Оплатит работодатель. Причем  работодателю это может быть даже выгоднее, т.к. больничный оплачивает ФСС (большинство работодателей просто недоплачивают налог на эту сумму), а доплата за совмещение/замещение может быть несколько меньше, чем если бы заплатили самому заболевшему сотруднику