Вот именно, Мария, Михаил и Илья (туда же Даниил, Анна, Иван, Елизавета...)  никаких мыслей не вызывают. А Яша в представлении многих имеет такую окраску. Если  это страшно для автора (мне пофиг было бы) - лучше  выбрать другое имя, "шоб не думалось". Хотя кто знает, Соня еще лет 20 назад тоже устойчиво ассоциировалось с евреями. А теперь что?)