Да пусть обжалуются. Эти дети будут просто априори первыми записанными в системе, а остальные "не успели записаться" на свободные места, если запись проходит через портал. И, соответственно, в полном согласии с законом департамент (управление) образования города поищет не попавшим детям место в какой-либо другой школе на данной территории.