микроволны не меняют структуру молекул! Микроволны воздействуют на молекулы моды, которые под воздействием этих электромагнитных волн начинают двигаться. вырабатывается кинетическая энергия,которая и преобразуется в тепловую. Может,коряво написала,но смысл  должен быть понятен.