Однозначно Прага! Первое - количество достопримечательностей на квадратный метр поверхности выше. Второе -  цены в кронах, а не в евро, а потому существенно ниже, чем в Мюнхене. Третье - три дня для Праги может показаться и мало. А для Мюнхена - многовато  Если ездить из Мюнхена (замки Баварии, Кенигзее, Монастырь Андекс, например), то три дня - совсем мало.Вывод. Прага. Три дня. Наслаждаться городом, пивом, кухней. Удачи!