Я бы поехала на поезде, Сапсаны или Невские экспрессы идут 4 часа, билет можно купить прямо на rzd.ru, заранее сильно дешевле. Жить проще в мини-отеле, друзья пару лет назад хвалили Сонату на Гороховой, но подобных местечек в городе много. По центру лучше конечно гулять пешком, без машины и соответственно пробок. Практически на любой набережной есть причалы с туристическими водными трамвайчиками. Питер фасадом развернут к воде, так что можно смело кататься разными маршрутами, везде будет красиво. Голодными не останетесь точно, в Питере те же сетевые кафе и рестораны что и в Мск, от Шоколадниц и Кофешопов до Гинзы проджектов. Из личных предпочтений - если любите кавказскую кухню, загляните в Кэт, cat-restoran.ruИз числа любимых маршрутов - до ст.м. Горьковская, оттуда пешком через парк к Петропавловке. Если будут выставки-фестивали - хорошо, а нет так пройдете вокруг крепости, погуляете по самому острову. Дальше пешком через Троицкий мост и Марсово поле и направо, к каналу Грибоедова и Спасу-на-Крови. Дальше вдоль канала на Невский, обедать и отдыхать. Еще очень люблю гулять от Сенной по Садовой (или вдоль набережной канала Грибоедова, еще и Львиный мостик бонусом!) до Никольского собора, дальше по ул. Глинки на Театральную площадь мимо Мариинки, затем на набережную Крюкова канала вдоль Новой Голландии. Если хватит сил гулять дальше - выходите на Английскую набережную, мимо загса и Медного всадника, либо по мосту через Неву и на Васильевский остров, по набережной вдоль Академии художеств и Университета. И третий маршрут, от Гостиного двора по Садовой к Михайловскому замку, мимо Чижика-Пыжика к Летнему саду и дальше куда унесут ноги, можно вдоль Невы к Эрмитажу, а можно по Чайковского-Моховой-Пестеля побродить по старым улочкам. Да, еще очень люблю улицу Рубинштейна и особенно мдт Льва Додина) Купить билеты через интернет на официальном сайте не получилось ни разу, а в театральный кассах они вполне могут быть.В Петергоф - на метеоре (причал возле Дворцового моста, через дорогу от Эрмитажа) или электричкой с Балтийского вокзала. Можно на маршрутке от Ленинского проспекта, но рискуете встать в пробку, так что не советую. Кроме Петергофа стоит заехать в Пушкин (он же Царское село), там прекрасный парк и дивной барочной красоты Екатерининский дворец. Добираться туда проще от Купчино на электричке или от ст.м. Московская на маршрутке.