По доброй части вариантов, если не сказать по большинсвту, 100% гарантий быть не может. Даже если Вам выдадут красивую бумажку. Может быть только большая или меньшая степень риска, которая в некоторых вариантах может сводиться до пренебрежительно малой. Алгоритм проверки зависит от конкретной квартиры. Никаких особых секретов у агентств нет, это все лапша на уши клиентам - маркетинговые ходы. Очень важно найти подходящего человека, который умеет не только себя пиарить, как это нередко бывает, но и имеет за душой необходимые знания и опыт для решения Вашего вопроса. очень важно, чтобы у Вас с этим человеком было взаимопонимание. Но даже работая с проверенным риэлтором имхо очень желательно стараться  вникать самим, т.к. в конечном счете, конечно же,  ответственность на покупателе.