Прописан ребенок должен с одним из родителей (если родители прописаны в разных квартирах), город не имеет значение. А жить он может как с обоими родителями, так и с одним из них и не только там где прописан. Жить только в Москве в добрачной недвижимости папы и обязательно с мамой в законах об этом ни слова.