Не будет он у Вас никаким иудеем - это фикция. Отец моих старших детей тоже иудей. Зачем пытаться переделать установленный и утвержденный порядок определения национальности и вероисповедания? И после сотрудничества  с управ. делами патриарха у меня тоже сложное отношение к церкви. Все те вопросы, которые возникли у Вашего сына, могут разъяснить в храме. И подготовить к крещению, кстати.