים, וברצפתו הוטבע פסיפס משוחזר, שיוצר בהתאם לפסיפס אותנטי שנמצא בבית הכנסת העתיק בבית אלפא.
 גן "אשרי האישה". עוצב בהשראת אברי הפריון הנשיים, וכולל בוסתן של עצי פרי.
 גן "המבוכה". ממוקם ליד בניין ננוטכנולוגיה ועוצב בהשראת ספרות הרמח"ל.
 גן ננו. ממוקם בצדו המזרחי של בניין הננו-טכנולוגיה. זהו הגן הגבוה בקמפוס, והוא מעוצב על בסיס התודעה כי אין האדם אלא כאין וכאפס מול עוצמתו וגדולתו של האל.
 כיכר 12 השבטים. מעוטרת ב-12 עמודים, במנורה בעלת שבעה קנים ובעצי תמר וזית, ולה 4 כניסות המסמלות את 4 רוחות השמיים.
בין שני חלקי הקמפוס, הצפוני והדרומי, מחברת הטיילת המרכזית ע"ש לילי שאפל, המעוצבת בהשראת הטלית, לרבות ריצוף בקווים מקבילים, ריהוט לבן ותאורה לבנה. הטיילת מעוטרת בגזיבו, במזרקה ובלוח אבני חושן.

מעונות הסטודנטים
250px|ממוזער|שמאל|מעונות הסטודנטים בהקמה, מרץ 2020
לאוניברסיטה שני מתחמי מעונות סטודנטים: "מעונות האילנות", הממוקמים בלב הקמפוס, ו"מעונות המאה" החדשים יותר, במזרח האוניברסיטה.

המעונות החדשים נבנו כשני מבני מגורים בצורת עיגול טבעתי הכוללים חדרים ודירות מגורים לעד שלושה שותפים, וביניהם פארק. המעונות מכילים מיטות לכ-1,162 סטודנטים. כ-270 מיליון ש"ח הושקעו בשני המבנים.
גדר האוניברסיטה הועברה פנימה יותר על מנת שהחזית המסחרית והחנויות שבה פתוחים לציבור הרחב.
בגלל צביונה הדתי של האוניברסיטה הוחלט שהבניין הראשון יאכלס סטודנטיות וסטודנטים (בקומות נפרדות על מנת לשמור על הפרדה מגדרית) והמבנה השני יהיה חד-מגדרי, והמין הנבחר ייקבע לפי המין שנרשם הכי הרבה למעונות. וכך, שבבניין השני (שיציע בקומת הכניסה כיתות, אולם אירועים ובית כנסת, מכבסה ואף חדר כושר) נבנתה רמפה ברוחב 1.30 מטר שמחברת בספירלה בין הקומות. כך יוכלו הסטודנטים לעלות ממפלס הכניסה היישר לגג, הן בעזרת קורקינט והן בעזרת אופניים.

