По-моему, второй вариант хороший. Это как раз тот случай, когда перспективы перекрывают с лихвой зарплату. Учитывая комфорт в коллективе и время на дорогу, то точно второй вариант надо брать. Потом ведь зарплата будет выше? А с продвижением можно будет замахнуться на лучшую работу в третьей компании.