Ну, в любом случае, с двумя заниматься сложнее, чем с одним, классы разные, задания разные. Мне не кажется, что факт наличия двух разных программ что-то усложнит - в начальной школе проходят знакомые вам вещи) На мой взгляд, важными тут вообще являются не программы, а требования конкретных учителей, особенно требования к оформлению работ.