Если вы радиатор собираетесь закрывать со всех сторон, то можно, канеш, и в подоконнике дырок насверлить  Но вообще перфорация подоконника в обычных условиях совершенно ни к чему. Вы еще в шторах, которые перекрывают ваши батареи, дырок навырезайте