Учет сотрудника с видом на жительство ничем не отличается от учета сотрудника гражданина. Единственная разница- если до этого он не работал в россии, ему нужно выдать трудовую. Всё. прием на работу с видом на жительство характеризуется отсутствием любых дополнительных запросов или обременений для нанимателя. Поэтому трудоустройство иностранных граждан без официального оформления из-за опасений нарушения миграционного законодательства Российской Федерации может быть следствием простой юридической неграмотности. Вы точно о серьезной организации говорите?