У нас возникла подобная ситуация с дочкой. Завуч в школе совершенно вменяемая, приняла у меня заявление на ИУП по этому предмету. Во время урока по данному предмету договорились, что дочь сидит в библиотеке. И она этим очень даже довольна. Предмет изучаем сами, контрольно сдаем, правда, другому учителю по данному предмету. Если нет другого учителя, как у Вас, то есть вариант сдавать тестирование в МЦКО и приносить результаты завучу.