За пополнение банковской карточкой из письма, на сайте Яндекс.Денег — комиссия фиксированная: 49 рублей. Но есть и множество способов пополнения кошелька без всякого процента: например, из Сбербанка (Сбер-онлайн, банкоматы и терминалы) — все они перечислены здесь: money.yandex.ru/null