Именно так. Родители пишут заявление, приносят справку из другой школы, пишется приказ на выбытие. Все документы подшиваются и хранятся в школе. Иначе быть не может, потому что в школы периодически проверяют вышестоящие органы (и не один раз в год). Последние пару лет прокуратура бдит особо тщательно.