Да ни какой он не засекреченный, этот процесс. Вся проблема только в том, что по каждой кв-ре своя ситуация и поэтому "проверять"  каждую кв-ру нужно по своему. Единого алгоритма, который подошел бы ко всем кв-рам не существует. Проверка чистоты - анализ рисков на основе истории кв-ры и правоустановки. Показатель нечистоты - высокая степень риска потери покупаемого жилья в будущем.У агентств никаких особых премудростей по сравнению  частниками нет, то, что они рассказывают - это реклама, попытка оправдать более высокую цену, взымаемую за свои услуги. Очень многое зависит от конкретного человека, которому Вы доверитесь. Нужно во все вникать самим.