Я считаю что если 100% уверены, что человек неверующий - поздравлять неэтично. Если не знаете - то можно поздравить на всякий случай, но если говорить конкретно о Пасхе - я бы воздержалась хотя бы говорить/писать "Христос воскрес", т.к. это по идее предполагает конкретный ответ и неверующий может почувствовать себя не в своей тарелке.