Да зачем изобретать велосипед в этом вопросе? Есть же мировая практика: обычно есть сеть религиозных школ на все конфессии, выбирай на вкус. И параллельно с ними существуют светские школы, где религиозные предметы либо не преподаются, либо даются факультативно. И те и другие школы дают образование по стандартному набору предметов, и абсолютно ранвоценны в том смысле, что все дети по окончанию пишут единый государственный йекзамен и получают одинаковые сертификаты. И по результатам могут поступать в любой университет, независимо от того, какую школу они заканчивали.