Обвинения в предполагаемых связях с КГБСогласно заключению Комиссии Президиума Верховного Совета России по расследованию причин и обстоятельств ГКЧП (опубликовано в марте марте 1992 г.), возглавлявшейся Глебом Якуниным и Львом Пономарёвым, имело место «антиконституционное использование Центральным комитетом КПСС и органами КГБ СССР ряда церковных органов в своих целях путем вербовки и засылки в них агентуры КГБ», выразившееся в том, что некоторые из иерархов РПЦ являлись агентами КГБ. В частном определении комиссии указывается, что «характер исполняемых ими поручений свидетельствует о неотделённости указанного Отдела от государства, о его трансформации в скрытый центр агентуры КГБ среди верующих»[136].На основании сопоставления известных заграничных поездок агента «Михайлов» и владыки Кирилла, среди некоторых журналистов[137] и религиозных деятелей[138] сложилось мнение о тождестве владыки Кирилла и агента «Михайлов».В 2003 году член Московской хельсинкской группы священник Юрий Эдельштейн направил письмо Президенту России В. В. Путину, где также обвинял митрополита Кирилла в связях с КГБ.[139]