"Полугодия" - это не от января до июня и от июля до декабря. Любые взятые полгода, это ЛЮБЫЕ идущие друг за другом 6 месяцев (например март-август, июнь-ноябрь, сентябрь-февраль - пример трёх ПЕРЕСЕКАЮЩИХСЯ полугодий годовой шенгенской визы). И вас в ЛЮБЫЕ (произвольные) полгода действия вашей визы, на какие бы месяцы они не приходились, в зоне шенгена должно быть не больше, чем 90 дней. А если вас в какие-то идущие друг за другом 6 месяцев было больше - то это нарушение, даже если у вас в голове одно полугодие уже кончилось, а другое ещё не успело начаться. Так понятнее?