У автора уточнение есть в вопросе: "Допустим, в одной прописаны и живете, а другая просто в собственности и стоит пустая." Т.е. вопрос о квартплате за квартиры ОДНОГО собственника или живущего по соцнайму. В таком случае тариф одинаков для всех квартир или долей в них, на которые имеет право этот человек.