Мою дочь, рожденную здесь, так зовут-Alena. Произносят Алина. Я бы на вашем месте, взяла этот вариант. Для этого надо ее в загранпаспорте прописать через Е, без двух точек. Тогда и в латинице она будет нормально написала, а не Alyona или еще как. Если же вам принципиально именно Алена, то пишите ее Alyona. Спотыкаться будут, но не сильно критично, тут никого не удивишь, как только не выпендриваются.