Ну, как минимум, музей Мирового Океана-подводная лодка и Витязь. От вокзала доедите до гостиницы Калининград,(транспорта много от вокзала идет) а там  через дорогу, за т/ц Плаза вниз, через Московский пр-т и до спорткомплекса Юность пешочком, займет минут 15.Посмотрите музей, потом можно на катере прокатиться по Преголи с обзорной экскурсией. Думаю, что для одного дня достаточно будет. Пообедать можете в "Повареше" на Ленинском пр-те недалеко от гостиницы Калининград (чуть вперед от нее пройти).