Другая часть литовского населения внесла свой вклад в борьбу с нацизмом на стороне антигитлеровской коалиции.  Летом 1941 в Литве были созданы также первые группы подпольной и партизанской борьбы. К осени на территории Литвы действовало 14 партизанских групп. 26 ноября 1942 г. в Москве был создан Штаб партизанского движения Литвы под руководством А.Снечкуса. В целом в Литве в годы войны действовали 92 партизанских отряда и группы (всего около 10 тыс. чел.), 2 подпольных обкома, издавалось в подполье 15 газет. За годы борьбы партизаны пустили под откос 577 воинских эшелонов, вывели из строя около 377 паровозов и свыше 3 тыс. вагонов, разгромили 18 вражеских гарнизонов, убили и ранили свыше 14 тыс. гитлеровцев и их пособников.  В 1942 в составе Советской Армии было сформировано литовское национальное соединение - 16-я Литовская стрелковая дивизия, дивизия насчитывала 10 250 солдат и офицеров (литовцев - 36,3%, русских - 29%, евреев - 29%).  21 февраля 1943 г. 16-я Литовская стрелковая дивизия впервые вступила в бои. Из 9 тыс. погибших воинов 16-й литовской стрелковой дивизии более 2 тыс. были евреи.  С августа 1944 г. с территории Литвы начался призыв в Красную армию. Всего за август 1944 г. - апрель 1945 г. было призвано 108 378 человек.   Более 150 тысяч граждан Литовской ССР участвовали в годы войны в активной вооруженной борьбе с врагом.   К 22 октября Красная армия полностью освободила территорию Литовской ССР от германских войск, и, армия обороны отечества, полностью перешла к партизанским формам ведения боевых действий. Основными противниками были определены: Красная армия, НКВД, местная советская администрация, активисты-общественники и 'сочувствующие'.  Осенью 1944 г. 'лесные братья' насчитывали 12 000 человек. К февралю 1945 г. в боях с частями Красной Армии и НКВД погибло 4045 'лесных братьев'. В борьбе с ними советские войска потеряли убитыми 151 человек.   На апрель 1945 г. в составе Литовской освободительной армии действовало около 30 000 активных бойцов.  Не менее массовый характер носила и борьба против антисоветского подполья, вооруженных отрядов "лесных братьев" со стороны местных просоветски настроенных граждан, организованных в отряды местной самообороны ('истребителей' ). Их общая численность составляла около 8-10 тыс. человек.   После окончания Второй мировой войны - в течение 12 лет вооруженной борьбы (1945 - 1956 гг.), которая приняла форму гражданской войны (на стороне войск НКВД действовало 10 000 литовских ополченцев), литовские партизаны убили 25 000 человек (в т.ч. 23 000 литовцев и 533 солдата и офицера войск НКВД). В то же время в 1413 боях с советскими войсками и силами госбезопасности СССР было убито 20 101 и захвачено в плен 30 596 литовских партизан. Выселено из Литвы на Урал, в Сибирь и районы Крайнего Севера 148 000 членов семей 'лесных братьев' и их помощников.  С приближением Красной армии более 60 000 человек бежали на Запад.  В 1945 и 194б годах в общей сложности 200 000 литовских поляков были депортированы в Польшу.  Большое число литовцев по разным причинам было вынуждено покинуть родину. По статистике МВД, в 1953 году, за границей проживало 800 тыс. бывших граждан Литвы  Эти цифры и факты показывают, что линия раскола проходила внутри самого литовского общества, а вооруженное противостояние внутри Литвы оказалось тесно связано с образовавшимися международными геополитическими коалициями, с вооруженной борьбой фашистского и антифашистского блоков государств.