Плохо, что он эту проблему нашел поздно. По идее еще перед начало проекта оценивают, можно ли сделать это и то, и сколько это займет времени, и какие риски, обсуждается с клиентом. Если далее появляются проблемы, которых не ожидал, то про это просто сообщаешь и объясняешь, сколько времени займет решить проблему.