Я думаю, что причина отказа именно три годовые немецкие визы. Видимо они сочли, что вы по какой то причине не можете больше делать себе немецкие визы вот и пришли к ним. Уже несколько раз мои знакомые сталкивались с подобными вещами в  разных посольствах. Обычно после отказа и повторной подачи сначала хорошо дают однократку.