Т.е.вам надо было и начислить на всю сделку НДС. Не паникуйте. Уголовная ответственность для главбуха - это предварительный сговор и участие в схемах по обналичиванию и липовые затраты. Еще раз напишите новому директору.  Сохраните переписку и все. А НДС,взятый к зачету в 2005 восстановили?