Когда начинали, хранили отдельно, плюс инструкция  к каждому. Сын время от времени их доставал, разбирал, собирал заново, проверял "комплектность"...  Потом начались импровизации, сейчас все лего мелкое свалено в 3 немаленьких ящика. Собираются из них какие-то невероятные каракатицы. Инструкции хранятся отдельно в папочке, сын верит, что при желании найдет нужные детали и соберет