После 3-х лет в собственности папа не теряет ничего, он получит вычет на всю ту сумму продажи, что указана в ДКП. Папа может "продать" ее вам по любой цене, в том числе и выше рыночной, ничто не помешает вам потом ее продать по цене ниже, чем та, по которой вы ее "купили". В этом случае вы получите вычет на сумму своих затрат на "приобретение" квартиры, но не более.