Да, в договоре должны быть указаны все, кто проживает, именно тк, это нужно и им, и вам. Заключите два договора - один для вас как обычно, второй для проверяющих - что они платят только за услуги ЖКХ, чтобы вам не было необходимости платить налоги. И регистрируйте спокойно, по истечение срока регистрации она автоматически прекращается, ничего плохого вам сделать никто не может. А что у них брак граждансий - ну так и написать в договоре, что живет гражданин Пупкин, его гражданская жена Вупкина и их ребенок.