Ну если работы только тупо проверяются антиплагиатом, что правильно (!) оформленные цитаты - проблема, то пара жалоб в Рособрнадздор или как он там сейчас называется, и вузу грозит лишение лицензии. За всеми подобными программами должен стоять человек, который будет правильно учитывать и интерпретировать результаты.