Εκστρατεία του Μοριά

Εκστρατεία του Μοριά (γαλλικά: Expédition de Morée) ονομάζεται η αποστολή Γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο, μεταξύ των ετών 1828 και 1833, κατά τη διάρκεια των τελευταίων ετών της Ελληνικής Επανάστασης του 1821, με σκοπό να απελευθερωθεί η περιοχή από τις τουρκικές-αιγυπτιακές κατοχικές δυνάμεις. Συνοδεύτηκε επίσης από μια επιστημονική εκστρατεία με εντολή της Γαλλικής Ακαδημίας. 

Μέτα την Έξοδο του Μεσολογγίου τον Απρίλιο του 1826, οι Ευρωπαϊκές δυνάμεις είχαν αποφασίσει να παρέμβουν υπέρ της επαναστατημένης Ελλάδας. Η παρέμβαση είχε σαν σκοπό την υλοποίηση της εφαρμογής της Συνθήκης του Λονδίνου του 1827, σύμφωνα με την οποία οι Έλληνες θα μπορούσαν να έχουν κρατική υπόσταση. Σκοπός ήταν συνεπώς η απομάκρυνση των αιγυπτιακών στρατευμάτων του Ιμπραήμ Πασά από την Πελοπόννησο. Η παρέμβαση ξεκίνησε με την αποστολή ενός γαλλο-ρωσικού-βρετανικού συμμαχικού στόλου, ο οποίος κέρδισε τη Ναυμαχία του Ναυαρίνου τον Οκτώβριο του 1827, καταστρέφοντας ολόκληρο τον τουρκο-αιγυπτιακό στόλο. Τον Αύγουστο του 1828, μια γαλλική εκστρατευτική δύναμη 15.000 ανδρών με επικεφαλής τον Στρατηγό Νικόλαο-Ιωσήφ Μαιζών (Nicolas-Joseph Maison) αποβιβάστηκε στα νοτιοδυτικά της Πελοποννήσου, στην Μεσσηνία. Κατά τη διάρκεια του Οκτωβρίου, οι στρατιώτες έλαβαν τον έλεγχο των κύριων οχυρών που εξακολουθούσαν να κατέχουν τα τουρκικά στρατεύματα. Αν και τα περισσότερα στρατεύματα επέστρεψαν στη Γαλλία μετά από 8 μήνες, στις αρχές του 1829, η γαλλική παρουσία συνεχίστηκε μέχρι το 1833. Ωστόσο, ο Γαλλικός Στρατός υπέστη πολλές ανθρώπινες απώλειες, περίπου 1.500 νεκροί, κυρίως λόγω πυρετού και δυσεντερίας.

Όπως και στην Εκστρατεία της Αιγύπτου του Ναπολέοντα Βοναπάρτη, όπου μια επιτροπή Επιστημών και Τεχνών συνόδευε τη στρατιωτική εκστρατεία, στην Πελοπόννησο μια επιστημονική επιτροπή, η ονομαζόμενη «Επιστημονική Αποστολή του Μοριά» (Mission Scientifique de Morée) επίσης συνόδευε τα στρατεύματα. Μέρος της αποστολής ήταν 19 επιστήμονες, οι οποίοι εκπροσώπησαν διάφορες ειδικότητες, φυσική ιστορία, αρχαιολογία και αρχιτεκτονική-γλυπτική, με επικεφαλής τον φυσιοδίφη και γεωγράφο Ζαν-Μπατίστ Μπορί ντε Σαιν-Βενσάν (Jean-Baptiste Bory de Saint-Vincent). Αποβιβάστηκαν στην Πελοπόννησο τον Μάρτιο του 1829 και παρέμειναν εκεί για 9 μήνες για τους περισσότερους. Το έργο τους αποδείχθηκε ιδιαίτερα κρίσιμο για την τρέχουσα ανάπτυξη του νέου Ελληνικού Κράτους και, γενικότερα, σηματοδότησε ένα σημαντικό ορόσημο στην ιστορία της σύγχρονης αρχαιολογίας, της χαρτογραφίας και των φυσικών επιστημών, καθώς και στη μελέτη της Ελλάδος.

Η απόφαση για την αποστολή του Γαλλικού στρατού στην Πελοπόννησο

Το 1821 οι Έλληνες εξεγέρθηκαν ενάντια στην οθωμανική κατοχή. Πρώτα κατάφεραν πολλές νίκες και διακήρυξαν την ανεξαρτησία τους την 1η Ιανουαρίου 1822. Ωστόσο, οι ελληνικές νίκες δεν διαρκέσαν, εν μέρει επειδή οι επαναστάτες έσπασαν γρήγορα μεταξύ αντίπαλων φατριών σε δύο εμφύλιους πολέμους. Ο σουλτάνος Μαχμούτ Β΄ αφού είχε υποστεί πολλά πλήγματα είχε ζητήσει βοήθεια από τον αιγυπτιακό υποτελή του, τον Μεχμέτ Αλή Πασά, ο οποίος το 1824 απέστειλε τον γιο του, τον Ιμπραήμ Πασά, στην Ελλάδα με στόλο 8.000 και στη συνέχεια 25.000 άντρες. Η παρέμβαση του Ιμπραήμ ήταν κρίσιμη: η Πελοπόννησος επανακτήθηκε σε μεγάλο βαθμό το 1825, Η στρατηγική θέση του Μεσολογγίου έπεσε το 1826. Η Αθήνα ελήφθη το 1827. Η Ελλάδα τότε κατείχε μόνο το Ναύπλιο, την Ύδρα, τις Σπέτσες και την Αίγινα.

Το παιχνίδι των ευρωπαϊκών δυνάμεων ήταν τότε αμφίβολο, όπως αυτό των αντιπροσώπων τους στον Λεβάντε. Η ελληνική επανάσταση, θεωρούμενη φιλελεύθερη και εθνική, δεν ταίριαζε με τον Αυστριακό καγκελάριο Μέττερνιχ, τον κύριο αρχιτέκτονα της πολιτικής της Ιερής Συμμαχίας. Ωστόσο, η Ρωσία ευνοούσε την ελληνική εξέγερση, για ορθόδοξη θρησκευτική αλληλεγγύη και για γεωστρατηγικό ενδιαφέρον (έλεγχος των στενών των Δαρδανελίων και του Βοσπόρου). Η Γαλλία του βασιλιά Κάρολου Ι΄, ενός άλλου ενεργού μέλους της Ιερής Συμμαχίας (είχε μόλις παρέμβει στην Ισπανία ενάντια στους φιλελεύθερους), είχε μια διφορούμενη θέση: οι Έλληνες, ομολογουμένως φιλελεύθεροι, ήταν κατ 'αρχήν χριστιανοί και ο αγώνας τους κατά των μουσουλμάνων Οθωμανών μπορούσε να μοιάζει σαν μια νέα σταυροφορία. Η Μεγάλη Βρετανία, μια φιλελεύθερη χώρα, ενδιαφέρθηκε κυρίως για την κατάσταση της περιοχής στη διαδρομή προς την Ινδία και το Λονδίνο θέλησε να ασκήσει μια μορφή ελέγχου εκεί. Τέλος, για όλη την Ευρώπη, η Ελλάδα ήταν το λίκνο του Πολιτισμού και της Τέχνης από την αρχαιότητα και οι Έλληνες υπόδουλοι που διεκδικούσαν την ελευθερία τους και την κρατική τους υπόσταση.

Ένα ισχυρό φιλελληνικό ρεύμα αναπτύχθηκε στη Δύση μετά το ξεκίνημα της Ελληνικής Επανάστασης του 1821 και ακόμα περισσότερα μετά την ηρωική Έξοδο του Μεσολογγίου όπου ο Άγγλος ποιητής, ο Λόρδος Βύρων, είχε βρει τον θάνατο το 1824. Πολλοί καλλιτέχνες και διανοούμενοι, όπως οι Φρανσουά-Ρενέ ντε Σατωμπριάν, Βίκτωρ Ουγκώ, Αλεξάντρ Πούσκιν, Τζοακίνο Ροσσίνι, Εκτόρ Μπερλιόζ ή Ευγένιος Ντελακρουά (στα έργα του Σκηνή από τις Σφαγές της Χίου το 1824, και Η Ελλάδα στα ερείπια του Μεσολογγίου το 1826), ενίσχυσαν το ρεύμα συμπάθειας προς την ελληνική υπόθεση στην κοινή γνώμη. Οι ευρωπαϊκές δυνάμεις τότε αποφάσισαν να παρέμβουν υπέρ της Ελλάδας. Με τη Συνθήκη του Λονδίνου της 6ης Ιουλίου 1827, η Γαλλία, η Ρωσία και το Ηνωμένο Βασίλειο αναγνώρισαν την αυτονομία της Ελλάδας, η οποία ωστόσο θα παραμείνει υποτελής της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Οι τρεις δυνάμεις συμφώνησαν σε μια περιορισμένη παρέμβαση για να πείσουν την Πύλη να αποδεχθεί τους όρους της Συνθήκης. Μια ναυτική εκστρατεία επίδειξης προτάθηκε και υιοθετήθηκε. Ένας συμμαχικός στόλος (ρωσικός, γαλλικός και βρετανικός) στάλθηκε για να ασκήσει διπλωματική πίεση στην Κωνσταντινούπολη. Η Ναυμαχία του Ναυαρίνου στις 20 Οκτωβρίου 1827 οδήγησε όμως στην ολοκληρωτική καταστροφή του συνδυασμένου τουρκικό-αιγυπτιακού στόλου.

Το 1828, ο Ιμπραήμ Πασάς βρέθηκε σε μια δύσκολη θέση: είχε μόλις υποστεί μια σοβαρή ήττα στο Ναβαρίνο. Ο συμμαχικός στόλος άσκησε έναν αποκλεισμό που τον εμπόδισε να λάβει ενισχύσεις και προμήθειες. Τα αλβανικά στρατεύματά του, τα οποία δεν μπορούσε πλέον να πληρώσει, επέστρεψαν στη χώρα τους υπό την προστασία των ελληνικών στρατευμάτων του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη. Στις 6 Αυγούστου 1828, υπογράφηκε σύμβαση στην Αλεξάνδρεια μεταξύ του Αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή και του Βρετανού Ναύαρχου Έντουαρντ Κόδριγκτον (Edward Codrington) : ο Ιμπραήμ Πασάς έπρεπε να εκκενώσει τα αιγυπτιακά στρατεύματα του από την Πελοπόννησο και να αφήσει μόνο τα λίγα τουρκικά στρατεύματα (που υπολογίζονταν σε 1.200 άνδρες) που παρέμεναν εκεί. Ωστόσο, ο Ιμπραήμ αρνήθηκε να τιμήσει τη συμφωνία που είχε επιτευχθεί, συνεχίζοντας να ελέγχει διάφορες ελληνικές περιφέρειες: τη Μεσσηνία, το Ναβαρίνο, την Πάτρα και πολλά άλλα οχυρά. Είχε επίσης διατάξει τη συστηματική καταστροφή της Τριπολιτσάς.

Η αποστολή του γαλλικού στρατού στην Πελοπόννησο ήλθε σαν επακόλουθο της κηρύξεως του Ρωσοτουρκικόυ Πόλεμου. Ο εκπρόσωπος της Γαλλίας στη Διάσκεψη του Λονδίνου (καλοκαίρι 1828), ο πρίγκιπας Ζυλ ντε Πολινιάκ (Jules de Polignac), εισηγήθηκε την πρόταση της Γαλλίας για αποστολή αγγλικών και γαλλικών στρατευμάτων. Ο Ιωάννης Καποδίστριας, τον Ιούνιο του 1828, με υπόμνημά του αποδεχόταν την αποστολή συμμαχικού στρατού και τη συνεργασία του με τις ελληνικές δυνάμεις για την εκδίωξη των Τούρκων. Οι Άγγλοι δε δέχθηκαν να στείλουν δικό τους στρατό και οι Ρώσοι συνέναισαν. Τελικά, υπεγράφη στις 7/19 Ιουλίου πρωτόκολλο στο Λονδίνο με το οποίο η Γαλλία θα πραγματοποιούσε εξ ονόματος των άλλων δύο δυνάμεων τη στρατιωτική αποστολή.

Η Στρατιωτική Αποστολή 
Πολλές από τις πληροφορίες που αφορούν αυτή την αποστολή προέρχονται από τις άμεσες μαρτυρίες των Εζέν Καβαινιάκ (Eugène Cavaignac, Λοχαγός στο 2ο Τάγμα Μηχανικού και μελλοντικός Πρωθυπουργός της Γαλλίας το 1848), Αλέξανδρος Δυόμ (Alexandre Duheaume, Λοχαγός στο 58ο Τάγμα Πεζικού), Ζακ Μανζάρ (Jacques Mangeart, συνιδρυτής ενός τυπογραφείου και της Γαλλο-ελληνικής εφημερίδας «Le Courrier d'Orient» (Ο ταχυδρόμος της Ανατολής), στην Πάτρα το 1829) και του ιατρού Δρ. Γκασπάρ Ρου (Gaspard Roux, Γενικός Διευθυντής της Ιατρικής Υπηρεσίας της αποστολής), οι οποίοι βρίσκονται όλοι εκεί στην Πελοπόννησο, ως μέρος της στρατιωτικής εκστρατείας.

Προετοιμασία 

Η Βουλή των Αντιπροσώπων ενέκρινε δάνειο ύψους 80 εκατομμυρίων χρυσών φράγκων για να επιτρέψει στην κυβέρνηση να εκπληρώσει τις υποχρεώσεις της. Συγκεντρώθηκε ένα εκστρατευτικό σώμα 14.000–15.000 ανδρών υπό την αρχηγία του Στρατηγό Νικολάου-Ιωσήφ Μαιζώνος (Nicolas - Joseph Maison). Αποτελούνταν από τρεις ταξιαρχίες που διοικούνταν από τους Στρατηγούς Τιμπύρς Σεμπαστιανί (Tiburce Sébastiani, αδελφό του Στρατάρχη και Υπουργού Horace Sébastiani, Α΄ ταξιαρχία), Φιλίπ Ιγκονέ (Philippe Higonet, Β΄ ταξιαρχία) και Βιρζίλ Σνεντέρ (Virgile Schneider, Γ΄ ταξιαρχία). Ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου ήταν ο Στρατηγός Αντουάν Σιμόν Ντυριέ (Antoine Simon Durrieu).

Τις στρατιωτικές δυνάμεις που συμμετείχαν στην εκστρατεία του Μοριά συγκροτούσαν:

 Α΄ Ταξιαρχία (3.666 άνδρες, Σεμπαστιανί): 8ο Σύνταγμα (1.323), 27ο Σύνταγμα (1.144) και 35ο Σύνταγμα (1.199) Πεζικού της Γραμμής.
 Β΄ Ταξιαρχία (3.935 άνδρες, Ιγκονέ): 16ο Σύνταγμα (1.322), 46ο Σύνταγμα (1.310) και 58ο Σύνταγμα (1.303) Πεζικού της Γραμμής.
 Γ΄ Ταξιαρχία (3.896 άνδρες, Σνεντέρ): 29ο Σύνταγμα (1.310), 42ο Σύνταγμα (1.305) και 54ο Σύνταγμα (1.281) Πεζικού της Γραμμής.

Επίσης αναχώρησαν το 3ο Σύνταγμα Έφιππων Κυνηγών (Chasseurs à cheval, Α΄ Ταξιαρχία, 286 άνδρες υπό την αρχηγία του Συνταγματάρχη Paul-Eugène de Faudoas-Barbazan), τέσσερα σώματα του Πυροβολικού (484 άντρες, με 12 πυροβολαρχίες για πολιορκία, 8 πεδινές και 12 ορειβατικές) του 3ου και του 8ου Συντάγματος Πυροβολικού, και δύο σώματα στρατιωτικών μηχανικών (800 σαππάροι και ναρκαλιευτές).

Ένας στόλος περίπου εξήντα πλοίων συνολικά συγκεντρώθηκε (ο οποίος προστατεύθηκε από πολλά πολεμικά πλοία) για τη μεταφορά του εξοπλισμού, των τροφίμων, των πυρομαχικών και των 1.300 αλόγων της αποστολής, καθώς και των όπλων, των πυρομαχικών και των χρημάτων για την Κυβέρνηση του Ιωάννη Καποδίστρια. Η Γαλλία ήθελε όντως να στηρίξει τα πρώτα βήματα της ελεύθερης Ελλάδας, βοηθώντας της να σχηματίσει το στρατό της. Ο στόχος ήταν βεβαίως επίσης να διατηρηθεί μια επιρροή στην περιοχή.

Μετά την ανάγνωση μιας σύντομης και ενεργητικής διακήρυξης του Αρχιστρατήγου Νικολάου - Ιωσήφ Μαιζώνος στους στρατιώτες που συγκεντρώθηκαν την ημέρα πριν την επιβίβαση, η Α΄ Ταξιαρχία αναχώρησε από την Τουλόν στις 17 Αυγούστου, και η Β΄ Ταξιαρχία στις 19 Αυγούστου (πρώτο κονβόι). Το δεύτερο κονβόι, συμπεριλαμβανομένης της Γ΄ Ταξιαρχίας, δεν αναχώρησε μέχρι την 2η Σεπτεμβρίου 1828. Ο Στρατηγός Μαιζών βρέθηκε με την Α΄ Ταξιαρχία στο πλοίο της γραμμής Πόλη της Μασσαλίας (Ville de Marseille). Το πρώτο κονβόι αποτελούνταν από εμπορικά πλοία και από τις φρεγάτες Αμφιτρίτη (Amphitrite), Μπελλόνα (Bellone) και Κυβέλη (Cybèle). Το δεύτερο κονβόι συνοδεύτηκε από το πλοίο της γραμμής Ντυκέν (Duquesne) και από τις φρεγάτες Ιφιγένεια (Iphigénie) και Αρμίδα (Armide).

