1. НДС по таким операциям, где стоит галочка "включать в стоимость", не попадает в книгу покупок, соответственно, не идет к вычету. Т.е. у Вас в декларациях сумма НДС к уплате больше, чем нужно.2. Этот же самый НДС учитывается в стоимости материалов и услуг, соответственно у Вас расходы выше, чем должны быть на сумму этого НДС, а прибыль меньше, чем должна быть. Ну и налог на прибыль Вы не доплатили.Что делать? Исправлять. Подавать корректирующие декларации по НДС и налогу на прибыль. Доплачивать налог на прибыль.