דת ומדע

הדיון על דת ומדע מתייחס למכלול יחסי הגומלין בין הדתות והמדע. במובן הצר, הדיון עוסק במתחים בין תפיסת הטבע, האדם וההיסטוריה כפי שהם משתקפים בכתבי הקודש של הדתות, במיוחד הדתות האברהמיות, לבין תפיסות מדעיות, וכן בנושאים נוספים ובהם המתח בין אמונה לבין הטלת ספק והשיטה המדעית. היחסים המורכבים בין הדת והמדע מעסיקים אנשי דת ומדענים, בעיקר מדענים אדוקים בדתם, מזה מאות בשנים.

ממוזער|טקס " שמאני מודרני". לאובן.

 הדתות השמאניות הקדומות (Shamanic Religions) 
השמאניזם אינו דת אחת, אלא מכלול של מנהגים ואמונות עתיקות המשותפות לתרבויות רבות ברחבי העולם החל מהתקופה הניאוליטית הקדומה ועד היום.

 השמאניזם: טקסים ואמונה בכוחות הטבע 
מהווה בסיס להתפתחות המושג דת. פחד מפני הבלתי צפוי, יחד עם אמונה שניתן להשפיע על העתיד על-ידי פעולות כמו טקס, קרבן או תפילה, נוצק כבר בתרבויות הקדומות בתקופת האבן (ניאוליטית) ואף קדומה יותר. אדוארד טיילור Edward Burnett Tylor’s (1832–1917) הציג לראשונה את ההבנה ש-אנימיזם ושמאניות אינן פולחן פראי אלא דרך להישרדות וייסד את "תיאורית ההישרדות". (theory (of survivals,

 הקשבה לטבע כמדע 
ממוזער|כלים מצור ואובסידיאן, מערת פראנצטי (Franchthi) בפולופונז מהתקופה הניאוליטית 12000 - 6500 לפני זמננו. השליטה בעיצוב הכלי והתאמתו לתפקיד, הייתה התמחות שעברה בלימוד מדור לדור.
המושג " מדע" בתקופה הנאוליתית התייחס להעברת הידע, על-ידי פיתוח שפה משותפת, והכרת הטבע האינטימי. פיתוח הידע ליצירת כלי צור כבר בתקופת האבן הקדומה (פליאוליטית כ־700000 - 250000 לפני זמננו). יצירת כלים מחרס, בתקופת האבן החדשה (ניאוליטית 15000-45000), מעבר של תקופות קיפאון (תקופות הקרח, האחרונה החלה לפני כ-25000 שנה ונגמרה לפני כ-12000 מזמננו)) ויובש, ונדידה מאפריקה לאסיה ואירופה. ככל שהחיים המשותפים דרשו התמחות, כך התפתח מדע קדום שהונצח בציורי קיר במערות (צייד) ובסמלים כמו מצבות ושרידי כלים כמו כלי נגינה, מטולים לצייד, וכלי צור משוכללים.

 דת במהפכה הניאוליטית 
במשך רוב תולדותיו המין האנושי חי כציידים-לקטים בקבוצות נוודים קטנות. ניתן לזהות את מקור ההופעה של דתות מורכבות ומאורגנות בתקופה הנאוליתית בה נטשו האנשים את אורח החיים הנוודי ויצרו כפרי קבע המתפרנסים מחקלאות, שהתפתחו לאחר מכן לערים ומדינות. המעבר מקבוצות המחפשות מזון ליישובי קבע, הביא להתפתחות של דתות ייחודיות יותר, ופיתח תצורות של דתות שהיוו השתקפות של הסביבה החברתית והפוליטית החדשה. קבוצות ושבטים קטנים, החזיקו באמונות על-טבעיות, ואלו הותאמו לאוכלוסיות קטנות.

 דתות נאוליתיות 
דתות בתקופה הנאוליתית, נוכחות כבר בממצאים הקדומים ביותר לדתות מאורגנות. ההתיישבות הנאוליתית בצ'טלהויוק שבטורקיה, הייתה מקום מגוריהם של כ-8000 אנשים, והיא ההתיישבות הגדולה ביותר שנמצאה מהתקופה. ג'יימס מלארט, ארכאולוג שחפר באתר, טוען כי צ'טלהויוק הייתה המרכז הרוחני של מרכז אנטוליה. בין הממצאים שנמצאו בצ'טלהויוק הן צלמיות נשיות. בנוסף טוען מלארט, כי הצלמיות שניכר שנעשו בזהירות, ופוסלו משיש, גיר חום וכחול, צפחה, קלציט, בזלת, אלבסטר וחימר, מייצגות אלה שמסמלת פריון ושפע, ונמצאו גם אלים גבריים, בעוד האל את הכוח והשלטון. פסלים של אלות נשיות עלו במספרם בהרבה על פני האלים הגבריים, נכון להיום שמונה עשרה רמות של צלמיות כבר זוהו. הצלמיות העדינות התגלו לראשונה באזורים שמלארט מאמין שהיו בעבר מקדשים. למרות זאת צלמית אחת מפוארת, בדמות אלה היושבת על כס מלכות כששני אריות משני צידיה, נמצאה בתיבת תבואה, ומלארט מניח שמשמעות ההנחה במקום זה הייתה להצלחת הקציר, או באופן כללי שתשרה הברכה במזון. מכאן המעבר לדתות פוליתיאיסטיות (פגאניות) האופייניות למהפכה החקלאית (כ־12000 שנה לפני זמננו) בקברים שנמצאו במערות נמצאו מנחות ייחודיות לכישוף.

 השפעת המעבר מציידים-לקטים (שמאניזם) לדת מאורגנת. 
המעבר מציידים-לקטים לתרבויות חקלאיות (מהפכה נאוליתית) לפני כ-10,000 שנה הוא אחד השינויים המכריעים בהיסטוריה האנושית, והוא שינה את תפיסת העולם של הציוויליזציות המתפתחות. ממצאים ארכאולוגים רבים מראים פעילות פולחנית שמאנית ופוליתיאיסטי בציורי מערות ואתרי פולחן ובחפצי פולחן, מצבות ומנחות קבורה. הקרבה של החיים למתים, השלמה עם מחזור החיים בטבע ובחיי האדם, שהיו בסיס לשמאניות, ובהדרגה גם לפוליתאיזם. עם התפתחות הכתב, ומעבר הידע התבסס על ניסיון כתוב ותקנות כתובות, הפך המדע לכלי ששימש בעקר את הכהנים כחלק מחיזוק האמונה וקיום התקנות של השלטון.

 השפעה על האופי הדתי: משמאניזם לדת ממוסדת 
מאפייןדתות שמאניות (ציידים-לקטים)דתות חקלאיות/ממוסדותמבנה חברתיקבוצות קטנות, שוויוניות יחסית.חברות גדולות, היררכיות ומורכבות.הבנת האלוהותאנימיזם (רוחות בטבע), דגש על אינטראקציה ישירה עם רוחות כוח וחיות.פוליתאיזם/מונותאיזם, אלים ככוחות מופשטים השולטים על הקוסמוס והיבול.הפולחן הדתיאישי, חווייתי, התרחשות בטראנס (השאמאן).קולקטיבי, טקסי, דגש על הקרבת קורבנות וטקסים ציבוריים.תפקיד המנהיגהשאמאן – בעל יכולות נדירות, מתווך בין עולמות.הכוהן (Priest) – מנהל הטקסים והמקדש, חלק מהממסד.הזמן המרכזימעגל הטבע והעונות, הרמוניה עם הקיים.היסטוריה ליניארית (במונותאיזם), עיסוק בעבר (בריאה) ובעתיד (גאולה/יום הדין).

 התפתחות הכתב 

היא אירוע ייחודי ומרכזי בהתפתחות האנושות. השפיעה על התפתחות הפילוסופיה של הדתות ועל המדע, כאשר אינפורמציה כתובה מאפשרת העברת ידע, תקנות, הוראות ומחשבות מדויקים וניתנים לשמירה. כתב הציורים (פיקטוגרפיה) מסוף התקופה הניאוליטית (כ־5000 לפני הספירה). הכתב הומצא במקביל בכמה מקומות: כתב היתדות בשומר, ההירוגליפים הקדומים התגלו במסופוטמיה באלף הרביעי לפנה"ס באזור שומר או עילם בעיר ארך; במצרים, האלפבית הקדום ביותר הוא הכתב הפרוטו סינאי. כתובות פרוטו סינאיות התגלו לראשונה בחורף 1904–1905 בסיני, על ידי הילדה פטרי ובעלה פלינדרס פיטרי. הכתובות, שנמצאו בהר בסיני באתר בשם סרביט אל-ח'אדם, פותח לראשונה בקרב השמיים הצפון־מערביים בלבנט באלף השני (ברונזה תיכונה) לפנה"ס, רוב באותיות הנהוגות כיום השתלשלו ממנו. כתבי הפירמידות (הירוגליפים) ממצרים העתיקה נחשבים לאחד מהטקסטים העתיקים ביותר הידועים, והם מתוארכים ל-2400-2300 לפנה"ס. הכתיבה שיחקה תפקיד חשוב בעיצוב דתות מאורגנות על ידי קביעת תקנות (חוקים ומצוות)לרעיונות הדתיים בהתייחס למקום ולזמן. בהמשך מעבר מכתב סימני מילים ומשפטים (הירוגליפים) לאותיות המרכיבות מילים,(לפני כ-3000 שנה) כך שבמקום מאות סימנים התפתח כתב של כ-20 סימנים בלבד (כתב היתדות, והכתב הכנעני הקדום) כך שלא רק כהנים יכולים ללמוד לקרוא ולכתוב.

 פוליתיאיזם ומיסוד המדע 
 המדע במזרח התיכון הקדום 
מחקר, לימוד ותכנון מדעי התקיימו כבר מהאלף השלישי לפני הספירה. (תקופת הברונזה), המעבר משימוש בנחושת (התקופה הכלכוליתית, כ-4500–3500 לפנה"ס בלבנט) לשימוש בברונזה, שהיא סגסוגת של נחושת ובדיל, היווה בסיס למדע המטלורגיה ופיתוח מכשירים מורכבים. כדוגמה נתייחס למדע הקדום במצרים. ההתנגשות בין המדע לדת החלה כבר בשלבים הראשונים של יסוד מדינות וערי ממלכה באגן הם התיכון. (תקופת העיור) כאשר מרכזי הכח עברו בהדרגה משליטת הכהנים ולמערכת השלטונית - הממלכה.

 המדע במצרים העתיקה 
התקופה הרלוונטית למדע המצרי העתיק היא בעיקר תקופת שושלות הממלכה העתיקה, הממלכה התיכונה והממלכה החדשה, המשתרעות בערך מ-3100 לפנה"ס עד 1070 לפנה"ס.

ענפי המדע החשובים: מתמטיקה: המצרים פיתחו מערכת מספרים עשרונית מתקדמת ויכולת לבצע חישובים מורכבים. הם השתמשו במתמטיקה לצורך מדידות קרקע, חישובי מיסים ובנייה. אסטרונומיה: הם עקבו אחר תנועות גרמי השמיים ופיתחו לוח שנה מדויק המבוסס על 365 ימים. ניווט ימי: המצאת אצטרולב שפותח במאה השנייה לפני הספירה ביוון העתיקה ומבוסס על שילוב של ידע באסטרונומיה, הנדסה, מתמטיקה וגאוגרפיה ונראה שהיה בשימוש כבר בתקופת הברזל (כ-1000 לפני הספירה) רפואה: המצרים העתיקים היו מתקדמים בתחום הרפואה. הם ביצעו ניתוחים, טיפלו בשברים ופיתחו תרופות מצמחים. הנדסה: הפירמידות והמקדשים הם עדות ליכולות ההנדסיות המרשימות שלהם, כולל תכנון מדויק וטכניקות בנייה מתקדמות. כימיה: הם פיתחו שיטות לייצור זכוכית, קוסמטיקה, צבעים ותהליכי חניטה. חקלאות: פיתחו שיטות השקיה מתקדמות וניהול יעיל של שיטפונות הנילוס לטובת החקלאות.

בין המדענים המצרים הקדומים החשובים היו אימחותפ (בערך 2650 לפנה"ס): ארכיטקט, רופא וכהן שתכנן את פירמידת המדרגות של ג'וסר. חסי-רע (בערך 2600 לפנה"ס): רופא בכיר בתקופת המלך ג'וסר. אחמס (בערך 1550 לפנה"ס): מתמטיקאי שכתב את פפירוס רינד, מסמך מתמטי חשוב. פיתוח ידע ומדע דומה היה גם בממלכה החתית ובמסופוטמיה.

 דתות פגאניות של המזרח הקדום והעולם הקלאסי 

דתות אלו (כמו אשור, בבל, יוון, ורומא) הן פוליתאיסטיות (פוליתאיזם), והן חלק מהותי מהמסגרת התרבותית והפוליטית של חברות מורכבות ועירונית. החל מהתקופה הכלקוליתית (כ-3500 לפני הספירה), עם התפתחות סחר ימי בין מצרים, הסהר הפורה ואיי יוון, מעבר של סוחרים מעיר לעיר, התפתחות שפה ודת מקומיים. הפוליתאיזם הקל על הקבלה של זרים בכל עיר כאשר ישוב (ציוויליזציה) או לאום יש ערכים מקודשים (אלים), שיש לכבדם, ולכך ניתן לבסס הערכה הדדית שאיננה פוסלת וגם איננה מחייבת קבלה למי שאיננו חלק מהחברה המקומית. המאבקים הלאומיים התנהלו בעיקר על שליטה ושעבוד לצורך רווח. המאבקים הדתיים החלו בהקשר של דתות מונותיאיסטיות, שבהן קבלת שלטון האל (או הקדוש) היא המקור ללכידות החברה המקומית, והטיעון המרכזי למלחמות.

פנתיאון של אלים (Polytheism): אמונה במספר רב של אלים ואלות (Pantheon), שכל אחד מהם אחראי על תחום מסוים בטבע או בחיי האדם (כגון מלחמה, אהבה, חקלאות, שמש, ים).

דוגמאות: בבל – מרדוך; אשור – אשור; יוון – זאוס, והפנתיאון היווני הכולל 12 אלי - האולימפוס ועוד מאות דמויות מיסטיות, כאשר לכל אל "שטח פעולה" מוגדר ערכית או גאוגרפית.

טבע אנושי ואינטראקציה: האלים מתוארים כבעלי תכונות אנושיות (כגון קנאה, זעם, אהבה, מריבות – תופעה הנקראת אנתרופומורפיזם). סיפוריהם מתוארים במיתוסים עשירים המסבירים את מקור העולם והחברה.

פולחן ציבורי ותועלת הדדית: היחסים עם האלים מבוססים על מעין "חוזה" של תועלת הדדית (Do ut des): בני האדם מקריבים קורבנות ומקיימים טקסים, ובתמורה, האלים מעניקים שפע, הגנה, או ניצחון.

הפרקטיקה: הפולחן מתבצע במקדשים מפוארים וכולל הקרבת קורבנות (חיות, מזון, מנחות) ותפילות ציבוריות ופרטיות.

