Clasificación dos virus

A clasificación dos virus é o proceso de darlle nome aos virus e situalos nun sistema taxonómico. De xeito similar aos sistemas de clasificación utilizados para os organismos celulares, a clasificación dos virus está sometida a diversas propostas e debates en marcha. Isto débese principalmente á natureza pseudoviva dos virus, que son partículas non vivas pero con algunhas características químicas similares ás dos organismos vivos. Os virus non encaixan claramente nos sistemas de clasificación biolóxica establecidos para os organismos celulares.

Os virus clasifícanse principalmente polas súas características fenotípicas, como a súa morfoloxía, tipo de ácido nucleico, modo de replicación, organismos hóspede, e tipo de doenza que causan. Actualmente hai dous esquemas principais que se utilizan na clasificación dos virus: o sistema do ICTV e a clasificación de Baltimore, que sitúan a cada virus nun dos sete posibles grupos que se estableceron. Acompañando a este método de clasificación hai tamén convencións de nomenclatura específicas e directrices de clasificación establecidas polo Comité Internacional de Taxonomía de Virus (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV).

 Definición de especie de virus 

As especies forman a base de calquera sistema de clasificación biolóxica. O ICTV adoptou o principio de que unha especie de virus é unha clase polifilética de virus que constitúe unha liñaxe replicante e ocupa un determinado nicho ecolóxico.

 Clasificación do ICTV 
O Comité Internacional de Taxonomía de Virus empezou a idear e aplicar regras para o nomeamento e clasificación dos virus xa na década de 1970, un esforzo que continúa actualmente. O ICTV é o único comité encargado pola Unión Internacional de Sociedades Microbiolóxicas da tarefa de desenvolver, refinar e manter unha taxonomía universal para os virus.Claude M. Fauquet,M.A. Mayo,J. Maniloff,U. Desselberger,L.A. Ball. Virus Taxonomy: VIIIth Report of the International Committee on Taxonomy of Virus.  A clasificación sufriu unha reforma importante en 2018.

O sistema comparte moitas características cos sistemas de clasificación dos organismos celulares, como a estrutura de taxons. Porén, este sistema de nomenclatura difire doutros códigos taxonómicos en varios puntos. Un detalle menor é que os nomes das ordes e familias están en cursiva, a diferenza do Código Internacional de Nomenclatura de algas, fungos e plantas e o Código Internacional de Nomenclatura Zoolóxica.

A clasificación dos virus segundo o sistema de 2012 empeza no nivel de orde e segue cos taxons inferiores da lista, cos sufixos dos taxons en cursiva:

Orde (-virales)
Familia (-viridae)
Subfamilia (-virinae)
Xénero (-virus)
Especie

As enfermidades causadas polos virus utilízanse a miúdo para conformar o seu nome específico, xa que os nomes das especies xeralmente teñen a forma de virus [enfermidade].

Establécese unha orde cando se cre que as familias que van estar contidas nel probablemente evolucionaron dun antepasado común. Isto non é doado de determinar, e a maioría das familias de virus permanecen aínda sen situar nunha orde determinada. En 2012 definíanse sete ordes, 96 familias, 22 subfamilias, 420 xéneros, e 2.618 especies de virus.

O ICTV establecía en 2012 sete ordes, que son: Caudovirales, Herpesvirales, Ligamenvirales, Mononegavirales, Nidovirales, Picornavirales, e Tymovirales. Estes ordes comprenden virus que afectan a unha gama de hóspedes variados. A sétima orde (Ligamenvirales), que infecta a arqueas, foi engadida despois ao sistema de clasificación.

Os Caudovirales son bacteriófagos (do grupo I) con cola e ADN bicatenario.

Os Herpesvirales son grandes virus de eucariotas de ADN bicatenario.

A orde Ligamenvirales contén virus de arqueas (grupo I) de ADN bicatenario lineal.

A orde Mononegavirales inclúe virus de plantas e animais (grupo V) de ARN monocatenario (-) non segmentado.

A orde Nidovirales está composta de virus de vertebrados (grupo IV) de ARN monocatenario (+). Son especiais porque se diferencian en que expresan proteínas estruturais e non estruturais separadamente.

