Глобально нужно настроить справочники статей затрат, прочих доходов и расходов, порядок признания прямых расходов, корректно указывать счета и виды расходов при проводах. Настраивать программу нужно как раз локально под себя и вид деятельности, то чем вы пользуетесь. Вот у вас страховые взносы попадают криво, посмотрите все суммы в учёте налоговом, как они у вас отражены, в регистрах куда попали, после найдите разницу с вашими данными и ищите чего не хватает или лишнее, смотрите как эти суммы отклонений учитываются и найдёте что настроено неверно. Без базы и цифр очень сложно что-то рекомендовать. Вариант еще обратиться в сопровождение 1с или программисту, который 1с занимается и он вам настроит, но тоже придётся все локально делать. Лучше вы сами поищите в настройках программы, она умная, но вы командуете)