Начните с разговора с учителем физкультуры. Если учитель согласится, то берете справку в спортивной секции и пишите заявление на имя директора школы, в заявлении в конце напишите что-то вроде "зачет в виде участия в соревнованиях согласован", ну или как Вы с учителем договоритесь. Классная тут ни при чем, она просто ставится в известность, это официальная бумага, она будет хранится в личном деле ребенка. Это называется "альтернативные форма обучения".