Мало инфо. Судя по тому, что пишете Вы они не УЖЕ ждут деньги, а ЕЩЕ не получили  субсидийный  сертификат.Если  он на руках, то ждать ничего не надо, деньги "лежат" на СКС в банке, и после подписания ДКП и предоставления его со всеми остальными доками на квартиру (при условии что в доках все ок) начинается перечисление субсидии с СКС Покупателя на  счет Продавца. Это занимает 2-3 недели (3 года назад).