Выйдите и зайдите в скайп заново. Войдите в любой чат (разговор). В нем в окошке диалога наберите команду /showplaces - так можно узнать, где запущен скайп или включены push уведомления. Посмотрите, где ещё залогинены. Далее наберите /remotelogout (выход на всех устройствах и откл. push уведомлений). После этого зачистите историю на текущем устройстве ещё раз, потом залогиньтесь на другом устройстве, проверьте.