Органик донъя системаһы

Органик донъя системаһы — хәҙерге ваҡытта һәм элек йәшәгән бөтә организмдарҙы һүрәтләү, төркәмләү нигеҙендә билдәле тәртиптә эшләнгән схемаһы. Тере организмдар бер нисә миллион төрҙө тәшкил итә.Ошо тиклем күп төрлөлөкте биологик систематика өйрәнә.

Төп бурысы — төркөмләү (классификация) нигеҙендә органик донъяныңСтатья «Система органического мира» в Большой советской энциклопедии системаһын төҙөү.


Йәнле тәбиғәт таксоно́мияһы. 

Фәнни дәирәләрҙә бер үк төркөмдең систематик статусы тураһында уртаҡ фекер булмағанлыҡтан, тәҡдим ителгән систематика дөйөм килешелгән (консенсус) структура булып тора.

 Күҙәнәкһеҙҙәр 

Күҙәнәк төҙөлөштәре булмаған тереклек эйәләре төркөме. «Күҙәнәкһеҙҙәр» йыш ҡына «вирус» һүҙенә синоним булараҡ ҡулланыла. 

Термин 2003 йылда, быға тиклем билдәле булған вирустар араһында иң ҡатмарлыһы тип танылған мимивирусты тапҡандан һуң индерелә. Уның күҙәнәклеләр төҙөлөшлөнән үҫешкән (эволюцияның дегенерация формаһы) тигән фараз бар. 

Вирустарҙан тыш күҙәнәкһеҙҙәргә вироидтарҙы, вирусоидтарҙы, шулай уҡ, ДНК йәки РНК (миҫал, приондар) формаһында шифрлы геномы булмаған инфекцион агенттарҙы индерәләр.

 Вирустар 

Күҙәнәкһеҙ инфекцион агент, тере күҙәнәктәрҙең эсендә генә тереклек үҙсәнлектәре күрһәтә һәм үрсей ала. 

Организмдарҙың бөтә тибын да зарарлай: үҫемлектәр һәм хауйандарҙан башлап бактериялар и архейҙарға тиклем (бактериялар вирусын бактериофагтар тип атайҙар). 

Шулай уҡ, икенсе вирустарҙы зарарлаусы вирустар (вирус-сателлиттар).

 Балтимор буйынса классификация 

Нобель премияһы лауреаты биолог Дейвид Балтимор буйынса вирустарҙы классификациялау
нигеҙҙәрен эшләй. Был 7 төп төркөмде эсенә ала.:

 (I) Ике сылбырлы ДНК-һы булған һәм РНК-стадииһы булмаған вирустар (Мәҫәлән, герпесвирустар, поксвирустар, паповавирустар, мимивирус).
 (II) Бер сылбырлы ДНК-лы вирустар (мәҫәлән, парвовирустар). Ыңғай поляр ДНК-лы.
 (III) Ике сылбырлы РНК -лы вирустар (мәҫәлән, ротавирусы).
 (IV) Бер сылбырлы ыңғай поляр РНК-лы вирустар (мәҫәлән, пикорнавирусы, флавивирусы).
 (V) Бер сылбырлы негатив йәки икеләтә полярлы РНК-лы негатив йәки икеләтә полярлы
 мәҫәлән, ортомиксовирустар, филовирустар) вирустар
 (VI) Бер сылбырлы ынғай молекулалы РНК -һы булған һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған ретровирустар (мәҫәлән, ВИЧ).
 (VII) Ике сылбырлы ДНК-лы һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған, ретроид вирустар (мәҫәлән, гепатит B вирусы)..

 Вироидтар 

Үҫемлектәрҙең патогендары юғары комплементарлы, ҡулсалы, бер сылбырлы РНК молекулаларынан ғибәрәт. Бер нисә йөҙ нуклеотидтарҙан торған ҡыҫҡа ғына фрагметтар фиғылындағы йән эйәләре. Вирустарға хас булған тышсалары юҡ. 

