Да, ни Латвия, ни Эстония не принимают Сonfirmation от Booking. Информация есть на страницах консульства в России. Делается элементарно; получаете подтверждение от  Booking с номером брони, пишите письмо в выбранный отель, и ссылаясь на код брони на Booking , просите подтвердить бронь от отеля для виз(нужно выслать в письме обязательно все паспортные данные путешествующих)отель не имеет право отказать вам в этой услуге. Подавать лучше не в само посольство, а в Ponny Express