Все правильно, если они эту выплату как доход отразят, в любом случае возникнет НДФЛ, через кассу или банк вы ее получите не важно.  Поэтому, в момент получения денег требуйте справку 2НДФЛ, там будет указан код дохода, выплаченная сумма, удержан налог или нет. Это для заполнения декларации нужно.  Была ли у Вас з\п в год,  когда делали операцию и в каком году ее делали??? Может получится получить налоговый вычет на лечение? Ходить по налоговым не обязательно, по почте отправить можно.