В какой работе? Если это самостоятельная, тест или письменная работа именно на изученные правила или темы - то да, учитываются как 6 ошибок. Если  по русскому языку ученик делает 6 ошибок в РАЗНЫХ  словах на одно правило, допустим на непроизносимые согласные (устный, опасный, вкусный и т.д.) в  словарном диктанте у вас же не возникнет вопроса одна это ошибка или шесть? Оценка во многом зависит от опять же значимости работы, если контрольная по изученным темам и правилам то может и 2 и 3 быть, в зависимости от строгости учителя)))