Надо не сокращать некурящим, а увеличивать курящим на время перерывов на курение. Ввести строгий учет рабочего времени: час курил в общей сложности, значит, рабочий день не с 9 до 18, а с 9 до 19. Или же уменьшать зарплату пропорционально неотработанному времени.