У вас точно была смена фамилии сама по себе? Перемена имени, фамилии, отчества, по свидетельству о перемене имени? В этом случае вы должны были сдать в загс СОР детей, и вам их выдать обязаны были новыми, с вашей измененной фамилией или именем. А если вы меняли фамилию по другим основаниям, вступление в брак, развод и возврат девичьей фамилии - то все правильно вам в ЗАГСе сказали.