В центре, желательно рядом с метро. В Петергоф рекомендую поехать на метеоре, очень приятно и быстро. Метеоры ходят от  Адмиралтейской набережной (у Зимнего дворца и Адмиралтейства).В Павловск и Пушкин ходят электрички с Витебского вокзала (это линия прямая от пл.Восстания) или на маршрутке от м.Московская (это прямая линия с метро Невский пр.)В общем, ищите отели рядом с Невским проспектом, все достопримечательности близко и несколько станций метро.С учетом того, что приедете Вы на Московский вокзал, то легче искать в районе пл.Восстания.