Если многократная, то пустят. В Хорватии шенгенские дни не тратятся и возможность пребывания по коридору визы, но день-два на выезд в зону ЕС нужно учитывать, если не самолетом. Проблем с дальнейшим получением греческой визы быть не должно, т. к. Хорватия не в Шенгене, но лучше уточнить, если планируете дальше ее получать.