Налогом облагается доход, а не выгода. Доход у вас 4млн., но так как в собственности проданная квартира была более 3-х лет, то от государства вы получили право вычесть из 4-х млн. рублей дохода сумму в 4млн. (вычет). Т.е для данного дохода налоговая база у вас равна нулю.