Мне это тоже непонятно. Если предусмотрено самостоятельное освоение программы (где оно предусмотрено?), то это как -то должно быть зафиксировано. Например, ученик учится экстерном, пусть даже один предмет математика у него очно-заочной формы. Но ведь это должно быть как-то оформлено заранее, приказом "такой-то ученик проходит освоение программы самостоятельно на основании заявления и пр. и пр. Но это не делается накануне регистрации " Я хочу сдавать, я прошел сам эту программу, у меня есть право! "  Должно же быть подтверждение, что ученик самостоятельно прошел эту программу, сдал все нормативы и не имеет задолженностей.