Στρατιωτικές επιχειρήσεις στην Πελοπόννησο

Απόβαση 

Μετά από ένα ταξίδι χωρίς προβλήματα, το πρώτο κονβόι με τις δύο πρώτες Ταξιαρχίες έφτασε στις 28 Αυγούστου το μεσημέρι στον κόλπο του Ναβαρίνου στη Μεσσηνία, όπου ήταν αγκυροβολημένο ο συμμαχικός στόλος της Βρετανίας, της Ρωσίας και της Γαλλίας. Ο Αιγυπτιακός στρατός ήταν συγκεντρωμένος μεταξύ του Ναβαρίνου και της Μεθώνης. Οπότε η απόβαση ήταν επικίνδυνη. Μετά από δύο ώρες συνομιλίας μεταξύ του Στρατηγού Μαιζώνος και του Ναυάρχου Ανρί ντε Ρινί (Henri de Rigny), ο οποίος ήρθε να τον συναντήσει με το πλοίο Κατακτητής (le Conquérant), ο στόλος έπλευσε στον Μεσσηνιακό κόλπο του οποίου η είσοδος στο νότο προστατευόταν από ένα φρούριο που κρατούσαν οι Οθωμανοί στην Κορώνη. Το Εκστρατευτικό Σώμα κατευθύνθηκε τότε προς τα βορειοδυτικά του κόλπου και ξεκίνησε την απόβαση του χωρίς καμία αντίσταση, από το βράδυ του 29 Αυγούστου έως το πρωί του 30 Αυγούστου. Χτίστηκαν το στρατόπεδο τους δέκα λεπτά βόρεια από το Πεταλίδι και από τα ερείπια της αρχαίας Κορώνης, στις όχθες των ποταμών Τζάνε (για το Γενικό Επιτελείο), Καρακασίλι-Καρυά και Βελίκας. Αυτή η στρατηγική θέση τους επέτρεψε τότε να εμποδίσουν την πιθανή διέλευση των στρατευμάτων του Ιμπραήμ προς την υπόλοιπη Πελοπόννησο στα βόρεια, περιορίζοντας και απομονώνοντας τα έτσι στο νοτιότερο άκρο της χερσονήσου. Μια διακήρυξη του κυβερνήτη Καποδίστρια είχε ενημερώσει τον Ελληνικό πληθυσμό για την επικείμενη άφιξη ενός γαλλικού εκστρατευτικού σώματος. Σύμφωνα με ορισμένες πηγές, ο τοπικός πληθυσμός είχε τότε σπεύσει να συναντήσει τα στρατεύματα μόλις αποβιβάσθηκαν στην Ελλάδα και τους είχε προσφέρει τρόφιμα. Η Α΄ Ταξιαρχία που διοικούσε ο Τιμπύρς Σεμπαστιανί αναχώρησε στις 8 Σεπτεμβρίου για την Κορώνη, στα ύψη της οποίας εγκατέστησε το στρατόπεδο της. Το δεύτερο κονβόι, που είχε υποστεί μια θύελλα τη νύχτα της 16ης Σεπτεμβρίου και είχε χάσει τρία πλοία (συμπεριλαμβανομένου του βρίκιου Aimable Sophie που έφερε 22 άλογα του 3ου Συντάγματος Έφιππων Κυνηγών), αποβιβάστηκε στις 22 Σεπτεμβρίου στο Πεταλίδι. Στις 26, ενώθηκε θαλασσίων με την Β΄ Ταξιαρχία στο στρατόπεδο της Γιάλοβας κοντά στο Ναβαρίνο, όπου ήδη βρίσκονταν μετά τη μετακόμιση του στρατοπέδου του Πεταλιδίου εκεί στις 15 Σεπτεμβρίου. Οι Γάλλοι ανακάλυψαν με ταραχή και αγανάκτηση μια χώρα που μόλις είχε καταστραφεί από τα στρατεύματα του Ιμπραήμ: χωριά που είχαν εξολοθρευτεί πλήρως, γεωργικές καλλιέργειες και χωράφια εντελώς καμένα, και ένα πληθυσμό που εξακολουθούσε να ζει τρομαγμένα, πεινασμένο και που ζούσε ακόμα κρυμμένος στις σπηλιές. Ο Ιστορικός και φιλόσοφος Εντγκάρ Κινέ (Edgar Quinet) και ο ζωγράφος Αμωρύ-Ντυβάλ (Amaury-Duval), μέλη της επιστημονικής αποστολής, έγραψαν έξι μήνες αργότερα:« Πήρα το Βενετσιάνικο δρόμο από τη Μεθώνη, μέσα από τα στρώματα τέφρας και τα κάρβουνα των ελαιοδένδρων από τα οποία η κοιλάδα κάποτε ήταν σκιασμένη. Κάποια σπήλαια ανοίγουν θλιμμένα στο δρόμο. Αντί για χωριά, περίπτερα και πύργους που κρέμονταν στο μισό ύψος του λόφου, βλέπεις μόνο πυρωμένους τοίχους και οι καλύβες των στρατιωτών του Πασά με τη μορφή βαρκών από πηλό, αγκυροβολημένες στους πρόποδες των βουνών. Μία φορά, κατευθύνθηκα προς τα λείψανα μιας βυζαντινής εκκλησίας, όπου νόμιζα ότι είδα γκρεμισμένα μάρμαρα. Αλλά αποδείχθηκε ότι τα προπύλαια και το κύκλωμα στρώθηκαν με λευκούς σκελετούς. » — Εντγκάρ Κινέ

« Την επομένη της άφιξής μας κατεβήκαμε στη στεριά όπου με περίμενε το πιο φριχτό θέαμα που έχω δει ποτέ στη ζωή μου. Ανάμεσα σε μερικά ξύλινα παραπήγματα, στημένα στην ακτή, έξω από την πόλη (Ναβαρίνο), από την οποία απέμεναν μόνο ερείπια, κυκλοφορούσαν κάτισχνοι και ρακένδυτοι άνδρες, γυναίκες και παιδιά χωρίς τίποτα ανθρώπινο στα χαρακτηριστικά τους. Άλλοι χωρίς μύτη, άλλοι χωρίς αυτιά, όλοι με λίγο-πολύ ανοιχτές πληγές. Αλλά αυτό που πιο πολύ μας συγκίνησε περισσότερο ήταν ένα παιδάκι τεσσάρων ή πέντε ετών που το κρατούσε ο αδελφός του από το χέρι. Πλησίασα. Τα μάτια του ήταν βγαλμένα. Οι Τούρκοι και οι Αιγύπτιοι δεν λυπήθηκαν κανένα σ' αυτόν τον πόλεμο. » — Αμωρύ-Ντυβάλ

Αποχώρηση του αιγυπτιακού στρατού

Σύμφωνα με τη σύμβαση της Αλεξάνδρειας της 6ης Αυγούστου 1828, που υπογράφηκε μεταξύ του Αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή και του βρετανού Ναύαρχου Έντουαρντ Κόδριγκτον, ο Ιμπραήμ Πασάς έπρεπε να εκκενώσει τα αιγυπτιακά στρατεύματα του από την Πελοπόννησο. Ωστόσο, ο Ιμπραήμ χρησιμοποίησε διάφορα προσχήματα για να καθυστερήσει την εκκένωση: προβλήματα διατροφής, μεταφοράς ή απρόβλεπτες δυσκολίες στην παράδοση των οχυρών. Οι Γάλλοι αξιωματικοί δυσκολεύονταν να συγκρατήσουν την αγωνιστική ζέση των στρατιωτών τους, οι οποίοι, για παράδειγμα, ενθουσιάστηκαν πολύ με τα νέα (που διαψεύστηκαν αργότερα) μιας επικείμενης πορείας προς την Αθήνα. Αυτή η ανυπομονησία των στρατιωτών ίσως ήταν κρίσιμη για να πείσει τον Αιγύπτιο στρατηγό να σεβαστεί τις δεσμεύσεις του. Επιπλέον, οι Γάλλοι στρατιώτες άρχισαν να υποφέρουν από τις φθινοπωρινές βροχές που μούλιασαν τις κατασκηνώσεις τους, ευνοώντας τους πυρετούς και τη δυσεντερία. Ο Λοχαγός Εζέν Καβαινιάκ, στις 24 Σεπτεμβρίου, έγραψε ότι τριάντα άνδρες από τα 400 του σώματος μηχανικών στο οποίο υπηρέτησε επηρεάστηκαν από πυρετό. Ο Στρατηγός Μαιζών τότε ήθελε το συντομότερο δυνατόν να εγκαταστήσει τους άντρες του μέσα στους στρατώνες των φρουρίων.

Στις 7 Σεπτεμβρίου, μετά από μια μακρά διάσκεψη στο πλοίο Κατακτητής (le Conquérant), παρουσία του Στρατηγού Μαιζώνος και των τριών συμμαχικών Ναυάρχων, ο Ιμπραήμ Πασάς συμφώνησε στην εκκένωση των στρατευμάτων του, από τις 9 Σεπτεμβρίου. Η συμφωνία προέβλεπε ότι οι Αιγύπτιοι θα έφευγαν με τα όπλα, τις αποσκευές και τα άλογα τους, αλλά χωρίς κανέναν Έλληνα φυλακισμένο ή δούλο. Επειδή ο αιγυπτιακός στόλος δεν μπορούσε να εκκενώσει ολόκληρο τον στρατό με τη μία, η προμήθεια των στρατευμάτων που παρέμειναν στην ξηρά επιτράπηκε (οι στρατιώτες είχαν μόλις υποστεί ένα μακρύ αποκλεισμό). Μια πρώτη αιγυπτιακή μεραρχία, 5.500 άνδρες σε 27 πλοία, απέπλευσε στις 16 Σεπτεμβρίου, συνοδευόμενη από τρία πλοία του συμμαχικού στόλου (δύο βρετανικά πλοία και η γαλλική φρεγάτα la Sirène). Την προηγούμενη μέρα, στις 15 Σεπτεμβρίου, τα γαλλικά στρατεύματα είχαν μετακινήσει το στρατόπεδο του Πεταλιδίου και είχαν διασχίσει τη Μεσσηνιακή χερσόνησο προς τα δυτικά για να πλησιάσουν στο Ναβαρίνο. Είχαν εγκαταστήσει το νέο τους στρατόπεδο στο βάθος του όρμου του Ναβαρίνου, συγκεκριμένα στην ελώδη πεδιάδα της Γιάλοβας, δύο λεύγες βόρεια της πόλης του Ναβαρίνου. Την 1η Οκτωβρίου, ο στρατηγός Μαιζών έκανε μια επιθεώρηση όλων των γαλλικών στρατευμάτων στην ακτή, παρουσία του Ιμπραήμ που ήρθε χωρίς συνοδεία και του Έλληνα στρατηγού Νικηταρά. Ο Γάλλος εκδότης Ζακ Μανζάρ που ήταν παρών στη στρατιωτική επιθεώρηση, έδωσε μια λεπτομερή περιγραφή της στα αναμνηστικά του.

Η εκκένωση συνεχίστηκε καθ 'όλη τη διάρκεια του Σεπτεμβρίου, μέχρι την τελευταία μεταφορά αιγυπτιακών στρατευμάτων που απέπλευσαν στις 5 Οκτωβρίου παίρνοντας μαζί τον Ιμπραήμ Πασά. Από τους 40.000 άνδρες που είχε φέρει από την Αίγυπτο, έφυγε από την Ελλάδα με μόλις 21.000. Λίγοι Οθωμανοί στρατιώτες (2.500) παρέμειναν για να κρατήσουν τα διάφορα οχυρά της Πελοποννήσου. Η επόμενη αποστολή των γαλλικών στρατευμάτων ήταν να τα «εξασφαλίσουν» και να τα παραδώσουν στην ανεξάρτητη Ελλάδα.

Η άλωση των οχυρών 
Τα τηλεγραφήματα που έστειλε ο Στρατηγός Νικόλαος - Ιωσήφ Μαιζών, επικεφαλής του εκστρατευτικού σώματος του Μοριά, στον Υπουργό Πολέμου, ο Υποκόμης ντε Κώ (Vicomte Louis-Victor de Caux de Blacquetot), περιγράφουν λεπτομερώς τη λήψη των οχυρών του Μοριά κατά τη διάρκεια του Οκτωβρίου του 1828.

Ναβαρίνο 

Στις 6 Οκτωβρίου, την ημέρα μετά την αναχώρηση του Ιμπραήμ, ο Στρατηγός Μαιζών διέταξε τον Στρατηγό Φιλίπ Ιγκονέ (Philippe Higonet) να πορεύεται προς το Ναβαρίνο. Έφυγε με το 16ο Σύνταγμα Πεζικού, το Σύνταγμα Πυροβολικού και το Σύνταγμα Μηχανικών. Το Ναβαρίνο ήταν τότε πολιορκημένο, στη θάλασσα από το στόλο του Ναυάρχου Ανρί ντε Ρινί (Henri de Rigny), και στην ξηρά από τους στρατιώτες του Στρατηγού Ιγκονέ. Ο Τούρκος διοικητής του φρουρίου αρνήθηκε να παραδοθεί: « Η Πύλη δεν βρίσκεται σε πόλεμο ούτε με τους Γάλλους ούτε με τους Άγγλους. Δεν θα διαπράξουμε καμία εχθρική ενέργεια, αλλά δεν θα παραδίδουμε το φρούριο. » Οι σαππάροι έλαβαν τότε την εντολή να ανοίξουν ρήγματα στους τοίχους. Ο Στρατηγός Ιγκονέ εισήλθε στο φρούριο που κρατήθηκε από 530 άνδρες, οι οποίοι παραδόθηκαν χωρίς αντίσταση, με εξήντα κανόνια και 800.000 φυσίγγια. Οι Γάλλοι στρατιώτες εγκαταστάθηκαν μόνιμα στο Ναβαρίνο, ανακατασκεύασαν τις οχυρώσεις και τα σπίτια του και καθιέρωσαν ένα νοσοκομείο και διάφορες τοπικές διοικήσεις.

Μεθώνη 

Στις 7 Οκτωβρίου, το 35ο Σύνταγμα Πεζικού της Γραμμής, το οποίο διέταξε ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου, ο Στρατηγός Αντουάν Σιμόν Ντυριέ (Antoine Simon Durrieu), συνοδευόμενος από τα Συντάγματα Πυροβολικού και Μηχανικών, εμφανίστηκε μπροστά στη Μεθώνη, μια καλύτερη οχυρωμένη πόλη, η οποία υπερασπίστηκε από 1.078 άνδρες και εκατό κανόνια, και που είχε προμήθειες τροφίμων για έξι μήνες. Δύο πλοία της γραμμής, το Breslaw (καπετάνιος Maillard) και το HMS Wellesley (καπετάνιος Maitland) κρατούσαν το λιμάνι και απειλούσαν το φρούριο με τα κανόνια τους. Οι διοικητές του κάστρου, ο Τούρκος Χασάν Πασάς και ο Αιγύπτιος Αχμέτ Μπέης, έδωσαν την ίδια απάντηση που έδωσε ο διοικητής του Ναβαρίνου την προηγούμενη ημέρα. Οι οχυρώσεις της Μεθώνης ήταν όμως σε καλύτερη κατάσταση από εκείνες του Ναβαρίνου. Στο ίδιο σήμα, ένα τμήμα των στρατευμάτων και των ναυτικών που είχαν επιβιβαστεί σε λέμβους έσπασε την πύλη της θάλασσας, ενώ στην ξηρά, οι σαππάροι επιτέθηκαν στην κεντρική πύλη της πόλης. Όμως, η φρουρά δεν υπερασπίστηκε τον εαυτό της και οι διοικητές του κάστρου ζήτησαν να ξανά διαπραγματευτούν. Εξήγησαν τότε ότι δεν μπορούσαν να παραδώσουν το φρούριο χωρίς να παραβιάζουν τις εντολές του Σουλτάνου, αλλά αναγνώρισαν επίσης ότι ήταν αδύνατο να αντισταθούν και ότι το φρούριο έπρεπε να υπερασπιστεί τουλάχιστον συμβολικά. Ο Γάλλος στρατηγός τους χορήγησε τους ίδιους όρους παράδοσης όπως στο Ναβαρίνο. Το φρούριο παραλήφθηκε και ο στρατηγός Μαιζών εγκατέστησε τα διαμερίσματά του εκεί (στο παλιό σπίτι του Ιμπραήμ Πασά) καθώς και το Αρχηγείο της εκστρατείας του Μοριά.

Κορώνη 

Η λήψη της Κορώνης ήταν πιο δύσκολη. Ο Στρατηγός Τιμπύρς Σεμπαστιανί (Tiburce Sébastiani) έφτασε εκεί στις 7 Οκτωβρίου με ένα μέρος της ταξιαρχίας του και ανακοίνωσε εκεί τη λήψη των φρουρίων του Ναβαρίνου και της Μεθώνης. Η απάντηση του διοικητή του κάστρου ήταν παρόμοια με εκείνη που δόθηκε στο Ναβαρίνο και στη Μεθώνη. Στις 8 Οκτωβρίου, ο Σεμπαστιανί έστειλε τους σαππάρους, οι οποίοι απωθήθηκαν από πέτρες που ρίχτηκαν από τους τοίχους. Υπήρχαν δώδεκα τραυματίες, συμπεριλαμβανομένων των Λοχαγών Καβαινιάκ, και πιο σοβαρά, Boutauld, καθώς και ένας Λοχίας και τρία σαππάρροι. Επειδή οι άλλοι Γάλλοι στρατιώτες αισθάνθηκαν προσβεβλημένοι, ο στρατηγός δυσκολεύτηκε πολύ να τους εμποδίσει να ανοίξουν πυρ και να πάρουν το κάστρο με τη βία. Η Αμφιτρίτη, και μετά το Breslaw και το HMS Wellesley ήρθαν να βοηθήσουν τα στρατεύματα ξηράς. Η απειλή αυτή οδήγησε τον οθωμανικό διοικητή να παραδοθεί. Στις 9 Οκτωβρίου, οι Γάλλοι εισήλθαν στην Κορώνη και κατέλαβαν ογδόντα κανόνια και κονιάματα, και πολλά τρόφιμα και πυρομαχικά. Το κάστρο δόθηκε στη συνέχεια στα Ελληνικά στρατεύματα του στρατηγού Νικηταρά που εγκαταστάθηκαν εκεί.

