Nextstrain

Nextstrain er et samarbeid mellom forskere i Seattle i USA og i Basel i Sveits som stiller til rådighet en samling av open-source-verktøy for visualisering av genetikken bak spredningen av virusutbrudd.

Målsettingen er å støtte opp om offentlige helsetiltak og -overvåking ved å styrke forståelsen av spredning og utvikling av patogener. Nextstrain-plattformen ble lansert i 2015. Koding utviklet av Nextstrain fjørst alment tilgjengelig via for eksempel github.com og data er tilgjengelig of synliggjort på brukervennlig måte på nettsiden.

Bruksområder
Nextstrain-teamet tar sikte på å være oppdatert medgenomanalyser av de følgendepatogener:

 Dengue
 Enterovirus D68
 Fugleinfluensa
 Kusma
 Meslinger
 SARS-CoV-2 - der resultatene er blitt benyttet etter covid-19-pandemiens utbrudd i 2020.
 Sesonginfluensa
 Tuberkulose
 Vestafrikansk Ebola 2013-16
 Vestnilfeber
 Zikafeber

Referanser

Eksterne lenker
 - Official Homepage

Helseorganisasjoner
Vitenskapelige organisasjoner