я, честно, если встречаю имя в письме, не отличаю софья от софия. читаешь обычно быстро, до окончаний слов не дочитываешь. наталья и наталия - то же самое. на слух, конечно, различу, но в письме, я думаю, все именно по этому ошибаются - читают быстро