Что-то я с вами подзапуталась. Договор у вас с агентством? Тогда с конторой у вас совсем другие отношения. Мы, как ненавидящие hr, совсем не имеем дело с аутсорсингом, договоры заключаются мимо нас нас, так как данные люди не являются работниками нашей организации. Все вопросы у вас должны быть к агентству где вы трудоустроены, а раз вы там числитесь по срочному ТД, значит вы числитесь у них в штате. Поэтому в конторе вам и отвечают что "не в штате",  так как являетесь работником другой организации и конечно им нет смысла вносить изменения в ШР, так как это уже другие отношения между работником и работодателем.