Если работа устраивает, то надо набраться смелости и поднять этот вопрос. Потому что если ничего не делать, то и дальше вас будут обделять в деньгах. А если потребовать выплачивать оговоренную сумму, то, я уверена на 99%, что эти вычеты прекратятся. Ваш начальник действует по принципу: зачем платить больше, если работника и так всё устраивает. Ваше молчание принимается за ваше согласие, всё очень просто.