Знакомая ситуация. Я тоже пришла задолго до нормальной работы предприятия. Бесплатно помогала, оформляла документы, делала расчеты, отчеты и прочее. Очень много организационных моментов вела и фактически делала работу, которая не вписывалась в работу отдела - руководила работой предприятия партнера-инвестора. Спустя года три пришла новая начальница отдела, которая сказала мне открыто: "Ты мне в отделе не нужна". Но я нужна была предприятию и шефу, работала на них. На начальницу в обиде не была, потому что и правда для ее отдела ничего не делала (хотя меня и не привлекали).  Что тут можно посоветовать. Шефа попросите, чтобы ее в другой отдел перевели. Он что-то придумает. Так в моем случае произошло. В результате до конца проекта я спокойно  работала в отдельном кабинете и в другом отделе.