Где Вы покупали саженец? Мне кажется, что все ветки растут из места прививки. И хорошо бы знать, что привили в крону. А вдруг там разные сорта? И лучше бы все сохранить, а не обрезать. В любом случае пока беспокоиться не о чем. Осенью следует вырезать побери, растущие внутрь кроны. А дальше смотреть, что из этого всего вырастет.