Можно еще проще. Один раз в жизни заплатить за программульку AVPlayerHD в районе $5, и после этого вообще не париться на тему того, в каком формате у вас видео скачено/записано на компе. Просто подключаете потом iPad к компу и через закладку "Программы" закачиваете на него все, что душе угодно в любом формате. Единственным ограничением станет дисковое пространство на iPad.