אלי כהן

אליהו (אלי) כהן (6 בדצמבר 1924, ט' בכסלו ה'תרפ"ה – 18 במאי 1965, ט"ז באייר ה'תשכ"ה) היה מרגל ישראלי שפעל בסוריה וכונה "האיש שלנו בדמשק". נודע כאחד מגדולי המרגלים של ישראל. המידע שמסר, לאחר שהתיידד עם הצמרת הפוליטית והצבאית של סוריה, סייע רבות לצה"ל להתמודד עם ההתקפות הסוריות בין השנים 1962–1964 ולחשוף תוכניות סוריות כגון הטיית מי הירדן וחבלה במוביל הארצי. בינואר 1965 נחשף ונתפס, וב-18 במאי 1965 הוצא להורג בתלייה בדמשק.

ביוגרפיה

ראשית חייו 
אלי כהן נולד לשאול וסופיה גינדי-כהן באלכסנדריה שבמצרים, אח לשבעה, וקיבל חינוך ציוני. הוריו הגרו למצרים מחלב שבסוריה. שפות הדיבור בביתו היו ערבית וצרפתית. כהן למד בבית הספר התיכון היהודי ע"ש הרמב"ם באלכסנדריה. הוא נמנה עם חברי תנועת הנוער "מכבי". לאחר שסיים את התיכון, התקבל ללימודי הנדסת אלקטרוניקה באוניברסיטת אלכסנדריה. בשנת 1944 הצטרף לתנועה הציונית בני ברית ולתנועת הבונים החופשיים.

מגעיו עם המודיעין הישראלי החלו כבר ב-1952, בגיל 28. הוא נשלח לראיון אצל אברהם דר אשר גייס מועמדים להפעלת תאים חשאיים במצרים. אולם זה לא הסכים לגייסו. לדברי דר הוא "היה בולט חברתית, כריזמטי, מצחיק, שנון, אחד שתזכור אחרי שפגשת אותו. בדיוק הפוך ממה שאני חיפשתי. בסוף הפגישה אמרתי לו שלא נעבוד ביחד ושהדבר הטוב ביותר שהוא יכול לעשות לדעתי זה לעלות לישראל". בשל ידידותו של אלי כהן עם הפעילים באחד התאים, הם ביקשו שישכור עבורם חדר בעיר, אשר שימש את חברי חוליית "העסק הביש". כהן נחקר על ידי המצרים כחלק מחקירת החוליה, אולם נוקה מחשד של ריגול נגד מצרים. עם זאת, לפרשה, ולכך שידידיו שלקחו בה חלק נשפטו והוצאו להורג, היה חלק משמעותי בהחלטתו להתגייס למודיעין הישראלי ולהמשיך את דרכם.

מבצע "קדש" בשנת 1956, הביא להידרדרות במעמד יהודי מצרים, ובעקבות כך בשנת 1957 עלה כהן לישראל עם בני משפחתו והתגורר בבת ים. הוא התפרנס מתרגום עיתונות ערבית באמ"ן, ולאחר מכן בהנהלת חשבונות ב"משביר המרכזי". ב-31 באוגוסט 1959 נשא לאשה את נדיה, עולה מעיראק, אחותו של הסופר סמי מיכאל.

פעילותו כמרגל 
בראשית 1960 פוטר מתפקידו במשביר וזמן קצר לאחר מכן, במאי 1960, גויס ליחידה 188, היחידה המבצעית של אגף המודיעין בצה"ל והוכשר כמרגל. בראיון בשנת 2019 אמרה נדיה רעייתו, כי גם העבודה ב-'משביר', הייתה כחלק מהכשרתו במסגרת המוסד: מכיוון שהוא בנה דמות של סוחר, הוא היה צריך לצבור ניסיון בתחום הנהלת החשבונות בחברה קמעונאית. לפי נתן סלומון, שהיה מדריכו האישי בבית הספר לתפקידים מיוחדים, דאגו מפקדי המוסד שיפוטר מ"המשביר" כדי להפעיל עליו לחץ להצטרף לשורותיהם. במסגרת ההכשרה לתפקיד נשלח כהן בשנת 1960 לתקופה של מספר שבועות לכפר פסוטה בגליל, ולן אצל בעלת בית ממוצא סורי, שם למד אורחות חיים ופולקלור, תרבות ובישול. הוא הופיע בכפר בסיפור כיסוי של פליט ממצרים בשם הבדוי פתחי נאסר, וכונה על ידי אנשי הכפר שבאו במגע איתו בשם פתחי אל מאסרי (פתחי המצרי).

ב-1961 נשלח לארגנטינה, שם נבנתה לו דמות של סוחר ערבי, גולה סורי, בשם כאמל אמין ת'אבת (בערבית: كامل أمين ثابت). כהן התערה בקהילה הערבית המקומית והתיידד עם כמה דמויות בולטות ומקושרות מבין יוצאי סוריה במקום. בינואר 1962, עבר לדמשק בדמות של בן סוריה השב למולדתו לאחר שנים ארוכות בניכר, ושכר דירה בסמוך למטה המטכ"ל הסורי. ממסמכי מודיעין אמריקאים עולה כי האדם שליווה אותו לדמשק היה סורי בשם מאג'ד שיח' אל ארד, ששימש מקור וקיבל שכר מהמודיעין האמריקאי. כאמל אמין ת'אבת בנה לו שם של איש עסקים נדיב ופטריוט לאומני, והתיידד עם אנשי צבא ועם אישים מהצמרת הצבאית והפוליטית הסורית. קציני צבא בדרגות גבוהות איתם התיידד שיתפו אותו במידע רגיש וחיוני והזמינו אותו לסיורים בבסיסים, במטרה לקדם את הקריירה שלהם. באמצעות קשרים אלה אסף כהן מידע רב, על-פי הנחיות מפעיליו במודיעין הישראלי, ובהם יוסף יריב, על אודות הצבא הסורי וההנהגה הסורית והקשרים של סוריה לארגוני החבלה הפלסטינים. כהן גם העביר מידע רב בנוגע להקמת אש"ף וחימושם הצבאי של אותם ארגונים בידי הסורים. אחת לחצי שנה יצא לנסיעת עסקים לאירופה, שאפשרה לו להיפגש עם מפעיליו ולהגיע לישראל לביקור אצל משפחתו בבת ים. בשנת 1964 הועבר הפיקוח על פעילותו של כהן מאגף המודיעין ל"מוסד", כחלק מארגון מחדש של זרועות המודיעין.
כהן נכנס שלוש פעמים לרמת הגולן, שהוכרזה כשטח צבאי סגור שהכניסה אליו הותרה רק באמצעות אישור מהרמטכ"ל הסורי. אל הרמה הוא נכנס בליווי קצינים סורים בדרגות גבוהות. הקשרים שהצליח ליצור בדמשק היו כה רמים, שבשלטון הסורי ראו בו מועמד למשרת סגן שר הביטחון הסורי. כהן אסף מידע רב בנושא ניסיונותיה של סוריה לחבל במוביל הארצי, והעביר לשירותי הביטחון את המידע על המקומות המתוכננים לחבלה. מאוחר יותר, ניסתה סוריה להוציא לפועל תוכנית להטיית מי מקורות הירדן באזור הבניאס. כהן תרם מודיעין חשוב גם כאן, לאחר שדובב את הקבלן שהיה אחראי על בניית מתקן ההטיה, וישראל השמידה את הציוד הסורי עוד לפני שהושלמה היערכותם. בנובמבר 1964, לאחר שהצבא הסורי ירה על חקלאים שעיבדו קרקע בשטח המפורז ליד קיבוץ דן, הגיבה ישראל בירי מדויק על התעלות בתוואי ההטיה ועל צמ"ה שביצע את העבודות, על-פי נקודות ציון שמסר כהן. ישראל השתמשה גם בחיל-האוויר ללא חשש מהתנגשות עם חיל האוויר הסורי, הודות למידע שכהן העביר על קשיי קליטת מטוסי המיג 21 החדשים בסוריה.

לכידתו 
ישראל לא פרסמה פרטים על נסיבות לכידתו. על-פי אחת ההערכות, הסורים, שאמצעי החבלה שלהם במוביל הארצי נחשפו זמן קצר אחרי הטמנתם, החלו לחשוד בקיומו של מרגל שמעביר מידע.

על פי גרסה אחרת, בראשית ינואר 1965 הגיע לנמל לטקיה מטען של מכשירי קשר סובייטיים חדישים, אשר נועדו להחליף את הציוד הישן של צבא סוריה. ב-7 בינואר 1965 נערכה ההחלפה. לשם ביצוע ההחלפה ובדיקת יעילותו של הציוד החדיש, הוחלט להטיל דממת אלחוט במערכות הקשר של הצבא הסורי לעשרים וארבע שעות. כהן, שלא ידע על דממת האלחוט, המשיך לשדר כהרגלו, ומקלטי הצבא הסורי ננעלו על אות השידור ופענחו אותו. כאשר כוחות הצבא פרצו אל ביתו, נתפס כהן כשהוא משדר, ולא גילה כל התנגדות למעצר. גרסה זו היא המופיעה בעמוד ה"יזכור" הרשמי של משרד הביטחון המוקדש לכהן, אך יש הטוענים  כי זו גרסה בעייתית, שכן דממת האלחוט שהוטלה על מערכות הקשר של הצבא הסורי לא חייבה את עובדי השגרירויות הזרות שהמשיכו לשדר לארצותיהם. יתרה מזאת, התדרים בהם שידר כהן לא חפפו את תדרי השידור של הצבא הסורי.

בראיון של ראש המודיעין הסורי אחמד סוידאני ב–1 במרץ 1965, חודשיים וחצי לפני תלייתו של כהן, לעיתונאי הלבנוני זוהיר אל–מרדיני בשבועון הלבנוני "אל–אוּסבּוע אל–עַרַבּי" ומעדויות של קצין מודיעין שפרץ לדירה עלה, כי כהן לא שידר בעת שנלכד. מניתוח עדותם עולה כי כהן נלכד בעת ששכב במיטתו והאזין לשידורי רדיו. מעדות קצין המודיעין עולה כי זמן הפריצה לדירה נקבע על פי צורך מבצעי. "חששנו שכהן יתאבד כשנפרוץ לדירה... ראינו שכהן הולך לישון מאוחר לקראת בוקר... ולכן תכננו את שעת הפריצה לשעה 08:00 זמן שהוא שוהה במיטתו. שלושה אנשים פרצו את הדלת והרביעי (המתאבד) רץ במהירות לחדר השינה במטרה להישכב עליו גם במחיר חייו." מעדות הקצין עולה כי לאחר שנתפס במיטתו הם בודדו אותו והחלו לחפש בדירה. "בתחילה נמצאו לבנות החבלה שהוסתרו בתוך חפיסות סבון יארדלי". הקצין הוסיף: "לאחר מכן ביצענו חיפוש מדוקדק בדירה ומצאנו את מכשירי השידור והקליטה".

אחד המדינאים הבכירים איתם התיידד כהן היה אמין אל-חאפז, שב-1963 ביצע הפיכה צבאית והפך לנשיא סוריה. בריאיון עמו ב-2001 טען חאפז כי הוא זה שתפס את אלי כהן, לטענתו לאחר שהאחרון כשל בלשונו ואמר לו כי הוא הולך להתפלל "במסגד של מוסלמים". אל-חאפז הסביר כי משפט כזה יכול לומר רק אדם שאינו מוסלמי ולכן התעורר חשדו. עם זאת, בראיון שנתן חמש שנים מוקדם יותר הוא מסר גרסה שונה, ואמר כי כהן נלכד בידי כוחות הביטחון הסוריים בעקבות שידור אלחוטי, שבו העביר לישראל החלטות של מפלגת הבעת' הסורית. ההחלטות פורסמו בפומבי בחדשות קול ישראל בזמן שהיו ידועות רק לקבוצה מצומצמת של חברי מפלגת הבעת' הסורית, דבר שהעלה חשד לקיומו של מרגל בצמרת הסורית.

בכתבת תחקיר שפורסמה ב"מעריב" נקב המחבר בשמו של מֻקדם עאדל אל-סעידי (عادل الصعيدي), קצין בכיר וגמלאי של משטרת ביטחון הפנים הסורית, כמי שהפליל את כאמל אמין ת'אבת. אל-סעידי וכמה מחבריו של כהן חשדו בו שהוא אינו איש עסקים. אל-סעידי השתתף באפריל 1964 בנסיעתו השלישית של אלי כהן לאל-חמה ונכח שכאמל אמין ת'אבת מבצע עבירה ביטחונית חמורה. כאמל צילם בחזית ברמת הגולן והתעקש להמשיך על אף שחבריו ביקשו ממנו לחדול ואמרו לו שזה אסור. חשדו של אל-סעידי התגבר בעקבות מספר אירועים נוספים והוא אף הטיח בכאמל אמין ת'אבת שהוא חושד שהוא עוסק בפעילות מסוכנת. בכתבה נטען כי עאדל אל-סעידי הגיש את תלונתו לחבריו במשטרת ביטחון הפנים באוקטובר 1964 בעת שכהן שהה בחופשה בישראל ולכן אנשיו של אחמד סווידאני חיכו לחזרתו ועקבו אחרי כהן מרגע שנחת בדמשק ועד ליום מעצרו. מפרוטוקול בית הדין הצבאי המיוחד עולה כי חוקרי המודיעין הסורי עצרו, חקרו והעמידו לדין את כל האנשים (35) שהיו במגע עם כהן מרגע נחיתתו ב-26 בנובמבר 1964 ועד מעצרו - היחיד שלא הועמד לדין היה עאדל אל-סעידי.

בסרט תיעודי משנת 2021 שהופק על ידי רשת RT הרוסית, פורסם צילום של כהן מטייל ברחוב ראשי בדמשק, מתוך ארכיון של מומחה סובייטי למודיעין אותות בשם בוריס לוקין שהיה מוצב בסוריה. על פי הסרט נרמז כי לברית המועצות היה חלק בלכידתו.

משפטו ותלייתו 

ב-24 בינואר הודיעה סוריה רשמית על מעצרו של אלי כהן, אשר כונה "Master Agent". למחרת, פורסם מידע על תפיסתו בעיתון "אל בעת" הסורי. כהן עונה קשות במהלך חקירתו במשך ארבעה שבועות. משפטו נפתח ב-22 בפברואר 1965 בבניין המטה הכללי הסורי. תחילה נערך המשפט בדלתיים סגורות, ואף פרקליט או עיתונאי לא הורשה להשתתף. בקשתו של אלי כהן לסניגור שייצג אותו לא נענתה. לאחר שלושה ימים התחילו לשדר קטעים נרחבים מהמשפט ברדיו דמשק. מדינת ישראל עשתה מאמצים גדולים להציל את חייו ולשחררו. נשלחו מספר מתווכים לדמשק שהציעו הצעות שונות ובהן כסף, ידיעות על האופוזיציה החתרנית, תרופות ואף ציוד אזרחי רב, אך הסורים סירבו לכל ההצעות. לדברי נתן סלומון, שהיה מדריכו האישי בבית הספר לתפקידים מיוחדים, הציעה ישראל לסורים מידע מודיעיני תמורת שחרורו של אלי כהן, אך סוריה דחתה את ההצעה הזו. לדברי דני יתום, ראש המוסד לשעבר, הציעה ישראל לשחרר שבויים סורים תמורת שחרורו של אלי כהן, אך הסורים לא נענו להצעה.

מכיוון שכהן היה מקורב אישית לצמרת השלטון, תמכה האופוזיציה בסוריה בעריכת משפט פומבי, על פי הכללים, עם ייצוג של עורך הדין שנשלח לייצגו מצרפת, כדי לחשוף את מעללי צמרת השלטון ושחיתותו. לכן דאג המשטר הסורי, שהמשפט ייערך בדלתיים סגורות, ורק חלקים בודדים (וערוכים) ממנו הוצגו בטלוויזיה. בחלקים אלה לא הצליחו להסתיר את רעידותיו שנגרמו כתוצאה מהעינויים שעבר. בין השופטים היו ידידיו לשעבר של כהן, כמו צאלח ד'אלי. בנוסף, אף במשפט הסגור, הוא לא הואשם בגין ריגול. האישום המרכזי נגדו היה עבירה זניחה, על כך שבסיוריו בגבול ישראל עם בכירי הצבא (שהציגו לו את הביצורים והנשק) הוא נכנס לתחום שאסור לכניסת אזרחים. התחום סומן בשלט, הניצב עד היום סמוך ליישוב הנושא את שמו, אליעד, ובו כתוב: "אין מעבר לאזרחים דרומה מקו זה. העובר צפוי לעונש מוות". העילה לאישום הזניח היא עובדת קשריו הרבים והאישיים עם צמרת הצבא והממשל, ולכן בכירים רבים חששו שהמשפט יחשוף את הכשלים שלהם בשמירה על ביטחון שדה.

