اپلس

میدان نیروی اُپلس (به انگلیسی OPLS) (پتانسیل های بهینه شده برای شبیه سازی مایع) توسط پروفسور ویلیام ال یورگنسن در دانشگاه پردو و بعداً در دانشگاه ییل توسعه داده شد.

 فرم عملکردی 
فرم عملکردی میدان نیروی اپلس بسیار شبیه فرم امبراست :

با ترکیب قوانین  و  .

برهمکنش های غیر پیوندی درون مولکولی  فقط برای اتمهای دارای سه پیوند یا بیشتر شمرده می شوند. 1،4 برهمکنشها توسط "فاکتور فاج" کاهش می یابد  ، در غیر این صورت  . تمام سایتهای برهم کنش بر روی اتمها قرار دارند. هیچ "جفت تنها" وجود ندارد.

 پارامتر سازی 
چندین مجموعه از پارامترهای اپلس منتشر شده است.یک OPLS-ua (اتم متحد) وجود دارد که شامل اتم های هیدروژن در کنار کربن به طور ضمنی در پارامترهای کربن است و می تواند برای صرفه جویی در وقت شبیه سازی استفاده شود. OPLS-aa (تمام اتم ها) به طور مشخص شامل هر اتم است. انتشارات بعدی شامل پارامترهایی برای سایر گروههای کنشی خاص و انواع مولکولها مانند کربوهیدراتها است. شبیه سازی اپلس در محلول آبی معمولاً از مدل آب TIP4P یا TIP3P استفاده می کند .

یک ویژگی متمایز از پارامترهای اپلس این است که آنها به تناسب ویژگی های تجربی مایعات ، از جمله چگالی و گرمای تبخیر ، علاوه بر نصب پروفیل های پیچشی فاز گاز ، بهینه شده اند.

 پیاده سازی 
پیاده سازی های مرجع در زمینه نیروی اپلس ، برنامه های BOSS و MCPRO است که توسط یورگنسن ساخته شده است. بسته های دیگر مانند تینکر ، گرومکس ، PCMODEL ، آبالون ، هایپرچم ، لمپس ، دزموند و نامد نیز میدان نیرو اپلس را پیاده سازی کرده اند.

 منابع 




رده:بیوانفورماتیک ساختاری
رده:شیمی محاسباتی
رده:دینامیک مولکولی