это физически два разных заявления, так что они отрабатываются независимо.  И по ним вас действительно могут зачислить в 2 разные школы одновременно.Отслеживайте вашу доп.школу и статус заявления в ней. (только статус не в системе, а в самой школе или через осип.  на сайте мос.услуг никаких изменений с заявлением сейчас не отражается, к сожалению).