מספן המודיעין

מספן המודיעין הוא הגוף האחראי על גיבוש תמונת המודיעין בזירה הימית שבה פועל חיל הים הישראלי והעברתה לגורמי הפיקוד והתכנון במפקדת חיל הים וליחידות הלוחמות של החיל. במקביל אחראי מספן המודיעין על שילוב המרכיב הימי בתמונת המודיעין הכוללת שמגבש אגף המודיעין במטה הכללי של צה"ל.

המודיעין הימי הוקם באפריל 1948, ערב הכרזת המדינה, כחודש לאחר הקמת "השירות הימי". מאז, ובמהלך כל השנים, היה מעורב בפעילותו של החיל על היבטיה השונים, החל בתכנון הכוח ובניינו וכלה במבצעים שביצע חיל הים במלחמות ישראל ובתקופות שבין המלחמות.

המודיעין הימי מסייע לחיל הים לעמוד במשימותיו השונות, ובראשן השגת עליונות ימית בזירת פעילותו. במקרים שבהם סופק לחיל הים מודיעין איכותי, הוא השיג עליונות: כך היה במלחמת יום הכיפורים, כך היה במאבק המתמשך בטרור הימי וכך היה בהזדמנויות אחרות, בשעה שבוצעו מבצעי איכות בזירות הקרובות והרחוקות.

משימות המודיעין הימי 
משימתו של המודיעין הימי היא גיבוש והצגת תמונת מודיעין על האויב הימי לצרכני קהילת המודיעין ולצרכני חיל הים. בעוד שצרכני קהילת המודיעין זקוקים להשלמת הפן הימי ברובד האסטרטגי והאופרטיבי, הרי צרכני חיל הים זקוקים גם לרובד הטכנו-טקטי. זאת כדי לאפשר לגורמי הפיקוד בחיל הים לקבל החלטות באשר לבניין הכוח (סד"כ, אמל"ח) ובאשר להקצאת כוחות והגדרת משימות לטיפול באיומים השונים.

תמונת מודיעין זו נחלקת לכמה מישורים:

מודיעין כוונות
 ברמה האסטרטגית: לאתר ולהצביע על כוונות האויב לנקוט בפעילות ימית המהווה איום (או שתוצאותיה מהוות איום) על המדינה. בכלל זה השתלבות במתן סימנים מעידים למלחמה (התרעה למלחמה היא בסמכות אגף המודיעין).
 ברמה האופרטיבית: התרעה מפני פעילות ימית עוינת (של מדינות עימות או ארגוני טרור) ומתן התרעה על התארגנות להעברה של אמל"ח ערכי/אסטרטגי בדרך הים לאויב.
 ברמה הטקטית: מתן התרעה למפקד כוח בים על כוונת האויב העומד מולו.

מודיעין יכולות ותשתיות
 בניין הכוח וטכנולוגיית הלחימה – מודיעין טכנולוגי על כלי השיט ואמצעי הלחימה שבידי האויב משמש בסיס לתוכניות בניין הכוח הימי ופיתוח אמצעי הלחימה.
 רמת ההפעלה האופרטיבית – מידע על הכשירות הטכנית והמבצעית של כלי השיט, מערכות ההגנה, אמצעי הלחימה, וכוח האדם של האויב הימי. מידע על תורת הלחימה של האויב, מידע על פריסת כוחותיו בים ותשתיותיו לאורך חופיו.

מודיעין למבצעים
 מתן מודיעין מקדים, ממוקד ומרוכז, לקראת פעילות מבצעית ספציפית שהוטלה על חיל הים.
 מתן מודיעין מלווה לכוחות ימיים בעת מבצע.
 אספקת עזרי מודיעין ליחידות חיל הים במגוון נושאים כגון: תצלומי אוויר, עזרי זיהוי, פרסומי תודעת אויב (תוד"א), מפות וכדומה.

מניעת חשיפה למודיעין אויב 
 מניעת חשיפתו של חיל הים ובכלל זה חשיפתם של פרטים על הסד"כ, הפעילות, הכשירות וכוח האדם.
 גיבוש תמונת חיל הים הישראלי בראיית מודיעין האויב וגורמים זרים המסייעים לו.
 מיפוי סנסורים בזירה, שיש באפשרותם לחשוף את כוחות חיל הים בשגרה ובמבצעים (לוויינות, נוכחות של ציים זרים בזירה לרבות ספינות ביון וכדומה).

משימות מקצועיות ייחודיות
 אספקת תחזית מזג אוויר ייעודית לחיל הים באזורים בהם הוא פועל (באמצעות מרכז החיזוי).
 אספקת מידע הידרוגרפי רלוונטי לפעילות חיל הים וריכוז האחריות המקצועית בתחום זה.
 אספקת מפות ייעודיות לפעילות חיל הים וריכוז האחריות המקצועית בתחום הקרטוגרפיה הימית.
 איסוף ועיבוד מידע בסביבה התת-מימית.

עקרונות העבודה
אין שוני מהותי בין המתודולוגיה של עבודת המודיעין הימי לזו המאפיינת את שאר גופי המודיעין בצה"ל. עם זאת, מאפייניה של זירת הלחימה הימית מחייבים מענה מודיעיני ייחודי, שבא לידי ביטוי, בין השאר, בהקניית יכולת מודיעינית עצמאית לספינה או לכוח הפועלים זמן ממושך הרחק מחופי המדינה. זאת ועוד, לאנשי המודיעין הימי יש מעורבות רבה בכל הקשור בתחקור, במיצוי, ובהכוונה של מקורות ייעודיים המופעלים על ידי סוכנויות האיסוף השונות ואשר יש להם נגישות לתחום הימי.

המודיעין, המופק מהידיעות שמגיעות למודיעין הימי, מועבר לצרכנים באמצעות פרסומי המודיעין המופצים למכותבים מורשים וכן במסגרת תדרוכי מודיעין והערכות מצב המתקיימות בפורומים שונים בחיל הים ומחוצה לו.

מבנה וארגון

במאה ה-21 פועל המודיעין הימי במסגרת של מספן עצמאי, מספן המודיעין (בקיצור מד"ן-ים או מד"ן), שהוא אחד מבין חמישה מספנים במפקדת חיל הים הישראלי. מאז סוף שנות ה-70 עומד בדרך כלל בראש המספן קצין בדרגת תת-אלוף (הנקרא רמד"ן), שהוא קצין בעל ניסיון פיקודי בים. הרציונל לכך הוא הרצון להעמיד בראש המודיעין הימי מפקד בעל היכרות אישית עמוקה של צורכי החיל בכל הנוגע לבניין הכוח הימי והפעלתו, שידע להתאים את יכולותיו ותוצריו של המודיעין הימי לצורכי חיל הים.

במספן המודיעין יש שתי מחלקות:
 מחלקת מחקר - בה חוקרים, על סמך ידיעות המתקבלות מכלל סוכנויות האיסוף, אודות חילות הים של מדינות העימות והתשתית שלהן בנמלים ולאורך החופים, את הציים הזרים והספנות האזרחית באזור ישראל, את אמצעי הלחימה בזירה הימית ואת הטרור הימי.
 מחלקת מודיעין למבצעים (מל"ם), עוסקת במתן מידע מודיעיני מעובד ורלוונטי לכוחות חיל הים היוצאים למבצעים. למחלקת מל"ם יש אחריות מטה על ענף איסוף, ענף מל"ם, ענף ביטחון מידע, ענף הידרוגרפיה (לרבות מרכז החיזוי, תחום המיפוי הימי), תחום החוזי ומדור אוה"ד (ארגון והדרכה).

נוסף על הגוף העיקרי במטה חיל הים, מפעיל המודיעין הימי פַּלְגוֹת מודיעין בארבע היחידות הגדולות של חיל הים: בסיס חיפה, בסיס אשדוד, בסיס אילת ושייטת 13. תפקידן של פלגות אלה, אותן מאיישים קמ"נים ימיים ומש"קי מודיעין ימי, הוא לקשר בין הצרכנים ביחידות הלוחמות לבין מספן מודיעין, להטמיע את המודיעין בקרב המפקדים והלוחמים, לסייע למפקדי יחידות הלחימה בנתוני מודיעין, ללוות נוהלי קרב ולהצטרף למרבית המבצעים כקמ"נים בחפ"קים של מפקדי הכוחות. במקביל לפלגות המודיעין פועלים בבסיסי חיל הים השונים גם קציני ביטחון מידע, המונחים מקצועית על ידי ענף ביטחון מידע במספן המודיעין. על הנחייתם המקצועית של הקמ"נים וקציני ביטחון המידע בבסיסים וביחידות חיל הים אחראית מחלקת מל"ם.

אחריות המטה של מחלקת מל"ם כוללת גם תיאום אלמנטים של איסוף קרבי המשתלבים בפעילות מבצעית של יחידות חיל הים. כמו כן יש למודיעין הימי נציגים בחלק מסוכנויות האיסוף הצה"ליות כגון יחידה 8200 ומרכז הפענוח.

המודיעין הימי כפוף פיקודית לראש זרוע הים (מפקד חיל הים), אנשיו לובשים מדים של חיל הים ומסגרותיו הן חלק מתקינת חיל הים ותקציבו. במקביל, המודיעין הימי מונחה ומתואם מקצועית על ידי אגף המודיעין והעומדים בראשו (בכל הקשור באופן הטיפול, השימוש וההפצה של החומר המודיעיני). משכך, הוא משולב בסביבת העבודה האמ"נית, ומחויב למתודולוגיה, לנהלים ולמתכונת העבודה הנהוגים בכלל קהילת המודיעין.

לא תמיד פעל המודיעין הימי במסגרת מספנית. השינויים הארגוניים שעברו לאורך השנים על המודיעין הימי מופיעים בפרק ההיסטוריה שבהמשך.

עץ מבנה 
מבנה מספן המודיעין בשנות ה-2000.

{{עץ משפחה|דרומית | צפונית|אמ"או |הערכה |מדת|!| דרומית = ענף זירה דרומית|צפונית = ענף זירה צפונית| אמ"או= ענף אמל"ח אויב| הערכה= עוזר רמ"ח להערכה|מדת=מדור דיווח תפוצה}}

ראשי מספן המודיעין
מפקדי המספן החלו בדרגת סא"ל ונקראו ראש ענף ים/4 בשנת 1966 עלה המודיעין הימי לרמה של מחלקה ודרגת המפקד אל"ם. לאחר מלחמת יום הכיפורים עלה המודיעין הימי ממחלקה למספן. דרגת המפקד עלתה לתא"ל.

פיקוד, כוח אדם והדרכה
המודיעין הימי, בשל המשימות הרבות והייחודיות שלו, מעסיק מגוון רחב של קצינים, נגדים וחיילים בשלל התמחויות. לצד חוקרי המודיעין הימי פועלים במספן מודיעין גם יוצאי יחידות לוחמה, מפענחי צילומי אוויר, אנשי אלינט ואקדמאים בוגרי החוגים למזרח התיכון, גאוגרפיה ועוד, מהנדסים, פיזיקאים, אנשים שהתמחותם בהידרוגרפיה, בקרטוגרפיה ובמטאורולוגיה, אנשי מחשוב ואנשים מעולם הספנות והנמלים.

בין אנשי המספן יש לא מעט נשים, שחלקן הגיעו לעמדות פיקוד בכירות במספן. קצינת מודיעין ראשונה הגיעה למודיעין הימי בשנת 1971, ובשנת 1983 היא הייתה הקצינה הראשונה ביחידה שקודמה לדרגת סא"ל. מאז קודמו עוד קצינות במודיעין הימי לדרגת סא"ל, ואחת מהן אף קודמה בשנת 2011 לדרגת אל"ם, כראשת מחלקת מחקר (והייתה בכך לקצינה הראשונה בחיל הים שהועלתה לדרגה זו). בתחילת שנות השמונים השתלבה בפעם הראשונה קצינה במערך המודיעין הקרבי בחיל הים, תחילה כמפענחת תצלומי אוויר ואחר כך כקמ"נית בשייטת 3 ובשייטת 13.

עד אמצע שנות ה-70 הכשיר המודיעין הימי את קציניו וחייליו במסגרת קורסים שהתקיימו בבה"ד 15 של חמ"ן, לרבות קורסי קמ"נים ופענוח תצלומי אוויר. החל במחצית השנייה של שנות ה-70, עם הפיכתו של המודיעין הימי ממחלקה למספן, מוסדה הכשרה ייעודית עצמאית של החיילים והקצינים המגיעים לשרת במודיעין הימי. בבה"ד חיל הים מתקיימים מאז קורסים להכשרת חוקרי מודיעין ימי ולהכשרת קציני מודיעין ימי. השלמות מקצועיות נערכות בקורסים ייעודיים של חיל המודיעין (קורסי פענוח, בינה רשתית, מש"קי ביטחון מידע וכדומה). למספן המודיעין מגיעים גם יוצאי יחידות לחימה ימיות, אשר מקבלים את הכשרתם המודיעינית תוך כדי עבודה.

ביטחון מידע - מניעת חשיפה 

מטרה חיונית של המודיעין הימי היא מניעת חשיפה למודיעין אויב. לצורך כך פועל ענף ביטחון מידע שמשימותיו הן:
 מניעת חשיפתו של חיל הים ובכלל זה חשיפתם של פרטים על סדר כוחות כלי השיט ואמצעי הלחימה, הפעילות, הכשירות וכוח האדם.
 שיבוש תמונת חיל הים הישראלי בראיית מודיעין האויב וגורמים זרים המסייעים לו.
 מיפוי סנסורים בזירה, שיש באפשרותם לחשוף את כוחות חיל הים בשגרה ובמבצעים - לוויינים, נוכחות ציים זרים, ספינות ביון וכדומה.

בשונה מיחידות לחימה יבשתיות הנמצאות בדרך כלל במרחב המאפשר בידוד מגורמים לא רצויים. יחידות הלחימה הימית מתבססות בנמלי בית משותפים לפעילות המסחרית. בזירה הימית מתקיימים אילוצים מיוחדים.
 כלי השיט של חיל הים מבקרים בנמלים זרים ניתנים לסריקה וצילום בלתי מבוקרים. צוותי כלי השיט בחופשה חשופים לציבור הרחב.
 בנמלי הבית מתקיימת בדרך קבע סמיכות לימאים זרים. במהלך ביקורים של כלי שיט מציי מדינות ידידותיות.
 הטופוגרפיה של נמל חיפה, המשמש בסיס עיקרי לחיל הים, מאפשרת סקירה מלאה של פעילות התחזוקה. מחלונות הבתים על הר הכרמל ניתן להבחין בהתארגנויות להפלגה ולקיים מעקב כניסות ויציאות של כלי השיט.

גוף המטה האמון על הביטחון החל את דרכו כ"ביטחון שדה'"- מדור ים 4 ג' ועם התפתחות מספן המודיעין שונה שמו ל"ענף ביטחון מידע".

היסטוריה – דגשים, אירועים ותמורות במהלך השנים
במהלך השנים היה המודיעין הימי מעורב בפעילותו של חיל הים, הן בהיבט המבצעי והן בהיבט של בניין הכוח. במקביל השתלב המודיעין הימי בעבודת קהילת המודיעין הישראלית. ההתפתחויות בזירה (ובהם שינויים גאופוליטיים, כניסתם לשימוש של איומים חדשים וכדומה) הביאו במהלך השנים לשינוי המשימות שניצבו בפני המודיעין הימי ועוררו צורך להתמודד עם אמצעים חדשים בתנאים שונים. הסקירה שלהלן תציג את האירועים והתמורות שחלו בזירה הימית באזורנו ואת הדגשים המשתנים שהציבה המציאות המשתנה בפני המודיעין הימי. בסקירה נעשה ניסיון להימנע מפירוט היבטים אג"מיים או נתונים טכניים, מידע שאפשר למצוא בערכים אחרים בוויקיפדיה, שאליהם הסקירה מקשרת.

לפני קום המדינה
את ניצני העיסוק המודיעיני הימי אפשר למצוא כבר בתקופה שקדמה להקמת המדינה. משימות איסוף שביצעו אנשי היחידה הימית של הפלמ"ח (הפלי"ם) שימשו את הצבא במהלך מלחמת העצמאות. אחת הדוגמאות לכך היא סקירת חופי הארץ וריכוז חופי נחיתה אפשריים, שעשו אנשי הפלי"ם כחלק מההיערכות להגעת ספינות המעפילים. במהלך מלחמת העצמאות, כשעלה הצורך לבצע נחיתה ישראלית באזור אשדוד, כדי לאגף את הצבא המצרי, אותרו התיקים הללו במפקדת הגדוד הרביעי של הפלמ"ח ושימשו את מתכנני המבצע.
פלוגת הנמל, שפעלה בנמל חיפה והורכבה ברובה מאנשי הפלי"ם, עסקה אף היא בפעילות מודיעין, אם כי לא בהכרח בהיבט הימי:
 אנשיה שהיו פזורים בנמל כעובדים, השיגו, בין היתר, מידע שאפשר למסתערבים לסכל פעולות חבלה שתכננו ערבים בחיפה.
 בזכות מידע שהשיגו אנשי פלוגת הנמל מקצין בריטי, הצליחו אנשיה ליירט ולפענח תשדורות שהועברו למפקדה הבריטית בחיפה על כוחות צבא מצריים שחצו את תעלת סואץ מזרחה.
 אחד מאנשי פלוגת הנמל, אברהם דר, יצא במחצית השנייה של מאי 1948 בשליחות מחלקת החקר של הסוכנות (הגוף שקדם למוסד) לקפריסין, כדי לתחקר אישיות בריטית רמת מעלה, שחזרה מסיור בנמלי מצרים בים התיכון, במטרה להבין ממנו האם המצרים עושים הכנות לקראת נחיתה בחופי ישראל. ממצאי התחקור הניבו את התובנה שלא מתוכננת פלישה מצרית בדרך הים ולפיכך אין צורך להקצות כוחות להגנת חופי ישראל. למידע זה הייתה חשיבות אופרטיבית רבה למדינה שאך הוקמה ועמדה להתמודד עם פלישה של צבאות ערב מכמה חזיתות.

כפי שאפשר לראות בדוגמאות שצוינו, לאנשי הפלוגה הימית היה מעט ניסיון בעבודת מודיעין בשטח, אך לא היה להם ניסיון במודיעין ימי וגם לא בעבודת מחקר מודיעינית. נוסף על אנשי הפלי"ם היו גם אחרים, שצברו ניסיון מודיעיני מסוים וניסיון ימי בימים שקדמו להקמת המדינה, בעיקר במהלך מלחמת העולם השנייה, ובכלל זה בשירות הצבא והצי הבריטי.

אנשים אלה היו, בסופו של דבר, חלק מהגרעין שממנו צמח לימים המודיעין הימי של ישראל.

הקמת המודיעין הימי
ב-17 במרץ 1948 הוקם "השירות הימי" (לימים חיל הים) שבראשו עמד גרשון זק, איש אמונו של דוד בן-גוריון. כעבור כחודש, ב-20 באפריל, הוטלה על שמעון הורן המשימה להקים את המודיעין הימי ולעמוד בראשו. הורן, ששימש עד אז כעורך של אשמורת, שבועון המשמרת הצעירה של מפא"י היה אף הוא איש אמונו של בן-גוריון. הורן סירב תחילה לקבל על עצמו את המשימה וטען באוזני בן-גוריון כי אין לו ניסיון לא בתחום הימי ולא בתחום המודיעיני, אך המינוי נשאר בתוקפו.

בתחילת דרכו היו במודיעין הימי רק אנשים ספורים, חלקם בעלי רקע ימי (יוצאי הפלי"ם), שאחד מהם, אברהם דר, מונה ב-1 באוגוסט 1948 כסגנו של ראש המודיעין הימי, ואחרים בעלי רקע מודיעיני (יוצאי הש"י). בהמשך, במהלך מלחמת השחרור ומיד לאחריה, הצטרפו ליחידה קצינים בעלי רקע ימי ומודיעיני, ובהם צבי קינן, חיים רפאלי וראובן אשכנזי, שלימים אף שימשו כראשי המודיעין הימי. תוך כדי המלחמה ולפני התגבשותו הסופית של המודיעין הימי, סיים שמעון הורן את תפקידו והוחלף על ידי אריה פינס, שהושאל לתפקיד זה ממחלקת המודיעין של צה"ל, וזאת במטרה לשלב את המודיעין הימי במודיעין הצבאי כחלק מהמאמץ שנעשה אז לשלב את חיל הים בצה"ל. לאחר חודשים ספורים עזב גם פינס את חיל הים ורק אז הועמד בראש המודיעין הימי צבי קינן, קצין בעל רקע ימי ומודיעיני כאחד.

