В принципе, вариант 2 имеет право на существование, но если вы в Париж первый раз едете, то 5 ночей мало даже на сам город, без Версаля и Фонтенбло.  Кстати, в апреле в Версале есть один день, когда фонтаны включают. Если я правильно помню, первое воскресенье.Визы получить несложно и там и там, а трансфер - ерунда, если вы летите не чартерами в Пардубице и Бове соответственно, а регуляркой. Из аэропорта Вацлава Гавела (бывш. Рузине) есть несколько автобусов до метро и экспресс до центра, из аэропорта Шарля де Голля - RER и экспресс.