Cytoscape

Cytoscape היא תוכנה ביואינפורמטית מבוססת קוד פתוח לוויזואליזציה של רשתות אינטראקציות של מולקולות, פרופילי התבטאות גנים ואינטגרציה עם מידע נוסף. התוכנה תומכת בתוספים המרחיבים את יכולותיה בצורות הצגה נוספות, תמיכה בפורמטים נוספים וקישור לבסיסי נתונים נוספים. התוכנה כתובה בשפת Java, וקיים פרויקט מקביל Cytoscape.js אשר מבוסס על JavaScript ומאפשר ניתוח וויזואליזציה של גרפים בדפדפן.

פיתוח Cytoscape החל ב-2002 על ידי המכון לביולוגיה מערכתית בסיאטל וכיום היא מפותחת על ידי קונסורציום בינלאומי של מפתחים. גרסה 0.8 של התוכנה יצאה לאור ביולי 2002, ובנובמבר אותה שנה יצאה גרסה 0.9. גרסה 1.0 יצאה במרץ 2003. גרסה 2.0 יצאה ב-2004, ובמאי 2012 יצאה הגרסה האחרונה של 2.xx גרסה  2.83. גרסה 3.0 יצאה בפברואר 2013.

התוכנה מיועדת לניתוח וויזואליזציה של גרפים של רשתות מתחום הביולוגיה, אך יכולה לעבוד גם על סוגי רשתות אחרות.

התוכנה יכולה לקבל כקלט קובצי אינטראקציות גולמיים (פורמט SIF), המתארים קשרים בין חלבונים או בין חלבונים ו-DNA. עבור שמרים ואורגניזמי מודל אחרים קיימים בסיסי נתונים גדולים של אינטראקציות כאלו כדוגמת BIND ו-TRANSFAC. את הרשתות או התכונות של הצמתים והקשתות יכולה התוכנה לשמור ולטעון בפורמט של GML (Graph Modelling Language), פורמט XGMML (eXtensible Graph Markup and Modeling Language). התוכנה יכולה לטעון מידע על התבטאות גנים מקבצי טקסט בפורמט csv ו-tsv. התוכנה מסוגלת להתממשק עם בסיסי נתונים KEGG וGene Ontology (GO), המאפשרים לספק אנוטציות פונקציונליות לגנים.

קישורים חיצוניים 

 

ביואינפורמטיקה
תוכנות הכתובות ב-Java