משפט בייליס

משפט בייליס (ברוסית: Дело Бейлиса) היה עלילת דם נגד יהודי רוסיה, שעוררה מחלוקת חריפה בחברה הכללית באימפריה הרוסית וזעם ברחבי אירופה.
היא הסעירה את יהדות העולם, ובמשך למעלה משנתיים העיקה על שבעת מיליון היהודים שישבו אז בתחום האימפריה הרוסית.

ב-2 באפריל 1911 (20 במרץ לפי הלוח היוליאני הנוהג ברוסיה), נמצאה בסמוך לקייב גופתו של נער אוקראיני נוצרי בן 12 בשם אנדריי יושצ'ינסקי. פעילי ארגוני הימין הקיצוני "המאות השחורות" הפיצו את ההאשמה כי מדובר ברצח פולחני-דתי שבוצע על ידי יהודים ונועד להכין מדמו של הקורבן מצות לפסח.

בידי השלטונות היה מידע שקשר לרצח עבריינית מוכרת בשם ורה צ'בריאק, שהתגוררה בקרבת מקום וחקירת המשטרה התמקדה בה ובחבורת פושעים שהייתה מתכנסת בביתה. עם זאת, מספר פקידי ממשל, ובראשם שר המשפטים עצמו, תמכו בגרסת הרצח הפולחני והדיחו את חוקרי המשטרה שהאמינו כי מדובר ברצח פלילי שבוצע על ידי צ'בריאק וחבורתה.

ארבעה חודשים לאחר גילוי הגופה, נעצר כחשוד ברצח, על סמך עדות שקר, יהודי בשם מנחם מנדל בייליס, שעבד בבית חרושת סמוך למקום. הוא ישב בכלא במשך שנתיים עד שהועמד למשפט. משפטו התנהל בקייב בין 25 בספטמבר ו-28 באוקטובר 1913, היה מלווה בתעמולה אנטישמית אך גם במחאות פומביות ברוסיה ובעולם, ובסיומו זיכה אותו חבר המושבעים מכל אשמה.
החוקרים מאמינים כי הרוצחים האמיתיים היו צ'בריאק ופושעים מחבורתה, אולם סוגיה זו נותרה בלתי פתורה.

העלילה נגד בייליס היא עלילת הדם המפורסמת ביותר של המאה ה-20.

רקע
לאחר מהפכת 1905 ברוסיה, הצליח הצאר ניקולאי השני לדכא את המרידות נגד המשטר, ובאמצעות שינוי החוק, יצר רוב ריאקציוני ב"דומה", שתמך במשטרו. אלא שהתסיסה נגד המשטר הצארי גברה והכוחות הליברליים רק נתחזקו. כדי להסיט את אש המרד, עשה המשטר שימוש באנטישמיות במטרה לדכא את ניסיונות ההתקוממות. בפברואר 1911 העלה האגף הליברלי ב"דומה" מחדש את ההצעה לבטל את חוק "תחום המושב", שאסר על היהודים להתיישב ברוב מחוזותיה של רוסיה. הייתה זו הזדמנות טובה עבור המשטר להפיח מחדש את השנאה האנטישמית ברוסיה.

באותם ימים התקיימה בבירה סנקט פטרבורג ועידה של ארגון ימני קיצוני בשם "חברות האצילים", שבמהלכה הופצה חוברת תרגום לרוסית של חיבור השמצה אנטישמי בלטינית בשם "התלמוד והנוצרים", שחיבר ב-1892 יוסטינאס פְראנַייטיס , כומר קתולי ממוצא לטבי, שהתיימר להוכיח, ממקורות יהודיים כביכול, כי קיים אצל היהודים רצח פולחני-דתי. ספרו של פראנייטיס התבסס על חיבור בשם "סודם של היהודים", שפורסם לראשונה ב-1803 ביאסי על ידי יהודי מומר בשם נח מלמד, שהפך לנזיר בשם "ניאופיט". חוברת זו, שלוותה בנאומים אנטישמיים בוועידה, נועדה לסייע במאבק נגד ביטול חוקי האפליה נגד היהודים.

מנדל בייליס
ממוזער|180px|מנחם מנדל בייליס

מנחם מנדל בייליס (1874–1934) היה בן למשפחה של סוחרים מהחבל הדרום-מערבי של רוסיה. אביו היה יהודי חסידי. חוקי האפליה נגד היהודים בחבל זה פגעו קשות במצבם הכלכלי של הסוחרים היהודים, ועקב כך, לאחר שירותו הצבאי, התחתן בייליס ועבר לגור בעיירה מג'יגוריה, ליד קייב, שם עבד בבית חרושת ללבנים של דודה של אשתו. מאוחר יותר קיבל עבודה בבית חרושת ללבנים בקייב, שהיה שייך לבית החולים על שם זייצב ועמד על הגבול בין רובע לוקיאנובקה לרובע ה"פולסקי". רובע לוקיאנובקה היה אזור שליהודים לא הותר להיכנס אליו. זייצב היה רשאי להעסיק פקיד יהודי אחד, וכך היה בייליס היהודי היחיד בין 500 פועלים נוצריים. תפקידו היה משרדי: הוצאת תעודות המשלוח ללקוחות, קוני הלבנים. לבייליס היו יחסים טובים עם הכומר המקומי. הוא היה מתיר למסעות ההלוויה של הכומר לעבור דרך מגרש בית החרושת וגם העניק לו לבנים במחיר מוזל עבור בניין בית הספר. הכומר, מצדו, העניק לבייליס הגנה בזמן הפוגרומים של שנת 1905 . גם אשתו הייתה בידידות עם שכנותיה הנוצריות. בשנת 1911 היה בייליס אב לחמישה ילדים ובעל ותק של 15 שנות עבודה בבית החרושת. בשל עומס העבודה, לא שמר שבת.

רצח הנער אנדריי יושצ'ינסקי
אנדריי יושצ'ינסקי נולד לאלכסנדרה יושצ'ינסקי, מחוץ לנישואין, ממאהבה תיאודוס צ'רקוב. לאחר שזה עזב אותה, נישאה ללוקה פריכודקו ונולדו להם שני ילדים. עד מאי 1910 התגוררה המשפחה בשכונה לוקיאנובקה בקייב ולאחר מכן עברה לפרבר ניקולסקאיה סלובודקה. סבתו ודודתו של אנדריי עברו להתגורר באותו פרבר, והוא היה מבקר אותן כמעט מדי יום. הייתה זו משפחה ענייה ודודתו נשאה בעול החזקתו וחינוכו. מדי פעם היה חוזר לבקר בשכונתו הקודמת, כדי להיפגש ולשחק עם חבריו, במיוחד עם ז'ניה, בנה של ורה צ'בּריאק.

ביום שבת, 12 במרץ 1911, יצא אנדריי אל בית ספרו בקייב, אולם לא נראה באותו יום בבית הספר וגם לא חזר הביתה. למחרת, נתברר לאמו כי הוא לא נשאר ללון אצל דודתו והיא החלה לחפשו. ביום שני הודיעה על היעדרו למשטרה והזמינה מודעה על כך בעיתון. ב-20 במרץ נתגלתה גופתו באחת המערות בחצרו של ברגר בשכונת מגוריו הקודמת בקייב.
בכתב האישום תואר גילוי גווייתו של הנער:
.
על גופו ובגדיו של הנרצח נמצאו שרידי טיט ספוג בדם. בכיס בגדיו נמצא גזיר של בד ועליו שרידי זרע-אדם מעורבים בטיפות דם.

הנתיחה הראשונה
ממוזער|שמאל|180px|תמונתו של אנדריי יושצ'ינסקי על עלון אנטישמי שהופץ בקייב לפני משפט בייליס: "אורתודוקסים רוסים! הנציחו את שמו של הנער אנדריי יושצ'ינסקי שנרצח כקדוש מעונה על ידי ז'ידים!... נוצרים! שימרו על ילדיכם!!! ב-17 במרץ חג הפסח של הז'ידים מתחיל".
ב-22 במרץ נערכה נתיחת הגופה על ידי ד"ר קרפינסקי, הרופא העירוני הממונה על בדיקות רפואיות משפטיות, וב-24 במרץ הוא הוציא את מסקנותיו:
"מלבד התפיחות על הראש, הפנים והגוף, היו על הראש שבעה פצעים שנגרמו על ידי דקירות. חמש דקירות פגעו בעצמות הגולגולת ושתיים חדרו עמוק יותר: אחת לקרום המוח, ואחת לתוכו, וגרמו שם לשטף דם. על הרקה השמאלית היה פצע אחד, ועל הימנית – שלושה־עשר. בצד הימני של הצוואר נגלו שבעה פצעים; על פיקת הגרון – שניים, ותחת הלסת התחתונה – פצע אחד. בצלע הימנית היו ארבעה פצעים: בצד הימני של הגב – ארבעה פצעים; בצד השמאלי של החזה – שבעה פצעים, ובאבר המין – פצע אחד... כן נגלו פצעים באיברים הפנימיים: בריאה הימנית... על הכבד... בריאה השמאלית... בכליה הימנית... ובלב... מפצעי הראש, הרקה השמאלית והצוואר נזל דם רב... הגווייה נמצאה כמעט ריקה מדם... הכותונת, התחתונים, המעיל והכובע, שנמצאו עם הגווייה והיו שייכים ליושצ'ינסקי, היו מגואלים בדם".
הנתיחה קבעה כי על פי שיירי המזון בקיבה, הרצח בוצע כ-4–5 שעות לאחר אכילת ארוחת הבוקר.

הפצת עלילת הדם נגד היהודים
מיד לאחר הרצח, החלו החוגים האנטישמיים בקייב להפיץ את השמועה כי הנער נרצח על ידי היהודים כדי להשתמש בדמו לצורך עשיית מצות לחג הפסח, בין השאר באמצעות מכתבים אנונימיים לראש האגף הפלילי של בית המשפט המחוזי ולהורי הנרצח. הלווייתו של יושצ'ינסקי הפכה להפגנה של הארגון הימני מונרכיסטי-נוצרי אורתודוקסי "ברית העם הרוסי", ובעת קבורתו הופצו עלונים שקראו לעשות פרעות ביהודים. ב-27 במרץ, יום קבורתו, הופצו כרוזי הסתה:
"נוצרים אורתודוקסיים!... מדי שנה בשנה ערב חג־הפסח, מענים היהודים ילדים נוצרים רבים כדי לערבב את דם קרבנותיהם בבצק־המצות שלהם. הם עושים זאת לזכר העינויים שהם גרמו לו לישו, לפני צליבתו. לפי דברי המומחים פשטו היהודים את בגדיו של יושצ'ינסקי, קשרוהו ודקרוהו בעורקים הראשיים, ב-50 מקומות, כדי להקיז מגופו את מרבית דמו. רוסים! אם ילדיכם יקרים לכם, הרגו את היהודים, עד שלא יישאר אף אחד מהם ברחבי רוסיה... נקמו את רצח הנער... הגיע הזמן!".

ההסתה נגד היהודים פשטה מקייב לבירת רוסיה סנקט פטרבורג, שם נרתמו למסע ההסתה ראשי "המאות השחורות" (ארגוני הימין הקיצוני הריאקציוני). על סדר יומה של ה"דומה" (הפרלמנט של רוסיה) עמדה באותו זמן הצעה לביטול כמה מחוקי-האפליה החמורים ביותר נגד היהודים, ובעיקר חוק "תחום המושב'", ששלל מהיהודים את הרשות להתגורר ברוב מחוזות המדינה. הימין הקיצוני ביקש להשתמש במעשה "הרצח היהודי" שאירע קייב כדי להצדיק את המשך חוקי האפליה.
ב-17 באפריל הופיע מאמר בעיתון הריאקציוני של סנקט פטרבורג, "רוסקאייה זנאמיה", בו נכתב כי "יושצ'ינסקי נרצח בידי יהודים". למחרת הגישה המפלגה הימנית-קיצונית בדומה שאילתה: "האם ידוע לממשלה, כי קיימות רציחות פולחניות בכלל, וכי בקייב נרצח הנער יושצ'ינסקי למטרות דתיות?". באותו יום נתקבל שר המשפטים איוואן שצ'גלוביטוב  לראיון אצל הצאר ניקולאי השני, ומיד לאחריו שלח השר מברק לתובע הכללי בקייב, גאורגי צ'פלינסקי , שהיה ידוע כבעל דעות אנטישמיות, בו דרש ממנו לעקוב באופן אישי אחרי החקירה.

הנתיחה השנייה

בשל העובדה שדו"ח נתיחת הגופה לא קבע כי הייתה כוונה מוקדמת להקיז דם רב מן הגוף, יזם פרקליט המחוז נתיחה שנייה. זו בוצעה ב-26 במרץ על ידי פרופסור ניקולאי אובלונסקי  והאנטומיסט טופאנוב מאוניברסיטת קייב. ב-25 באפריל פורסם הדו"ח:
"בגוויתו של יושצ'ינסקי נשאר רק שליש של כל כמות הדם שבגוף... רובו נזל דרך עורק המוח, העורק של הרקה השמאלית וגידי הצוואר. סיבת מותו של אנדריי הייתה הקזת הדם עקב הפצעים, בד בבד עם פעולת חנק... הפצעים נגרמו על ידי אנשים אחדים, רובם – בעוד שהנער בחיים. המכשיר שבו נעשו הדקירות – מרצע, או מכשיר דומה לו – וכן המספר הרב של הפצעים, מוכיחים כי מטרת הרוצחים הייתה לגרום לנער עינויים רבים וגדולים".

לדו"ח הנתיחה השנייה ניתן פרסום רב יותר בעיתונות האנטישמית וב-29 באפריל הגישו הצירים האנטישמיים ניקולאי מרקוב , גיאורגי זמיסלובסקי  וולדימיר פורישקביץ', שאילתה חוזרת: "האם ידוע לשר המשפטים ולשר הפנים, כי קיימת ברוסיה כת של רוצחים יהודים, המשתמשים בדם נוצרים לצרכים דתיים, וכי חברי כת זו עינו למוות את הנער אנדריי יושצ'ינסקי בחודש מרץ?". בתגובה לשאילתה, הותקפו הצירים החתומים עליה על ידי הצירים הקונסרבטיביים, הליברליים והשמאליים, שגינו את העלילה כחזרה לדעות קדומות מימי הביניים וכהסתה לפוגרומים. השאילתה נדחתה ברוב של 108 נגד 93. לאחר תוצאות ההצבעה, החליט שר המשפטים שצ'גלוביטוב לשלוח לקייב את סגן המנהל של משרדו, א. ו. ליאדוב, כדי שיפקח ישירות על חקירת הרצח.

