מולקולה

133x133px|ממוזער|מולקולות נפוצות (אמוניה, מים, פחמן דו-חמצני, חמצן וחנקן דו-חמצני)
במדע הכימיה מוֹלֵקוּלָה (מלטינית: Molecula – מסה קטנה; בעברית פְּרֻדָּה) היא קבוצת אטומים המחוברים ביניהם בקשר כימי. מולקולה היא החלקיק הקטן ביותר השומר על תכונות של תרכובת. את המונח "מולקולה" טבע הכימאי אמדאו אבוגדרו.

 מונחים 
 יסוד כימי (אלמנט) הוא אטום המוגדר בטבלה המחזורית ויש לו מספר אטומי קבוע.
 אטום הוא היחידה הקטנה ביותר השומרת על תכונות היסוד. אטום מורכב מגרעין של פרוטונים הנושאים מטען חשמלי חיובי (+), ונייטרונים שאין להם מטען חשמלי, וסביבו אלקטרונים הנושאים מטען שלילי (-).
 תרכובת היא תוצר של תגובה כימית בין יסודות או בין מולקולות המתחברים ליחידה אחת ומהווה מולקולה.

בדרך כלל למולקולה אין מטען חשמלי (סך המטענים החיוביים והשליליים מתאזן). במקרה של מולקולה טעונה, היא מכונה יון (או יון מולקולרי, כדי להבחין בינו לבין יון חד-אטומי).

 קשרים בין אטומים ויצירת מולקולות 
מולקולות מורכבות מאטומים הקשורים אחד לשני בקשרים קוולנטים, סוג של אינטראקציה חזקה בין אטומים, בה האטומים משתפים ביניהם זוגות של אלקטרונים. לדוגמה, מולקולת חמצן המורכבת משני אטומי חמצן, וביניהם קשר קוולנטי כפול (שני זוגות אלקטרונים). את מבנה המולקולה ניתן לכתוב בשתי צורות נפוצות: :Ö::Ö: או Ö=Ö:
ממוזער|129x129 פיקסלים|קשר קוולנטי (שיתופי) על-ידי זוגות של אלקטרונים משותפים:

בתרכובת יונית, המולקולה מורכבת משני (או יותר) אטומים או מולקולות טעונים חשמלית, הקשורים אחד לשני בקשר יוני (אלקטרו-ולנטי). קשר זה נוצר בין יונים בעלי מטען שלילי מנוגד, כמו יון נתרן בעל מטען חיובי הנקשר ליון כלוריד בעל מטען שלילי, ויוצר מלח בישול (NaCl). כאמור, המרכיבים עשויים להיות מולקולות בעצמם, כמו היון השלילי (אניון) סולפט, 2−SO4, הנקשר לשני יונים חיוביים (קטיון) של מימן, +H ויוצר מולקולה של חומצה גופרתית, H2SO4. במים, מולקולות החומצה הגפרתית מתפרקות למרכיביהן.

מבנה הבסיסי של המולקולה נקבע על ידי קשרים קוולנטיים, ולעיתים גם קשרים יוניים. עם זאת, בין חלקים שונים במולקולה יכולים להיווצר קשרים נוספים, והם מכתיבים את הצורה התלת-ממדית של המולקולה. הקשרים העיקריים הם
 קשר מימני נוצר כאשר אטומים בעלי מטען שלילי (כמו חמצן או חנקן) משתפים יון חיובי של מימן. (כמו במבנה הסליל הכפול של ה-DNA, שם הנוקליאוטידים אדנין ותימין קשורים ב-3 קשרי מימן, וציטוזין וגואנין ב-2 זוגות. הצמדה בין 2 גדילי הסליל בצורה מדויקת חיונית לשמירה על הקוד הגנטי).
 קשר ואן דר ואלס נוצר בין חלקים במולקולה שאינם טעונים, אך עשויים להכיל ריכוזים שונים של מטענים חיובים או שלילים (המטענים בהם מקוטבים).
 קשר יוני כפי שהוזכר לעיל, יכול להיווצר בין קבוצות בעלות מטען שלילי מנוגד בחלקים שונים של המולקולה.
ממוזער|121x121 פיקסלים|מבנה סליל כפול של DNA: הזוגות אדנין - תימין ן - ציטוזין - גואנין שמצמידים את שני הסלילים בקשרי מימן. קשרים בתוך הטבעות הם קו - וולנטים.

 הנוסחה הכימית 
 מולקולה המורכבת מאטומים 
מולקולה עשויה להיות מורכבת ממספר אטומים זהים או שונים.

 מולקולה חד אטומית 
בתאוריה הקינטית של הגזים מקובל להתייחס לכל חלקיק כאל מולקולה, גם כאשר מדובר באטום בלתי-קשור, למשל גז אציל. התייחסות זו ל"מולקולה חד-אטומית" אינה תואמת את ההגדרה המקובלת יותר, המופיעה בפתיחת הערך ואומרת שמולקולה היא מונח בכימיה שמתאר מספר אטומים הקשורים בקשר כימי.

