У нас такая же проблема была, дед под фамилией Чёкин, бабушка и их дети Чекины, когда дедушка умер, при вступлении в наследство бабушка ездила в институт русского языка и брала там справку о том,что буква е и ё в документах одна и та же буква, справка платная, и всё проблем не возникло вообще. так что не переживайте.