Да, все должно быть на письме, если есть противоречивая ситуация. Даже по телефону, можете говорить: мне нужно обдумать васи слова, вашу позицию, я дам вам ответ чуть позднее. И потом писать: согласно нашему разговору от такого числа, когда вы сказали такое-то, блаблабла...  На каждого начальника есть управа, слава Богу, живем в цивилизации. Конечно никто не отменял личных отношений у начальника с кем-то вышестоящим, но есть и более высокие уровни которым плевать и на начальника и на его "вышестоящих".