Ernstige akute respiratoriese sindroom koronavirus 2

Ernstige akute respiratoriese sindroom koronavirus 2 (EARS-KoV-2) (Engels: SARS-CoV-2) is die stam van koronavirus wat die asemhalingswegsiekte covid-19 veroorsaak. Dit staan in die volksmond bekend as die koronavirus, maar voorgenoemde is eintlik die naam van 'n groep van virusse. Dit is voorheen met die voorlopige naam, 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)  aangedui. Die virus is gekenmerk deur 'n vinnige opeenvolging van mutasies, veral wat die gene van die priemreseptore betref. Daar is gespekuleer dat die virulente fase van die pandemie tot 'n einde mag kom wanneer 'n variant met minder ernstige simptome endemies word. Die Wêreldgesondheidsorganisasie het verwag dat hierdie akute fase teen middel 2022 ten einde sou loop mits 70% van die wêreldbevolking dan reeds geïmmuniseer sou wees. In 2023 was mutasies van die Omikron-variant nog in omloop.

Klassifikasie en belang
Soos beskryf deur die National Institutes of Health, is dit die opvolger van EARS-KoV-1. EARS-KoV-2 is 'n positiewe sin enkelheliks-RNS-virus. Dit is aansteeklik in mense, en die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) het die voortslepende covid-19 pandemie aangedui as 'n noodgeval vir openbare gesondheid en 'n situasie van internasionale kommer. Teen November 2020 het oor 'n miljoen mense reeds aan die simptome gesterf en infeksiegetalle was steeds aan die styg. Hospitale se kapasiteit is plek-plek oortref en ekonomië is ernstig geknou. Teen einde Maart 2021 was daar reeds 560 000 sterftes in die VSA. 'n Jaar later toe die vierde infeksiegolf ten einde loop, was daar al sowat 6 miljoen sterftes wêreldwyd, waaronder byna 1 miljoen in die VSA, oor 'n halfmiljoen in Indië en Brasilië elk, en byna 100 000 in Suid-Afrika.

Akute respiratoriese noodsindroom word by swaar geaffekteerde pasiënte gediagnoseer, en diegene wat nie gou herstel nie, doen dikwels pulmonêre fibrose, oftewel veelvuldige longletsels op. Die virus kan organe soos die hart en longe sodanig beskadig dat oorplantings benodig word.

'n Meer potente variant van die virus, aangedui as Alpha (oftewel B.1.1.7), het in Desember 2020 in die Verenigde Koninkryk verskyn. 4,1 (eerder as 2,5) uit 1 000 geïnfekteerdes wat dit opdoen sal sonder behandeling sterf. Die Delta-variante (B.1.617.2, AY.1 en ander) is 60% meer oordraagbaar as die Alpha-variant en 100% meer oordraagbaar as die oorspronklike virus, en het 'n korter inkubasieperiode as enige Delta-voorgangers. Die daaropvolgende Omikron-variant het 'n groter herinfeksiekoers getoon, benewens infeksie van kinders onder die ouderdom van 5 jaar, as die voorafgaande variante. 

Suid-Afrika se eerste infeksievlaag, laat in 2020, is oorheers deur die Beta-variant (B.1.351). Teen April 2021 was verskillende mutasies in Suid-Afrika aanwesig, maar die derde infeksievlaag was nog nie op hande nie. Die derde vlaag in Suid-Afrika is oorheers deur die Delta-variant. In November 2021 het die vierde infeksievlaag 'n aanvang in Suid Afrika geneem, toe nog slegs 25-35% van die bevolking immunisasie ontvang het. Die hoogs aansteeklike Omikron-variant (oftewel B.1.1.529) is op 9 November in Suid-Afrika gevind, en daar is wêreldwyd voorsorg getref. Die Withuis het streng beperkings uitgeryk op aankomelinge uit Suid-Afrika, maar vlugte na Amerika is nie verbied, soos by etlike ander lande nie. Die Omikron-variant (BA.1) is gekenmerk deur 'n paar dosyn mutasies in die S1-domein van die priemproteïen-genoom en 'n hoë infeksiekoers, maar vermoedelik ligter simptome. 'n Omikron-variant (BA.2) wat 'n verdere 40 mutasies ondergaan het, is Maart 2022 in Denemarke opgemerk, gevolg deur nóg 'n Omikron-variant in Botswana in April 2022. Arcturus, 'n verdere mutasie van die Omikron-variant was teen Mei 2023 in twee dosyn lande in omloop, blykbaar met die opmerklike nuwe simptoom van seer rooi oë.