אוראקלים וניבוי עתידות: הייתה חשיבות רבה לניסיון לדעת את רצון האלים באמצעות אוראקלים (כמו בדלפי ביוון), ניבוי עתידות (הירוסקופיה – קריאה בקרביים), או אסטרולוגיה (בבבל).

חוסר דגש על דוקטרינה מוסרית יחידה: הדגש אינו על אמונה ב"אמת" תאולוגית יחידה או על קוד מוסרי מוחלט (בניגוד לדתות מונותאיסטיות), אלא על קיום טקסי הפולחן המסורתיים והשתלבות נכונה בסדר הקוסמי והחברתי.

 הדת הזורואסטרית (Zoroastrianism) 
הזורואסטריות, שנוסדה על ידי הנביא זרתוסטרה (Zarathustra) בפרס העתיקה (בסביבות המאה ה-7 לפנה"ס), היא אחת הדתות המונותאיסטיות-למחצה או הדואליסטיות (Dualistic) העתיקות בעולם, והשפיעה רבות על הדתות המאוחרות יותר.. לראשונה הוצגה האמונה שיש אל עליון " האדון החכם". ומולו כוחות הרשע, ועל האדם לתמוך בכוח האור. הסמל הוא האש. אפשר לראות בזוראסטריות מעבר מפוליתיאזם למונתיאיזם. התפתחות זו במקביל להתפתחות הרציונל באתונה, בעקבות ההשפעה ההדדית, על אף המלחמות החוזרות בין פרס ואיי יוון(499-478 לפני הספירה) ניכרת גם בכתבים העוסקים בחקירת הטבע.

 עקרונות מרכזיים 
 דואליזם קוסמי ואתי: עקרון יסוד הוא מאבק נצחי וקוסמי בין הטוב המוחלט לרע המוחלט.

אהורא מזדא (Ahura Mazda): "האדון החכם" – האל העליון, בורא העולם, המייצג את הטוב, האור, האמת והסדר (Asha). הוא האל היחיד הראוי לפולחן.

אנגרה-מייניו (Angra Mainyu/Ahriman): "הרוח הרעה" – כוח הרשע, החושך, השקר והכאוס (Druj).
 בחירה חופשית (Free Will): האדם אינו כפוף לגורל מראש, אלא ניצב חופשי לבחור בין צד הטוב (אהורה-מזדא) לבין צד הרע (אנגרה-מייניו). בחירתו של כל פרט משפיעה על המאבק הקוסמי.
 העיקרון האתי (Good Thoughts, Good Words, Good Deeds): התמצית המוסרית של הדת מיוצגת במוטו: "מחשבות טובות, מילים טובות, מעשים טובים" (Humata, Hukhta, Hvarshta). זו הדרך שבה המאמין פועל למען ניצחון הטוב בעולם הגשמי.
 פולחן האש: אש ואור נחשבים לביטוי פיזי של טוהר, חוכמה ואמת, ולכן הם נוכחים במרכז טקסי הפולחן במקדשים (מכונים "מקדשי אש"). האש אינה האל עצמו אלא סמל קדוש ביותר לנוכחותו של אהורה-מזדא.
 אחרית הימים (Eschatology): אמונה ביום הדין העתידי, שבו יישפטו בני האדם על פי מעשיהם, ובניצחונו המוחלט של אהורה-מזדא על הרוע בסוף הזמן, שיוביל לחידוש מושלם של העולם (Frashokereti).

 המעבר לאמונה באל יחיד (מונותיאיזם) 
במצרים מרובת האלים ומקדשים. כבר במאה ה-14 לפני הספירה קם פרעה אמנחותף הרביעי שקבע כי אל השמש (אחנתון) הוא אל יחיד, העביר את בירתו לאחת-אתון (תל אל עמרנה בימינו) ומרד בשלטון הכהנים. עם מותו חזרו הכהנים לשליטה ועמם פנתיאון האלים המצרי.

 דגם אופייני: המיתולוגיה הייונית 
 מיתולוגיה כעמוד תווך: המיתוסים היווניים על האלים האולימפיים (היושבים על הר אולימפוס) והגיבורים היוו את עמוד התווך של התרבות, האמנות והחינוך.
 הגורל (Moira): לצד האלים, הייתה אמונה בכוח עליון ובלתי נמנע של הגורל (Moira) או הכרח (Ananke) שגם האלים כפופים לו במידה מסוימת.

 הולדת המדע הרציונלי והכפירה 
שתי שיטות פילוסופיות התפתחו במקביל ביוון ההלניסטית (323 עד 123 לפני הספירה). האסקולה הסטואית – שפיתחה קוסמולוגיה המונעת על-ידי כוח יוצר – השגחה עליונה שמרכזה האש. על פי התפיסה הראקליאנית שמבכרת תפיסה אינטואיטיבית על פני היקשים לוגיים והתבססה על משנתו של אפלטון. לעומת השיטה של תצפית ובחינתה הלוגית שהתבססה על משנתו של אריסטו ופותחה בהמשך על-ידי אפיקורוס ודמוקריטוס לשיטה מטריאליסטית שמהווה למעשה את הבסיס למדע הפורמלי. ניסוח תיאוריה שאינה מסתמכת על ניסויים אלא על ניתוח לוגי של תצפיות. בספרו המונומנטלי "על טבע היקום" של טיטוס לוקרטיוס טאורוס (חי ברומא 95 לפנה"ס - 65 לספירה) שהיה מתלמידיו של אפיקורוס, הוא מנתח תופעות טבע, שאנו מכירים היום בשמות הכבידה, האטום והמולקולה, האנרגיה והחומר, בעזרת השיטה הדדוקטיבית. פיתוח המתמטיקה והגאומטריה ביוון העתיקה על-ידי פיתגורס ותלמידיו (כ-500 לפנה"ס) וארכימדס במצרים מהווה למעשה תחילת המדע הפורמלי, הבנוי כולו על ההקשר הלוגי שבין העובדות ולא על חקירתן. שורשי המדע בתפיסה האריסטוטלית, על פיה קיימת מציאות אובייקטיבית שמתנהלת על פי חוקים, וניתן לחקרה שכן היא ניתנת למדידה על ידי החושים. ראשית ההתפתחות המדעית נעשתה בהמצאת מושגי ההגדרה, התצפית המדעית והמודל המדעי ביוון העתיקה.

עם אימוץ הדת הנוצרית ברומא (בשנת 393) נבלם המחקר המבוסס על חשיבה ליברלית לוגית ומרבית הכתבים המבארים את הטבע והאדם שאינם תואמים לדוגמה הנוצרית ברומא הושמדו, בעיקר בשרפת הספרייה הגדולה באלכסנדריה (245 לפני הספירה עד 48 לספירה).

 הדתות המונותיאיסטיות (יהדות, נצרות, אסלאם) 

שלש הדתות, הנצרות, האסלאם והיהדות מכונות הדתות האברהמיות כיוון שכולן מייחסות את מקורן הגנאלוגי ואת ברית האל עם אברהם. הן חולקות עקרונות בסיסיים רבים. ההבדל בין האסלאם והיהדות איננו מהותי, וכללים רבים של האתיקה הדתית משותפים. מוחמד, הנביא המוסלמי, הכשיר את עקרונות הכרה באל אחד לתרבויות ועמים נוספים. הנצרות גם היא נובעת מהעקרונות הבסיסיים של התנ"ך, כפי שהוצגו על-ידי ישו אף כי איננה מייחסת חשיבות למקור הגינאולוגי. הנצרות, שמקורה הראשוני היה כתות יהודיות שנהו אחר צליבת ישו, בתקופה קשה שבה הצפייה לגאולה אחרי שריפת המקדש, נוצרה כד ממלכתית בביזנץ במאה השלישית,

 עקרונות משותפים מרכזיים 
 מונותיאיזם מוחלט (Tawhid): אמונה באל אחד, יחיד, כל יכול, יודע כל, ובלתי גשמי, שברא את היקום יש מאין (Creatio ex nihilo). שלילת כל אלוהות אחרת.
 התגלות ונביאים: האל מתגלה לבני האדם באמצעות נביאים ושליחים (כמו אברהם, משה, ומוחמד וישו) ומעביר את רצונו ודבריו באמצעות כתבי קודש (תנ"ך, ברית חדשה, קוראן).
 ברית וקוד מוסרי: האל כורת ברית עם בני האדם באמצעות שליח או נביא, ומצפה מהם לקיים מצוות, חוקים וערכים מוסריים שמטרתם חיזוק הקשר והנאמנות של המאמינים, בצד קביעת עקרונות מוסר, צדק, ויראה.
 שכר ועונש אמונה שלכל פעולה אנושית יש תגובה שמקורה בכוח עליון שקבע את הכללים ו " הכל צפוי, והרשות נתונה"מסכת אבות, ג', משנה ט"ו

 המדע והדת באסלאם 

 דת האסלאם (תקציר) 
מקור האסלאם בדרשותיו של הנביא מוחמד. ההגירה ממכה למדינה (ההג'רה בשנת 622) נחשבת לבסיס הדת: הקוראן, שלפי המסורת המוסלמית הוכתב למוחמד בשורה של פגישות עם מלאכים, מהווה את הבסיס (בדומה לתורת משה), אבל נוספו לו תוספות של "תורה שבעל פה" שנמסרו ממנו לשורת מעבירים. (החדית'.) במשך הזמן התפרדה דת מוחמד לדתות משנה כמו השיעה והסונה, לקבוצות וכתות, כמו העלאווים, הדרוזים, והזיידים, שעדיין מקיימים מסורות שונות. באסלם הסוני והעות'מאני העולמא - קבוצה נבחרת של דיינים הקובעת את החוקים וההלכות וישבה במרבית בזמן בבגדד. בשיעה היחס לקוראן שונה והמסורת השיעית מייחסת את התבונה לצאצאיו של עלי אבן חטיב, בן דודו של מוחמד ונשוי לבתו, המהאדי שלו התבונה העליונה גם כיום. העלאווים מקיימים מסורות פסוידו - נוצריות יחד עם מסורות מוסלמית. הדת המוסלמית הסונית והשיעית התפשטה בכל אסיה, אפריקה וחלקים מאירופה. כאשר המשותף היא השפה הערבית והקוראן ברמות שונות של דבקות או קנאות.

 תור הזהב של המדע בתקופת האסלאם 
תחילתה של הפילוסופיה המוסלמית קשורה למפעל התרגום של חיבורים פילוסופים מיוונית לערבית בבגדד בתקופת השושלת העבאסית (המאה ה-8 עד המאה ה-10), והתבססו בעיקר על האסכולה האריסטוטליית מחד והזרם הניאואפלטוני מאידך. מייסד המפעל היה עבדאללה אבן אל מוקפע (חי בשנת 750) שתרגם גם מקורות הודים ויהודים. הפילוסופיה האריסטוטלית יחד עם לימוד מדעי המתמטיקה קודמו על-ידי אבו יוסוף אל קנדי (חי בשנת 830), שהיווה אחד היסודות בהקמת הזרם הפילוסופי האיסמעילי באסלאם השיעי. שיאה של ההגות והמדע הפורמלי הגיע באל-אנדלוס במאה ה-10 וה-11, בהובלת אבו עלי אבן סינא והגיע לשיאה ביצירתו של מוחמד אבן רשד (1190), בוויכוח נוקב בין הפילוסופיה המוסלמית הפונדמנטליסטית הטוענת שכל מעשה נקבע מראש "העולמא", לבין הפילוסופיה הליברלית המבוססת על תבונת האדם הרציונלי "המועתזילה ". בתקופה זאת גם צמחה גם הפילוסופיה והמחקר הפורמלי היהודי. בין החשובים שבפילוסופים החוקרים היהודים היו יצחק בן שלמה הישראלי שכתב את ספר היצירה, סעדיה גאון, משה אבן עזרא, יהודה הלוי ובהמשך גם הרמב"ם. התרבות הליברלית של בית אומיה ובית עבאס באנדלוסיה, המשיכה בתקופה הממלוכית (במאה ה-13) במצרים והלבנט והתנוונה עם עליית העות'מאנים כאשר העולמא השתלטה על הפילוסופיה המוסלמית הסונית.

 מדע ודת בעולם הנוצרי בימי הביניים 
 המדע בימי הביניים (התקופה החשוכה) 
במקביל לפריחת המדע באל אנדלוס, העולם הנוצרי האירופאי שקע ב"תקופת חושך" תקופה שנמשכה בערך מהמאה ה-5 עד המאה ה-15 לספירה, הייתה תקופה מורכבת מבחינת התפתחות המדע. בעוד שלעיתים תקופה זו מתוארת כ"תקופה חשוכה" למעשה היו בה התפתחויות מדעיות משמעותיות. הכנסייה הקתולית הייתה גורם משמעותי בשימור ופיתוח הידע המדעי, בעיקר דרך המנזרים והאוניברסיטאות. השפעה משמעותית הגיעה מהעולם המוסלמי, שבו התקיים "תור הזהב" של המדע במהלך חלק מתקופה זו. אלא שהקנאות הדתית הקתולית מנעה פיתוח חשיבה עצמאית שאיננה תומכת בדוגמה הנוצרית. בסוף ימי הביניים, התחילה להתפתח גישה יותר אמפירית למדע, שהובילה בסופו של דבר למהפכה המדעית המודרנית.

החוקרים בתחילת ימי הביניים היו ברובם גם כמרים ופילוסופים. החשובים שבהם: אלברטוס מגנוס (1200–1280) תאולוג ופילוסוף גרמני שתרם רבות לתחומי הלוגיקה, הפיזיקה, הביולוגיה והכימיה. רוג'ר בייקון (1214–1294) נזיר ופילוסוף אנגלי נחשב לאחד מחלוצי השיטה המדעית המודרנית. עסק באופטיקה, אסטרונומיה וכימיה. אדלרד מבאת' (1080–1152) מתמטיקאי ואסטרונום אנגלי תרגם עבודות מדעיות חשובות מערבית ללטינית. הילדגרד מבינגן (1098–1179) נזירה גרמנייה שתרמה לתחומי הרפואה והמדעים הטבעיים. ג'ון מסקרברו (1175–1245) פילוסוף ורופא אנגלי תרם רבות לתחום הרפואה והאנטומיה. מאידך ההגבלות על חשיבה הנחשבת לכפירה, וקיום אינקויזיציה (1478-1700) במדינות הקתוליות, מנעה, ואף הוציאה להורג חוקרים ופילוסופים שהמרו את הדוגמה הקתולית. כמו ג'ורדנו ברונו, נזיר ופילוסוף איטלקי (נשרף על המוקד ב-1600), וגלילאו גליליי (1564-1642) שנרדף על תמיכתו במודל ההליוצנטרי ועוד רבים אחרים.

 הדת הנוצרית בימי הביניים 
בימי הביניים, הנצרות לא הייתה רק דת, אלא הציר המרכזי של החיים הפוליטיים, החברתיים והתרבותיים באירופה. הכנסייה הקתולית הייתה המוסד החזק ביותר ביבשת, ולעיתים קרובות כוחה עלה על זה של מלכים ונסיכים.

