Зря Вы именно так делаете. Если работник будет увольняться, а отпуск не оформлен, хотя уже использован, то придется ему за неиспользованный отпуск компенсацию выплачивать. В нашей компании делают наоборот. Оформляется полный отпуск, работник может его весь отгулять или во время отпуска работать,а потом брать отпуск любыми частями, когда ему надо, хоть по 1 дню, хоть по полдня. Отпуск измеряется в календарных днях, из них вычитаются выходные, оставшиеся дни можно брать когда угодно. Вот тут при увольнении работника фирма ничего не потеряет. Заявление в кадры пишется такое: "Прошу предоставить мне (фио, должность) столько-то дней в счет оплаченного отпуска за такой-то год". На заявлении виза непосредственного начальника и начальника департамента, для руководства - виза директора. Непосредственный начальник на своих работников ведет табличку в Экселе с графиком фактических отпусков.