2006 UEFA Intertoto Kupası

UEFA Intertoto Kupası 2006, Intertoto Kupası'nın turnuva formatında yapılan değişiklikten sonra düzenlenen ilk organizasyondur. Beş yerine üç karşılaşma esası benimsenmiştir. Üçüncü turda turu geçen takımlar UEFA Kupası'na ikinci turdan başlamıştır.

Birinci tur 

!colspan="5"|Güney-Akdeniz Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Merkez-Doğu Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Kuzey Bölgesi
|-

|}

İkinci tur 

!colspan="5"|Güney-Akdeniz Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Merkez-Doğu Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Kuzey Bölgesi
|-

|}

Üçüncü tur 
Turu geçen 11 takım 2006-07 UEFA Kupası'ye 2. ön eleme turundan başlıyor.

!colspan="5"|Güney-Akdeniz Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Merkez-Doğu Bölgesi
|-

|-
!colspan="5"|Kuzey Bölgesi
|-

|}
^16 Temmuz'da oynandı

16 Haziran 2006'da gerçekleşen bir İtalyan skandalı yüzünden Palermo yerine Auxerre katıldı

Ayrıca bakınız 
 2006-07 UEFA Şampiyonlar Ligi
 2006-07 UEFA Kupası

Dış bağlantılar 
 Official UEFA site 
 UEFA Regions 
 UI cup official rules & regulations 

UEFA Intertoto Kupası
2006'da Avrupa'da futbol