А ребёнок так говорит, потому что он повторяет за воспитателем. 3-летний ребёнок не знает правил сокращения имён. если воспитатель называет девочку Женей - то и ребёнок будет так называть. А вот таких случаев, чтобы ребёнок 3 лет самостоятельно переделывал одно имя в другое - я не слышала ни разу.