Ничего страшного. Въезжать Вы можете через любую страну шенгена, это не нарушение. Вы и при подаче документов скорее всего указывали, что въезд у Вас будет через Германию, и а\билеты у них Ваши есть. Если очень переживаете - сохраните посадочные, но, как правило, этого никогда не требуется.