Я бы боссу не писала, не коректно, раз тебе секретарша писала, а не он, но  и не отвечала секретарю, типа она ж тебе не начальник)) можно паузу выдержать, пока не окончишь, отправить босу мыло, а через 5 мин ответить секретарю, типа бла бла, в декрете почту не читаю, но все шефу отправила, как и обещала. Но только в случае, если это не обострит отношения. Не время ща усложнять на работе