Субсидию возможно использовать для покупки нескольких квартир. Про порядок использования лучше уточнить у инспектора - могут попросить одновременно подать договора на обе квартиры. Если субсидии не хватит, то раньше у банка КБ МИА была программа "ипотека+субсидия", по которой предоставляли ипотеку на недостающую часть квартиры, покупаемой по субсидии. Действует ли она сейчас - не знаю.