Я храню отдельно. Это при том, что я вовсе не чистюля и не маниакальный борец с микробами. Отбросим фантазии на тему драки между трусами и носками. Трусы вещь интимная! А носки -нет. Интимную вещь хочется отделить. Кроме того, это просто логично. Трусы - здесь, носки - там. Это реально - найти место отдельно и тем, и этим.  Уж кажется сейчас с мебелью все в порядке, и комодов, и ящиков в них хватает. И шкафы на заказ - возможно все!