Автор, есть в этом логика определенная. Дети понимают, что в русском языке  произношение слова не совпадает с его написанием.  К детям приходит понимание того, что  чаще всего там, где мы слышим "и" писать будем "Е", где слышим глухие звуки при письме будем использовать буквы обозначающие звонкие звуки,  если слышим звук "А" то может писаться и буква "О".  Это тренировка готовности к анализу  трудных (опасных) мест в слове. Другой вопрос , что не всем детям такая методика  подходит. Например детям визуалам или детям с нерешенными  логопедическими проблемами - вот им реально  обучение по методике Эльконина доставит массу проблем.