Все просто. На автобусах для пенсионеров и льготников проезд бесплатный, вот многие из них именно на них и ездят, и, соответственно, ждут автобусы на остановках при наличии таких же маршруток. В маршрутках же обычно только одно бесплатное место, если оно вообще есть (объявление висит, что одно место - "ветеранам ВОВ\...", и оно может быть уже занято. Плюс городской автобус раздолбанный дешевле маршрутки. Вот междугородние комфортабельные автобусы уже дороже.