Если есть выбор и этот выбор Вас устраивает, то лучше отдавать в отдельностоящее здание.Отдельно игровые, спальни и столовые сохранились мало в каких садиках. Обычно и в жилом доме, и в отдельном садике "3в1"  Разница в прилежащей территории: у обычных садиков большие площадки, как правило. А приспособленные имеют 1-2 небольшие площадочки в лучшем случае. В худшем детям вообще гулять негде.