МИЭМ  был вполне себе приличным институтом с хорошей базой. Знаю, о чём говорю - я при нём в  физическом классе училась. Уровень образования скорее всего сопоставим, хотя у ВШЭ объективно  больше финансовых возможностей для развития. Но вот  корочка у среднестатистического кадровика в плюс пойдёт скорее всего.