الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة حول تجربة علم الجليكوميات

تُعدّ مبادرة الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة حول تجربة علم الجليكوميات ( MIRAGE ) جزءًا من معايير الحد الأدنى من المعلومات ، وتُطبّق تحديدًا على إرشادات إعداد التقارير (وصف البيانات الوصفية ) الخاصة بتجربة علم الجليكوميات . وتدعم هذه المبادرة مؤسسة بيلشتاين للنهوض بالعلوم الكيميائية . ويركّز مشروع MIRAGE على تطوير إرشادات النشر لبيانات تفاعلات الجليكوميات وبنيتها، بالإضافة إلى تطوير صيغ تبادل البيانات. وقد انطلق المشروع في عام 2011 في سياتل، وبدأ بوصف أهدافه.

 منظمة 
تتألف لجنة مشروع ميراج من ثلاث مجموعات تتفاعل فيما بينها بشكل وثيق. يتألف المجلس الاستشاري من نخبة من علماء علم الأحياء السكرية، الذين يقومون، على سبيل المثال، بمراجعة نتائج فريق العمل مراجعة نقدية، ويعملون على تعزيز إرشادات إعداد التقارير داخل المجتمع العلمي. يسعى فريق العمل إلى الحصول على استشارات خارجية، ويتفاعل مباشرةً مع مجتمع علم الجينوم السكري. ينفذ أعضاء المجموعة مشاريع فرعية محددة (مثل تطوير ومراجعة الإرشادات) بالتركيز على مجالات بحثية معينة لتحقيق الأهداف العامة لمشروع ميراج. يربط فريق التنسيق بين المشاريع الفرعية لفريق العمل، ويرفع نتائجها إلى المجلس الاستشاري للمراجعة.

 إرشادات إعداد التقارير 
تم وضع ونشر إرشادات إعداد التقارير التالية:

 إرشادات MIRAGE MS لإعداد تقارير تحليل الغليكان باستخدام مطياف الكتلة .Kolarich, Daniel; Rapp, Erdmann; Struwe, Weston B.; Haslam, Stuart M.; Zaia, Joseph; McBride, Ryan; Agravat, Sanjay; Campbell, Matthew P.; Kato, Masaki; Ranzinger, Rene; Kettner, Carsten; York, William S. (1 April 2013). "The Minimum Information Required for a Glycomics Experiment (MIRAGE) Project: Improving the Standards for Reporting Mass-spectrometry-based Glycoanalytic Data". Molecular & Cellular Proteomics. 12 (4): 991–995. doi:10.1074/mcp.O112.026492. ISSN 1535-9476. PMC 3617344. PMID 23378518. تستند هذه الإرشادات إلى نموذج إرشادات MIAPE ، أي MIAPE-MS الإصدار 2.24.
 إرشادات إعداد عينات MIRAGE  والتي تعتبر أساسًا مشتركًا لأي إرشادات إعداد تقارير MIRAGE أخرى من أجل الحفاظ على متطلبات تحليل البيانات قصيرة ومتسقة.
 تم تطوير إرشادات MIRAGE Glycan microarray لوصف شامل لتجارب مصفوفات الغليكان ، بالإضافة إلى إرشادات إعداد التقارير لتحليل مصفوفات الغليكان. ولمساعدة المؤلفين على إعداد التقارير بما يتوافق مع هذه الإرشادات، تم توفير نماذج للمنشورات وقالب يتضمن مثالاً على البيانات.
 إرشادات MIRAGE الخاصة بالكروماتوغرافيا السائلة للإبلاغ عن بيانات الغليكان في الكروماتوغرافيا السائلة (LC).

 المشتقات 
توفر إرشادات إعداد التقارير الخاصة بمشروع MIRAGE أطرًا أساسية للمشاريع اللاحقة المتعلقة بتطوير كلٍ من أدوات البرمجيات لتحليل بيانات الجليكان التجريبية وقواعد البيانات لإيداع بيانات تحليل التفاعلات (مثل تلك المستمدة من تجارب مصفوفات الجليكان الدقيقة) وبيانات التحليل البنيوي (مثل تلك المستمدة من تجارب قياس الطيف الكتلي والكروماتوغرافيا السائلة). ولأن هذه الإرشادات تتضمن تعريفات الحد الأدنى من المعلومات المطلوبة لإعداد تقارير شاملة عن تجارب علم الجليكوميات، فإن هذه المعلومات مُدمجة في هياكل قواعد البيانات، ونماذج جمع البيانات، وتنسيقات تبادل البيانات.

تتوافق قواعد البيانات التالية مع إرشادات MIRAGE:

 UniCarb-DB ، الذي يخزن البيانات والمعلومات المنسقة حول هياكل الجليكان وبيانات الأجزاء المرتبطة بها والتي تتميز باستراتيجيات قياس الطيف الكتلي الترادفي LC.
 GlycoStore هي قاعدة بيانات تركيبية منسقة مشتقة من الكروماتوغرافيا والرحلان الكهربائي وقياس الطيف الكتلي للسكريات N- و O- و glycosphingolipid (GSL) والسكريات قليلة الوحدات الحرة المرتبطة بمجموعة من البروتينات السكرية والدهون السكرية والعلاجات الحيوية.
 UniCarb-DR  هو مستودع بيانات MS n لهياكل الجليكان
 GlycoPOST هو مستودع لأطياف الكتلة لعلم الجليكوميات وعلم الجليكوبروتيوميات

تشير المشاريع التالية إلى معايير ميراج:

 GlyTouCan هو مستودع لهياكل الجليكان حيث يتم تعيين معرفات فريدة لهياكل الجليكان المبلغ عنها بشكل فردي
 UniCarbKB قاعدة بيانات للسكريات والبروتينات السكرية
 مشروع GlyGen ، وهو مشروع لتكامل البيانات ونشرها فيما يتعلق بالبيانات المتعلقة بالكربوهيدرات والجليكوكونجوجات
 GlyConnect ، منصة متكاملة لعلم الجليكوميات وعلم البروتينات السكرية

 مراجع 

 روابط خارجية 

 سجل في موقع Fairsharing.org للاطلاع على إرشادات إعداد عينات MIRAGE
 سجل في موقع Fairsharing.org للاطلاع على إرشادات قياس الطيف الكتلي MIRAGE
 سجل في موقع Fairsharing.org للاطلاع على إرشادات مصفوفة جليكانات MIRAGE
 سجل في موقع Fairsharing.org للاطلاع على إرشادات كروماتوغرافيا السائل MIRAGE

تصنيف:سكريات
تصنيف:علم الأحياء السكري
تصنيف:معلوماتية حيوية