 הולדת הדת הנוצרית והתפתחותה 
380 לספירה – אדיקט תסלוניקה: הקיסר תאודוסיוס הראשון מכריז על הנצרות כדת הרשמית והיחידה של האימפריה הרומית. כאן הנצרות הופכת מגוף רוחני למנגנון שלטוני עוצמתי.

 הפיצול הגדול (1054): קתולים מול אורתודוקסים 
עם חלוקת האימפריה הרומית למזרח (ביזנץ) ומערב (רומא), נוצרו פערים תרבותיים ופוליטיים.
 הקתולית (במערב): מרכזה ברומא, השפה היא לטינית, והסמכות העליונה היא האפיפיור.
 האורתודוקסית (במזרח): מרכזה בקונסטנטינופול, השפה היא יוונית, והנהגתה מורכבת מפטריארכים (הנהגה מבוזרת יותר).שהתפלגה גם היא לכנסייה רוסית, ארמנית סלבית ועוד.
 הגורם לפיצוץ: מחלוקת על סמכות האפיפיור ונוסח התפילה (סוגיית ה"פיליוקווה"). בשנת 1054 החרימו שני הצדדים זה את זה רשמית.

 הכנסייה כמרכז הכוח 
בימי הביניים, הכנסייה הקתולית הייתה המעסיק הגדול ביותר, בעלת הקרקעות הגדולה ביותר והסמכות המוסרית העליונה. היא ניהלה את מערכות החינוך (האוניברסיטאות הראשונות), בתי החולים וסעד לעניים.

ההיררכיה הכנסייתית הקתולית: המבנה היה פירמידלי ונוקשה, שהעניק לכנסייה יציבות יוצאת דופן לאורך מאות שנים.
 האפיפיור: יושב ברומא, נחשב לממשיך דרכו של פטרוס הקדוש ולסמכות העליונה עלי אדמות.
 הקרדינלים והבישופים: שלטו במחוזות (דיוקסיות) והיו בעלי השפעה פוליטית עצומה.
 הכמרים: הקשר הישיר של המאמין הפשוט עם האל.
 נזירים ונזירות: חיו במנזרים, עסקו בתפילה, העתקת כתבי יד וחקלאות.

 תרבות ואמונה 
החיים בימי הביניים היו ספוגים בדת. הפחד מהגיהנום והתקווה לגן עדן הינחו את התנהגות האנשים.

הכנסייה הקתולית יצרה מבנה היררכי בעל כוח והשתלטה לא רק על מאפייני הדת, אלא גם על שליטה בכלכלה, באומנות, בשגרת החיים, במדיניות ובמסעות מלחמה, ויצרה אוטוריטה שנותרה עד היום.

אדריכלות גותית: בניית קתדרלות ענק (כמו נוטרדאם) עטורה בדמויות ותמונות המדגישות את העונש על הכופרים, וגן העדן השמור לנוצרים. שנועדו לעורר יראה והשתאות, בתקופה שקריאה וכתיבה לא היו נחלת העם.
 פולחן הקדושים: האמונה ששרידי קדושים (Relics) יכולים לחולל נסים. פולחן זה היה ועודנו קיים בכל הדתות, בעיקר בנצרות. הכנסייה הקתולית, העמידה את ישו כבן האלוהים ולכן כעל - אנושי. קבלת הנצרות על-ידי הרומאים והעמים הפוליתאיסטיים, הייתה קשור בשילוב פולחן פגאני לייחוד הנוצרי, ולכן הכנסיות מרבות בפסלים, תמונות ומסכות של קדושים ופולחנים הדומים לתרבות הפוליתאיסטית.
 העלייה לרגל: מסעות ארוכים ומפרכים למקומות קדושים (ירושלים, רומא, סנטיאגו דה קומפוסטלה). עלייה לרגל הייתה קיימת ביהדות עוד בימי בית ראשון ושני, ובאסלאם, העלייה למכה נכללה במצוות הקוראן עם קבלת האסלאם כדת המקום.

 מלחמות וכיבוש כדרך להפצת הנצרות 
ההיסטוריה של הנצרות רצופה במקרים שבהם השאיפה להפיץ את האמונה ("הבשורה") שולבה עם אינטרסים פוליטיים, כלכליים וצבאיים. לעיתים המטרה הייתה המרה מרצון, אך במקרים רבים נעשה שימוש בכוח החרב כדי להנחיל את הנצרות או להגן עליה.

להלן המלחמות והמסעות המרכזיים שעיצבו את התפשטות הנצרות בעולם:

 מסעי הצלב (The Crusades) – המאה ה-11 עד ה-13 
למרות שמסעי הצלב החלו כקריאה לשחרור המקומות הקדושים (ירושלים) מידי המוסלמים, הם הפכו למפגן כוח של הנצרות המערבית.
 הקריאה: בשנת 1095, בוועידת קלרמון, קרא האפיפיור אורבנוס השני לאבירי אירופה לצאת למלחמה קדושה.היעדים: בעיקר ארץ ישראל, אך גם מצרים ותוניסיה. הנחלת הדת: המסעות לא נועדו בהכרח להמיר מוסלמים לנצרות, אלא להחיל שלטון נוצרי על אזורים קדושים. עם זאת, בדרך לירושלים, הצלבנים טבחו בקהילות יהודיות וב"כופרים" אחרים.

 ה"רקונקיסטה" (Reconquista) – המאה ה-8 עד ה-15 
תהליך הדרגתי של כיבוש מחדש של חצי האי האיברי (ספרד ופורטוגל) מידי המוסלמים. השיא: בשנת 1492, עם כיבוש גרנדה, המעוז המוסלמי האחרון. דמויות חשובות: המלכים הקתולים פרדיננד ואיזבלה. הנחלת הנצרות: עם סיום הכיבוש, הנצרות הפכה לדת החובה. יהודים ומוסלמים אולצו להתנצר ("אנוסים") או לעזוב את המדינה (גירוש ספרד). האינקוויזיציה הופקדה על בדיקת כנות אמונתם של המתנצרים החדשים.

 כיבוש העולם החדש (אמריקה) – המאה ה-15 עד ה-17 
הגילוי של קולומבוס בשנת 1492 פתח עידן של כיבוש יבשות שלמות בשם הכתר הספרדי/פורטוגלי והכנסייה.דמויות חשובות: הקונקיסטדורים (הכובשים) כמו הרנאן קורטס (שכבש את האימפריה האצטקית) ופרנסיסקו פיסארו (שכבש את האינקה).הנחלת הנצרות: הכנסייה ליוותה כל מסע כיבוש. ה"ריקרמיינטו" (Requerimiento) היה מסמך שהוקרא לילידים, ובו דרישה להכיר בריבונות הכנסייה והמלך הקתולי. מי שסירב נחשב למורד שניתן לשעבדו או להורגו.

 מלחמות הדת באירופה – המאה ה-16 וה-17 
לאחר הופעת הפרוטסטנטיות (בהובלת מרטין לותר ב-1517), אירופה נקרעה במלחמות בין קתולים לפרוטסטנטים.
 מלחמת שלושים השנים (1618–1648): המלחמה המדממת ביותר, שהחלה כמאבק דתי בתוך האימפריה הרומית הקדושה והפכה למלחמה כלל-אירופית.
 התוצאה: הסכם וסטפאליה קבע את העיקרון "למי השלטון – לו הדת" (Cuius regio, eius religio), שמשמעותו היא שכל שליט קובע את דת נתיניו.

 הרפורמציה הפרוטסטנטית (המאה ה-16) 
זהו השבר הגדול השני בנצרות המערבית, שצמח מתוך ביקורת על שחיתות הכנסייה הקתולית.

1517 – מרטין לותר: נזיר גרמני שפרסם את "95 התזות". הוא התנגד למכירת "אינדולגנציות" (שטרי מחילה על חטאים בכסף) וטען שהגאולה מגיעה דרך אמונה בלבד, לא דרך הממסד הכנסייתי.

הלותרניות: הזרם שצמח ממנו, ששם דגש על קריאת התנ"ך בשפת העם ולא בלטינית.

זרמים פרוטסטנטיים נוספים:
 קלוויניזם: (ז'אן קלווין) הדגיש את עקרון הגזירה הקדומה (Predestination).
 הכנסייה האנגליקנית: הוקמה על ידי המלך הנרי השמיני באנגליה, בעיקר מסיבות פוליטיות (רצונו להתגרש בניגוד לדעת האפיפיור).

 השוואה בין הזרמים העיקריים 
מאפייןקתוליותאורתודוקסיהפרוטסטנטיותמרכז סמכותהאפיפיור ברומאפטריארכים מקומייםכתבי הקודש (אין סמכות אנושית עליונה)שפת התפילהבמקור לטינית (כיום שפת המקום)יוונית, סלאבית עתיקה וכו'שפת המקוםמבנה הכנסייההיררכי וריכוזיקהילתי ומסורתימבוזר, אלפי תתי-זרמיםנזירותחלק מרכזיחלק מרכזיבוטלה ברוב הזרמים

 דת ומדע בתקופת הנאורות 
 סוף ימי הביניים ותחילת תקופת הרנסאנס 
תקופה זו מהווה תקופת מעבר חשובה בהתפתחות המדע המודרני עדיין תחת שליטתה של הכנסייה והאינקוויזיציה. כדוגמה כמה מדענים אירופאים חשובים מהמאות ה-14 עד ה-16. ניקולאוס קופרניקוס (1473–1543) אסטרונום פולני פיתח את המודל ההליוצנטרי של מערכת השמש, אלא שפרסום עבודתו נתקל בהתנגדות עיקשת של הכנסייה הקתולית – שממש בזמן זה הייתה שקועה במלחמה בפרוטסטנטיות, (מלחמות הדת 1517–1648) וחששה שההוכחה שהארץ סובבת סביב השמש תשרת את אויביה. גלילאו גליליי (1564–1642) מדען איטלקי שנחשב לאבי המדע המודרני בתרומותיו לאסטרונומיה, פיזיקה ומתמטיקה שהצליח לשבור את החרם של הכנסייה על התאוריה ההליוצנטרית של קופרניקוס וכך פרץ את מחסום ההתנגדות למדע המודרני המבוסס על הוכחות אמפיריות לתאוריות המבוססות על ניסויים ותצפיות. אנדריאס וסליוס (1514–1564) רופא ואנטומיסט בלגי נחשב לאבי האנטומיה המודרנית. פאראצלסוס (1493–1541) רופא ואלכימאי שווייצרי חלוץ בתחום הרפואה והכימיה. אמברואז פרה (1510–1590) כירורג צרפתי נחשב לאבי הכירורגיה המודרנית. לאונרדו דה וינצ'י (1452–1519) אמן ומדען איטלקי תרומות רבות לאנטומיה, הנדסה ומדעים נוספים. יוהנס קפלר (1571–1630) אסטרונום ומתמטיקאי גרמני פיתח את חוקי התנועה הפלנטרית. ויליאם גילברט (1544–1603) רופא ופיזיקאי אנגלי מחקר פורץ דרך בתחום המגנטיות

 תקופת הנאורות (המאות ה-17 וה-18) 
תקופה זו, המכונה גם "עידן התבונה", סימנה את תחילת ההפרדה בין "אמת התגלותית" (מקור האמת בדת) לבין "אמת תבונית" (מקור האמת בתצפית ומחקר).
 האל כ"שען" (דאיזם): פילוסופים ומדענים כמו אייזק ניוטון ווולטייר לא בהכרח שללו את קיום האל, אך הם ראו בו "מהנדס" שתכנן מכונה מורכבת (היקום) שעובדת לפי חוקי טבע קבועים. לאחר הבריאה, האל לא מתערב בנסים ("השען שעזב את השעון").
 המרכזיות של התבונה: המוטו של עמנואל קאנט, "העז לדעת", עודד בני אדם לא להסתמך על סמכות הכנסייה אלא על השכל הישר.
 המתח הראשוני: גילויים של גלילאו (הליאוצנטריות) והבנת חוקי המשיכה ערערו את התפיסה שהאדם והארץ הם מרכז היקום מבחינה פיזית ורוחנית.

 התקופה המודרנית (המאה ה-19 ועד ימינו) 
בתקופה זו הקונפליקט הפך גלוי וחריף יותר, אך גם נוצרו מודלים חדשים של דו-קיום.
 מהפכת דרווין (1859): פרסום "מוצא המינים" של צ'ארלס דרווין היה רגע מכונן. תאוריית האבולוציה הציעה הסבר להיווצרות החיים ללא צורך בתכנון אלוהי ישיר, המנוגדת ישירות לסיפור הבריאה על פי האמונה של הדתות המונותיאיסטיות.
 המפץ הגדול: הוגה תאוריית המפץ הגדול היה ז'ורז' למטר (1894-1966) שהיה גם כומר קתולי וגם אסטרופיזיקאי. זהו דוגמה למקום שבו המדע והדת יכלו להסכים: ליקום יש התחלה והא מתפתח באבולוציה אורגנית.
 החילון והמדע כדת חלופית: עבור רבים, המדע החליף את הדת כדרך להסביר את העולם ולפתור בעיות (רפואה, טכנולוגיה).

 דיון על דת ומדע, הלכה ותיאוריה. 
 עקרונות מרכזיים 
באלפי השנים של קיום ציוויליזציה אנושית, שימשו בערבוביה מחקר, מסורת, דת, אמונות תפלות, ותובנות על העולם. קבוצות ושבטים של ציידים-לקטים פיתחו תובנות בתחומים כמו תזונה, בריאות, אסטרונומיה, אקולוגיה, מטאורולוגיה, עוד לפני התפתחות הדתות הגדולות ולפני המדע. פיתוחים אלה שימשו לצרכים שונים, לדוגמה פיתוח אסטרונומיה ומדידה מדויקת של אורך השנה לשם חיזוי נדידת בעלי חיים ובהמשך, לאחר המהפכה החקלאית, גם למועדי זריעה וטיפול בצמחים בחברות חקלאיות. מסורות לגבי תזונה סייעו להישמר מפני צמחים רעילים. בהיעדר כתב, המידע הועבר מדור לדור באמצעות מנהגים טקסיים, שירים וסיפורים. במקביל בני אדם פיתחו טכנולוגיות שונות, בהן שליטה באש, כלי אבן, כלי דיג, כלי חרס, חוט ומחט, וכן חקלאות, עוד בטרם התפתחות המחקר ובטרם ייסוד הציוויליזציות החקלאיות.

