Не исключено, что фамилия Боня ведет свое начало от мусульманского женского имени Бони, которое в переводе с таджикского означает «охрана, уход».На юго-западе острова Целебеса, у Бонийского залива есть государство Бони. Поэтому предок обладателя фамилии Боня мог быть выходцем с этих земель. Менее вероятной представляется этимологическая связь фамилии с украинским словом «бони» - «ценная монета, вышедшая из употребления, но ставшая предметом коллекционирования». , со временем получил фамилию Боня.