В здоровом организме при каждом менструальном цикле в случае неоплодотворения яйцеклетки поверхностная ткань эндометрия отторгается и выводится из матки вместе с кровью, вытекающей из сосудов матки. В некоторых случаях происходит заброс менструальной крови в брюшную полость по маточным трубам, где клетки эндометрия прививаются и начинают разрастаться. Этот процесс дает начало наружному эндометриозу.