На заповедник КРКА вы потратите 3-4 часа, 5, если задержитесь покупаться, возможно поесть. В Шибенике также вряд ли что-то больше 2 часов вам понадобиться, небольшой городок...собор св. Иакова, старый город и крепость. Сможете и Шибеник, и КРКА посмотреть. Это обычная экскурсия, они всегда предлагаются вместе.