По опыту сложилось впечатление, что когда такое разделение процессов, проблема в наполнителе. У меня когда была одна кошка, она вот так именно игнорировала наполнитель на второй день после его полной замены, видимо, "грязным" он ей казался. Кстати, это был именно Кэтс Бэст. Вот буквально, выбрасываю полностью наполнитель из лотка, насыпаю свежий из пакета, сутки нормально, потом кучки на полу, это при том, что из лотка выбраны все комки и какашки. И так несколько раз подряд. Сменила на бентонитовый "песочек" и как отрезало. Вот видимо, дело в инстинктах, писать может и в грязный лоток, даже сейчас когда их четверо, даже когда на выходные уезжаем, это как метки (но в буквальном смысле, конечно, кошка давно кастрирована),  а какать нужно в чистое и еще закопать, чтоб никто не выследил. Попробуйте как предложили уже - рядом второй лоток без решетки и с совершенно другим по текстуре наполнителем (не древесным)