ישראל קסטנר

ישראל רודולף (רֶזֶ'ה) קַסְטְנֶר (בהונגרית: Kasztner Rezső; אפריל 1906 – 15 במרץ 1957) היה משפטן, עיתונאי ופעיל פוליטי. בזמן השואה היה חבר ועד העזרה וההצלה בבודפשט שארגן פעולות הצלה שונות, בהן "רכבת קסטנר" הידועה גם כ"רכבת המיוחסים". הוא נרצח בידי מתנקשים בתל אביב, לאחר שנטען ששיתף פעולה עם הנאצים.

בשנת 1952 פרסם העיתונאי הירושלמי מלכיאל גרינוולד, כתבה שבה האשים את קסטנר כי שיתף פעולה עם השלטון הנאצי במלחמת העולם השנייה. היועץ המשפטי לממשלה, חיים כהן, הגיש כתב אישום נגד גרינוולד בגין הוצאת דיבה. משפטו של גרינוולד, שעורר עניין ציבורי רב, הפך לבירור רחב יריעה של שואת יהודי הונגריה ופעילותו של קסטנר במהלכה, ונודע כ"משפט קסטנר". בצד הנאשם עמדו עורכי הדין שמואל תמיר, דב לוין, דן פון ויזל ושרגא בירן. בצד התובע עמד הפרקליט אמנון תל מפרקליטות מחוז ירושלים. ביוני 1955 זיכה בית המשפט המחוזי את גרינוולד מרוב ההאשמות, והשופט בנימין הלוי כתב בפסק דינו כי "קסטנר מכר את נפשו לשטן". על רקע המשפט נרצח קסטנר בתל אביב.

המדינה ערערה על פסק הדין של בית המשפט המחוזי, ופסק הדין של בית המשפט העליון, שניתן לאחר הרצח, קבע ברוב של 3 מול 2 שופטים, כי קסטנר לא שיתף פעולה עם הנאצים ולא היה מעורב ברצח בעקיפין של יהודי הונגריה ובשותפות גזל עם הנאצים. עם זאת, השופטים הסכימו פה אחד ש"קסטנר הציל באמצעות שקר ביודעין ובאורח פלילי" את פושע המלחמה הנאצי קורט בכר מעונש המוות שציפה לו בנירנברג. השופט שמעון אגרנט כתב בפסק דינו כי "את קסטנר תשפוט ההיסטוריה ולא בית המשפט".

ביוגרפיה
 ראשית דרכו 
קסטנר נולד בשנת 1906 בעיר קלוז' (קלויזנבורג) שבחבל טרנסילבניה, בעת שהחבל היה חלק מהאימפריה האוסטרו-הונגרית (כיום בשטח רומניה), למשפחה יהודית דתית אמידה, אחד משלושת ילדיהם של הלנה ויצחק. אמו ניהלה את החנות המשפחתית. קסטנר נשלח לגימנסיה, ובסיום לימודיו ידע לדבר בשבע שפות. בגיל 15 הצטרף לתנועת נוער ציונית ובהמשך היה רכז התנועה בעירו. קסטנר לא התקבל ללימודי משפטים באוניברסיטה, עקב נומרוס קלאוזוס. מאוחר יותר התקבל לבית הספר למשפטים בעירו וסיים בתואר דוקטור למשפטים.

החל משנת 1925 עבד כעיתונאי בעיתון היהודי בשפה ההונגרית "אוי קלט" (Új Kelet) בקלוז', תחילה ככתב ספורט ולאחר מכן ככתב מדיני. בין השאר, ראיין את אנשי משמרות הברזל האנטישמיים. בשנים 1929–1931 שימש ככתבו המדיני של העיתון בבוקרשט ונמנה עם הנהלת המשרד הארצישראלי של הסוכנות היהודית שם. היה מראשי תנועת הנוער הציוני בטרנסילבניה ופעיל בתנועת העבודה הציונית, וכן שימש כמזכיר הסיעה הפרלמנטרית של המפלגה היהודית בפרלמנט הרומני.

קסטנר היה לעוזרו וליד ימינו של ד"ר יוסף פישר, חבר הפרלמנט הרומני ויושב ראש התנועה הציונית בטרנסילבניה. בשנת 1937 נישא לאליזבט (בודיו) פישר, בתו של ד"ר פישר.

בשנת 1940 סופחה טרנסילבניה להונגריה, העיתון נסגר בהוראת השלטונות, וחברותו של קסטנר בלשכת עורכי הדין נשללה עקב מוצאו. הוא עבר בסוף השנה לבודפשט, שבה מילא תפקיד בקרן היסוד. החל משנת 1942 כיהן כסגן נשיא ההסתדרות הציונית בהונגריה. אשתו הצטרפה אליו בבודפשט בשנת 1941.

 פעולותיו בשואת יהודי הונגריה 
בשנת 1941 פעל קסטנר להקמת גוף המורכב מיהודים ליברליים וסוציאל-דמוקרטיים שיעזור לפליטים היהודים שהחלו להגיע להונגריה. בשנת 1943 נקרא הגוף "ועדת העזרה וההצלה בבודפשט". בראש הוועדה עמד אוטו קומוי, קסטנר היה סגנו וראש הוועדה בפועל. אנשי הוועדה היו בקשרים עם קבוצת העבודה בסלובקיה, ועם ועד שליחי היישוב, ששכן באיסטנבול שבטורקיה הנייטרלית, הקרובה גאוגרפית לשטחי הכיבוש וההשפעה של גרמניה. באמצעות קשרים אלו, ידעו אנשי הוועד על השואה המתרחשת בפולין וברוסיה. ידיעה זו התחזקה בהגיע פליטים יהודים מפולין להונגריה, ולנוכח דיווחים מפי אנשי צבא הונגרים ששירתו ביחידות הצבא ההונגרי, שנטלו חלק בפלישה הנאצית לברית המועצות. יואל ברנד היה יושב ראש 'מחלקת הטיול' של הוועדה, שהבריחה יהודים מפולין ומסלובקיה להונגריה, כשמצבה של יהדות הונגריה היה עדיין טוב יחסית ונראה היה כי איננה נתונה לסכנת השמדה.

לדעתו של אלי ריכנטל, שכתב דוקטורט בנושא בשנת 2009 ולאחר מכן הרחיב את הדברים בספר, קסטנר היה מודיע של הנאצים. במהלך המשפט הכחיש קסטנר שעמד בקשר כלשהו עם קצין המודיעין הנאצי יוזף אדולף אורבן. ואולם, לאחר המלחמה חקר שמעון ויזנטל את אורבן, שהעיד כי קסטנר היה אחד המודיעים שלו, וויזנטל התרשם שהוא דובר אמת. ויזנטל שלח מכתבים רשומים לקסטנר בשאלה אם ידוע לו על מעשים שעשה אורבן נגד יהודי הונגריה כדי שיועמד לדין, ולא קיבל תשובה. במשפט אמר קסטנר שלא הגיב מחוסר זמן. בשנת 1959 ראיין אלי ויזל את פליקס קרסטן, רופאו האישי ומקורבו של היינריך הימלר. הוא סיפר בשם מפקדו של אורבן, גנרל ולטר שלנברג, שקסטנר היה סוכן שעשה עבודה טובה עבור הגרמנים. לדברי ריכנטל, עד לכיבוש הנאצי הצטיין קסטנר ביוזמה ובתושייה להציל יהודים מרחבי אירופה. לאחר הכיבוש הוא הפך כנוע וצייתן. ריכנטל משער כי דווקא בשל ביטחונו העצמי סבר קסטנר כי יוכל להערים על הנאצים. ואולם, הנאצים היו ערמומיים ממנו והצליחו לנצלו.

היסטוריונים בעלי שם עולמי בחקר השואה, פרופ' יהודה באואר, פרופ' יחיעם ויץ ופרופ' דינה פורת, וגם מומחים ליהדות הונגריה, למשל ד"ר לונטה אולוס, אינם מסכימים עם גישתו של ריכנטל. פרופ' באואר טוען שנראה שהאמת ההיסטורית באמצע בין הקיצונים כאלי ריכנטל הרואים בו בוגד ובין אלו שרואים בו צדיק. קסטנר אכן הציל יהודים ולא הייתה לו הרבה ברירה אלא להיות בקשר עם הצורר הנאצי.

 דוח ורבה-וצלר על אושוויץ 

באוקטובר 1943 נפגש אוסקר שינדלר עם קסטנר ועם שמואל שפרינגרמן ומסר להם דיווח מפורט על ההשמדה בפולין ובפרט באושוויץ. בתום המלחמה דיווח קסטנר על הפגישה, אך השמיט את הדיווח על אושוויץ.

קסטנר כתב לסאלי מאיר, ב-14 במאי: "משלוחי הגירוש הראשונים עזבו... את גבולות הארץ, ולפי הידיעות האחרונות שלנו מכינים כנראה משלוחי גירוש נוספים בהיקף גדול מאד. כפי שנודע לנו הוכנו כבר קטרים וקרונות במידה מספיקה, ואפילו המוני היהודים כבר מצפים במתיחות ובבהלה את התפתחות הדברים."

