Какая доска, елка?Дом зимой отапливался? Имхо, я бы сейчас  ничего не делала,щели совсем маленькие, а дерево- живой материал,может расширяться-сужаться. Я бы посмотрела,как пол будет себя дальше вести плюс герметик- не лучший вариант,имхо.Вода попадать в щели при мытье полов не будет,если ,конечно,ведро воды на пол выливать при мытье не будете.