изначально говорили "в аэропорте", а потом из разговорной речи пришло "в аэропорту" и стало нормой, а в аэропорте теперь устаревший, книжный вариант.Так же, как когда-то считалось неправильным говорить "в этой связи", но т.к. в СМИ и в речи чиновников эта фраза была устойчивой, она стала нормой.