А перед продажей вас этот вопрос не волновал?????Вам придется заплатить налог с разницы между ценой продажи и. 1 млн.рублейЕсли до этого не  получали вычет с покупки, теоретически сможете  уменьшить налогооблагаемую разницу еще на 2 миллиона.Плюс заплатите все положенные штрафы и пени...Проблема в том, что вы не подали вовремя декларацию и не получили этот вычет, и не будет ли  сейчас процедурных проблем - вопрос.