Может быть проблема, если бы Вы сделали шенген одной страны, а полетели бы в другую. В таком случае, в будущем, визу той страны, куда вы не полетели - могли бы не дать, дать на короткий срок, или потребовать объяснения. Если Вы просто не полетели, Ваша проблема.