Может перейти на эллипс? Я бывшая легкоатлетка, бегала как раз 3-5 км. Еще с тех времен проблема с левым коленом.  И ситуация точно такая же, бегаю месяц нормально, потом по нарастающей начинает болеть травмированное колено. Перешла на эллипс -пока все отлично, колено не болит, хожу час с нагрузкой.