SDS-PAGE

SDS-PAGE (sodyum dodesil sülfat–poliakrilamid jel Elektroforez) bir poliakrilamid jel elektroforez varyantı olan ve  biyokimyada karışımlardaki yüklü molekülleri elektrik alan varlığında moleküler kütlelerine göre ayıran analitik bir metottur. Sodyum dodesil sülfat (SDS) molekülleri proteinlerin izolasyon ve tanımlanmasına yardım ederler.

Bu süreksiz elektroforetik sistemi Ulrich K. Laemmli  tarafından geliştirilmiştir. Bu teknik molekül kütlesi 5 ve 250 KDa arasında arasında olan proteinleri iyi ayırır. Bu metodu açıklayan makale, tek kişi tarafından yazılmış en çok atıf almış makale iken totalde ise ikinci en çok atıf almış makaledir.

Özellikleri 
SDS-PAGE proteinlerin moleküler kütlelerine göre ayrımına izin veren bir yöntemdir. Aynı zamanda matrix olarak bilinen medyum poliakrilamid temelli devamsız bir jeldir. Buna ek olarak, SDS kullanılır. Yaklaşık 1.4 gram SDS 1 gram proteine bağlanır, yani her bir aminoasite 2 SDS molekülü bağlanmış olur. SDS yüzey aktif madde olarak davranır, proteinlerin kendi taşıdıkları yüklerin üzerini kaplar ve böylece proteinlerin kendi yükleri kaybolmuş ve ayrım yük temelinde gerçekleşmemiş olur. Ayrıca pozitif yükler de ayırma jelinin bazik pH'ı ile yüksek oranda indirgenir.Belli bir elektrik alanın varlığında proteinler anottan katoda doğru ilerler bu ilerlemenin hızı moleküler kütlenin büyüklüğü ile değişir. Bu basit prosedür proteinlerin moleküler kütle temelinde hassas ayrımına olanak sağlar.

Prosedür 
SDS-PAGE metodu jelin hazırlanması, numunenin hazırlanması, elektroforez, protein boyama veya western blot ve oluşan bantların incelenmesinden ibarettir.

Jel üretimi 

Jel, readikal polimerizasyonu ile birbirine mühürlü iki cam parçasından oluşan kalıbın içinde oluşur. Bu iki cam parçası maşalar yardımı ile geçici olarak mühürlenir. Jel solusyonu monomer olan acrilamid, çapraz bağlardan sorumlu metilenbisacrilamid, yarılma ve sıkışma tamponları, su ve SDS' ten ibarettir. TEMED katalizörü ve başlatıcı amonyum persülfat (APS) ortama eklemek polimerizasyonu başlatır.

Numune hazırlama 

Numune hazırlamada, numune tamponu ve SDS çok miktarda numuneye uygulandıktan sonra numune 95 °C' de 5 dakika ısıtılır. Bu işlemler hidrojen bağlarını yıkarak 2. ve 3. yapıları bozar. Posiyonel olarak disülfid bağları indirginme ile kırılabilir. Bu amaçla,  β-merkaptoetanol (β-ME 5% (v/v)), ditiotireitol (DTT, 10 milimolar) veya ditioeritiritol (DTE, 10 millimolar) gibi indirgen tioller numune tamponuna eklenir. Oda sıcaklığında soğutma sonrasında numune daha önceden elektroforez tamponuna batırılmış jeldeki ceplere yüklenir. Numunelere ek markır yüklenir. Bu metot ±10% yanılma payına sahiptir.

Elektroforez

Jel boyama

Moleküler kütle hesabı

Dış bağlantılar 

 OpenWetWare: protocol for BisTris SDS-PAGE

Kaynakça 

Kısaltmalar
Elektroforez