Если я правильно поняла, грамотность - это "квадратики" с 8 по 11 в оценивании развернутого ответа. Соответственно, это орфография, пунктуация, грамматика и соблюдение речевых норм. Квадратики 1-3 изложение; 4-7 сочинение; 12 фактическая точность. Грамотность оценивается вместе в сочинении и изложении.