Reakčná koordináta

Reakčná koordináta je abstraktná jednodimenzionálna koordináta, ktorá reprezentuje priebeh reakcie po reakčnej dráhe. Bežne je to geometrický parameter, ktorý sa mení počas premeny jednej alebo viacerých molekulárnych entít. V simuláciách molekulárnej dynamiky je reakčná koordináta nazývaná kolektívnou premennou.

Reakčná koordináta môže reprezentovať reálny systémy koordinát (napríklad dĺžky väzieb, väzbové uhly a iné). Napríklad pre homolytickú disociáciu molekuly vodíka by bolo vhodné použitie reakčnej koordináty pozdĺž koordináty odpovedajúcej väzbovej dĺžke H–H. Ich využitie však môže byť náročné hlavne pre zložitejšie reakcie, kde sa potom využívajú iné, negeometrické parametre (napríklad väzbový poriadok). Reakčná koordináta popisuje iný koncept, než je rozsah reakcie, čo je takisto popis priebehu reakcie, ktorý sa používa na popis zloženia reakčného systému (ako ďaleko je chemická reakcia od dokončenia).

Zvyčajne sa zobrazuje voľná energia v závislosti na reakčnej koordináte, čo ukazuje schematickú podobu energetického profilu (prierez hyperplochou potenciálnej energie), ktorý odpovedá danej chemickej reakcii.

Tranzitný stav 
V teórii tranzitného stavu je reakčná koordináta taká koordináta v množine kurvilineárnych koordinát získaných z kartézskych koordinát pre reaktanty, ktorá pre každý krok reakčného mechanizmu vedie hladko od konfigurácie reaktantu cez konfiguráciu tranzitného stavu ku konfigurácii produktu. Reakčná koordináta sa zvyčajne volí tak, aby gradient potenciálnej energie mal čo najmenší vzostup a najväčší zostup. Tranzitný stav u takejto reakčnej koordináte odpovedá lokálnemu maximu potenciálnej energie, ktorý odpovedá uzlovému bodu v hyperploche potenciálnej energie.

Referencie

Zdroj 

Fyzikálna chémia
Kvantová chémia
Teoretická chémia
Počítačová chémia
Molekulárna fyzika
Chemická kinetika