Вам всё равно составлять соглашение о разделе совместнонажитого имущества. Делается у нотариуса. По нему вам отходит вся квартира целиком, а вы ему компенсируете стоимость его доли конкретной суммой. Деньги от отца обязательно оформляете договором целевого дарения или договором займа и лучше всего получить их безнальным путём.Ну или как ниже советовали, суд и мировое соглашение. Оформляются деньги от отца также, как я выше написал.