Не нужно ничего доплачивать. Билеты не сданы, места считаются занятымы. Никто не сможет официально купить билет, на это место, так как они в системе указаны, как занятые, а едет на них кто-то или нет уже другой вопрос. К тому же, пассажир может сесть в поезд на любой станции, во время следования. У меня было такое несколько раз: опаздывали на поез и садились на следующей станции, менялись планы и не успевали сдать билет и место пустовало всю поездку.