Возможно, я изначально Ваш вопрос неправильно понял. Если работник работает в штате и дополнительно организация хочет с ним работать как с ИП, то на ту часть, что в штате распространяется. Но возникает вопрос по обоснованности применения такой схемы с дополнительными работами. Если не дополнительно, а вместо, то не распространяется. А лучше, конечно, чтобы Вы подробнее расписали ситуацию.