Есть правило, касающееся количества учебных часов. В аттестат за 9 кл идут итоговые отметки по тем предметам вариативной части учебного плана, на изучение которых отводилось не менее 64 часов за 2 учебных года. Т.е. если предмет не из базисной (инвариантной) части изучался всего один год по часу в неделю, оценка за него не должна выставляться в аттестат. Надо посмотреть,  что написано в вашем учебном плане про второй иностранный.Это правило из приказа Минобра о порядке заполнения, учёта и выдачи аттестатов N115 от 2014 г.Нашим в своё время так не вписали в аттестат спецпредметы 11 класса, мало часов. Было наоборот обидно.