Смотря кто перевозчик и какой аэропорт - бывают отдельные стойки для тех кто зарегистрирован онлайн(у Эмирейтс в Домодедово есть такое точно), бывают отдельные стойки для сдачи багажа, drop off. При овербукинге у заранее зарегистрировавшихся меньше шансов быть снятым с рейса