А чем пол из плитки отличается от стяжки? Ровная поверхность. Я бы положила сверху , даже не думая. У нас замковая пробка лежит на втором этаже, там нет никакой стяжки. Лаги, сверху фанера, сверху пробка. Внутри конечно шумоизоляция. Это я к тому, что положить можно на любую ровную поверхность, имхо.  У нас 8 лет лежит, ка кновая, нихрена ей не делается. Про бактерии в пробке  впервые слышу вообще.