Daftar cagar alam di Indonesia

Di Indonesia, secara garis besar cagar alam terbagi dalam Cagar Alam Daratan, baik tanah maupun perairan darat, Cagar Alam Laut, dan Cagar Alam Biosfer. Di pulau Jawa hanya dijumpai Cagar Alam Daratan dan Cagar Alam Laut.

Sampai dengan tahun 2008, di Indonesia telah ditetapkan sedikitnya 237 lokasi cagar alam, baik daratan maupun perairan, dengan luas keseluruhan mencapai 4.730.704,04 hektare. Cagar alam tersebut tersebar di berbagai wilayah di Indonesia.

Sumatera

Aceh 

 Cagar Alam Rafflesia Aceh–Serbojadi; Aceh Timur, NAD, 300,00 ha, ZB Tahun 1936 Nomor 159/AGR, 19 Desember 1936.
 Cagar Alam Hutan Pinus Jantho

Sumatera Utara 
 Cagar Alam Batu Gajah; Simalungun, Sumatera Utara, 0,80 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
 Cagar Alam Batu Ginurit; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,50 ha, ZB No. 390/1934, 17 September 1934.
 Cagar Alam Liang Balik; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,31 ha, ZB No. 221/1936, 1 November 1936.
 Cagar Alam Lubuk Raya; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 3.050,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor : 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
 Cagar Alam Martelu Purba; Langkat, Sumatera Utara, 195,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 471/Kpts-II/93, 9 Februari 1993.
 Cagar Alam Dolok Saut-Surungan; Tapanuli Utara, Sumatera Utara, 39,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
 Cagar Alam Sei Ledong; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 1.100,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.
 Cagar Alam Sibolangit; Sibolangit, Sumatera Utara, 9,15 ha, ZB Tahun 1938 Nomor 37/PK, 10 Maret 1938.
 Cagar Alam Dolok Sibual-Buali; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 5.000,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 215/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
 Cagar Alam Dolok Sipirok; Tapanuli Selatan, Sumut, 6.970,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 226/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
 Cagar Alam Dolok Tinggi Raja; Simalungun, Sumatera Utara, 167,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Desember 1982.

Sumatera Barat 
 Cagar Alam Air Putih; Lima Puluh Koto, Sumatera Barat. 23.467,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Air Terusan; Pesisir Selatan, Solok, Sumatera Barat, 25.177,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan No: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Lembah Anai; Tanah Datar, Sumatera Barat, 221,00 ha, GB 25 ZB 765, 12 Agustus 1922, dan tambahan wilayah mencakup Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, seluas 100.000,00 ha sesuai dengan Keputusan Menteri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999 – jadi total 100.221,00 ha.
 Cagar Alam Arau Hilir; Pasaman, Sumatera Barat, 5.377,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Barisan I; Padang Pariaman, Tanah Datar, Solok, Kota Padang, Sumatera Barat, 74.821,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Batang Palupuh; Agam, Sumatera Barat, 3,40 ha, GB No.3/1930, 14 November 1930.
 Cagar Alam Beringan Sati; Tanah Datar, Sumatera Barat, 0,03 ha, GB No. 60 & ZB No. 683/1922, 12 Agustus 1922.
 Cagar Alam Lembah Harau, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 270,50 ha, GB No. 13/1933, 1 Oktober 1933.
 Cagar Alam Malampah Alahan Panjang; Lima Puluh Koto, Pasaman, Sumatera Barat, 36.919,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Maninjau Utara-Selatan; Agam, Pariaman, Sumatera Barat, 22.106,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pangean I; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 12.200,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pangean II; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 33.580,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 222/Kpts-II/2000, 2 Agustus 2000.
 Cagar Alam Rimbo Panti; Pasaman, Sumatera Barat, 2.550,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/1/79, 7 Januari 1979.
 Cagar Alam Gunung Sago; Tanah Datar, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 5.486,00 ha, Kepu-tusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gunung Singgalang Tandikat; Agam, Tanah Datar, Sumbar, 9.658,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Riau 
 Cagar Alam Pulau Berkey; Rokan Hilir, Riau, 500,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
 Cagar Alam Bukit Bungkuk; Kampar, Riau, 20.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 173/Kpts-II/1986, 6 Juni 1986.

Jambi 
 Cagar Alam Hutan Bakau Pantai Timur; Tanjung Jabung, Jambi, 4.126,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 14/Kpts-II/2003, 7 Januari 2003.
 Cagar Alam Sungai Batara; Tanjung Jabung Barat, Jambi, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Buluh Hitam; Bungo Tebo, Jambi, 700,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Cempaka; Bungo Tebo, Jambi, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Durian Luncuk I; Sarolangun Bangko, Jambi, 73,74 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 820/Kpts-II/1997, 30 Desember 1997.
 Cagar Alam Durian Luncuk II; Batanghari, Jambi, 41,37 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 821/Kpts-II/ 1997, 30 Desember 1997.
 Cagar Alam Gua Ulu Tingko; Sarolangun Bangko, Jambi, 1,00 ha, GB 6 Staatsblad 1919, 21 Februari 1919.

