Во-первых, апостиль нужен не везде. Есть ряд стран, с которыми у России заключены договора о принятии документов ЗАГС без апостиля. Все страны СНГ и еще более 20 стран: Испания, Кипр, Хорватия, Польша, Венгрия и т.д. Во-вторых, это проблема ЗАГСа. Документ  подлинный, запись была, что они там напутали или где у них компьютер глюканул - это уже их дело. Ребенка можно найти по фамилии. То есть подтвердить сам факт его рождения можно. Пусть выдают новое св-во с другой актовой записью. Вам-то от этого номера ни тепло, ни холодно. Где она нужна? Если вы за границей, там выдают новое св-во о рождении соответсвенно и с новым номером. Что всеее еще пришлось менять?