Естественно, не будут. Это обычные деньги, а не поездки. Списываться будет сумма за 1 поездку (та, которая в данный момент актуальна). К примеру, вы положили 100 руб на 4 поездки. Проездили 1 поездку - осталось 75 руб, которых хватает на 3 поездки.  Они пролежали 5 лет. Через 5 лет вы  проехали вторую поездку (к тому времени, 45 руб. например). Осталось 25 руб. - на третью поездку не хватит, но и не сгорают. Так и будут лежать до след. пополнения.Поэтому имеет смысл пополнять на 2 поездки, именно тогда, когда надо ехать.