перед бегом разминку делаю , динамичная , начинаю бежать медленно , минут 5-10 , постепенно увеличиваю темп , слежу за пульсом, после бега растяжка - заминка .  Мышцы болеть со временем перестанут, но "всплывут" какие-то новые .  у меня уже ничего не болело , а после пробежки по горам вообще в альтернативных местах заболели ,   отвечающие за поворот стопы вбок и вовнутрь ))  . Еще возможно кроссовки не очень удачные.  Если они жесткие или  недостаточно амортизируют , то нагрузка на суставы излишняя. Может пронация подобрана неверно.   У меня сейчас ноги тяжелые только в начале и усталость  в конце бега, в процессе наоборот прямо замечательно все.