Не поленитесь, дойдите до налоговой и проконсультируйтесь. Совершенно точно, что налог Вы будете платить не со всей суммы минус 1 млн., т.к. помимо вычета в 1 млн., вам положен вычет при покупке. Главное, в одном налоговом периоде совершить продажу/покупку.