Дней пребывания в какой стране у вас больше? В то консульство и надо подавать документы. Страна первого въезда важна только при одинаковом количестве ночей в каждой из стран - тогда визу получают как раз в стране первого въезда.  Всегда летаем в Прагу через Вену (при разнице в цене на билеты это неудивительно!) - визы чешские, штампы австрийские - никаких проблем.