Я меняла фамилии детям полтора года назад. Город действия - Москва. Также орган опеки выдал распоряжения о смене фамилий детям  на фирменном бланке, затем в ЗАГСе выдали новые свидетельства. Я уже не помню, выдавали ли 2 экземпляра распоряжений. Но, оригиналы остались у меня, только что проверила. Т.е., либо их было по 2, либо если они были в единственном экземпляре, то ЗАГС не забирает оригиналы.