Πάτρα 
Η Πάτρα εξακολουθούσε να ελέγχεται από τα στρατεύματα του Χατζή Αμπνταλάχ, Πασά της Πάτρας και του « Καστέλι του Μοριά ». Η τρίτη ταξιαρχία του Στρατηγού Βιρζίλ Σνεντέρ (Virgile Schneider) είχε σταλεί δια θαλάσσης για να πάρει τη βορειοδυτική πόλη της χερσονήσου. Αποβιβάστηκε στις 4 Οκτωβρίου. Ο Γάλλος Στρατηγός έδωσε στον Χατζή Αμπνταλάχ είκοσι τέσσερις ώρες για να παραδώσει την πόλη. Στις 5 Οκτωβρίου, όταν έληξε το τελεσίγραφο, τρεις στήλες προχώρησαν προς την πόλη και το πυροβολικό αναπτύχθηκε. Ο Πασάς τότε υπέγραψε αμέσως τη συνθηκολόγηση της Πάτρας και του « Καστέλι του Μοριά ». Αλλά, την ημέρα που καθορίστηκε από τη σύμβαση μεταξύ του Στρατηγού Σνεντέρ και του Χατζή Αμπνταλάχ Πασά για την παράδοση του κάστρου στα γαλλικά στρατεύματα, οι Αγάδες που διέταζαν το Καστέλι αρνήθηκαν να υπακούσουν στον πασά τους, θεωρώντας τον προδότη, και ανακοίνωσαν ότι προτιμούσαν να πεθάνουν στα ερείπια του φρουρίου τους παρά να παραδοθούν.Ωστόσο, ήδη από τις 14 Οκτωβρίου, η κορβέτα Oise είχε αναχωρήσει για τη Γαλλία, με τον Λοχαγό του Γενικού Επιτελείου, ο Υποκόμης Μαιζών (Jean Baptiste Eugène, vicomte Maison, γιος και υπασπιστής του Στρατηγού Μαιζώνος) στο πλοίο, ο οποίος μετέφερε μία έκθεση που ανακοίνωσε στον βασιλιά Κάρολο Ι΄ την παράδοση των φρουρίων του Ναβαρίνου, της Μεθώνης, της Κορώνης και της Πάτρας, και ότι μόνο ένα ήταν ακόμα υπό τον έλεγχο των Τούρκων, το Καστέλι του Μοριά.

Η πολιορκία του « Καστέλι του Μοριά » 
Το « Καστέλι του Μοριά » (ή Κάστρο του Ρίου, ή Καστέλι της Πάτρας) που βρίσκεται δίπλα στη θάλασσα 10 χλμ βόρεια της Πάτρας (κοντά στο Ρίο Αχαΐας, δίπλα στη σημερινή γέφυρα Ρίου-Αντιρρίου) και απέναντι από το Αντίρριο « Καστέλι της Ρούμελης » που βρίσκεται στην απέναντι ακτή, προστάτευε την είσοδο του Κορινθιακού κόλπου, η οποία ονομάσθηκε επίσης Δαρδανέλια της Ναυπάκτου. Είχε κατασκευαστεί από τον Σουλτάνο Βαγιαζήτ Β΄ το 1499.

Ο Στρατηγός Βιρζίλ Σνεντέρ προσπάθησε να διαπραγματευτεί την παράδοση του με τους επαναστάτες Αγάδες. Αλλά επέμειναν στην άρνηση τους να παραδοθούν και πυροβόλησαν ακόμη και τον στρατηγό. Στις 19 Οκτωβρίου, η πολιορκία τότε τοποθετήθηκε μπροστά στο φρούριο και 14 μπαταρίες του Πολεμικού Ναυτικού και της Εκστρατείας, εγκατεστημένα 400 μέτρα από το Καστέλι, ανάγκασαν το πυροβολικό των πολιορκημένων να παραμείνει σιωπηλό. Στο Ναβαρίνο, ο Στρατηγός Μαιζών αποφάσισε να βάλει 1.500 περισσότερους άντρες, όλο το πυροβολικό και τους σαππάρους, στα πλοία της γραμμής του Ναύαρχου Ανρί ντε Ρινί, τον οποίο ο Μαιζών συνόδευε με τον στρατηγό Ντυριέ. Στις 20 Οκτωβρίου, έστειλε επίσης, επί ξηράς, τον Στρατηγό Φιλίπ Ιγκονέ, συνοδευόμενος από δύο Συντάγματα Πεζικού και το 3ο Σύνταγμα Έφιππων Κυνηγών (Chasseurs à cheval). Αυτές οι ενισχύσεις έφτασαν στην Πάτρα το βράδυ της 26 Οκτωβρίου, μετά από μια δύσκολη εβδομάδα εξαντλητικού περπατήματος προσαρμοσμένο στο ρυθμό του τυμπάνου, που περιγράφεται από τον Λοχαγό Δυόμ στα Αναμνηστικά του. Εκτός από 18 μπαταρίες του Πολεμικού Ναυτικού και της Εκστρατείας, εγκαταστάθηκαν 22 νέες μπαταρίες, οι λεγόμενες «του ρήγματος». Τις ονόμασαν «Κάρολος Ι΄» (βασιλιάς της Γαλλίας), «Γεώργιος Δ΄» (βασιλιάς του Ηνωμένου Βασιλείου: αυτή η προσοχή χαιρετίστηκε από τους Άγγλους), «Δούκας του Ανγκουλέμ» (γιος του βασιλιά και δελφίνος της Γαλλίας), «Δούκας του Μπορντό» (εγγονός του βασιλιά και μελλοντικός κόμης του Σαμπόρ) και «της Marine». Ένα μέρος του γαλλικού στόλου, συμπεριλαμβανομένου των πλοίων le Breslaw και le Conquérant, και η βρετανική φρεγάτα HMS Blonde (του Ναύαρχου Έντμουντ Λαϋονς, Edmund Lyons) ήρθαν να προσθέσουν τα κανόνια τους. Ορισμένα κομμάτια των γαλλικών και αγγλικών μπαταριών ακόμα αναμειγνύονταν και χειραγωγούνταν από κανονιέρηδες και από τα δύο έθνη. Ο ρωσικός στόλος δεν μπόρεσε να συμμετάσχει στην πολιορκία διότι στάθμευε στη Μάλτα, αλλά ο ναύαρχος Λογγίνος Χέυδεν είχε προσφέρει από καιρό στον στρατηγό Μαιζώνος να είναι στη διάθεση του.

Νωρίς το πρωί της 30 Οκτωβρίου, οι μπαταρίες, είκοσι πέντε κανόνια μεγάλου διαμετρήματος (έξι κομμάτια για πεδίο, τέσσερις οβιδοβόλα, διάφορα κονιάματα και ένα αγγλικό βομβαρδιστικό) άνοιξαν πυρ. Σε μόλις τέσσερις ώρες άνοιξαν ένα μεγάλο ρήγμα στις προμαχώνες. Ένας απεσταλμένος των Τούρκων τότε βγήκε με μια λευκή σημαία για να διαπραγματευτεί τους όρους της παράδοσης του οχυρού. Ο Στρατηγός Μαιζών απάντησε ότι οι όροι είχαν ήδη αποτελέσει αντικείμενο διαπραγμάτευσης πριν, στις αρχές του μήνα στην Πάτρα. Πρόσθεσε ότι δεν θα χορηγήσει συνθηκολόγηση με τους ανθρώπους που είχαν ήδη παραβιάσει μια. Χορηγήθηκε επίσης μισή ώρα στη φρουρά των 600 ανδρών για να εκκενώσει τον τόπο χωρίς όπλα. Οι Αγάδες υποτάχθηκαν. Ωστόσο, η αντίσταση του φρουρίου είχε κοστίσει 25 άτομα, που σκοτώθηκαν ή τραυματίστηκαν, στη γαλλική αποστολή.

Στρατιωτικά αποτελέσματα της εκστρατείας 

Στις 5 Νοεμβρίου 1828, οι τελευταίοι Τούρκοι και Αιγύπτιοι είχαν εκκενώσει οριστικά την Πελοπόννησο. Αυτοί οι 2.500 Τούρκοι και οι οικογένειές τους επιβιβάστηκαν στα γαλλικά πλοία με προορισμό τη Σμύρνη. Συνεπώς 26 έως 27.000 άνδρες συνολικά αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν τη χώρα και τα οχυρά σε λίγες μέρες. Η κατάληψη όλων των οχυρών του Μοριά από τη γαλλική εκστρατευτική δύναμη είχε πραγματοποιηθεί σε μόλις ένα μήνα:« Συνολικά, οι επιχειρήσεις μας ήταν επιτυχείς: δεν βρήκαμε καμία στρατιωτική δόξα εκεί, χωρίς αμφιβολία, αλλά ο λόγος για τον οποίο έχουμε έρθει, η απελευθέρωση της Ελλάδας, θα ήταν πιο ευτυχισμένο και ταχύτερο, ο Μοριάς θα έχει καθαριστεί από τους εχθρούς του. » — Νικόλαος-Ιωσήφ ΜαιζώνΓάλλοι, Βρετανοί και Ρώσοι πρεσβευτές είχαν εγκατασταθεί στον Πόρο τον Σεπτέμβριο του 1828 για να συζητήσουν με τους Τούρκους πρεσβευτές για το μελλοντικό καθεστώς και τα σύνορα της ανεξάρτητης Ελλάδας. Στις 5 Οκτωβρίου, την ημέρα της αποχώρησης του Ιμπραήμ Πασά από την Ελλάδα και μόλις μια ημέρα πριν από την έναρξη των στρατιωτικών επιχειρήσεων, ο Στρατηγός Μαιζών είχε εξέφρασει ρητά στον Πρόεδρο της Ελλάδος Ιωάννη Καποδίστρια την επιθυμία του να συνεχίσει τις στρατιωτικές επιχειρήσεις πέρα από την Πάτρα και να τις μεταφέρει πριν το τέλος του μήνα στην Αττική και στην Εύβοια. Η Γαλλία υποστήριξε αυτό το σχέδιο και είχε αρχικά δώσει οδηγίες για αυτό το σκοπό στον στρατηγό Μαιζώνος στις 27 Αυγούστου 1828. Όμως ο Βρετανός Πρωθυπουργός, ο δούκας του Ουέλλινγκτον, το αντιτάχθηκε έντονα, επιθυμώντας το νέο ελληνικό κράτος να περιοριζόταν αποκλειστικά και μόνο στην Πελοπόννησο. Επομένως, αποφασίστηκε τελικά να αφήσουν μόνο τους Έλληνες να εκδιώξουν τους Οθωμανούς από αυτά τα εδάφη. Ο γαλλικός στρατός, παρά την απογοήτευσή του που δεν μπόρεσε να συνεχίσει το σχέδιό του για την πλήρη απελευθέρωση της Ελλάδας, αναγκάστηκε να παρέμβει μόνο εάν τα ελληνικά στρατεύματα αντιμετώπιζαν δυσκολίες.

Η Οθωμανική Αυτοκρατορία δεν μπορούσε πλέον να εξαρτάται από τα αιγυπτιακά στρατεύματα να κρατήσουν την Ελλάδα. Η τότε στρατηγική κατάσταση έμοιαζε με εκείνη που υπήρχε πριν από το 1825 και την απόβαση του Ιμπραήμ Πασά. Οι Έλληνες αντάρτες τότε είχαν θριαμβεύσει σε όλα τα μέτωπα. Όταν η Γαλλική στρατιωτική εκστρατεία έληξε την 1η Νοέμβριου 1828, οι τακτικές δυνάμεις του Ελληνικού Στρατού, που είχαν μόλις εγκατασταθεί, είχαν να αντιμετωπίσουν τα τουρκικά στρατεύματα που παρέμειναν στην Κεντρική Ελλάδα. Η Λιβαδειά, πύλη προς τη Βοιωτία, κατακτήθηκε στις αρχές Νοεμβρίου 1828 από το Στρατό της Ανατολικής Ελλάδας, με επικεφαλής τον Στρατάρχη Δημήτριο Υψηλάντη. Μια αντεπίθεση του Μαχμούτ Πασά από την Εύβοια αποκρούστηκε τον Ιανουάριο του 1829. Το Στρατό της Δυτικής Ελλάδας, με επικεφαλής τον Αυγουστίνο Καποδίστρια, απελευθέρωσε τη Ναύπακτο τον Απρίλιο του 1829 και τη συμβολική πόλη του Μεσολογγίου τον Μάιο του 1829. Ο Υψηλάντης απελευθέρωσε τη Θήβα στις 21 Μαΐου 1829 και κατάφερε να νικήσει 5.000 Τούρκους στη μάχη της Πέτρας της Βοιωτίας στις 12 Σεπτεμβρίου 1829 (η τελευταία πολεμική συμπλοκή της Επανάστασης του 21).

Ωστόσο, χρειάστηκε η στρατιωτική νίκη της Ρωσίας στο Ρωσοτουρκικό Πόλεμο 1828-1829 και η Συνθήκη της Κωνσταντινούπολης που υπογράφηκε στις 21 Ιουλίου 1832 για να αναγνωριστεί και να εγγυηθεί από τις μεγάλες δυνάμεις η ανεξαρτησία της Ελλάδας. Αυτή η συνθήκη σηματοδότησε έτσι το τέλος του πολέμου της Ανεξαρτησίας της Ελλάδας του 1821. Το έδαφος του νέου Βασιλείου της Ελλάδας, εκτεινόταν στις περιοχές που απελευθερώθηκαν από τα Ελληνικά και τα Γαλλικά στρατεύματα: μερικά νησιά, την Πελοπόννησο, και την κεντρική Ελλάδα (υιοθετήθηκε μια συνοριακή γραμμή στα βόρεια που συνέδεε Άρτα και Βόλο, η λεγόμενη « συνοριακή γραμμή Αμβρακικού–Παγασητικού »).

Οι Γάλλοι στην Πελοπόννησο 
Μόλις τελείωσε η αποστολή τους έτσι, τα περισσότερα από τα στρατεύματα της γαλλικής αποστολής διοργάνωσαν την επιστροφή τους στη Γαλλία από τον Ιανουάριο του 1829 (Στρατηγοί Ιγκονέ και Σεμπαστιανί). Ο Ζακ Μανζάρ, ο Δρ. Ρου και η ταξιαρχία στην οποία βρέθηκε ο Λοχαγός Καβαινιάκ επιβιβάστηκαν στις πρώτες ημέρες του Απριλίου 1829. Ο Στρατηγός Μαιζών (μετά την προαγωγή του ως Στρατάρχη της Γαλλίας στις 22 Φεβρουαρίου 1829) και ο Στρατηγός Ντυριέ (μετά την προαγωγή του ως Στρατηγός την ίδια ημέρα) έφυγαν από το ελληνικό έδαφος στις 22 Μαΐου 1829. Ο Λοχαγός Δυόμ έφυγε στις 4 Αυγούστου 1829. 

Μόνο μία ταξιαρχία, η λεγόμενη « της κατοχής » των 5.000 ανδρών (που αποτελούνταν από τα 27ο, 42ο, 54ο και 58ο Συντάγματα που στάθμευαν στο Ναβαρίνο, στη Μεθώνη και στην Πάτρα) παρέμεινε στην Πελοπόννησο υπό τη διοίκηση του Στρατηγού Σνεντέρ (Virgile Schneider). Μερικά στρατεύματα από τη Γαλλία ήρθαν να αλλάξουν τους στρατιώτες που ήταν παρόντες στην Ελλάδα: έτσι, το 57ο Σύνταγμα Πεζικού της Γραμμής αποβιβάστηκε στο Ναβαρίνο στις 25 Ιουλίου 1830. Τα γαλλικά στρατεύματα, που διοικούνταν από τον Στρατηγό Μαιζώνος, στη συνέχεια από τον Στρατηγό Σνεντέρ, και τέλος από τον Στρατηγό Σαρλ Λουί Ζοζέφ Ολιβιέ Γκεενέκ (Charles Louis Joseph Olivier Guéhéneuc) από τον Ιούλιο 1831, δεν παρέμειναν ανενεργά για σχεδόν πέντε χρόνια (1828-1833). 

