Daftar museum di Kota Yogyakarta

Berikut adalah daftar museum di Kota Yogyakarta
 Museum Sonobudoyo
 Museum Sonobudoyo Unit II
 Museum Benteng Vredeburg
 Museum Kraton Yogyakarta
 Museum Puro Paku Alaman
 Museum Dewantara Kirti Griya
 Museum Affandi
 Museum Pendidikan Islam
 Museum Biologi
 Museum TNI AU Dirgantara Mandala
 Museum Perjuangan Yogyakarta
 Museum Pangeran Diponegoro
 Museum Batik
 Museum Monumen Pangeran Diponegoro
 Museum Sasmitaloka Panglima Besar (Pangsar) Jenderal Sudirman
 Museum Pusat TNI AD "Dharma Wiratama"
 Museum Pergerakan Wanita Indonesia
 Museum Gunung Merapi
 Museum Anak Kolong Tangga
 Museum Pahlawan Pancasila
 Museum Ullen Sentalu
 Museum Tembi (Rumah Budaya Tembi)
 Museum Seni Lukis Kontempore Indonesia Nyoman Gunarsa
 Museum Bahari Yogyakarta
 Museum Geoteknologi Mineral UPN Veteran
 Museum Kayu Wanagama
 Museum Sandi

Daftar bertopik Yogyakarta
Daftar museum di Indonesia