Такое могло получиться, если у вас яблоки летних сортов , очень сочные. Они выделяют сок, шарлотка становится темной. Можно подстарховаться: начистить яблоки с сбрызнуть их лимонным соком.Еще от яиц может зависеть, если желтки очень насыщенные, или сахар желтый.