Pfam

Pfam é unha base de datos de familias de proteínas na que se inclúen as súas anotacións e aliñamentos de secuencias múltiples xerados usando modelos de Markov ocultos.

 Características 

Para cada familia proteica incluída en Pfam pódese:

 Buscar aliñamentos múltiples
 Ver arquitecturas de dominios proteicos
 Examinar a distribución das especies
 Seguir ligazóns a outras bases de datos
 Ver estruturas de proteínas coñecidas
As descricións das familias Pfam poden ser consultadas polo público xeral usando Wikipedia.

Case o 80% das secuencias de proteínas contidas na UniProt Knowledgebase teñen polo menos unha correspondencia en Pfam. Esta cifra denomínase cobertura de secuencias.

A base de dartos Pfam contén información sobre dominios e familias proteicas. Pfam-A é a porción revisada manualmente da base de datos que contén unhas 16.000 entradas. Para cada entrada almacénase un aliñamento de secuencias de proteínas e un modelo de Markov oculto. Estes modelos de Markov ocultos poden utilizarse para procurar información nas bases de datos de secuencias co paquete HMMER escrito por Sean Eddy.

Como as entradas en Pfam-A non cobren todas as proteínas coñecidas, proporcionouse ademais un suplemento xerado automaticamente chamado Pfam-B, o cal contiña un gran número de pequenas familias derivadas de agrupamentos producidos por un algoritmo chamado ADDA. Aínda que son dunha calidade menor, as familias Pfam-B podían ser útiles cando non se encontraban familias nunha busca en Pfam-A. Non obstante, Pfam-B deixou de ofrecerse na versión 28.0.

A base de datos iPfam almacena a descrición de dominios de Pfam. Investiga se diferentes proteínas que son descritas xuntas na base de datos de estrutura de proteínas PDB están o suficientemente próximas como para potencialmente interaccionar.

A versión actual de Pfam é "Pfam 28.0" (maio de 2015; 16.230 familias).

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 TrEMBL: base de datos na que se realiza unha anotación de secuencia de proteínas automatizada
 InterPro Integración de bases de datos de familias de proteínas e dominios proteicos
 PDBfam  — asignación completa de dominios Pfam a secuencias no Protein Data Bank (PDB)

 Ligazóns externas 
 Pfam - Protein family database no EBI UK
 Pfam - Protein family database no Janelia Farm Research Campus EUA
 Pfam - Protein family database no Stockholm Bioinformatics Centre Suecia
 iPfam - Interaccións de dominios Pfam domains en PDB
 PDBfam  - Asignación de dominios Pfam a secuencias en PDB en Fox Chase Cancer Center, EUA

Categoría:Bioinformática
Categoría:Bases de datos biolóxicas