Αμινοτελικό άκρο

Ως αμινοτελικό ή αμινοξικό άκρο (γράφεται και Ν-άκρο ή ΝΗ2-άκρο) χαρακτηρίζεται το ένα από τα δύο άκρα μιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας και συγκεκριμένα αυτό που διαθέτει μια ελεύθερη α-αμινομάδα (-ΝΗ2).Alberts 2002, σελ. G:3. Το άλλο άκρο του πολυπεπτιδίου, στο οποίο υπάρχει μια ελεύθερη καρβοξυλομάδα, ονομάζεται καρβοξυτελικό άκρο.Alberts 2002, σελ. G:6. Κατά σύμβαση, όταν γράφουμε την αμινοξική αλληλουχία ενός πεπτιδίου, ή μιας πρωτεΐνης, ξεκινάμε πάντα με το αμινοτελικό άκρο (στα αριστερά) και τελειώνουμε με το καρβοξυτελικό (στα δεξιά).Stryer 1997, σελ. 22. Για παράδειγμα, το τετραπτεπτίδο βαλυλ-γλυκυλ-σερυλ-αλανίνη, θα γραφτεί Val-Gly-Ser-Ala (ή συνηθέστερα VGSA) που σημαίνει ότι η βαλίνη βρίσκεται στο Ν-άκρο, ενώ η αλανίνη στο καρβοξυτελικό άκρο. Έτσι, το τετραπεπτίδιο VGSA είναι τελείως διαφορετικό από το ASGV.
Kατά την πρωτεϊνοσύνθεση, οι πολυπεπτιδικές αλυσίδες επιμηκύνονται πάντα με κατεύθυνση από το αμινοτελικό προς το καρβοξυτελικό άκρο.Alberts 2002, σελ. 342. Επομένως, το αμινοτελικό άκρο είναι αυτό που συντίθενται πρώτο.  Στους ευκαρυώτες, το ειδικό tRNA έναρξης φέρει, στις πλείστες των περιπτώσεων, το αμινοξύ μεθειονίνη.Stryer 1997, σελ. 110. Πλέον, όμως, έχει διαπιστωθεί ότι στη περίπτωση παραγωγής κρυπτικών πεπτιδιών, η οποία γίνεται από τα κύτταρα για σκοπούς αντιγονοπαρουσίασης στα Τ κυτταροτοξικά λεμφοκύτταρα, μπορεί το αρχικό αμινοξύ να είναι η λευκίνη. Πάντως, στη συμβατική σύνθεση των πρωτεϊνών, κατά την οποία η μεθειονίνη είναι το πρώτο αμινοξύ της νεοσυντιθέμενης αλυσίδας, η τελική πρωτεΐνη δεν φέρει απαραίτητα μεθειονίνη στο Ν-άκρο. Αυτό συμβαίνει γιατί μετά τη σύνθεση τους, οι πρωτεΐνες υπόκεινται σε μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις, κατά τις οποίες μπορεί να αποκοπεί το αρχικό Ν-άκρο.Stryer 1997, σσ. 253-256.

Στα αρχαία, όπως και στους ευκαρυώτες, το ειδικό tRNA έναρξης φέρει το αμινοξύ μεθειονίνη, ενώ στα βακτήρια φέρει το τροποποιημένο αμινοξύ φορμυλομεθειονίνη (fMet). Επομένως, στις βακτηριακές πρωτεΐνες, των οποίων το Ν-άκρο δεν έχει υποστεί πρωτεόλυση, η ελεύθερη α-αμινομάδα είναι φορμυλιωμένη.

Παραπομπές

Συγγράμματα


Κατηγορία:Δομή της πρωτεΐνης