Если продажа одной и покупка другой квартиры происходят в один налоговый период (календарный год), то имеется возможность: 2 млн.руб (налоговый вычет при покупке) зачесть (отнять/вычесть) из доходов при продаже. Короче: продали за 5 млн.р, платить налог НДФЛ только с разницы (5-2). В этом случае подавать декларацию надо, чтобы налоговой был понятен принятый Вами способ расчета.