Большинство того, что Вы описали, затрагивает местных жителей, но не туристов. Меня очень выручил туристический JR Pass с т.зрения проезда. Рестораны с т.зрения еды есть на любой кошелек, в т.ч. на очень скромный бюджет. Уже почищенные фрукты покупали на перекус в одном из супермакетов в офисном здании  рядом со станцией Akihabara, показалось вполне сравнимо с российскими ценами на рынках.