У нас не совсем такая ситуация, но похожая- прописаны в разных местах, льготу получаем в одном, по фактическому проживанию. Для этого надо пойти в еирц по месту прописки и взять там справку, что прописаны, но льготами там не пользуетесь, потом прийти в еирц по месту фактического проживания и написать заявление с перечислением всех членов семьи, что вы фактически тут проживаете, приложить справку и сдать это бухгалтеру. Все, после этого должны вам начислять льготу, мне сначала не хотели, пошла к начальнику еирц, потребовала письменный отказ с указанием причины и № постановления- тут же все оформили