Os Picornavirales son pequenos virus que infectan diversas plantas e insectos e outros animais de ARN monocatenario (+).

Os Tymovirales son virus que infectan plantas que conteñen ARN monocatenario (+) monopartiro.

 Modificacións de 2018 
Nas publicacións de 2018 a clasificación viral da ICTV empeza con realm (~ dominio, ámbitoRealm significa tamén reino pero o taxón Reino xa existe e é outro (Kingdom nas publicacións en inglés da ICTV), e dominio utilízase na clasificación dos seres vivos (bacterias, animais, plantas...)) e continúa ata especie. Todos os taxons escríbense en cursiva e teñen as seguintes terminacións.:

Realm (-viria)
Subrealm (-vira)
Reino (-viriae)
Subreino (-virites)
Filo (-viricota)
Subfilo (-viricotina)
Clase (-viricetes)
Subclase (-viricetidae)
Orde (-virales)
Suborde (-virineae)
Familia (-viridae)
Subfamilia (-virinae)
Xénero (-virus)
Subxénero (-virus)
Especie

O nome da especie a miúdo ten a forma de virus [enfermidade], especialmente para animais e plantas superiores.
En novembro de 2018, só se utilizaban filo, subfilo, clase, orde, suborde, familia, subfamilia, xénero e especie. Non é obrigatorio usar todos os taxons.

O establecemento dunha orde está baseado na inferencia de que as familias de virus que contén probablemente evolucionaron a partir dun devanceiro común. A maioría das familias de virus non están aínda encadradas en ordes. 

En 2019, utilizábanse todos os niveis taxonómicos excepto subrealm, subreino e subclase. Recoñecíanse catro realms, unha orde incertae sedis, 24 familias incertae sedis, e tres xéneros incertae sedis:

Realms: Duplodnaviria, Monodnaviria, Riboviria e Varidnaviria

Ordes incertae sedis : Ligamenvirales

Familias incertae sedis :

Alphasatellitidae
Ampullaviridae
Anelloviridae
Avsunviroidae
Baculoviridae
Bicaudaviridae
Clavaviridae
Finnlakeviridae
Fuselloviridae
Globuloviridae
Guttaviridae
Halspiviridae
Hytrosaviridae
Nimaviridae
Nudiviridae
Ovaliviridae
Plasmaviridae
Polydnaviridae
Portogloboviridae
Pospiviroidae
Spiraviridae
Thaspiviridae
Tolecusatellitidae
Tristromaviridae

Xéneros incertae sedis : Deltavirus, Dinodnavirus, Rhizidiovirus

Os taxons víricos superiores abranguen virus con variados rangos de hóspedes. Os Ortervirales (Grupos VI e VII), que conteñen tamén os retrovirus (que infectan animais incluíndo os humanos, por exemplo o VIH), retrotransposóns (que infectan animais invertebrados, plantas e microorganismos eucariotas) e os caulimovirus (que infectan plantas), son adicións recentes ás ordes do sistema de clasificación.

 Clasificación dos virus baseada na súa estrutura 
Suxeriuse que a semellanza na ensamblaxe e estrutura dos virións observada en certos grupos virais que infectan a hóspedes de diferentes dominios da vida (por exemplo, os tectivirus bacterianos e os adenovirus eucarióticos, ou os Caudovirales procarióticos e os herpesvirus eucarióticos) reflicte unha relación evolutiva entre estes virus. Por tanto, suxeriuse que a relación estrutural entre os virus se use como unha base para definir os taxons de nivel superior (liñaxes baseadas na estrutura), que poderían complementar o esquema de clasificación existente do ICTV.

