В 7 раздел тянет суммы из регистра формирование записей раздела 7 декларации по ндс, а туда из сумм по  номенклатуре в которой ндс указано "без ндс" и указан код операции для 7 раздела. Т.е. для операций с ндс и без ндс должна быть разная номенклатура.  В справочник зайдите и посмотрите что у вас заполнено.