А какие таблетки имеете в виду? Антигистамины? Они не должны действовать на желудок.. Просто при аллергических реакциях воспаляются разные слизистые - возможно, это Ваш случай?  А кашель на физнагрузку все-таки контролируется ингаляционными препаратами, если потом полоскать рот и горло - в желудок попадает мизерное количество.