אלטלנה

אָלטָלֶנָה (באיטלקית: Altalena; פירוש: נדנדה (שם העט של זאב ז'בוטינסקי, כאשר היה כתב באיטליה לפני מלחמת העולם הראשונה)) הייתה אונייה שנרכשה על ידי האצ"ל בקיץ 1947 והופגזה על ידי צה"ל ב-22 ביוני 1948, בזמן ההפוגה הראשונה במלחמת העצמאות.

הספינה הפליגה לישראל ביוני 1948 כשהיא מובילה על סיפונה כ-930 עולים, ציוד צבאי רב וציוד רפואי. הספינה הגיעה לחופי ישראל כחמישה שבועות לאחר קום מדינת ישראל וכשלושה שבועות לאחר שארגון האצ"ל הסכים להתפרק מנשקו ולהשתלב במסגרת צה"ל.

במהלך המשא-ומתן, שהתקיים טרם הגעת הספינה לחופי ישראל בין מי שהיה עד 15 במאי 1948 ראש הנהגת האצ"ל, ועתה ראש תנועת החירות, מנחם בגין, לבין נציגי ממשלת ישראל, התגלעו חילוקי דעות קשים בשאלה לאן יועבר הציוד הצבאי שעל הספינה. ב-15 במאי הודיע מנחם בגין על פירוק האצ"ל ועל הקמת תנועת החירות. קונקרטית התנהל הוויכוח על דרישת בגין למסור 20% מהנשק לאצ"ל בירושלים, שלכאורה הייתה אזור שלא בשליטת ממשלת ישראל, שכן ירושלים נועדה להיות שטח בין-לאומי. בגין ידע שמדובר בטיעון סרק, גם כי הוא עצמו ותנועתו דחו עקרונית את רעיון בינאום ירושלים וגם כי בהסכם לפירוק האצ"ל הופיעו המילים "בתחום ממשלת ישראל" כלומר שהממשלה ריבונית בכל זירה ובכל הקשר רלוונטי, כולל פעולות רכש, איסוף כספים ודיפלומטיה גלויה וסמויה מחוץ לארץ ישראל.

ישראל ראתה במטען הנשק דבר רצוי, אך חששה מהסתבכות בין-לאומית בשל תנאי ההפוגה. בנוסף התנגדה ממשלת ישראל להכתבת תנאים מצד ארגון שעקרונית לא היה חוקי, לצד העובדה שמדובר בארגון ששלושה שבועות קודם חתם על הסכם פירוק. הוסכם שבנסיבות הקיימות האונייה תגיע לחוף כפר ויתקין ותפרוק שם את מטענה בחשאי ולא בנמל תל אביב. בשעות הערב המאוחרות ב-20 ביוני 1948 הגיעה האונייה לחוף ויתקין, ושם הורדו העולים והחלה פריקת הציוד הצבאי שעל סיפונה. הממשלה החליטה לרכז כוח גדול שירתיע את אנשי האצ"ל מלקחת את הנשק וימנע קרב. בשעות הבוקר כותר אזור הנחיתה על ידי כוחות מחטיבת אלכסנדרוני, ומפקד החטיבה, דן אבן, הציב לאנשי אצ"ל אולטימטום למסור באופן מיידי את הנשק שנפרק מהאונייה לידי צה"ל. לאחר שנפרק חלק מהנשק התגלתה האונייה בידי האו"ם. פיקוד האצ"ל דחה את האולטימטום, ובשעות הערב של 21 ביוני פתחו כוחות האצ"ל באש לעבר כוחות צה"ל. כוחות צה"ל השיבו אש, ובעת הקרב נהרגו ארבעה אנשי אצ"ל ושני חיילי צה"ל. במקביל, חלק מחיילי אצ"ל נטשו את עמדותיהם וניסו להגיע לכפר ויתקין, ובקרב ליד בית דגן נהרגו שני אנשי אצ"ל נוספים. הספינה לא שעתה לפקודת אוניות חיל הים לעצור, ולאחר שמנחם בגין עלה על סיפונה, פרצה את המצור הימי שהטילו עליה אוניות חיל הים בפקודת הממשלה, ושמה פעמיה מחוף כפר ויתקין דרומה לכיוון תל אביב, בידיעה ששם יש ציבור אוהד רחב וכך, גם אם לא יצליחו לפרוק בביטחה את הנשק שעל סיפונה, יושג הישג פוליטי בדעת הקהל.

לאחר הגעת "אלטלנה" לחופי תל אביב בליל 22 ביוני נעשו ניסיונות נוספים להגיע לעמק השווה אבל ללא הועיל. בבוקר התחדשו חילופי האש, ובשעות אחר הצהריים הורה ראש הממשלה בן-גוריון לפיקוד העליון של צה"ל על הפצצת הספינה, היא הופגזה ועלתה באש, ונותרה שרופה על שרטון מול חופי תל אביב. למעלה משנה לאחר מכן הוטבעו שרידי הספינה מול חוף נבי רובין.

בעימותים בין כוחות צה"ל ולוחמי האצ"ל נהרגו 16 לוחמי אצ"ל, שלושה חיילי צה"ל, ונפצעו עשרות. זמן קצר לאחר סיום הפרשה נעצרו כ-200 אנשי אצ"ל במסגרת מבצע שכונה מבצע "טיהור". הארגון פורק ואנשיו השתלבו בצה"ל. הסוגיות שעלו בפרשה, ובהן הנחיצות בצבא מאוחד, שאלת הציות לממשלה והעיקרון של הימנעות ממלחמת אחים, ממשיכות לעורר פולמוס ציבורי ופוליטי לוהט עד היום. לימים כונה האירוע בשם "פרשת אלטלנה".

רקע
פרשת אלטלנה התרחשה במהלך ההפוגה הראשונה במלחמת העצמאות (11 ביוני – 9 ביולי 1948), זמן קצר לאחר הקמת מדינת ישראל. באותה תקופה הייתה המדינה נתונה במצב צבאי קשה, בעקבות פלישת צבאות ערב לשטח ארץ ישראל המנדטורית, שהחלה ב-15 במאי 1948. היא סבלה ממחסור חמור בציוד צבאי מכל הסוגים, ובמיוחד בנשק כבד (כלי רכב משוריינים, מטוסים וכלי ארטילריה), ונסיונותיה לרכוש נשק ולהביאו לישראל, נתקלו בקשיים חמורים עקב האמברגו שהוטל על ידי מועצת הביטחון של האו"ם, על אספקת נשק לצדדים היריבים במלחמה בא"י.

ההכנות להפלגת "אלטלנה", כולל מימון רכישת האונייה, איושה וציודה, נעשו לפני חתימת ההסכם לפירוק אצ"ל, אך הפלגתה והגעתה לחופי ישראל התרחשו לאחר שההסכם נחתם ב-1 ביוני. לפי ההסכם כוח האצ"ל בירושלים, שכונה "הגדוד הירושלמי", שמר על עצמאותו, אך יחידות אצ"ל אחרות הוכפפו לצה"ל, ושולבו כגדודים במספר חטיבות. ההסכם נחתם על רקע שאיפתו של ראש הממשלה, דוד בן-גוריון לאחד את כל הכוחות הצבאיים שפעלו במסגרת היישוב היהודי בא"י (ההגנה, הפלמ"ח, האצ"ל והלח"י) תחת מסגרת צבא הגנה לישראל, שיהיה כפוף למרות הממשלה הזמנית של מדינת ישראל.

לתהליך זה הייתה משמעות עמוקה עבור היישוב היהודי, שכן החלוקה לארגוני המחתרת השונים, הייתה מעוגנת בהתפלגות תרבותית ופוליטית של תנועות ערכיות שונות. תנועות אלו שאפו לשמר את עצמאותן, ולכן התנגדו למהלכיו של בן-גוריון להביא ליצירת מערכת ביטחונית ממלכתית אחת, שכולם סרים למרותה, לאחר הקמת המדינה. ההתנגשות והמתח הטבעי בין נטיית הממשלה לקבוע כי למדינה יש מונופול בלעדי על השימוש בכוח צבאי לבין נטיית תנועות פוליטיות שונות (במיוחד אצל מי שנקראו בשם "ארגוני הפורשים", שלפני קום המדינה לא קיבלו את מרות הנהגת ההסתדרות הציונית והנהגת היישוב) להמשיך במצב הקודם, שימשה מצע נוח לפרוץ עימותים סביב נושא זה, אשר פרשת אלטלנה סימנה את שיאם.

 רכש האונייה 
האונייה "אלטלנה" נרכשה בארצות הברית בקיץ 1947 על ידי "הוועד העברי לשחרור האומה", שהיה גוף פוליטי של אצ"ל בארצות הברית. היא שימשה במקור כנחתת טנקים של חיל הים האמריקני בשם LST 138. השם החדש שניתן לאונייה, "אלטלנה", שמשמעותו "נדנדה" באיטלקית, היה שם העט של זאב ז'בוטינסקי. במקור נועדה האונייה להביא עולים חברי אצ"ל מאירופה לארץ ישראל, אולם בסוף השנה הוחלט להשתמש בה גם כאוניית נשק. באונייה הפליגו כ-930 עולים שחלקם נועדו לגיוס לאצ"ל, חלקם ניצולי השואה, והיא הובילה על סיפונה ציוד צבאי רב. מרבית הציוד הצבאי שהועמס על האונייה (נשק ששוויו הוערך בכ-153 מיליון פרנק צרפתי) הועבר לידי האצ"ל בחינם על ידי ממשלת צרפת, במסגרת הסכם חשאי שנחתם בין נציג האצ"ל בצרפת, ד"ר שמואל אריאל"ילקוט אריאל - האיש של אלטלנה" בעריכת אהרון אמיר ובהוצאת מכון ז'בוטינסקי - 1994., לז'ורז' בידו , שר החוץ הצרפתי. ד"ר אריאל שיכנע את הצרפתים שאם אצ"ל יגיע לשלטון במדינת ישראל בבחירות החוקיות הראשונות, הוא יסייע לצרפת במימוש חלומה לחזור למזרח התיכון. צרפת עדיין הייתה רדופת הגירוש שלה ב-1946 על ידי בריטניה משליטתה המנדטורית בסוריה, לבנון והלבנט, וחיפשה נקם.שלמה נקדימון, איפה נמצא היום התותח שהפגיז את הספינה אלטלנה לפני 63 שנה?, הבמה הרעיונית של תנועת העבודה, 25 ביוני 2011. הסבר אפשרי אחר הוא חששה של ממשלת צרפת מהשתלטות צבא ירדן על ירושלים, ורצונה לשמור על האינטרסים המיוחדים של צרפת בעיר באמצעות חימוש הצבא הישראלי (הצרפתים היו מעוניינים שירושלים תישאר מובלעת בחסות בין-לאומית, בהתאם להחלטת החלוקה). פרטי ההסכם אינם ברורים. חלק קטן מהנשק שהיה על סיפון "אלטלנה" נקנה על ידי נציגי האצ"ל מידי ארגונים ספרדיים אנטי פשיסטיים בצרפת, קומוניסטים צרפתים ולוחמי מחתרות אנטי נאציות.