בראשיתו פעל המודיעין הימי במסגרת מה שכונה אז "מחלקה" שהייתה כפופה ל"אגף המבצעים" של חיל הים. בהמשך, כאשר נקבעה בצה"ל ההיררכיה של מחלקות, ענפים ומדורים, המוכרת גם כיום, נהפך המודיעין הימי לענף מודיעין שפעל בכפיפות למחלקת המבצעים של חיל הים.

מלחמת העצמאות

כשפרצה מלחמת העצמאות היה המודיעין הימי בחיתוליו. לא היו ברשותו באותה עת נתונים כלשהם על חילות הים הערביים, ועיקר המידע הושג מהשנתון , שנותן מידע בסיסי על כלי השיט בכל אחד מחילות הים ועל חימושם, אך אינו מאפשר ללמוד על כושרו הקרבי של כלי שיט מסוים, רמת הצוות המפעיל, מקום היערכותו ושגרת פעילותו. מידע אקראי ולא בדוק התקבל גם מאנשים שהיו במדינות ערב ולעיתים גם מפרסומים גלויים. ההתארגנות הראשונית וריכוז המידע הבסיסי נעשו תוך כדי ניהול הקרבות במלחמת העצמאות. בהיעדר אפשרות לאסוף ידיעות על ציי ערב ועל בסיסיהם הוגבלה פעולת המודיעין הימי לאזור החוף הישראלי. ידיעות התקבלו מעשר תצפיות שהוקמו לאורך חופי המדינה במטרה להתריע על נחיתה מכיוון הים, וגם מדיווחי טייסים ומקצין הקישור הימי לאו"ם, זאב הים, שהביאו מידע על כלי שיט צבאיים זרים הפועלים באזור. ידיעות על פעילות חיל הים המצרי (שהיה באותה עת חיל הים הערבי היחיד) התקבלה גם באמצעות מעצרן של סירות דיג מצריות וחקירת דייגיהן, שלעיתים אף נלקחו בשבי. מידע התקבל גם באמצעות תחקור מלחים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים ובאמצעות האזנה. אוניית הדגל של הצי המצרי ("האמיר פארוק") אותרה בסיור אווירי ובפעולה של הקומנדו הימי הוטבעה.

במחלקת המודיעין הימי פעלה באותה עת מסגרת של המודיעין הקרבי בחיל הים (מ.י. 1) שתפקידה:
 לרכז, לערוך ולהפיץ דוחות מודיעין על כוחות האויב ובסיסיו לקציני המטה ולמפקדי יחידות בחיל הים.
 להדריך את המפקדים בזיהוי והכרת החימוש של יחידות האויב.
 להכין את פרק מודיעין בתוכניות המבצעים.
 להשתתף כצופה אוויר בסיורים מעל הים.

הפרסום היומי הראשון של המודיעין הימי הופץ ב-20 בדצמבר 1948. כחודש לאחר מכן, ב-17 בינואר 1949, הפיץ ראש מ.י.1 סקירה על חיל הים המצרי.

אנשי המודיעין הימי הפעילו באותם ימים מבצעי איסוף עצמאיים ואף גייסו והפעילו סוכנים ומבועים. אחד הראשונים היה קצין צי בריטי ששירת בקפריסין, שבאמצעותו הושג עותק של ה-Jane's Fighting Ships שכבר הוזכר.

מידע על פעילות אויב
הפעילות המודיעינית בעת מלחמת העצמאות אופיינה במעט מאוד מידע בצד הישראלי על פעילות האויב וכוונותיו. מעט המידע שהגיע הופק בעזרת דיווחי כלי השיט. פעילות מצרית שחרגה מתחום הגשת הסיוע לכוח המשלוח לא התגלתה.הפגזות בחוף: ב-2 ביוני תקפו המצרים במקביל את קיסריה על ידי המקשת 101 ואת נהריה על ידי המקשת 102. תקיפת קיסריה גרמה לנזק מועט ולא קיבלה תגובה. תקיפת נהריה לא גרמה נזק ולא התגלתה כלל אלא בתיאורי המצרים שלאחר המלחמה. לציון פעילותן העניק הצי המצרי למקשות שביצעו את ההפגזה את השמות "קיסריה" ו"נהריה".קרב תל אביב: ב-4 ביוני 1948 הגיע מידע למפקדת חיל הים: . ההערכה הייתה כי מדובר בהנחתת כוח פלישה מצרי באיגוף ימי ללחימה בתל אביב. במחקר מאוחר התבררה כוונת המצרים לחבלה שתביא לסגירת נמל תל אביב. לשם כך ריכזו כוח שכלל את אוניית התובלה אמירה פאוזיה מלווה בשולת המוקשים מס' 104 שגררה שתי נחתות קטנות מלאות בחומר נפץ שיועדו לחדירה ופיצוץ תוך הנמל. הפעולה הייתה אמורה להתבצע במתואם עם תקיפת מטוסי חיל האוויר המצרי. המידע מהתצפיות גרם להפעלת כוחות ים ואוויר. המצרים הסיקו שאיבדו את גורם ההפתעה ואין סיכוי להצלחת החבלה. הכוח המצרי נצטווה לחזור מבלי להשלים את המשימה.

על עצירת האונייה ריכרד בורכרד בדרכה לחיפה ב-31 בדצמבר 1948 נודע לחיל הים ממברק האזעקה ששלחה האניה. במברק דיווחה על שתי אוניות שסירבו להזדהות שעצרו אותה. המידע לא הספיק וכוח השייטת הגדולה הישראלית, שנשלח כנגדן, לא מצאן. המצרים הפתיעו שנית בשעה 02:00 ליל 1 בינואר 1949, החלו בהפגזת נמל תל אביב. היו אלה שתי האניות המצריות נצר ומצר שיורטו בדרך נסיגתן והתפתח קרב ללא תוצאות.

המודיעין כבסיס למבצעים השתלטות על נשק אויב - הצלחה רבתי של מערכות המודיעין הישראלי יש לראות בפרשת הלינו. קשרי המוסד לעלייה ב' ומערכת הרכש באירופה הביאו למידע על אונייה בשם 'לינו' בדגל איטלקי, הטוענת ביוגוסלביה נשק צ'כי לסוריה. מידע אפשר את הפגיעה בה כאשר הגיעה לנמל בארי באיטליה. ב-21 באוגוסט 1948 השתלטו הישראלים על אנית הנשק ארג'ירו. וכיוונו אותה בקורס צפוני למפגש עם אניות חיל הים. למודיעין הימי הגיע מידע שקורבטה מצרית תצא ב-25 באוגוסט 1948 לפגוש את ארג'ירו בטווח 150 מיל ימי מאלכסנדריה. אניות חיל הים יצאו ופגשו את ה'ארג'ירו' ב-26 באוגוסט בקרבת כרתים. המבצע שנקרא בתחילה 'שלל 3' קיבל את השם מבצע גור כהוקרה לשאול אביגור, שהחל את מבצעי שלל על שם בנו גור מאירוב שנהרג בקרבות סג'רה ב-12 ביולי 1948. שאול אביגור נחרד לשמוע שאנשי משרד החוץ מציעים לבן-גוריון למסור את הנשק שנתפס לאו"ם ובא אליו במיוחד להניאו מכך.חבלה ימית בבירות - במהלך "מבצע דוד" בנובמבר 1948, חובלה בנמל ביירות ספינה בשם "איגריס", שלפי מידע מודיעיני הייתה אמורה לעבור למצרים לשימושו של חיל הים המצרי. המבצע היה משותף לחיל הים וליחידת המסתערבים "השחר". הלוחם שצלל לבדו לעבר הספינה והצמיד לה את מטען החבלה היה אליהו ריקה, איש יחידת המסתערבים, שאומן למשימתו בחיל הים. ריקה שירת לימים, בחלק משנות ה-50, במודיעין הימי.ביטחון מידע - כדי להסתיר ככל האפשר את הפעולה כנגד ספינה איטלקית בים הפתוח הוחזק צוות הספינה מספר חודשים במעצר בקיבוץ בית אורן. רב החובל חלה בדלקת ריאות והועבר לבית החולים האיטלקי בחיפה עם מלווה מהצוות. אותו מלווה הקים קשר עם הקונסוליה האיטלקית בחיפה והתפתחה תקרית דיפלומטית מקומית. אנשי הצוות הועברו ב-29 במרץ 1949 לקונסוליה בחיפה ונשלחו לארצם.

פעילות שירותי מודיעין זריםהמודיעין המצרי - מעט מאוד ידוע על פעילות המודיעין המצרי בזירה הימית. בסיפור המקשת שנשלחה להפגזת נהריה קדם להפגזה ניסיון ליירוט אוניית רכש. המידע שהמקשת קיבלה היה שגוי.המודיעין הבריטי פעל נמרצות נגד ההעפלה ונגד אניות הרכש. לשם כך הפעיל סוכנים בנמלי הים התיכון ואף בין המעפילים. יעילות המודיעין הבריטי אפשרה לצי המלכותי הבריטי ליירט את מרבית ספינות המעפילים. יעילותו כנגד אניות הרכש הייתה פחותה ומרביתן הצליחו להגיע.בארצות הברית פעל ה-FBI נגד הברחת אמצעי לחימה. הציוד נשלח לדרום אמריקה לפני שהגיע לישראל. אזרחים אמריקאים שהשתתפו בפעילות ההעפלה והעברת הרכש הועמדו לדין בארצות הברית.שירותי המודיעין האיטלקי והצרפתי היו מודעים למרבית הפעילות שנעשתה אצלם. בהחלטה בדרג ממשלתי לא מנעו אותה. כאשר יחידת החבלה פעלה כנגד רכש מצרי באדמת איטליה הגיב המודיעין האיטלקי שהפעיל גם  במשלחת הישראלית. אחד החבלנים יוסף דרור נעצר והפעילות נגד רכש ערבי באיטליה נעצרה.

בין מלחמת העצמאות ומלחמת סיני
בשנים הראשונות לפעילותו התמקד המודיעין הימי בעיקר בחיל הים המצרי, שפעל בשתי זירות (הים התיכון והים האדום) והפעיל מגוון רחב מאוד של כלי שיט ואמצעי לחימה ימיים. כבר בחודש מרץ 1949 פרסם המודיעין הימי סקירה על חילות הים הערביים, שהתמקדה בצי המצרי וקבעה כי "לארצות ערב, פרט למצרים, אין ציי מלחמה ומסחר מפותחים, על אף שכל הארצות האלה גובלות עם ים". ההערכה הרווחת הייתה שמשימתו העיקרית של חיל הים המצרי תהיה הטלת הסגר על חופי ישראל והשמדת חיל הים שלה.

סוריה, שלא הייתה לה מסורת ימית כלל, ואף לא נמלים ראויים לשמם, החלה לפתח את חיל הים שלה רק בראשית שנות החמישים, ואז החל המודיעין הימי לעסוק גם בה. סקירה ראשונה על חיל הים הסורי פורסמה בסוף 1951.

שינוי ארגוני
באמצע שנות ה-50 בוצע שינוי ארגוני מקיף במפקדת חיל הים. בין היתר החליפה מחלקת ים את מחלקת מבצעים, וענף מודיעין – בשמו החדש, ענף ים/4 – היה אחד משבעת ענפיה. בענף היו מדור מחקר (ובו חוליות שעסקו בחקר ציי ערב, בחקר נמלים וחופים במדינות ערב, בחקר ציים זרים ובמחקר מודיעין טכני), מדור איסוף (ובכלל זה אלמנטים של איסוף עצמאי ונציגות ביחידת ההאזנה של חיל המודיעין) וביטחון שדה. כמו כן הייתה לענף חוליית שירותים טכניים שעסקה במגוון תחומים ובכללם בניית מודלים של כלי שיט ונמלים והפעלת מעבדת צילום ייעודית.

 גיבוש סמכויות ונוהלי עבודה
עם סיומה של מלחמת העצמאות הוחל למעשה ארגונו וגיבושו של המודיעין הימי במפקדת חיל הים, ששכנה באותם ימים בסטלה מאריס בחיפה. במאי 1949 חיבר צבי קינן נייר עמדה בנושא "ארגון מחלקת מודיעין ימי לימי שלום" ובו הניח למעשה את היסודות למבנה הארגוני של המודיעין הימי ותחומי עיסוקו. בסופה של עבודת המטה הוקם ענף המודיעין הימי, שנקרא ענף ים/4, במסגרת מחלקת ים, וכלל מדורי מחקר, איסוף וביטחון שדה. כמו כן הוקמו חוליית פענוח לתצלומי אוויר, חוליית הידרוגרפיה, ארכיון, מחסן מפות וספרייה, שכללה ספרות מקצועית גלויה על כלי שיט צבאיים, חופים ונמלים.
במקביל גובשו נוהלי העבודה עם גורמי המחקר במחלקת המודיעין של המטה הכללי גובשו נוהלי ההפצה של ידיעות המודיעין ופרסומי המודיעין וסוכמה חלוקת האחריות המחקרית. באותה תקופה נקבעה המתכונת שלפיה המודיעין הימי נושא שני "כובעים": הקמ"ן של מטה חיל הים ויחידותיו, והקמ"ן הימי של אמ"ן.

פעילות איסופית עצמאית
בשנותיו הראשונות הפעיל המודיעין הימי, בתיאום עם מחלקת החקר של משרד החוץ ומחלקת מודיעין במטכ"ל, פעילות איסופית ייעודית עצמאית בנמלי הארץ ועל גבי אניות סוחר שפקדו את נמלי מדינות ערב והאגן המזרחי של הים התיכון. מי שעמד בתחילת הדרך בראש האיסוף העצמאי של המודיעין הימי היה אביגדור סלוצקי, איש ספנות ממוצא יווני, שהפעיל רשת מודיעים בקרב אנשי ספנות יוונים. זאת ועוד, בתיאום עם אמ"ן נרכשה ספינת סוחר שהובילה מטענים לנמלי סוריה ומצרים ועסקה באיסוף מל"ם בנמלי האויב וסביבתם. מדי פעם צורפו אליה לוחמים משייטת 13 לצורך הכרת הזירה.
בתחום האיסוף גובשו נוהלי העבודה רק ב-1953, ונקבעה חלוקת הסמכויות בין סוכנויות האיסוף השונות ("המוסד", השב"כ ויחידות האיסוף הצה"ליות) לבין אגף המודיעין וענפי המודיעין בחיל האוויר ובחיל הים. עם זאת, ובאופן חריג, במשך כמה שנים לאחר מועד זה המשיך המודיעין הימי להפעיל חוליות איסוף בנמל חיפה ונמל תל אביב (לצורך תחקור ימאים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים).

אחת המשימות שבהן עסק באותה תקופה המודיעין הימי הייתה מעקב אחר הפעילות המצרית שתכליתה הייתה חסימת השיט אל נמל אילת והמגבלות שהטילו המצרים על המעבר בתעלת סואץ של אוניות בדגל ישראל ואוניות זרות המובילות מטענים ישראלים או שפקדו את נמלי ישראל (מה שגרם להכנסתן ל"רשימה שחורה" של אוניות שנאסרה עליהן ההפלגה בתעלת סואץ). במהלך התקופה נשלחו כמה ספינות סוחר, רובן בדגל זר, לבדוק את הפעילות המצרית ולנסות להבין עד כמה נחושים המצרים באיסורים שהטילו וכיצד ניתן לעקוף אותם. לחלק מההפלגות הללו הצטרפו אנשי המודיעין הימי.

ההתמודדות מול המגבלות המצריות על חופש השיט לישראל וממנה הגיעה לשיא בשנת 1954, כאשר האונייה "בת גלים", שהפליגה בדגל ישראל, ניסתה לעבור בתעלת סואץ. המצרים עצרו את האונייה בנמל פורט איברהים, צוות האונייה הואשם ברצח שני דייגים ועונה בכלא המצרי 100 ימים. הקצין הראשון בהפלגה היה רפאל שפינט, ששירת עד אז במודיעין הימי, ושחרורו משירות סדיר הוקדם כדי לאפשר את הפלגתו על ה"בת גלים" כאזרח. סוגיית חופש השיט, ומעצרה של הספינה "בת גלים", היו חלק מההתדרדרות שהובילה בסופו של דבר למלחמת סיני ב-1956.

דוגמה אחרת לפעילות שתכליתה איסוף מודיעין הייתה מבצע שנונית, שנערך ב-1954 ונועד לאתר במצרי טיראן, בין האי סנפיר לחוף הסעודי, מעברים כשירים לשיט. נתיבים כאלה היו אמורים לאפשר מעבר לאילת מחוץ לטווח תותחי החוף המצריים שהיו מוצבים בראס נצראני ושלטו על מצרי טיראן. עם הכוח המבצע נמנה גם פיני נוסבאום, מראשוני המודיעין הימי, שפיתח מאוד את נושא איתור חופי הנחיתה והגישה מהים ליעדי אויב. במהלך כל שנות שירותו במודיעין הימי טיפח נוסבאום גם את הקשר בין המודיעין הימי לסוכנויות האיסוף והתמחה גם בפענוח צילומי קרקע וצילומי אוויר למיפוי תשתיות ציי האויב. לימים היה הראשון לשמש בתפקיד ראש ענף יעדים והראשון לשמש כראש מחלקת מל"ם במודיעין הימי.

מלחמת סיני

המודיעין הימי סיפק לחיל הים את המידע הדרוש לפעילותו במלחמת סיני, ובין היתר תיק מודיעין לפעילות הימית במפרץ אילת, שנועדה ללוות ולסייע לתנועתה של חטיבה 9 מאילת לשארם א-שייח'.

האירוע החשוב מבחינה מודיעינית היה קשור ביירוטה של המשחתת המצרית אבראהים אל-אוול שהפגיזה את החוף באזור חיפה. ההיבטים המודיעיניים של אירוע זה הם:
 התרעה: כחמש שעות לפני שהחלה המשחתת להפגיז, קלטה יחידת ההאזנה של חיל המודיעין מברק שנשלח אליה ממפקדת הצי שבו נאמר: מיד עם פענוח מברק זה הועלה חשד לפעולה מצרית עוינת מהים. המידע הועבר לנציג חיל הים ביחידה, שהעבירו מיידית למודיעין הימי במפקדת חיל הים. על אף זאת המשחתת הגיעה לעמדת ירי ופתחה באש על חיפה מבלי שהתגלתה וזוהתה קודם לכן. ידיעה אחרת על כוח ימי אמריקאי המתקרב לפנות אזרחים גרמה לטעות בזהוי.
 מודיעין מלווה: במהלך הקרב שהתפתח (ושבסיומו נלקחה המשחתת שלל) יורטה בזמן אמת תקשורת בין המשחתת המצרית למפקדת חיל הים המצרי באלכסנדריה, שחשפה מידע טקטי על הנעשה באונייה המצרית ועל כוונותיו של מפקד המשחתת. המידע דווח ישירות לראש המודיעין הימי, סא"ל אריה ברוש, והועבר בזמן אמת למפקד הכוח המיירט.

אירוע נוסף במהלך המלחמה, שבו הייתה תרומה מודיעינית בזמן אמת, היה המידע על הפריגטה המצרית "ראשיד", שנשלחה לחלץ קצינים ונגדים מצריים שברחו מכוחות צה"ל והתרכזו בחלקו הדרומי של סיני. מהמידע שהתקבל עלה שהספינה מסתתרת בחוף הסעודי בצפון הים האדום ושאין לה מספיק דלק. על סמך המידע הוחל בתכנון השתלטות על הפריגטה המצרית, אך זה לא יצא לפועל בסופו של דבר.

בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים
מודרניזציה ושינוי האוריינטציה בציי ערב
עד מלחמת סיני היו חילות הים הערביים מצוידים בכלי שיט מתוצרת בריטית וצרפתית. באמצע שנות ה-50 חל שינוי באוריינטציה של מצרים וסוריה, שהידקו קשריהן עם ברית המועצות וחתמו עימה על עסקות נשק גדולות, שכללו מטוסים, טנקים, תותחים וגם כלי שיט. חיל הים המצרי (וכעבור זמן מה גם חיל הים הסורי) החל להצטייד בספינות מלחמה סובייטיות, תחילה במשחתות, ובהמשך גם בשולות מוקשים, ספינות טורפדו, נחתות, צוללות וסטי"לים, שהיוו איום חדש בזירה. נוכח תמורות אלה נאלץ המודיעין הימי להיערך הן מבחינה איסופית והן מבחינה מחקרית כדי להשיג, לנתח ולפרסם מידע על כלי השיט החדשים שהגיעו לזירה, על הנשק ומערכות הגילוי שלהם ועל תורות הלחימה הנובעות מהם.

השפעת המדיניות הבין-ערבית על הזירה הימית
בין השנים 1958–1961 התאחדו מצרים וסוריה לישות מדינית אחת שנקראה הרפובליקה הערבית המאוחדת. כלי שיט מצריים וסוריים שהו לסירוגין גם בנמלי המדינה האחרת. האיחוד העצים את האיום הימי נגד ישראל בזירה הצפונית, שכן עד למועד זה היה חיל הים הסורי נחות בגודלו ובאיכותו, ודאי בהשוואה לחיל הים המצרי. האיחוד הקנה לאויב אפשרות נוחה יותר להשתמש במשחתות ובצוללות לביצוע מצור ימי על ישראל ולתקיפת החוף הישראלי מכיוונים שונים בו-זמנית. תפנית זו באיום הימי חייבה הקצאת משאבי איסוף ומחקר גם לנעשה בחופי סוריה ונמליה, תחום שזכה עד אז לעדיפות נמוכה.

במהלך המחצית הראשונה של שנות ה-60 היה הצבא המצרי (ובכלל זה הצי בזירת הים האדום) טרוד ומעורב עד צוואר במלחמת האזרחים בתימן. לפעילות חיל הים המצרי בדרום הים האדום הייתה השפעה על תנועת ספינות סוחר בין נמל אילת למזרח הרחוק.

כניסת ספינות טילים לזירה

נדבך ימי משמעותי נוסף, בדמותן של ספינות טילים מתוצרת סובייטית, הגיע לאזורנו בשנות ה-60. תחילה הגיעו לחילות הים של מצרים וסוריה סטי"לים מדגם קומאר ובהמשך, ערב מלחמת ששת הימים, קיבלה מצרים גם סטי"לים מתקדמים יותר מדגם אוסה. במקביל סופקו למצרים גם טילי חוף-ים וטילי אוויר-ים. כניסתו של האויב הימי לעידן הטילנות שינתה כליל את הזירה הימית, וחייבה את המודיעין הימי להשיג במהירות נתונים טכניים על הטילים השונים, כדי שחיל הים יוכל להתמודד עם האיום החדש ולתת לו מענה.

פעילות הצי הסובייטי בים התיכון
ב-1966 התחיל הצי הסובייטי להפעיל בים התיכון כלי שיט צבאיים כמשקל נגד לצי השישי האמריקני. במקביל החלו גם טייסות מפציצים ארוכי טווח מדגם טופולב Tu-95 לסייר בים התיכון. תחילה לא הייתה לסובייטים גישה לנמלים בזירה זו לצורך תספוק, אחזקה ומנוחת לצוותים, אך בהמשך התבססו כלי השיט הסובייטיים במזרח הים התיכון על נמלים במצרים (אלכסנדריה, פורט סעיד ומרסא מטרוח) ובסוריה (לטקיה וטרטוס). לפעילות כלי השיט הסובייטים במזרח הים התיכון (בין השאר הייתה נוכחות קבועה של ספינת ביון מול חופי ישראל) ולנוכחותם בנמלי מצרים וסוריה, הייתה השפעה על פעילות כוחות חיל הים הישראלי, ולפיכך החל המודיעין הימי לחקור גם את הפעילות הימית הסובייטית במזרח הים התיכון.

תחום אחר הקשור לפעילות ימית סובייטית שבו החל לטפל המודיעין הימי באותה תקופה היה המעקב אחרי אוניות סוחר של מדינות מזרח אירופה, שהובילו נשק ואמל"ח לארצות ערב מהים השחור ומהים הבלטי. בנושא זה פיתח המודיעין הימי בשיתוף עם עמיתיו באמ"ן ובמודיעין חיל האוויר מיומנויות לזיהוי הציוד המובל על פי המארזים שהיו על סיפון האוניות.

מלחמת ששת הימים
אירועים מול ציי ערב

התרעה על המלחמה
בתקופת ההמתנה שקדמה למלחמת ששת הימים עקב המודיעין הימי אחרי הכנות הצי המצרי לקראת פרוץ פעולות איבה. בין השאר אותרו צעדי חירום שננקטו, שכללו שינויי פריסה של כלי שיט (בין השאר מעבר כלים מזירת הים התיכון לזירת הים האדום), הכשרה וחימוש כלי שיט, צעדי אבטחה וכוננות, היעדרות כלי שיט מבסיסיהם ועוד.

בתאריך 30 במאי 1967 בבוקר התקשר ראש המודיעין הימי, סא"ל ראובן אשכנזי, לראש אמ"ן אהרן יריב ואמר לו: דיאלוג זה בין ראש המודיעין הצבאי לראש המודיעין הימי, שהתקיים בבוקרו של ה-30 מאי, ממחיש היטב את חלוקת הסמכויות בין המודיעין הימי לאגף המודיעין במטכ"ל. סמכותו של המודיעין הימי היא לחקור ולהציג את רמת היכולות והמוכנות הקרבית של הזרוע עליה הוא מופקד, בעוד שסמכותו ואחריותו של אגף המודיעין היא מתן התרעה למלחמה ברמה המדינית-אסטרטגית.

הפעילות במלחמה
חיל הים נתפס במלחמת ששת הימים בעיצומו של תהליך בניין כוחו מחדש, תהליך שבמרכזו עמד המעבר מכלי לוחמת שטח גדולים ומיושנים לכלי שיט חדשים יותר – ספינות הטילים, שנבנו באותה עת בצרפת. במקביל גם נרכשו בבריטניה צוללות גדולות יותר, שהיו באותה עת בשיפוצים.

בהיעדר כלי שיט נושאי טילים, שיכלו להתמודד עם הסטי"לים בחילות הים של מצרים וסוריה, התבססה פעילות חיל הים במלחמת ששת הימים על חדירה של לוחמי שייטת 13 לנמלים מצריים וסוריים מתוך כוונה להשמיד כלי שיט צבאיים. המודיעין הימי סיפק לכוחות מידע על הנמלים, על היערכות כלי השיט הצבאיים בתוכם ועל מערכות ההגנה בהם ובסביבתם. חלק מהמבצעים השתבשו וחלק מתמונת המודיעין הייתה חסרה.
הפעולה בפורט סעיד
לפעולה זו היו היבטים מודיעיניים אחדים. ראשית, למפקד הכוח, ששהה על משחתת הפיקוד אח"י יפו, היה צוות מודיעין חביר וכן מוכ"ם מצוות המשחתות, שהתמחה בהפעלת מערכת האלינט "בת קול", שפיתוחה הושלם כמה חודשים לפני המלחמה. צוות חביר זה סיפק למפקד הכוח מידע טקטי בזמן אמת. שנית, תמונת היערכותם של כלי השיט הצבאיים המצריים בנמל הייתה חסרה (לדוגמה, למודיעין הימי לא נודע בעוד מועד שהצוללות שאמורות היו להגיע לנמל נשארו באלכסנדריה) ושלישית, היה חוסר בהירות בשאלה מהו דגם הסטי"לים המצריים הערוך בנמל וכן האם הסטי"לים בנמל חמושים בטילים או לא.
הפעולה באלכסנדריה
התרומה של המודיעין הימי בהקשר לפעולה זו, מלבד תיק המודיעין המפורט על נמל אלכסנדריה, באה לידי ביטוי במידע שהושג בזמן אמת על כך שששת לוחמי הקומנדו הימי נפלו בשבי המצרי, מה שאִפשר להרחיק מאלכסנדריה את הצוללת הישראלית – אח"י תנין – שהייתה נתונה תחת איום נצ"ל של חיל הים המצרי.

בבוקר 6 ביוני הסתבר שכח הצוללים מפעולת אלכסנדריה לא חבר לצוללת. מתוך התחשבות בצורך לאיסוף חולית הקומנדו הימי מפקד חיל הים החליט לשלוח את שלוש המשחתות לפעולת חילוץ באזור אלכסנדריה. הנמל מהווה את מרכז הכח של הצי המצרי והיה ברור שיהיו שם ספינות טילים. הייתה זו תפנית מהלך המחשבה של העדיפות הטכנית לטילי האויב ובניגוד מפורש להוראת הרמטכ"ל יצחק רבין שביטל את הפעולה והחזיר את הכח. בהערכת המצב הועלו טענות כי יש לעשות הכל כדי לחלץ את כח הצוללים.

לא ברור איך אפשר המודיעין הימי שינוי כזה בהערכת הכושר הטכני. על הנושא ערער אל"ם בנימין תלם במכתב למפקד חיל הים שלמה אראל. הוויכוח לא הוכרע והחל להיווצר הרושם השגוי כאילו טילי הסטיקס אינם מבצעיים.

מודיעין ים קלט ידיעה כי ששת הצוללים נפלו בשבי באלכסנדריה. על סמך המידע הורתה מפקדת חיל הים לצוללת אח"י תנין לשוב. כתוצאה מהמידע נמנע סיכון הצוללת בקרבת נמל האויב.

תקיפת אניית הביון "ליברטי"

אירוע משמעותי נוסף שהתרחש בזירה הימית היה תקרית ליברטי, שבו נפגעה בטעות מאש דו-צדדית (חיל האוויר וחיל הים) אוניית הביון האמריקאית "ליברטי", שפעלה מול חופי אל עריש. לפרשה כאובה זו היו שני היבטים מודיעיניים:
 הראשון בהם התרחש במהלך האירועים עצמם עת אותרה האונייה על ידי סיור אוויר בבוקר לפני שהותקפה. נציג המודיעין הימי במוצב הפיקוד המטכ"לי בקריה בתל אביב, רס"ן (לימים סא"ל) אורי מרץ, קיבל את הדו"ח של סייר האוויר, ובכלל זה תיאור האונייה ומספר הדופן שלה. על סמך תחקור הסייר, ובעזרת השנתון Janes זיהה מרץ את הספינה כאוניית הביון האמריקאית "ליברטי". הוא העביר על כך דיווח לענף המודיעין הימי במפקדת חיל הים בחיפה, ואף הדגיש את הדמיון בין צללית הספינה האמריקאית לזו של ספינת העזר המצרית "אל קוצייר". הדיווח של מרץ הועבר לגורמי המבצעים והשליטה בחיל הים, אך כשהספינה התגלתה שוב, בצהריים, לא נעשה הקישור הנדרש, כי איתורה וזיהוייה הקודם נמחקו מהלוחות.

התקרית, שבה נהרגו 34 אנשי צוות אמריקאים ונפצעו 171, עוררה זעם רב בארצות הברית והעיבה על יחסי שתי המדינות. טענתה של ישראל שהתקיפה בוצעה בשגגה התקבלה בספקנות ובחוסר אמון מצד גורמים שונים בארצות הברית.
 ההיבט המודיעיני השני התרחש בשנת 2003, כאשר על רקע דרישתו של השופט קריסטול, שחררה "סוכנות הביטחון הלאומית"-NSA (סוכנות ביון בארצות הברית המופקדת על משימת ביצוע האזנות ברחבי העולם) מסמכים חדשים ותמלילי תעבורת קשר של כוחות צה"ל המאשרים את גרסת ישראל שהפגיעה בספינה האמריקאית הייתה טעות טרגית ולא נעשתה בכוונה תחילה.

בין מלחמת ששת הימים למלחמת יום הכיפורים

 קרב רומני

לאחר הפסקת האש במלחמת ששת הימים התרחשה פעילות כל שיט של חיל הים המצרי בגזרת חוף סיני. מטרת הפעילות לא הייתה ברורה. אך הסיכון לפעילות הדייג הישראלית ולספינות חיל הים המסיירות היה מוחשי. הפעילות הלילית הזאת לא אותרה על ידי המודיעין הימי. היא נתגלתה באקראי לשתי טרפדות בנזין בפיקודו של אלי רהב, שנמצאו במנוחת לילה מול חוף אל עריש. מפקד חיל הים שלמה אראל תחקר אישית את האירוע. מול האיום שנתגלה השתנו תנאי הסיורים ועלתה רמת הדריכות למרבית. הסיורים נעשו בלילות והמנוחה הועברה לשעות היום. כח הסיור הוכפל ובשטח נמצאו כל לילה גם משחתת וגם טרפדות.

בצהרי 11 ביולי 1967 נכנס כח של הצי הסובייטי לנמל פורט סעיד. מפקד הכח הכריז כי באו להגן על מצרים. לכניסת הכח הסובייטי לא הייתה התרעה מוקדמת. מפקד חיל הים העביר הוראה להתרחק מזרחה מקו אורך 33 מזרח. בליל 11 ביולי 1967 התגלו שתי מטרות שיצאו מפורט סעיד בתנועה מזרחה. מפקד אח"י אילת יצחק שושן שהיה המפקד הבכיר במקום. לפי פרטים שלמד מחולית האזנה העריך כי המטרות הן ספינות טילים, הרגיש מאוים והורה לטרפדות לתקוף.

אח"י אילת סגרה אל המטרות מהצפון וטרפדות חיל הים סגרו מהמזרח. המטרות שהתבררו כטרפדות מצריות מדגם P183 פתחו ראשונות באש. בקרב תותחים שהתפתח הצליח הכח הישראלי תוך חצי שעה לחסל את הטרפדות. נראה שירי התותחים פוצץ את טילי הטורפדו שנשאו הטרפדות המצריות, בעודם על הסיפון.

הטבעת המשחתת אח"י אילת

המחדל המצרי באי שימוש בטילי ים-ים מדגם סטיקס במלחמה וגם לא תוך כדי קרב רומני מייד אחריה הביא להערכה שטילי הסטיקס שבידי המצריים אינם מבצעיים. המודיעין הימי לא הסכים עם הערכה זאת אך לא מנע את היווצרות הלך הרוח השאנן. גם לא התערב למנוע את קיום סיורי המשחתות בקרבת נמל פורט סעיד עד שב-21 אוקטובר 1967 עלה בידי המצרים לטבע את המשחתת אילת באמצעות טילי ים-ים מסוג סטיקס. במהלך האירוע נקלט מידע אשר היה בו כדי לתת התרעה לאח"י אילת שהולכים לירות עליה טילים אך הוא לא הגיע לתעודתו.

הפגיעה באח"י אילת מוצגת על ידי המצרים כנקמה על הטבעת הטרפדות בקרב רומני

ב-21 אוקטובר 1967, בשעות אחה"צ המאוחרות, יצאו ספינות קומאר מפורט סעיד והטביעו את המשחתת הישראלית אח"י "אילת", באמצעות ארבעה טילי ים-ים "סטיקס". זה היה השימוש המבצעי הראשון בטילי ים-ים באזורנו ולמעשה בעולם כולו.

סא"ל יצחק שושן, שהיה מפקדה של אח"י אילת ביום טביעתה, פרסם לימים ספר שבו הוא הטיל את האחריות לאסון על גורמים שונים בחיל הים ובכלל זה המודיעין הימי בתחקירים שנעשו לבירור נסיבות התקרית, והאם אפשר היה למנוע את התוצאות הקשות בדרכים מודיעיניות, נמצא ששעות אחדות קודם לטיבוע המשחתת הגיע ליחידת ההאזנה של חיל המודיעין מידע לפיו מתכננים המצרים פעולה התקפית באזור פורט סעיד. עד היום לא הובהר סופית האם מידע זה, שהיה עשוי לשנות את המצב, הועבר מאמ"ן למודיעין חיל הים, אך אין ספק שהוא לא הגיע למפקדה של ה"אילת". סגן הרמטכ"ל, אלוף חיים בר-לב, שמונה לברר היכן אבד המידע החיוני לא הצליח להכריע בין העדויות הסותרות, והסתפק בהמלצה להעמיד לדין משמעתי את קציני אמ"ן המעורבים באירוע, על שלא וידאו שהמידע שבידיהם הגיע לתעודתו.

לבקשתו של מפקד חיל הים שלמה אראל, בדק אל"ם הדר קמחי, שהסתייע בסא"ל חרות צמח, את תפקוד מערכת האלינט שהייתה מותקנת על המשחתת. בדו"ח שכתב ציין שהמערכת - בכינויה "בת קול"- הופעלה במשך הסיורים על ידי טכנאי שסופח לאנייה. המערכת קלטה ביום האירוע אותות שזוהו כשידורים של מכ"ם המותקן על ספינות טילים מצריות מדגם קומאר וכי הטכנאי דיווח על הזיהויים לקצין המשמרת. אך כוננות ההפלגה של האניה לא הוגברה משגרת שיוט לעמדות קרב.

נראה שהתקלה לא הסתכמה רק בהודעות שלא הועברו בצינורות המודיעין בזמן אלא בהערכה כללית שגויה של היכולת האופרטיבית של הטילים שבידי המצרים ושאיפתם לנקום את הטבעת הטרפדות בקרב רומני. הערכת חסר ליכולת ושאיפת הנקם המצרית הציבה את המשחתת בעמדה קדמית, בנחיתות מבצעית.

להטבעתה של אח"י "אילת" הייתה משמעות מודיעינית מיידית: הצלחתו הקטלנית של הטיל "סטיקס" חייבה את המודיעין הימי להשיג במהירות את מֵרב הנתונים הטכניים שלו, כדי לאפשר לחיל הים לפתח אמצעי הטעיה שימנעו פגיעות בכלי השיט הישראלים בקרבות עתידיים.

ההתמודדות עם טילים בידי האויב 

האירוע המכונן של הטבעת אח"י "אילת" חידד את הצורך הדחוף לשפר את מערך המודיעין הימי בשלושה רבדים עיקריים:
 מיסוד ושיפור שיתוף הפעולה בין המודיעין הימי ליחידת ההאזנה של חיל המודיעין. בנוסף הוקמה במסגרת המודיעין הימי חוליית אלינט, שבתחילה אוישה על ידי המפעיל של מערכת "בת קול" שהייתה מותקנת על גבי המשחתות, ובהמשך הגיעו לחוליה מפעילים של מערכת אלינט מתקדמת יותר שכונתה "שלדג" אשר הותקנה בסטי"לים החדשים.
 איסוף המידע הרלוונטי ומחקר אינטנסיבי ומעמיק על מערכות נשק בציי ערב ובמיוחד על איומי הטילנות הימית, ובראש ובראשונה הטיל "סטיקס", וזאת כדי שגורמי הפיתוח בחיל הים ובתעשיות הביטחוניות יוכלו לתפור חליפת הגנה מיטבית לספינות חיל הים.
 איסוף, לימוד וניתוח המידע על תורת הלחימה של האויב ובמיוחד לוחמת הסטי"לים שלו. מידע זה אפשר לשייטת 3, בפיקודו של המשט הדר קמחי, לפתח תורת לחימה ולתרגל אותה גם בים וגם במתקן התרגול הטקטי בבה"ד חיל הים.

באותה תקופה התרחש אירוע נוסף, שבו הוטבע כלי שיט ישראלי. היה זה ספינת הדייג "אורית" שעסקה בדיג מצפון לימת ברדוויל. גם הפעם היו אלה טילי "סטיקס", שנורו מסטי"ל שהיה באזור פורט סעיד. טיבוע הספינה המחיש הערכה טכנית קודמת של מהנדסי חיל הים לפיה הטיל סטיקס מהווה איום גם נגד ספינות קטנות, דהיינו בסדר גודל של ספינות הטילים שנכנסו באותה עת לשירות מבצעי בחיל הים.

