На самом деле, так и должно быть. У нас, например, так - если сотрудник едет в командировку на собственном авто, он заполняет путевой лист на свой автомобиль, ему возмещают расходы. Плюс суточные, плюс гостиница.Если с ним едет кто-то еще, то ему оплачиваются только суточные и гостиница, плюс он пишет объяснительную о том, что к месту командировку добирался так-то и так-то, расходов не имел.