לפי עדותו של מפקד האונייה, אליהו לנקין, הציוד הצבאי שהועמס על "אלטלנה" כלל כ-5,000 רובים, 450 מקלעים, 5 זחל"מים, כמה אלפי פצצות מטוסים וכארבעה מיליון כדורים. כמו כן הכילה האונייה ציוד רפואי רב (כולל חדר ניתוח) ומדים לרוב. רב החובל של האונייה היה מונרו (עמנואל) פיין, יהודי ששירת בצי האמריקאי.

מהלך הפרשה
הפלגת האונייה
שמאל|ממוזער|250px|דגם של הספינה "אלטלנה"האונייה הייתה אמורה להגיע לישראל ב-15 במאי 1948, אך מאחר שרכישת הנשק וארגון הלוחמים ארכו זמן רב, יציאתה התעכבה, והיא הפליגה מצרפת רק ב-11 ביוני. עיכוב זה היה משמעותי ביותר, שכן כתוצאה ממנו "אלטלנה" הגיעה לחופי ישראל רק לאחר כניסתה לתוקף של ההפוגה הראשונה במלחמה בא"י. בינתיים, נחתם ב-1 ביוני הסכם על שילוב אצ"ל בצה"ל, שבמסגרתו הוסכם שהאצ"ל יפסיק כל פעילות עצמאית לרכישת נשק. מנחם בגין חתם על ההסכם בשם האצ"ל. בעקבות ההסכם מסרו נציגי אצ"ל לממשלת ישראל על קיום אוניית הנשק ועל תוכנית ההפלגה שלה, אך מועד ההפלגה המדויק שלה מצרפת לא היה ידוע להם.

ממוזער|250px|אנשים על סיפון האונייה אלטלנה

את ההחלטה על מועד ההפלגה הסופי של האונייה קיבל שמואל כץ, ששימש כמנהל מפקדת האצ"ל באירופה. הוא החליט לא להודיע להנהגת האצ"ל בישראל על מועד ההפלגה, משום שלטענתו "לא חשב שהדבר נחוץ", טעות שהתבררה בדיעבד כגורלית.

האונייה יצאה לדרכה בחשאי, מבלי להודיע למפקדת אצ"ל בישראל, אך דבר הפלגתה התגלה על ידי הסוורים בנמל שפתחו בשביתה והדליפו זאת לצהובון בריטי (כנראה בשל מסדר שנעשה בנמל לפני העלייה) וממנו הגיעה השמועה לרויטרס, ל-AP, ולבסוף גם ל-BBC. שם שמע לראשונה מנחם בגין, מפקד אצ"ל, על ההפלגה. בגין ניסה לעכב את הגעת האונייה, אך ללא הצלחה. לטענת אליהו לנקין, מפקד האונייה, הסיבה הייתה בעיות קשר אך יש הטוענים כי לנקין העמיד פנים שמערכת הקשר לא עובדת.

משא ומתן
ממוזער|250px|מנחם בגין עם פעילי אצ"ל לשעבר, בציון שנה לאירועי האלטלנה, יוני 1949.
נציגי הממשלה הציעו למנחם בגין שהממשלה תרכוש את כל הנשק שעל הסיפון, ובשל כך נערכה ישיבה של מפקדי האצ"ל ובה נדונה הצעת הרכישה. בגין התנגד נחרצות בטענה כי אנשי האצ"ל אינם סוחרי נשק. ב-15 ביוני נועד מנחם בגין עם נציגי ממשלת ישראל, והודיע להם כי האונייה מפליגה לעבר חופי ישראל בניגוד להוראתו. ישראל גלילי העביר לבגין את הנחיית ראש הממשלה, דוד בן-גוריון, כי על האונייה להגיע במהירות, שדר שהצליח להגיע אל האונייה. בליל 16 ביוני התקיימה פגישה בין נציגי אצ"ל לנציגי משרד הביטחון, שבה עלו חילוקי דעות בדבר חוף היעד של "אלטלנה". בבוקר אותו היום, הודיעו לוי אשכול וגלילי לבן-גוריון על האונייה. בן-גוריון רשם ביומנו כי:

בניגוד להצעת אצ"ל שהספינה תפרוק את העולים והציוד הצבאי שעל סיפונה בנמל תל אביב, שם היו לאצ"ל תומכים רבים, החליטה הממשלה שהיא תעגון בחוף כפר ויתקין, במאמץ לשמור בסוד את דבר קיומה ממשקיפי האו"ם.

למרות הסיכום במחלוקת בדבר חוף היעד, נותרה אי-הסכמה משמעותית בנוגע לחלוקת הנשק שעל סיפון האונייה: בגין דרש כי חמישית מהנשק יועבר ל"גדוד הירושלמי", והשאר ליחידות צה"ל עם קדימות ליחידות אצ"ל. בן-גוריון הסכים שחלק מהנשק יועבר לירושלים, אך עמד על כך ששאר הנשק יופקד ישירות בידי צה"ל ללא תנאים מוקדמים, ורק לאחר מכן יוחלט מה ייעשה בו. עיתוי ההגעה של אלטלנה לחופי ישראל, יצר בעיה נוספת לממשלת ישראל, משום שהספינה נשאה ציוד צבאי, והנשק שהיה על סיפונה היווה הפרה של החלטת אמברגו הנשק של מועצת הביטחון ושל תנאי ההפוגה.

ישיבת הממשלה ב-20 ביוני
ב-20 ביוני, בשעות הערב, נערכה ישיבת ממשלה שעסקה בנושאים שונים, ביניהם המצב החמור בירושלים. בסוף הישיבה ניתנה סקירה של התפתחות הפרשה. לפי הדיווח, הייתה בחוף ויתקין התכנסות כ-500 אנשי אצ"ל.

בן-גוריון הודיע כי: 

בן-גוריון העלה חשש נוסף והוא החלשת מעמדה של הממשלה במגעים עם שליח האו"ם לארץ ישראל, הרוזן ברנדוט, משום שהאחרון עלול להגיע למסקנה כי הממשלה הזמנית אינה שולטת במתרחש במדינת ישראל. לדברי מיכאל בר-זוהר, בן-גוריון חשש גם מהאפשרות שהאצ"ל יתקומם.

כל השרים שדיברו בישיבה, כולל מרדכי בנטוב, הרב פישמן מימון ויצחק גרינבוים, אחזו בדעה כי עדיף להימנע מקרב ככל האפשר, ולשם כך יש לרכז כוח גדול שירתיע את אנשי האצ"ל. כפי שביטא זאת גרינבוים: .

עלה גם החשש כי כוחות צה"ל במקום לא יספיקו להתארגן בזמן כדי למנוע פריקה של מספיק נשק כך שיתפתח משבר רציני עוד יותר. הרב פישמן טען כי "אם אפשר לרכז כוח במידה שיספיק כדי לאיים עליהם – צריך לעשות את הדבר." לכך ענה בן-גוריון: "לאיים אפשר רק אם מוכנים גם לפעול. הם אינם ילדים ויש ערך לאיום רק כשהוא רציני... אם נכון הדבר שיש להם 5,000 רובים ו-250 מכונות ירייה הרי מה שהם עושים עתה הוא משחק ילדים לעומת מה שיעשו מחר. ואז תהיה שתי מדינות ושני צבאות." הרב פישמן שאל אם צריך לתת התראה לבגין ובן-גוריון אמר: "כמובן שכן".

בן-גוריון הבהיר כי מטרת הכוח היא מניעת הורדת הנשק לחוף, ואם אין ברירה ייעשה שימוש בכוח. שמונה שרים הצביעו בעד, ושר אחד, הרב פישמן, נמנע. נוסח ההחלטה הוא "מחליטים פה אחד לתת סמכות למטה לפעולה נגדית, אם ירכז כוח מספיק במועד הדרוש. על המפקד במקום להשתדל למנוע בלי כוח, אם לא יקבלו דינו – ישתמש בכוח".

הגעת האונייה לכפר ויתקין
שמאל|ממוזער|250px|מזח כפר ויתקין בחוף בית ינאי
האונייה הגיעה לכפר ויתקין בשעות הערב המאוחרות של 20 ביוני, והחלה לפרוק אנשים וציוד. בין המקבלים את פניה היו מספר חברי אצ"ל, ובתוכם בגין עצמו, מספר חיילי הפלי"ם (פלוגות הים של הפלמ"ח) שהתאמנו בפעולות הנחתה וחברי מושב הדייגים מכמורת. חיילי הפלי"ם סייעו בפריקת העולים מהספינה. משהחל הוויכוח על יתרת הנשק שנותר בספינה, הוציאו חיילי הפלי"ם את סירותיהם מכלל שימוש וטענו כי אינם יכולים להמשיך בפריקה.

בשעה 11.00 בערב שיגר יגאל ידין, ראש אגף המבצעים במטכ"ל צה"ל, מברק למפקדי חטיבות "קרייתי" ו"גבעתי": "לרגל אפשרות של התקוממות גדודי האצ"ל לפקודתך בעקב פעולות העלולות להתרחש מהלילה, עליך לנקוט בכל האמצעים הפרבנטיבים שהגדודים הנ"ל לא יוכלו לבצע את ההתקוממות הזאת". חיילי חטיבת גבעתי סירבו לבצע את המשימה. לאור זאת, נדרש דן אבן (אפשטין), מפקד חטיבת אלכסנדרוני, לכתר עם חייליו את כפר ויתקין, ולהחרים את ציוד האונייה. בנוסף לחטיבת אלכסנדרוני הובאו למקום כוחות מחטיבה 7, גדוד 89 (הקומנדו מחטיבה 8 בפיקודו של משה דיין) ופלוגה מהגדוד השישי (שהובאה ממחנה פרדס-חנה).