ב-12 במאי (הלוח הגרגוריאני) הגישו הריאקציונרים ל"דומה" עצומה בחתימת 37 צירים, בהם 12 כמרים, המוחה על התרשלות השלטונות בחקירת "המניעים האמיתיים" לרצח. בכתב המחאה נאמר: "אף-על-פי שהוכח בוודאות גמורה, כי היהודים משתמשים בדם ילדים נוצרים מטעמי קנאות דתית... הרי כל אימת שמתגלה רצח או ניסיון לרצח כתוצאה מנוהג דתי זה, מסתפקת הממשלה בחקירת המקרה לגופו ועוצמת את עיניה על החברה הנפשעת הדוחפת את בניה לביצוע פשעים כאלה". קריאת העצומה לוותה בנאומי הסתה חריפים ביותר. אחד ממנהיגי הימין הכריז, שאם לא ייענשו היהודים על הרצח, יהיו פוגרומים, אך "לא כמו הפוגרומים שהיו עד כה. לא יסתפקו בניעור נוצות מתוך כרים וכסתות, אלא כל היהודים, עד האחרון שהם, יחוסלו".

שליחו של שר המשפטים לקייב שוחח עם צ'פלינסקי, התובע המחוזי של קייב, ואמר לו כי "לשר אין ספק ביחס לאופי הפולחני של הרצח". מסר זה הבהיר לתובע המחוזי מהי מגמת הממשלה, וזה השיב מיד, כי זאת בדיוק גם דעתו.
השלטונות לא הסתפקו בדו"ח הנתיחה השנייה, שלא קבע כי הרצח בעל אופי דתי, ולכן ביקשו את חוות דעתו של פרופסור איוואן סיקורסקי  (אביו של איגור סיקורסקי), פסיכיאטר אנטישמי מאוניברסיטת קייב, שסיפק לו הסבר "גזעי". הוא קבע במסקנותיו, כי לרצח יש סימנים אופייניים למעשי רצח דומים שנעשו בעבר על ידי יהודים, ברוסיה ומחוץ לה: "הבסיס הפסיכולוגי לרציחות אלו הוא רגש הקנאה הגזעית וה'ונדטה' של בני־יעקב כלפי בני הגזעים האחרים", אולם בחירת הילדים כקורבנות והקזת דמם נעשות גם מ"נימוקים אחרים, שיש להם כנראה משמעות דתית". בעקבות מסקנותיו של סיקורסקי, פנו אנשי הממשל בשנית למומחים הרפואיים אובלונסקי וטופאנוב, בבקשה שיעדכנו את דו"ח הנתיחה שלהם. עדכון זה נעשה רק כעבור שישה חודשים, בדצמבר 1911. נוסף בו ההסבר כי הנער "מת משטף דם, כלומר, כתוצאה מהפצעים שנגרמו לו, והדבר איפשר לרוצחים לאסוף את דמו של הנרצח". אלא שבסוף פסקה זו נכתבה גם ההסתייגות: "אם אמנם אספו הרוצחים את דמו של הנרצח".

החקירה
על פי החוק באימפריה הרוסית, התהליך המשפטי במקרי רצח מתחיל בחקירה ראשונה על ידי המשטרה, שמעבירה את ממצאיה הראשונים לשופט־חוקר. זה פותח בחקירה, שומע עדויות, ומעביר את החומר עם חוות דעתו למשרד התובע הכללי. אם התובע הכללי מחליט שיש מקום להמשיך בתהליך, הוא מנסח את כתב האישום, שמועבר עם כל חומר ההוכחות אל "הלשכה לקביעת האישום", שליד בית המשפט לערעורים פליליים. לשכה זו מורכבת מחמישה שופטים, שאם הם מחליטים כי יש יסוד להעמיד לדין באשמת רצח, הם מעבירים את התיק עם חוות דעתם לבית הדין, בו יושבים שלושה שופטים מקצועיים ולצדם חבר מושבעים המורכב מ-12 אזרחים.

השופט החוקר פננקו והמפקח מישצ'וק
יומיים לאחר גילוי הגופה, החלה המשטרה לחקור. עיתונאי יהודי בשם ברשצ'בסקי, שעבד במערכת העיתון שאליו פנו הוריו של אנדריי, פנה ביוזמתו אל השופט־החוקר וסיפר שהתנהגותם הייתה מוזרה והאם לא נראתה מודאגת. ב-24 במרץ נעצרו האם ובעלה ולמחרת נערך חיפוש בביתם, אולם ב-5 באפריל הם שוחררו.

חקירת פרשת הרצח הופקדה בידי השופט החוקר פננקו. ב-1917 סיפר פננקו, לוועדת החקירה שחקרה את הפרשה, על פגישה שנכח בה בלשכתו של התובע הכללי צ'פלינסקי בקייב. ליאדוב אמר בה כי שר המשפטים שצ'גלוביטוב בטוח שהרצח בעל אופי דתי. צ'פלינסקי הסכים איתו, ובתגובה לאזהרתו של דמיטרי פיכנו , המוציא לאור של העיתון הימני "קייבליאנין" , כי פרסום העניין הדתי עלול להביא לפוגרום נגד היהודים, אמר כי אינו רואה משהו רע בכך, "שירביצו קצת ביהודים".

במאי 1911 הופיע בפני פננקו סטודנט בן 19 באוניברסיטת קייב בשם ולדימיר גוֹלוּבֶּב , שהיה חבר בארגון הריאקציוני "ברית העם הרוסי" ובארגון ימני מקומי בשם "הנשר בעל שני הראשים", והיה בן חסותו של ציר הדומה האנטישמי זמיסלובסקי, שהיה מקורב מאוד לשר המשפטים שצ'גלוביטוב. גולובב טען בפני פננקו כי הוא משוכנע שהרצח בוצע למטרות דתיות, על ידי מנהלו של בית החרושת ללבנים, שנמצא במרחק קטן מן המערה בה נמצאה גופת הנער. מנהל בית החרושת היה היהודי מנדל בייליס. לטענת גולובב, בייליס עשה זאת בסיוע עוזריו, בהתאם למנהגיהם של כת ה"חסידים" היהודית. אולם מפקח המשטרה מישצ'וק כבר התמקד בחקירתו בחבורת פושעים ידועה שהייתה נפגשת בביתה של ורה צ'בריאק, אם חברו של אנדריי, שגם ביתה נמצא במרחק קטן מן המערה. מישצ'וק התבסס על כך שבנה ז'ניה נפגש עם אנדריי בבוקר בו נעלם ועל כך שאחדים מחבורה זו עזבו את קייב לאחר הרצח. הוא רצה לעצור את ורה צ'רביאק, אולם צ'פלינסקי התנגד לכך והוא נאלץ להסתפק בהזמנתה לשיחה עם השופט החוקר.

גולובב לחץ על מישצ'וק שיפנה את חקירתו לכיוון של "רצח דתי", אולם מישצ'וק התנגד לכך בנחרצות. בעקבות זאת, החליטו גולובב וליאדוב להביא להרחקתו מהחקירה. הם העמידו לרשותו פושע בשם קושניר, שאמור היה לנצל את קשריו בעולם התחתון במטרה לגלות את הרוצח. אלא שמשימתו האמיתית של קושניר הייתה להפיל את מישצ'וק בפח. הוא טמן חפצים שונים בסמוך למקום גילוי גופת הנרצח, וסיפר למישצ'וק שקיבל מכתב אנונימי המספר על קיומם של החפצים המוטמנים, ששייכים כביכול לקורבן, וטוען כי הרוצחים הם חבריה של צ'בריאק. מישצ'וק מצא את החפצים, ובישר לשופט החוקר שפתר את התעלומה. אלא שהתברר כי החפצים לא היו של הנער, ומישצ'וק הואשם בזיוף הוכחות. הוא הועמד למשפט ונידון לשלושה חודשי מאסר. כעבור זמן מה, הודה קושניר במעשיו ובכך שהוא הושתל בתפקידו זה במטרה להכשיל את מישצ'וק. בעקבות זאת קיבל מישצ'וק חנינה ופסק הדין נגדו בוטל, אולם הוא לא הוחזר לתפקידו כחוקר משטרה.

המפקח קראסובסקי
ממוזער|שמאל|200px|הבלש ניקולאי קראסובסקי. גילה את הרוצחים האמיתיים.

חקירת ורה צ'בריאק
המשך החקירה הוטל על הפודפולקובניק איוואנוב, שעמד בראש הז'נדרמריה  (המשטרה המדינית של שירותי הביטחון). אליו סופח, במקום מישצ'וק, המפקח ניקולאי קראסובסקי, שכיהן באותה עת כמפקד מחוז משטרה כפרי, אך נודע כמומחה ארצי לחקירת פשעים מסובכים. ב-7 במאי החל קראסובסקי בעבודתו, אלא שבניגוד לציפיות אנשי הממשל, החליט לחדש את חקירתם של ורה צ'בריאק וחבורתה. בין היתר, הוא סייר בפרבר לוקיאנובקה, מחופש לפועל, כדי לשמוע דברים מפי התושבים. אחד הסיפורים ששמע, עורר את אמונו: בבוקר היעלמותו, שיחק אנדריי בחורשה בפרבר עם חברו ז'ניה צ'בריאק ועם חבר נוסף. פרצה מריבה בין אנדריי וז'ניה, ובמהלכה איים אנדריי שיספר על כך שבבית אמו של ז'ניה ישנה סחורה גנובה. ז'ניה רץ אל ביתו וסיפר על כך לאמו. הנער השלישי, שליווה את ז'ניה, שמע מחוץ לבית את ורה צ'בריאק שואלת "מה נעשה עם אנדריי?" ואת תשובתו של אחד הנוכחים בביתה, "יש להיפטר ממנו מיד!". בהתחשב בכך שיומיים לפני הרצח פשטה המשטרה על ביתה של צ'בריאק וערכה בו חיפוש אחר חפצים גנובים, החליט קראסובסקי לחקור את בני המשפחה. הוא חקר מספר פעמים את ז'ניה וב-10 במאי 1911 ערך חיפוש בביתם. בשעה ששהה בתוך הבית, עמד עוזרו, הבלש קיריצ'נקו, בפתח הבית, שם פגש את ז'ניה ושאל אותו מה ידוע לו לגבי הרצח. לפתע נראה הילד מבוהל. בעקבות זאת, הסתובב קיריצ'נקו לאחור וראה את האם ורה מסמנת לבנה סימני אזהרה, ואילו הילד ברח מבלי לענות על השאלה. ב-9 ביוני נעצרה ורה צ'בריאק לחקירה. היא הייתה עצורה במשך חמישה שבועות, שבמהלכם נחקרה מספר פעמים והודתה כי אנדריי אכן ביקר בביתה בבוקר שבו נעלם וגם השאיר שם את מעילו. אלא שבהוראת צ'פלינסקי, על אף התנגדותם של איוואנוב ופרקליט המחוז בראנדורף, ב-14 ביולי היא שוחררה ממעצרה.

חקירת הזוג שאכובסקי ואנה "הלביאה"
בתחילת יולי 1911 הופיע לראשונה בפני קראסובסקי, מדליק הפנסים העירוני קזימיר שאכובסקי, שסיפר לחוקר כי הוא נזכר (ארבעה חודשים לאחר הרצח) שבבוקר בו נעלם אנדריי, הוא פגש את הנער ברובע לוקיאנובקה יחד עם ז'ניה ונער נוסף. אשתו של שאכובסקי, יוליאנה, נחקרה גם היא, בנפרד, וגם היא נזכרה כי ראתה באותו בוקר את אנדריי וז'ניה, אולם לא ראתה איתם נער נוסף. ב-10 ביולי העידה יוליאנה בפני פולישצ'וק, אחד מעוזריו של קראסובסקי, כי אשה בשם אנה "וולקיוונה" ("הלביאה") סיפרה לה שראתה בבוקר היעלמותו של אנדריי, אדם הסוחב אותו בכוח למשרפת הלבנים, בעוד שני חבריו של אנדריי בורחים. ב-18 ביולי נחקר קזימיר פעם נוספת, הפעם בפני פננקו, ובחקירה זו הזכיר לראשונה את שמו של מנדל בייליס – כ"ידיד" של ורה צ'בריאק, מפאת היותו של חצר בית החרושת בו עבד, גובל עם חצר ביתה. ב-20 ביולי הופיע הזוג ביוזמתו בפני השופט החוקר והשניים מסרו עדויות נוספות בנפרד. יוליאנה סיפרה ששמעה מבעלה, כי ראה את בייליס סוחב בכוח את אנדריי לכיוון משרפת הלבנים. קזימיר טען שנזכר בפרט חשוב: ביום שלישי, שלושה ימים לאחר שפגש את אנדריי וז'ניה, פגש שוב את ז'ניה, אצל דודתו, וז'ניה סיפר לו כי בבוקר בו פגש אותם הוא שיחק עם אנדריי בחצר בית החרושת ללבנים עד ש"אדם בעל זקן שחור" גירש אותם משם. לטענתו של שאכובסקי, הוא נזכר בפרט זה, כאשר אשתו סיפרה לו שוורה אמרה לה לאחר שחרורה: "בגלל המנוול הקטן הזה (ז'ניה) לא נותנת לי המשטרה מנוח". שאכובסקי הוסיף כי לדעתו "האדם עם הזקן השחור" יכול להיות רק בייליס. קראסובסקי החליט לחקור בסביבתו של שאכובסקי ופגש את הסנדלר נקונייצ'ני, שהעיד כי שאכובסקי אמר לו שהוא רוצה להתנקם בבייליס משום שזה האשימו בגנבת עצים מבית החרושת. ב-23 ביולי עומתו השניים בחקירה ושאכובסקי הודה כי התיאור "אדם עם זקן שחור" היה תוספת שלו עצמו לדבריו של ז'ניה. השופט החוקר שאל אותו מי הדריך אותו להוסיף זאת ושאכובסקי השיב כי היה זה הבלש פולישצ'וק. לשמע דברים אלה, הגיע קראסובסקי למסקנה כי פולישצ'וק "עיבד" את העדות הזו כדי להפנות את החשד על בייליס. וולקיוונה עצמה הסבירה בחקירתה כי אכן סיפרה ליוליאנה על "אדם עם זקן שחור", אך הכחישה שסיפרה כי "סחבו את אנדריי למשרפת בית החרושת" וטענה שממילא הייתה שיכורה בשעת שיחתן.

