У нас похожая реакция была на антибиотики, нам тогда около 1,5 лет было. Потом после приема лекарств останавливали микрофлору. По рекомендации врач пропить курс примадофилуса - полезных лакто- и бифидобактерий. У нас и пятна прошли и с стулом проблемы закончились, сейчас для профилактики переодически пропиваем пробиотик