רודולף ורבה ואלפרד וצלר היו מהמעטים שהצליחו לברוח ממחנה ההשמדה אושוויץ והראשונים שדיווחו לעולם המערבי על מעשי הזוועה של הנאצים במחנה ועל תוכנית ההשמדה המתוכננת של יהדות הונגריה. בסוף אפריל 1944 חיברו דו"ח שבו תוארו דרכי השמדת היהודים באושוויץ והודגש מספרם הרב של הנרצחים. קסטנר עצמו סיפר כי בפגישה עם ורבה הזהירו הלה מפני גירוש יהודי הונגריה לאושוויץ. בספרו "אינני יכול לסלוח" (1962) ציין ורבה כי על אף שתוכן הדו"ח היה בידי ההנהגה היהודית בסלובקיה ובהונגריה כבר בראשית מאי 1944, לפני תחילת הגירושים המאסיביים מהונגריה, לא הופץ המידע בקרב המועמדים להשמדה. הוא סבר כי שבירת סוד מחנה אושוויץ הייתה מונעת את השמדתם של יהודים רבים.

היו שחלקו על האשמותיו של ורבה. פרופ' יהודה באואר כתב שלפי הצעת קסטנר הקים היודנרט משרד במטרה להזהיר את הקהילות בערי השדה לא לעלות על הרכבות. בכל המקרים סירבו היודנרטים המקומיים לעשות זאת, אם כי המידע בעניין הגיע אליהם רק במהלך הגירושים. עוד אומר באואר שבידי יהודי הונגריה היה מידע על מדיניות הרצח הנאצית, גם אם לא על תאי הגזים באושוויץ, וזאת בשל ידיעות שפורסמו בשידורי ה-BBC, כאלפיים יהודים שברחו מפולין להונגריה וגורמים נוספים. גם אם הפרוטוקולים של ורבה היו מגיעים לידי הנהגות הקהילות היהודיות בהונגריה, באואר משער כי היהודים לא היו יכולים להתמרד או לברוח.

מאידך, לדעת אלי ריכנטל, רוב היהודים בהונגריה לא ידעו מה צפוי להם גם כשעלו לקרונות הרכבת. המנהיגות הייתה שקועה בקונספציה שלפיה האליטות ההונגריות לא יזניחו את היהודים, והציבור היה תלוי במנהיגיו והשתכנע מעמדתם. קסטנר עצמו סבר לאחר השמדת היהודים בערי השדה כי הוא הפר את אמון הקורבנות כשלא הודיע להם לאן פניהם מועדות, מה שיכול היה להציל לפחות את הכבוד היהודי. יש כאלה המסיקים מכך שאילו היו שומעים זאת ממנהיג סמכותי כמו קסטנר אפשר היה להציל אלפים רבים.

פועלו במהלך שואת יהודי הונגריה
פרשת סחורה תמורת דם 

ב-19 במרץ 1944 נכנס הצבא הגרמני להונגריה, והאסון רבץ לפתחה של יהדות הונגריה. יחד עם הכוחות הגרמנים, הגיעו לבודפשט אדולף אייכמן ומספר קציני אס אס, על מנת לארגן את השמדת יהודי הונגריה. בעזרת קשריהם עם סוכני האבווהר, נפגשו אנשי הוועדה עם דיטר ויסליצני מצוותו של אייכמן. בפגישות הראשונות, ניסו אנשי הוועדה להציע עסקה להצלתם של יהודי הונגריה תמורת תשלום, בעקבות עסקה דומה שנעשתה בין חברי קבוצת העבודה בסלובקיה עם ויסליצני. בנוסף הועלתה ההצעה לאפשר את יציאתם של 600 בעלי סרטיפיקטים מהונגריה. כחודש לאחר הפגישה הראשונה, נוצר קשר עם אדולף אייכמן, ועם קורט בכר, ראש המחלקה הכלכלית של האס אס. אייכמן ואנשיו הציעו לחברי הוועד את שחרורם של מיליון יהודים תמורת עשרת אלפים משאיות וסחורות (תוכנית שכונתה "סחורה תמורת דם"). אחד מחברי ועד ההצלה, יואל ברנד, טס לאיסטנבול, ומשם נסע ברכבת לחלב כדי להיפגש עם משה שרת, ולהעביר את ההצעה לבריטים; יחד איתו נסע בנדי גרוס, יהודי וסוכן גרמני, כדי להגיש הצעה לשלום מטעם הימלר. אולם הבריטים, בהוראת שר המושבות, הלורד מוין, שמו את ברנד במעצר בקהיר. ההצעה שהביא נדחתה על הסף על ידי הבריטים ועל ידי האמריקאים מתוך חשש לפגיעה במאמץ המלחמתי המשותף עם ברית המועצות.

"רכבת המיוחסים/קסטנר/ההצלה"

לאחר כישלון שליחותו של ברנד, המשיכו אנשי ועד ההצלה לעמוד בקשר עם אייכמן ואנשיו, כשהנושא ונותן העיקרי מביניהם הוא קסטנר. קסטנר הצליח לשכנע את הנאצים ש-600 הסרטיפיקטים (אישורים בריטיים לעלייה לארץ ישראל) שהיו בידי הוועדה מיועדים למעשה למשפחות ולא ליחידים. למשפחות צורפו גם יתומים ובודדים. בסופו של דבר היו ברכבת 1,684 נפשות. אוטו קומוי הטיל על נציגי הזרמים השונים ביהדות הונגריה (אורתודוקסים, ניאולוגים, ציונים, תנועות הנוער) לארגן את רשימות היוצאים, כולל פליטים מפולין וסלובקיה, כך שהקבוצה זכתה לכינוי "תיבת נוח". בין היוצאים היו מעשירי הקהילה בבודפשט, שמימנו בכספם את מסעה של הקבוצה כולה, עלות שהגיעה לסך של 1,000 דולר לנפש. לצדם היו נציגים מכל הזרמים והסיעות של יהודי הונגריה, בהם הרבי מסאטמאר, הרב יואל טייטלבוים ואשתו הרבנית אלטא פייגא, קבוצה של יתומים מפולין וקבוצה של כמה מאות מקלוז', שכללה גם ידידים של קסטנר וכמה עשרות קרובי משפחתו ובהם אמו, אשתו ואחיו. בין ניצולי הרכבת היו גם: הרב יהושע מנחם אהרנברג, הרב אברהם דויטש, הרב יונתן שטייף, הרב פרופסור חתן פרס ישראל מאיר וייס, הרב אליעזר חיים בלום האדמו"ר מקאשוי, הצייר פסח עיר-שי, מבקר האמנות אויגן קולב, המנהיגים הציוניים ד"ר ניסן כהן וד"ר בן-ציון קאודרס והפסיכיאטר לאופולד סונדי. בין הצעירים יותר היו הפרופסורים לעתיד: יהודה בלום, שושנה בלום-קולקה, יעקב זוסמן, שאול לדני ולדיסלאב לב, עולה הגרדום יעקב וייס, הכוריאוגרף יונתן כרמון, הסופרת יהודית רותם ואיש העסקים והפילנתרופ פיטר מונק. המשלוח נודע כ"רכבת קסטנר". קסטנר סבר שהדבר יהיה תקדים שיפסיק את תוכנית ההשמדה, ולאחריו תצאנה רכבות נוספות; תקווה זו לא התגשמה.

הרכבת יצאה מבודפשט ב-30 ביוני 1944 והייתה אמורה להגיע לארץ נייטרלית, אך הגיעה בפועל למחנה ברגן-בלזן. המשא ומתן על תוכנית "סחורה תמורת דם" המשיך להתנהל בין קורט בכר לבין נציגי הג'וינט והסוכנות היהודית, ובמהלכו שוחררו באוגוסט 1944 318 מנוסעי הרכבת ונשלחו לשווייץ, ובדצמבר נשלחו לשווייץ גם יתר 1,366 נוסעי הרכבת.

לדעתו של אלי ריכנטל, החזיק אייכמן באנשי הרכבת, כולל אשתו, אמו ואחיו של קסטנר, במשך שישה חודשים, כבני ערובה, כדי לכפות שיתוף פעולה מצד קסטנר.

באותה עת התנהלה השמדת יהודי הונגריה במלוא הקצב. החל מ-15 במאי ובמשך כשבעה שבועות נשלחו 434,351 מיהודי הונגריה אל מותם באושוויץ. ב-7 ביולי עצר מיקלוש הורטי את המשלוחים. הדבר היה כבר בשלבים האחרונים של מלחמת העולם השנייה, לאחר נחיתת בעלות הברית בנורמנדי, ותוך כדי התקדמות הצבא הסובייטי בפולין. נראה היה כי קורט בכר ניהל את המשא ומתן על מנת להשיג בו תוצאה כלשהי, בהכינו בכך אליבי לעצמו לתקופה שלאחר המלחמה; אך היה זה כבר מאוחר מדי, ורכבות הצלה נוספות, במתכונת הרכבת הראשונה, לא נשלחו עד לכיבוש הונגריה על ידי הצבא הסובייטי בינואר 1945.

הסטת משלוחי יהודים לווינה
בדו"ח שהגיש קסטנר לסוכנות היהודית ב-1945 הוא מייחס לוועדת ההצלה את ההסטה של 6 רכבות עם כ-18,000 יהודים מדברצן וסביבותיה למחנה הריכוז שטרסהוף שליד וינה במקום לאושוויץ, שם חולקו לעבודות שונות (פינוי הריסות, מפעלי תעשייה, עבודה בחקלאות) ורובם הגדול שרדו עד תום המלחמה. רק כ-30% מהם היו למעשה "כוח עבודה", האחרים היו זקנים, נשים וילדים. ועדת העזרה וההצלה מימנה משלוחי מזון וביגוד (למשל 5,000 זוגות נעליים) שסייעו להחזיק את חברי הקבוצה בחיים. עם זאת, במשפטי נירנברג הוכח כי משלוח זה בוצע לבקשתו של קרל בלשקה, ראש העיר הנאצי של וינה, והמשלח ארנסט קלטנברונר כותב לו במפורש ב-30 ביוני 1944 כי יהודים אלו נועדו ל"זונדר אקציון", כלומר להשמדה. בדיון בבית המשפט המחוזי שלא נסתר על ידי בית המשפט העליון הוכח כי לא מדובר בפעולת הצלה של קסטנר אלא במשלוח אשר משיקולים פנימיים של הנאצים לא הופנה לאושוויץ.