Sumatera Selatan 
 Cagar Alam Bungan Maskikim; Lahat, Sumatera Selatan, 1,00 ha, GB No. 83/1919 Staatsblad 392, 19 Juli 1919.

Bengkulu 
 Cagar Alam Air Alas. Bengkulu Selatan, Bengkulu. 59,50 ha, Kep Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
 Cagar Alam Air Rami I Reg 87; Bengkulu Utara, Bengkulu, 233,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Air Rami I Reg 87A; Bengkulu Utara, Bengkulu, 38,99 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Air Seblat; Bengkulu Utara, Bengkulu, 89,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI No: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Sungai Bahelo; Bengkulu Utara, Bengkulu, 674,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Wang I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,22 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
 Cagar Alam Despatah I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,26 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
 Cagar Alam Dusun Besar; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1.777,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 383/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Kioyo I dan II; Bengkulu Utara, Bengkulu, 305,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Klowe; Bengkulu Utara, Bengkulu, 7.271,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Konak; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,80 ha, GB No. 9/1932, 14 Mei 1932.
 Cagar Alam Tanjung Laksaha; Bengkulu Utara, Bengkulu, 445,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Manna; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1,50 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 435, 27 Agustus 1932.
 Cagar Alam Danau Menghijau; Rejang Lebong, Bengkulu, 139,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 482/Kpts-II/1999, 29 Juni 1999
 Cagar Alam Muko-Muko I; 230,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Muko-Muko II Reg 100, Bengkulu Utara, Bengkulu, seluas 130,00 ha sesuai dengan Keputusan Menteri Kehutanan RI No-mor : 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Pager Gunung I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,21 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
 Cagar Alam Pager Gunugn III/IV/V; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 649/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
 Cagar Alam Pasar Ngalam Reg 92; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 265,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985.
 Cagar Alam Pasar Seluma Reg 93; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 159,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
 Cagar Alam Pasar Telo Reg 94; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 487,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985
 Cagar Alam Taba Pananjung; Bengkulu Utara, Bengkulu, 3,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 430/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Talang Ulu; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,57 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 648/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
 Cagar Alam Danau Tes; Rejang Lebong, Bengkulu, 3.230,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Desember 1985

Lampung 
 Cagar Alam Laut Pulau Anak Krakatau; Lampung Selatan, Lampung, 13.735,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 85/Kpts-II/1990, 7 November 1990.

Kepulauan Riau 
 Cagar Alam Pulau Burung; Kepulauan Riau, 200,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam Pulau Laut; Kepulauan Riau, 400,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.

Kalimantan

Kalimantan Barat 
 Cagar Alam Laut Kepulauan Karimata
 Cagar Alam Gunung Nyiut Penrissen
 Cagar Alam Gunung Raya Pasi
 Cagar Alam Lho Pat Foen Pi
 Cagar Alam Mandor
 Cagar Alam Muara Kendawangan

Kalimantan Selatan 
 Cagar Alam Teluk Kelumpang
 Cagar Alam Gunung Kentawan
 Cagar Alam Sungai Bulan dan Sungai Lulan
 Cagar Alam Teluk Pamukan

Kalimantan Tengah 
 Cagar Alam Bukit Tangkling
 Cagar Alam Pararawen I dan II
 Cagar Alam Bukit Sapat Hawung

Kalimantan Timur 
 Cagar Alam Padang Luway
 Cagar Alam Teluk Apar
 Cagar Alam Muara Kaman Sedulang
 Cagar Alam Teluk Adang

Sulawesi

Sulawesi Utara 
 Cagar Alam Gunung Lokon
 Cagar Alam Gunung Tangkoko Batuangus
 Cagar Alam Gunung Duasudara
 Cagar Alam Gunung Ambang
 Cagar Alam Panua
 Cagar Alam Pulau Mas, Popaya, dan Raja
 Cagar Alam Tangale

Gorontalo 
 Cagar Alam Mas Popaya Raja
 Cagar Alam Tanjung Panjang
 Cagar Alam Panua
 Cagar Alam Tangale

Sulawesi Tengah 
 Cagar Alam Tanjung Api
 Cagar Alam Gunung Dako
 Cagar Alam Morowali
 Cagar Alam Pamona
 Cagar Alam Pangi Binanga
 Cagar Alam Pati-Pati
Cagar Alam Gunung Sojol
 Cagar Alam Gunung Tinombala

Sulawesi Tenggara 
 Cagar Alam Kakenauwe
 Cagar Alam Lamedae
 Cagar Alam Napabalano

Sulawesi Selatan 
 Cagar Alam Faruhumpenai
 Cagar Alam Kalaena
 Cagar Alam Ponda-Ponda; Tana Toraja, Sulawesi Selatan, 77,22 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 201/Kpts-II/1999, 14 April 1999.

