Была похожая ситуация у сына в 4 классе. Учительница ушла на долгий больничный в середине 2 четверти. Класс постоянно был на заменах, а то и сами просто одни сидели. Это дурдом. Считаю полностью было потерянное время половину четвертого класса. Мы- родители как-то вяло возмущались, все надеялись , что больничный закончится... Один раз сходили к завучу, после чего она провела пару дней лично уроки, а потом все опять разладилось..Так что добивайтесь четкой организации учебного процесса  в данных условиях, а то будет полный бардак. Тем более, на заменах , которые никак не фиксированы, учителям абсолютно пофиг на впших детей, у них свои классы есть ддя отработки, а ваши будут на остаточном принципе, поверьте,  ьудут сидеть только тесты и контрольные писать