"В течение учебного дня не следует проводить более одной контрольной работы. Контрольные работы рекомендуется проводить на 2 - 4-м уроках". Весь смысл в "не следует" и "не рекомендуется". Если бы было написано "запрещено" или "нельзя", то данная фраза носила бы запретительный характер, а так она носит характер рекомендательный.