С русским как раз нормально. Это не незнание правил. Это логопедическая проблема, достаточно трудно исправляемая. Называется дисграфия. Заключается как раз в том, что человеку очень тяжело применять правила русского языка.  Знать знает, а применить не может.  Наша логопед рассказывала, что у нее очень много сильных математиков, и даже призер всеросса среди ее клиентов.  Как она пошутила, "среди моих пациентов нет гуманитариев".   А математики есть. И биологи с химиками вполне могут быть.Меня больше удивляет, что этот ваш знакомый мальчик не дружит с химией. Куда он в биологию без химии?