Οι οχυρώσεις επισκευάστηκαν όπως αυτές του Ναβαρίνου και της Μεθώνης και στρατώνες κτίστηκαν (ο στρατώνας του Ναβαρίνου εξακολουθεί να χρησιμοποιείται μέχρι και σήμερα, στεγάζοντας το νέο αρχαιολογικό μουσείο της Πύλου). Γέφυρες κατασκευάστηκαν, όπως στον ποταμό Πάμισο ανάμεσα στις πόλεις Ναβαρίνο και Καλαμάτα. Ο δρόμος Ναβαρίνο-Μεθώνη, ο πρώτος της ανεξάρτητης Ελλάδας, επίσης χτίστηκε. Νοσοκομεία (στη Μεθώνη, στο Ναβαρίνο και στην Πάτρα) και υγειονομικές επιτροπές για τον Ελληνικό πληθυσμό ιδρύθηκαν (όπως κατά τη διάρκεια της επιδημίας πανώλης στα ορεινά χωριά των Καλαβρύτων και του Βραχνίου στην Αχαΐα τον Δεκέμβριο του 1828, που περιορίστηκε από τον Στρατηγό Ιγκονέ). Τέλος, πολλές βελτιώσεις από τους Γάλλους έγιναν στις πόλεις της Πελοποννήσου (κατασκευή σχολείων, ταχυδρομικών υπηρεσιών, τυπογραφείων, γεφυρών, πλατειών, κρηνών, κήπων, κλπ.). Ο διοικητής του Μηχανικού της εκστρατείας του Μοριά, ο Αντισυνταγματάρχης Ζοζέφ-Βίκτωρ Οντουά (Joseph-Victor Audoy) ιδιαίτερα ανατέθηκε από τον Κυβερνήτη της Ελλάδας, τον Ιωάννη Καποδίστρια, να εκπονήσει τα πρώτα πολεοδομικά σχέδια που πραγματοποιήθηκαν στη σύγχρονη Ελλάδα. Έτσι, από την άνοιξη του 1829, οικοδόμησε τις σημερινές πόλεις της Μεθώνης και της Πύλου εκ νέου, ακριβώς έξω από τα τείχη των κάστρων, με σχεδιασμό σύγχρονων πόλεων που ακολουθούσε το πρότυπο των πόλεων της νοτιοδυτικής Γαλλίας από πού προήλθε και των Επτανήσων (που μοιράζονται κοινά στοιχεία, όπως μια κεντρική πλατεία σε γεωμετρικό σχήμα, οπού οι τρεις πλευρές περικλείονται από καλυμμένες γκαλερί ή στοές με κιονοστοιχίες και τοξωτά ανοίγματα όπως στην Πύλο και στην Κέρκυρα). Έκτισε επίσης μεταξύ Δεκεμβρίου 1829 και Φεβρουαρίου 1830 το διάσημο Καποδιστριακό αλληλοδιδακτικό σχολείο της Μεθώνης. Αυτές οι πόλεις τότε επανέκτησαν γρήγορα τον πληθυσμό τους και βρήκαν ξανά την προπολεμική τους δραστηριότητα. Το παράδειγμα του ταχέως εκσυγχρονισμού της Πάτρας, για την οποία τα πολεοδομικά σχέδια είχαν μόλις τραβήξει από τους Λοχαγούς της γαλλικής εκστρατείας, τους Σταμάτη Βουγλάρη και Ωγκύστ-Τεοντόρ Γκαρνώ (Auguste-Théodore Garnot), περιγράφηκε εκτενώς στα Αναμνηστικά του Ζακ Μανζάρ, ο οποίος ήρθε στην Πάτρα με τον Αντισυνταγματάρχης και Φιλέλληνας Μαξίμ Ρεμπώ (Maxime Raybaud) για να ιδρύσει ένα τυπογραφείο και τη γαλλο-ελληνική εφημερίδα «Le Courrier d'Orient» (Ο ταχυδρόμος της Ανατολής) το 1829.
Ο Κυβερνήτης της Ελλάδος, ο Ιωάννης Καποδίστριας όταν είχε έρθει στο Παρίσι τον Οκτώβριο του 1827 μόλις πριν την άφιξη του στην Ελλάδα, είχε όντως ζητήσει από τη Γαλλική κυβέρνηση (και συγκεκριμένα από τον φίλο του και υπάλληλο στο Υπουργείο Πολέμου, τον κόμη Νικόλαο Λοβέρδο, comte Nicolas de Loverdo) συμβούλους και αξιωματικούς του Γαλλικού στρατού να οργανώσουν το στρατό του νέου Ελληνικού Κράτους. Έτσι, μετά από τη σύσταση του Γαλλικού Υπουργείου Πολέμου, οι Λοχαγοί του Γενικού Επιτελείου του Γαλλικού στρατού Σταμάτη Βούλγαρη (που ήταν Ελληνικής καταγωγής και παιδικός φίλος του Καποδίστρια), του Μηχανικού Ωγκύστ-Τεοντόρ Γκαρνώ (Auguste-Théodore Garnot), του Πυροβολικού Ζαν-Ανρί-Πιέρ-Ωγκυστέν Πωζιέ-Μπάν (Jean-Henri-Pierre-Augustin Pauzié-Banne), και της γεωγραφικής υπηρεσίας Πιερ Πετιέ (Jean Pierre Eugène Félicien Peytier), στάλθηκαν στην Ελλάδα το 1828, δηλαδή λίγες μήνες πριν την άφιξη της στρατιωτική εκστρατεία του Μοριά στην οποία συνδέθηκαν, για να εκπαιδεύσουν νεαρούς Έλληνες στρατιωτικούς μηχανικούς. Οι Λοχαγοί Βούλγαρης και Γκαρνώ κατάρτισαν πολεοδομικά σχέδια για πολλές ελληνικές πόλεις: Τριπολιτσά, Κόρινθος (που ο Γκαρνώ συνέχισε μόνος του), Ναύπλιο (οπού ο Βούλγαρης επανασχεδίασε το πολεοδομικό σχέδιο της πόλης και αυτό του προαστίου Πρόνοια για τη στέγαση των προσφύγων) και Πάτρα. Ο Γκαρνώ ανατέθηκε επίσης από τον Καποδίστρια να ιδρύσει το πρώτο σώμα στρατιωτικών μηχανικών το 1828, το Σώμα Αξιωματικών Οχυρωματοποιίας και Αρχιτεκτονικής, του οποίου η αποστολή ήταν η σύνταξη μελετών και σχεδίων για την κατασκευή, συντήρηση και βελτίωση των οχυρωματικών έργων, Στρατιωτικών και Δημοσίων κτιρίων, γεφυρών και οδών. Ο Λοχαγός Πωζιέ, από την πλευρά του, ανατέθηκε να ιδρύσει τη Σχολή Πυροβολικού και στη συνέχεια τη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων (που είχε ως πρότυπο η διάσημη Γαλλική Πολυτεχνική Σχολή, η École Polytechnique) το 1828 με διάταγμα του Ιωάννη Καποδίστρια. Τέλος, ο χάρτης του νέου Ελληνικού Κράτους τέθηκε από τον Λοχαγό και γεωγράφο-μηχανικό Πιερ Πετιέ (Jean Pierre Eugène Félicien Peytier) το 1832. Παράλληλα, ο Αναπληρωτής Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου της εκστρατείας του Μοριά, ο Συνταγματάρχης Καμίλ-Αλφόνς Τρέζελ (Camille Alphonse Trézel) προωθήθηκε από τον Ιωάννη Καποδίστρια, Στρατηγό και διορίστηκε επικεφαλής του Ελληνικού Τακτικού Στρατού το 1829. Συγκροτήθηκε εκείνη τη στιγμή από 2.688 άνδρες, και ο Στρατηγός Τρέζελ τον διοργάνωσε « κατά γαλλικό τρόπο », τόσο για τη διοίκηση του όσο και για το στρατιωτικό ποινικό κώδικα του, την εκπαίδευσή των στρατιωτών και το σύστημα προαγωγής τους, ακόμη και τις στολές του που ήταν ίδιες με τις γαλλικές. Τον Νοέμβριο του 1829, ο Στρατηγός Τρέζελ αντικαταστάθηκε από τον Γάλλο Στρατηγό Ζεράρ (général Gérard), ο οποίος παρέμεινε επικεφαλής του τακτικού Στράτου μέχρι το 1831. Τέλος, ο Κυβερνήτης Καποδίστριας ανέθεσε επίσης το 1829 το γεωλόγο της γαλλικής αποστολής Pierre Théodore Virlet d’Aoust να μελετήσει τη δυνατότητα να σκάψει ένα κανάλι στον ισθμό της Κορίνθου. Έτσι, από τα πρώτα χρόνια της ανεξαρτησίας της, η Ελλάδα καθιέρωσε μια μόνιμη στρατιωτική συνεργασία με τη Γαλλία, η οποία σήμερα θεωρείται ως ο παραδοσιακός στρατηγικός σύμμαχος της Ελλάδος.

Πρέπει βέβαια να προστεθεί σε όλα αυτά τα επιτεύγματα της Γαλλικής εκστρατευτικής δύναμης, όλες τις εργασίες που ανέλαβαν οι επιστήμονες της επιστημονικής εκστρατείας του Μοριά μεταξύ Μαρτίου και Δεκεμβρίου του 1829. Ωστόσο, τα τελευταία γαλλικά συντάγματα αποχώρησαν οριστικά από την Ελλάδα τον Αύγουστο 1833, λίγο μετά την άφιξη στο θρόνο της Ελλάδας του βασιλιά Όθωνα Α΄ τον Ιανουάριο του 1833. Αντικαταστάθηκαν από το σώμα του Βασιλικού Στρατού που αποτελούνταν από 3.500 στρατιώτες και αξιωματικούς από τη Βαυαρία.

Ανθρώπινο κόστος της εκστρατείας 

Παρά τη συντομία των στρατιωτικών επιχειρήσεων και τον μικρό αριθμό των μαχών, ο φόρος ανθρώπινων ζωών της γαλλικής αποστολής ήταν εξαιρετικά βαρύς: από την 1η Σεπτεμβρίου 1828 έως την 1η Απριλίου 1829, ο Γενικός Διευθυντής της Ιατρικής Υπηρεσίας της αποστολής, ο Δρ. Γκασπάρ Ρου (Dr. Gaspard Roux), ανάφερε επίσημα έναν αριθμό των 4.766 ασθενειών και 1.000 θανάτων (αριθμοί που επιβεβαιώθηκαν από τον Δρ. Σαρλ-Ζοζέφ Μπαστίντ (Dr. Charles-Joseph Bastide), χειρουργός-ταγματάρχης του 16ου Συντάγματος του Πεζικού). 

Έτσι, σχεδόν το ένα τρίτο των γαλλικών στρατευμάτων επηρεάστηκε από πυρετούς, διάρροια και δυσεντερία. Τα θύματα μολύνθηκαν κυρίως μεταξύ Οκτωβρίου και Δεκεμβρίου 1828 στα στρατόπεδα που είχαν εγκατασταθεί μέσα στις ελώδεις πεδιάδες του Πεταλιδίου, στο στόμιο του ποταμού Djalova (στον κόλπο του Ναβαρίνου), στη Μεθώνη και στην Πάτρα. Αυτή η επιδημία πυρετού, που χαρακτηρίστηκε κυρίως από τριταίο πυρετό (κάθε δύο ημέρες), περιοδικό, εκθαμβωτικό, με υψηλό ποσοστό υποτροπής, και που συνοδεύτηκε από πονοκεφάλους, ίκτερο, γαστρεντερίτιδα, σπασμούς και νευρολογικές διαταραχές, πιθανότατα αντιστοιχούσε στην ελονοσία (το όνομα προέρχεται από τις λέξεις έλος και νόσος, καθώς είχε παρατηρηθεί ότι η νόσος ήταν ιδιαίτερα διαδεδομένη γύρω από ελώδεις περιοχές) που ήταν ενδημική στην περιοχή, εκείνη την εποχή (εκριζώθηκε οριστικά στην Ελλάδα το 1974). Η επιδημία άρχισε έτσι κατά τη διάρκεια της περιόδου ζεστής, στις 20 Σεπτεμβρίου 1828, σηματοδότησε την αιχμή της στις 20 Οκτωβρίου (15 Νοεμβρίου στην Πάτρα), στη συνέχεια υποχώρησε τον μήνα Νοέμβριο, για να σταματήσει εντελώς τον Δεκέμβριο του 1828. Παρόλο που ο Δρ. Ρου αναγνώρισε την κύρια και βλαβερή επίδραση των ελών στην εξάπλωση της νόσου, η πρώτη αιτία της, το παράσιτο Πλασμώδιο (Plasmodium), ανακαλύφθηκε μόλις το 1880 από τον Γάλλο στρατιωτικό γιατρό Σαρλ Λουί Αλφόνς Λαβεράν (Charles Louis Alphonse Laveran, βραβείο Νόμπελ 1907). Επίσης, ο Άγγλος γιατρός Ρόναλντ Ρος (Ronald Ross, βραβείο Νόμπελ 1902) απόδειξε μόλις το 1897 ότι τα κουνούπια του γένους Ανωφελές (Anopheles), τα οποία δεν ανέφεραν πουθενά ούτε ο Δρ. Ρου, ούτε ο Δρ. Μπαστίντ, ήταν οι φορείς της ελονοσίας.

Έτσι, σύμφωνα με τους ιατρούς της Ιατρικής Υπηρεσίας, οι αιτίες της νόσου ήταν κυρίως η εγγύτητα της εστίας μόλυνσης στους πεδινούς μέρη και στις ελώδεις περιοχές και οι σκληρές μεταβάσεις της θερμοκρασίας μεταξύ ημέρας και νύχτας, και σε έναν βαθμό η ένταση των πολυάριθμων και επίπονων εργασιών, καθώς και η υπερβολική κατανάλωση αλατισμένων κρεάτων, οινοπνευματωδών ποτών και λασπωδών και υφάλμυρων νερών της περιοχής. Ο καθαρότερος αέρας του χειμώνα, η εγκατάσταση των ανδρών μέσα στους στρατώνες των φρουρίων, η άμεση λήψη αυστηρών μέτρων υγιεινής, η άφιξη φαρμάκων από τη Γαλλία, καθώς και η ίδρυση τριών στρατιωτικών νοσοκομείων στο Ναβαρίνο, στη Μεθώνη και στην Πάτρα θα μειώσουν σημαντικά αυτή την εκατόμβη. Πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι ο Δρ Ρου χρησιμοποίησε των καινούριων αντιπυρετικών όπως η σκόνη από το φλοιό του δέντρου της κιγχόνης και η κινίνη, η οποία εκχυλίστηκε για πρώτη φορά μόνο 8 χρόνια νωρίτερα, το 1820, από τους Γάλλους χημικούς Πιερ Ζοζέφ Πελετιέ (Pierre Joseph Pelletier) και Ζοζέφ Μπιανεμέ Καβεντού (Joseph Bienaimé Caventou). Τα αποτελέσματα αυτής της θεραπείας ήταν απολύτως επιτυχημένα.

Ωστόσο, ο συνολικός αριθμός θανάτων θα αυξηθεί αισθητώς στη συνέχεια, ειδικά μετά από μια σειρά αυτοκτονιών και μονομαχιών, με μερικές περιπτώσεις ναρκωτισμού μετά την κατάχρηση οινοπνευματωδών ποτών, μετά την έκρηξη μιας πυριτιδαποθήκης που προκλήθηκε από κεραυνό στο φρούριο του Ναβαρίνου, την οποία κόστισε τις ζωές πενήντα στρατιωτών στις 19 Νοεμβρίου 1829, ή μετά την υπόθεση του Άργους στις 16 Ιανουαρίου 1833, που οδήγησε στο θάνατο τριών Γάλλων στρατιωτών. Η επιστημονική αποστολή θα επηρεαστεί επίσης έντονα από πυρετούς ελονοσίας κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού του 1829. Ο συνολικός αριθμός θανάτων της εκστρατείας του Μοριά εκτιμάται γενικά, σύμφωνα με τις περισσότερες μαρτυρίες, περίπου στα 1.500.

Στη συνέχεια, μνημεία προς τιμήν των πεσόντων Γάλλων στρατιωτών ανεγέρθηκαν από το Ελληνικό κράτος και τη Γαλλία στο νησί Σφακτηρία στον κόλπο του Ναβαρίνου (το μνημείο ανεγέρθηκε τον Μάιο του 1890) και στις πόλεις Γιάλοβα (το μνημείο ανεγέρθηκε τον Οκτώβριο του 2007 στον ίδιο χώρο όπου βρισκόταν το στρατόπεδο της Djalova), Καλαμάτα (στο ναό του Αγίου Νικολάου του Φλαρίου) και Ναύπλιο (το μνημείο των Φιλελλήνων ανεγέρθηκε το 1903), όπου μπορούμε να τα δούμε και σήμερα.

Αποτίμηση της εκστρατείας 
Επρόκειτο, σύμφωνα με τον Κυριάκο Σιμόπουλο, για μια με εύσχημο τρόπο απαγκίστρωση του Μεχμέτ Αλή, καθώς ήθελε να αποχωρήσει χωρίς ταυτόχρονα να εκτεθεί στο Σουλτάνο και να μειώσει το γόητρο του γιου του, Ιμπραήμ. Προϊόν σχετικής πρότασης του Μεχμέτ Αλή συνιστούσε η εκστρατεία των Γάλλων και, ταυτόχρονα, μια ευκαιρία για τους Γάλλους να έχουν έναν πιο ενεργό ρόλο στο Ελληνικό ζήτημα και να βγουν από την αναμονή και δορυφορική τους θέση. Αλλά, και η συμφωνία που έσπευσαν να υπογράψουν οι Άγγλοι με τους Αιγύπτιους στην Αλεξάνδρεια, μια εβδομάδα πριν αποπλεύσει ο Γαλλικός στόλος, μαρτυρούσε τη σπουδή των Άγγλων να μην επιτρέψουν στους Γάλλους να έχουν την αποκλειστικότητα στην ασφαλή αποχώρηση των Αιγυπτίων.

