Ваш бег 3 раза в неделю убивает колени в разы сильнее чем штанга. Это вообще миф что штанга убивает колени. Наро если не дай бог почуствовал что то где то сразу аааа болит. Связки укреплять надо и мышцы тогда голени здоровее только будут. Если бы у вас были бы проблемы с коленями вы бы бегать не смогли бы. Если бегаете значит все ок. Вряд ли вы будете приседать с весом более своего, а меньше это не проблема для коленей.  Я вот приседаю 50 кг и максимум что болит это связки после перерыва более 2 недель. А бегать не могу, только по пружинестому настилу и не более 5 км, плтом уже колено одно болит.