Да, Марина совершила роковую ошибку, но я повторюсь - из всех  потенциальных претендентов, опасность   её сын представлял только для Михаила Романова. Михаил Романов был умственно не вполне сохранным юношей, боярского рода, в то время как на трон претендовали Рюриковичи и Гедиминовичи (последние - в лице Трубецкого). И даже среди тех же Романовых - Филарет, которого можно было бы рассматривать всерьёз,   был пострижен в монахи, и не мог претендовать на престол. Как-то боле -менее серьёзно из Романовых выглядел только брат Филарета Иван. Но у него были плохие отношения с самим Филаретом и затевать такое злодеяние чтобы обелить братца он бы вряд ли стал. Да и сама по себе казнь младенца, судя по истории с верёвкой,  была чем-то из ряда вон.