Часто ездим в Россию. Фамилии с мужем разные (уже 20 лет). Дети с фамилией мужа. Ни разу никто не задал вопросов. Вам просто не повезло с конкретным пограничником (не таможенником ведь, да?). Строго говоря, наличе одной фамилии еще не доказывает, что дети ваши. И такая возня с доками.. "хорошо", если у вас ни собственности, ни счетов, а то ведь все-все-все менять.