Никаких согласований НЕ предусмотрено законом. Заявление зарегистрировали, поставили на него №, дату,подпись принявшего  - ВСЁ. Остальное не Ваши проблемы.Делаете себе копию и отдаёте оригинал ОК без изменений.Вы обязаны по закону УВЕДОМИТЬ работодателя, что Вы и сделали,зарегистрировав его у секретаря. Бегать за заведующей - Ваша добрая воля и законом не обязательна.Вы им сделали одолжение получив закорючку заведующей, это мог сделать ОК.Пусть покажут Вам основание,зачем Вам переписывать заявление.