Спокойно. При уплаченном основном долге вы пени им будете должны и должны. И наплевать. На пени без основного долга в суд не подадут, а и подадут исполнительное вряд-ли. Платить начните срочно, хоть сколько-то. Что бы суд в случае чего тянуть по "неполная уплата".