Не нашла такого выражения "a rabbit in the box". Может быть in a box, тогда правильно.И вообще всегда нужен контекст. Если просто словосочетание, то будет a box. А если вы говорите, что принесли домой коробку, и через пять минут увидели что ваш кролик уже в коробке - тогда будет the box.