نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی توالی

فهرست نرم‌افزارهای هم‌ترازسازی مجموعهٔ نرم‌افزارها و وب‌گاه‌هایی است که در هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی توالی‌ها استفاده می‌شوند.

 جستجوی پایگاه داده 
 نام توضیحات نوع توالی* سازندگان سال BLAST جستجوی محلی با استفاده از k-tuple  هردو Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ  ۱۹۹۰ FASTA جستجوی محلی با استفاده از k-tuple (کندتر اما حساس‌تر از BLAST) هر دو   HMMER جستجوی محلی و سراسری با استفاده از مدلهای مخفی مارکوف (حساس‌تر از PSI-BLAST) هر دو Durbin R, Eddy SR, Krogh A, Mitchison G  ۱۹۹۸ HH-suite مقایسهٔ دوبه‌دوی مدلهای مخفی مارکوف (بسیار حساس)  پروتئین  Söding J ۲۰۰۵/۲۰۱۲  PSI-BLAST  جستجوی محلی با استفاده از ماتریس وزن موقعیت خاص (بسیار حساس‌تر از BLAST)  پروتئین Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ  ۱۹۹۷
*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید

 هم‌ترازسازی دوبه‌دو 
 نام توضیحات  نوع توالی*  نوع هم‌ترازسازی**  سازندگان  سال Bioconductor Biostrings::pairwiseAlignment برنامه‌نویسی پویا  هردو  هردو + پایان-آزاد  P. Aboyoun  ۲۰۰۸ BioPerl dpAlign برنامه‌نویسی پویا  هردو  هردو + پایان-آزاد  Y. M. Chan  ۲۰۰۳ DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite نرم‌افزار هم‌ترازسازی توالی‌های دی‌ان‌ای، آران‌ای و پروتئین به وسیله الگوریتم‌های هم‌ترازسازی دوبه‌دو و چندتایی شامل MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson و تحلیل Dotplot  هردو  هردو DNASTAR ۱۹۹۳–۲۰۱۶ JAligner نرم‌افزار متن‌باز  جاوا (زبان برنامه‌نویسی) با استفاده از الگوریتم اسمیت واترمن  هردو  محلی  A. Moustafa  ۲۰۰۵ PatternHunter تطبیق الگو  نوکلئوتید  محلی  B. Ma et al.  ۲۰۰۲–۲۰۰۴ YASS تطبیق الگو  نوکلئوتید  محلی  L. Noe and G. Kucherov  ۲۰۰۴

*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

 هم‌ترازسازی چندتایی 
 نام توضیحات  نوع توالی*  نوع هم‌ترازسازی**  سازندگان  سال  مجوز BAli-Phy درخت، احتمال بیضی، تخمین توأم  هر دو + کدون  سراسری  BD Redelings and MA Suchard  ۲۰۰۵ (آخرین نسخه ۲۰۱۸)  , GPL CodonCode Aligner پشتیبانی ClustalW و PHRAP  نوکلئوتید  محلی یا سراسری  P. Richterich و همکاران  ۲۰۰۳ (آخرین نسخه ۲۰۰۹)  Compass مقایسهٔ چند هم‌ترازسازی توالی پروتئین با استفاده از اهمیت آماری Protein  Global  R.I. Sadreyev, و همکاران  ۲۰۰۹  DECIPHER هم‌ترازسازی پیشرونده-تکرار شونده هردو  سراسری  Erik S. Wright  2014  , GPL MAVID هم‌ترازسازی پیشرونده  هردو  سراسری  N. Bray and L. Pachter  ۲۰۰۴  Stemloc هم‌ترازسازی چندتایی و پیشبینی ساختار دوم  آران‌ای محلی یل سراسری  I. Holmes  ۲۰۰۵  , GPL 3 (parte de DART) T-Coffee حساس‌تر از هم‌ترازسازی پیشرونده  هردو  محلی یا سراسری  C. Notredame et al.  ۲۰۰۰ (جدیدترین نسخه ۲۰۰۸)  , GPL 2
*نوع توالی: پروتئین یا نوکلئوتید. **نوع هم‌ترازسازی: محلی یا سراسری

 هم‌ترازسازی توالی کوتاه-خوانش 
 نام توضیحات گزینهٔ جفت-پایان استفاده از کیفیت FASTQ شکافدار چند-ریسه‌ای مجوز ارجاع سال BFAST مبادلهٔ صریح دقت و زمان با تخمین دقت از قبل توسط نمایه‌سازی توالی‌های مرجع. فشرده سازی بهینهٔ نمایه‌ها. توانایی رسیدگی به میلیاردها خوانش. توانایی رسیدگی به درج، حذف، SNPها و خطاهای رنگ. انجام کامل الگوریتم اسمیت واترمن , ریسه‌های پازیکس , GPL ۲۰۰۹ BLAT ساخته شده توسط Jim Kent. توانایی رسیدگی به یک عدم تطابق در مرحله ابتدایی , سرویس‌دهنده-کاربر , رایگان‌افزار جهت استفاده غیرتجاری و تحصیلی۲۰۰۲ Bowtie از یک تبدیل باروز-ویلر برای ساختن یک نمایهٔ دائمی و قابل استفاده مجدد از ژنوم استفاده می‌کند. بیش از ۲۵ میلیون خوانش را در یک ساعت بر حسب زمان پردازنده همتراز می‌کند. ار سیاست‌های همترازسازی همانند Maq و SOAP پشتیبانی می‌کند.    , ریسه‌های پازیکس , Artistic۲۰۰۹ UGENE واسط بصری برای BWA و Bowtie و یک هم‌ترازساز تعبیه شده     , GPL

 منابع 

رده:فهرست‌های ژنتیک
رده:فهرست‌های نرم‌افزارها
رده:نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک