اسیدوباکتریوتا

Articles with 'species' microformats

اسیدوباکتریوتا (Acidobacteriota) شاخه‌ای از باکتری‌های گرم-منفی هستند. اعضای آن از نظر فیزیولوژیکی متنوع و در همه‌جا به‌ویژه خاک حضور دارند.

ویژگی‌ها 
اعضای این شاخهٔ زیستی از نظر فیزیولوژیکی متنوع هستند و می‌توانند در محیط‌های مختلفی از جمله خاک، چوب در حال تجزیه، چشمه‌های آب‌گرم، اقیانوس‌ها، غارها و خاک‌های آلوده به فلز یافت شوند. اعضای این شاخه به‌ویژه در زیستگاه‌های خاکی فراوان هستند که تا ۵۲ درصد از کل جمعیت باکتریایی را تشکیل می‌دهند. دیده شده‌است که عوامل محیطی مانند پی‌اچ و مواد مغذی، پویایی اسیدوباکتری‌ها را هدایت می‌کنند. بسیاری از گونه‌های اسیدوباکتریوتا از جمله نخستین عضو توصیف‌شده از این شاخه، Acidobacterium capsulatum، اسیددوست هستند.

گونه‌های قابل توجه دیگر اسیدوباکتریوتا عبارت‌اند از Holophaga foetida , Geothrix fermentans , Acanthopleuribacter pedis و Bryobacter aggregatus. از آن‌جایی که آن‌ها اخیراً کشف شده‌اند و بیشتر آن‌ها کشت نشده‌اند، اکولوژی و متابولیسم این باکتری‌ها به‌خوبی درک نشده‌است. با این‌حال، این باکتری‌ها ممکن است نقش مهمی در اکوسیستم‌ها داشته باشند، زیرا آن‌ها به‌طور ویژه در خاک فراوان هستند. اعضای گروه‌های نام‌گذاری‌نشدهٔ ۱، ۴ و ۶ به‌ویژه در خاک‌ها فراوان هستند.

اسیدوباکترهای زیرمجموعهٔ طبقه‌بندی‌نشدهٔ شماره ۲ علاوه بر خاک که زیستگاه طبیعی آن‌هاست به‌عنوان آلایندهٔ معرف‌های کیت‌های استخراج دی‌ان‌ای شناسایی شده‌است.

اعضای زیربخش ۱ در شرایط پی‌اچ پایین غالب هستند. به‌علاوه، اسیدوباکتری‌های حاصل از زه‌کشی معادن اسیدی در مقایسه با اسیدوباکترهای خاک، به‌طور بالقوه به‌دلیل سازگاری سلولی و پایداری آنزیم‌ها، با شرایط پی‌اچ اسیدی (پی‌اچ ۲–۳) سازگارتر هستند.

محتوای سیتوزین-گوانین ژنوم‌های اسیدوباکتری‌ها در زیرشاخه‌های آن‌ها مشابه است. (بالای ۶۰ درصد برای گروه ۵ و تقریباً ۱۰ درصد کمتر، برای گروه ۳)

اکثر اسیدوباکتریوتاها هوازی محسوب می‌شوند. برخی از آن‌ها در زیربخش ۸ و ۲۳ بی‌هوازی در نظر گرفته می‌شوند. مشخص شده‌است که برخی از سویه‌های اسیدوباکتر که از خاک منشأ می‌گیرند، پتانسیل ژنومی برای تنفس اکسیژن در غلظت‌های اتمسفر و زیر اتمسفر را دارند.

این باکتری‌ها به‌دلیل فراوانی زیاد در محیط‌های کم کربن آلی، باکتری الیگوتروف در نظر گرفته شده‌اند. با این‌حال، تنوع در این شاخه نشان می‌دهد که آن‌ها ممکن است استراتژی اکولوژیکی یکسانی نداشته باشند.

متابولیسم

کربن 
برخی از اعضای زیربخش ۱ می‌توانند از دی-گلوکز، دی-زایلوز و لاکتوز به‌عنوان منبع کربن استفاده کنند، اما قادر به استفاده از فوکوز یا سوربوز نیستند. اعضای زیربخش ۱ همچنین حاوی آنزیم‌هایی مانند گالاکتوزیدازها هستند که در تجزیهٔ قندها استفاده می‌شوند. مشخص شده‌است که اعضای زیربخش ۴ از کیتین به‌عنوان منبع کربن استفاده می‌کنند.

نیتروژن 
هیچ شواهد روشنی مبنی بر این‌که اسیدوباکترها در فرآیندهای چرخهٔ نیتروژن مانند نیتریفیکاسیون، نیتروژن‌زدایی یا تثبیت نیتروژن دخیل باشند، وجود ندارد. با این‌حال نشان داده شد که Geothrix fermantans قادر به کاهش نیترات بوده و حاوی ژن norB است. ژن NorB در Koribacter verstailis و Solibacter usitatus نیز شناسایی شد. علاوه بر این، وجود ژن nirA در اعضای زیربخش ۱ مشاهده شده‌است. علاوه بر این، تا به امروز، تمام ژنوم‌ها برای جذب مستقیم آمونیوم از طریق ژن‌های خانوادهٔ ناقل کانال آمونیوم توصیف شده‌اند. اسیدوباکتریوتا می‌تواند از نیتروژن معدنی و آلی به‌عنوان منابع نیتروژن خود استفاده کند.

فیلوژنی

منابع

پیوند به بیرون 

 Acidobacteria bacterium Ellin345 Genome Page
 Acidobacterium Genome Projects (from Genomes OnLine Database)
 Science Daily article
 Scientific American article
 acidoseq, A Python package for studying Acidobacteria