השופט אגרנט בבית המשפט העליון קבע כי אמנם הצלת 15 אלף היהודים שהגיעו לשטרסהוף הייתה הונאה של אייכמן, בהיענותו לבקשת קלטנברונר ובלשקה, אך "לקסטנר היה יסוד להאמין שאמנם אייכמן נענה לבקשתו" להצלה רחבה, במסגרת המשא ומתן שניהלו השניים.

הצנחנים מארץ ישראל
במקביל למשא ומתן על הרכבת נשלחו להונגריה שלושה צנחנים מארץ ישראל: חנה סנש, פרץ גולדשטיין ויואל פלגי. חנה סנש נתפסה כשעברה את הגבול מיוגוסלביה וברשותה משדר צבאי בריטי, ונדונה למוות בעוון ריגול למען האויב בזמן מלחמה. פרץ גולדשטיין ויואל פלגי הגיעו אל קסטנר, תוך שהם נמצאים במעקב של השירות החשאי ההונגרי. קסטנר שכנע את פלגי להגיע למטה הנאצי ולהציג את עצמו כנציג הסוכנות, שנשלח לבדוק את רצינות ההצעה שהביא ברנד. הוא הדריכו לדרוש מהנאצים שרכבת ההצלה תגיע לספרד כדי שיוכחו כוונותיהם הטובות וניתן יהיה להמשיך בעסקה. פלגי עשה זאת, ובהמשך נתפסו הוא וגולדשטיין, עונו ונשלחו ברכבת לגרמניה. פלגי הצליח להימלט מן הרכבת ולהסתתר בהונגריה.

שופט בית המשפט העליון אגרנט כתב כי "החל מתחילת ספטמבר עשה קסטנר גופו פעולה נמרצת בעניין שחרורה של הצנחנית"; "ביום 14.10 קיימו קסטנר ופרידריך בורן (נציג הצלב האדום בבודפשט) פגישה עם נציגי משרד הביטחון ההונגרי, ובה נתנו אלה הבטחה לשחרר את 3 הצנחנים היהודים תוך ימים אחדים. אך הבטחה זו נתרוקנה מיד מתוכנה, מאחר שלמחרת היום - 15.10 - עבר השלטון לידי סלשי ואנשי צלב החץ והתחיל שוב משטר אימים בהונגריה".

ביקור במחנות ריכוז לקראת סיום המלחמה
בחורף 1944–1945 ביקר קסטנר בשווייץ, לשם המשך ניהול המשא ומתן בין הג'וינט לבין קורט בכר, אך חזר מרצונו משווייץ הבטוחה לגרמניה, ונסע עם קורט בכר אל מחנות הריכוז ברגן-בלזן, מאוטהאוזן וטרזיינשטט, בניסיון להציל את שרידי היהודים שנותרו בהם ע"פ הוראתו של הימלר. בישראל נפוצה שמועה שקסטנר הסתובב במדי אס אס, אולם לא נמצאה עדות ראייה לכך. לפי עדות של אסיר, הוא אמנם הופיע בחברת קצין אס אס גבוה (קורט בכר) אך היה לבוש בחליפה אזרחית. טענתו של קסטנר במשפט גרינוולד הייתה שפעילותו צריכה להיבחן במסגרת האליבי שביקשו לעצמם חלק מהנאצים לקראת תום המלחמה, כ"אליבי" במשפט שהם עלולים להיות מואשמים בו. גם אלי ריכנטל כותב כי בסוף המלחמה, כאשר התבוסה הנאצית הייתה ודאית, ניסו נאצים בכירים כמו הימלר, קלטנברונר ובכר למצוא אליבי שיעמוד לזכותם בבית המשפט. מסיבה זו הורה הימלר על הצלת האסירים במחנות ברגן-בלזן, מאוטהאוזן וטרזיינשטט, בניגוד לפקודת היטלר שיש לחסלם. הבכירים הנאצים היו זקוקים ליהודי שיעיד בדבר פעילותם, ובכר מצא בקסטנר את המתאים ביותר לכך.

 לאחר המלחמה 
מייד לאחר המלחמה הואשם קסטנר בידי כמה אישים. יואל פלגי טען שקסטנר הוא שגרם לכישלון שליחות הצניחה שלו. ראש המשרד הארצישראלי בבודפשט, משה קראוס, האשים את קסטנר שבגינו נכשלה הצלתם האפשרית של יהודי הונגריה. ההאשמות הועלו בפני מעין "בית דין" בקונגרס הציוני ב-1946 ובוועדת חקירה בארץ ישראל. בעקבות ההאשמות חשש קסטנר לעלות לישראל, אולם בסופו של דבר עלה והשתלב במהירות. הוא נכנס לרשימת מועמדי מפא"י לאספה המכוננת, התמנה לדובר משרד המסחר והתעשייה, מנהל השידורים של קול ישראל ולאחד מעורכי ביטאון מפא"י בהונגרית, אוי קלט.

 עדויות לטובת בכירים נאצים 
בתצהירים שנתן קסטנר בספטמבר 1945 בפני ועדת החקירה האמריקנית לפשעי המלחמה בלונדון הוא מתאר את קורט בכר, דיטר ויסליצני והרמן קרומיי כפושעי מלחמה. ואולם, מאוחר יותר נתן קסטנר חוות דעת אוהדות בשבעה מקרים, לטובת שלושתם וכן לטובת הנס יוטנר. ב"משפט גרינוולד" ידוע היה רק על העדות לטובת בכר. קסטנר אמר במשפט שהעיד לטובת בכר משום שלא עסק לדבריו בהשמדה ממש, אך הכחיש בתוקף את העובדה שהעיד לטובת קרומיי וויסליצני.

לאחר המלחמה נקרא קסטנר מספר פעמים לנירנברג על ידי התביעה האמריקאית במשפט, שגם מימנה כמה מנסיעותיו, כדי להשתתף בחקירתם של נאצים בכירים, תוך ניצול הכרתו את מנגנון האס אס ובכיריו. הוא מסר עדויות בכתב ובעל פה במשפטי נירנברג לטובת ארבעת הקצינים הנאצים האמורים, באמרו שהם סייעו להצלת יהודים.
בסוף התצהיר שלו לטובת קורט בכר, כתב קסטנר: "הצהרה זו נותן אני לא רק בשמי שלי כי אם גם בשם הסוכנות היהודית והקונגרס היהודי העולמי".
על סיועו לבכר כתב לאליעזר קפלן: "לפני שלושה חודשים הוזמנתי בתור עד לנירנברג. השתמשתי בהזדמנות זו כדי לשוחח עם קורט בכר. בכר היה קולונל אס אס לשעבר אשר שימש קצין קשר ביני לבין הימלר במשך פעולות ההצלה ושוחרר בינתיים על ידי שלטונות הכיבוש הודות להתערבותי האישית. השיחה נסבה על הנושאים הכספיים המעניינים אותנו."
ב"משפט גרינוולד" אמר קסטנר שלפני שיצא לנירנברג נועץ ביושב ראש הנהלת הסוכנות, דוד בן-גוריון, וזה עודדו לנסוע. בניגוד לתצהיר של קסטנר, אליהו דובקין מהסוכנות היהודית הכחיש בעדותו שהתיר לקסטנר לחתום על התצהיר שלו בשם הסוכנות.
נושא מכתבו של קסטנר אל שר האוצר קפלן היה היעלמותו של "אוצר" שבכר סחט מהיהודים – מזוודות המכילות יהלומים ומטבעות זהב בשווי מיליוני דולרים. קסטנר טען במכתבו כי "האשמה על הזנחת הפיקוח היעיל נופלת על אלה משליחי הסוכנות אשר מתפקידם היה בהתחלה להשגיח בהקפדה על גורל המזוודה".

ההיסטוריון יחיעם ויץ כתב על כך כי "גם תומכיו המובהקים של קסטנר מתקשים להעניק הסבר סביר למניעו במתן ההצהרות". שושנה אישוני-ברי הציעה הסבר להתנהלותו זו של קסטנר. לדבריה, מלבד מניעים פסיכולוגיים באישיותו של קסטנר, יש משמעות גם לכך שהוא נשלח לפעול במסגרת משפטי נירנברג על ידי הסוכנות היהודית והקונגרס היהודי העולמי. קסטנר פעל בנירנברג כדי להעלות את נושא שואת העם היהודי כנושא עצמאי, בניגוד לעמדתם של מארגני המשפטים - הבריטים והאמריקאים. קסטנר ובכר העידו על חלקו של ארנסט קלטנברונר, סגנו של הימלר, בהשמדת היהודים. בעקבות עדויותיהם, קלטנברונר נתלה (זאת, לפי פרופ' שלמה אהרונסון).
לפי אישוני-ברי, הסוכנות היהודית הייתה זקוקה לעזרתם של בכר ושל יוטנר כדי לאתר חלקים מן הרכוש היהודי שנגזל בהונגריה. עדות לטובתו של בכר נחשבה למחיר זניח בהתחשב בצרכים הלוחצים של "המדינה שבדרך". העדות לטובת ויסליצני ניתנה במסגרת מאמצי הסוכנות למנוע את הוצאתו להורג בצ'כוסלובקיה, בתמורה למידע על מקום הימצאו של אייכמן. עם זאת, אישוני-ברי כותבת שאין לה הסבר מדוע העיד קסטנר גם לטובת קרומיי. עוד היא אומרת שלמרות עדותו של קסטנר ויסליצני נענש, ושהאמריקנים יכלו להעניש את בכר, קרומיי ויוטנר, למרות העדויות של קסטנר, בשל מעשים אחרים שעשו הקצינים הנאצים, אלא שהאמריקנים לא ראו חשיבות בהענשת קצינים נאצים מדרג שני ושלישי. קסטנר טען בחקירתו במשטרה ובמשפט שהעדויות לטובת בכר תואמו עם גורמים בארץ, והעניין לא נבדק דיו.

