Тут многократно писали, что греки уже пару лет требуют минимум 80% оплаты отеля. Нигде это официально не указано, но причина отказа имено в неоплаченном отеле. Хотите получить визу, оплачивайте отель полностью и подавайтесь еще раз к грекам же. Можете непосредственно с отелем договориться, чтобы деньги вернули, если что.