כארבעה חודשים לאחר שנלכד כהן, ב-18 במאי 1965 בשעה 02:00 לפנות בוקר, נעה שיירה צבאית קטנה ברחובות דמשק. לאחר נסיעה קצרה עצרה השיירה בתחנת המשטרה מול כיכר אל-מרג'ה שבלב העיר, ולמקום הובהלו קצינים רבים, כולל אלה שכיהנו כשופטים בבית המשפט הצבאי שדן את כהן למוות, וכן עיתונאים וצלמים שקיבלו אישור לתעד את שעותיו האחרונות של המרגל הישראלי הבכיר ביותר שנלכד בסוריה. הרב נסים נדבו הכהן, הרב הראשי של דמשק, קרא עם כהן את תפילת צידוק הדין, קריאת שמע ווידוי. מאוחר יותר העיד הרב כי פגש אדם שבור, ועם זאת אדם נחוש שביקש להודיע לבני משפחתו שמילא את חובתו עד תומה ונשאר נאמן לעמו ולארצו.

לאחר מכן הובל כהן למרכז כיכר מרג'ה, בה המתין לו אבו סלימאן, התליין הראשי של סוריה, אשר תלה אותו בשעה 3:30 לפנות בוקר. גופתו נותרה תלויה שש שעות, כשהיא מכוסה בסדין לבן ועליה כתב האישום, לעיני העוברים ושבים בכיכר.

כהן השאיר אחריו אישה, נדיה כהן, ושלושה ילדים - סופי, עירית ושי.

חוקריו של כהן אילצו אותו לכתוב שני מכתבים מזויפים לפיהם אולץ לרגל, אולם דקות אחדות לפני מותו ביצעו הסורים טעות. אלי נשאל בנוכחות עיתונאים זרים האם יש לו בקשה אחרונה והוא ביקש לכתוב מכתב אחרון למשפחתו. את המכתב שכתב לאשתו זמן קצר לפני עלייתו לגרדום לא יכלו הסורים להסתיר וכך כתב:

 כהן נקבר בדמשק. הסורים לא נענו לבקשה לאפשר את הבאתו לקבורה בישראל. לאחר מותו הועלה מדרגת רב-סרן לדרגת סגן-אלוף.

לוי אשכול, שהיה ראש ממשלת ישראל בעת מלחמת ששת הימים, אמר: "מעשיו של אלי כהן חסכו למדינת ישראל חטיבות רבות של חיילים, והמידע שהביא לפני מלחמת ששת הימים היה מידע שלא יסולא בפז, והביא לניצחון הגדול במלחמת ששת הימים."

לאחר מותו 

במאי 2007 טען מונזר מוסלי, שהיה ראש לשכתו של נשיא סוריה, כי כהן נקבר ברובע מאזה בדמשק, אך לא ניתן לאתר את קברו כיוון שנבנו עליו מאז בניינים ורחובות. בנוסף, ניסה מוסלי להמעיט בחשיבות תרומתו וטען כי המידע שהעביר כהן היה מידע כללי ולא משמעותי. הספר "אלי כהן - תיק פתוח" מנתח את תוכן הראיון ומפריך את טענותיו של מוסלי. הכותב מצביע על כך שמונזר מוסלי הודח מתפקידו בפברואר 1966, ולכן אין לו מידע כלשהו. מעבר לכך מצביע הכותב על כך שהראיון מלא בשקרים וחצאי אמיתות.

ב-30 במאי 2010 שודרה לראשונה בגלי צה"ל הקלטה מרדיו דמשק, שבה נשמע כהן. ההקלטה בוצעה ב-2 בדצמבר 1962, כשנה לאחר שהגיע אלי כהן לסוריה. המראיין, שאירח את כהן, הציג אותו בשמו הבדוי - כאמל אמין ת'אבת, איש עסקים סורי שחזר למולדת אחרי שנים רבות בדרום אמריקה.

