PubChem

PubChem είναι μια βάση δεδομένων των χημικών μορίων και των επιδράσεων τους σε βιολογικές αναλύσεις. Το σύστημα συντηρείται από το Εθνικό κέντρο για βιοτεχνολογικές πληροφορίες (National Center for Biotechnology Information) (NCBI), μια συνιστώσα της Εθνικής βιβλιοθήκης ιατρικής (National Library of Medicine), που είναι μέλος των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας των ΗΠΑ (National Institutes of Health) (NIH). Το PubChem μπορεί να προσπελαστεί ελεύθερα μέσα από μια δικτυακή διεπαφή χρήστη. Εκατομμύρια δομών ενώσεων και περιγραφικά σύνολα δεδομένων μπορούν να μεταφορτωθούν ελεύθερα μέσα από το FTP. Το PubChem περιέχει περιγραφές ουσιών και μικρών μορίων με λιγότερα από 1000 άτομα και 1000 δεσμούς. Περισσότεροι από 80 πωλητές βάσεων δεδομένων συνεισφέρουν στην αναπτυσσόμενη βάση δεδομένων PubChem.

 Βάσεις δεδομένων 

Το PubChem αποτελείται από τρεις δυναμικά αναπτυσσόμενες πρωτεύουσες βάσεις δεδομένων. Από τις 29 Σεπτεμβρίου 2014:

 Ενώσεις, 54 εκατομμύρια καταχωρίσεις  (από 31 εκατομμύρια καταχωρίσεις τον Ιανουάριο του 2011), περιέχει καθαρές και χαρακτηρισμένες χημικές ενώσεις.
 Ουσίες, 163,5 εκατομμύρια καταχωρίσεις (από 75 εκατομμύρια καταχωρίσεις τον Ιανουάριο του 2011), περιέχει επίσης μείγματα, εκχυλίσματα, σύμπλοκα και μη χαρακτηρισμένες ουσίες.
 Βιολογικές αναλύσεις, η βιολογική δραστικότητα είναι το αποτέλεσμα 6059 (από 1644 τον Ιανουάριο του 2011) προγραμμάτων διαλογής υψηλής απόδοσης με αρκετά εκατομμύρια τιμές.

 Αναζήτηση 

Η αναζήτηση των βάσεων δεδομένων είναι δυνατή για μια ευρεία περιοχή ιδιοτήτων που περιλαμβάνει χημική δομή, ονόματα τμημάτων, χημικό τύπο, μοριακή μάζα, XLogP και αριθμός δοτών και αποδεκτών δεσμών υδρογόνου.

Το PubChem περιέχει τον δικό του δικτυακό μοριακό επεξεργαστή με υποστήριξη SMILES/SMARTS και InChI, που επιτρέπει την εισαγωγή και εξαγωγή όλων των συνηθισμένων μορφών χημικών αρχείων στην αναζήτηση για δομές και τμήματα.

Κάθε επίσκεψη παρέχει πληροφορίες για συνώνυμα, χημικές ιδιότητες, χημική δομή συμπεριλαμβανομένων των συμβολοσειρών SMILES και InChI, βιοδραστικότητα και συνδέσμους σε δομικά σχετικές ενώσεις και άλλες βάσεις δεδομένων NCBI όπως PubMed.

Στη μορφή αναζήτησης κειμένου τα πεδία της βάσης δεδομένων μπορούν να αναζητηθούν προσθέτοντας το όνομα του πεδίου σε αγκύλες στον όρο αναζήτησης. Μια αριθμητική περιοχή αναπαριστάνεται από δύο αριθμούς χωρισμένους με άνω-κάτω τελεία. Οι όροι αναζήτησης και τα ονόματα των πεδίων είναι ανεξάρτητα από πεζά/κεφαλαία. Μπορούν να χρησιμοποιηθούν παρενθέσεις και οι λογικοί τελεστές AND, OR και NOT. Αν δεν χρησιμοποιείται κανένας τελεστής θεωρείται ότι ισχύει ο τελεστής AND.

Παράδειγμα (Ο κανόνας του πέντε του Λιπίνσκι (Lipinski's Rule of Five)):

 0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Ιστορικό

Το PubChem εκδόθηκε το 2004.