מאז טיבוע המשחתת "אילת" וספינת הדייג "אורית", כל אירוע שבו שוגר טיל "סטיקס" העסיק את המודיעין הימי. כך למשל במלחמת הודו-פקיסטן, בשלהי 1971, נורו טילי ים-ים מסוג "סטיקס", שהיו ברשות הצי ההודי, ובמהלך הקרבות ירו ההודים טילי "סטיקס" גם לעבר יעד בחוף – על חוות מכלי דלק באזור קראצ'י ירי שגרם נזק גדול. המודיעין הימי ניתח את הלחימה גם בחזית זו, ובפרסומיו הועלתה גם האפשרות שטילי "סטיקס" ישוגרו לעבר מטרות יבשתיות לאורך חופי המדינה, דבר שבתחילת מלחמת יום הכיפורים הטריד את מפקד חיל הים, שחשש שסטי"לים סוריים יירו טילי ים-ים מאזור צור שבלבנון לעבר אזור חיפה. בסופו של דבר, חיל הים הסורי לא ירה טילים לעבר שטח ישראל, אך חיל הים המצרי ירה טילי "סטיקס" לעבר שארם א-שייח' במלחמת יום הכיפורים.

יזמה ישראלית בחזית המצרית

במהלך מלחמת ההתשה ביצע חיל הים מבצעים רבים בחזית המצרית. מטבע הדברים המודיעין הימי היה מעורב בשלב ההכנות של כל המבצעים, והדבר הביא להעמקת המחקר המודיעיני בגזרות שבהם התבצעו המבצעים, לשיפור המיומנויות בהכנת תיקי מודיעין למבצעים ולחקירת חופי נחיתה ואף תאי שטח יבשתיים במבצעים שבהם כוחות חיל הים פשטו בחופי אויב. חלק מהמבצעים בוצע בשיתוף עם יחידות צה"ליות אחרות (חיל השריון סיירת מטכ"ל, חטיבת הצנחנים וכדומה), דבר שחייב את העמקת שיתוף הפעולה המודיעיני עם יחידות אלה ואת מיסודו. בין המבצעים הרבים יצוינו:
 במפרץ סואץ: הפשיטה על האי גרין, מבצע אסקורט ומבצע רביב.
 בגזרת התעלה: מבצע בולמוס 4 ומבצע בולמוס 5, מבצע סרג'נט, ומבצע ויקטוריה.

מעבר מענף למחלקה תוך כדי מלחמת ההתשה
בעקבות מלחמת ששת הימים ובשל הפעילות האינטנסיבית במהלך מלחמת ההתשה חלו תמורות בפריסת חיל הים, בהיקף הפעילות הימית ובמתכונתה. אלה חייבו היערכות מודיעינית בהיקף רחב יותר ושיתוף פעולה הדוק יותר עם אמ"ן, מודיעין חיל האוויר וקמ"ני הפיקודים. בעקבות השינויים נוצר צורך להגדיל את מצבת כוח האדם בענף המודיעין הימי שבמטה ולהקים קמ"ניות בבסיסים. ענף ים/4 נהפך ב-1969 למחלקת מודיעין ים (מחמ"ן-ים), שבראשה עמד רמחמ"ן. סא"ל ראובן אשכנזי, שעד אז שימש כרע"ן ים/4, הועלה לדרגת אל"ם ונהיה מפקדה הראשון של המחלקה. במחלקה החדשה היו שני ענפים מרכזיים, ענף מחקר וענף איסוף, וכן שני מדורים עצמאיים, מדור ביטחון שדה ומדור אוה"ד (ארגון והדרכה), שהיה אחראי בין היתר על ההוצאה לאור, מעבדת הצילום ומחסן המפות.

ענף מחקר, שהיה המסגרת המובילה, כלל כמה מדורי מחקר שעסקו בחילות הים הערביים וצי הסוחר הערבי, ציים זרים, מדור יעדים וחופים (שבו היו גם חוליית פח"ע – פעילות חבלנית עוינת – וחוליית פענוח תצלומי אוויר), מדור פעילות (שהיה החמ"ל של המודיעין הימי) ומדור מודיעין טכני. מעת לעת אויש גם מדור שניתח וחקר את תורת הלחימה של האויב הימי. ענף איסוף כלל מדורים שתיאמו את צורכי המודיעין הימי מול סוכנויות האיסוף השונות, והייתה לו גם אחריות מטה על הנציגות הימית ביחידת ההאזנה של חיל המודיעין ואחריות מטה על תיאום אלמנטים של איסוף קרבי שהשתלבו בפעילות המבצעית של חיל הים, לרבות חוליית אלינט שהוקמה לאחר הטבעת המשחתת אח"י "אילת". חוליית האלינט התבססה על כוח אדם שהגיע מחיל הים – תחילה מקרב מפעילי מערכת האלינט במשחתות ואחרי כן מקרב מפעילי מערכת האלינט שהותקנה בסט"ילים החדשים.

מחלקת המודיעין הימית המשיכה לשכון במפקדת חיל הים בסטלה מאריס עד שלהי 1972, עת עברה עם כל מפקדת חיל הים מחיפה לקריה בתל אביב.
יזמה מצרית
לאור חוסר המעש במלחמת ששת הימים שבעקבותיו הודח מפקד חיל הים המצרי גילו המצרים יזמה התקפית בזירה הימית. במהלך התקופה היו כמה פעולות שביצעו המצרים ושעליהן לא הביא המודיעין הימי מידע מוקדם שיאפשר את סיכולן. בין הפעולות הללו יצוינו:
 במפרץ אילת נשמר שקט מתוח בין ישראל לירדן במשך השנים, אך בתחילת מלחמת ההתשה אפשרו הירדנים לקומנדו מצרי לצאת ל מהחוף הצפוני של עקבה לפיגועים בנמלי אילת. בוצעו ארבע חדירות של צוללים לנמל אילת (הצבאי והאזרחי). בפעולות אלה, נפגעו שתי אוניות סוחר וטובעה אוניית עזר של חיל הים "אח"י בת גלים".
 סיורי צוללות מצריות בחופי ישראל.
 ביצוע הפגזת חוף בצפון סיני על ידי שתי משחתות מדגם סקורי מצריות מלוות בסטי"לים להגנתן.
 פגיעה בדוברת קידוח נפט שהייתה בדרכה מקנדה למפרץ סואץ (הדוברה נפגעה ככל הנראה ממוקשים שהצמידו אליה אנשי צפרדע מצרים בעת שהייתה בנמל אביג'אן בחוף השנהב שבאפריקה).
 תקיפת סירת הדייג אורית שעסקה בדייג מול חופי סיני. בתקיפה נהרגו שני דייגים. שנים אחרים ניצלו והגיעו בשחיה לחוף.

 תקיפות תת-מימית בנמל אילת

בסוף שנת 1969 ותחילת שנת 1970 ביצע קומנדו ימי מצרי חדירות לנמל האזרחי והצבאי באילת תוך גרימת נזק לאניות ישראליות. לאחר התקיפה הראשונה שהגיעה בלא התרעה נערכו באילת להגנה אשר לא צלחה.

קומנדו ימי מצרי ביצע ארבע תקיפות צוללים על אניות שנמצאו אילת. התקיפה הראשונה בוצעה ב-16 בנובמבר 1969 חולית קומנדו ימי מצרי שהגיעה בשחייה וצלילה מעקבה, הדביקה מוקשים לשתי אוניות אזרחיות. 'א/מ הי דרומה' ו'א/מ דליה' צולל מצרי אחד נחנק במהלך הפעולה. המודיעין הימי לא איתר את הפעולה לפני ביצועה.

בתקיפה השלישית שנערכה ב-5 בפברואר 1970, הוצמדו מוקשים לאנית התובלה אח"י בת גלים ולנחתת בת שבע. המוקשים התפוצצו באנית התובלה והיא שקעה במקומה בנמל. אח"י בת שבע הופעלה על ידי צוות חלקי ביצעה החפה מלאה בחוף הצפוני באילת. המוקשים התפוצצו וגרמו לנזק שתוקן מאוחר יותר.

לתקיפה הרביעית בנמל צבאי באילת ניתנה התרעה על ידי המודיעין. בסיס אילת נערך לסכל את התקיפה שהייתה צפויה ליום העצמאות. עבודות ההנצלה הוקפאו ובנמל הצבאי מארב תת-מימי לצוללים מצריים שיבואו מעקבה. יום העצמאות חל בה' באייר באותה שנה 11 במאי המארב הוסר ב-14 במאי 1970. המצרים מתייחסים ליום העצמאות הישראלי בלוח הכללי ב-15 במאי 1970 חדרו הצוללים שוב והציבו מיקוש בקרבת 'אח"י בת גלים' השקועה. צוללן ישראלי שעבד בחילוץ האניה נהרג מהפיצוץ.

סיורי צוללות מצריות בחופי ישראל
לפי מקורות חיצוניים נערכו במהלך מלחמת ההתשה כ־7 סיורי צוללת של הצי המצרי בקרבת חופי ישראל בים התיכון מבלי שהתגלו.

הפגזת חופי סיני 

בליל 8/9 בנובמבר 1969, הפגיזו שתי משחתות מדגם סקורי דומייאט ונאצר שיצאו מאלכסנדריה, באבטחת שתי ספינות אוסה את עמדות צה"ל בבלוזה ורומאנה. ההפגזה בוצעה לפי התוכנית במלואה אך לא הסבה נזקים. מטוסי חיל האוויר שהוזנקו נגד המשחתות לא הצליחו לפגוע עקב החשיכה והפעלת מיסוך עשן על ידי המשחתות המצריות.

ניסיון מצרי ליירוט ספינות שרבורג
ב-27 דצמבר 1969 בעת שספינות שרבורג ביצעו את המילוט לארץ נשלחה משחתת מצרית מדגם סקורי ליירט את ספינות שרבורג באזור שבין סיציליה לתוניסיה. המודיעין הימי איתר את יציאת המשחתת והמידע הועבר למפקד ההפלגה אל"ם הדר קמחי. ספינות סער נבנו למהירות גבוהה ממשחתות הסקורי ויכולות לבצע התרחקות מהירה ולהימנע מכניסה לטווח התותחים. חשיבות עליונה הייתה לביצוע התדלוק מאונייה בלב ים בקרבת האי למפדוזה. תגובת קמחי הייתה לשלוח שתי ספינות ראשונות שסיימו לתדלק לדרכן מצפון לכרתים. המשחתת המצרית שיצאה ליירוט קיבלה תקלה בדוודים וחזרה לאלכסנדריה. המודיעין דווח את הדבר לקמחי והמתח המבצעי ירד.

תקיפת דוברה לקידוחי נפט במערב אפריקה
מדינת ישראל הפיקה נפט מהבארות במפרץ סואץ. הדבר עורר התנגדות מצרית. תנועתה של דוברת קידוח הנפט "קטינג1" שנשאה דגל קנדי ויצאה מקנדה בדרכה למפרץ סואץ התגלתה למצרים ממועד כניסתה לנמל דקר בסנגל או קודם לכן במועד הפלגתה מקנדה. הדוברה נכנסה לנמל אביג'אן בחוף השנהב ב-2 במרץ 1970. חולית קומנדו ימי מצרית שכללה ארבעה צוללנים שירדו למים בחצות בין 8 ל 9 במרץ 1970 הדביקו מוקשי עלוקה לתחתית הדוברה. הדוברה ניזוקה ולא המשיכה בדרכה. בדיקת ציוד שנמצא על החוף הצביע שמקורו במצרים. כח צוללים מצרי נשלח פעם נוספת לחבל באותה דוברה באביג'אן בחודש יולי 1970. אך כאשר הגיעו למקום הסתבר שהדוברה תוקנה ועזבה את המקום. למודיעין הימי נודע הדבר בדיעבד מחקירת איש קומנדו מצרי שבוי.

הטבעת ספינת הדיג אורית

ב-13 במאי 1970 טובעה ספינת הדיג הישראלית "אורית" בירי 4 טילים על ידי ספינת טילים אוסה מצרית. הטילים התפוצצו בקרבת הספינה והיא התפרקה ושקעה. שניים מאנשי צוותה נהרגו ושניים ניצלו. הספינה עסקה בדיג מול חופי סיני במרחק רב מהגבול הימי עם מצרים.

כדי להצדיק פעולה נגד כלי שיט אזרחי תמים תוך עבירה על חוקי המלחמה, הגדירו המצרים את הספינה כספינת מחקר. הספינה לא עסקה בשום פעילות אחרת מאשר דיג. המודיעין הימי לא איתר את תנועת ספינת הטילים המצרית לפני ואחרי הפעולה. למעשה התגלתה התקיפה רק למחרת כאשר שני ניצולים הגיעו בשחייה לחוף סיני ודיווחו על כך. האירוע גרם לפיקוד חיל הים להחליט על בניית מוצב לתחנת מכ"ם חופית בהר קסיוס על חוף סיני הידוע בשם בסיס דפנה.
בתחום המידע על הטכנולוגיה הטבעת סירת הדיג הייתה זו הוכחה שטילי הסטיקס בידי המצרים עשויים לפגוע במטרות קטנות בגודל ספינות הטילים. אף כי חיל הים לא המתין להוכחה הזאת. פיתוח והצטיידות באמצעים נגד טילים עבור ספינות סער החלו עוד קודם לכן במקביל לפיתוח טילי הגבריאל.

ראשית הלחימה בטרור

ראשיתו של המאבק בטרור הפלסטיני התנהלה בחזית הירדנית, שם הייתה מרוכזת עיקר פעילותם של ארגוני המחבלים. קיומם של מכשולי מים בגזרה (נהר הירדן וים המלח), חייבה מעורבות של לוחמי חיל הים בלחימה בזירה, וכפועל יוצא מכך שיתוף פעולה של המודיעין הימי עם מודיעין פיקוד המרכז, דבר שלא התקיים עד אז.

כבר ב-1969 החלו להתבסס בלבנון ובסוריה אלמנטים ימיים של ארגוני המחבלים והתקבל מידע על כוונותיהם לבצע חדירות, תקיפות ופיגועים במתווה ימי. נוכחות ותשתית ימית זו התעצמה בעקבות אירועי ספטמבר השחור (ספטמבר 1970), עת עזבו ארגוני הטרור הפלסטיניים את ירדן ועברו ללבנון ולסוריה, שם התמקמו בין היתר לאורך חופיהן של מדינות אלה. הגישה החופשית לים, וחופש הפעולה היחסי שלו זכו במדינות אלו, הביאה להתפתחות יחידה ימית בארגון פתח, ובהמשך גם בארגונים אחרים. יחידות אלו החלו לבצע פיגועים בהישט ישיר מחופי דרום לבנון לעבר חופי צפון המדינה ועסקו גם בהברחת אמל"ח בדרך הים (באמצעות סירות דיג וספינות דיג) מלבנון לרצועת עזה.

זאת ועוד, פעילות ימית של ארגוני הטרור הפלסטיניים התבצעה גם בזירה הרחוקה מישראל (בלוב, בסוריה, בעיראק) שם התבצעו אימונים של אנשי צפרדע וגם פותחו מוקשים ימיים, תוך הסתייעות ביחידות קומנדו ימי של אותן מדינות. בהקשר זה בולטת התעסקות ממושכת של המחבלים בהכשרתה של אוניית סוחר קטנה (בשם "וובינה") על מנת שתשמש כספינת אם לתובלת אנשי צפרדע שיפעלו בנמלי ישראל. מאמץ מודיעיני רב הושקע סביב התארגנות זו.

בנוסף, בחודש יוני 1971 תקפו מחבלים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין של ג'ורג' חבש, שפעלו מתחומה של רפובליקת דרום תימן, את המכלית קוראל סי, שהובילה נפט גולמי מאיראן לישראל, בשעה שעברה באזור מצרי באב אל-מנדב. המכלית נפגעה אך נגרם נזק מועט.

הצורך להתמודד עם האיומים חדשים אלה שהציבו פעולות המחבלים חייבו היערכות מודיעינית הן בהיבט האיסופי והן בהיבט המחקרי. ואכן, בראשית שנות השבעים הוקמה במודיעין הימי חוליה שנועדה להתמודד עם איום הטרור הימי ובדרך הים. בתקופה זו גם החלו מבצעי פשיטה על יעדי המחבלים בלבנון ובהם מבצע ברדס 20 (בינואר 1971) מבצע ברדס 54–55 (בפברואר 1973) ומבצע אביב נעורים (באפריל 1973).

באותה תקופה ניצבה ישראל בפעם הראשונה גם בפני טרור מדינתי בזירה הימי. שליט לוב, מועמר קדאפי, ביקש לנקום בישראל על הפלת מטוס הנוסעים הלובי שחדר למרחב האווירי הישראלי ולא הזדהה (21 בפברואר 1973). הוא הורה למפקד צוללת מצרית שהייתה מוצבת בלוב להטביע את אוניית הנוסעים הבריטית "קווין אליזבת", שהפליגה מאנגליה לישראל כשעליה יהודים רבים שהיו בדרכם לחגוג את יום העצמאות ה-25 של ישראל. האירוע עצמו תואר בדיעבד בספרו של אורי בר-יוסף. הצלבה בין פרסום גלוי בעיתונות הישראלית על הגעתה הצפויה של ה"קווין אליזבת" ארצה לבין רסיסי מידע שונים שהתקבלו באותה עת הביאה את המודיעין הימי לגבש מבעוד מועד הערכה על כוונה אפשרית לפגוע בספינת הנוסעים הבריטית. בדיעבד התברר שכוונה זו לא התממשה משום שהדבר נודע לנשיא אנואר סאדאת והוא הורה להחזיר מיד את הצוללת לנמל אלכסנדריה.

מלחמת יום הכיפורים

1973 – הרחבת המחלקה ושינויים מבניים
בקיץ 1973, חודשים אחדים לפני מלחמת יום הכיפורים, התרחש שינוי במבנה המודיעין הימי, שהייתה לו משמעות בתחום התפקודי. ענף מחקר המקורי התפצל לשני ענפי מחקר מרכזיים: אחד מהם (שנקרא בשם ענף מחקר ציים) טיפל בכלי השיט של חילות הים הערביים, פריסתם, פעילותם ותורת הלחימה שלהם וכן בציים הזרים. הענף השני (שנקרא ענף מחקר יעדים) ריכז את עבודת המחקר על התשתיות הימיות בחופי האויב (נמלים, מערך הגנת החוף, חופי נחיתה ותחילת העיסוק בתשתיות ימיות של ארגוני הטרור). ענף איסוף ומדור אוה"ד המשיכו לפעול במתכונת שקדמה למעבר מפקדת חיל הים לקריה, ואילו מדור ביטחון שדה נהפך לענף. סא"ל אורי מרץ, ששימש עד אז כראש ענף מחקר (במתכונתו הקודמת, טרם פיצולו), מונה לשמש כעוזר רמחמ"ן למחקר והיו כפופים לו בנוסף לשני ענפי המחקר החדשים גם מדור המחקר הטכני ומדור פעילות.

כאשר השתלטו סטודנטים איראנים על שגרירות ארצות הברית בטהראן בשלהי 1979 (בתקרית הידועה כ"משבר בני הערובה באיראן"), תפסו האיראנים מסמכים רבים וביניהם גם מסמך של ה-CIA המציג את הידוע לאמריקאים על המודיעין הימי הישראלי, ובכלל זה על מבנה הארגון. האיראנים פרסמו את המסמך ברבים.

ההתרעה למלחמה

מניתוח המידע על צעדי המוכנות ושינויי הפריסה בחיל הים המצרי, בימים שקדמו לפרוץ מלחמת יום הכיפורים, העריכו במודיעין הימי כי חיל הים המצרי ערוך ליציאה למלחמה בהתרעה קצרה. הגורמים המוסמכים במחלקת מחקר באמ"ן דחו את הערכת המודיעין הימי, בטענה שכל צעדי המוכנות מתיישבים עם הפעילות התרגילית שהתקיימה באותה עת בצבא המצרי וכן בגלל התפישה שרווחה באותם ימים ("הקונספציה") לפיה צבא מצריים וחיל האוויר המצרי לא יהיו מוכנים למלחמה לפני 1975 ואילו הצבא הסורי לא יצא למלחמה ללא הצבא המצרי.

