Должна то она может и должна, но по факту все указанное вами все равно присутствует. Если что крыша сделана по той самой инструкции,  саморезов столько сколько нужно. Но правильно вам написали выше металл издает звуки при нагреве и остывании и ничего вы с этим не сделаете. Поможет только либо утепление либо шумоизоляция- будет гасить звуки.