Ну его вообще чужие проблемы не волнуют, тут ничего не поделать -- остаётся принять это как данность. Объяснять что-то раньше или позже надо будет, другая фамилия -- как раз не самое страшное. У меня в семье сложилось, что у детей фамилии и отчества разные, сами дети это спокойно воспринимают, да и окружающих это никогда не шокировало. Бывают весёлые моменты, когда в каком-нибудь собесе (или подобной организации) просят принести документы на всех пятерых детей и минут 10-15 их изучают, но я привыкла и отношусь к таким эпизодам с юмором. Плюс у меня ещё и со статусами чехарда. Я и одиночка, и разведена, и снова одиночка, и установление отцовства есть, и замужем. То есть неподготовленному человеку разобраться непросто. А у вас двое детей, с фамилией ситуация вполне стандартная -- не стоит переживать.