У нас также было. Тоже только с трубкой. Оказалось, золотыстый стафилококк в кишечнике и грибы. После лечения у грамотного гастроэнтеролога стул нормализовался. Но! важно сдать анализ правильно на дисбактериоз и лечиться не самостоятельно, ( типа, пропили бифидобактерии и все пройдет), а убивать грибы, стафилокоокки и потом уже "засаждать" нужными бактериями. Анализы-то  уже сдавали?