Еще автобусы ездят. Вот первая попавшаяся ссылка на агрегатор http://www.checkmybus.de/#departureDate=2017-03-05&origin=M%C3%BCnchen%20Flughafen%2448.353666%2C11.775007&destination=Innsbruck%2447.2692124%2C11.4041024&sortValue=Departure&sortOrder=ascending&radius=15По жд вам сначала надо будет 40 мин на с-бане до вокзала из аэропорта ехать, вы это учли?