מעצר בייליס
ממוזער|שמאל|220px|ז'ניה וולנטינה צ'בריאק. נפטרו בהפרש של מספר ימים זה מזה, באוגוסט 1911.
ממוזער|שמאל|300px|בייליס מובל תחת שמירה לזירת הרצח.
על אף הסתירות בעדויות הללו, החליט התובע הכללי צ'פלינסקי, בניגוד לדעתם של פרקליט המחוז בראנדורף, של המפקח קראסובסקי ושל השופט החוקר פננקו, כי החומר מספיק כדי לעצור את בייליס. לאחר שפננקו סירב להוציא את צו המעצר, דרש צ'פלינסקי מראש שירות הביטחון (ה"אוכרנה") בקייב, שישתמש בסמכותו המיוחדת במקרים של סכנה לביטחון המדינה. ב-22 ביולי 1911, בשעה 03:00 בלילה, נעצר בייליס כחשוד ברצח על ידי חוליה בת 50 ז'נדרמים שפשטה על ביתו, ובראשם המפקד המקומי של ה"אוכרנה". בבית נערך חיפוש מדוקדק, אולם לא נמצא בו אף ממצא מחשיד. יחד עם בייליס נעצר גם בנו בן ה-8, שהוחזק במעצר נפרד. למחרת הופגש הילד עם ז'ניה צ'בריאק ובצהריים שוחרר.

על אף מעצרו של בייליס, המשיכו קראסובסקי ואיוואנוב, בהסכמת בראנדורף, לנהל את חקירתם בכיוון חבורתה של ורה צ'בריאק. ב-22 ביולי עצרו אותה שנית, אלא שגם הפעם היא שוחררה, ב-7 באוגוסט. כשחזרה לביתה, שמעה כי בלשים שוחחו עם בנה, ז'ניה, שכבר מספר ימים היה מאושפז בבית חולים. היא דרשה את שחרורו ועל אף התנגדותו של הרופא המטפל, הוא הוחזר לביתו, וכעבור יומיים, ב-9 באוגוסט, נפטר. הבולשת לא התירה לה להשתתף בהלווייתו. כעבור מספר ימים נפטרה גם אחותו הקטנה, ולנטינה. הגופות עברו בדיקה רפואית בידי ד"ר טופאנוב, שערך את הנתיחה השנייה בגופתו של אנדריי. הבדיקה הראתה כי ז'ניה מת מדיזנטריה.

שחרורה של צ'בריאק נעשה בהוראת צ'פלינסקי. בעקבות זאת, התפטר קראסובסקי מהחקירה וחזר לשירותו כקצין מחוז כפרי. בספטמבר הדיחו צ'פלינסקי ושצ'גלוביטוב גם את בראנדורף. במקום קראסובסקי מונה המפקח קיריצ'נקו. איוואנוב וקיריצ'נקו המשיכו לחקור בכיוון כנופייתה של צ'בריאק. עוד קראסובסקי שם לב לכך שאנשיה לא ניסו להסתלק מקייב לאחר מספר פריצות שביצעו בעיר, בעוד ששלושה מהם מיהרו לנסוע למוסקבה למחרת רצח יושצ'ינסקי. לכך הצטרפה העובדה כי מיום הרצח פסקו לפתע הפריצות באזור זה של קייב. ב-1 בנובמבר הגיעה עדות מכרעת בכיוון זה: מליצקאיה, בעלת בית המרזח שבקומת הקרקע של הבית בו גרה משפחת צ'בריאק, העידה כי ביום הרצח שמעה מלמעלה, מעל לדירתה, רעש של צעדים כבדים וקול בכי של נער שלא דמה לקולות ילדיה של ורה.

ביום שבו מסרה בעלת בית המרזח את עדותה, השתחרר מהכלא אסיר בשם קזצ'נקו, שהיה שכנו לתא של בייליס ושימש כסוכן משטרה, ומסר לסוהרים מכתב שבייליס ביקש ממנו להעביר בסוד לאשתו. מלבד המכתב, טען קזצ'נקו כי בייליס ביקש ממנו לבצע עבורו שליחות: להשיג סטריכנין ממישהו בבית החולים היהודי ולהרעיל את שני העדים קזימיר שאכובסקי ונקונייצ'ני, ובעבור משימה זו "ישלם לו העם היהודי 500 רובל". אלא שאיוואנוב לא האמין לסיפור ההרעלה וקזצ'נקו הודה בפניו כי בדה אותו. הוא עדכן בנושא את צ'פלינסקי, אך זה דרש ממנו להשתיק את עניין ההודאה.

ב-20 בדצמבר, ארבעה חודשים לאחר מותו של ז'ניה, העיד אביו, וסילי צ'בריאק, כי מספר ימים לפני הרצח, חזר ז'ניה הביתה כשהוא נסער, וסיפר כי שיחק עם אנדריי בחצר בית החרושת ובייליס גירש אותם משם לעיני בניו הצוחקים.

מוקדם יותר במהלך השנה, בספטמבר 1911, נרצח בבית האופרה בקייב ראש ממשלת רוסיה פיוטר סטוליפין על ידי דמיטרי בוגרוב, יהודי, ואירוע זה החריף את ההסתה האנטישמית.

שלושה חודשים לאחר מעצרו של בייליס, פנו אשתו ואחיו לעורך הדין היהודי ארנולד מרגולין וביקשו ממנו לטפל בשחרורו. מרגולין שוחח בנושא עם פננקו, אולם רק באופן פרטי, משום שעל פי הנוהל, רשאי היה חשוד בפלילים הנמצא במעצר, להיעזר בפרקליט רק לאחר הגשת כתב אישום נגדו. לאחר מכן הוקמו שני ועדים: ועד לצורך סיוע כספי למשפחת בייליס, ובראשו עשירי העיר, וועד ציבורי לטיפול במשפט, ובראשו הרב הראשי של קייב. ועד זה הזמין להתיעצות את עורך הדין היהודי הידוע אוסקר גרוזנברג.

ב-5 בינואר 1912 נסתיימה החקירה, ב-18 בינואר הוחלט להעמיד את בייליס לדין וב-30 בינואר נמסר לידיו כתב האישום. הוא היה בן חמישה עמודים, לא צוין בו מניע לרצח ולא היה בו אזכור לכך שהרצח בוצע למטרות פולחן דתי.

העיתונאי בראזול-ברושקובסקי
עוד באוגוסט 1911 החל העיתונאי בראזול-ברושקובסקי (שאשתו הייתה יהודייה) לחקור את פרשת הרצח באופן פרטי, לאחר שהגיע למסקנה כי בייליס חף מפשע. ורה צ'בריאק שכנעה את ברושקובסקי לקיים פגישה בחרקוב עם "אדם חשוב" שיש בידיו פרטים חשובים על הרצח. ברושקובסקי האמין שהפגישה עשויה להוביל למציאת האשמים ושכנע את מרגולין להשתתף בה, אולם נתברר כי אותו "אדם חשוב" לא היה קיים. צ'בריאק סיפרה לנוכחים שאת הרצח ביצעה קבוצת פושעים ובראשה לוקה פריכודקו, אביו החורג של אנדריי, ופאול מיפלה, מאהבהּ לשעבר, ושהרצח בוצע במערה. שיחה זו דווחה למשטרה וצ'בריאק טענה בחקירתה כי ברושקובסקי היה זה שיזם את הפגישה, והוצע לה בה סכום של 40,000 רובל תמורת הסכמתה לקבל על עצמה את האשמה ברצח. מרגולין וברושקובסקי הכחישו את סיפור השוחד, אולם הוא זכה לפרסום רב בעיתונות הימנית. בשל פרשה זו, נאלץ מרגולין להופיע במשפט כעד ומשום כך גם לוותר על תפקידו כסנגור. אף על פי כן, איוואנוב החזיק בדעתו לגבי האשמים ברצח. במכתב לממונים עליו בבירה, כתב: "הננו חוזרים על הנחתנו הקודמת, לאמור, יושצ'ינסקי נרצח על ידי ורה צ'בריאק, בשיתוף עם פושעים מחבורתה".

ממוזער|שמאל|350px|משמאל לימין: סינגאייבסקי, רודזינסקי ולטישב.
בינואר 1912 פרסם ברושקובסקי את כתבתו, שהפנתה את החשד לאותה כנופיה שצ'בריאק הצביעה עליה. בעקבות זאת, פנה אליו בהצעת עזרה סטודנט בשם מאכאלין, שהביא עמו סטודנט אחר, קאראייב, שנודע לתהילה בעולם התחתון, בשל כך שרצח סוהר אך יצא זכאי במשפט. לאחר שבדצמבר 1911 הודח קראסובסקי ממשרתו כקצין-מחוז, חזר באפריל 1912 לטפל בפרשת הרצח כחוקר פרטי. מאוחר יותר הסביר זאת ברצון להיאבק על כבודו ולהיאבק במדיחיו. חוקרי המשטרה סיפרו לו על עדותן של האחיות דיאקונובה, ידידותיה של ורה צ'בריאק. השתיים סיפרו כי בבוקר בו נעלם אנדריי, הן ביקרו בביתה של צ'בריאק והפתיעו את הנוכחים: ברגע כניסתן, נמלטו מספר אנשים זרים לחדר סמוך ואילו הן עצמן ראו גוף עטוף בשמיכה. ברושקובסקי קישר בין שני הסטודנטים לבין הבלש ויגראנוב, שותפו בחקירה, וקראסובסקי, ונוצר שיתוף פעולה. מאכאלין וקאראייב הצליחו לרכוש את אמונו של פיוטר סינגאייבסקי, אחיה החורג של צ'בריאק וחבר בכנופייתה, עד שהודה בפניהם כי יחד עם שני חברים אחרים, בוריס רודזינסקי ואיוואן לטישב, רצח את יושצ'ינסקי בביתה של ורה. בעקבות ההודאה הזו, ב-6 במאי דרשו קראסובסקי וברושקובסקי מאיוואנוב את חידוש החקירה נגד כנופיית צ'בריאק. איוואנוב מסר את המידע לצ'פלינסקי, אולם מועד המשפט כבר נקבע ל-25 במאי וצ'פלינסקי התנגד לדחייתו ואסר על פתיחת חקירה חדשה.

אלא שלאנשי הממשל המרכזי בסנקט פטרבורג היו שיקולים אחרים. בשני מכתבים שונים, בפברואר ובמאי 1912, כתב להם הפולקובניק שרדל שלפי דעתו חומר העדויות הקיים נגד בייליס אינו מספיק והזהיר כי הגשת כתב אישום המבוסס על עדויות רופפות עלול להטיל קלון על הממשל כולו. לכך נוסף שיקול מדיני פנימי: הבחירות הקרבות לדומה. ב-3 במאי כתב שר הפנים מקארוב לשר המשפטים שצ'גלוביטוב מכתב סודי: "יש יסוד רציני להניח, כי משפט בייליס ייגמר בזיכוי הנאשם. משפט זה עורר תשומת לב רבה לא רק ברוסיה, כי אם גם בחוץ לארץ. אם יזוכה בייליס, הדבר יעשה רושם מדכא על הציבור הרוסי, מחד – ויעורר שמחה בחוגי הגזעים האחרים, ובראש ובראשונה בחוגי היהודים, מאידך – הואיל ועל ידי כך תוסר הסכנה הרצינית, שהייתה תלויה על ראשם... על־כן יש צורך לנקוט אמצעים לאפשר ניהול שקט ונורמלי של הבחירות... לפיכך, הנני מבקש מכבודו לבדוק את האפשרות של דחיית המשפט עד לאחר הבחירות". ב-30 וב-31 במאי פרסם ברושקובסקי בעיתונו את מה שגילה לגבי חבורת הפושעים של ורה צ'בריאק, בצירוף תמונותיהם. פרסום זה עורר סערה בדעת הקהל ובהוראת שצ'גלוביטוב נדחה תאריך המשפט.

הכנת כתב האישום השני
ממוזער|שמאל|220px|משפחת צ'בריאק: וסילי, ורה ולודמילה.
בעקבות דחיית המשפט, החל צ'פלינסקי לפעול לחיזוק העדויות נגד בייליס. ב-2 ביוני 1912 נפגש לבקשתו עם ורה צ'בריאק ועדכן אותה שהחקירה נגדה ונגד חבריה מתחדשת. מאוחר יותר הסביר כי הזמנתה לשיחה אישית נעשתה "למען הגנה על הנוצרים, מפני היהודים". הוא הצליח לשכנע את שצ'גלוביטוב להדיח את פננקו ובמקומו מונה לשופט-חוקר נאמנו של שר המשפטים, האנטישמי משקביץ'. העיתונות האנטישמית הסבירה את הדחתו של פננקו, כמו גם את הדחותיהם של בראנדורף וקראסובסקי, בכך שהם "מכוּרים ליהודים", וטענה כי יש לנהל את החקירה ללא השפעתם של היהודים. ב-10 ביולי מסרה צ'בריאק לשופט החוקר החדש עדות נוספת, בה הצהירה כי נזכרה בפרטים נוספים ששמעה מבנה לפני מותו: בבוקר 12 במרץ 1911, הוא שיחק עם אנדריי, עם בנותיה, לודמילה וולנטינה, ועם ילדים אחרים בחצר בית החרושת, ובייליס סחב את אנדריי אל משרפת הלבנים "ביחד עם עוד שני יהודים". ב-11 באוגוסט 1912 העידה גם בתה לודמילה, כי כאשר בייליס ושני יהודים נוספים גירשו אותם מהחצר, כולם ברחו, אבל בייליס הצליח לתפוס את אנדריי ושני היהודים "סחבו את אנדריי למשרפת בית החרושת". היא אמרה כי את הפרט על המשרפה שמעה מאחותה הקטנה, שלא היה ביכולתה לרוץ מהר וכך הספיקה לראות זאת.

במהלך תקופה זו, מת אובלונסקי, אחד משני המומחים שביצעו את הנתיחה השנייה, וצ'פלינסקי חיפש מומחה אחר שיתמוך בחוות דעתו של טופאנוב, המומחה השני. הוא בחר בדמיטרי קוסורוטוב , פרופסור לרפואה משפטית באוניברסיטת פטרסבורג. במרץ 1913 אישר קוסורוטוב את ממצאיהם של קודמיו לגבי תיאור הפצעים וקבע כי הם מוכיחים ללא ספק שכוונת הפוצע הייתה להקיז כמות גדולה של דם, למטרות קבועות מראש. באביב 1913 קיבלה ועידת הרופאים ברוסיה החלטה, שפורסמה גם בעיתון אגודת הרופאים, המגנה את חוות דעתם הרפואית-משפטית של טופאנוב ואובלונסקי ואת חוות הדעת הגזענית של הפסיכיאטר סיקורסקי. אף על פי כן, השתמשה הקטגוריה בחוות דעתו של סיקורסקי כבסיס להצגת אופיו הדתי של הרצח בכתב האישום ואף הזמינה אותו לשמש כעד ראשי במשפט. לאחר מלחמת העולם הראשונה התברר כי סיקורסקי קיבל עבור חוות דעתו זו, בנוסף לשכר טרחה גבוה מהרגיל, סכום של 4,500 רובל שקיבל מ"הקופה הסודית" של מחלק המשטרה במשרד הפנים. בוועדת החקירה של 1917 נתברר כי גם קוסורוטוב קיבל תשלום ממשרד הפנים, בסך 4,000 רובל.