טומי לפיד אמר שקסטנר הרגיש מחויב לקיים את התחייבותו לידידיו הנאצים במהלך המלחמה ולכן העיד לטובתם. אלי ריכנטל טוען שהתחייבות כזאת, גם לו הייתה, אינה מצדיקה הצלת רוצח כמו בכר. על הטענה שקסטנר פעל בהוראת הסוכנות היהודית כדי למצוא בסיוע בכר את רכושם של יהודי הונגריה אומר ריכנטל שאין זה מסביר מדוע העיד לטובת שלושה רוצחים נוספים. על הטענה שהעיד לטובת ויסליצני כדי למצוא בעזרתו את אייכמן, אומר ריכנטל שהעדות לטובתו התרחשה שלוש שנים לאחר שחל נתק בין אייכמן וויסליצני. לאור זאת מעלה ריכנטל הסבר אחר: בסיום המלחמה תכננו קסטנר וידידיו הנאצים אליבי משותף. כדי להשיג תפקיד בכיר בתנועה הציונית בגד קסטנר בידידיו הנאצים והציגם ב-1945 כפושעי מלחמה. בעקבות כך החלו בני משפחות הקצינים הנאצים בכר, קרומיי וויסליצני להתכתב עם קסטנר ולהפעיל עליו לחץ, תוך שהם רומזים בדבר הבטחותיו של קסטנר. ההתכתבויות נמצאו בארכיון של קסטנר. קסטנר חשש מפני חשיפת היותו סוכן של הנאצים בבודפשט ובלית ברירה העיד לטובת הקצינים.

בזמן שהותו בנירנברג, העיד קסטנר גם נגד שניים מראשי הממשל הנאצי בהונגריה ואלה נשפטו לתקופות מאסר ארוכות.

 משפט גרינוולד (המכונה "משפט קסטנר")
בשנת 1947 עלה קסטנר לארץ ישראל. בזכות פעילותו בתנועת העבודה הציונית בהונגריה ולאור ניסיונו כעיתונאי, התמנה בשנות המדינה הראשונות לדוברו של השר ד"ר דב יוסף במשרד המסחר והתעשייה ואף היה מועמד ברשימת מפא"י בבחירות לאספה המכוננת (הכנסת הראשונה) ולכנסת השנייה.

באוגוסט שנת 1952, עיתונאי ירושלמי בשם מלכיאל גרינוולד, שהוציא עלון משוכפל בשם "מכתבים לחברי המזרחי", יצא בעלונו בהאשמה כי קסטנר הכשיר את הקרקע לרצח יהודי הונגריה על ידי הנאצים והשתתף בגזל רכושם על ידי קורט בכר. "ידידי חברי המזרחי בהונגריה, ידידי היקרים," כתב גרינוולד, "ריח פגר מגרד את נחירי, זו תהיה הלוויה משופרא דשופרא. את ד"ר רודולף קסטנר צריך לחסל". הדברים זכו להדים כאשר השבועון "העולם הזה" פרסם את האשמותיו של גרינוולד.

השר ד"ר דב יוסף, שקסטנר עבד במשרדו, והיועץ המשפטי לממשלה, חיים כהן, שכנעו את קסטנר להגיש תלונה רשמית נגד גרינוולד, כיוון שסברו שאיש ציבור אינו יכול להמשיך בתפקידו מבלי להגיב על האשמות כמו אלו שהוטחו בידי גרינוולד. פרקליטות המדינה הגישה נגד גרינוולד כתב אישום בגין הוצאת דיבה. המשפט נפתח ב-1 בינואר 1954 בבית המשפט המחוזי בירושלים בפני נשיא בית המשפט, השופט ד"ר בנימין הלוי, לימים חבר הכנסת מטעם תנועת החרות וד"ש, כדן יחיד. השמעת העדויות, חקירת העדים וסיכומי הצדדים נמשכו עד לאוקטובר 1954 ופסק הדין ניתן על ידי השופט הלוי ביוני 1955.

הדיון המשפטי הפך לבירור רחב יריעה של כל שואת יהודי הונגריה. הנאשם יוצג על ידי עו"ד שמואל תמיר, איש אצ"ל לשעבר ולימים שר המשפטים בממשלת ישראל. את שהתחיל כמשפט דיבה נגד גרינוולד הפך תמיר בעיני הציבור ל"משפט קסטנר", וגולל האשמה חריפה נגד ראשי היישוב, הסוכנות ומפא"י כי בשנות השואה חיפו על קסטנר ופעולותיו והשתיקו במתכוון את הידיעות על ההשמדה לפי הוראת הבריטים ותוך שיתוף פעולה עמם. תמיר הטיח בקסטנר האשמות בדבר שיתוף פעולה עם הנאצים, הסתרת הידיעות על סכנת ההשמדה מפני יהודי הונגריה, הפקרת המוני היהודים כדי להציל את יהודי הרכבת "המיוחסים", שהיו קרוביו וידידיו, הכשלת שליחותו של יואל ברנד והפקרת הצנחנים יואל פלגי, פרץ גולדשטיין וחנה סנש. כן הטיח בקסטנר אשמת ברית עם קורט בכר, שהתבטאה במתן עדות לטובתו בפני בית הדין בנירנברג ובעיקר בנטילת חלק מכספי הכופר, שנפלו בידי קורט בכר לעצמו. במהלך המשפט הטיח תמיר בקסטנר שבכר שוחרר מנירנברג הודות להתערבותו האישית וקסטנר צעק בתגובה: "זה שקר!". או אז הציג תמיר את המכתב ששלח קסטנר לשר האוצר אליעזר קפלן, ובו כתב לו: "בכר שוחרר בינתיים תודות להתערבותי האישית".

תמיר טען במשפט שקסטנר הסתיר מבני קהילתו את המידע על השמדת היהודים, ושאילו הזהירם ייתכן שהיו יכולים להימלט לרומניה או להתארגן להתנגדות מזוינת. הוא הביא עדים מעירו של קסטנר שאישרו שקסטנר לא גילה להם את עניין ההשמדה ושאילו ידעו היו בורחים או מתנגדים. קסטנר, לעומת זאת, טען כי לא ידע בוודאות על ההשמדה וטען שגם אם היה מזהיר אותם – לא היו יכולים להימלט או לארגן התנגדות. לדבריו הוא היה יכול רק לגרום לבהלה ולא היה מציל את מי שבסופו של דבר הצליח להציל. תמיר טען לעומתו כי "רכבת המיוחסים" ניתנה לו תמורת שתיקתו לגבי ההשמדה. קסטנר היה שייך בהונגריה למפלגת "האיחוד", שהייתה מזוהה עם מפא"י ולטענת תמיר הוא פעל על פי הנחיות מפא"י. קתרינה סנש, אמה של הצנחנית חנה סנש, סיפרה במשפט שקסטנר התנכר לה בזמן שבתה נעצרה בבודפשט. הצנחן יואל פלגי סיפר שקסטנר שידל אותו ואת פרץ גולדשטיין להסגיר את עצמם לגסטאפו, כדי שלא יארגנו התנגדות יהודית בהונגריה. בספר הזיכרונות שפרסם פלגי קודם לכן, הוא לא הזכיר את חלקו של קסטנר בהסגרתו לגסטאפו ובמשפט נאלץ להודות ששיקר בספרו כדי לחפות עליו, בהיותו חברו למפלגה.

ככל שהמשפט הלך וקיבל את צורתו – ממשפט נגד גרינוולד לכתב אישום חריף נגד קסטנר והחוגים שמהם יצא – הוא משך תשומת לב גוברת והולכת בדעת הקהל. הפרקליטות החליטה כי יש להחזיר את המשפט לאפיקו המקורי, דהיינו – האשמתו של גרינוולד. לצורך כך הוחלף הפרקליט אמנון תל, ששימש כתובע במשפט, ביועץ המשפטי לממשלה עצמו, חיים כהן, שהיה משפטן רב מוניטין (ולימים שופט בית המשפט העליון).

