Tetrabucle

Os tetrabucles son un tipo de motivo de bucle en forquita de catro bases presente na estrutura secundaria do ARN no que rematan moitas dobre hélices. Hai moitas variantes do tetrabucle. Entre as publicadas están ANYA,
CUYG, 
GNRA,
UNAC
e UNCG.

No ARN ribosómico son comúns tres tipos de tetrabucles: GNRA, UNCG e CUUG, nos cales N pode ser uracilo, adenina, citosina ou guanina, e R é guanina ou adenina. Estas tres secuencias forman tetrabucles estables e conservados que xogan un importante papel na estabilidade estrutural e función biolóxica do ARNr 16S.
 GNRA
 O tetrabucle GNRA ten un par de bases guanina-adenina, no que a guanina está en posición 5' respecto da hélice e a adenina na 3'. Os tetrabucles coa secuencia UMAC teñen esencialmente o mesmo pregamento no seu esqueleto que o tetrabucle GNRA, pero é menos probable que formen interaccións tetrabucle-receptor. Poden, por tanto, ser unha mellor elección para pechar talos (stems) cando se deseñan ARNs artificiais.
 A presenza do tetrabucle GNRA proporciona unha estabilidade excepcional á estrutura do ARN. O GNRA aparece cunha frecuencia un 50% maior que outros tetranucleótidos debido á súa capacidade de soportar temperaturas 4 °C maiores que outras forquitas de ARN. Isto permítelles actuar como sitios de nucleación para o correcto pregamento do ARN. Os raros enlaces de hidróxeno entre a primeira guanina e a cuarta adenina, o amplo empillamento de bases nucleotídicas e os enlaces de hidróxeno entre o 2' OH dun azucre ribosa e as bases nitroxenadas fai que o tetranucleótido sexa termodinamicamente estable.
 UNCG
 O UNCG  é favorable termodinamicamente e estruturalmente debido aos enlaces de hidróxeno, interaccións de Van der Waals, interaccións culómbicas e as interaccións entre o ARN e o solvente. Os tetrabucles UNCG son máis estables que os bucles de ADN coa mesma secuencia. O tetrabucle UUCG é o tetrabucle máis estable. Os tetrabucles UUCG e GNRA constitúen o 70% de todos os tetrabucles atopados no ARNr 16S.
 CUUG
 O tetrabucle CUUG ten a maior probabilidade de cambios conformacionais debido á súa flexibilidade estrutural. Ademais dos tres tetrabucles mencionados, este tetrabucle é o máis flexible, xa que o segundo uracilo non está restrinxido comparativamente. Tamén é moi estable termodinamicamente.

 Notas 

 Véxase tamén 
Estrutura terciaria do ARN 

Categoría:ARN