У нас тоже самое - врач сначала грешила на то, что я съела, но потом мне на время пришлось перевести малыша чисто на смесь, а прыщи не прошли. Решили, что это из-за дисбактериоза. Мне еще мой гастроэнтеролог говорила, что все проблемы кишечника на лице вылезают. Сказали, что все само пройдет, а если будут вылезать гнойные прыши  - прижигать их хлорфилиптом