Ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος της Αθλητικής Ένωσης Κωνσταντινουπόλεως (2000-2009)

Η δεκαετία του 2000 ήταν για την ΑΕΚ μία από τις φτωχότερες δεκαετίες της ιστορίας της από πλευράς συγκομιδής τίτλων. Η ΑΕΚ κατέκτησε συνολικά δύο κύπελλα (1999-2000, 2001-02). Παρόλα αυτά όλες σχεδόν τις χρονιές έκανε πορεία πρωταθλητισμού διεκδικώντας το πρωτάθλημα πολλές φορές μέχρι και την τελευταία αγωνιστική. Την αγωνιστική  περίοδο 2001-02 έχασε το πρωτάθλημα στην ισοβαθμία με τον Ολυμπιακό, την περίοδο 2004-05 έμεινε έναν μόνο βαθμό πίσω από την κορυφή ενώ τις περιόδους 2002-03 και 2007-08 βρέθηκε μόλις δύο βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο στο τελείωμα του πρωταθλήματος. Οι χειρότερες πορείες της ήταν τις περιόδους 2003-04 όπου η ΑΕΚ αγωνιζόταν χωρίς σταθερή  έδρα και τερμάτισε τελικά τέταρτη και την περίοδο 2008-09 που τερμάτισε επίσης τέταρτη στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος.

Κατά την δεκαετία του 2000 η ΑΕΚ είχε μόνιμη παρουσία στις Ευρωπαϊκές διοργανώσεις και έδωσε τον μεγαλύτερο αριθμό Ευρωπαϊκών αγώνων απ' οποιαδήποτε άλλη δεκαετία. Η παρουσία της στην Ευρώπη αυτή την δεκαετία ήταν μοιρασμένη ανάμεσα σε  πολύ καλές και απογοητευτικές παρουσίες. Η  ΑΕΚ είχε σταθερή πορεία τις πρώτες περιόδους τις δεκαετίας. Τρεις συνεχόμενες χρονιές κατάφερε να φτάσει μέχρι την φάση των 16 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (2000-01, 2001-02, 2002-03) αποκλείοντας διαδοχικά τρεις και τέσσερις αντιπάλους , για να αποκλειστεί τελικά από τις πολύ ισχυρότερες Μπαρτσελόνα, Ίντερ και Μάλαγα αντίστοιχα. Συμμετείχε  επίσης πέντε φορές στην διοργάνωση του Champions League, τις περισσότερες από κάθε άλλη δεκαετία της ιστορίας της, πραγματοποιώντας μάλιστα αξιόλογες πορείες τις περιόδους 2002-03 και 2006-07. Αντίθετα η ΑΕΚ ήταν απογοητευτική στην Ευρώπη τις περιόδους 2003-04, 2004-05, 2006-07 και 2008-09  όπου γνώριζε ήττες  ακόμα και από ομάδες χαμηλότερης δυναμικότητας.

Η δεκαετία του 2000 ήταν και από τις πιο ταραγμένες διοικητικά στην ιστορία της ΑΕΚ. Τις περισσότερες περιόδους επικρατούσε διοικητική αστάθεια ενώ κατά κανόνα οι περισσότεροι που αναλάμβαναν προεδρικά καθήκοντα στην ΠΑΕ αποδεικνύονταν ανεπαρκείς. Η ΑΕΚ ξεκίνησε την δεκαετία ως ιδιοκτησία της Net Med για να περάσει στην συνέχεια στον Μάκη Ψωμιάδη, και στην συνέχεια στην ερασιτεχνική με πρόεδρο τον Γιάννη Γρανίτσα. Η ΑΕΚ έφτασε στα πρόθυρα της χρεοκοπίας και αντιμετώπισε έντονα το φάσμα του υποβιβασμού στην Δ΄Εθνική. Το καλοκαίρι του 2004 ανέλαβε πρόεδρος ο Ντέμης Νικολαΐδης που πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44. Με την ρύθμιση αυτή η ΑΕΚ απέφυγε τα χειρότερα και στάθηκε πάλι στα πόδια της.In.gr ανασκόπηση 2004  Υπαγωγή στο άρθρο 44 και άλλες περιπέτειες Ο Νικολαΐδης έμεινε στην προεδρία μέχρι το ξεκίνημα της περιόδου 2008-09 οπότε η κακή πορεία της ομάδας και η διαμάχη του με μερίδα οπαδών των οδήγησαν σε παραίτηση. Λίγο μετά ανέλαβε πρόεδρος ο Νίκος Θανόπουλος.Τα Νέα Σαββατοκύριακο, 12-13 Δεκεμβρίου Άρθρο για την διοικητική πορεία της ΑΕΚcontra.gr  Οι διοικήσεις της ΑΕΚ

Άλλο ένα σημαντικό σημείο της δεκαετίας ήταν η κατεδάφιση  του ιστορικού γηπέδου της ΑΕΚ στην Νέα Φιλαδέλφεια. Το γήπεδο της ΑΕΚ που είχε υποστεί πολλές καταστροφές από τον σεισμό της Αττικής το 1999 κατεδαφίστηκε τελικά το 2003. Στην συνέχεια η ΑΕΚ αγωνίστηκε προσωρινά στην Νέα Σμύρνη και στο στάδιο των Άνω Λιοσίων για να καθιερώσει τελικά ως έδρα της το Ολυμπιακό στάδιο, τον Σεπτέμβριο του 2004.stadia.gr Στάδιο Νίκος Γκούμας

Ελληνικό πρωτάθλημα
Η ΑΕΚ δεν κατάφερε να κατακτήσει κάποιο πρωτάθλημα κατά την διάρκεια της δεκαετίας του 2000. Η κατάκτηση του τίτλου ήταν παρ'όλα αυτά στους αρχικούς στόχους της ομάδας σ' όλη την διάρκεια της δεκαετίας. Πιο κοντά στον τίτλο έφτασε την περίοδο 2001-02 όπου έχασε το πρωτάθλημα στην ισοβαθμία με τον Ολυμπιακό, και τις περιόδους 2002-03, 2004-05 και 2007-08 που βρέθηκε πολύ κοντά στην κορυφή στο τελείωμα του πρωταθλήματος.

Την περίοδο 2001-02 ΑΕΚ πραγματοποίησε την καλύτερη πορεία της στο πρωτάθλημα κατά την δεκαετία του 2000. Τερμάτισε 2η ισοβαθμώντας με τον Ολυμπιακό. Στις μεταξύ τους αναμετρήσεις είχε επικρατήσει και στους δύο αγώνες ο Ολυμπιακός με σκορ 3-2 και 4-3. Η AEK συγκέντρωσε 58 βαθμούς ενω πέτυχε συνολικά 65 τέρματα και δέχτηκε 28. Συνολικά σημείωσε 19 νίκες, μία ισοπαλία και έξι ήττες. Τη χρονιά αυτή στο πρωτάθλημα της πρώτης εθνικής συμμετείχαν 14 ομάδες. Συνολικά τα αποτελέσματα της ΑΕΚrsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2001-02

Την αγωνιστική περίοδο 2007-08 η ΑΕΚ άγγιξε την κατάκτηση του πρωταθλήματος τερματίζοντας τελικά μόλις δύο βαθμούς πίσω από τον Ολυμπιακό. Την χρονιά αυτή μάλιστα η ΑΕΚ πέτυχε την μεγαλύτερη νίκη της στην δεκαετία απέναντι στον κύριο αντίπαλό της, τον Ολυμπιακό με σκορ 4-0.rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2007-08 Συγκέντρωσε συνολικά 68 βαθμούς ενώ είχε την καλύτερη επίθεση (65 γκολ) και την καλύτερη άμυνα εκείνη την χρονιά (17 γκολ).sportlive.gr Πρωταθλήτρια… στο περίπου Ένα γεγονός που έκρινε σε σημαντικό βαθμό το πρωτάθλημα του 2008 ήταν η δικαστική απόφαση που κατοχύρωσε στον Ολυμπιακό αγώνα στον οποίο είχε ηττηθεί από την Καλαμαριά με σκορ 1-0. Με την απόφαση αυτή ανακηρύχθηκε πρωταθλητής ο Ολυμπιακός.apn.gr  Απορρίφθηκε η αίτηση της Καλαμαριάς

Πολύ καλή χρονιά για την ΑΕΚ ήταν και η περίοδος 2002-03. Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 3η θέση 2 μόλις βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό και εξασφάλισε την συμμετοχή της στο Champions League της επόμενης περιόδου. Αξίζει να σημειωθεί πως την χρονιά αυτή έβγαιναν τρεις ελληνικές ομάδες στο Champions League. Συγκέντρωσε συνολικά  65 βαθμούς (70-27 τέρματα).rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2000-03