Papua 
 Cagar alam Gunung Lorentz

Jawa

Banten

Jawa Barat

Jawa Tengah 

 Cagar Alam Bantarbolang; Pemalang, 24,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Bekutuk; Blora, 25,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 595/Kpts/Um/9/79, 21 September 1979.
 Cagar Alam Gunung Butak; Rembang, 25,40 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 79/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 11 Maret 2004.
 Cagar Alam Cagar AlamBAK I/; Blora, 30,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gunung Celering; Jepara, 1.379,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 755/ Kpts-II/1989, 16 Desember 1989.
 Cagar Alam Curug Bengkawah; Pemalang, 1,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Telog Dringo; Banjarnegara, 26,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gunung Gebugan-Ungaran; Semarang, 1,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Getas; Semarang, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Guci; Pemalang, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Karang Bolong; Cilacap, 0,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam KELING I/II/III; Jepara, 61,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Kembang; Jepara, 1,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pegunungan Cemara; Kebumen, Wonosobo, & Banjarnegara, 1.500,00 ha.
 Cagar Alam Moga; Pemalang, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Nusakambangan; Cilacap, 1.205,00 ha. Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pager Wunung Daruprono; Kendal, 33,20 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 115/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 19 April 2004.
 Cagar Alam Karangsambung; Kebumen, 228,20 ha,Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pantodomas; Wonosobo, 4,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam PESON SUBAH I; Batang, 10,40 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 82/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
 Cagar Alam PESON SUBAH II; Batang, 100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam PRINGOMBO I/II; Banjarnegara, 58,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Telogo Ranjeng; Pemalang, 18,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Sepakung; Semarang, 10,00 ha, Keputusan Menhu Nomor: 74/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
 Cagar Alam SUBVAK 18C/19B; Tegal, 6,60 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Telaga Sumurup; Banjarnegara, 20,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Ulo Lanang Kecubung; Batang, 69,70 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 106/Menteri Kehutanan RI-II/2004, 14 April 2004.
 Cagar Alam VAK 53 COMAL; Pemalang, 24,10 ha, GB No. 2980.

Jawa Timur 

 Cagar Alam Gunung Abang; Pasuruan, 50,40 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 458/Kpts/ Um/7/78, 24 Juni 1978.
 Cagar Alam Nusa Barong; Jember, 6.100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pulau Bawean; Surabaya, 725,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 762/Kpts/Um/12/1979, 5 Desember 1979.
 Cagar Alam Besowo Gadungan; Kediri, 7,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Ceding; Bondowoso, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Corah Manis Sempolan; Jember, 16,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Kawah Ijen Merapi Unggup-Unggup; Banyuwangi, 2.468,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Janggangan Regojampi I/II; Banyuwangi, 7,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Sungai Kolbu Iyang Plateu; Bondowoso, 18,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Manggis Gadungan; Kediri, 12,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gua Nglirip; Bojonegoro, 3,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pancur Ijen I/II; Bondowoso, 3,95 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gunung Picis; Ponorogo, 27,90 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam SaobiI–Kangean; Sumenep (Madura), 430,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Pulau Sempu; Malang, 877,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Gunung Sigogor; Ponorogo, 190,50 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Watangan Puger I-VI; Jember, 2,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam Wijaya Kusuma; Cilacap, 1,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Yogyakarta 

 Cagar Alam TELUK BARON; Gunung Kidul, 2,00 ha, GB 379/321/16, 24 Maret 1933.

Jakarta 

 Cagar Alam PULAU BOKOR; Jakarta Utara, 18,00 ha, GB No. 60/1921 Staatsblad 683, 16 November 1921.

Nusakambangan 

 Cagar Alam Wijayakusuma; Nusakambangan, 24 Juli 1923, 1 Ha. SK Tunjukan Menteri Kehutanan No. SK.359/Menhut-II/2004, 1 Oktober 2004.

Kepulauan Nusa Tenggara

Bali 
 Cagar Alam BATUKARU I/II/III; Tabanan, 1.762,80 ha, SK Menteri Pertanian RI Nomor: 716/Kpts/Um/9/74, 29 September 1974.

