По вашему рассказу, у вас в доме один зрослый - ваш сын. Нормально и терпеливо воспитывает сестру. А вы то наказать, то простить, то еще погонять. Какое наказание может подействовать на трехлетку? У нее что есть логика и память достаточные, чтобы проанализировать ситуацию и сделать выводы? Нет. Так причем тут наказания? Только переключение внимания, при запрете.