Да нет, ничего с ОС такого страшного не происходит, ни во что она не перестраивается. И хранить естественно все можно где угодно, не только в облаке  Если интернет отключится, то связь с облаком потеряется, да, но файлы никуда разумеется не денутся, как только восстановится подключение к интернету, так сразу снова можно получить к ним доступ.