Daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur

Berikut adalah daftar perguruan tinggi negeri di Kalimantan Timur, di bawah pengelolaan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia. Daftar ini tidak mencakup perguruan tinggi keagamaan di bawah pengelolaan Kementerian Agama (antara lain: sejumlah Universitas Islam Negeri atau UIN) dan perguruan tinggi kedinasan yang dikelola oleh Departemen/Kementerian atau Lembaga Pemerintah Non Departemen lainnya (misalnya: perguruan tinggi swasta maupun perguruan tinggi Islam swasta), yang masing-masing mempunyai daftar tersendiri.

Sesuai Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, perguruan tinggi dapat berbentuk Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, atau Akademi.

Balikpapan 
 Politeknik Negeri Balikpapan
 Institut Teknologi Kalimantan (ITK)

Samarinda 
 Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Kalimantan Timur
 Politeknik Negeri Samarinda
 Universitas Mulawarman
 Politeknik Pertanian Negeri Samarinda
 IAIN Samarinda

 Negeri