У вас все в кучу и перемешалось. По порядку вкратце. При продаже этой квартиры (приватизированной меньше 3 лет) надо будет заплатить налог 13 % с суммы превышающий 1м руб. Совсем неважно сколько там собственников, этот 1м на объект, а не на каждого собственника.После 3 лет владения налогом не облагается.При покупке недвижимости, любой человек вправе, 1 раз в жизни, воспользоваться налоговым вычетом и вернуть от государства 260т руб (это 13% с 2м рублей)с объекта.То есть в вашем случае папа с мамой 260 с новой квартиры и сын 260, но важное слово вернуть, вернуть можно, только ранее уплаченное.Если уплаченного не было, то возможно не платить подоходный налог на протяжении лет, пока не наберется 260т.