Из вашего рассказа непонятно что случилось кроме тройки, которая была не за контрольную.Попробую предположить.В эл.журнале появилась тройка с индексом контрольной. Вы её увидели и устроили ребёнку нагоняй. А теперь оказалось что это была не контрольная и индекс в журнале убрали. А ребёнок незаслуженно пострадал (от Вас). И поэтому Вы недовольны учителем, который ошибся с индексом.Правильно?