Очень хорошо вы написали. Не соглашусь только по поводу обозначения мягкости согласных. Логопед (я, например), будет этим заниматься только в том случае, если эти ошибки сопряжены с неусвоением материала. Сейчас же, наиболее вероятно, ребенок не понял на самом начальном этапе механизм обозначения. Возможно, попал в класс уже неплохо читающих детей и основы чтения были пропущены.