Если накрыть крышкой, вода закипит быстрее, процесс варки будет интенсивнее. Без крышки влага быстрее испаряется. Под крышкой - получается посочнее, без крышки - посуше. Например, обжаривают с одной стороны без крышки, а с другой стороны под крышкой.Подождите, придут настоящие знатоки и всё расскажут в деталях. Наверняка, там и витамины как-то лучше сохраняются при каком-нибудь способе.  (макароны и гречку я варю когда как, в зависимости от настроения)