Nusa Tenggara Timur 
 Cagar Alam MAUBESI; Belu, Nusa Tenggara Timur,1.830,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 394/Kpts/Um/5/81, 7 Mei 1981.
 Cagar Alam GUNUNG MUTIS; Timor Tengah Selatan, Nusa Tenggara Timur, 12.000,00 ha, SK Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam PERHALU; Kupang, Nusa Tenggara Timur, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 196/Kpts-II/1993, 27 Februari 1993.
 Cagar Alam TAMBORA; Ende, Nusa Tenggara Timur, 1.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam WATU ATA; Ngada, Nusa Tenggara Timur, 4.898,80 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 432/Kpts-II/1992, 5 Mei 1992.
 Cagar Alam WAY WUUL/MBURAK; Manggarai, Nusa Tenggara Timur, 1.484,84 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 437/Kpts-II/1996, 9 Agustus 1996.
 Cagar Alam WOLO TADO, NGEDE NALO MERAH, SIUNG; Ngada, Nusa Tenggara Timur, 4.016,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 429/Kpts-II/1992, 5 Mei 1992.
 Cagar Alam PULAU KOMODO; Manggarai, Nusa Tenggara Timur, 390 km²

Nusa Tenggara Barat 
 Cagar Alam PULAU PANJANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 1.641,25 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 399/Kpts-II/1986, 21 April 1986.
 Cagar Alam SANGIANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 7.492,25 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam TAMBORA SELATAN; Dompu, Nusa Tenggara Barat, 23.840,81 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
 Cagar Alam TANAH PEDAUH; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 543,50 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/8/75, 20 Agustus 1975.
 Cagar Alam TOFO KOTA LAMBU; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 3.333,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Kepulauan Maluku 
Wilayah Kepulauan Maluku terletak pada posisi 2°30′−9° LS sampai. 124°−135° BT memiliki 18 lokasi cagar alam (13 kawasan berada dalam wilayah provinsi Maluku dan 5 lokasi berada di kawasan provinsi Maluku Utara) dari 237 kawasan yang ditetapkan sebagai cagar alam di seluruh Indoneaia.

Papua memiliki 24 cagar alam alam yang 12 di antaranya terdapat di provinsi Papua Barat dan sisanya, 12 kawasan terdapat di provinsi Papua. Dari ke-24 cagar alam tersebut, hanya satu lokasi yang berupa cagar alam laut sedangkan 23 kawasan lainnya merupakan cagar alam darat atau yang biasa disebut sebagai cagar alam saja.

Maluku 
 Cagar Alam Pulau Angwarmase
 Cagar Alam Gunung Api Kisar
 Suaka Alam Perairan Kepulauan Aru Tenggara
 Taman Wisata Perairan Laut Banda
 Cagar Alam Bekau Huhun
 Cagar Alam Daab
 Cagar Alam Pulau Larat
 Cagar Alam Masbait
 Cagar Alam Pulau Nustaram
 Cagar Alam Pulau Nuswotar
 Cagar Alam Pulau Pombo
 Cagar Alam Gunung Sahuwai
 Cagar Alam Tefermaar

Maluku Utara 
 Cagar Alam Lifamatola
 Cagar Alam Pulau Obi
 Cagar Alam Pulau Seho
 Cagar Alam Gunung Sibela
 Cagar Alam Taliabu

Papua

Papua 
 Cagar Alam Pulau Biak Utara
 Cagar Alam Danau Bian
 Cagar Alam Bupul
 Cagar Alam Pegunungan Cyclops
 Cagar Alam Nabire
 Cagar Alam Pulau Pombo
 Cagar Alam Pulau Supiori
 Cagar Alam Tamrau Selatan
 Cagar Alam Yapen Tengah

Papua Barat 
 Cagar Alam Batanta Barat
 Cagar Alam Teluk Bintuni
 Cagar Alam Pegunungan Fakfak
 Cagar Alam Pulau Kofiau
 Cagar Alam Pegunungan Kumawa
 Cagar Alam Misool Selatan
 Cagar Alam Salawati Utara
Cagar Alam Laut Sansafor
 Cagar Alam Tamrau Utara
 Cagar Alam Pulau Waigeo Barat
 Cagar Alam Pulau Waigeo Timur
 Cagar Alam Pegunungan Wondi Boy
 Cagar Alam Pegunungan Arfak

Papua Tengah 
 Cagar Alam Enarotali
 Cagar Alam Pegunungan Wayland

Pranala luar 
 https://www.merdeka.com/peristiwa/kelestarian-ujung-barat-pulau-nusakambangan-terancam-lahan-perkebunan.html
 http://www.menlh.go.id 
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/14/daftar-cagar-alam-indonesia-di-jawa/
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/17/daftar-cagar-alam-indonesia-di-nusa-tenggara-dan-bali/
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/21/daftar-cagar-alam-indonesia-di-maluku/
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/19/daftar-cagar-alam-indonesia-di-papua/
 https://web.archive.org/web/20121123090903/http://baysblogger94.blogspot.com/2011/09/bays-blog-daftar-cagar-alam-dan-suaka.html

 
C