Неа, эта фраза буквально означает, что сумма скидки будет списана со счета ... - но это бессмыслица без начала фразы. Скорее всего, в начале стояло "Если счет не будет оплачен в ... срок, то ..." Что в данном случае формальность (но такая фраза все равно может в счете стоять), если счет уже оплачен и деньги пришли, как они, по вашим словам, выше написали. Вы сфотографировали кусочек счета, а мы тут должны гадать  Сфотографируйте все целиком, я вам скажу, что там и к чему.