Везде, в т.ч. и в Шереметьево, таможня до регистрации, иначе нет смысла: вы же должны оформить подлежащие декларации вещи. Там и багаж проверяют, и товары иногда вскрывают, в исключительных случаях могут даже назначить срочную экспертизу. Возможно вы путаете с прилетом, там таможенный досмотр уже на выходе. И в первом международном терминале Шереметьево таможня в одном месте с регистрацией, т.е. заходите в зону зеленого коридора и оказываетесь у стоек. Паспортный контроль сразу за ними.