Вы еще раз пойдите в школу, к директору или завучу и скажите, что ваш ребенок постоянно проживает в кварти ре дедушки, по такому-то адресу, что по месту прописки вы не живете и жить не можете, что это надо возить на другой конец города(и приведите ваш пример),и спросите их, как поступить в такой ситуации. У нас в школе больше половины не прописанных не только на закрепленной территории, а и вообще в районе даже. И еще- а что, графа "по месту пребывания" в электронке  вообще отменена????? Запишите ребенка по месту проживания, приведите вашего дедушку в школу, пусть он скажет. От души советую так сделать.