Как раз Тантушка написала про небулайзер, мы тоже им пользуемся, но не антибиотики, а "расширители бронхов", чтобы дышалось и выздоравливалось.. Местные антибиотики в вашем случае-очень гуд, почкам нагрузки меньше.. Но и совет, я с хрон.пиелонефритом с 5-ти лет, сделайте исследование почек на данный момент, не нравится мне что так у вас все затянулось, мои почки себя проявляли всегда высокой температурой  и бронхитом.. Проверьте.. Хотя флемоксин слабый, нам никогда не помогает, может так и затянулось..