FASTQ formaat

Bioinformaatikas on FASTQ formaat laiendus originaalsest FASTA formaadist, mis sisaldab lisainformatsiooni aminohapete või nukleotiidide järjestuse kohta. See on kõige tavalisem väljundformaat sekvenaatoritest. FASTQ formaat on sarnane FASTA formaadile, ent esinevad teatud erinevused süntaksis ja FASTQ formaadis on integreeritud ka kvaliteediskoor. Kvaliteediskoor igale alusele saadakse PHRED tarkvara abil, mille ühik on logaritmiliselt seotud vea tõenäosusega. Et kvaliteediskoor oleks kergelt loetav ja töödeldav, kasutatakse PHRED puhul ASCII karaktereid. 

Iga järjestus peab sisaldama vähemalt 4 rida: 

1- Järjestuse päis (kirjelduse rida), kus kasutatakse “>” asemel “@”

 Kõik tähed “@” sümbolist kuni esimese tühikuni loetakse järjestuse identifikaatoriteks
 Kõik tähed pärast esimest tühikut loetakse järjestuse lisakirjelduseks

2- Teine rida on järjestus

3- Kolmas rida algab tavaliselt “+” sümboliga ning võib uuesti sisaldada järjestuse identifikaatorit (kuid tavaliselt mitte)

4- Neljandal real on kvaliteediskoorid   

Näide FASTQ formaadis järjestusest: 

@MM123:002:FC123AB:3:2208:3330:9840 2:Y:18:ATCACG
AGGATACTAGCATAGATACCCTAGATAGTCATAGATCATGATAGGGAGATCTA
+
IJJJJJJIIIIIJIIIIIFFEEEEEEDDDDDDCABBBBB@@00))))*(*&%!

 Viited 

Kategooria:Bioinformaatika