עם ראשית החקלאות במהפכה הנאוליתית התפתחו חברות מורכבות יותר שכללו כפרים ובהמשך גם ערים וערי מדינה, ומוסדות כמו מלוכה, מיסים, עבדות, חיילים ודתות. במקרים רבים הדתות הצדיקו את קיומה של המלוכה על ידי הצגת המלך כשליט בכוחו של האל. משום כך היה קשר שנמשך אלפי שנים בין מוסד הכהונה לבין מוסד המלוכה. כהנים היו עלולים לערער על סמכותו המוסרית של המלך ולתמוך בטוען אחר לכתר. כספי המיסים והכוח הצבאי של המלוכה אפשרו לקיים מוסדות דת כמו בתי ספר לכוהנים, בתי מקדש וכדומה. עם התפתחות החקלאות ושיטות מיסוי החלו להתפתח צורות כתב שאפשרו העברה מדויקת יותר של הידע מדור לדור. במשך אלפי שנים הכתב היה נחלתו של מיעוט קטן שכלל בעיקר לבלרים בשירות המדינה, כהנים וסוחרים. בתקופה זו התעצבו הסברים ומיתוסים רבים על בריאת העולם, ההיסטוריה האנושית, היחס בין האדם לבין בעלי החיים, היחסים בין קבוצות אנשים (לדוגמה בין נשים לגברים ובין מבוגרים לילדים) ועל המבנה החברתי האידיאלי. לדוגמה, במשך אלפי שנים האמינו המצרים הקדמונים כי האלים המצרים בראו את העולם וכי המלך המצרי - פרעה - שולט בזכות אלוהית בהיותו בן האלים. כל הסבר של תופעה נצפית, לדוגמה ליקוי חמה, בצורת, לידה, מוות, מחלות, מחלות נפש ועוד, יוחסו לכוחות של אלים ששולטים בעולם. אסונות יוחסו תכופות לעונש משמיים. תכופות האחריות לבעיות אלה יוחסה לחטאי הציבור כולו או חטאי מעמד הכוהנים ובמיוחד המלך עצמו. התמודדות עם בעיות כמו מגפות או בצורת כללה בדרך כלל מנהגים כמו הקרבת קורבנות (בעלי חיים ובחלק מהתרבויות גם בני אדם), צומות, תפילות, הקמת מקדשים וכדומה.

התפתחות ראשונה של החשיבה המדעית המוכרת מתוארכת למאה ה-6 לפני הספירה להגותו של תאלס. הוא היה הראשון שניסה להסביר את העולם ללא כוחות על-טבעיים וללא אלים. באמצעות חוקים קבועים של הטבע, שנשארים ללא שינוי ובלי יכולת של בני האדם להשפיע עליהם, והאדם מגלה אותם באמצעות התבוננות זהירה והגיון. הוגים נוספים באסכולה המילטית כמו דמוקריטוס המשיכו את דרכו.

עם המהפכה המדעית באירופה בתחילת העת החדשה, החלו לגאות מתחים בין הדתות לבין חלק מהתגליות המדעיות. המהפכה הקופרניקאית שהחלה במאה ה-16 ערערה את סמכותה של הכנסייה ותרמה להתפשטות הרפורמציה. הדרוויניזם במאה ה-19 האיץ את תהליכי החילון בעולם המערבי. התגליות ושינויי התפיסה ערערו על תפיסות דתיות בנצרות והיהדות, ובמידה פחותה גם באסלאם.

המהפכה הקאנטיאנית פרסמה את ההנחה שתפיסות האדם סובייקטיביות ודיבור על הדברים כשלעצמם הוא חסר מובן לפי הוגים מסוימים. מהפכה זו עוררה מתחים בין הפילוסופיה לבין ההנחות המדעיות לגבי עולם בן מיליארדי שנים ללא תודעה.

בדרך כלל מניחים המאמינים שסתירה בין הדת לתגליות המדע אינה אפשרית. לגבי היהדות, ביטא רבי יהודה הלוי תפיסה זו בספר הכוזרי: .הכוזרי, מאמר ראשון, פסקה ס"ז משום כך, כאשר ישנו מתח בין תפיסה דתית לבין הבנה מדעית כלשהי, הברירה היא בין דחיית התפיסה הדתית, פרשנותה המחודשת או דחיית העמדה המדעית.

קיצור תולדות היקום כפי שמוסבר בשיטה המדעית, מנוסח בתפיסת האבולוציה - התפתחות הדרגתית דיכוטומית של ברירות מחדל בכל שלב, מה" מפץ הגדול" ועד זמננו ומנוסח בתיאורית האבולוציה האורגנית

קונפליקטים מרכזיים בין דתות רבות למדע כוללים :
 גיל העולם ודרך היווצרותו.
 יצירת החי – האם היא בריאה אלוהית מכוונת או תהליך ממושך של אבולוציה הכוללת מוטציות אקראיות שנבררות בברירה טבעית על ידי התאמה לסביבה?
 אבולוציה של האדם מול תיאור יצירה שלו על ידי האל; חוסר התייחסות בדתות אל מיני אדם אחרים כמו האדם הניאנדרטלי, תיאור של הפרהיסטוריה מול תאורים דתיים של התקופה לפני ימי התנ"ך.
 היחס לתנ"ך וכתבי קודש אחרים כאל ספרים מדויקים היסטורית שנכתבו על ידי או בהשראת ישות עליונה אל מול גישות כמו ביקורת המקרא.
 עלילות מיתולוגיות, הסיפורים, הגיבורים, ובעיקר הנסים ואירועים על-טבעיים - האם הם התקיימו במציאות או שמא מדובר במיתוסים עממיים?
 פסוקים שנטען שהם טעויות עובדתיות בזואולוגיה, אסטרונומיה ותחומי מדע אחרים, וגרמו לניסיונות צנזורה של המדע כמו שמש בגבעון דום.
 מיניות, מגדר ולהט"ב. בתחומים כמו הבדלים בין גברים לנשים, יחס למיניות, ביחס להומוסקסואליות, טרנסג'דרים, טיפולי המרה, גישה לאמצעי מניעה (במיוחד של נשים), הפלות ויחס לעוברים.
 אסונות טבע כתופעה טבעית או עונש מאלוהים. הדתות מתארות את העולם כנשלט על ידי אלוהים, כאשר האדם חורג מכללי המוסר או ציווי הדת, אלוהים מטיל עונשים שונים על בני האדם כמו מבול, בצורת, שיטפון, מגפות, רעידות אדמה, ליקוי חמה ועוד. המדע תיאר את רוב התופעות האלה כנובעים מתהליכים טבעיים - עונות השנה נוצרות לא על ידי אלי מזג אוויר או אלת הקיץ אלא על ידי סיבוב הארץ סביב השמש, בשילוב עם נטיית ציר הסיבוב של כדור הארץ. סופות מוסברות על ידי גורמים טבעיים כמו חום רב יותר באוקיינוס, רעידות אדמה מוסברות כתוצאת לוואי של טקטוניקת הלוחות, רוב המחלות המדבקות מוסברות על ידי תאוריית החיידקים כגורמי מחלות, ומחלות אחרות כמו סרטן או מחלות לב מוסברות על ידי גורמים טבעיים אחרים. גם הצעדים לנסות למנוע אסונות טבע או למתן את השפעתן שונות - במקום פניה לתפילות, לחשים או עושי ניסים החברות המודרניות פיתחו באמצעות המדע שיטות כמו חיזוי מזג האוויר, חקר האקלים, חקר רעידות אדמה, הנדסת מבנים, סקרים דמוגרפיים (בניסיון לחזות ולמנוע רעב עקב מחסור במזון), פיתוח תרופות, אפידמיולוגיה, וירולוגיה ועוד.
 טיב היחסים בין האדם לטבע - הדתות מתארות את העולם כנשלט על ידי אלוהים, והאדם הוא עליון על פני בעלי החיים והצמחים, שנוצרו כביכול בידי האל, כדי שישלוט בהם ויעשה בהם כרצונו. לעומת זאת במדע התפתח התחום של אקולוגיה - בו יש קשרי גומלין בין מינים רבים, כולל מינים שלא מוזכרים כלל בדתות כמו חיידקים, פטריות ועוד יצורים חד-תאיים. קשרי הגומלין בין המינים משפיעים גם על הגורמים הא-ביוטים כמו אקלים או כמות החמצן באטמוספירה, על ידי השפעה על מחזורים ביוגאוכימיים. כאשר אדם או מין אחר משפיע בצורה חזקה על הסביבה הטבעית הוא עלול לשנות אותה ולגרום לתוצאות בלתי צפויות שישנו לגמרי את המערכות האקולוגיות, באופן שעלול לסכן מינים אחרים וכן את האדם עצמו.

מעבר לסוגיות אלה ולסוגיות רבות נוספות, המדע ודתות חלוקים לעיתים קרובות בשאלות הנוגעות לתורת ההכרה - כיצד מוכיחים כי דעה אחת טובה יותר או נחותה יותר לעומת דעה אחרת. דתות מבוססות לרוב על אמונה, עדויות למעשי ניסים, קידוש של כתבים עתיקים, נבואה וקידוש דבריהם של נביאים, וגופים ומוסדות דת כמו כנסיות, כוהני דת, מסורות דתיות בכתב או בעל-פה, טקסים ומנהגים. כמו כן דתות מנסות לתת צידוקים לוגיים למצוות ולאמונות ומנהגים מרכזיים. מלבד ללוגיקה, המדע כופר אמצעים אלה כדרכים לגיטימיות לברור האמת. מדענים כמו לואיס וולפרט מציינים כי המדע נבדל מהדת בנכונות שלו לשנות רעיונות כדי להתמודד עם נתונים חדשים. מדענים מטילים ספק בכוחות או ישויות על טבעיות ומנסים למצוא הסבר דרך חוקי טבע קבועים או תאוריה מדעית קבועות. כאשר מתגלית תופעה מוזרה כלשהי, מדענים מנסים למצוא עוד עדויות לה, לברר התיאור של התופעה מדויק ואם כן - לנסות למדוד אותו, לכמת אותו, לנסות לתאר אותו באמצעות תאוריות מדעיות קיימות או לבחון אם יש צורך לשנות את התאוריה הקיימת או אפילו לזנוח אותה לחלוטין. במדע אין התייחסות מיוחדת לדברי מדענים קדומים וחכמים ומתגלה לא פעם בי ביחס לסוגיות חשובות מדענים כמו ניוטון או איינשטיין טעו. מוסדות המדע כוללים היבטים כמו ירחון מדעי, ביקורת עמיתים, ניסוי מדעי (כולל לדוגמה סמיות כפולה ויכולת שחזור), כימות של תופעות וניסיון לתאר את הקשר בין תופעות על ידי כלים כמו מתמטיקה וסטטיטיקה.

מדענים טוענים גם כי בניגוד לדת, המדע כיום כמעט אינו תלוי בתרבות המסוימת שבה הוא נעשה - המדע הוא אוניברסלי - אין מדע מערבי או מזרחי. כמו כן גם השפעת ההיסטוריה של המדע היא מוגבלת - אם המדע היה מתפתח בכוכב לכת אחר, ההיסטוריה שלו הייתה שונה אבל המסקנות זהות.

היסטוריה של היחסים בין הדת והמדע
 בתנ"ך 
במקרא קיימת תפיסה כי חקר העולם בידי האדם הוא מוגבל, בעוד אלוהים מחזיק בידע כולו. כך לדוגמה ירמיהו הניח שחקר "מוסדי הארץ" אינו אפשרי לבני האדם,"אִם־יִמַּדּוּ שָׁמַיִם מִלְמַעְלָה וְיֵחָקְרוּ מוֹסְדֵי־אֶרֶץ לְמָטָּה גַּם־אֲנִי אֶמְאַס בְּכׇל־זֶרַע יִשְׂרָאֵל",  בעוד בספר תהלים נכתב על אלוהים "אֲשֶׁר בְּיָדוֹ מֶחְקְרֵי־אָרֶץ וְתוֹעֲפֹת הָרִים לוֹ" ובספר איוב זהו מענה מרכזי על טענותיו של איוב. והשוו גם  ברוח זו נכתב הפסוק: , וראו פרשנות חז"ל לפסוק זה ב המעודד הסתרה של ידע שנחשב אלוהי, לעומת חשיפה של ידע שנחשב אנושי.

ביהדות

בספרות חז"ל

בשלהי העת העתיקה המגמה המקראית להסתרת ידע שנחשב אלוהי נמשכה גם בספרות חז"ל. מאידך, ניתן למצוא ניסיונות להוציא מידע מדעי מתוך התורה, והשוואתו למידע הקיים בקרב אומות העולם.

העיסוק במעשה בראשית והעיון בסיפור בריאת העולם הוגבלו ללימוד של פחות משניים יחד. במשנה נאמר:

רבי אבא בתלמוד ירושלמי פירש זאת  להסבר "מה לפנים" מובן משני התלמודים כי מדובר בעיון במה שקרה לפני בריאת העולם."מה לאחור" לא פורש בידי חז"ל. בימי הביניים העלו שהכוונה למה שיקרה באחרית הימים. (רש"י, רמב"ם ופרשנים נוספים על המשנה)

בתלמוד הבבלי מובא סיפור על מפגש של חכמי ישראל עם אלכסנדר מוקדון שבו נשאלו שאלות על גובה השמים, גודל הארץ וסדר בריאתם. מסופר כי הם ענו לו תשובות חלקיות ואז התחמקו ממנו מחשש לעסוק במידע שנאסר במשנה. עוד מובא על דיון בין חכמי ישראל לחכמי האומות על מסלולי השמש והכוכבים, ומסקנה של רבי יהודה הנשיא .

לעומת מסקנתו של רבי יהודה הנשיא, במדרש ההלכה ספרי, הובא בשם רבי עקיבא ניסיון להוכיח את האמונה בתורה מן השמים מתוך ידע מדעי שנרמז בתורה:הובא גם ב

בספר בן סירא נכתבה ההמלצה (שצוטטה גם בתלמוד בבלי ובירושלמי):,  .בן סירא ג יט

 בימי הביניים 
סוגיית היחס שבין התורה לבין החוכמות החיצוניות והפילוסופיה הזינה פולמוסים רבים בקרב יהודי ימי הביניים. הוגים שכלתנים חייבו את לימוד החוכמות החיצוניות, הפילוסופיה והחקירה השכלית, וראו בהן קנה מידה לפרשנות התורה, ואילו הוגים שמרנים ראו בהן נטע זר ולכן שללו אותן, והעלו על נס את האמונה התמימה. בתווך נמצאו דעות ביניים, שהכירו בערכן של החוכמות החיצוניות, הפילוסופיה והחקירה השכלית, אולם העמידו להן סייג והדגישו את ההיררכיה הנכונה.מיכל אוחנה, פולמוס החוכמות החיצוניות והחקירה השכלית בפזורה הספרדית בצפון אפריקה בדורות שלאחר הגירוש

עם זאת, בימי הביניים המדע האריסטוטלי התקיים במלוא תקפו, וחכמי הדת עסקו בתחומים מדעיים רבים, כגון אסטרונומיה, מתמטיקה, רפואה ועוד. עד לתקופת הרנסאנס, הוטמעו מרכיבים רבים מהתורה האריסטוטלית בתוך היהדות. דוגמאות מפורסמות לכך הם ארבעת היסודות ו'תורת הגלגלים' (המבוססת על המודל הגאוצנטרי), שניתן למצוא בספרות ענפה של הדתות מימי הביניים ועד היום הזה.

