Увольняйте, она даже рада будет. Статью 261 ТК РФ никто не отменял. Несколько заседаний в суде посетить намного проще, чем работать до окончания беременности. И если в случае прогулов она останется без зарплаты, то в случае увольнения контора должна будет оплатить весь период с момента увольнения до момента восстановления на работе.