Автор, похоже у вас нет опыта работы руководителем, что вам один-единственный сотрудник уже сел на голову и выкручивает руки. Советую выключить "хорошую девочку" и включить режим начальника. Опоздала - лист бумаги, ручку, пусть пишет объяснительную, опоздала с обеда, лист, ручку - объяснительная. Насобираете несколько, скрепили, сопроводили докладной запиской и в отдел кадров - выговор. Два выговора - увольнение. Очень рекомендую это сделать, пока не поздно