Договор есть? Обычно порядок выставления актов прописывают в договоре. Еще очень важно что это за работа: если по итогам месяца можно определить ее количесво или результат (например перевод текста 2000 страниц), то акты выставляются ежемесячно, если результат достигается только по окончании работ, услуг (например написание программы или создание сайта), то один акт по завершении  работ, независимо от фактов полной оплаты. Они же еще должны остались?