ՌՆԹ-ների սեքվենավորում

ՌՆԹ-ների սեքվենավորում, ՌՆԹ-ի առաջնային կառուցվածքի որոշում։ Այս հասկացության տակ կարող ենք հասկանալ ինչպես մատրիցային ՌՆԹ-ների, անպես էլ չկոդավորող ՌՆԹ-ների նուկլեոտիդային հաջորդականության որոշումը։ ՌՆԹ-ների ժամանակակից սեքվենավորումը (RNA-seq) հիմնված է կոդավորող ԴՆԹ-ի, հատվածի ուղղակի սեքվենավորման վրա :

Պատմություն
Սեքվենսների գրադարանի ստեղծման գործընթացը կարող է փոփոխվել՝ կապված բարձրարդյունավետ սեքվենսավորման հարթակի հետ։ Ամեն հարթակի համար մշակվել են մի քանի համալիր հավաքածուներ՝ ՌՆԹ-ների տարբեր տիպի գրադարաններ ստեղծելու համար, որոնց ՌՆԹ-ների հաջորդականությունները հարմարեցվում են որոշակի տեխնոլոգիաների յուրահատուկ պահանջներին։ Սակայն վերլուծվող օրինակի բնույթից կախված՝ ամեն տեխնոլոգիայի շրջանակներում կան ընդհանուր գծեր։ Հաճախ մատրիցային ՌՆԹ-ի վրա որևէ ազդեցություն պարզելու համար ՌՆԹ-ի վերջում դրվում է պոլի-А պոչ, որպեսզի համոզվենք կոդավորող և չկոդավորող ՌՆԹ-ների սահմանազատման մեջ։ Դրան կարող ենք հասնել տվյալ տեղամասի հետ միասին՝ օլիգո T պրայմերի հասարակ այրմամբ։ Այդ նպատակով այժմ հաճախ օգտագործում են մագնիսական ուլունքներ։

Պոլի-А ՌՆԹ-ների գրադարան
Արագ և լայնածավալ սեքվենավորման տեխնոլոգիական հիմքն ստեղծվել է 2005 թվականին`454 Life Sciences  և IIIumina (նախկինում Solexsa) ընկերությունների կողմից՝ սկզբում օգտագործելով  գենոմների սեքվենավորման  համար։ Տրանսկրիպտոմների (տրանսկրիպցիայի միջոցով ստացված նյութեր) սեքվենաուլունքներ։

Այժմ որպես ՌՆԹ-ի լայնամասշտաբ սեքվենավորման գործիքային հարթակ  օգտագործվում են IIIumina, 454 Life Sciences և SOLID միջոցները։ Ի տարբերություն տրանսկրիպտոմի վերլուծության մեկ այլ լայնամասշտաբ կիրառվող մեթոդի՝ էքսպրեսիոն միկրոչիպերի, ՌՆԹ սեքվենավորումը հնարավորություն է տալիս  տվյալներ ստանալ տրանսկրիպտոմների սպլայս տարբերակների, նուկլեոտիդային խմբագրումների, միանուկլեոտիդային պոլիմորֆիզմների (բազմաձևություննրի), ինչպես նաև քիմերային գեներ մասին։ Բացի այդ, ՌՆԹ-ների սիքվենավորումը հնարավորություն է տալիս ստանալ քանակական բացարձակ տեղեկություններ փորձանմուշի տրանսկրիպտոմների մասին՝ ի տարբերություն միկրոչիպերի հարաբերական քանակական տվյալների։

Ծանոթագրություններ 

ՌՆԹ-ների սեքվենավորում
ՌՆԹ