Α΄ Κατηγορία ποδοσφαίρου γυναικών 1999-2000

Η Α΄ κατηγορία ποδοσφαίρου γυναικών 1999–00 ήταν το 11ο πρωτάθλημα στην ιστορία του θεσμού και το 8ο πρωτάθλημα ως Α΄ Εθνική που διοργάνωσε η ΕΠΟ. Έγινε σε μία μόνο φάση και οι 12 ομάδες που συμμετείχαν αγωνίστηκαν σε έναν ενιαίο όμιλο. Έγιναν δύο γύροι, σύνολο 22 αγώνων για κάθε ομάδα. Πρωταθλητής αναδείχθηκε ο Φιλυριακός Φλώρινας.

Βαθμολογία

Πηγές 
 Greece - List of Women Champions > 1999/00, Hans Schöggl, Rec.Sport.Soccer Statistics Foundation (RSSSF) .

Εγχώρια ποδοσφαιρικά πρωταθλήματα 1999-2000