Бактерии во рту остаются, вы же только зубы чистите. Они на языке, на слизистой, в плохо доступных для щетки местах. Со слюной, а слюна обволакивает зуб, они распространяются по эмали зуба и образуют микробную пленку. Эта пленка любит углеводы и выделяет, при их переработке, кислоту. Все микробы это делают, даже те что на языке остались, только кислота не повреждает слизистую, а повреждает только твердые ткани зуба.