Заплатите налоги и спите спокойно.Скорее всего вас еще оштрафуют в пенсионном фонде.А ООО,если официально закрыто,наличие печати на бумажке это формальность,которую можно исправить при необходимости.И сейчас не надо предоставлять документы с работы для загранпаспорта,они проверяют,что вы не работаете в секретных службах.И если не было суда,который обязал вас выплатить долг,нигде ничего не всплывет.Делайте паспорт и езжайте за границу спокойно.