Вы билет за 1 раз покупали или у вас 2 разных билета на перелеты? Если первый вариант, то перегрузят без вас, если 2-й, то багаж скорее всего будет ваша забота. Штамп в Австрии поставят если будете аэропорт покидать, если просто внутри транзитной зоны пересадка, то штампа не будет. В Венеции в любом случае надо идти в обычную очередь,вы же не граждане ЕС.