Окна сначала. Там же окосячку надо делать и пр. По вашему крашеному дому будут елозить лестницами, всякие сколы, щепки могут быть. Обработать всякими составами био и огнезащитой можно до окон, в принципе и первым слоем краски можно до окон покрыть, но уж финишным слоем точно после окон и дверей.