Endonuclease

As endonucleases son un tipo de encimas que cortan (clivan) os enlaces fosfodiéster do interior dunha cadea de polinucleótidos. Diferéncianse das exonucleases en que estas cortan empezando nos extremos da cadea, e non no interior. Hai endonucleases en procariotas, eucariotas e virus. As endonucleases están implicadas na reparación do ADN e na maduración do ARN eucariótico, e outras na defensa que fan as bacterias e arqueas contra a penetración de ADN alleo mediante un mecanismo chamado de restrición-modificación. Algunhas endonucleases cortan o ácido nucleico en puntos aleatorios, pero algunhas endonucleases de procedencia bacteriana ou arqueana clivan o ácido nucleico só cando recoñecen nel secuencias nucleotídicas específicas, e denomínanse endonucleases de restrición ou encimas de restrición, que son de grande importancia en biotecnoloxía. A secuencia nucleotídica que as endonucleases de restrición recoñecen para a clivaxe denomínase sitio de restrición, o cal xeralmente é unha secuencia palindrómica duns poucos nucleótidos de longo (4-6). A maioría das endonucleases de restrición cortan as dúas febras do ADN de forma desigual, deixando unha das cadeas máis longas por cada lado, e estas partes monocatenarias que colgan ou sobresaen son complementarias entre si e denomínase extremos cohesivos ou pegañentos. Este tipo de extremos poden servir para conectarse por hibridación con secuencias nucleotídicas desexadas, que quedan seladas ao utilizar un encima ADN ligase. Coñécense centos de encimas de restrición, cada un dos cales se une a un sitio de restrición diferente. Os fragmentos de ADN clivados pola mesma endonuclease poden unirse de novo a pesar da orixe diversa que poida ter o ADN, orixinando así un ADN recombinante formado pola unión de xenes no laboratorio en distintas combinacións. Outras endonucleases cortan por igual as dúas febras do ADN, xerando extremos romos.

 Categorías 
miniatura|Encima de restrición Eco RI
As endonucleases poden cortar ADN ou ARN. As primeiras son endodesoxirribonucleases e as segundas endorribonucleases. Non obstante, hai endonucleases que poden actuar tanto sobre o ADN coma sobre o ARN. Os números EC que corresponden a estas clases van de EC3.1.21 a EC3.1.27, dos cales os cinco primeiros corresponden ás endodesoxirribonucleases e os dous últimos ás endorribonucleases. As endonucleases cortan o ácido nucleico en fragmentos, e por reaccións sucesivas en fragmentos cada vez máis curtos, ata que son demasiado pequenos como para que poidan servir como substratos ou, no caso das endonucleases de restrición, os sitios de recoñecemento xa non estean dispoñibles. Hai endonucleases que interveñen na reparación do ADN, como a endonuclease AP de procariotas e eucariotas, ou na maduración do ARN. Durante a dixestión dos alimentos as nucleases pancreáticas degradan os ácidos nucleicos dos alimentos a nucleótidos. Algunhas nucleases poden funcionar como endonucleases e exonucleases.

As endonucleases poden recoñecer e cortar, segundo o tipo que se trate, en secuencias específicas ou aleatoriamente. Os encimas de restrición procarióticos son específicos de secuencia e son as endonucleases máis importantes biotecnoloxicamente. Na natureza sérvenlles ás bacterias para cortar o ADN invasor de virus, polo que son un mecanismo de defensa. As endonucleases de restrición divídense en tres grandes tipos, chamados I, II e III (hai tamén outros grupos menores). Os tipos I e III son grandes complexos de varias subunidades que teñen actividade de endonuclease e de metilase. As de tipo I poden clivar en sitios aleatorios aproximadamente situados a 1000 pares de bases ou máis da súa secuencia de recoñecemento e requiren ATP. As de tipo II, como BamHI, EcoRI, e EcoRV, clivan no sitio de recoñecemento ou moi preto e non requiren ATP. As de tipo III clivan a uns 25 pares de bases da secuencia de recoñecemento e requiren ATP.

As endonucleases de restrición poden clivar ADN bicatenario, monocatenario ou ARN, segundo os casos. Actualmente se está a investigar moito na creación de endonucleases de restrición artificiais, que poidan recoñecer sitios de restrición únicos no xenoma.