Η Επιστημονική Αποστολή

Καθιέρωση της επιστημονικής αποστολής 
Η εκστρατεία του Μοριά ήταν η δεύτερη από τις μεγάλες στρατιωτικές-επιστημονικές αποστολές της Γαλλίας κατά το πρώτο μισό του 19ου αιώνα. Η πρώτη ήταν η εκστρατεία της Αιγύπτου το 1798 (Commission des sciences et des arts). Η τελευταία πραγματοποιήθηκε το 1839 στην Αλγερία (Commission d'exploration scientifique d'Algérie). Και οι τρεις πραγματοποιήθηκαν με πρωτοβουλία της γαλλικής κυβέρνησης και τέθηκαν υπό την καθοδήγηση ενός συγκεκριμένου υπουργείου (Εξωτερικών σχέσεων για την Αίγυπτο, Εσωτερικού για το Μοριά, Πόλεμου για την Αλγερία). Τα μεγάλα επιστημονικά ιδρύματα γενικά προσέλαβαν επιστήμονες (πολίτες ή στρατιώτες) και καθόρισαν τις αποστολές τους, ενώ η εργασία επί τόπου πραγματοποιήθηκε σε στενή σχέση με το στρατό. Η επιτροπή Επιστημών και Τεχνών κατά τη διάρκεια της Εκστρατεία της Αιγύπτου του Βοναπάρτη, και ιδιαίτερα οι μεταγενέστερες δημοσιεύσεις, έγιναν σημείο αναφοράς. Αφού η Ελλάδα ήταν η άλλη μεγάλη "αρχαία" περιοχή που θεωρήθηκε ως προέλευση του δυτικού πολιτισμού (ήταν ένα από τα κύρια επιχειρήματα των Φιλελλήνων), αποφασίστηκε, όπως ανέφερε ο Αμπέλ Μπλουέ:« να επωφεληθεί από την παρουσία των στρατιωτών μας που κατέλαβαν το Μοριά για να στείλει μια ακαδημαϊκή επιτροπή. Δεν ήταν ίση με αυτή που συνδέθηκε με τη δόξα του Ναπολέοντα [...] Ωστόσο, έπρεπε να εξυπηρετεί σε μεγάλο βαθμό τις τέχνες και τις επιστήμες »Ο Υποκόμης ντε Μαρτίνιακ, υπουργός Εσωτερικών του βασιλιά Κάρολου Ι΄ της Γαλλίας και πραγματικός αρχηγός της κυβέρνησης τότε, ανέθεσε έξι καταξιωμένους ακαδημαϊκούς του Ινστιτούτο της Γαλλίας (Ακαδημία Επιστημών: Ζωρζ Κυβιέ και Ετιέν Ζοφρουά ντε Σεν Ιλέρ. Ακαδημία Επιγραφών και Καλών Γραμμάτων: Charles-Benoît Hase και Desiré Raoul Rochette. Ακαδημία Καλών Τεχνών: Jean-Nicolas Hyot και Jean-Antoine Letronne) για να διορίσουν τους αρχηγούς και τα μέλη κάθε τμήματος μιας Επιστημονικής Επιτροπής. Ο Ζαν-Μπατίστ Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν (Jean-Baptiste Bory de Saint Vincent) έτσι διορίστηκε διευθυντής της επιτροπής στις 9 Δεκεμβρίου 1828. Καθορίστηκαν επίσης οι διαδρομές και οι στόχοι. Όπως θα γράψει ο Μπορύ αργότερα: « Οι κύριοι ντε Μαρτίνιακ και Siméon μου ζήτησαν ρητώς να μην περιορίσω τις παρατηρήσεις μου στις Μύγες και στα Βότανα, αλλά να τις επεκτείνω στους τόπους και στους ανθρώπους »Η αποστολή, η οποία απαρτίστηκε από δεκαεννέα επιστήμονες, χωρίστηκε σε τρία τμήματα (Φυσικές Επιστήμες, Αρχαιολογία, Αρχιτεκτονική-Γλυπτική), τα οποία τέθηκαν υπό τις διευθύνσεις των Ζαν-Μπατίστ Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν (τμήμα Φυσικών Επιστημών), Λεόν-Ζαν-Ζοζέφ Ντυμπουά (Léon-Jean-Joseph Dubois, τμήμα Αρχαιολογίας) και Γκιγιώμ-Αμπέλ Μπλουέ (Guillaume-Abel Blouet, τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής). Ο ζωγράφος Εζέν Εμανυέλ Αμωρύ Ντυβάλ έδωσε πορτρέτα αυτών των τριών διευθυντών στα αναμνηστικά του, Souvenirs (1829-1830), που έγραψε το 1885.

Τα μέλη της επιστημονικής αποστολής επιβιβάστηκαν στις 10 Φεβρουαρίου 1829 στην Τουλόν επί της φρεγάτας Κυβέλη (Cybèle) (που διοικήθηκε από τον καπετάνιο φρεγάτας Μ. de Robillard) και, μετά από 21 ημέρες από ένα μάλλον ταραχώδης πέρασμα της Μεσογείου για τα μέλη της αποστολής, αποβιβάστηκαν στις 3 Μαρτίου 1829 στο Ναβαρίνο. Ενώ στην Αίγυπτο και στην Αλγερία, τα επιστημονικά έργα πραγματοποιήθηκαν υπό την προστασία του στρατού, στην Πελοπόννησο, ενώ η επιστημονική εξερεύνηση είχε μόλις ξεκινήσει, τα πρώτα στρατεύματα ήδη αποχώρησαν στις πρώτες ημέρες του Απριλίου 1829. Ο στρατός απλώς παρείχε την υλικοτεχνική υποστήριξη: « σκηνές, στύλοι, εργαλεία, δοχεία, κατσαρόλες και σάκους, με μια λέξη: όλα όσα που μπόρεσε να βρεθεί για τη χρήση μας στα καταστήματα του στρατού ».

Λίγο μετά την άφιξη της επιστημονικής επιτροπής στην Ελλάδα και την εγκατάσταση της στην έδρα της στη Μεθώνη, ο πρώτος Κυβερνήτης του σύγχρονου Ελληνικού κράτους Ιωάννης Καποδίστριας ήρθε να συναντήσει τα μέλη της στις 11 Απριλίου 1829. Είχε ήδη την ευκαιρία να συναντήσει στο δρόμο του, μεταξύ Άργους και Τριπολιτσά, τον Εντγκάρ Κινέ (Edgar Quinet, ο διάσημος Γάλλος ιστορικός, διανοούμενος και πολιτικός), ο οποίος είχε τότε ήδη χωρίσει από την επιτροπή και κατευθυνόταν προς την Αργολίδα. Ο ιστορικός και μελλοντικός Γάλλος πολιτικός παρουσιάζει με αυτή την ευκαιρία πορτρέτα του Προέδρου και των αξιωματικών του, οι ήρωες της ελληνικής ανεξαρτησίας, οι Κολοκοτρώνης και Νικηταράς, που του άφησαν μια μεγάλη εντύπωση. Ο Πρόεδρος συνάντησε επίσης τον Αμπέλ Μπλουέ λίγο πιο μακριά, κοντά στην Κορώνη. Ένα μεγάλο δείπνο διοργανώθηκε στη Μεθώνη, το οποίο έφερε όλους μαζί για τελευταία φορά, πριν την επιστροφή στη Γαλλία της εκστρατευτικής δύναμης, τον Πρόεδρο Καποδίστρια, τον Στρατάρχη Μαιζώνος, τους Έλληνες και Γάλλους αξιωματικούς και κύριους αρχηγούς (Κολοκοτρώνης, Νικηταράς, Μακρυγιάννης, Καλλέργης, Φαβιέρος κ.α.), και όλα τα μέλη της επιστημονικής επιτροπής. Ο Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν εισήγαγε τα μέλη του τμήματος του στον Πρόεδρο, και οι δύο είχαν την ευκαιρία να συζητήσουν εκτενώς θέματα διεθνούς διπλωματίας. Θα συναντηθούν και πάλι αργότερα στο Άργος, στο Ναύπλιο και στην Αίγινα. Ο ζωγράφος Αμωρύ-Ντυβάλ, επίσης πολύ εντυπωσιασμένος, σημείωσε επίσης την ιδιαίτερη προσκόλληση του Έλληνα Προέδρου για το έργο του για την ίδρυση και την ανάπτυξη αλληλοδιδακτικά σχολεία στη χώρα. Σε γενικές γραμμές, τα κείμενα που περιγράφουν τις πολλαπλές συναντήσεις μεταξύ των μελών της επιστημονικής επιτροπής και του Κυβερνήτη της Ελλάδος δείχνουν σταθερά ένα βαθύ αλληλοσεβασμό και μια ισχυρή αμοιβαία εκτίμηση.

Τμήμα Φυσικών Επιστημών 
Αυτό το τμήμα, εποπτευόμενο στην Ακαδημία Επιστημών από τους Ζωρζ Κυβιέ και Ετιέν Ζοφρουά ντε Σεν Ιλέρ, περιελάμβανε πολλές επιστήμες: από τη μια πλευρά βοτανική (Ζαν-Μπατίστ Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν και Louis Despreaux Saint-Sauveur, οι οποίοι συνοδεύονταν επίσης από τον ζωγράφο Prosper Baccuet) και ζωολογία (Gaspard-Auguste Brullé, Gabriel Bibron, Sextius Delaunay και Antoine Vincent Pector), και από την άλλη, γεωγραφία (Πιερ Πετιέ, Πιέρ Μ. Λαπί και Aristide-Camille Servier) και γεωλογία (Pierre Théodore Virlet d’Aoust, Émile Puillon Boblaye και Gérard Paul Deshayes).

Γεωγραφία και Γεωλογία 

Ένας από τους πρώτους στόχους που έθεσε η Γαλλική κυβέρνηση ήταν να χαρτογραφήσει την Πελοπόννησο, τόσο για επιστημονικούς σκοπούς όσο και για οικονομικούς και στρατιωτικούς λόγους. Ο Υπουργός Πολέμου, ο Υποκόμης ντε Κώ (Vicomte de Caux), έγραψε στον Στρατηγό Μαιζώνος στις 6 Ιανουαρίου 1829: « Όλοι οι χάρτες της Ελλάδας είναι πολύ ατελείς και έχουν σχεδιαστεί με λίγο πολύ αθέμιτες διαδρομές, γι 'αυτό είναι απαραίτητο να τις διορθώσουμε. Όχι μόνο η γεωγραφία θα εμπλουτιστεί από τις έρευνες αυτές, αλλά τα εμπορικά συμφέροντα της Γαλλίας θα προωθηθούν διευκολύνοντας τις σχέσεις της και θα είμαστε ιδιαίτερα χρήσιμοι στις χερσαίες και θαλάσσιες δυνάμεις μας, οι οποίες θα μπορούσαν να βρεθούν σε περίπτωση δράσης σε αυτό το τμήμα της Ευρώπης. » Οι μόνοι διαθέσιμοι χάρτες είναι τότε εκείνοι του Ζαν-Ντενί Μπαρμπιέ ντι Μποκάζ (Jean-Denis Barbié du Bocage) (1808, σε κλίμακα 1:500.000) με σχετικές ανακρίβειες, και του Πιέρ Μ. Λαπί (Pierre M. Lapie) (1826, 1:400.000) που ήταν ακριβέστερο στα λεπτομέρεια των χαράξεων και που χρησιμοποιήθηκε από τα μέλη της αποστολής.

Ο Λοχαγός Πιερ Πετιέ (Jean Pierre Eugène Félicien Peytier), από την τοπογραφική υπηρεσία του γαλλικού στρατού, είχε ήδη προσκληθεί στην Ελλάδα από τον Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια όταν είχε έρθει στο Παρίσι τον Οκτώβριο του 1827 για να ζητήσει από τη Γαλλική κυβέρνηση συμβούλους και αξιωματικούς του Γαλλικού στρατού να οργανώσουν το στρατό του νέου Ελληνικού Κράτους. Ο Καποδίστριας είχε ζητήσει ειδικά από τον Πετιέ να χαρτογραφήσει την Ελλάδα. Κατά συνέπεια, όταν η επιστημονική αποστολή του Μοριά αποβιβάστηκε στο Ναβαρίνο στις 3 Μαρτίου 1829, ο Πετιέ τότε συνδέθηκε με αυτήν.

Από τον Μάρτιο, είχε σχεδιαστεί μια βάση 3.500 μέτρων στην Αργολίδα, από μια γωνία των ερειπίων της Τίρυνθας μέχρι μια άλλη γωνιά ενός ερειπωμένου σπιτιού στο χωριό της Άριας. Θα χρησίμευε ως σημείο εκκίνησης για όλες τις εργασίες τριγωνισμού για τις τοπογραφικές και γεωδαιτικές καταγραφές στην Πελοπόννησο. Οι Πετιέ και και ο γεωλόγος Puillon Boblaye πραγματοποίησαν πολλούς ελέγχους στη βάση και στις κανόνες που εφαρμόστηκαν. Έτσι το περιθώριο σφάλματος μειώθηκε σε 1 μέτρο για 15 χλμ. Το γεωγραφικό πλάτος και το γεωγραφικό μήκος του σημείου της βάσης στην Τίρυνθα καταγράφηκαν και ελέγχθηκαν, προκειμένου να μειώσει περαιτέρω το περιθώριο σφάλματος, υπολογιζόμενο σε 0,2 δευτερόλεπτα. Εγκαταστάθηκαν 134 γεωδαιτικοί σταθμοί στα βουνά της χερσονήσου, και στην Αίγινα, στην Ύδρα και στο Ναύπλιο. Έτσι, τραβήχτηκαν ισόπλευρα τρίγωνα των οποίων οι πλευρές μέτρησαν περίπου 20 χλμ. Οι γωνίες μετρήθηκαν με θεοδόλιχους του Gambey. Ωστόσο, μετά την αποχώρηση της επιστημονικής αποστολής από την Ελλάδα και παρόλο που αρρώστησε από πυρετό πέντε φορές, ο Πετιέ παρέμεινε εκεί μόνος του μέχρι τις 31 Ιουλίου 1831 για να ολοκληρώσει τις τριγωνομετρικές, τοπογραφικές και στατιστικές εργασίες που έγιναν για τη δημιουργία του χάρτη του Μοριά.

Αυτός ο «Χάρτης του 1832», πολύ ακριβής, σε κλίμακα 1:200.000, σε 6 φύλλα (συν δύο φύλλα που αντιπροσωπεύουν κάποια νησιά των Κυκλάδων), ήταν ο πρώτος χάρτης της Ελληνικής Επικράτειας που σχεδιάστηκε ποτέ επιστημονικά και γεωδαιτικά.

Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια τον Οκτώβριο του 1831, η δραστηριότητα του Πετιέ σχεδόν εντελώς παρεμποδίστηκε από τον εμφύλιο πόλεμο που διέσχισε τη χώρα. Ο βασιλιάς Όθων Α΄ της Ελλάδας, που είχε φτάσει στην Ελλάδα τον Ιανουάριο του 1833, ζήτησε από τη Γαλλία να είναι υπεύθυνη η τοπογραφική ταξιαρχία για τον χάρτη ολόκληρου του βασιλείου. Ο Πετιέ τότε επέστρεψε στην Ελλάδα στις 28 Μαρτίου 1833 και παρέμεινε εκεί μέχρι τον Μάρτιο του 1836 για να κατευθύνει το μεγαλύτερο μέρος του έργου για την προετοιμασία αυτού του πλήρους χάρτη του Βασιλείου της Ελλάδος. Μερικοί τοπογραφικοί μηχανικοί θα παραμείνουν μέχρι το 1849 υπό τη διεύθυνση του Λοχαγού Soitoux για πρόσθετες αναγνωρίσεις. Αυτός ο «Χάρτης του 1852», επίσης σε κλίμακα 1:200.000, δημοσιεύθηκε οριστικά υπό τη διεύθυνση του Πετιέ το 1852. Μέχρι τη δημοσίευση, μετά το 1945, του σημερινού χάρτη σε κλίμακα 1:50.000 της Γεωγραφικής Υπηρεσίας του Ελληνικού Στρατού, αυτός ο χάρτης από το 1852 παρέμεινε ο μόνος που κάλυπτε ολόκληρη την Ελληνική επικράτεια. Σχετικά με αυτό το χάρτη, ο γεωγράφος Μισέλ Σιβινιόν (Michel Sivignion), ειδικός στην Ελληνική γεωγραφία, αναφέρει ότι: « Για πρώτη φορά έχουμε μια ακριβή απόδοση της τοπογραφίας, των χαράξεων των ποταμών, του ύψους των βουνών, αλλά και της κατανομής των κατοικημένων τόπων, των πληθυσμιακών στοιχείων. Πέρα από αυτή την τεχνική πτυχή, πρόκειται για τη δημιουργία της πολιτικής επικράτειας της ανεξάρτητης Ελλάδας, για την επίσημη εκπροσώπηση της, για την ανάληψη της κατοχής από τις αρχές ενός εδάφους, τα όρια του οποίου έχουν οριστεί ».

Ο Πετιέ άφησε επίσης ένα Λεύκωμα που ο ίδιος είχε συγκροτηθεί και που περιλάμβανε σχέδια του με μολύβι, σέπιες και υδατογραφίες που απεικόνιζαν απόψεις πόλεων, μνημεία, ενδυμασίες και προσωπογραφίες των κατοίκων της Ελλάδας εκείνης της εποχής. Χρησιμοποίησε ένα καλλιτεχνικό στυλ που απόφυγε την εξιδανίκευση προς όφελος μιας επιστημονικής πιστότητας και ακρίβειας που αποκάλυψαν πλήρως τον τοπογράφο που ήταν.

Ο Κυβερνήτης της Ελλάδος Ιωάννης Καποδίστριας ανέθεσε επίσης το 1829 το γεωλόγο της γαλλικής αποστολής Pierre Théodore Virlet d’Aoust να μελετήσει τη δυνατότητα να σκάψει ένα κανάλι στον ισθμό της Κορίνθου, ώστε τα πλοία να αποφεύγουν τον μακρύ (700 χλμ.) και επικίνδυνο δρόμο του νότιου περίπλου της Πελοποννήσου μέσω των Ακρωτηρίων Μαλέα και Ταινάρου (Κάβο Ματαπάς). Ο Virlet d'Aoust του έδωσε µία εκτίμηση δαπανών που ανερχόταν σε 40.000.000 χρυσά φράγκα, που δεν μπορούσαν να εξευρεθούν από τη διεθνή χρηματαγορά και η προσπάθεια εγκαταλείφθηκε. Αφού το πρότζεκτ δεν υλοποιήθηκε, ο Virlet προσέφερε στην Ελληνική κυβέρνηση τη χάραξη του, που ακολούθησε εκείνη που καθορίστηκε από τους Ρωμαίους μεταξύ Λουτρακίου και Καλαμακίου και την οποία αναφέρεται στον Γεωλογικό Χάρτη σε κλίμακα 1:200.000 της επιστημονικής αποστολής. Η Διώρυγα της Κορίνθου θα ανοίξει τελικά το 1893.

