Genome Taxonomy Database

A Genome Taxonomy Database ou GTDB (Base de Datos de Taxonomía de Xenomas) é unha base de datos on line que mantén información sobre unha nomenclatura proposta dos procariotas, seguindo un enfoque filoxenómico baseado nun conxunto de proteínas dunha soa copia conservadas. Ademais de resolver os grupos parafiléticos, este método tamén reasigna as categorías taxonómicas algoritmicamente, actualizando os nomes en ambos os casos. En 2020 engadiuse información sobre arqueas, xunto cunha clasificación de especies baseada na identidade nuclotídica media. Cada actualización incorpora novos xenomas, así como unha curación automatizada e manual da taxonomía. Para a información de cada actualización, ver os cambios de rexistro relevantes. Para cambios notables interesantes para publicarse ver a sección "Cite GTDB" en About page.

Unha feramenta de código aberto chamada GTDB-Tk está dispoñible para clasificar borradores de xenomas na xerarquía da GTDB. O sistema GTDB, por medio de GTDB-Tk, foi utilizado para catalogar bacterias aínda non nomeadas no microbioma intestinal humano e outras fontes metaxenómicas.

A GTDB está incorporada no Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria desde 2019 como a súa fonte  filoxenómica.

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 PhyloCode
 National Center for Biotechnology Information (NCBI)
 SILVA ribosomal RNA database
 List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature

Categoría:Bases de datos xenómicas