Rf1病毒

蝙蝠冠狀病毒Rf1（Bat SARS CoV Rf1/2004）是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，為SARS-CoV相關病毒，在中國湖北的馬鐵菊頭蝠樣本中發現，於2005年發表。

發現
2004年3月至11月，研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本，在湖北宜昌馬鐵菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒，即Rf1病毒，於2005年和Rp3病毒與Rm1病毒一起被發表。

基因組
Rf1病毒的基因組長29709nt，序列與SARS-CoV的相似度為87.8%，其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列，為一完整的開放閱讀框，人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rf1與人類SARS病毒ORF8輔助蛋白大小完全相同（由122個胺基酸組成），兩者胺基酸序列相似度為80%，相較之下Rp3與Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度僅有35%，但在刺突蛋白的S1區域，Rf1與Rp3及Rm1的關係比與SARS-CoV的關係接近，顯示這些病毒曾有基因重組發生。另外Rf1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）。

演化樹

參考文獻

SARS相關冠狀病毒