Доли у вас определены брачным договором, для регистрации долей требуется участие двух сторон или их представилей. ПРи отказе регистрации с одной стороны  - происходит в судебном порядке.Если я праивльно поняла - вы не против и дали доверенность? В вашем случае в доверенности, которую вы выдаете юристам супруга вам стоит указать только одно полномочие - зарегитсрировать на ваше имя право собственности на 1/2 квартиры. А лучше лично участвовать и получать документы или хотя бьы маму/сестру/подругу попросить.Относительно порядка пользования - подавать муж будет вероятно уже после получения свидетельств о государственной регистрации по 1/2 доле квартиры. У собсвтенников равные права пользования, вы не указали метраж комнат, но иногда бывают и отказы в опредлении порядка пользования конкретными комнатами.Наличие у вас детей может сыграть роль, но пока нет иска, не ясно, чего хочет муж, какую именно комнату.Насчет расходов - вас вероятно запугали, чтобы вы подписали соглашение. Не стоит точно, расходлы только в случае полного выигрыша - на пошлину 200 рублей, на работу представителей в разумных пределах, то есть принести может и на 100 000 рублей, но возмещают  как правило по таким делам 10-15-20 000 рублей.Пока нет иска, нет  квитанций - обсуждать нечего.3. Вы не можете предъявить встречный иск на иск об опредлении порядка пользования иск о разделе имущества супругов, он не является встречным - отдельный иск подать вы можете. Но важно, что у вас указано в брачном договоре относительно иного имущества. Взыскать коммунальные платежи можете пытаться в этом процессе встречным иском, хотя бы относится к квартире - его долю , оплаченную вами с даты прекращения брака.