Просто сходите в бухгалтерию управляющей компании и объясните ситуацию. В Москве есть практика начислять коммуналку и на реально проживающих, но никак не зарегистрованных в помещении. В выписке из домовой книги у таких стоит "зар. в бух."  Вот ваших "прописанных, но не живущих в квартире душ" убрать получится вряд ли, хотя.... Их можно временно зарегистрировать в другом помещении и принести оттуда справку о том, что они временно живут в другом месте.