ИП бывают с разными режимами налогообложения. Для аренды обычно применяют упрощенную систему налогообложения, тогда нет права вычитать из доходов расходы при исчислении налогооблагаемой базы и ставка налогообложения 6%. Именно в этом случае и получается, что при продаже квартиры, которая НИ рассматривает в данной ситуации как средство производства в вашей предпринимательской деятельности, придется заплатить эти 6% со всей полученной от реализации суммы.Как избежать подобной неприятности? - можно попробовать подарить часть квартиры близкому родственнику (не ИП), чтобы он получил право на налоговый вычет со временем. А потом перед самой продажей  подарить ему всю оставшуюся часть и продавать квартиру от его имени.