На средний балл, конечно, не влияет. Влияет на ощущение достоверности. Хотя справедливости ради надо сказать, что по тем комплексам, что я смотрела (и результаты по ЕГЭ  знаю достоверно), все правильно. Если в дальнейшем эти данные будут использованы для составления рейтинга (что вполне допускаю), то путаницы не избежать, потому что на рейтинг влияет количество учеников.Все-таки для тех, кто работает с конкретными данными (сбор, анализ, публикация),  подобные ошибки не допустимы.