У ребёнка точно нет собственности в квартире? Ну по суду-то точно можно выписать при желании. И папа сможет выписать - по суду, как несобственников. Вообще прописанный в двух местах ребёнок это нонсенс какой-то, думаю тут косяк какого-то не слишком грамотного сотрудника. Но это надо у юристов уточнять.