החוקר דב שוורץ פרסם בשנת 2018 ספר בשם "מאבק הפרדיגמות" ובו הוא מארגן את ההגות היהודית בימי הביניים סביב תאולוגיה עד המאה ה-12, ופילוסופיה מהמאה ה-13. עד תום התקופה הראשונה התקיים עימות בין שתי פרדיגמות: הכלאם המוסלמי והאריסטוטליות, גם היא בתיווך מוסלמי. אחרי כן העימות התקיים בין האריסטוטליות והניסיון האנושי.נחם אילן, מקור ראשון 03.09.2019

במאה העשירית כתב הרב סעדיה גאון בזכות החינוך המדעי:

הרמב"ם מגדולי הפוסקים, שכתב את אחד מספרי ההלכה המקיפים והחשובים בהיסטוריה היהודית, היה גם איש מדע מובהק ועסק רבות ברפואה ופילוסופיה, תוך שהוא טען כי השתמש במדעים כ"רקחות וטבחות" לחכמת התורה. הותיר אחריו יבול מרשים מאוד של ספרי רפואה (כ-11 במספר). לתפיסת הרמב"ם ידיעת האל נעשית בשני אופנים: באמצעות לימוד תורה ובאמצעות התבוננות בבריאה שכוללת בתוכה לימוד מדע שגורמים לאדם להכיר את עולם הטבע.מורה נבוכים, א, לד

ב-1305 קבע הרשב"א בספרד שמנוע אדם מישראל ללמוד פילוסופיה וחוכמות חיצוניות טרם הגיעו לגיל 25.

הרלב"ג (1288 – 1344) מחשובי הפילוסופים היהודיים ומגדולי הלוגיקנים, שפעל בחבל פרובאנס שבדרום צרפת, הוכיח משפטים שונים בקומבינטוריקה, כתב הוכחות באינדוקציה מתמטית, ופיתַּח שני מכשירי תצפית אסטרונומיים משוכללים, מחקריו באסטרונומיה זכו להערכה רבה ותורגמו ללטינית בפקודת האפיפיור קלמנס השישי.

 בעת החדשה 
המהר"ל מפראג מגדולי ההוגים בישראל, שחי במאה ה-16, צידד וחייב לימוד מדעים, וראה בהם סולם לעלות אל חכמת התורה והכרת הבורא. אחת מראיותיו היא שיש לברך על ראיית חכם מאומות העולם - "ברוך שנתן מחכמתו לבשר ודם". אחד מגדולי תלמידיו רבי דוד גנז אף למד בברכתו אסטרונומיה (שהמהר"ל החשיב כמדע יהודי) אצל האסטרונום טיכו ברהה.

החתם סופר שנולד באמצע המאה ה-18 סבר שאפשר ללמוד גם לימודים כלליים בתנאי שהם באים אחרי לימוד התורה. עיקר חששו היה שההשכלה תשמש כשער להתבוללות, כאשר איננה מלווה בתודעה יהודית ראויה ולכן הסתייג ממנה במקומות אחדים. את הברכה "אשר נתן לנו תורת אמת, וחיי עולם נטע בתוכנו" פירש: תורת אמת היא התורה, וחיי עולם הם מדעים ודרך ארץ של העולם הזה. קודם תורה ואחר כך מדע. הוא ראה את המדעים כמסייעים להבנת התורה. בדרשתו בפרשבורג ב-1811 אמר "כי כל החכמות הם רקחות לתורה, והמה פתחים ושערים לה."

הגאון מווילנא, אבי השיטה הליטאית במאה ה-18, תמך באופן מובהק בלימוד רוב המדעים (למעט פילוסופיה), ואף כתב ספרים בעניין. בהקדמה לספר "אוקלידוס" מובא בשמו: "כפי מה שיחסר לאדם ידיעות משארי החכמות - לעומת זה יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה... וציווה לי (=הגאון) להעתיק מה שאפשר ללשוננו הקדוש מחכמות כדי להוציא בולעם מפיהם וישוטטו רבים ותרבה הדעת בין עמינו ישראל.".

בתחילת המאה ה-19, בעיצומו של עידן הנאורות, הביע הרב נחמן מברסלב חרדה מעוצמתן של "החכמות החיצוניות":

כשחכמי ירושלים החרימו את לימודי החול הגיב הראי"ה קוק:
"חכמי ארץ הקודש, שהיו בהם כמה גאונים וצדיקים באמת, גזרו בח"ח איסור על כל חכמה של חול ועל כל שפה זרה... ועכשיו לפי מצב הזמן מוטל איסור זה כעול ברזל על צוארי האנשים יראי ד' ותמימי דרך, כי אין להם שום עצה בחינוך בניהם. הם רואים עין בעין כי אי אפשר להתקיים ולהחזיק מעמד לפי תנאי החיים החדשים בלא שפה ומדע. וכל פורקי עול תורה ומצוות מחנכים ילדיהם בבית הספר ומכשירים אותם למלחמת החיים בתכלית השלמות ורק הילדים של ההורים שהם קשורים בקדושת תורה ואמונה נשארים נחשלים בארחות החיים... ואין לי דרך אחר כי אם לחזק את ידי החינוך הנותן חלק לידיעות העולם והחיים."

"אפילו אם היה מתברר לנו שהיה סדר היצירה בדרך התפתחות המינים גם כן אין שום סתירה… כי יסוד הכל הוא מה שאנחנו מלמדים בעולם, שהכל פועל ה', והאמצעים רבים או מועטים… ולפעמים אנו אומרים בדרך דילוג "ויצר ה'" כמו שאנו אומרים 'אז יבנה שלמה', ואין אומרים ששלמה ציווה לשרים והשרים לנמוכים מהם… מפני שהוא דרך ידוע."

"אמנם אי אפשר לו לכל בן תורה להיות חכם רשמי בכל מקצועות המדעים, אבל אפשר לו להיות איש יודע את המצב הכללי של החכמות בעולם ואת פעולתם של החיים, למען יכיר את הסגנון הכללי של צביון הרוח שבדורו, כדי שידע איך לפרנסו ולהטיבו." "הרגש המוסרי... מאיים תמיד ביראת עוונות הסובבים את האדם במעשה ובמחשבה, הפחד הנפרז מכל חטא מאבד טובו של האדם והופך אותו למין בריה שפלה שאינה עושה דבר כי אם שוכבת ורועדת. האדם צריך להאמין בחייו, להאמין בכוחו החומרי והמוסרי גם יחד... היראה, כשלא תזדקק כראוי, עושה היא את האדם לסמרטוט, פחדן ועלוב מעצמו." "בכל הדעות המשוטטות בעולם... מבחינים בכולם מה שיש בהם לטובה ומה שיש בהם לרעה. גם באותם הרעיונות שכמה רשעים שמשו בהם לרעה, מדקדקים ומבחינים איזה קורטוב של טוב יש בהם, וכשמוצאים את הגרעין הטוב בתוך עמקי הרע, מחזיקים אותו, מצחצחים אותו ומרחיבים אותו, ומוציאים מה שיש להוציא ממנו אל הפועל." מחפשים את היסודות הטובים והחיוניים בעולם המחשבה החדש ומתרגמים אותם למושגים תורניים באופן שעולמנו הרוחני יתעשר על ידם."

בנצרות

לפי התאולוגיה של אקווינס, כל חקירה אנושית היא חקירה של האל, ולכן כל מדע הוא כלי של התאולוגיה, ומטרתה של כל חקירה מדעית היא לעשות את התאולוגיה טהורה יותר. האוניברסיטאות הראשונות, בימי הביניים, היו מוסדות דתיים. במאות ה-16 וה-17 היו לימודי כמורה יעדם של המשכילים. לכישרון וליכולת האנליטית התלוותה גם סקרנות. ולכן הכמרים לא הסתפקו בתשובות של הדת, אלא ניסו למצוא הסברים לתופעות טבע על ידי ההיגיון ועל ידי תצפיות טבע. אין פירוש הדבר שהם שללו את קיום האל או יצאו נגד הדת. המדענים הראשונים האמינו שבתגליותיהם הם מהללים ומפארים את שם האל, כי בכך הם חושפים את תוכניתו האלוהית ואת תבנית מעשיו; את ההגיון שמאחורי הבריאה. וכך היו רוב המדענים הראשונים כמרים בהכשרתם. מדענים רבים טענו שהמדע הוא הדרך הנעלה להתחקות אחר תפארת מעשיו של האל, כי האל קבע את חוקי הטבע.

עם זאת, יסודות שמרניים בכנסייה, ובעיקר ראשיה, אסרו על הכרה בתגליות מדעיות. ב-1616 קבעה הכנסייה הקתולית כי אסור להורות "שהשמש עומדת ללא תנועה במרכז השמיים; שהארץ אינה נמצאת במרכז השמיים ואינה חסרת תנועה, אלא נעה בתנועה כפולה", סביב השמש וסביבה-עצמה. בין דעותיהם של גליליאו ושל האפיפיור אורבן השמיני הייתה סתירה אינטלקטואלית. גליליאו טען שהמציאות בטבע היא אבן הבוחן של כל תאוריה: "בדיונים על בעיות פיזיקליות אין להסתמך על פסוקים במקרא אלא על ניסיון החושים ועל הוכחות... אלוהים מתגלה בפעולות הטבע לא פחות מאשר בדבריו המקודשים של המקרא." אורבן השמיני דרש שגליליאו יצהיר בספרו כי אסור להרהר במעשי אלוהים: "העזה בלתי נסבלת היא, שאדם ינסה להגביל את הכוח האלוהי ואת החכמה האלוהית כדי להוכיח השערה משלו." שמונה שנים לאחר מכן הקים אורבן השמיני ברומא את "המכון להפצת האמונה" – de propaganda fide. זה מקורה של המילה "פרופגנדה" (תעמולה) בדת הקתולית.

האפיפיור אורבנוס השמיני סירב לאשר לגליליאו להגיע למסקנות פוזיטיביות ואף לשלול מסקנות שגויות כמו המודל הגיאוצנטרי של הקוסמולוגיה התלמאית. הוא סבר שבכך שולל גלילאו מאלוהים את הזכות לנהל את היקום בדרך נס במקום לפי חוקי הטבע. ב-1571 הוסמכה האינקוויזיציה לשפוט ספרים שכללו רעיונות של כפירה, ואז החלה בהכנת רשימת ספרים אסורים בקריאה – האינדקס. העבריין היה נשפט בבית משפט של האינקוויזיציה, בלי העתק מכתב האישום, בלי לדעת מה העדויות נגדו ובלי פרקליט שיגן עליו. ספרו של גליליאו, "שיחה על שתי שיטות העולם הגדולות", שהודפס ב-1632, היה ברשימה זו במשך כמאתיים שנה.

מקובל לראות בעידן הנאורות ערעור של יסודות המחשבה התאולוגית, דחיית המסקנות שנשענו על מחשבה זו ומיסוד דרך המחשבה הרציונלית של ספקנות ביקורתית, תוך נכונות ויכולת לבחון את תופעות הטבע וההיסטוריה באמצעות התבונה האנושית הבלתי משוחדת. בניגוד לסברה זו, לא אחת פעלה הנאורות דווקא בכיוון ההפוך והעניקה מעין אצטלא רציונלית לטיעונים התאולוגיים הוותיקים.

מדענים קתולים רבים בתקופת הרנסאנס היו אדוקים בדתם, ואת מחקריהם המדעיים ראו בתור דרך לגלות את צפונות העולם האלוהי וכך לעבוד את האל בצורה שלגישתם הוא בוודאי רוצה בה. תיעוד המאובנים גובש לראשונה לא על ידי חוקרי אבולוציה אלא בעבודות של גאולוגים שהיו בריאתנים בהשקפתם וקיבלו את סיפור תולדות החיים כפי שהוא מסופר בספר בראשית. גאולוגים אלה ערכו לפי הסדר את שכבות הסלע הראשונות שמצאו. במקרים רבים היו אלה ממצאים שעלו מחפירת התעלות הראשונות של תקופת התיעוש באנגליה, במאה ה-18. הביולוג ומגלה הדינוזאורים ריצ'רד אוון ראה בחקר מדוקדק של האנטומיה והזואולוגיה את הדרך הטובה ביותר להעיד על תהילת מעשי האל, וכך ג'יימס האטון וגילברט וייט. האנטומולוג הבריטי פיליפ הנרי גוס סבר שאין סתירה בין סיפור הבריאה התנ"כי לבין הראיות לעתיקותו של העולם. המדען הצרפתי פרנסואה-רנה דה שאטובריאן כתב ב-1802: "אלוהים יכול היה לברוא, וללא ספק ברא, את העולם עם כל סימני עתיקותו ושלמותו, אותם מפגין העולם כעת." הנצרות והמדע לא נתפסו כסותרים זה את זה: ב-1811 התקבל שאטובריאן כחבר באקדמיה הצרפתית.

במאה ה-18 מיינו ביולוגים את המינים מתוך הנחה שהם יציבים, אינם משתנים ומורישים את תכונותיהם לצאצאיהם באופן מדויק. קארולוס ליניאוס ביקש להשליט סדר בעושר המינים שהתגלו במאות שנים של מסעות ותגליות וארגן את עולם החי והצומח במינים לפי תבניות שנבראו למיטב הבנתו על ידי האל בימי בראשית. יוהאן קספר לוואטר, תאולוג ומדען, חיפש בממצאי המדע את ההוכחה לבריאה. ותרגם לגרמנית את מחקרו של הביולוג הצרפתי שארל בונה (Bonnet, 1720-1793) שראה בסדר הביולוגי את התגלמות הרצון האלוהי. גם את בני האדם מיינו הביולוגים. הקריטריונים שלהם היו מגוונים, וכך גם סוגי בני האדם שהגדירו. האנטום סמואל תומאס פון זומרינג (Sommerring, 1755-1830) מיין את בני האדם לפי גיל, מין, לאומיות, תזונה, נטייה לחלות, סגנונות חיים ואף לבוש. בסוף המאה ה-18 מיין חוקר הטבע הגרמני יוהאן פרידריך בלומנבאך (Blumenbach, 1752-1840) את בני האדם לחמישה סוגים – קווקזים, מלאים, אתיופים, אמריקאים ואירופים, אך תהה מדוע שונים צאצאים מהוריהם. לינאוס סבר שאין חשיבות לשוני בין הפרטים, כי כולם פרי תוכנית של האל. לפי הבנתו, המהות האלוהית טבועה בכל ישות שבטבע.

