ЗП - это выплата за уже отработанное (например, за ноябрь), а отпускные - это выплата ПЕРЕД отпуском (который, предположим, в декабре), поэтому - да, двойная должна быть выплата: и за ноябрь работник получает в начале декабря, и отпускные за декабрь - также в начале декабря. Вы может отпускные не выплачивали как положено ПЕРЕД отпуском?