скидка вам еще при заказе проставляется в позициях, когда вы ее принудительно активируете. Счет-заказ они привозят такой-же какой вы видели при заказе на сайте. Курьер сам ничего не пересчитывает, просто минусует от итоговой суммы  те позиции от которых вы отказались