Понятно.На сегодняшний день регистратор не имеет права регистрировать переход права в Вашей ситуации.Нужно узаконить перепланировку, подать документы на внесение изменений в кадастр, получить новое свидетельство и  только после этого регистрировать переход права. Нужны ли Вам потом проблемы с документами в купленной квартире, и как потом Вы собираетесь их решать, думать об этом только Вам.  Если красные линии появились в кадастре, значит, БТИ известно о перепланировке.Красные линии никуда не денутся из кадастра при денежном решении вопроса. В любом случае, это трата продавца, а не покупателя. И проблемы в будущем покупателю.