ЗЗПП является специальным нормативным актом, общим - Гражданский кодекс. В соответствии с положениями о договоре подряда (не помню какая статья, к сожалению, 700 какая-то) Вы вправе устранять недостатки самостоятельно (либо посредством третьих лиц) и, в последующем, требовать возмещения соответствующих расходов только если такое право прямо прописано в договоре. Судебная практика на этот счет абсолютно однозначна. Презюмируется право подрядчика устранить недостатки своими силами. Недаром у вас так прописана эта часть в договоре. Юристы в компании имеются.