Потому что так авиакомпании конкурируют с другими авиакомпаниями, делающими прямые рейсы по популярным направлениям.Например, направление Москва-София одно из популярных в летний период, прямой перелет осуществляет только две авиакомпании, и у тех код-шеринговые рейсы по примерно одинаковой и очень высокой цене. Авиакомпания Люфтганза, к примеру, прямой рейс Москва -София не делает, т.к. ни Москва ни София не являются ее базовыми аэропортами. Но кусок болгарского пирога в сезон отхватить хочет. Поэтому на составной рейс через родной аэропорт делает более низкую цену, чем монополисты на прямой, тем самым продавая сразу два  сегмента тем пассажирам, которые бы не выполнили каждый из них в отдельности.Ценообразование в авиации не имеет никакого отношения к структуре затрат на организацию полета. Вообще никакого, эти вещи не связаны. Два там полета или три или один - цена не от этого зависит. И не от расстояния. Не от класса самолета.