Человек прожил три года, вычтите явные поломки (если это не естественный износ разумеется), и верните залог. Если бы он полгода прожил, или восемь месяцев, еще понимаю цепляться за залог, но в вашем случае, жилец долго снимал, проблем не приносил, пусть уезжает с миром.