Все гаджеты Apple хранят у себя информацию о медиатеке iTunes, с которой они синхронизировались. Поэтому iPhone видит отличия между переставленной системой и старой.И прежде, чем синхронизироваться с новой с его точки зрения медиатекой он защитит старые данные - сотрет их.