CATH

A CATH Protein Structure Classification (Clasificación da Estrutura das Proteínas CATH) é unha clasificación de dominios proteicos xerárquica e semiautomática publicada en 1997 por Christine Orengo, Janet Thornton e os seus colegas. CATH comparte moitas características xerais co seu principal rival na clasificación de proteínas, que é SCOP, porén ten tamén áreas nas cales os detalles da clasificación difiren bastante.

 Xerarquía 
O nome CATH é un acrónimo dos catro principais niveis na clasificación: Clase, Arquitectura, Topoloxía, Homoloxía (das superfamilias).

+Estes catro niveis principais da xerarquía descríbense como segue:#NivelDescrición1  Clase  o contido de estrutura secundaria global do dominio. (Equivalente á clase da clasificación SCOP)2  Arquitectura  alta semellanza estrutural pero sen evidencias de homoloxía. (Equivalente ao pregamento de SCOP)3  Topoloxía  agrupación a grande escala de topoloxías que comparten características estruturais particulares4  Superfamilia Homóloga  indica unha relación evolutiva demostrable. (Equivalente ás superfamilias de SCOP) 

CATH define catro clases: principalmente alfa, principalmengte beta, alfa e beta, poucas estruturas secundarias.

Para comprender mellor o sistema de clasificación CATH é útil coñecer como se constrúen: gran parte deste traballo faise por métodos automáticos, pero tamén hai importantes elementos manuais que se aplican na clasificación.

O primeiro paso é separar as proteínas en dominios. É difícil facer unha definición inequívoca de dominio e esta é unha área na que CATH e SCOP se diferencian.

Os dominios son distribuídos automaticamente en clases e agrupados baseándose na semellanza das secuencias. Estes grupos forman o nivel H da clasificación. O nivel de topoloxía está formado por comparacións estruturais de grupos homólogos. Finalmente, o nivel de Arquitectura asígnase manualmente.

A clasificación do nivel Clase faise baseándose neses 4 criterios:
 contido de estrutura secundaria;
 contactos de estrutura secundaria;
 puntuación (score) de alternancia de estrutura secundaria; e
 porcentaxe de febras paralelas.

Poden atoparse máis detalles deste proceso e da comparación entre SCOP, CATH e FSSP en: Hadley & Jones, 1999 e en Day et al., 2003.

 Exemplo 
 só dominios alfa
 só dominios beta
 alfa e beta
 rolo
 barril TIM
 sandwich
 beta-lactamase

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 SCOP (outro sistema de clasificación de proteinas)
 FSSP (outro sistema de clasificación de proteinas)

 Ligazóns externas 
 CATH Protein Structure Classification

Categoría:Estrutura das proteínas
Categoría:Bases de datos biolóxicas
Categoría:Clasificación das proteínas