Когда я работала по трудовой в одной должности, а по факту выполняла совсем другие обязанности, это оформлялось срочным приложением к трудовому договору, в котором эти обязанности и были указаны. Я его храню, потому что секретарь и кадровик - опыт полезный )) А в трудовой - бесполезный. Попросите вам оформить задним числом такое приложение.