Надо помнить, выбирая вариант налогообложения, что сдавая квартиру в качестве ИП, вы превращаете ее из жилища частного лица в средство производства предпринимателя. И лишаетесь таким образом права на налоговый вычет (или освобождение от НДФЛ при большом сроке владения) которые действуют лишь для физлиц. Т.е. при продаже квартиры в статусе ИП вы будете обязаны заплатить 6% от всей суммы, вырученной от продажи квартиры.