Сравнивают. Я тут была недавно в Бауманке на собрании для родителей (пока ребенок писал олимпиаду). Там как раз разъясняли про прием. И сказали, что при одинаковых, равных общих баллах далее смотрят именно по приоритету предметов - математика, физика, информатика на 1-2 месте (в зависимости от специальности), русский на 3. Т.е. при равных общих баллах возьмут того, у кого балл за профильные предметы выше.