Может  У нас сотрудники, которые занимаются регистрацией перестраховываются по каждому поводу. У меня тоже детей отказывали регистрировать в МОЕЙ квартире без согласия их отца. После просьбы письменного отказа с указанием причин - быстро прописали.До этого меня отказывались прописать в МОЕЙ квартире - я единственный собственник, потому что якобы есть другие прописанные в этой квартире и без их согласия ни-ни. Опять же пришлось это дело решать со скандалом. Главное знать свои права. Права на стороне детей в Вашем случае были.