Ну подводная часть скорее всего есть, насколько она большая - будет понятно потом. Хотя, в вашу пользу факт - когда есть серьезные последствия, обычно идет нехилая колбасня в первые три года жизни, ребенок с самого начала отличается от других достаточно, чтобы забить тревогу - если после ПЭП  в новорожденности врачей ничего не озадачивало, значит, не очень все плохо  ИЗ того что Вы перечислили, меня зацепила только гипотония и речь. Речь - сходите к толковому логопеду на диагностику. Гипотония - зараза еще та, её берут только многолетней осадой, для мальчика это двоякое зло: это слабость + это выливается в ортопедические дефекты. Поэтому боритесь с ней всеми способами - лфк, массажи, соленые ванны и т.п. ИМХО это приоритет №1. На одевания и всякие собирания шариков забейте, мои дети в три года вообще не одевались, ни старший, с ПЭП, ни младший, здоровый. Где-то в 4 года это пришло, а такие вещи, как куртку надеть без помощи - почти в пять лет. На мелкую моторику тоже забейте, развивайте всеми способами крупную. Во-первых, крупная - это  основа мелкой, мелкая моторика развивается после крупной. А во- вторых, крупная  - это еще и дополнительная нейрокоррекция ваших проблем плюс помошь в преодолении гипотонуса. Кидайте мячи, делайте упражнения, пусть лазает по комплексу, плавает, прыгает, играет в песок и т.п. И речь тоже развивайте всеми способами - читайте ему побольше, играйте в кукольный театр и т.п.. Остальное само придет.