Было то же самое. В школе просто попросили  игнорировать сообщение об отсутствии ребенка в реестре обучающихся, т.е.поставить галочку "Продолжить без подтверждения в реестре..." , и дальше всё прошло как по маслу. Заявление подалось, зарегистрировалось, школа его увидела и подтвердила.