Да, налогооблагаемая база будет 600тыс., если цена в договоре будет указана 1.6млн. Но вы можете попробовать "оптимизацию", указав в договоре заниженную цену относительно реальной, тем более, что вы ее и покупали за сумму меньшую, чем 1млн.Вычет при покупке квартиры и вычет при продаже квартиры никак друг с другом не связаны.