Ligaasit

Liittäjäentsyymi eli ligaasi (latinan sanasta ligāre – ”sitoa yhteen”, ”liimata yhteen”) on entsyymi joka kykenee nopeuttamaan kahden molekyylin yhteensitoutumisen luomalla uuden kemiallisen sidoksen, yleensä toisen kohdemolekyylin, tyypillisesti ATP:n kemiallisen alaryhmän hydrolyysin avulla. Yleisesti ottaen liittäjäentsyymi nopeuttaa seuraavaa reaktiota:

Ab + C → A–C + b

tai joskus

Ab + cD → A–D + b + c

jossa pienet aakkoset kuvaavat kemiallisia alaryhmiä.

 Liittäjäentsyymien luokittelu 
Kaikkien liittäjäentsyymien EC-numero alkaa numerolla 6. EC-numerot määräytyvät eri liittäjäentsyymien nopeuttamien reaktioiden mukaan seuraavasti.

EC6.1.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-happisidoksen muodostumista
EC6.2.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-rikkisidoksen muodostumista
EC6.3.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-typpisidoksen muodostumista
EC6.4.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-hiilisidoksen muodostumista
EC6.5.x.x – Entsyymit nopeuttavat fosfaattiesterisidoksen muodostumista
EC6.6.x.x – Entsyymit nopeuttavat metalli-typpisidoksen muodostumista

 DNA-liittäjäentsyymi 
DNA-juosteita yhteen muodostamalla kovalenttisia sidoksia juosteiden päiden välille. Toisessa yhteenliitettävässä päässä on oltava 5'-fosfaattiryhmä ja toisessa 3'-OH-ryhmä. Liittäjäentsyymit ovat tärkeitä geenitekniikan työvälineitä ja yleisimmin käytettävä T4-liittäjäentsyymi on peräisin kolibakteerista.

 DNA-liittäjäentsyymin toiminta 

Kuvassa kaksi DNA-juostetta ennen liittäjäentsyymin aiheuttamaa juosteiden yhteenliittymistä. Vapaat OH-ryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen ylemmän rihman oikeanpuolimmaisessa tymiinissä (T) ja sinisellä merkityn juosteen alemman rihman vasemmanpuolimmaisessa sytosiinissa (C). Vastaavasti vapaat fosfaattiryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen alemman rihman oikeanpuolimmaisessa guaniinissa (G) ja sinisellä merkityn juosteen ylemmän rihman vasemmanpuolimmaisessa guaniinissa.

Tiedosto:DNA before ligase.PNG

Liittäjäentsyymi yhdistää juosteet niin, että sen tekemän liitoksen muodostavat toisen juosteen fosfaattiryhmä ja toisen juosteen OH-ryhmä. Lopputuloksena on ehjä kaksijuosteinen DNA-molekyyli.

Tiedosto:DNA after ligase.PNG

 Katso myös 
 Katkaisuentsyymit

 Lähteet 

 Aiheesta muualla 

Luokka:Molekyylibiologia
Luokka:Ligaasit