Отчество у ребёнка (если его мать -- мать-одиночка) в свидетельстве о рождении в любом случае со слов матери запишут (что с прочерком, что с фиктивным отцом -- нет разницы). В паспорт запишут ровно то же отчество, которое в свидетельстве о рождении уже есть.