פקודת הכיתור של כוחות אצ"ל על ידי כוחות צה"ל, הושלמה בבוקר יום המחרת, 21 ביוני. אנשי אצ"ל ראו בזמן זה שתי אוניות מלחמה של צה"ל שסוגרות על האלטלנה מהים. בשעות הבוקר ניסו משאיות האצ"ל לצאת החוצה אבל נתקלו במחסומים של צה"ל. את המחסום הראשון פרקו ואילו במחסום השני נתקלו בחיילי צה"ל שאיימו לפתוח באש אם ינסו לפרוץ את המחסום.

מספר דקות לאחר מכן, שלח דן אבן שליח לבגין עם אולטימטום קצר מטעם משרד הביטחון, למסירת האונייה על תכולתה לרשות הצבא. האולטימטום דרש תשובה תוך 10 דקות. הנימוק שניתן על ידי הממשלה לזמן הקצר היה כי שהות ארוכה בחוף עלולה לגרום לנהירה המונית של אנשי אצ"ל לחוף ולהחרפת העימות בין שני הצדדים. בנאום לפני העולים החדשים על סיפון אלטלנה, אמר בגין שהנשק שעל הספינה נועד ליחידות האצ"ל כדי להגן על ירושלים, ולכן אין כוונה למסור אותו לרשות צה"ל. עוד אמר שהאצ"ל יגן על ירושלים וצבא ההגנה לישראל (הגנה בהדגשה – בציניות) יגן על תל אביב.

בגין ראה באולטימטום הדחוק עלבון, וסגנו יעקב מרידור ניסח זאת כך: "איך זה תוך עשר דקות נותנים אולטימטום? מה זה? אנחנו פושעים? איזו גישה זאת? לא עשינו בשביל המולדת משהו, כדי שהם יוכלו לתת את הפקודות האלה? זה קומם אותנו". בגין טען זמן קצר לאחר מכן כי לא הייתה לו אפשרות לענות תוך עשר דקות וכי הוא רוצה לדבר עם דן אבן.

חלפו עוד מספר שעות שבהן אנשי האצ"ל המשיכו לפרוק את ארגזי הנשק מהספינה, ללא מימוש האולטימטום.

לפי בן-גוריון, היות שניתנו הוראות ברורות לפיקוד הצבא, לא היה לו יותר מה לעשות, והוא לא היה מעורב בנושא עד לפנות ערב. ראש אגף מבצעים, יגאל ידין (שתפקד בעצם כרמטכ"ל באותו זמן) נסע לכפר ויתקין בעצמו וניהל את הפעולות שם.

גילוי האונייה על ידי כוחות האו"ם
אנשי האו"ם גילו את דבר בוא ספינת הנשק ואת מקום עגינתה. מספר שעות לאחר הגעתה, בשעות הבוקר של 21 ביוני, נשלח לחוף ויתקין מטוס של האו"ם שחג מעל הספינה. אנשי האצ"ל הבינו כי קיומה התגלה. למרות זאת המשיכו אנשי האצ"ל בפעולות פריקת הנשק. מאוחר יותר שלח האו"ם גם שני פקחים לכיוון הספינה אולם אנשי האצ"ל מנעו מהם להתקרב אליה.

טיסת האווירון מעל האונייה נודעה לשר החוץ משה שרת בשעות הבוקר של אותו יום. יתר על כן, לטענת שרת, עוד באותו בוקר כינסו אנשי האצ"ל עיתונאים ודיווחו על האונייה לכתבים, ומשם הדבר הגיע גם לאנשי האו"ם. שרת הגיע למסקנה כי משרד החוץ חייב לדווח לאו"ם על הנושא כדי שישראל לא תואשם בהפרת האמברגו.
בשעות אחר הצהריים של אותו יום, שלחו אנשי האו"ם שליחים לשרת כדי לקבל הבהרות. שרת היה באותו זמן עסוק בכתיבת מכתב לאנשי האו"ם לדווח על האונייה ועל כך שמדובר במורדים נגד המדינה. אנשי האו"ם סברו בתחילה כי מדובר בהגעתן של שלוש ספינות נשק, אולם הובהר להן כי שתי ספינות הן ספינות משמר החופים.

קרב בכפר ויתקין
נוכח הסירוב להיענות לאולטימטום, ומשניסו משאיות הנשק לפרוץ את המצור, בשעות הערב של 21 ביוני פתחו אנשי האצ"ל באש לעבר חיילי צה"ל. הם הרגו שני חיילי צה"ל, ובחילופי האש שלאחר מכן נהרגו ארבעה אנשי אצ"ל. בנוסף נפצעו 14 אנשי אצ"ל ושלושה חיילי צה"ל. מפקד האצ"ל במקום ביקש הפוגה של 45 דקות לפינוי הפצועים, בכלי רכב של האצ"ל. מפקדי צה"ל במקום הסכימו להפסקת האש ולפינוי הפצועים ברכבים של צה"ל. בשעה תשע בערב הודיע "קול ישראל" כי הוטל עוצר על העיר נתניה.

רוב הנשק שהביאה האונייה נותר בה, אבל חלק ממנו נפרק לחוף. לפי הערכת תנועת החרות, כ-2,000 רובים (כ-40% מהרובים באונייה), מאות מכונות ירייה וכמיליון כדורים (25%) נפרקו לחוף והגיעו בסופו של דבר לידי צה"ל. גם לפי הערכת הממשלה חלק מהנשק נפרק בחוף אבל רובו נותר באונייה.

בשלב זה האונייה נמלטה אל לב ים ועל סיפונה בגין וכ-100 אנשי אצ"ל, מיעוטם עולים. לפי מרידור הסיבה לכך הייתה חשש לחייו של בגין. בגין עצמו נימק את ההפלגה ברצון להתייעץ עם חבריו ולהגיע להסדר לפריקת הנשק. האונייה הפליגה בתחילה לכיוון חיפה אך סבה לתל אביב בפקודת ספינות חיל הים.

ביום המחרת, 22 ביוני, הסכים יעקב מרידור שנותר כמפקד האצ"ל בכפר ויתקין להיכנע. הדבר כלל מסירת כלי הנשק והרכבים במקום לידי צה"ל, ומסירת מכתב אישי מכל אחד מאנשי האצ"ל שיספק את פרטיו וכן התחייבות להופיע בפני השלטונות אם יידרשו לכך. שני הצדדים התחייבו לשחרר שבויים שהיו בידם.

קרב בבית דגן
אנשי אצ"ל לשעבר שהיו בגדודי צה"ל בדרום הארץ, עזבו את עמדותיהם כדי לסייע לכוחות האצ"ל. ב-21 ביוני, כוח של לוחמי אצ"ל לשעבר שגויסו לגדוד 57 של חטיבת גבעתי, נטש את עמדותיו בחזית ליד רמלה (שטרם נכבשה), השתלט על נשק ועל כלי רכב של צה"ל ויצא בשיירה לכיוון כפר ויתקין.

השיירה נעצרה במחסום בבית דגן שאויש על ידי אנשי חטיבת קרייתי שניסו לעצור את התקדמותה. הם סירבו להישמע לפקודה לחזור לבסיס. בקרב שהתפתח נהרגו שני אנשי אצ"ל. אחד מהם היה  ומספר חיילי צה"ל נפצעו. שיירת אנשי אצ"ל גברו על כוח צה"ל, פרצו את המחסום, בזזו את הציוד הצבאי שהיה במקום והמשיכו בנסיעה מהירה לעבר חוף הים. בן-גוריון דיווח על התקרית בישיבת הממשלה למחרת, באומרו כי הכוח חסם את הדרך וכי אנשיו מנעו ממנו לשוב לתל אביב בשל כך.

ניסיונות תיווך ב-21 ביוני
במשך 21 ביוני ניסה שר הפנים ונציג הציונים הכלליים יצחק גרינבוים לקיים דיונים עם אנשי האצ"ל שהיו מעורבים בהסדר הקודם. הצעתו הייתה שהנשק יוכנס למחסנים תחת שמירה משותפת של האצ"ל ושל צה"ל, והנשק יהיה מיועד לציוד הגדודים של צה"ל. גרינבוים היה סבור שהמטרה היא לא להכניע את האצ"ל בכל מחיר, אלא לסיים את הפרשה בשלום – גם על ידי משא ומתן. הצעת גרינבוים הייתה שהנשק יימסר לצבא, לפי מה שהוסכם קודם, תופרש 20% מכמות הנשק לירושלים (לא ברור אם החלוקה היא בידי האצ"ל או צה"ל) הצבא יתחשב בכך שהאצ"ל הביא את הנשק וקודם כול יופרש חלק מהנשק להשלמת ציודם של שני גדודי האצ"ל אם נדרש, וכן ציוד של גדודי האצ"ל נוספים.

הרב פישמן, גרינבוים ושפירא הציעו לקדם תיווך וישיבת ממשלה. גרינבוים ניסה במשך שעות להגיע לבן-גוריון אבל נכשל בכך. לבסוף כתב מכתב שהגיע אל בן-גוריון בשעות הערב. הוא קיבל תגובה חריפה מבן-גוריון, על כך שהוסכם שלא יהיה משא ומתן נוסף. הנימוקים לכך ניתנו בישיבת הממשלה שהתקיימה למחרת – בעוד שבעיני האצ"ל השאלה המרכזית הייתה ועודנה כיצד יחולק הנשק, בעיני הממשלה השאלה המרכזית היא כיצד לשמור על סמכות המדינה.

