До Marienplatz поезд идет 50 минут, ходят поезда часто. Прибавьте время на прохождение паспортного контроля и поиск выхода к электричке. Обратно Вам нужно будет с площади уехать не позже 18 часов. Смотрите сами по обстановке, если рейс не задержат, насколько быстро сможете сориентироваться. Почитайте заранее, какой тип билетов Вам нужен, чтобы на месте время не терять и с каким интервалос следуют сейчас поезда. В идеале погулять по Marienplatz часок сможете. На самом деле, не такая уж большая стыковка, в аэропорту время протекает незаметно.