Без разницы, с оста или главного. Вам нужен S-Bahn, S1 до остановки Flughafen. Ехать 45 мин, уснуть можно  Поезда ходят часто, действует Баварский билет. Расписание посмотрите тут (там сейчас стоит завтрашний день и отправление с главного вокзала в 21.30 ): http://efa.mvv-muenchen.de/index.html?itdTime=2129&itdDate=20170509&name_origin=6&name_destination=3240&itdTripDateTimeDepArr=dep#trip@origdest