Вопрос решается элементарно, если в поезде выделяется определенное количество вагонов, где разрешён провоз животных. Ведь кроме собак население передвигается с кошками, хорьками, попугаями,черепахами и морскими свинками,  на этих животных тоже может быть аллергия. Но до этого нам ещё далеко. не устроишь же скандал, если с собакой летят в самолёте.