Иң бәләкәй вироид scRNA (кес кенә цитоплазматик РНК)- дөгөне зарарлай торған вирустың(вируса жёлтой крапчатости) паразиты (англ. RYMV, rice yellow mottle sobemovirus), бары 220 нуклеотидтан ғына тора. 

Сағыштырыу өсөн: әлегә тиклем билдәле вирустарҙан иң иң бәләкәй вирустың геномы 2000 нуклеотидтан тора. Вироидтар Теодор О. Динерhttp://www.ars.usda.gov/is/timeline/viroid.htm Tracking the Elusive Viroid  тарафынан асылған һәм ошо атамаһы бирелгән.

 Күҙәнәклеләр 

 Прокариоттар 

Бер күҙәнәкле тере организмдар, (эукариотарҙан айырмалы) күҙәнәк ядроһы һәм мембраналы органоидтары (тик, цианобактерияларҙа ғына цистерна фиғылында фотосинтезлаусы, мембраналар була) юҡ. 

Прокариот күҙәнәктәрҙә ДНК молекулаһының төргәгендә гистон -аҡһымдар юҡ, йәғни ДНК-гистон береге-хроматин булмай. Шулай уҡ,уны цитоплазманан сикләүсе тышса ла булмай. 

Туҡланыу тибы- осмос. Берҙән-бер дәү ҡулса фиғылындағы (ҡайҙыларында—буй) ике сылбырлы ДНК молекулаһында (нуклеоид) нәҫел мәғлүмәтен һаҡлаған төп өлөше бер туҡтауһыҙ эшләп тора. 

Прокариотарға бактериялар, цианобак-териялар (күкле-йәшелле ылымыҡтар) һәм архейҙар керә. Эукариот күҙәнәктәрҙең органоидтары- митохондриялар һәм пластидтарҙы прокариот күҙәнәктәрҙең вариҫтары тип һанайҙар. Прокариотарҙы домен рангаһында (надцарство) ике таксонға : Бактерилар (Bacteria) һәм Архейҙар(Archaea)  төркөменә бүләләр.

 Архейҙар 

Архейҙар — ядроһыҙ һәм шулай уҡ, бер генә лә мембраналы органоидтары булмаған бер күҙәнәкле микроорганизмдар.

Архейҙарҙы 5 типҡа бүлеп йөрөтәләр. Араһында күпмелер дәрәжәлә яҡшыраҡ өйрәнелгәне: кренархеоттар (лат. Crenarchaeota) һәм эвриархеоттар (лат. Euryarchaeota). 

Архейҙарҙы өйрәнеү бик тә ҡатмарлы, сөнки, күптәре бер ҡасан да шарттарҙа үрсетеп ҡаралмаған. Бары йәшәү урындарынан алынған нуклеин кислотаһы өлгөләренә(алынмаларына) анализ буйынса ғына беләләр. 

Күпселеге — хемоавтотрофтар. Улар эукариоттарға ҡарағанда күберәк төр энергия сығанаҡтары ҡулланалар: шәкәрҙәнҙән башлап, аммиак, металл иондары һәм водородҡа тиклем. Тоҙға сыҙамлы архейҙар — галоархеҙар (лат. Haloarchaea) — ҡояш энергияһын файҙалана, икенселәре — углеродты.

Енси булмаған юл менән үрсейҙәр: бинар (урталай) бүленеү, фрагменттарҙан һәм бөрөләнеү. Бактерияларҙан һәм эукариоттарҙан айырмалы, архейҙар спора барлыҡҡа килтермәй.
 Crenarchaeota
 Termoprotei
 Euryarchaeota
 Methanobacteria
 Methanococci
 Halobacteria
 Thermoplasmata
 Thermococci
 Archaeoglobi
 Methanopyri
 Nanoarchaeota
 Korarchaeota

 Бактериялар 

Домен (юғары батшалыҡ). Прокариот (ядероһыҙ) микроорганизмдар, одноклеточных. Ун мең тирәһе төр бактериялар билдәле. Ләкин миллиондан ашы төр булырға тейеш тип фараз ителә.ларға ҡарата төр төшөнсәһен ҡулланыу ҡыйынлыҡтар тыҙыра.

