Ну, тут в двух словах не скажешь! Отличий много. Разная последовательность в изучении материала, разный подход, разное соотношение обязательного и дополнительного материала. Вот читайте: http://1form.ru/category/start/school-programma/Только выбирать нужно не программу, а учителя. И еще ориентироваться на своего ребенка. Математикам больше подойдет "Школа 2100", гуманитариям - "Гармония", но это не значит, что наоборот будет плохо.