Вы бы к врачу с такими вопросами. У меня у сына тоже температура начала странно подниматься токльо по ночам после того, как он поболел гриппом. сейчас лечим воспаление легких. Если бы я на форуме спрашивала совета, до сих пор бы ждала чуда. Так как у него не было признаков ну совсем больного человека.Стоматит и горло, кстати, это часто аденовирусная инфекция. А после нее любым бактериям вход свободен.Сводите ребенка к врачу и пусть послушают легкие и посмотрят в горло.  У дочери моей были миндалины слабые, и псоле любых вируов у нее начиналась ангина.А так вариантов может быть куча. Чего гадать?