московские доплаты берутся не из федерального бюджета, а из местного. А местный бюджет в основном формируется за счет подоходного налога и налога на недвижимость. Поэтому перенос столицы в этом не поможет - для этого надо перенести москвичей и московскую недвижку к вам в регион.