У меня учился. Грамотность пострадать не могла, т.к. до школы ее не было, )) потом постепенно появилась, где-то с 3 класса. Я не очень внимательно вглядывалась, что они там делали, но более-менее домашку посматривала и как-то не заметила, чтоб  было много заданий писать звуковым разбором, чаще наоборот - по транскрипции написать, как надо на самом деле. Потом одно время было много странных заданий, где вместо многих букв рисовали прочерки, сын называл это слабыми позициями и даже пытался мне объяснять, почему сначала их в текстах было мало, а потом стало 2/3, но тут я не выдержала и самоустранилась полностью.Сейчас 5 класс, ошибки только отдельные по невнимательности и иногда в незнакомых словах.Говорят, в этой системе больше обычного зависит от квалификации учителя, тут нам повезло.