Это-то понятно, Просто, я думаю, пока не появился выбор РАЗНЫХ столешниц, не говорили столешница, стол, ну, и стол. "Положи на стол", "возьми со стола", возможно с указанием какого стола, обеденного, под шкафами, возле газа, разделочного и т.д. А как появилась возможность выбирать столешницу, вот тогда это слово и прижилось, тем более нижние шкафы сейчас зачастую идут единым фронтом под одной поверхностью. А столы обеденные так и остались просто столами, и нет смысла пояснять, что "на обеденном столе", можно сказать просто "на столе", это будет понятно.