מבחינת הצי המצרי הקונספציה הזו לא הייתה רלוונטית מאחר שלא עמדו על הפרק דרישות הצטיידות או תרגולת מבצעית בתחום הימי, שהיו חייבים להשלימן לפני פרוץ פעולות איבה עם ישראל. אדרבא, צעדי המוכנות שננקטו בצי המצרי מאז הרבעון האחרון של שנת 72, לרבות החלפת מפקד הצי, תמרונים ימיים רחבי היקף, תרגולת מבצעית ושיפורי אמל"ח בכלי שיט שונים אפשרו לחיל הים המצרי להשתתף במערכה ברגע שיוחלט עליה, בלא שיהיה צורך לקלוט מערכות נשק ימי "שובר שוויון". לכן, המודיעין הימי בהשוואה לעמיתיו באמ"ן מחקר ובמודיעין חיל האוויר, היה משוחרר משיקולי "קונספציה".

מאז סוף חודש ספטמבר 1973, וביתר שאת מ-28 בספטמבר, הצטברו ברשות המודיעין הימי קטעי ידיעות שהעידו על פעילות חריגה בחיל הים המצרי. בעצת עוזריו החליט ראש מחלקת מודיעין ים, אל"ם רמי לונץ, בבוקר יום ראשון, 30 בספטמבר, להעביר למפקד חיל הים את הערכת המודיעין הימי על מוכנותו ועל פעילותו החריגה של חיל הים המצרי, וציין שלהערכת אמ"ן כל הסימנים החריגים קשורים לתרגיל. רמי לונץ אמר שלהערכתו האישית פני מצרים למלחמה, אך ראש אמ"ן וגופי המחקר באמ"ן – שהסמכות להחליט על כך שפני מצרים למלחמה, ברמה הלאומית, נתונה בידם – אינם שותפים לדעה זו.

בעדותו בפני ועדת אגרנט, אישר מפקד חיל הים שראש המודיעין הימי הציג לו את עמדתו האישית, השונה מעמדת אמ"ן, לפיה פני מצרים למלחמה. לדבריו הוא לא ייחס חשיבות מרובה לעמדתו של לונץ, שכן הוא ניזון מהדיווחים המרגיעים של אמ"ן בפורום מטכ"ל ומשיחת בירור אקראית עם ראש אמ"ן שטען בפניו כי יש לו מידע טוב יותר משל הקמ"ן הבכיר של חיל הים. כך או כך הורה האלוף בנימין תלם על נקיטת צעדי מוכנות בחיל הים, שכן העלאת הכוננות והגברת המוכנות הטכנית בחיל הים השתלבה בהכנות אותן ביצע חיל הים באותו שבוע לקראת תרגיל חילי רחב-היקף שהתקיים בליל 4–5 באוקטובר. אך הפעילות של השלמת תקן טילי הגבריאל לספינות הטילים לא נעשתה. הפקודה לכך ניתנה רק ביום ששי 5 באוקטובר בבוקר וזמן הכנות יקר הושקע במנהלות.

בספרו האוטוביוגרפי ציין תלם שכאשר ראש המודיעין הימי הראה לו (במשתמע ב-30 בספטמבר) את רשימת הסימנים המעידים שאותרו בצי המצרי, לא נותר לו אלא להסכים עמו. ב-1 באוקטובר, הפיץ המודיעין הימי, לתפוצת מפקדים בחיל הים בלבד, לקט מודיעין ימי שבו פורטו הצעדים שנקט חיל הים המצרי עד לאותו תאריך. ובסיומו של אותו לקט נאמר:  רמי לונץ ציין בעדותו, כי נמנע מלהשתמש במילה מלחמה, משום שבדיון מסכם באמ"ן סוכם שאין התרעה למלחמה, ולפיכך  לונץ הוסיף ואמר, שהלקט שפורסם למפקדים בחיל הים הסתיים במשפט הכי קרוב להתרעה, 

רמי לונץ גרס שמפקדי יחידות בחיל הים הבינו והפנימו את כוונתו של ראש המודיעין הימי, גם מבלי שהוזכרה בלקט המילה "מלחמה".

סא"ל אוריאל מרץ, עוזר רמחמ"ן למחקר באותה עת, שייצג את המודיעין הימי בדיונים השונים שהתנהלו באותו שבוע באמ"ן, היה שותף אף הוא להערכת המצב המחמירה והציג בפני עמיתיו באמ"ן מחקר את מכלול הסימנים המעידים שאותרו בצי המצרי. הערכתו בדבר כוונת המצרים לצאת למלחמה נדחתה, כאמור, על ידי אנשי המחקר באמ"ן בנימוק: ש בדיעבד טוען מרץ, כי באופן אירוני התברר ששלל הידיעות הטובות יותר, כביכול, שלא הופצו למודיעין הימי היו דווקא מחזקות את ההתרעה שנבעה ממהלכי חיל הים המצרי.

באשר ללקט הימי שהופץ בתוך חיל הים בלבד, טוען מרץ שאסור היה לראש המודיעין הימי להשמיט ממנו את המילה מלחמה ובכך להוציא את העוקץ ההתרעתי מהפרסום. זאת ועוד, לטענת מרץ, הלקט צריך היה להיות מופץ גם מחוץ לחיל הים ולו כדי שישמש כחומר למחשבה, או אף כקטליזטור שהיה מעודד את אלה בקהילת המודיעין שהיו להם ספקות באשר לגישת ה"סבירות הנמוכה" [לפרוץ מלחמה], לשקול שוב את הערכתם.

במהלך שאר ימי השבוע שקדם למלחמה המשיכו להצטבר סימנים מעידים נוספים באשר למוכנותו הקרבית של הצי המצרי, ובהם יציאתן של פריגטה ו-2 צוללות מנמל ספאגה שבים האדום לנמל פורט סודאן, פעילות משחתות בדרום הים האדום והערכות משחתת בלוב והערכות ספינות מטל"רים בפורט סעיד. פריסת אנשי קומנדו על ציודם הייעודי במעגנים שונים במפרץ סואץ והכנות לפעילות מבצעית של אנשי צפרדע, גיוס ספינות דיג במפרץ סואץ ובים האדום והגבלות על תנועת ספינות סוחר בגזרה ונקיטת צעדי חירום וכוננות בבסיסי הצי השונים לרבות צביעת פנסי כלי רכב. לכל אלה התווספו משעות אחר הצהריים של 4 באוקטובר ידיעות בדבר פינוי חפוז של משפחות היועצים הסובייטים ממצרים ומסוריה, וכן יציאה של חלק מספינות השייטת הסובייטית ממצרים. התפתחות זאת וממצאי גיחת צילום באזור התעלה שבוצעה ב-4 באוקטובר, הביאו את המטכ"ל להכריז על העלאת הכוננות בצבא הסדיר ב-5 באוקטובר (כוננות "מנעול").

לסיכום, מבחינת חיל הים היה באותו שבוע רצף החלטות שהקנה לו, בהשוואה לשאר זרועות הצבא, יתרון ביום פרוץ הקרבות:
 בתחילת השבוע ננקטו צעדים לשיפור המוכנות בשל הערכת המודיעין הימי באשר לפעילות החריגה בצי המצרי, שהועברה ב-1 באוקטובר לכלל המפקדים בחיל הים.
 בהמשך השבוע נצברו כוחות והושלמו צעדי מוכנות בחיל הים לקראת התרגיל החילי שהתקיים בליל 4–5 באוקטובר, במקביל, באותן שעות נודע על הפינוי הסובייטי החפוז ממצרים וסוריה.
 למחרת התרגיל, בערב יום כיפור, לאור הפינוי הסובייטי ולאור ממצאים חריגים בחזית המצרית, הכריז צה"ל על כוננות בצבא הסדיר. מבחינת חיל הים, המתבסס בעיקרו על סגל סדיר בחובה ובקבע, הייתה אפוא מוכנות גבוהה לפרוץ המלחמה גם בשל המסרים והתובנות שהתקבלו בכתב ובעל פה מהמודיעין הימי וגם בשל המוכנות המרבית של סד"כ הלוחמה עקב התרגיל החילי בליל 4–5 באוקטובר. כשהוכרזה כוננות "מנעול" בצה"ל, ב-5 באוקטובר, השלמת צעדי המוכנות בחיל הים יכלה להתבצע בקלות ובמהירות.

עם זאת, המודיעין הימי לא הצליח עד למועד זה לערער את הביטחון של עמיתיו באמ"ן מחקר ולשכנע שהסימנים בצי המצרי מעידים שפני מצרים למלחמה. אם כי היו כמה קצינים באמ"ן מחקר שגרסו כמו המודיעין הימי שפני הצבא המצרי והסורי למלחמה, כמו מי ששימש כראש המדור המדיני בענף מצרים, אלברט סודאי, שגיבש את עמדתו, בין היתר, על סמך הסימנים המעידים בתחום הימי והעיד על כך בפני ועדת אגרנט.

תרומת המודיעין ללוחמת הסטי"לים

משפרצה מלחמת יום הכיפורים השיג חיל הים שליטה מלאה בזירה הימית, הן בזכות כניסתן לשירות של ספינות הטילים הישראליות, (ספינות סער), שהיו מצוידות בטילי ים-ים גבריאל, והן בזכות המידע שסיפק המודיעין הימי הן על טילי ה"סטיקס" שהיו בשירות חיל הים המצרי וחיל הים הסורי (מידע שסייע לפתח מערכות הגנה לספינות הישראליות), הן בזכות המידע על שיפורי האמל"ח השונים שביצעו המצרים בכלי השיט שלהם (לרבות בספינות הטילים) והן בזכות המידע על תורת הלחימה של ספינות הטילים של האויב. יתר על כן, בקרבות הימיים השונים שהתנהלו במהלך המלחמה, זכו המפקדים בים לליווי מודיעיני שוטף, בין השאר הודות לשיתוף הפעולה עם יחידת ההאזנה הצה"לית, שהתהדק אחרי אירוע הטבעתה של אח"י "אילת". כל אלה תרמו לכך, שאף לא אחד מ-50 טילי ה"סטיקס" שנורו לעבר ספינות חיל הים במלחמה לא פגע בהן. מאידך הצליח חיל הים להשמיד 7 כלי שיט של חיל הים המצרי ו-7 כלי שיט של חיל הים הסורי בירי טילי גבריאל.

גם בכל הקשור בתורת הלחימה של ספינות הטילים שבשירות מצרים וסוריה דייק המודיעין הימי, וביטא זאת מי שהיה אז מפקד שייטת 3, אל"ם מיכאל ברקאי, שאמר בשובו מהים כי "האויב התנהג כמו במת"ט" (מתקן התרגול הטקטי של חיל הים). הרקע לאמירה זו הוא זה: בשנתיים שקדמו למלחמה חקר המודיעין הימי את תורת הלחימה של חיל הים המצרי ובמיוחד את תורת הפעלת הסטי"לים, נושא שעובד ופורסם בסקירת מודיעין מיוחדת. תוצר מודיעיני זה אפשר, בשנה שקדמה למלחמה, לבצע תרגילים דו-צדדיים של עימות בין כוח אדום וכוח כחול.

חופש השיט הישראלי
סוגיית חופש השיט לישראל וממנה עמדה במוקד העימות הישראלי-מצרי מאז תחילת שנות החמישים. משכך הנושא העסיק רבות את המודיעין הימי, שהעריך שבכל מערכה בין שתי המדינות יפעלו המצרים על נתיבי השיט לישראל הן בים התיכון והן בים האדום. על סמך הערכה זו תכנן חיל הים להציב בזירת הים האדום ספינות טילים מדגם סער 4, אך בעת פרוץ הקרבות עדיין לא היו סטי"לים ישראלים בזירה הדרומית.
שיט חופשי בים התיכון
גם בים התיכון איתר המודיעין הימי פעילות משחתות וצוללות על נתיבי השיט במרכז הים התיכון, שקיבלו סיוע בנמלים לובים מה שאפשר למצרים לבצע חסימה במרכז הים התיכון. לאור מידע זה נערך חיל הים בדרכים שונות לאבטח את תנועת אוניות האספקה שהובילו אמל"ח להשלמת המלאים של צה"ל – הצבא וחיל האוויר. יצוין כי 96 אחוזים מהאספקה הצבאית לישראל בימי המלחמה הועברו בדרך הים.
חסימת הים האדום

ההערכה בדבר ההסגר הימי הצפוי בים האדום קבלה חיזוק נוסף במחצית הראשונה של שנת 1973 כאשר התקבל מידע מהימן בנושא. ואכן, בימים שקדמו לפרוץ המלחמה, איתר המודיעין הימי פריסה של משחתות וצוללות למרכז הים האדום ולמפרץ עדן, וראה בתנועה זו חלק מהסימנים המעידים בצי המצרי. על סמך מידע זה, ובהיעדר סטי"לים בזירה, נערך חיל הים לתת מענה לאיום על השיט באמצעים אחרים.

ההיערכות המצרית לחסימת מצרי באב אל-מנדב יצרה דילמה לחיל הים. חסימת מְצָרִים בשימוש רב-לאומי היא פעולה עוינת ברמה בינלאומית. הודעה למכליות שהייתה גורמת להפסקת השיט הייתה נותנת ניצחון למצרים. כעובדה לא הועברה התרעה למכליות המפליגות בקו. המכלית "סמסון" בדגל ליבריה, של חברת אל-ים הובילה 36 אלף טון מהמפרץ הפרסי לאילת. המכלית עברה את מצרי באב אל מנדב ביום שישי 5 באוקטובר בבוקר. למכלית הייתה באותה עת בעיה עם אחד משני הדוודים, ובשל כך, נעה רק כ-10 קשר, בכשני שלישים ממהירותה הרגילה. בערב, קיבל קברניטה זאב תירוש, מברק ממפקדת חיל הים, המורה לו להתקרב לחוף הסעודי ולהפליג ללא אורות. להוראה לא ניתן הסבר נוסף. בשבת בצהרים נצפתה מהמכלית משחתת מצרית בנתוני תנועה דרומה שלא התקרבה למכלית. נראה שהמצרים שאפו להימנע מפעולה גלויה נגד כלי שיט בדגל נייטרלי והעבירו הטיפול על ידי הצוללת במארב.

תירוש קברניט "סמסון" לא ידע על המצב המתוח ולא תודרך לדווח על תנועת כלי שיט המצריים בקרבתו. ביום המחרת, 7 באוקטובר, בשעה 11:20, בהיותה מול נמל ג'ידה בסעודיה, ארבה למכלית צוללת מצרית שנייה שתקפה את ה"סמסון" בשלושה טילי טורפדו. כך יצא שהטורפדות שכוונו למכלית עברו לפני החרטום ולא פגעו. רב החובל זאב תירוש, שהיה בגשר באותה עת, כשראה את הטורפדות, יישם את מה שזכר מתיאורי הקרבות באוקיינוס האטלנטי במלחמת העולם השנייה בספר "הים האכזר", התרחק מהצוללת לכיוון צפון-מערב ונקט בתמרוני התחמקות. שלושה טורפדות נוספים שנורו מהצוללת עברו מאחורי ירכתי המכלית ולא פגעו.

תירוש דיווח במברק למפקדת חיל הים. בתשובה הועברה אליו הוראה שלא לדבר על הנושא עם גורמים נוספים. התקיפה נשמרה בסודיות ולא נידונה בתחקירי המלחמה. המצרים בסיפוריהם תיארו תקיפה והטבעה של אוניית קירור אך לא הזכירו את ההתקפה הכושלת על המכלית. קשר השתיקה נוצר היות שהמצרים שואפים להסתיר תקיפת כלי שיט נייטרלי בים הפתוח ללא התרעה. מעשה שהוא בניגוד לכללי המלחמה. והישראלים נמנעים מלהזכיר את התקיפה כדי לא להפחיד אניות בדגל נייטרלי מלשוט לישראל וממנה.

בהערכת מצב מודיעינית מבצעית, עוכבו מכליות אחרות שהיו בדרכן לאילת, באוקיינוס ההודי ולאחר מספר ימים קיבלו הוראה להפליג סביב אפריקה. הארכת ההפלגה בימים רבים.

מיקוש ימי במפרץ סואץ

בחודשים שקדמו למלחמת יום הכיפורים התקבל מידע מהימן לפיו המצרים מתכננים לבצע מיקוש ימי בים האדום. ואכן, בליל 6–7 באוקטובר אותרה פעילות ימית מצרית באזור מצרי יובל, בפתחו הדרומי של מפרץ סואץ, שבמהלכה הייתה אינדיקציה לביצוע מיקוש ימי כלשהו. עובדה זו דווחה ופורסמה בסיכום המודיעין הימי של אותה יממה. תעלת סואץ הייתה חסומה והנפט המופק על ידי המצרים בצפון המפרץ היה מועבר במצרי יובל על כן המידע על מיקוש אפשרי נשלל על ידי מפקד חיל הים.

נראה שהמודיעין הימי לא קיים בעניין זה הערכת מצב מודיעינית מעמיקה, הן ביחס למידע שהתקבל לפני המלחמה והן ביחס למידע שהתקבל במהלכה. מידע זה הובן על ידי גורמי המודיעין ככוונה לביצוע מיקוש במצרי באב אל-מנדב. חוסר היגיון מבחינת המצרים, שפגעו קשות בכלכלתם כדי למנוע מישראל את הגישה לבארות הנפט, דומה לחוסר ההיגיון בחסימת נתיב המים בתעלת סואץ שגרם נזק רב לכלכלת מצרים ואף לא טרדה קלה לישראל.

השיט במפרץ סואץ רובו ככולו העברת דלק מבארות הנפט במפרץ לנמל אילת הופסק בפרוץ המלחמה. על כן האימות לגבי עצם ביצוע המיקוש הימי ומיקומו (מצרי יובל ומדרום למעגן א-טור) התחוור רק כאשר חודש השיט עם תום הקרבות. כאשר נפגעו שתי מכליות: סיריס (26 באוקטובר במצרי יובל), נפגעה בעת שהייתה בדרכה מאילת לאבו רודס ואילו סירניה (10 בנובמבר מדרום לא-טור) בעת שהייתה בדרכה מאבו רודס לאילת.

זאת ועוד, התברר בדיעבד שבחודשים שקדמו למלחמה ביצעו המצרים לפחות שלושה אימונים ימיים באזור מצרי יובל, שבהם תורגלה ככל הנראה משימת המיקוש הימי (הן כסיור להכרת הזירה והן לתרגול מבצעי). אימונים אלה אותרו, אולם בהסברים שניתנו לפעילות לא הוזכרה אפשרות המיקוש. ייתכן שמשמעות התרגיל לא הובנה בשל התפיסה לפיה המצרים לא יחסמו עורק תנועה המשמש מכליות בדרכן לשדות ההפקה שלהם. כך או כך, פעולת המיקוש המצרית במצרי יובל הפתיעה את חיל הים הן בהיבט המצבי והן בהיבט הטקטי.

רב חובל האניה סיריס דני נקדימון מספר כי דיווחו שהמכלית נפגעה ממוקשים התקבל בספקנות אצל ראש מחלקת המודיעין. עם זאת הצליח לערער את הביטחון של מפקד חיל הים והאניה פטריה שהייתה בדרכה לעבור באזור הממוקש הוחזרה לאילת.

פעולות נוספות במלחמת יום הכיפורים
שיבוש פעילות הקומנדו הימי המצרי במפרץ סואץ
בימים שקדמו לפרוץ המלחמה הצטבר מידע רב, בין היתר על פריסה חריגה של קומנדו ימי מאלכסנדריה למעגנים שונים לאורך מפרץ סואץ. במקביל המצרים גייסו ספינות דיג בגזרה. כשפרצה המלחמה, העריכו אנשי המודיעין, שבכוונת המצרים להעביר כוחות קומנדו לצדו השני של המפרץ, דהיינו לחופי סיני במרחב שבין שארם א שייח' לאבו רודס וראס סודר.

בימים הראשונים של המלחמה הופנו ספינות דבור לעבר שני מעגנים במפרץ סואץ, שלפי המידע שהיה למחמ"ן התרכזו בהם כלי שיט וכוחות קומנדו. באירוע הראשון באזור ראס זעאפרנה – מרסה תלמת (בליל 6–7 באוקטובר) פגעו הדבורים בכוח המצרי בעת שעמד לצאת למשימתו. ימים אחדים אחר כך, נפגעו גם כוחות מצריים במעגן ראס ע'ארב (ליל 14–15 באוקטובר).

