Не будет проблем при регистрации. Не указывайте в дкп жилую, тогда все будет нормально. Укажете - возможны проблемы. Регистратор видит и данные БТи, и кадастр при регистрации. При малейшем расхождении обязан запрашивать подтверждающие документы. Изменилась жилая, значит, была перепланировка. Логика простая.