В Москве Палеонтологический музей, Экспериментариум, Музей живых систем. На ВДНХ (помните?) музей бабочек, музей с мамонтами (не помню названия), дом верх дном, дом великана, детям будет интересно. Самим ехать, не зная России - дохлый номер. Купите экскурсионный тур на 2-3 дня, какие-нибудь местечковые музеи. Музей Мыши (в Угличе, на Волге, кстати), к примеру, музей Бабы Яги и т.п. Правда, не  знаю, как во все это впишется трехлетка.