Либо вам не дадут визу на три года, раз у вас заканчивается паспорт. Шенгенскую визу дают таким образом, что она заканчивается не более чем за 3 месяца до окончания действия паспорта. Если же вы собираетесь параллельно получить второй паспорт при действительном паспорте с 3 летней визой, то вполне можете ездить с 2 паспортами и виза будет действительна.