Дело в том, что некоторые объекты возможно зарегистрировать только через суд. Это обычная практика, ничего страшного в ней нет. У нас,например, в ГСК росреестр отказывает в регистрации и с этим отказом, все прекрасно идут в суд и через суд оформляют право собственности.  Бояться не надо, если опыта маловато, рекомендую привлечь местного юриста (из населенного пункта где СНТ) за небольшие деньги вам все сделают.