Promoottori

Promoottorit ovat geenin läheisyydessä olevia DNA-alueita, joiden ansiosta RNA-polymeraasi kiinnittyy DNA:han ja voi aloittaa transkription eli RNA:n kopioimisen DNA:sta. Promoottorien teho perustuu tiettyihin DNA-jaksoihin kiinnittyviin faktori-proteiineihin, jotka ohjaavat RNA-polymeraasin kiinnittymistä transkription aloituskohtaan. Jokaiselle erilaiselle RNA-polymeraasille on omat promoottorinsa.

Bakteerit
Bakteerien promoottoreilla on neljä konservoitunutta ominaisuutta, jotka ovat yhteisiä lähes kaikille lajeille.
Transkription aloituskohta on puriiniemäs yli 90 prosentissa tapauksista geeneistä.
Aloituskohdasta ylävirtaan noin 10 emäksen päässä on kuuden emäksen sekvenssi T80A95T45A60A50T96 (alaindeksi kertoo emäksen yleisyyden prosenteissa) eli -10 sekvenssi.
Aloituskohdasta ylävirtaan noin 35 emäksen päässä on toinen konservoitunut sekvenssi, -35 sekvenssi: T82T84G78A65C54A45.
-35 sekvenssin ja -10 sekvenssin etäisyys on 16–18 emästä 90 prosentissa promoottoreista.

Eukaryootit
Eukaryooteilla on kolme erilaista RNA-polymeraasia: RNA-polymeraasi I, RNA-polymeraasi II (selvästi yleisin) ja RNA-polymeraasi III. Näille jokaiselle on omanlaisensa promoottorit.

RNA-polymeraasi II
RNA-polymeraasi II on eukaryoottien RNA-polymeraaseista yleisin. Sen promoottoreissa on tiettyjä lyhyitä DNA-sekvenssejä.
TATA-sekvenssi on konservoitunut seitsemän emäksen DNA-sekvenssi, jossa on paljon A- ja T-emäksiä. Se sijaitsee noin 25 emästä transkription aloituskohdasta ylävirtaan. Se on heikko promoottori, jonka päätehtävä on osoittaa oikea aloituskohta transkriptiolle.
CAAT-sekvenssi on konservoitunut sekvenssi noin 50-200 emästä ylävirtaan transkription aloituskohdasta.
GC-rikas alue on yksi suhteellisen tavallinen osa promoottoria.

RNA-polymeraasi I
RNA-polymeraasi I:n pääpromoottori on GC-rikas alue kohdassa -45–+20. Sen toimintaa vahvistaa 85-prosenttisesti identtinen tehostajajakso UCE (upstream control element), joka sijaitsee kohdassa -180 – -107.

RNA-polymeraasi III
RNA-polymeraasi III:n ylävirtaan olevat promoottorit toimivat samalla periaatteella kuin RNA-polymeraasi II:n promoottorit. Ribosomin 5S-RNA:ta ja tRNA:ta koodaavien geenien promoottorit ovat kuitenkin transkription aloituskohdasta alavirtaan päin, eli geenin sisällä. Näihin promoottoreihin kiinnittyvät TFIIIA- ja TFIIIC-faktorit ohjaat TFIIIB-faktorin kiinnittymistä, jonka RNA-polymeraasi tunnistaa.

Tehostajat
Tehostajat (tai voimistajat, engl. enhancer) ovat promoottoreiden kaltaisia DNA-jaksoja, jotka sijaitsevat usein huomattavasti promoottoreita kauempana geenistä ja jotka lisäävät promoottoreiden tehoa moninkertaisesti. Tehostajien tarkoitus lienee lisätä transkriptiofaktoreiden konsentraatiota promoottoreiden läheisyydessä.

 Aiheesta muualla  





Luokka:Molekyylibiologia