откуда качаете? Если с флибусты - то все очень просто. Идете на сайт (через Сафари), ищете нужную книгу. Ищите НАД списком книг, где выбираются форматы для скачки: выбираете  epub. Отмечаете галочкой нужную книгу. Внизу страницы выбираете "Выкачать все". Вам предложат сохранить архив - сохраняете. Нажимаете на разархивированный файл - Вам предложат открыть в IBook.Все.