RFLP

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。

ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、
 生きた細胞の採取
 細胞の培養（数日）
 比較的高品質なDNAの抽出
 DNAの切断
 電気泳動
 ブロッティング
 放射性同位元素等でラベルしたプローブのハイブリダイズ
 X線フィルムへの感光・現像
といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、
 比較的粗雑なDNAの採取
 PCR（2時間程度）
 DNAの切断
 電気泳動
 紫外線によるDNAの可視化
と、半日程度で可能となった。

断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法 

以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。

 個体A
                a                     b         c
                |         2 kb        |   1 kb  |
 DNA -----------|---------------------|---------|-------
              SfaN I                SfaN I    SfaN I
                      
                    プローブと相補的な領域
 
 個体B
                a                     b         c
                |              3 kb             |
 DNA -----------|-------------------------------|-------
              SfaN I                          SfaN I
                      
                           
 
       サザンブロッティングの結果   ↓                 
                                         
          5 kb _                     
          4 kb _                     
                                         
          3 kb _            __            
                                                
                                               
          2 kb _   __                   
                                               
                                                
                                               
          1 kb _                           
                                         
                                         
          サイズ　      個体A    個体B 
          マーカー                   
                                         
 上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。
          個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しないはプローブが結合する領域。
 下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。
 （簡略のため一倍体生物を想定している）

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