подать надо в одной декларации, там в итоге схлопнется налог к уплате с вычетом, и еще остаток вычета останется, если подадите после нового года.проблема в том, что поскольку вы не подали декларацию вовремя, у вас срок уплаты налога уже настал, а вот вычет они могут проводить проверку, и тут вопрос что делать - тянуть ожидая предоставления вычета, или сначала оплатить налог с пенями, а потом его вернуть