происходит из известной футбольной семьи. Его отец, Перико Алонсо, играл за «Реал Сосьедад», в составе которого стал двукратным чемпионом Испании, и за «Барселону». Брат Хаби, Микель Алонсо, играет на позиции полузащитника за «Чарльтон Атлетик». Другой брат, Йон — футбольный судья. Алонсо родился в Толосе, небольшом городке страны Басков, до шести лет жил в Барселоне, потом его семья переехала в Сан-Себастьян. Именно здесь проявилась его страсть к футболу, он провёл свое детство, играя в футбол на Плайя де ла Конча (Шел Бич)[5]. На пляжах Сан-Себастьяна Алонсо подружился с жителем Калле Матиа, Микелем Артетой, и они часто соревновались друг с другом, играя вместе в футбол по выходным[6]. В раннем возрасте Алонсо решил стать опорным полузащитником, это амплуа помогло ему научиться хорошо распоряжаться мячом на поле.