 מולקולה דו-אטומית של אותו יסוד 
גזים ( פרט לגזים אצילים) נוטים לייצר מולקולות דו אטומיות, בקשר קו-ולנטי. למשל מולקולת חמצן (O2) המורכבת משני אטומים זהים בקשר קו-ולנטי ( :Ö::Ö: או Ö=Ö:)

 פולימר 
לעיתים מולקולה מרכבת מעשרות אטומים שונים. למשל מולקולה של חלבון מורכבת מיחידות של חומצות אמינו שלכל אחת מהן הרכב ומבנה שונה. מבנה מורכב זה מאפשר פעילות ביוכימית כמו אנזימים או מבנים ביולוגים כמו רקמות. DNA וגם RNA הן מולקולות מורכבות מ 3 סוגי תרכובות המחוברים יחד. סוכר ריבוז, פוספט ונוקלאוטידים. תרכובות כאלה נקראות פולימרים. כאשר פולימר מרכב ממולקולה החוזרת n פעמים למשל עמילן מרכב ממולקולה של גלוקוז החוזרת שוב. למעשה כל העמילן שבגרעין חיטה הוא פולימר כזה: [C6H12O6]n.

 שיטת תיאור מולקולות מרכבות 
המולקולה ניתנת לתיאור על ידי נוסחה מולקולרית, המפרטת את מספר האטומים מכל סוג במולקולה. כך למשל, הנוסחה המולקולרית של מים היא H2O. ניתן לכתוב נוסחה מולקולרית, בה מציינים רק את מספר האטומים הכולל, ללא קשר למבנה, או נוסחת מבנה בה מציינים אטומים לפי מיקומם וסוג הקשר שמרכיב את המולקולה.

נוסחה מולקולרית: מתארת את הרכב המולקולה על-ידי ציון מרכיביה ביחסים הכמותיים שבפרודה. לדוגמה: החומר אתנול בצורה CH3CH2OH, ודימתיל אתר CH3OCH3. בנוסח מצומצם, מתוארים שניהם על ידי הנוסחה C2H6O.

נוסחת מבנה: היא תרשים גרפי של הקשרים בתוך המולקולה, לדוגמה אתנול: ראו גם דוגמה גלוקוז, שלו נוסחה מולקולרית היא C6H12O6 שמאל|250px נוסחת המבנה של סליל ה-DNA מורכבת מפירוט היחידות המרכיבות אותה.

שמות של מולקולות: נהוג לציין מבנה של מולקולות בציון מילולי. למשל דו-תחמוצת הפחמן (CO2) או דימתיל – אתר (אתר הקשור לשתי קבוצות מתיליות) כימה אורגנית משתמשת בשמות אלה.

 איזומריה 

איזומריה היא מצב שבו מולקולה בעלת נוסחה מולקולרית אחת קיימת בשתי צורות מרחביות שונות. במולקולות בעלות חשיבות ביולוגית קיים לפעמים הבדל בפעילות הביוכימית של המולקולות.

קיימים סוגי איזומרים שונים. הנפוצה היא איזומריה אופטית, כאשר איזומר אחד שובר את האור המקוטב ימינה והשני שמאלה. למשל dGLUCOSE (ימינה) ו־LGLUCOSE (שמאלה) ממוזער|144x144px|נוסחת מבנה של מולקולת אתנול: מוצגים הקשרים שבין האטומים. התחום שעוסק בהבנת המבנה המרחבי של מולקולות קרוי סטריאוכימיה. מולקולות שלא ניתן ליצור חפיפה בינן ובין תמונת המראה שלהן, על ידי פעולת סיבוב במרחב, קרויות מולקולות כיראליות.

שמאל|ממוזער|160x160px|מולקולה של פורמלין בדגם כדור-מקל. הכדור השחור מייצג פחמן, האדום חמצן והלבנים מימן
גודל
כמעט כל המולקולות הבודדות קטנות מדי מכדי להיראות בעין בלתי מזוינת, אם כי ישנם מקרים חריגים של מקרומולקולות כמו פולימרים המאפשרים זאת, כולל ביופולימרים כמו DNA. גודלן של המולקולות הנפוצות בתרכובות אורגניות הוא בדרך כלל מספר אנגסטרומים בודדים עד עשרות. מולקולות בגודל זה אינן ניתנות לצפייה באמצעות מיקרוסקופ אופטי, המוגבל לרזולוציה של עד עשיריות מיקרון, אך ניתנות בדרך כלל למעקב באמצעות מיקרוסקופ כוח אטומי למשל.

המולקולה בעלת הקוטר הקטן ביותר היא מולקולה דו-אטומית של מימן (H2) שקוטרה 0.74 אנגסטרום. קוטרה של מולקולת Mesoporous silica המופקת באופן מלאכותי מצורן דו-חמצני מגיע ל-1,000 אנגסטרום.

 ראו גם 
מיון החלקיקים
מספר אבוגדרו
מבנה מולקולרי
הטבלה המחזורית

קישורים חיצוניים




הערות שוליים

*
קטגוריה:כימיה
קטגוריה:חלקיקים מרוכבים