דעת הקהל הושפעה במהלך המשפט מהופעתו של שמואל תמיר ומכתבותיו ומאמריו של אורי אבנרי בשבועון "העולם הזה". מבחינתו של אבנרי היה המשפט הוכחה כי השלטון במדינת ישראל נמצא בידי עסקנים, ולא בידי אלה שהיו ראויים לו באמת: אנשי "דור תש"ח", שהקיזו דמם בשדות הקרב של מלחמת העצמאות. "העולם הזה" הפך בעת המשפט לשופרו של שמואל תמיר, ובין אבנרי לתמיר נכרתה ברית בלתי כתובה (אשר בחלוף העתים תהפוך ליריבות), שהיה לה גם בסיס אידאולוגי על רקע היסוד הכנעני שהיה טמון בהשקפתם של שני האישים. אף על פי שתמיר היה איש ימין מובהק, הוא נמנה עם חברי קבוצה שפרשה בראשית שנות החמישים מתנועת החרות, אשר כללה גם את שמואל מרלין, הלל קוק וערי ז'בוטינסקי. בדעותיהם של חברי הקבוצה היה גוון כנעני מובהק, דבר שעלה בקנה אחד עם השקפותיו של אבנרי, שנתן לתמיר במה בשבועונו.

המשפט הפנה שוב את תשומת הלב לצנחני היישוב באירופה וגרם בעקיפין ליוזמה לקיים טקס הנצחה לפרץ גולדשטיין בקיבוץ מעגן, שנקטע בשל אסון מעגן. בטקס היה אמור ראש הממשלה משה שרת לנאום נאום מיוחד בנושא פעולות היישוב היהודי ומפא"י בתקופת השואה. בסופו של דבר השמיע שרת חלק מהנאום המקורי בנאום הספד ברדיו לנספי האסון. המשפט גם הוביל להגשת הצעת חוק שהובילה להסבת שמו של קיבוץ נצר לנצר סרני על-שם אנצו סרני, שהיה צנחן חבר מפא"י, כיוון שצמרת המפלגה ראתה חשיבות מיוחדת בהבלטת פעילותו נוכח משפט קסטנר.

 פסק הדין 
ב-22 ביוני 1955 הקריא השופט בנימין הלוי את פסק הדין. פסיקתו זעזעה את דעת הקהל במדינה, ובייחוד המשפט שכיכב בכותרות העיתונים: "קסטנר מכר את נפשו לשטן". הלוי מצא כי קסטנר שיתף פעולה עם הנאצים בהשמדת יהודי הונגריה ובהצלת פושע המלחמה קורט בכר מעונשו.

פסק הדין השתרע על פני 241 עמודים. השופט פסק בו כי קסטנר הפריד בין המוני העם לבין מיעוט של מיוחסים, קרובים וחברים, והעלים מידיעת חצי מיליון יהודים את סכנת ההשמדה הצפויה להם:
.

את טענותיו של גרינוולד חילק השופט הלוי בפסק דינו לארבעה חלקים:
 שיתוף פעולה עם הנאצים.
 "רצח בעקיפין" או "הכשרת הקרקע לרצח" של יהודי הונגריה.
 שותפות גזל עם פושע מלחמה נאצי.
 הצלת אותו פושע מלחמה מעונש אחרי המלחמה.

השופט הלוי הדגיש את ממצאיו הבאים:
 היהודים עלו בצייתנות לרכבות הגירוש, מתוך אי ידיעת המטרה האמיתית של נסיעתם, בהאמינם כי הם מועברים למחנות עבודה.
 הנאצים אפשרו לקסטנר ולחברי ועד ההצלה להציל את קרוביהם, כדי להביאם לשיתוף פעולה.
 עם הצלת המיוחסים ויתר קסטנר על פעולות הצלה נוספות ואף הפריע לפעולות ההצלה של משה קראוס, מנהל המשרד הארצישראלי בבודפשט אשר בעזרתו של הקונסול השווייצרי קרל לוץ, מחסידי אומות העולם, השיג תעודות חסות שווייצריות ליהודים.
 קסטנר גרם להסגרת צנחני היישוב והפקיר את חנה סנש למוות.
 קסטנר עזר בעדותו לקורט בכר להנצל מעונשו.

רק בעניין אחד לא מצא השופט הלוי ראיות לאשמתו של קסטנר, והוא ההאשמה כאילו נטל חלק מכספי הגזל שבידי קורט בכר.

בפסק דינו קבע השופט הלוי כי ההגנה הוכיחה את נכונות ההאשמות הראשונה, השנייה והרביעית האמורות לעיל, אך לא כן לגבי ההאשמה השלישית (בדבר שותפות הגזל). על כן מצא את מלכיאל גרינוולד אשם בסעיף זה בלבד וגזר עליו קנס סמלי של לירה אחת. כן הורה השופט למדינה לשלם לגרינוולד הוצאות משפט בסך 200 לירות (החלטה שגם לה הייתה חשיבות סמלית בלבד, מאחר שסכום זה היווה כחצי אחוז מהוצאות ההגנה בפועל).

קסטנר וחיים כהן לא נכחו באולם בעת הקראת פסק הדין. למחרת השווה קסטנר את המשפט, בהודעה ב"קול ישראל", למשפט דרייפוס.

 תגובות לפסק הדין 
פסק הדין גרם לזעזוע במדינה ובעולם היהודי והפך למרכזו של דיון ציבורי לקראת הבחירות לכנסת השלישית, בשנת 1955. הציבור בארץ נחלק: חלקו אימץ ללא סייג את החלטת השופט, וחלקו מתח ביקורת על פסיקתו הנחרצת של השופט בעניין השואה, שהתרחשה עשור קודם לכן והייתה אירוע ללא תקדים שלא ניתן לחרוץ עליו את הדין באופן כה החלטי. יואל פלגי, מצנחני היישוב, שהיה עד במשפט, אמר כי מדובר בדברים אשר שום שופט שאינו מניצולי השואה לא יבין לעולם.

קול נחרץ נגד פסק הדין היה של העיתונאי ד"ר משה קרן, שהיה כתב ופרשן פוליטי בעיתון "הארץ" ומקורבו של ראש הממשלה משה שרת שאף תידרך אותו לאחר פסק הדין. ב-8 ביולי 1955, פרסם קרן תגובה בעיתון "הארץ" לפסק הדין:

ב-10 ביולי הוסיף וכתב:

לעומתו כתב ד"ר עזריאל קרליבך, עורכו של "מעריב", ביום שלמחרת גמר הקראת פסק הדין:

גם "ידיעות אחרונות" כתב במאמר המערכת שלו:

וב"חרות" כתב ניצול השואה חיים לזר-ליטאי:

על רקע פסק הדין פרץ משבר ממשלתי, שגרם להרכבת ממשלה חדשה. מפלגת הציונים הכלליים, שהייתה חברה בקואליציה שבראשות מפא"י, נמנעה מהצבעה בהצעת אי אמון בממשלה, שהוגשה על ידי חרות. עילותיה היו עצם ההחלטה על הגשת כתב האישום נגד גרינוולד וכן החלטתו של היועץ המשפטי לממשלה לערער על פסק הדין. ראש הממשלה משה שרת הגיש את התפטרות הממשלה, והרכיב ממשלה חדשה ללא השתתפות הציונים הכלליים.

 קובלנתו של גרינוולד 
גרינוולד הגיש קובלנה פרטית כנגד קסטנר בטענה שמסר עדות שקר במהלך המשפט בבית המשפט המחוזי, כאשר הצהיר במשפט העיקרי שלא העיד בבית המשפט הבינלאומי לטובת קורט בכר. למשפט זה התייצב קסטנר כשהוא מיוצג על ידי עורך דין מיכה כספי. הקובלנה נידונה תחילה בבית משפט השלום בתל אביב, שם ביקש כספי להעביר את הדיון לבית המשפט בירושלים, מטעמים של סמכות מקומית, ובקשתו נענתה. המשפט נפתח בפברואר 1956 בפני שופט השלום הראשי, משה פרץ. רוב הנפשות שהופיעו בבית המשפט המחוזי בפני השופט הלוי הופיעו גם במשפט זה. ב-16 במרץ 1956 זוכה קסטנר, השופט קבע כי קסטנר הצהיר לטובת בכר בבית המשפט הגרמני, שבו הועמד בכר לדין, ולא בבית המשפט הבינלאומי.

 ערעור על פסק הדין 
בינואר 1957 נפתח הדיון בערעור הפלילי שהגישה המדינה על פסק דינו של השופט הלוי. נשיא בית המשפט העליון, השופט יצחק אולשן, החליט שהדיון יישמע בפני הרכב מורחב של חמישה שופטים בראשותו. לצדו ישבו ממלא מקומו שניאור זלמן חשין והשופטים שמעון אגרנט, משה זילברג ודוד גויטיין. הנשיא אולשן עמד על כך שבניגוד לדיון בית המשפט המחוזי הטענות שיושמעו במסגרתו לא יחרגו מהמסגרת המשפטית. לשם כך הוא קצב לשמיעת העדויות שבועיים בלבד, ובפועל הן נשמעו במשך 17 יום, מ-19 בינואר עד 6 בפברואר 1957. את התביעה ייצג היועץ המשפטי לממשלה עו"ד חיים כהן, ההגנה יוצגה על ידי משרדו של עו"ד שמואל תמיר, שכלל גם את עו"ד דב לוין.

ב-20 בינואר 1957 החל הדיון בערעור. בנאום הפתיחה של היועץ המשפטי כהן הוא תקף באופן חריף את קביעותיו של השופט הלוי וטען כי נעשה לקסטנר עוול שלא היה כמותו באף בית משפט בישראל או בכלל. כהן אמר שהוא איננו פרקליטו של קסטנר ואינו מוכן להגן על כל שאמר ועשה: "יש דברים רבים שהוא עשה שאינני מבין אותם ואיש מאיתנו, כולל בית המשפט לא יוכל להבינם".

