Varian Alpha SARS-CoV-2

Varian Alpha SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.1.7, 20I/501Y.V1, atau VOC-202012/01 (baca ), adalah sebuah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting dan diperkirakan 40%–80% lebih mudah menular daripada varian asalnya (baca ). Varian ini ditemukan pada bulan November 2020 dari sampel yang diambil pada September 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya; varian ini menyebar cepat pada pertengahan Desember dan dikorelasikan dengan pertambahan jumlah infeksi SARS-CoV-2 di negara tersebut. Varian ini juga tercatat memiliki mutasi yang lebih banyak daripada normalnya.

Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya. Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.

Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02). Salah satu mutasinya (N501Y) juga ada dalam varian Beta dan Gamma.

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Alpha bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik. WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).

Nama 
Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant, atau (khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent.

Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE), tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020. Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7, sedangkan Nextstrain menyebutnya dengan 20I/501Y.V1.

Nama VOC-202102/02 merujuk pada varian dengan mutasi E484K (baca ).

Penemuan 

Varian ini ditemukan pertama kali pada awal Desember 2020 dengan menganalisis data genom akibat laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau sudah ada pembatasan skala nasional.

Pelacakan mundur dengan bukti genetik menunjukkan bahwa varian ini muncul pada September 2020 dan kemudian meluas pada tingkat sangat rendah dalam populasi sampai pertengahan November 2020. Peningkatan jumlah kasus mulai dikaitkan dengan varian ini pada akhir November 2020 ketika Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) menyidiki laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau ada pembatasan skala nasional. PHE lalu menemukan suatu klaster yang terkait dengan varian ini menyebar cepat ke London dan Essex.

Ada dugaan bahwa varian ini mungkin berasal dari pasien luluh imun sehingga virus punya waktu lama untuk memperbanyak diri dan berevolusi.

Sifat

Gejala 
Imperial College London menyidiki lebih dari sejuta orang di Inggris ketika varian Alpha sedang dominan dan menemukan banyak gejala yang terkait dengan Covid-19. Menggigil, tidak nafsu makan, sakit kepala, dan nyeri otot jamak ditemui pada penderita.

Transmisi 

Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris Tenggara, dan London) pada Desember 2020, sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.

Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y, yaitu perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501. Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.

Genetika 

Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.

Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim, yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.

Efektivitas vaksin 
Per akhir 2020, beberapa vaksin Covid-19 sedang dikirim atau sedang dikembangkan.

Namun, seiring kemunculan mutasi, muncul keraguan tentang perlunya pengubahan vaksin. SARS-CoV-2 tidak bermutasi secepat virus influenza misalnya dan vaksin baru yang terbukti efektif pada akhir 2020 adalah jenis yang bisa disesuaikan jika perlu. Pada akhir 2020, otoritas kesehatan Jerman, Britania Raya, dan Amerika Serikat serta para pakar percaya bahwa vaksin yang ada akan efektif terhadap VOC-202012/01 (varian ini) seperti varian sebelumnya.

Per 20 Desember 2020, Kesehatan Masyarakat Inggris mengonfirmasi bahwa tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa varian baru ini akan tahan terhadap vaksin Pfizer–BioNTech yang sedang dipakai dalam vaksinasi Britania Raya dan masyarakat tersebut akan tetap terlindungi.

Mutasi E484K 
Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris melaporkan bahwa mereka menemukan beberapa genom VOC-202012/01 dengan mutasi E484K yang juga muncul dalam varian Beta dan Gamma. Mutasi ini bisa mengurangi efektivitas vaksin.

Statistik

Tabel

Penyebaran 

Kasus varian Alpha (B.1.1.7) mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.

Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini.

Lihat pula 

 Varian SARS-CoV-2
 Varian Beta SARS-CoV-2
 Varian Gamma SARS-CoV-2
 Varian Delta SARS-CoV-2

Catatan kaki

Referensi

Pranala luar 

  
  Kesehatan Masyarakat Inggris: Varian: Persebaran Britania Raya – ringkasan dari empat persebaran nasional
  Garis keturunan PANGO: Laporan Varian Baru - Laporan tentang persebaran global garis keturunan B.1.1.7
  Pangkalan data pengurutan GISAID - Pelacakan varian Covid-19

Varian SARS-CoV-2