Потому что разный смысл. Например"Я действительно окончила щколу"Здесь выделять не надо, потому что если вы ваыбросите это слово, то смсысл ненмого изменится. А так Вы констатируете: Я окончила школу! Без сомнения!А если Вы пишите"3+2=5, это факт, ведь, действительно, если к 3 прибавать 1 будет 4, а если еще один, то будет 5".В данном случае слово "действительно" вводное, оно вводится, так сказать, длля красоты, для ясности))