EcoRI

EcoRI Escherichia coli espezietik isolatutako murrizketa-entzima da. Izendatzeko modu egokia “Eco erre 1” da. Endonukleasa horrek DNAren helize bikoitza gune espezifikoetan zatitzen du, gainera, errestrikzio-modifikazio sistemaren parte da. Entzimaren izenari dagokionez, “E”-k jatorrizko espeziearen izenari egiten dio erreferentzia: Escherichia, “co” espeziearen izenari: coli, “R”-k andui zehatza adierazten du, RY13 kasu honetan, eta “I”-k andui horretatik isolatutako lehen entzima izan zela.

Biologia molekularrean murrizketa-entzima gisa erabiltzen da. EcoRI–k 5’ muturretan 4 nukleotidozko mutur itsaskorrak eratzen ditu: AATT. Entzimak ezagutuko duen DNA-ren itu-sekuentzia G↓AATTC sekuentzia palindromikoa da, CTTAA↓G -ren osagarria. Beste murrizketa-entzima batzuk haien itu-sekuentziaren arabera, 3’ muturretan mutur kamutsak eratu ditzazkete, edo mutur kamutsak.

Egitura

Egitura primarioa 

EcoRI, hainbat errestrikzio endonukleasa bezala, PD..D/EXK motiboa du gune aktiboan.

Egitura sekundarioa eta tertziarioa 
Entzima 31kDa-eko azpiunitate bakarreko homodimeroa da, α/β domeinu globularrean oinarritzen dena. Azpiunitate bakoitzak domeinu globularretik irteten den begizta bat du eta DNArekin lotzen denean katearen inguruan biltzen da.

EcoRI kokristalizatua izan da mozten duen sekuentziarekin. Kristala konplexuaren (1QPS) egitura konpontzeko erabili da. Egitura kristalinoa, entzima homodimeroaren azpiunitateak DNArekin simetrikoki eragiten dutela erakusten du. Konplexuan, azpiunitate bakoitzeko bi α helizeak elkartzen dira lau helizeko sorta eratzeko. Interakzionatzen duten helizeetan Glu144 eta Arg145 hondarrak daude, elkarrekin eragiten dutenak, “crosstalk” eraztuna sortuz eta entzimaren bi gune aktiboak komunikatuz.

Erabilerak 
Murrizketa-entzimak ingeniaritza genetikoaren teknika askotan erabiltzen dira, adibidez,  klonazioan, DNAren sekzioen ebaketak in vitro-n… DNAren mutur itsaskorrak sortzen dituzten murrizketa-entzimak, EcoRI kasu, askotan erabiltzen dira loturaren aurretik DNA mozteko, mutur itsaskorrek lotura-erreakzio eraginkorragoa egiten baitute. Erabilera horren adibide bat DNA birkonbinatua da, gene emailearen eta bektorearen arteko txertaketa ematen denean. Erreakzioaren baldintzak direla eta, EcoRI errestrikzio-entzimak mozketa ez-ezpezifikoak egin ditzake (star aktibitatea). Star aktibitatea eragin dezaketen zenbait baldintza honako hauek dira: gatz kontzentrazio txikia, glizerol kontzentrazio altua, erreakzioan dauden entzima gehiegi, pH altua eta zenbait disolbatzaile organikoen kutsadura.

Erreferentziak

Kanpo estekak 

Entzimak
Ingeniaritza genetikoa