Michaelis–Menten-kinetiikka

Michaelis–Menten-kinetiikka kuvaa entsymaattisesti katalysoitujen reaktioiden kinetiikkaa, kun reaktiossa on läsnä yksi substraatti. Reaktiossa substraatin konsentraatiota suurennettaessa reaktionopeus kasvaa, kunnes substraatti kompleksoi kaiken entsyymin, minkä seurauksena reaktionopeus vakioituu. Michaelis–Menten-kinetiikkaa kuvaava matemaattinen malli nojautuu ranskalaisen fysikaalisen kemian tutkijan Victor Henrin ensimmäisiin entsyymikineettisiin analyyseihin. Malli on nimetty saksalaisen biokemistin Leonor Michaelisin ja kanadalaisen fyysikon Maud Mentenin mukaan.L. Michaelis ja M. L. Menten, BioChem. Z., vol 49, s. 333, 1913

Kineettinen malli
upright=1.2|right|thumb|Michaelis-Menten -mekanismin ainesosien konsentraatiot reaktioajan funktiona. Kuvaajassa konsentraatioiden aikariippuvuuksia on simuloitu. Alkuarvoina on otettu: [S]=500, [E]=400, k2=200k1=1333k-1Entsyymireaktioiden kokeellisista tutkimuksista on päätelty reaktion kertaluvun riippuvan substraatin konsentraatiosta ja olevan 1. kertalukua entsyymin suhteen. Reaktiomekanismi sisältää kaksi reaktiovaihetta, joista ensimmäinen on reversiibeli (palautuva) ja toinen palautumaton vaihe.

(1)

(2)

Tässä  on entsyymi,  on substraatti,  on lopputuote ja 
on reaktiossa muodostuva -kompleksi. Oheisessa kuvassa on todettavissa reaktion lähtöaineiden ja välituotteen väheneminen sekä tuotteen ja entsyymin lisääntyminen reaktioajan kuluessa. 

Reversiibelissä reaktiovaiheessa (1)  on etenevän reaktion nopeusvakio ja  on palautuvan reaktion nopeusvakio. Toisessa reaktiovaiheessa  on entsyymikatalysoidun reaktion nopeusvakio.A Reaktiomekanismissä muodostuvaan kompleksiin (so. entsyymi-substraattikompleksi) voidaan soveltaa vakiotilaoletusta, jolloin kompleksin muodostumisnopeudelle voidaan kirjoittaa yhtälö:G.E. Briggs ja J.B.S. Haldane, Biochem. J., vol 19, s. 338, 1925

(3)

Yhtälössä (3) -kompleksin muodostumisnopeus oletetaan vakioksi, jos substraatin määrä on entsyymiin verrattuna suuri. Entsyymin kokonaiskonsentraatio, , koostuu vapaasta entsyymistä ja  reaktiossa muodostuvasta -kompleksista: . Kun tämä sijoitetaan yhtälöön (3), saadaan -kompleksin konsentraatiolle:

(4)

Reaktiotuotteen muodostumisnopeudelle voidaan kirjoittaa yhtälö:

(5)

Tässä  on -kompleksin ns. Michaelis-vakio (yksikkö M = mol dm-3) ja yhtälö (5) on Michaelis–Menten-yhtälö. Jos , niin yhtälössä (5) reaktionopeus noudattaa 1. kertaluvun kinetiikkaa substraatin konsentraatiossa. Jos , niin yhtälö (5) voidaan sieventää muotoon: . Tällöin yhtälössä (5) reaktionopeus noudattaa 0. kertaluvun kinetiikkaa, koska entsyymin pinta on kyllästynyt substraatista kokonaan. Näissä olosuhteissa saavutetaan suurin mahdollinen reaktionopeus, . Toisaalta jos , niin , kuten on todettavissa viereisestä kuvasta.upright=1.2|right|thumb|Reaktionopeus eri substraatikonsentraatioilla. Michaelis-vakio on erityisesti entsyymikohtainen ja siitä voidaan päätellä tarvittava substraattikonsentraatio adsorboimaan puolet entsyymin aktiivisesta pinta-alasta.B

Kinetiikan muuttuminen reaktiovaiheissa (1) ja (2) on matemaattisesti toteen näytettävissä tarkastelemalla yhtälön (5) kinetiikkaa seuraavasti:

(6)

Kerrottaessa yhtälön (6) molemmat puolet tekijällä  ja sieventämällä saadaan yhtälö

(7)

Tämä funktioiden lineaarikombinaatio voidaan integroida raja-arvoilla , kun  reaktion alussa, ja , kun reaktion aikana . Tulokseksi saadaan:

(8)

Yhtälön (8) vasemman puolen ensimmäinen termi noudattaa 1. kertaluvun kinetiikkaa. Yhtälön (8) toinen termi noudattaa 0. kertaluvun kinetiikkaa. Vastaavanlainen kinetiikan muuttuminen on todettavissa Langmuirin adsorptioisotermissä, jossa kaasumolekyylit adsorboituvat kiinteälle pinnalle.

