أساسيات

نظام التعليقات البكتيرية (نظام التعليقات التوضيحية البكتيرية) هو خادم ويب متاح مجانًا يمكن إستخدامه لإجراء تعليق توضيحي آلي شامل للجينومات البكتيرية. مع ظهور الجيل التالي من تسلسل الحمض النووي، أصبح من الممكن الآن تسلسل الجينوم الكامل للبكتيريا (عادةً حوالي 4 ملايين قاعدة) في غضون يوم واحد. وقد أدى ذلك إلى إنفجار في عدد الميكروبات المتسلسلة بالكامل. في الواقع، إعتبارًا من عام 2013، كان هناك أكثر من 2700 جينوم بكتيري متسلسل بالكامل أودع في جينبنك. ومع ذلك، فإن التحدي المستمر لعلم الجينوم الميكروبي هو العثور على الموارد أو الأدوات لتوضيح العدد الكبير من الجينومات المتسلسلة حديثًا. طور نظام التعليقات البكتيرية في عام 2005 تحسبًا لهذه الإحتياجات. في الواقع، كان نظام التعليقات البكتيرية أول خادم ويب للتعليقات التوضيحية للجينوم الميكروبي في العالم يمكن الوصول إليه بشكل عام. نظرًا لشعبيته الواسعة النطاق، حُدّث خادم نظام التعليقات البكتيرية في عام 2011 من خلال إضافة عقد خادم متعددة للتعامل مع العدد الكبير من الإستعلامات التي كان يتلقاها.

صمم خادم نظام التعليقات البكتيرية لقبول إما بيانات الجينوم المجمعة (بيانات تسلسل الحمض النووي الخام) أو التخصيصات البروتينية الكاملة كمدخلات. إذا وفِّرت تسلسل الحمض النووي الخام، فإن نظام التعليقات البكتيرية تستخدم جليمبر (الإصدار 2.1.3) لتحديد الجينات. الناتج من نظام التعليقات البكتيرية عبارة عن تعليق توضيحي شامل على مستوى الجينوم (مع حوالي 60 حقلاً فرعيًا للتعليق لكل جين) وخريطة جينوم قابلة للزووم ومرتبطة تشعبيًا لجينوم الإستعلام. يستخدم نظام التعليقات البكتيرية ما يقرب من 30 برنامجًا مختلفًا لتحديد والتعليق على أسماء الجينات/البروتين، ووظائف ج و، ووظائف سي و ج، والمشابهات وتقويم العظام الممكنة، والوزن الجزيئي، والنقطة الكهربية، وبنية المشغل، والتوطين دون الخلوي، وببتيدات الإشارة، ومناطق الغشاء، والبنية الثانوية، والبنية ثلاثية الأبعاد، ردود الفعل والمسارات. القائمة الكاملة للبرامج المستخدمة من قبل نظام التعليقات البكتيرية مذكورة أدناه:

بالإضافة إلى التعليق التوضيحي الشامل لكل جين/بروتين في جينوم الاستعلام، ينشئ نظام التعليقات البكتيرية أيضًا خرائط دائرية ملونة وقابلة للنقر وقابلة للتكبير والتصغير بالكامل لكل كروموسوم إدخال. أنشئت خرائط الجينوم البكتيري بإستخدام برنامج يسمى سي ج منظر (عارض الجينوم الدائري) والذي طُورت في عام 2004. صممت خرائط الجينوم للسماح بالتنقل السريع والتصور التفصيلي لجميع التعليقات التوضيحية الجينية التي نشأت بواسطة نظام التعليقات البكتيرية. يستغرق تشغيل نظام التعليقات البكتيرية الكامل حوالي 16 ساعة لمتوسط كروموسوم بكتيري (حوالي 4 ميجا بايت). يمكن عرض تعليقات نظام التعليقات البكتيرية وتنزيلها بشكل مجهول أو من خلال نظام وصول محمي بكلمة مرور. ستقوم نظام التعليقات البكتيرية بتخزين تعليقات الجينوم البكتيري على الخادم لمدة أقصاها 180 يومًا. تتعامل نظام التعليقات البكتيرية مع ما يقرب من 1000 طلب في السنة. يمكن الوصول إلى نظام التعليقات البكتيرية على https://www.basys.ca/

نطاق ووصول 
جميع البيانات في BacMap ليست ملكية أو مشتقة من مصدر غير مملوك. يمكن الوصول إليه مجانًا ومتاح لأي شخص. بالإضافة إلى ذلك، يمكن تتبع كل عنصر من عناصر البيانات تقريبًا وإشارته صراحة إلى المصدر الأصلي. تتوفر بيانات BacMap من خلال واجهة ويب عامة وتنزيلات.

أنظر أيضًا 

 علم الجينوم الوظيفي
 بكتيريا
 الجينوم
 علم الاحياء المجهري

مراجع 

كيمياء حيوية
قواعد بيانات حيوية