Скорее всего в два этапа: сначала согласовать с дизайнером планировку и расстановку мебели, потом с этим планом - в МЖИ. И уже после того как вам одобрят перепланировку - начинать разработку проекта. Но обычно так никто не делает:  в лучшем случае согласуют в процессе ремонта. В худшем - не согласуют вовсе если перепланировка не криминальная. Да что говорить, если люди без проблем продают квартиры с кухнями на лоджиях, то какая-то стандартная перепланировка вобще ни у кого не вызывает никаких вопросов.