מעורבות בקהילה
כבר בשנת הלימודים הראשונה באוניברסיטה, בחודש מרץ 1956, הופסקו הלימודים לשבוע על רקע הסלמה ביטחונית בגבולות, והתלמידים וחברי הסגל יצאו ליישובים בעמק בית שאן, שם עסקו בהכנת ביצורים ובפעילות חינוכית ותרבותית לטובת העולים. מאז ולאורך השנים יזמה בר-אילן פרויקטים חברתיים רבים, ומעודדת חברי סגל וסטודנטים להשתתף בפעילות למען הקהילה. בין המיזמים הפועלים באוניברסיטה:
 מערך הקליניקות של הפקולטה למשפטים: מעניקות ליווי וייצוג משפטי, ללא תשלום, לאנשים שידם אינה משגת. הקליניקות מתמחות בנושאים כמו סיוע משפטי אזרחי, סיוע לנשים בענייני משפחה, מימוש זכויות של אנשים עם מוגבלות, זקנים וניצולי השואה, גישור ויישוב סכסוכים, ליווי נפגעי עבירה, קידום שוויון ורגולציה סביבתית.
 הקליניקה של המחלקה לפסיכולוגיה: מציעה טיפול פסיכולוגי פרטני וקבוצתי במגוון תחומים, ובהם סיוע נפשי למתמודדים עם טראומה, אובדן ואבל, למתמודדים עם נכויות ומחלות פיזיות ולמתמודדים עם קשיים בזהות האישית ובקשרים בינאישיים. בנוסף, מוצע טיפול במשחק לילדים. השירות בתשלום סמלי.
 הקליניקות של בית הספר לעבודה סוציאלית: בית הספר מתפעל ארבע קליניקות: קליניקה לטיפול זוגי ומשפחתי; אדוות להחלמה – מגוון מענים בגישה משפחתית לאחר אירוע טראומתי; קליניקה לטיפול במשחק; וקליניקה לטיפול CBT באמצעות מציאות מדומה. השירות בתשלום סמלי.
 הקליניקות של בית הספר לאופטומטריה ומדעי הראייה: בית הספר מתפעל חמש קליניקות: קליניקה לבדיקות ראייה, המציעה בדיקות אופטומטריות ללא תשלום לקהל הרחב; קליניקה לעדשות מגע; קליניקה לראייה ירודה; קליניקה לתרגילי עיניים (אימון חזותי); וקליניקה ניידת, המגיעה למרחבים הקהילתיים בפריפריה, בקרב אוכלוסיות של קשישים וניצולי השואה.
 מיזם ספֵרת הסוכרת: הוקם ב-2021, ביוזמת הפקולטה לרפואה. מיזם שמטרתו להילחם במגפת הסוכרת וההשמנה בפריפריה הגאוגרפית של ישראל, בגישה הוליסטית המקדמת שיתוף פעולה בין הרשויות המקומיות, משרד הבריאות, קופות החולים וגורמים נוספים בקהילה. המיזם פועל בכ-20 ערים ורשויות מקומיות באזור הגליל.
 תוכניות הפקולטה לחינוך באוניברסיטת בר-אילן: הפקולטה הקימה ומתפעלת מספר מרכזים שמטרתם לקדם את החינוך בישראל, ובהם: מרכז דע-גן לקידום מתמטיקה, מדע וטכנולוגיה בחינוך הקדם-יסודי; מרכז חדד המתמחה בלקויות למידה; תוכנית הריס, המתמחה בפדגוגיה של הגיל הרך; מרכז בייקר, המפעיל תוכנית חינוכית לתינוקות וילדים צעירים עם תסמונת דאון ולהוריהם; ומרכז הל"ב, המפתח סדנאות סימולציה חדשניות ללימוד אפקטיבי. עוצמות - פרויקט העשרה אקדמית לאנשים עם רב גוניות קוגניטיבית. פרויקט בן שלושה שלבים שנוסד לפני כעשור על ידי פרופ חפציבה ליפשיץ.

שירותים לקהילה במהלך מלחמת חרבות ברזל
במהלך מלחמת חרבות ברזל התגייס סגל האוניברסיטה, כמו גם הסטודנטים, למגוון שירותים למען הקהילה. בין המיזמים שהוצעו בחודשי המלחמה הראשונים:
 קו חם לתמיכה נפשית, פתוח לקהל הרחב, שהופעל על ידי מומחים בבריאות הנפש, חברי סגל ובוגרים מהמחלקה לפסיכולוגיה ומבית הספר לעבודה סוציאלית.
 מוקד תרגום בחירום, שהציע שרותי תרגום טלפוניים בזמן אמת בלמעלה מעשר שפות למוסדות, אירועים ודוברי שפות זרות שנקלעו למצוקה כתוצאה מהאירועים.
 בית ספר לילדים מפונים, שהוקם בכפר המכביה ביוזמת הפקולטה לחינוך.
 בדיקות אופטומטריות ותרומת משקפיים ועזרי ראייה לניצולים ולמפונים מיישובי העוטף. זאת, באמצעות הקליניקה הניידת של בית הספר לאופטומטריה.
 רכישה של כ-200 מכשירי אולטראסאונד ניידים, והכשרת הצוותים הרפואיים להשתמש בהם בשטחי הלחימה, ביוזמת הפקולטה לרפואה.
 הקמת מרכז חוסן לדובים, שהציע לילדים מפונים או נפגעים פעילות להפחתת המתח והחרדה ולהגברת החוסן הנפשי, ביוזמת הפקולטה לרפואה.
בשנת 2024 הוקם באוניברסיטה מרכז חמני"ה (חוסן מנהיגותי ניהולי) המתכלל, מאגד ומקדם את כל פעילויות החוסן של האוניברסיטה.

