Попробовать написать вы можете, но не факт, что одобрят - сейчас стараются даже в платных программах ограничиться одной квартирой на учетное дело. Еще момент - могут не разрешить взять две квартиры по одной платной программе, но по разным - могут разрешить (это лучше уточнить у инспектора, м.б. кто-то возьмет по соципотеке, а кто-то - по купле-продаже, там проще будет с детьми пройти). Но попробовать можно. Тогда не забудьте указать состав семьи для каждой квартиры, чтобы в дальнейшем не было путаницы.