Прадо, как выше написали, музей естественных наук, археологический, антропологический, музей Америки, музей морского флота, железнодорожный музей (но это и в Москве можно сходить, ничего особенного в нем нет), не знаю будет ли интересно мальчику 12 лет, я ходила со своим 6-леткой - музей костюма. Есть музеи современного искусства типа Рейны Софии с работами Пикассо, Миро, Дали и пр. Для развлечения есть интересный тематический парк Уорнер в 34 км от столицы. Можно посетить дом, где родился Сервантес, это тоже загородом. Ну, и конечно Толедо, бывшая, имперская, столица Испании, Эскориаль, Сеговия, Авила - все в пределах 1,5 ч езды от Мадрида. Можно посетить королевские дворцы и резиденции, как в самом Мадриде, так и загородом. Княгиня Альба открывает свой дворец для посетителей, можно узнать расписание (опят же не уверена, что мальчику будет интересно, но я своих мальчишек вожу туда же, куда хожу сама). Да вообще просто погулять интересно, парк Ретиро тот же, зоопарк хороший, там панды есть, что большая редкость, Фауния, Сафари-Парк... Я вот только друзьям в Москве помогала спланировать отдых, очень довольны, сказали еще вернутся, т.к., конечно, не все успели.