באוקטובר 2011, ביקר בישראל פעיל כורדי מעיראק שישב בכלא בסוריה, שסיפר כי ראה על קירות תאו מילים בעברית ובערבית שחרט כהן, ככל הנראה בטרם הוצא להורג: "אני לא מצטער על מה שעשיתי. אם יש בי צער זה על מה שלא עשיתי ולא יכולתי לעשות. לעיתים אדם נכשל בגלל חברים שהכשילו אותו".

אחיו הצעיר של אלי כהן, מוריס כהן (1927 - דצמבר 2006) שירת ביחידה 220 וקלט מברקים עבור המוסד, ובשלב מסוים הבין כי אחיו אלי נמצא בסוריה, אך שמר זאת בסוד משאר בני המשפחה. מוריס פעל כדי להנציח את זכרו של אחיו, תוך ציפייה להחזרת עצמותיו לקבורה בישראל, בקשה שנדחתה שוב ושוב על ידי סוריה. ביולי 2018 פרסם המוסד הישראלי כי הצליח להשיב את שעון היד של אלי כהן.

בני משפחתו וגורמים נוספים טענו כי חשיפתו נבעה ממחדל של המוסד. הם סברו כי מפעיליו סיכנו את כהן לשווא, כאשר דרשו ממנו לשדר בכל יום ולפעמים פעמיים ביום ולדווח על הנעשה בפרלמנט הסורי, דברים שלא היו בעלי חשיבות. אשתו נדיה טענה כי הגיחה האחרונה שלו לסוריה הייתה מיותרת, הואיל וכהן מיצה את יכולתו המודיעינית, והסיכוי שייחשף הפך לגבוה מאוד. לאחיו, אפרים כהן, היו טענות על כך שהמשפחה לא קיבלה מידע אמין מגורמי המודיעין בארץ, ובזמן שהגורמים הישראליים שידרו אופטימיות ודיברו על כך שהוא יחזור, קול דמשק הודיע על תלייתו. ב-18 במאי 2015, חמישים שנה לאחר שנתלה, הודה ראש המוסד, תמיר פרדו, כי "בדיעבד, ברור שחזרתו האחרונה של אלי לסוריה הייתה טעות". על אף הנצחתו של כהן, טוענת משפחתו שלא נעשה די להבאתו לקבורה בישראל ולהנצחתו.

באפריל 2019 דווח כי יחד עם החזרת זכריה באומל, איתרו חיילים של הכוחות המזוינים של הפדרציה הרוסית את שרידיו של אלי כהן והביאו עמם לרוסיה, אבל משרד החוץ של רוסיה הוציא הודעה רשמית שדחתה טענות אלה. בפברואר 2021 התקשורת הערבית טענה שוב כי כוחות צבא רוסיה עמלים לאתר את שרידיו של אלי כהן במחנה הפליטים אל-ירמוכ.

הנצחה

מוזיאונים ולימוד
 תולדות חייו מונצחים במוזיאון הריגול הבינלאומי בוושינגטון די. סי. בארצות הברית.
 בית הספר "נועם אליהו" בנתיבות
רשת הספריות על שם אלי כהן בפרדס חנה-כרכור
 בשנת 2007 הוקם מוזיאון על שם אלי כהן בבית הספר הקרוי על שמו בקריית מלאכי. המוזיאון הוקם כמרכז למידה על חייו של אלי כהן, ומסופרים בו תולדות חייו בתמונות ובסרטון. בני משפחתו תרמו תמונות ומכתב ששלח לפני שנכנס לסוריה בפעם האחרונה.
 ב--2009, הודיעה עיריית בת ים, עיר מגוריו של אלי כהן, על הקמת מוזיאון לזכרו בעיר. הקמת המוזיאון בבת ים לא יצאה לפועל.
 ב-2010, במלאת 45 שנה להוצאתו להורג, הוקם אתר אינטרנט ובו חומרים שונים ותיעוד על חייו ופועלו של אלי כהן.
 בדצמבר 2022 נחנך במבנה עיריית הרצליה הישן המוזיאון הלאומי על שם אלי כהן, בהשתתפות נשיא המדינה, יצחק הרצוג, ראש הממשלה המיועד, בנימין נתניהו וראש המוסד, דוד ברנע.