קרב ימי עם אוניות חיל הים
בשעה 21:15 פנתה אלטלנה לעבר תל אביב. שתי קורבטות, "אח"י וג'ווד" ו"אח"י אילת", בפיקודו של מפקד חיל הים פול שולמן, נשלחו כדי לרדוף אחר אלטלנה ולמנוע ממנה להגיע לחופי תל אביב. כדי למנוע את הטבעתה ניסתה אלטלנה להיצמד ככל האפשר לקרבת החופים. הווג'ווד ואילת ניסו ליצור עם אלטלנה קשר ולבקש ממנה לפנות ללב ים באֲמַתְלוֹת שונות, אולם לנקין עשה עצמו כלא מבין והתעלם מהמסרים.

אח"י אילת ירתה בתותחי 20 מ"מ על אלטלנה, בזמן שזו חמקה דרומה בשעות החשכה. אלטלנה השיבה אש מקלעים שלא פגעה ולא גרמה נזק. בהמשך התפתח קרב ימי קצר עם אח"י וג'ווד, שבו נעשו חילופי אש מקלעים. חייל צה"ל, איש האצ"ל לשעבר, ששירת בווג'ווד נפצע בקרב.

בשתי אוניות חיל הים פרצו מרידות זוטא. ישראלים ומתנדבים שנמנו עם הצוותים סירבו למלא פקודת ירי. לפי שלמה נקדימון סיפרו לצוותים סיפור כוזב שמדובר באוניית אויב ערבית.

אלטלנה הייתה בעלת יכולות תמרון טובות יותר מאוניית חיל הים והיא הצליחה להתחמק לחוף תל אביב.

 עגינת האונייה בתל אביב
ממוזער|אלטלנה עוגנת בחופי תל אביב, בנו רותנברג, אוסף מיתר, הספרייה הלאומית
ב-22 ביוני בשעה 00:30 השליכה אלטלנה עוגן מול מלון "קטה דן", סמוך למטה הפלמ"ח ולרחוב פרישמן. על פי הצעת מפקד האונייה אליהו לנקין, העלה אותה רב החובל מונרו פיין על שרטון, שריד של אוניית המעפילים "טייגר היל" שטבעה ב–1939. נימוקו היה כי "עכשיו יהיה ברור לכל אחד שאונייה על שרטון איננה עוסקת במרידות".

במהלך אותו הלילה ניסו אנשי הפלמ"ח והמטכ"ל מספר פעמים להידבר עם האנשים שעל האונייה, ואף להתקרב אליה באמצעות שחייה וסירות, אך בלא הועיל. אנשי האונייה דרשו להיפגש עם חברי מפקדת האצ"ל בתל אביב ולהתייעץ עימם, ולא הרשו לנציגי צה"ל לעלות על סיפונה על מנת לערוך ביקורת.

במקום היו כוחות של חיל המשמר (חי"ם) שהורכב מחיילים בעלי כושר לקוי או גיל גבוה. על הגנת תל אביב הופקדה חטיבת קרייתי ויחידות משנה שלה, שנערכו לתפיסת החוף מול האונייה. במהלך הלילה נסגרו רחובות ובתי קפה על הטיילת התרוקנו ממבליהם. נשלחו פטרולים ונערכה כוננות למניעת ירידה מהספינה, עם הוראות לפתיחה באש.

האלוף מיכאל בן-גל, מפקד קרייתי, שלח פקודת מבצע שבה נרשם: "על אוניית נשק שהגיעה לחופי הארץ השתלטו כוחות האצ"ל. ממשלת מדינת ישראל החליטה פה אחד וציוותה לצבא ההגנה לישראל לנקוט בכל האמצעים להעברת הנשק לרשות הממשלה". פקודת המבצע הורתה על גיוס מיידי של "כל הכוחות שבמרחב ההגנה של תל אביב... במגמה לחסום בדרכים ידועות כל תנועה, חוץ מנושאי תעודות ש.ב. (שירות ביטחון), מכוניות אספקה ויחידות צבא שלנו". ברחובות הסמוכים לים היו ממוקמים מטות ומפקדות שונים של צה"ל, שבמטכ"ל התייחסו אליהם כאל יעד אפשרי. בן-גל הורה להגביר את השמירה על מוסדות הממשלה ומרכזים אחרים.

באמצע הלילה נערך ניסיון להוריד סירה מאלטלנה על מנת ליצור קשר עם מפקדת האצ"ל שהייתה ממוקמת בבניין בית החולים "פרויד" ברחוב לילינבלום תל אביב. אש שנורתה מתוך עמדת שקי החול שלמרגלות מטה הפלמ"ח אילצה את הסירה לחזור.

ניסיונות משא ומתן בליל 21–22 ביוני
בשעות הלילה התקיימו מגעים בין גורמים שונים. שליח העביר פתקים בין בגין על האונייה לבין חיים לנדאו, בכיר במפקדת האצ"ל שהיה מעורב במגעים על המיזוג בצה"ל.

בשעה 03:40 יזם צבי אורבך, מפקד כוחות החי"ם (חיל המשמר) בחטיבת קרייתי, שפיקד על הכוחות בגזרת חוף תל אביב, שיחות בין גלילי וידין שהיו במטכ"ל, לבין לנדאו, איתן לבני, מפקד גדוד האצ"ל בצה"ל ובן ציון קצנלבוגן מוותיקי האצ"ל. בשעה 04:00 לפנות בוקר דיווחו גלילי וידין לבן-גוריון בביתו על כישלון המגעים. לדברי גלילי, בשיחה זו אמר בן-גוריון שלא יהיה מנוס משימוש בכוח, לרבות תותחים. בסיום המפגש הסמיך בן-גוריון את שניהם להמשיך לנהל את המגעים עם האצ"ל והורה להם לנקוט "שפה איתנה" במשא ומתן עם נציגיו. גם סבב נוסף של שיחות כשל.

בבוקר ניסה מפקד חיל המשמר להידבר עם האונייה אך הוא סולק ממנה.

ישיבת הממשלה בבוקר 22 ביוני
בישיבת הממשלה באותו בוקר האשים בן-גוריון את פיקוד האצ"ל בהפרת ההסכמים. הוא טען שאלטלנה נכנעה בלילה לספינות חיל הים, שהדביקו אותה בחוף תל אביב, אבל לאחר מכן התעלמה מפקודה לשוב אל קיסריה. בן-גוריון סיפר לשרים כי בשעות הבוקר התנהל משא ומתן עם פיקוד האצ"ל על האונייה, במהלכו הם נדרשו לתת לנציג הממשלה לעלות לאונייה, כדי להגיש את תביעות הממשלה, אולם אנשי האצ"ל התנו את הסכמתם בכך, שמפקדי האצ"ל יורשו גם הם לעלות על סיפונה להתייעצות, דרישה שנדחתה על ידי מנהלי המשא ומתן מטעם הממשלה הזמנית. לסיכום אמר בן-גוריון: "מתברר שזו הייתה תרמית: הודיעו שנכנעים – ולא נכנעו."

במהלך הישיבה תודרכו השרים לגבי אירועי יום אמש ולגבי עגינת האונייה בחוף תל אביב. בקרב חברי הממשלה, שהשתתפו בישיבה, התגלעו חילוקי דעות ביחס לדרך הטיפול באלטלנה. נציגי מפ"ם (אהרן ציזלינג ומרדכי בנטוב) ומפא"י (בן-גוריון, משה שרת ואליעזר קפלן) בממשלה, בתמיכת השרים פליכס רוזנבליט ובכור שיטרית תמכו בנקיטת גישה תקיפה ובלתי מתפשרת כלפי אנשי האצ"ל על האונייה, בעוד נציגי המפלגות הדתיות (משה חיים שפירא והרב פישמן) והציונים הכלליים (יצחק גרינבוים ופרץ ברנשטיין) תמכו בגישה פשרנית יותר, ובהמשך ניהול משא ומתן עם נציגי האצ"ל, בתקווה להגיע בכל זאת לפשרה מוסכמת. מרבית השרים ראו בפעולות האצ"ל מרד נגד סמכות הממשלה הזמנית. הם העלו חששות שונים כמו פרוץ מלחמת אחים בשל הפרשה, ופגיעה אנושה ביכולת להחזיק מעמד מול צבאות ערב.

גרינבוים הסביר במהלך ישיבה את הצעת הפשרה שלו לסיום המשבר עם האצ"ל. הוא הביע חשש, שהפעלת כוח צבאי להכנעת אלטלנה, עלולה לדחוף את הארגון לחזור בו מהסכמתו להשתלב במסגרת צה"ל, ולרדת שוב למחתרת, הפועלת נגד ממשלת ישראל. יחד עם הרב פישמן ומשה שפירא, הוא הציע להפסיק את העימות הצבאי עם האצ"ל ולבחור ועדת שרים בת שלושה חברים, לניהול משא ומתן עם נציגיו. רוב השרים התנגדו לקיום משא ומתן כזה. שר החוץ, משה שרת טען בתקיפות כי לא מדובר כאן בריב בין "שתי כנופיות" אלא בארגון שמפר הסכם עם הממשלה וממאן להישמע להוראותיה. בעוד שבתחילת הפרשה, ובעיני האצ"ל גם בסופה, "העיקר היה עניין חלוקת הנשק" – מצהירים בן-גוריון ושרת כי "העיקר היה סמכות מדינת ישראל", ולכן אין להיכנס למשא ומתן נוסף עד לקבלת תנאי הממשלה על ידי האצ"ל.

לפי בן-גוריון:

בשלב זה אנשי האצ"ל עדיין קיוו לפרוק את הנשק שנותר באונייה בחוף תל אביב, ולאחר מכן להגיע להסדר כלשהו עם הממשלה. לממשלה הזמנית היה ברור בשלב זה, כי לאחר גילוי האונייה, והגעתה לחוף תל אביב, לא ניתן עוד להסתיר את פריקת הנשק ממנה ממשקיפי האו"ם, וישראל אינה יכולה להרשות לעצמה את המחיר המדיני של פריקת הנשק מאלטלנה בניגוד להחלטת האמברגו של מועצת הביטחון של האו"ם. עוד קודם לכן עלה חשש מכך, שמועצת הביטחון עלולה למנוע הגעה של אוניות עם עולים מאירופה לישראל, אם ברנדוט לא יסמוך על הבטחות ממשלת ישראל. שרת אמר במהלך הישיבה, כי לאחר תום ההפוגה השנייה, הוא יצליח לשכנע את האו"ם למסור את הנשק הנותר לידי צה"ל. כמו כן שרי הממשלה חששו מהפצצת האונייה על ידי הערבים מיד בתום ההפוגה. הממשלה החליטה כי לאחר כניעת האונייה, היא תבקש מנציגי האו"ם לפרוק את הנשק ממנה, כדי לשים אותו תחת פיקוח האו"ם, או לחלופין להשאיר את הנשק על האונייה תחת פיקוח האו"ם עד לגמר ההפוגה. הממשלה גם החליטה כי אם האונייה תציע להפליג חזרה לים ולחזור רק באישור הממשלה, היא תשקול את הנושא מאוחר יותר, בהתאם לתפיסה כי הנושא העיקרי העומד על הפרק הוא לא גורל הנשק שעל האונייה, אלא הציות לסמכותה של הנהגת המדינה היהודית הצעירה (הממשלה הזמנית).

