Если одна авикомпания, я бы зарегистрировала багаж с конечной точкой. А вообще Афинский аэропорт большой, советую заранее ознакомиться с его планом. Но в целом он весьма логичный, поэтому 1часа хватает для транзита. Правда я знаю его очень хорошо поэтому для меня вообще не вопрос и 40 минут).