С такими оборотами разумнее всего оставить себе счета и банк (все-таки это надо делать оперативно), а бухгалтеру единственному в фирме все остальное - кассу (аванс отчеты, поездки в банк за наличкой), приход и списание материалов, счета фактуры, всю отчетность (Фсс, ПФР, ифнс, Росстат, думаю больше никуда не сдаете), начисление и выплата заработной платы, сверка с контрагентами.