חבלה בתקשורת סוריה מצרים
ביזמת המודיעין הימי נעשתה פעילות חבלה בקווי התקשורת בהם תקשרו הפיקוד העליון של מצרים והפיקוד העליון של סוריה. ב-17 באוקטובר 1973 אתרו צוללים מיחידת 707 בפיקוד יהודה גושן שני מתקני תקשורת בים מול ביירות ופגעו בהם. התקשורת בין מצרים וסוריה עברה להיות אל-חוטית לשביעות רצונם של בקרי מודיעין אותות באמ"ן.

סיכום מלחמת יום הכיפורים בזירה הימית
פורטו לעיל עיקרי הלחימה בזירה הימית, תוך מתן דגש להיבט המודיעיני שלהם. על שאר האירועים ועל ההיבטים המבצעיים השונים בזירה הימית אפשר לקרוא כאן.

כאשר מפקד חיל הים, האלוף בנימין תלם, סיכם את עשייתו של חיל הים במלחמה הוא התייחס גם למודיעין הימי ואמר:

התפתחות חילות הים הערביים 1973–1991
 רכש אמל"ח ימי מתקדם
עוד לפני המלחמה החלו המצרים להצטייד במערכות אלקטרוניקה ול"א מתוצרת מערבית וסובייטית, שאותן התקינו על כלי השיט הסובייטיים שברשותם. הצלחת אמצעי הלחימה האלקטרונית שפיתח חיל הים הישראלי כדי להתמודד עם טיל ה"סטיקס", הביאה לאחר שוך הקרבות להעצמת המגמה הזו. חיל הים המצרי החל לרכוש ספינות קרב, טילי ים-ים, טילי חוף-ים ובהמשך טילי אוויר-ים, אמצעי ל"א (לוחמה אלקטרונית) ומסוקים ימיים במערב אירופה (בצרפת, בבריטניה, בספרד ובאיטליה) ובסין.

חיל הים הסורי, לעומת זאת, המשיך להתבסס על הארסנל הסובייטי ובתחילת שנות ה-80 מימש עסקת רכש חדשה בברית המועצות וקלט לשורותיו שתי צוללות, מסוקים ימיים וטילי חוף-ים מסוגים שונים, שהגדילו באופן משמעותי את קשתות ההגנה מול החוף הסורי.

זאת ועוד, במקביל לחיזוק חילות הים של מצרים וסוריה, שהשתתפו במלחמת יום הכיפורים, החלה גם בניית חילות ים במדינות ערביות נוספות, ובהן לוב, אלג'יריה, סעודיה ומדינות המפרץ ועיראק. חילות ים אלה הצטיידו בכלי שיט ובאמצעי לחימה ימיים מתקדמים במערב אירופה ובארצות הברית וחלקן רכשו ספינות קרב ואמל"ח גם בברית המועצות (לוב ואלג'יריה).

מגוון הרכש ממקורות שונים הציב אתגר למודיעין הימי, שכן יש שוני מהותי בין הטיפול המודיעיני באמל"ח סובייטי (שבו גם למדינות המערב יש עניין) לבין הטיפול המודיעיני באמל"ח שמייצרות מדינות ידידות. יתר על כן, המודיעין הימי צריך היה להתמודד כעת עם מחקר מודיעין טכני של איומים רבים מאוד בתחום העל-מימי והתת-מימי, כדי שאפשר יהיה לספק לצרכנים השונים בחיל הים הן את הנתונים הטכניים לפתח אמצעי נגד והן את הנתונים על תורת הלחימה החדשה שהתגבשה בציים הערביים.

הצורך בהכרת מערכות האמל"ח המערביות ובכלל זה טילים נגד ספינות. הביאו לכך שהמודיעין הימי חקר הן את קורותיה של מלחמת פוקלנד והן את הפעילות הימית במפרץ הפרסי בזמן מלחמת איראן–עיראק, שכן נעשה שם שימוש התקפי בטילים ימיים מתוצרת מערבית.

השפעות השלום המצרי-ישראלי

הסכמי ההפרדה, שנחתמו בעקבות מלחמת יום הכיפורים, ובהמשך הסכם השלום בין ישראל למצרים, הביאו למספר תפניות בתחום המודיעיני הימי:
 נסיגה הדרגתית של כוחות צה"ל (ובכלל זה חיל הים ויחידות המודיעין) מחצי האי סיני.
 יציאתו של חיל הים המצרי ממעגל ציי העימות. בעקבות זאת האיום המרכזי בים התיכון היה מצדן של סוריה ולוב.
 פתיחת תעלת סואץ לשיט, ומעבר ספינות לוחמה ותובלה בין הזירות. לימים תהיה לכך משמעות בצבירת הכוחות לפני פרוץ מלחמת המפרץ הראשונה.
 בעקבות הסכם השלום התקיימו ביקורים הדדיים של הצי המצרי בחיפה. ושל חיל הים הישראלי באלכסנדריה. מבחינת אנשי המודיעין הימי הייתה זו סגירת מעגל מרגשת, ודוברי הערבית שבהם אף זכו לשמש כקציני קישור על הספינות המצריות בעת ביקורם.
תרומת המודיעין הימי בחיפושי הדקר

המודיעין הימי עסק בזמנים שונים בנושא חיפושי הדקר. בשני היבטים
א. בדיקת מידע שהגיע ממקורות שונים ובדרך כלל לא אמין.
ב. מעורבות ענף הידרוגרפיה המהווה חלק ממספן המודיעין.

מייד לאחר הטביעה נבדקו השערות למעורבות סובייטית או מצרית ולא נמצא קשר. ממשלת מצרים שלאחר שאלה על ידי צד שלישי הודיעה באופן רשמי כי לכוחותיה אין קשר להיעלמות הדקר. דו"ח אראל שנשלח לראש המטה הכללי ומציג את אזור הטביעה משני צדי הנתיב בין כרתים לחיפה היה מקובל על מד"ן. תאוריות קשר למיניהן שהועלו נבדקו ונשללו.

לאחר מציאת מצוף הסימון בחוף רפיח בשנת 1970 נכנס מדור הידרוגרפיה, המהווה חלק ממחלקת המודיעין, לתמונה. לאחר חקירות ביולוגיות של העשבים והתולעים שנדבקו למצוף הוסקה מסקנה על המצאות המצוף במהלך השנה בעומק שבין 100 ל-150 מטר. על סמך מידע חלקי של משטר הזמנים פותחה תאוריה שהדקר נמצאת בחוף המצרי בין פורט סעיד לאלכסנדריה. התאוריה לא נסתרה על אף חוסר ההגיון המבצעי שצוללת לא חמושה תכנס למימי מדינת אויב במצב של מלחמת ההתשה. קבלת התאוריה כהנחה אפשרית הטילה רבב של התנהגות פלילית במפקד הצוללת.

לאחר הסכם השלום בין ישראל למצרים פורסמו בעיתונות המצרית דברי התפארות של מפקדים מצריים כי הם הטביעו את הצוללת דקר. את מרבית הדיווחים היה ניתן לְהָזֵם על פניהם. בהחלטה פיקודית, שלא על דעת מחלקת המודיעין, יזם חיל הים חיפושים בקרבת נמל אלכסנדריה שלא העלו דבר. המצרים מצידם הגיעו למסקנה שהחיפושים הם מסווה לפעילות ביון ישראלית. או כי לישראלים יש מידע על כך שהדקר אכן נמצאת בקרבת החוף המצרי.

כאשר מפקד חיל הים אברהם בן-שושן מינה את תא"ל הדר קמחי לרכז את נושא חיפושי הדקר. הועברה האחריות לבירור השמועות השונות ממספן המודיעין לוועדת הדקר. מדור הידרוגרפיה של המספן היה חבר בוועדת הדקר. עם הזמן הופיע מחקר של אוניברסיטה אמריקאית, שהתבסס על ניסויים שנעשו על ידי חיל הים והמכון לחקר הימים והאגמים. המחקר הפריך את תיאורית הזרם המזרחי ושמט את הבסיס לתאוריה שהמצוף שהה בחופי מצריים. החיפושים עברו לנתיב התקדמות הדקר.

הטרור הימי בין מלחמת יום כיפור למלחמת לבנון הראשונה

מאמצע שנות ה-70 חלה התפתחות משמעותית בתחום הטרור הימי, כאשר ארגוני הטרור (ובעיקר ארגון פת"ח) התחילו להשתמש בספינות סוחר "תמימות" כפלטפורמה ממנה שוגרו חוליות לביצוע פיגועים (אוניית אם). הספינות יצאו מלבנון, נעו על נתיבי הסוחר בין לבנון ופורט סעיד, ובהיותן מול חופי הארץ הורידו לים סירות גומי שעליהן אמצעי לחימה ומחבלים, שהפליגו אל החוף הישראלי כדי לבצע פיגועים בריכוזי אוכלוסייה צפופים במרכז הארץ. שניים מהפיגועים הקשים שבוצעו בדרך זו הם הפיגוע במלון סבוי (מארס 1975) ופיגוע כביש החוף (מארס 1978). בים סוף, לעומת זאת, סוכל ניסיון פלסטיני לבצע פיגוע תופת באילת באמצעות אוניית הסוחר "אגיוס דמטריוס", שהועמסה בכמויות גדולות של חומר נפץ ושעל סיפונה הוצבו עשרות משגרי רקטות (ספטמבר 1978). הספינה אותרה והושמדה בדרכה לאילת. במקביל נמשכו גם ניסיונות החדירה בהישט ישיר מדרום לבנון. אחד הפיגועים המפורסמים שבוצעו שם היה הפיגוע בנהריה (אפריל 1979), שבו נספו בני משפחת הרן. למרבית הפיגועים האלה לא היה מידע מודיעיני מקדים.

השימוש באוניות סוחר לביצוע פיגועי ראווה לאורך חופי המדינה, הביא את ארגוני הטרור לנצל את הספנות האזרחית להעברת אמל"ח ומטענים אחרים לנמלי לבנון. על מנת לסכל פעילות זו פעל חיל הים, ובסדרת פעולות של שייטת 13, הוטבעו בנמלי צור וצידון שבדרום לבנון אוניות שכאלה. מבצעים אלה שיבשו את פעילות הנמלים והרתיעו בעלי אוניות מלשלוח אותן לנמלים אלה, מה שיצר בפועל סגר ימי על דרום לבנון.

זאת ועוד, באותן שנים החל קורם עור וגידים הרעיון של הקמת "חיל הים הפלסטיני". במסגרת זו, הקים אש"ף חברת ספנות בשם "דטרקו", רכש אוניות סוחר, והכשיר עשרות מועמדים כקציני צי וקציני צי סוחר במספר רב של אקדמיות ימיות, צבאיות ואזרחיות, במדינות ערב ומדינות העולם השלישי. במקביל הצטיידו המחבלים באמצעי תובלה תת-ימיים, וכן בשתי ספינות תותחים שהתקבלו במתנה מלוב, ונמסרו לאנשי פת"ח בנמל לטקיה באוגוסט 1981.

גל הפיגועים, ניצול תשתית הספנות על ידי המחבלים והתמסדות המרכיב הימי של אש"ף, חייבו שינוי תפיסתי בחיל הים בכלל (מערך סיורים ימיים ואוויריים, פריסת תצפיות וניידות מכ"ם) ובמודיעין הימי בפרט. ואכן, לאחר תקופת התארגנות, נבנה מערך איסופי והוקמה תשתית מחקרית, במסגרת של מדור עצמאי. במדור זה הוטמעו מיומנויות ייחודיות, בין השאר בסיוע אנשי צי סוחר מיומנים שגויסו למילואים ופיתחו את תורת המחקר המודיעיני בתחום ייחודי זה.
חסימת אנית תופת בדרכה לאילת

אירוע חשוב לציון בתקופה הזאת היווה חסימת דרכה של אונייה עמוסה בחמרי נפץ לחוף אילת בתקופת החגים בה החוף מלא נופשים. אף כי למודיעין הימי לא היה מידע עדכני על תנועות האניה וכוונות הפיגוע, המידע הכללי על היותה בבעלות המחבלים, החל את תהליך הזיהוי, שמנע פיגוע רצחני בראש השנה התשל"ט באילת. המודיעין הימי הפיץ למערך הגילוי וליחידות החיל רשימת אניות בשירות המחבלים. אחת מהן הייתה אגיוס דמטריוס בדגל קפריסאי. ב-30 ספטמבר 1978 במהלך השבת שלפני ראש השנה זוהתה האניה על ידי תצפיות החוף בעת המעבר במצרי טיראן. האניה העלתה את חשד אנשי מערך הגילוי בזירת ים סוף, היות שנשארה לעמוד ולא התקדמה צפונה.

הנחתת אח"י אשדוד (פ-61) בפיקודו של אבי רוטמן שהייתה בסיור במפרץ אילת נשלחה לבדוק אותה. האניה לא ענתה לקריאות והחשד הפך לאויב ודאי, עצרה רק לאחר יריות לתוך הגשר. הסטי"ל אח"י רשף בפיקוד הרצל שחף הופנה גם הוא לאזור. צוות ההשתלטות נחרד לגלות באניה 10 מחבלים. והתברר שכוונתם הייתה להפעיל מטען חומר נפץ גדול בהשהיה ולהפנות את האניה בהגה אוטומטי לכיוון חוף אילת.

המחבלים הורדו מאניה והיא נעזבה מאוחר יותר הורה מפקד חיל הים להשמידה וירי פגזי תותח מאח"י רשף גרמו להתפוצצות המטען והאניה טבעה.

הפיכת המודיעין הימי ממחלקה למספן
התשתית האיסופית והמיומנות המחקרית שנבנו מסוף שנות ה-70 הביאו לשיפור יכולת ההתרעה ואפשרו ייזום מבצעים נגד תשתיות המחבלים לאורך חופי לבנון לסיכול פיגועים. המבצעים, שבוצעו בעיקר על ידי לוחמי שייטת 13, חייבו ליווי מודיעיני פרטני ותכיפותם הגדולה הביאה בסופו של דבר להקמתו של ענף מל"ם (מודיעין למבצעים), שליווה מודיעינית את נוהלי הקרב, ואפשר לגורמי המחקר הימי להתמקד במחקר המודיעין – הבסיסי והשוטף.

במחצית השנייה של שנות ה-70, ולאחר עבודת מטה ממושכת ומסודרת שקיים מי שהיה אז רמחמ"ן, אל"ם אלי לוי, מול ראש אמ"ן, האלוף שלמה גזית, ומול מפקד חיל הים באותה עת, האלוף מיכאל ברקאי (יומי), הורחבה מסגרת המודיעין הימי ובשנת 1977 הוא נהפך למספן מודיעין ים. אל"ם אלי לוי, שהיה עד אז ראש מחלקת מודיעין ים נהיה ראש מספן מודיעין ים הראשון. בעת שהגיש את המלצותיו לארגון המספן לא דרש להעמיד בראשו קצין בדרגת תא"ל וזאת כדי לא להראות כמי שדורש דרגה לעצמו. לאחר שנה שבמהלכה פיקד אל"ם לוי על ראשי המחלקות אל"ם משה (מרצ'ל) ברנע, בתפקיד ראש 'מחלקת מחקר', ואל"ם פנחס נוסבאום, בתפקיד ראש 'מחלקת מודיעין למבצעים' הראשון, והמבנה החדש הוכיח את עצמו, שונה התקן ואלי לוי נעשה תת-אלוף,

השינוי במבנה המחלקה והגדלתה השתלב במדיניותו של הרמטכ"ל מוטה גור להרחיב את מסגרות בצה"ל ולחזקן, כחלק מלקחי מלחמת יום הכיפורים. השינוי נבע גם מהאתגרים החדשים שהועמדו בפני המודיעין הימי לאחר מלחמת יום הכיפורים, ובכלל זה התחמשות מאסיבית של ציי העימות וציי הפריפריה ובמיוחד הצטיידותם באמל"ח ימי מערבי מתקדם. סיבה נוספת הייתה התגברות הטרור הימי מאמצע שנות ה-70, ובמיוחד ביצוע פיגועי ראווה בישראל שמבצעיהם הגיעו ליעדם בדרך הים, תוך שימוש באמצעים ובסייענים מתחום הספנות האזרחית, מה שחייב הקצאת כוח אדם שיתמחה בחקר האיום החדש.

מאז ועד היום נשמר בדרך כלל המבנה המספני שתואר לעיל, אך במהלך השנים נעשו בו שינויים פנימיים בהתאם למשימות המשתנות של המספן ולשינויים שחלו בזירה, למשל הוספה או הרחבה של מסגרות לטיפול בטרור הימי או הופעת האיום הימי האיראני וכן בשל שינויים טכנולוגיים משמעותיים בזירה הימית.

מלחמת לבנון הראשונה וספיחיה

תקופת הלחימה

במלחמת לבנון הראשונה (מבצע "שלום הגליל) לא הייתה לחימה ימית כלשהי, ותרומתו של המודיעין הימי הייתה בעיקר בשלב ההכנות למבצע הנחיתה, שבוצעה לבסוף סמוך לשפך הנהר אל-אוואלי, צפונית לצידון. בסדרת מבצעים מקדימה של שייטת 13 נאסף מידע על חופים פוטנציאלים להנחתת הכוחות. המידע שנאסף נבדק ונותח, ועל פי הממצאים נבחר בסופו של דבר מקום הנחיתה.

במהלך המבצע נערך חיל הים, ובכלל זה גם המודיעין הימי, לאפשרות של התדרדרות הלחימה גם אל מול הצי הסורי, אך בסופו של דבר לא נוצר מגע כלשהו בין חילות הים.

פינוי המחבלים מלבנון לפזורה

לאחר מלחמת שלום הגליל (מלחמת לבנון הראשונה), פונו ארגוני המחבלים מלבנון (אוגוסט 1982) והם התבססו בכמה מדינות ערביות בים התיכון (בעיקר תוניס, אך גם בסוריה) ובים האדום (בסודאן ובתימן).

זמן קצר לאחר העזיבה המתוקשרת מנמל בירות על סיפון אוניות נוסעים, החלה חזרתם של מחבלים (ובהם ערפאת) ואמל"ח ללבנון, והפעם מתוך כוונה להתבסס בטריפולי ובמרחב צפון לבנון. המודיעין הימי עקב אחרי תנועות אלה, ויזם מבצעים של חיל הים לסיכולן (לדוגמה, האונייה "חנאן", בבעלות פת"ח, שהפליגה מטוניס לנמל טריפולי ועליה מחבלים ואמצעי לחימה, נתפסה על ידי חיל הים באוגוסט 1983). בסופו של דבר השהיה של גורמי פתח בצפון לבנון הייתה קצרת מועד, מאחר שבחודש יוני 1983 פרץ מרד בשורות המחבלים והתפתח עימות צבאי בין תומכי ערפאת למתנגדיו, שנתמכו על ידי הסורים (שבהזדמנות זאת החרימו את ספינות התותחים שהתקבלו מלוב והיו ערוכות בנמל לטקיה).

בדצמבר 1983 התפנו סופית ערפאת ואנשיו מלבנון. במהלך הפינוי יזם המודיעין הימי השתלטות על אחת מהאוניות שהובילה כוחות מלבנון לתימן. על האונייה, ששמה "אנודה", נתפס נשק רב ובכלל זה שני טנקים ומשאיות הנושאות מטולי רקטות. כמו כן נתפסו פעילים שהיו מעורבים בפיגועים.

למרות התפנותם השנייה של המחבלים מלבנון לפזורה הערבית, אותרה חזרתם בטפטוף של עשרות מחבלים מהפזורה דרך קפריסין ללבנון. בין השנים 1984 ו-1991 יורטו באגן המזרחי של הים התיכון כעשרים ספינות, שחלקן היו בבעלות זרה והובילו מחבלים ללבנון וחלקן היו בבעלות המחבלים.