מבנה ניהולי

המוסד העליון של אוניברסיטת בר-אילן הוא חבר הנאמנים, שאחראי בין היתר להתוות את המדיניות של האוניברסיטה ואת יעדיה, לקיים את האוניברסיטה כמוסד להשכלה גבוהה, על מנת לטפח ולקדם את הלימוד ואת המחקר בכל ענפי התורה והמדע, ברוח תורת ישראל ומסורת ישראל. בין יתר תפקידיו, לאשר את תקציב האוניברסיטה, לפקח על ניהולה, השגת יעדיה וקידומה. חבר הנאמנים מהווה את החוליה המקשרת את האוניברסיטה עם יהדות התפוצות, ומעודד את פעולת ידידיה בישראל ובשאר העולם. חבר הנאמנים ממנה את הנשיא, המנכ"ל, המבקר, היועץ המשפטי ורואה החשבון של האוניברסיטה ונושא בסמכות השיורית בכל ענייני האוניברסיטה שלא הוקנתה בתקנון לרשות או מוסד אחר. מתוך חבר הנאמנים מתמנה הוועד המנהל המורכב מחברי חבר הנאמנים שהם תושבי ישראל ומחברים מכוח תפקידם. בתקופות שבין אספה לאספה של חבר הנאמנים, משמש הוועד המנהל כמורשה של חבר הנאמנים למלא את כל הסמכויות והכוחות המסורים לחבר הנאמנים, פרט לסמכויות שאינן ניתנות להעברה, על פי החוק. הוועד המנהל, מלבד התכנסויותיו התקופתיות, פועל באמצעות ועדות משנה מטעמו הממלאות הלכה למעשה את תפקידי הפיקוח הציבורי על פעולות האוניברסיטה.

הסנאט הוא הסמכות האקדמית העליונה באוניברסיטה, והוא אחראי על ההוראה והמחקר המתבצעים בה. יחד עם חבר הנאמנים, הוא מופקד על שמירת היסודות הרוחניים של האוניברסיטה. הסנאט מורכב מחברים נבחרים, מחברים בתוקף תפקידם וממשתתפים בתוקף תפקידם. הוא כולל 70 חברים, מהם 60 חברים נבחרים, 10 ממלאי תפקיד ועוד משתתפים בתוקף תפקידם. תפקידי הסנאט כוללים, בין היתר, פיתוח וקידום המחקר המדעי, הענקת תארים אקדמיים, מינוי דיקני הפקולטות וחברי הוועדה המרכזת, המלצה על מינוי חברי סגל לדרגת פרופסור מן המניין וקידומם, הענקת קביעות לחברי סגל, ועוד. הסנאט מתכנס לפחות 6 פעמים במהלך כל שנה אקדמית, והוא פועל באמצעות ועדות קבועות, כגון הוועדה המרכזת, שתפקידה לרכז את עבודת הסנאט, להכין את החומר לקראת דיוניו ולקבל החלטות בעניינים הנתונים לסמכותה. הסנאט ממנה ועדות נוספות, האחראיות למינוי חברי סגל וקידומם, קבלת תלמידים, משמעת תלמידים ועוד.

המועצה האקדמית העליונה היא הגוף הייצוגי העליון של האקדמיה באוניברסיטת בר-אילן. חברים בה כל חברי הסגל באוניברסיטה בדרגת פרופסור מן המניין במשרה מלאה, בעלי קביעות ובמינוי במסלול הרגיל, נגיד האוניברסיטה, נשיא האוניברסיטה, רקטור האוניברסיטה (יושב ראש), דיקני פקולטות ונציגי דרגות אקדמיות אחרות. סמכויות המועצה כוללות בין היתר: בחירת הרקטור, אישור מינוי סגן הרקטור ובחירת חברי הסנט, חברי ועדות המינויים והערעורים וממלאי מקומם. הרקטור הוא הראש האקדמי של האוניברסיטה ויושב ראש המועצה האקדמית העליונה, ולצדו סגן הרקטור. המזכירות האקדמית מסייעת לרקטור להוציא אל הפועל את המדיניות האקדמית.

נשיאי האוניברסיטה
 תמונה  שם  שנות כהונה80px  פנחס חורגין  1955–1957  יוסף חיים לוקשטיין  1957–196780px  משה ימר  1967–197780px  עמנואל רקמן  1977–198680px מיכאל אלבק  1986–1989  יעקב (ארנסט) קראוס   1989, נשיא בפועל80px  צבי ארד  1989–199280px  שלמה אקשטיין  1992–199680px  משה קוה  1996–201380px  דניאל הרשקוביץ  2013–201780px  אריה צבן  2017–מכהן

 בכירים נוספים בהנהלת האוניברסיטה 
 רקטורי האוניברסיטה 
שםשנות כהונהפרופ' משה ימר1964-1963פרופ' אברהם סולטמן1965-1964פרופ' יהושע שכטר1966-1965פרופ' משה ימר1968-1966פרופ' אהרון (הרולד) הראל פיש1971-1968פרופ' מנחם צבי קדרי1975-1971פרופ' שמואל שפרכר1978-1975פרופ' שלמה אקשטיין1982-1978פרופ' מיכאל אלבק1985-1982פרופ' יעקב (ארנסט) קראוס 1989-1986פרופ' צבי ארד1993-1989פרופ' משה קוה1996-1993פרופ' יהודה פרידלנדר2000-1996פרופ' חנוך לביא2002-2000פרופ' יוסף ישורון2006-2002פרופ' יוסף מניס2010-2006פרופ' חיים טייטלבאום2014-2010פרופ' מרים פאוסט2020-2014פרופ' אמנון אלבק2020-מכהן

