Дисбактериоз или воспалительный процесс в кишечнике. Причин может быть много - и ферментная недостаточность, и нарушение всасывания, и нарушение работы печени и желчного пузыря, и паразиты (простейшие в том числе)... Т.е. при каких-то явных нарушениях в работе ЖКТ наличие такой флоры - не удивительно.