Transporter Classification Database

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas. Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

 Clasificación 
Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

 1. Canles/Poros 

 1.A Canles de tipo α 
 1.A.1 Superfamilia das Canles iónicas reguladas por voltaxe
 1.A.2 Canle de K+ rectificadora entrante animal
 1.A.3 Canle de Ca2+ receptora de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
 1.A.4 Canle de Ca2+ de potencial receptor transitorio
 1.A.5 Canle de catións de policistina
 1.A.6 Canle de Na+ epitelial
 1.A.7 Canle de catións regulada por ATP
 1.A.8 Proteína intrínseca maior
 1.A.9 Canle iónica regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
 1.A.10 Canle iónica regulada por glutamato de receptores de neurotransmisores
 1.A.11 Canle de cloruro
 1.A.12 Canle de cloruro organular
 1.A.13 Canle de cloruro epitelial
 1.A.14 Canle de catións non selectiva 1
 1.A.15 Canle de catións non selectiva 2
 1.A.16 Canle de Ca2+, selectiva de catións activada por estiramento de lévedos
 1.A.17 Canle de solutos da membrana externa dos cloroplastos
 1.A.18 Formador da canle de anións da membrana do cloroplasto
 1.A.19 Canle da matriz 2 do virus da influenza
 1.A.20 Canle de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
 1.A.21 Regulador da apoptose
 1.A.22 Canle iónica mecanosensible de gran condutancia
 1.A.23 Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia
 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
 1.A.27 Fosfolemman
 1.A.28 Transportador de urea (canle)
 1.A.29 Canle de urea/amida
 1.A.30 Superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
 1.A.31 Anexina
 1.A.32 Canle NB do virus da influenza Tipo B
 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canles de catións
 1.A.34 Canle E1 do virus Envelope
 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canle)
 1.A.36 Canle de cloruro intracelular

 1.B Porinas de barril β 

 1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos) 

 1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente 

 1.E Holinas 

 1.F Poros de fusión de vesículas 

 1.G Poros de fusión viral 

 1.H Canles paracelulares 

 1.I Canles unidas a membranas 
 1.I.1 Familia do complexo do poro nuclear, incluíndo as carioferinas 
 1.I.2 Familia dos plasmodesmos de plantas

 Non agrupados 
 Similares a canles iónicas reguladas por voltaxe, incluíndo canles de potasio KcsA e KvAP, e cale iónica de potasio rectificadora entrante Kirbachttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8
 Canle mecanosensible de gran condutancia, MscLhttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12
 Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia (MscS)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11
 Transportadores de ións metálicos CorAhttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72
 Canle iónica regulada por ligando dos receptores de neurotransmisores (receptor de acetilcolina)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14
 Acuaporinashttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7
 Canles de cloruroshttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10
 Proteína auxiliar da membrana externa (transportador de polisacáridos)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188
 Porinas a algunhas outras proteínas de barril beta das membranas externas

 2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico 

 2.A Portadores (uniportadores, simportadores, antiportadores) 

 2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente 

 2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico 

 Non agrupados 
 Proteína transportadora mitocondrialhttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21
 Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15
 Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16
 Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20
 Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66
 Simportador de sodio de neurotransmisorhttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67
 Transportadores de amoniohttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13
 Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77

 3. Transportadores activos primarios 

 3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P 
 ATPase de calcio de tipo P (cinco conformacións diferentes)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22
 Reguladores da ATPase de calcio fosfolamban e sarcolipinahttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70
 Transportadores ABC: BtuCD,http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17 transportador multidrogas,http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18 e transportador de captación do molibdatohttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198
 Translocón da vía secretora (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19

 3.B Transportadores impulsados por descarboxilación 

 3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia 

 3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución 
 Proteínas similares ao citocromo b transmembrana:http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3 coencima Q-citocromo c redutase (citocromo bc1); complexo do citocromo b6f; formato deshidroxenase, nitrato redutase respiratoria; succinato-coencima Q redutase (fumarato redutase); e succinato deshidroxenase. Ver cadea de transporte de electróns.
 Citocromo c oxidaseshttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4 de bacterias e mitocondrias

 3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz 
 Proteínas similares á bacteriorrodopsina incluíndo a rodopsina (ver tamén opsina)http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6
 Centros de reacción fotosintéticos bacterianos e fotosistemas I e IIhttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2
 Complexos colleitadores de luz de bacterias e cloroplastoshttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1

 Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados 
 ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protónshttp://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5

 4. Translocadores de grupo 

 4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia 

 4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido 

 4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase 

 5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns 

 5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana 

 5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana 

 Non agrupados 
 Proteína B de formación de enlace disulfuro (DsbB)http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7

 6. Non utilizados 
Reservado para unha futura ampliación.

 7. Non usados 
Reservado para unha futura ampliación.

 8. Factores accesorios implicados no transporte 

 8.A Proteínas de transporte auxiliares 

 8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers) 

 8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers) 

 9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente 

 9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido 

 9.B Proteínas transportadoras supostas 

 9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas 

 Exemplos 
 Regulador da condutancia transmembrana da fibrose quística—3.A.1.202.1

 Notas 

 Véxase tamén 
 Ligazóns externas 
 Transporter Classification Database
 List en qmul.ac.uk



Categoría:Bases de datos biolóxicas
Categoría:Proteínas de transporte