дело не в шенгене, а в правилах, билеты Москва-Нестеров - это внутренние билеты, то есть билеты для проезда внутри страны (РФ), посадка-высадка по ним в другой стране запрещена. Раньше литовцы смотрели на это сквозь пальцы, но, боюсь, что сейчас литовские пограничники будут строго следовать правилам, а при посадке (высадке) с калининградского поезда встречи с ними не избежать