Да нет, это вы чего-то не понимаете. Если квартира, нажитая с вашей матерью, хотя бы в какой-то части принадлежала отцу на  праве собственности, то эта часть входила в наследственную массу. И его законная жена как наследница первой очереди тоже  должна была либо наследовать, либо отказаться. Если же эта квартира отцу не принадлежала (например, он оставил ее матери при разводе) - то ни о каком наследовании за отцом и речи быть не могло.