Это вы немного запутались. Продавец с дохода (продажи квартиры) должен заплатить НДФЛ. НО! он может уменьшить доход на выбор или на сумму затрат на приобретение этой квартиры, или на 1 млн. А вы говорите про налоговый вычет на покупку жилья, который предоставляется раз в жизни и понятно дело не юрлицу и о нём речь здесь не ведётся.