מקומות ואנדרטאות
 רחובות רבים בערי ישראל נקראים על שמו. בעיר בת-ים נקרא רחוב על שמו, לא רחוק מביתו ברחוב התחייה.
 היישוב אלי-עד ברמת הגולן נקרא על שמו.
 ב-8 בדצמבר 1966, שונה השם של שכונת עזרה וביצרון בראשון לציון ל"רמת אליהו", ובשנת 1995 שונה השם ל"נווה אליהו".
 נקראו על שמו בתי כנסת
 גנים ציבוריים, בתוכם, גן אלי כהן באלרואי קריית טבעון ובחיפה.
 מצבה לזכרו הוצבה בגן הנעדרים בבית הקברות הצבאי הלאומי בהר הרצל בירושלים.
 בשנת 2001, הנפיקה החברה הישראלית למדליות ולמטבעות מדליה ממלכתית לזכרו.
 בינואר 2012, נחנכה בנצרת עלית (נוף הגליל היום) אנדרטה לזכרו.
 בשנת 2013, החל לפעול ברמת הגולן "שביל אלי כהן", טיול באתרים שבהם ריגל כהן למען ישראל.
 מדרשת "המוסד" קרויה על שמו
 בשנת 2021, הוצב בבית הכנסת החדש של ארגון "המוסד" ספר תורה לזכרו, במעמד ראש הממשלה, ראש המוסד, שר המודיעין, רבנים אשתו ובני משפחתו.
 דיוקנו עוצב בפסיפס על ידי האמן יוסף לוגסי, ומוצג במוזיאון בית הפסיפס יפו.

בתרבות

מהספרים לזכרו 
 "המרגל שבא מישראל - פרשת אלי כהן" (מאת אורי דן וישעיהו בן-פורת),
 "בודד בדמשק" (מאת שמואל שגב)
 "אלי כהן - האיש שלנו בדמשק" (מאת אלי. בן־חנן).
 המרגל מהקומה הרביעית - סיפורו של אלי כהן (מאת אורה מורג) ספר ילדים

סרט וסדרת טלוויזיה 
 בשנת 1987, יצא סרט טלוויזיה בשם "המרגל הישראלי בדמשק", בהשתתפות ג'ון שיאה (שגילם את אלי כהן), אלי וולך, ששון גבאי ומיכל בת-אדם.
 ב-2019 הפיקו Canal+ ונטפליקס מיני-סדרת טלוויזיה אלי (The Spy), המבוססת על ספרו של אורי דן, בכיכובו של סשה ברון כהן.
 בשנת 2020 שודרה בערוץ כאן 11 סדרה תיעודית בשם "לוחם 566".

שירים ופיוטים 
 בהקפות לשמחת תורה בעיר צפת, מושר פיוט לזכרו על פי הפיוט הישן (והציוני המחודש) "אל אל יבנה הגליל".
 המשוררת נועה שקרג'י, כתבה אודות כהן את השיר "האיש שלנו".
 במאי 2020, בעת ציון 55 שנה לתלייתו, כתבו המשוררים יואב גינאי ושאול דור שיר אודותיו, בביצועו של יהורם גאון בשם "אלי שלי". פזמון השיר "אלי שלי, אלי שלי, שלא ייגמר לעולם" שואב השראה משירה של חנה סנש: "אלי אלי, שלא ייגמר לעולם".

לקריאה נוספת

ספרים 
 א. חגי, אלי כהן: הגיבור הישראלי מדמשק, תל אביב: ספרי גבורה, 1967. 
אלי בן־חנן, אלי כהן - האיש שלנו בדמשק, תל אביב: בוסתן, 1967
ישעיהו בן-פורת, אורי דן, המרגל שבא מישראל: פרשת אלי כהן, רמת גן: מסדה, 1968. 
שמואל שגב, חייו ומותו של אלי כהן, ירושלים: כתר, 1986. 
שמואל שגב, בודד בדמשק - חייו ומותו של המרגל הישראלי אלי כהן, גילויים חדשים במהדורה מעודכנת, ירושלים: כתר, 2012. 
 נעם נחמן טפר, אלי כהן - תיק פתוח, רעות: אפי מלצר - מחקר והוצאה לאור, 2017. 
 נעם נחמן טפר, אלי כהן - תיק פתוח, רעות: גילויים חדשים במהדורה מעודכנת אפי מלצר - מחקר והוצאה לאור, 2020.

