По тем данным, которые Вы привели, ошибку не найти. Это можете сделать только Вы, проверив все начисления в зарплате и корректность их переноса в бухгалтерию. Вполне может быть как ошибка в начислении, так и в формуле начисления налога по виду дохода, может некорректно подтягиваются данные в 6-НДФЛ.