От сырости. Дома каждый день обувь просушиваете? Обязательно сушите, стельки стирайте(если съемные) и дезодорантом для обуви можно попрыскать. Бывает, что сама обувь  запахи впитывает. Мембрана, например, плохого качества, которая воду не впитывает, но и не "дышит", запахи накапливает.