К эндокринологу, да. Случаются различные гормональные перекосы - как у матери во время беременности, так и у ребёнка, - в результате которых мальчик рождается с микропенисом. Возможен недостаток гормона роста, недостаток андрогенов в период внутриутробного развития, действие эстрогенов в период беременности и т.д. Лечение гормональное. Теоретически микропенис может быть признаком какого-либо синдрома, но это вовсе не обязательно. Если больше никаких дизморфических признаков у сына вы и врачи не видите (непропорциональное лицо, аномалии скелета, слишком широко или близко посаженные глаза, аркообразное нёбо, низко посаженные и/или необычной формы уши, загнутые мизинчики и проч.) - скорее всего, синдрома никакого нет. Кстати, то, что оба яичка опустились - очень хорошо. При синдромах, для которых характерен микропенис, обычно присутствует и крипторхизм.