В iTunes нет папок. Есть плейлисты и "умные" плейлисты. Первые являются  функциональным аналогом папок, вторые гораздо интересней. Почитайте про плейлисты в хелпе, там вполне просто все описано.Сами медиафайлы лежат не то, чтобы кучей, они лежат где-то. Считайте, что к ним нет доступа напрямую. иТюнс игнорирует структуру папок при импорте.