На Вашем месте я бы подошла-таки к учителю и проговорила ситуацию. Потому что может случиться так, что станет подписывать Ваш ребенок какой-нибудь мониторинг и напишет не в том падеже (в неправильном), то ему могут снизить оценку. Я допускаю, что это (склонение фамилий) материал не начальной школы и учитель не видит дальше программы 4 класса, но я бы прояснила ситуацию, чтобы ребенок был уверен как надо правильно.(Я была в похожей ситуации  помню, в 7 классе у нас была молоденькая химичка, которая букву "ню", называла "мю". Вот удивлялись мои родители, когда я пыталась им доказать, что учительница права. Ровно до тех пор я была уверена, пока отец не ткнул меня носом в греческий алфавит и не предложил "опознать" букву).