Ипотека - это кредит в банке под залог недвижимости, вряд ли администрация будет проверять именно его. А вот регистрация права собственности, например, будет отражена в справке о наличии собственности. После выделения ордера на бесплатную квартиру могут попросить донести какие-либо документы, я не знаю, попросят ли вас и будет ли туда входить справка о наличии собственности. С другой стороны, вам квартиру дают из-за непригодности к проживанию, поэтому, по логике вещей, наличие другой собственности отразиться на вас не должно.Если вам ордер (или договор соцнайма) уже дали, то прописывайтесь в ней поскорее.