Я видела в аптеке такую штуку, которая  вставляется в обувь и обрабатывает ее ультрафиолетом. Уничтожает бактерии, грибки, думаю, она Вам может помочь! По идее, запах именно от бактерий, а ультрафиолет их убивает, поэтому запах должен исчезнуть.