Убить флору навсегда не могут. Хеликобактер есть у большинства, но не всем он мешает жить. Если это был ваш случай, то антибиотики были необходимы. Если подозреваете проблемы с микрофлорой, пейте пробиотики: в капсулах удобней, но те, что в холодильниках - действенней.