Мне кажется, со 100 процентной уверенностью, это объяснить нельзя. Субъективно, я тоже склоняюсь к тому, что это Майкрофт вытащил "Мориарти" из небытия ради возвращения Шерлока. Не зря же нам акцентировали внимание на отношении братьев. А объективно я понимаю, что, скорей всего, такой поворот слишком очевиден с точки зрения создателей, и будет все совсем не так.