הממשלה דחתה ברוב של 6 מול 4 את הצעה להקים ועדה למשא ומתן עם האצ"ל. ברוב של 7 מול 2 החליטה הממשלה לדרוש שהאצ"ל ימסור את כל הציוד הצבאי שעל סיפון אלטלנה לידי צה"ל ורשויות המדינה. בן-גוריון הבהיר בתום הישיבה "אני רוצה שיהיה ברור מה החלטה שקבלנו. אנחנו החלטנו שדורשים מהם למסור את האונייה. אם לא יסכימו - פירוש ההחלטה כפי שהבינותי שיש להשתמש בכוח כמו בכפר ויתקין - לתקוף אותם בכוח כזה שיהיו נאלצים להיכנע, במקרה ויפנו אלינו ויודיעו שהם מסלקים את האונייה מחוץ הארץ - תדון הממשלה בדבר ותתן להם תשובה. אני מניח שאין ערור על כך שזהו פירוש ההחלטה: לעשות הכל למען שאפשר יהיה לתפוס את האונייה בלי שפיכת דמים. אבל אם לא תהיה דרך אחרת - להשתמש בכוח".

היערכות בחופי תל אביב
בשעות הבוקר של 22 ביוני נתן בן-גוריון לראש אג"מ (והרמטכ"ל בפועל), יגאל ידין, הוראה לפיה: "עליך לעשות את כל הצעדים, ריכוז צבא, כוח אש (תותחים, מכונות ירייה), זורקי להבות ... למען הבא את האונייה לכניעה ללא תנאי". בעקבות הוראה זו נשלחו כוחות מחטיבות יפתח, כרמלי והנגב לאזור תל אביב וסוללת תותחים הוצבה באזור מחנה יונה.

בשעות הבוקר הסתננו אנשי אצ"ל ואוהדי הארגון לאזור החוף של תל אביב, באזור שבין חוף גורדון לחוף ירושלים של תל אביב המודרנית. לפני הצהריים הם פרקו מנשקם את אנשי החי"ם, ויצרו ראש גשר לאלטלנה. לאחר איבוד שליטה במצב מצד חי"ם הועבר הפיקוד לצה"ל. בשלב זה מפקדת חיל הים שבמלון "סן רמו" בסמוך לאלנבי הייתה נצורה בשטח שבידי האצ"ל.

שידור מטעם ארגון האצ"ל טען כי כוחות עצומים של צה"ל מתכוונים לבצע התקפה רצחנית על יחידות האצ"ל. אנשי הארגון גם איימו בהתפשטות הסכסוך על פני כל הארץ.
בשעה 09:45 החלה האונייה לכרוז לחוף שלא להפריע לה להוריד את הנשק.

משעה עשר בבוקר לערך פיקד יצחק רבין על כוחות צה"ל שהגנו על מטה הפלמ"ח במלון "ריץ" בחוף תל אביב לשם נקלע במקרה עם זוגתו. הוא ציין בספרו פנקס שירות, שבקרב הכוחות נפוצו שמועות על כך ש"האצ"ל מתכוון להשתלט על תל אביב כולה". הוא כתב שפעילי אצ"ל השתלטו על כמה עמדות סמוך לחוף ולוחמי חטיבת קרייתי נטשו את עמדותיהם על מנת להימנע מלהשתתף במלחמת האחים. לעומתם מחלקה אחת של חיילי חטיבת גבעתי לא נסוגה מעמדותיה.

תחילת הקרב בתל אביב
סמוך לשעה 12 בצהריים, שידרה אלטלנה לחוף כי היא תחל בפריקת הנשק ואם יפריעו להם בכך – יפתחו באש. דבר זה הוביל להיערכות רבה בחוף. עיתונאים שהיו במועדון "סקופוס" נדרשו לעזוב בגלל סכנת קרב.

עקב אי התקדמות במגעים, החליטו אנשי האצ"ל לשלוח סירה עם אמצעי לחימה כלחץ על נציגי הממשלה לפתוח במשא ובמתן. היה ברור שמדובר בפרובוקציה, אבל ההנחה הייתה כי הדבר יקדם את המשא ומתן. יונה פרגר שהיה בעל ניסיון רב מונה לפקד על הסירה. לוחמי הסירה הורכבו משלושה כוחות. כוח אחד, בן חמישה לוחמים, חמושים במטול נגד טנקי (פיאט) ובנשק אישי במתחם קפה "פנורמה", כוח שני, עם חמישה לוחמים, מול מטה הפלמ"ח, ופרגר עצמו וארבעה נוספים, חמושים בשני ברנים ובמכשיר קשר, בעמדה ברחוב הירקון הסמוך. באמצעות נשק זה ניסו אנשי האצ"ל להשתלט על מלון ריץ, שבו שכן מטה הפלמ"ח, בסמוך לרחוב פרישמן. משלב זה המלון נמצא במצור על ידי אנשי האצ"ל. כשמול כוחות האצ"ל נמצאים כוחות צה"ל חמושים במקלעים. שני הצדדים החלו לצעוד זה מול זה, הפיקוד במלון ריץ החליט שלא לפתוח באש אלא אם כן יותקף והסירה הראשונה שיצאה מאלטלנה פרקה ללא שתותקף.

הסירה חזרה לאלטלנה. אנשי האצ"ל מילאו אותה שוב בנשק ושלחו אותה לחוף. בשעה 12:15 התקרבה הסירה לחוף במסעה השני.
אנשיה קראו לעבר החוף לא לגלות התנגדות, אבל בטרם יכלה לעגון, פתחו כוחות צה"ל באש לכיוון הסירה. מקור האש היה במרפסת של ויצו, מטה חיל המשמר. פנחס וזה העיד שהירי נועד לחסום את נסיונותיה של הסירה להגיע לחוף, למנוע התנגשות וקורבנות שווא. משך כל אותו זמן נהרו אנשי אצ"ל, חלקם חמושים, לכיוון החוף, ויצרו טבעת מכתרת סביב אזור עגינת הספינה. אנשי האצ"ל החלו לפרוק נשק, בעוד חיילי גדוד 44, שהורכב מאנשי הפלמ'"ח, ניסו למנוע זאת מהם. בתגובה, פתחו אנשי אצ"ל בירי לעבר החיילים שהיו במטה במלון "ריץ". מצרור היריות הראשון נפל הקורבן הראשון באותו יום בתל אביב, איש הפלמ"ח פסח וולודינגר. רק לאחר מכן חיילי צה"ל השיבו אש, והחל קרב יריות קשה בין אנשי אצ"ל בחוף ובספינה לבין חיילי צה"ל במטה חיל המשמר, ובמטה הפלמ"ח. הסירה הצליחה להוריד קבוצת אנשים במרחק 300 מ' מצפון לאונייה, אך בכל פעם שניסתה לחזור נבלמה על ידי האש הכבדה.

משלב זה התפתח קרב שנמשך כחצי שעה, שבו גם אנשי האצ"ל באונייה ירו על החוף. כמה מלוחמי אצ"ל ששהו על "אלטלנה" העידו שבגין הורה שלא להשיב אש, מחשש להתפתחות מלחמת אחים. זו גם גרסת בגין עצמו בספרו המרד. אולם אנשי האצ"ל באונייה לא מילאו אחר פקודה זו והמשיכו לירות. בגין פנה בזעם ללנקין, שבתאי נדיב וג'ק ברון, ודרש להוציא את הנשק מידי האנשים. ברון ונדיב עשו זאת. לנקין ציווה על הפסקת הירי אולם ההוראה לא בוצעה, אולי בגלל שאון הקרב. ג'רי זלצמן רץ על הסיפון לעבר פקודיו שירו מהחרטום, וחטף את הרובים מידם וציווה עליהם לחדול מהירי ולרדת לבטן האונייה.

אנשי האצ"ל על החוף ניסו לכבוש את מלון ריץ אבל נהדפו.

חיילי צה"ל במטה הפלמ"ח חיסלו עמדת פיאט ומקלע שירו עליהם. מספר אנשי אצ"ל פצועים נראו מוצאים מהמקום. החיילים גם זרקו רימונים כדי להדוף את ההתקפה. אנשי האצ"ל בחוף החלו לצעוק וביקשו הפסקת אש לפינוי הנפגעים. על סיפונה של אלטלנה היו פצועים רבים. ביניהם שני בכירים, אברהם סטבסקי (שמת אחר כך) ושמואל מרלין. רב החובל התקשר באלחוט וביקש להורות על הפסקת אש. הוא ביקש להחזיר את הסירה היחידה של אלטלנה שעוכבה בחוף כדי להעביר בה את הפצועים קשה. המענה היה שעל אנשי אצ"ל לחדול מפריקת הנשק.

חילופי היריות בחלק הראשון בקרב בתל אביב, נמשכו חצי שעה, עד לשעה 12:45. לטענת לנקין, מפקד צה"ל יצר קשר עם האונייה והודיע כי יפסיק את היריות אם תחדל פריקת הנשק ואנשי אצ"ל הסכימו לכך. חיילי צה"ל הסכימו לפינוי הנפגעים באמצעות אמבולנסים ומשאיות שהגיעו דרך רחוב מאפו. תושבי תל אביב שהסתתרו מפחד הירי, יצאו מהבתים בתחושה שהקרב הסתיים.

