В 1999 году на тонну добытой нефти ЮКОС заплатил налогов в 10 раз меньше нефтяной компании «Сургутнефтегаз» и в 5 раз меньше нефтяной компании «ЛУКОЙЛ».[12] В августе 2000 года в статье «Новой газеты» отмечалось, что министерство по налогам и сборам РФ и министерство финансов РФ «дружным хором жалуются Путину, что „Сибнефть“ и ЮКОС платят в бюджет неприлично мало».[13] По данным газеты, ЮКОС платил 86 рублей налогов на тонну добытой нефти (для сравнения — нефтяная компания СИДАНКО платила 173 рубля, «Сургутнефтегаз» — 141 рубль, «Сибнефть» — 49 рублей).[13] Согласно той же статье, ЮКОС закупал нефть у своих дочерних компаний по заниженным корпоративным ценам (в частности, у «Юганскнефтегаза» по цене 2,9 $ за баррель при мировой цене почти 30 $), в результате чего дочерние компании ЮКОСа имели мизерную прибыль, с которой платили мизерные налоги.[13]Как утверждал Институт финансовых исследований в своём отчёте «Оценка налоговой нагрузки на российские ВИНК в 2000—2001 годах», в 2000 году ЮКОС находился на среднем уровне по налоговой нагрузке ($39,7 на тонну добытой нефти), в то время как «ЛУКойл» платил $33,7 с тонны добытой нефти, «Сургутнефтегаз» — $46,7, а «Роснефть» — $39,2, а в 2001 году ЮКОС вышел на первое место среди крупнейших российских нефтяных компаний по данному показателю ($45,7 с тонны добытой нефти, у «ЛУКойла» — $34,1, «Сургутнефтегаза» — $36,3, «Роснефти» — $38,4)[14].