Daftar bandar udara tujuan Merpati Nusantara Airlines

Ini adalah daftar bandar udara tujuan maskapai penerbangan Merpati Nusantara Airlines.

Alor - Bandar Udara Mali
Amahai - Bandar Udara Amahai
Balikpapan - Bandar Udara Sultan Aji Muhammad Sulaiman
Bajawa - Bandar Udara Bajawa Soa 
Bandung - Bandar Udara Internasional Husein Sastranegara
Banjarmasin - Bandar Udara Syamsudin Noor
Banyuwangi - Bandar Udara Internasional Banyuwangi
Batam - Bandar Udara Hang Nadim
Biak - Bandar Udara Frans Kaisiepo
Bima - Bandar Udara Bima
Bintuni - Bandar Udara Bintuni
Buol - Bandar Udara Tolo-Toli
Denpasar - Bandar Udara Internasional Ngurah Rai Penghubung
Ende - Bandar Udara H. Hasan Aroeboesman
Gorontalo - Bandar Udara Jalaluddin
Jakarta
 Bandar Udara Internasional Halim Perdanakusuma Penghubung Sekunder
 Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta Penghubung Utama
Jayapura - Bandar Udara Sentani
Kaimana - Bandar Udara Kaimana
Kambuaya - Bandar Udara Kambuaya
Karubaga - Bandar Udara Karubaga
Kebar - Bandar Udara Kebar
Kendari - Bandar Udara Haluoleo
Kepi - Bandar Udara Kepi
Kimam - Bandar Udara Kimam
Kisar - Bandar Udara Kisar
Kupang - Bandar Udara El Tari
Labuan Bajo - Bandar Udara Komodo
Labuha - Bandar Udara Usman Sadik
Langgur - Bandar Udara Dumatubin
Larantuka - Bandar Udara Gewayentana
Luwuk - Bandar Udara Luwuk
Makassar - Bandar Udara Internasional Sultan Hasanuddin Penghubung
Mamuju - Bandar Udara Tampa Padang
Manado - Bandar Udara Internasional Sam Ratulangi
Mangole - Bandar Udara Mangole
Manokwari - Bandar Udara Rendani
Mataram - Bandar Udara Internasional Lombok
Maumere - Bandar Udara Wai Oti
Medan - Bandar Udara Internasional Kuala Namu
Melangguane - Bandar Udara Melanggguane
Merauke - Bandar Udara Mopah
Merdei - Bandar Udara Merdei
Meulaboh - Bandar Udara Meulaboh
Mulia - Bandar Udara Mulia
Nabire - Bandar Udara Nabire
Namlea - Bandar Udara Namlea
Namrole - Bandar Udara Namrole
Nias - Bandar Udara Binaka
Okaba - Bandar Udara Okaba
Oksibil - Bandar Udara Oksibil
Padang - Bandar Udara Internasional Minangkabau
Palembang - Bandar Udara Sultan Mahmud Badaruddin II
Palu - Bandar Udara Mutiara
Pangkal Pinang - Bandar Udara Depati Amir
Pekanbaru - Bandar Udara Internasional Sultan Syarif Kasim II
Poso - Bandar Udara Kasiguncu
Ruteng - Bandar Udara Ruteng
Sampit - Bandar Udara Sampit
Sanana - Bandar Udara Sanana
Sarmi - Bandar Udara Sarmi
Saumlaki - Bandar Udara Olilit
Sawu - Bandar Udara Sawu
Senggo - Bandar Udara Senggo
Sibolga - Bandar Udara Sibolga
Sinabang - Bandar Udara Sinabang
Sinak - Bandar Udara Sinak
Semarang - Bandar Udara Internasional Achmad Yani
Sorong - Bandar Udara Sorong
Surabaya - Bandar Udara Internasional Juanda Penghubung
Tanah Merah - Bandar Udara Tanah Merah
Tanjung Karang - Bandar Udara Radin Inten II
Tarakan - Bandar Udara Internasional Juwata
Teminabuan - Bandar Udara Teminabuan
Ternate - Bandar Udara Babullah
Timika - Bandar Udara Timika
Tiom - Bandar Udara Tiom
Tolitoli - Bandar Udara Tolitoli
Waingapu - Bandar Udara Waingapu
Wamena - Bandar Udara Mau Hau
Yogyakarta - Bandar Udara Internasional Adisucipto

Sydney - Bandar Udara Internasional Sydney
Darwin - Bandar Udara Internasional Darwin
Canberra - Bandar Udara Internasional Canberra
Perth - Bandar Udara Internasional Perth

Subang - Bandar Udara Internasional Subang (kemudian Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur sebelumnya Bandar Udara Internasional Subang)
Kuala Lumpur - Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur
Penang - Bandar Udara Internasional Bayan Lepas

Cebu - Bandar Udara Internasional Mactan-Cebu
Davao - Bandar Udara Internasional Francisco Bangoy

Singapura - Bandar Udara Internasional Changi Singapura

Phuket - Bandar Udara Internasional Phuket

Timor Leste - Bandar Udara Internasional Presidente Nicolau Lobato

Merpati Nusantara Airlines