הפגזת האונייה וסוף הקרב
ממוזער|טקסט=שלד הספינה על חופי תל אביב, משה מרלין לוין, אוסף מיתר, הספרייה הלאומית|שלד הספינה על חופי תל אביב, משה מרלין לוין, אוסף מיתר, הספרייה הלאומית
שמאל|ממוזער|250px|התותח שהטביע את האלטלנה, כפי שמוצג במחנה דיין
בשעות הצהריים נקרא יגאל אלון אל המטכ"ל, ומונה לפקד על מבצע "להדברת התמרדות האצ"ל ומניעת השתלטות שלו על תל אביב."

אלון נקרא לשיחה עם בן-גוריון. שיחתם נמשכה 15 דקות. בשיחה זו לא נרשם פרוטוקול וכל מה שפורסם בקשר לכך בא מפי אלון. דן קורצמן, שחיבר ספר מקיף על מלחמת העצמאות, טען כי אלון גילה לו פרטים על שיחה זו. "לדבריו, בן-גוריון אמר לו, 'אנו ניצבים בפני מרד גלוי. לא רק תל אביב בסכנת נפילה בידי המורדים. כל עתיד המדינה הזאת הוא על כף המאזניים'". גם הביוגרף של בן-גוריון, מיכאל בר זוהר, מסתמך רק על עדותו של אלון, לאמור: בן-גוריון פנה אליו בקול דרמטי ובחריקת שיניים: "תפוס את בגין! תפוס את בגין!" אלון התארגן במהירות. הוא הקים מטהו במחנה יונה, היום גן מלון הילטון. רבין מונה לסגנו של אלון וקצין המבצעים שלו.

בשלב זה היה מטה הפלמ"ח נתון במצור, ואנשים באונייה ומהחוף ירו עליו. מדי פעם נעשו הפוגות להוצאת הפצועים. גם מטה חיל הים היה נתון במצור. קציני צה"ל דרשו שוב ושוב מאנשי האצ"ל להיכנע אבל אנשי אצ"ל לא נשמעו להם. אלון דווח לידין: "אצ"ל השתלט על תל אביב... מפקדת המחוז (חטיבת קרייתי) לא שולטת בעיר". אלון העריך שבלי תגבור כוח צה"ל, הוא לא יצליח לגבור על כוחות אצ"ל. הוא הורה להעביר כוח בגודל שלוש פלוגות מחטיבות יפתח, הנגב וכרמלי לתל אביב – וכוח זה טיהר את הרחובות והסיר את המצור משתי המפקדות. בנוסף שלח אלון גדוד נוסף של צה"ל, לעצור ולפרוק את הנשק של כוח של אנשי אצ"ל שערקו מיחידותיהם בצה"ל והתקדמו מכיוון סרפנד אל תל אביב.

אלון העריך שיש לו שלוש אפשרויות – לפתוח באש כבדה על "אלטלנה" ולגרום אבדות כבדות, להניח לאנשי האונייה לרדת לחוף עם עוד נשק, דבר שהוא מעריך שיגרום עוד קרבות רחוב עקובים מדם. במקום שתי אפשרויות אלה, הוא פונה למטכ"ל של צה"ל וביקש שיטיל על חיל התותחנים – שלא נתון לפיקודו, לירות כמה פגזי אזהרה לקרבת האלטלנה, לפני הגשת אולטימטום לכניעה. לפי מקור אחר, בשעה 15:30 מסרו כוחות צה"ל לסגן רב החובל של "אלטלנה" אולטימטום, שכלל דרישה לכניעת האונייה עד שעה 16:00.

בשעה 16:00, לאחר שחלף מועד האולטימטום, הורה בן-גוריון להפגיז את האונייה. הוראתו הועברה מיגאל ידין לשמואל אדמון, מפקד חיל התותחנים, ותותח צה"ל פתח לעברה באש התראה. הפגז הראשון החטיא את יעדו, אולם הפגז השני שנורה מהתותח פגע במחסן האונייה וגרם להתלקחות דליקה. לטענת אלון הפגיעה הייתה בטעות ולא מכוונת. לאחר שנכשלו המאמצים לכבות את האש המתפשטת, נאלץ רב-החובל לפקוד על נטישת הספינה מחשש להתפוצצות חומרי הנפץ שעל סיפונה. האנשים שהיו על "אלטלנה" קפצו אל המים, וחבריהם, שהיו על החוף, יצאו לקראתם עם סירות חסקה.

לפי אלון, מרגע שנודע לו על הפגיעה, הוא פקד על חלק מאנשיו להניח את נשקם, לקפוץ לים ולהחיש עזרה לאנשי האונייה. לאחר מכן התקשר למטכ"ל לבקש מהם שיורו להפסיק את אש התותחים, וכן להזעיק את חיל הים לפעולות הצלה של אלטלנה.

יצחק רבין כתב בזכרונותיו, שבראותם את ה"אלטלנה" בוערת, אנשי האצ"ל על החוף נתקפו בהיסטריה וצעקו "בגין על האונייה! הצילו את בגין!". לפי עדות רבין, אנשי הפלמ"ח הגבירו בתגובה את עוצמת האש שירו על האונייה, ואילו הוא ומפקדים נוספים של הפלמ"ח, שנמצאו במלון ריץ (מטה הפלמ"ח בתל אביב), ניסו להפסיק את הירי על האונייה לאחר שהבינו שהקרב נסתיים למעשה ולא נשקפת עוד סכנה מצד "אלטלנה": "אש תופת, בעוצמה בלתי רגילה, מכל כלי-הנשק, נפתחה לעבר האונייה. משקעי השנאה של אנשי הפלמ"ח וה"הגנה" כלפי הארגונים [ארגוני "הפורשים" – האצ"ל והלח"י] ומנהיגם מצאו ביטויים בעוצמת האש. איני יודע אם מנחם בגין נמצא על האונייה. אני יודע שהאונייה בוערת, שהפרשה הזאת מחוסלת ואין צורך בנפגעים נוספים. אני עושה כל מאמץ, יחד עם המפקדים האחרים, להפסיק את האש".

בריאיון שנערך עמו אמר רבין כי הורה להפסיק את האש לאחר שראה שהאונייה בוערת, ושהירי מכיוונה נפסק. הוא הוסיף, שלאחר הפסקת הירי על האונייה, אנשי האצ"ל שעל החוף, שהיו בפאניקה, הזהירו כי התחמושת וחומרי הנפץ שעל סיפונה עלולים להתפוצץ ולגרום הרס רב באזור חוף תל אביב. בסרטון מופיע גם לוחם פלמ"ח בשם אורי ירום, המודה כי נורתה אש גם לעבר אנשי אצ"ל פצועים, שקפצו מהאונייה וניסו להגיע לחוף.

בו בזמן, כוחות צה"ל השתלטו על אנשי אצ"ל שנמצאו במבואות העיר ובתוכה. יחידת פלמ"ח הגיעה למלון ריץ והסירה את המצור ממנו. רוב התנגדות אנשי האצ"ל נפסקה בשלב זה. לפנות ערב פוזרה ההתקהלות של אנשי האצ"ל והפלמ"ח שלט בחוף.

 פרשיות הסירוב בצה"ל 
על פי הספר "אלטלנה" מאת שלמה נקדימון, היו סירובי פקודה בפרשה.

חיל האוויר הונחה לתקוף את האונייה בדרכה לישראל. בספר "גוי של שבת" כתב גורדון לויט, אז טייס מח"ל לא-יהודי בחיל האוויר, כי היימן שמיר, סגן מפקד חיל האוויר, ניסה למצוא טייס לא יהודי שיתנדב לבצע את התקיפה, אולם אלה סירבו כולם, בנימוק שלא הגיעו לארץ ישראל כדי לירות ביהודים. לאחר תשאול שלושה טייסים, שכולם סירבו לבצע את המשימה, התברר שהאופציה האווירית לטיבוע האונייה אינה קיימת, ונותרה רק ההפגזה מן החוף.

התותחן הראשון שנתבקש לירות, יוסף אקְסֵן, הצהיר שהוא מסרב ומוכן להישפט ואף להיות מוצא להורג, בטענה שזה הדבר הטוב ביותר שהוא יעשה בחייו. התותחן השני שנשאל, הלל דלסקי, מדרום אפריקה, ניסה גם כן למחות, אך שוכנע לבסוף וביצע את הירי.

בסרט "אלטלנה" של אילנה צור מוצגים מסמכים המעידים כי עוד שמונה אנשים מגדוד 33 של חטיבת אלכסנדרוני סירבו פקודה להשתתף בכיתור האונייה. ב"פנקס שירות" מופיע סיפור דומה, אך שם הם מוזכרים כחיילי חטיבת קרייתי.

חללים
בחילופי האש נהרגו 19 אנשים (16 מהאצ"ל ו-3 מצה"ל) ועשרות נפצעו. מבין הנופלים מהאצ"ל, שלושה היו עולים חדשים שהפליגו עם אלטלנה והשאר ישראלים ותיקים (יחסית), בהם גם אברהם סטבסקי, שזוכה מרצח ארלוזורוב. אחד מהרוגי צה"ל, פסח וולודינגר, היה ניצול השואה ונצר אחרון למשפחתו.

