Да, нужно выделять однушку в натуре и, соответственно, делить лицевые счета. Составляете нотариально заверенное соглашение о разделе общего имущества, где указываете кому будет принадлежать однушка, а кому двушка. После регистрируете в регоргане (в Москве в МФЦ). По факту получения новых свидетельств идёте в свой ЕИРЦ или УК, или что там у вас и делите лицевой счёт.