Если вы НЕ москвич, работаете, скажем в Новосибирске, но на контору, чья голова зарегистрирована в Москве, то ваши налоги, за исключением НДС, идут в бюджет Новосибирска. Я, москвичка, работала в конторе, чья голова была зарегистрирована во Владивостоке. НДС с частью прибыли мы платили во Владивосток, а НДФЛ, ЕСН и часть прибыли в Москву по месту регистрации обособленного подразделения. Любая контора, имеющая хотя бы одно стационарное рабочее место по адресу, отличающемуся от юридического, обязана зарегить по этому адресу обособленку, встать на учет в местную налоговую и платить туда налоги.