в чем Вы видите несоответствие? Ребенок должен проживать с родителями (или с одним из родителей). Люди должны (по правилам) проживать по месту своей регистрации. Из этого вывод - ребенок должен быть зарегистрирован с одним из родителей. Когда Вы виписались от своих родителей  паспортистка просто пропустила, что ребенок ваш там остался прописан.