בניגוד לתחום הפתולוגי-פסיכיאטרי, בו מצא צ'פלינסקי מומחים שיעידו במשפט, בתחום המדעי-דתי נוצר קושי במציאת מלומדים נוצרים שיסכימו לבוא ולהוכיח את אמיתות קיומו של רצח פולחני בקרב היהודים. הכמורה הפרבוסלבית, השלטת במדינה, לא שיתפה פעולה עם עלילת הדם, וכל הפניות לראשיה, כמו גם הפניות לראשי דת קתוליים מחוץ לרוסיה, לא נענו בחיוב. בסופו של דבר, זומן למטרה זו הכומר פראנייטיס, מחבר הספר האנטישמי "התלמוד והנוצרים", שכיהן אז בכנסייה בטשקנט והתיישב עתה במשך חמישה חודשים בארכיונים לצורך הכנה למשפט.

ב-13 באפריל 1913 הושלם כתב האישום השני, שנכתב בכתב צפוף על פני 30 עמודים. הוא הועבר ל"לשכת האישום" וזו החליטה ב-24 במאי, ברוב של 3 נגד 2, להעמיד לדין את בייליס, הפעם באשמת רצח פולחני-דתי. שלושת המצדדים נימקו את עמדתם: "חובה מוטלת עלינו, להביא לדין אדם, שהחזיקו אותו זמן כה רב במעצר, ויהיה זה רק מתוך הצורך להגן על כבודו של החוק". שני המתנגדים היו השופטים החשובים בלשכה, הנשיא קמניצב והמזכיר ריז'וב, שנימקו את התנגדותם בכתב: "לא נכתים את שמנו ולא נמיט חרפה על עצמנו, בשנות חיינו האחרונות, על ידי ביצוע מעשה מחפיר כזה – האשמת אדם חף־מפשע".

המשפט
הרכב בית המשפט
שמאל|ממוזער|280px|השופטים. שני מימין: בולדירב.
שמאל|ממוזער|250px|עורכי דינו של בייליס (משמאל): בארסקי, קרבצ'בסקי, גרוזנברג וזארודני.
בית הדין
 אב בית הדין: פ. א. בולדירב – היה שופט בית המשפט הפלילי בקייב, לאחר מכן נשיא בית המשפט המחוזי באומן ומאוחר יותר נשיא בית המשפט המחוזי בקייב.
 שופטים: ק. א. ויגורה, א. ו. יורקביץ. ממלא מקום: הנסיך ד. ב. שוואכוב.

צוות הקטגוריה
 סגן התובע הכללי, אוסקר ויפר , נשלח במיוחד מסנקט פטרסבורג כדי לייצג את השלטון.
 באי־כוח התביעה האזרחית מטעם אלכסנדרה פריכודקה, עורכי הדין: גיאורגי. נ. זמיסלובסקי - בעבר היה קרוב לחוגים הליברליים, אך מאוחר יותר הפך לאחד מראשי האגף הימני ב"דומה"; אלכסיי שמאקוב  - אנטישמי, אחד האספנים הגדולים ברוסיה של פרסומים אנטי-יהודיים; עוזר עורך דין ט. דוראסוביץ'.

צוות הסנגוריה
 עורכי הדין ב. פ. קרבּצ'בסקי , וסילי מקלאקוב  - ציר ליברלי ב"דומה"; אוסקר גרוזנברג - היהודי היחיד בצוות הסנגוריה; אלכסנדר זארודני ; גרגורוביץ' בארסקי  - בעל אחוזה עשיר, אחראי על רוב עבודת ההכנה למשפט. כל חמשת עורכי הדין של הסנגוריה היו ידועים בהשקפותיהם הליברליות, ונתפרסמו ברחבי רוסיה כפרקליטים מעולים, בעיקר במשפט הפלילי.
 מומחה לענייני דת: יעקב מזא"ה, הרב של מוסקבה.

חבר המושבעים
נבחרו 12 מושבעים ושני ממלאי מקום. לזקן המושבעים (יושב הראש) נבחר מ. מלניקוב, פקיד דואר. המושבעים היו סגורים ומנותקים מכל השפעה מן החוץ במשך כל ימי המשפט.

מחאות ערב המשפט
כבר בשלבים הראשונים של הפרשה, נקט העיתון הימני "קייבליאנין" עמדה המתנגדת להתנהלות הממשל, ובין המצדדים בחפותו של בייליס היה גם עורכו האנטישמי, וסילי שולגין , שתקף בחריפות את השלטונות.
ערב פתיחת המשפט פרץ גל מחאות. ביום השני של ראש השנה נאמרו בכל בתי הכנסת של רוסיה תפילות לשלומו של בייליס ומספר קהילות אף הכריזו על יום צום נוסף למחרת יום הכיפורים. פועלים יהודים במספר ערים הכריזו על שביתות וגם ציבורים לא יהודיים השתתפו במחאה: מעל 20,000 פועלים שבתו בסנקט פטרסבורג וביום פתיחת המשפט החליטו נהגי החשמליות בקייב לתרום רבע משכרם היומי לסיוע למשפחתו של בייליס.

פתיחת המשפט
ממוזער|שמאל|250px|מנחם מנדל בייליס
ב-25 בספטמבר 1913, ז' בתשרי תרע"ד, נפתח המשפט. בשעה 9:40 הובא מנדל בייליס לבית המשפט בקרון אסירים, לבוש בבגדים אזרחיים. בתוך האולם נדחק קהל רב וגם מחוצה לו ביקשו המונים להיכנס לבניין. ברחובות העיר קייב הסתובבו אנשי "ברית העם הרוסי" וחוליות משטרה סיירו גם הן, כדי למנוע הפגנות ותעמולה. מספר חוליות משטרה שמרו על בית המשפט עצמו ובחצרות הבתים הסמוכים לו הוצבו שתי פלוגות צבא. בזיכרונותיו כתב בייליס:
.
ביום פתיחת המשפט נכתב במאמר הראשי בעיתון "הצפירה": "איש יהודי אחד – ואתו כל עם ישראל ותורתו, כל בן ישראל החי אתנו היום ואשר חי, מימות משה ועד היום הזה, ניצבים היום לדין בקייב... לא נפיל את רוחנו בקרבנו... לא אך רוצחים, אבל גם מעלילי עלילות נתעבות לא נמצאו מעולם בקרבנו!".

ביום הראשון של המשפט הושבעו העדים ונבחר חבר המושבעים.
12 המושבעים כללו שמונה איכרים חסרי השכלה כלשהי, שלושה פקידים ובעל אחוזה קטנה. זקן המושבעים היה הפקיד הגבוה מבין השלושה ובעל השכלה של בית ספר יסודי בלבד. בזיכרונותיו, כתב בייליס על התרשמותו מהם בהופעתם הראשונה בבית המשפט: "בראותי את הפרצופים של 12 המושבעים ה'מוז'יקים' (איכרים פשוטים), שבידיהם הופקד גורלי... חשבתי בלבי, שאפסה כל תקווה!... שהרי מדובר ביהודים, שהשנאה כלפיהם נפוצה בקרב ההמון הפשוט". בוועדת החקירה ב-1917, נתברר מתוך מסמכים סודיים שנתגלו, כי טרם בחירת חבר המושבעים, עקבה חוליה של שירות הביטחון אחרי המועמדים ובלשיה דובבו אותם לגבי נטייתם להאמין בקיומו של פולחן הכולל שימוש בדם נוצרי. עם פתיחת המשפט צורפו לשמשים של בית המשפט שני שוטרים מוסווים כשמשים, שתפקידם היה לצותת לשיחות המושבעים ולדווח עליהן, כדי שהתביעה תוכל להתאים את פעולתה בהתאם להלך הרוח שלהם.

ביום השני הקריא השופט ויגורה במשך שעתיים וחצי את כתב האישום:
.
בייליס כפר באשמה, וסנגוריו ביקשו וקיבלו את הרשות לקיים עמו, לראשונה, שיחות ביחידות.

העדויות
למשפט הוזמנו כמאתיים עדים. ב-20 ימי הדיונים הראשונים נשמעו העדים הרגילים ורק לאחר מכן נשמעו העדים המומחים.

הזוג שאכובסקי ואנה "הלביאה"
ממוזער|שמאל|150px|קזימיר שאכובסקי
העדים הראשונים היו קזימיר ויוליאנה שאכובסקי ושניהם חזרו בהם במשפט מעדותם בפני השופט החוקר. קזימיר הודה עתה כי ז'ניה צ'בריאק לא סיפר לו שהאיש שגירש אותם היה "אדם בעל זקן שחור" והודיע כי גם הוא עצמו וגם ז'ניה הכירו את בייליס באופן אישי. הוא סיפר שנאלץ להעיד שבייליס חטף את יושצ'ינסקי תחת איומים ומכות מצד אנשים שסירב לזהות וגם תחת לחץ אנשי הבולשת. כמו כן, הכחיש שאמר לסנדלר נקוניצ'קני שבכוונתו להתנקם בבייליס. יוליאנה טענה במשפט כי אינה זוכרת כלל את תוכן שיחתה עם אנה "וולקיוונה" ולבסוף סיפרה כי אנשי הבולשת הדריכו אותה להעיד כי בייליס סחב את אנדריי. גם הנער קליוז'ני, שהיה עוזרו של שאכובסקי בעבודתו, התכחש עתה לעדותו בפני השופט החוקר, על פיה שמע את שיחתן של השתיים, וטען עתה כי וולקיוונה לא אמרה דבר על בייליס. הוא סיפר שאיש הבולשת הדריך אותו להצהיר זאת בפני השופט החוקר אך הוא כלל לא אמר לו את הדברים. אנה "וולקיוונה", שבעדותה לשופט החוקר סיפרה שראתה את בייליס סוחב את אנדריי למשרפת בית החרושת, לא זיהתה אותו בבית המשפט. לשאלת הקטגור אם היא מכירה את האדם היושב בתא הנאשמים, השיבה: "מניין לי להכיר אותו? הוא דומה ליהודי". לאחר מכן הכחישה בכלל שאמרה בעדותה הקודמת כי ראתה אותו סוחב את אנדריי וטענה כי יוליאנה שיקרה בדבריה. במהלך עימות פנים אל פנים, פרץ בין השתיים ויכוח שכלל צעקות וגידופים. באותו יום מסר כתב הטיימס של לונדון טלגרף לעיתונו: "בנסיבות אלו, אין זה סביר שהממשל ירשה להמשיך בהליכי המשפט המבחיל הזה!". אלא שעל אף התכחשותה של וולקיוונה לעדותה הקודמת, השתמש בה הקטגור בנאום הסיכום שלו וטען כי בבית המשפט כפו עליה לשנות אותה.

גולובב, קראסובסקי ופולישצ'וק
הסטודנט גולובב העיד כי ז'ניה סיפר לו שבבוקר 12 במרץ, הגיע לביתו אנדריי, השניים יצאו לטייל, קנו אבק שרפה בחנות וחזרו לביתו. לאחר מכן עזב אנדריי את הבית והשאיר שם את מעילו. גם החוקר קראסובסקי העיד כי שמע מז'ניה שהוא וחברו אהבו לשחק באבק שרפה, ואכן, בחיפוש שנערך בבית צ'בריאק נמצאה קופסה מלאה באבק שרפה. עוד סיפר קראסובסקי, כי מאחר שהתעקשות הוריו של ז'ניה להוציאו מבית החולים בזמן שהיה בסכנת חיים נראתה בעיניו חשודה, הטיל על בלשי המשטרה ויגראנוב ופולישצ'וק להישאר ליד מיטתו בביתו במשך כל שעות היממה. שני הבלשים נשארו שם עד מותו. לשאלתו של הסנגור גרוזנברג, אישר פולישצ'וק כי ורה צ'בריאק אמרה לבנה "ספר להם ילדי, כי לאמך אין כל חלק בכל העניין הזה", וסיפר עוד כי ממש ברגעי חייו האחרונים ביקש ז'ניה ללחוש משהו באוזני הכומר ששהה לצדו, כאילו רצה לספר משהו, אולם אמו, שהבחינה בכך, הסתערה עליו בנשיקות על פיו, עד שנפטר. פולישצ'וק אמר כי לדעתו ידע ז'ניה מי הרוצח, אולם ציוו עליו שלא יספר. לשאלת התובע שמאקוב, מאיזו סיבה מת ז'ניה, השיב פולישצ'וק, כי לדעתו הוא מת מהעוגיות שנתן לו קראסובסקי.

עדויות הילדים
ממוזער|שמאל|200px|בייליס ופייבל שניאורסון
העדויות של ז'ניה צ'בריאק עצמו הוקראו בבית המשפט כפי שנגבו מפיו. בהצהרתו הראשונה סיפר כי אנדריי הגיע אליו בצהריים, אך יצא משם לטייל לבדו. בהצהרתו השנייה סיפר כי אנדריי הגיע אל ביתו, יצא משם לחפש אבק שרפה ואז חזר, וכי באותו ערב שמע מתיאודור ניז'ינסקי, אחד מאנשי חבורתה של אמו, שהיה שיכור ומלוכלך בטיט, כי "אנדריושה איננו עוד בחיים", וסיפר על כך לאמו. בהצהרתו השלישית טען כי ב-12 במרץ אנדריי כלל לא הגיע אליו וכי הם לא נכנסו מעולם לאותה מערה שבה נמצאה גופתו. אביו של ז'ניה, וסילי צ'בריאק, חזר על העדות שמסר לשופט החוקר, אך הוסיף כי מספר ימים לאחר ששמע מז'ניה על כך שבייליס תפס את אנדריי, שמע ממנו עוד כי יחד עם בייליס רדפו אחר הילדים גם שני יהודים ב"תלבושת בלתי רגילה", כזו שנוהגים ללבוש יהודים מתפללים. לשאלת גרוזנברג, מדוע רק עכשיו נזכר לספר על "שני הרבנים", השיב כי בזמן עדותו בפני השופט החוקר, נמצא היה במתח רב עקב מות ילדיו ולכן לא זכר היטב את פרטי הסיפור של בנו.

