Изначально выстроили систему так, что материалы для облагаемых и необлагаемых операций закупаются по разным счетам, даже если закупаемые позиции совпадают. Т.е. в Вашем случае наши закупочники бы попросили у поставщика 2 счета - на 300 шт для необлагаемых операций и на 700 шт. для облагаемых. Соответственно, получаем 2 счета-фактуры и приходуем на склад двумя документами (в одном случае НДС сразу учитывается в стоимости, в другом - попадает в книгу покупок). В наименовании материала для необлагаемых операций добавляем какой-нибудь индекс, чтобы потом ориентироваться. Это несколько осложнят закупочный процесс и складской учет, зато на 19 счете все прозрачно.