Если бы к вам в ваше отсутствие вломились неизвестные люди, впрочем, они как раз известны, перевернули квартиру вверх дном, украли часть имущества, то да, можете писать заявление. В противном случае вам надо доказать, что в квартиру совершено проникновение. Хотя, заявление примут в любом случае, просто получите соответствующий ответ в установленный законодательством срок.