Вот смотритеФЕДЕРАЛЬНАЯ НАЛОГОВАЯ СЛУЖБАПИСЬМОот 25 июля 2013 г. N ЕД-4-3/13578@Согласно абзацу третьему подпункта 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с данным подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле.Данная норма, в соответствии с пунктом 1 резолютивной части Постановления Конституционного Суда Российской Федерации от 13.03.2008 N 5-П, применяется только в случае распоряжения имуществом, находящимся в общей долевой собственности, как единым объектом права собственности.Таким образом, если квартира, находившаяся в общей долевой собственности трех человек менее трех лет, была продана как единый объект права собственности по одному договору купли-продажи, имущественный налоговый вычет в размере 1 000 000 рублей распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле.Если каждый владелец 1/3 доли в праве собственности на квартиру продал свою долю, находившуюся в его собственности по отдельному договору купли-продажи, он вправе получить имущественный налоговый вычет в размере 1 000 000 рублей.Сумма, превышающая размер имущественного налогового вычета, приходящегося совладельцу, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.Вроде бы всё для вас. Два отдельных договора и каждому вычет по миллиону. НО! Если это будет сделка в один день, я   уверен, что ИФНС сможет вас достать. Я так же уверен, что у ИФНС не будет претензий, если сделки пройдут в разных налоговых периодах (разные года), даже если между ними будет разница в день. Что будет в промежуточных вариантах (сделки с разницей один день или неделя или полгода но в одном налоговом периоде), я не знаю. Два месяца, с моей точки зрения, некий минимальный разумный срок, когда можно отбрехаться, что это разные сделки и никто заранее не знал, что будут выкуплены обе доли.Короче, потерпите три месяца и продавайте за полную стоимость обе доли одним договором.