SARS-CoV-2

Ägeda raskekujulise respiratoorse sündroomiga koroonaviirus 2 ehk SARS-CoV-2 on plussahelaline RNA-viirus, mis põhjustab inimestel koroonat (COVID-19). See sarnaneb viirusega SARS-CoV, mis põhjustab SARSi.

Viiruse ülekandumine uuele peremeesorganismile inimesele võis toimuda ajavahemikus 6. oktoober – 11. detsember 2019. Arvatakse, et viirus võib pärineda nahkhiirtelt, kellelt kandus pangoliinide kaudu inimestele. Esimesed inimeselt-inimesele nakkamise juhtumid tuvastati Hiinas Wuhanis.

Virionide läbimõõt on umbes 50–200 nm. Sarnaselt teiste koroonaviirustega on sellel neli strukturaalset valku, mis on tuntud kui S (spike), E (envelope), M (membrane) ja N (nucleocapsid). N hoiab viiruse RNA genoomi ning S, E ja M moodustavad viiruse ümbrise. S valk vastutab seejuures seondumise eest peremeesrakuga ning on leitud, et SARS-CoV-2 viiruse S-valk seondub inimese ACE2 retseptoritega.

Viroloogiline kirjeldus

Nakatumine

2019.–2020. aasta koroonapandeemia ajal kinnitati, et SARS-CoV-2 levib inimeselt inimesele. Viirus levib inimeselt inimesele enamasti piisknakkuse kaudu, peamiselt lähedasel kontaktil nakatunud inimesega, kellel on nakkusele iseloomulikud sümptomid, eelkõige köha. Teine võimalik levimisviis on kokkupuude viirusega saastunud pindadega. Esialgsete uuringute järgi püsib viirus plastikul ja metallil nakkusohtlikuna kuni kolm päeva, kuid papil mitte kauem kui päev ja vasel kuni neli tundi. Seep muudab viiruse kahjutuks.

Teadlased pole kindlad, kas viirus on peiteajal nakkav või mitte. Maailma Tervishoiuorganisatsioon (WHO) avaldas 1. veebruaril 2020 arvamust, et viirus pole peiteajal nakkav, kuid Hiina teadlaste uuringu andmetel on see ilmselt nakkav ka peiteajal.

Tüved
WHO hakkas alates 2021. aasta mai lõpust kasutama viiruse variantide nimetamiseks kohanimede asemel kreeka tähestiku tähti. Näiteks 2020. aasta oktoobris Indias tuvastatud varianti B.1.617.2 hakati nimetama deltatüveks. 2021. aasta novembri lõpul esimesena Lõuna-Aafrika Vabariigis tuvastatud varianti B.1.1.529 hakati nimetama omikrontüveks.

Loeteluna
* Alpha,        B.1.1.7,     18-Dec-2020
* Beta,         B.1.351,     18-Dec-2020
* Gamma,        P.1,         11-Jan-2021
* Delta,        B.1.617.2    VOI: 04-Apr-2021, VOC: 11-May-2021
* Omicron,      B.1.1.529    VUM: 24-Nov-2021, VOC: 26-Nov-2021

* Omicron 2     BA.2

? B.1.1.529
? BA.3

Päritolu
Esimesed SARS-CoV-2 viirusega nakatunud tuvastati 2019. aastal Hiinas Wuhanis. Viiruse täpne päritolu pole teada, kuid SARSi haiguspuhangu uurimisel avastati, et mitmed sarnased koroonaviirused pärinevad nahkhiirtelt. WHO arvates kandus ka SARS-CoV-2 tõenäoliselt inimestele üle nahkhiirtelt, kuid erinevused tähendavad, et viirusel on tõenäoliselt seni tuvastamata vaheperemees.

Märtsis 2020 kinnitasid teadlased, et viirus on looduslikku päritolu ning miski ei viita, et see oleks tehislikku päritolu.

2002–2004 toimunud SARSi epideemia tekke põhjus avastati suhteliselt kiiresti. Ligi kaks aastakümmet kestnud teaduse edusammude taustal ei oldud 2019. aastal Wuhanist alanud pandeemia tekkepõhjust 2021. aasta II poole alguse seisuga suudetud tuvastada. 2021. aasta juuli II poolel keeldusid Hiina võimud WHO esindajaid viiruse päritolu uurimiseks teist korda riiki lubamast.

Epidemioloogiline kirjeldus

Viirus avastati 2019. aastal lõpus ning tõenäoliselt nakatus esimene inimene sellesse 17. novembril 2019. Viirus levis kõigisse Hiina provintsidesse ja seejärel rohkem kui 150 riiki üle kogu maailma, põhjustades 2019.–2020. aasta koroonapandeemia. WHO kuulutas 30. jaanuaril SARS-CoV-2 rahvusvahelise tähtsusega rahvatervisealaseks hädaolukorraks ja 11. märtsil pandeemiaks.

23. märtsil 2020 oli kinnitatud 367 038 inimese nakatumine, sellest enam kui 81 000 Hiinas. Koroonasse oli üle kogu maailmas surnud üle 15 800 ning sellest tervenenud üle 100 000 inimese.

Viiruse nakkavuskoefitsient on tõenäoliselt 1,4–3,8 ehk iga nakatunu nakatab 1–3 inimest, kui karantiini ja muid kaitsemeetmeid ei rakendata. Epideemia vaibub, kui nakkavuskoefitsient langeb alla ühe.

Vaktsiinid

COVID-19 Vaccine Moderna, mRNA,
Pfizer-BioNTech Comirnaty, mRNA,
Vaxzevria (COVID-19 Vaccine AstraZeneca), adenov*, 
COVID-19 Vaccine Janssen, adenov*,
Sputnik V, adenov*,

Vaata ka
 COVID-19
 Koroonapandeemia
 Koroonapandeemia Eestis
 Koroonaviirused
 Koroonavaktsiin
 SARSi haiguspuhang

Viited

Kirjandus 
 Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I. et al. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine
 Brüssow, H. (märts 2020). The Novel Coronavirus – A Snapshot of Current Knowledge. Microbial Biotechnology. 2020: 1–6
 Lucy van Dorp et al. (2020). Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution

Välislingid 

 Jaan-Juhan Oidermaa. Lõuna-Aafrikas levib tugevalt muteerunud koroonavariant. ERR Novaator, 26. november 2021 
 Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. WHO, 26. november 2021
  Michelle Roberts. What are the Delta, Gamma, Beta and Alpha Covid variants?. BBC News, 19. oktoober 2021
  Michelle Roberts. What are the Brazil, South Africa and UK variants and will vaccines work? BBC News, 16. märts 2021
 Viiruse genoom NCBI
 "Teadlased: SARS-CoV-2 võib levida inimeselt koerale" ERR Novaator, 22. mai 2020
 "Covid virus ‘survives for 28 days’ in lab conditions" BBC News, 11. oktoober 2020
 "Koroonaviiruse ulatusliku leviku mõistatus hakkab vaikselt lahenema" ERR Novaator, 21. oktoober 2020

RNA-viirused
Koroonapandeemia