Мне кажется, что вопрос некорректный. Нужно сравнивать конкретную школу и конкретную гимназию. У нас во дворе свой рейтинг школ в округе. Школы отличатся контингентом, а следовательно поведением учеников и возможностью дать каждому из них качественное образование(ученики из асоциальных семей или семей, где  плохо говорят на русском, тянут внимание учителя на себя). Школы отличаются преподавательским составом, ну и еще некоторыми уже не столь значимыми нюансами. То есть я бы выделила- среда и преподавательский состав. Программа- это вторично.