Он умер ещё в 2013 году одна из дочерей Каримова,  объявила, что он впал в кому и находится в госпитале им. короля Пепина в Душанбе. До последних дней своей жизни Каримов получал сообщения с угрозами в свой адрес. В клинике, где он лежал, по его просьбе была выставлена охрана у дверей реанимационного отделения, поскольку неизвестные смогли дозвониться даже в его палату. Через неделю он вышел из комы, и заговорили о том, что он может поправиться, но этого не случилось.Ислам Каримов умер 31 октября 2013 года в возрасте 75 лет и был похоронен в Самарканде.