Да нет никакой проблемы. Правильно кто-то  (вроде бы Драгунский, но могу ошибаться) сказал , что это просто спор двух хозяйствующих субъектов. Если вы не имеете церковного имущества (больше относится к недвижимости), то вам лично это ничем не грозит.