А мне кажется, Джон понял, что Майкрофт действительно беспокоится о Шерлоке, хоть для самого Шерлока это так и не выглядит (хотя я в этом сомневаюсь, скорее всего, он всё знает, но старательно играет роль). Признал Майкрофта за "своего", и понимает, что Майкрофт реально может помочь, если что.