Вычет в сумме израсходованных средств оставляют. Проблема (в большей степени организационная) может быть в том случае, если нужно продать дорогой объект, который был куплен (возможно много лет назад) за маленькие деньги и имеются в собственности другие объекты. Тогда (как вариант, если не заморачиваться с переоформлением объектов) придется платить налог с кадастровой стоимости объекта умноженной на 0,7-0,9 (в зависимости от того как субъект решит) заминусованной на расходы на покупку объекта.