Значит так  Объять необъятное, да ещё с двумя мелкими, относительно, детьми пока не получится. Поэтому горы с заповедниками пока отсеките - далеко и без машины не порекомендую. Остается море, то бишь, океан. Отсюда определенные особенности входа-выхода и купания, плюс техника безопасности от моря отличающаяся. То есть заход-то хороший найдется, только понадобится приобрести определенную сноровку для выхода  К слову, именно сентябрь я бы порекомендовала, так как течения другие и в целом океан поспокойнее.Поэтому с учетом Ваших предпочтений, для начала, порекомендовала бы Лагуш. Это на юге. Даже несмотря на то, что вода там несколько похолоднее, чем на остальном южном побережье (часть побережья, где Лагуш, "подвывернута" на запад), но много небольших уютных, довольно таки, пляжей. Там и чем с детьми заняться найдется (есть лодочные экскурсии: гроты-дельфины, прочее, эксплораторий, зоопарк, музей-рынок рабов...) и оттуда можно проехаться и в Тавиру, и в Алвор, и в Вила Моура.Только все это юг. Поэтому не стоит составлять впечатление обо всей стране О почитать... Сходу ничего так не приходит в голову, я пользуюсь теми, где нет на английском информации. А с интернет-туристическими ресурами малознакома