SYBR Green

SYBR Green (SG) zianina asimetrikoen taldeko konposatu organiko fluoruroa da (formula kimikoa: C32H37N4S+), biologia molekularrean oso erabilia azido nukleikoen markaketarako. 

Molekula hau edozein harizpi bikoitzeko DNA molekulara itsasten da inespezifikoki, baina ez da agente tartekatzaile bat; izan ere, ez da bi base pareren tartean txertatzen. Hala ere, harizpi bakarreko DNA molekuletara zein RNAra ere lotu daiteke errendimendu baxuagoarekin.

SYBR Green molekula DNA helize bikoitzaren bigarren mailako egituran sartu eta DNAren azido nukleikoei energetikoki akopatzen da, igorpen fluoreszentearen tasa nabarmen igoz. Fenomeno honi fluoreszentzia-erresonantzia bidezko energia-transferentzia deritzo (FRET, ingelesezko siglak). Akoplazioaren ondorioz sortzen den DNA-tindatzaile konplexuak argi urdina xurgatzen du (λmax = 498 nm) eta argi berdea emititu (λmax = 520 nm).

Erabilerak 
SYBR Green-a biokimika eta biologia molekularraren hainbat arlotan erabili ohi da. Orokorrean tindatzaile gisa erabiltzen da, PCR kuantitatiboko metodo askotan kate bikoitzeko DNA kuantifikatzeko edo agarosa-gelen elektroforesian DNA bistaratzeko.

Azido nukleiko puruak markatzeaz gain, SYBR Green molekula DNAren etiketetan zelulen barruko fluxu zitometriarako eta fluoreszentzia mikroskopiarako ere erabil daiteke.

SYBR Green eta PCR kuantitatiboa 
Lagin nukleotidiko bati SYBR Green molekula gehitzean, berehala laginean dagoen kate bikoitzeko DNA guztiari lotzen da. PCR kuantitatiboan DNA polimerasak itu sekuentzia anplifikatzen du, PCR produktuak sortuz; beraz, SYBR Green-a kate bikoitzeko DNA kopia berri bakoitzarekin lotzen da.  PCRa amaitzean, termozikladorean dagoen sentsoreak 522 nm-tan irakurriko du emititutako argia. Anplifikazioaren ondorioz, fluoreszentziaren intentsitatea handitzen da eta intentsitate hau PCR produktuaren kantitatearekiko proportzionala da. Horrela, hasierako DNA kopurua kuantifika daiteke.

SYBR Green eta elektroforesia 
Elektroforesi teknikan SYBR Green-a etidio-bromuroaren tindaketa alternatibotzat erabiltzen da, azken hau baino 100 aldiz sentikorragoa eta osasunerako egokiagoa delako.

Abantailak eta desabantailak 
Fluoroforo honen abantaila nagusienetariko bat oso merkea dela da. Bestalde, oso inespezifikoa ere bada. SYBR Green-a edozein kate bikoitzeko azido nukleikora lotzen denez, erreakzioan hasleak elkarren artean elkartuko balira, fluoruroa haiei ere lotuko litzaieke, ez PCRaren produktuei soilik; ondorioz, DNAren kuantifikazioa ez da zehatza izango.

Segurtasuna 
SYBR Green-a etidio-bromuroaren ordezko tindatzaile gisa erabiltzen da; etidio bromuroa giza-mutageno potentziala delako. Hala ere, DNArekin afinitate handiarekin lotzen den edozein molekula txiki kartzinogeno posibletzat hartzen da, SYBR Green barne.

Erreferentziak

Kanpo estekak 

Biologia molekularra