Η ΑΕΚ κατάφερε να πλησιάσει πολύ στην κατάκτηση του στόχου της και την περίοδο 2004-05, μία χρονιά που είχε ξεκινήσει με πολλά προβλήματα για την ΑΕΚ. Στο ξεκίνημα αυτής της περιόδου η ΑΕΚ αντιμετώπιζε μεγάλα οικονομικά προβλήματα και έφτασε να απειλείται με υποβιβασμό στην Δ΄Εθνική. Τελικά η διοίκηση Νικολαΐδη πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44 με αποτέλεσμα η ΑΕΚ να ξεπεράσει προσωρινά τον σκόπελο των χρεών. Παράλληλα η διοίκηση προχώρησε σε κάποιες μεταγραφικές κινήσεις που είχαν ως αποτέλεσμα την καλή πορεία στο πρωτάθλημα. Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 3η θέση 1 μόλις βαθμό πίσω από τον πρωτοπόρο Παναθηναϊκό. Συγκέντρωσε συνολικά  64 βαθμούς (46-22 τέρματα).rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2004-05

Χειρότερες χρονιές της δεκαετίας για την ΑΕΚ ήταν οι περίοδοι 2003-04 και 2008-09. Το ξεκίνημα της αγωνιστικής πορείας της ΑΕΚ την περίοδο 2008-09, δεν ήταν καθόλου καλό. Η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το κύπελλο ΟΥΕΦΑ, από την Ομόνοια Λευκώσιας, ενώ στο πρωτάθλημα πραγματοποιούσε μέτρια πορεία. Αποτέλεσμα της κακής πορείας ήταν να παραιτηθεί από την προεδρία της ομάδας ο Ντέμης Νικολαΐδης και λίγο αργότερα και ο προπονητής Γιώργος Δώνης.apn.gr Παραιτήθηκε ο Ντέμης Νικολαϊδης Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 4η θέση 16 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό, σε μία πορεία από τις χειρότερες της δεκαετίας. Συγκέντρωσε συνολικά  55 βαθμούς (40-24 τέρματα). Στα play-off βελτίωσε λίγο την θέση τηε τερματίζοντας τελικά 3η.rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2008-09 Την περίοδο 2003-04 η ΑΕΚ τερμάτισε στην 4η θέση 22 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά  55 βαθμούς (57-32 τέρματα).rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2003-04

Τις περιόδους 1999-00, 2000-01, 2005-06 και 2006-07 η ΑΕΚ πραγματοποίησε αξιοπρεπείς πορείες χωρίς όμως να πετύχει κάτι σημαντικό. Την περίοδο 2005-06 που ήταν οι καλύτερη από αυτές της τρεις η ΑΕΚ τερμάτισε στην 2η θέση 3 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά  67 βαθμούς ενώ πέτυχε μόνο 42 τέρματα και δέχτηκε 20, κάτι που δείχνει το αμυντικό σύστημα της ομάδας.rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2005-06 Την αμέσως επόμενη περίοδο τερμάτισε στην 2η θέση 9 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά  62 βαθμούς (60-27 τέρματα).rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2006-07 Την περίοδο 1999-00 τερμάτισε στην τρίτη θέση στο πρωτάθλημα, 26 βαθμούς πίσω από τον πρωταθλητή Ολυμπιακό. Κατέκτησε όμως το κύπελλο νικώντας στον τελικό τον Ιωνικό με σκορ 3-0 ενώ την αμέσως επόμενη χρονιά τερμάτισε στην 3η θέση 17  βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά 61 βαθμούς, πέτυχε 61 τέρματα και δέχτηκε 34.rsssf Ελληνικό πρωτάθλημα 2000-01

 Αποτελέσματα περιόδου 1999-00Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΠΑΟΚ - ΑΕΚ 4-4 
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-2 
Εθνικός Αστέρας - ΑΕΚ1-3
ΑΕΚ - Ηρακλής 3-2 
Πανηλειακός - ΑΕΚ 0-1
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  0-2  
Ιωνικός - ΑΕΚ 1-1 
ΑΕΚ - Άρης  2-0 
ΑΕΚ - ΟΦΗ  1-2
 Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ 2-2 
ΑΕΚ - Παναχαϊκή 3-0  
 Προοδευτική - ΑΕΚ 1-4 
ΑΕΚ - Πανιώνιος 0-1 
 Απόλλων Αθηνών - ΑΕΚ 3-2 
ΑΕΚ - Καβάλα 3-0 
 Τρίκαλα - ΑΕΚ 0-1 
 Καλαμάτα - ΑΕΚ 1-1  ΑΕΚ - ΠΑΟΚ 2-0 
 Παναθηναϊκός - ΑΕΚ 1-0 
 ΑΕΚ - Εθνικός Αστέρας 2-1 
 Ηρακλής - ΑΕΚ 3-1 
 ΑΕΚ - Πανηλειακός 1-0 
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  3-0 
 ΑΕΚ – Ιωνικός   5-1 
 Άρης - ΑΕΚ 1-1 
 ΟΦΗ - ΑΕΚ 1-2 
 ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη 4-1 
 Παναχαϊκή - ΑΕΚ 1-1 
 ΑΕΚ - Προοδευτική 3-2 
 Πανιώνιος - ΑΕΚ  0-2 
 ΑΕΚ - Απόλλων Αθηνών  3-0 
 Καβάλα - ΑΕΚ  0-2 
 ΑΕΚ - Τρίκαλα  2-1
 ΑΕΚ - Καλαμάτα  6-1 

 Αποτελέσματα περιόδου 2000-01Α γύροςΒ γύροςΑΕΚ – Ηρακλής 2-0  
Αθηναϊκός - ΑΕΚ 0-3  
ΑΕΚ - Εθνικός Αστέρας 2-2  
Ιωνικός - ΑΕΚ  0-2  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  4-1  
ΑΕΚ - Παναχαϊκή  2-1  
Καλαμάτα - ΑΕΚ  3-1  
ΑΕΚ - ΠΑΣ Γιάννινα  4-2 
Πανιώνιος - ΑΕΚ  2-0  
ΑΕΚ - Άρης  3-1 
ΟΦΗ - ΑΕΚ  3-3  
ΑΕΚ - Πανηλειακός  2-1  
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-1  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  2-1 
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  2-0  Ηρακλής - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Αθηναϊκός  2-1  
Εθνικός Αστέρας - ΑΕΚ  0-3 
ΑΕΚ - Ιωνικός  2-0  
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  1-2  
Παναχαϊκή - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Καλαμάτα  3-0  
ΠΑΣ Γιάννινα - ΑΕΚ  2-2  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  5-1  
Άρης - ΑΕΚ  0-3 
ΑΕΚ - ΟΦΗ  1-2 
Πανηλειακός - ΑΕΚ  0-3  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  3-2  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  0-1 

 Αποτελέσματα περιόδου 2001-02Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΙωνικός - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Αιγάλεω  4-0  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  2-0  
Εθνικός Αστέρας - ΑΕΚ  2-0  
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  2-0  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Ακράτητος  3-0  
Παναχαϊκή - ΑΕΚ  0-1 
Πανιώνιος - ΑΕΚ  2-6  
ΑΕΚ - Άρης  4-2 
Ηρακλής - ΑΕΚ  3-2  
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  2-3  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  3-2  ΑΕΚ - Ιωνικός  4-0 
Αιγάλεω - ΑΕΚ  1-3  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Εθνικός Αστέρας  1-0  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  2-0  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  3-0 
Ακράτητος - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Παναχαϊκή  4-1  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  2-1  
Άρης - ΑΕΚ  0-3 
ΑΕΚ - Ηρακλής  3-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  4-3  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  6-2

 Αποτελέσματα περιόδου 2002-03Α΄γύροςΒ΄γύροςΑιγάλεω - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - ΠΑΣ Γιάννινα  3-1 
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-0  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Καλλιθέα  1-0  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  1-1  
Ακράτητος - ΑΕΚ  3-2 
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  3-4 
Προοδευτική - ΑΕΚ  1-1  
Ηρακλής - ΑΕΚ  0-2  
ΑΕΚ - Ιωνικός  3-0  
Άρης - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Παναχαϊκή  6-0  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  1-1 ΑΕΚ - Αιγάλεω  3-2  
ΠΑΣ Γιάννινα - ΑΕΚ  0-2  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  2-1  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  3-2  
Καλλιθέα - ΑΕΚ  1-3  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  3-1 
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Ακράτητος  6-2  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Προοδευτική  4-1  
ΑΕΚ - Ηρακλής  6-1  
Ιωνικός - ΑΕΚ  0-3  
ΑΕΚ - Άρης  4-0  
Παναχαϊκή - ΑΕΚ  0-2 
ΑΕΚ - Πανιώνιος  4-2 

