Как ответила мне наша учительница на тот же вопрос - внимательно слушать учителя (во время диктанта). У нас в каждом диктанте в третьем классе встречаются корни с чередующимися гласными. В первых двух дочь допустила такие же ошибки, оценка естественно была снижена. Потом я ей объяснила суть - больше ошибок не было.