 ההתנקשות 
בלילה שבין 3 ו-4 במרץ 1957, בעוד שמיעת הערעור נמשכת, התנקשו שלושה צעירים בחיי ישראל קסטנר. הם ארבו לו בפתח ביתו ברחוב עמנואל הרומי 6 בתל אביב, וחיכו שיחזור מעבודתו כעיתונאי במערכת העיתון בשפה ההונגרית "אוי קלט". כשיצא ממכוניתו, כמה דקות אחרי חצות, ניגש אליו אחד המתנקשים ושאל אותו האם הוא ד"ר קסטנר. קסטנר השיב בחיוב, והמתנקש ירה בו באקדחו שלוש יריות. קסטנר נפגע רק בירייה השלישית, ונפצע מכדור שחדר דרך מותנו. הוא הובהל לבית החולים הדסה שם הספיק לדבר עם חוקרי המשטרה לפני שהוכנס לניתוח. ב-15 במרץ מת קסטנר מפצעיו.

שעות אחדות לאחר ההתנקשות עצרה המשטרה שלושה צעירים שנראו גונבים את הג'יפ ששימש את המתנקשים. השלושה היו יוסף מנקס (הקושר), זאב אקשטיין (הרוצח) ודן שמר (הנהג). בנוסף להם נעצר עו"ד יעקב חרותי, מנידוני מחתרת צריפין, שהמשטרה ייחסה לו מעורבות בארגון הרצח.
שלושת המתנקשים הועמדו לדין בבית המשפט המחוזי בתל אביב באשמת רצח, וכן באשמת השתייכות לקבוצת מחתרת. התביעה ייחסה את ראשות החוליה ליוסף מנקס, וזאב אקשטיין העיד נגדו במשפט. ב-7 בפברואר 1958 נידונו השלושה למאסר עולם. פסק הדין אושר על ידי בית המשפט העליון בדצמבר 1958.
במשפט אחר, שהתנהל בפני הרכב שונה, הואשם יעקב חרותי בניהול ארגון טרור ובהפצת כרוזים נגד אחד השופטים שדנו במשפט קסטנר בהליכיו המוקדמים. חרותי זוכה מאשמת הנהגת ארגון טרור, אך הורשע בהפצת הכרוזים ונידון למאסר של שנה וחצי.
בית המשפט קבע, הן במשפט המתנקשים והן במשפטו של חרותי, שהתביעה לא הצליחה להוכיח את קיומה של מחתרת, אולם המדינה ערערה ובית המשפט העליון קבע כי מחתרת אכן הייתה.

תוך כדי המשפט התברר כי זאב אקשטיין היה סוכן של שירות הביטחון הכללי ונשלח לקבוצה המחתרתית כדי לשמש בה מודיע. הוא עבד בשירות עד כשנה ורבע לפני הרצח. הש"ב טען כי אקשטיין ניתק את הקשר עם מפעיליו, ונסחף בעצמו לרעיונות המחתרת והשתתף בה. אקשטיין עצמו אישר עובדה זו בריאיון ממושך עם גיילן רוס במסגרת סרטה הדוקומנטרי "להרוג את קסטנר" (2008). במהלך אותו סרט ציין אקשטיין לראשונה כי נורתה ירייה רביעית אל קסטנר, שלא נורתה מאקדחו שלו. עובדה זו מצביעה, לכאורה, על מעורבות אדם נוסף בהתנקשות. בראשית 2015 פורסם כי השירות ידע על הכוונה הכללית להתנקש בקסטנר, וכי קסטנר לווה בידי שומר ראש של השב"כ, ליווי שהופסק מספר ימים קודם לרצח.
ראש השירות, איסר הראל, הסביר בספרו על רצח קסטנר מדוע הוסרה השמירה: "למי מכוחות הביטחון היה ראש ופנאי בתקופת מלחמת קדש להתעסק עם קסטנר או להפריש כוח אדם לשמירה עליו". אלא שהמלחמה ארכה מספר ימים והסתיימה שלושה חודשים לפני הרצח. ב-2021 פורסם כי בן-גוריון טרח להסתיר את הקשר של השב"כ לפרשה.

חמש שנים לאחר שנשפטו למאסר עולם, פנה בן-גוריון אל אלמנתו ואל בתו של קסטנר, וביקש את רשותן להעניק חנינה לשלושת המתנקשים. אלמנתו סירבה, אולם בתו הסכימה והשלושה זכו לחנינה מנשיא המדינה זלמן שזר. דן שמר שוחרר במאי 1963. אקשטיין ומנקס שוחררו בנובמבר 1963. בצאתו מהכלא, אמר אקשטיין: "אם יש בלבי טינה, הרי היא רק לגבי אלה שהכניסו אותי לכאן". מנקס, לעומתו, טען שהוא חף מפשע והאשים את אקשטיין ואת ה"כת" ששלחה אותו: "אותה כת שכללה מרגלים כגון 'האדם השלישי' ובר, רצתה לסלף את ההיסטוריה. כת זו שלחה את הפרובוקטור אקשטיין לרצוח את קסטנר כדי לטשטש את פשעיה היא".

קסטנר נטמן בבית העלמין נחלת יצחק. הוא הותיר אחריו את רעייתו ובתו סוזי. אלמנתו של קסטנר, אליזבט, נפטרה ב-1973 ונקברה לצידו. נכדתו היא מרב מיכאלי.

לאחר מותו
 פסק הדין בערעור 
שמאל|ממוזער|250px|הנאשם גרינוולד, שהפך למאשים, יוצא מבית המשפט לאחר זיכויו, יוני 1955
ב-17 בינואר 1958, עשרה חודשים לאחר רציחתו של קסטנר, קבע בית המשפט העליון, ברוב דעות של ארבע נגד אחד, כי קסטנר לא שיתף פעולה עם הנאצים וכן שלא היה שותף בעקיפין לרצח של יהודי הונגריה ולשותפות גזל עם הנאצים. לצד זאת, קבע בית המשפט פה אחד כי קסטנר אכן סייע בהצלת פושע המלחמה הנאצי קורט בכר מעונש לאחר המלחמה. גרינוולד הורשע ונידון לשנה מאסר על תנאי.

פסק דינו של השופט ד"ר שמעון אגרנט השתרע על פני 194 עמודים והיה מקובל על הנשיא יצחק אולשן, על ממלא מקומו השופט שניאור זלמן חשין ועל השופט דוד גויטיין. השופט ד"ר משה זילברג הציג דעת מיעוט. דעת הרוב אמנם לא חלקה על העובדות שהוכחו בבית המשפט המחוזי, אך היא ניתחה אותן אחרת מהשופט הלוי וחלקה עליו בשאלה העקרונית לגבי מניעיו של קסטנר במשא ומתן עם הנאצים. השופט אגרנט פסק כי "קסטנר המשיך עד הסוף במטרה יחידה - למלט את המספר הגדול ביותר של יהודים, שניתן היה להציל בנסיבות הזמן והמקום"; וכי "רכבת המיוחסים הייתה רק תוצאת לוואי של המשא ומתן הזה".
אגרנט קבע גם שאין מקום לטרוניה על כך שקסטנר כלל במשלוח את אמו ואשתו וציין כי לעומת זאת כמאה מקרובי משפחתו לא הועלו לרכבת ולכן נספו.
עם זאת, אגרנט הוסיף: "את קסטנר תשפוט ההיסטוריה ולא בית המשפט". רוצה לומר, עדיין יש מקום לדיון מוסרי בפעילותו; אולם בניגוד לדעת השופט הלוי במחוזי - לא סבר אגרנט שיש לעסוק בפרשה החורגת מהסוגיה המשפטית גרידא, האם מלכיאל גרינוולד הצליח לשכנע "אמת דיברתי". לפיכך פסק אגרנט כי גרינוולד לא הוכיח די הצורך את ההאשמות נגד קסטנר, לבד מההאשמה של הצלת נאצי לאחר השואה. על האשמה זו חמשת השופטים הסכימו פה אחד להשאיר את הקביעה כי "קסטנר הציל באמצעות שקר ביודעין ובאורח פלילי את קורט בכר מהעונש שציפה לו בנירנברג" (עונש מוות), ובכך הוכיח המשיב את הגנת "אמת דיברתי", בניגוד להצהרתו של קסטנר בבית המשפט המחוזי.

הנשיא יצחק אולשן לא רק הסכים עם מסקנותיו של אגרנט, אלא אף ביקר בחריפות את הדרך בה ניהל השופט הלוי את המשפט. הוא קבע כי מכמה בחינות התנהל המשפט שלא בהתאם לכללי הפרוצדורה המקובלות. לטענתו, השופט הלוי קיבל עדויות בלתי רלוונטיות וכן התיר ניהול "חקירות ממושכות לאין קץ בנוגע לדברים של מה בכך". אולשן ביקר אף את החלק המוגזם שנטל הלוי בחקירת שתי וערב של רוב העדים. עם זאת ציין בפסק דינו כי "בית המשפט לא בא לתת תעודת יושר לקסטנר, או תעודת אישור להערכת פועלו... ועדה חוקרת ציבורית - בפניה יכול היה קסטנר להתגונן כצד ולא כעד סתם - הייתה יותר מתאימה בשביל לדון בכל אלה. ובנידון זה תמים דעים אני עם עו"ד תמיר בא כח המשיב שהציע זאת באחד השלבים במהלך המשפט בערכאה הראשונה".

