Разницы никакой, так как индивидуальный предприниматель будет так же как и все прочие работодатели отчислять взносы в фонды за Вас, сдавать отчетность, заключит трудовой договор, так что права Ваши не ущемляются. В трудовой книжке скорее всего будет написано место работы - ИП ФИО.