Это будет один билет. И багаж в Мадриде вам не надо будет получать. Единственное соображение: в мадридском аэропорту несколько терминалов. 1-ый и 2-ой находятся рядом, переход между ними пешком. И именно туда прилетают рейсы из Москвы. А 4-ый  стоит отдельно и в него надо ехать на автобусе, недалеко, но ехать. И как раз из 4-ого осуществляются многие внутренние рейсы. Пересадка 1.25 нормальная пересадка, 2.45 - отличная. Но для окончательного принятия решения я бы поизучала табло мадридского аэропорта. Номера рейсов у вас есть, посмотрите какие для них указаны терминалы.А вообще в Малагу летает очень бюджетный Вьэлинг. Прямым рейсом.