У сына в прошлом году была такая ситуация. Я взяла ему репетитора чтобы точно понимать, знает он предмет или нет. Репетитор на первом же занятии сказала, что на четверку знает, и вообще представление о предмете хорошее. Я время от времени ходила к учителю. Помогало, но не надолго. Привлекла к решению вопроса классного руководителя (а у вас она и классная, так что надо кого-то еще привлекать). Когда все это не помогло, сын сообщил ей, что сдал на отлично сертификационный экзамен по этому предмету. На что она фыркнула презрительно. Но в году все же получилась четверка. На следующий год троек уже не было. Что именно сработало из всего - не знаю.