Catalogue of Life

Catalog of Life (COL) er et internasjonalt samarbeid som samler innsatsen og bidragene fra taksonomer og informatikere fra hele verden. COL tar sikte på å møte behovene til forskere, beslutningstakere, miljøforvaltere og den bredere offentligheten for en konsistent og oppdatert liste over alle verdens kjente arter. COL støtter også de som trenger å administrere sin egen taksonomiske informasjon og artslister.

COL ble opprinnelig etablert som et partnerskap mellom Species 2000 og Integrated Taxonomic Information System (ITIS) den 21. juni 2001, men nylig har partnerskapet også blitt styrket gjennom involvering av Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Per mai 2021 omfattet COLs database  arter.

Viktigheten av vitenskapelige navn 
Når vi studerer og forstår naturen, trenger vi måter å kommunisere hvilke organismer som tilhører samme gruppe. Navnene vi gir til arter er et grunnleggende verktøy som lar oss referere til disse enhetene av biologisk mangfold. Å kjenne navnet på en art låser opp alt som har blitt lært om dens biologi, distribusjon og relevans for menneskeheten. Vår kunnskap om verdens arter er fortsatt ufullstendig, men hundretusenvis av forskere har jobbet over århundrer for å bygge denne kunnskapen og gi navn til artene de har registrert. Hver dag fortsetter taksonomer å publisere nye vitenskapelige navn og forbedrer vår forståelse av verdens arter.

Utfordringen med vitenskapelige navn 
Etter mer enn 260 års innsats med å bygge på grunnlaget lagt av Linné, kjenner forskerne for tiden til rundt to millioner arter, men antallet publiserte vitenskapelige navn er mye høyere. Når taksonomer reviderer sin forståelse av hver gruppe av organismer, tolker de tidligere publiserte artskonsepter på nytt og kartlegger eksisterende navn mot settet med arter de anser som gyldige.

COLs oppgave 
COL samler informasjon fra taksonomer som studerer hver gruppe av organismer for å konstruere et integrert syn på for tiden aksepterte arter, på tvers av alle taksonomiske grupper. Hovedoppgaven til COL er å levere en fritt tilgjengelig liste over alle arter og vise hvilke arter som refereres til med et vitenskapelig navn, men verktøyene og tjenestene som tilbys av COL gjør det også mulig for taksonomer og andre interessenter å publisere og revidere artslister for ethvert formål.

Arter og vitenskapelige navn 
Før man bruker COL, er det nyttig å forstå det grunnleggende om hvordan arter navngis og hvordan taksonomer arbeider med vitenskapelige navn. De samme prinsippene gjelder for de vitenskapelige navnene som er gitt til andre taksonomiske enheter (taxa) som riker, familier og slekter. 

Taksonomer studerer variasjonen mellom individuelle organismer innenfor deres interessegruppe og søker å tolke dette som et resultat av evolusjon. Viktigst, taksonomer tar sikte på å tilordne organismer til arter og andre navngitte taxa. I de fleste tilfeller vil en taksonom navngi en ny art når de finner et sett med beslektede individer som ikke fritt blander seg med individer av noen annen art. I mange tilfeller vil slike avgjørelser være svært komplekse og kan bruke ulike kriterier, men målet er alltid å gjenkjenne arter som virkelig er forskjellige fra andre.

Regler for å lage nye artsnavn 
Det er etablert regler (koder) for formelt å opprette nye navn på arter i hvert rike. Ansvarlig for reglene er:
 Dyr (Animalia): ansvarlig for nomenklaturen er International Commission on Zoological Nomenclature (ICZN)
 Planter (Plantae), alger (Algae) og sopper (Fungi): ansvarlig for nomenklaturen er International Association for Plant Taxonomy (IAPT)
 Bakterier (Bacteria) og arkebakterier (Archaea): ansvarlig for nomenklaturen er International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP)
 Virus (Virus): ansvarlig for nomenklaturen er International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)

Hver av disse kodene gir reglene for gyldig publisering av nye navn på organismer innenfor dens virkeområde. Taksonomer er ansvarlige for å følge disse reglene. Hvis reglene følges riktig, legges det nylig publiserte vitenskapelige navnet til litteraturen og blir tilgjengelig for fremtidige forskere å bruke. Det finnes også regler for å håndtere visse feil i praksis eller for å undertrykke navn som er problematiske. Prosessen som følger disse semi-juridiske reglene for navngivning av organismer blir referert til som nomenklatur, som ikke bør forveksles med taksonomi.

Informasjon assosiert med vitenskapelige navn 
Hver publikasjon som inneholder nye artsnavn må inneholde beskrivende informasjon for å skille hver art fra andre i gruppen. Den må også identifisere et eksemplar som vil fungere som typen for arten. Uansett hvor mye fremtidige forskere endrer sin forståelse av evolusjonen og klassifiseringen av den aktuelle taksonomiske gruppen, vil artsnavnet alltid forbli assosiert med typeprøven. Publikasjonen må også plassere den nye arten i en slekt for å vise hvordan den er i slekt med andre arter. Hver slekt vil selv bli plassert innenfor en serie av mer omfattende høyere rangerte taxa. Hvis disse plasseringene er riktige, vil hvert høyere rangert takson inkludere alle arter som deler en suksessivt eldre felles stamfar. Under de fleste nomenklaturkodene får arter et binomialt navn som inkluderer slektsnavnet som dens første del og en særegen spesifikk epitet som den andre. Dette er imidlertid ikke tilfellet for virusnavn.

