Есть понятие церковь, а есть историческое достояние. Если передать в ведение РПЦ, допустим,  храм Иоанна Предтечи в Толочкове или храм Илии Пророка в Ярославле, то их просто загубят, не потому что РПЦ маньяки какие по уничтожению зданий, а просто потому, что нельзя там для сохранности оных службы проводить, там особые условия использования, особые условия сохранения и тп...