При транзите это нормально. Все понимают что бывают полеты с пересадками. У вас будет в руках посадочный на второе "плечо" до Лиссабона, если спросят покажете. И вообще на всяк случай лучше весь пакет документов взять с собой в ручную кладь - брони отелей, страховку.