Я думаю грамотное заявление на имя директора с перечислением нарушений по ТК и перспективой проверки предприятия Трудовой инспекцией , а там и МИФНС подтянется могут остудить пыл. Предложите по соглашению сторон. Прогул - отсутствие по неуважительной причине. А справка о болезни - очень даже уважительная. Даже если очень хотят избавиться - так не рискуют.