הביולוג הצרפתי ז'ורז'-לואי לקלר דה בופון הדגיש עדויות על השתנות המינים, ותלמידו ז'אן-בטיסט דה לאמארק העלה תאוריה של השתנות של המינים – אבולוציה. כך היה לאמארק מהראשונים שערערו על מושג המין כישות מהותית של מעשה בריאה חד פעמי. כמו היפוקרטס היווני, כאלפיים שנה לפניהם, העלו לאמארק ובופון את הסברה שתכונות ההורים מיוצגות בצאצאים על ידי מנגנון שמעביר לצאצא תכונות משני ההורים. היכולת של משביחי צמחים ובעלי חיים לשנות את הצמח או החיה הטרידה את הביולוגים, והם הגיעו למסקנה שאפשר לשנות מינים על ידי הכלאות. הם עדיין לא חשבו על הסביבה בתור הגורם שמאלץ את המינים להשתנות. לאמארק אמנם השתמש במושגים כגון "רצון" או "צורך", וסבר כי הם גורמים להתנהגויות שמביאות לשינויים פיזיולוגיים, אבל הוא הדגיש שוב ושוב שהוא מחויב לא להניח קיומו של גורם לא מדעי, פיזיקלי או כימי שגורם להתפתחות המינים. לאמארק לא דיבר על "כוונה של היצור החי" או על "רצון אלוהי". הוא הקפיד להימנע מכך.

צ'ארלס דרווין כתב:

נראה שעקב לחציהם של דתיים הוסיף דרווין ל"מוצא המינים" אזכור של אלוהים כמפיח החיים. בשנת 1863, ארבע שנים לאחר פרסום "מוצא המינים", כתב לידידו, הבוטנאי ג'וזף הוקר: "זה זמן רב אני מצטער על שחיזרתי אחר דעת הקהל והשתמשתי במונח הלקוח מתוך החומש, בריאה, בעוד שהתכוונתי בעצם ל"הופעה" מכוחו של תהליך כלשהו שאינו ידוע כלל."

בתקופתו של דרווין ניסו ביולוגים רבים, בהם אסא גריי , לשלב בין אמונתם הדתית לבין העדויות לאבולוציה.

בשנת 1864 פרסם האפיפיור פיוס התשיעי את האנציקליקה Quanta Cura, מנשר אפיפיורי בו מנה "רשימת טעויות" (Syllabus of Errors). במסמך זה גינה את המודרניות על כל צורותיה: ליברליזם, סוציאליזם, פנתאיזם, מטריאליזם, רציונליזם ומדענות (Scientism) – הפילוסופיה לפיה המדע הוא הפתרון למצוקותיה של האנושות, הן מצוקותיה החומריות, הן מצוקותיה האינטלקטואליות (השאיפה לידע) והן מצוקותיה הנפשיות (השאיפה למצוא משמעות, למצוא את הסיבה לקיומו של הסבל בעולם). בין השאר הצביע האפיפיור על ההשקפות הבאות כחטאים:

I. 3. "[הסברה ש]ההגיון והתבונה האנושיים, בלי התייחסות כלשהי לאלוהים, הם הדרך היחידה להבחין בין אמת ושקר ובין טוב ורע; הם החוק כשלעצמם ומספיקים, בכוחם הטבעי, להבטיח את רווחת בני האדם והאומות.

VII. 57. מדע הפילוסופיה והמוסר, וכן החוק האזרחי, אמורים להישאר נפרדים מסמכות כנסייתית ואלוהית.

VII. 58. אין כוחות שיש לזהותם, חוץ מאלה ששוכנים בחומר.

X. 80. הכס ברומא יכול ואמור להתפשר ולהתיישב עם תנאי הקדמה, הליברליזם והציוויליזציה המודרנית."

כל אלה נחשבו חטאים לפי האמונה הקתולית של אמצע המאה ה-19.

בשנות ה-70 של המאה ה-20 פרסם הביולוג האבולוציוני תאודוסיוס דובז'נסקי, שהיה נוצרי אדוק, את מאמרו "דבר אינו הגיוני בביולוגיה אלא לאורה של האבולוציה". במאמרו טען כי אין דרך להבין את המגוון העצום של בעלי חיים, ומנגד את האחידות במנגנוני החיים הבסיסיים ואת קווי הדמיון בין מינים ממערכות שונות אלא כתוצאה של התפתחות אבולוציונית באמצעות ברירה טבעית. לדבריו, או שאלוהים סידר בכוונה את הדברים כך "שיטעו אנשים שמנסים באופן כן לחפש את האמת", או שקווי הדמיון הללו הם תוצאה של אבולוציה. דובז'נסקי מסכם את מאמרו בטענה שכתבי הקודש והמדע הם שני דברים נפרדים: "זו טעות לחשוב שכתבי הקודש הם ספרי לימוד שמהם אפשר ללמוד אסטרונומיה, גאולוגיה, ביולוגיה ואנתרופולוגיה".

מדענים רבים בני זמננו הם קתולים אדוקים, ובהם קן מילר, וגם הם אינם רואים סתירה בין אמונתם הדתית לבין מדעי החיים בכלל והאבולוציה בפרט.

גישות ליישוב קונפליקטים ביהדות

קיימות גישות שונות המנסות לפתור או להסביר קונפליקטים שבין מוסכמות דתיות ומדעיות, כאשר הן חלוקות ביניהן הן ביחסן השונה למוסכמות אלו, בעיקר בתחום הסמכות שהן מייחסות להן, והן בדרכים ובכלים השונים המשמשים אותן.

ביקורת המקרא

הקונצנזוס המדעי בתחום המדעי של חקר המקרא ולימודי דתות, הוא שכתבי הקודש נכתבו והאמונות הדתיות עוצבו בידי בני-אדם שהחזיקו באמונות ובדעות שהיו מקובלות בתקופתם, אך אינן בהכרח נכונות. לפיכך במקומות שבהן כתבי קודש או אמונות דתיות נמצאת בקונפליקט עם מוסכמות מדעיות עדכניות, הראשונות יידחו כשגויות. ביקורת המקרא רואה בו נושא למחקר היסטורי, אנתרופולוגי וספרותי בדומה לכל מקור ספרותי אחר, במטרה להסביר, בין השאר, מדוע וכיצד נוצרו שגיאות אלו. ביהדות ניתן למצוא את הדוגמאות המובהקות הראשונות לגישה כזו אצל ברוך שפינוזה:

חקר המקרא בגישה זו מזוהה כיום בעיקר עם ספקנים ואתאיסטים, אם כי שותפים לו גם חוקרים דתיים כגון משה דוד קאסוטו וישראל קנוהל. לעומת זאת שאר הגישות שיוצגו להלן מזוהות בעיקר עם חוקרים והוגים דתיים, אם כי שותפים להם גם חילונים כמרטין בובר ואליה שמואל הרטום.

 גישת הפרדת התחומים 
גישת הפרדת התחומים טוענת כי המדע והתורה מדברים בשני מישורים שונים, שאין ביניהם התנגשות או סתירה. טענה זו הועלתה לראשונה על ידי המהר"ל מפראג, שכותב (באר הגולה, הבאר השישי):
 "לא באו חכמים לדבר על הסיבה הטבעית... [אלא] מן הסיבה המחייב הטבע".
המהר"ל מדגים את דבריו על הגמרא "על ארבעה דברים החמה לוקה..." ושואל איך ייתכן שתלו זאת בחטא, "שודאי לקוי המאורות תלוי במהלך המאורות, אבל חז"ל נתנו את סיבת הסיבה. כי אם לא היה חטא בעולם... לא היה סדר הבריאה נותן שיוצר ליקוי המאורות שהוא פחיתות וחיסרון" אלא היה נברא עולם ללא ליקוי חמה.

מרטין בובר ואליה שמואל הרטום הגדירו את הגישה בצורה מדעית והסבירו כי לא תיתכן סתירה בין התורה והמדע, אלא כתוצאה מערבוב התחומים בטעות. המדע עוסק באיך של המציאות, בעוד התורה עוסקת בלמה של המציאות. אין לתורה עניין לתאר אסטרונומיה, גאולוגיה או היסטוריה, ואין לה כל משמעות כטקסט מדעי, אלא כטקסט הגותי-מוסרי-הדרכתי בלבד.

פרופ' ישעיהו ליבוביץ הפריד את הדברים בצורה שונה. לדבריו, מטרת התורה אינה מתן מידע לאדם, אלא הצגת דרישה ערכית בפניו. על פי ליבוביץ, היהדות מוגדרת כדת תאוצנטרית שתכליתה היא עבודת האל, וממילא לא יכולה להיווצר סתירה בן המדע לכתבי הקודש, שאינם בעלי ערך אינפורמטיבי כלל.

 הגישה המגבילה של החקירה המדעית 
הגישה המגבילה כלפי המדע טוענת שהסתירה נובעת מחריגה של המדע מעבר לגבולותיו, בהסקת מסקנות מוטעות מהעובדות הנצפות, ובהרחבה שלהן לתחומים לא ידועים.

גישה זו מפרידה בין המדע האמפירי, המתייחס לתופעות המתרחשות בהווה וניתן להוכחה בניסוי, ובין המדע העוסק באירועים שהתרחשו בעבר, כמו ארכאולוגיה, גאולוגיה, ותאוריות העוסקות בהתפתחות המינים או במפץ הגדול, המסיקות מתוך תצפיות שנעשו בימינו לגבי מה שקרה לכאורה לפני מיליוני ומיליארדי שנים. לפי גישה זו תאוריות שאינן ניתנות לבדיקה בניסוי אינן יכולות להיחשב מדעיות, ולכן אינן סותרות את התורה.

לפי זאב הרוי, דבריו של הרמב"ם במורה הנבוכים הנוגעים בשאלת קדמות העולם, לפיהם "סיבות הראיה על השמים נמנעות אצלנו [...] והראיה הכוללת מהם - שהם הורונו על מניעתם אבל שאר עניינים הוא עניין לא יגיעו שכלי האדם לידיעתו"מורה הנבוכים, חלק ב', פרק כ"ד (תרגום אבן תיבון) מהווים טענה לפיה בשל חוסר מידע אמפירי מהימן או תיאוריה פיזיקלית הולמת (בהקשר של המאה ה-12), לא נוכל להגיע לתשובה וודאית לגבי השאלה - האם העולם נצחי או נברא - ולכן, לא מן הנמנע לקבל את דעת התורה, לפיה העולם נברא. זאת, כנגד עמדתו של ליאו שטראוס, לפיה הרמב"ם סבר שהאמת המדעית היא בטענתו של אריסטו, כאשר אין לטקסט הדתי כל משמעות לגבי הפיזיקה או המטפיזיקה. הדת נעוצה במטרה הפוליטית של הנהגת החברה ותיקונה ואינה צריכה להתאים אל האמת המדעית. קריאתו של הרוי מהווה המשך לטענתו של שלמה פינס, לפיה אחד מרבדי מורה הנבוכים הוא הספקנות כלפי יכולת השכל האנושי לטעון טענות מטבע מטאפיזי; כאן, לפי פינס, יש הקבלה בין הרמב"ם לקאנט, שכן אצל שניהם קיימת מטרה להצביע על גבולות השכל האנושי, וכך, לתת מקום לדת.

ביטוי לגישה זו ניתן למצוא בדברי רבינו בחיי על התורה:גישה מודרנית יותר של טיעון זה הוצגה על ידי המתמטיקאי והביולוג ד"ר יצחק רפאל עציון אשר כתב כי הגאומטריה לא-אוקלידית הוכיחה כי אקסיומות שבמשך אלפי שנים נחשבו לאמת מוחלטת (כגון שדרך שתי נקודות עובר רק קו ישר אחד) הן למעשה שרירותיות וקיימות גאומטריות עם אקסיומות חלופיות. כך גם הנחות היסוד של "המדעים ההיסטוריים", כגון העדר כוח עליון וקצב קבוע של תהליכים טבעיים מסוימים עליהם נשען התיארוך הן אמונות שרירותיות שאין בכוחן לערער אמונה בתורה.

גישה דומה מצויה אצל הרב מנחם מנדל שניאורסון. לדבריו בניגוד לעבר, המדע המודרני אינו מתיימר לטעון לאמת מוחלטת אלא הוא רק שכלול של הידע האנושי שיכול להשתנות ומשתנה מדור לדור, ולכן אינו סותר את כתבי הקודש, המייצגים את האמת האבסולוטית.

מתנגדי הגישה המגבילה טוענים כי היא פוטרת את עצמה במובנים רבים מלהתייחס לכל טענה היסטורית בנפרד, ומגדירה כל טענה היסטורית-מדעית כבלתי תקפה, ללא קשר לשאלה עד כמה הגיוני ההסבר המדעי.

 הגישה האמונית פרשנית 
הגישה המפרשת כלפי התורה, רואה את מקור הסתירה בהבנה לא נכונה של היגדים דתיים בכתבי הקודש. על פי שיטה זו, במקום שיש סתירה בין תורה ומדע יש לחפש פרשנות חלופית לכתבי הקודש, או להציגם כאנלוגיה בלבד. על פי גישה זו, סתירה בן הידע המדעי לתורה מצוי בבני האדם, ובתפיסת התורה בצורה פשטנית. בשיטה זו דגלו בין השאר הפילוסוף היהודי הקדום פילון האלכסנדרוני והמתמטיקאי אברהם הלוי פרנקל. פרופ' אליעזר גולדמן סבר גם הוא כשיטה זו, אך טען בדומה לישעיהו ליבוביץ שסתירה בין התורה והמדע לא תיתכן באופן עקרוני, כיוון שהאמירות בתורה אינן 'טענות' במובן המדעי של המילה, מאחר שהן עוסקות באלוהות ואינן יכולות לשמש הסבר לאירועים בעולם.

דוגמה לגישה זו ניתן למצוא בדברים שכותב הרמב"ם במורה נבוכים:
 "דע שהימנעותנו מלדגול בקדמות העולם אינה בגלל הכתוב בתורה שהעולם מחודש. כי אין הכתובים המצביעים על חידוש העולם מרובים מן הכתובים המצביעים על היות האלוה גוף, וגם אין שערי הפירוש בעניין חידוש העולם נעולים בפנינו ולא נמנעים ממנו, אלא היינו יכולים לפרש כפי שעשׂינו לגבי שלילת הגשמות".

 הגישה הדיאלקטית 
הגישה הדיאלקטית של פרופ' שמואל הוגו ברגמן סוברת, שאף אם יש סתירה בין המדע לתורה, הדבר משקף את מגבלות התפיסה האנושית, שאיננה יכולה לתפוס את האינסופי והמוחלט. ע"פ גישה זו המדע וכתבי הקודש צודקים שניהם. לדעתו, הסתירה נובעת מכך שהחזון האמוני והלוגיקה המדעית אינם יכולים להתחבר לכלל הרמוניה אחת. וכך דבריו במאמר "צבת בצבת":
 "הלוגיקה של המוחלט אינה הלוגיקה של המדע... כי אקט האמונה הוא פגישה בלתי אמצעית עם הסופי והמוחלט ואי אפשר לבטא את היחס הסופי והמוחלט בשפה המשועבדת ללוגיקה דו-ערכית אלא על ידי הסתירה..."
לדברי הראי"ה קוק,
 "ההתפתחות הבאה בהדרגה רבה של מיליארדים שנים זהו המרעיש לבבות קטני דעה. הם חושבים שההתפתחות תתן מקום לכחש באלהים חיים, והם טועים מאד. דעת האלהים בנויה רק על ידיעת האחדות. כשאנו רואים היצירה הגדולה שהיא ערוכה בסדרי חכמה, והליכות החיים בגופם וברוחם ושכלם, שהכל נערך במערכה אחת, הרינו מכירים את הרוח הגדול שיש כאן שמחיה הכל ונותן מקום לכל. ואם דרכי החכמה מחייבים שיהיה הדבר בא על ידי התפתחות של רבבות רבבה שנים, עוד עלינו להתפלא ביותר מה רב ונשגב הוא החי עולמים, שכאין וכרגע נחשבו רבבות שנים שפועלות בלא הרף להפיק איזו תכלית רצויה".

