Вам нужно посмотреть отели рядом с центральным вокзалом Мюнхена. Если нужно в Леголенд - пешком до вокзала и уедите в Гюнцбург. Центр города от вокзала тоже в 5 минутах ходьбы. Жить на окраине смысла нет, в центре полно отелей.Мы ездили тоже  с маленькими детьми. Что могу посоветовать:Таких маленьких деток можно сводить в Немецкий музей, там в подвальном этаже есть чудесная игровая для детишек, где много интересного. В сам музей для детей рановато будет.Еще посмотрите заповедник Поинга http://www.wildpark-poing.de/. Музей игрушек в башне Старой Ратуши.Мюнхенский океанариум «Sea-Life Aquarium", он рядом с Олимпийским парком.Ну и разные детские площадки, в Германии их полно.