В этом возрасте ребенок - зеркало семьи. Он подражает и не способен понять, почему этого нельзя делать, тем более - почему этого делать нельзя в каких-то отдельных случаях. У него ж нет других образцов перед глазами. Так что да, он не понял, почему наказали. И методов других нет, кроме как следить за собой.