да, считают именно ночи, сколько прожили, за столько и заплатили, я не знаю как платят агенства за забронированные номера, может и заранее, но когда бронируешь сам, они морозят сумму, а потом может быть даже пересчет в ту или иную сторону, у нас в америке так было, что за 2 дня с нас взяли меньше, по какой-то причине была скидка Но везде и в европе и в азии и в америке списывали деньги ПОТОМ, даже в сочи была неделю назад тоже при выезде расплачивались