PubMed Central

PubMed Central (PMC) é un repositorio dixital de uso libre no que se arquivan artigos eruditos completos de acceso público que foron publicados en revistas científicas das ciencias da vida e biomédicas. É unha das maiores bases de datos de investigación dentro do conxunto de recursos que foron desenvolvidos polo National Center for Biotechnology Information (NCBI) dos Estados Unidos, pero é moito máis que un simple repositorio de documentos. Os documentos incluídos en PMC sofren un procedemento de indexación e formateo que ten como resultado o melloramento de metadatos, ontoloxía médica, e identificadores únicos que enriquecen os datos estruturados XML para cada artigo ou depósito.Beck, Jeff. Report from the Field: PubMed Central, an XML-based Archive of Life Sciences Journal Articles. Os contidos de PMC poden ser facilmente interligados a moitas outras bases de datos do NCBI e pode accederse a eles a través de buscas en Entrez e en sistemas de recuperación, mellorando aínda máis a capacidade do público para descubrir gratuitamente, ler e basearse neste conxunto de documentos sobre o coñecemento biomédico.NCBI Handbook: PubMed Central. Chris Maloney, Ed Sequeira, Christopher Kelly, Rebecca Orris, and Jeffrey Beck Dec 2013

PubMed Central non debe de confundirse con PubMed. Trátase de dous servizos moi diferentes.MEDLINE, PubMed, and PMC (PubMed Central): How are they different? Aínda que PubMed é unha base de datos na que se poden buscar citas biomédicas e resumos, os artigos co texto completo referenciados no rexistro de PubMed encóntranse almacenados fisicamente noutro lugar (ás veces son artigos impresos ou en liña, algunhas veces gratuítos e outras accesibles pagando algún tipo de subscrición). PubMed Central é un arquivo dixital gratuíto de artigos, accesible a calquera desde calquera lugar por medio dun buscador web básico. O texto completo de todos os artigos de PubMed Central pode lerse gratuitamente, con diversas disposicións para a reutilización.

En febreiro de 2014, o arquivo PMC contiña uns 2,9 millóns de artigos, con contribucións que proceden directamente das editoriais ou autores que depositan os seus propios orixinais no repositorio segundo a Política de Acceso Público dos NIH. Só no período de doce meses desde xuño de 2013 a xuño de 2014 os depósitos iniciados por autores excedían os 103.000 documentos.NIH Manuscript Submission Statistics PMC tamén identifica unhas 4.000 revistas que agora participan en maior ou menor grao nesta capacidade de depositar automaticamente os seus contidos publicados no repositorio de PMC.PubMedCentral Algunhas editoriais participantes atrasan a liberación dos seus artigos en PubMed Central durante un tempo establecido despois da súa publicación, o que se adoita denominar “período de embargo”, que pode ser desde uns poucos meses a algúns anos dependendo da revista (os "embargos" de seis a doce meses son os máis comúns).

 Adopción 

O repositorio PMC empezou a funcionar en febreiro de 2000 e creceu rapidamente, xa que a Política de Acceso Público dos NIH está deseñada para poder facer todas as buscas de publicacións sobre investigacións financiadas polos National Institutes of Health (NIH) accesibles gratuitamente a calquera, e, ademais, moitas editoriais están a traballar cooperativamente cos NIH para proporcionar acceso libre aos seus traballos. A finais de 2007, aprobouse a Consolidated Appropriations Act de 2008 (H.R. 2764), que incluía unha disposición na que se obrigaba a que os NIH modificasen as súas políticas e requirisen a inclusión en PubMed Central de copias electrónicas completas das publicacións das súas investigacións revisadas por pares e descubrimentos das investigacións financiadas polos NIH. Estes artigos deben ser incluídos nun prazo de 12 meses despois da publicación. Esta é a primeira vez que o goberno dos Estados Unidos requiriu a unha axencia que provea acceso aberto (libre) ás investigacións, e é unha evolución desde a política que se seguía en 2005, pola cal os NIH pedían aos investigadores que engadisen voluntariamente as súas investigacións a PubMed Central.

O Wellcome Trust e a Biblioteca Británica desenvolveron en Reino Unido unha versión do sistema PubMed Central chamada UK PubMed Central (UKPMC) como parte dun forte grupo de nove financiadores de investigacións do Reino Unido. Este sistema naceu en xaneiro de 2007. O 1º de novembro de 2012, converteuse en Europe PubMed Central. O membro canadense da rede PubMed Central International, PubMed Central Canada, empezou a funcionar en outubro de 2009.

A linguaxe de marcado de artigos de revistas "NLM Journal Publishing Tag Set" da National Library of Medicine está dispoñible gratuitamente. A Association of Learned and Professional Society Publishers comentou que "é probable que se converta nun estándar para preparar contidos eruditos para libros e revistas". Tamén está dispoñible para libros un DTD relacionado.NLM-NCBI Book Tag Set A Biblioteca do Congreso e a Biblioteca Británica anunciaron o seu apoio ao NLM DTD. Tamén se fixo moi popular cos fornecedores de servizos de revistas.