Ανησυχίες της ACS
Η Αμερικάνικη Χημική Εταιρεία (American Chemical Society) (ACS) έχει εγείρει ανησυχίες σχετικά με τη δημόσια υποστηριζόμενη βάση δεδομένων PubChem, επειδή φαίνεται να ανταγωνίζεται άμεσα με την υπάρχουσα δικιά της CAS. Η ACS έχει ισχυρό ενδιαφέρον στο θέμα, επειδή η Chemical Abstracts Service δημιουργεί ένα μεγάλο ποσοστό του εισοδήματος της εταιρείας.

 Πεδία βάσης δεδομένων 
  Αριθμοί ταυτοποίησης •  Αριθμός ταυτοποίησης στην τρέχουσα βάση δεδομένων  [UID] •  Αριθμός ταυτοποίησης ουσίας  [SID] •  Αριθμός ταυτοποίησης ένωσης  [CID] •  Αριθμός ταυτοποίησης βιοανάλυσης  [BAID], [AID]  Γενικά •  Οποιοδήποτε πεδίο της βάσης δεδομένων  [ALL] •  Σχόλιο  [CMT] •  Ημερομηνία κατάθεσης  [DDAT], [DEPDAT] •  Εξωτερικό αναγνωριστικό του καταθέτη   [SRID], [SRCID] •  Όνομα πηγής  [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] •  Ημερομηνία έκδοσης της πηγής  [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] •  Medical Subject Headings Όρος (MeSH)  [MSHT], [MESHT] •  Κόμβος δένδρου MeSH  [MSHN], [MESHTN] •  Φαρμακολογικές δράσεις MeSH  [PHMA], [PHARMA]  Ιδιότητες ουσίας •  Συνώνυμα ουσίας  [SYNO] •  Όνομα IUPAC  [UPAC], [IUPAC] •  Διεθνές χημικό αναγνωριστικό (InChI)  [INCHI] •  Μοριακή μάζα  [MW], [MWT], [MOLWT] •  Χημικά στοιχεία  [ELMT], [EL] •  Μη υδρογονικά άτομα  [HAC], [HACNT] •  Αριθμός ισοτόπων  [IAC], [IACNT] •  Συνολικό τυπικό φορτίο  [TFC], [CHG], [CHRG] •  Αριθμός χειρόμορφων ατόμων  [ACC], [ACCNT] •  Αριθμός καθορισμένων χειρόμορφων ατόμων  [ACDC], [ACDCNT] •  Αριθμός ακαθόριστων χειρόμορφων ατόμων  [ACUC], [ACUCNT] •  Αριθμός δεκτών δεσμών υδρογόνου  [HBAC], [HBACNT] •  Αριθμός δοτών δεσμών υδρογόνου  [HBDC], [HBDCNT] •  Αριθμός ταυτομερών  [TC], [TCNT], [TTMC] •  Αριθμός περιστρέψιμων δεσμών  [RBC], [RBCNT] •  XLogP  [XLGP], [LOGP]  Ιδιότητες ένωσης •  Συνώνυμα ένωσης  [CSYN], [CSYNO] •  Αριθμός συστατικών  [CC], [CCNT] •  Αριθμός ομοιοπολικών μονάδων (μόριο)  [CUC], [CUCNT] •  Αριθμός συνολικής βιοδραστικότητας  [TAC]

 Δείτε επίσης 

 Chemical database
 Comparative Toxicogenomics Database
 ChEMBL
 ChemSpider
 eMolecules
 DrugBank
 Moltable
 BindingDB
 SCRIPDB
 National Center for Biotechnology Information (NCBI)
 Entrez
 PubMed
 GenBank

Παραπομπές

 Εξωτερικοί σύνδεσμοι 

 PubChem homepage
 PubChem searchpage
 PubChem FAQ
 PubChem Help
 PubChemSR Search Aid
 PubChem for Newbies

Κατηγορία:Χημική ονοματολογία
Κατηγορία:Βιοπληροφορική
Κατηγορία:Χημικές βάσεις δεδομένων