Я бы однозначно старшей отдала отдельную комнату, а двоим младшим другую. Младшие хоть и разнополые, но интересы у них одинаковые, учиться вместе будут. А проблемы "полов" зависят от вашего подхода к этому вопросу, да они и по-любому еще долго не будут этим заморачиваться.