Зачем отказывать? Спросить: почему начальница вам не дает полномочий, при том что выполняете работу заместителя по факту. И попросить разобраться с этим вопросом. А также попросить письменно подтверждение, что ваша работа будет оплачена по соответствующей ставке.Думаю, вашей начальнице быстро мозги вставят по возвращении, раз она оставляет некомпетентного человека. Надо не стесняться отстаивать свои интересы.