Согласно Валерию Лебедеву, 19 октября 1996 года газета «Новый взгляд» упомянула заявление начальника Службы Безопасности Президента Российской Федерации Александра Коржакова, что Борис Березовский уговаривал его убить Владимира Гусинского, Юрия Лужкова, Иосифа Кобзона и Сергея Лисовского[29].В 1996 году Пол Хлебников опубликовал в журнале Forbes статью, где обвинил Березовского в многочисленных мошенничествах, отмывании денег, связях с чеченской мафией и заказных убийствах, в том числе в организации убийства известного телеведущего Владислава Листьева[30]. Березовский подал иск в Верховный суд Великобритании на журнал о клевете[31]. В результате ответчик согласился, что доказательств ответственности Березовского за убийство Листьева нет, и что журнал не должнен был описывать Березовского как босса мафии[32]. Также ответчик заявил, что приписывание обвинения в краже коллеге Березовского было ошибочным. В согласии с ответчиком истец отозвал заявление. В то же время суд не обязал журнал написать опровержение остальной части статьи (статья до сих пор доступна на сайте журнала за исключением фразы про убийство Листьева[33]), ни признать, что остальные утверждения ложные, ни выплатить какую-либо компенсацию, как требовал в своём иске Березовский[34]. Некоторые СМИ, подконтрольные ещё в то время Березовскому, писали, что Forbes «проиграл» дело и опроверг все свои утверждения в отношении Березовского, что не соответствует действительности[34].Согласно Юрию Фельштинскому и Владимиру Прибыловскому, высшие офицеры ФСБ Александр Коржаков и Александр Комельков организовали убийство Листьева руками Солнцевской братвы. Авторы подразумевают, что мотивом убийства было сокрытие доходов от телерекламы и направления этих средств на кампанию выбора в президенты России Олега Сосковца. Авторы пишут, что Коржаков организовал покушение на Березовского и, после неудачной попытки, обвинил Березовского в убийстве Листьева[35].6 апреля 1999 года Генпрокуратура РФ объявила Бориса Березовского в розыск и выдала санкцию на его арест в качестве обвиняемого по делу авиакомпании «Аэрофлот» — обвинение включало «незаконное предпринимательство» и «отмывание незаконно нажитых средств». Таким образом, первые государственные обвинения против Березовского в преступной деятельности были выдвинуты правительством Евгения Примакова, когда Владимир Путин ещё не играл ключевую роль на политической арене России. 5 ноября 1999 года обвинения были сняты.В 2000 году Павел Хлебников опубликовал книгу «Крёстный Отец Кремля или история разграбления России»[36], где обвинил Березовского в мошенничестве, отмывании денег, организации убийств, связях с чеченской мафией и боевиками, а также торговлей заложниками во время Второй Чеченской Войны. Березовский не стал оспаривать утверждения книги в суде. Павел Хлебников был убит в 2004 году в Москве неизвестными.1 ноября 2000 года было объявлено о намерении прокуратуры предъявить Березовскому обвинение в хищении государственных средств в рамках дела «Аэрофлота». Березовский, находившийся в тот момент за границей, принял решение не возвращаться в Россию.В 2001 году генерал-полковник, Герой России Геннадий Трошев в своих мемуарах «Моя война. Чеченский дневник окопного генерала» сослался на Ахмата Кадырова, утверждавшего, что накануне вторжения боевиков в Дагестан Березовский перечислил Шамилю Басаеву около миллиона долларов для «укрепления дружбы между народами». Геннадий Трошев выразил явное сомнение в мотивах Березовского, когда тот освобождал из плена российских солдат; обычно, что очень подозрительно по его мнению, уже через 2-3 дня, а то и сутки после захвата. Генерал-полковник даже предположил, что имел место сговор между похитителями и олигархом:Пресса в аэропорту интервьюировала Бориса Березовского, который рассказывал об очередной операции по освобождению пленников. А сколько они находились у чеченцев, на каких условиях освобождены — телезрители так ничего и не поняли. Молчали и сами «освобожденные», быстро нырявшие из самолёта в автомашины и исчезавшие в неизвестном направлении. А олигарх на различных политических тусовках с гордостью объявлял об очередном успешном «освобождении из чеченских застенков»…— Геннадий Трошев. «Моя война. Чеченский дневник окопного генерала», воспоминания, книгавсё это выдумать нереально, поэтому такое к нему отношение.