Бактерияларҙы микробиологияныү бер тармағы — бактериология өйрәнә.

Төркөмләү күҙәнәк диуарынының (стенкаһының) төҙөлөшенә ҡарап, йәни фенотип нигеҙендә эшләнә. (IX нәшер , Определителя бактерий Берги (1984—1987)).

Эре таксономик төркөм булып 4 бүлек тора: Gracilicutes (грамм-тиҫкәре), Firmicutes (грамм-ыңғай), Tenericutes (микоплазмалар; берҙән-бер класы Mollicutes) һәм Mendosicutes (архейҙар).

 Aquificae
 Thermotogae
 Thermodesulfobacteria
 Deinococcus-Thermus
 Chrysiogenetes
 Chloroflexi
 Thermomicrobia
 Nitrospirae
 Deferribacteres
 Сине-зелёные водоросли (Cyanobacteria)
 Chlorobi
 Proteobacteria
 Alphaproteobacteria
 Betaproteobacteria
 Deltaproteobacteria
 Epsilionproteobacteria
 Firmicutes
 Clostridia
 Mollicutes
 Bacilli
 Actinobacteria
 Planctomycetes
 Chlamydiae
 Spirochaetes
 Fibrobacteres
 Acidobacteria
 Bacteroidetes
 Bacteroides
 Flavobacteria
 Sphingobacteria
 Fusobacteria
 Verrucomicrobia
 Dictyoglomi
 Gemmatimonadetes

 Эукариоттар 

Домен (юғары батшалыҡ). Күҙәнәктәрендә ядроһы булған тере организмдарҙы үҙ эсенә ала.  Бактерия һәм архейҙарҙан башҡалары бөтәһе лә ядролы. (Иҫкәрмә:вирустар, вироидтар һәм вирусоидтарҙы тере организмдар тип һанамаусы биологтар бар). 

Хайуандар, үҫемлектәр, бәшмәктәр, протистар тип аталған йыйылма төркөм дә — эукариоттар. Улар бер күҙәнәкле һәм күп күҙәнәкле булырға мөмкин, әммә бөтәһенең дә күҙәнәктәре берүк төрлө төҙөлөш планына эйә. 

Был ядролы төҙөлөшле организмдар юғары рангалағы монофилетик таксон итеп ҡарала. 

Фараздарҙың күптәре эукариоттар 1,5-2 млрд йыл элек барлыҡҡа килгән тигән фекерҙә тҡтала. Эукариоттар эволюцияһында симбиогенез — эукариот күҙәнәк (ядролы һәм фагоцитозға һәләтле) менән уның тарафынан йотолған бактерия(митохондрия һәм пластидтарҙың башланғысы) күҙәнәге араһында симбиоз ҙур әһәмиәткә эйә булған тип һанала.

Амёба һымаҡтар

 Tubulinea Smirnov et al., 2005
 Flabellinea Smirnov et al., 2005
 Stereomyxida Grell, 1966
 Acanthamoebidae Sawyer and Griffin, 1975
 Entamoebida Cavalier-Smith, 1993
 Mastigamoebidae Goldschmidt, 1907
 Pelomyxa Goldschmidt, 1907
 Eumycetozoa Zopf, 1884, emend. Olive, 1975 [Mycetozoa de Bary, 1873]

Opisthokonta

Бәшмәктәрҙе, хайуандарҙы, шулай уҡ, башҡа эукариот микроорганизмдарҙы үҙ эсенә ала.  Уларҙы Choanozoa тибына керетеүселәр бар.  Ә ҡайһы бер тикшереүселәр Протистар (Protista)[9] йәки Иң ябайҙар (Protozoa) — P. 3—13.  — .  — .  батшалығына бүлә (башҡа классификацияларҙа улар таксон сифатында ҡабул ителмәй). Бөтә генетик һәм ультраструктур тикшереүҙәр был ике төркөмдең монофилик икәнлеген дөрөҫләй.

