КритикаВ случае возможной ошибки в измерениях или интерпретации (обработки) данных может быть нанесён значительный моральный или материальный ущерб. Критики метода усматривают в нём слишком упрощённую, механическую схему интерпретации реакций человеческого организма на внешние раздражители, кроме того во время экспертизы могут быть не учтены различные факторы, влияющие на основные показатели[8].В ряде стран данные, полученные при помощи психофизиологических опросов, не рассматриваются судами в качестве доказательств (в Германии[9] и Польше).Верховный Суд США в своём решении United States v. Scheffer (1998) постановил, что вопрос о том, можно ли использовать результаты данных полиграфа в качестве доказательств в судебных процессах, должен решаться самостоятельно в юрисдикциях штатов и округов.[10] В подавляющем большинстве судов использование данных полиграфа в качестве доказательств не разрешается.Факторы, влияющие на конечный результат психофизиологического исследованияОбразование полиграфолога — по международным стандартам полиграфолог обязан учиться по очной форме не менее 400 часов в аудитории. В Российской Федерации право на осуществление нового вида деятельности дает дополнительное образование на базе высшего от 500 до 1000 часов, подтверждением которого является диплом. Уровень образования является ключевым фактором при проведении психофизиологического исследования с применением полиграфа.Ошибочная интерпретация результатов — детектор измеряет не ложь, а изменение физиологических реакций организма, свидетельствующих о значимости предъявляемых стимулов для исследуемого лица. При несоблюдении специалистом существующих методик и базовых принципов проведения исследований данный фактор может приводить к ошибкам.Предубеждение исследуемого лица — реакции организма отражают не истинность фактов, а всего лишь веру испытуемого в их истинность или ложность. Испытуемый может думать, что его знание правдиво, хотя на самом деле оно не отражает объективной реальности.Предубеждение полиграфолога — так как данные, полученные при помощи полиграфа, могут интерпретироваться весьма широко, то в случаях, когда эксперт имеет предубеждение по отношению к тестируемому, существует опасность ложного вывода.Противодействие  — утверждается, что существуют методы, при которых тестируемый может влиять на показания, используя различные манипуляции, незамечаемые специалистом. В частности, для военнослужащих армии США и НАТО существует программа R2I (англ. Resistance to interrogation).Состояние проверяемого лица — физическое или психологическое истощение исследуемого лица. Наличие у исследуемого лица психического расстройства или фазы обострения заболевания, связанного с нарушением деятельности сердечно-сосудистой либо дыхательной системы. Нахождение исследуемого лица в состоянии алкогольного или наркотического опьянения, регулярное употребление исследуемым лицом сильнодействующих лекарственных препаратов или психоактивных веществ, наличие у исследуемого лица болевого синдрома связанного с обострением какого-либо заболевания, а также нахождение женщины во второй половине периода беременности. Возраст исследуемого лица менее 14-18 лет.Отчёт 2003 года Национальной академии наук СШАВ 2003 году Национальная академия наук США опубликовала отчёт «Полиграф и выявление лжи». Академия наук обнаружила, что большинство исследований с применением полиграфа были «ненадёжны, ненаучны и предвзяты». После проведения экспериментов было установлено, что проверка на полиграфе большого количества людей в отношении различных событий (например, при приёме на работу) даёт результат ничем не лучше, чем случайное угадывание. В то же время, тестирование небольшого количества людей в отношении определённого произошедшего события (например, конкретного преступления) даёт достоверность распознавания лжи «выше, чем случайное угадывание»[11].https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%BE%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D1%80%D0%B0%D1%84