В тот же день американскому послу в Москве была вручена нота протеста советского правительства. В ней СССР протестовал против полетов, совершенных U-2 4 и 5 июля. Нота давала представление о том, насколько полно русским удалось проследить маршруты полетов. 4 июля, по словам русских, самолет-нарушитель проник в воздушное пространство СССР на глубину 320 километров, находился в пределах Советского Союза один час и тридцать две минуты и пролетел над Минском, Вильнюсом, Каунасом и Калининградом. 5 июля нарушитель якобы залетел на глубину до 150 километров, облетел Брест, Пинск, Барановичи, Каунас и Калининград, оставаясь в небе над СССР в течение одного часа и двадцати минут. В ноте говорилось, что это был «двухмоторный средний бомбардировщик ВВС США, намеренно нарушивший воздушную границу СССР с разведывательными целями».Вечером 10 июля, как только ноту протеста доставили в Белый дом, Гудпастер позвонил Бисселлу и приказал прекратить все полеты U-2. На следующее утро они встретились, чтобы проанализировать результаты первых полетов. Бисселл сказал, что кроме упомянутых в ноте двух полетов было совершено еще три. 16 июля посол Польши в США сделал устное заявление по поводу полетов U-2 на Польшей 20 июня и 2 июля. По словам посла, в первый раз нарушитель вошел в воздушное пространство Польши у Згоржелец, второй раз — в районе Губина. Протест правительства Чехословакии последовал 21 июля.19 июля США ответили на советскую ноту протеста: «Тщательно проведенное расследование определило, что ни один самолет США, размещенный на базах Европы или выполняющий полет в пределах воздушного пространства Европы, не мог в те дни, когда якобы была нарушена воздушная граница СССР, столь сильно уклониться от запланированных маршрутов полета. Поэтому заявление Советского правительства является ошибочным». Формально американцы были абсолютно правы: U-2 не являлся военным самолетом. На протесты Польши и Чехословакии США просто не ответили.