залог - это залог и он не может быть предоплатой (если только не договоритесь об этом). Арендатору выгоднее конечно посчитать его в счет оплаты. Если это же сделает арендодатель, то сумма полностью уйдет на погашение стоимости проживания, но если вылезут недостатки, то их оплачивать уже не из чего будет. И не факт что жилец согласится возместить расходы (в случае его непорядочности). Поэтому правильнее будет возвращать залог в момент выезда жильца после проверки сохранности имущества.