严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株

本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。

引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2冠状病毒）容易发生突变而产生，关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现，目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答，并影响疫苗的效力，这种现象称为。

已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株，它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。

變異株對照表

命名法 
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统，分别由GISAID、和PANGO建立。

2021年5月31日，世界卫生组织宣布为重要變種病毒提供希臘字母标签，為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。其中，命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導，有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆，至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍，為了避免「對區域的汙名化」。

支序演化树 

以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。

關注度之基準 
世界衛生組織將變異株分為三個等級。
（）
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現階段的主流變異株

需要關注的變異株（VOC）
病毒变异是一个自然随机过程，並引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率，及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界的主要變異株为最早发现于非洲南部由希腊字母「Omicron」标记。

Omicron（B.1.1.529谱系）

B.1.1.529變異株（WHO命名為Omicron）是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈：這個變異株有超過50個突變，而單單在刺突蛋白的突變也有32種。
於2021年11月，在非洲南部的波札那和南非發現。
2021年11月24日，升級為「VUM」等級。
2021年11月26日，再升級為「VOC」等級。
目前變種分支亞型：BA.1（標準亞型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，總共超過600種以上的「次分支」及「重組」變異株。

目前「VOC-VOI」等級（需要留意）變異株 
XBB.1.5：被稱為「海怪克拉肯」（Kraken）
XBB.1.16：被稱為「大角星」（Arcturus）
EG.5：被稱為「艾里斯」（Eris）

目前「VOC-VUM」等級（監視）變異株 
BA.2.75：被稱為「半人馬座」（Centaurus）
CH.1.1：被稱為「雙頭犬」（Orthrus）
XBB：被稱為「神獸格里芬」（Gryphon）
XBB.1.9.1
XBB.1.9.2
XBB.2.3
BA.2.86：被稱為「皮羅拉」（Pirola）

過去的主流變異株

需要关注的变异株（Previous VOC）

Alpha（B.1.1.7谱系）

B.1.1.7谱系，WHO命名为“Alpha”，又称VOC 202012/01，並称501Y.V1变种。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
在2020年9月，首次从英国東南方的肯特郡（Kent）所發現采集的样本中发现。
2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

Beta（B.1.351谱系） 

B.1.351谱系，WHO命名為「Beta」，又称501Y.V2变种。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關，与先前的新冠病毒变种相比，501Y.V2变种的传染率增加约50%。有证据表明，501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度。。
2020年5月，在南非东开普省的纳尔逊·曼德拉湾发现。
2020年12月18日，被南非科学家和卫生官员报道。
2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

Gamma（P.1谱系）

P.1谱系，WHO命名為「Gamma」，又称501Y.V3变种。包括三個相關突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
2020年11月，在巴西发现。
2021年1月2日，在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现，由日本国立感染症研究所报道。
2021年1月11日，升級為「VOC」等級。
2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

Delta（B.1.617.2谱系）

B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变變異株。直到2021年1月前，该變異株的感染人数都寥寥无几。4月时该變異株已经蔓延至超过20个国家，遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。

在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D（）、G142D、P681R、E484Q、L452R，其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。

于5月7日将B.1.617.2列为“”，命名为VOC-21APR-02。 

5月10日WHO称，因为B.1.617较高的传染性，该变异正被列为全球范围内受关切变种。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2（Delta）变种。 稍后WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。

5月21日，越南宣布发现一种传播性更高，由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株。6月3日，WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义，并将其列为带有突变的Delta变种。

据报道，Delta變異株基本传染数R0大约为6（有说法称其高达8或9），是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。
2021年4月4日，為升級為「VOI」等級。
2021年5月11日，為升級為「VOC」等級。
2022年6月7日，降級為「Previous VOC」等級。

需要留意的变异株(Previous VOI)

Epsilon（B.1.427譜系、B.1.429譜系）
B.1.427譜系、B.1.429譜系，WHO命名為「Epsilon」，於2020年3月在美國加州首次發現。
2021年3月5日，升級為「VOI」等級。
2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Zeta（P.2譜系）
P.2譜系，WHO命名為「Zeta」，於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Eta（B.1.525譜系）
B.1.525譜系，WHO命名為「Eta」，於2020年12月在奈及利亞首次發現。
2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Iota（B.1.526譜系）
B.1.526譜系，WHO命名為「Iota」，於2020年11月在美國紐約首次發現。
2021年3月20日，升級為「VOI」等級。
2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Theta（P.3譜系）
P.3譜系，WHO命名為「Theta」，於2021年1月在菲律賓首次發現。
2021年3月24日，升級為「VOI」等級。
2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Kappa（B.1.617.1）

B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」，WHO命名為「Kappa」，於2020年10月在印度首次發現。
2021年4月4日，升級為「VOI」等級。
2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Lambda（C.37谱系）

C.37譜系，WHO命名為「Lambda」，於2020年8月在秘魯首次發現。
2021年6月14日，升級為「VOI」等級。
2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

Mu（B.1.621譜系）

B.1.621譜系，WHO命名為「Mu」，於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
2021年8月30日，升級為「VOI」等級。
2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

备注

参见 
严重急性呼吸综合征冠状病毒2
变种
突变#错义突变

参考文献

外部链接 
 WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants 
 Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC) 
 SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC) 
 Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE) 
 SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC) 
 Living Evidence - SARS-CoV-2 variants 
 Coronavirus Variants and Mutations 

 
2019冠狀病毒病疫情相關列表