Я бы не советовала сити-бас. Я правда не знаю как сейчас, раньше было плохо организовано. А вот прокатиться на водном трамвайчике будет интересно и без пробок, тепло одевайтесь только. ПРогуляйтесь по центру, обязательно в метро на некоторые станции посмотрите, красивые. ВДНХ здорово и в конце мая там шикарно, все цвете, там много сортовых сиреней и каштаны и пр., есть развлекательный парк, аттракционы, только вот не сказала бы что это прям номер 1, что в Москве посмотреть за 2 дня. Если бы больше времени было, то да.Прогуляйтесь по маршруту -Александровский сад (вечный огонь), Манеж, Красная Площадь, ГУМ, Лубянка (КГБ, Детский мир), Кузнецкий мост, Большой театр.  Дети у вас слишком разного возраста, сложновато совемстить. В Планетарии было бы всем интересно, там и Зоопарк рядом. Эксперементариум тоже интересно.Я бы не пошла ни в Третьковку, ни в Пушкинский - слишком времени у вас мало и ребенок 4летка.Если есть возможность, возьмите частного гида с экскурсией пешей по центру.