 Бәшмәктәр 

Йәнле тәбиғәт батшалығы. Эукариоттар. Үҫемлектәргә лә, хайуандарға ла хас үҙсәнлектәргә эйәләр. 

Оҙаҡ ваҡыт бәшмәктәрҙе ботаника фәне эсендә бер бүлек итеп өйрәнә инеләр. Хәҙерге систематикала бәшмәктәр айырым батшалыҡ. 

Бәшмәктәрҙе өйрәнеүсе фән микология тип атала.
 Базидиомицеттар — Basidiomycota de Barry 1866, emend. Schaffer, 1975
 Urediniomycetes Swann and Taylor, 1995
 Ustilaginomycetes Bower, Oberw, and Vanky, 1997
 Аскомицеттар — Ascomycota Berkeley, 1857
 Микроспоридиялар — Microsporidia Balbiani, 1882
 Glomeromycota Schussler et al., 2001 [Glomales Morton and Benny, 1990; Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998]
 Зигомицеттар — Zygomycota Fischer, 1892, emend. Benny et al., 2001
 Хитридиомицеттар — Chytridiomycetes de Barry, 1863, emend. Cavalier-Smith, 1981

Mesomycetozoa

 Choanomonada 

 Monosigidae Zhukov and Karpov, 1985 [Codonosigidae Kent, 1880]
 Salpingoecidae Kent, 1880
 Acanthoecidae Norris, 1965

 Хайуандар 

Аристотель заманынан уҡ организмдарҙың, айырым төркөме итеп өйрәнелә, хәҙерге көндә биологик батшалыҡ. Хайуандарҙы зоология фәне өйрәнә.
 Пластинкалылар — Placozoa Grell, 1971
 Губкалар — Porifera Grant, 1836 [Parazoa Sollas, 1884]
 Эуметазойҙар Animalia Linnaeus, 1758, emend. Adl et al., 2005 [Eumetazoa Butschli, 1910]

 Rhizaria 

 Cercozoa 

 Cercomonadida Poche, 1913, emend. Mylnikov, 1986
 Silicofilosea Adl et al., 2005 [Imbricatea Cavalier-Smith and Chao, 2003]
 |Хлорарахниофит ылымыҡтар (Chlorarachniophyta Hibberd and Norris, 1984)
 Phytomyxea Engler and Prantl, 1897, emend. Cavalier-Smith, 1993
 Phaeodarea Haeckel, 1879 [Tripylea Hertwig, 1879]
 Nucleohelea Cavalier-Smith, 1993

 Haplosporidia 

 Foraminifera 

 Gromia 

 Радиолярии 

 Polycystinea Ehrenberg, 1838, emend. Haeckel, 1887
 Sticholonche Hertwig, 1877 [Taxopodida Fol, 1883]
 Acantharia Haeckel, 1881, emend. Mikrjukov, 2000

 Archaeplastida 

Рангаһыҙ таксон, үҫеше нығыраҡ алға киткән ылымыҡтар бүлеге — йәшел, хара, микроскопик глаукофит һәм үлеп бөткән нематофит ылымыҡтар. Архепластидтарға бишенсе бүлек — ҡыҙыл ылымыҡтарҙы ла индерәләр.Әгәр монофилияға нигеҙләнһәң, архепластидтарға юғары төҙөлөшле үҫемлектәрҙе лә индерергә мөмкин. 

Йәшел ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң ҙур бүлеге (13000 — 20000 төр). Хара ылымыҡтар — 440 төр. Нематофит ылымыҡтар —10 төр. Главкофит ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң бәләкәй бүлеге, бөтәһе 4 кенә төр.

