Ну если говорить о подготовке будущих ученых, то МГУ однозначно выигрывает. МФТИ и близко пока не стоит. К нам приходят на работу студенты и из МГУ, и из МФТИ. Выпускники МГУ тут же включаются в работу и начинают сами ставить научные эксперименты, понимая, что от них требуется. Выпускникам МФТИ даешь простое задание, поставить эксперимент и ответить на вопрос, является ли вещество ингибитором данного рецептора, да или нет. Они тебе построят миллион графиков, составят матрицы чисел, будут долго и нудно оперировать полученными результатами (если вообще их получат, т.к. с руками у них тоже обычно беда), но так и не смогут сказать, ДА или НЕТ.