 הגישה הטרנסצנדנטלית 
הגישה הטרנסצנדנטלית בנויה על תורת האידאיליזם הטרנסצנדטלי הקאנטיאנית, המחלקת בין הדבר כשלעצמו ותופעותיו. לפי שיטה זו – התורה מדברת על הדבר כשהוא לעצמו, והמדע מדבר על התופעות. מכלול הכרתנו את מהותה של מציאות נעשה בשתי דרכים מקבילות: דרך מציאות שנבחנת על ידינו בחושים ועיבודם באופן סובייקטיבי, ודרך הנבואה האובייקטיבית שחודרת את מעטי הטבע, ומגלה לנו את מהות הבריאה. הרב שם טוב גפן אחז בשיטה זו וביאר על פיה את מהות הנבואה, ואף יישב על ידה את הסתירה בין הדת ולמדע בעניין גיל העולם. על פי הרב גפן, כל עוד אין יצור בעל תודעה התופס את המציאות מבחינה סובייקטיבית, אי אפשר לדבר על זמן. ולכן דיבור על קיום העולם במיליארדי שנים אחורה, טרם היווצרות היצורים התודעתיים והאדם, לא ייתכן מבחינה פילוסופית. גם יצחק ברויאר היה מהאוחזים בשיטה זו באופן מובהק, ובדברו על המדע שכופר בנס, הוא טוען שלידתו של העולם היא עצמה נס גדול. נוסף על כך הרב צבי יהודה קוק אחז בשיטת הרב שם טוב גפן.שיחות הרצי"ה אמונה ט

 הגישה הסינתטית 
הגישה הסינתטית – גישתו של הרב קוק שמנסה ליצור הרמוניה בין כל הגישות השונות. בבסיס הדברים הוא טוען שמהותה האמיתי של הבריאה אינה ניתנת לתיאור מלא, והיא מסוד הצמצום, ויש בה מסתרי תורה, ולכן לא פורשה אלא נכתבה בצורה סתומה בפסוק אחד. לשיטתו, כאשר אנו נתקלים בסתירה, ראשית יש "לבנות את ארמון התורה ממעל לה", כלומר להמשיך באמונתנו תוך קבלת האמירה המדעית כנכונה (שהרי אין התורה מספרת לנו עובדות אלא "העיקר הוא התוכן, ההסברה הפנימית שבעניינים"), ואחר כך ניתן גם לטעון טענות אחרות, לפי העניין, לגבי התורה או המדע.

טענה נוספת שלו בהקשר זה היא שאין הסתירה בין מדע לדת גורמת לכפירה, אלא הטענות המוסריות כנגד הדת גורמות לה, ורק מתוך הכפירה באות הטענות ה'מדעיות'. לטענתו, המדע תוקף את הדת היום לא מתוך שיקול מדעי טהור, שהרי הוא יכול להיות לכל היותר אגנוסטי, הואיל ושערי האימות האמפירי בענייני האלוהות סגורים בפניו, אלא כיוון שהדת בעבר הונתה אותו, השתררה עליו, ודיכאה את חופש המחשבה של האנושות בעריצות רוחנית. אף שהוא אומר זאת על הנצרות הקתולית, ובעיקר של ימי הביניים, הוא דורש גם מן הדתיים ("בעלי תורה") לשפר את הנהגתם ומוסריותם, כדי "לסלק את היסוד המוטעה של הכפירה המוסרית".

קונפליקטים מרכזיים וההתייחסות הדתית אליהם
להלן מספר סתירות לכאורה, המדגימות קונפליקטים מרכזיים ואת הפתרונות השונים של הגישות המפרשת והמגבילה, המתמודדות עימם (הביקורת המדעית וגישות הפרדת התחומים, הדיאלקטיקה והטרנסצנדנטליות, מנסות לפתור את כל הסתירות בתשובה אחת).

חלק מן קונפליקטים, ואולי מרביתם, אינם סתירות של ממש בין התורה והמדע, אלא בין מסורת דתית למדע או בין התורה להנחה מדעית.

 גיל העולם 
המסורת היהודית גורסת שבריאת העולם הייתה לפני אלפי שנים מעטות – שנת  היא השנה ה- ליצירה, בעוד שהקונצנזוס המדעי מתארך את גיל היקום בכ-13.8 מיליארדי שנים.

בהגות הדתית קיימות מספר גישות שמנסות לגשר על הפער, לרוב בהסתמך על פרשנויות קודמות של סיפור הבריאה היהודי.

חסידי הגישה המפרשת מסכימים עם מניין השנים המדעי, אך הם טוענים שמניין השנים היהודי מתחיל מסופה של הבריאה - אולי מיום בריאת אדם הראשון - ואילו סיפור הבריאה מתאר את התהליך שקדם למניין זה. לפי גישה זו המסורת בעצם איננה טוענת דבר לגבי גיל העולם, שכן ניתן להגדיר את "ששת ימי הבריאה" כפרקי זמן ממושכים, שנמשכו שנים רבות. סימוכין מהתורה לטענה זו אפשר לראות בכך שהטקסט המקראי עצמו משתמש במונח "יום" עבור הימים הראשונים בהם עדיין לא היו שמש, ירח וכוכבים, ולכן היום לא יכול היה להימדד לפי אחד מהם. כלומר, ייתכן שהמילה "יום" משמשת כאן במשמעות שונה לחלוטין.

המתנגדים לגישה המפרשת מצטטים את דברי חז"ל (למשל בפסיקתא רבתי מ"ו) לפיהם היום השישי כלל 24 שעות, וטוענים שחסרונם של השמש והירח לא מוכיח דבר על אורך היום. טענה נוספת של המתנגדים היא שאם נאמר שלא היו אלו ימים רגילים, תווצר בעיה בהבנת חישוב זמנה של מצוות השבת ואיסוריה: התורה מסבירה את ששת ימי המלאכה ולאחריהם השביתה ביום השביעי, כי כן עשה ה' - ברא עולם בשישה ימים ונח ביום השביעי, אך אם ששת ימי הבריאה אינם ימים של 24 שעות, לכאורה לא נדע כמה זמן לספור לפני שנצטרך לקיים את מצוות השבת ואיסוריה.

יש המסתמכים על תורת השמיטות המובאת במדרש וספר הזוהר שלפיו קודם בריאת העולם "היה הקב"ה בונה עולמות ומחריבן" (בראשית רבה, ט' ב' ; אגדת בראשית תרמ"ג). ע"פ טענה זו אף לפני תחילת הסיפור המקראי התרחשו אירועים שלא נספרו בתוך מניין השנים היהודי.

עם זאת, רבנים המתנגדים לגישת שמיטת העולמות טוענים שלא ייתכן שאלוהים זקוק לעולמות ניסיוניים כי כל פועלו מושלם, ומזכירים את הכרעתו של האר"י (בניגוד לדעת מקובלים קודמים) שהשמיטות הקודמות לשמיטתנו לא היו שמיטות גשמיות - זאת אומרת שלא היו בהם עולמות הבנויים מחומר, אלא רק עולמות רוחניים (הקשורים לספירות בעולם האצילות.

הפתרונות של הגישה המפרשת מבטלים את המחלוקת בין התורה למדע לגבי גיל היקום, אך הם אינם מיישבים את הסתירה בין הגיל המסורתי של המין האנושי לבין הגיל המדעי. לפיה המחקר המדעי, המינים הראשונים מסוג האדם (Homo) הופיעו באפריקה לפני 2 עד 2.8 מיליון שנה, ולקדומים שבהם, כמו הומו הביליס (Homo habilis, האדם המיומן), מייחסים את ראשית הסיתות והשימוש הנרחב בכלי אבן. מאובני אדם הזהים אנטומית לבני אדם בני-ימינו נקראים במינוח המדעי המקובל הומו ספיינס מודרני אנטומית, ולעיתים מוגדרים במינוח הטקסונומי כתת-המין "הומו ספיינס ספיינס" (Homo sapiens sapiens). המאובנים העתיקים ביותר שסווגו כך התגלו באתר אומו קיביש בדרום אתיופיה, ותוארכו בשיטה הרדיומטרית ארגון-ארגון לגיל של כ-190 אלף שנה לפני זמננו.

פתרון שהוצע לשם כך על ידי הראי"ה קוק, מפרש את הפסוק "על כן יעזב איש את אביו ואת אמו ודבק באשתו" כך שהגדרת התורה לאנושיות אינה פיזיולוגית אלא תרבותית: "אין מעצור לפרש פרשת אלה תולדות השמים והארץ, שהיא מקפלת בקרבה עולמים של שנות מיליונים, עד שבא אדם לידי קצת הכרה שהוא נבדל כבר מכל בעה"ח, ועל ידי איזה חזיון נדמה לו שצריך הוא לקבע חיי משפחה בקביעות ואצילות רוח, על ידי יחוד אשה שתתקשר אליו יותר מאביו ואמו, בעלי המשפחה הטבעיים."

פתרון פרשני אחר להתאמת סיפור הבריאה להערכות המדעיות הציג הפיזיקאי ג'רלד שרודר, אשר הציע לפרש את האורך של כל "יום" בסיפור הבריאה באופן יחסי לטמפרטורת היקום באותו פרק זמן. בהתבסס על כך שהיקום מתקרר בצורה מעריכית ככל שהוא מתפשט, ושלפי ההערכה המקובלת טמפרטורת היקום כיום היא 2.73 מעלות קלווין, חישב שרודר כי אם מחלקים בצורה מעריכית את הזמן שחלף מאז המפץ הגדול ל-6 יחידות, יוצא שהיחידה השישית התחילה לפני 220 מיליון שנה - הזמן שבו החלו להופיע היונקים, ולקראת סוף היום השישי (לפני 2.5 מיליון שנה) הופיעו ראשוני האדם - במועד בו, לפי הגמרא, הושלך אדם הראשון מגן עדן.

פרשנות נוספת ניתנת על ידי הרב יצחק אורלן בספרו "ימי בראשית". שם הוא מציע לפרש כי ששת ימי הבריאה הם סופו של תהליך ארוך של היווצרות העולם והתפתחות החיים בדרך טבעית, על פי ציווי הבורא. לפי דבריו בששת ימי בראשית ה' סיכם את תהליך הבריאה על ידי קריאת שמות (לשמים ולארץ, ליום וללילה ועוד), ועל ידי תיקונם קטנים (כגון בריאת גן עדן). לפי פרשנות זו יש לקרוא את פרשת הבריאה בספר בראשית כסיפור המשלב את תיאור הבריאה ההיסטורי מחד, ואת הנעשה בששת הימים המסכמים מאידך, כאשר תיאור הבריאה ההיסטורי לא מסופר לפי סדר הזמנים, אלא לפי הסדר שבו ה' סיכם את הבריאה בששת הימים האחרונים.

לפי הגישה המגבילה, העמדה המדעית לגבי גיל העולם מוטעית. המחזיקים בשיטה זו טוענים ששיטות התארוך המדעיות, המבוססות על אקסטרפולציות של היסקים מממצאים בתקופתנו, אינן אמינות. הרבי מליובאוויטש המשיל זאת להבדל בין השאלה מה המנה של חילוק 4 ב-2, לבין השאלה איזה תרגיל חילוק יש לבצע על מנת להגיע למנה 2, שאלה בת אינסוף תשובות. גישה זו מתמודדת גם עם תיארוך הממצאים האנושיים הקדומים לתחילת הספירה היהודית.

גישה אחרת המכונה עולם נברא זקן, מסתמכת על פירוש הרמב"ם לדבריו של רבי יהושע בן לוי, שכל יצורי העולם נבראו "בצביונם ובקומתם" - למשל, האדם הראשון לא נברא כתינוק בן יומו אלא כאיש מבוגר, בעלי החיים נבראו כמינים מפותחים ובעלי קרבה זואולוגית ברמות שונות, וכך גם היקום כולו נברא כמה שנראה כהמשך טבעי של תהליכים שמעולם לא התרחשו.

טענה זו אינה ניתנת להפרכה או לאישוש, אלא רק הוכחה בדרך השלילה באמצעות הטיעון 'יום חמישי האחרון'. אך היא מעלה את השאלה מהי הסיבה לבריאת העולם כשהוא כבר בדרגת התפתחות מסוימת ומכיל עדויות להתפתחות הדרגתית שלא הייתה ולא נבראה. הרב מנחם מנדל שניאורסון (הרבי מלובביץ') דחה שאלה זו בטענה שאי אפשר לדעת מדוע העדיף הבורא לברוא את העולם בצורה זו או אחרת, והשאלה "מדוע ברא מאובן?" לא יותר חזקה מהשאלה "מדוע ברא אטום?".

גישה נוספת היא גישתו של הרב יצחק גינזבורג, השואף לגשר בין התורה והמדע בעזרת התפיסה הקבלית של ארבעת העולמות – אצילות, בריאה, יצירה ועשיה. לפי גישה זו ניתן לראות את ארבעת העולמות כארבע פרספקטיבות, או נקודות מבט על המציאות: בעולם האצילות הכל הוא אלוהות; בעולם הבריאה העולם בהתחדשות מתמדת; בעולם היצירה חיים את החומר הצורני הנראה לנו היום; ובעולם העשיה את מכלול הנתונים המצויים בידינו. ומכאן נוכל גם להשליך לגיל היקום: מנקודת המבט של עולם האצילות – העולם טרם נברא, עוד אין זמן; מנקודת המבט של עולם הבריאה – העולם נברא ומתהווה בכל רגע ורגע; מנקודת המבט של עולם היצירה – העולם קיים כ-6,000 שנים; ומנקודת המבט של עולם העשיה – העולם קיים כ-13.8 מיליארד שנים.
הגישה הטרנסצנדנטלית שוללת את הדיון מעיקרו, וטוענת שכיוון ההכרה האנושית תופסת את הדברים כפי שהם נגלים לנו, ולא את הדברים כפי שהם לעצמם, ואין לנו גישה ישירה לחקור את הדבר-כשהוא-לעצמו, אלא רק את העולם כפי שהוא נתפס בתודעתנו. ממילא, גם ממדי המרחב והזמן קיימים כולם בתודעת האדם ולא במציאות, ולא שייך לדון בקיומם לפני שנוצר האדם, כי הם קיימים רק מאז שהתקבעו בתודעתו של האדם. הרב שם טוב גפן, שאחז בשיטה זו, טען שהבריאה היא רק "השתכללות צורות הזמן והמקום על פי כוח נסתר ונעלם, בדעת האדם והכרתו". "ששת ימי הבריאה", לשיטתו, הם שש דרגות הכרה בתודעת האדם, שהתפתחו בזו אחר זו ללא הפסק זמן ביניהם (כי טרם נוצר הזמן), עד שהתפתחה הכרת האדם בצורתה השביעית, כפי שהיא היום. בדומה לכך טוען הרב משה רט, ש"תולדות היקום" אינן רצף אירועים פיזיקליים, אלא "תולדותיה של תודעה ההולכת ומתפתחת, הולכת ותופסת את עצמה ואת המציאות הכלולה בה בצורה ברורה ומדויקת יותר". לפי שיטה זו, כל עיסוק בשאלת גיל העולם קודם הופעת האדם, הוא חסר משמעות, כי הזמן קיים רק בתודעת האדם, והוא לא יכול להיות מנותק ממנו. עם זאת, ממצאים פלאונטולוגיים וארכאולוגיים מראים כי האדם החושב התקיים כבר לפני כחצי מיליון שנה, וכי מאפיינים תרבותיים כגון לוחות שנה, ישובי קבע, קבורה וביות בעלי חיים התקיימו כבר לפני למעלה מעשרת אלפים שנה.

