Нет, не правильно. При продаже новой квартиры вы можете вычесть расходы на приобретение этой НОВОЙ квартиры. У вас будет договор мены с городом. Расходами по нему будут стоимость вашей старой квартиры + доплата, если таковая была. Стоимость вашей старой квартиры будет согласно оценки на дату договора, что будет указано в договоре мены, а если не указано, то вам придётся делать оценку у оценщиков. Стоимость приобретения старой квартиры в вашем случае значения не имеет. И о миллионе тоже забудьте.