Мне кажется, здесь зависит от того, как у них составлены нормативные документы. Человека можно уволить за прогул и при этом выплатить премию в пониженном размере, как человеку, имеющему дисциплинарное взыскание за текущий месяц (если это прописано в положении о з/п и премировании) И это не будет два наказания.