Michaelis–Menten-yhtälön analyysi

Käytettäessä hyperbolista yhtälöä (5) analyysissä, on siitä muodostettava ensin suoran yhtälö. Ottamalla yhtälöstä (5) käänteisarvot saadaan:

(9)

Piirrettäessä xy-koordinaatistoon kuvaaja, jossa y-akselina on  ja x-akselina
, saadaan kaksoiskäänteiskuvaaja (so. Lineweaver–Burk-kuvaaja)H. Lineweaver ja D. Burk, J. Am. Chem. Soc., vol 56, s. 658, 1934 Kuvaajan kulmakertoimesta ja leikkauspisteistä voidaan analysoida  ja  (ks. oheinen kuva). Käytännössä Lineweaver–Burk-kuvaajan mittauspisteet on saatu suurilla substraatin konsentraatioilla, joten kuvaajan suoran kulmakertoimella on suuret virherajat. upright=1.2|right|thumb|Lineweaver–Burk -kuvaaja, jossa y-akselin suure vastaa yhtälön (9) suuretta 1/R

Toinen, edellistä tarkempi analyysitapa saadaan kertomalla yhtälö (9) puolittain :lla:

(10)

Tästä suoran yhtälöstä -kuvaajassa (so. käänteiskuvaaja) saadaan kulmakertoimeksi  ja leikkauspisteiksi  ja . Tämä on Hannes-Woolf -kuvaaja.V. Leskovac, Comprehensive enzyme kinetics, 2003, Kluwer Academic, 

Kolmas analyysimenetelmä on laventaa yhtälö (5), jolloin saadaan . Jakamalla tämä puolittain :llä saadaan yhtälö 

(11)

Tästä suoran yhtälöstä saadaan -kuvaajassa, ns. Eadie-kuvaajassa, suoran kulmakertoimeksi (kk) ; leikkauspisteeksi (lp) y-akselilla  ja leikkauspisteeksi x-akselilla  (ks. oheinen kuvaaja).G.S. Eadie, J. Biol. Chem., vol 146, s. 85, 1942upright=1.2|right|thumb|Eadie -kuvaaja Tämän kuvaajan etu Lineweaver–Burk-kuvaajaan verrattuna on sen taipumus pienentää kulmakertoimen virhettä levittämällä mittausalue suureksi.

Komplisoitu kineettinen malli

Useat entsyymikatalysoidut reaktiot noudattavat Michaelis–Menten-yhtälöä, joskaan tällöin ei ole kyse yllä mainitusta yksinkertaisesta reaktiomekanismista. Esimerkki tämänlaisesta reaktiosta olisi:

(12)

Tässä -kompleksista irtoaa jokin ryhmä (y), ja samalla muodostuu toinen lyhytikäinen kompleksi, joka edelleen hajoaa entsyymiksi ja toiseksi tuotteeksi . Jos tähän sovelletaan vakiotilaoletusta, on lopputuotteen muodostumisnopeus seuraava:

(13)

Jos , niin yhtälö (13) supistuu yhtälöksi (5). Tällöin -kompleksi on läsnä vain hyvin pieninä konsentraatioina. Koska tämänkaltainen reaktio on mahdollinen, niin usein yhtälö (13) kirjoitetaan yleisesti seuraavasti:

(14)

Tässä  on katalyyttivakio.

Lisätieto

A IUPAC:n mukaan tässä on kyseessä nopeuskerroin, koska reaktiomekanismi edellyttää adsorptiota tapahtuakseen. 

B Heterogeenisessä katalyysireaktiossa katalyyttimolekyylin pinnassa on erilaisia aktiivisia kohtia, joihin substraattimolekyyli voi adsorboitua. Aktiivisten kohtien keskinäinen erilaisuus riippuu katalyyttimolekyylin kiderakenteesta.

Katso myös

Reaktiokinetiikka
Autokatalyysi
Stern–Volmer-kuvaaja
Alkeisreaktio

Lähteet

Luokka:Entsyymikinetiikka