LTR retrotransposon

רטרוטרנסופוני LTR הם תת-מחלקה (מחלקה 1) של אלמנטים ניידים (רטרוטרנסופוזונים) שמאופיינים על ידי נוכחות של LTR בקצוותיהם (כשבאמצע נמצא האזור המקודד). 

כמו רטרו-ווירוסים, גם רטרוטרנסופוני LTR עוברים שעתוק הפוך (מmRNA לDNA) ואז עוברים אינטגרציה של הcDNA החדש באזור אחר, אך בניגוד לרטרו-ווירוסים, הם לא יוצרים חלקיקים מדבקים שעוזבים את התאים ולכן הם רק משתכפלים בתוך הגנום המקורי. אלה שכן מדי פעם יוצרים חלקיקים דמויי וירוס מסווגים בנפרד תחת אלמנטים אורט-ויראליים.

גודלם נע בין כמה מאות בודדות של זוגות בסיסים ל25kb. בגנומים של צמחים, רטרוטרנספוזונים בעלי LTR הם המחלקה העיקרית של הרצף נשנה, ומרכיבים מעל ל-75% מהגנום של תירס למשל. לעומת זאת הם מרכיבים רק כ-8% מהגנום האנושי, ובערך 10% מהגנום העכברי.

מבנה והתרבות 
לרטרוטרנספוזונים בעלי LTR יש LTR ישירים שאורכם בין 100 זוגות בסיסים ל5kb. אפשר לחלקם לתת מחלקות של דמויי Ty1-copia- ((Pseudoviridae), דמויי Ty3-gypsy (Metaviridae), ודמויי BEL-Pao (Belpaoviridae), לפי הדרגה של הדמיון ברצף שלהם והרמה של תוצרי גנים מקודדים. הקבוצות Ty1-copia וTy3-gypsy של רטרוטרנספוזונים נפוצים מאוד (מגיעים עד לכמה מיליוני עותקים בגרעין הפלואידי) בגנומים של בעלי חיים, פטריות, פרוטיסטים וצמחים.
אלמנטים דמויי BEL-Pao נמצאו עד כה רק בבעלי חיים כל הרטרוטרנספוזונים בעלי LTR המתפקדים מקודדים לפחות ל2 גנים gag ו pol, שמספיקים לשם שכפול. Gag מקודד לפוליפפטיד עם קפסיד ואזור של נוקלאו-קפסיד. חלבוני Gag יוצרים חלקיקים דמויי וירוס בציטופלסמה בהם השעתוק ההפוך מתרחש.
הגן Pol מפיק שלושה חלבונים: פרוטאז; רוורס-טרנסקריפטאז (בעל אזורי RNAse H) ואינטגראז 

באופן טיפוסי, mRNA של רטרוטרנספוזונים בעלי LTR מופקים על ידי הRNA פולימראז של המארח, שפועל על פרומוטורים שנמצאים ב5’ LTR שלהם. הגנים של Gag וPol מקודדים באותו mRNA. תלוי בזן המאחסן, 2 אסטרטגיות יכולות להיות בשימוש לביטוי של פולי-פרוטאינים: איחוי למסגרת קריאה (ORF) אחת שתחתך, או על ידי הזזת מסגרת הקריאה (frameshift) בין שתי מסגרות קריאה שונות. הזזת מסגרת קריאה ריבוזומלית יכולה לאפשר הפקה של 2 החלבונים, תוך כדי כך שהיא מאפשרת לחלבון Gag להפיק חלקיקים דמויי וירוס. שעתוק הפוך בדרך כלל מאותחל ברצפים קצרים הממוקמים ישר במורד הזרם של ה 5’-LTR שנקראים primer binding site (PBS). ה tRNAs של מאחסן ספציפי נקשר לPBS ומשמש כפריימר לשעתוק ההפוך, שמתרחש בתהליך רב שלבי ומורכב, ובסופו של דבר נוצרת מולקולת cDNA דו גדילית. הcDNA בסופו של דבר עובר אינטגרציה לאזור חדש בגנום ויוצר שכפולים קצרים באזור המטרה (short Target Site Duplications)  וכך מוסיפים עותק נוסף לגנום של המאחסן.

