НДС - будет переплата, Прибыль - задолженность, как только подадите декларации и они встанут в базе по срокам, вылезут пени. Страшно это или нет - зависит от конкретных сумм, трудно судить не зная оборотов компании. К самим уточненкам налоговая не придирается, но может инициировать камеральную проверку. Теоретически, может захотеть и предыдущие периоды проверить. Все зависит от конкретной налоговой или инспектора, от сферы деятельности компании, там много факторов, в т.ч. человеческий.