А я бы не спешила с оплатой штрафа. Нарушен порядок. Если вас штрафовали - вам должны были сначала прислать акт камеральной проверки, в котором бы вы видели что за правонарушение вы совершили, имели бы возможность его оспорить. А потом уже вам должны были прислать решение. Я бы написала сейчас заявление о не согласии со штрафом в связи с нарушением порядка его наложения. Если вы с ПФР все утрясли - подпишите с ними акт сверки задолженности по состоянию на 31.12.16, где пени бы отсутствовали. И копию этого акта отправила бы в МИФНС с требованием отменить начисленные пени.