Мне кажется, правильно, что отпустили. Мухи отдельно - котлеты отдельно. ИМХО, трояк по химии для мотивированного ученика (а судя по тому, что он в 9 классе делает проекты и, вообще, учится в такой школе, с бабушкой еще темы какие-то подбирает, он у Вас - мотивированный и, вообще, супер-пацан!) - уже наказание достаточное и разочарование. А еще и поездки лишить.