Gemmatimonadetes

Gemmatimonadetes on gramnegatiivsete bakterite hõimkond, mis eristub hästi 16S rDNA analüüsi abil.

Selle hõimkonna esindajatele on iseloomulik diaminopimeliinhappe puudumine rakukestas.

Sellest hõimkonnast on teada ainult kolm perekonda – Longimicrobium, Gemmatirosa ja Gemmatimonas. Neist esimene oli Gemmatimonas, millest tuntakse ainukesena kahte liiki (G. aurantiaca ja G. phototrophica). Esimene liik kirjeldati 2003. aastal ja teine 2015. aastal. Teised kaks teadaolevat liiki on 2013. aastal leitud Gemmatirosa kalamazoonensis ja 2016. aastal leitud Longimicrobium terrae. Samuti kuulub sinna mitmeid seni veel kultiveerimata baktereid, keda on kirjeldatud erinevates mereveest ja mullast isoleeritud geenijärjestuste põhjal.

Avastamine 
Hõimkonna tüüpesindajaks on 2003. aastal reoveepuhastussüsteemi aktiivmudast eraldatud Gemmatimonas aurantiaca. 16S rDNA analüüs näitas, et eraldatud G. aurantiaca tüvi T-27T kuulub bakterite hõimkonda, mida seni oli kirjeldatud vaid keskkonnaproovidest määratud geenijärjestuste kaudu ja tähistatud kui BD rühm (ka KS-B). Ühtlasi tuvastati, et 16S rDNA järjestuse erinevus teiste bakterihõimkondade vastavatest järjestustest on lausa 19%, mis on suurem, kui sellisel tuntud hõimkonnal nagu Actinobacteria (18%), kuid väiksem kui proteobakteritel (23%), mis on suurim bakterite hõimkond. Nii pakuti välja uue hõimkonna – Gemmatimonadetes – moodustamine.

Levik looduses 
Keskkonnast isoleeritud DNA järjestuste alusel eeldatakse, et see hõimkond on looduses laialdaselt levinud ning temas võiks olla vähemalt neli alamhõimkonda.

Huvitaval kombel näib, et sellesse hõimkonda kuulub nii meres kui ka maismaal elavaid baktereid. Leitud geenijärjestustele tuginedes paistab, et selle hõimkonna esindajaid võiks leida nii mullast, aktiivmudast, soolakoobastest, rannikuäärsest mudast, süvamere setetest, gaasihüdraatidest, arktilisest veest kui ka merekäsnade juurest.

On pakutud, et 2% mullabakteritest kuulub hõimkonda Gemmatimonadetes.

Kuna ühe liigesepõletikku põdeva patsiendi sünoviaalvedelikust eraldatud rRNA analüüsil leiti selle võimalik kuulumine tollel ajal veel määramata Gemmatimonadetes hulka, võivad selle bakterihõimkonna esindajad pakkuda ka meditsiinialast huvi.

Viited

Kirjandus