16 июля были задержаны двое подозреваемых — старший дорожный мастер службы пути Валерий Башкатов и его помощник Юрий Гордов, имевшие отношение к работам по укладке стрелочного перевода. По данным следователей, стрелочный механизм был зафиксирован ненадлежащим образом, что и привело к катастрофе. Представитель профсоюза метрополитена согласился с этой версией, но поставил под сомнение то, что стрелка была неверно зафиксирована именно трёхмиллиметровой проволокой. Позже обвинение по этой же статье было предъявлено директору по производству ООО «Спецтехреконструкция» Анатолию Круглову и заместителю начальника дистанции капитального ремонта службы пути ГУП «Московский метрополитен» Алексею Трофимову. 8 июля 2015 года Дорогомиловский суд Москвы начал рассмотрение дела по обвинению в катастрофе Трофимова, Башкатова, Гордова и Круглова[33]. 8 ноября 2015 года суд вынес приговор, признав всех виновными и назначив наказание Гордову в 6 лет колонии, Башкатову, Трофимову и Круглову — 5,5 года и взыскав с обвиняемых в общей сложности 15 млн рублей в пользу потерпевших.