Лучше сейчас купить авиабилеты и сдаться на визы (тем более в германском консульстве запись на несколько недель вперед). Останавливайтесь в Мюнехене около ж-д вокзала, куда угодно потом вокруг покатаетесь на электричках, да и в самом городе много всего интересного. Сентябрь может быть и хорошим, но вот водные аттракционы посоветую все-таки в жаркую погоду.