Rol van priemreseptore
 
Om deurdringing van die selmembraan vir gevolglike infeksie te fasiliteer maak die EARS-KoV-2-virus gebruik van minstens drie soorte proteïen-reseptore, een waarmee die oppervlak van die virus ryklik bedeel is, en minstens twee ander wat aan die oppervlak van menseselle gevind word. Die oppervlak van die virus is oortrek met priemreseptore (Engels: spike receptors) wat heg aan verdere reseptore op die teikenselwand. Die priemreseptore kan selfs breinneurone en -bloedvate binnedring. Die angiotensien-omsettingsensiem-2 of ACE2-reseptor is 'n proteïen wat op mensselle voorkom en EARS-KoV-2 in staat stel om die selwand binne te dring. 

Deur X-straalkristallografie is daar bevind dat 'n verdere proteïen, bekend as die neuropilien-1-reseptor, 'n alternatiewe en allerbelangrike deurgang aan EARS-KoV-2 bied. Neuropilien-1 word boonop al oor die oppervlaktes van die respiratoriese lugweë gevind, waar ACE2 afwesig is. Die rol van neuropilien-1 in infeksie was 'n groot verrassing aangesien dit dusver net bekend was as 'n reseptor wat neurone in staat stel om korrekte verbindings te maak, óf wat bloedvate se groei fasiliteer.

Die kans vir infeksie is grootste wanneer ACE2 sowel as neuropilien-1 op die mensesel teenwoordig is, en word geïnhibeer wanneer enige van die twee afwesig is. Die rol van PIKFyve-kinase- en CD147-proteïene word nog ondersoek. Neuropilien-1 fasiliteer waarskynlik ook Ebola- en MIV-1-infeksies, maar kan 'n belowende rol in pynverligting en kankerbehandeling speel – dit beïnvloed neurone se pynstimuli en kan deur verbinding met die priem- of ekwivalente proteïene 'n ander proteïen blokkeer om pynverligting te verskaf.

Oorlewing en aansteeklikheid
EARS-KoV-2 kan vir 9 uur op die vel oorleef as 'n aktiewe patogeen, teenoor dié van die griepvirus (Influensa A) wat minder as twee ure sal oorleef. Die oorlewingsduur van die patogeen op vel dra by tot die oordraaglikheid daarvan. Hierdie bevinding het aangedui van welke waarde die deeglike en gereelde was van hande is. EARS-KoV-2 en Influensa A word albei binne 15 sekondes buite aksie gestel wanneer dit met etanol, 'n bestanddeel van handreinigers, in aanraking kom. Daar is bevind dat mense met 'n groot longkapasiteit, d.w.s. volwassenes en veral mans, benewens mense wat sing of hard praat meer spoegpartikels aan die lug vrystel, en daarom ook die virus makliker sal oordra. Dit blyk dat natuurlike immuniteit meestal, maar nie altyd, keer dat 'n persoon twee keer (deur bv. twee variante) geïnfekteer word. Mense met 'n verswakte immuunstelsel, bv. weens HIV-infeksie, kanker of na trauma, kan maande lank geïnfekteerd bly. Daar is gevrees dat weens die hoë HIV-infeksiekoers in SA, daar 'n reserwe van virusse kan voortbestaan, wat mettertyd tot nuwe variante of uitbrake kan lei. Ook is bespiegel dat die Omikron-variant juis so ontstaan het.

Infeksie-opsporing
Suid-Afrika het weens ondervinding met Vigs en TB 'n gevorderde kapasiteit om oordraagbare siektes te identifiseer, en kan gevolglik ook Covid-variante baie vinnig opspoor. Tipies word 'n neusdepper in kombinasie met die polimerase kettingreaksiemetode (PKR) gebruik om infeksies te diagnoseer. Die standaardproses is wel arbeidsintensief en onprakties by die toetsing van baie persone wat nog geen simptome van infeksie toon nie. Opgeleide honde is in staat om die biochemiese veranderinge in liggaamsvloeistowwe te ruik wat met infeksie gepaard gaan, en kan dit vinnig en met 'n akkuraatheid van 94% tot byna 100% doen. Dit word beskou  as 'n goedkoop metode om groot getalle mense vir infeksie te toets. Deur te ruik aan 'n lap wat oor die gewrig of nek gevryf is, kan 'n opgeleide hond soveel as 5 dae voor simptome verskyn aandui of 'n persoon geïnfekteer is aldan nie.

