Желательно, чтобы виза была погашена штампом в запрашиваемой стране или первом "шенгене" по ходу Вашего маршрута. То есть, если Вы просите длинную визу, например, в Германию, то желательно открыть ее либо непосредственно в Германии, либо в другом пункте пересечении границы, если Вы едете, например, на машине. Вопрос о первой стране въезда есть и в анкете. Если, например, Вы откроете испанский шенген, а погасите его в Германии, то могут быть вопросы впоследствии. Я делала уже несколько раз мультивизы в эстонском посольстве, езжу по ним по всей Европе, но первая поездка всегда в Эстонию, да и в течение года пару раз еще езжу, чтобы "отработать" визу. Если Вас не беспокоит вопрос погашения визы в запрашиваемой стране, то можно подать документы в эстонское пос-во на поездку на машине - приблизительный маршрут, бронь гостиниц по дороге, документы на машину и т.д.