Раз рядом с Горьковской, то Петропавловка на первый день отлично.Там же рядом с Горьковской, в Александровском парке - мини-город - макеты основных достопримечательностей СПб - http://peterburg-rf.ru/mesta-peterburga/dostoprimechatelnosti/mini-gorod-na-gorkovskojТам же рядом (напротив Петропавловки - Артиллерийский музей, может мальчику интересно будет. Там же зоопарк (ну вдруг потянет, хотя он страшненький)Рядом с Горьковской также (метров 200) - домик Петра, это в другую сторону от Петропавловки, была Аврора, но она на ремонте сейчас.Это все можно охватить в первый день.Второй день - прогулка по центру. Едете на метро до Невского проспекта (ст.м. Невский пр - это одна остановка). Там выходите и идете вдоль канала Грибоедова до Спаса на Крови (там можно экскурсию взять, зайти внутрь, но можно и не заходить).Дальше идете направо через Михайловский сад на Садовую улицу, по Садовой 50 метров и слева от Вас Марсово поле, справа - Летний сад. Можно сначала на  Марсово, потом в Летний. Заходите в Летний, проходите его насквозь и выходите на набережную Невы (почти напротив будет Петропавловка). Оттуда по набережной мимо дворцов налево до Дворцового моста и Эрмитажа. Заходите в Эрмитаж.Если предпочтете Русский музей, то сначала идите туда, потом уже к Спасу на Крови. Это все рядом, в пределах километра.Выйдя из Эрмитажа (если еще будут силы) проходите через Дворцовую площадь к арке Главштаба и пройдя через нее справа от Вас будет музей иллюзий, стеклянный лабиринт и прочие развлекушки. С другой стороны музей восковых фигур.Если устанете посреди маршрута - садитесь на кораблик и отдохните. Маршрутов два основных - по каналам и по Неве. Я лично люблю по каналам больше. Но Вы сами смотрите, можно и то и другое выбрать в разные дни.Третий день. Также едете до ст. м. Невский проспект, далее идете по Невскому до Малой Морской и по ней до Сенатской площади. Там Медный всадник и Исаакий (можно подняться на верхушку). Можно туда, кстати, пройти по саду рядом с Адмиралтейством (даже лучше). Оттуда идете до Благовещенского моста, переходите на другую сторону Невы и по другой стороне до стрелки Васильевского острова и Ростральных Колонн. По дороге можно зайти в Кунсткамеру. Оттуда можно пешком (недалеко относительно) перейти через Биржевой мост и мимо Петропавловки дойти до Горьковской. Если не очень то любите ходить, то не надо переходить на ту сторону Невы, а просто возвращаетесь по набережной к Эрмитажу и по Невскому пр до метро, откуда приехали.Если не любите гулять или погода очень плохая, то автобус.Гранд Макет в другой стороне, туда специально ехать надо. До ст. м Московские ворота и оттуда пешком еще. Он большой, часа на полтора - два, если смотреть вдумчиво.