Вы задали сложный вопрос. Можно ответить коротко - все дело в реакции иммунной системы. Там несколько механизмов, но все они связаны с неправильным ответом Т-лимфоцитов. есть множество гипотез, но несомненно одно - лимфоциты в силу неизвестных причин атакуют собственный мукозный слой плости рта. тут и инфекционные агенты (вирусы герпеса + некоторые стрептококки  + некоторые другие микробы ), и  (часто) системные нарушения крови - дефицит витаминов и микроэлементов, и некоторые виды препаратов для антисептики (лучше бы чистюлей не была, а ела чрешню с дерева, жкт на то и жкт, чтобы обезвреживать все.) Некоторые исследователи говорят о заболеваниях желудка, я в это не верю, доказательности не встречал в практике. ИТОГО - проверить дефицит железа, фолиевой кислоты и В6-В12-Д + ОАК. Снять чистюльство - лучше 1 раз переболеть, но перенастроить лимфоциты. + медикаментозно одно из двух: весаноид ( стоимостью от 10 000 руб) или родной аевит ( стоимостью от 25 рублей). Эффект будет одинаковый, витамин А - мощный модулятор иммунного ответа T-лимфоцитов. И кроме того - дайте прочитать следующее дочке: чистюльство это хорошо, это очень хорошо, я сам чистюля донельзя, но шапочки в отделениях не ношу никаких, включая реанимацию, ибо знаю, что если не подсеять свой стафиллококк, то метициллинрезистентный больничный - убьет всех напрочь и все заболеют. А если быть чистюлей во рту, то... целоваться-то как - это ж афтозная трагедия будет ... ТАМ ДОЛЖЕН БЫТЬ ПОДСЕВ ЧУЖЕРОДНОГО. Это для рта - нормальная стихия и более того - нужная организму.