Ну если всего 2,5 дня и сын не любит долго ходить и много ездить, мне кажется 2 города - максимум, иначе получится "галопом по Европам" - сплошной калейдоскоп в голове. Я бы наверное в одном из отелей Брюсселя все ночи бронировала (и вещи не таскать, и всегда знаешь где отель, не нужно его искать вечером с чемоданами как это у меня было)): 1 день (полдня) после перелета - спокойно погуляете по Брюсселю. 2 день - Брюгге (в одну строну кажется 1ч20 мин, не напряжно). 3 день - тоже Брюссель. У меня на Брюссель тоже 1,5 дня получилось и неожиданно этот город очень понравился.