Противопоказания в инструкции связаны с отсутствием исследований у самого производителя. Оба препарата совместимы, так что если необходимость в антибиотике есть, принимайте амоксиклав, эффекта будет больше, чем от местного применения метрогила. И дозировка строго определенная, в отличие от геля (если Вы его мажете много, например. там ведь тоже определенное количество должно быть, а не просто "активно" мазать  )А местно можете вместо Метрогила использовать бальзам Асепта, например. У него примерно такой же состав, но благодаря адгезивной основе он "прилипает" к деснам и не съедается. или у врача уточните, что еще можно.