Главным образом протечки - или самой кровли, или коммуникаций на техническом этаже (при наличие). Еще может быть рядом машинное лифтовое отделение - слышно громкие звуки, еще могут быть на тех этаже коммуникации с горячей водой - в квартире будет жарко все время. Так что разные нюансы, все зависит от конкретного дома. Но, многие наоборот любят последний этаж - над головой никто не ходит.