А в счете величина предоплаты не указана? Если нет, то плати тот процент или ту сумму, которую оговорили. А лучше требуй, чтобы выставили новый счет на всю сумму с указанием суммы предоплаты, чтобы потом к тебе вопросов не было и заказ взяли в работу