Ну так в банках договоры тоже не Сократы пишут. Один пункт противоречит другому, вам пункт "Стороны договорились, что в соответствии с п.5 ст. 488 ГК РФ право залога у продавца на квартиру не возникает" не подходит, потому что он описывает не ваш случай (использование сертификата).