А антибиотики детям не назначили? Странно, что Вы их не упоминаете. У моего ребенка был коклюш несмотря на прививку, антибиотики были в принудительном порядке. Через какой-то срок после выздоровления делали анализы на тему полностью ли ребенок избавился от инфекции или курс повторить. Мы в Европе.