Вобщем вам нужно почитать договор и выяснить - кто вам продал тур - ТА под брендом или вы купили напрямую у ТО. Если вы отдали документы менеджеру турагентства, то  у него и надо интересоваться - в каком виде она отдала документы в визовый отдел ТО и почему.