Я не слышал о случаях претензий налоговой по уплате налогов с продажи сдаваемых квартир. Подозреваю, что пока у налоговой нет механизма отслеживания таких квартир. Как вариант, перед продажей вы снимаетесь с учёта как ИП и после продаёте квартиру, как обычное физлицо. В статье речь о нежилых помещениях, там больше проблем.