Т.е. Вы ушли и выписались из муниц.квартиры Ваших родителей, оставив там своего БМ и своего ребенка? Потом БМ с ребенком ушли оттуда куда-то или всё же они там и не жили, только прописаны были, и Ваши родные выписали их. Правильно сделали. Ну и успокойтесь, Ваш ребенок ведь папин, Ваш БМ найдет себе жилье, пропишется сам и своего сына туда же пропишет.