 Glaucophyta Skuja, 1954 [Glaucocystophyta Kies and Kremer, 1986]
 Ҡыҙыл ылымыҡтар — Rhodophyceae Thuret, 1855, emend. Adl et al., 2005 [Rhodophyta Wettstein, 1901; Rhodoplantae Saunders and Hommersand, 2004]
 Chloroplastida Adl et al., 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith, 1981; Chlorobionta Jeffrey, 1982, emend. Lewis and McCourt, 2004; Chlorobiota Kendrick and Crane, 1997]
 Йәшел ылымыҡтар — Chlorophyta Pascher, 1914, emend. Lewis and Mc Court, 2004
 Chlorodendrales Fritsch, 1917
 Prasinophytae Cavalier-Smith, 1998, emend. Lewis and McCourt, 2004
 Mesostigma Lauterborn, 1894, emend. McCourt in Adl et al., 2005 [Mesostigmata Turmel, Otis, and Lemieux, 2002]
 Charophyta Karol et al., 2001, emend. Lewis and McCourt, 2004 [Charophyceae Smith, 1938, emend. Mattox and Stewart, 1984]
 Streptophytina Lewis and McCourt, 2004
 Харо ылымыҡтары — Charales Lindley, 1836 [Charophytae Engler, 1887]
 Үҫемлектәр — Plantae Haeckel, 1866 [Cormophyta Endlicher, 1836; Embryophyta Endlicher, 1836, emend. Lewis and McCourt, 2004]

 Chromalveolata Adl et al., 2005 

Полифилетик төркөм  , Томас Кавалир-Смиттың 1981 йылда  тәҡдим иткән системаһында батшалыҡтарҙың береһе. Хромистар протистарҙың  ваҡ батшалығы һаналған. 

Организмдары береһе икенсеһенең эсендә урынлашҡан һәм хлорапласы булған ике эукариот күҙәнәктән тора. 

Шулай уҡ, ошондай организмдарҙың вариҫтары, тик эске эукарионт симбионттары булмағандары бар. 

Былар: ҡайһы бер ылымыҡтар(гетероконт), тәлмәрйендәрҙең клоакаһында тереклек иткән опалиналар (дәү, бер күҙәнәкле ҡамсылы йән эйәләре), элек бәшмәк тип һаналған ҡайһы бер организмдар.

 Криптофит ылымыҡтар — Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen, 1925 [Cryptophyta Cavalier-Smith, 1986]
 Cryptomonadales Pascher, 1913
 Goniomonadales Novarino and Lucas, 1993
 Гаптофит ылымыҡтар — Haptophyta Hibberd, 1976, emend. Edvardsen and Eikrem, 2000
 Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986, emend. Green and Medlin, 2000
 Prymnesiophyceae Hibberd, 1976
 Stramenopiles Patterson, 1989, emend. Adl et al., 2005
 Opalinata Wenyon, 1926, emend. Adl et al., 2005 [Slopalinata Patterson, 1986]
 Labyrinthulomycetes Dick, 2001
 Hyphochytriales Sparrow 1960
 Оомицеттар — Peronosporomycetes Dick, 2001 [Oomycetes Winter, 1897, emend. Dick, 1976]
 Actinophryidae Claus, 1874, emend. Hartmann, 1926
 Bolidomonas Guillou and Chretiennot-Dinet, 1999 [Bolidophyceae Guillou et al., 1999]
 Алтынһыу ылымыҡтар— Chrysophyceae Pascher, 1914
 Dictyochophyceae] Silva, 1980
 Eustigmatales Hibberd, 1981
 Pelagophyceae Andersen and Saunders, 1993
 Phaeothamniophyceae Andersen and Bailey in Bailey et al., 1998
 Pinguiochrysidales Kawachi, Inouye, Honda, O’Kelly, Bailey, Bidigare, and Andersen, 2003
 Raphidophyceae Chadefaud, 1950, emend. Silva, 1980
 Schizocladia Kawai, Maeba, Sasaki, Okuda, and Henry, 2003
 Synurales Andersen, 1987
 Һарғылт йәшел ылымыҡтар — Xanthophyceae Allorge, 1930, emend. Fritsch, 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale, 1983; Xanthophyta Hibberd, 1990]
 Көрән ылымыҡтар— Phaeophyceae Hansgirg, 1886
 Диатом ылымыҡтар — Bacillariophyta Haeckel, 1878 [Diatomea Dumortier, 1821]
 Альвеоляттар Alveolata Cavalier-Smith, 1991
 Динофлагелляттар — Dinozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Adl et al., 2005
 Споровиктар — Apicomplexa Levine, 1980, emend. Adl et al., 2005
 Инфузориялар — Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Butschli, 1887]

