У нас была несколько иная ситуация, но смысл тот же, данные были неверные причем по всем сотрудникам. Переделывали 2 НДФЛи несли в налоговую, причем именно сама организация. Т.к. у формы нет корректирующего варианта, то сдавали снова первичный. Единственнное, что просили, чтобы названия файлов были разными и в какой-то налоговой попросили пояснительную записку по каким сотрудникам вносятся корректировки. 3 НДФЛ никто не просил.