Я бы в любом случае выбирала две кровати. Двухэтажная кровать это ущемление комфорта одного из детей. Ребенок не может присесть и прилечь спокойно на свою кровать в течение дня. Это как вторая полка в поезде. И ладно, если ребенок один, тогда у него может быть кресло или еще какой-нить диван внизу, но когда детей двое, у них должны быть равные условия.