что касается коленей,возможно,вы не правильно выполняли приседания,когда вы приседаете,ваши колени не должны выходить за стопы,т.е. попу оттапыриваете назад.Последите,как вы делаете это упражнение.Что касается  всего тела,то конечно в первое время вы будете испытывать боль в мышцах,это нормально,если вы спортом давно не занимались.Боль пройдет постепенно.