У ИП часто все и начальник и бухгалтерия в одном лице. Если Вы были устроены официально, возможно Вас обманывали, так как работодатель, который платит налоги совершенно спокойно выдаст такую справку. Попробуйте еще раз поговорить, скажите для чего справка(если это возможно) и что если он не выдаст, то сообщите в налоговую  о фальсификации и в инспекцию труда, ну или напишите заявление в прокуратуру (если он Вас обманывал, значит вычитая налоги из зарплаты он их присваивал). Думаю его это приведет в чувство и он пойдет Вам навстречу.Это что я могу только по Вашим словам сказать, но Вы мало написали, напишите подробнее:Вы уверены, что работали официально у ИП?как Вы получали зарплату, в чем расписывались и остались ли у Вас какие то документы о выплате зарплаты?