Endomembránový systém

Každá eukaryotická bunka je tvorená bunkovými povrchmi – bunková stena (u rastlín, húb, niektorých článkonožcov, či bunkách kroviek u hmyzu) a plazmatická membrána. Vnútro bunky vypĺňa koloidná sústava – cytoplazma a v nej sú rozložené organely ohraničené jednou, alebo dvomi biomemránami predsavujúce endomembránový systém bunky.

Organely ohraničené dvojitou biomembránou 
Jadro predstavuje pamäťové centrum bunky, nachádza sa vo všetkých eukaryotických bunkách okrem vysoko špecializovaných buniek, ktorými sú napríklad sitkovice u rastlín a červené krvinky cicavcov. Od cytoplazmy je jadro ohraničené dvojitou biomembránou – karyoléma. V tomto obale sa nachádzajú póry, prostredníctvom ktorých komunikuje jadro s okolím. Vnútorná hmota jadra sa nazýva karyoplazma. Karyoplazma spolu s cytoplazmou dostali súborný názov protoplazma – živá hmota bunky.

Mitochondrie sú tyčinkovité semiautonómne organely, pretože obsahujú vlastnú DNA, no s časti sú závislé od jadrovej DNA. Prebieha v nich dýchanie bunky a s tým spojená tvorba energie vo forme ATP. Približne oválne mitochondrie sú tvorené dvomi membránami. Vonkajšia membrána oddeľuje mitochondriu od cytoplazmy a vnútorná membrána vytvára kristy (priehradky, ohyby) slúžiace na zväčšenie povrchu. Hmota mitochondrie sa nazýva matrix.

Plastidy sú ďalšie semiautonómne organely (vlastná DNA) eukaryotickej rastlinnej bunky obalené dvomi biomembránami. Podľa toho, aké farbivá obsahujú ich delíme do 3 skupín:
 chloroplasty – obsahujú zelené farbivo chlorofyl. V nich prebieha fotosyntéza.
 chromoplasty – obsahujú červené farbivá
 leukoplasty – môžu byť bezfarebné

Organely ohraničené jednou biomembránou 
Endoplazmatické retikulum je tvorené systémom sploštených navzájom pospájaných mechúrikov. Rozlišujeme dva typy endoplazmatického retikula:
 hladké ER, v ktorom prebieha syntéza lipidov, vitamínu D
 drsné ER má na vonkajšom povrchu naviazané ribozómy a prebieha tu syntéza proteínov.

Golgiho aparát (komplex, systém) je tesne spätý s endoplazmatickým retikulom. Je podobne tvorený systémom cisterien, ktorý preberá látky z endoplazmatického retikula, koncentruje ich, pripravuje na transport a vylučuje z bunky transportnými vezikulami. Endoplazmatické retikulum a Golgiho aparát predstavujú syntetické centrá bunky.

Lyzozómy sú organely s jednoduchou membránou tvoriace sa z Golgiho aparátu v eukaryotických bunkách živočíchov. Predstavujú tráviace centrá bunky. Vnútri lyzozómov je kyslé prostredie (pH 56) a enzýmy sprostredkujúce trávenie. U rastlín túto funkciu plnia vakuoly.

Vakuoly sú typické membránové štruktúry rastlinných buniek. Výnimku tvoria tráviace vakuoly u jednoduchých živočíchov – jednobunkovcov (nálevníky, koreňonožce). Membrána vakuoly sa nazýva tonoplast. Vakuoly obsahujú zásobné látky, odpadové látky, alebo tráviace enzýmy. Dokážu sa sťahovať a rozťahovať.

Peroxizómy získali pomenovanie detoxikačné centrá bunky. Metabolizuje sa v nich alkohol a ďalšie toxické látky.

Bunka