פסק הדין תרם תרומה חשובה לתדמיתו ההיסטורית של קסטנר, ובעיני רבים כבר לא נחשב כמי שמכר את נפשו לשטן, אלא כאיש אמיץ שכדברי השופט שניאור זלמן חשין בפסק הדין:

אם כי בחלק אחר של פסק-דינו כתב:

חשין התייחס למושג "שיתוף פעולה עם הנאצים" וכתב:
.

השופט גויטיין, הצטרף לדעת הרוב שנכתבה על ידי אגרנט, אך מנימוקים מעט שונים: הוא טען שלהוכחת 'אמת דיברתי' בסוגיה כה סבוכה נדרש רף הוכחה נמוך מההוכחה הפלילית. עם זאת קבע כי "הדיבה הכלולה בעלון נשוא המשפט אחת היא ואין ולפרטה לפרטים, אלא לשם נוחות הניתוח. הצליח המשיב לצדק את כולה - יצא זכאי, לא הצליה להביא צידוק אלא לחלק מדבריו שפרסם - יצא חייב בכל האשמה המיוחסת לו". לטענתו עיקר כוונתו של גרינוולד בעלון הייתה ייחוס מניע כלכלי למעשיו של קסטנר - ובנושא זה קבע כבר בית המשפט המחוזי כי לא היה אשם. באשר לשאלת שיתוף הפעולה עם הנאצים והכשרת הקרקע לרצח יהודי הונגריה כתב גויטיין: לא זה הזמן ולא כאן המקום לבירור שאלות נכבדות, סבוכות ועדינות, כגון אלו שגוללו בפרשה. חבל שהאחראים לכך בחרו בדרך הגשת משפט ולא נזקקו, כפי בקשת המשיב בעלון הדיבה, להביא את הבעיה בפני ועדה ציבורית אשר בידיה כלים יעילים יותר לגילוי הניתן להיגלות".

בניגוד ליתר השופטים, השופט זילברג אישר בפסק דין ארוך את פסיקתו של הלוי במחוזי, והסכים לטענה שבתמורה להוצאת רכבת קסטנר מהונגריה מנע קסטנר ביודעין מיהודי הונגריה מידע על אודות המתרחש באושוויץ. עם זאת, בניגוד לפסק הדין של הלוי, הסתייג זילברג מההאשמה בדבר "רצח בעקיפין" או "הכשרת הקרקע לרצח" של יהודי הונגריה, וסבר כי היא לא הוכחה על ידי גרינוולד די הצורך.

ההיסטוריון אלי ריכנטל, המתבסס גם על תיעוד שלא היה לעיני השופטים, תומך בהערות השופט זילברג בערעור, בדעת מיעוט. לדעתו, די היה במידע שבידי קסטנר כדי להוביל למסקנה שהנאצים נחרצים לחסל את יהדות הונגריה, מלבד קבוצת מיוחסים. לדבריו, אגרנט בחן כל ידיעה בידי קסטנר בפני עצמה, ללא הצטברות כולן יחד ומתוך הקונטקסט השלם. דברים דומים כותבת מיכל שקד. לדבריה, השקפתו של אגרנט על ההיסטוריה הביאה ל"מאמץ בולט לזכות את קסטנר".

כעבור שנים לאחר המשפט, הביע השופט בנימין הלוי חרטה על השימוש במילים "מכר את נפשו לשטן". לדבריו, הייתה זו מליצה מיותרת שלא פורשה נכון.

בשיח הציבורי ובתרבות
בשיח הציבורי בעניין אישיותו ותדמיתו של קסטנר נותרה מחלוקת. יש הרואים בו גיבור הירואי, דעה המשתקפת במאמריו של חוקר השואה וחתן פרס ישראל פרופ' יהודה באואר, בספרו של ההיסטוריון פרופ' יחיעם ויץ "האיש שנרצח פעמיים", במחזהו של מוטי לרנר "קסטנר" שהוצג בקאמרי, בסרטו של יהודה קווה "פרשת קסטנר", מ-1983, ובסדרת הטלוויזיה "משפט קסטנר" שכתב מוטי לרנר וביים אורי ברבש בהפקת הטלוויזיה הישראלית בשנת 1994. המלחין אריק שפירא כתב אופרה אלקטרו-אקוסטית בשם "משפט קסטנר" כשהליברית מבוסס על פרוטוקול המשפט. לדעת מרטין גילברט, קסטנר לא היה נבל אלא קרבן של הונאה מצד אייכמן.

אחרים, כחתן פרס ישראל ההיסטוריון פרופ' יוסף קלוזנר, הסופר והתסריטאי בן הכט בספרו "כחש", רודולף ורבה מחבר "פרוטוקול אושוויץ", רואים בקסטנר כמי שאכן מכר את נפשו לשטן ושיתף פעולה עם הנאצים בעת מלחמת העולם השנייה ולאחריה, בפרט לנוכח ממצאים שהתגלו עם תפיסתו של הפושע הנאצי אדולף אייכמן ולא היו בפני שופטי בית המשפט העליון בעת פסיקתם בערעור.

רצח קסטנר ומשפטו הם נושא הסרט הדוקומנטרי להרוג את קסטנר. הספר "שמיכת טלאים" נכתב על ידי רוצחו של קסטנר, זאב אקשטיין.

לאורך השנים נפוצו תאוריות קונספירציה שונות לגבי רצח קסטנר. אחת מהן, שעלתה מייד לאחר הרצח בעיתון העולם הזה, היא שהשב"כ אחראי לרצח. בשנת 2019 הגיש ההיסטוריון נדב קפלן עתירה לבג"ץ, בתביעה שהשב"כ וארכיון המדינה יתירו פרסום של מסמכים חסויים הקשורים לרצח קסטנר. בפברואר 2021 הורה בג"ץ למדינה לנמק בכתב מדוע הצנזורה על המסמכים לא הוסרה. בתגובה אישר השב"כ לפרסם חלק מהמסמכים, אך לא במלואם, ובעקבות זאת קבע בג"ץ שהעתירה התייתרה. במסמכים אושר שהשב"כ איבטח את קסטנר מספר תקופות מחשש שינסו להתנקש בחייו, עד כשנה לפני מותו. בנוסף, עלה שזאב אקשטיין הופעל במשך תקופה על ידי השב"כ כמודיע  במחתרות שונות, עובדה שהייתה ידועה קודם לכן, שהקשר עמו נפסק כשעלה חשד שהוא מופעל על ידי המחתרת נגד השב"כ, ושבחקירתו איים אקשטיין שאם הוא יועמד לדין הוא יטען שהוא פעל בשם השב"כ. קפלן פרסם בשנת 2024 ספר שטוען כי השב"כ הגה את התוכנית לרצוח את קסטנר, אך הוא מודה בספר כי לא מצא הוכחה לתזה הזו.

 מסמך סאסן 
ב-1960, לאחר מעצרו של אדולף אייכמן, פרסם המגזין LIFE ריאיון שערך וילם סאסן, עיתונאי נאצי הולנדי, עם אייכמן בשנת 1956. פרסם בתאריך 28 בנובמבר 1960 במגזין LIFE ואמר בין היתר את הדברים הבאים:

במשפט אייכמן קיבלה התביעה אישור להשתמש רק בחלק ממסמך סאסן, הכתוב בכתב יד ומכיל הערות בכתב ידו של אייכמן. אייכמן וסנגורו סירבו, מטבע הדברים, לאשר את אמיתותו. גדעון האוזנר ניהל משא ומתן לרכישת סלילי ההקלטה אך לא הצליח לעשות זאת ובחר שלא להביא את סאסן מארגנטינה בשל הסיבוכים הכרוכים בכך (גזר דין מוות התלוי ועומד כנגדו בהולנד). היועץ המשפטי לממשלה לא איפשר לתמיר לראיין את אייכמן או לראות את מסמך סאסן המלא (בן כמה מאות העמודים).

בקשה לקיום משפט חוזר שהגיש תמיר ב-22 ביולי 1962, בנימוק של גילוי חומר חדש, נדחתה על ידי נשיא בית המשפט העליון.

ממוזער|שלט זיכרון לקסטנר ברחוב ואצי בבודפשט. על השלט כתוב:
בבית זה חי ב-1944 ד"ר רז'ה קסטנר (1906–1957), שהיה בזמן השואה אחד ממנהיגיה של ועדת העזרה וההצלה של יהודי בודפשט.
תוך סיכוני חיים מרובים הציל חיים של נרדפים רבים. הוועד להנצחת זכרו של קסטנר.

250px|ממוזער|שמאל|לוחית זיכרון לישראל קסטנר ליד הכניסה לבית שבו גר ונרצח, בשדרות עמנואל הרומי 6 בתל אביב

 הפולמוס סביב הנצחת קסטנר 
בשנת 1993 החליטה ועדת השמות של עיריית תל אביב לקרוא רחוב בתל אביב על שמו של קסטנר. בעקבות התנגדות לכך, ובכלל זה מכתב ששלח יוסף תמיר, בנו של שמואל תמיר, לחברי מועצת העירייה, נמנעה מועצת העירייה מלאשר את ההחלטה.

ב-5 ביולי 2001, לאחר שעיריית תל אביב קראה רחוב על שם שמואל תמיר, מחתה מרב מיכאלי, נכדתו של קסטנר, על ההימנעות מקריאת רחוב על שם סבה. מיכאלי הזכירה את פעולות ההצלה של סבה גם בנאום הבכורה שלה בכנסת, ב-27 בפברואר 2013.