 שם ההרוג  צד בעימות  רקע  הקרב בו נפגע  מקום הקבורה  קישור חיים-משה כץ  חייל צה"ל  השתתף ב-11 קרבות  כפר ויתקין  כפר ויתקין  יעקב (יונצי) פריד  חייל צה"ל  מגדוד 89 של חטיבה 8, השתתף בכמה קרבות  כפר ויתקין  כפר ויתקין  פסח וולודינגר  חייל צה"ל  לחם בקרבות על הדרך לירושלים ונפצע, הוצב במטה הפלמ"ח בתל אביב  תל אביב  פתח תקווה  מישל ויקטור אסואיד  איש אצ"ל  עולה חדש שהפליג באלטלנה  תל אביב  נחלת יצחק  אליעזר וויץ  איש אצ"ל  נטל חלק במערכה על יפו ובקרבות רמלה  תל אביב, בחוף  נחלת יצחק  יצחק כהן  איש אצ"ל  לחם ביפו ויהודיה  תל אביב?  נחלת יצחק  דניאל לוי  איש אצ"ל  עולה חדש מקובה שהפליג באלטלנה  תל אביב, על האונייה  נחלת יצחק  דוד מטרני  איש אצ"ל  עולה חדש שהפליג באלטלנה  תל אביב?  נחלת יצחק  עודד זאב (אברהם)  איש אצ"ל  הגיע לכפר ויתקין כדי לסייע לאנשי האצ"ל  כפר ויתקין  נחלת יצחק  מנדל קאופמן  איש אצ"ל  לחם בפלוגת בית"ר בשוני שליד בנימינה  כפר ויתקין  נחלת יצחק  שלמה קוטנובסקי  איש אצ"ל  הגיע לכפר ויתקין כדי לסייע לאנשי האצ"ל  כפר ויתקין  נחלת יצחק  אריה ויקטור פקולה  איש אצ"ל  התגייס לצה"ל ונסע עם חבריו לסייע לאנשי אצ"ל  בית דגן  נחלת יצחק  אברהם כהן  איש אצ"ל  לקח חלק בכיבוש יפו, ובפעולה לכיבוש הכפר יהודיה  תל אביב כששחה לאונייה  נחלת יצחק  אהרן כרסנטי  איש אצ"ל  לחם ברמלה ולוד, יהודיה ויפו, הגיע לאונייה בתל אביב  תל אביב  נחלת יצחק  איתמר ליפשיץ  איש אצ"ל  היה בחזית תל אביב והגיע לסייע לאנשי האצ"ל במקום  תל אביב  נחלת יצחק  אברהם סטבסקי  איש אצ"ל  איש אצ"ל ותיק, ארגן את אוניית הנשק אלטלנה  תל אביב על האונייה  נחלת יצחק  דן גליקמן  איש אצ"ל  עלה על האלטלנה בכפר ויתקין  תל אביב, על האונייה  נחלת יצחק  דב קלנר  איש אצ"ל  הגיע לכפר ויתקין כדי לסייע לאנשי האצ"ל  כפר ויתקין  נחלת יצחק  צבי (הרשלה) רייפר  איש אצ"ל  התגייס לצה"ל ונסע עם חבריו לסייע לאנשי אצ"ל  בית דגן  נחלת יצחק 

תוצאות הפרשה
שמאל|ממוזער|250px|האנדרטה לזכר חללי אלטלנה בחוף תל אביב
שמאל|ממוזער|250px|האנדרטה לזכר חללי אלטלנה בבית הקברות נחלת יצחק

הרוחות לא נרגעו גם בתום הקרבות בחוף תל אביב. ב-22 ביוני בלילה נאם מנחם בגין בתחנת הרדיו החשאית של האצ"ל. במהלך נאומו, שנמשך שעתיים, הוא פרץ בבכי. הוא כינה את בן-גוריון "כסיל" ו"טיפש" וטען שזמם להרוג אותו. עם זאת, הזהיר את אנשיו: . לימים התייחס בזיכרונותיו ללגלוג לבכיו: "יש דמעות אשר שום גבר אינו צריך להתבייש בהן. יש דמעות מצילות. יש שהברירה היא: דמע או דם". באותו לילה פרסם האצ"ל גילוי דעת, שכינה את בן-גוריון "דיקטטור מטורף" שעומד בראש "ממשלת רודנים פושעים", "בוגדים" ו"מרצחי אחיהם". את מעשיו של בן-גוריון הגדיר "פשעים נגד העם ונגד האנושות". למחרת, 23 ביוני, הודיעה מפקדת אצ"ל כי הארגון מבטל את ההסכם עם הממשלה, כי אנשיו לא יתגייסו לצה"ל וכי אנשי האצ"ל לא מכירים בממשלה הזמנית ודורשים את התפטרותה המיידית. עם זאת המפקדה הורתה לא לפתוח באש בשום מקום במדינה, מחשש למלחמת אחים ובנימוק כי האויב הערבי-הבריטי עומד בשער. בנוסף התרחשו עימותים שונים בתל אביב, ביניהם ירי (באוויר) במשך חצי שעה בין משוריין של צה"ל לבין משוריין של אצ"ל.

השרים פישמן ושפירא התפטרו מן הממשלה הזמנית ב-23 ביוני. הם חזרו בהם ביום למחרת בעקבות הרחבת הוועדה שנועדה להבטיח צבא אחיד ומרות אחידה ושוויון בזכויות ובחובות של כל החיילים. כמו כן הובטח לסלוח לכל פשעי העבר בנושא זה, כי העצורים הולכים ומשוחררים ושלא יהיו עוד מאסרים ללא כתבי אשמה.

בעקבות הפרשה נעצרו כ-200 מאנשי אצ"ל ושוחררו ברובם לאחר מספר שבועות. חלק מבכירי הארגון: משה חסון, אליהו לנקין, יעקב מרידור, בצלאל עמיצור והלל קוק הוחזקו במעצר עד 27 באוגוסט ושוחררו רק בעקבות שביתת רעב ולחץ ציבורי. גדוד 57 של יוצאי האצ"ל בחטיבת גבעתי פורק והפיקוד על גדוד 35 בחטיבת אלכסנדרוני, הגדוד השני של יוצאי האצ"ל, הוחלף. חיילי האצ"ל פוזרו בין יחידות צה"ל וחלקם עברו לגדוד הירושלמי. ב-17 בספטמבר 1948 נרצח ברנדוט בירושלים על ידי ארגון הלח"י. בעקבות כך נחקקה פקודת מניעת טרור, והלח"י פורק. כמו כן הממשלה הציבה אולטימטום לגדוד האצ"ל בירושלים להתפרק. הגדוד פורק ב-21 בספטמבר.

הפרשה שעוררה הדים רבים נחשבת לציון דרך חשוב ושנוי במחלוקת בתולדות מדינת ישראל. המצדדים בהתקפה טוענים כי שאיפתו של בגין הייתה לחזק את התנועה הרוויזיוניסטית, על ידי השארת אצ"ל תחת פיקודו, ובכך לחתור תחת הצבא הממלכתי. מנגד, טענת המתנגדים היא שבגין דרש לקבל חמישית מהנשק בספינה כדי להעלות את מורל לוחמי האצ"ל, שנאלצו לקבל את עולו של צה"ל, ולחזק את לוחמיו בירושלים.

הטיעון הרשמי של בן-גוריון בזכות הוראתו היה הצורך בהקמת צבא ממלכתי, ומניעת היווצרותו של צבא משנה עצמאי במסגרת צה"ל, מדיניות שבה נקט באופן עקבי, לדוגמה עם פירוק הפלמ"ח. בכל הקשור למניעים אחרים של בן-גוריון, ייתכן כי היה מעוניין בפגיעה בכוחם של מתחריו הפוליטיים, הרוויזיוניסטים, ובחיזוק מפלגתו מפא"י ומעמדו; ולפי טענה אחרת חשש מהשתלטות של בגין על המדינה בהשתמש בכוח צבאי ופוליטי. על מנת להמחיש את טיעוניו, גרס בן-גוריון כי "זהו ניסיון לדרוס את המדינה", וכינה את התותח שהעלה באש את אלטלנה "מבורך". הביטוי "תותח קדוש" אינו נמצא בפרוטוקול הרשמי של הדיון אך הוא נמצא בדיווחים של עיתונאים שנכחו באולם. ערב מלחמת ששת הימים הצטרף מנחם בגין לפגישה בשדה בוקר כדי לשכנע את בן-גוריון לחזור לראשות הממשלה (שממנה פרש ארבע שנים קודם לכן). בן-גוריון אמר בעקבות אותה פגישה: "אילו הכרתי את בגין אז כפי שאני מכירו היום, היו פני ההיסטוריה שונים". על סף מותו אמר בן-גוריון בריאיון לשלמה נקדימון: "נהגתי באלטלנה כפי שהיה צריך לנהוג". מצד שני, נקדימון, בספרו "אלטלנה", מציין שבראשית שנות ה-70, אמר שמעון פרס לבגין, שהיה אז שר בממשלת הליכוד הלאומי, "הגענו למסקנה כי בעניין 'אלטלנה' הטעו את בן-גוריון". משביקש בגין מפרס להסביר את דבריו, סירב הלה לעשות זאת. בגין, מצידו, פירש את המילים "הגענו למסקנה" בכך שנעשתה בדיקה וזו העלתה את הממצאים האלה. בהזדמנות אחרת אמר פרס: "היה מי שהטעה את בן-גוריון, הוא היה ישר כסרגל ופעל לפי ההנחיות של גלילי". בראיון פומבי לאחר-מכן, סירב בן-גוריון להתייחס לאפשרות שקיבל מידע לא-נכון מישראל גלילי.

בספרו האוטוביוגרפי המרד כרך מנחם בגין את פרשת אלטלנה עם תיאור הסזון בפרק הנושא את הכותרת "מלחמת אחים – לעולם לא". את פרשה אלטלנה סיכם במילים: "עוד רבים המעשים הנוראים שנעשו בימים ההם, ועלולה הייתה לפרוץ מלחמה פנימית, מלחמת נקם איומה, על התרמית, על המזימה, על הפשע, על מעשי הזוועה, על הדם הטהור שנשפך. אבל האויב החיצוני עמד בשער ואנחנו אמרנו: 'בשום תנאים לא להפעיל נשק'... ולא הייתה מלחמת אחים הדדית בישראל, שהייתה מחריבה את ישראל בטרם יקום. על אף הכל". לפני מותו אמר שהיה רוצה שיזכרו אותו מעל הכול כאיש שמנע מלחמת אזרחים בעת קום המדינה, דבר שבעיניו היה חשוב יותר מהישגיו כראש ממשלה.

הטיפול בגוף האונייה
ממוזער|250px|קבוצת עובדים מחיל הים על חוף תל אביב במסגרת פינוי שבר האלטלנה, 1949.
למשך כשנה עמד גוף הספינה מעלה חלודה ומפוחם מול חופי תל אביב. אז הטיל ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון על מפקד חיל הים לפנות את הגוף השרוף מחוף הים של תל אביב ולהטביעו בלב ים. הביצוע הוטל על צוערי מחזור ב' של קורס חובלים. ב-22 ביולי 1949 הודיע משרד הביטחון על כוונתו למשות מן המים את האונייה "אלטלנה" המוחרמת, כלשון ההודעה, ולפרקה.