Outro tipo de endonuclease son as endonucleases homing, que son unhas endonucleases de restrición especiais codificadas en intróns ou en inteínas con autosplicing, que actúan sobre o ADN da propia célula que as sintetiza. Os seus xenes considéranse elementos xenéticos "egoístas", parecidos aos transposóns.

 Reparación do ADN 
As endonucleases xogan un papel na reparación do ADN. En concreto, a endonuclease AP cataliza a incisión do ADN exclusivamente nos sitios AP, e prepara ao ADN para unha subseguinte excisión, síntese de reparación e nova ligazón do ADN. Por exemplo, cando ocorre unha despurinación, esta lesión deixa unha desoxirribosa sen a súa base. A endonuclease AP recoñece este azucre e corta o ADN nese punto e despois deixa que continúe a reparación do ADN. As células de E. coli conteñen dúas nucleases AP, chamadas endonuclease IV (endoIV) e exonuclease III (exoIII). Os eucariotas só teñen unha endonuclease AP.

Animación da actuación da endonuclease AP.

 Endonucleases comúns 
Nas táboas aparecen exemplos de endonucleases procariotas e eucariotas comúns.

 Encima procariótico  Fonte  Comentarios Endonuclease RecBCD  E. coli  Parcialmente dependente do ATP; tamén funciona como exonuclease; funciona na recombinación e reparación Endonuclease T7  fago T7 codificado (xene 3)  Esencial para a replicación; preferencia polo ADN monocatenario fronte ao bicatenario Endonuclease IV de T4  fago T4 codificado (denA)  Corta a secuencia -TpC-, rendendo oligonucleótidos terminados en 5'-dCMP-; a lonxitude da cadea ou o produto varía segundo as condicións Endonuclease Bal 31  Alteromonas espejiana  Tamén é unha exonuclease; ataca a distancia dos extremos 3' e 5' dun ADN bicatenario Endonuclease I (endo I)  E. coli (endA)  Localización periplásmica; a lonxitude media da cadea do produto é 7; inhibida polo ARNt; produce roturas de dobre cadeas no ADN; proudce mosegas cando está en complexo co ARNt; os mutantes para endo I crecen normalmente Nuclease micrococal  Staphylococcus  Produce extremos 3'-P; require Ca2+; tamén actúa sobre o ARN; prefire os ADN monocatenarios e as rexións ricas en AT Endonuclease II (endo VI, exo III)  E. coli (xth)  Clivaxe despois do sitio AP; tamén é unha exonuclease 3'→5'; actividade fosfomonoesterase sobre o extremo 3'-P

 Encima eucariótico  Fonte  Comentarios Endonuclease de Neurospora  Neurospora crassa Tamén actúa sobre o ARN Nuclease S1  Aspergillus oryzae  Tamén actúa sobre o ARN Nuclease P1  Penicillium citrinum  Tamén actúa sobre o ARN Nuclease I da Vigna radiata  gromos de Vigna radiata  Tamén actúa sobre o ARN Nuclease de Ustilago (Dnase I)  Ustilago maydis  Tamén actúa sobre o ARN Dnase I  Páncreas bovino  A lonxitude media da cadea do produto é de 4; produce roturas de dobre cadea en presenza de Mn2+ Endonuclease AP  Núcleo, mitocondrias  Implicada na vía de reparación por escisión de bases do ADN Endo R Células HeLa  Específica para os sitios GC

 Mutacións 

O xeroderma pigmentoso é unha rara doenza xenética autosómica recesiva causada por unha endonuclease defectuosa. Os pacientes con mutacións son incapaces de reparar os danos no ADN causados pola luz ultravioleta solar.

A anemia falciforme é unha doenza causada por unha mutación puntual. A secuencia alterada pola mutación elimina o sitio de recoñecemento da endonuclease de restriición MstII.

As mutacións nas endonucleases que fan o splicing do ARNt causan hipoplasia pontocerebelar. As hipoplasias pontocerebelares representan un grupo de trastornos neurodexenerativos autosómicos recesivos que son causados por mutacións en tres das catro subunidades do complexo endonuclease para o splicing do ARNt.

 Notas 

 Véxase tamén 
 Bibliografía 

 Outros artigos 
 Exonuclease
 Endonuclease de restrición
 Nuclease
 Ribonuclease
 Endonuclease AP
 Endonuclease homing

Categoría:Encimas