Обойдите весь Пражский град, выставку о Пражскем граде, Староместскую ратушу, а если с ребенком, то музей игрушки, музей шоколада, музей Карлова моста (если будет открыт, он низко расположен  ). Мой личный выбор - Анежский монастырь с музеем средневекового искуства, люблю, но он тоже у реки, в 2002 его сильно затопило, смотрите по ситуации. Национальный музей - не сильно его люблю, но посмотреть можно, музей Праги - бывают интересные выставки и там шикарная реальная модель Праги, изготовленная одним любителем в 19 веке. Не была, но давно собираюсь в Дом у каменного звона на Староместской площади, должно быть интересно.Еще для мальчиков Музей полиции, только не помню на каком языке там информация, если только на чшском, то может не стоит. Рядом шикарный храм Девы Марии и Карла Великого, вход был только по воскресеньям, с бесплатными экскурсиями.На самом деле музеев и галлерей много, смотря что вам интересно.