Вы когда продаете что-то. то получаете доход, соответственно ВЫ ДОЛЖНЫ с этого дохода заплатить ПОДОХОДНЫЙ налог. Что тут непонятного?При уплате  подоходного налога на дохода  от продажи квартиры Вы  можете воспользоваться налоговым вычетом, то есть уплатить 13% не со всей суммы дохода, а вычесть из нее либо 1 млн., либо стоимость по которой эта квартира была приобретена ранее.Вы освобождаетесь от уплаты данного налога, если квартира до продажи была у Вас в собственности более 3-х лет.Так понятно?