Да, на американских рейсах такое бывает. Меня постоянно так футболят, как российскую гражданку, муж и ребенок иностранцы регистрируются он лайн без проблем. Так же звоним в авиакомпанию ( в европейскую), меня отмечают. Ну а в аэропорту просто прохожу доп. проверки. Просто вашему мужу , скорее всего , придется проходить дополнительный секьюрити чек ( ему на посадочном при регистрации отметят это). У меня так было. Муж с ребенком отдельно пошли со всей толпой, меня и еще кучку народа через другой чек провели. ничего страшного. Всех впустят и выпустят (этим занимаются американские пограничники, а не авиакомпания) .Не волнуйтесь, просто будьте готовы , что мужа  будут немного дольше проверять