у меня иногда немного болит правое колено, но я не связываю это только с занятиями, т.к. это последствия перенесенного несколько лет назад ОРВИ.Вы не приседайте глубоко, чтобы избежать чрезмерной нагрузки, и все будет  хорошо. Я стараюсь выполнять упражнения с максимальной амплитудой, но, когда чувствую дискомфорт в коленях, уменьшаю глубину приседаний, и все ок.