При заполнении анкеты на визу есть пункт пересечения границы шенгена, вот там вы и указываете первую страну пересечения зоны шенгена, а в пункте страна проживания - пишете францию, плюс по копии брони авиабилета, которую надо приложить, видно будет, что ваш рейс транзитный