Мне из перечисленного Вами больше всего нравится Дарвиновский. А в нём помимо обычной экспозиции очень рекомендую интерактивную обучающую выставку "Познай себя - познай мир" (на 1-м этаже, почти возле входа).Кремль, конечно, да.Добавила бы Экспериментариум и Планетарий, учитывая возраст детей. Про театр - тут я бы разделилась, наверное: мама с 13-леткой -  на один спектакль, папа с 9-летками - на другой, или наоборот. Чтобы уж всем понравилось. В младшими сходила бы в Театриум на Серпуховке, в конце октября будет идти Огниво.В Театре Школа современной пьесы будет "Вредные советы". со старшим можно на более взрослые спектакли. В РАМТе Алые паруса, например. На ВДНХ  - разве что Ледниковый период (музей), но это ровно на полчаса.Москвариум тоже можно вычеркнуть - если дети были в больших океанариума. Зоопарк  -тоже ничего уникального.