Если рассматривать организм как единое целое, где надлежащим образом функционируют все системы, то сбой  в одной из них приводит к нарушению работы всего остального. Поэтому вы немного не о том говорите, бактерии серотонин не вырабатывают, а скорее участвуют в гидролизе белков, которые дают нам триптофан, из которого и образуется серотонин.