вы слишком много наворотили. "по соглашению сторон" - это как раз нормальный расход между организацией и сотрудником. Любую организацию можно понять в такой ситуации... 3 года человека не было 3 года работал другой сотрудник  - и что теперь увольнять того кто отработал прекрасно последние три года. Если такого желание владельца компании - он имеет на это право и кстати в ситуации с автором - по честному выплатил 3 оклада. хотя мог и меньше. лучше выглядит - это когда честно сказать - что вы вышли из декретного отпуска но там работал человек и вы совершенно мирно разошлись с работодателем и теперь ищете новую работу.