Я не знаю проблем вашего ребенка, какие а/б и в каком возрасте он принимал. Вполне возможно, что такой длительный прием а/б в  новорожденном возрасте мог спровоцировать проблемы с кишечником. Запустившийся же кишечник ребенка постарше вполне способен оправиться после нормального курса а/б, а он, согласитесь, не 3 недели обычно длится. Т.ч ваш частный случай к общей практике имеет мало отношения,