С аналогичной ситуацией в документах (разные фамилии детей и матери) ни разу не было описанных проблем. Видимо, дело не в паспорте, а как в анекдоте "а они бьют не по паспорту, а по морде" ПиСи. Дойдите до ЗАГСА и узнайте из первых рук меняют они фамилию на новую в Свидетельствах о рождении детей или нет.