Все очень просто. Каналы были инфицированы, т.к. пульпа была воспалена. Каналы, даже если тщательно промыты, содержали в себе бактерии, сами же говорите что лечили зуб давно. Каналы были запломбированы пастой, которая обладает бактерицидным действием, но до бесконечности это действие продолжаться не может. Как действие прекратилось, так бактерии продолжили размножаться. Вот отсюда и кисты. Но это приблизительная схема. Полно еще вариантов и металлический штифт не в одном из них не фигурирует.