Нет, продавая квартиру за 4 млн, Вы платите налог со стоимости, указанной в договоре - 4 млн. Даже , если бы Вы купили ее за 3, а продали за 2 млн, то налог бы платили с 2-х, несмотря на "убытки", так как владели этой собственностью менее 3-х лет.