Вопрос абсолютно правомерен и совершенно не оскорбителен. Читаем внимательно.  «И тут Маша говорит Ване что она беременна.» Все. Она не сказала: «Я беременна от тебя», «У меня будет ребенок от тебя». Она просто сказала, что беременна. Вопрос – «От кого?» совершенно естественен.