SARS-CoV-2 Alfa-varianten

Sars-CoV-2 Alfa-varianten, tidligere Lineage B.1.1.7, eller Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01), også kalt B.1.1.7, er en variant av SARS-CoV-2, viruset som fører til covid-19. Varianten ble først oppdaget i Storbritannia i oktober 2020 fra en sekvensert virusprøve fra september, og begynte å spre seg bredt i midten av desember. Varianten syntes også å korrelere med den betydelige økningen av bekreftede sykdomstilfeller i England. Denne økningen antas delvis å skyldes at mutasjonen av N501Y inne i virusmembranens proteiners reseptorbindende domene som trenges for å bindes til ACE2 hos menneskets celler.

Nomenklatur 
Den 1. juni 2021 navngav Verdens helseorganisasjon (WHO) varianten som Alfa-varianten. 

Varianten ble lenge kalt B.1.1.7, og Variant of Concern 202012/01 (VOC-202012/01). Varianten var tidligere også kalt the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) av Public Health England, men navnet ble senere endret til Variant of Concern (VOC-202012/01) den 21. desember 2020. Tidlige rapporter kalte varianten UK COVID-19 variant, og UK Coronavirus variant. I Storbritannia kan man også høre den omtalt som Kentvariant.

Oppdagelse 
VOC-202012/01 ble oppdaget i oktober 2020 av COG-UK (COVID-19 Genomics UK) som er en koalisjon bestående av myndigheter og NHS. Varianten ble oppdaget i en virusprøve som var blitt sekvensert i september samme år. Varianten spredte seg uten kontroll i det sørlige England. I flere land i Europa og i Australia oppdaget man varianten. Flere europeiske land svarte med å forby innreise fra Storbritannia for å stagge spredningen av varianten.

De to første genoppsetningene tilhørende B.1.1.7-stammen ble innsamlet 20. september 2020 i Kent i England og ytterligere ett den 21. september 2020 i London. I løpet av de første to uker fra 15. desember ble det foretatt 1623 genoppsetninger i B.1.1.7-stammen. Av disse kom 519 prøver inn fra London, 555 fra Kent, 545 fra andre regioner i Storbritannia og ytterligere fire fra andre land.

Smittesporing påviste at denne variant fremtrådte i september 2020 og sirkulerte i lave nivåer i midten av november. Første gang denne variant kunne kobles til økningen av tilfeller var sent av november da Public Health England (PHE) utredet hvorfor smitten ikke sank i Kent trass i nasjonale restriksjoner. PHE oppdaget så en klynge (cluster) som kunne knyttes til denne varianten som spredtes raskt til London og Essex.

Skjønt varianten først ble oppdaget i Kent er det ikke fastlagt hvor den hadde sitt opphav. Teorier spekulerer at varianten kan ha opphav hos en kronisk syk person med nedsatt immunforsvar som kan ha gitt viruset lang tid til å forøke seg og mutere.

Karakter

Genetikk 
Mutasjoner av SARS-CoV-2 er vanlig forekommende: nærmere 4000 mutasjoner er blitt påvist i virusets spike glykoprotein, ifølge COG-UK. Fokus på mutasjoner er en vanlig måte å spore spredningen av viruset. Det viser også at SARS-CoV-2 kom til Storbritannia i over 1000 enkelttilfeller og det viser at en variant med mutasjon G614 har helt fortrengt den tidligere mutasjonen D614.

VOC-202012/01-varianten karakteriseres av 23 mutasjoner: 13 ikke-synonyme mutasjoner, 4 deletions og 6 synonyme mutasjoner. Det er 17 mutasjoner som endrer proteinet og seks som ikke gjør det.

Effekt på vaksine 
I 2020 fremstod det flere kandidater til covid-19-vaksiner som ble utforsket eller levert til land, blant annet Pfizer-BioNTechs kandidat.

Siden 20. desember 2020 var bildet fra Public Health England at det ikke var beviser som skulle gi mistanker om at mutasjonen skulle være immun mot Pfizer-BioNTechs vaksine som da var blitt introdusert i Storbritannias vaksineprogram. Oppfatningen er at mennesker fortsatt turde bli beskyttet mot Covid-19 med vaksinen.

Spredning 
Det første tilfelle var trolig i midten av september 2020 i London eller Kent i Storbritannia. Fra og med 13. desember 2020 til årsskiftet var det identifisert 1108 smittetilfeller med denne varianten i Storbritannia hos nærmere 60 lokalmyndigheter. Majoriteten var i sørøstre England. Denne varianten ble også funnet i Wales og Skottland. I midten av desember ble det beregnet at nesten 60 % av alle tilfeller i London var med varianten VOC-202012/01. Den 20. desember rapporterte BBC at WHO meldte om ni nye tilfeller oppdaget i Danmark og ett hver i både Nederland og Australia. Senere samme dag tilkom det fire nye tilfeller i Belgia, og ett i Italia. Storbritannia og Danmark sekvenserte sine smitteprøver i meget høyere grad enn andre land og derfor var det plausibelt at flere land ville oppdage varianten før eller siden.

En stamme med samme N501Y-mutasjon (som kan gi meget mer smittespredning), men med annen opprinnelse enn det i Storbritannia ble også funnet i Sør-Afrika. Den er blitt kalt Variant 501.V2. Denne N501Y-mutasjonen ble oppdaget også i Australia i juni-juli, i USA i juli og i Brasil i april. Det er heller ikke klart om den var fremvokst i Storbritannia eller var en import dit.

Den 24. desember 2020 ble det kjent at det også i Nigeria var dukket opp en ny variant av SARS-CoV-2. Denne adskiller seg både fra det sørafrikanske 501.V2 og fra det engelske VOC-202012/01, selv om mutasjonen N501Y også er å se i denne.

Se også 
 SARS-CoV-2 Beta-varianten — en mutasjon av SARS-CoV-2 som ble oppdaget i Sør-Afrika.
 Cluster 5 — en mutasjon av SARS-CoV-2 som ble oppdaget hos mink i Danmark
 N439K — en mutasjon av SARS-CoV-2 som ble oppdaget i Skottland.
 SARS-CoV-2 Gamma-varianten - en mutasjon av SARS-CoV-2 som ble oppdaget i Japan hos innreisende fra Brasil.
 SARS-CoV-2 Theta-varianten - en mutasjon av SARS-CoV-2 som ble oppdaget på Filippinene.

Referanser

S01