А у вас кроссовки хорошие? Вы бегаете в специально подобраных кроссовках?  Когда я начала бегать (несколько лет назад после долгово перерыва) то пошла в специализированный магазин где протестировали как я бегаю и подобрали кроссовки с учетом особенностей. В общем бегала по буеракам и лесу без особых проблем. Проблема была что поднадоело и такого еффекта не было который я хотела. Хорошее было то что не болела ту зиму вообще, как конь гоняла. Еще, а отдых у вас какой между пробежками? В смысле, сколько дней вы бегаете и сколько отдыхаете? Может просто очень рьяно взялись после травмы? И еще, к врачу ходили с этой проблемой?