ДО 90 дней можно быть незарегистрированным, чтоб не попасть под административную ответственность по ст.19.15 КоАП РФ. А для получения московской надбавки надо быть зарегистрированным постоянно. Т.е. если 2 месяца не был зарегистрирован в Москве (или, что еще хуже, был зарегистрирован НЕ в Москве) - надбавка не положена.