Боюсь, что да, надо было сразу до 2 месяцев прописывать, там мнение собственника не важно.Хоть опыт показывает, что иногда можно молча придти в паспортный стол и прописать (другое дело, что потом она может бучу поднять). Просто паспортные столы работают в Москве не пойми как: где-то документов кучу ненужных требуют, а кто-то откровенно закон нарушает, прописывая даже супругов без согласия остальных членов семьи.