Так вы наверное пытаетесь его одного снять с учета,  конечно не дадут одного снять что бы вы там не говорили куда и зачем.  Идите сразу с отцом и прописывайте, отказать в прописке к отцу ребенка не смогут, с согласия матери конечно, автоматом снимется с учета со старого места жительства.Или пишите заявление на снятие с учета в связи с переездом вместе с матерью, тоже не откажут.