Мы как раз наоборот ездили из Праги в Братиславу на поезде, но с ночевкой. Если у Вас всего несколько дней, лучше в Вену съездите, это намного ближе и дешевле. До Праги 4 часа на поезде. В Брно тоже можно съездить, правда мы там не были, но рассматривали этот город