Убыток - требование о даче пояснений, можете обойтись отпиской, можете предоставить расшифровки  затрат.НДС к возмещению - я бы не показывала, оставила на 19-м счете. Если хотите показать, грозит камеральной проверкой, звонками из налоговой со слезной просьбой убрать НДС к возмещению. Если у вас все доки в порядке, сдавайте и стойте на своем. При небольших суммах реально можно возместить самостоятельно. При больших самостоятельно я бы на вашем месте не совалась - судя по вашим вопросам, вы не сможете грамотно отстоять свою позицию.