藥師寺 (消歧義)

藥師寺可以指下列佛寺，通常主祀藥師佛：

日本
 藥師寺，位於奈良縣奈良市西之京町，為法相宗大本山，是日本國寶、世界遺產
 藥師寺 (小牧市)，位於愛知縣小牧市，屬於曹洞宗

中國大陸
 药师寺 (北京)，位於北京市房山區周口店鎮的尼寺

參見 
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 名稱相近的宗教場所：药师殿、關西藥師佛禪寺