В альтернативной сделке документы по всем квартирам цепочки подаются одним пакетом и, если не регистрируется один договор в пакете, то не регистрируются и все остальные договоры, т.е. сделка срывается, все остаются "при своих".В вашем случае пакетной регистрации быть не может, договора по квартирам в Москве и области регистрируются в разных палатах, и может случиться ситуация, когда одна сделка зарегистрировалась, а вторая нет. И в результате может сложиться ситуация, когда кто-то из участников цепочки получает и квартиру и сохраняет деньги, а кто-то теряет все.Считайте варианты сами.