Ну и делайте корректировку за 3 квартал и доплачивайте ндс. Сопроводительное письмо пишите, что из-за технической ошибки был неверно  начислен ндс, прошу принять корректировочную декларацию. НДС уплачен полностью, п/п... Налоговая придирается, если к уменьшению подаете