Как я понимаю, Вы укажите срок его ухода из семьи, те например, с 10 ноября ,как он ушёл из семьи. Суд назначит алименты именно с этой даты. Но тк ваш бывший платил их за этот период, вы написали что 3 раза платил, то он принесёт в суд доказательства уплаты и они за этот период будут учтены. Дальше все будет уже по суду. И ещё ,мне кажется, почему ваш бывший хочет именно через суд платить, чтобы в случае чего, в будущем ,когда ребёнок вырастет, подать уже на него на алименты, страхуется на всякий случай. На своё содержание. Я так вижу ситуацию.