Обработайте хлоркой машину, резину и лоток , как вам советовали выше. Через какое-то время повторите. И ПЕРЕСТАНЬТЕ пользоваться смягчителем,  от него все это и бывает.Вы ведь обратили внимание, что больше всего черноты в лодке именно там , где вы заливает смягчитель.