фонетический разбор и во втором классе есть.  Ребенок с октября месяца  этим занимается периодически.Не думаю, что безграмотность связана с фонетическим разбором. У нас даже наоборот, ребенок стал писать гораздо грамотнее. До него дошло, что слова пишутся и слышатся по-разному и при написании любого слова надо напрячься и подумать ,как правильно написать.  мы в свое время очень много делали этот разбор, очень хорошо это помню. Безграмотностью не страдаю