Сперва окна, потом покраска. Как же вы будете наличники красить, если их еще нет? И последующая перекраска- окна вытаскивать?  Малярный скотч вам в помощь.  Мы дом получили вообще уже со вставленными окнами. Обшили дом, покрасили, потом поставили наличники и уголки, покрасили их. При повторной покраске через 5 лет заклеивали скотчем, а в некотрых местах просто аккуратно красили, ничего не заляпали.