Это напрямую связано. Если ребенок постоянно будет видеть йожыка, у него не образуется в голове нужная связь, что жи-ши пишутся только через и. Для него слово с жЫ не будет казаться чем-то противоестественным. Откуда при таких раскладах взяться грамотности?