Если авиакомпания одна, то при опоздании первого самолёта, второй рейс могут придержать - вы ведь регистрируетесь сразу на оба рейса.Но если это Европа, то ждать не будут, зато без всяких проблем посадят вас на ближайший.Ещё, если промежуток маленький между рейсами, я обычно стюардессу предупреждаю о транзите, они могут что-то посоветовать. И регистрируйтесь ближе к носу самолёта - выйдете первой, не будете стоять в очереди