Βοτανική και Ζωολογία 
Ο Ζαν-Μπατίστ Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν (Jean-Baptiste Bory de Saint-Vincent) οδήγησε την Επιστημονική Αποστολή. Διετέλεσε επίσης υπεύθυνος για τις σπουδές βοτανικής. Συνέλεξε πολλά δείγματα: το Flore de Morée του 1832 περιλαμβάνει 1 550 φυτά, συμπεριλαμβανομένων 33 ορχιδέων και 91 αγρωστωδών (μόνο 42 είδη δεν είχαν ακόμη περιγραφτεί). Nouvelle Flore du Péloponnèse et des Cyclades του 1838 περιγράφει 1.821 είδη. Στην Πελοπόννησο, Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν περιορίστηκε μόνο να συλλέξει τα φυτά. Προχώρησε στην ταξινόμησή, στην ταυτοποίηση και στην περιγραφή τους αργότερα όταν επέστρεψε στη Γαλλία. Βοηθήθηκε τότε στο Εθνικό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας του Παρισιού (Muséum d'Histoire Naturelle) από τους σημαντικότερους βοτανολόγους της εποχής του, Louis Athanase Chaubard, Jean-Baptiste Fauché et Adolphe Brongniart. Επίσης, οι διάσημοι φυσιοδίφες του Μουσείου, Ετιέν Ζοφρουά Σεν Ιλέρ (Étienne Geoffroy Saint-Hilaire) και ο γιος του Isidore Geoffroy Saint-Hilaire έλαβαν μέρος στη συγγραφή των επιστημονικών εργασιών της αποστολής, υπό την επίβλεψη του Ζωρζ Κυβιέ στην Ακαδημία. Καθώς η διαδικασία συγκέντρωσης συνέχισε, τα φυτά, καθώς και τα πουλιά και τα ψάρια, στάλθηκαν στη Γαλλία.Στα ζωολογικά θέματα, περιγράφτηκαν σχετικά λίγα νέα είδη. Ωστόσο, η επιστημονική αποστολή αναγνώρισε για πρώτη φορά το είδος χρυσού τσακαλιού (Canis aureus) που κατοικούσε στην περιοχή. Παρόλο που προηγούμενες ταξιδιωτικές ιστορίες ανέφεραν την παρουσία του, δεν θεωρήθηκαν αξιόπιστες. Επιπλέον, το συγκεκριμένο υποείδος που κατέγραψε η αποστολή του Μοριά ήταν ενδημικό στην περιοχή: Ο Μπορύ του έδωσε το όνομα του Μοριά (Canis aureus moreoticus) και έφερε πίσω στο Εθνικό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας του Παρισιού τα δέρματα και ένα κρανίο.

Ο Μπορύ συνοδεύτηκε κατά τη διάρκεια των εξερευνήσεων του στην Πελοπόννησο από τους ζωολόγους Gabriel Bibron, Sextius Delaunay και Antoine Vincent Pector, από τον εντομολόγο Gaspard-Auguste Brullé, από τον κογχυολόγο, μαλακιολόγο και γεωλόγο Gérard Paul Deshayes, από τους γεωλόγους Pierre Théodore Virlet d’Aoust και Émile Puillon Boblaye, και από τον βοτανολόγο και ειδικός των κρυπτόγαμων, των λειχήνων, των μυκήτων και των φυκών Louis Despreaux Saint-Sauveur. Ο ζωγράφος Prosper Baccuet, ο οποίος επίσης τους συνόδευε, θα αφήσει φημισμένες γκραβούρες των τοπίων που επισκέφτηκαν στην Relation de l'Expédition scientifique de Morée (1836) και στον Άτλαντα (1835) που δημοσιεύθηκαν από τον Μπορύ.

Τμήμα Αρχαιολογίας 
Αυτό το τμήμα, εποπτευόμενο στην Ακαδημία Επιγραφών και Καλών Γραμμάτων από τους Charles-Benoît Hase και Desiré Raoul Rochette, αποτελείται από τους αρχαιολόγους Λεόν-Ζαν-Ζοζέφ Ντυμπουά (Léon-Jean-Joseph Dubois, διευθυντής) και Σαρλ Λενορμάν (αναπληρωτής διευθυντής), τον ιστορικό Εντγκάρ Κινέ και τους ζωγράφους Εζέν Εμανυέλ Αμωρύ Ντυβάλ και Πιερ Φέλιξ Τρέζελ. Ο Έλληνας συγγραφέας και γλωσσολόγος Μιχαήλ Σχινάς (Michel Schinas) τους συνόδευσε.

Η αποστολή του ήταν να εντοπίσει 80 αρχαίες τοποθεσίες (στην Αχαΐα, στην Αρκαδία, στην Ηλεία και στη Μεσσηνία) χρησιμοποιώντας την αρχαία λογοτεχνία. Η διαδρομή τους ακολούθησε την πορεία του Παυσανία του περιηγητή. Οι θέσεις των αρχαιολογικων χώρων έπρεπε να εντοπιστούν επακριβώς με ακριβή τριγωνισμό. Στη συνέχεια, με τη βοήθεια του τμήματος Αρχιτεκτονικής, έπρεπε να ανυψώσουν τα σχέδια (γενικά και οικοδομικά), να σχεδιάσουν και να καλουπώσουν κτίρια και διακοσμήσεις, να ανασκάψουν για να ελευθερώσουν κτίρια και αντίκες. Στο δρομολόγιο προστέθηκαν και βυζαντινά μοναστήρια: έπρεπε να προσπαθήσουν να αγοράσουν χειρόγραφα εκεί.Ωστόσο, αυτό το τμήμα δεν κατάφερε να υλοποιήσει το τεράστιο πρόγραμμα που είχε αρχικά καθοριστεί. Τα μέλη του υπέφεραν από πολλές ασθένειες και πυρετούς και άρχισαν να διαφωνούν σοβαρά. Ο Σαρλ Λενορμάν (Charles Lenormant), για παράδειγμα, όταν έμαθε ότι ήταν κάτω από τις εντολές του Ντυμπουά, ή τουλάχιστον ότι θα πήγαινε μαζί του, δεν πίστευε ότι θα έπρεπε να αποδεχτεί αυτή τη θέση με τον υποτάκτη του στο Λούβρο (όντως μόλις επέστρεψε από την αρχαιολογική αποστολή της Αιγύπτου του 1828 μαζί με τον Ζαν-Φρανσουά Σαμπολιόν). Έτσι έκανε το ταξίδι ως ερασιτέχνης. Ο Εντγκάρ Κινέ (Edgar Quinet, ο διάσημος Γάλλος ιστορικός, διανοούμενος και πολιτικός), ο οποίος είχε ελάχιστο ενδιαφέρον να έχει έναν προϊστάμενο πάνω του και να συνεργάζεται σε ένα συλλογικό έργο - είχε ήδη την πρόθεση να δημοσιεύσει ένα βιβλίο από μόνο του - είπε στον Ντυμπουά ότι δεν έπρεπε να υπολογίζει σε αυτόν και ότι θα πάει να επισκεφθεί την υπόλοιπη Ελλάδα μόνος του στο πλευρό του. Ο Κινέ έτσι επισκέφτηκε τον Πειραιά στις 21 Απριλίου 1829, από όπου έφτασε στην Αθήνα. Τον Μάιο ταξίδεψε στις Κυκλάδες από τη Σύρο. Αλλά αρρώστησε και αναγκάστηκε να επιστρέψει στη Γαλλία στις 5 Ιουνίου. Το βιβλίο του De la Grèce moderne, et de ses rapports avec l'antiquité (Περί της σύγχρονης Ελλάδος και της σχέσης της με την αρχαιότητα) δημοσιεύθηκε τον Σεπτέμβριο του 1831. Ο αρχαιολόγος, γλύπτης και ελληνιστής από τη Λυών Jean-Baptiste Vietty (από το τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής), δυσκολεύοντας να δεχτεί τον "υποδεέστερο" ρόλο που είχε στην εκστρατεία, επίσης αποσύνδεσε από τους συντρόφους του από τις πρώτες μέρες μετά την άφιξη του στην Ελλάδα και ταξίδεψε ξεχωριστά στην Πελοπόννησο. Έτσι συνέχισε την έρευνα του στην Ελλάδα υπό εξαιρετικά δύσκολες υλικές συνθήκες μέχρι τον Αύγουστο του 1831, δηλαδή πολύ καιρό μετά την επιστροφή της επιστιμονικής αποστολής στη Γαλλία στο τέλος του έτους 1829. Ο Εζέν Εμανυέλ Αμωρύ Ντυβάλ (Amaury-Duval) θα δώσει "γραφικά" πορτρέτα από τους Κινέ και Vietty στα αναμνηστικά του, Souvenirs (1829-1830).

Έτσι, κάθε μέλος αυτού του τμήματος έφυγε προς διαφορετικές κατευθύνσεις και ο Ντυμπουά δεν κατάφερε να επιβάλει την εξουσία του και να τους εμποδίσει να το πράξουν. Αυτά τα γεγονότα προκάλεσαν τα μάλλον σαρκαστικά σχόλια από τον επίτροπο της Ακαδημίας, τον Ζωρζ Κυβιέ, ο οποίος επόπτευε το "ανταγωνιστικό" τμήμα των φυσικών επιστημών. Τα αποτελέσματά τους δεν θα δημοσιευθούν ποτέ. Το κύριο αρχαιολογικό έργο εκτελέστηκε στη συνέχεια από το τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής, στο οποίο εντάχθηκαν τα υπόλοιπα μέλη του τμήματος Αρχαιολογίας.

Τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής 
Δημιουργήθηκε στην Ακαδημία Καλών Τεχνών από τους Jean-Nicolas Hyot et Jean-Antoine Letronne, οι οποίοι διόρισαν τον Γκιγιώμ-Αμπέλ Μπλουέ (Abel Blouet) ως διευθυντή του. Το Ινστιτούτο της Γαλλίας του είχε προσθέσει, για να τον βοηθήσει, τον αρχαιολόγο Amable Ravoisié και τους ζωγράφους Frederic de Gournay και Pierre Achille Poirot. Ο αρχαιολόγος Λεόν-Ζαν-Ζοζέφ Ντυμπουά και οι ζωγράφοι Πιερ Φέλιξ Τρέζελ και Εζέν Εμανυέλ Αμωρύ Ντυβάλ εντάχθηκαν σε αυτό το τμήμα μετά τη διασπορά του τμήματος Αρχαιολογίας.

Ο αρχιτέκτονας Jean-Nicolas Huyot έδωσε πολύ συγκεκριμένες οδηγίες σε αυτό το τμήμα. Με την ευρεία εμπειρία του από την Ιταλία, την Ελλάδα, την Αίγυπτο και τη Μέση Ανατολή, και υπό την επιρροή των μηχανικών, ζήτησε στο τμήμα να διατηρήσει ένα πραγματικό αρχείο ανασκαφών όπου θα μπορούσαν να βρεθούν οι λεπτομέρειες που καταγράφηκαν από το ρολόι και την πυξίδα, να εκπονηθεί ένας χάρτης της καλυμμένης περιοχής, και να περιγράψει τη διαμόρφωση του εδάφους.

Διαδρομές 
Η δημοσίευση των αρχαιολογικών και καλλιτεχνικών έργων ακολουθεί το ίδιο σχέδιο με τη δημοσίευση των έργων των φυσικών επιστημών: διαδρομή με περιγραφές των δρόμων, των αξιοσημείωτων μνημείων σε αυτούς τους δρόμους, και περιγραφές των προορισμών. Έτσι, ο Τόμος Α' του Expedition scientifique de Morée, Architecture, Sculptures, Inscriptions et Vues du Péloponèse, des Cyclades et de l'Attique περιγράφει το Ναβαρίνο (σελίδες 1–7) με έξι σελίδες σχεδίων (σιντριβάνια, εκκλησίες, φρούριο του Ναβαρίνου και πόλη του Νέστορα). Στη συνέχεια, (σελίδες 9–10), η διαδρομή Ναβαρίνο-Μεθώνη αναλύεται με τέσσερις σελίδες σχεδίων (ερειπωμένη εκκλησία και οι τοιχογραφίες της, αλλά ακόμα και βουκολικά τοπία που υπενθυμίζουν ότι δεν είναι τόσο μακριά η Αρκαδία) και τέλος τρεις σελίδες για τη Μεθώνη με τέσσερις σελίδες σχεδίων. 
Τα βουκολικά τοπία είναι πολύ κοντά στο « πρότυπο » που πρότεινε ο Γάλλος ζωγράφος Hubert Robert για την εικόνα της Ελλάδας. Η παρουσία των στρατιωτών της εκστρατευτικής δύναμης είναι σημαντική και εναλλάσσεται με αυτή των Ελλήνων βοσκών: « (...) η γενναιόδωρη φιλοξενία και οι απλοί και αθώοι τρόποι μας υπενθύμισαν τους ωραίους χρόνους της ποιμαντικής ζωής στους οποίους η φαντασία έδωσε το όνομα της Χρυσής Εποχής και που φαινόταν να μας προσφέρει τους πραγματικούς χαρακτήρες των εκλογών του Θεόκριτου και του Βιργίλιος ».

Η αρχαιολογική αποστολή ταξίδεψε στο Ναβαρίνο (Πύλος), στη Μεθώνη, στη Κορώνη, στη Μεσσήνη και στην Ολυμπία (δημοσιεύτηκε στον πρώτο τόμο της έκδοσης). Στη συνέχεια, στο ναό του Επικούριου Απόλλωνα στις Βάσσες, στη Μεγαλόπολη, στη Σπάρτη, στη Μαντίνεια, στο Άργος, στις Μυκήνες, στην Τίρυνθα και στο Ναύπλιο (αντικείμενα του δεύτερου τόμου). Και μετά στις Κυκλάδες (Σύρος, Κέα, Μύκονος, Δήλος, Νάξος και Μήλος), στο ακρωτήριο του Σουνίου, στην Αίγινα, στην Επίδαυρος, στην Τροιζήνα, στη Νεμέα, στην Κόρινθος, στη Σικυώνα, στην Πάτρα, στην Ήλιδα, στην Καλαμάτα, στο Ακρωτήριο Ταίναρο, στη Μονεμβασιά, στην Αθήνα, στη Σαλαμίνα και στην Ελευσίνα (τρίτο τόμο).

Μέθοδοι εξερεύνησης και ταυτοποίηση της Αρχαίας Πύλου 
Η καλλιτεχνική και αρχαιολογική εξερεύνηση της Πελοποννήσου πραγματοποιήθηκε όπως ίσχυε, τότε, η πρακτική της αρχαιολογικής έρευνας στην Ελλάδα. Το πρώτο βήμα ήταν πάντα μια απόπειρα επαλήθευσης επιτόπου (μια μορφή αυτοψίας όπως έκανε ο Ηρόδοτος) των κειμένων των αρχαίων συγγραφέων: οι Όμηρος, Παυσανίας και Στράβων. Έτσι, στο Ακρωτήριο του Κορυφασίου κοντά στο Ναβαρίνο (ἄκρα Κορυφάσιον, Παλαιόκαστρο Ναυαρίνου ή Ζόνκιο), η θέση της πόλης του Ομηρικού βασιλιά Νέστορα, η περίφημη Πύλος, καθορίστηκε για πρώτη φορά από τα επίθετα απροσπέλαστα και αμμώδη (ἠμαθόεις) που απασχολούνται στην Ιλιάδα και την Οδύσσεια (Το ανάκτορο του Νέστορα, που βρίσκεται σε ένα λόφο πιο μακριά, δεν θα ανακαλυφθεί πριν το 1939, από τον Αμερικανό αρχαιολόγο Κάρολος Μπλέγκεν). Ο Μπλουέ πρόσθεσε: « Αυτές οι ελληνικές κατασκευές, τις οποίες κανένας σύγχρονος ταξιδιώτης δεν είχε αναφέρει ακόμα και τις οποίες είχα παρατηρήσει σε προηγούμενη κούρσα, ήταν για εμάς μια σημαντική ανακάλυψη και ένας πολύ πιθανός λόγος για να μας πείσει ότι είδαμε Την Πύλο της Μεσσηνίας. » Παρομοίως, λίγο πιο μακριά, για την πόλη Μεθώνη, την Ομηρική Πηδάσο: « τα αρχαία λείψανα του λιμανιού, των οποίων η περιγραφή ταιριάζει απόλυτα με εκείνη του Παυσανία, αρκούν για να προσδιορίσουν με βεβαιότητα τη θέση της αρχαίας πόλης ».

Οι πρώτες αρχαιολογικές ανασκαφές της Αρχαίας Μεσσήνης 
Μετά την εξερεύνηση του Ναβαρίνου, της Μεθώνης και της Κορώνης, τα μέλη του τμήματος πήγαν στην αρχαία Μεσσήνη (που ιδρύθηκε το 369 π.Χ. από τον Θηβαϊκό στρατηγό Επαμεινώνδα μετά τη νίκη του επί της Σπάρτης στη μάχη των Λεύκτρων), που βρίσκεται στις πλαγιές των Ορέων της Ιθώμης και της Εύας. Πέρασαν ένα ολόκληρο μήνα εκεί από τις 10 Απριλίου 1829, όπου τους υποδέχτηκαν θερμά οι κάτοικοι του χωριού Μαυρομμάτι. Ήταν οι πρώτοι αρχαιολόγοι που πραγματοποιούσαν επιστημονικές ανασκαφές σε αυτό το χώρο της κλασικής Ελλάδας.

