На вашем месте бы я передвигалась по России на машине без поездов,метро и вообще общественного транспорта. Купите навигатор и по городу вам будет легче на машине, так как у вас ребёнок с креслом. Потом багаж по городам все же легче перевозить на машине,чем сумки,коляски и детей собирать в поезда. Если вы остановитесь в Питере, то можно заехать потом в Великий Новгород там дня 2 можно провести,  потом можно на Тверь там тоже дня 2 город посмотреть и до Москвы уже рукой подать, в Москве бы подольше была, примерно неделю и обратно тем же маршрутом с остановками на день ,чтоб дети от езды отдыхали. Как я поняла Питер это первый город,в который вы заезжать будете из вашей страны? Мы с мужем так путешествовали ,у нас тоже 3 ребёнка,  2 года,4 года и 9 лет. Машина удобная тем,что все необходимое можно закинуть в неё и не зависеть от  расписания транспорта,  сел и поехал.