Нет, ИП выплат по больничному не полагается. Взносы должны быть оплачены до 31 декабря, хоть одним платежом, хоть десятью. Но тут такой момент, что эти взносы уменьшают налог по УСН, поэтому бухгалтерия, требуя оплату ежеквартально, таким образом оптимизирует налог по УСН (меньше платить).