قائمة معلمات Y-STR

قائمة معلمات واي-إس تي آر list of Y-STR markers
في تحليل الجينات وفي بحوث تعيين الدليل الجنائي وتعيين الأنسال يواسطة تحليل الدنا تستخدم معلّمات جينية تساعد الباحث على فحص الدنا البالغ الطول. كثيرا ما يستخدم كروموسوم واي لإجراء الفحص عليه، لهذا يذكر حرف Y في اسم المعلمات، وبالإضافة فإن STR هي اختصار لـ تكرار ترادفي قصير (يحدث في الجينات والكروموسومات). كذلك تستخدم المعلمات في تحليل الجينات.

عندما بدأ الباحثون يبحثون في علم الجينات كانوا يستخدمون معلّمات ترشدهم سريعا إلى موضع معين على الكروموسوم، من تلك المعلمات: DYS454 وجد أنها قليلة التنوع بين الناس، وأما المعلمة DYS464 فهي كثيرة التنوع في الناس؛ هذا بالنسبة لفحوص أجروها على الكروموسوم واي.

أصبحت الآن توجد كثيرا من المعلمات الجينية التي تستخدم في فحوص الكروموسوم Y ، ونظرا لكثرتها فقد أعدت لها معلمات كثيرة أعطاها الباحثون أرقاما للتعريف بها، وهي معلمات تتعرف على مواقع كروموسومية معينة على الكروموسوم واي.

فمثلا الموقع على الكروموسوم واي Yp11.2 تحدده المعلمة DYS449 . والموقع (Yp11.2) على الكروموسوم Y معرّف كالآتي: كروموسوم Y ؛ p النصف القصير (للكروموسوم)، الحيز 1، الحيز التحتي 1، حيز تحت تحتي 2.DYS449 in the GDB Human Genome Database  

للحصول على القائمة كاملة لمعلمات Y-STR كاملة، نلفت عنايتكم إلى تصفح الموقع Ymap من شجرة عائلة الدنا.

مختبرات التحليل الجنائي تستخدم في العادة المعلمات PowerPlex Y (لشركة Promega) و Yfiler (لشركة Applied Biosystems) وهي تستطيع فحص 12 وبالتالي 17 من المعلمات. أما مختبرات تحليل الجينات التي تجرى لشخص ما فهي تستخدم 442 من معلمات Y-STRs .

 معدل الطفرات 

يؤخذ معدل الطفرات على جيل واحد، وقد تم تعيينه في «تشاندلر 2006».Chandler (2006)  (but see also this mailing list discussion) 
معدل الخطأ في التعيين بين +/- 15 إلى 20%. كما تستخدم أحيانا«قاعدة معلومات هابلوغروب (صبغي Y)»
Y Chromosome Haplotype Reference Database.

ويبدو أن المعلمات ذات ثلاثة نوكليوتيدات يكون لها معدل طفرات أكثر على بعض الأطوال المتكررة عن غيرها. فمثلا، تغير النوكلوتيد الثلاثي DYS388 تكون في معظم الأحوال بطيئة في معظم الهابلوغروبات عندما تتخذ القيم 11-13 . ولكن يبدو ظهور تغيرات أكثر وطفرات أسرع تتم في هابلوغروب جي J (واي-دي إن إيه) حيث لها قيم بين 14-18. وبالمثل، فقد أظهر بحث على النوكليوتيد الثلاثي DYS392 أن معدل الطفرات فيه «سريعة» بالنسبة إلى
هابلوغروب N (واي-دي إن إيه) وهابلوغروب Q (واي-دي إن إيه) حيث كل منهما له قيم بين 14-16، بينما الطفرات تكون قليلة في الهابلوغروبات الأخرى.GENEALOGY-DNA-L Archives — DYS 388 Mutation Rate?  