 Excavata Cavalier-Smith, 2002, emend. Simpson, 2003 

Юғары тип Иң ябайҙар. Был төркөмгә күп төрлө ирекле йәшәүсе, симбиотик һәм паразит, шл иҫәптән кешелә паразит булып йәшәүсе төрҙәр керә.
 Fornicata Simpson, 2003
 Eopharyngia Cavalier-Smith, 1993
 Дипломонады — Diplomonadida Wenyon, 1926, emend. Brugerolle et al., 1975
 Ретортомонады — Retortamonadida Grasse, 1952
 Carpediemonas Ekebom, Patterson, and Vors, 1996
 Malawimonas O’Kelly and Nerad, 1999
 Parabasalia Honigberg, 1973
 Trichomonadida Kirby, 1947, emend. Brugerolle and Patterson, 2001
 Cristamonadida Brugerolle and Patterson, 2001
 Spirotrichonymphida Light, 1927
 Trichonymphida Poche, 1913
 Preaxostyla Simpson, 2003
 Оксимонады — Oxymonadida Grasse, 1952
 Trimastix Kent 1880
 Якобиды — Jakobida Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al., 2005
 Гетеролобозовые — Heterolobosea Page and Blanton, 1985
 Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Simpson, 1997
 Euglenida Butschli, 1884, emend. Simpson 1997
 Diplonemea Cavalier-Smith, 1993, emend. Simpson, 1997
 Кинетопластиды — Kinetoplastea Honigberg, 1963

 Шулай уҡ, ҡарағыҙ 
 Биологик систематика

 Иҫкәрмәләр 

 Әҙәбиәт 
 Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: Учебник. В 3 т. Том 1., 2-изд., СПб., 2007.
 Козо-Полянский Б. М. К модернизации системы растительного мира, «Труды Воронежского гос. университета», 1949, т. 15
 Кусакин О. Г., Старобогатов Я. И. К вопросу о наивысших таксономических категориях органического мира, в сборнике: Проблемы эволюции, в. 3, Новосиб., 1973 
 Мошковский Ш. Д. О природе простейших (Protozoa) и границах протозоологии, «Тр. Ленинградского общества естествоиспытателей», 1957, т. 73, в. 4 
 Иванов А. В., Пооисхождение многоклеточных животных, Л., 1968 
 Тахтаджян А. Л. Четыре царства органического мира, «Природа», 1973, № 2 
 Строение ДНК и положение организмов в системе. [Сб. ст.], М., 1972 
 Whittaker R. H., New concerts of the kingdoms of organisms, «Science», 1969, v. 163, № 3853 
 Dodson E. G., The kingdoms of organisms, «Systematic Zoology», 1971, v. 20, № 3 
 Leedale G. F., How many are the kingdoms of organisms, «Taxon», 1974, v. 23, № 23 
 Margulis L., The classification and evolution of prokaryotes and eukaryotes, в кн.: Handbook of genetics, v. 1,…, 1974. 
 Cavalier-Smith T, Allsopp MT, Chao EE (November 1994). «Chimeric conundra: are nucleomorphs and chromists monophyletic or polyphyletic?». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (24): 11368-72. DOI:10.1073/pnas.91.24.11368. PMID 7972066. 
 T. Cavalier-Smith (1981). «Eukaryote kingdoms: seven or nine?». Biosystems 14 (3-4): 461—481. DOI:10.1016/0303-2647(81)90050-2. PMID 7337818. 

 Һылтанмалар 
 Классификация живых организмов на www.biolib.cz 
 Классификация живых организмов «Каталог жизни» на www.catalogueoflife.org 
 Классификация по видам и подвидам с указанием латинских и английских названий
 Классификация по русским и латинским названиям (страничка является любительской и не претендует на какую-либо степень научности)
 Система живых организмов А. Шипунова

Категория:Тере организмдар классификацияһы
Категория:Биологик систематика