Главная опасность - не улететь вообще или с очень большим опозданием, либо, если гроза в пункте назначения, прилететь в другой аэропорт нежели рассчитывали. Опасность из за порывов ветра а не из за молний. Порывы ветра успешно измеряются и, в случае если ситуация стала опасной, диспетчеры закрывают аэропорт на какое-то время. Молнии на земле так разрушительны из за контакта с землей. У самолёта этого контакта нету. Самолёт разрабатывается с расчётом на то, чтобы электричество прошло по обшивке и пошло дальше. Может полететь какая-то электроника, но она может полететь и по другим причинам, самолёты всё же строят учитывая чтобы их можно было посадить даже в случае повреждений. На ютюбе достаточно видео самолётов, в которых ударила молния и которые как ни в чём не бывало полетели дальше. Наберите например airplane lightning storm