 Αποτελέσματα περιόδου 2003-04Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΑιγάλεω - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Ιωνικός  3-0 
Ηρακλής - ΑΕΚ  2-2 
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  2-2  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  2-2 
ΑΕΚ - Χαλκηδόνα  1-2  
Άρης - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  0-1  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  3-1  
Ακράτητος - ΑΕΚ  2-7  
ΑΕΚ - Προοδευτική  3-0  
Πανηλειακός - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  3-0  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  0-2  
ΑΕΚ - Καλλιθέα  1-1 ΑΕΚ - Αιγάλεω  2-2  
Ιωνικός - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Ηρακλής  4-0  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  2-1  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  0-1  
Χαλκηδόνα - ΑΕΚ  2-0  
ΑΕΚ - Άρης  1-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  0-1  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  3-2  
ΑΕΚ - Ακράτητος  1-1  
Προοδευτική - ΑΕΚ  2-4 
ΑΕΚ - Πανηλειακός  1-0 
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  2-2  
Καλλιθέα - ΑΕΚ  1-3 

 Αποτελέσματα περιόδου 2004-05Αιγάλεω - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Κέρκυρα  2-0  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  2-0  
Ηρακλής - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Καλλιθέα  4-1  
Άρης - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  0-0 
Εργοτέλης - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Χαλκηδόνα  1-0  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  1-1  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  1-1 
Ιωνικός - ΑΕΚ  2-3  
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-0  
Καλαμαριά - ΑΕΚ  2-1  ΑΕΚ - Αιγάλεω  1-0  
Κέρκυρα - ΑΕΚ  2-2  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - Ηρακλής  2-1 
Καλλιθέα - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Άρης  1-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Εργοτέλης  3-0  
Χαλκηδόνα - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  2-0  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  2-1 
ΟΦΗ - ΑΕΚ  2-3  
ΑΕΚ - Ιωνικός  0-1  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  0-0  
ΑΕΚ - Καλαμαριά  3-0 

 Αποτελέσματα περιόδου 2005-06Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΑτρόμητος - ΑΕΚ  0-0  
ΑΕΚ - Ηρακλής  2-0  
ΑΕΚ - Αιγάλεω  1-1  
Λάρισα - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  1-3  
Ιωνικός - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  3-0  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  0-2  
ΑΕΚ - Καλλιθέα  2-0  
Ακράτητος - ΑΕΚ  1-2  
Λεβαδειακός - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  2-1  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Καλαμαριά  2-1  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  0-0  ΑΕΚ - Ατρόμητος  2-1  
Ηρακλής - ΑΕΚ  4-0 
Αιγάλεω - ΑΕΚ  0-2  
ΑΕΚ - Λάρισα  1-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  3-0  
ΑΕΚ - Ιωνικός  2-1 
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  2-0  
Καλλιθέα - ΑΕΚ  1-4  
ΑΕΚ - Ακράτητος  2-0  
ΑΕΚ - Λεβαδειακός  2-0  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  2-1  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  2-0  
Καλαμαριά - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  0-0 

 Αποτελέσματα περιόδου 2006-07Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΑΕΚ - ΠΑΟΚ  0-0  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  1-1  
Ατρόμητος - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Ηρακλής  3-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Εργοτέλης  3-1  
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Καλαμαριά  1-0  
Άρης - ΑΕΚ  1-3 
ΑΕΚ - Λάρισα  5-0 
ΑΕΚ - Κέρκυρα  4-1  
Αιγάλεω - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Ιωνικός  2-0  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  0-0 
ΑΕΚ - Πανιώνιος  4-0  ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  2-0  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  3-1  
ΑΕΚ - Ατρόμητος  3-0 
Ηρακλής - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  3-3  
Εργοτέλης - ΑΕΚ  0-0  
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-4  
Καλαμαριά - ΑΕΚ  1-2  
ΑΕΚ - Άρης  3-1  
Λάρισα - ΑΕΚ  0-1  
Κέρκυρα - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Αιγάλεω  5-2  
Ιωνικός - ΑΕΚ  1-5 
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  0-0  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  3-1 

 Αποτελέσματα περιόδου 2007-08Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΒέροια - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Ατρόμητος  2-0  
Λεβαδειακός - ΑΕΚ  0-4  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  0-3  
ΑΕΚ - Λάρισα  1-0  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Ηρακλής  1-2 
Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  2-1  
ΑΕΚ - ΟΦΗ  4-0  
Άρης - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Καλαμαριά  4-0  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  1-0  
Εργοτέλης - ΑΕΚ  1-4  
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  2-0  
Αστέρας Τρίπολης - ΑΕΚ  2-1  ΑΕΚ - Βέροια  5-1  
Ατρόμητος - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Λεβαδειακός  3-0  
ΑΕΚ - Πανιώνιος  2-3 
Λάρισα - ΑΕΚ  1-0  
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  3-0 
Ηρακλής - ΑΕΚ  0-1  
ΑΕΚ - Παναθηναϊκός  1-1  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  1-4 
ΑΕΚ - Άρης  1-1  
Καλαμαριά - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  4-0 
ΑΕΚ - Εργοτέλης  3-1  
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  0-4  
ΑΕΚ - Αστέρας Τρίπολης  2-0 

 Αποτελέσματα περιόδου 2008-09Α΄ γύροςΒ΄ γύροςΑΕΚ - Παναθηναϊκός  2-1 
ΠΑΟΚ - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Ηρακλής  1-0  
Πανιώνιος - ΑΕΚ  2-2  
Ολυμπιακός - ΑΕΚ  2-0 
ΑΕΚ - Λάρισα  1-1  
Θρασύβουλος - ΑΕΚ  3-3  
ΑΕΚ - Αστέρας Τρίπολης  2-1  
Skoda Ξάνθη - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Πανσερραϊκός  0-0  
ΟΦΗ - ΑΕΚ  1-1 
Λεβαδειακός - ΑΕΚ  0-0  
ΑΕΚ - Πανθρακικός  1-0  
Άρης - ΑΕΚ  1-1  
ΑΕΚ - Εργοτέλης  3-2 Παναθηναϊκός - ΑΕΚ  0-0 
ΑΕΚ - ΠΑΟΚ  1-0 
Ηρακλής - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Πανιώνιος  3-0 
ΑΕΚ - Ολυμπιακός  0-1 
Λάρισα - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - Θρασύβουλος  1-0 
Αστέρας Τρίπολης - ΑΕΚ  0-1 
ΑΕΚ - Skoda Ξάνθη  2-1 
Πανσερραϊκός - ΑΕΚ  1-5 
ΑΕΚ - ΟΦΗ  1-0 
ΑΕΚ - Λεβαδειακός  3-1  
Πανθρακικός - ΑΕΚ  1-1 
ΑΕΚ - Άρης  0-1 
Εργοτέλης - ΑΕΚ  1-1

Κύπελλο Ελλάδος
Η ΑΕΚ κατέκτησε δύο κύπελλα στην διάρκεια της δεκαετίας, την περίοδο 1999-2000 και 2001-02. Το 1999-2000 Η ΑΕΚ κατέκτησε το 12ο συνολικά κύπελλο στην ιστορία της ύστερα από μία πολύ καλή πορεία, όπου απέκλεισε διαδοχικά τα Τρίκαλα, τον Ολυμπιακό και τον Πανιώνιο. Στον τελικό επικράτησε του Ιωνικού με σκορ 3-1. Αναλυτικά η πορεία στο κύπελλο.ΕΠΟ, Κύπελλο Ελλάδας 1999-2000] Την περίοδο 2001-02 Η ΑΕΚ κατέκτησε το 13ο συνολικά κύπελλο στην ιστορία της και το τελευταίο μέχρι στιγμής, ύστερα από μία πολύ καλή πορεία, όπου απέκλεισε διαδοχικά τον Άγιο Νικόλαο, τον Κιλκισιακό, τον ΠΑΟΚ και την Ξάνθη. Στον τελικό επικράτησε του Ολυμπιακού με σκορ 3-1. Αναλυτικά η πορεία στο κύπελλοΕΠΟ, Κύπελλο Ελλάδας 2000-2001]

Η ΑΕΚ ήταν φιναλίστ δύο ακόμα χρονιές, την περίοδο 2005-06 οπότε και ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό με σκορ 3-0 και την περίοδο 2008-09 ηττήθηκε τελικά από τον Ολυμπιακό στα πέναλντι μετά από έναν συναρπαστικό αγώνα που έληξε στην παράτηση με σκορ 4-4. Χρειάστηκε να χτυπηθούν συνολικά 32 πέναλντι για να αναδειχθεί νικητής. Ο τελικός αυτός χαρακτηρίστηκε ως ένας από τους κορυφαίους όλων των εποχών.

