Нет, файл вытолкнул из канала инфицированные ткани, отсюда и гранулема. Файл помешал качественно запломбировать канал, отсюда сохранившаяся инфекция и гранулема. И не в десне, а в периодонте, ткани окружающей зуб. Десна - это слизистая вокруг зубов.