Я бы третий вариант выбрала)) 1 и 2 день - Брюгге с ночевкой, утром 3 дня - едете в Гент, оставляете багаж в камере хранения и весь день гуляете, вечером едете в Брюссель с ночевкой там и гуляете до конца)) Если "чистыми" 3 дня получается, то 1 ночь в Брюгге. У меня лично был следующий вариант: из аэропорта Брюсселя на автобусе в Антверпен (ехать час с копейками), полдня там и ночь, утром дальше (Брюгге, Брюссель, Амстердам, Лилль) - всего 5 дней было.