Нам учительница объясняла так свою позицию по поводу троек - Это всего лишь сигнал "Обратите внимание". Тройки в тетради лично меня не пугают. Аккуратный почерк будет очень актуален на олимпиадах, где мелочи имеют значение.  Во втором классе мне видится попытка приучить аккуратно писать.