בפני בית הדין הופיעו תשעה ילדים בתור עדים, ובהם גם לודמילה צ'בריאק בת ה-10, שחזרה באופן רהוט על עדותה בחקירה, אולם הפעם טענה כי גם על עצם סחיבתו של אנדריי על ידי בייליס שמעה מפי אחותה הקטנה. לודמילה נשאלה אם תוכל לזהות את "שני היהודים" שהיו יחד עם בייליס והיא השיבה בחיוב. הקטגור ביקש מפייבל שניאורסון, שבחקירה המוקדמת נקשר כביכול לרצח, להתקרב אל העדה. לשאלתו אם היה שניאורסון בין האנשים שגירשו את הילדים מהחצר, השיבה כי איננה זוכרת. לדוכן העדים הועלתה הילדה יבדוקיה נקונייצ'נאיה, שעל פי עדותה של לודמילה, הייתה בין הילדים ששיחקו עמה בחצר בית החרושת. הילדה אישרה שהם שיחקו שם באותו בוקר, אולם הכחישה את הסיפור שבייליס גירש אותם, וכאשר לודמילה חזרה על טענתה כי בייליס אכן גירש אותם, הגיבה נקונייצ'נאיה בקול רם: "קודם תזכרי טוב, ואחר־כך תשקרי!". לודמילה פרצה בבכי ואמרה כי היא מפחדת, משום שהחוקר פולישצ'וק איים עליה שלא תחייה זמן רב אם תדבר נגד בייליס. השניים עומתו, לודמילה דבקה בטענתה ואילו פולישצ'וק הכחיש את ההאשמה. הסנדלר מיכאיל נקונייצ'ני, אביה של יבדוקיה, העיד כי בתו לא סיפרה לו על כך שאנדריי נחטף על ידי בייליס וטען: "אילו בייליס היה אמנם חוטף את יושצ'ינסקי, היו יודעים על כך, תוך שעה, בכל השכונה". עדותו של הסנדלר צוינה בעיתונות כמכרעת לזכותו של בייליס. הילדה יבגניה וולושצ'נקו סיפרה כי ז'ניה אמנם אמר לה שהם שיחקו בחצר בית החרושת, אך לא אמר לה שהם גורשו משם. אחותה הקטנה סיפרה שלפעמים היו מגרשים אותם משם, אולם בייליס עצמו לא גירש אותם מעולם.
בחצר בית החרושת עמדה בזמן המשפט גדר בגובה שני מטרים לפחות, ומספר עדים העידו כי היא הוקמה עוד בשנת 1910, ומאז לא יכלו ולא נכנסו ילדים לחצר.

מכתבי בייליס לאשתו מבית הסוהר
ממוזער|שמאל|180px|בייליס בבגדי אסיר.
במהלך המשפט, הוקרא פתק שכתב בייליס לאשתו מהכלא: "אשתי היקרה... מה נשמע בעולם החופשי? עד מתי אסבול על לא חמס בכפי? האם משתדל מישהו לטובתי, או לא?". פתק זה הגיע אל אשתו וגם תשובתה הוקראה: "אישי היקר לי... אל תדאג, יתן ה', ואתה תצא לחופשי. ה' יודע את האמת, שאתה חף מפשע... היה שלום. אשתך, אסתר". קודם לכן הוקרא גם פתק שני שכתב לה, ב-22 בנובמבר 1911:
"אשתי היקרה! האיש שימסור את הפתק הזה היה כלוא יחד אתי בבית־הסוהר... אלמלא הוא, הייתי אבוד בבית־הסוהר... ספרי לו, מי עוד עומד להעיד עלי עדות שקר?... מדוע אין איש משתדל עבורי?... זה חמישה חודשים שאני סובל בבית־הסוהר. ידוע לכל, כי אני חף מפשע... אני מרגיש כי לא אחזיק מעמד באם יהיה עלי להישאר עוד זמן רב במאסר. אם האיש הזה יבקש כסף – תני לו להוצאות שתהיינה דרושות לו. האם משתדלים לשחררני בערבות? השונאים שלי, המעידים עלי עדות־שקר, נוקמים בי, משום שלא הרשיתי להם לגנוב עצים מבית החרושת ולעבור דרך חצר בית החרושת...".
תוכן הפתק הזה היה כלול בעדותו של האסיר קזצ'נקו, שמסר אותו לשופט החוקר וטען כי בייליס הבטיח לו תשלום עבור הרעלת עדים. קזצ'נקו ריצה עונש מאסר בסיביר על מעשה שוד ולא הופיע במשפט. הסנגוריה לא ידעה שהוא הודה בפני איוואנוב כי בדה את הסיפור ודרשה להביאו להעיד, אולם בית הדין לא נענה לדרישה והעדות שמסר בחקירה הוקראה מן הכתב. הפתק נכתב בכתב־ידו של אסיר אחר, אולם היה חתום על ידי בייליס, שגם הוסיף לו הערה: "אני, מנדל בייליס, מעיד כי אין לפחד מפני האיש הזה, וכי אפשר לסמוך עליו כמו על עצמי". בייליס עצמו נקרא להעיד והכחיש בתוקף את כל התוספת הבדויה בעל פה של קזצ'נקו באשר להרעלת עדים. עדותו של פוכאלסקי, האסיר שכתב עבור בייליס את הפתק, הוקראה בהיעדרו מן הכתב. הוא העיד כי מעולם לא שמע ממנו דבר בנוגע להרעלת עדים. גם האסיר קוצ'ראבי, שהובא מבית הסוהר, העיד כי בייליס לא ביקש מקזצ'נקו להרעיל עדים. מפקח בית הסוהר, קרופסקי, הצהיר כי קזצ'נקו היה משוּכּן בבית הסוהר בחדר מיוחד שנועד להשתלת אסירים מדובבים. סינאייב, פועל לשעבר בבית החרושת של זייצב, העיד כי פגש את קזצ'נקו לאחר שיצא מבית הסוהר וזה התפאר בפניו: "אני אביא עלילה (בוּנט) על היהודים".

ורה צ'בריאק
ממוזער|שמאל|180px|ורה צ'בריאק
ביום השמיני למשפט הופיעה בערב בבית הדין ורה צ'בריאק. שם משפחתה היה ידוע בעיתונות העולמית כבר מהימים הראשונים שלאחר הרצח. צ'בריאק הייתה רהוטה בעדותה וידעה לספר פרטים מדויקים על תקופת שכנותה עם משפחת יושצ'ינסקי, אולם כאשר נדרשה להתייחס לנקודות בעלות השלכה על החשדות נגדה, לא זכרה פרטים חשובים ועדותה כללה סתירות רבות. במהלך עדותה שינתה את גרסתה לגבי מספר דברים: בתחילה סיפרה שלא ראתה את אנדריי מיום שמשפחתו עזבה את שכונתה, אך לבסוף הודתה שראתה אותו גם סמוך ליום היעלמותו; תחילה הכחישה שהוא שהה בביתה באותו יום, אך לבסוף הודתה שהיה בביתה ושהשאיר בו את מעילו. בעקבות שינויי הגרסאות הללו, אמר לה אב בית הדין: "גברת, תיטיבי לעשות אם תגידי את האמת!". במהלך עדותה, חשף הפרקליט גרוזנברג את העובדה שצ'בריאק נידונה בעבר לשמונה חודשי מאסר על מעשה זיוף, ומלבד זאת, את העובדה שהיא עוסקת בביצוע הפלות מלאכותיות.

צ'בריאק גוללה בעדותה את גרסתה על הפגישה בחרקוב. לדבריה, "האדם החשוב" שהעיתונאי בראזול-ברושקובסקי הבטיח שיסייע לה, הוצג לה כציר ב"דומה" ודרש ממנה לחתום על מסמך שבו תקבל על עצמה את האשמה ברצח. בשלב זה הצטרפו לפגישה שני אנשים נוספים, שהבטיחו להעניק לה 40,000 רובל ולהכין לה דרכון שבאמצעותו תיסע אל מחוץ לרוסיה, ואם תיעצר, יגנו עליה "הפרקליטים הטובים ביותר". לדבריה, על אף לחציו של ברושקובסקי, היא סירבה להצעה. ברושקובסקי ומרגולין חזרו בעדויותיהם על הגרסה שמסרו בחקירה והכחישו שהציעו לה שוחד. בהתייחס להתערבותם של העיתונאי ועורך הדין בחקירת הרצח, גינתה הקטגוריה את יוזמותיהם של "חוקרים עצמאיים" בפרשה. על כך מחה הפרקליט (הלא יהודי) זארודני: "מדוע אסור ליהודים, מה שהיה מותר לגורמים לא־יהודיים רבים כל־כך, שחקרו והתערבו וניסו לכוון ולהשפיע בכיוון הרצוי להם?". אף על פי כן, עצם השתתפותו של מרגולין בפגישה עם אשה מהעולם התחתון, סיפק חומר להסתה האנטישמית.
ברושקובסקי העיד כי בזמן החקירה, כמעט כל גורמי המשטרה שטיפלו בפרשה היו משוכנעים כי צ'בריאק היא הרוצחת. הוא ציטט דברים שנאמרו לו על ידי כמה מהם וגם על ידי סגן הפרקליט המחוזי בקייב, לשקארב. הצהרותיו אלו עשו רושם ניכר על בית הדין וגרמו מבוכה לקטגוריה.

השופט החוקר פננקו העיד כי היה משוכנע שאין מספיק ראיות כדי להאשים את בייליס ולכן סירב להוציא נגדו צו מעצר. חוקר המשטרה מישצ'וק, שפוטר ועמד לדין על זיוף הוכחות, נשללו ממנו זכויותיו האזרחיות ולכן לא הופיע אישית במשפט ורק עדותו נקראה.
החוקר קראסובסקי סיפר את מה שנתברר לו במהלך חקירתו את הפרשה: כאשר רץ ז'ניה צ'בריאק אל ביתו וסיפר על איומיו של אנדריי יושצ'ינסקי שיספר על הדברים הגנובים שראה בבית צ'בריאק, נמצאו שם כמה אנשים מחבורתה של ורה. היה זה בדיוק בזמן שהחלו חיפושים בבית, ב-9 במרץ 1911, במהלכם נמצאו חפצים גנובים ומספר רב של כדורי רובה. לטענת קראסובסקי, צ'בריאק הגיעה למסקנה כי החיפוש בוצע בעקבות הלשנה של אנדריי ולכן יש להניח כי היא הורתה לבנה להביאו אל ביתם כדי לרצוח אותו. קראסובסקי הציג מכתב שנכתב ב-21 במרץ 1911, יום לאחר מציאת הגופה, ונשלח לאמו של אנדריי על ידי אדם שחתם בשם "נוצרי". הכותב רמז על כך ש"הרצח נעשה על ידי יהודים" ומנה את מספר הפצעים שנעשו בגופו של הקורבן, עוד לפני שנערכה נתיחת הגופה הראשונה. מכתב דומה נשלח גם לתובע הכללי וקראסובסקי טען כי שניהם נשלחו על ידי חבורתה של צ'בריאק, במטרה לשבש את החקירה. קראסובסקי סיפר כי על בגדיו של אנדריי נמצאו עקבות ערדליים שונים מערדליו של בייליס, וכי הטיט שנדבק בבגדיו אינו הטיט של הכבשן של בית החרושת ללבנים. הוא גם הצביע על כך שכל המרצעים שנמצאו בבית צ'בריאק בחיפוש הראשון, נעלמו לאחר מכן. קראסובסקי הצהיר כי על סמך כל הידוע לו, הנער נרצח בדירתה של צ'בריאק על ידי כנופיית הפושעים שלה ובסיועה. בסיום עדותו, ציין כי את תוצאות חקירתו זו הגיש לשלטונות ב-17 ביוני וכבר למחרת נעצר בעצמו בחשד ל"מעילה". עדויותיהם של ברושקובסקי וקראסובסקי הביאו למפנה בפרשת עלילת הדם. הן הותירו את רישומן בדעת הקהל ואפילו בעיתונות האנטישמית נשמעה נימה חדשה לגבי תוצאות המשפט וזהות הרוצחים.

מספר עדים העידו על אופייה של ורה צ'בריאק. בעל בית המרזח בשכונה, סיפר כי היא נוהגת לבקר בבית המרזח שלו בלוויתם של פושעים וטען כי היא "הכי נבזית בחבורת הנבלים שלה". קצין ההוצאה לפועל סיפר כי בביתה מבקרים פושעים באופן קבוע ובהם גם הפושעים הידועים לטישב וסינגאייבסקי. סטפן וסילייביץ', שכנה לחצר, נפטר בינתיים ועדותו הוקראה. לדבריו, היא הייתה "הרוח הרעה בחצר" והיא נהגה להכות את המאהב שלה, פאבל מיפלה. העד וישמירסקי, שהתגורר בשכונה והכיר אישית את בייליס, עורר מהומה כאשר סיפר כי נאמר לו על ידי ראביץ', שאשתו, שהייתה לה חנות מכולת בחצר הבית של צ'בריאק, נכנסה ביום היעלמו של אנדריי לביתה של ורה וראתה גווייה עטופה בשטיח, ושוורה ביקשה מהם לנסוע חוץ לארץ ומימנה את כרטיס הנסיעה לאמריקה. לשאלה מדוע לא סיפר על כך לשופט החוקר, השיב כי לא התעניין בנושא וממילא כולם ידעו מי הם הרוצחים. הנער זרוצקי, בן 11, סיפר כי ביום הראשון של המשפט, ביקשה ממנו ורה שיעיד כי שיחק עם ז'ניה ואנדריי בחצר זייצב וכי בייליס תפס את אנדריי. הנער סיפר כי שיחק איתם רק שבוע לפני הרצח ומעולם לא ראה את בייליס. הכומר סינקאייביץ' אישר את הסיפור על שעת מותו של ז'ניה: הנער קרא לו, אך נשתתק לאחר שאמו רמזה לו שלא לדבר. האחיות דיאקונובה חזרו על דבריהן בחקירה, אולם בעימות עם צ'בריאק, הכחישה האחרונה שיקתרינה ביקרה אצלה לפני 20 במרץ.

