Промежутки считаются между периодами начала приёма пищи. Будить не надо, следите, чтобы суточная норма смеси, которую ребёнок должен съедать исходя из вашей схемы кормления, соблюдалась. А режим потихоньку выстраивайте. Со временем всё должно упорядочиться.