Η ΑΕΚ πραγματοποίησε κακές πορείες τις περίοδους 2000-01, 2006-07 και 2007-08. Στην διοργάνωση του 2000-01 η ΑΕΚ κληρώθηκε στην φάση των ομίλων στον ίδιο όμιλο με τον Παναθηναϊκό. Τερμάτισε δεύτερη έχοντας πετύχει εντυπωσιακό αριθμό τερμάτων. Στην επόμενη φάση κληρώθηκε με τον Ολυμπιακό. Στον πρώτο επεισοδιακό αγώνα η ΑΕΚ έμεινε με εννέα παίκτες όσο ακόμα το παιχνίδι ήταν 1-1. Ο τότε διευθύνων σύμβουλος της ομάδας Πέτρος Στάθης προέτρεψε τους παίκτες να προσποιηθούν τους τραυματίες ώστε να διακοπεί ο αγώνας, ο οποίος διακόπηκε στο 70 εις βάρος της ΑΕΚ η οποία αποκλείστηκε πρόωρα από την διοργάνωση ύστερα από την βαρεία ήττα στην ρεβάνς από τον Ολυμπιακό με 6-1.Ελευθεροτυπία Διακοπές αγώνων ποδοσφαίρου Την περίοδο 2006-07 η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το Χαϊδάρι από τον πρώτο κιόλας αγώνα που έδωσε. Στον μοναδικό αγώνα που έδωσε η ΑΕΚ στον θεσμό το αποτέλεσμα παρέμεινε 0-0 στην κανονική διάρκεια του αγώνα και στην παράταση ενώ στην διαδικασία των πέναλντι έχασε 5-4.ΕΠΟ Κύπελλο Ελλάδος 2006-07 Την επόμενη χρονιά η ΑΕΚ αποκλείστηκε από τον δεύτερο μόλις γύρο από την ομάδα της Ξάνθης, δίνοντας μόλις δύο αγώνες στον θεσμό.ΕΠΟ Κύπελλο Ελλάδος  2006-07

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 1999-00 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Φάση ομίλωνAEK - Αιγάλεω6-1 1η θέση17pxΑΕΚ - Καρδίτσα 6-1ΑΕΚ - Τρίκαλα2-1ΑΕΚ - Αθηναϊκός3-0ΑΕΚ - Ακράτητος3-0Β΄ ΦάσηΑΕΚ – Τρίκαλα6-0Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Ολυμπιακός3-0 1-1Πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Πανιώνιος4-1 1-2Πρόκριση 17pxΤελικόςΑΕΚ – Ιωνικός 3-0Κυπελλούχος 

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2000-01 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Φάση ομίλωνΑΕΚ -Κοζάνη5-24-1 2η θέση17pxΑΕΚ - Ολυμπιακός Βόλου9-12-1ΑΕΚ -Παναθηναϊκός 3-11-2ΑΕΚ -Εθνικός8-03-0ΑΕΚ - Λάρισα1-02-2Β ΦάσηΑΕΚ - Ολυμπιακός0-2 (α.α.)11-6Αποκλεισμός17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2001-02 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Φάση ομίλωνAEK - Πανσερραϊκός5-05-1 1η θέση17pxΑΕΚ - Ναυπακτιακός Αστέρας4-0 6-3ΑΕΚ - Αιγάλεω2-03-3Β΄ ΦάσηΑΕΚ – Άγιος Νικόλαος 3-01-0Πρόκριση 17pxΓ΄ ΦάσηΑΕΚ – Κιλκισιακός6-0 1-0Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – ΠΑΟΚ2-14-0Πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Ξάνθη0-0 1-0 (παρ)Πρόκριση 17pxΤελικόςΑΕΚ – Ολυμπιακός 2-1Κυπελλούχος 

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2002-03 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Β΄ Φάση ΑΕΚ – Χαλκηδόνα3-13-0Πρόκριση 17pxΓ΄ΦάσηΑΕΚ – Απόλλων Αθηνών2-0 3-0Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Πανιώνιος4-2 1-1Πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – ΠΑΟΚ0-11-1αποκλεισμός 17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2003-04 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Γ΄ΦάσηΑΕΚ – Αγροτικός Αστέρας2-2 2-0Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Ηρακλής1-0 3-2Πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Παναθηναϊκός0-12-2αποκλεισμός 17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2004-05 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Β΄ΦάσηΑΕΚ – Άγιος Δημήτριος3-0 4-1Πρόκριση 17pxΓ΄ΦάσηΑΕΚ – Παναθηναϊκός1-1 3-1Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Πανιώνιος2-00-0πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Ολυμπιακός0-11-2αποκλεισμός 17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2005-06 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Β΄ΦάσηΑΕΚ – ΠΑΣ Γιάννενα3-0Πρόκριση 17pxΓ΄ΦάσηΑΕΚ – Εθνικός1-1 (4-3 πεν.)Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Νίκη Βόλου2-00-0πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Αγροτικός Αστέρας3-00-1πρόκριση 17pxΤελικόςΑΕΚ – Ολυμπιακός 0-3φιναλίστ 17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2006-07Η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το Χαϊδάρι από τον πρώτο κιόλας αγώνα που έδωσε. Στον μοναδικό αγώνα που έδωσε η ΑΕΚ στον θεσμό το αποτέλεσμα παρέμεινε 0-0 στην κανονική διάρκεια του αγώνα και στην παράταση ενώ στην διαδικασία των πέναλντι έχασε 5-4

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2007-08 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Β΄ΦάσηΑΕΚ – Φωστήρας2-0Πρόκριση 17pxΓ΄ΦάσηΑΕΚ – Ξάνθη0-2αποκλεισμός 17px

 Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2008-09 Φάση Αγώνες Εντός  Εκτός  Αποτέλεσμα Πρ./Απ.Β΄ΦάσηΑΕΚ – Ηλυσιακός 2-1 (παρ)Πρόκριση 17pxΓ΄ΦάσηΑΕΚ – Κέρκυρα1-0Πρόκριση 17pxΠροημιτελικάΑΕΚ – Ξάνθη1-01-2πρόκριση 17pxΗμιτελικάΑΕΚ – Πανσερραικός3-10-0πρόκριση 17pxΤελικόςΑΕΚ – Ολυμπιακός 4-4 (14-15 πεν)φιναλίστ 17px

