Даже если корешки торчат из дырочек, саженец должен выниматься с комом. Даже крупный. Значит он длительное время провел в этом горшке, и корни оплели земляной ком. Бывает, что саженец незадолго до продажи сажают в горшок и засыпают землей. И никто не знает, что там с корнями, может они все обрублены. Вот этот ком достать трудно, и сразу видно, что земля недавно насыпана недавно. Это про саженцы.А вот корневищные многолетники вполне могут быть засыпаны непосредственно перед продажей. В этом ничего страшного нет чаще всего.