Автономное или бюджетное учреждение - это относится сугубо к вопросам финансирования и бухучёта, а не к рейтингу и к результатам. Организация сама вольна выбирать форму - автономное или бюджетное учреждение. У автономного учреждение больше финансовой свободы, но и больше геморроя с бухучётом. Поэтому мелким учреждениям, как большинству школ, проще быть бюджетными учреждениями, ну а вузам - автономными. Просто указанные учреждения захотели стать автономными и департамент согласился с этим.