סוגים

רטרוטרנספוזונים Ty1-copia
רטרוטרנספוזונים של Ty1-copia מצויים בשפע במינים, החל מאצות חד-תאיות ועד לברופיטים, ג'מנוספרמים ואנגיוספרמים. הם מקודדים לארבעה דומיינים חלבוניים בסדר הבא: פרוטאז, אינטגראז, רוורס טרנסקריפטאז וריבונוקלאז H.

קיימות לפחות שתי מערכות סיווג לחלוקה של רטרוטרנספוזוני Ty1-copia לחמש שושלות: [9][10] Sireviruses/Maximus, Oryco/Ivana, Retrofit/Ale, TORK, וביאנקה. רטרוטרנספוזוני Sireviruses/Maximus מכילים גן מעטפת משוער נוסף. שושלת זו נקראת על שם אלמנט המקור SIRE1 בגנום Glycine max.

רטרוטרנספוזונים Ty3-gypsy
רטרוטרנספוזונים Ty3-gypsyמופצים באופן נרחב בממלכת הצמחים, כולל הגימנוספרמים והאנגיוספרמים כאחד. הם מקודדים לפחות ארבעה דומיינים חלבוניים לפי הסדר: פרוטאז, רוורס טרנסקריפטאז, ריבונוקלאז H ואינטגראז. בהתבסס על מבנה, נוכחות/היעדרות של תחומי חלבון ספציפיים ומוטיבים של רצף חלבונים משומרים, ניתן לחלק אותם למספר שושלות:
 Errantiviruses מכילים מסגרת קריאה פגומה של המעטפת עם דמיון לגן המעטפת הרטרו-ויראלי. הוא תואר בהתחלה כאלמנטי-Athila ב-Arabidopsis thaliana. הם זוהו מאוחר יותר במינים רבים, כגון Glycine max ובטא וולגריס.
 כרומו-וירוסים מכילים דומיין נוסף (chromodomain: chromatin organization modifier domain) בקצה ה-C טרמינלי של חלבון האינטגראז שלהם. הם נפוצים בצמחים ובפטריות, וכנראה שומרים על תחומי חלבון במהלך האבולוציה של שתי הממלכות הללו. נהוג לחשוב שהכרומודומיין מכוון את האינטגרציה הרטרוטרנספוזון לאתרי יעד ספציפיים.
 Ogre-elements הם רטרוטרנספוזונים ענקיים של Ty3-gypsy המגיעים לאורכים של עד 25kb.
 מטא-וירוסים מתארים רטרוטרנספוזונים Ty3-gypsy קונבנציונליים שאינם מכילים דומיינים או מסגרות קריאה נוספים.

משפחת BEL/pao
משפחת המשפחת BEL/pao נמצאת בבעלי חיים

רטרו-וירוסים אנדוגניים(ERV)
למרות שרטרו-וירוסים בדרך כלל מסווגים בנפרד, הם חולקים תכונות רבות עם רטרוטרנספוזונים של LTR. ההבדל העיקרי עם רטרוטרנספוזונים של Ty1-copia ו-Ty3-gypsy הוא שלרטרו-וירוסים יש חלבון מעטפת (ENV). ניתן להפוך רטרו-וירוס לרטרוטרנספוזון LTR באמצעות אינאקטיבציה או מחיקה של הדומיינים המאפשרים ניידות חוץ-תאית. אם רטרו-וירוס כזה ידביק ובהמשך יחדיר את עצמו לגנום בgerm line cells, הוא עלול לעבור מועבר אנכית ולהפוך לרטרו-וירוס אנדוגני.

Terminal repeat retrotransposons in miniature (TRIMs)
חלק מהרטרוטרנספוזונים של LTR חסרים את כל תחומי הקידוד שלהם. בשל גודלם הקצר, הם מכונים רטרוטרנספוזונים חוזרים טרמינליים במיניאטורות (TRIMs). עם זאת, TRIMs יכולים להיות מסוגלים לבצע רטרוטרנספוזיציה, מכיוון שהם עשויים להסתמך על תחומי הקידוד של רטרוטרנספוזונים של Ty1-copia או Ty3-gypsy.

הערות שוליים

DNA