Спокойно даете ему коробку и обьясняете, что его микроскопическая бумажка давно бы потерялась иначе, а так благодаря вам, все лежит в одной коробке и поэтому она точно здесь. Пусть роется. Он привыкнет и сам начнет складывать все эти бумажки в коробку. Я своего давно к этому приучила уже, тоже не знала куда деваться, там нужная бумажка, здесь нужный шнурок, на самом видном месте нужные болтики и т.д.