Так у Петерсон контрольные сложнее, чем любые другие тесты для 3 класса. Вероятнее всего проблема в вашей учительнице. Петерсон - замечательная программа, с уймой устной работы, дополнительного материала, возможностью работать с детьми разного уровня подготовки, разжеванная в методичках от и до. Возьмите сборник устных упражнений, погоняйте ребенка по одному уроку, посмотрите, как и что именно он вам отвечает, насколько понимает то, о чем вы спрашиваете. Поищите сами пробелы. Напишите  конце концов заново контрольные на пройденные темы, поищите и устраните пробелы, не важно по чьей вине возникшие.