Ευρωπαϊκή πορεία
Την δεκαετία του 2000 η ΑΕΚ συμμετείχε ανελλιπώς στις Ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Έδωσε μάλιστα σχεδόν όσους Ευρωπαϊκούς αγώνες είχε δώσει όλες τις προηγούμενες δεκαετίας μαζί. Συμμετείχε πέντε φορές στην κορυφαία διοργάνωση του Champions League και εννιά στην διοργάνωση του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (τις τέσσερις λόγω πρόωρου αποκλεισμού από το Champions League ή λόγω κατάκτησης της 3ης θέσης στην φάσητων ομίλων). Καλύτερες Ευρωπαϊκές χρονιές της ΑΕΚ ήταν η τριετία 2001-03 και η περίοδος 2006-07. Την τριετία 2001-03 η ΑΕΚ κατάφερε να φτάσει τρεις συνεχόμενες χρονιές στην φάση των 16 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ για να αποκλειστεί τελικά από τις πολύ ισχυρότερες Μπαρτσελόνα, Ίντερ και Μάλαγα. Πιο εντυπωσιακή πρόκριση ήταν η πρόκριση απέναντι στην Γερμανική Μπάγερ Λεβερκούζεν την περίοδο 2000-01. Ήταν και η μοναδική φορά που μία ελληνική ομάδα απέκλειε μία Γερμανική. Οι καλύτερες χρονιές της ΑΕΚ στην διοργάνωση του Champions League ήταν η περίοδος 2002-03 όταν και τερμάτισε τρίτη στον όμιλό της αποσπώντας έξι ισοπαλίες σε έξι αγώνες, απέναντι μάλιστα σε ισχυρούς αντιπάλους όπως η Ρεάλ Μαδρίτης και η Ρόμα και η περίοδος 2006-07 όταν και πέτυχε τις πρώτες τις νίκες σε φάση ομίλων του Champions Leahue. Την περίοδο αυτή τερμάτισε τρίτη στον όμιλό της και συνέχισε στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Η ΑΕΚ δεν πραγματοποίησε καλές πορείες την περίοδο 1999-2000 όταν και αποκλείστηκε στα προκριματικά από την Σουηδική ΑΙΚ Στοκχόλμης, την περίοδο 2003-04 που τερμάτισε τελευταία στον όμιλό της έχοντας αποσπάσει μόνο δύο ισόπαλίες και την περίοδ 2007-08 που αποκλείστηκε από την ισπανική Σεβίλλη ΦΚ. Ακόμα χειρότερη χρονιά ήταν η περίοδος 2008-09 που αποκλείστηκε στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ από την πρώτη κιόλας αναμέτρηση με αντίπαλο την Ομόνοια Λευκωσίας. Η μεγαλύτερη νίκη που σημείωσε η ΑΕΚ αυτή την περίοδο ήταν απέναντι στην αδύναμη Γκρεβενμάχεν από το Λουξεμβούργο με σκορ 6-0, ενώ η μεγαλύτερή της ήττα ήταν από την Μπαρτσελόνα για το κύπελλο ΟΥΕΦΑ της περιόδου 2000-01 με σκορ 5-0 και από την Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης την περίοδο 2004-05 με σκορ 5-1.

Αποτελέσματα

Σύνθεση και Μεταγραφές
Με την φανέλα της ΑΕΚ κατά την δεκαετία του 2000, αγωνίστηκαν σημαντικοί διεθνείς Έλληνες παίκτες αλλά και αξιόλογοι ξένοι παίκτες. Κατά την δεκαετία αυτή, από τους παίκτες που αγωνίστηκαν με την φανέλα της ΑΕΚ ξεχώρισαν  οι  Έλληνες παίκτες Θοδωρής Ζαγοράκης,  Τραϊανός Δέλλας, Κώστας Κατσουράνης, Νίκος Λυμπερόπουλος,  ο Αργεντινός Φερνάντο Νάβας, ο διεθνής Παραγουανός Κάρλος Γκαμάρα, οι  Ιταλοί  Στέφανο Σορεντίνο και  Μπρούνο Τσιρίλο και ο Βραζιλιάνος Ριβάλντο.  Ο Θοδωρής Ζαγοράκης ήρθε στην ΑΕΚ το καλοκαίρι του 2001 και έμεινε μέχρι το καλοκαίρι του 2004. Ο Τραιανός Δέλλας ήρθε στο ξεκίνημα της δεκαετίας και επέστρεψε την περίοδο2005-06. Ο Κώστας Κατσουράνης ήρθε στην ΑΕΚ την περίοδο 2002-03 και έμεινε μέχρι την περίοδο 2005-06.Αρχείο Sport.gr: Έτος έλευσης του Κατσουράνη στην ΑΕΚ το 2002 Ο Νίκος Λυμπερόπουλος ήρθε την περίοδο 2003-04 και αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ κατά την περίοδο 2006-07www.e-soccer.gr  Πρώτοι σκόρερ ανά σεζόν ενώ ο Ριβάλντο αγωνίστηκε στην ΑΕΚ μόνο κατά την περίοδο 2007-08.  Ο Αργεντινός Φερνάντο Νάβας αγωνίστηκε κατά τις περιόδους 2001-02 και 2002-03 και οι Ιταλοί Τσιρίλο και Σορεντίνο αγωνίστηκαν τις περίοδους 2005-06 και 2006-07

Καλή παρουσία είχαν επίσης οι Κοσταρικανοί  διεθνείς Μαουρίτσιο Ράιτ και Βάλτερ Σεντένο που  αγωνίστηκαν την περίοδο 2002-03  και  οι  Πορτογάλοι  Μπρούνο Άλβες και Πάουλο Ασουνσάο που αγωνίστηκαν την περίοδο 2004-05. Οι δύο Πορτογάλοι είχαν σημαντική εξέλιξη στην πορεία της καριέρας τους καθώς αγωνίστηκαν σε μεγάλες Ευρωπαϊκές ομάδες. Επίσης ξεχώρισε ο Αργεντινός Ισμαέλ Μπλάνκο ο οποίος αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ για δύο διαδοχικές χρονιές, την περίοδο 2007-08 και 2008-09

Πολύ  ηχηρές  μεταγραφές  της  δεκαετίας   που  δεν  προσέφεραν  όμως  τα  αναμενόμενα  ήταν  οι  Ντράγκαν Τσίριτς και  Γιάννης Οκκάς
Ο Ντράγκαν Τσίριτς αποτέλεσε μία από τις ακριβότερες μεταγραφές της ΑΕΚ της δεκαετίας. Έπαιξε μία  μόνο  χρονιά  στην  ΑΕΚ , την περίοδο 1999-2000, χωρίς  να  προσφέρει  τα  αναμενόμενα.goal.com  Μεταγραφές που δεν απέδωσαν Ο Οκκάς ήρθε την περίοδο 2003-04 ως αντικαταστάτης του Ντέμη Νικολαΐδη που έφυγε εκείνη την χρονιά, και δεν κατάφερε να προσφέρει πολλά κατά την σύντομη παρουσία του στην ΑΕΚ. Την επόμενη χρονιά αναγκάστηκε να αποχωρήσει λόγω αδυναμίας της ΑΕΚ να τον πληρώσει in.gr/sports Γιάννης Οκκάς

Επίσης  από  τους  παίκτες  που  είχαν  αποκτηθεί  από  την  προηγούμενη  δεκαετία  συνέχισαν  να  έχουν  πολύτιμη  παρουσία  οι  Ντέμης Νικολαΐδης, Άκης Ζήκος, και Βασίλης Τσιάρτας . Ο Ντέμης Νικολαΐδης έφυγε το καλοκαίρι του 2003 για την Ατλέτικο Μαδρίτης. Την χρονιά αυτή είχε προηγηθεί επεισόδιο του παίχτη με τον μεγαλομέτοχο της ομάδας Μάκη Ψωμιάδη. Ο Άκης Ζήκος και ο Βασίλης Τσιάρτας μετά από σύντομη παρουσία στην γαλλική Μονακό και στην ισπανική Σεβίλλη αντίστοχα  επέστρεψαν στην ΑΕΚ πραγματοποιώντας καλές εμφανίσεις. Την δεκαετία αυτή αποχώρησαν από την ενεργό δράση παίκτες με πολύ σημαντική προσφορά στην ΑΕΚ, όπως οι Τόνι Σαβέβσκι και Μιχάλης Κασάπης.

Η ΑΕΚ άλλαζε πολλές φορές ριζικά την σύνθεση της ομάδας. Την περίοδο 1999-2000 προστέθηκαν στο δυναμικό της ΑΕΚ οι: Τραϊανός Δέλλας, Ντράγκαν Τσίριτς, Γκόραν Πέτριτς και Βλαντιμίρ Ματιάσεβιτς, ενώ τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Μίλεν Πέτκοφ. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Μπόμπαν Μπαμπούνσκι, Παράσχος Ζουμπούλης, Ντανιέλ Μπατίστα, Ίλια Ίλιεφ, Γιώργος Δώνης, Κρίστοφερ Ρε, Μπράνκο Μιλοβάνοβιτς και Κέλβιν Σέμπουε.aek.com/history (1999-00)  Το ρόστερ της ΑΕΚ την περίοδο 1999-2000 Την επόμενη χρονιά ήρθαν στην ΑΕΚ οι: Κάρλος Γκαμάρα, Γκρεγκορτζ Μιελκάρσκι, Σέρτζιο Μαρικά, Αντόνιο Φόλια Αντίστοιχα αποχώρησαν οι  Τόνυ Σαβέβσκι και Βάιος Καραγιάννης που αποσύρθηκαν από την ενεργό δράση.aek.com, η ιστορία της ΑΕΚ  το ρόστερ της περιόδου 2001-02