סינגאייבסקי ורודזינסקי
הסטודנט מאכאלין סיפר בעדותו על הודאתו של סינגאייבסקי ברצח בפני חברו, הסטודנט קאראייב, ועל חשדו של סינגאייבסקי כי האחיות דיאקונובה הן אלו שהלשינו, משום שבעת ביקור הפתע שלהן בבית צ'בריאק, הן ראו את הגווייה העטופה במעיל. קאראייב עצמו לא הופיע במשפט, משום שמספר ימים לאחר שנודע על פעילותו בפרשה, הוא נעצר ובינואר 1913 הוגלה לסיביר. בוועדת החקירה של 1917, אישר סטפן בלצקי , ראש אגף המשטרה במשרד הפנים, כי ניתנה הוראה למנוע את עדותו במשפט. אי לכך, הוקראה עדותו משלב החקירה. סינגאייבסקי עצמו, שישב בכלא על גנבות, העיד במדי אסיר. הוא הודה בפריצה לחנות במרכז העיר, יחד עם שותפיו, ב-12 במרץ בלילה, אך הכחיש את ביצוע הרצח באותו בוקר והכחיש כי הודה ברצח בפני מאכאלין וקאראייב. שותפו לפשע, רודזינסקי, הובא מסיביר, שם ריצה עונש על שוד מזוין, וחזר על ה"אליבי" שהוצג כבר על ידי סינגאייבסקי: בבוקר הרצח הם ערכו בדיקה ותצפית בסביבת החנות במרכז העיר, לקראת הפריצה באותו לילה. הוא אף טען כי לא הכיר את ורה צ'בריאק עד שראה אותה בחקירה וכי מעולם לא ביקר בביתה. בעל מספרה בשם שוואצ'קו העיד כי בעת ששהה במעצר ביולי 1911, שמע שיחת-לחש לילית, בה נשאל רודזינסקי "מה בדבר ה'ממזר'?" (אנדריי נולד מחוץ לנישואין), וזה השיב: "סידרנו אותו סופית". רודזינסקי הכחיש את קיומה של השיחה. ב-1917 נתגלה מכתב של אסיר בשם סוסלוב, שהיה מיועד לסנגור גרוזנברג אך מעולם לא הגיע לידיו, שבו סיפר כי כאשר קיבל רודזינסקי בתאו את ההזמנה להעיד במשפט בייליס, פלט בכעס: "ורה הארורה הזאת! היא גילתה הכל!". השותף השלישי בחבורה, לטישב, התאבד בקפיצה מהחלון כאשר היה אמור לחתום על עדותו בפני פננקו.

שאלת הרצח הפולחני
עוד ביום הראשון לשמיעת העדים, העיד הכומר מוֹצ'וּגוֹבסקי כי כבר ביום קבורתו של אנדריי, חולקו כרוזים רבים שאמרו: "נוצרים פראבוסלאבים! הז'ידים עינו את יושצ'ינסקי! אל תסלחו להם את הדם הנקי השפוך של ילד נוצרי! הכו ביהודים וגרשו אותם!". במהלך המשפט ביקש הסנגור זארודני שלוש פעמים לדון בשאלת כרוזי ההסתה האנטישמיים, אולם התביעה התנגדה, ורק כאשר ראש הז'נדרמריה, איוואנוב, אישר כי אכן הכרוזים הללו הופצו בזמן הלוויה, החליט בית הדין לצרף את הכרוז שהובא כמוצג לתיק המשפט ולעיין בו בדלתיים סגורות.

על פי כתב האישום, קבע הכומר פראנייטיס כי "השימוש בדם נוצרים הוא סוד כמוס מאד, שאינו ידוע לכל יהודי, כי אם רק לרבנים, ללומדים ולפרושים; המתת אדם נוצרי למטרה זו נעשית על פי אופן הקבוע בקבלה". על פי נוסח כתב האישום, אחת המטרות בשימוש היהודים בדם נוצרים היא "ללוש בו את עיסתם של מצותיהם לחג הפסח". הסטודנט גולובב אמר בעדותו במשפט, כי כאשר נודע לו שבייליס היה מטפל עבור זייצב, בעליו המנוח של בית החרושת, בהובלת המצות לפסח, הבין כי לרצח יש אופי פולחני. התובע שמאקוב שאל אותו אם שמע על "צדיקים" ו"רבנים", וגולובב השיב כי נאמר לו שבייליס בעצמו הוא "צדיק". תשובה זו גרמה גם לבייליס עצמו לפרוץ בצחוק. אהרון בייליס, אחיו של הנאשם, הסביר בעדותו כי מנדל בייליס היה נוסע מדי שנה לאחוזתו של זייצב, כדי להשגיח שם על אפיית המצות, לצדו של הרב משגיח הכשרות. הוא היה מביא לשם את הקמח ולאחר האפייה היה מחלק את המצות בין מקורביו של זייצב. הסנגור גרוזנברג הדגיש כי בייליס היה עושה זאת רק בזמן שזייצב היה חי, כלומר עד 1907, ומשרתו של זייצב ובנו אישרו כי מאז שנה זו לא נאפו יותר מצות והן נקנו מוכנות.

ביום ה-20 למשפט והאחרון לשמיעת העדים, נקראו בבית המשפט הפרוטוקולים של תוצאות הבדיקות שנערכו בזמן החקירה המוקדמת. בעקבות הימצאותם של כתמי זרע גברי על בגדיו של אנדריי, נערכה בדיקה ונמצאו כתמי זרע גם על קירות דירתה של ורה צ'בריאק. על תחתוניו של אנדריי נמצאו שערות, אולם הן היו שונות משערותיו של בייליס. בהזדמנות זו, הביע גרוזנברג תמיהה מדוע צריך היה לשם כך לגלח את כל שערות ראשו וזקנו של בייליס.

העדים המומחים
שמאל|ממוזער|150px|תרשים 47 הפצעים בגופו של יושצ'ינסקי (נעשה על ידי פרופסור אובלונסקי).
הקטגוריה טענה כי ריבוי הפציעות והדקירות בגופו של אנדריי יושצ'ינסקי מעיד על כך שכוונת הרצח הייתה להקיז דם רב ככל האפשר, וזו מצביעה על אופיו הפולחני-דתי של הפשע. הפרופסור קוסורוטוב הופיע מטעם הקטגוריה כעד מומחה, ואילו מצד הסנגוריה הופיעו כעדים מומחים בנושאי פתולוגיה הפרופסורים יבגני פאבלוב  ובדיאן. בית המשפט הציג למומחים 23 שאלות. הם קיימו התייעצות וכעבור 9 שעות הגישו סיכום, שבו הסכימו ביניהם על 12 תשובות, ובהן: הרצח בוצע ככל הנראה על ידי שני אנשים לפחות; ביצוע הרצח אינו מוכיח כי יש להם ידיעה כלשהי באנטומיה; הרצח לא בוצע במערה; הוא ככל הנראה בוצע במקום שיש בו הרבה טיט. בניגוד לקוסורוטוב, שטען כי אין ספק שכוונת הרוצחים הייתה הקזת-דם, טען פאבלוב כי אין סימנים לכך.

הפרופסורים סיקורסקי, ולדימיר בכטרב וקרפינסקי הוזמנו כעדים מומחים לפסיכיאטריה. גם הם קיימו התייעצות משותפת, אך לא הסכימו לגבי אף אחת משמונה השאלות שהציג להם בית המשפט, ולכן הופיע סיקורסקי בנפרד מהשניים האחרים, שהסכימו ביניהם. סיקורסקי טען כי הרצח הזה שייך לסוג רציחות שמטרתן הקזת-דם מגופות של ילדים, ויש לו סימנים ברורים: הוא מבוצע בדרך כלל בחודשים מרץ–אפריל, באמצעות דקירות עמוקות שמספרן בדרך כלל הוא 7 או כפולותיו, והגווייה מושארת גלויה ולא קבורה. לדבריו, רציחות כאלו מתרחשות רק במקומות בעלי אוכלוסייה מעורבת של יהודים ונוצרים, אך מעולם לא קרה שהקורבן היה נער יהודי, אלא רק ילדים נוצרים, ומכאן שמי שמבצע את הרציחות היא כת של קנאים דתיים מבין היהודים, והדבר כבר הוכח במשפט סראטוב ב-1853. הוא טען כי אין יהודים שמתנגדים לרציחות כאלו, וכאשר חושדים בהם כשנרצח ילד נוצרי, הם "פותחים מיד במסע־תעמולה אדיר, שבו משתתפים כל יהודי העולם". הסופר ולדימיר קורולנקו, שסיקר את המשפט, כתב כי עדותו של סיקורסקי היא "אוסף של דברי הבל ואמונות טפלות, שאין להם כל דמיון לחוות־דעת מדעית". בכטרב טען כי בספרות המדעית הפסיכיאטרית אין כלל חומר על רציחות דתיות וציין כי עדויותיהם של הארכימנדריט אמוורוסי ושל הכומר פראנייטיס סותרות זו את זו ואת הממצאים ברצח הנידון: הראשון טען כי על פי המנהג היהודי, מספר הפצעים צריך להיות 45, ואילו השני טען כי המספר הוא 1+12 ("אחד" בגימטריה), בזמן שמספר הפצעים במקרה הרצח הזה שונה משניהם; האחרון טען גם כי מכשיר הרצח חייב להיות סכין ואילו במקרה הזה נעשה שימוש במרצע. למחרת עדויות המומחים, כתב העיתון הימני "קייבליאנין": "גרסת הרצח הדתי בטלה... כל המשפט הזה הוא שגיאה גדולה".

התביעה הזמינה גם שני "עדי ראייה" לפולחן הדתי. הארכימנדריט ארטונום טען כי היה יהודי עד גיל 10, בילדותו הזהירוהו כי היהודים "רוצחים ילדים נוצרים" וברשותו חומר ארכיוני על ילדים כאלה עוד מהמאה ה-18. הסנגור גרוזנברג הצטרף לבקשת הקטגוריה לצרף את התעודות הללו לתיק המשפט והסביר: "אין לנו מה להסתיר... הדת היהודית, צרופה כזהב, עומדת בפני השמש". אלא שבית הדין דחה את הבקשה. עדותו של הארכימנדריט אמוורוסי הוקראה. לדבריו, אצל היהודים, ובמיוחד אצל ה"חסידים", יש מנהג שבו מוהלים דם נערים נוצרים באפיית המצות והוא מסמל את הרעיון שהגויים הם עבדיהם. זאת הוא שמע משני נזירים, יהודים מומרים: דונאט, שכבר נפטר, וארטונום.

לפני שהחלה שמיעת העדים המומחים לענייני דת, נערכה ישיבה סגורה, בה שמע חבר המושבעים את קריאתו של דו"ח "הוועדה המיוחדת לחקירת כת־החסידים" (תנועת החסידות) משנת 1858, הכולל מקורות שטענו כי יסודותיה העיקריים של ה"כת" הזו הם שנאה וביזוי הנוצרים. אלא שמסקנותיה של ועדה זו, בהן הוכחשו ההאשמות כלפי החסידים, לא הוקראו.

להבהרת הסוגיות הדתיות, הוזמנו עדים מומחים ממוסדות ההשכלה הממלכתיים ברוסיה ומקרב הקהילה היהודית, להם הוצגו 29 שאלות. הם נתבקשו לחוות דעתם בנפרד ונאסר עליהם לקיים התייעצויות משותפות. הכומר פראנייטיס טען כי לאחר חורבן בית המקדש השני פסקה הקרבת הקורבנות, אולם היהודים המשיכו עם קרבנות אדם – נוצרים. הרב מזא"ה נשא נאום מלומד, במהלכו ציטט מפרק י"ז בספר ויקרא ("כָּל נֶפֶשׁ מִכֶּם לֹא תֹאכַל דָּם" וכו'). פרופסור איוואן טרואיצקי , מהאקדמיה הפראבוסלאבית־רוחנית בפטרסבורג, העיד כי גם על פי התלמוד, השימוש בדם אסור. פראנייטיס נתבקש לציין מראי מקום לטענותיו במקורות היהודיים, אך טען כי הם אינם בידיו והוא אינו זוכר בעל פה. התובע זמיסלובסקי חש לסייע לו וטען: "בהוצאות מאוחרות יותר של התלמוד מחקו היהודים את המקומות האלה או 'תיקנו' אותם. כל הספרים, המכילים סודות מסוכנים ליהודים נעלמו מן הספריות בעולם!".
טרואיצקי אמר כי את ה"מאמרים" שניאופיט ציטט כביכול מהתלמוד, הוא בדה מלבו. פרופסור טיכומירוב, מ"המוסד ההיסטורי-פילולוגי" בנואז'ין, אמר כי האשמת היהודים ברצח דתי הייתה אחת התופעות המשונות שאפיינו את ימי הביניים, כמו המשפטים נגד בעלי חיים ומכשפות, וכי במקרים בהם נאשמים הודו בפשע זה – הודאתם נסחטה מהם בעינויים אכזריים. הסנגוריה פנתה לוותיקן, בבקשה לקבל עותקים של אנציקליקות של אפיפיורים מתקופות שונות, המוכיחות כי ראשי הדת הנוצרית שללו את האשמת היהודים ברצח פולחני-דתי, אולם אלה לא נתקבלו בבית הדין לפני סיום המשפט. עם גילוי התיקים הסודיים של משרד החוץ ב-1917, נתברר כי שגריר רוסיה בוותיקן עיכב את מתן אישורו עליהם כדי שיוכלו לשמש כמסמך משפטי. על המכתב לשר החוץ, בו הודיע השגריר על העיכוב, הופיעה גם הערה בכתב של הצאר עצמו, מה שמצביע על כך שייתכן והדבר נעשה בהסכמתו.
בתום עדויות המומחים, עלה הכומר פראנייטיס לחקירה נוספת על דוכן העדים, אלא שבשלב זה הוא נקלע לרצף שאלות מצד התובע שמאקוב, שעליהן השיב "אינני יודע" או "אינני זוכר". הקטגור ניסה לסייע לעד הנבוך בשאלות מדריכות, ובתגובה למחאת הסנגוריה על כך, אמר בנימה מתנצלת: "מה יכול אני לעשות אם 'העד־המומחה' אינו זוכר כלום?" – אמירה שעוררה צחוק באולם. מצב זה נמשך גם למחרת. הסנגור קרבצ'בסקי נענה להצעת העיתונאי בן-ציון כ"ץ, שכיסה את המשפט עבור העיתון "הזמן", ושאל את פראנייטיס: "הזכרת בחוות הדעת שלך את השם בבא בתרא?... מי הייתה אשה זו?" (בבא בתרא הוא החלק האחרון של מסכת נזיקין בתלמוד, אך "באבא" ברוסית היא "סבתא"). פראנייטיס השיב: "אינני יכול להיזכר מי הייתה אותה באבא בתרא". גם תשובה זו עוררה צחוק באולם, והוכיחה את בורותו של העֵד המומחה של הקטגוריה.

נאומי הסיכום
עם סיום עדויות המומחים, נישאו במשך חמישה ימים נאומי הסיכום של שלושת נציגי התביעה וחמשת נציגי ההגנה. לאחר סבב ראשון, שבו העלו את טענותיהם, נערך סבב קצר נוסף, בו העלו את השגות-הנגד שלהם.

