Никогда 2 раза НДФЛ не берут в расчет, это бредятина полная. В себестомость дважды его не включают. Откройте проводки в 1С и посмотрите как у вас формируется себестоимость. Если правда 2 раза сумма включена- то срочно зовите программиста и пусть исправлет. Вас налоговая за такое мехом внуть и наружу вывернет несколько раз. Вы налогооблагаемую базу занижение этим.