Это уже вопрос взаимодействия заказчик -победитель-подрядчик. Теоретически ваш горе-победитель может нанять в качестве субчика не правообладателя ПО, а, например, крупного интегратора (у них, как правило, есть партнерские договоры с большим количеством производителей) и таким образом исполнить госконтракт. Возможно для победителя это окажется убыточно, но зато он не попадет в "черный список". Но, если вы по каким-то причинам хотите, чтобы ТП занимался ваш конкретный подрядчик, то нужно было указывать это в КД.