да, за дубликат платить надо). Я Вам рекомендую не ломиться в налоговую, а зарегится на их сайте. Если у Вас все оплачено, то никаких пеней не будет. Заплатите цифру за 2016 год (она  есть отдельной строкой в бумажной квитанции). Вы сможете разобраться во всем онлайн - там Вам предложат подтвердить все Ваши объекты налогообложения. И если машины числятся за Вами, то Вы их просто не подтверждаете, а налоговая сама разбирается, что стоит на учете. Кстати, там же можно записаться на определенное время и получить дубликат, БЕЗ ОЧЕРЕДИ, по времени.