Разница в тесте. Оно совершенно другое. И не потому, что в 100% случаев делается из муки пшеницы твердых сортов. Часто из смеси 50/50 или из мягких сортов. Я не эксперт, дома равиоли (впрочем, как и пельмени) не леплю, чем конкретно обусловлена эта разница сказать не могу,  но однозначно равиоли и пельмени имеют совершенно разный вкус.