Sekundær metabolitt

Sekundære metabolitter er de kjemiske forbindelsene i organismer som ikke er direkte involvert i normal vekst, utvikling eller forplantning av organismer. Typiske primære metabolitter finnes hos alle arter innenfor brede fylogenetiske grupperinger og blir produsert ved hjelp av de samme stoffskifteveier (eller omtrent samme vei) i alle disse artene. Sekundære metabolitter (stoffskifteprodukter) derimot er ofte knyttet til en enkelt art (eller finnes bare i en liten gruppe arter i en snever fylogenetisk gruppe), og uten disse forbindelsene lider organismen bare under en mild begrensning, nedsatt overlevelse/fekunditet, estetiske ulikheter eller ingen endring i fenotype overhode.

Funksjon eller betydning av disse forbindelsene for organismen er som oftest av en økologisk karakter ettersom de brukes i forsvar mot rovdyr, parasitter og sykdommer, for tverrartslig konkurranse og for å hjelpe de reproduktive prosessene (fargemidler, attraktive dufter, etc). Fordi disse forbindelsene som oftest er avgrenset til en mye mer begrenset gruppe av organismer, har de lenge vært av største betydning i taksonomisk forskning.

Bio-mining er prosessen med å lete fram organismer i den hensikt å utnytte deres naturlige produkter til direkte utvikling av legemidler eller annen teknologisk utvikling, eller som en inspirasjon for unaturlige produkter. Dette vil berøre sekundære metabolitter i planter, bakterier, sopper og mange hav-organismer (svampdyr, tunikater, koraller, snegler). I noen tilfeller vil høyere organismer være vert for en mikroorganisme som er den reelle produsenten av det aktuelle produktet, som et ledd i en symbiotisk relasjon. De fleste sekundære metabolitter som er av interesse for mennesket passer inn i de følgende kategorier, og enkelte passer inn i mer enn en:

Disse kategoriene er vide kategorier som klassifiserer sekundære metabolitter basert på deres biosyntetiske opprinnelse. Fordi sekundære metabolitter ofte skapes av modifiserte syntaser av primære metabolitter, eller «lånte» substrata av primærmetabolittopprinnelse, bør disse kategoriene ikke tolkes som uttrykk for at alle molekyler i en kategori er sekundære metabolitter (for eksempel steroide-kategorien), men mer for at det eksisterer sekundære metabolitter i disse kategoriene.

Små «små molekyler»

 Alkaloider (vanligvis en liten, sterkt derivert aminosyre):
  Hyoscyamin, til stede i Datura stramonium
  Atropin, til stede i Atropa belladonna, Belladonnaurt
  Kokain, til stede i Erythroxylon coca, Kokaplanten
  Kodein og Morfin, til stede i Papaver somniferum, opiumsvalmuen
  Tetrodotoksin, et mikrobialt produkt i fugu og enkelte salamandere
 Terpenoider (kommer fra semiterpen oligomerisasjon):
  Azadirachtin A, (Neem-treet)
  Artemisinin, til stede i Artemisia annua, Kinesisk malurt
  Steroider (Terpener med en bestemt ringstruktur) 
  Saponiner (plantesteroider, ofte glykosylerte)
 Glykosider (sterkt omdannede sukkermolekyler):
  Nojirimycin
 Glukosinolater
 Fenoler:
 Resveratrol
 Fenaziner:
 Pyocyanin
Fenazin-1-karboksylsyre (og derivater)

Store «små molekyler», produsert av store, modulære «molekylfabrikker».

 Polyketider:
  Erytromycin
  Diskodermolid
 Fettsyre-syntaseprodukter :
 FR-900848
 U-106305
 Floroglukinoler
 Ikkeribosomale peptider:
  Vancomycin
  Tiostrepton
  Ramoplanin
  Teikoplanin
  Gramicidin
  Bacitracin
 Hybrider av de tre over:
  Epotilon

Ikke-«små molekyler»  – DNA, RNA, ribosom eller polysakkarid «klassiske» biopolymerer. 
 Ribosomale peptider:
 Microcin-J25

Stoffskiftet