Авиакомпании разные, в каком плане? Допустим возьмем Люфту, она летят из Москвы до Мюнхена и там пересадка на дочку Люфты, только совершающую внутренние рейсы по Шенгену. Если вторая авиакомпания не входит в альянс с основным перевозчиком, тогда придется забирать багаж и регистрироваться. Если входит, тогда не надо ничего забирать. Напрягает то,что вы не можете зарегистрироваться на второй рейс.