Только согласовывать вы будете не у застройщика, он за соответствие ваших квартир с планами этих квартир в БТИ не отвечает, согласованием или с проблемами с не согласованной перепланировкой  вы и ваши соседи будете морочиться когда застройщика уже не будет.Застройщик здесь вообще не при чем, разрешать или нет решает архитектор дома, дело застройщика только построить и продать, на остальное ему наплевать.