Зависит от того, какой у Вас билет. Единый, не единый. Если билет единый, то как правило багаж регистрируется до конечного пункта назначения. Если у авиакомпаний -перевозчиков нет договоренности по поводу багажа либо это лоукост, у которого в принципе единых билетов нет, то багаж нужно забирать в транзитном аэропорту.В любом случае вы все можете узнать у авиаперевозчика. Как правило, если продают билеты с небольшой стыковкой, то багаж регистрируется сразу до конечного пункта.У меня был только один случай, когда по единому билету нам регистрировали багаж до первого аэропорта, и на второе плечо мы забирали  и регистрировали багаж сами в обычном режиме. Стыковка была часа два в аэропорту Копенгагена. Но это скорее исключение, чем правило. Обычно у авиакомпаний подписаны специальные соглашения по поводу багажа.Если вы летите одной авиакомпанией, то вообще можно не париться, багаж точно должны зарегистрировать до конечной точки.