Потому что считается, что мы платим за содержание и ремонт не 100%, часть дотирует государство. И оно решила, что помогать так оно будет лишь тем, у кого единственное жилье. У кого больше одного, за все - повышенная ставка. Кто где прописан уже неважно.  В Москве именно так, по другим регионам не знаю.