Для начала, где зарегистрирован ребенок, там и суд. Если хотите в Москве, то регистрация по месту пребывания, тоже, в Москве. Обращаетесь с документами в опеку по месту нахождения любой из квартир по Вашему выбору. Предоставляете документы о Вашей и ребенка регистрации, в любом случае. Предоставляете свидетельство о собственности на обе квартиры. Опека может затребовать делать осмотр квартиры, где Вы зарегистрированы, если будете обращаться в опеку по месту нахождения двушки.