 المعلمات Y-STR 
STRملاحظاتمسلسلة دنا نموذج متكررأليلمعدل الطفراتوصلاتDYS19see DYS394————DYS385DYS385 هي معلمة متعددة الصور، وتشمل DYS385a و DYS385b. تسلسل DYS385a و DYS385b قد يكون معكوسا، ويعرف تسلسلها بـ"نظام كيتلر" Kittler order.GAAA7 - 280.00226NIST fact sheetDYS388ATT10-160.00022 Trinucleotide - see #Mutation ratesDYS389DYS389 is a multi-copy marker, and includes DYS389i and DYS389ii. DYS389ii refers to the total length of DYS389. Therefore, when there is a one step mutation at DYS389i, it will also appear in DYS389ii.(TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA)i:9-17
ii:24-340.00186, 0.00242NIST fact sheetDYS390(TCTA) (TCTG)17-280.00311NIST fact sheetDYS391TCTA6-140.00265NIST fact sheetDYS392TAT6-170.00052 NIST fact sheetDYS393DYS393 is also known as DYS395.AGAT9-170.00076NIST fact sheetDYS394DYS394 is also known as DYS19.TAGA10-190.00151NIST fact sheetDYS413Found in the Palindromic region of the Y DNADYS425DYS425, when it can be measured, is very stable. However it is actually one copy of a multiple part marker, DYF371 (below), and as such recLOH mutations can often make it unmeasurable when the other copies overwrite it. For example, it is associated with the defining SNP for I-M38 (I2a2a1a1; formerly I1b2a1), as the SNP M284 can render a null value at this marker. Most members of هابلوغروب إي E (واي-دي إن إيه) and sub-clades also render null values. Nevertheless, it was one of the small number of markers originally offered by Oxford Ancestors, and Family Tree DNA later chose to offer it to genealogists also.TGT10-15DYS426GTT10-120.00009 NIST fact sheetDYS434TAAT (CTAT)9-12NIST fact sheetDYS435TGGA9-13DYS436GTT9-15DYS437TCTA13-170.00099NIST fact sheetDYS438TTTTC6-140.00055NIST fact sheetDYS439DYS439 is also known as Y-GATA-A4. DYS439 is associated with the defining SNP for haplogroup R1b1c9a, as the SNP can render a null value at this marker.AGAT9-140.00477NIST fact sheetDYS441CCTT12-18A novel multiplex PCR system DYS442TATC10-140.00324A novel multiplex PCR system DYS443TTCC12-17DYS444TAGA11-15A novel multiplex PCR system DYS445TTTA10-13A novel multiplex PCR system DYS446TCTCT10-18Sorenson Marker DetailsDYS447TAAWA22-290.00264NIST fact sheetDYS448AGAGAT17-240.00135NIST fact sheetDYS449TTTC26-360.00838Sorenson Marker DetailsDYS450TTTTA8-11DYS452YATAC27-33DYS453AAAT9-13DYS454DYS454 is the least varying Y-STR marker commonly used in genealogical DNA testing. Of the entries for DYS454 at Ybase, 96% have 11 repeats, 3% have 10 repeats, and 2% have 12 repeats (source).AAAT10-120.00016DYS455AAAT8-120.00016Sorenson Marker DetailsDYS456AGAT13-180.00735Sorenson Marker DetailsDYS458GAAA13-200.00814Sorenson Marker DetailsDYS459This is a multi-copy marker, and includes DYS459a and DYS459b.TAAA7-100.00132DYS460DYS460 was originally known as Y-GATA-A7.1.ATAG7-120.00402NIST fact sheetDYS461DYS461 was originally known as Y-GATA-A7.2.(TAGA) CAGA8-14NIST fact sheetDYS462TATG8-14DYS463AARGG18-27DYS464DYS464 is a multi-copy palindromic marker. Men typically have four copies known in such cases as DYS464a, DYS464b, DYS464c, and DYS464d. There can be less than four copies, or more, which in such cases would be known as DYS464e, DYS464f, etc. DYS464 is the most diverse range of values of any Y-STR marker (source). This marker can also sometimes be typed with separate g-types and c-types to increase resolution. The type variance is based on a SNP that can be found in most R1b haplogroup males. It is part of the Palindromic region of Y DNACCTT9-200.00566Forensic value of the multicopy Y-STR marker DYS464
DYS464X testing 
DYS464 discrepanciesDYS481CTT20-30DYS485TTA10-18DYS487ATT12-14DYS490TTA12-16DYS494TAT10DYS495AAT12-18DYS497TAT13-16DYS504DYS505TCCT9-15DYS508TATC8-15DYS518AAAG32-49NIST Comm. KitsDYS520ATAS18-26DYS522GATA8-17DYS525TAGA9-12DYS531AAAT11-13DYS532CTTT9-17DYS533ATCT9-14DYS534CTTT10-20DYS540TTAT10-13DYS549AGAT10-14DYS556AATA8-12DYS557TTTCDYS565TAAA9-14DYS570TTTC12-230.00790DYS572AAAT8-12DYS573TTTA8-11DYS575AAAT8-12DYS576AAAG13-210.01022DYS578AAAT7-10DYS589TTATT13DYS590TTTTGDYS594TAAAA8-11DYS607AAGG8-200.00411DYS612DYS614DYS626AAAGDYS627AAAG11-27NIST Comm. KitsDYS632CATTDYS635Also known as Y-GATA-C4TSTA compound17-270.0046NIST fact sheet DYS636DYS638TTTA10-12DYS641TAAA7-11DYS643CTTTT7-15DYS710DYS714DYS716CCATTDYS717DYS724Palindromic; also known as CDY0.03531DYS725PalindromicDYS726YSTR marker in the pericentromeric region.11-16DYF371DYF371 is a multicopy, palindromic region marker. Includes the DYS425 marker & can be informative in cases of null values at that marker.DYF385S1Duplicated YSTR marker in close proximity to DYS4599-12DYF387S1 a/bRAAG30-44NIST Comm. KitsDYF397DYF397 is a palindromic region marker.DYF399An asymmetric three allele STR locus that can be used to observe deletions and recombinational rearrangements in the palindromic region of the Y chromosome.17-29 (many incomplete alleles)nomenclature DYF401DYF401 is a palindromic region marker.DYF406S1DYF408DYF408 is a palindromic region marker.DYF411DYF411 is a palindromic region marker.DXYS156YCAIIYCAII is a multi-copy marker which includes YCAIIa & YCAIIb0.00123Y-GATA-H4TAGA8-13 (25-30)0.00208NIST fact sheetY-GATA-C4see DYS635————Y-GATA-A10TAGA13-18NIST fact sheetY-GGAAT-1B07

 المراجع 

 انظر أيضا 
 جين
 وراثة
 علم الجينوم
 دنا
 رنا
 مسلسلة دنا
 نوكليوتيد

تصنيف:تطور الإنسان
تصنيف:جينات
تصنيف:حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين
تصنيف:طب شرعي
تصنيف:علم الأحياء الجزيئي
تصنيف:علم الأنساب الوراثية
تصنيف:وراثة جنائية