Molecular Evolutionary Genetics Analysis

Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.

Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde). 

Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.

Sürüm geçmişi

Özellikleri

Sekans hizalama yapılandırması 

 Hizalama editörü
 Çoklu dizi hizalaması
 Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
 Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları

Veri eldesi 

 Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
 Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı 
 Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
 Veri keşifçisi
 Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi

Genetik kod tablo bölümü 

 Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
 Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
 Bildiğim bütün kod tablolarını içer

Gerçek zamanlı başlık uzman motoru 

 Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
 Başlıkları dış bir programa kopyala

Entegre metin dosyası editörü 

 Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
 Satır numarası
 Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri

Dizi veri görüntüleyici 

 Veri çıkartma
 Vurgulama
 İstatiksel büyüklüklerin sunma

Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi 

 4x4 oran matriksi
 Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
 TGeçiş-transversiyon hız sapması: R

Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi 

 İçerik uzaklığı
 Eşitsizlik indeksi
 Monte-carlo testi

Uzaklığı belirleme metodları 

 Nükleotid-Nükleotid
 Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
 Protein uzaklığı
 Uzaklık hesaplamaları
 Dizi çeşitliliği hesaplamaları
 Varyans hesaplamaları

Seçilim testleri 

 Çok numune Z-testi
 Fisher’ın kesin testi
 Tajima’ın nötrallik testi

Moleküler saat testi 

 Tajima’nın yaklaşık oran testi

Ağaç oluşturma metodları 

 Komşu birleştirme
 Minimum evrim metodu
 UPGMA
 Maksimum bencillik
 Maksimum benzerlik
 Çizme atkısı filogeni testi
 Güven olasılığı testi
 Uzaklık matriksi görüntüleyicisi

Ağaç keşifçileri 

 Filogeni ekranı
 Ayrılma zamanının belirlenmesi
 Ağaç düzenleme
 Ağaç boyutunu değiştirme
 Çoklu ağaç görüntüleyebilme

Dış bağlantılar 

 
 MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için)
 MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306

Kaynakça 

Veri görselleştirme yazılımı