Судя по тому, что ключевые позиции  вокруг Михаила в первые года занимали Салтыковы, рулила  в больешй степени именно Марфа. Насчёт "прекрасно понимали" - совершено не факт. На тот момент, как ни странно, с поляками отношения были нормальные,  и даже польский король претендовал на трон на Земском соборе. Поэтому Одоевский вполне мог ожидать,  что Марину с ребёнком   на кого-то обменяют в Польше, тем более, что там Филарет находился. Заруцкого бы, естественно, казнили, но такова судьба мятежника.Что касается бояр, то достаточно было подвергнуть их опале, чтобы они не восстановили своего влияния, но не казнить.