Запросто сейчас выделяются доли  в ипотечной квартире до ее выплаты, если есть такое желание.  ВС РФ однозначно высказался в своем обзоре от 22.06.2016 о том,  что наличие обременения не является препятствием для выделения долей членам семьи при использовании маткапитала. И мнение банка значения не имеет. п.11 http://sudact.ru/law/obzor-sudebnoi-praktiki-po-delam-sviazannym-s_7/