סגני נשיא למחקר
שםשנות כהונהפרופ' שלמה גרוסמן1996-1992פרופ' שמריהו הוז2000-1996פרופ' מינה טייכר2005-2001פרופ' הרולד בש 2011-2005פרופ' בנימין ארנברג2015-2011פרופ' אריה צבן (מ"מ)2017-2015פרופ' שולמית מיכאלי-גולדברג2024-2017פרופ' ירון שב-טל2024-מכהן

מנכ"לי האוניברסיטה
שםשנות כהונהטוביה בר-אילן1963-1957מתתיהו אדלר1980-1963שבתאי מייבסקי1981-1980דוד אלטמן1994-1981ד"ר שבתאי לובל2008-1994חיים גליק2013-2008מנחם גרינבלום2018-2013זהר ינון2018-מכהן

אגודת הסטודנטים

אגודת הסטודנטים של אוניברסיטת בר-אילן היא עמותה רשומה ומלכ"ר, המאגדת את הסטודנטים הלומדים באוניברסיטת בר-אילן, מייצגת אותם ופועלת למען רווחתם. תפקידה של האגודה הוא להשמיע את קולם של הסטודנטים ולתווך בינם לבין האוניברסיטה.

האגודה נוסדה בשנת 1960 והיא אחת מאגודות הסטודנטים הוותיקות והגדולות בישראל. אגודת הסטודנטים של אוניברסיטת בר-אילן היא חברה מלאה בהתאחדות הסטודנטים בישראל.

גלריה

ראו גם
 אגודת הסטודנטים של אוניברסיטת בר-אילן
 אוניברסיטאות בישראל
 אוניברסיטה ציבורית#ישראל

לקריאה נוספת
 מנחם קליין, בר-אילן - אקדמיה, דת ופוליטיקה, הוצאת הספרים ע"ש י"ל מאגנס, ירושלים, תשנ"ח 1997 ()
 דב שוורץ (עורך), אוניברסיטת בר-אילן - מרעיון למעש (2 כרכים), הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, תשס"ו 2006 ( ) 
 יעקב עירם, יהודה פרידלנדר, שמעון אוחיון, ייעודה של אוניברסיטה דתית, הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, תשע"ג 2013 ()
 אילנה צור בן-מאיר, "הספריות - משנות החמישים של המאה העשרים לשנות האלפיים", בתוך: אוניברסיטת בר-אילן - מרעיון למעש – כרך א': אבני דרך ותולדותיהן של מחלקות, עמ' 154–171. רמת גן: הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, (תשס"ו). 
 עורך: ד"ר חגי חריף, פירות האילן - אוניברסיטת בר-אילן, אלבום היובל הראשון. הוצאת אוניברסיטת בר-אילן, תשס"ח-2008.  

קישורים חיצוניים




 אקדימה בר-אילן, היחידה ללימודי המשך באוניברסיטת בר-אילן
 רשימה מלווה בתמונות על תולדות תכנון האוניברסיטה בשנות החמישים ומגדל המים והתצפית שבה באתר 'חלון אחורי', נובמבר 2011

 מיכאל יעקובסון: סקירה אדריכלית על צפון הקמפוס ובניין פסיכולוגיה ע"ש ווב, באתר 'חלון אחורי', 13 בדצמבר 2013
 מיכאל יעקובסון: סקירה אדריכלית על בניין המעונות ותוכנית האב של משה ספדיה לקמפוס, באתר 'חלון אחורי', 6 ביולי 2014
 מיכאל יעקובסון: סקירה אדריכלית על בניין המנהלה, באתר 'חלון אחורי', 20 ביולי 2015
 מיכאל יעקובסון: סקירה מצולמת על בניין מרכז וואהל באוניברסיטת בר-אילן, באתר 'חלון אחורי', 22 בינואר 2016
 מיכאל יעקובסון: סיבוב בבניין כלכלה ומינהל עסקים בתכנון משה ספדיה באוניברסיטת בר-אילן, באתר 'חלון אחורי', 4 ביולי 2016

  הנחת אבן הפינה לאוניברסיטת בר-אילן, יומני כרמל, אוגוסט 1953 (התחלה 1:05)


הערות שוליים

*
קטגוריה:הנצחת מאיר בר-אילן
קטגוריה:ציונות דתית: חינוך
בר-אילן