Все очень просто. Авиакомпании находятся в состоянии жесточайшей конкуренции. Ни одна авиакомпания не может жить только за счет продажи прямых перелетов из базового аэропорта (точки А), в точку В. Хотя именно эти продажи наиболее рентабельны, т.к. используются в основном в бизнес-целях (там пассажиры денег не считают особо). Полеты с пересадкой - это конкурентное предложение другим авакомпаниям, которые летают по тому же маршруту напрямую. И продаются только с этой целью. Их ценообразование не имеет отношения к реальной затратности и  рентабельность, как правило, в несколько раз ниже, чем  у прямых перелетов. Но без них конкурировать нельзя.  Именно по этим причинам авиакомпании крайне невыгодно продавать перелет с пересадкой, оставляя за пассажиром право не воспользоваться вторым "плечом". Потому что в этом случае пассажиры тупо начнут покупать малорентабельные полеты с пересадкой и выходить в точке пересадки, потому что им нужно именно туда, а не в конечный пункт. И высокорентабельные прямые перелеты сразу перестанут продаваться - зачем, если можно купить билет Москва-Рига-Париж за  200 евро и выйти в Париже, а не покупать билет Москва-Париж на 500 е.