Нет свидетельства - нет квартиры. Соответственно нет вычетов при продаже квартиры. Вы продаете сейчас по переуступке не квартиру, а право на ее требование (получение) по ДДУ. Да, надо заплатить налоги с 4млн. рублей (всего дохода). Но на 1млн. (сумма приобретения права) скорее всего вы сможете получить вычет.