Entstof

Die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) het in November 2020 aangedui dat 42 uit 151 kandidaatentstowwe reeds kliniese proewe ondergaan, waarvan 10 reeds die derde fase bereik het. Pfizer en BioNTech SE het in November 2020 aangekondig dat hulle 'n Covid-19-entstof ontwikkel het, wat beloof om 90% doeltreffend te wees vir 'n jaar na inenting. Die maatskappye het ondermeer 'n ooreenkoms met die Amerikaanse regering aangegaan om 100 miljoen dosisse entstof te lewer. Die Amerikaanse regering beplan om die entstof gratis aan die Amerikaanse publiek beskikbaar te stel, en produksie sou na raming teen middel-2021 aan die aanvraag voldoen. Laat 2021 was meer oordraagbare mutasies van die virus in omloop, en die WGO was pessimisties dat inenting tot kudde-immuniteit sou lei.

In Suid-Afrika het Aspen Pharmacare 'n vennootskap met Johnson & Johnson aangegaan om hul weergawe van die entstof plaaslik te vervaardig en verpak. Weens die koste verbonde aan die entstof, asook die onsekere doeltreffendheid, het Suid-Afrika gehuiwer om dadelik van die entstof te bestel. Aspen Pharmacare het in November 2020 aangedui dat hulle beplan om 300 miljoen dosisse van die entstof, ook vir uitvoere na ander Afrikalande, by hul geriewe te Nelson Mandelabaai in die Oos-Kaap te vervaardig. President Cyril Ramaphosa het aangedui dat Afrika minstens $12 miljard of R187 miljard vir plaaslike entstof-ontwikkeling en implementering benodig. Die effektiwiteit van entstowwe teen verskillende virusvariante is in 'n Suid-Afrikaanse laboratorium bevestig.

Sekere organisasies het kapsie gemaak teen gedwonge inentings aangesien diegene wat die virus reeds onder lede gehad het, na hul mening reeds die nodige weerstandigheid opgebou het. Die virus sowel as entstof word in 'n fraksie van gevalle verbind met Guillain-Barré-sindroom, en een Suid-Afrikaanse sterfte is reeds weens hierdie newe-effek aangemeld.

Met die heropening van universiteite in 2022 het die Oos-Kaapse hooggeregshof Rhodes-universiteit gelyk gegee dat hulle 'n inentingsmandaat op bywonende personeel, studente en besoekers mag toepas. Johannesburg en Wits-universiteite het hul voorbeeld gevolg, maar Stellenbosch en Kaapstad-universiteite het aanvanklik die roete van publieke konsultasie gevolg. Die Oostenrykse parlement het in Januarie 2022 ten gunste van verpligte inenting gestem, maar dit nie deurvoer nie, en 'n soortgelyke wetsontwerp het in April 2022 in Duitsland gesneuwel.

Antivirale middels
Ivermektien (Ivermectin) is deur die Suid-Afrikaanse Reguleringsowerheid vir Gesondheidsprodukte verbied weens 'n gebrek aan kliniese data wat die doeltreffendheid of veiligheid daarvan bevestig – dit sou skadelike nagevolge of selfs die dood kan meebring. Dr Pierre Kory, 'n intensiewe sorgspesialis in Milwaukee, VSA, het egter voor die VSA-senaat getuig dat hierdie bekostigbare middel veilig is, en oor kragtige antivirale en anti-inflammatoriese eienskappe beskik. AfriForum het in Februarie 2021 'n hofbevel verkry wat dokters in staat stel om behandeling met Ivermektien te begin sodra 'n artikel 21-aansoek ingedien word, sou dringende toegang tot die middel volgens die dokter se oordeel nodig wees. State in die VSA volg 'n soortgelyke proses van individuele hofbevele. Molnupiravir, 'n middel wat per mond toegedien word, is in Februarie 2022 goedgekeur. Dit is effektief mits dit binne die eerste vyf dae van simptome geneem word.

Sien ook 
 EARS

Verwysings

Eksterne skakels 

Kovis-19