А чем укрывали? Если лутрасилом ( готовые колпаки обычно именно из него), то мог банально обгореть или сопреть под ним. Им хвойники плохо накрывать, горят сильно. Поливайте обильно. Сухое обрезать (если сухие ветки, а не только хвоя). Эпином пролить. И наблюдать. Можжевельники могут восстановиться.