Как минимум - напишите соответствующее заявление, на копии поставьте отметку о вручении - дата, должность, фио, подпись принявшего. укажите  причины требования, можете сослаться на сообщения информационных агентств. в случае, если деньги не вернут, а поездка будет испорчена - будет лишнее доказательство недобросовестности агентства.основание - не наводнение, а чрезвычайное положение. если эта информация верна http://ru.reuters.com/article/topNews/idRUMSE95200K20130603то ваши требования обоснованы. при этом подтверждение вам придется получать официальное, в консульстве чехии