+1  соглашусь с Вашим маршрутом - Сити-тур и на лодке по каналам поплавать (лучше ближе к вечеру и отправляться от Петропавловки). Можно еще на смотровую площадку на Исакии подняться, Летний сад, и вообще по центру пройтись