Την περίοδο 2002-03 ήρθαν στην ΑΕΚ οι:  Κώστας Κατσουράνης, Γρηγόρης Γεωργάτος, Δημήτρης Ναλιτζής, Μαουρίτσιο Ράιτ, Βάλτερ Σεντένο, Μίκαελ Κρεκ, Βασίλης Μπορμπόκης. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι  Κάρλος Γκαμάρα, Μπλένταρ Κόλα, Ράμος Ροντρίγκο Φερουζέμ, Γκρέγκορ Μιελκάρσκι.aek.com, η ιστορία της ΑΕΚ  το ρόστερ της περιόδου 2001-02 Την επόμενη χρονιά ήρθαν οι:  Νίκος Λυμπερόπουλος, Γιάννης Οκκάς, Βασίλης Μόρας και Κόφι Αμπονσά. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι  Ντέμης Νικολαΐδης, Βασίλης Τσιάρτας , Ηλίας Ατματζίδης, Βασίλης Μπορμπόκης,  Θοδωρής Ζαγοράκης, Μιχάλης Κασάπης και ο Χρήστος Μαλαδένης. Ριζοσπάστης Μεταγραφές της περιόδου 2003-04aek.com, η ιστορία της ΑΕΚ  το ρόστερ της περιόδου 2003-04

Την περίοδο 2004-05 λόγω των οικονομικών προβλημάτων που αντιμετώπιζε η ΑΕΚ άλλαξε σχεδόν όλη η σύνθεση της ομάδας. Ήρθαν οι Μπρούνο Άλβες, Πάουλο Ασουνσάο, Αλεσσάντρο Σοάρες, Λεωνίδας Καμπάνταης, Σίμος Κρασσάς, Χρήστος  Κόντης,  Χρήστος Μπούρμπος, Ηλίας  Κυριακίδης, Σταύρος Τζιωρτζιόπουλος ενώ τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Νικολά  Μάλμπασα. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι  Βασίλης Τσάρτας, Θοδωρής Ζαγοράκης, Μιχάλης Κασάπης, Ίλια Ίβιτς, Χρήστος Μαλαδένης, Βασίλης Λάκης, Μίκαελ Κρεκ, Γιάννης Οκκάς, Δημήτρης Ναλιτζής, Γρηγόρης Γεωργάτος (είχε αποχωρήσει από τον Ιανουάριο της προηγούμενης χρονιάς).aek.com, η ιστορία της ΑΕΚ  το ρόστερ της περιόδου 2004-05 Την επόμενη χρονιά ήρθαν οι  Στέφανο Σορεντίνο, Μπρούνο Τσιρίλλο, Τραϊανός Δέλλας, Γιώργος Αλεξόπουλος, Μίλτος Σαπάνης, Ολέγκ Βιενγλίνσκι, Λουάι Τσάνκο, Παντελής Καπετάνος και τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Έμερσον Κόστα. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι  Νίκος Κωστένογλου, Μίλεν Πέτκοφ, Μπρούνο Άλβες, Πάουλο Ασουνσάο. Την περίοδο 2006-07  οι Παντελής Καφές, Άκης Ζήκος που επέστρεψε από την Μονακό, Παναγιώτης Λαγός (από τις ακριβότερες μεταγραφές της χρονιάς), Παναγιώτης Κονέ,  Αντρίγια Ντελίμπασιτς,  Γκουστάβο Μαντούκα, Μάρτιν Παουτάσο, Περπαρίμ, Ντάνιελ Τόζερ. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Κώστας Κατσουράνης, Νικολά Μάλμπασα, Μίλτος Σαπάνης, Λουάι Τσάνκο, Όλεγκ Βενγλίνσκι,  Έμερσον Κόστα.

Την περίοδο 2007-08 ξεχώρισε η απόκτηση του Ριβάλντο. Την χρονιά αυτή προστέθηκαν στο δυναμικό της οι  Ριβάλντο , Ισμαέλ Μπλάνκο, Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, Ταμαντανί Ενσαλίβα Μωχάμεντ Καλλόν , Σίλβα Ράμος, Μαρσέλλο Μορέτο, Γιούργκεν Μάχο, Ζεράλδο Άλβες, Χάρης Παππάς και Μανού. Τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Εντίνιο. Αποχώρησαν αντίστοιχα οι Βασίλης Λάκης, Στέφανο Σορεντίνο, Μπρούνο Τσιρίλο, Μάρτιν Παουτάσο, Ιφεάνι Ουντέζε, Λεωνίδας Καπάνταης,  Αντρέ Ντελίμπασιτς.aek.com, η ιστορία της ΑΕΚ  το ρόστερ της περιόδου 2007-08 Την επόμενη χρονιά στο δυναμικό της ΑΕΚ προστέθηκαν οι Νάτσο Σκόκο ,Ντανιέλ Μαιστόροβιτς, Σωτήρης Κυργιάκος, Άγγελος Μπασινάς, Ράφικ Τζεμπούρ, Αγκουστίν Πελετιέρι, Σεμπαστιάν Σάχα και Χουανφράν. Αποχώρησαν οι Νίκος Λυμπερόπουλος, Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, Ριβάλντο (αποχώρησε στο ξεκίνημα της σεζόν), Σωκράτης Παπασταθόπουλος, Φεντερίκο Ασκάρατε, Παντελής Καπετάνος, Ζούλιο Σέζαρ, Χρήστος Μπούρμπος, Μαρσέλο Μορέτο, Μανού.

 Σύνθεση την περίοδο 1999-00ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Ηλίας Ατματζίδης2220px Διονύσης Χιώτης1520px Χρυσόστομος ΜιχαηλίδηςΑμυντικοί220px Τραϊανός Δέλλας520px Κωστένογλου Νίκος3220px Μιχάλης Καψής1720px Μιχάλης Κασάπης120px Νίκος Γεωργέας320px Γκόραν Πέτριτς2120px Βάιος Καραγιάννης1820px Ευριπίδης Κατσαβός2520px Γιάννης ΚαλλιτζάκηςΜέσοι620px Δημήτρης Μάρκος1620px Άρναρ Γκρέταρσον720px Χρήστος Μαλαδένης820px Χάρης Κοπιτσής1020px Ντράγκαν Τσίριτς1420px Άκης Ζήκος2320px Βασίλης Λάκης2820px Μίλεν Πέτκοφ820px Τόνι ΣαβέβσκιΕπιθετικοί1120px Ντέμης Νικολαΐδης2420px Χρήστος Κωστής2020px Σωτήρης Κωνσταντινίδης920px Νέναντ ΜπιέκοβιτςΠροπονητήςCoach20px Λιούμπισα Τουμπάκοβιτς (1-13)Coach20px Γιάννης Παθιακάκης (14-30)

 Σύνθεση την περίοδο 2000-01ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Ηλίας Ατματζίδης2220px Διονύσης Χιώτης1520px Χρυσόστομος ΜιχαηλίδηςΑμυντικοί220px Τραϊανός Δέλλας520px Κωστένογλου Νίκος3220px Μιχάλης Καψής1720px Μιχάλης Κασάπης120px Νίκος Γεωργέας8120px Ροντρίγκο Φερουζέμ2120px Βάιος ΚαραγιάννηςΜέσοι620px Θοδωρής Ζαγοράκης720px Χρήστος Μαλαδένης1020px Βασίλης Τσιάρτας3020px Ίλια Ίβιτς3320px Φερνάντο Νάβας1920px Μπλένταρ Κόλα1420px Άκης Ζήκος2320px Βασίλης Λάκης2320px Μίλεν Πέτκοφ820px Τόνι Σαβέβσκι820px Χάρης Κοπιτσής3020px Εμμανουέλ ΡουίςΕπιθετικοί1120px Ντέμης Νικολαΐδης2420px Χρήστος Κωστής2020px Σωτήρης ΚωνσταντινίδηςΠροπονητήςCoach20px Γιάννης Παθιακάκης (1-13)Coach20px Τόνι Σαβέβσκι (14-26)

 Σύνθεση την περίοδο 2001-02ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Ηλίας Ατματζίδης2220px Διονύσης Χιώτης2720px Σωτήρης ΛυμπερόπουλοςΑμυντικοί420px Κάρλος Γκαμάρα520px Κωστένογλου Νίκος3220px Μιχάλης Καψής1720px Μιχάλης Κασάπης120px Νίκος Γεωργέας8120px Ροντρίγκο Φερουζέμ2120px Βάιος ΚαραγιάννηςΜέσοι620px Θοδωρής Ζαγοράκης720px Χρήστος Μαλαδένης3020px Ίλια Ίβιτς3320px Φερνάντο Νάβας1920px Μπλένταρ Κόλα1020px Βασίλης Τσιάρτας1420px Άκης Ζήκος2320px Βασίλης Λάκης2320px Μίλεν ΠέτκοφΕπιθετικοί1120px Ντέμης Νικολαϊδης2420px Χρήστος Κωστής920px Γκρεγκόρ Μιελκάρσκι2020px Σωτήρης ΚωνσταντινίδηςΠροπονητήςCoach20px Φερνάντο Σάντος

