Так и надо договариваться. Кому то отдать машину в счет его доли в квартире, например. Все ведь понимают, что доля стоит меньше чем можно было бы получить продав всю квартиру и поделив доли. Тут надо именно договариваться -иначе никак. А какие еще могут быть варианты?