הפזורה הפלסטינית והטרור הימי 
למרות העזיבה המסיבית של המחבלים את לבנון, ומתוך רצון להראות שהמעבר לפזורה לא סתם את הגולל על "שאיפת המאבק המזוין נגד ישראל", ניתנה הנחיה לבצע פיגועים מלבנון בין היתר בטווח הימי. הניסיונות הראשונים, שנערכו ביולי וספטמבר 1984 כשבסיס המוצא היה בלבנון, היו חפוזים והובילו אותם גורמים ללא ניסיון ימי, דבר שהביא לכישלון הפעולות. המודיעין הימי התריע מבעוד מועד על הכוונה לבצע את הפיגועים הללו, ואף זיהה שהמדובר בניסיונות בוסר, שאינם אופייניים לאבו ג'יהאד, ראש הזרוע הצבאית של פת"ח, שבעברו הוביל פיגועי ראווה מורכבים בפן הימי.

ואכן החל במחצית השנייה של 1984, זיהתה המערכת המודיעינית התארגנות בהובלתו של אבו ג'יהאד, להוציא אל הפועל פיגוע ראווה בדרך הים באמצעות אוניית-אם שתצא מצפון אפריקה מתוך אמונה שבשל המרחק מישראל יעלה בידם לשמור על חשאיות המבצע. ככל שהתקדמו ההכנות לפעולה, בתחילת 1985, הצביע המודיעין הימי על ההתארגנות ההולכת ונשלמת באלג'יריה לרבות הערכה לפיה נמל המוצא לפיגוע יהיה נמל ענאבה שבמזרח אלג'יריה. אחת הספינות עליה הצביע המודיעין כמועמדת לשימוש, הייתה האונייה "מונלייט" בבעלות חברת הספנות "דטרקו" של אש"ף ואשר כמה חודשים קודם לכן הייתה מעורבת בניסיון נפל לעבור עם מטען אמל"ח בתעלת סואץ דרומה.

בסופו של דבר העדיפו המחבלים להשתמש באונייה אחרת בשם "אטאבירוס", שהפליגה מנמל ענאבה ב-14 באפריל 1985 כשעליה 21 מחבלים ו-7 אנשי צוות מהכוח הימי, מתוך כוונה לבצע פיגוע ראווה לקראת יום העצמאות ה-37 (1985). חיל הים, שנערך לאור התרעה של המודיעין הימי הטביע אותה ממערב לחופי המדינה דקות ספורות לפני שהחלה לפרוק את סירות הגומי שנועדו להוביל את חוליות הפיגוע לחופינו. האונייה הנוספת ששמה עלה כאמור בהקשר להתארגנות זו (ה"מונלייט"), ועלה חשש שהיא תשמש כספינת אם, הוטבעה בנמל ענאבה (מבצע דרך נץ) ימים ספורים לפני הטבעת "האטאבירוס".

על פיצוח סוגיה מודיעינית זו ובניית תמונת המודיעין המקדימה, העניק ראמ"ן למודיעין הימי ולשניים מקציניו את פרס החשיבה היוצרת על שמו של אל"ם עוזי יאירי. זו הייתה סגירת מעגל מרגשת: בדיוק עשור שנים לאחר נפילתו של יאירי בפיגוע במלון "סבוי", סוכל, בהצלחה מרובה, פיגוע ראווה ימי במאפיינים דומים.תפיסת ספינת המחבלים אנג'ל - בליל 4 באוגוסט 1988 הצליח המודיעין הימי לממש לכידת ספינת מחבלים בים האדריאטי. הספינה "אנג'ל" שנרכשה ביוון על ידי ארגון הפת"ח בשנת 1983 הייתה לספינה הגדולה והמודרנית ביותר שברשות הארגון. ביולי 1988 נשלחה הספינה לסדרת שיפוצים מקיפה בנמל דוברובניק שביוגוסלביה. המודיעין שעקב אחריה נודע כי היאכטה אנג'ל סיימה את השיפוץ והיא מפליגה מיוגוסלביה ללוב, שנשאה עליה קבוצת קציני פת"ח. היא יורטה כ-25 מיל מדרום למפרץ טרנטו באיטליה על ידי ארבע ספינות סער – אח"י יפו (סער 4), אח"י קשת (סער 4.5), אח"י מולדת (סער 4), ואח"י גאולה (סער 4.5 חוחית), בפיקוד המש"ט אל"ם יוסי לוי (קצין). ארבעה קצינים מהכוח הימי של הפתח נעצרו והיאכטה הושטה לחיפה.
סיכול מתקפת סירות נשק בחג שבועות

בשנת 1990 התמודד המודיעין הימי עם אחת הפרשיות המורכבות והמסובכות שידע אי פעם. מדובר בסיכול פיגוע שנועד להתבצע באמצעות אונית-אם, ועליה שש סירות מהירות החמושות במטל"רים, מקלעים טילי כתף נ"מ, ו-17 מחבלים אשר תוכנן לפגוע בתל אביב. הניסיון נעשה על ידי ארגון החזית לשחרור פלסטין של אבו עבאס ובסיוע צמוד של הקומנדו הימי הלובי. המודיעין הימי איתר את כוונת ומתווה הפיגוע, את שלבי ההכנות הממושכות וכן את מועד יציאת הכוח מלוב. הטמעת המודיעין בקרב הכוחות הלוחמים הייתה במיטבה וחיילי צה"ל ידעו למה לצפות. עם זאת, לא עלה בידי המודיעין הימי להצביע מבעוד מועד על זהות אונית האם ועל כך שהיא יצאה לדרכה מאזור בנגאזי ולא מהאזור שבו התארגנה החוליה בסמוך לטריפולי. המודיעין הימי פרסם שתי התרעות קונקרטיות בליל חג השבועות. האחת, מידית, פורסמה כיממה לפני גילוי סירת המחבלים הראשונה, והשנייה - התרעת בזק שפורסמה בליל חג השבועות, כ-6 שעות לפני גילוי סירת המחבלים הראשונה. הרמטכ"ל, ראש אמ"ן וקציני מודיעין בכירים נוספים שיבחו את עבודת המחקר שנעשתה במודיעין חיל הים.

מחשש הסיורים הימיים הורידה אניית האם את הסירות במרחק רב מהחוף הישראלי. לסירות אזל הדלק והמחבלים היו מותשים. סירת הפיקוד נעצרה ללא דלק והתגלתה על ידי תחנת מכ"ם חוף במרחק 16 מייל מקיבוץ געש כשהיא ללא תנועה. לעברה הוזנק דבור 901 בפיקוד שי שמש אשר הגיע אליה כעבור 45 דקות וצוותה נכנע ללא קרב. שאר שלוש הסירות פנו לכיוון דרום-מזרח, וכאשר אזל הדלק לשתיים מהן, עצרו כל השלוש למנוחה ועגנו במשך מספר שעות במרחק 25 מיל מאשדוד. אף ספינת ח"י לא גילתה אף לא סירת מחבלים אחת משלוש הסירות, בשום שלב של הפיגוע - אף על פי שהשלוש עגנו בגזרת הסיור של סטי"ל ח"י. עם אור הבוקר העבירו המחבלים את יתרת הדלק והתרכזו לסירה אחת שנעה לרצועת עזה. מכ"ם אשדוד, אשר רוב הפעילות הייתה בגזרתו, לא גילה את הסירה שהגיעה עד לטווח 4.5 מיל מאשדוד, והיא נתגלתה על ידי תחנת מכ"ם ארז. בסיוע מטוס קל נרדפה הסירה בירי על ידי דבור 909, בפיקוד רוני שדה. הדבור לא הצליח להשיג אותה ופתח באש בטווח רחוק ואף כיוון אליה מסוקי תקיפה. הסירה הבורחת לא נפגעה מהירי. היא הגיעה לחוף שטח אש 608. ואנשיה ברחו לתוך החולות, נרדפים על ידי מסוקי קרב. חלקם נכנעו ונתפשו שם על ידי כוח יבשתי.

השאיפה של חיל הים לעצור את המחבלים לפני שיגיעו לחופי המדינה לא מומשה. את המידע שהמחבלים מצטיידים בספינות מהירות הביא המודיעין הימי שנים קודם לכן. הצטיידות בספינות בט"ש מהירות קיבלה עדיפות רק כאשר קיבל האלוף אברהם בן שושן את הפיקוד על החיל. לאחר האירוע הזמין מפקד חיל הים מיכה רם שש ספינות דבורה נוספות.

מאז סיכול הניסיון חלה הפסקה ארוכה בניסיונות ארגוני המחבלים לביצוע פיגועים באמצעות אוניות אם. המודיעין הימי ומערך הגילוי החופי של חיל הים דרוכים וערניים כדי למנוע פיגוע כזה. כוחות חיל הים הישראלי ממשיכים בפעילות הביטחון השוטף. עם הזמן שודרגו כל ספינות הבט"ש של חיל הים לספינות מהירות.

מלחמת המפרץ הראשונה

מבחינתו של חיל הים הישראלי, לא היו למלחמה זו היבטים משמעותיים הראויים לציון, הגם שהוא נערך, בהתאם להערכות המודיעין, לאפשרות שהעיראקים ינסו לפגוע בנמלי ישראל ובכלי שיט של חיל הים באמצעות כלי טיס החמושים בטילי אוויר-ים ייעודיים (כגון "אקסוסט", C-601 ועוד). לעיראקים היה ניסיון מבצעי בתחום זה, שכן חיל האוויר העיראקי פגע בפריגטה האמריקאית "סטארק" באמצעות טילי אוויר-ים מסוג "אקסוסט" בשעה שהיא פעלה בצפון המפרץ הפרסי בשנת 1987 (בזמן מלחמת איראן–עיראק).

מאידך, באותה מלחמה שולב המודיעין הימי במעקב שקיימה קהילת המודיעין אחר ההכנות למלחמה (בין אוגוסט 1990 לינואר 1991). המודיעין הימי תרם את חלקו ובנה את תמונת ההצטברות של כלי השיט הצבאיים מציי הקואליציה ובראשם ארצות הברית במפרץ הפרסי, וכן עקב אחר תנועת אוניות התובלה (הצבאיות והאזרחיות) שהובילו את הגייסות שהשתתפו בלחימה הקרקעית.

העיסוק הנרחב בתובלות אמל"ח באותה מלחמה, העמיק את יכולותיו של המודיעין הימי בתחום מחקר הספנות וזאת לא רק בהקשר של ארגוני טרור ופיגועים, אלא גם בהקשר של תובלת אמל"ח וציוד אסטרטגי למדינות ערב השונות ולאיראן מרחבי העולם, ובמיוחד מדרום מזרח אסיה.

מבצעים נגד הטרור בין מלחמות לבנון
פעילות מבצעית בלבנון ומבצע "שירת הצפצפה"

הלחימה בלבנון, בעיקר מול ארגון חזבאללה, נמשכה גם אחרי סיום מלחמת לבנון, במה שהוגדר כרצועת הביטחון. כחלק מהלחימה בוצעו גם מבצעים של שייטת 13, שהגיעו ליעדם בדרך הים.

מבצע "שירת הצפצפה", שנערך בליל 4–5 ספטמבר 1997 בחוף לבנון, הסתבך, כשכוח של לוחמי השייטת נפגע באזור העיירה אנצרייה ותריסר לוחמים נהרגו. יש חילוקי דעות בין המשפחות והמערכת הצבאית באשר לסיבות האסון. כנגד תיאור לחימה בכח אויב יש הטוענים שהאסון נגרם עקב תקלה במטענים שנשאו הלוחמים. בארבע ועדות חקירה שבדקו את האירוע – שבשתיים מהן שולבו קציני מילואים בכירים ממערך המודיעין הימי, לא נמצאה עדות לפעילות של כוח אויב חמוש בשטח. למרות הנאמר לעיל, הניחה ועדת האלוף גבי אופיר שהיו בשטח גם מטעני אויב שהתפוצצו על הכוח. כתוצאה מההנחה של המצאות מטעני אויב בשטח ועל רקע אי מציאת העדות לכך שכוח אויב פעל בשטח בזמן האירוע, נותרה הדילמה האם היה זה מארב אקראי של חזבאללה או מארב מתוכנן מראש, שנפרש בשטח בעקבות מידע מוקדם שהגיע לידיהם.

ב-31 באוגוסט 2007 התפרסמה בעיתון "מעריב" הערכה לפיה דליפה מודיעינית משידורים גלויים של מזל"ט ישראלי לפני המבצע היא שאפשרה לחזבאללה להציב מארב מתוכנן. בתחילת אוג' 2010 פרסם מנהיג חזבאללה נסראללה סרטון, שלדבריו נקלט מערוץ לא מוצפן של מזל"ט ישראלי שסרק את השטח במשך כשבועיים לפני האירוע. לדברי נסראללה, התמונות שיורטו הן שחשפו בפניהם את נתיב הכוח ואפשרו להם להציב מארב ללוחמי הקומנדו הימי. דברי נסראללה, ששאף להדוף את השלילה הציבורית בלבנון על רצח ראש ממשלת לבנון, סעד אל-חרירי, ולהעמיד את חזבאללה כמנצח. מועלים כחיזוק לתיזה שגרסה כי הופעל מארב מתוכנן כלפי הכוח.

ראש מספן המודיעין שי ברוש שעקב בזמן אמת אחרי ההתרחשות, עברו כלוחם ומפקד שייטת 13 הכשירו להבין בדיוק את התנועות בשטח. כבר סמכא עיקרי לנושא, משוכנע ברוש לחלוטין, כי  מסקנותיו הן שלא היה שום מארב ואף לא מוקש. ההרוגים והפצועים בכח נבעו מפיצוץ מטעני החבלה שנשאו איתם הלוחמים. ראש אמ"ן אלוף משה יעלון תמך במסקנותיו של ברוש.

למרות דברים אלה של שי ברוש קיבלו ועדות החקירה שהכח נתקל במוקשים רבי עוצמה. דרישת אב שכול לחקירה נוספת הועלתה לבג"ץ ונדחתה.

תפיסת אוניית הנשק "קארין איי"

לאחר החתימה על הסכם אוסלו בשנת 1993 וכניסת גורמי הרשות הפלסטינית לגדה המערבית ולרצועת עזה, ניסו הפלסטינים להחדיר אמל"ח בדרך הים לרצועת עזה. בתחילה נעשו הניסיונות באמצעות כלי שיט קטנים יחסית דוגמת הספינות "חסן" ו"סנטוריני", שהובילו אמל"ח שנשלח מלבנון לרצועת עזה. האמל"ח ב"סנטוריני" - שנתפסה ב-5–7 מאי 2001 - הוסלק בחביות, שהכוונה הייתה להטילן מול חופי עזה שם דייגים היו אמורים לאסוף אותן. ניסיונות אלה סוכלו בעקבות מעקב מודיעיני מוצלח של מספן מודיעין.

הניסיון המשמעותי בהקשר זה התבצע בהובלה וביוזמה של גורמים בכירים ברשות הפלסטינית, שבראשה עמד יאסר ערפאת שידע על התוכנית ודחף למימושה. המדובר בתובלת האמל"ח על גבי האונייה קארין איי, שהמודיעין עקב במשך תקופה ארוכה אחרי ההתארגנות למימוש ההברחה, שהתבצעה במעורבות של איראן וחזבאללה. משהתגבשה תמונת המודיעין בדצמבר 2001, לרבות זהות האונייה ומסלול הפלגתה מנמל איראני, החלה פעילות מבצעית שנועדה לסכל את העברת האמל"ח. בסופו של דבר בחודש ינואר 2002 לכד חיל הים בים האדום את הספינה "קארין איי", במסגרת מבצע "תיבת נוח". על הספינה נתפסה כמות רבה יחסית של אמל"ח – יותר מחמישים טונות. על עבודת המודיעין שהובילה לתפיסת האונייה זכה המודיעין הימי לפרס ראש אמ"ן לחשיבה יוצרת על שם עוזי יאירי.

ההתעצמות הימית במדינות העימות מאז מלחמת המפרץ
הופעת איראן בפעילות ימית עוינת במרחב
בעקבות מלחמת איראן–עיראק, ובהמשך מלחמת המפרץ ומלחמת עיראק מתבלטת איראן כמעצמה ימית במפרץ הפרסי ובשנים האחרונות גם בים האדום. "זרועותיה" הימיות מגיעות גם לים התיכון באמצעות אספקת אמל"ח ימי מתקדם, פרי ייצור התעשייה הביטחונית האיראנית, לסוריה ולחזבאללה בלבנון ולארגוני הטרור ברצועת עזה. איראן פיתחה את העוצמה הימית שלה בשני מישורים:
 חיל הים המסורתי, שהיה קיים עוד בימיו של השאה, עבר תנופת פיתוח הן ברכש ממקורות זרים (לדוגמה, צוללות "קילו" מתוצרת ברית המועצות וטילים ימיים מתוצרת סין) וכן מבנייה עצמית (כלי שיט שטח וצוללות ננס).
 הזרוע הימית של משמרות המהפכה, שהצטיידה בכלי שיט קטנים ובאמל"ח בעל מאפיינים של לוחמת שטח ולוחמת קומנדו ימי.

במקביל התפתחה מאוד התעשייה הביטחונית האיראנית, שהתמחתה בין השאר בפיתוח ובייצור של מגוון טילים ימיים, שביחס לחלקם הם קיבלו רישיונות ייצור מסין (לדוגמה, הטילים נגד ספינות מסדרת C ובהם C-802, C-801, C-704, C-701 ועוד). בתוך זמן קצר החלו טילים אלה להגיע לזירה הקרובה ונכנסו לשימוש הן בחזבאללה בלבנון והן בחיל הים הסורי. ניסיונות שנעשו – אך לא צלחו – להעביר טילים נגד ספינות לרצועת עזה. בנוסף מעבירה איראן לאזור נשק תת-מימי כגון טורפדו ומוקשים ימיים.

איראן, שעד נפילת השאה הייתה ידידה לישראל, נהפכה מאז המהפכה האסלאמית שחולל רוחאללה ח'ומייני באיראן ליעד מודיעיני מבחינתו של המודיעין הימי, לא רק בגלל עוצמתה הימית במרחב המפרץ הפרסי ובאוקיינוס ההודי, אלא בעיקר משום מדיניות ייצוא המהפכה למדינות הקרובות, שבא לידי ביטוי הן באספקת אמל"ח ימי מתקדם (ובכלל זה טילים נגד כלי שיט, טורפדו ומוקשים ימיים) והן בסיוע בגיבושה של חשיבה מבצעית רלוונטית בתווך הימי.

חילות ים ערביים אחרים
מבחינת חיל הים הסורי ראויים לציון שני מרכיבים עיקריים. הראשון, בא לידי ביטוי בעסקת רכש שנחתמה עם איראן לאספקת טילי חוף ים מדגם 802-C וכן סטי"לים קטנים מדגם "טיר" החמושים אף הם בטילים מדגם זה. השני, בא לידי ביטוי בעסקת רכש גדולה עם רוסיה לאספקת מערכות טילי חוף ים מתקדמות ביותר מדגם "יאחונט" (טיל על-קולי מתוצרת ברית המועצות לטווח של 300 קילומטר ובעל ראש ביות מתקדם). זהו אחד הטילים המתקדמים בעולם והוא מהווה איום של ממש על הכוחות הפועלים בזירה ועל אסדות הגז הפועלות מול חופי ישראל. כמו כן רכשו הסורים מערכות גילוי והרכשה של מטרות ימיות בטווחים גדולים.

הצי הלובי, שהגיע לשיא כוחו ועוצמתו במהלך המחצית השנייה של שנות ה-70 וה-80, הצטייד בכלי שיט שטח וטילי ים-ים מתקדמים מתוצרת מערבית ומתוצרת סובייטית וכן בצוללות מתקדמות מאלו שסופקו לציי מצריים וסוריה. אחת הצוללות הלוביות הפגינה נוכחות באגן המזרחי של הים התיכון, עת הפליגה בסוף שנת 1983 בחשאיות לנמל טרטוס שבסוריה. המודיעין הימי זיהה את הפלגתה וחלק מידע זה עם שירותי מודיעין ימיים ידידותיים, ובראשם האמריקאים, שספינותיהם פעלו במזרח הים התיכון אחרי מלחמת לבנון הראשונה. העובדה ששירותי מודיעין אלה לא איתרו בעצמם את תנועת הצוללת הלובית חיזקה את מעמדו של המודיעין הימי הישראלי מול השירותים הזרים והביאה להעמקת שיתוף הפעולה איתו. משנות ה-90 ואילך חלה נסיגה בכשירות הצי הלובי, כנראה בשל האמברגו והסנקציות שהוטלו על לוב בהובלה של ארצות הברית.

