В принципе это всё объяснимо. Надбавки региональные из ниоткуда не берутся. Бюджетникам зарплата капает из налогов, которые собирает город. В основном большой бизнес сконцентрирован в Москве. Больше налоговые сборы - больше зарплата бюджетников.