Сначала надо осознать, где у вас чего будет. Потом осознать где будет дом. Не обязательно скважину бурить до строительства дома, но вот при устройстве фундамента необходимо на месте входа и выхода жидкости проложить трубы, на должной глубине (ниже уровня промерзания грунта для вашего региона). Потом делается фундамент (подвал-цоколь), потом у этим трубам подключаете коммуникации. Иначе придется делать подкоп под фундамент, что не так и просто.