Более свободны в в фин-хоз.деятельности. Обычная бюджетная получает деньги несколько раз в году и не может рулить ими так как хочет. А автономная получает раз в году и распределяет самостоятельно, экономит, покупает то, что хочет у кого хочет, а не у кого рекомендовали, но все это под контролем учредителей.