Так вы их одних не оставляйте, да и в квартире котам есть где спрятаться или запрыгнуть куда собака достать не может.А вообще, проблема не такая уж и серьезная. Один раз щенок по морде от кошки получит и больше лезть к ней перестанет, а кошка, если к ней не лезут тоже нападать вряд ли будет.