Надо было писать ему офиц.письмо о том, что он является сотрудником такого-то ООО, но на работу не является, и вы просите его прибыть на рабочее место и дать по этому поводу объяснения. В это время ставить неявку по невыясненным обстоятельствам и зп не начислять. Когда принесет больничный - тогда и посчитаете все, что положено.