Конечно зачтена, аннулировать ее не будут. Все это делают, чтобы не дублировать два экзамена по математике, это же сколько денег можно сэкономить, если 300 тысяч выпускников не будут сдавать оба экзамена, а только один. Ну возможно часть их потом будет пересдавать, но не важно. Важно, что минус  300 тысяч сдающих два экзамена (базу и профиль).