Вам преподнесли не совсем верную информацию. Если компания не будет подавать документы в ФСС на возмещение Вашего пособия, то деньги конечно ФСС не вернет,но в этом случае компания может не платить в течение определенного времении свои взносы в ФСС (что обычно не выгодно небольшим компаниям). Но у компании всегда есть возможность подать документы на возмещение расходов на различные пособия - для этого достаточно бухгалтеру собрать правильно оформленный пакет документ и пойти с ними в ФСС, после чего ФСС в течение обычно 10 дней  возмещает компании сумму расходов. Просто бухгалтеру из Вашей компании лень этим заниматься (но это не должно быть Вашей проблемой).