Кофий это старинное слово, вернее устаревшее, раньше так и говорили- кофий, кофей. Оттуда и пошло считать, что кофе мужского рода. Все идет к тому, что кофе будет средним родом, собственно, как и метро, которое когда-то тоже было мужским родом.