С чего это -  разницы никакой? Вот я - физик. У нас в фирме  бухгалтерию от сотрудников никто не скрывает.Базовая моя зарплата маленькая, основная часть - с проектов. У проекта есть смета. В ней заложены все расходы ( в том числе  есть статья расходов на оплату моей работы) + прибыль.И все налоги, взносы и пр.  идут из этой статьи. а я получаю на руки то, что осталось.