Не соглашусь с вами. Дети, изучающие русский по программе Эльконина-Давыдова, ничуть не более неграмотны, чем дети, учащиеся по другим программам. А у Э-Д жесть как много фонетики. Почему ваша дочь безграмотно пишет - сказать не могу.