Тогда вы будете регистрировать ребенка как мать одиночка, а отец будет устанавливать отцовство в судебном порядке, а потом, когда отцовство будет установлено, может подать новый иск о том, чтобы поменять ребенку фамилию. В ЗАГСЕ ваши споры никому не интересны - они просто оформляют документы. То есть либо вы регистрируете как мать одиночка, либо идете дальше договариваться, пока не придете к согласию на какую фамилию регистрировать, до этого момента ребенок будет без документов.