Βρήκαν εκεί τα περίφημα οχυρωμένα περιμετρικά τοιχώματα του Επαμεινώνδα σε μια τέλεια κατάσταση συντήρησης. Δύο μνημειώδεις πόρτες άνοιξαν τον τοίχο, μία από τις οποίες (που περιλάμβανε ένα επιστύλιο εξαιρετικής διάστασης, μήκους περίπου 6 μέτρων) περιγράφηκε από τον Μπλουέ ως « ίσως η πιο όμορφη σε όλη την Ελλάδα ». Αυτό το περίβλημα αρχικά τους επέτρεψε να οριοθετήσουν τον τόπο και να « δώσουν ένα γενικό σχέδιο της Μεσσήνης με τις πιο προσεκτικές και ακριβείς τοπογραφικές λεπτομέρειες ». Στη συνέχεια προχώρησαν στην εκστρατεία εκσκαφής του αρχαιολογικού χώρου. Έφεραν στο φως για πρώτη φορά πολλά θραύσματα, όπως κερκίδες σταδίου, τύμπανα και κιονόκρανα στηλών, πρόπυλα, βωμοί, ανάγλυφα, γλυπτά και επιγραφές (σημειώθηκαν από τον Σαρλ Λενορμάν, που ήταν ακόμα παρών εκείνη την εποχή). Αυτές οι ανασκαφές, που έγιναν από τάφρους, τους επέτρεψαν να καθορίσουν τα ακριβή σχέδια των θεμελίων των μνημείων και να προτείνουν έτσι αποκατεστημένα μοντέλα του Σταδίου της Μεσσήνης και του Ηρώου του, καθώς και του μικρού θεάτρου ή Εκκλησιαστήριου. Ωστόσο, δεν βρήκαν όλα τα μνημεία, όπως το μεγάλο θέατρο ή η Κρήνη Αρσινόη. Βρήκαν μόνο τη Κρήνη της Κλεψύδρας (όπου ο Δίας, ως παιδί, πλύθηκε από τις νύμφες Ιθώμη και Νέδα, σύμφωνα με τον Παυσανία), που βρίσκεται ψηλότερα στο χωριό Μαυρομμάτι, και την περιέγραψαν και ζωγράφισαν.

Οι πρώτες αρχαιολογικές ανασκαφές της Ολυμπίας και η ανακάλυψη του ναού του Ολυμπίου Διός 
Στη συνέχεια, η αποστολή πέρασε έξι εβδομάδες από τις 10 Μαΐου 1829 στην Ολυμπία. Οι Λεόν-Ζαν-Ζοζέφ Ντυμπουά (Léon-Jean-Joseph Dubois, Τμήμα Αρχαιολογίας) και Γκιγιώμ-Αμπέλ Μπλουέ (Guillaume-Abel Blouet, Τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής) ανέλαβαν τις πρώτες ανασκαφές. Συνοδεύονταν από τους ζωγράφους Frédéric de Gournay, Pierre Achille Poirot, Πιερ Φέλιξ Τρέζελ (Pierre Félix Trézel) και Εζέν Εμανυέλ Αμωρύ Ντυβάλ (Amaury-Duval), καθώς και ένα στράτευμα πάνω από εκατό εργαζόμενους. 

Ο χώρος της Ολυμπίας είχε ανακαλυφθεί από τον Άγγλο αρχαιολόγο Ριχάρδος Τσάντλερ (Richard Chandler) το 1766. Από τότε, τον είχαν επισκεφθεί πολλοί ταξιδιώτες όπως οι Φωβέλ (Louis Fauvel) το 1787, Πουκεβίλ (François Pouqueville) το 1799, Ληκ (William Martin Leake) το 1805, Γκέλ (William Gell) το 1806, και Κόκρελ (Charles Robert Cockerell) το 1811. Η γενική ταύτιση του από τους αρχαιολόγους της εκστρατείας του Μοριά έγινε δυνατή χάρη στις ακριβέστερες περιγραφές του Ντόντγουελ (Edward Dodwell) το 1806 (για τον Ντυμπουά) και στον χάρτη του Στάνχοπ (John Spencer Stanhope) το 1813 (για τον Μπλουέ). Τα περισσότερα από τα κτίρια ήταν πράγματι αόρατα, διότι, όπως σημείωσε ο Αμπέλ Μπλουέ, έπρεπε να είχαν καλυφθεί από ένα παχύ στρώμα ιζημάτων λόγω των συχνών υπερχειλίσεων των ποταμών Αλφειού και Κλαδέου.
Μόνο ένα μεγάλο δωρικό κομμάτι στήλης ήταν ορατό. Είχε ήδη εντοπιστεί από προηγούμενους ταξιδιώτες επειδή οι κάτοικοι των γειτονικών χωριών είχαν σκάψει τάφους εκεί για να απελευθερώσουν την πέτρα, αλλά κανείς δεν το είχε αποδώσει με βεβαιότητα στο ναό του Δία. Ο Αμπέλ Μπλουέ διευκρίνισε: « Συνεπώς, δεν μπορεί να υπάρξει καμιά συγκεκριμένη άξια για την ανακάλυψη του μνημείου εκεί. Αλλά αυτό που θα μπορούσε να είναι μια ανακάλυψη, ήταν να βρεθούν στοιχεία ότι αυτό το μνημείο ήταν όντως ο διάσημος ναός του Ολυμπίου Διός. Και αυτό είναι ό, τι οι ανασκαφές μας, μας έδωσαν τη δυνατότητα να αποδείξει. Όταν φτάσαμε στην Ολυμπία, ο κ. Ντυμπουά, διευθυντής του τμήματος αρχαιολογίας της αποστολής μας, βρέθηκε ήδη εκεί για μερικές μέρες μαζί με τους συνεργάτες του, τους κυρίους Τρέζελ και Αμωρύ Ντυβάλ. Σύμφωνα με τις οδηγίες που του δόθηκαν από την επιτροπή του Ινστιτούτο της Γαλλίας, αυτός ο αντικέρ (Ντυμπουά) είχε ξεκινήσει τις ανασκαφές, το αποτέλεσμα της οποίας ήταν η ανακάλυψη των πρώτων θεμελίων δύο κιόνων του Πρόναου και ορισμένων θραυσμάτων γλυπτικής. » Τα αρχαιολογικά συμβούλια του Jean-Nicolas Huyot έτσι ακολουθήθηκαν. Ο Ντυμπουά έβαλε τους εργάτες του στην μπροστινή πλευρά του ναού και ο Μπλουέ στην πίσω πλευρά του ναού, έτσι ώστε αυτές οι ανασκαφές να είναι όσο το δυνατόν εκτενέστερες. Ο ζωγράφος Αμωρύ-Ντυβάλ επίσης έδωσε στα αναμνηστικά του, Souvenirs (1829-1830), μια προσωπική, άμεση και ακριβή μαρτυρία των γεγονότων που οδήγησαν στην ακριβή αναγνώριση του Ναού του Δία στην Ολυμπία, ο οποίος καθορίστηκε έτσι για πρώτη φορά.
Εδώ και πάλι, οι ακριβείς περιγραφές από τον Παυσανία (που επισκέφθηκε το χώρο κατά τον 2ο αιώνα μ.Χ.) των γλυπτών, των δομικών στοιχείων του ναού και των μετοπών που αποδίδουν τους Άθλους του Ηρακλή, αποδείχθηκαν κρίσιμες για την επικύρωση της ταυτότητας του ναού του Δία. Αυτά τα γλυπτά, τα οποία μαρτυρούν τις αρχές της κλασσικής τέχνης και του αυστηρού ρυθμού, προκάλεσαν μεγάλη εντύπωση στους αρχαιολόγους επί τόπου ή στην Ακαδημία στο Παρίσι με το "νέο" τύπο τους, που χαρακτηρίστηκε από έναν νατουραλισμό απροσδόκητο σχετικά με αυτά που γνώριζαν εκείνη την εποχή των αρχών του 19ου αιώνα.

Όπως και με τις ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν στην αρχαία Μεσσήνη, ο αρχαιολογικός χώρος χωρίστηκε τοπογραφικά σε τετράγωνα, τάφροι σκάφτηκαν, οι ανασκαφές πραγματοποιήθηκαν σε ευθείες γραμμές, μοντέλα αποκατάστασης προτάθηκαν: η αρχαιολογία γινόταν ορθολογική. Το απλό κυνήγι θησαυρού τότε άρχισε να εγκαταλείπεται. Η κύρια συνεισφορά της επιστημονικής αποστολής του Μοριά ήταν όντως η πλήρη αδιαφορία της στις λεηλασίες, στο κυνήγι θησαυρών και στην αρχαιοκαπηλία. Ο Μπλουέ αρνήθηκε να κάνει ανασκαφές που θα μπορούσαν να βλάψουν τα μνημεία, και απαγόρευε τον ακρωτηριασμό των αγαλμάτων για ένα μόνο κομμάτι και χωρίς ιδιαίτερο ενδιαφέρον για το υπόλοιπο, όπως είχε κάνει ο Έλγιν στον Παρθενώνα είκοσι πέντε χρόνια πριν. Για το λόγο αυτό οι τρεις μετόπες του Ναού του Δία που ανακαλύφθηκαν στην Ολυμπία μεταφέρθηκαν στο σύνολό τους (στο Μουσείο του Λούβρου με την άδεια της Ελληνικής κυβέρνησης του Ιωάννη Καποδίστρια). Ωστόσο, ορισμένα πολύτιμα έργα που είχαν ανασκαφεί οι αρχαιολόγοι εκεί, τα ξανατάφηκαν προκειμένου να τα προστατεύσουν, σύμφωνα με την άμεση μαρτυρία του Αμωρύ-Ντυβάλ. Αυτή η επιθυμία να προστατευθεί την ακεραιότητα του μνημείου αποτελούσε από μια πραγματική επιστημολογική πρόοδος.

Η Βυζαντινή Ελλάδα 

Το ενδιαφέρον των Γάλλων δεν περιοριζόταν στην αρχαιότητα. Περιέγραψαν, συνέταξαν τα σχέδια και ζωγράφισαν και τα βυζαντινά μνημεία. Πολύ συχνά και μέχρι τότε ανάμεσα στους ταξιδιώτες, μόνο η αρχαία Ελλάδα είχε σημασία, η μεσαιωνική και η σύγχρονη Ελλάδα αγνοήθηκε. Ο Μπλουέ, στο Expedition scientifique de Morée ; Architecture, Sculptures, Inscriptions et Vues du Péloponèse, des Cyclades et de l'Attique του, έδωσε πολύ ακριβείς περιγραφές των εκκλησιών που είδε, ιδιαίτερα εκείνες του Ναβαρίνου (Ιερός Ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος, εντός του Νιόκαστρου), του Όσφινου (κατεστραμμένο χωριό που δεν υπάρχει πια), της Μεθώνης (Ιερός Ναός του Αγίου Βασίλειος), της Ανδρούσας (Ιερός Ναός του Αγίου Γεωργίου), της Σαμαρίνας (Ιερός Ναός Ζωοδόχου Πηγής) ή της Ιεράς Μονής της Παναγίας του Βουλκάνου (ή Βουρκάνου) μεταξύ άλλων. Για παράδειγμα, οι πλάκες 19 και 20 του τόμου Ι περιγράφηκαν ως εξής: « Άποψη, σχέδιο και τομή του βυζαντινού ναού Ζωοδόχου Πηγής (Σαμαρίνα). Αυτή η εκκλησία, η πληρέστερη και η καλύτερα διατηρημένη από όλες εκείνες που έχουμε δει στην Ελλάδα, είναι αξιοσημείωτη από την επιπλοκή των στεγών της που της προσδίδουν ένα πολύ γραφικό χαρακτήρα. Όπως όλα τα μνημεία αυτού του είδους, η κατασκευή του αποτελείται από πέτρες και τούβλα που συνδέονται με ένα κονίαμα γης και ασβέστη. Στο εσωτερικό, το οποίο καλύπτεται εξ ολοκλήρου από τοιχογραφίες που αντιπροσωπεύουν θέματα που προέρχονται από την Αγία Γραφή, υπάρχουν δύο στήλες με μαρμάρινο φλοιό, που στηρίζουν τη μία πλευρά του τρούλου στη μέση. Δύο κολόνες και δύο πέτρινες στήλες μαυρισμένες από το χρόνο στηρίζουν το στεγασμένο διόδιο εισόδου της κύριας πρόσοψης. Και μια άλλη στήλη, επίσης από πέτρα, φέρει τη γωνία του πλευρικού στεγασμένου διοδίου εισόδου. Κοντά στην εκκλησία υπάρχουν θραύσματα από κίονες που φαίνεται ότι ανήκαν σε αρχαίο μνημείο ».

Ίδρυση της Γαλλικής Σχολής Αθηνών 
Τα αποτελέσματα της επιστημονικής εκστρατείας του Μοριά υπογράμμισαν την ανάγκη δημιουργίας μιας μόνιμης και σταθερής δομής που θα επέτρεπε τη συνέχιση της εργασίας της. Από το 1846, έγινε δυνατή η « συστηματική και μόνιμη συνέχιση του έργου που ξεκίνησε τόσο ένδοξα και τόσο ευτυχώς από την επιστημονική εκστρατεία του Μοριά » χάρη στην ίδρυση και στην εγκατάσταση οδός Διδότου, στους πρόποδες του Λυκαβηττού, της Γαλλικής Σχολής Αθηνών.

Τέλος της επιστημονικής αποστολής 
Η συντριπτική πλειοψηφία των μελών της επιστημονικής εκστρατείας υπέστη μεγάλες ζημιές από τους πυρετούς κατά τη διάρκεια της παραμονής τους στο Μοριά.

Η μπριγκάντα τοπογραφίας χτυπήθηκε σκληρά: « από δεκαοκτώ αξιωματικούς που είχαν διατεθεί διαδοχικά στο τοπογραφικό έργο του Μοριά, τρεις είχαν πεθάνει εκεί και δέκα, των οποίων η υγεία καταστράφηκε για πάντα, αναγκάστηκαν να συνταξιοδοτηθούν ». Ο Λοχαγός Πετιέ έγραψε το 1834: « είναι η γεωδαισία που καταστρέφει την υγεία μου και δεν θέλω να την κάνω πλέον στα βουνά, με οποιοδήποτε κόστος ». Ως εκ τούτου, αναγκάστηκαν να εργάζονται μόνο κατά τη διάρκεια της δροσερής περιόδου και να σταματήσουν το καλοκαίρι, την εποχή κατά την οποία σχεδίαζαν τους χάρτες τους. Ο Ζαν-Μπατίστ Μπορί ντε Σαιν-Βενσάν δήλωσε εν τω μεταξύ: « Η φρικτή ζέστη που μας έπληξε τον Ιούλιο έβαλε, εξάλλου, όλη την τοπογραφική ταξιαρχία σε απόγνωση. Αυτοί οι κύριοι, έχοντας δουλέψει στον ήλιο, αρρώστησαν σχεδόν όλοι και είχαμε τον πόνο να δούμε τον κ. Dechièvre να πεθαίνει στη Νάπολη πριν από οκτώ μέρες ». Ο γεωλόγος Émile Puillon Boblaye: « Από τους δώδεκα αξιωματικούς που απασχολούνταν στην υπηρεσία τοπογραφίας, δύο πέθαναν και όλοι αρρώστησαν. Χάσαμε επίσης δυο σαππάρους και έναν υπηρέτη ». 

Όσον αφορά το τμήμα των Φυσικών επιστημών, ενώ τα μέλη του εξερευνούσαν το στόμα του Ευρώτα τον Ιούλιο του 1829, δαγκώθηκαν από ένα είδος κουνουπιών (το οποίο ο Gaspard Auguste Brullé περιέγραψε για πρώτη φορά ως Culex kounoupi Br.), καθώς είχαν ξεχάσει να εγκαταστήσουν τα δίχτυα κατά των κουνουπιών στις σκηνές τους. Οι Pierre Théodore Virlet d'Aoust, Sextius Delaunay, Prosper Baccuet, Gaspard Auguste Brullé, τρία μουλαράδες, δύο σαππάροι, ένα διερμηνέας και ο υπηρέτης Villars είχαν προσβληθεί από βίαιο πυρετό, ο οποίος μερικές φορές επιδεινώθηκε σε παραλήρημα και προκάλεσε την αναχώρηση του τμήματος για τη Μονεμβασιά, αναστέλλοντας έτσι τα έργα τους. Ο Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν, ένα από τα μόνα μέλη του τμήματος που είχε απαλλαγεί από την ασθένεια, πήρε ένα καΐκι και αμέσως πήγε στο Ναύπλιο δια θαλάσσης, παρά τις καταιγίδες, για να ζητήσει βοήθεια. Ο Βαυαρός φιλέλληνας γιατρός, ο κ. Zuccarini, μεταφέρθηκε έπειτα στη Μονεμβασιά και έσωσε όλους τους ασθενείς του, εκτός από έναν σαππάρη και τον υπηρέτη Villars που πέθαναν και οι δύο. Ο Πρόεδρος Ιωάννης Καποδίστριας έθεσε στη διάθεση τους ένα ατμόπλοιο για να τους επαναπατρίσει στο Ναύπλιο και, στη συνέχεια, στη Γαλλία. Οι Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν, Πιερ Φέλιξ Τρέζελ, Virlet d'Aoust και Πετιέ θα εξερευνήσουν αργότερα τις Κυκλάδες και την Αττική. Στο τμήμα Αρχαιολογίας, επίσης επηρεάστηκαν από τον πυρετό οι Λεόν-Ζαν-Ζοζέφ Ντυμπουά, Εντγκάρ Κινέ και Αμωρύ-Ντυβάλ, οι οποίοι επίσης επαναπατρίστηκαν πρόωρα στη Γαλλία.