 Tecnoloxía 

As editoriais envían os artigos envíanos a PubMed Central en XML ou SGML, usando diversos DTDs de artigos. As editoriais máis antigas e grandes poden ter establecidos os seus propios DTSs internos, pero moitas editoriais utilizan o NLM Journal Publishing DTD (ver arriba).

Os artigos recibidos son convertidos por medio de XSLT no moi similar NLM Archiving and Interchange DTD. Este proceso pode revelar erros que se envían de novo á editorial para a súa corrección. Os gráficos son tamén convertidos a formatos e tamaños estándar. As formas orixinais e convertidas arquívanse. A forma convertida pásase a unha base de datos relacional, xunto con ficheiros asociados para gráficos, multimedia, ou outros datos asociados. Moitas editoriais proporcionan tamén os PDF dos seus artigos, e estes póñense a disposición do público sen cambios.NLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite, National 
Center for Biotechnical Information, National Library of Medicine

As citas bibliográficas son analizadas e ligadas automaticamente a resumos relevantes en artigos de PubMed, e de PubMed Central, e a recursos en páxinas web das editoriais. As ligazóns a PubMed tamén conducen a PubMed Central. As referencias irresolubles, como a revistas e determinados artigos que non están aínda dispoñibles nalgunha destas fontes, son rastreadas na base de datos e fanse accesibles automaticamente cando os recursos están dispoñíbles.

Un sistema de indexación interno proporciona unha capacidade de busca, e entende a terminoloxía biolóxica e médica, como, por exemplo, nomes de fármacos xenéricos ou propietarios (nomes de marca), ou nomes alternativos para os organismos, doenzas ou partes anatómicas.

Cando un usuario accede a un número dunha revista, xérase automaticamente unha táboa de contidos ao recuperar todos os artigos, cartas, editoriais, etc dese número. Cando se busca un obxecto como pode ser un artigo, PubMed Central converte a marcación NLM en HTML para a súa entrega, e proporciona ligazóns a obxectos de datos relacionados. Isto é factible porque a gran variedade de datos entrantes foi primeiro convertida en DTDs estándar e formatos gráficos.

Nunha corrente de envíos separada, os autores financiados polos NIH poden depositar artigos en PubMed Central usando o NIH Manuscript Submission (NIHMS). Os artigos así entregados normalmente sofren marcación XML para seren convertidos en DTD NLM.

 Recepción 

As reaccións ante PubMed Central entre a comunidade de editoriais eruditas van desde un verdadeiro entusiasmo nalgunhas, a unha cautelosa preocupación noutras. Aínda que PMC é un socio benvido para as editoriais de acceso aberto (libre) na súa capacidade de aumentar o descubrimento e diseminación de coñecementos biomédicos, isto mesmo fai que outros se preocupen de que o tráfico sexa desviado desde a versión rexistrada (version-of-record) publicada, e polas consecuencias económicas de teren un menor número de lectores, e o efecto sobre o mantemento dunha comunidade de eruditos nas sociedades instruídas. Ao contrario, as bibliotecas, as universidades, os que apoian o acceso aberto, os grupos que avogan pola saúde do consumidor, e as organizacións que defenden os dereitos dos pacientes aplauden a creación de PubMed Central, e esperan ver que outras axencias con financiamento federal desenvolvan repositorios de acceso público similares para que así se poida compartir libremente calquera publicación dunha investigación que fose o resultado do financiamento con diñeiro dos impostos do contribuínte.Autism Speaks Announces New Policy to Give Families Easy, Free Access to Key Research Findings

O estudo de Antelman das publicacións de acceso aberto atopou que en filosofía, ciencia política, enxeñaría eléctrica e electrónica e matemáticas, os documentos de acceso aberto tiñan un maior impacto na investigación. e resumido por C&RL News Un ensaio aleatorio atopou que había un incremento de descargas de contidos de documentos de acceso aberto, sen ningunha vantaxe nas citas con respecto ao acceso por subscrición un ano despois da publicación.Open access publishing, article downloads, and citations: randomised controlled trial

O cambio no procedemento recibiu críticas.C&RL News: Scholarly Communication in Flux: Entrenchment and Opportunity Kate Thomes, Science & Technology Libraries 22, no. 3/4 (220): 104 "Moitos profesores ven o actual sistema de comunicación erudita como un sistema efectivo, coñecido e fiable que non está avariado e, por tanto, non necesita ser reparado". A American Physiological Society expresou as súas reservas sobre a aplicación desta política.The American Physiological Society "Aínda que a American Physiological Society (APS) apoia o principio do acceso público, o enfoque que lle deron os NIH é un mazo en vez dun escalpelo. É probable que prexudique ás editoriais, o cal á súa vez prexudicará a diseminación da ciencia a través da literatura".

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 JATS (tecnoloxía)
 MEDLINE, unha base de datos de literatura internacional sobre ciencias da vida e información biomédica
 PMID (PubMed Identifier)
 SciELO (un servizo similar)
 PubMed Central Canada
 Europe PubMed Central
 Redalyc (un proxecto similar enfocado a América Latina)

 Ligazóns externas 
PubMed Central
National Institutes of Health Submission System (NIHMS)
Política de acceso público dos NIH

Categoría:Bases de datos biolóxicas