В описанном вами случае -  вначале регистрация перехода права и лишь затем оплата квартиры режим "ипотеки", т.е.  "залог в пользу продавца" до момента полной оплаты квартиры может возникнуть, если в договоре этот момент никак не упомянут. И свидетельство вместе с договором будет получено с отметкой в графе обременения о наличии ипотеки (залога). Эта отметка снимается после предоставление в регпалату документов, подтверждающих оплату квартиры полностью и после этого должно быть выдано новое свидетельство, уже без обременений. Таким образом косвенным признаком того, что квартира временно находилась в залоге, может служить расхождение в датах регистрации перехода права в штампе на договоре и дате выдачи свидетельства.Я привык в договорах прописывать четко, возникает ли режим ипотеки (обычно это необходимо при оплате воинским или иным сертификатом, при планах использовать материнский капитал в будущем), или что он не возникает по взаимной договоренности сторон, несмотря на постоплату квартиры. Четкость формулировок нужна для для того, чтобы у сотрудника регпалаты не было свободы для вольных трактовок текста договора.Последний договор (зарегистрированный вчера), содержал гибридную схему оплаты: 200тыс. предоплата наличными, оставшаяся сумма - постоплата безналом с аккредитивного счета. Режима ипотеки не возникало, для этого в договор была включена соответствующая фраза.