BAM (פורמט קובץ)

מפת עימוד בינארית (BAM) היא פורמט של קובץ המכיל נתונים גולמיים מקיפים של רצף גנום; קובץ זה מורכב מהייצוג הבינארי הדחוס של קובצי ה-Sequence Alignment Map.

BAM הוא הייצוג הבינארי הדחוס של SAM (Sequence Alignment Map), ייצוג קומפקטי המאפשר שימוש באינדקסים של עימוד (Alignment) רצף נוקלאוטידים. מטרת השימוש באינדקסים היא לאתר עימודים החופפים למיקום ספציפי במהירות, מבלי לעבור על כל העימודים. לפני יצירת פורמט אינדקס של קובץ BAM, יש למיין את קובץ ה-BAM לפי המזהה של גנום הייחוס משמאל לימין. הפורמט של קובץ BAM הוא BGZF דחוס.

המבנה של קובצי BAM כולל קטע של כותרות בהתחלה (headers) ולאחר מכן את העימוד עצמו:
 כותרת – מכילה את שם הדוגמה, אורך הדוגמה ושיטת העימוד. מקטע העימוד מכיל עימוד המקושר למידע ספציפי במקטע הכותרת.
 עימוד – מכיל את שם הקריאה, רצף הקריאה, איכות הקריאה, מידע על העימוד ותגיות מותאמות אישית. בשם הקריאה כלולים מספר הכרומוזום, קואורדינטת ההתחלה, איכות העימוד ומחרוזת המתארת את ההתאמה.
 סעיף העימוד כולל את הדברים הבאים:
 קבוצת קריאה (RG)
 תג ברקוד (BC)
 איכות עימוד של קצה בודד (SM)
 איכות עימוד של קצה מזווג (AS)
 תג של מרחק עריכה (NM)
 תג שם של המקטע הגנומי (XN)

פורמט BAM משתמש במערכת קואורדינטות מבוססת 0, בעוד שפורמט SAM משתמש במערכת קואורדינטות מבוססת 1.

BAM יכול לייצג ערכים בטווח (32^2 ,31^2-).

לצפייה ברשימה של כלים לריצוף ולניתוח שעובדים עם SAM/BAM לחץ כאן.

ראו גם
 פורמט FASTQ
 פורמט SAM
 SAMtools

קישורים חיצוניים 
 מפרט פורמט SAM

הערות שוליים

גנומיקה