Поставят только, наверное, поляки. Потому что отметку поставят те пограничники, через который вы въедете в шенгенскую зону. Прямо в поезде. Больше никаких отметок ставить вам никто не станет.Не додумывайте, что подумают в посольстве. Шенген большой, толпы народу летают стыковыми рейсами, ездят на машинах или, как вы, на поездах. Все выдающие визы давно к этому привыкли. И проблем с получением следующих виз у вас не будет.