Не надо искать проблему там, где ее нет. Корни изучают в началке, про приставку говорят просто, что она часть слова. А теперь нужно уметь видеть корень с приставкой и добавлять н при наличии приставки. А для этого нужно в начальной школе много и ПРАВИЛЬНО работать с корнем слова, думать о том, какое слово появилось раньше в языке Шел или ПРИшел....