המבנה העליון וסיפון הספינה הוסרו מהספינה ופונו לחוף, כך שמשקל הגוף ירד מ־1,800 טון למחצית. לאחר שאמודאים ריתכו לוחות אטימה לתחתית הגוף ושאבו את המים, הצליחו להציף את הקוער. האונייה נגררה על ידי ה"טג האפור" של חיל הים לנקודה שנבחרה בעומק גדול והוטבעה.

ב-23 ביוני 2011 פורסם כי בעקבות יוזמה של מרכז מורשת מנחם בגין, מתכוון משרד ראש הממשלה להוציא משלחת חיפוש בעלות של 200,000 ש"ח, אשר תאתר את מקום טביעת האונייה. בהמשך יוחלט מה לעשות עם השרידים, וישקלו "הקמת אנדרטה בלב-ים או משיית חלקים מהאונייה לשם הקמת אנדרטה על החוף".

בדצמבר 2023 סיפר רוני שדה, ראש האגף למיפוי ימי, כי על בסיסם של סימונים ביומני דייגים וסריקות סונאר של חברות שונות זוהו נקודות בהן סביר שנמצא גוף האלטלנה השקוע. עם זאת, בשלב זה נזקקו החוקרים לאונייה ייעודית שתפעיל רובוט שירד עם מצלמות לעומק של 300-400 מטרים, והסכום שהועבר לצורך זה לא הספיק למטרה זו. קובי שרביט, מנהל היחידה לארכאולוגיה ימית ברשות העתיקות, ציין שהם יודעים כי "יש תהליך של התפרקות הברזל, ושחלקים מתכלים. סביר להניח שחלק עדיין נותר, אבל הזמן עובד לרעתנו. מדובר בחלק מהמורשת של מדינת ישראל, לטוב ולרע".

הנצחה וזיכרון
באחדות מערי ישראל (אשדוד, באר שבע, ראשון לציון) נקראו רחובות בשם "אלטלנה".

250px|ממוזער|שמאל|אנדרטת אלטלנה החדשה לצד הישנה בבית הקברות נחלת יצחק
הרוגי אצ"ל באלטלנה קבורים בבית הקברות נחלת יצחק. הם קבורים כחללי צה"ל בחלקה הצבאית. על הקברים מופיע סמל צה"ל ללא מספר אישי. מול הקברים הוקמה אנדרטת זיכרון ממתכת ועליה שמותיהם וציטוטים של מנחם בגין מאותה פרשה. באוקטובר 2016 נחנכה אנדרטה חדשה לחללי אלטלנה בבית הקברות נחלת יצחק הצמודה לאנדרטה הישנה. האנדרטה היא בצורת ספינה שוקעת ועליה אמרתו של מנחם בגין: "מלחמת אחים לעולם לא".

לאחר שדרישתם הראשונית של אנשי האצ"ל להנצחה ממלכתית של 16 חבריהם שנפלו באירועי אלטלנה סורבה על ידי השלטונות הם הקימו עמוד זיכרון למרגלות גבעת הכורכר שבה פעלה בריכת גן הדסה, כיום גן העיר (תל אביב). העמוד שרד במקום עד 1962. זהו המקום שבו נרצח יצחק רבין ב-1995.

במלאת 60 שנה לטיבוע "אלטלנה" נחנכה בחוף תל אביב אנדרטה לזכר הנופלים מקרב אנשי אצ"ל. האנדרטה, דמוית אונייה טובעת, עוצבה בידי דן רפפורט והיא עשויה אבן גיר גלילית. בנוסף לשמות לוחמי אצ"ל שנהרגו, נכתבה על האנדרטה תמצית האירועים, על פי רוח יוצאי אצ"ל, בעברית ובאנגלית, וחקוקים עליה משפטים שאמר מנחם בגין ודברי איש אצ"ל ששהה על הספינה.

לעומת זאת אין אנדרטה לזכר שלושת חיילי צה"ל שנהרגו בקרבות, ובאף אחת מן האנדרטאות הקיימות לא מוזכרים שמותיהם.

במשך שנים רבות נזכרת אלטלנה בשיח הציבורי בדיונים בין הימין ולשמאל בפוליטיקה הישראלית.

בשנת 1980, ביום הזיכרון להטבעת אלטלנה, ביקש ראש הממשלה ושר הביטחון, מנחם בגין, מחילה "בשם חיילי צה"ל".

בטקס האזכרה לאלטלנה בקיץ 2011 אמר ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו, כי "ממרחק השנים הפקודה לפתוח באש על הספינה, ולא להידבר עם מפקדיה, הייתה נמהרת ולא אחראית".

בשנת 1994 יצרה אילנה צור סרט תיעודי אודות האלטלנה, שהתחקה אחרי הפרשה תוך שימוש בעדויות נדירות, בין השאר של יצחק רבין. בשנת 2015 חזר הסרט לכותרות כאשר חלקים מתוכו נערכו באופן שגוי ומטעה והוצגו באתר של משרד ראש הממשלה. בסרטון הערוך, שנעשה ללא הסכמת צור, נאמר שרבין אחראי "לרצח בדם קר של 16 פליטים" על הספינה במהלך מלחמת העצמאות – על אף שאירוע שכזה כלל לא קרה. צור דרשה להסיר את הסרטון המדובר בשל הסילוף ההיסטורי והפגיעה בזכויות היוצרים שלה. ב-2008 הופק סרט הטלוויזיה "אלטלנה" בבימויו של אלי כהן לפי תסריט של מוטי לרנר.

לאירועי הזיכרון המתקיימים בכל שנה בחודש יוני בבית הקברות בנחלת יצחק, מוזמן הציבור לטקס לזכר "הנרצחים על ידי קין". השימוש במוטיב "קין", שהרג את הבל אחיו, ככינוי לדוד בן-גוריון, שימש כבר את ז'בוטינסקי ב-1937, את מנחם בגין ב-1944, וביחס לפרשת אלטלנה לפחות מ-1952. בדף הפייסבוק של ארגון יוצאי האצ"ל ניתן לראות כרזות הזמנה לטקסים כאלה מהשנים האחרונות, שבמסגרתם לוקחים חלק אישי ציבור מרכזיים, כמו ראש הממשלה ונשיא ההסתדרות הציונית.

מדי שנה יוצא שיט בהובלת ארגון חזון לאומי מנמל יפו למקום שבו הוטבעה הספינה, ומתקיים שם טקס זיכרון ל-16 אנשי האצ"ל שנהרגו בספינה.

בספטמבר 2025 הנחה שר הביטחון ישראל כ"ץ להעביר את התותח שירה על אלטלנה מהמכללה הבין-זרועית לפיקוד ולמטה למרכז מורשת מנחם בגין.

ראו גם
מלחמת אזרחים
הסזון
עסקת הנשק הצ'כוסלובקית-ישראלית

 לקריאה נוספת 
 אליהו לנקין, ספורו של מפקד אלטלנה, תל אביב: הוצאת הדר, תשכ"ז-1967.


 פנחס וזה, המשימה - רכש, תל אביב: הוצאת מערכות, 1966.
 משה גבעתי, בדרך המדבר והאש - תולדות גדוד 9, תל אביב: הוצאת מערכות ומשרד הביטחון – ההוצאה לאור, תשנ"ד-1994, עמ' 147–156.

 מנחם בגין, המרד, תל אביב: הוצאת אחיאסף, תשס"ג 2003, עמ' 211–251.
 אורי מילשטיין, דרך רבין ומורשתו, קיראון: שרידות, 2010, כרך א, פרק 13, עמ' 465–510.
 דן קורן ויחיאל (חיליק) גוטמן, ממשלות ישראל לדורותיהן: החלטות חכמות והחלטות מטופשות, ידיעות ספרים, 2017, עמודים 25–34

קישורים חיצוניים

  סרטון הפגזת אלטלנה, 22 ביוני 1948, באתר יוטיוב

 הישיבה החמישית של מועצת המדינה הזמנית - ט"ז בסיוון התש"ח, 23.06.1948, ארכיון המדינה.



 מה קרה בפרשת אלטלנה, באתר מרכז מורשת בגין
 .
 פרשת אלטלנה: דוגמה לבירור שאלות על ההיסטוריה, באתר e-mago
 תמליל הצעת אי האמון של מנחם בגין על רקע פרשת אלטלנה  הנאום ניתן 11 שנה לאחר הפרשה, ב-12 בינואר 1959
 פינוי שבר האונייה והטבעתה יפתח קוזיק באתר שבעת הימים.
 היום בו אלטלנה עלתה באש, אתר מזכר, עדות אישית יוסף עבו עברון, יוני 2011
 אוסף כרזות בעניין אלטלנה בארכיון מכון ז'בוטינסקי
 אוסף אצ"ל, מסמכים על פירוק האצ"ל - 1947–1951
 , המסמך




 דניאל רוזן, אלטלנה – תחקיר הקשר, עמותת חיל הקשר והתקשוב, אוגוסט 2018.
 אריק קרמן, היכן העוגן של האלטלנה? באתר "משמר המורשת הימית", יוני 2019..
 פרשת אלטלנה באתר הפלי"ם ההעפלה והרכש
 יותם אמיתי והדס מינקה-ברנד, עכשיו ובימים האחרים - הנעת פקודים לביצוע משימות שבמחלוקת ציבורית, מערכות 429, עמודים 12–15


 אתר: "ביתמונה" – תולדות עם ישראל בתמונות – תמונות מתולדות עם ישראל צילומים נדירים מאלטלנה


 יפעת ארליך, חזרה לסירוב הפקודה הראשון בצה"ל: העדות לפצע הכואב תימשה ממעמקי הים? באתר ישראל היום, 21 באוגוסט 2025

 ביאורים 

 הערות שוליים 

*
קטגוריה:אצ"ל
קטגוריה:מלחמת העצמאות
קטגוריה:אוניות נוסעים
קטגוריה:ספינות נשק
קטגוריה:תל אביב במלחמת העצמאות
קטגוריה:אוניות מעפילים בשירות עליית אף על פי
קטגוריה:אוניות מעפילים שהפליגו ב-1948