океанариум, грандмакет, музей паровозов(http://cmzt.narod.ru/index/about_us/0-3 ) , если погода хорошая, то залезть на Исакий(никогда бы не посоветовала это трехлетке, но моя старшая дочь в тот год ровно 3х лет в первый визит в Питер впечатлилась и ходила по Исакию 2 раза на экскурсию и поднималась наверх - и сейчас в 11 лет это ее любимое место в городе), сплавать по рекам и каналам, побродить просто ножками по Невскому, поискать кошечек, найти памятник дворнику, летний сад...Вообще 3 дня это мало, так что берите посильные нагрузки и гуляйте!