кодирование всех видов форматов мр4 друг в друга - высокомистическая пляска с бубном и при этом с весьма размытыми в пространстве материями. Короче, непростое это дело и не так легко решаемое. Много разных настроек, ситуаций, учета разных параметров. Из кодировщиков обычно используют virtualdub с установленным бесплатным кодеком divx. остальное - от лукавого.