Про эстонский поезд не в курсе, но например, в питерском Грандэкспрессе есть люксы на троих, площадь таких люксовых купе больше обычного. Там вполне комфортно втроем, правда, я ездила с двумя детьми. Но ребенок (если он едет третьим в купе) бесплатно только до 10, после 10 и до 18 лет доплата по детскому тарифу (эта фишка действительна только на те вагоны, где купе продаются целиком, а не по местам).  Мне это купе обошлось примерно столько же 9ну может совсем чуть-чуть дороже), сколько бы я заплатила за 3 места в СВ, при этом старший ребенок тогда бы ехал отдельно с чужим человеком.