Пусть не подписывает с указанием ОТ 3 дней, если переработки частые.Их сейчас оплачивают или переработок нет?Его устроит 7 дней дополнительного отпуска в год?Я так думаю, что считать пропорционально никто не будет, дадут по соглашению 3 дня и всё, если в соглашении не написали, как считать.