1. Не очень понятно что   с чем вы сравниваете2 и 3 проверьте справочники статьи затрат и прочие доходы и расходы, виды расходов должны быть указаны в соответствии с теми затратами, которые вы туда относите3. Нужно заполнить регистр сведений метод определения прямых расходов