Вот Вам сайты http://kostromaru.ru/museums.htm и http://yaroslavlru.ru/museums.htm , выбирайте, что больше по душе  Вообще для таких городов 1,5 дня - это катастрофически мало. ИМХО.Из общих рекомендаций - в Ярославле прогуляйтесь по Кремлю (он же Спасо-Преображенский монастырь), детям наверняка понравится в Эйнштейниуме (аналог московского Экспериментаниума, но поменьше), музей "Музыка и время".Поесть рекомендую в "Богата хата", это недалеко от Кремля.В Костроме - Ипатьевский монастырь, за ним музей деревянного зодчества, Терем Снегурочки, Лосеферма, музей льна и бересты.