פורמט BED

פורמט BED (ראשי תיבות של Browser Extensible Data) הוא מונח בביואינפורמטיקה המתאר פורמט של קובץ טקסט שמשמש לאחסון מידע גנומי כקואורדינטות ובנוסף מאחסן מידע מאנוטציית DNA. הפורמט מציג את המידע כעמודות המופרדות על ידי רווח או טאב, כאשר כל עמודה מכילה מידע שונה. פורמט BED פותח במהלך פרויקט גנום האדם ולאחר מכן אומץ לשימוש על ידי פרויקטים נוספים. כתוצאה משימוש נרחב בפורמט BED בעולם הביואינפורמטיקה, פורמט זה הפך לסטנדרט.

אחד היתרונות העיקריים של פורמט BED הוא הצגת המידע הגנומי כקואורדינטות במקום הצגת המידע כרצף נוקלאוטידים. אופן הצגה זה מקל על קריאת וניתוח המידע בשפת תסריט כגון: Python, Ruby, Perl ובכלים מיוחדים כמו BEDTools.

היסטוריה 
בסוף המאה העשרים הופיעו הפרויקטים הראשונים לריצוף הגנום המלא. בין הפרויקטים הללו, פרויקט הגנום האנושי היה הבולט ביותר באותה תקופה, מטרתו הייתה לרצף לראשונה גנום של כמה ג'יגה-בסיסים. עם יצירת רצף הגנום, נדרש ממרכזי הריצוף לפתח כלים לעיבוד הנתונים וניתוח אוטומטי שלהם. עקב דרישה זאת, פורמטים רבים נוצרו כגון: FASTQ,  GTF&GFF, BED.

תבנית קובץ BED
לקובץ BED אין מפרט ספציפי, עם זאת התיאור שמספק דפדפן הגנום UCSC נמצא בשימוש רחב.
לקובץ BED קיימות לפחות 3 עמודות, אליהן ניתן להוסיף עוד 9 עמודות (סה"כ 12 עמודות).
שלוש עמודות החובה הן:

Chromosome – מספר הכרומוזום בו נמצא מקטע ה-DNA שרוצף. לרוב ניתן יהיה למצוא את התבנית הבאה: המילה ch ולאחר מכן מספר הכרומוזום הרלוונטי.

Start position – נקודת ההתחלה של הרצף.

End position – נקודת הסיום של הרצף.

תשע העמודות הנוספות מספקות מידע נוסף על הרצף. בין העמודות יש להפריד בין רווחים או טאב. כמו כן, כל שורה בקובץ חייבת להכיל את אותו מספר עמודות.

דוגמאות 
קובץ BED בפורמט מינימלי:

קובץ BED עם 9 עמודות:

סיומות הקובץ 
קובץ מפורמט BED נשמר לרוב בסיומת "bed.".
לעיתים מוסיפים את מספר העמודות בסיום הקובץ. לדוגמה: הפורמט המינימלי בעל 3 עמודות יסתיים ב"bed3.", פורמט עם 6 עמודות יסתיים ב"bed6.".

הערות שוליים 

ביואינפורמטיקה
קובצי טקסט