Деньги конечно надо отдать. Во-первых, карма  куда без нее...больше потеряете, если не вернете..а во-вторых, это еще один весомый аргумент для ее начальства, чтобы избавиться от такого работника (а  цель стоит именно избавиться).Раз у работника так плохо с математикой - надо ему другую сферу деятельности искать. Она сейчас обсчиталась, а потом, чтобы покрыть недостачу будет  чего-нибудь мутить и у работодателя воровать или у своих коллег.