回鹘可汗列表

回鹘可汗，包括部落时代酋长、瀚海都督、回鹘帝国可汗、河西回鶻（甘州回鶻）可汗、龜茲回鶻可汗、黑汗王朝可汗、高昌回鶻可汗和亦都護。

回鹘可汗

河西回鶻（甘州回鶻） 

程溯洛：〈甘州回鶻可汗譜系考〉，《唐宋回鶻史論集》（北京：人民出版社，1994），頁140-149。

James R. Hamilton, Les Ouighours a l'epoque des Cinq Dynasties d'apres les Documents Chinois (Paris, 1955)＝耿昇、穆根來譯：《五代回鶻史料》（烏魯木齊：新疆人民出版社，1982），頁153-154。

喀喇汗国

西喀喇汗国

东喀喇汗国

高昌回鶻（西州回鹘、龟兹回鹘） 

<span style="font-size:smaller;">付馬《西州回鶻統治者稱號研究——年代、結構與特徵》，（中央研究院歷史語言研究所集刊第九十一本，第二分，民國一〇九年六月）

元朝回鶻亦都護
由於察合台汗都哇的進攻，高昌被攻陷，回鶻亦都護內遷到甘肅永昌。

察合台汗國回鶻亦都護
回鶻亦都護遷居甘肅後，高昌當地另立亦都護，受察合台汗國統治。

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