Μόνο οι Jean-Baptiste Vietty και Πιερ Πετιέ συνέχισαν την έρευνα τους στη χώρα, μέχρι τον Αύγουστο του 1831 για τον πρώτο, και τον Μάρτιο του 1836 για το δεύτερο.

Μέλη της Εκστρατείας του Μοριά 

Μεταξύ των μελών της εκστρατείας που ήταν παρόντες στον Μοριά, δέκα θα διοριστούν στη συνέχεια Υπουργοί (Πολέμου, Ναυτικού ή Εξωτερικών Υποθέσεων στη Γαλλία, ή Εκκλησιαστικών και Παιδείας στην Ελλάδα για τον Μιχαήλ Σχινά) και ένας από αυτούς Πρωθυπουργός (Εζέν Καβαινιάκ).

Δημοσιεύσεις της Εκστρατείας του Μοριά 
Μετά την επιστροφή τους στη Γαλλία, τόσο οι στρατιώτες όσο και οι επιστήμονες της αποστολής του Μοριά μοιράστηκαν την εμπειρία τους ή παρουσίασαν τα επιστημονικά τους αποτελέσματα σε πολυάριθμα έργα που δημοσιεύθηκαν κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα.

Στρατιωτική αποστολή 

 Charles-Joseph Bastide, Considérations sur les maladies qui ont régné en Morée, pendant la campagne de 1828 (Internet Archive). Thèse présentée publiquement et soutenue à la Faculté de médecine de Montpellier, le 19 mars 1830, par Charles-Joseph Bastide, Chirurgien-Major du 16e Régiment d'infanterie de ligne, pour obtenir le grade de Docteur en Médecine, imprimeur Jean Martel Aîné, Montpellier, 1830.
J.F. Bessan, Souvenirs de l'expédition de Morée en 1828, suivis d'un mémoire historique sur Athènes, avec le plan de cette ville (Google books), Impr. Henri Gomont, Valognes, 1835.
 Denis Bousquet, Mon voyage en Grèce ou relation de notre campagne sur la fin de l'année 1828, impr. de Marius Olive, Marseille, 1829.
 Eugène Cavaignac, Lettres d'Eugène Cavaignac, Expédition de Morée (1828-1829) (Gallica - BnF), Revue des deux Mondes, 141, 1er Mai 1897.
 Lucien Davesiès de Pontès, Études sur l'Orient, par Lucien Davesiès de Pontès, précédées d'une notice biographique par le bibliophile Jacob (Gallica - BnF), et Notes sur la Grèce : Journal d'un lieutenant de Frégate de 1828-33, œuvres posthumes, Michel Lévy Frères, Paris, 1864.
 Alexandre Duheaume, Souvenirs de la Morée, pour servir à l'histoire de l'expédition française en 1828-1829. (Gallica - BnF), Anselin, Paris, 1833.
 Jacques Louis Lacour, Excursions en Grèce pendant l'occupation de la Morée par l'armée française en 1832-33 (Google books), Arthur Bertrand, Paris, 1834
Nicolas-Joseph Maison: dépêches adressées au ministre de la Guerre Louis-Victor de Caux, vicomte de Blacquetot, octobre 1828, in Jacques Mangeart, Chapitre Supplémentaire des Souvenirs de la Morée: recueillis pendant le séjour des Français dans le Peloponèse, Igonette, Paris, 1830.
Gaspard Roux, Histoire médicale de l'armée française en Morée, pendant la campagne de 1828 (Google books), Méquignon l'aîné père, Paris, 1829.
Soult de Dalmatie, La Grèce après la campagne de Morée, Revue Des Deux Mondes (1829-1971), 1/2, première série, 7-87, 1831.
Jacques Mangeart, Souvenirs de la Morée: recueillis pendant le séjour des Français dans le Peloponèse (Google books), Igonette, Paris, 1830.
Ζακ Μανζάρ, Αναμνήσεις από τας Πάτρας (1828-1829), Η δημιουργία μιας νέας πόλης, Εκδόσεις Φαρφουλάς, Αθήνα, 2019.
Γαλλο-Ελληνική εφημερίδα «Le Courrier d'Orient» (Ο ταχυδρόμος της Ανατολής), Πάτρα, 1829.

Επιστημονική αποστολή

Τμήμα Φυσικών Επιστημών 
Οι επιστήμονες του τμήματος Φυσικών Επιστημών δημοσίευσαν τα ευρήματα τους σε έξη βιβλία που περιείχαν Τρεις Τόμοι (δεμένα σε πέντε Μέρη) και έναν Άτλαντα (ο έκτος Μέρος) με τίτλος: « Expédition scientifique de Morée », Section des sciences physiques, Ministère de l'éducation nationale, France. Commission scientifique de Morée, F.G. Levrault, Paris, 1832-36:

Τόμος Α΄: Relation (1836) par M. Bory de Saint-Vincent.
Τόμος Β΄: Μέρος πρώτο: Géographie et géologie (1834) par M. Bory de Saint-Vincent.
Τόμος Β΄: Μέρος δεύτερο: Géologie et minéralogie (1833) par MM. Puillon de Boblaye et Théodore Virlet.
Τόμος Γ΄: Μέρος πρώτο: Zoologie (1832): Première section (Vertébrés, Mollusques et Polypiers) par MM. Geoffroy Saint-Hilaire père et fils, Bibron, Deshayes et Bory de Saint-Vincent. Deuxième section (Animaux articulés) par M. Brullé et Guérin.
Τόμος Γ΄: Μέρος δεύτερο: Botanique (1832) par MM. Fauché, Inspecteur général du service de santé pour les graminées; Adolphe Brongniart pour les orchidées; Chaubard et Bory de Saint-Vincent pour le reste de la Phanérogamie; cе dernier collaborateur s'est réservé la cryptogamie.
Άτλας: Atlas (1835): Relation (Cartes & Vues de Paysages), Géologie (Coupes & Roches), Zoologie (Vertébrés & Invertébrés), Botanique.

Άλλα έργα ολοκληρώνουν αυτό το μεγάλο έργο:

Nouvelle Flore du Péloponnèse et des Cyclades par M. Bory de Saint-Vincent, édition revue et augmentée de Flore de Morée. de 1832, F.G. Levrault, Paris, 1838
Recherches géographiques sur les ruines de Morée pat M. Émile Puillon Boblaye, F.G. Levrault, Paris, 1836.
Notice sur les opérations géodésiques exécutées en Morée, en 1829 et 1830, par MM. Peytier, Puillon-Boblaye et Servier ; suivie d’un catalogue des positions géographiques des principaux points déterminés par ces opérations, par MM. Pierre Peytier, Émile Puillon Boblaye et Aristide-Camille Servier, στο Bulletin de la Société de géographie, τόμος 19 n°117-122 (Ιαν-Ιούνιος 1833)
The Peytier Album, Liberated Greece and the Morea Scientific Expedition, in the Stephen Vagliano Collection, Λεύκωμα του Pierre Peytier, Δημοσιεύθηκε από την Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος, Αθήνα, 1971.
Percement de l'isthme de Corinthe par M. Pierre Théodore Virlet d'Aoust, p. 408-421, Bulletin de la Société de géographie, tome 2, 1881.

Τμήμα Αρχαιολογίας 

De la Grèce moderne, et de ses rapports avec l'antiquité par M. Edgar Quinet, F.G. Levrault, Paris, 1830.
Souvenirs (1829-1830) par M. Eugène Emmanuel Amaury Duval, Librairie Plon, E. Plon, Nourrit et Cie, imprimeurs-éditeurs, Paris, 1885.
Journal de voyage de M. Trézel (αδημοσίευτο) par M. Pierre Félix Trézel, Εθνική Βιβλιοθήκη της Γαλλίας - BnF, n. acq. fr. 1849, fol. 19r, 21 Ιουλίου 1829.
Jean-Baptiste Vietty et l'Expédition de Morée (1829). À propos de deux manuscrits retrouvés » par Stéphane Gioanni, Journal des Savants, De Boccard, 2008, 2 (1), σελ. 383 - 429. 
Mémoire sur l'état présent de la Morée (Υπόμνημα για την κατάσταση της Πελοποννήσου στα 1830) par M. Michel Schinas (Μιχαήλ Σχινάς), Αρχεία της Académie des Sciences του Institut de France, Φάκελος Commission de Morée (1830). Παναγιωτοπούλου–Γαβαθά, Α. (2016). Ένα υπόμνημα του Μ. Σχινά για την κατάσταση της Πελοποννήσου στα 1830. Σχολιασμένη έκδοση. The Gleaner, 11, 333-362. doi:https://doi.org/10.12681/er.9408

Τμήμα Αρχιτεκτονικής και Γλυπτικής 

Τόμος Α΄: Expedition scientifique de Morée ordonnée par le Gouvernement Français ; Architecture, Sculptures, Inscriptions et Vues du Péloponèse, des Cyclades et de l'Attique (1831) par MM. Abel Blouet, Amable Ravoisié, Achille Poirot, Félix Trézel et Frédéric de Gournay, Firmin Didot, Paris.
 Τόμος Β΄: Expedition scientifique de Morée ordonnée par le Gouvernement Français ; Architecture, Sculptures, Inscriptions et Vues du Péloponèse, des Cyclades et de l'Attique (1833) par MM. Abel Blouet, Amable Ravoisié, Achille Poirot, Félix Trézel et Frédéric de Gournay, Firmin Didot, Paris.
 Τόμος Γ΄: Expedition scientifique de Morée ordonnée par le Gouvernement Français ; Architecture, Sculptures, Inscriptions et Vues du Péloponèse, des Cyclades et de l'Attique (1838) par MM. Abel Blouet, Amable Ravoisié, Achille Poirot, Félix Trézel et Frédéric de Gournay, Firmin Didot, Paris.

Βιβλιογραφία

Πηγές 

Bourguet Marie-Noëlle, Lepetit Bernard, Nordman Daniel, Sinarellis Maroula , L’Invention scientifique de la Méditerranée. Égypte, Morée, Algérie., Éditions de l’EHESS, 1998. 
Brewer David , The Greek War of Independence : The Struggle for Freedom from Ottoman Oppression and the Birth of the Modern Greek Nation, New York, The Overlook Press, 2001, 393 p. (ISBN 978-1-58567-395-7)
Brunet de Presle Wladimir, Blanchet Alexandre , La Grèce depuis la conquête romaine jusqu’à nos jours, Firmin Didot, Paris, 1860, 589 p.
Contogeorgis Georges , Histoire de la Grèce, Paris, Hatier, coll. Nations d'Europe, 1992, 477 p. (ISBN 978-2-218-03841-9)
Δεσποτόπουλος Αλέξανδρος, Απόφαση για την αποστολή γαλλικού στρατού στην Πελοπόννησο, Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, τομ. ΙΒ΄, Εκδοτική Αθηνών, (1975), σελ. 501.
Διαμαντούρου Ιωάννα, Άφιξη του γαλλικού στρατού στην Πελοπόννησο και αποχώρηση του Ιμπαρήμ και των αιγυπτιακών στρατευμάτων, Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, τομ. ΙΒ΄, Εκδοτική Αθηνών, (1975), σελ. 506-508.
Driault Édouard, Lhéritier Michel , Histoire diplomatique de la Grèce, de 1821 à nos jours, tome I et II, Paris, Les presses universitaires de France, 1925.
Gioanni Stéphane , « Jean-Baptiste Vietty et l'Expédition de Morée (1829). À propos de deux manuscrits retrouvés », Journal des Savants, De Boccard, 2008, 2 (1), pp.383 - 429. 
Hugo Abel , France militaire. Histoire des armées françaises de terre et de mer de 1792 à 1837. Delloye, 1838.
Θεμελή-Κατηφόρη Δέσποινα, Το Γαλλικό Ενδιαφέρον για την Ελλάδα στην Περίοδο του Καποδίστρια 1828-1831, Αθήνα, εκδ. Επικαιρότητα, 1985.
Καλογεράκου Πηγή Π., Η συμβολή του Γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην αποκατάσταση των φρουρίων και των πόλεων της Μεσσηνίας, στο Οι πολιτικοστρατιωτικές σχέσεις Ελλάδας - Γαλλίας (19ος - 20ός αι.), Διεύθυνση Ιστορίας Στρατού, 13-41, Αθήνα, 2011.
Καποδίστριας Ιωάννης, Επιστολαί Ι. Α. Καποδίστρια, Κυβερνήτου της Ελλάδος (μεταφρασθείσαι εκ του Γαλλικού παρά Μιχαήλ Γ. Σχινά), Αθήνησιν, Τύποις Κωνσταντίνου Ράλλη, 1841-43.
Λιβιεράτος Ευάγγελος (Evangelos Livieratos), Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Mapping Greece in 19th Century, website. E. Livieratos 2009, Cartographic adventures of Greece 1821-1919, Athens: MIET/ELIA; p. 287, 
Kastanis Andreas , The teaching of mathematics in the Greek military academy during the first years of its foundation (1828–1834), Historia Mathematica, vol. 30, no 2,‎ mai 2003, p. 123-139 ()
Μπαλωτή, Ξένη Δ., Ο στρατάρχης Ν.Ζ. Μαιζών (1771-1840) - Ένας Μεγάλος Γάλλος Φιλέλληνας, εκδ. Ελληνική Ευρωεκδοτική, Αθήνα, 1993 (περίληψη στα ελληνικά της Διατριβής που είναι στα γαλλικά)
Polychronopoulou Olga , Archéologues sur les pas d’Homère. La naissance de la protohistoire égéenne., Noêsis, Paris, 1999. 
Σαΐτας Γιάννης et al., Το έργο της γαλλικής επιστημονικής αποστολής του Μοριά 1829-1838, Επιμέλεια Γιάννης Σαΐτας, Εκδόσεις Μέλισσα, 2011 (Μέρος Α΄) - 2017 (Μέρος Β΄)
Sivignon Michel (Μισέλ Σιβινιόν) , Université Paris X - Nanterre, Les enseignements de la carte de Grèce à l’échelle de 1/200.000 (publiée en 1852) (Πέργαμος - Ψηφιακής Βιβλιοθήκης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστήμιου Αθηνών, ΕΚΠΑ). Ανακοίνωση που παρουσιάστηκε στο συνέδριο Γυθείου - Αρεόπολης Λακωνίας « Voyageurs et expéditions scientifiques: témoignages sur l'espace et la société de Mani », 4-7 Νοεμβρίου 1993 και που δημοσιεύθηκε στο « Mani. Témoignages sur l’espace et la société. Voyageurs et expéditions scientifiques (15°-19° siècle) », Athènes, Institut d’Études Néo-helléniques, 1996, p. 435-445.
Schmitz Jean , Territorialisation du savoir et invention de la Méditerranée, dans Cahiers d’études africaines, n°165 (2002)
Σιμόπουλος Κυριάκος, Ξενοκρατία, μισελληνισμός και υποτέλεια, εκδ. Στάχυ, Αθήνα, 1997, σελ. 450-455.
Σιμόπουλος Κυριάκος, Ξένοι Ταξιδιώτες στην Ελλάδα, τομ. 1-4, χ.ε. 1970-76, εκδ. Στάχυ, 2001
Σιμόπουλος Κυριάκος, Πως είδαν οι Ξένοι την Ελλάδα του '21 (1821-1829), τομ. 1-5, χ.ε. 1979-82, εκδ. Πιρόγα, 2007.
Τσαγκαράκη Αναστασία, Οι Γάλλοι Φιλέλληνες στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας (1821-1831), Εταιρία για τον Ελληνισμό και Φιλελληνισμό, 2016.
Τσιρίγος Αντώνης Κ., Το καποδιστριακό Σχολείο της Μεθώνης, 1829-2016, πρόλογος από τον καθηγητή Πέτρο Θεμέλη, Έκδοση Ιδιωτική, Αθήνα, 2017.

Τζανάκος Νίκος, Η γαλλική εκστρατεία στον Μοριά και ο στρατάρχης Μαιζών, Εκδόσεις Πικραμένος, Πάτρα, 2017.
Vaulabelle Archibald de , Histoire des deux Restaurations, jusqu’à l'avènement de Louis-Philippe, de janvier 1813 à octobre 1830., Perrotin, 1860.
Woodhouse C. M. , The Philhellenes, London, Hodder and Stoughton, 1969, 192 p. (ISBN 034010824X)
Zambon Alessia (pref. Alain Schnapp) , Aux Origines de l’archéologie en Grèce : Fauvel et sa méthode, Paris cths et INHA, 2014, 351 p. (ISBN 978-2-7355-0822-8)
Collective , An Index of events in the military history of the greek nation, Athens, Hellenic Army General Staff, Army History Directorate, 1998, 1st ed., 471 p. (ISBN 978-960-7897-27-5)
Le Courrier d'Orient , γαλλόφωνη εφημερίδα που εκδόθηκε από τον Μαξίμ Ρεμπώ (Maxime Raybaud) στη Πάτρα ανάμεσα στο 1828 και 1829 κατά την διάρκεια της γαλλικής εκστρατείας στη Πελοπόννησο.
 The Expedition scientifique de Moree and a map of the Peloponnesus. στην ιστοσελίδα του πανεπιστήμιου του Stanford.

Αναφορές και σημειώσεις

Αναφορές

Σημειώσεις 

Ελληνική Επανάσταση του 1821
Ιστορία της Γαλλίας
Ε
Ελληνογαλλικές σχέσεις