А из-за чего так сильно не комфортно ребенку на физкультуре? Обычно дети физру любят, особенно мальчики. Учителя только бывают разные... Если вопрос именно в конфликте ребенка и учителя - ну может вы и правы и проще исключить травмирующую ситуацию. Вопрос только, а если на след год возникнет конфликт с учителем по русскому или физике? как вы смените учителя? Только сменой школы или класса. А это еще более травмирующая психику ситуация.