из России -  выезжает с российским паспортом, в Шенген  - въезжает с эстонским. Обратно такой же порядок. При выезде из России, пограничники могут спросить(но не обязательно) на каком основании ваша подруга въедет в Шенген, тогда она должна погазать свой эстонский паспорт