Раздельный учет необходим, когда ваши услуги облагаются и не облагаются НДС - счет 90. Например, когда у вас 2 вида бизнеса - рекламные услуги (НДС облагаются) и образовательные услуги (НДС не облагаются). В этом случае вы не можете принять к возмещению весь 19-й счет, а должны сделать "распределение косвенных расходов" и часть 19-го счета принять к возмещению НДС, а часть отнести на расходы.