в каком месте (районе) лучше бронировать апарты  -   в районе вокзала и бронировать.   В кварталах рядом с Карлплатц. Удобно: и вокзал рядом и центр с магазинами и улочками и электрички рядом и метро. И из аэропорта удобно. К достопримечательностям можно на метро доехать, если они далеко будут, музеи там разные..Не будет ли проблем при прохождении таможни? - ребенок по своему уже ездил? не должно быть никаких проблем, если все остальные документы у вас в порядке будут. Обычно немцы очень ревностно относятся к неоткрытым шенгенским визам, выданным другими странами, при въезде по ним в Германию. Если по эти визам вы уже ездили, то тут уже вопросов быть не должно. Могут попросить показать брони гостиниц и обратные билеты.