SUPERFAMILY (base de datos)

SUPERFAMILY é unha base de datos de notación estrutural e funcional de todas as proteínas e xenomas.Wilson, D.; Pethica, R.; Zhou, Y.; Talbot, C.; Vogel, C.; Madera, M.; Chothia, C.; Gough, J. (2009). "SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D380–D386. doi:10.1093/nar/gkn762. PMC 2686452. PMID 19036790. SUPERFAMILY clasifica secuencias de aminoácidos en dominios estruturais coñecidos, especialmente en superfamilias SCOP. As superfamilias son grupos de proteínas que presentan evidencias estuturais que apoian que teñen un antepasado evolutivo común pero poden non ter unha homoloxía de secuencias detectable.

 Anotacións en SUPERFAMILY 
A anotación en SUPERFAMILY está baseada nun conxunto de modelos de Markov ocultos, que representan dominios proteicos estruturais a nivel de superfamilia SCOP.
Nunha superfamilia están agrupados dominios estruturais que teñen relacións evolutivas. A anotación realízase ao escanear secuencias de proteínas a partir de xenomas completamente secuenciados con respecto a modelos de Markov ocultos.

Para cada proteína pódese facer o seguinte:

 Introducir secuencias para a súa clasificación SCOP.
 Ver detalles da organización dos dominios, aliñamentos de secuencias e secuencias de proteínas.

Para cada xenoma pódese facer o seguinte:

 Examinar os asignamentos de superfamilias, árbores filoxenéticas, listas e redes de organización de dominios.
 Comprobar superfamilias super-representadas ou sub-representadas nun xenoma.

Para cada superfamilia pódese facer o seguinte:

 Inspeccionar a clasificación SCOP, anotacións funcionais, anotación de Gene Ontology, resumos de InterPro e asignacións de xenoma. 
 Explorar a distribución taxonómica dunha superfamilia a través da árbore da vida.

Todas as anotacións, modelos e a vertedura da base de datos están dispoñibles gratuitamente para que as poida descargar calquera.

 Notas 

Categoría:Bases de datos biolóxicas
Categoría:Xenómica
Categoría:Proteínas