Тогда сами отдавайте справку для военкомата в школу (у нас в школе централизованно все документы собирали для военкомата; думаю, у всех так же), тому, кто отвечает за сбор этих справок или классному руководителю, то она никуда не потеряется. И при прохождении медкомиссии это учтут.  А с физ.упражнениями в военкомате, действительно, сложнее,  там эти занятия не врачи проводят, и если он там скажет, что будет бегать, прыгать и т.д., то могут так, не глядя в документы, разрешить действительно. Но с ними на эти занятия ездит сопровождающий от школы, можно сопровождающего предупредить.