Все, кто на УСН,  ведут кассовый метод учета доходов-расходов. Получили деньги/товар в собственность-стали должны 6%. Вы  что-то не то пишите "Я знаю, что 6% я должна платить со всей суммы , вместе с комиссией"Если деньги не Ваша собственность, а Принципала, то платить не надо 6%.Вообщем- у Вас в голове полная каша.