הקטגור ויפר תקף את הציבור היהודי על כך שיצר למשפט תהודה עולמית, וטען כי גם הוא עצמו מרגיש "נתון תחת השפעה יהודית", למשל באמצעות העיתונות הרוסית, ש"נכבשה ממש על ידי היהודים". בהתאמה לכך, טען התובע שמאקוב: "במשפט זה אנו ניצבים מול היהדות העולמית, והיא בעלת אמצעים בלתי־מוגבלים". הסנגור קרבצ'בסקי הגיב להאשמת פרקליטי ההגנה הנוצרים כ"משרתי היהודים" והצהיר: "כן! אני משרת בעניין זה את היהודים, משום שהצדק איתם!". הפרקליט גרוזנברג השיב לטענה שהתלכדותו של הציבור היהודי להגנת בייליס מהווה מעין הוכחה לאשמתו: "מקום שמעלילים שם על כלל, על ציבור שלם, שם מתאחדים כל אנשי המצפון והמוסר, שכן מרגישים כולם, כי המכה שאומרים להנחית על איש אחד כביכול, מכוּונת לאמיתו של דבר נגד כולם... איך, איפוא, לא יפחדו היהודים מפני קלון כזה, העלול להוציאם מכלל החברה האנושית?".

ויפר וזמיסלובסקי האשימו את החוקרים מישצ'וק וקראסובסקי בהטייה מכוונת של החקירה ואת העיתונאים ברשצ'בסקי ובורשקובסקי בהמשכת ההטייה לאחר שהחוקרים הודחו. שמאקוב הוסיף כי הבולשת שיתפה פעולה בכך עם היהודים. כמו כן, טען כי הסטודנטים מאכאלין וקאראייב אינם אמינים, משום שקיבלו כסף רב עבור עבודתם. קרבצ'בסקי האשים בתגובה את השלטונות וטען כי הם אלה שהזניחו במכוון עובדות שונות שנתגלו בחקירה, שהצביעו על כוונת הרוצחים להטעות את החוקרים לעבר ההשערה בדבר רצח פולחני-דתי בידי יהודים. הוא הזהיר כי אם בית המשפט יקבע תקדים משפטי ויכיר רשמית בקיומו של "רצח דתי", הוא יביא לכך שרוצחים רבים ישתדלו מעתה לבצע את מעשי הרצח בצורה שתיראה כבעלת מטרה פולחנית.

ויפר אמר כי לדעת הקטגוריה הרצח בוצע באורוות הסוסים שבחצר בית החרושת, אלא שהמקום הסמוך לאורווה, בו נאסף טיט לבדיקה, סויד לפני שהגיע לשם קראסובסקי והאורווה עצמה נשרפה שלושה ימים לפני שהגיע אליה השופט החוקר, וכל זאת נעשה כדי למחוק את עקבות הרצח. דברים אלה נאמרו על אף שפועל בבית החרושת העיד כי השריפה פרצה רק באוקטובר 1911 (ארבעה חודשים לאחר מעצר בייליס) ועל אף שבמשפט שהתקיים לגבי השריפה, נקבע כי לא הייתה הצתה בזדון. גם חברת הביטוח אישרה זאת, אולם אב בית הדין סירב לפרסם את תעודת הביטוח. שמאקוב טען כי חצר בית החרושת של זייצב משמש "קן של חסידים" וכי הפועלים הרוסים העובדים בו, שהעידו במשפט, שוחדו על ידי היהודים. קרבצ'בסקי השיב כי כתב האישום קבע שהרצח בוצע במשרפת הלבנים והביע פליאה כיצד עבר פתאום ביצוע הרצח לאורווה. הוא טען כי האשמה חדשה זו הופכת את קודמותיה להשערות בלבד, והאשים את הקטגוריה בניסיון הטעייה: מיקום ביצוע הרצח באורווה, רק משום שהיא נשרפה לפני שנערך שם חיפוש. מאוחר יותר נתברר כי בחצר הבית של ורה צ'בריאק היה מחסן שרצפתו מטיט.

התובע זמיסלובסקי טען כי ורה צ'בריאק סימנה לבנה לשתוק, לא מתוך חשש שמא יקשור אותה לרצח, אלא שמא ילשינו היהודים מבית החרושת על פשעיה האחרים, כנקמה על עדותו של בנה.
הסנגור מקלאקוב ביטל את טענתה של ורה צ'בריאק, שהובטח לה שתזוכה במשפט אם תפליל את עצמה ברצח, ותהה כיצד אמור היה חבר המושבעים לזכות אותה אם הייתה מודה באשמה. גרוזנברג ציין כי על אף הודאתם של סינגאייבסקי ורודזינסקי בפריצה לחנות, שאמורה הייתה לספק להם אליבי, הוחלט להפסיק את החקירה נגדם בנימוק שהודאתם אינה אמינה. החלטה זו של המוסדות המשפטיים המוסמכים, ובהם התובע הכללי ובית הדין המחוזי, עמדה בסתירה לטענת האליבי של בא-כח התביעה, שהוא בעצמו חלק בלתי נפרד מאותה מערכת משפטית.

הסנגור גרוזנברג תיאר את השתלשלות מעשה הרצח, כפי ראותו: כשחזרו ז'ניה ואנדריי מטיול הבוקר שלהם לביתו של ז'ניה, נמצאו שם שלושת חבריה של אמו. הם התנפלו עליו בזעם על שאיים להלשין, חבטו בו ודקרו אותו במרצע שהיה בהישג ידם. אחת המכות הראשונות ניתכה על הקודקוד וגרמה לשטף דם חזק והנער איבד את הכרתו. כאשר החל לזוז, החלו לדקור אותו במרצע עד שמת. עם רדת החשיכה העבירו את גופתו למרתף או לרפת ומאוחר יותר בלילה העבירו אותה למערה. שמאקוב טען בתגובה, כי אילו רצתה החבורה לרצוח את הנער, הייתה מזמינה אותו אליה ולא ממתינה עד שיבקר, ומלבד זאת, "אדם רוסי" אינו מסוגל לדקור 47 פעמים את קורבנו. הוא טען כי ההפסקה שארכה בין 5 ל-7 דקות בין גרימת הפצעים הראשונים לאחרונים, נועדה לאיסוף הדם, וכי לצורך הקזתו, לא נזקקו הרוצחים ללימודי אנטומיה בבית ספר לרפואה, מכיוון שהם למדו זאת מהתלמוד בישיבה. אלא שלאחר מכן שינו זמיסלובסקי ושמאקוב את עמדתם והודו באפשרות השתתפותה של ורה צ'בריאק ברצח.

מחאות נגד עלילת הדם במהלך המשפט
המחנה הליברלי ברוסיה ועיתוניו התייצבו בגלוי נגד העלילה ונותרו עקביים בכך לאורך כל המשפט. מחנה זה כלל גם את הרוב המכריע של אנשי הרוח ואנשי המדע, ואת אגודת עורכי הדין ואיגוד הרופאים. במהלך המשפט התקיימו בערים הגדולות ברוסיה אסיפות מחאה נגד עלילת הדם, במפעלים, באוניברסיטאות ובחוגים פוליטיים שונים. אסיפות המוניות כאלו נערכו גם בווינה, בפריז, בלונדון ובלידס והשתתפו בהן נציגי הכנסייה, אנשי רוח ומדינאים. באספה המונית באנטוורפן, נאם מזכיר האינטרנציונל הסוציאליסטי, קמיל הויסמנס, והארגון עצמו שלח לכל המפלגות הקשורות בו חומר הסברה על המשפט. סיעת הלייבור בפרלמנט הבריטי ביקשה בפומבי משר החוץ, שיודיע לממשלת רוסיה כי המשפט גורם לעלבון לעם הבריטי. מספר בישופים חשובים באירופה גינו את עלילת הדם.
בארץ ישראל התייחס לפרשה באוקטובר 1913 העיתון הערבי היפואי "פלסטין" ודחה באופן חד-משמעי את האפשרות שעלילת הדם אמיתית.

אף על פי כן, ברוסיה נמשך במקביל מסע ההסתה כנגד היהודים. במהלך המשפט הטילו השלטונות עונשים על מספר עיתונים, בשל פרסום התקפות על רוקמי העלילה. שלושה עיתונים נסגרו והוטלו מעל 40 קנסות על עיתונים שונים.
באספה השנתית של עורכי הדין בסנקט פטרסבורג נתקבלה החלטה לשלוח ברכה לסנגוריה. הסופר ליאוניד אנדרייב  כתב מכתב עידוד לסנגור מקלאקוב. הסופר מיכאיל ארציבשב כתב: "האשמה שהוטלה על היהודים היא כה טיפשית, עד שחרפה היא אפילו לדבר אודותיה". הסופר אלכסנדר אמפיתיאטרוב  כתב: "פרשת בייליס אינה אלא סטירת־לחי מחרישת אזניים על פרצופה של הציביליזאציה הרוסית". ערב מתן פסק הדין, כתב הסופר ולדימיר קורולנקו: "ה'ריטואליסטים' סומכים על הכרתם ה'חשוכה' של המושבעים, בני־העם הפשוטים; אך נדמה לי, כי יטעו גם בחשבון זה".

פסק הדין
ממוזער|שמאל|250px|חבר המושבעים במשפט בייליס
בתום נאומי הסיכום של התביעה וההגנה, פנה בייליס, בהתאם לנוהל, אל חבר המושבעים: "חף מפשע אני! יש לי הרבה מה לומר כדי להוכיח את צדקתי, אבל עייף אני: אין לי כח לדבר... אני מבקש אתכם לזכות אותי כי אינני אשם. תנו לי את האפשרות לראות את אשתי ואת ילדי האומללים, שלא ראיתי אותם מזה שנתיים וחצי!". בית הדין היה אמור להציג בפני חבר המושבעים את השאלה אם הנאשם אשם או לא, ואלה, על פי החוק, אמורים להשיב על השאלה המוצגת רק "כן" או "לא". אלא שבעקבות דרישתו של התובע זמיסלובסקי, החליט אב בית הדין, בתום משא ומתן, להציג שתי שאלות נפרדות, שקיצורן:
 האם הוכח כי בבית החרושת ללבנים נרצח הנער אנדריי יושצ'ינסקי?
 באם הוכח כי זה אכן קרה, האם בייליס, בסיוע של אנשים נוספים שלא נתגלו, היה האיש שחטף ורצח אותו?
לפני צאתם של המושבעים להתיעצות, נשא אב בית הדין נאום סיכום מוטה מאוד לצד הקטגוריה. גרוזנברג ביקש שיתקן את נאומו ודרש להחזיר את המושבעים לאולם. אב בית הדין נענה תחילה לבקשה, אולם התביעה דרשה שלא להפסיק את התייעצות המושבעים, ובית המשפט החליט לדחות את בקשת הסנגוריה. חבר המושבעים יצא להתיעצות בשעה 17:30 וכעבור שעה וחצי חזר לאולם בית המשפט וזקן המושבעים השיב לשתי השאלות. על השאלה הראשונה השיב , ואילו על שאלה השנייה השיב . לאחר התייעצות קצרה, אמר אב בית הדין: . בתגובה לפסק הדין, פרץ בייליס בבכי. המשפט נמשך 34 ימים. ב-28 באוקטובר 1913 זוכה בייליס במשפט ושוחרר.

למחרת הזיכוי, התבטא בנושא הסופר הרוסי מקסים גורקי: "חג היום לרוסיה! ניצחה האמת!... פראי־אדם, מחללי כל־קודש, הוציאו דיבה נפשעת על העם היהודי... פסק־דין זה הוא מאורע גדול וחשוב, ויש להציב לו אנדרטת זיכרון לנצח". אלפרד דרייפוס סיפר כי עקב אחרי המשפט "בהתרגשות עצומה" והוא הזכיר לו את משפטו שלו.
אנשי ציבור שונים שהתבטאו בנושא, נחלקו בדעותיהם לגבי משמעותו של פסק הדין: האם בתשובה החיובית לשאלה הראשונה, הייתה הכרה בקיומו של רצח פולחני-דתי אצל היהודים. התובע שמאקוב אמר כי אף על פי שבייליס זוכה, "עצם הדיון הביא תועלת רבה: אנשים רבים, שלא הבינו מה זה 'רצח דתי' התחילו להתעניין בדבר ואולי גם נותנים דעתם על אמצעים למלחמה נגד היהדות". הסופר אמפיתיאטרוב הביע צער על כך: "הייתה בידי המושבעים שעת־כושר לרוצץ את גולגולתו של נחש מזוהם זה – עלילת־הדם, והם רק פצעו אותו. עבור שגיאה זו ישלם העם הרוסי בחרפה, והיהודים ביגון".
אולם הזמתה של עלילת הדם במשפט בייליס עוררה גל שמחה שהציף את קהילות היהודים בעולם.

 לאחר המשפט 
שמאל|ממוזער|300px|בייליס עם משפחתו לאחר השחרור, 1913

משפטים וועדות חקירה
לאחר המשפט פתחו עיתוני הריאקציה הרוסית במסע תעמולה שמטרתו ללחוץ על השלטון שיערער על פסק הדין בפני בית המשפט העליון, אולם התביעה החליטה בסופו של דבר לא לערער. במהלך תקופה זו, ב-27 בנובמבר 1913, נמצאה בכפר סמוך לקייב, גופת נער צעיר, ועליה 13 פציעות דקירה. פרופסור סיקורסקי מיהר לזהות גם את הרצח הזה כפולחני-דתי, אולם בנתיחה שלאחר המוות לא נתגלתה הקזת-דם ונתברר כי מדובר בנער יהודי. אף על פי כן, הורה שר המשפטים שצ'גלוביטוב על חקירה והכנה למשפט נוסף על רצח למטרות דתיות. אביו של הנער נעצר בחשד לרצח והואשם בכך שהנער אינו באמת בנו אלא נער נוצרי, אולם בסופו של דבר הרוצח נתפס והאב שוחרר ממעצרו.

בינואר 1914 נערך בבית הדין המחוזי בקייב משפט נגד העיתונאי האנטישמי וסילי שולגין, על הפצת שמועות-שקר במאמריו, שיצאו להגנתו של בייליס. במשפט אמר: "ראיתי את התובע הכללי צ'פלינסקי רומס ברגליו את האמת והחוק... זהו הצעד הישר והנכון ביותר שעשיתי בחיי". שולגין הורשע ונידון לשלושה חודשי מאסר, אולם בסופו של דבר זכה לחנינה. בזכות מאבקו הנועז כנגד הזרם בחוגים שהשתייך אליהם, כינו אותו מספר עיתונים "זולא הרוסי", על שם הסופר הצרפתי שיצא להגנת דרייפוס. ורה צ'בריאק הגישה תביעות דיבה נגד העיתונאי בראזול-ברושקובסקי ושני עוזריו. שלושת המשפטים נערכו באפריל ומאי 1914 ונסתיימו בזיכוי הנאשמים. כמה מהאישים שסייעו בחקירה לטובת בייליס, זכו לאחר המשפט לטיפול שנראה כפעולת נקם מצד השלטונות: הבלש קיריצ'נקו הודח ממשרתו והועמד לדין על סיוע לבריחת גנב ממעצר. בראזול-ברושקובסקי הועמד לדין על זלזול בכבוד הצאר, מכיוון שלא עמד דום בזמן נגינת ההמנון הלאומי, ונכלא במבצר במשך שנה. לאחר מכן נתבע לדין על הפצת שקרים על המשטרה בספרו "האמת על רצח יושצ'ינסקי". נגד העיתונאי נוביקוב הוגש משפט דיבה בגין מאמריו נגד השלטונות בנושא משפט בייליס. עורך הדין מרגולין הודח על ידי שופטי בית המשפט המחוזי בקייב באשמת "התנהגות בלתי הולמת" – פגישתו עם ורה צ'בריאק בבית המלון בחרקוב. עורכי דין בסנקט פטרסבורג נענשו על החלטת תמיכתם בבייליס בזמן משפטו – רישיונותיהם נשללו למספר חודשים.

