отпечатки сдавать в любом случае, так что сейчас особенно непонятно:за что платить агенству? конечно, лучше самим. реально нужна мед страховка, стоимость рассчитайте прямо на сайте, мы последнее время у тинькофа покупаем, там самая дешевая и на почту полис высылают, последний раз за 4х на 15 дней около 3 тысяч стоила (в Грецию, но это всё равно шенген).  алгоритм:собираете документы по списку, записываетесь в консульство, приезжаете с документами и паспортом, сдаете отпечатки, если первый раз и старше 12 лет... ждете несколько дней, забираете паспорт с визой. ещё узнайте:где оплачивать сбор визовый. я про именно чешский не знаю