 Σύνθεση την περίοδο 2002-03ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Ηλίας Ατματζίδης2220px Διονύσης Χιώτης3320px Χρυσόστομος ΜιχαηλίδηςΑμυντικοί820px Μίκαελ Κρεκ520px Κωστένογλου Νίκος620px Θοδωρής Ζαγοράκης3220px Μιχάλης Καψής1720px Μιχάλης Κασάπης120px Νίκος Γεωργέας1920px Μαουρίτσιο ΡάιτΜέσοι620px Θοδωρής Ζαγοράκης720px Χρήστος Μαλαδένης3020px Ίλια Ίβιτς2120px Κώστας Κατσουράνης3120px Γρηγόρης Γεωργάτος1020px Βασίλης Τσιάρτας220px Βασίλης Μπορμπόκης2320px Βασίλης Λάκης1820px Βάλτερ ΣεντένοΕπιθετικοί1120px Ντέμης Νικολαϊδης920px Δημήτρης Ναλιτζής2020px Σωτήρης ΚωνσταντινίδηςΠροπονητήςCoach20px Ντούσαν Μπάγεβιτς

 Σύνθεση την περίοδο 2003-04ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Χρυσόστομος Μιχαηλίδης2220px Διονύσης Χιώτης8420px Γιάννης ΑραμπατζήςΑμυντικοί420px Βαγγέλης Μόρας520px Κωστένογλου Νίκος3220px Μιχάλης Καψής1720px Μιχάλης Κασάπης120px Νίκος Γεωργέας320px Κόφι ΑμπονσάΜέσοι620px Θοδωρής Ζαγοράκης720px Χρήστος Μαλαδένης3020px Ίλια Ίβιτς2120px Κώστας Κατσουράνης3120px Γρηγόρης Γεωργάτος7820px Ιβάν Ρούσεφ220px Βασίλης Μπορμπόκης2320px Βασίλης ΛάκηςΕπιθετικοί1020px Σωτήρης Κωνσταντινίδης3320px Νίκος Λυμπερόπουλος8820px Δημήτρης Ναλιτζής920px Γιάννης ΟκκάςΠροπονητήςCoach20px Ντούσαν Μπάγεβιτς (1-19)Coach20px Ίλιε Ντουμιτρέσκου (20-30)

 Σύνθεση την περίοδο 2004-05ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Χρυσόστομος Μιχαηλίδης2220px Διονύσης Χιώτης8420px Γιάννης ΑραμπατζήςΑμυντικοί420px Βαγγέλης Μόρας520px Κωστένογλου Νίκος620px Γιώργος Αλεξόπουλος420px Μπρούνο Άλβες1420px Σταύρος Τζιωρτζόπουλος3920px Χρήστος Κόντης3120px Νίκος Γεωργέας320px Νικολά Μάλμπασα320px Κόφι ΑμπονσάΜέσοι720px Αλεσάντρε Σοάρες1720px Βλάνταν Ίβιτς2120px Κώστας Κατσουράνης3020px Κρασσάς Σίμος7820px Πάουλο Ασουνσάο3920px Γρηγόρης ΤόσκαςΕπιθετικοί1020px Σωτήρης Κωνσταντινίδης3320px Νίκος Λυμπερόπουλος3520px Ηλίας Κυριακίδης2020px Ηλίας Σολάκης9920px Ζούλιο ΣέζαρΠροπονητήςCoach20px Φερνάντο Σάντος

 Σύνθεση την περίοδο 2005-06ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες120px Στέφανο Σορεντίνο2220px Διονύσης Χιώτης8420px Γιάννης ΑραμπατζήςΑμυντικοί420px Βαγγέλης Μόρας520px Μπρούνο Τσιρίλο620px Γιώργος Αλεξόπουλος1420px Σταύρος Τζιωρτζόπουλος1520px Σωκράτης Παπασταθόπουλος3120px Νίκος Γεωργέας320px Μάλμπασα ΝικολάΜέσοι720px Αλεσάντρε Σοάρες2120px Κώστας Κατσουράνης3020px Κρασσάς Σίμος1720px Βλάνταν Ίβιτς2820px Μπούρμπος Χρήστος2020px Βασίλης Πλιάτσικας2320px Βασίλης Λάκης2520px Έμερσον Κόστα2720px Τσάνκο Λούι1020px Παναγιώτης ΚονέΕπιθετικοί820px Μίλτος Σαπάνης3320px Νίκος Λυμπερόπουλος3520px Παντελής Καπετάνος7920px Λεωνίδας Καμπάνταης9920px Ζούλιο Σέζαρ1120px Όλεγκ ΒιενλίνσκιΠροπονητήςCoach20px Φερνάντο Σάντος
 Σύνθεση την περίοδο 2006-07ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες2820px Στέφανο Σορεντίνο2220px Διονύσης Χιώτης8420px Γιάννης Αραμπατζής8520px Γιάννης ΦυσέκηςΑμυντικοί420px Βαγγέλης Μόρας520px Μπρούνο Τσιρίλο620px Γιώργος Αλεξόπουλος1320px Μάρτιν Παουτάσο1420px Σταύρος Τζιωρτζόπουλος1520px Σωκράτης Παπασταθόπουλος3120px Νίκος Γεωργέας5520px Τραϊανός ΔέλλαςΜέσοι120px Παντελής Καφές720px Ηλίας Κυριακίδης1020px Παναγιώτης Κονέ1620px Άκης Ζήκος1720px Βλάνταν Ίβιτς1920px Παναγιώτης Λαγός2020px Βασίλης Πλιάτσικας2320px Βασίλης Λάκης2520px Έμερσον5620px Πρεπαρίμ Χετεμάι8820px Ντάνιελ ΤόζερΕπιθετικοί1120px Γκουστάβο Μαντούκα3320px Νίκος Λυμπερόπουλος3520px Παντελής Καπετάνος7920px Λεωνίδας Καμπάνταης9920px Ζούλιο ΣέζαρΠροπονητήςCoach20px Λορέντζο Σέρα Φερέρ
 Σύνθεση την περίοδο 2007-08ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες3220px Μαρσέλο Μορέτο5020px Γιούργκεν Μάχο8420px Γιάννης ΑραμπατζήςΑμυντικοί220px Έντσον Ράμος320px Ροδόλφο Αρουαμπαρένα420px Ζεράλντο Άλβες520px Τραϊανός Δέλλας620px Γιώργος Αλεξόπουλος1420px Φεντερίκο Ασκάρατε1520px Σωκράτης Παπασταθόπουλος3120px Νίκος ΓεωργέαςΜέσοι120px Παντελής Καφές720px Χάρης Παππάς820px Ταμαντανί Ενσαλίβα1020px Ριβάλντο1620px Άκης Ζήκος1920px Παναγιώτης Λαγός2020px Μανού2220px Παναγιώτης Κονέ2520px Βασίλης Πλιάτσικας2720px Χρήστος Μπούρμπος3420px Παναγιώτης Ταχτσίδης8820px Ντάνιελ ΤόζερΕπιθετικοί920px Παντελής Καπετάνος1120px Γκουστάβο Μαντούκα1820px Ισμαέλ Μπλάνκο2320px Μοχάμεντ Καλόν3320px Νίκος Λυμπερόπουλος3620px Εντίνιο8020px Γιώργος Τόφας8320px Μιχάλης Παυλής9920px Ζούλιο ΣέζαρΠροπονητήςCoach20px Λορέντσο Σέρρα Φερέρ (1-20)Coach20px Νίκος Κωστένογλου (21-30)
 Σύνθεση την περίοδο 2008-09ΝούμεροΕθνικότηταΠοδοσφαιριστήςΤερματοφύλακες2320px Σεμπάστιαν Σάχα7720px Γιούργκεν Μάχο8420px Γιάννης ΑραμπατζήςΑμυντικοί220px Έντσον Ράμος420px Ζεράλντο Άλβες520px Ντάνιελ Μαϊστόροβιτς620px Γιώργος Αλεξόπουλος720px Χουανφράν1320px Δημήτρης Κουτρομάνος2520px Σωτήρης Κυργιάκος3120px Νίκος Γεωργέας 12px|Αρχηγός ποδοσφαιρικής ομάδας9020px Σάββας ΓκέντσογλουΜέσοι120px Παντελής Καφές820px Ταμαντανί Ενσαλίβα1420px Άγγελος Μπασινάς1620px Βασίλης Πλιάτσικας1720px Αντώνης Ρίκκα1920px Παναγιώτης Λαγός2420px Αγκουστίν Πελετιέρι3420px Παναγιώτης Ταχτσίδης5620px Περπαρίμ ΧετεμάιΕπιθετικοί920px Εντίνιο1020px Ραφίκ Τζεμπούρ1120px Γκουστάβο Μαντούκα1820px Ισμαέλ Μπλάνκο2020px Νέιθαν Μπέρνς3220px Νάτσο Σκόκο4020px Παναγιώτης Ζορμπάς8320px Μιχάλης ΠαυλήςΠροπονητήςCoach20px Γιώργος Δώνης (1-10)Coach20px Ντούσαν Μπάγεβιτς (11-30)