ב-1917, לאחר נפילת המשטר הצארי במהפכת פברואר והקמת ממשלת המעבר הרוסית, הוקמה ועדת חקירה בשם "ועדה מיוחדת של הממשלה הזמנית" , שעליה הוטל לחקור את "חטאי" המשטר הקודם. הוועדה החלה את פעולתה במרץ 1917, וצברה חומר בנושא משפט בייליס שהופיע בשלושה כרכים גדולים, אך לא הספיקה לסיים את חקירותיה. היא פעלה עד פרוץ מהפכת אוקטובר והספיקה לפרסם דו"ח בשם "נפילת המשטר הצאריסטי", שעסק בין היתר גם בפרשת בייליס. השלטון הסובייטי מינה גם הוא ועדת חקירה מיוחדת בנושא הפרשה, תחת "בית הדין המהפכני הגבוה" . העדויות הוכיחו כי כל דרגי הממשל, מן הצאר דרך שר המשפטים, היו מעורבים בעלילה.
המשטר הסובייטי החזיר לעורך הדין מרגולין את זכויותיו כפרקליט. כמה מהאחראים על העלילה כבר לא היו בחיים אז: שמאקוב, פראנייטיס, סיקורסקי וגולובב. זמיסלובסקי הספיק לפרסם ספר על המשפט והצליח להימלט ליוגוסלביה. על ויפר הוטל עונש מאסר לתקופה קצרה, במהלכו נפטר. השרים שצ'גלוביטוב, מארקוב ומקלאקוב, וגם מנהל המחלק המשטרתי, בלצקי, הורשעו והוצאו להורג. בשנים 1918–1919 הוצאו להורג גם ורה צ'בריאק וסינגאייבסקי.

כיום משמש קברו של אנדריי יושצ'ינסקי בקייב אתר עלייה לרגל לאנטישמים. שלטונות אוקראינה הסירו, בעקבות סערה בינלאומית, שלט אשר קבע כי "כאן קבור הנער אשר עונה על ידי הז'ידים" (כינוי גנאי ליהודים בשפות הסלאביות).

המשך חייו של בייליס
ממוזער|שמאל|140px|ביתו של בייליס בקייב
ממוזער|שמאל|250px|בייליס ומשפחתו בהגיעם לארץ ישראל
בייליס סיפר בזיכרונותיו, כי בימים שלאחר זיכויו במשפט, הוצב שלט על עמוד התחבורה הציבורית שליד ביתו, עליו נכתב "תחנת בייליס", לטובת המבקרים הרבים שביקשו לפגוש אותו. לדבריו, הגיעו לביתו כ-7,000 מבקרים וכן אלפי מכתבים מכל העולם. עקב איומים על חייו, דרש ממנו מושל המחוז שיעזוב את קייב. הוקמה ועדה ציבורית יהודית, שתפקידה היה לדאוג לשיקומו מחוץ לעיר. לדברי בייליס, באחד הימים הגיע אליו ל.מ. (לדעת מאיר קוטיק, מדובר בליאו מוצקין), ששכנע אותו לעלות לארץ ישראל. בסוף 1913 עזבה משפחת בייליס את קייב ברכבת לעיר הנמל טרייסט באיטליה. בתחנות שונות בדרכם, בהן לבוב ווינה, נערכו עבורו קבלות פנים בהשתתפות אלפי יהודים. כעבור חודש ימים בטרייסט, הפליג לאלכסנדריה, שם התקבל על ידי אלפי יהודים ושימש סנדק בברית מילה של משפחה ספרדית. בט"ז בשבט תרע"ד (1914) הגיע לנמל יפו, שם עלתה לאנייה משלחת בראשות הרבנים הראשיים קוק (שבירך אותו בעברית) ועוזיאל ואיתם לבונטין, מנחם שינקין, בן-ציון מוסינזון ומאיר דיזנגוף. לדברי בייליס, גם הערבים שהעלו אותו בסירתם לחוף, בירכו אותו "יחי בייליס". המוני יהודים הריעו לו לאורך הדרך למלון הרצליה בתל אביב, שם התקבל על ידי נציגי ועד העיר, באי-כח המושבות ונציגי מפלגות וארגונים שונים. הוא זכה לקבלות פנים נוספות במקומות שונים, אולם בחר להשתקע בתל אביב. על תקופה זו, סיפר בזיכרונותיו:
.

כעבור חצי שנה של מגורים בארץ ישראל, פרצה מלחמת העולם הראשונה ואף על פי שהייתה לבייליס נתינות עות'מאנית, הוא גורש מתל אביב לפתח תקווה ונותר ללא אמצעים. בנו הבכור, פנחס, גויס לצבא העות'מאני ונשלח לאיסטנבול, אולם ערק ממנו, חזר לארץ ישראל והתגייס לגדוד העברי. בייליס לא הסתדר תעסוקתית וכלכלית ובתחילת ינואר 1921 נסע לבדו לארצות הברית, כדי לגייס אמצעים כספיים שיסייעו לו בארץ ישראל. בזמן שנסע בין קהילות יהודיות בארצות הברית, קיבל את הידיעה כי בנו הבכור התאבד. בעקבות זאת, החליט בייליס להביא את משפחתו לארצות הברית.
ב-1922 היגרה משפחתו והתיישבה בניו יורק.
הוא התקשה מאוד למצוא עבודה וניסה את מזלו כשותף בשני בתי דפוס, בזה אחר זה, אך שני בתי העסק פשטו את הרגל. בסוף ימיו עבד כסוכן ביטוח.

בייליס גולל את קורותיו בתקופת שבתו בכלא בעיתון יידי מקומי, שתורגמו לעברית.
ב-1925 הוציא בניו יורק, בהוצאה עצמית, את סיפורו, "די געשיכטע פון מיינע ליידען" ("סיפור ייסוריי"), וב-1926 באנגלית, "The Story of My Sufferings", סיפור שנפרש על פני 285 עמודים.

בייליס נפטר בכ"ד בתמוז תרצ"ד (יולי 1934).
הלווייתו התקיימה ב-9 ביולי והשתתפו בה למעלה מ-3,000 איש. הרב אידל אידלסון, שניהל את הטקס בבית הכנסת ברחוב אלדרידג' בלואר איסט סייד של קהל עדת ישורון בניו יורק, ספד לבייליס: "שמו קדוש ליהודים רחבי עולם... העם היהודי איבד אדם גדול... כל עוד העם היהודי חי, רוחו של בייליס תמשיך להתקיים".
בייליס נקבר בבית העלמין Cypress Hills שבקווינס במדינת ניו יורק. על מצבתו נכתב:

המשפט בתרבות ובאמנות
ספרות
המשפט שימש כמוטיב מרכזי בספרו של שלום עליכם "מהתלת הדם" שהושלם לפני תום הפרשה בינואר 1913.

הפרשה הופיעה פעמים רבות בספרות לאחר המשפט. תמליל המשפט פורסם בקייב בשנת 1913 בעיתון "חשיבת קייב" ויצא במהדורה מחודשת במוסקבה בשנת 2006.

לאחר פתיחת ארכיוני הצאר, נחשפו מסמכים רבים שהראו את התנהלותו הלא תקינה של השלטון בכל הנוגע למשפט והם נכללו במהדורת הספר "נפילת שלטון הצאר", שהוציא לאור המשטר הסובייטי. בספר התחזקה העובדה כי בייליס לא היה אשם.

על פרשת בייליס כתב ברנרד מלמוד את ספרו "יום הדין" (The Fixer), שהתפרסם ב-1966. ב-1968 הוא עובד לסרט באותו שם.

ברוסית יצא לאור מחקרו של מוריס סמואל, "עלילת דם: ההשתלשלות המוזרה של משפט בייליס" (Кровавый навет. Странная история дела Бейлиса; ב-1975 יצא תרגום לאנגלית: Maurice Samuel, Blood Libel: The Strange History of the Beilis Case). ברם, לאחר 1934, בהוצאות הסובייטיות הפרשה לא הוזכרה כלל למעט אזכור קצר באנציקלופדיה הסובייטית הגדולה.

לאחר התפרקות ברית המועצות המחקרים בפרשה נמשכו. באוקטובר 1993, במלאת 80 שנה למשפט, התקיים בקייב כנס מדעי בינלאומי, בו נידונו פרטי הפרשה. באותה שנה יצא גם הספר "משפט בייליס", שכתב הפסיכיאטר מיכאיל בויאנוב, שהתמקד במחקר פסיכיאטרי.

בשנת 1999 פורסמו כל חומרי החקירה שניהלה הממשלה הסובייטית והממשלה הזמנית, בספרו של הנרי רזניק "פרשת מנחם בייליס" (Дело Менделя Бейлиса).

בשנת 2006 יצא ספר בן 500 עמודים מאת לאוניד קאציס בשם "עלילה עקובה מדם ומחשבה רוסית: מחקר היסטורי ותאולוגי על פרשת בייליס" («Кровавый навет и русская мысль: Историко-теологическое исследование дела Бейлиса») וב-2007 פרסם אנדריס גרוטופס בליטא ניתוח משפטי של הפרשה בספר "בייליסאדה: הפרשה על אשמת מנדל בייליס ברצח טקסי".(«Бейлисада: Дело об обвинении Менделя Бейлиса в ритуальном убийстве»)

בשנת 2021 הוציאה שרי וולך ספר ילדים העוסק בנושא. הספר שנקרא "החוקרים בתעלומת משפט בייליס", מציג את סיפורים של ילדים בני ימינו הנקלעים למשפט בייליס, ונעשים מעורבים בתככים שמאחורי הקלעים של המשפט. הספר מתבסס על ספרו האוטוביוגרפי של בייליס, "משפטו של שעיר לעזאזל", ומביא פרטים אותנטיים מהמשפט עצמו.

הפרשה זוכה לפרסומים מחקריים רבים והוזכרה גם בספרים "תיעוב השחיתות" («Растление ненавистью») של סמיון רזניק, משנת 2001, "המאה השחורה ברוסיה" («Чёрная сотня в России») מאת סרגיי סטפאנוב משנת 2005 וספרו של לב לוריא "22 מיתות, 63 גרסאות" («22 смерти, 63 версии») משנת 2011 ועוד.

קולנוע
הסרט התיעודי הראשון על הפרשה הוקרן בשנת 1912 מחוץ לרוסיה. שנה לאחר מכן הפיקו האחים פאתה (Pathé) סרט תיעודי נוסף שנאסר להקרנה ברוסיה.

באותו זמן, הבמאי יוסף סופר צילם סרט עלילתי בשם "סודות קייב, או משפט בייליס" («Тайны Киева, или Процесс Бейлиса»). הסרט נמכר להפצה במדינות מערב אירופה וארצות הברית.

לאחר המהפכה בשנת 1917, יצר הבמאי ניקולאי ברשקו-ברשקובסקי  סרט עלילתי על הפרשה, בשם "משפט בייליס"  (ידוע גם בשם "ורה צ'בריאק"), שהוקרן בברית המועצות.

בשנת 1968 יצא הסרט "יום הדין" ("The Fixer"), שמבוסס על רומן באותו שם מאת ברנרד מלמוד ומגולל את סיפורו של יעקב בוק, שנכלא ברוסיה הצארית בשנת 1911 לאחר שהואשם בפשע שלא ביצע. זאת כהשפעה ברורה ממשפט בייליס.

בשנת 1993 הפיק הבמאי הרוסי גריגורי אילוגדין את הסרט התיעודי "הלילה הארוך של מנחם בייליס" («Долгая ночь Менахема Бейлиса»).

הפרשה גם הגיעה לספרות העלילתית ברוסיה והמחבר גליה ריאבוב פרסם את הספר "הסוס של היהודי החיוור בייליס" («Конь бледный еврея Бейлиса»), שהודפס בשנת 2000.

בשנת 2019 החלה חברת הקולנוע "Sever" בהפקת הסרט העלילתי "משפט בייליס" (Дело Бейлиса), תוך שפנתה לקרן הקולנוע הרוסי הממשלתית לצורך תמיכה בפרויקט.

לקריאה נוספת

 מנדל בייליס, משפטו של שעיר לעזאזל: סיפורו של מנדל בייליס, ירושלים 1994.
 אמיר גולדשטיין, "ז'בוטינסקי ומשפט בייליס", בתוך: דרך רבת־פנים: ציונותו של זאב ז'בוטינסקי לנוכח האנטישמיות, מכון ז'בוטינסקי בישראל, מכון בן-גוריון לחקר ישראל והציונות, תשע"ה 2015, עמ' 196–202.
 Albert S. Lindemann, The Jew Accused: Three Anti-Semitic Affairs (Dreyfus, Beilis, Frank) 1894–1915, Cambridge University Press, 1991
 Ezekiel Leikin, The Beilis Transcripts: The Anti-Semitic Trial that Shook the World, Jason Aronson, 1993
 Robert Weinberg, Blood Libel in Late Imperial Russia: The Ritual Murder Trial of Mendel Beilis, Indiana University Press, 2013
 Edmund Levin, A Child of Christian Blood: Murder and Conspiracy in Tsarist Russia: The Beilis Blood Libel, Knopf Doubleday Publishing Group, 2014

קישורים חיצוניים

שמאל|120px


 מענדל בייליס, די געשיכטע פון מיינע ליידן, ניו יורק, 1925 - ספרו של בייליס ביידיש
 שמואל בן־אשר, "עלילת בייליס", מחניים, גיליון קי"א (1966), באתר דעת
 זאב גלילי, מעלילת בייליס ועד פרשת טואף, באתר "היגיון בשיגעון", 23 בפברואר 2007
 יהושע מונדשיין, מאה שנה למשפט בייליס: החסידות על ספסל הנאשמים, באתר שטורעם.נט, י"ט בכסלו תשע"ד




הערות שוליים

קטגוריה:עלילות דם
קטגוריה:יהדות האימפריה הרוסית
קטגוריה:1913 ברוסיה
קטגוריה:רוסיה וברית המועצות: אנטישמיות
בייליס
קטגוריה:קייב: היסטוריה