Navneendringer over tid 
Ettersom taksonomer fortsetter å studere en gruppe, kan de konkludere med at to navngitte arter egentlig ikke er forskjellige fra hverandre, eller at et enkelt navn faktisk omfatter flere arter som bør ha hvert sitt navn, eller at relasjonene mellom arter er bedre representert ved å bruke en annen klassifisering, det vil si en annen ordning av slekter og høyere taxa. Nomenklaturreglene kontrollerer ikke disse avgjørelsene, som i stedet er en del av det taksonomiske arbeidet og skal gjøres basert på den beste vitenskapelige vurderingen til ansvarlige taksonomer. Imidlertid fastslår nomenklaturelle koder hvordan eksisterende navn skal håndteres under disse omstendighetene. Spesielt kan en eksisterende binomial modifiseres ved å kombinere det spesifikke epitetet med et nytt slektsnavn. Over tid blir mange vitenskapelige navn som anses som fullt gyldige fra et nomenklaturelt synspunkt ikke lenger ansett som gjeldende eller akseptert av taksonomer som jobber med gruppen. Disse navnene er blir da synonymer for et akseptert artsnavn.

Organisering av data på navn og arter 
COL samler informasjon som oppsummerer nomenklaturelle handlinger (publiserte navn, vedtak om tvilsomme navn osv.) og taksonomiske vurderinger (vedtak om å synonymisere artsnavn, endringer i klassifisering osv.) og organiserer det som en offentlig ressurs. Når COL er komplett for en gitt gruppe, kan en bruker finne alle publiserte vitenskapelige navn for gruppen, og om moderne taksonomer ser hvert av disse historiske navnene som et akseptert navn eller som et synonym for en annen art. Gjennom ChecklistBank gir COL også tilgang til et bredt spekter av historiske, regionale eller andre taksonomiske synspunkter på de samme navnene.

Fakta og hypoteser 
Skillet mellom nomenklatur, som den formelle prosessen for å publisere navn, og taksonomi, som pågående forskning på forholdet mellom organismer og hvordan de bør grupperes i taxa, er viktig.

Selv om det finnes feil i databaser, omfatter informasjon om et publisert navn (nomenklatur) et sett med verifiserbare objektfakta (en gitt forfatter publiserte navnet på en bestemt side i en gitt publikasjon, osv.). Dette betyr at en enkelt database nøyaktig kan inneholde alt vi trenger å vite om alle navn publisert under en hvilken som helst kode. COL samarbeider med sentrene som søker å vedlikeholde slike databaser for hver kode, kjent som nomenklatorer. Disse inkluderer ZooBank for dyrenavn, International Plant Name Index for plantenavn og Index Fungorum for soppnavn. COL ønsker ikke å opprettholde en egen versjon av nomenklaturdataene for hvert rike og jobber med disse partnerne for å forbedre en enkelt database som det offisielle sannhetspunktet for denne informasjonen.

På den annen side, når taksonomer bestemmer hvordan de skal representere variasjonen innenfor en hvilken som helst taksonomisk gruppe som et sett med navngitte arter og en klassifisering, er disse avgjørelsene hypoteser som kan oppdateres over tid etter hvert som nye bevis dukker opp eller når fremtidige forskere tolker bevisene på nytt. Dette betyr at ulike taksonomer kan lage alternative artslister for samme gruppe. Selv om nomenklatorene kan ha som mål å bli endelige og faktisk nøyaktige databaser for navn, er det ikke mulig å levere en slik database for artsbegreper. Catalog of Life jobber med taksonomiske samfunn for å utvikle og ta i bruk moderne konsensusbaserte artslister for hver taksonomiske gruppe.

Behovet for globalt unike identifikatorer 
I en studie publisert i 2011 argumenterer en gruppe forskere for behovet av å legge til globalt unike identifikatorer til Catalog of Life. De hevder at effektiviteten av bruken av databasen hindres av variasjon i individers meninger og forståelse av disse vilkårene, faktisk, i noen tilfeller vil mer enn ett navn ha blitt brukt for å referere til den samme organismen. Dette betyr at det er ønskelig å kunne gi unike etiketter til hvert av disse ulike konseptene i katalogen og å kunne bestemme hvilke konsepter som brukes i andre systemer, slik at de kan assosieres med konseptene i katalogen. Ikke bare er dette nødvendig, men det er også nødvendig å kjenne til sammenhengene mellom alternative konsepter som forskere kan ha brukt, da disse bestemmer hva som kan utledes når data assosiert med relaterte konsepter blir behandlet. En ytterligere komplikasjon er at selve katalogen utvikler seg etter hvert som vitenskapelig mening endres på grunn av en økende forståelse av livet.

Forskerne beskriver videre hvordan de tenker seg såkalte Life Science Identifiers (LSID) som globalt unike identifikatorer i Catalog of Life, som forklarer hvordan kartleggingen til artsbegreper utføres, hvordan konsepter er knyttet til spesifikke utgaver av katalogen, og hvordan Taxon Concept Schema er tatt i bruk for å uttrykke informasjon om konsepter og deres sammenhenger.

Referanser

Eksterne lenker 
 

Biologisk nomenklatur
Biologisk systematikk