Собственник при _временном_ отсутствии не должен платить за воду\газ\эл-во. А за содержание\ремонт дома, отопление,  платить должен. Причем это его временное "непроживание" должно быть документально подтверждено. Если сестра была там прописана, но проживала без регистрации в другом месте, то ничего перерасчитать она не сможет. Если же была только собственником, а прописана в другом месте, то может опротестовать начисление ей платы за газ\свет\воду, но остальные коммунальные платежи обязана оплатить, и не важно жила она там или нет. Так как согласно ЖК ответственность за содержание объекта недвижимости в виде своей доли квартиры несет именно она.