Вы заявляете только свои доходы и, соответственно, уплачиваете с них налоги - никто в налоговой не будет сверять то, какие цифры задекларированы организацией, а какие Вами. Поэтому, судя по всему, нужно написать обращение в ИФНС (можно по электронке): http://old.nalog.ru/obr/form.php?r=20061986&yes_fl=%D0%A4%D0%B8%D0%B7%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%BE%D0%B5+%D0%BB%D0%B8%D1%86%D0%BE и написать свою жалобу на работодателя