Если организация находится на упрощенке,выставлять счета-фактуры с НДС она не может.Вся сумма услуги будет ложиться на себестоимость.НДС по такой услуге выделять вам самим нельзя.Поскольку у вас ОСНО вы должны будете вести раздельный учет,разделяя расходы по основной деятельности и по деятельности облагаемой НДС по ставке 0%. НДС по расходам,произведённым именно по сделке с 0-вым НДС вы пока принять к вычету не можете,до подтверждения налоговиков. Придётся также разделять постоянные расходы и восстанавливать по ним НДС.Ну вобщем та ещё бадяга.Пишите в личку может быть смогу помочь