Ну так и ответственность за достоверность бухгалтерского учета несет также руководитель. Ваша задача - получать письменные отказы на ваши замечания. Вы работник учета, а не кредитораспредитель ресурсов. Хотя конечно ситуация аховая. Случись чего - отвертеться от ответственности у вас шансы есть. Но вот от нервотрепки и внимания органов - будет крайне сложно.