Προπονητές
Κατά την δεκαετία αυτή η ΑΕΚ άλλαζε πολύ συχνά προπονητές. Από τους προπονητές που πέρασαν από την ΑΕΚ αυτή την περίοδο ξεχώρισαν οι Φερνάντο Σάντος, Λορέντσο Σέρρα Φερέρ και ο Ντούσαν Μπάγεβιτς που επέστρεψε στην ΑΕΚ το καλοκαίρι του 2002 αλλά και τον Νοέμβριο του 2008.

Προπονητής της ΑΕΚ για την αγωνιστική περίοδο 1999-2000 ανέλαβε ο Λιούμπισα Τουμπάκοβιτς,aek.com  Βιογραφίες προπονητών της ΑΕΚ ο οποίος αποχώρησε την 13η αγωνιστική αφού η ομάδα μέχρι τότε σεν είχε βρει το ρυθμό της. Τον διαδέχτηκε μέχρι το τέλος του πρωταθλήματος ο Γιάννης Παθιακάκης. Η ΑΕΚ  ξεκίνησε την επόμενη χρονιά  με προπονητή τον Γιάννη Παθιακάκη, ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο της ΑΕΚ μέχρι την 13η αγωνιστική. Τον διαδέχτηκε ο Τόνι Σαβέβσκι που αποχώρησε από την ενεργό δράση την χρονιά αυτή. Την περίοδο 2001-02 ανέλαβε προπονητής της ΑΕΚ ο Πορτογάλος Φερνάντο Σάντος. Την επόμενη χρονιά επέστρεψε στον πάγκο της ΑΕΚ μετά από επτά χρόνια ο Ντούσαν Μπάγεβιτς . Ο Ντούσαν Μπάγεβιτς ξεκίνησε και την περίοδο 2003-04, αλλά αποχώρησε τον Ιανουάριο του 2004, σε μία περίοδο που η πορεία της ομάδας δεν ήταν καλή και η ένταση στις σχέσεις του με τους οπαδούς της ΑΕΚ είχε ενισχυθεί. Τον διαδέχτηκε στο υπόλοιπο της χρονιάς ο Ίλιε Ντουμιτρέσκου

Την περίοδο 2004-05 επέστρεψε στον πάγκο της ΑΕΚ ο Φερνάντο Σάντος που παρέμεινε στην θέση του προπονητή για δύο χρόνια. την αγωνιστική  περίοδο  2006-07 προπονητής της ΑΕΚ ανέλαβε ο Ισπανός Λορένθο Σέρα Φερέρ. Ο Φερέρ συνέχισε  και την περίοδο 2007-08 όπου παρέμεινε στον πάγκο μέχρι την 20η αγωνιστική. Τον διαδέχτηκε στην συνέχεια ο Νίκος Κωστένογλου . Για την περίοδο 2008-09 ανέλαβε ο Γιώργος Δώνης ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο της ΑΕΚ μόνο για έντεκα αγωνιστικές και αποχώρησε λόγω της πολύ κακής πορείας της ομάδας μέχρι εκείνη την στιγμή. Τον διαδέχτηκε για την συνέχεια του πρωταθλήματος ο Ντούσαν Μπάγεβιτς ο οποίος επέστρεψε στην ΑΕΚ για τρίτη φορά.

Διοίκηση
Η δεκαετία του 2000 ήταν μία από τις πιο ταραγμένες δεκαετίες διοικητικά στην ιστορία της ΑΕΚ. Την περίοδο 1999-2000 ο έλεγχος της ΑΕΚ πέρασε από την ΕΝΙΚ στην Ολλάνδική εταιρία Net Med.Αδέσμευτος τύπος Διοικητική ιστορία της ΑΕΚ. Πρόεδρος ανέλαβε ο Κορνήλιος Σιρχάουζ που έγινε ο πρώτος αλλοδαπός πρόεδρος στην ιστορία της ΑΕΚ. Διευθύνων σύμβουλος ήταν ο Πέτρος Στάθης. Το 2001 ο έλεγχος της ΠΑΕ πέρασε στον  Μάκη Ψωμιάδη και χρέη προέδρου την περίοδο αυτή εκτελούσε ο ξάδερφος του Χαρίλαος Ψωμιάδης. Ο Ψωμιάδης  παρέμεινε στην διοίκηση της ΑΕΚ μέχρι τις αρχές του 2003 και αποχώρησε λίγο μετά τις καταγγελίες του Ντέμη Νικολαΐδη για την έφοδο που πραγματοποίησε ο Μάκης Ψωμιάδης στο σπίτι του Καθημερινή 16-1-2003  Μαφιόζικη... έφοδος Την περίοδο αυτή η οικονομική κατάσταση της ομάδας επιδεινώθηκε.  Στην συνέχεια ανέλαβε τις τύχες της ομάδας η ερασιτεχνική με πρόεδρο τον Γιάννη Γρανίτσα. Την περίοδο 2004-05 η ΑΕΚ πέρασε σε ομάδα επιχειρηματιών με πρόεδρο τον Ντέμη Νικολαΐδη. Στο ξεκίνημα αυτής της περιόδου η ΑΕΚ αντιμετώπιζε μεγάλα οικονομικά προβλήματα και έφτασε να απειλείται με υποβιβασμό στην Δ΄Εθνική. Τελικά η διοίκηση Νικολαΐδη πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44 με αποτέλεσμα η ΑΕΚ να ξεπεράσει προσωρινά τον σκόπελο των χρεών. Παράλληλα η διοίκηση προχώρησε σε κάποιες μεταγραφικές κινήσεις που είχαν ως αποτέλεσμα την καλή πορεία στο πρωτάθλημα. Ο Ντέμης Νικολαΐδης παραιτήθηκε από την προεδρία το φθινόπωρο του 2008 ως αποτέλεσμα της κακής πορείας της ομάδας και της διαμάχης του με μερίδα οπαδών. Επόμενος πρόεδρος  ανέλαβε ο Γιώργος Κιντής.

Το γήπεδο της ΑΕΚ
Την δεκαετία αυτή η ΑΕΚ βρέθηκε χωρίς έδρα. Στο τέλος της περιόδου 2002-03 κατεδαφίστηκε το γήπεδο της Νέας Φίλαδέλφειας.Ελευθεροτυπία Σε ένα μήνα κλείνει η Νέα Φιλαδέλφεια  το οποίο είχε υποστεί αρκετές ζημιές στον μεγάλο σεισμό της Αττικής το 1999. Την επόμενη χρονιά η ΑΕΚ αντιμετώπιζε και πρόβλημα έδρας και έδωσε τους  περισσότερους αγώνες της  στα γήπεδα της Νέας Σμύρνης και των Άνω Λιοσίων. Από την περίοδο 2004-05 καθιέρωσε ως έδρα της το Ολυμπιακό στάδιο της Αθήνας.

Διάγραμμα της πορείας της ΑΕΚ
Θ  3η   3η   2η    3η    4η    3η   2η   2η    3η (2η) 1   3η (4η)1  1            2         3       4 5 67Τερμ. 69-3961-3465-2870-2757-3246-2242-2060-2765-1740-24Αγ. περ. 1999-2000 2000-20012001-20022002-20032003-20042004-20052005-20062006-20072007-20082008-2009

1 Θέση που κατέλαβε μετά τα play-off. Σε παρένθεση η θέση που κατέλαβε στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος

Παραπομπές

ΑΕΚ 2000
Κατηγορία:Αθλητική Ένωση Κωνσταντινουπόλεως (ποδόσφαιρο)