Да, именно так. Можете из залога вычесть, а можете взять сумму коммуналки, а залог вернуть полностью через пару дней, когда квартиру полностью осмотрите и проверите технику на работоспособность. Все прописывать в договоре надо. В теории вы можете прописать в договоре ,что сумма коммуналки не по счетчикам оплачивается вперед,  с арендной платой вместе , а счетчики через месяц по факту. Все на ваш усмотрение короче)). Если у вас нет счетчиков , прописать можете как угодно, главное чтобы жильцы согласились .