עיריית חיפה נמנעה מלקרוא רחוב על שמו של קסטנר, אך בשנת 2015, שנים רבות לאחר שהחליטה על הנצחתו, קראה גינה בשם "גינת ניצולי קסטנר".

מאז 2008 נערך מדי שנה, ביום הזיכרון לשואה ולגבורה, טקס זיכרון פרטי לקסטנר ליד הכניסה לבית בו גר ונרצח בשדרות עמנואל הרומי 6 בתל אביב. בטקס בשנת 2015 הוסר במקום הלוט מעל לוחית זיכרון לקסטנר.

בפברואר 2021 אמר חבר הכנסת שבח שטרן במליאת הכנסת: "נכדתו של קסטנר ח"כ מרב מיכאלי אינה אשמה בהתנהגות של סבה אבל בניסיונותיה לנקות את שמו ירקה בפרצופם של נרצחים רבים." בתגובה ענתה ח"כ מיכאלי: "יד ושם מנציח את קסטנר וחבריו בוועדת ההצלה על הצלה של לפחות 20,000 יהודים, והמחקר ההיסטורי מדבר על הרבה יותר".

 ראו גם 
 בית הזכוכית (בודפשט)

 לקריאה נוספת 
 שלום רוזנפלד, תיק פלילי 124: משפט גרינואלד - קסטנר, הוצאת קרני, 1955 
 עמנואל פרת, המשפט הגדול: פרשת קסטנר, הוצאת אור, 1956 
 מוטי לרנר, קסטנר, הוצאת אור - עם, 1998
 יחיעם ויץ, האיש שנרצח פעמיים - חייו משפטו ומותו של ד"ר ישראל קסטנר, הוצאת כתר 1995, 
 יהודה באואר, יהודים למכירה? משא ומתן בין יהודים לנאצים 1933 - 1945, הוצאת יד ושם, 2001, 
 איסר הראל, האמת על רצח קסטנר: טרור יהודי במדינת ישראל, הוצאת עידנים, 1985, 
 בן הכט, כחש - פרשת קסטנר, מאנגלית - אביעזר גולן, הוצאת "לדורי", תל אביב, תש"ל 1970, עם תוספת מאת שמואל מרלין
 בן הכט, כחש - פרשת קסטנר, הוצאת "סלע מאיר", אוגוסט 2021
 שמואל תמיר, בן הארץ הזאת (אוטוביוגרפיה), הוצאת זמורה ביתן
 מיכל שקד, "ההיסטוריה בבית המשפט ובית המשפט בהיסטוריה - פסק הדין במשפט קסטנר והנרטיבים של הזיכרון", אלפיים 20, 2000
 רודולף ורבה, ברחתי מאושוויץ, (תרגום: יהושוע וייס בן עמי ושלומית קדם), הוצאת הספרים של אוניברסיטת חיפה בשיתוף עם הוצאת זמורה-ביתן, 1998
 דוב דינור, קסטנר - גילויים חדשים על האיש ופועלו, הוצאת גסטליט, חיפה, 1987;
 יוז'ף שילר, מפעל ההצלה בשטרסהוף, הוצאת בית לוחמי הגטאות, 1999
 פטר ס. נאג', מבצע קסטנר, הוצאת ירון גולן, 1997
 יוסף שפר, הנהגת המחתרת היהודית בהונגריה, "יד ושם", ירושלים, 1975
 שלמה אהרונסון, "ישראל קסטנר, OSS ותיאורית ראש החץ בנירנברג" מתוך משפט והיסטוריה, בעריכת דניאל גוטויין ומנחם מאוטנר, מרכז זלמן שזר, תשנ"ט
 אלי ריכנטל, האמנם נרצח פעמיים: פרשת קסטנר בראייה מחודשת, הוצאת הספרים של אוניברסיטת בן-גוריון, באר-שבע, תש"ע
 יעקב חרותי, "אמת אחת ולא שתיים", הוצאת יאיר, 2008
 אילה נדיבי, בין קראוס לקסטנר – המאבק על הצלת יהודי הונגריה, כרמל, ירושלים, 2014
 רות לנדאו, מחיר השתיקה - הנהגות היהודיות בסלובקיה ובהונגריה בתקופת השואה, רסלינג, 2022.
 דניאל פרידמן, קץ התמימות: משפט ושלטון בישראל, ידיעות ספרים, 2019, הפרק "'מכר את נפשו לשטן'", עמ' 220–257
 אילה נדיבי, רכבת קסטנר : על השקר והבגידה, כרמל, ירושלים, 2024

 Anna Porter, Kasztner's train / The true story of Rezso Kasztner, unknown hero of the Holocaust, Douglas & McIntyre, Vancouver/Toronto, 2007
 Ladislaus Lob, Dealing With Satan. Rezso Kasztner's daring rescue mission, Jonathan Cape, London, 2008
 Robert St. John, The man who played God (Doubleday, 1962)

 Olosz, Levente (2023). Narratívák fogságában [en: CAPTIVE OF NARRATIVES]. Budapest: Violence Research Institute

 קישורים חיצוניים 

 קסטנר, באתר דעת (מתוך: אתר שואת יהודי הונגריה)
 פסק הדין במשפט קסטנר והערעור, באתר דעת 

 סדרה: משפט קסטנר נגד גרינוולד - הפרוטוקולים ותיקי-עזר של משפט קסטנר באתר גנזך המדינה
 אלי אשד, האמת על פרשת ישראל קסטנר



 אתר ישראל קסטנר (באתר מופיעה רשימה מקורית של ניצולי "רכבת קסטנר")
 פענוח רצח ישראל קסטנר (1957), באתר השב"כ





 אדולף אייכמן על קסטנר  - מתוך הריאיון עם אייכמן שפורסם במגזין לייף ב-1960, באתר "נזכור"

 "הפרשה הפכה למשפט של תקופה שלמה" - על פרשת קסטנר בכתב העת המקוון "זיקה" באתר בית הספר הבינלאומי להוראת השואה ביד ושם

  ארכיון של קסטנר ביד ושם, דברים מפי בתו של קסטנר, דברים של אבנר שלו. יולי 2007, ארכיון הסרטונים של AP
  פרשת קסטנר, הרצאה של אריה ברנע, האוניברסיטה העברית, 2012 | חלק 1 | חלק 2 | חלק 3 | חלק 4 | חלק 5 | חלק 6 | חלק 7 | חלק 8 | חלק 9 | חלק 10 |
  משפט קסטנר - מבט חדש, הרצאה של דן לאור, אוניברסיטת תל אביב, 2010
  משפט קסטנר - בין הצלה לשיתוף פעולה, הרצאה של רוני שטאובר, אוניברסיטת תל אביב, ספריית וינר לחקר התקופה הנאצית והשואה, מאי 2016
  מרב מיכאלי מספרת על סבא שלה - קסטנר, בערוץ עמותת דורות ההמשך, מאי 2017


 המכתב שהתחיל את משפט קסטנר, באתר הספרייה הלאומית, מרץ 2018
 אילה שקלאר, "זיכרון קולקטיבי, זיכרון סלקטיבי: פרשת קסטנר ועיצוב זיכרון השואה בחברה הישראלית, היֹה היָה, במה צעירה להיסטוריה, גיליון 8 (תשע"א), עמ' 7–31
 אמנון לוי 


 אלי אשד, האמת על פרשת ישראל קסטנר, אתר "המולטי יקום של אלי אשד"
 על ישראל קסטנר ודברי נכדתו מרב מיכאלי, באתר הבמה-הרעיונית של מפלגת העבודה

  מלאך או עוזרו של השטן? | 57 שנים לגזר דינו של קסטנר: השאלות שנותרו ללא מענה והמסמכים שלא נחשפו ראיון עם נכדו של עו"ד שמואל תמיר
 אורון שוורץ, פרשת קסטנר | חלק 1: האיש שעשה עסקה עם השטן, בהסכת משפט חוזר, 18 באוקטובר 2022
 אורון שוורץ, פרשת קסטנר | חלק 2: האיש שעשה עסקה עם השטן, בהסכת משפט חוזר, 18 באוקטובר 2022

 אביה סלומון-חובב, לירז לחמנוביץ, "פרשת קסטנר והשפעתה על החברה הישראלית", אתר יד ושם,


  - רב שיח בארבעה פרקים בהנחיית מרב מיכאלי, נכדתו של קסטנר


 הערות שוליים 

קטגוריה:פעילים ציונים בהונגריה
קטגוריה:יהודים בשואה: הונגריה
קטגוריה:יהודים שפעלו להצלה בתקופת השואה
קטגוריה:עולים לאחר מלחמת העולם השנייה
קטגוריה:סחורה תמורת דם
קטגוריה:עובדי משרד המסחר והתעשייה
קטגוריה:עיתונאים יהודים רומנים
קטגוריה:עיתונאים יהודים הונגרים
קטגוריה:קורבנות רציחות פוליטיות בישראל
קטגוריה:אישים הקבורים בבית הקברות נחלת יצחק
קטגוריה:סגל אוי קלט
קטגוריה:עדים במשפטי פושעי מלחמה במלחמת העולם השנייה
קטגוריה:ערכים מומלצים שנבדקו
קטגוריה:כתבים מדיניים
קטגוריה:אנשי השנה של העולם הזה
קטגוריה:אדולף אייכמן
קטגוריה:יהודים אוסטרו-הונגרים
קטגוריה:ישראלים שנולדו ב-1906
קטגוריה:ישראלים שנפטרו ב-1957