Гормональный фон восстанавливается обычно уже в процессе ГВ, тем более если оно долгое. Так что ищите другие причины. Лучше всего обратиться к неврологу. Если мигрени Ваши связаны с фазами цикла, то может отправить на УЗИ малого таза и анализ на половые гормоны.