Обычно высота полов и дверных проемов рассчитывается еще на этапе чернового ремонта, если щель небольшая, то ее можно скрыть герметиком под цвет двери. Но если нет уверенности, что все встанет нормально, ставьте двери после пола. Это тоже совершенно нормальная практика.