Не заморачивайтесь  у вас сейчас и так считаются все доплаты, а бывает по-разному, да и совместители разные, вам не нужны эти нюансы. И никаких увольнений с переводами и прочее! реорганизация никак не влияет на трудовые отношения... и если они лопухнулись, внеся запись о совмещении в трудовой договор, это их проблемы