פרקים בתוך ספרים 
 משה בן-שאול, מעלות לוחמים - עשרים ושלשה פרקי לוחמים, הוצאת הדר, 1967, עמודים 276–284
 מיכאל בר-זהר, ניסים משעל, המוסד-המבצעים הגדולים, הוצאת ידיעות ספרים, 2010
 אפרים לפיד, לוחמי הסתר - המודיעין הישראלי מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2017, עמ'137–138

מאמרים 
 אלה פלורסהיים, אבי שילון, "בעיני המפעיל: אחרי ארבעים שנה, ג' מדבר על אלי כהן", תכלת 21, סתיו ה'תשס"ו, 2005, עמ' 21–28

ספרי ילדים 
 ג'קי ירחי, לוחם 88 : סיפורו של אלי כהן - המרגל מדמשק, ירושלים: ספריית בית אל, ה'תשע"ז 2017. קומיקס. 
 אורה מורג, המרגל מהקומה הרביעית - סיפורו של אלי כהן, הוצאת שוקן, 2020

קישורים חיצוניים 

אוסף אלי כהן - לוחם הסתר מתוך האוספים הדיגיטליים של ספריית יונס וסוראיה נזריאן, אוניברסיטת חיפה

 שביל אלי כהן - נקודה 8, באתר תיירות רמת הגולן

מאמרים
 אלי כהן, אתר להנצחתו
 
 
 
 ג'קי חוגי, בתו של אלי כהן פותחת את כל הפצעים , מעריב, 14 באוקטובר 2008
 
 
 
 אלי כהן שלא הכרתם  עדות מפי אדם שהכיר את כהן בדמשק, מעריב, 14 בינואר 2013
 
 
 
 
 
 אורלי גולדקלנג, "אנחנו בחיבור שאי אפשר לפרק עם המדינה", ריאיון עם סופי, ביתו של אלי כהן, באתר מקור ראשון,5 באוגוסט 2019
 
 דותן גורן, האם המוסד ניסה לחלץ את גופתו של אלי כהן?, באתר ערוץ 7, 3 במאי 2020
 
 מזכרת מהעבר: האם אלי כהן תועד צועד ברחובות דמשק?, ישראל היום, נטע בר, חנן גרינווד, 19 בפברואר 2021

סרטונים
  "אלי כהן - המרגל הישראלי בדמשק", סרט תיעודי, 89 דקות בהפקת BBC-TV
  אלי כהן, הרגעים שאחרי ההוצאה להורג | קטע 1 | קטע 2 | 18 במאי 1965, ארכיון הסרטונים של AP
  יום השבעה למותו של אלי כהן, 1965, יומני גבע, באתר ארכיון הסרטים הישראלי בסינמטק ירושלים
  תהלוכת דומיה ועצרת אבל לכבודו של אלי כהן, בת-ים, מאי 1965, גנזך המדינה (התחילה 1:11)
 חדשות השבת - חמישים שנה מאז הוצא להורג המרגל הישראלי אלי כהן
 "סוכן מספר 88", תוכנית תיעודית בהגשת ג'קי חוגי על שליחותו ומותו של כהן, גלי צה"ל, 30 במאי 2010

הערות שוליים

אנשי המוסד שנכלאו בחו"ל
יהודים שהוצאו להורג
אישים שהוצאו להורג בארצות ערב
חללי צה"ל
הנצחת נעדרים בהר הרצל
יחסי ישראל–סוריה
יהדות אלכסנדריה
אלכסנדריה: אישים
ישראלים ילידי מצרים
עולים בשנות ה-1950
מרגלים יהודים
אנשי יחידה 131
בת ים: אישים
חללי מערכות ישראל שמקום קבורתם לא נודע
אישים שהונצחו על בולי ישראל
פעילים ציונים במצרים
פעילים ציונים בסוריה
אסירי ציון
עולי הגרדום
אישים שהונצחו על מדליות ישראל
חברי הבונים החופשיים בישראל
קורבנות עינויים ישראלים
אישים שעל שמם יישובים בישראל
סגני-אלופים בצה"ל
מרגלים שריגלו למען ישראל
מרגלים ישראלים
אישים המונצחים בגן הנעדרים בהר הרצל
ישראלים שנולדו ב-1924
ישראלים שנפטרו ב-1965