Если у Вас с визой все в порядке: получена в посольстве той страны, в которой вы проведете больше дней и брони отелей это подтверждают,- то ни у авиакомпаний, ни у немецких пограничников не должно быть никаких претензий.В прошлом году делала французскую визу мужу и ребенку, прилетали в Дюссельдорф Lufthansa. Далее Голландия, Бельгия и после Франция на 10 дней. Никто нигде не останавливал.Тема про пересечение границы Шенгена в Германии обсуждается здесь: http://forum.awd.ru/viewtopic.php?f=521&t=113988По поводу лояльности. И немцы и французы дадут визу, если с документами все в порядке. Просто у французов есть вероятность, что вам могут дать  визу на полгода-год, немцы дают под сроки поездки строго.В Вашем случае - 2 дня в Германии  и 4 дня во Франции - нужно делать визу в ВЦ Франции. Авиакомпания может проверять НАЛИЧИЕ ШЕНГЕНА как такогово, такое было. Но никак в отношении конкретной страны Шенгена..