В этом возрасте дети так и пишут. И им обычно объясняют, что если слышишь мягкий звук + А, то следует писать Я.  Объясните ему тоже это один раз, и потренируйте.Фонетический разбор плох как раз в том, что после прохождения этого этапа, когда ребенок только-только усвоил это правило, его начинают учить в обратную сторону, и в голове и в зрении путаница.