А что вас смущает?Организация обязана при выплате физику удержать НДФЛ и уплатить его в бюджет.Они будут платить вам сумму на 13% меньше, чем указано в договоре.По итогам года будете запрашивать у них 2-НДФЛ, составлять 3-НДФЛ и велком в налоговую.