PDBsum

PDBsum  é unha base de datos que proporciona unha visión xeral dos contidos de cada estrutura macromolecular tridimensional depositada no Protein Data Bank (PDB). A versión orixinal da base de datos desenvolveuna polo ano 1995 Roman Laskowski e os seus colaboradores da University College de Londres. En 2014, PDBsum era mantida por Laskowski e colaboradores no laboratorio de Janet Thornton no European Bioinformatics Institute (EBI).

Todas as estruturas da base de datos PDBsum inclúen unha imaxe da estrutura (vista principal, vista inferior e vista lateral dereita), compoñentes molecular contidos no complexo (estrutura), diagrama da reacción encimática se é apropiado, asignacións funcionais de Gene Ontology, unha secuencia 1D anotada por Pfam e asignacións de dominio de InterPro, descrición das moléculas unidas e gráficos que mostran as interaccións entre as proteínas e a estrutura secundaria, diagramas esquemáticos de interaccións proteína-proteína, análise das fendas contidas na estrutura e ligazóns a bases de datos externas. Utilízanse os programas de gráficos moleculares RasMol e Jmol para proporcionar unha visión en 3D das moléculas e das súas interaccións en PDBsum.

Desde o lanzamento do 1000 Genomes Project en outubro de 2012, todas variantes dun só aminoácido identificadas polo proxecto foron mapeadas nas secuencias de proteínas correspondentes no Protein Data Bank. Estas variantes tamén se mostran en PDBsum, con referencias cruzadas cos identificadores de UniProt relevantes. PDBsum contén moitas estruturas de proteínas que poden ser de interese para o deseño de fármacos baseado na estrutura. Unha rama de PDBsum, chamada DrugPort, está enfocada nestes modelos e está ligada coa base de datos de dianas de fármacos DrugBank.

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 Estrutura das proteínas

 Ligazóns externas 


Categoría:Bases de datos biolóxicas