Принять к вычету можете на основании счета-фактуры и условии, что оприходовали материалы. Если не знаете куда они пойдут, можете сразу брать НДС в зачет, а потом, по факту - восстанавливать. Чтобы не было ни у кого вопросов - закрепите этот момент в УП.