Только если у вас есть еще один внутренний перелет, например по Германии это очень часто, или вы выходите из аэропорта, что одно и тоже, то тогда нужно думать о визе той страны, через которую летите. Просто транзитным пассажирам не выходящим из таможенной зоны дополнительных виз не требуется. По крайней мере сейчас так. Какие отношения будут у Хорватии со странами Шенгена будет видно позднее.