Вы сами выбираете при заполнении заявления отделение УФМС, которое должно Вам оформить загранпаспорт. А должно Вам только отделение по месту Вашей постоянной регистрации, вот его и выбирайте. По месту фактического проживания с вероятностью 99% не станут оформлять, перенаправят документы Ваши в областное УФМС.