אבולוציה

הטקסט המקראי, המתאר את בריאת האדם מן האדמה ביום השישי, עומד לכאורה בקונפליקט עם תאוריית האבולוציה לפיה האדם התפתח מבעלי חיים אחרים בתהליך הדרגתי וממושך. ישנן מספר גישות דתיות המנסות לפתור שאלה זו:

בעלי הגישה המגבילה טוענים שהאבולוציה היא תאוריה שגויה. עיקרון מהותי של הגישה הזאת היא שעדויות וממצאים - כגון מאובנים המתארים התפתחות של יצורים דמויי אדם - אינם מהווים הוכחה מספקת לאבולוציה, משום שניתן לפרש את העדויות בדרכים נוספות או מתוך שלילת ההנחה שחוקי הפיזיקה אינם משתנים עם הזמן - הנחה שהיא אחד היסודות של המדע המודרני, ובלעדיה לא ניתן לטעון דבר לגבי ההיסטוריה באופן מדעי.

בעקבות העדויות שהתגלו במאה האחרונה על מיקרואבולוציה, מצדדי הגישה המגבילה טוענים שאף שניתן לראות שינויים בתוך מין מסוים (כגון שינוי צבע פרווה, התארכות קלה של המקור), שינויים אלו אינם אלא התאמה לתנאי הסביבה במסגרת השונות הגנטית הפוטנציאלית של המין, אך מעולם לא נראה מין אחד שהפך בעקבות הרבה שינויים הדרגתיים למין אחר. קיימים סוגים רבים של כלבים, אך אף אחד מהם לא בקע מביצה.

גישה אחרת, שבארצות הברית קרויה "תכנון תבוני", מקבלת את האבולוציה, אך לא כתהליך טבעי כפי שתיארה דרווין. לטענת המצדדים בגישה זו, התאוריה הדרוויניסטית מנסה להסביר את מגוון המינים בדיעבד, כתוצאה של תהליך טבעי שהתרחש ללא יד מכוונת, אך הסבריה אינם מספקים ואין מנוס מהמסקנה שהאבולוציה לא הייתה מתאפשרת ללא הכוונה, ובמשתמע, בסיוע השגחה עליונה. ישנם גם הטוענים שההליך כן היה טבעי, מאחר שהטבע עצמו נוצר על ידי הקב"ה כשבכוונתו שבבוא היום תתקיים האבולוציה כחלק ממנו.

בהתאם לגישה המפרשת, מצטט הרב קוק את קביעת חז"ל שכל אשר נאמר בפרשת הבריאה איננו כפשוטו, אלא "סתרי תורה" ויש להבינו באופן סימבולי ומטפורי: ששת ימי הבריאה אינם ימים כמשמעותם כלפינו – בין היתר מפני שאז עדיין לא היה אדם ולכן גם אין משמעות למונח זמן – אלא זהו זמן "אלוהי" בקנה מידה אחר, ויש לפרש אותם כ"פרקי זמן" או חלוקה מטאפורית אחרת.

 יציאת מצרים 

יש שרואים בהיעדר אישוש ארכאולוגי לסיפור יציאת מצרים סתירה בין המקרא למדע, בנימוק ש-600 אלף גברים, כ-3 מיליון בני אדם (כולל נשים וטף) היו אמורים להשאיר עדויות ארכאולוגיות, כגון שרידי מחנות.

תשובה המוצעת פעמים רבות על ידי הגישה המגבילה היא שמדע הארכאולוגיה צעיר, ואולי בעתיד יהיו גילויים ארכאולוגים נוספים. יש המנמקים את העדר התיעוד המצרי ליציאת מצרים באי רצונם של מלכי מצרים להודות במפלתם.

אחרים תירצו שאלה זו בתארוך אחר לסיפור המקראי. לטענתם יציאת מצרים הייתה בתקופה קדומה בהרבה (סוף השושלת הרביעית, סביבות המאה ה-26 לפנה"ס), ממנה יש תיעוד של עם מגזע צפוני שחי לאורך תעלת 'בחר יוסוף', ועקבותיו נעלמו בימי השושלת החמישית.

גורמים המקבלים את סיפור יציאת מצרים כאמת היסטורית מצביעים על פפירוס מצרי עתיק בשם פפירוס איפוור כעל דיווח חוץ-מקראי אפשרי על מכות מצרים. מלבד פפירוס איפוור, יישנם עוד ממצאים ארכאולוגיים שנטען כי ייתכן שהם מתעדים את "עשר המכות" ויציאת מצרים, כגון כיתוב שנחרט במקדש מצרי מאל עריש.

הסבר אחר הוא שניתן לראות בעצם כתיבת המקרא ראיה היסטורית לסיפור זה. "כבר עמדו חוקרים על כך כי 'אין להעלות על הדעת שתציב אומה מן האומות בראשית הווייתה, מעשה עמידה בשיעבוד ובמצוקה, אלא אם כן התנסתה בכך בפועל'".

טענות נוספות נוגעות למספר יוצאי מצרים:
נטען שמדבר סיני לא יכול היה לכלכל כמות כזו של אנשים במשך 40 שנים. על פי המקרא, בני ישראל התכלכלו בזמן זה על המן והשליו שקיבלו בדרך נס.

קושיה נוספת היא שחשבון של שושלות (לפי דברי הימים וספרים אחרים) מראה שמהזמן שבני ישראל ירדו מצרימה ומנו 70 נפש ועד צאתם ממצרים לא עברו יותר מחמישה דורות, ולא סביר להגיע בפרק זמן כזה לעם שבו הגברים הלוחמים לבדם מונים 600 אלף. התורה עצמה מציגה את התרבותם של בני ישראל כתופעה חריגה: "ובני ישראל פרו וישרצו וירבו ויעצמו במאֹד מאֹד ותִמלא הארץ אותם". הפירוש המסורתי לפסוק זה הוא שכל אישה ילדה שישה או שנים עשר בנים.
הגישה המפרשת מציעה שייתכן שמדובר במספר טיפולוגי-סמלי שלא היה במציאות באותם ימים, אך המקרא איננו בא ללמדנו את הדמוגרפיה ההיסטורית. המקרא השתמש במספר 600 אלף, משום שזהו מספר שלם המייצג עם, בעוד שמתחתיו אלו מספרים המייצגים שבטים או חמולות. ייתכן שבפועל יצאו ממצרים עשרות אלפי בני ישראל בלבד, שנדדו במדבר וכבשו את הארץ. גישה נוספת מפרשת את פסוק ל"ז בספר שמות, פרק י"ב כאשר "אלף" = משפחה. מכאן יוצא כי מדובר ב-600 משפחות בלבד, ולכן לא צפוי אישוש ארכאולוגי להגירה זו, שכן אין היא מונה מספרים כה גדולים. גישה זו לא התקבלה בקרב הפרשנים המסורתיים של המקרא, משום שהיא נוגדת את הטקסט המקראי עצמו, שאינו מונה רק את האלפים אלא גם את המאות והעשרות של עם ישראל "וַיִּהְיוּ כָּל הַפְּקֻדִים שֵׁשׁ מֵאוֹת אֶלֶף וּשְׁלֹשֶׁת אֲלָפִים וַחֲמֵשׁ מֵאוֹת וַחֲמִשִּׁים" (במדבר, א, מו).

זואולוגיה 
 קללת הנחש 
על פי המתואר בתנ"ך (בראשית ג') נחש הקדמוני קולל באכילת עפר:

בפועל אנחנו יודעים שהנחש הוא טורף, ובוודאי שלא ניזון מעפר.

חסידי הגישה המפרשת יאמרו שהקללה "ועפר תאכל כל ימי חייך", היא מטאפורית, כלומר: במקום ללכת – תזחל, והראש שלך יהיה "באדמה" וילחך עפר. בדומה למוזכר בישעיהו, פרק מ"ט פסוק כ"ג:

שם ברור שהכוונה היא מטאפורית.
הפירוש המובא בתלמוד הוא שהקללה היא שכל מה שיאכל הנחש יהיה בטעם עפר:  (יומא עה.).

מסופר כי רבי שמחה בונם מפשיסחה פירש את הפסוק כמשל: . כך גם מפרש החפץ חיים. פירוש זה לא בא כתגובה לסתירה עם המדע אלא כתגובה לתמיהה מהי הקללה בכך שנחש אוכל עפר, שהוא זמין בכל מקום ואין קושי להשיגו.

הארנבת 
בספר ויקרא, פרק י"א פסוק ו' כתוב:

המחקר המדעי, אינו מגדיר את הארנבת כמעלה גרה, אם כי היא מרבה ללעוס ונראית ככזו.

הגישה המפרשת מסבירה שאין הכוונה לארנבת המוכרת לנו כיום, כשם שישנם שמות שונים במקרא לחיות ולצמחים בני זמננו. בהקשר זה יש להזכיר כי על פי תרגום השבעים המילה "ארנבת" מתארת את הארנבת המוכרת לנו כיום, אך ייתכן שאירע שיבוש עוד לפני תרגום זה.

הסבר חלופי מציע שהתורה מתייחסת אל הארנבת כפי שהיא נראית לבני אדם, ולא לנתונים שאינם נראים לעין אנושית, וכוונתה היא להדגיש שהארנבת טמאה על אף שלפי ההגדרה ההלכתית של העלאת גרה, היא מעלת גרה ובעלת סימן טהרה.

אחרים טוענים שכוונת המקרא במילים "מעלת גרה" אינה חופפת להגדרה המדעית של העלאת גרה. ארנבת אוכלת ומעכלת שוב חלק מצואתה (לאחר שהפרישה אותה מגופה), וייתכן שזו כוונת התורה ב"מעלת גרה".

הרמב"ם כותב בנוגע להגדרת בהמה "מעלה גרה" (ספר קדושה, הלכות מאכלות אסורות, פרק א'), כי בהמה מעלת גרה היא בהמה חסרת שיניים עליוניות. כמו כן, הוא מציין שהבהמה היחידה שהיא מעלת גרה ואינה מפרסת פרסה היא הגמל בלבד, ואינו מציין את שני הנוספים בתורה: ארנבת ושפן מאחר שאינם בהמות ואין חשש שיבואו לאוכלם.

ראו גם
 הדת הבהאית ומדע
 בראשית ברא
 בריאתנות
 בד"ד
 מדענות
 פונדמנטליזם לעומת נצרות ליברלית
 ביקורת המקרא
 אלוהים
 השותפות הגדולה
 מדענים ואנשי דת המשתתפים בדיאלוג בין דת ומדע 
 מדענים המתמחים בנושא דת ומדע 

לקריאה נוספת
 פרופ' שלום רוזנברג, תורה ומדע, הוצאת משרד החינוך והתרבות.
 פרופ' שלום רוזנברג, בעקבות הכוזרי.
 פרופ' יהודה (ליאו) לוי, יהדות ומדע כחכמות משלימות, ירושלים, 1991.
 פרופ' יהודה (ליאו) לוי, המדע שבתורה, ירושלים, ה'תשס"א.
 עמנואל אליצור (עורך), דת ומדע – לקט מקורות, הוצאת מדרשית נעם.
 פרופ' נתן אביעזר, בראשית ברא.
 פרופ' ג'רלד שרודר, המדע והאל, כתר הוצאה לאור
 אמונה ומדע, הוצאת ופרצת
Denying Evolution: Creation, Scientism, and the Nature of Science Massimo Pigliucc 2002
 הרב ד"ר נחום לאם, תורה ומדע, תרגם שלמה שמידט
 פרופ' ישראל קנוהל, מאין באנו
 פרופ' נתן אביעזר, אמונה בעידן המדע
 הרב ד"ר מיכאל אברהם, את אשר ישנו ואשר איננו, הוצאת תם, 2005.
 הרב ד"ר מיכאל אברהם, אלוהים משחק בקוביות, משכל, 2011.
ד"ר שמעון בולג, פיזיקה במקורות יהודיים, מעלות, ירושלים ה'תשס"ד.
ישי לוי (עורך), עולמות נפגשים: מדע וטכנולוגיה בראי ההלכה, מחלקת הפרסומים, משרד החינוך, ירושלים ה'תשס"ג.
 הרב זמיר כהן, המהפך (4 כרכים), הידברות, ה'תשס"ה
 פרופסור זאב גרין "פרופסור גרין שלום וברכה" עריכה והוצאה לאור זלמן גורליק תשע"ב

קישורים חיצוניים

 תורה ומדע באתר "דעת"
 אמונה ומדע באתר עמותת "חופש"
 הספר המלא "תורה ומדע בהגות היהודית", מאת פרופ' שלום רוזנברג, אתר הגות יהודית 
 יובל נח הררי מבוא להיסטוריה עולמית.
 Science and Technology: Public Perceptions, Awareness, and Information Sources סקר שנתי בארצות הברית על עמדות הציבור ביחס למדע, שנערך על ידי NATIONAL SCIENCE BOARD

 תורה ומדע במשנתו של הרבי מלובביץ' 
 דרור פיקסלר, המדע כחלק מהתורה
 ישעיהו ליבוביץ, הדת והמדע בימי הביניים ובעת החדשה, וכן המדע או התורה - מי צודק?
 צבי פנטון, גיל הקוסמוס לפרשת בראשית
 משה קוה, תורה ומדע , באתר של אוניברסיטת בר-אילן
 מרדכי כסלו, גיל האדם - התש"ס או מיליון שנה, באתר "דעת"
 אורי שרקי, מדעי הטבע ואהבת ה', ביטאון צוהר


 אביגדור אמיתי, "הידיעות המדעיות של חז"ל - תוקפן ומקורן", פורטל הדף היומי

 עמדות הרבנים יצחק גינזבורג וראובן פיירמן ופרופסור יעקב פרידמן בנושא תאוריית הבריאה, בעלון "קרוב אליך", ד' טבת תשע"ח, עמ' 6–7
 ד"ר דניאל תורגמן פיענוח פרשת הבריאה - רבדים וקריאה מדעית, כתב העת מגדים


 הערות שוליים 

*
*
קטגוריה:פילוסופיה יהודית
קטגוריה:היסטוריה של המדע