Есть множество писем от ИФНС, разъясняющих этот момент. И это разъяснения как раз говорят, что если владелец продает целиком свою долю без связи с владельцами других долей, то он имеет право на налоговый вычет в 1млн. Это разъяснения противоречат процитированной вами букве закона (НК), но тем не менее они есть. Ищите их сами яндексом.Считать ли эти разъяснения имеющими достаточную юридическую силу, решать уже вам.