Ну если вы всё-таки решили остановиться на своём втором варианте, то я бы сразу из аэропорта Братиславы ехала бы в Вену, останавливалась там ночи на 4. Потом Зальцбург пару ночей. Потом Инсбрук проездом в Мюнхен. Или одна ночь в Инсбруке, а потом Нойшванштайн  и Фюссен проездом в Мюнхен. Потом 3-4 ночи в Мюнхене. А перемещаться вы как планируете? Если на машине, то в Вене и Мюнхене вам нужно жильё с парковкой, а по городу перемещаться там лучше без машины. В Зальцбурге я с машиной не была, но думаю, что с парковками так же, как и в Вене, и в Мюнхене.