В разделе 1 расчета доходы надо отражать нарастающим итогом с начала года. А в разделе 2 — только те выплаты, которые пришлись на конкретный квартал. Т.е. в разделе 2 расчета за полугодие понадобится показать только операции за II квартал — с 1 апреля по 30 июня включительно.