По идее, нужно было еще на этапе "голог бетона" весь балкон обработать средством типа Флехендихт (но лучше именно им), причем, сначала им разведенным прогрунтовать, а потом обработать - все,как написано на упаковке. А дальше уже утеплять. Если строители откажутся вскрывать отделанный балкон, то можно купить в ОБИ средство от грибка, название не помню, но оно там одно такое - немецкое, по-моему, стоит около 1000р за бутылку с пульверизатором. Я 2 года назад этой штукой обработала плесневевшие откосы окон и подоконники, с тах пор о плесени забыла.