Проценты начислятся на сумму задолженности, которую вы не погасили в положенный срок. При этом есть понятие обязательного платежа - на него начисляются одни проценты, а есть понятие льготного периода, выйдя за рамки которого, начислятся уже другие проценты. Будьте внимательны с этим. Обычно в личном кабинете указывается все, до какого срока какую сумму нужно погасить, чтобы  "не попасть" на %. Начисленные проценты спишутся с вашего взноса. То есть, вы, например, не успели в срок внести 5000 и вносите эту сумму позже положенного срока. А вам уже начислили % в размере 500 рублей. Вы вносите 5000 на карту, а зачисляются вам деньги в размере 4500, то есть 500 р с вас сразу снимут.