Нет выплачивают именно из ФОТ, и "государство" потом возвращает. Порой между выплатой декретных и возвратом проходит год, полгода.  Что бы вернули надо больничный уже закрытый принести.  Вас же не заставляют ждать пока вернут за него деньги, сразу платят, а фирма ждет, пока вы принесете больничный, потом собирает пакет документов, потом ждет возврата.