 Clasificación de Baltimore 

dereita|miniatura|300px|A clasificación de Baltimore dos virus está baseada no método de síntese de ARNm viral.
A clasificación de Baltimore (definida por primeira vez en 1971) é un sistema de clasificación que establece sete grandes grupos de virus dependendo da combinación de características do seu ácido nucleico (ADN ou ARN), cadeas do ácido nucleico (monocatenarios ou bicatenarios), sentido, e modo de replicación. O nome da clasificación débese ao apelido do biólogo e Premio Nobel David Baltimore. Os grupos desígnanse con números romanos e distribúense segundo o seu tipo de xenoma e modo de replicación. A clasificación de Baltimore ten algunhas vantaxes con respecto a outras clasificacións, as cales están determinadas pola enfermidade causada polo virus ou a súa morfoloxía, ningunha das cales é satisfactoria debido a que diferentes virus causan a mesma enfermidade ou teñen un aspecto moi similar. Ademais, as estruturas virais son con frecuencia difíciles de determinar co uso do microscopio. Clasificar os virus de acordo co seu xenoma significa que os que quedan situados nunha determinada categoría se comportan da maneira similar, o que dá unha indicación de como avanzar en ulteriores investigacións. Os virus poden situarse nos seguintes sete grupos:"Baltimore Classification of Viruses"  (Páxina web.) Molecular Biology Web Book - http://web-books.com/. Consultado o 2008-08-18.

 Virus de ADN 

 Grupo I: virus con ADN bicatenario.
 Grupo II: virus con ADN monocatenario.

 Familia de virus Exemplos (nomes comúns) Virión espidooucon envoltura Simetríada cápside Tipos de ácidos nucleicos Grupo 1.Adenoviridae Adenovirus, Virus da hepatite canina infecciosa Espido Icosaédrico Bicatenario (ds, double stranded) I 2.Papovaviridae Papillomavirus, Polyomaviridae, Virus Vacuolante Simio Espido Icosaédrico Bicatenario circular I 3.Parvoviridae Parvovirus B19, Parvovirus canino Espido Icosaédrico Monocatenario (ss, single stranded) II 4.Herpesviridae Virus Herpes simplex, virus da varicela-zóster, citomegalovirus, virus de Epstein-Barr Envolto Icosaédrico Bicatenario I 5.Poxviridae Virus da varíola, virus da varíola da vacas, virus da varíola da ovella, virus orf, virus da varíola do mono, virus da vaccinia Cubertas complexas Complexo Bicatenario I 6.Hepadnaviridae Virus da hepatite B Envolto Icosaédrico Circular, parcialmente bicatenario VII 7.Anelloviridae Torque teno virus (ou virus transmitido por transfusión, TTV) Espido Icosaérico Monocatenario circular II

 Virus de ARN 

 Grupo III: virus que posúen xenomas de ARN bicatenarios, como os rotavirus. Estes xenomas están sempre segmentados.
 Grupo IV: virus que posúen xenomas de ARN monocatenarios de sentido positivo. Neste grupo encóntranse moitos virus ben coñecidos, como os picornavirus (que é unha familia de virus que inclúe o virus da hepatite A, enterovirus, rinovirus, poliovirus, virus da febre aftosa), virus SARS, virus da hepatite C, virus da febre amarela e virus da rubéola.
 Grupo V: virus que posúen xenomas de ARN monocatenario de sentido negativo. Os virus mortais Ebola e Marburg pertencen a este grupo, xunto co virus da gripe, e os virus do sarampelo, papeiras e rabia.

