Суд автоматически не подтверждает ничего, и если истец не заявит о сроке исковой давности - взыщет. Тем более, сначала налоговая пойдет в суд получать судебный приказ, который выдается без присутствия ответчика и соответственно, ответчик про пропуск срока не заявит на этом этапе.