Любой работодатель отчитывается за работника перед фондами. Если запись в трудовой сделана, и заработная плата получалась не в конверте, то работодатель обязан был платить налоги с этих сумм, его первого оштрафуют. Если работодатель не сделал отчислений в бюджет, а зарплату выплатил это повод с трудовой сходить в ФСС и задать вопросы там.