Мы с сыном 12 лет вдвоем ездили на поезде через Вильнюс на море, правда дней было больше. Поездом удобно из Москвы - он приходит в Вильнюс утром, а уходит вечером. Первый день полностью посвятили городу, взяли гида на 2 часа, потом гуляли сами, и как мне кажется, обошли весь город. На следующий день уехали в Палангу, там отдыхали дней 7, за это время ездили в Клайпеду на маршрутке и по соседним поселкам на великах. Потом вернулись с Вильнюс, переночевали, утром выписались из отеля, вещи там оставили и  с гидом уехали в Тракай. А потом опять до вечера гуляли по городу. Т.е. в Вильнюсе было полных 2 дня, нам хватило.