Наверно все зависит от руководителя. Я в бюджетной организации, премии никуда не делись и даже увеличиваются из внебюджета, т.к. есть прибыль. А уж с ТК и прочими формальностями все совсем четко. Вместе с тем нет некоторых минусов, которые могли бы быть в коммерческой организации.