Летают туда через Бангкок. До Бангкока то есть как прямые рейсы (аэрофлот и Тайские) так и с пересадкой (самые дешевые обычно арабы). Раньше Бангкок - Самуи были только Бангкокэйр, сейчас не знаю как с этим дела, возможно кто-то еще добавился. Еще есть вариант автобус + паром.  Есть рейсы на Самуи из Гонконга и Сингапура например. У нас был целый вояж по Таю, поэтому мы туда попали не сразу из Москвы.