Запятые ставятся не при союзе "и", а между частями сложного предложения. Когда вы по смыслу соотнесете эти части, выявите, сочинительная это связь или подчинительная, сколько всего частей, то поставите запятые правильно. Это и есть  знание системы. Знание разряда союза помогает установить вид связи между частями предложения.