Sekundárny metabolit

Ako sekundárny metabolit označujeme v biológii všetky nebielkovinové látky ktoré sa nezúčastňujú základných metabolických pochodov bunky (primárny metabolizmus), ale sú z týchto látok vytvárané. Môžu to byť jednoduché, alebo zložitejšie štruktúry.

Sekundárne metabolity môžu, ale nemusia byť pre život nevyhnutné, a často sú špecifické pre ten-ktorý druh. Môžu to byť rôzne obranné látky, signálne molekuly (hormóny), pigmenty, stavebné molekuly, ktoré vytvárajú skelet pre organizmus a podobne. Zabezpečujú tiež interakciu rastliny s okolím. 

Podľa spôsobu ich tvorby (syntézy) rozdeľujeme vo fyziológii rastlín sekundárne metabolity do týchto hlavných skupín:
 Izoprenoidy
 Fenolické látky (naftochinóny, flavonoidy, ligníny)
 Alkaloidy

Fyziológia rastlín
Látková premena
Biochémia