 Familia de virus Exemplos (nomes comúns) Cápside espidaoucon envoltura Simetríada cápside Tipo de ácido nucleico Grupo 1.Reoviridae Reovirus, Rotavirus Espido Icosaédrico Bicatenario III 2.Picornaviridae Enterovirus, Rhinovirus, Hepatovirus, Cardiovirus, Aphthovirus, Poliovirus, Parechovirus, Erbovirus, Kobuvirus, Teschovirus, Coxsackie Espido Icosaédrico Monocatenario IV 3.Caliciviridae Virus Norwalk Espido Icosaédrico Monocatenario IV 4.Togaviridae Virus da rubéola, alfavirus Envolto Icosaédrico Monocatenario IV 5.Arenaviridae Virus da coriomeninxite linfocítica Envolto  Complexo  Monocatenario (-)  V 6.Flaviviridae Virus do dengue, virus da hepatite C, virus da febre amarela  Envolto Icosaédrico Monocatenario IV  7.Orthomyxoviridae Influenzavirus A, Influenzavirus B, Influenzavirus C, Isavirus, Thogotovirus Envolto  Helicoidal Monocatenario (-) V  8.Paramyxoviridae Virus do sarampelo, virus das papeiras, Virus respiratorio sincitial, virus da peste bovina, virus do moquillo canino Envolto  Helicoidal  Monocatenario (-) V  9.Bunyaviridae Virus da encefalite California, Hantavirus Envolto  Helicoidal Monocatenario (-) V 10.Rhabdoviridae Virus da rabia Envolto Helicoidal Monocatenario (-) V  11.Filoviridae Virus Ebola, virus Marburg Envolto Helicoidal  Monocatenario (-) V  12.Coronaviridae Coronavirus Envolto  Helicoidal Monocatenario IV  13.Astroviridae Astrovirus Espido  Icosaérico Monocatenario IV  14.Bornaviridae Virus da enfermidade Borna Envolto  Helicoidal Monocatenario (-) V  15.Arteriviridae Arterivirus, Virus da arterite equina Envolto Icosaédrico Monocatenario IV  16.Hepeviridae Virus da hepatite E Espido Icosaédrico Monocatenario IV

 Virus con reversotranscrición 

 Grupo VI: virus de ARN monocatenario, que se replican usando a transcriptase inversa. Os retrovirus están incluídos neste grupo, dos cales o VIH é un representante.
 Grupo VII: virus de ADN bicatenario, que se replican usando a transcriptase inversa. O virus da hepatite B está encadrado neste grupo.

 Clasificación de Holmes 
Unha clasificación antiga dos virus foi a de Holmes (1948), baseada nos hóspedes dos virus, que utilizou o sistema de nomenclatura binomial de Carolus Linnaeus para clasificar os virus en 3 grupos baixo un só orde, Virales, que eran:

 Grupo I: Phaginae (atacan bacterias)
 Group II: Phytophaginae (atacan plantas)
 Group III: Zoophaginae (atacan animais).

 Sistema de clasificación dos virus LHT 
Outra clasificación antiga é o sistema LHT, proposto por A. Lwoff, R. Horne e P. Tournier. O sistema LHT de clasificación dos virus está baseado nas súa características químicas e físicas como o seu ácido nucleico (ADN ou ARN), simetría (helicoidal, icosaédrica ou complexa), presenza de envoltura, diámetro da cápside, e número de capsómeros. Esta clasificación foi aprobada polo Comité Provisional de Nomenclatura dos Virus (PNVC) da Asociación Internacional de Sociedades Microbiolóxicas (1962).University Botany I : (Algae, Fungi, Bryophyta And Pteridophyta), Volumen 1. Elizabeth Kutter, Alexander Sulakvelidze. Bacteriophages: Biology and Applications. Hans-Wolfgang Ackermann, Michael S. DuBow. Viruses of Prokaryotes: General properties of bacteriophages. Karl Maramorosch, Edouard Kurstak. Comparative virology É como segue:

 Filo Vira (dividido en 2 subfilos)

 Subfilo Deoxyvira (virus de ADN)
 Clase Deoxybinala (simetría dual)
 Orde Urovirales
 Familia Phagoviridae
 Clase Deoxyhelica (simetría helicoidal)
 Orde Chitovirales
 Familia Poxviridae
 Clase Deoxycubica (simetría cúbica)
 Orde Peplovirales
 Familia Herpesviridae (162 capsómeros)
 Orde Haplovirales (sen envoltura)
 Familia Iridoviridae (812 capsómeros)
 Familia Adenoviridae (252 capsómeros)
 Familia Papiloviridae (72 capsómeros)
 Familia Paroviridae (32 capsómeros)
 Familia Microviridae (12 capsómeros)

 Subfilo Ribovira (virus de ARN)
 Clase Ribocubica
 Orde Togovirales
 Familia Arboviridae
 Orde Lymovirales
 Familia Napoviridae
 Familia Reoviridae
 Clase Ribohelica
 Orde Sagovirales
 Familia Stomataviridae
 Familia Paramyxoviridae
 Familia Myxoviridae
 Orde Rhabdovirales
 Suborde Flexiviridales
 Familia Mesoviridae
 Familia Peptoviridae
 Suborde Rigidovirales
 Familia Pachyviridae
 Familia Protoviridae
 Familia Polichoviridae

 Axentes subvirais 

Hai diversos axentes, denominados subvirais, que son menores ca os virus e que teñen só algunhas das súas propiedades. Son:.

