п.6 ст.89 НК РФ  Выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев. Указанный срок может быть продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях - до шести месяцев.Основания и порядок продления срока проведения выездной налоговой проверки устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов. Вопрос - почему руководитель так халатно относится к своим обязанностям - 2 месяца вполне достаточный срок для подготовки акта разногласий на решение налогового органа.  Вы вправе обжаловать это решение в вышестоящем налоговом органе в порядке предусмотренном НК РФ. Оспорить решение налогового органа в суде с большей вероятностью позволит отсутствие нарушений с Вашей стороны и некорректное применение налоговым органом норм зак-ва.