הצי הסעודי לא טמן אף הוא את ידו בצלחת ובשנים אלה הצטייד בפריגטות טילים מתקדמות מתוצרת צרפתית המצוידות במיטב מערכות נשק ואלקטרוניקה.

חיל הים המצרי, שכאמור יצא ממעגל העימות, שומר כל השנים על מעמדו הבכיר במרחב (גם בים התיכון וגם בים האדום) כשהמאפיין הבולט של התעצמותו לאחר מלחמת המפרץ היה הצטיידות בפריגטות ובמסוקים ימיים מעודפי הצי האמריקאי והתחמשותו בטילים נגד ספינות אמריקאיים מדגם "הרפון".

הרחבת מקורות האספקה, וריבוי סוגי הטילים בזירה הימית מציבים אתגר טכנולוגי למודיעין הימי. במלחמת יום הכיפורים היה על המודיעין הימי להשיג ולנתח מידע על טיל אחד (ה"סטיקס") שיוצר בברית המועצות. בתחילת המאה ה-21 היה המצב שונה בתכלית. על ספינות חיל הים מאיימים כיום טילים רבים ושונים, המיוצרים במדינות רבות (ארצות הברית, רוסיה, צרפת, איטליה, איראן וסין) שאת הנתונים הטכניים של כולם יש לגלות ולנתח, כדי לאפשר לחיל הים לפתח ולהצטייד במערכות הגנה מתאימות. לצד האתגר הכמותי מציבים חלק מהטילים הללו גם אתגר איכותי.

מלחמת לבנון השנייה וספיחיה

בזירה הימית תיזכר מלחמת לבנון השנייה בעיקר בגלל היפגעותה של אח"י חנית מטיל נגד ספינות מדגם C-802 (טיל סיני המיוצר באיראן). המודיעין הימי לא סיפק התרעה בסיסית או מצבית על עצם הימצאותם של טילים אלה בזירה הלבנונית ברשות החזבאללה. מבדיקה בדיעבד הוסק שאפשר היה להניח הנחת עבודה סבירה שטילים ייעודיים שכאלה עלולים להימצא ברשות החזבאללה, זאת באנלוגיה לנשק רקטי אחר שהיה באותה עת ברשות הארגון. בעקבות חקירת האירועים ננזף ראש המודיעין הימי על התעלמות מהצעה, שהועלתה בפניו בבוקר האירוע, לשקול קביעת הנחת עבודה מטעם המודיעין הימי לפיה הטיל מצוי בידי חזבאללה.

העובדה שלארגון טרור, חזבאללה, יש נשק מתקדם שעד להגעתו אליהם ניתן היה למצוא רק בציים מסודרים, אשר סרים למרותן של ממשלות, מכניסה מימד חדש למאבק המזוין במזרח התיכון. ברור שבתחום הימי אין המדובר אך ורק בטיל C-802, אלא בטילים נוספים נגד מטרות ימיות. בין היתר הועלה החשש כי על רקע מלחמת האזרחים בסוריה והתערערות שלטונו של אסד, עלול לזלוג לידי החזבאללה אמל"ח ימי לרבות טילי חוף ים מתקדמים המצויים בידי הצי הסורי.

על פי ההערכות, נוסף על חזבאללה, גם ארגוני טרור פלסטינים ברצועת עזה משתוקקים להצטייד בטילי חוף ים. ניסיון לספק טילי חוף ים לרצועה סוכל בשנת 2011.

פעילות עוינת לאחר מלחמת לבנון השנייה
הברחות אמצעי לחימה בדרך הים

הברחות אמל"ח בדרך הים, שהעסיקו את המודיעין הימי מאז סוף שנות ה-60 נמשכות גם כיום. עם זאת, בשנים האחרונות חלו שינויים הן בזהות המעורבים והן באיכות האמל"ח. השינוי הבולט ביותר הוא מעורבותה של מדינה, איראן, בהברחות אמל"ח, הן לארגון חזבאללה בלבנון והן לארגונים פלסטינים ברצועת עזה. המעורבות האיראנית הקשתה על המודיעין הימי באיתור המשלוחים, אך לאחר היערכות איסופית ומחקרית מתאימה הצליח מספן מודיעין לאתר את הכוונות, לעקוב אחר המשלוחים ולספק לחיל הים את המידע הנקודתי הדרוש לסכל את העברות האמל"ח, כפי שקרה במקרה של הספינה "קארין איי". בין הסיכולים הבולטים בשנים האחרונות יצוינו תפיסותיהן של הספינות האלה:
 פרנקופ (מבצע "ארבעת המינים"): בחודש נובמבר 2009 לכד חיל הים סמוך לקפריסין את הספינה "פרנקופ", שהובילה כ-500 טון אמל"ח מאיראן לארגון חזבאללה בלבנון.
 ויקטוריה (מבצע "חוק ברזל"): בחודש מארס 2011 לכד חיל הים מערבית לחופי דרום המדינה את הספינה "ויקטוריה", שהייתה בדרכה לנמל אל עריש. הספינה הובילה לרצועת עזה אמל"ח שבו היו בין היתר טילי חוף-ים מסוג C-704 (המיוצרים באיראן בשם "נאסר-1") ומערכות מכ"ם (מתוצרת בריטניה). הימצאות אמל"ח זה ברצועה הייתה יוצרת איום על אוניות סוחר בדרכן לאשדוד, על מכליות בדרכן לאשקלון, על מתקני הפקת הגז בדרום ועל כלי שיט של חיל הים.

 קלוס סי (מבצע "חשיפה מלאה"): בחודש מרץ 2014 לכד חיל הים במרכז הים האדום את הספינה "קלוס סי", שהובילה אמל"ח איכותי מאיראן לארגוני המחבלים ברצועת עזה. בספינה נתפסו, בין היתר, 40 רקטות M-302, שהן אמל"ח תקני רב-עוצמה לטווחים ארוכים, ואלמלא נתפסו עלולות היו להיות משוגרות למרכז הארץ ולצפונה במבצע צוק איתן ולגרום לעורף הישראלי נזק משמעותי יותר מזה שגרם הנשק הרקטי ארוך הטווח, שהמחבלים שקדו על ייצור מאולתר שלו בבתי מלאכה ברצועה.

אפשרות הברחת האמל"ח הגלומה בנתיב הימי, כפי שהוכיחו חלק מהתפיסות שצוינו, היא הסיבה העיקרית להסגר הימי שמטילה ישראל בשנים האחרונות על רצועת עזה, ולפיכך המעקב אחרי הניסיונות לפרוץ את ההסגר והתארגנות משטי ההזדהות למיניהם הוטל אף הוא על מספן מודיעין, שפועל לזיהוי הספינות המשתתפות, נמלי המוצא, זהות המשתתפים וכוונותיהם).

סיכול הפגנות שיט לרצועת עזה
הרעיון להשתמש באוניית נוסעים או ספינת סוחר הנושאת אזרחים כצעד פרובוקטיבי, שיציב בפני ישראל קושי מבצעי בהתמודדות איתו לצד אתגר הסברתי, עלה כבר ב-1988. ארגון אש"ף רכש ספינה נוסעים בשם "סולפריני", שנועדה לשמש כ"ספינת שיבה". הכוונה הייתה שהספינה תפליג מקפריסין לעבר נמל חיפה כשעליה פליטים פלסטינים המבקשים לשוב לבתיהם ולצדם עיתונאים רבים. האפשרות שישראל תשיב את הספינה כלעומת שבאה יכול היה להיות מוצג כאירוע דומה לזה של הספינה "אקסודוס", שהבריטים החזירו לגרמניה. כוונה זו שובשה בסופו של דבר והספינה לא יצאה לדרכה.

גם המשטים שארגן החמאס לעבר רצועת עזה, במטרה לפרוץ את הסגר שהוטל על הרצועה לאחר עליית הארגון לשלטון ב-2007, נועדו להשיג אפקט דומה. ההכנות למשט הגדול הראשון, שנערך בחודש מאי 2010, היו גלויות – המועד, המקום וזהות הספינות פורסמו ברבים. עם זאת, ההתארגנות לתקיפה האלימה של חיילי צה"ל, עוצמתה והיקפה נעשו בחשאי ולא היו ידועים מראש לקהילת המודיעין הישראלית. בהיעדר מודיעין, כי בספינה יש פעילים רבים שנערכים להילחם באלימות ובעזרת סכינים, אלות, רוגטקות וכדומה, נקלעו הלוחמים למלכוד שלא היו מוכנים לו, ולא נותרה להם ברירה אלא לירות אש חיה כדי להגן על עצמם.

לקראת צאתו של המשט הגדול השני שופרה ההיערכות האיסופית, דבר שאפשר למודיעין הימי לספק תמונה טובה על ההכנות בתחום הימי, שהתנהלו במקביל בכמה מקומות באירופה. בסופו של דבר יציאת המשט לא יצאה אל הפועל, למעט ספינה קטנה אחת שהגיעה לקרבת החוף והיא נעצרה ללא התנגדות.

ניסיונות חדירה בדרך הים מרצועת עזה
בשנים האחרונות ישנם ניסיונות של ארגוני חזית הפועלים ברצועת עזה לפגוע בחופי דרום המדינה בדרך הים בפעילות שמקורה ברצועת עזה, אך בכל הפעולות האלה לא נגרמו נזקים. לדוגמה, בשנת 2010 התגלו בחופי דרום המדינה ומרכזה חביות נפץ שהוטלו לים באזור רצועת עזה ונסחפו לשטחנו עם זרמי הים.

בין השנים 2010 ו-2014 המשיכו ארגוני המחבלים ברצועה לפתח את המרכיב הימי שברשותם וכאמור אף ניסו להשיג טילי חוף-ים, שנתפסו בסופו של דבר, כאמור, על הספינה "ויקטוריה". במקביל טיפחו המחבלים ברצועה את כוח הקומנדו הימי, שיועד לביצוע פעולות התקפיות בתווך הימי נגד ישראל. ואכן, במהלך מבצע צוק איתן חדרו לאזור חוף זיקים ארבעה מחבלים, אנשי הכוח הימי של החמאס, שהגיעו בשחייה וצלילה משטח רצועת עזה. המחבלים, שהתכוונו כנראה לחדור לקיבוץ זיקים ולבצע פיגוע, אותרו בתצפית עין של חיל הים, ובהיתקלות עם כוחות צה"ל בגזרה נהרגו.

בראיית המחבלים האירוע בזיקים נחשב כהצלחה, אף שלא השיג את מטרתו המקורית. תחקיר צה"לי של האירוע שדלף לידיהם, חיזק את הערכתם זו.

ציונים לשבח
 הטבעת אניית המחבלים אטאבירוס - על בניית תמונת המודיעין המקדימה, שהביאה להצלחת מבצע דרך נץ, העניק ראש אמ"ן אמנון שחק למודיעין הימי ולשניים מקציניו את פרס החשיבה היוצרת על שמו של אל"ם עוזי יאירי. זו הייתה סגירת מעגל מרגשת: בדיוק עשור שנים לאחר נפילתו של יאירי בפיגוע במלון "סבוי", סוכל, בהצלחה מרובה, פיגוע ראווה ימי במאפיינים דומים.
 ניר פרס החל את דרכו כלוחם בספינת טילים וקצין במודיעין הימי. בעת שירותו התמחה בנושאי בלימת פעילות חבלנית עוינת המשתמשת באוניות צי סוחר לשם פיגועים. עבודתו במודיעין הייתה חיונית גם בשיבוש תקיפות המחבלים במבצע דרך נץ בחודש אפריל 1985 וסיכול מתקפת סירות נשק במאי 1990 מבצע אבק דרכים. בעקבותיה זכה למכתב הוקרה ממפקד חיל הים אלוף מיכה רם. פרס עבר לשרת בתחומי הממשל ושימש כמפקד מנהלת התיאום והקישור לרצועת עזה. מתפקידו היה לנהל את פעילות הסיוע ההומניטרי לרצועה. במרץ 2008 נשלח מטעם משרד החוץ לניו יורק, שם הסביר את המתרחש ברצועה ועשה עבודה מצוינת. ניר פרס נפטר ב-21 ינואר 2012 ממחלה ממארת.
 על עבודת המודיעין שהובילה לתפיסת האנייה קארין איי בשנת 2010 זכה המודיעין הימי לפרס ראש אמ"ן לחשיבה יוצרת על שם עוזי יאירי.

אבדות
למודיעין הימי חלל אחד אשר נפל בפעילות מבצעית. זהו סמל שי אטיאס, אשר נפל במהלך מלחמת לבנון השנייה, כאשר אח"י חנית הותקפה בטילי חוף ים מול ביירות.

שלושה אנשי מודיעין ימי נוספים נפטרו במהלך שירותם ונחשבים כחללי צה"ל.

לקריאה נוספת ומקורות
 אליעזר טל, מבצעי חיל הים במלחמת העצמאות מהדורה שנייה בהוצאת עמותת חיל הים והעמותה לחקר כח המגן על שם ישראל גללי, 2002, עמ' 66–76.

 עמוס גלבוע מר מודיעין (ביוגרפיה על ראמ"ן האלוף אהרן יריב), המרכז למורשת המודיעין וידיעות אחרונות ספרית חמד, 2013, עמ' 283, 349-348.
 אריה אורן, שלמה גואטה, "המודיעין הימי", הרצאה במסגרת הקורס על חיל הים, שודר באוניברסיטה המשודרת, 12 בינואר 2012.
 אריה אורן ושלמה גואטה, "ים המידע – המודיעין הימי בצה"ל", מאמר בספר מלאכת מחשבת – 60 שנות מודיעין ישראלי - מבט מבפנים, בעריכת עמוס גלבוע ואפרים לפיד, המרכז למורשת המודיעין בשיתוף ידיעות אחרונות ספרית חמד, 2008. עמ' 204–211.
 מייק אלדר, שייטת 13 – סיפורו של הקומנדו הימי, ספריית מעריב (1993), עמ' 223, 295-293, 452, 465.
 אורי בר-יוסף, הצופה שנרדם - הפתעת יום הכיפורים ומקורותיה, עמ' 11, 328.
 אורי בר-יוסף, המלאך – אשרף מרואן, המוסד ומלחמת יום כיפור, זמורה ביתן (2010), עמ' 194, 210–211.
 אורי בר-יוסף, "הפתעה משבשת תוכניות למלחמה", בתוך משה שמש וזאב דרורי (עורכים), טראומה לאומית – מלחמת יום הכיפורים אחרי שלושים שנה ועוד מלחמה, מכון בן-גוריון (2008), עמ' 141.
 
 אמוץ שורק, תלם בים, הוצאת אחווה, 2009, עמ' 176, 210–224.
 אלי אורן, "חיל הים במלחמת ששת הימים", מאמר בספר נחשונים – ארבעים שנה למלחמת ששת הימים, עורכים חגי גולן ושאול שי, צה"ל הוצאת מערכות ומשרד הביטחון – ההוצאה לאור, 2007, עמ' 181–204.
 דני אשר, מעשה אמ"ן – סיפורו של המודיעין הצבאי בצה"ל, הוצאת מערכות ומשרד הביטחון – ההוצאה לאור, 2014, עמ' 122.
 דוד סימנטוב ושי הרשקוביץ, אמ"ן יוצא לאור – העשור הראשון לאגף המודיעין בצה"ל, הוצאת מערכות, 2013.
 יונתן הללי, הקצין ששבר את הקונספציה, כתבה במגזין מעריב 11/6/2013.
 מלחמת יום הכיפורים – יומן גשר מצפ"י, מוזיאון ההעפלה וחיל הים.
 רמי לונץ, "מלחמת יום הכיפורים בזירה הימית" בתוך הספר מלחמה היום בעריכת חגי גולן ואשר שי, הוצאת מערכות (2003), עמ' 393, 395, 398.
 רמי לונץ, סבא רמי, הוצאה מוצא הנינים, אפריל 2009, עמ' 62–66.

 יצחק שושן, הקרב האחרון של המשחתת אילת, ספריית מעריב (1993), עמ' 229–248.
משה אימבר וגדי אריאל, שייטת 3 – ספינות הטילים בחיל הים, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, 2005. לכידת ספינות מחבלים עמ' 71–76.
 יגאל קיפניס, 1973 – הדרך למלחמה, דביר (2012), עמ' 163–164.
 שמעון גולן, מלחמה ביום הכיפורים – קבלת החלטות בפיקוד העליון במלחמת יום הכיפורים, מערכות (2013), עמ' 41 הערה 46, 370.
 עמוס גלבוע, ידיעות פז שלא הוחמצו בהוצאת אפי מלצר, אוגוסט 2016.
 אפרים לפיד, לוחמי הסתר - המודיעין הישראלי - מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2017.
 אבי אובל, קשר השתיקה הצצה לעולמו של המודיעין הימי, 'בין גלים' ביטאון עמותת חיל הים, דצמבר 1988.

ראו גם
 להק מודיעין אוויר
 משרד מודיעין הצי, המקבילה האמריקאית
 מינהל הביון של המטה הכללי של הצי הרוסי, המקבילה הרוסית

קישורים חיצוניים

 אלינא קרמר,	- ראיון עם ראש מספן מודיעין, 'בין גלים' 159 מרץ 1983, עמ' 1
 צביקה רייך,	החבלה - הזרוע הימית של אש"ף, 'בין גלים' 159 מרץ 1983, עמ' 4.
 אבי אובל,	המודיעין הימי לדורותיו, "בין גלים" 176, אוקטובר 1988 עמ' 2.
 אל"ם ר, הקמ"ן הימי - הבלש הימי, 'בין גלים' 179, נובמבר 1989 עמ' 19.
 סא"ל א,	מודיעין הונאה - מקסימום תוצאה מינימום השקעה,	'בין גלים' 180, אפריל 1990 עמ'	68.
 נשיא מצרים אנוואר סאדאת מגיע לביקור דרך נמל חיפה, ספטמבר 1979. מארכיון המדינה.
 רמד"ן חיל הים: חיל הים נערך לאיומים הטכנולוגיים הימיים באזורנו באתר צה"ל 8 פברואר 2011.
 תא"ל אבי ארזוני, רס"ן תמר ברוש, ורונן דרורי מנהיגות מודיעינית בחיל הים מאמר במערכות 436, אפריל 2011.
 סא"ל כוכבי אזרן, ריאיון עם רב חובל יעקב הרצוג, קברניט המכלית סירניה במלחמת יום הכיפורים באתר משמר המורשת הימית.
 מחמוד מותוולי ונור אל-ברדעי, חיל הים המצרי במלחמת העצמאות וקרב האמיר פארוק, 21 באוקטובר 1948 מאתר ההיסטוריונים המצרים, תרגום לעברית מאת פסח מלובני, באתר משמר המורשת הימית.
 
 אוריאל מרץ, "מודיעין חיל הים במלחמת יום הכיפורים–הקונצנזוס שנטרל את האזעקה", הופיע ב"מבט מל"מ" מס’ 67, בהוצאת המרכז למורשת המודיעין, נובמבר 2013.
 
 
 
 
 על המודיעין הימי בפרשת קארין איי, 
 שלמה גואטה, הזירה הימית במלחמת יום כיפור - המודיעין לקראת ובמהלך המלחמה, המודיעין במלחמת יום הכיפור - ההיבטים האופרטיביים: פיקודים וזרועות, המרכז למורשת המודיעין, יום עיון שנערך ב-19 באוקטובר 2020 צפייה בהרצאה
 שלמה גואטה, המודיעין הימי במלחמת העצמאות 1947–1949, המודיעין במלחמת העצמאות – מבט משלוש זוויות על המודיעין ללחימה הראשונה בהיקף כלל ארצי, המרכז למורשת המודיעין, יום עיון שנערך ב-18 באפריל 2021
 
 אהוד גולן, ההתרעה שהגיעה מהים: מודיעין חיל הים במלחמת יום הכיפורים, הערכה אסטרטגית ימית רבתי לישראל 2022/23''', המרכז לחקר מדיניות ואסטרטגיה ימית, אוניברסיטת חיפה, 2023, עמ' 351-370
 שלמה גואטה, המודיעין הימי במלחמת העצמאות 1949-1947, 2021.

ביאורים

הערות שוליים

יחידות חיל הים הישראלי
מערך המודיעין בצה"ל