В любом случае объект недвижимости первичен, а документ на него вторичен. Вы можете даже потерять свидетельство, квартира от этого не исчезнет. Проблема может возникнуть тогда, когда вы квартиру захотите продать (подарить, заложить и т.п.), но неразрешимых проблем не существует, даже с утраченным правоустанавливающим документом можно осуществить регистрационные действия с квартирой, но они в этом случае потребуют дополнительных времени и усилий. И уже вам решать, предпринимать эти усилия сейчас или потом, когда в этом возникнет потребность.