Наверное, у тебя помидоры-"сливки"? В топку их - есть сорта которые ну вот стабильно поражаются Blossom end rot, особенно этим грешат "сливки". И нифига я не верю про всякие там  внешние причины - только сорт виноват. Иначе как обьяснить что десяток разных сортов растут рядышком, на всех помидоры все чистенькие, а на одном все до одного черные снизу - и так из года в год? Никаких других причин кроме подверженности определенных сортов этой болячке я не вижу, поскольку условия выращивания у всех одинаковые. Просто не сей больше семена именно этого сорта - есть куча других которые никогда не поражаются этой хренью.