Может быть просто устал к концу года? У меня с дочкой похожая ситуация была, правда не со школой, мы только идем в первый класс. Отдала ее в хореографическую балетную студию при школе (до этого ходили год в другую, но решили снизить нагрузки в будущем учебном году и отдать в студию при школе, куда она пойдет в первый класс) - месяц ходила в восторге, говорила, что все нравится - и занятия, и девочки. Потом как отрезало - заберется ко мне на колени перед занятиями, играть с девочками отказывается (а у меня очень общительный ребенок), плачет, на занятия не хочет, говорит что соскучилась. Причем причину у нее выведать невозможно - так всегда, узнать что-то можно только через несколько месяцев. Я не стала ее мучать - спросила, куда бы она хотела, теперь ходим на худ. гимнастику в той же школе - все в порядке. Может быть вам просто поболеть недельки две? Побыть дома, позаниматься тоже дома? Во втором классе ведь не так критично пропускать? Можно еще попробовать перевестись в другой класс. Иногда очень трудно докопаться до причины нежелания что-то делать, но я не стала бы так кардинально все менять - год сидеть дома, можно в конце концов сменить школу на более легкую, но если сын не хочет, попробовать поменять класс, либо почаще "болеть".