стоматологи всегда учились отдельно. И раньше, и сейчас. А вот хирурги, гинекологи и прочие - да, все вместе. Сейчас все 6 лет нет специализации. Выходишь с дипломом "врач-лечебник" (типа, терапевт). И только в ординатуре приобретается определенная специальность.