 Viroides 

Formados por un ARN circular monocatenario sen cápside proteica, que se replica utilizando encimas da célula. Non necesitan da presenza doutro virus para replicarse. Clasifícanse así:

 Familia Avsunviroidae"80.002 Avsunviroidae - ICTVdB Index of Viruses." (Páxina web.) Páxina web dos National Institutes of Health dos EUA. Consultado o 2007-09-27.
 Xénero Avsunviroid; especie tipo: viroide da mancha solar do aguacate
 Xénero Pelamoviroid; especie tipo: viroide do mosaico latente do pexego
 Xénero Elaviroid; especie tipo: viroide latente exipcio
 Familia Pospiviroidae"80.001 Popsiviroidae - ICTVdB Index of Viruses." (Páxina web.) Páxina web dos National Institutes of Health dos EUA. Consultado o 2007-09-27.
 Xénero Pospiviroid; especie tipo: viroide do tubérculo afusado da pataca
 Xénero Hostuviroid; especie tipo: viroide da atrofia do lúpulo
 Xénero Cocadviroid; especie tipo: viroide cadang-cadang do coco
 Xénero Apscaviroid; especie tipo: viroide da pel agretada da mazá
 Xénero Coleviroid; especie tipo: viroide do Coleus blumei 1

 Satélites 

Os satélites dependen da coinfección dunha célula hóspede cun virus axudante para que se poida producir unha multiplicación produtiva. Os seus ácidos nucleicos teñen secuencias de nucleótidos substancialmente distintas das do seu virus axudante ou da súa célula hóspede. Cando un axente subviral satélite codifica a proteína da cuberta na cal se vai encapsular, denomínase virus satélite.
 Virus satélites"81. Satellites - ICTVdB Index of Viruses." (Páxina web.) Páxina web dos National Institutes of Health dos EUA. Consultado o 2007-09-27.
 Virus satélites de ARN monocatenario
 Subgrupo 1: virus satélite da parálise da abella crónica
 Subgrupo 2: virus satélite da necrose do tabaco
 Ácidos nucleicos satélites
 ADNs satélites monocatenarios
 ARNs satélites bicatenarios
 ARNs satélites monocatenarios
 Subgrupo 1: ARNs satélites grandes
 Subgrupo 2: ARNs satélites lineares pequenos
 Subgrupo 3: ARNs satélites circulares (virusoides)

 Prións 
Un prión, nome que procede de "proteinaceous and infectious particles" (partículas infecciosas e proteináceas), carece de ácidos nucleicos detectables (no ano 2002) ou de partículas de tipo vírico. Resisten os procedementos de inactivación que normalmente afectan aos ácidos nucleicos."90. Prions - ICTVdB Index of Viruses." (Páxina web.) Páxina web dos National Institutes of Health dos EUA. Consultado o 2007-09-27.
 Prións de mamíferos:
 Axentes das encefalopatías esponxiformes (por exemplo a encefalopatía esponxiforme bovina)
 Prións fúnxicos:
 PSI+ prión de Saccharomyces cerevisiae
 URE3 prión de Saccharomyces cerevisiae
 RNQ/PIN+ prión de Saccharomyces cerevisiae
 Het-s prión de Podospora anserina

 Notas 

 Véxase tamén 
 Outros artigos 
 Nomenclatura binomial
 Clasificación biolóxica
 Taxonomía
 Viroloxía

 Ligazóns externas 

 ICTV web site 
 ICTV International Committee on Taxonomy of Viruses Master Species List 2009 Version 10 (This is version was published on agosto 24, 2011) 
 The Baltimore Method 
 Virus Pathogen Database and Analysis Resource (ViPR)

Categoría:Virus
Categoría:Taxonomía